SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing SMc04251 FitnessBrowser__Smeli:SMc04251 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

Q3J1R2 Alpha-keto acid-binding periplasmic protein TakP; Extracytoplasmic solute receptor protein TakP; TRAP transporter alpha-keto acid-binding subunit P; TRAP-T family sorbitol/mannitol transporter, periplasmic binding protein, SmoM from Cereibacter sphaeroides (strain ATCC 17023 / DSM 158 / JCM 6121 / CCUG 31486 / LMG 2827 / NBRC 12203 / NCIMB 8253 / ATH 2.4.1.) (Rhodobacter sphaeroides) (see paper)
79% identity, 100% coverage: 1:368/368 of query aligns to 1:365/365 of Q3J1R2

query
sites
Q3J1R2
M
 
M
D
 
D
R
 
R
R
 
R
S
 
S
F
 
F
I
 
I
K
 
T
H
 
K
A
 
A
S
 
A
I
 
-
G
 
-
G
 
-
L
 
V
G
 
G
A
 
G
A
 
A
A
 
A
A
 
A
S
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
P
 
P
A
 
A
I
 
L
A
 
A
Q
 
Q
T
 
S
N
 
A
P
 
P
K
 
K
V
 
V
T
 
T
W
 
W
R
 
R
L
 
L
T
 
A
S
 
S
S
 
S
F
 
F
P
 
P
K
 
K
S
 
S
L
 
L
D
 
D
T
 
T
I
 
I
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
A
 
A
E
 
E
V
 
V
L
 
L
S
 
S
K
 
K
Y
 
M
V
 
L
S
 
S
E
 
E
A
 
A
T
 
T
D
 
D
G
 
G
N
 
N
F
 
F
Q
 
Q
I
 
I
Q
 
Q
V
 
V
F
 
F
A
 
S
A
 
A
G
 
G
E
 
E
I
 
L
V
 
V
P
 
P
G
 
G
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
D
 
D
A
 
A
A
 
V
A
 
T
A
 
E
G
 
G
T
 
T
V
 
V
E
 
E
A
 
C
C
 
C
H
 
H
T
 
T
V
 
V
A
 
G
Y
|
Y
Y
|
Y
Y
 
Y
W
 
W
G
 
G
K
 
K
D
 
D
P
 
P
T
 
T
W
 
F
A
 
A
L
 
L
G
 
A
A
 
A
A
 
A
V
 
V
P
 
P
F
 
F
A
 
S
L
 
L
N
 
S
A
 
A
R
 
R
G
 
G
M
 
I
N
 
N
A
 
A
W
 
W
H
 
H
Y
 
Y
H
 
H
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
D
 
D
L
 
L
F
 
Y
N
 
N
E
 
E
F
 
F
L
 
L
G
 
S
T
 
Q
Q
 
H
G
 
N
L
 
I
V
 
V
G
 
A
Y
 
F
P
 
P
G
 
G
G
 
G
N
 
N
T
 
T
G
 
G
V
 
V
Q
|
Q
M
 
M
G
 
G
G
 
G
W
 
W
F
 
F
R
 
R
K
 
R
E
 
E
I
 
I
K
 
N
T
 
T
V
 
V
A
 
A
D
 
D
M
 
M
K
 
Q
G
 
G
L
 
L
K
 
K
M
 
M
R
|
R
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
A
 
A
G
 
G
K
 
K
V
 
V
M
 
M
E
 
E
R
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
V
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
Q
 
Q
L
 
I
A
 
A
G
 
G
G
 
G
D
 
D
I
 
I
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
L
 
L
E
 
E
K
 
K
G
 
G
T
 
T
I
 
I
D
 
D
A
 
A
A
 
T
E
|
E
W
|
W
V
 
V
G
 
G
P
 
P
Y
 
Y
D
 
D
D
 
D
E
 
E
K
 
K
L
 
L
G
 
G
F
 
F
Y
 
F
K
 
K
V
 
V
A
 
A
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
W
 
W
W
 
W
E
|
E
G
 
G
G
 
G
P
 
P
T
 
T
V
 
V
H
 
H
A
 
F
M
 
M
F
 
F
N
 
N
K
 
K
A
 
S
A
 
A
F
 
Y
D
 
E
G
 
G
L
 
L
P
 
T
K
 
P
A
 
T
Y
 
Y
Q
 
Q
S
 
S
L
 
L
L
 
L
R
 
R
T
 
T
A
 
A
C
 
C
Q
 
H
A
 
A
T
 
A
D
 
D
A
 
A
N
 
N
M
 
M
L
 
L
Q
 
Q
K
 
L
Y
 
Y
D
 
D
Y
 
W
L
 
K
N
 
N
P
 
P
S
 
T
A
 
A
I
 
I
K
 
K
R
 
S
L
 
L
V
 
V
A
 
A
A
 
Q
G
 
G
A
 
T
K
 
Q
L
 
L
S
 
R
P
 
P
F
 
F
S
 
S
P
 
P
E
 
E
I
 
I
L
 
L
S
 
Q
A
 
A
C
 
C
F
 
F
D
 
E
E
 
A
S
 
A
N
 
N
K
 
E
V
 
V
Y
 
Y
A
 
A
E
 
E
M
 
M
E
 
E
A
 
A
S
 
S
N
 
N
A
 
P
P
 
A
F
 
F
K
 
K
K
 
K
I
 
I
W
 
W
E
 
D
S
 
S
I
 
I
K
 
K
A
 
A
F
 
F
R
 
R
A
 
S
E
 
E
Y
 
H
F
 
Y
L
 
T
N
 
W
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
N
 
N
Y
 
Y
D
 
D
T
 
T
F
 
F
M
 
M
M
 
M
I
 
V
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
N
N
 
A
G
 
G
K
 
K
I
 
L

2hzlB Crystal structures of a sodium-alpha-keto acid binding subunit from a trap transporter in its closed forms (see paper)
81% identity, 91% coverage: 33:368/368 of query aligns to 2:337/337 of 2hzlB

query
sites
2hzlB
P
 
P
K
 
K
V
 
V
T
 
T
W
 
W
R
 
R
L
 
L
T
 
A
S
 
S
S
 
S
F
 
F
P
 
P
K
 
K
S
 
S
L
 
L
D
 
D
T
 
T
I
 
I
Y
 
F
G
 
G
G
 
G
A
 
A
E
 
E
V
 
V
L
 
L
S
 
S
K
 
K
Y
 
M
V
 
L
S
 
S
E
 
E
A
 
A
T
 
T
D
 
D
G
 
G
N
 
N
F
 
F
Q
 
Q
I
 
I
Q
 
Q
V
 
V
F
 
F
A
 
S
A
 
A
G
 
G
E
 
E
I
 
L
V
 
V
P
 
P
G
 
G
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
A
 
A
D
 
D
A
 
A
A
 
V
A
 
T
A
 
E
G
 
G
T
 
T
V
 
V
E
 
E
A
 
C
C
 
C
H
 
H
T
 
T
V
 
V
A
 
G
Y
|
Y
Y
|
Y
Y
 
Y
W
 
W
G
 
G
K
 
K
D
 
D
P
 
P
T
 
T
W
 
F
A
 
A
L
 
L
G
 
A
A
 
A
A
 
A
V
 
V
P
 
P
F
|
F
A
 
S
L
 
L
N
 
S
A
 
A
R
 
R
G
 
G
M
 
I
N
 
N
A
 
A
W
 
W
H
 
H
Y
 
Y
H
 
H
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
I
D
 
D
L
 
L
F
 
Y
N
 
N
E
 
E
F
 
F
L
 
L
G
 
S
T
 
Q
Q
 
H
G
 
N
L
 
I
V
 
V
G
 
A
Y
 
F
P
 
P
G
 
G
G
 
G
N
 
N
T
 
T
G
 
G
V
 
V
Q
|
Q
M
 
M
G
 
G
G
 
G
W
 
W
F
 
F
R
 
R
K
 
R
E
 
E
I
 
I
K
 
N
T
 
T
V
 
V
A
 
A
D
 
D
M
 
M
K
 
Q
G
 
G
L
 
L
K
 
K
M
 
M
R
|
R
V
 
V
G
 
G
G
 
G
F
 
F
A
 
A
G
 
G
K
 
K
V
 
V
M
 
M
E
 
E
R
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
V
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
Q
 
Q
L
 
I
A
 
A
G
 
G
G
 
G
D
 
D
I
 
I
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
L
 
L
E
 
E
K
 
K
G
 
G
T
 
T
I
 
I
D
 
D
A
 
A
A
 
T
E
|
E
W
|
W
V
 
V
G
 
G
P
 
P
Y
 
Y
D
 
D
D
 
D
E
 
E
K
 
K
L
 
L
G
 
G
F
 
F
Y
 
F
K
 
K
V
 
V
A
 
A
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
W
 
W
W
 
W
E
|
E
G
 
G
G
 
G
P
 
P
T
 
T
V
 
V
H
 
H
A
 
F
M
 
M
F
 
F
N
 
N
K
 
K
A
 
S
A
 
A
F
 
Y
D
 
E
G
 
G
L
 
L
P
 
T
K
 
P
A
 
T
Y
 
Y
Q
 
Q
S
 
S
L
 
L
L
 
L
R
 
R
T
 
T
A
 
A
C
 
C
Q
 
H
A
 
A
T
 
A
D
 
D
A
 
A
N
 
N
M
 
M
L
 
L
Q
 
Q
K
 
L
Y
 
Y
D
 
D
Y
 
W
L
 
K
N
 
N
P
 
P
S
 
T
A
 
A
I
 
I
K
 
K
R
 
S
L
 
L
V
 
V
A
 
A
A
 
Q
G
 
G
A
 
T
K
 
Q
L
 
L
S
 
R
P
 
P
F
 
F
S
 
S
P
 
P
E
 
E
I
 
I
L
 
L
S
 
Q
A
 
A
C
 
C
F
|
F
D
 
E
E
 
A
S
 
A
N
|
N
K
 
E
V
 
V
Y
|
Y
A
 
A
E
 
E
M
 
M
E
 
E
A
 
A
S
 
S
N
 
N
A
 
P
P
 
A
F
 
F
K
 
K
K
 
K
I
 
I
W
 
W
E
 
D
S
 
S
I
 
I
K
 
K
A
 
A
F
 
F
R
|
R
A
 
S
E
 
E
Y
 
H
F
 
Y
L
 
T
N
 
W
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
A
 
A
E
 
E
Y
 
Y
N
 
N
Y
 
Y
D
 
D
T
 
T
F
 
F
M
 
M
M
 
M
I
 
V
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
N
N
 
A
G
 
G
K
 
K
I
 
L

4yicA Crystal structure of a trap transporter solute binding protein (ipr025997) from bordetella bronchiseptica rb50 (bb0280, target efi- 500035) with bound picolinic acid
50% identity, 88% coverage: 32:355/368 of query aligns to 2:328/344 of 4yicA

query
sites
4yicA
N
 
N
P
 
P
K
 
T
V
 
V
T
 
R
W
 
W
R
 
R
L
 
M
T
 
S
S
 
T
S
 
S
F
x
W
P
 
P
K
 
K
S
 
S
L
 
L
D
 
D
T
 
T
I
 
I
Y
 
Y
G
 
G
G
 
S
A
 
A
E
 
D
V
 
E
L
 
L
S
 
C
K
 
K
Y
 
R
V
 
V
S
 
G
E
 
Q
A
 
L
T
 
T
D
 
D
G
 
G
N
 
K
F
 
F
Q
 
E
I
 
I
Q
 
R
V
 
A
F
 
F
A
 
P
A
 
G
G
 
G
E
 
E
I
 
L
V
 
V
P
 
P
G
 
S
L
 
A
Q
 
Q
A
 
N
A
 
M
D
 
D
A
 
A
A
 
V
A
 
S
A
 
N
G
 
G
T
 
T
V
 
V
E
 
E
A
 
C
C
 
N
H
 
H
T
 
V
V
x
L
A
 
S
Y
 
T
Y
 
M
Y
 
Y
W
 
I
G
 
G
K
 
K
D
 
N
P
 
T
T
 
A
W
 
L
A
 
T
L
 
F
G
 
D
A
 
T
A
 
G
V
 
L
P
 
S
F
 
F
A
 
G
L
 
L
N
 
N
A
 
A
R
 
R
G
 
Q
M
 
H
N
 
N
A
 
A
W
 
W
H
 
I
Y
 
H
H
 
Y
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
L
D
 
Q
L
 
Q
F
 
L
N
 
R
E
 
E
F
 
L
L
 
Y
G
 
K
T
 
K
Q
 
Y
G
 
N
L
 
I
V
 
V
G
 
N
Y
 
H
P
 
V
G
 
C
G
 
G
N
 
N
T
 
V
G
 
G
V
 
V
Q
|
Q
M
 
M
G
 
G
G
 
G
W
 
W
F
 
Y
R
 
R
K
 
K
E
 
E
I
 
I
K
 
K
T
 
S
V
 
T
A
 
A
D
 
D
M
 
L
K
 
N
G
 
G
L
 
L
K
 
N
M
 
M
R
|
R
V
 
I
G
|
G
G
 
G
F
 
I
A
 
G
G
 
G
K
 
M
V
 
V
M
 
L
E
 
S
R
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
V
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
Q
 
Q
L
 
I
A
 
P
G
 
P
G
 
G
D
 
D
I
 
I
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
L
 
L
E
 
E
K
 
K
G
 
G
T
 
T
I
 
I
D
 
D
A
 
A
A
 
A
E
|
E
W
|
W
V
x
I
G
 
G
P
 
P
Y
 
Y
D
 
D
D
 
D
E
 
E
K
 
K
L
 
L
G
 
G
F
 
F
Y
 
N
K
 
K
V
 
V
A
 
A
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
Y
 
Y
Y
 
S
P
 
P
G
 
G
W
 
W
W
 
F
E
 
E
G
 
G
G
 
S
P
 
A
T
 
S
V
 
I
H
 
T
A
 
S
M
 
M
F
 
V
N
 
N
K
 
D
A
 
K
A
 
A
F
 
W
D
 
E
G
 
A
L
 
L
P
 
P
K
 
P
A
 
A
Y
 
Y
Q
 
Q
S
 
A
L
 
A
L
 
F
R
 
E
T
 
A
A
 
A
C
 
C
Q
 
G
A
 
E
T
 
Q
D
 
S
A
 
M
N
 
R
M
 
M
L
 
L
Q
 
A
K
 
N
Y
 
Y
D
 
D
Y
 
A
L
 
R
N
 
N
P
 
P
S
 
L
A
 
A
I
 
L
K
 
R
R
 
K
L
 
L
V
 
I
A
 
A
A
 
G
G
 
G
A
 
A
K
 
K
L
 
V
S
 
S
P
 
F
F
 
F
S
 
P
P
 
K
E
 
E
I
 
V
L
 
M
S
 
D
A
 
A
C
 
V
F
 
Y
D
 
K
E
 
A
S
 
S
N
 
Q
K
 
Q
V
 
L
Y
 
W
A
 
T
E
 
E
M
 
L
E
 
S
A
 
E
S
 
K
N
 
N
A
 
P
P
 
D
F
 
F
K
 
K
K
 
A
I
 
I
-
 
Y
-
 
P
-
 
G
W
 
W
E
 
K
S
 
K
I
 
F
K
 
Q
A
 
E
F
 
D
R
 
E
A
 
A
E
 
G
Y
 
W
F
 
F
L
 
R
N
 
V
A
 
A
Q
 
E
I
 
N
A
 
A
E
 
L
Y
 
D
N
 
N
Y
 
Y

7ug8B Crystal structure of a solute receptor from synechococcus cc9311 in complex with alpha-ketovaleric and calcium
50% identity, 85% coverage: 33:343/368 of query aligns to 3:313/330 of 7ug8B

query
sites
7ug8B
P
 
P
K
 
Q
V
 
V
T
 
R
W
 
W
R
 
R
L
 
M
T
 
A
S
 
T
S
 
S
F
 
W
P
 
P
K
 
I
S
 
S
L
 
L
D
 
D
T
 
T
I
 
I
Y
 
Y
G
 
G
G
 
G
A
 
A
E
 
V
V
 
T
L
 
I
S
 
C
K
 
Q
Y
 
R
V
 
V
S
 
E
E
 
E
A
 
M
T
 
S
D
 
G
G
 
G
N
 
A
F
 
F
Q
 
R
I
 
I
Q
 
E
V
 
P
F
 
F
A
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
V
P
 
P
G
 
G
L
 
L
Q
 
E
A
 
V
A
 
L
D
 
D
A
 
A
A
 
V
A
 
Q
A
 
A
G
 
R
T
 
S
V
 
V
E
 
E
A
 
C
C
 
G
H
 
H
T
 
T
V
 
A
A
 
S
Y
|
Y
Y
 
Y
Y
 
Y
W
 
I
G
 
G
K
 
K
D
 
N
P
 
P
T
 
A
W
 
F
A
 
A
L
 
F
G
 
G
A
 
T
A
 
A
V
 
V
P
 
P
F
 
F
A
 
G
L
 
L
N
 
S
A
 
A
R
 
Q
G
 
Q
M
 
Q
N
 
N
A
 
T
W
 
W
H
 
L
Y
 
Y
H
 
Y
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
N
D
 
E
L
 
D
F
 
M
N
 
N
E
 
A
F
 
L
L
 
F
G
 
A
T
 
D
Q
 
F
G
 
G
L
 
A
V
 
V
G
 
S
Y
 
F
P
 
P
G
 
A
G
 
G
N
 
N
T
 
T
G
 
G
V
 
G
Q
|
Q
M
 
L
G
 
G
G
 
G
W
 
W
F
 
F
R
 
K
K
 
K
E
 
P
I
 
I
K
 
Q
T
 
N
V
 
L
A
 
A
D
 
S
M
 
L
K
 
Q
G
 
G
L
 
L
K
 
K
M
 
M
R
|
R
V
 
I
G
 
P
G
 
G
F
 
L
A
 
G
G
 
G
K
 
K
V
 
V
M
 
M
E
 
A
R
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
V
V
 
N
P
 
V
Q
 
Q
Q
 
V
L
 
L
A
 
P
G
 
G
G
 
G
D
 
E
I
 
I
Y
 
Y
P
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
E
K
 
R
G
 
G
T
 
T
I
 
I
D
 
D
A
 
A
A
 
A
E
|
E
W
x
F
V
 
T
G
 
G
P
 
P
Y
 
Y
D
 
D
D
 
D
E
 
E
K
 
K
L
 
L
G
 
G
F
 
L
Y
 
A
K
 
K
V
 
A
A
 
A
P
 
K
Y
 
H
Y
 
Y
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
W
 
W
W
 
W
E
|
E
G
 
P
G
 
G
P
 
P
T
 
T
V
 
L
H
 
M
A
 
A
M
 
L
F
 
V
N
 
N
K
 
R
A
 
K
A
 
A
F
 
W
D
 
S
G
 
D
L
 
L
P
 
P
K
 
K
A
 
E
Y
 
Y
Q
 
Q
S
 
A
L
 
M
L
 
F
R
 
R
T
 
T
A
 
A
C
 
C
Q
 
Y
A
 
E
T
 
A
D
 
N
A
 
L
N
 
G
M
 
M
L
 
L
Q
 
S
K
 
N
Y
 
Y
D
 
E
Y
 
W
L
 
R
N
 
N
P
 
S
S
 
E
A
 
A
I
 
L
K
 
Q
R
 
R
L
 
I
V
 
T
A
 
R
A
 
Q
G
 
G
A
 
I
K
 
K
L
 
L
S
 
E
P
 
R
F
 
Y
S
 
G
P
 
D
E
 
D
I
 
I
L
 
L
S
 
K
A
 
A
C
 
A
F
 
R
D
 
S
E
 
A
S
 
S
N
 
A
K
 
E
V
 
I
Y
 
F
A
 
Q
E
 
E
M
 
L
E
 
A
A
 
D
S
 
A
N
 
D
A
 
A
P
 
G
F
 
F
K
 
K
K
 
A
I
 
L
W
 
L
E
 
E
S
 
R
I
 
W
K
 
R
A
 
L
F
 
F
R
 
R
A
 
R
E
 
D

5cm6A Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from pseudoalteromonas atlantica t6c(patl_2292, target efi-510180) with bound sodium and pyruvate
38% identity, 84% coverage: 34:343/368 of query aligns to 2:312/331 of 5cm6A

query
sites
5cm6A
K
 
K
V
 
Y
T
 
R
W
 
W
R
 
R
L
 
L
T
 
A
S
 
E
S
 
T
F
 
W
P
 
G
K
 
P
S
 
N
L
 
F
D
 
P
T
 
I
I
 
F
Y
 
G
G
 
D
G
 
A
A
 
S
E
 
K
V
 
N
L
 
M
S
 
A
K
 
K
Y
 
M
V
 
V
S
 
K
E
 
E
A
 
M
T
 
S
D
 
D
G
 
G
N
 
R
F
 
L
Q
 
T
I
 
I
Q
 
R
V
 
I
F
 
D
A
 
S
A
 
A
G
 
N
E
 
K
I
 
H
V
 
K
P
 
S
G
 
A
L
 
L
Q
 
G
A
 
I
A
 
F
D
 
D
A
 
F
A
 
V
A
 
K
A
 
S
G
 
G
T
 
Q
V
 
Y
E
 
Q
A
 
M
C
 
G
H
 
H
T
 
S
V
 
A
A
 
S
Y
|
Y
Y
|
Y
Y
 
W
W
 
K
G
 
G
K
 
K
D
 
D
P
 
F
T
 
N
W
 
T
A
 
M
L
 
F
G
 
F
A
 
T
A
 
T
V
 
V
P
 
P
F
 
F
A
 
G
L
 
M
N
 
T
A
 
A
R
 
P
G
 
E
M
 
Q
N
 
Y
A
 
A
W
 
W
H
 
F
Y
 
Y
H
 
Y
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
M
D
 
E
L
 
L
F
 
M
N
 
K
E
 
E
F
 
T
L
 
Y
G
 
D
T
 
Q
Q
 
Y
G
 
G
L
 
I
V
 
L
G
 
S
Y
 
F
P
 
P
G
 
G
G
 
G
N
 
N
T
 
T
G
 
G
V
 
V
Q
 
Q
M
 
M
G
 
G
G
 
G
W
 
W
F
 
F
R
 
R
K
 
K
E
 
E
I
 
I
K
 
N
T
 
T
V
 
V
A
 
E
D
 
D
M
 
L
K
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
M
 
M
R
|
R
V
 
I
G
 
P
G
 
G
F
 
F
A
 
A
G
 
G
K
 
E
V
 
V
M
 
L
E
 
A
R
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
A
V
 
S
P
 
P
Q
 
T
Q
 
N
L
 
I
A
 
P
G
 
S
G
 
A
D
 
E
I
 
L
Y
 
Y
P
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
K
 
R
G
 
N
T
 
T
I
 
I
D
 
D
A
 
A
A
 
L
E
 
E
W
|
W
V
 
V
G
 
G
P
 
P
Y
 
S
D
 
L
D
 
D
E
 
L
K
 
R
L
 
M
G
 
G
F
 
F
Y
 
H
K
 
K
V
 
I
A
 
A
P
 
P
Y
 
-
Y
 
Y
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
T
G
 
G
W
 
W
W
 
Q
E
 
E
G
 
P
G
 
A
P
 
T
T
 
E
V
 
L
H
 
Q
A
 
F
M
 
M
F
 
V
N
 
N
K
 
Q
A
 
K
A
 
A
F
 
Y
D
 
D
G
 
S
L
 
L
P
 
P
K
 
A
A
 
D
Y
 
L
Q
 
Q
S
 
K
L
 
I
L
 
L
R
 
T
T
 
V
A
 
A
C
 
M
Q
 
K
A
 
T
T
 
A
D
 
A
A
 
Y
N
 
D
M
 
M
L
 
Y
Q
 
S
K
 
Q
Y
 
S
D
 
T
Y
 
H
L
 
E
N
 
N
P
 
G
S
 
V
A
 
N
I
 
L
K
 
K
R
 
A
L
 
L
V
 
Q
A
 
S
A
 
E
-
 
Y
-
 
P
G
 
N
A
 
V
K
 
K
L
 
I
S
 
R
P
 
T
F
 
F
S
 
P
P
 
Q
E
 
P
I
 
V
L
 
M
S
 
N
A
 
A
C
 
I
F
 
R
D
 
D
E
 
A
S
 
N
N
 
D
K
 
E
V
 
L
Y
 
L
A
 
A
E
 
E
M
 
F
E
 
A
A
 
A
S
 
K
N
 
D
A
 
K
P
 
E
F
 
T
K
 
A
K
 
K
I
 
I
W
 
L
E
 
K
S
 
S
I
 
I
K
 
K
A
 
T
F
 
Y
R
 
Q
A
 
E
E
 
Q

4petA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from colwellia psychrerythraea (cps_0129, target efi-510097) with bound calcium and pyruvate (see paper)
33% identity, 85% coverage: 32:343/368 of query aligns to 1:313/329 of 4petA

query
sites
4petA
N
 
D
P
 
K
K
 
K
V
 
Y
T
 
R
W
 
W
R
 
K
L
 
L
T
 
A
S
 
E
S
 
T
F
 
W
P
 
G
K
 
P
S
 
N
L
 
F
D
 
P
T
 
I
I
 
F
Y
 
G
G
 
D
G
 
A
A
 
T
E
 
K
V
 
N
L
 
M
S
 
A
K
 
K
Y
 
M
V
 
V
S
 
K
E
 
E
A
 
M
T
 
S
D
 
N
G
 
G
N
 
R
F
 
L
Q
 
T
I
 
I
Q
 
R
V
 
I
F
 
D
A
 
S
A
 
S
G
 
N
E
 
K
I
 
H
V
 
K
P
 
S
G
 
A
L
 
L
Q
 
G
A
 
I
A
 
F
D
 
D
A
 
F
A
 
V
A
 
K
A
 
S
G
 
G
T
 
Q
V
 
Y
E
 
Q
A
 
M
C
 
G
H
 
H
T
 
S
V
 
A
A
 
S
Y
|
Y
Y
|
Y
Y
 
W
W
 
K
G
 
G
K
 
K
D
 
N
P
 
F
T
 
N
W
 
T
A
 
M
L
 
F
G
 
F
A
 
T
A
 
T
V
 
V
P
 
P
F
 
F
A
 
G
L
 
M
N
 
I
A
 
A
R
 
S
G
 
E
M
 
Q
N
 
H
A
 
A
W
 
W
H
 
F
Y
 
Y
H
 
Y
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
M
D
 
E
L
 
L
F
 
M
N
 
K
E
 
K
F
 
V
L
 
Y
G
 
D
T
 
Q
Q
 
Y
G
 
G
L
 
I
V
 
M
G
 
S
Y
 
F
P
 
P
G
 
G
G
 
G
N
 
N
T
 
T
G
 
G
V
 
N
Q
|
Q
M
 
M
G
 
G
G
 
G
W
 
W
F
 
F
R
 
K
K
 
K
E
 
E
I
 
I
K
 
N
T
 
S
V
 
V
A
 
E
D
 
D
M
 
L
K
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
M
 
M
R
|
R
V
 
I
G
 
P
G
 
G
F
 
F
A
 
A
G
 
G
K
 
E
V
 
V
M
 
L
E
 
A
R
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
A
V
 
K
P
 
P
Q
 
T
Q
 
N
L
 
I
A
 
P
G
 
S
G
 
G
D
 
E
I
 
L
Y
 
Y
P
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
E
K
 
R
G
 
N
T
 
T
I
 
I
D
 
D
A
 
A
A
 
L
E
|
E
W
|
W
V
 
V
G
 
G
P
 
P
Y
 
S
D
 
L
D
 
D
E
 
L
K
 
R
L
 
M
G
 
G
F
 
F
Y
 
H
K
 
K
V
 
I
A
 
A
P
 
P
Y
 
-
Y
 
Y
Y
 
Y
Y
 
Y
P
 
T
G
 
G
W
 
W
W
 
H
E
|
E
G
 
P
G
 
G
P
 
T
T
 
E
V
 
L
H
 
Q
A
 
F
M
 
M
F
 
V
N
 
N
K
 
Q
A
 
K
A
 
A
F
 
Y
D
 
N
G
 
S
L
 
L
P
 
P
K
 
K
A
 
D
Y
 
L
Q
 
Q
S
 
K
L
 
I
L
 
L
R
 
T
T
 
V
A
 
A
C
 
M
Q
 
K
A
 
A
T
 
A
D
 
A
A
 
Y
N
 
D
M
 
M
L
 
Y
Q
 
S
K
 
Q
Y
 
S
D
 
M
Y
 
H
-
 
A
-
 
S
-
 
G
L
 
V
N
 
N
P
 
L
S
 
A
A
 
S
I
 
L
K
 
K
R
 
K
L
 
D
V
 
Y
A
 
-
A
 
P
G
 
N
A
 
V
K
 
Q
L
 
M
S
 
R
P
 
S
F
 
F
S
 
P
P
 
K
E
 
P
I
 
V
L
 
M
S
 
E
A
 
A
C
 
I
F
 
V
D
 
Q
E
 
A
S
 
N
N
 
D
K
 
E
V
 
L
Y
 
L
A
 
E
E
 
E
M
 
F
E
 
A
A
 
A
S
 
K
N
 
D
A
 
P
P
 
M
F
 
T
K
 
A
K
 
E
I
 
I
W
 
L
E
 
K
S
 
S
I
 
L
K
 
N
A
 
D
F
 
Y
R
 
K
A
 
H
E
 
Q

Q5SK82 Lactate-binding periplasmic protein TTHA0766; ABC transporter, solute-binding protein; Extracytoplasmic solute receptor protein TTHA0766; TRAP transporter lactate-binding subunit P from Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (see paper)
32% identity, 64% coverage: 1:235/368 of query aligns to 4:234/361 of Q5SK82

query
sites
Q5SK82
M
x
V
D
x
S
R
|
R
R
|
R
S
x
A
F
|
F
I
x
L
K
x
R
H
x
R
A
x
L
S
 
-
I
 
-
G
 
-
G
|
G
L
x
V
G
|
G
A
x
V
A
|
A
A
|
A
A
x
T
S
x
A
A
|
A
L
x
F
A
x
S
A
x
P
P
x
L
A
|
A
I
x
V
A
|
A
Q
|
Q
T
x
A
N
x
R
P
 
-
K
x
R
V
x
Y
T
x
R
W
|
W
R
|
R
L
x
I
T
x
Q
S
x
T
S
x
A
F
x
W
P
x
D
K
x
A
S
x
G
L
 
-
D
x
T
T
x
V
I
x
G
Y
|
Y
G
x
S
G
x
L
A
x
F
E
x
Q
V
x
K
L
x
F
S
x
T
K
x
E
Y
x
R
V
|
V
S
x
K
E
|
E
A
x
L
T
|
T
D
|
D
G
|
G
N
x
Q
F
x
L
Q
x
E
I
x
V
Q
|
Q
V
x
P
F
|
F
A
x
P
A
|
A
G
|
G
E
x
A
I
x
V
V
|
V
P
x
G
G
x
T
L
x
F
Q
x
D
A
x
M
A
x
F
D
|
D
A
|
A
A
x
V
A
x
K
A
x
T
G
|
G
T
x
V
V
x
L
E
x
D
A
x
G
C
x
M
H
x
N
T
x
P
V
x
F
A
x
T
Y
x
L
Y
|
Y
Y
x
W
W
x
A
G
|
G
K
x
R
D
x
M
P
|
P
T
x
V
W
x
T
A
|
A
L
x
F
G
x
L
A
x
S
A
x
S
V
x
Y
P
x
A
F
x
L
A
x
G
L
|
L
N
x
D
A
x
R
R
x
P
G
x
D
M
x
Q
-
x
W
N
x
E
A
x
T
W
|
W
H
x
F
Y
|
Y
H
x
S
G
x
L
G
|
G
G
|
G
I
x
L
D
|
D
L
x
I
F
x
A
N
x
R
E
x
R
F
x
A
L
x
F
G
x
A
T
x
E
Q
|
Q
G
|
G
L
|
L
-
x
F
-
x
Y
V
|
V
G
|
G
Y
x
P
P
x
V
G
x
Q
G
x
H
N
x
D
T
x
L
G
x
N
V
x
I
Q
x
I
M
x
H
G
x
S
G
 
-
W
 
-
F
 
-
R
x
K
K
|
K
E
x
P
I
|
I
K
x
R
T
x
R
V
x
F
A
x
E
D
|
D
M
x
F
K
|
K
G
|
G
L
x
V
K
|
K
M
x
L
R
|
R
V
|
V
-
x
P
G
|
G
G
|
G
F
x
M
A
x
I
G
x
A
K
x
E
V
|
V
M
x
F
E
x
A
R
x
A
L
x
A
G
|
G
V
x
A
V
x
S
P
x
T
Q
x
V
Q
x
L
L
|
L
A
x
P
G
|
G
G
|
G
D
x
E
I
x
V
Y
|
Y
P
|
P
A
|
A
L
|
L
E
|
E
K
x
R
G
|
G
T
x
V
I
|
I
D
|
D
A
|
A
A
|
A
E
x
D
W
x
F
V
|
V
G
|
G
P
|
P
Y
x
A
D
x
V
D
x
N
E
x
Y
K
x
N
L
|
L
G
|
G
F
|
F
Y
x
H
K
x
Q
V
|
V
A
|
A
P
x
K
Y
|
Y

Sites not aligning to the query:

2zzwA Crystal structure of a periplasmic substrate binding protein in complex with zinc and lactate (see paper)
33% identity, 50% coverage: 51:235/368 of query aligns to 18:203/330 of 2zzwA

query
sites
2zzwA
Y
 
Y
G
 
S
G
 
L
A
 
F
E
 
Q
V
 
K
L
 
F
S
 
T
K
 
E
Y
 
R
V
 
V
S
 
K
E
 
E
A
 
L
T
 
T
D
 
D
G
 
G
N
 
Q
F
 
L
Q
 
E
I
 
V
Q
 
Q
V
 
P
F
 
F
A
 
P
A
 
A
G
 
G
E
 
A
I
 
V
V
 
V
P
 
G
G
 
T
L
 
F
Q
 
D
A
 
M
A
 
F
D
 
D
A
 
A
A
 
V
A
 
K
A
 
T
G
 
G
T
 
V
V
 
L
E
 
D
A
 
G
C
 
M
H
 
N
T
 
P
V
 
F
A
 
T
Y
 
L
Y
 
Y
Y
 
W
W
 
A
G
 
G
K
 
R
D
 
M
P
 
P
T
 
V
W
 
T
A
 
A
L
 
F
G
 
L
A
 
S
A
 
S
V
 
Y
P
 
A
F
 
L
A
 
G
L
 
L
N
 
D
A
 
R
R
 
P
G
 
D
M
 
Q
-
 
W
N
 
E
A
 
T
W
 
W
H
 
F
Y
 
Y
H
 
S
G
 
L
G
 
G
G
 
G
I
 
L
D
 
D
L
 
I
F
 
A
N
 
R
E
 
R
F
 
A
L
 
F
G
 
A
T
 
E
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
-
 
F
-
 
Y
V
 
V
G
 
G
Y
 
P
P
 
V
G
 
Q
G
 
H
N
 
D
T
 
L
G
x
N
V
 
I
Q
 
I
M
 
H
G
 
S
G
 
-
W
 
-
F
 
-
R
 
K
K
 
K
E
 
P
I
 
I
K
 
R
T
 
R
V
 
F
A
 
E
D
 
D
M
 
F
K
 
K
G
 
G
L
 
V
K
 
K
M
 
L
R
 
R
V
 
V
-
 
P
G
 
G
G
 
G
F
 
M
A
 
I
G
 
A
K
 
E
V
 
V
M
 
F
E
 
A
R
 
A
L
 
A
G
 
G
V
 
A
V
 
S
P
 
T
Q
 
V
Q
 
L
L
 
L
A
 
P
G
 
G
G
 
G
D
 
E
I
 
V
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
L
 
L
E
 
E
K
 
R
G
 
G
T
 
V
I
 
I
D
 
D
A
 
A
A
 
A
E
x
D
W
x
F
V
 
V
G
 
G
P
 
P
Y
 
A
D
 
V
D
 
N
E
 
Y
K
 
N
L
 
L
G
 
G
F
 
F
Y
 
H
K
 
Q
V
 
V
A
 
A
P
 
K
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

2zzvA Crystal structure of a periplasmic substrate binding protein in complex with calcium and lactate (see paper)
33% identity, 50% coverage: 51:235/368 of query aligns to 18:203/330 of 2zzvA

query
sites
2zzvA
Y
 
Y
G
 
S
G
 
L
A
 
F
E
 
Q
V
 
K
L
 
F
S
 
T
K
 
E
Y
 
R
V
 
V
S
 
K
E
 
E
A
 
L
T
 
T
D
 
D
G
 
G
N
 
Q
F
 
L
Q
 
E
I
 
V
Q
 
Q
V
 
P
F
 
F
A
 
P
A
 
A
G
 
G
E
 
A
I
 
V
V
 
V
P
 
G
G
 
T
L
 
F
Q
 
D
A
 
M
A
 
F
D
 
D
A
 
A
A
 
V
A
 
K
A
 
T
G
 
G
T
 
V
V
 
L
E
 
D
A
 
G
C
 
M
H
 
N
T
 
P
V
 
F
A
 
T
Y
 
L
Y
 
Y
Y
 
W
W
 
A
G
 
G
K
 
R
D
 
M
P
 
P
T
 
V
W
 
T
A
 
A
L
 
F
G
 
L
A
 
S
A
 
S
V
 
Y
P
 
A
F
 
L
A
 
G
L
 
L
N
 
D
A
 
R
R
 
P
G
 
D
M
 
Q
-
 
W
N
 
E
A
 
T
W
 
W
H
 
F
Y
 
Y
H
 
S
G
 
L
G
 
G
G
 
G
I
 
L
D
 
D
L
 
I
F
 
A
N
 
R
E
 
R
F
 
A
L
 
F
G
 
A
T
 
E
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
-
 
F
-
 
Y
V
 
V
G
 
G
Y
 
P
P
 
V
G
 
Q
G
 
H
N
 
D
T
 
L
G
x
N
V
 
I
Q
 
I
M
 
H
G
 
S
G
 
-
W
 
-
F
 
-
R
 
K
K
 
K
E
 
P
I
 
I
K
 
R
T
 
R
V
 
F
A
 
E
D
 
D
M
 
F
K
 
K
G
 
G
L
 
V
K
 
K
M
 
L
R
 
R
V
 
V
-
 
P
G
 
G
G
 
G
F
 
M
A
 
I
G
 
A
K
 
E
V
 
V
M
 
F
E
 
A
R
 
A
L
 
A
G
 
G
V
 
A
V
 
S
P
 
T
Q
 
V
Q
 
L
L
 
L
A
 
P
G
 
G
G
 
G
D
 
E
I
 
V
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
L
 
L
E
 
E
K
 
R
G
 
G
T
 
V
I
 
I
D
 
D
A
 
A
A
 
A
E
x
D
W
x
F
V
 
V
G
 
G
P
 
P
Y
 
A
D
 
V
D
 
N
E
 
Y
K
 
N
L
 
L
G
 
G
F
 
F
Y
 
H
K
 
Q
V
 
V
A
 
A
P
 
K
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

4pe3A Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from rhodobacter sphaeroides (rsph17029_3620, target efi-510199), apo open structure (see paper)
30% identity, 67% coverage: 56:302/368 of query aligns to 21:266/315 of 4pe3A

query
sites
4pe3A
V
 
V
L
 
F
S
 
A
K
 
D
Y
 
K
V
 
V
S
 
K
E
 
E
A
 
L
T
 
T
D
 
N
G
 
G
N
 
E
F
 
V
Q
 
T
I
 
I
Q
 
E
V
 
L
F
 
M
A
 
P
A
 
V
G
 
G
E
 
T
I
 
I
V
 
V
P
 
D
G
 
Y
L
 
K
Q
 
E
A
 
T
A
 
P
D
 
D
A
 
A
A
 
I
A
 
Q
A
 
A
G
 
G
T
 
L
V
 
I
E
 
D
A
 
G
C
 
H
H
 
I
T
 
T
V
 
D
A
 
T
Y
 
S
Y
 
Y
Y
 
F
W
 
A
G
 
G
K
 
R
D
 
D
P
 
P
T
 
A
W
 
F
A
 
G
L
 
L
G
 
I
A
 
A
A
 
N
V
 
P
P
 
V
F
 
G
A
 
A
-
 
W
L
 
A
N
 
D
A
 
P
R
 
A
G
 
Q
M
 
M
N
 
I
A
 
D
W
 
F
H
 
V
Y
 
E
H
 
N
G
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
K
D
 
E
L
 
L
F
 
M
N
 
N
E
 
E
F
 
L
L
 
I
G
 
N
T
 
P
Q
 
Y
G
 
G
L
 
L
-
 
Q
-
 
F
-
 
I
-
 
G
V
 
V
G
 
S
Y
 
T
P
 
P
G
 
G
G
 
L
N
x
E
T
 
A
G
 
F
V
 
V
Q
 
S
M
 
-
G
 
-
G
 
-
W
 
-
F
 
-
R
 
K
K
 
V
E
 
P
I
 
L
K
 
D
T
 
T
V
 
V
A
 
E
D
 
D
M
 
L
K
 
K
G
 
G
L
 
V
K
 
K
M
 
V
R
 
R
V
 
S
-
 
P
G
 
E
G
 
G
F
 
L
A
 
I
G
 
A
K
 
N
V
 
V
M
 
F
E
 
A
R
 
A
L
 
A
G
 
G
V
 
A
V
 
N
P
 
P
Q
 
V
Q
 
N
L
 
L
A
 
P
G
 
S
G
 
S
D
 
E
I
 
V
Y
 
Y
P
 
T
A
 
S
L
 
L
E
 
D
K
 
K
G
 
G
T
 
V
I
 
I
D
 
D
A
 
A
A
 
A
E
x
D
W
x
Y
V
 
S
G
 
V
P
 
F
Y
 
S
D
 
V
D
 
N
E
 
Q
K
 
D
L
 
T
G
 
G
F
 
M
Y
 
N
K
 
D
V
 
I
A
 
A
P
 
P
Y
 
H
Y
 
P
Y
 
V
Y
 
Y
P
 
P
G
 
G
W
 
-
W
 
F
E
 
H
G
 
S
G
 
L
P
 
P
T
 
L
V
 
V
H
 
E
A
 
V
M
 
S
F
 
M
N
 
N
K
 
K
A
 
Q
A
 
K
F
 
W
D
 
D
G
 
A
L
 
L
P
 
T
K
 
P
A
 
E
Y
 
L
Q
 
Q
S
 
A
L
 
K
L
 
I
R
 
T
T
 
E
A
 
A
-
 
Q
-
 
K
-
 
I
C
 
F
Q
 
Q
A
 
Q
T
 
T
D
 
Q
A
 
I
N
 
D
M
 
T
L
 
L
Q
 
H
K
 
Q
Y
 
R
D
 
D
Y
 
L
L
 
E
N
 
A
P
 
V
S
 
E
A
 
A
I
 
A
K
 
K
R
 
-
L
 
-
V
 
-
A
 
-
A
 
A
G
 
G
A
 
G
K
 
K
L
 
I
S
 
T

Sites not aligning to the query:

7e9yA Crystal structure of elacco1 (see paper)
32% identity, 45% coverage: 51:214/368 of query aligns to 18:182/563 of 7e9yA

query
sites
7e9yA
Y
 
Y
G
 
S
G
 
L
A
 
F
E
 
Q
V
 
K
L
 
F
S
 
T
K
 
E
Y
 
R
V
 
V
S
 
K
E
 
E
A
 
L
T
 
T
D
 
D
G
 
G
N
 
Q
F
 
L
Q
 
E
I
 
V
Q
 
Q
V
 
P
F
 
F
A
 
P
A
 
A
G
 
G
E
 
A
I
 
V
V
 
V
P
 
G
G
 
T
L
 
F
Q
 
D
A
 
M
A
 
F
D
 
D
A
 
A
A
 
V
A
 
K
A
 
T
G
 
G
T
 
V
V
 
L
E
 
D
A
 
G
C
 
M
H
 
N
T
 
P
V
 
F
A
 
T
Y
 
L
Y
 
Y
Y
 
W
W
 
A
G
 
G
K
 
R
D
 
M
P
 
P
T
 
V
W
 
T
A
 
A
L
 
F
G
 
L
A
 
S
A
 
S
V
 
Y
P
 
A
F
 
L
A
 
G
L
 
L
N
 
D
A
 
R
R
 
P
G
 
D
M
 
Q
-
 
W
N
 
E
A
 
T
W
 
W
H
 
F
Y
 
Y
H
 
S
G
 
L
G
 
G
G
 
G
I
 
L
D
 
D
L
 
N
F
 
A
N
 
R
E
 
R
F
 
A
L
 
F
G
 
A
T
 
E
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
V
 
F
G
 
-
Y
 
Y
P
 
V
G
 
G
G
 
P
N
 
V
T
 
Q
G
 
H
V
 
D
Q
 
L
M
x
N
G
 
T
G
 
I
W
 
H
F
 
S
R
 
R
K
 
K
E
 
P
I
 
I
K
 
R
T
 
R
V
 
F
A
 
E
D
 
D
M
 
F
K
 
K
G
 
G
L
 
V
K
 
K
M
 
L
R
 
R
V
 
V
-
x
P
G
 
G
G
 
G
F
 
M
A
 
I
G
 
A
K
 
E
V
 
V
M
 
F
E
 
A
R
 
A
L
 
A
G
 
G
V
 
A
V
 
S
P
 
T
Q
 
V
Q
 
L
L
 
L
A
 
P
G
 
G
G
 
G
D
 
E
I
 
V
Y
 
Y
P
 
P
A
 
A
L
 
L
E
 
E
K
 
R
G
 
G
T
 
V
I
 
I
D
 
D

Sites not aligning to the query:

4xf5A Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from chromohalobacter salexigens dsm 3043 (csal_0678), target efi-501078, with bound (s)-(+)-2-amino-1-propanol.
24% identity, 85% coverage: 33:343/368 of query aligns to 1:306/317 of 4xf5A

query
sites
4xf5A
P
 
P
K
 
T
V
 
I
T
 
K
W
 
W
R
 
R
L
 
M
T
 
Q
S
 
T
S
 
-
F
 
-
P
 
-
K
 
-
S
 
-
L
 
-
D
 
-
T
 
-
I
 
-
Y
|
Y
G
 
A
G
 
G
A
 
A
E
 
A
V
 
L
L
 
A
S
 
E
K
 
H
Y
 
V
V
 
A
S
 
K
E
 
P
A
 
A
T
 
I
D
 
D
-
 
L
-
 
F
-
 
N
-
 
R
-
 
I
-
 
A
-
 
G
G
 
D
N
 
R
F
 
M
Q
 
Q
I
 
I
Q
 
E
V
 
L
F
 
Y
A
 
S
A
 
A
G
 
D
E
 
Q
I
 
L
V
 
V
P
 
P
G
 
T
L
 
G
Q
 
E
A
 
L
A
 
F
D
 
R
A
 
A
A
 
M
A
 
Q
A
 
R
G
 
G
T
 
T
V
 
I
E
 
D
A
 
A
C
 
V
H
 
Q
T
 
S
V
 
D
A
 
D
Y
 
D
Y
 
S
Y
 
M
W
 
A
G
 
S
K
 
P
D
 
T
P
 
E
T
 
V
W
 
T
A
 
V
L
 
F
G
 
G
A
 
G
A
x
Y
V
 
F
P
 
P
F
 
F
A
 
G
L
 
C
N
 
R
A
 
-
R
 
-
G
 
-
M
 
-
N
 
-
A
 
-
W
 
-
H
 
-
Y
 
Y
H
 
S
G
 
L
G
 
D
G
 
V
I
 
P
D
 
V
L
 
L
F
 
F
N
 
N
E
 
Q
F
 
Y
L
 
-
G
 
G
T
 
L
Q
 
K
G
 
E
L
 
I
V
 
W
G
 
E
Y
 
E
P
 
E
G
 
Y
G
 
A
N
 
K
T
 
V
G
 
G
V
 
V
Q
 
K
M
 
H
-
 
V
-
 
S
-
 
A
G
 
G
G
 
A
W
|
W
-
x
D
-
 
P
-
 
C
-
 
H
-
 
F
-
 
A
F
 
T
R
 
K
K
 
E
E
 
P
I
 
I
K
 
R
T
 
S
V
 
L
A
 
K
D
 
D
M
 
L
K
 
E
G
 
G
L
 
K
K
 
R
M
 
V
R
 
F
V
 
T
G
x
F
G
 
P
F
 
T
A
 
A
G
 
G
K
 
R
V
 
F
M
 
L
E
 
S
R
 
R
L
 
F
G
 
G
V
 
V
V
 
V
P
 
P
Q
 
V
Q
 
T
L
 
L
A
 
P
G
 
W
G
 
E
D
 
D
I
 
I
Y
 
E
P
 
V
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
K
 
T
G
 
G
T
 
E
I
 
L
D
 
D
A
 
G
A
 
I
E
 
A
W
|
W
V
x
S
G
 
G
P
 
I
Y
 
T
D
x
E
D
 
D
E
 
Y
K
 
T
L
 
V
G
 
G
F
 
W
Y
 
A
K
 
N
V
 
V
A
 
T
P
 
N
Y
 
Y
Y
 
F
Y
 
L
-
 
T
-
 
N
-
 
N
Y
 
I
P
 
S
G
 
G
W
 
A
W
|
W
E
 
I
G
 
G
G
 
-
P
 
-
T
 
-
V
 
-
H
 
H
A
 
F
M
 
F
F
 
V
N
 
N
K
 
M
A
 
E
A
 
R
F
 
W
D
 
E
G
 
E
L
 
L
P
 
P
K
 
E
A
 
D
Y
 
L
Q
 
R
S
 
L
L
 
L
L
 
F
R
 
E
T
 
V
A
 
C
C
 
C
Q
 
E
A
 
Q
T
 
S
D
 
H
A
 
Y
N
 
H
M
 
-
L
 
-
Q
 
R
K
 
Q
Y
 
Y
D
 
W
Y
 
Y
L
 
W
N
 
G
P
 
G
S
 
E
A
 
A
I
 
-
K
 
-
R
 
R
L
 
L
V
 
R
A
 
V
A
 
H
G
 
G
A
 
D
K
 
K
L
 
L
S
 
E
P
 
L
F
 
T
S
 
S
P
 
-
E
 
-
I
 
I
L
 
P
S
 
D
A
 
A
C
 
E
F
 
W
D
 
D
E
 
Q
-
 
V
-
 
E
-
 
T
-
 
A
S
 
A
N
 
Q
K
 
E
V
 
F
Y
 
W
A
 
D
E
 
E
M
 
I
E
 
A
A
 
A
S
 
Q
N
 
S
A
 
E
P
 
T
F
 
K
K
 
A
K
 
K
I
 
V
W
 
V
E
 
E
S
 
I
I
 
F
K
 
K
A
 
Q
F
 
Y
R
 
N
A
 
A
E
 
D

4uabA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from chromohalobacter salexigens dsm 3043 (csal_0678), target efi-501078, with bound ethanolamine (see paper)
23% identity, 84% coverage: 35:343/368 of query aligns to 2:305/315 of 4uabA

query
sites
4uabA
V
 
I
T
 
K
W
 
W
R
 
R
L
 
M
T
 
Q
S
 
T
S
 
-
F
 
-
P
 
-
K
 
-
S
 
-
L
 
-
D
 
-
T
 
-
I
 
-
Y
|
Y
G
 
A
G
 
G
A
 
A
E
 
A
V
 
L
L
 
A
S
 
E
K
 
H
Y
 
V
V
 
A
S
 
K
E
 
P
A
 
A
T
 
I
D
 
D
-
 
L
-
 
F
-
 
N
-
 
R
-
 
I
-
 
A
-
 
G
G
 
D
N
 
R
F
 
M
Q
 
Q
I
 
I
Q
 
E
V
 
L
F
 
Y
A
 
S
A
 
A
G
 
D
E
 
Q
I
 
L
V
 
V
P
 
P
G
 
T
L
 
G
Q
 
E
A
 
L
A
 
F
D
 
R
A
 
A
A
 
M
A
 
Q
A
 
R
G
 
G
T
 
T
V
 
I
E
 
D
A
 
A
C
 
V
H
 
Q
T
 
S
V
 
D
A
 
D
Y
 
D
Y
 
S
Y
 
M
W
 
A
G
 
S
K
 
P
D
 
T
P
 
E
T
 
V
W
 
T
A
 
V
L
 
F
G
 
G
A
 
G
A
 
Y
V
 
F
P
 
P
F
 
F
A
 
G
L
 
C
N
 
R
A
 
-
R
 
-
G
 
-
M
 
-
N
 
-
A
 
-
W
 
-
H
 
-
Y
 
Y
H
 
S
G
 
L
G
 
D
G
 
V
I
 
P
D
 
V
L
 
L
F
 
F
N
 
N
E
 
Q
F
 
Y
L
 
-
G
 
G
T
 
L
Q
 
K
G
 
E
L
 
I
V
 
W
G
 
E
Y
 
E
P
 
E
G
 
Y
G
 
A
N
 
K
T
 
V
G
 
G
V
 
V
Q
 
K
M
 
H
-
 
V
-
 
S
-
 
A
G
 
G
G
 
A
W
|
W
-
x
D
-
 
P
-
 
C
-
 
H
-
 
F
-
 
A
F
 
T
R
 
K
K
 
E
E
 
P
I
 
I
K
 
R
T
 
S
V
 
L
A
 
K
D
 
D
M
 
L
K
 
E
G
 
G
L
 
K
K
 
R
M
 
V
R
 
F
V
 
T
G
 
F
G
 
P
F
 
T
A
 
A
G
 
G
K
 
R
V
 
F
M
 
L
E
 
S
R
 
R
L
 
F
G
 
G
V
 
V
V
 
V
P
 
P
Q
 
V
Q
 
T
L
 
L
A
 
P
G
 
W
G
 
E
D
 
D
I
 
I
Y
 
E
P
 
V
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
K
 
T
G
 
G
T
 
E
I
 
L
D
 
D
A
 
G
A
 
I
E
 
A
W
|
W
V
 
S
G
 
G
P
 
I
Y
 
T
D
x
E
D
 
D
E
 
Y
K
 
T
L
 
V
G
 
G
F
 
W
Y
 
A
K
 
N
V
 
V
A
 
T
P
 
N
Y
 
Y
Y
 
F
Y
 
L
-
 
T
-
 
N
-
 
N
Y
 
I
P
 
S
G
 
G
W
 
A
W
|
W
E
 
I
G
 
G
G
 
-
P
 
-
T
 
-
V
 
-
H
 
H
A
 
F
M
 
F
F
 
V
N
 
N
K
 
M
A
 
E
A
 
R
F
 
W
D
 
E
G
 
E
L
 
L
P
 
P
K
 
E
A
 
D
Y
 
L
Q
 
R
S
 
L
L
 
L
L
 
F
R
 
E
T
 
V
A
 
C
C
 
C
Q
 
E
A
 
Q
T
 
S
D
 
H
A
 
Y
N
 
H
M
 
-
L
 
-
Q
 
R
K
 
Q
Y
 
Y
D
 
W
Y
 
Y
L
 
W
N
 
G
P
 
G
S
 
E
A
 
A
I
 
-
K
 
-
R
 
R
L
 
L
V
 
R
A
 
V
A
 
H
G
 
G
A
 
D
K
 
K
L
 
L
S
 
E
P
 
L
F
 
T
S
 
S
P
 
-
E
 
-
I
 
I
L
 
P
S
 
D
A
 
A
C
 
E
F
 
W
D
 
D
E
 
Q
-
 
V
-
 
E
-
 
T
-
 
A
S
 
A
N
 
Q
K
 
E
V
 
F
Y
 
W
A
 
D
E
 
E
M
 
I
E
 
A
A
 
A
S
 
Q
N
 
S
A
 
E
P
 
T
F
 
K
K
 
A
K
 
K
I
 
V
W
 
V
E
 
E
S
 
I
I
 
F
K
 
K
A
 
Q
F
 
Y
R
 
N
A
 
A
E
 
D

Q128M1 Solute-binding protein Bpro_3107 from Polaromonas sp. (strain JS666 / ATCC BAA-500) (see paper)
32% identity, 44% coverage: 141:301/368 of query aligns to 139:294/330 of Q128M1

query
sites
Q128M1
E
 
E
F
 
S
L
 
A
G
 
G
T
 
F
Q
 
I
G
 
G
L
 
L
V
 
A
G
 
F
Y
 
Y
P
 
D
G
 
S
G
 
G
N
 
A
T
x
R
G
 
S
V
 
I
Q
 
-
M
 
-
G
 
-
G
 
-
W
 
Y
F
 
A
R
 
K
K
 
K
E
 
P
I
 
I
K
 
R
T
 
T
V
 
V
A
 
A
D
 
D
M
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
M
 
I
R
|
R
V
|
V
-
x
Q
-
 
Q
G
 
S
G
 
D
F
 
L
A
 
W
G
 
V
K
 
A
V
 
L
M
 
V
E
 
S
R
 
A
L
 
M
G
 
G
V
 
A
V
 
N
P
 
A
Q
 
T
Q
 
P
L
 
M
A
 
P
G
x
Y
G
 
G
D
 
E
I
 
V
Y
 
Y
P
 
T
A
 
G
L
 
L
E
 
K
K
 
T
G
 
G
T
 
L
I
 
I
D
 
D
A
 
A
A
 
A
E
 
E
W
x
N
V
 
N
G
 
I
P
 
P
-
x
S
Y
 
F
D
 
D
D
 
T
E
 
A
K
 
K
L
 
-
G
 
-
F
 
-
Y
 
H
K
 
V
V
 
E
A
 
A
P
 
V
Y
 
K
Y
 
V
Y
 
Y
Y
 
S
P
 
K
G
 
T
W
 
E
W
 
H
E
 
S
G
 
M
G
 
A
P
 
P
T
x
E
V
 
I
H
 
L
A
 
V
M
 
M
F
 
-
N
 
S
K
 
K
A
 
I
A
 
I
F
 
Y
D
 
D
G
 
K
L
 
L
P
 
P
K
 
K
A
 
A
Y
 
E
Q
 
Q
S
 
D
L
 
M
L
 
I
R
 
R
T
 
A
A
 
A
C
 
A
Q
 
K
A
 
E
T
 
S
D
 
V
A
 
A
N
 
F
M
 
E
L
 
R
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
W
D
 
D
Y
 
E
L
 
Q
N
 
E
P
 
A
S
 
K
A
 
S
I
 
L
K
 
A
R
 
N
L
 
V
V
 
K
A
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
A
K
 
E
L
 
I

Sites not aligning to the query:

4mijA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from polaromonas sp. Js666 (bpro_3107), target efi-510173, with bound alpha/beta d-galacturonate, space group p21 (see paper)
32% identity, 44% coverage: 141:301/368 of query aligns to 109:264/302 of 4mijA

query
sites
4mijA
E
 
E
F
 
S
L
 
A
G
 
G
T
 
F
Q
 
I
G
 
G
L
 
L
V
 
A
G
 
F
Y
 
Y
P
 
D
G
 
S
G
 
G
N
 
A
T
x
R
G
 
S
V
 
I
Q
 
-
M
 
-
G
 
-
G
 
-
W
 
Y
F
 
A
R
 
K
K
 
K
E
 
P
I
 
I
K
 
R
T
 
T
V
 
V
A
 
A
D
 
D
M
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
M
 
I
R
|
R
V
 
V
-
x
Q
-
 
Q
G
 
S
G
 
D
F
 
L
A
 
W
G
 
V
K
 
A
V
 
L
M
 
V
E
 
S
R
 
A
L
 
M
G
 
G
V
 
A
V
 
N
P
 
A
Q
 
T
Q
 
P
L
 
M
A
 
P
G
x
Y
G
 
G
D
 
E
I
 
V
Y
 
Y
P
 
T
A
 
G
L
 
L
E
 
K
K
 
T
G
 
G
T
 
L
I
 
I
D
 
D
A
 
A
A
 
A
E
 
E
W
x
N
V
 
N
G
 
I
P
 
P
-
x
S
Y
 
F
D
 
D
D
 
T
E
 
A
K
 
K
L
 
-
G
 
-
F
 
-
Y
 
H
K
 
V
V
 
E
A
 
A
P
 
V
Y
 
K
Y
 
V
Y
 
Y
Y
 
S
P
 
K
G
 
T
W
 
E
W
 
H
E
 
S
G
 
M
G
 
A
P
 
P
T
x
E
V
 
I
H
 
L
A
 
V
M
 
M
F
 
-
N
 
S
K
 
K
A
 
I
A
 
I
F
 
Y
D
 
D
G
 
K
L
 
L
P
 
P
K
 
K
A
 
A
Y
 
E
Q
 
Q
S
 
D
L
 
M
L
 
I
R
 
R
T
 
A
A
 
A
C
 
A
Q
 
K
A
 
E
T
 
S
D
 
V
A
 
A
N
 
F
M
 
E
L
 
R
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
W
D
 
D
Y
 
E
L
 
Q
N
 
E
P
 
A
S
 
K
A
 
S
I
 
L
K
 
A
R
 
N
L
 
V
V
 
K
A
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
A
K
 
E
L
 
I

Sites not aligning to the query:

4mhfA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from polaromonas sp. Js666 (bpro_3107), target efi-510173, with bound alpha/beta d-glucuronate, space group p21 (see paper)
32% identity, 44% coverage: 141:301/368 of query aligns to 109:264/301 of 4mhfA

query
sites
4mhfA
E
 
E
F
 
S
L
 
A
G
 
G
T
 
F
Q
 
I
G
 
G
L
 
L
V
 
A
G
 
F
Y
 
Y
P
 
D
G
 
S
G
 
G
N
 
A
T
x
R
G
 
S
V
 
I
Q
 
-
M
 
-
G
 
-
G
 
-
W
 
Y
F
 
A
R
 
K
K
 
K
E
 
P
I
 
I
K
 
R
T
 
T
V
 
V
A
 
A
D
 
D
M
 
A
K
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
M
 
I
R
|
R
V
 
V
-
x
Q
-
 
Q
G
 
S
G
 
D
F
 
L
A
 
W
G
 
V
K
 
A
V
 
L
M
 
V
E
 
S
R
 
A
L
 
M
G
 
G
V
 
A
V
 
N
P
 
A
Q
 
T
Q
 
P
L
 
M
A
 
P
G
x
Y
G
 
G
D
 
E
I
 
V
Y
 
Y
P
 
T
A
 
G
L
 
L
E
 
K
K
 
T
G
 
G
T
 
L
I
 
I
D
 
D
A
 
A
A
 
A
E
 
E
W
x
N
V
 
N
G
 
I
P
 
P
-
x
S
Y
 
F
D
 
D
D
 
T
E
 
A
K
 
K
L
 
-
G
 
-
F
 
-
Y
 
H
K
 
V
V
 
E
A
 
A
P
 
V
Y
 
K
Y
 
V
Y
 
Y
Y
 
S
P
 
K
G
 
T
W
 
E
W
 
H
E
 
S
G
 
M
G
 
A
P
 
P
T
x
E
V
 
I
H
 
L
A
 
V
M
 
M
F
 
-
N
 
S
K
 
K
A
 
I
A
 
I
F
 
Y
D
 
D
G
 
K
L
 
L
P
 
P
K
 
K
A
 
A
Y
 
E
Q
 
Q
S
 
D
L
 
M
L
 
I
R
 
R
T
 
A
A
 
A
C
 
A
Q
 
K
A
 
E
T
 
S
D
 
V
A
 
A
N
 
F
M
 
E
L
 
R
Q
 
Q
K
 
K
Y
 
W
D
 
D
Y
 
E
L
 
Q
N
 
E
P
 
A
S
 
K
A
 
S
I
 
L
K
 
A
R
 
N
L
 
V
V
 
K
A
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
A
K
 
E
L
 
I

Sites not aligning to the query:

4pdhA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from polaromonas sp js666 (bpro_1871, target efi-510164) bound to d- erythronate (see paper)
24% identity, 61% coverage: 55:278/368 of query aligns to 21:243/301 of 4pdhA

query
sites
4pdhA
E
 
D
V
 
T
L
 
F
S
 
A
K
 
K
Y
 
E
V
 
V
S
 
E
E
 
K
A
 
R
T
 
T
D
 
G
G
 
G
N
 
R
F
 
Y
Q
 
K
I
 
V
Q
 
Q
V
 
T
F
 
F
A
 
Y
A
 
S
G
 
G
E
 
A
I
 
L
V
 
G
P
 
G
G
x
E
L
 
R
Q
 
E
A
 
S
A
 
I
D
 
E
A
 
A
A
 
V
A
 
Q
A
 
L
G
 
G
T
 
T
V
 
Q
E
 
E
A
 
-
C
 
-
H
 
-
T
 
-
V
 
L
A
 
A
Y
 
F
Y
 
S
Y
 
S
W
 
T
G
 
G
K
 
P
D
 
V
P
 
P
T
 
N
W
 
F
A
 
V
L
 
P
G
 
E
A
 
T
A
 
K
-
 
I
-
 
L
-
 
D
V
 
V
P
 
P
F
 
F
A
 
L
L
 
F
N
 
R
A
 
D
R
 
K
G
 
A
M
 
H
N
 
A
A
 
R
W
 
A
H
 
V
Y
 
L
H
 
D
G
 
G
G
 
P
-
 
I
G
 
G
I
 
Q
D
 
D
L
 
L
F
 
L
N
 
G
E
 
K
F
 
F
L
 
-
G
 
D
T
 
A
Q
 
K
G
 
G
L
 
F
V
 
K
G
 
A
Y
 
L
P
 
A
G
 
W
G
 
G
N
 
E
T
x
N
G
 
G
V
 
F
Q
x
R
M
 
H
G
 
M
G
 
T
W
 
N
F
 
S
R
 
K
K
 
R
E
 
D
I
 
V
K
 
K
T
 
G
V
 
P
A
 
E
D
 
D
M
 
L
K
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
M
 
M
R
|
R
-
 
T
-
x
M
-
 
E
-
 
N
-
 
P
-
 
V
-
 
H
V
 
I
G
 
A
G
 
A
F
 
Y
A
 
K
G
 
G
K
 
-
V
 
-
M
 
-
E
 
-
R
 
-
L
 
F
G
 
G
V
 
I
V
 
I
P
 
T
Q
 
T
Q
 
P
L
 
M
A
 
A
G
x
F
G
 
P
D
 
E
I
 
V
Y
 
F
P
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
K
 
Q
G
 
G
T
 
T
I
 
V
D
 
D
A
 
G
A
 
Q
E
 
E
-
x
N
-
 
P
-
 
L
-
 
S
-
 
V
W
 
I
V
 
I
G
 
A
P
 
S
Y
 
K
D
 
F
D
 
D
E
 
Q
K
 
V
L
 
Q
G
 
K
F
 
H
Y
 
L
K
 
S
V
 
L
A
 
T
P
 
G
Y
 
H
Y
 
V
Y
 
Y
Y
 
S
P
 
P
G
 
C
W
 
I
W
 
W
E
 
-
G
 
-
G
 
-
P
 
-
T
 
-
V
 
-
H
 
-
A
 
-
M
 
V
F
 
M
N
 
N
K
 
K
A
 
A
A
 
V
F
 
F
D
 
D
G
 
K
L
 
L
P
 
S
K
 
A
A
 
A
-
 
D
Y
 
K
Q
 
Q
S
 
A
L
 
F
L
 
L
R
 
D
T
 
A
A
 
A
C
 
K
Q
 
E
A
 
G
T
 
T
D
 
K
A
 
A
N
 
N

Sites not aligning to the query:

4n8yA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from bradyrhizobium sp. Btai1 b (bbta_0128), target efi-510056 (bbta_0128), complex with alpha/beta-d-galacturonate (see paper)
30% identity, 42% coverage: 147:301/368 of query aligns to 111:264/300 of 4n8yA

query
sites
4n8yA
G
 
G
L
 
L
V
 
V
G
 
G
Y
 
L
P
 
A
G
 
Y
G
 
Y
N
 
D
T
 
S
G
 
G
V
 
A
Q
x
R
M
 
S
G
 
I
G
 
Y
W
 
T
F
 
V
R
 
K
K
 
A
E
 
P
I
 
V
K
 
K
T
 
S
V
 
L
A
 
A
D
 
D
M
 
L
K
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
M
 
I
R
|
R
V
 
V
-
x
Q
-
 
Q
G
 
S
G
 
D
F
 
L
A
 
W
G
 
V
K
 
G
V
 
M
M
 
I
E
 
Q
R
 
S
L
 
L
G
 
G
V
 
A
V
 
N
P
 
P
Q
 
T
Q
 
P
L
 
M
A
 
P
G
x
Y
G
 
G
D
 
E
I
 
V
Y
 
Y
P
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
K
K
 
T
G
 
G
T
 
L
I
 
V
D
 
D
A
 
A
A
 
A
E
 
E
W
x
N
V
 
N
G
 
W
P
 
P
Y
x
S
D
 
Y
D
 
E
E
 
S
K
 
S
L
 
R
G
 
H
F
 
F
Y
 
E
K
 
-
V
 
-
A
 
A
P
 
A
Y
 
K
Y
 
F
Y
 
Y
Y
 
N
P
 
I
G
 
T
W
 
E
W
 
H
E
 
S
G
 
L
G
 
A
P
 
P
T
x
E
V
 
V
H
 
L
A
 
V
M
 
M
F
 
-
N
 
S
K
 
K
A
 
K
A
 
V
F
 
W
D
 
D
G
 
T
L
 
L
P
 
S
K
 
K
A
 
E
Y
 
D
Q
 
Q
S
 
A
L
 
L
L
 
V
R
 
R
T
 
K
A
 
A
C
 
A
Q
 
K
A
 
D
T
 
S
D
 
V
A
 
P
N
 
V
M
 
M
L
 
R
Q
 
K
K
 
L
Y
 
W
D
 
D
Y
 
E
L
 
R
N
 
E
P
 
Q
S
 
A
A
 
S
I
 
R
K
 
K
R
 
A
L
 
V
V
 
E
A
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
V
K
 
Q
L
 
V

Sites not aligning to the query:

4p9kA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from verminephrobacter eiseniae ef01-2 (veis_3954, target efi-510324) a nephridial symbiont of the earthworm eisenia foetida, bound to d- erythronate with residual density suggestive of superposition with copurified alternative ligand. (see paper)
23% identity, 57% coverage: 55:265/368 of query aligns to 23:231/303 of 4p9kA

query
sites
4p9kA
E
 
D
V
 
T
L
 
F
S
 
A
K
 
K
Y
 
E
V
 
V
S
 
E
E
 
K
A
 
R
T
 
T
D
 
G
G
 
G
N
 
R
F
 
Y
Q
 
K
I
 
V
Q
 
Q
V
 
T
F
 
F
A
 
Y
A
 
N
G
 
A
E
 
A
I
 
L
V
 
G
P
 
A
G
x
E
L
 
R
Q
 
E
A
 
S
A
 
V
D
 
E
A
 
A
A
 
V
A
 
Q
A
 
L
G
 
G
T
 
T
V
 
-
E
 
-
A
 
-
C
 
-
H
 
H
T
 
E
V
 
L
A
 
T
Y
 
F
Y
 
S
Y
 
S
W
 
S
G
 
G
K
 
P
D
 
I
P
 
P
T
 
N
W
 
F
A
 
V
L
 
P
G
 
E
A
 
T
A
 
K
-
 
I
-
 
L
-
 
D
V
 
V
P
 
P
F
 
F
A
 
L
L
 
F
N
 
R
A
 
D
R
 
K
G
 
A
M
 
H
N
 
A
A
 
R
W
 
A
H
 
V
Y
 
L
H
 
D
G
 
G
G
 
P
-
 
I
G
 
G
I
 
Q
D
 
E
L
 
L
F
 
L
N
 
T
E
 
R
F
 
F
L
 
D
G
 
G
T
 
-
Q
 
K
G
 
G
L
 
F
V
 
K
G
 
A
Y
 
L
P
 
A
G
 
W
G
 
A
N
 
E
T
x
N
G
 
G
V
 
F
Q
x
R
M
 
H
G
 
M
G
 
S
W
 
N
F
 
S
R
 
K
K
 
R
E
 
A
I
 
V
K
 
K
T
 
E
V
 
P
A
 
G
D
 
D
M
 
L
K
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
M
 
M
R
|
R
-
 
T
-
x
M
-
 
E
-
 
N
-
 
P
-
 
V
-
 
H
V
 
I
G
 
A
G
 
A
F
 
Y
A
 
K
G
 
G
K
 
-
V
 
-
M
 
-
E
 
-
R
 
-
L
 
F
G
 
G
V
 
I
V
 
V
P
 
T
Q
 
T
Q
 
P
L
 
M
A
 
A
G
x
F
G
 
S
D
 
E
I
 
V
Y
 
F
P
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
K
 
Q
G
 
G
T
 
T
I
 
V
D
 
D
A
 
G
A
 
Q
E
 
E
-
x
N
-
 
P
-
 
L
-
 
S
-
 
V
W
 
I
V
 
I
G
 
S
P
 
A
Y
 
K
D
 
F
D
 
D
E
 
Q
K
 
V
L
 
Q
G
 
K
F
 
H
Y
 
L
K
 
T
V
 
L
A
 
T
P
 
G
Y
 
H
Y
 
V
Y
 
Y
Y
 
S
P
 
P
G
 
A
W
 
L
W
 
F
E
 
-
G
 
-
G
 
-
P
 
-
T
 
-
V
 
-
H
 
-
A
 
-
M
 
L
F
 
M
N
 
N
K
 
K
A
 
A
A
 
L
F
 
F
D
 
D
G
 
K
L
 
L
P
 
P
K
 
A
A
 
A
Y
 
D
Q
 
Q

Sites not aligning to the query:

4pakA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from verminephrobacter eiseniae ef01-2 (veis_3954, target efi-510324) a nephridial symbiont of the earthworm eisenia foetida, bound to (r)- pantoic acid (see paper)
23% identity, 57% coverage: 55:265/368 of query aligns to 24:232/304 of 4pakA

query
sites
4pakA
E
 
D
V
 
T
L
 
F
S
 
A
K
 
K
Y
 
E
V
 
V
S
 
E
E
 
K
A
 
R
T
 
T
D
 
G
G
 
G
N
 
R
F
 
Y
Q
 
K
I
 
V
Q
 
Q
V
 
T
F
 
F
A
 
Y
A
 
N
G
 
A
E
 
A
I
 
L
V
 
G
P
 
A
G
x
E
L
 
R
Q
 
E
A
 
S
A
 
V
D
 
E
A
 
A
A
 
V
A
 
Q
A
 
L
G
 
G
T
 
T
V
 
-
E
 
-
A
 
-
C
 
-
H
 
H
T
 
E
V
 
L
A
 
T
Y
 
F
Y
 
S
Y
 
S
W
 
S
G
 
G
K
 
P
D
 
I
P
 
P
T
 
N
W
 
F
A
 
V
L
 
P
G
 
E
A
 
T
A
 
K
-
 
I
-
 
L
-
 
D
V
 
V
P
 
P
F
 
F
A
 
L
L
 
F
N
 
R
A
 
D
R
 
K
G
 
A
M
 
H
N
 
A
A
 
R
W
 
A
H
 
V
Y
 
L
H
 
D
G
 
G
G
 
P
-
 
I
G
 
G
I
 
Q
D
 
E
L
 
L
F
 
L
N
 
T
E
 
R
F
 
F
L
 
D
G
 
G
T
 
-
Q
 
K
G
 
G
L
 
F
V
 
K
G
 
A
Y
 
L
P
 
A
G
 
W
G
 
A
N
 
E
T
x
N
G
 
G
V
 
F
Q
x
R
M
 
H
G
 
M
G
 
S
W
 
N
F
 
S
R
 
K
K
 
R
E
 
A
I
 
V
K
 
K
T
 
E
V
 
P
A
 
G
D
 
D
M
 
L
K
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
M
 
M
R
|
R
-
 
T
-
x
M
-
 
E
-
 
N
-
 
P
-
 
V
-
 
H
V
 
I
G
 
A
G
 
A
F
 
Y
A
 
K
G
 
G
K
 
-
V
 
-
M
 
-
E
 
-
R
 
-
L
 
F
G
 
G
V
 
I
V
 
V
P
 
T
Q
 
T
Q
 
P
L
 
M
A
 
A
G
x
F
G
 
S
D
 
E
I
 
V
Y
 
F
P
 
T
A
 
A
L
 
L
E
 
Q
K
 
Q
G
 
G
T
 
T
I
 
V
D
 
D
A
 
G
A
 
Q
E
 
E
-
x
N
-
 
P
-
 
L
-
 
S
-
x
V
W
 
I
V
 
I
G
 
S
P
 
A
Y
 
K
D
 
F
D
 
D
E
 
Q
K
 
V
L
 
Q
G
 
K
F
 
H
Y
 
L
K
 
T
V
 
L
A
 
T
P
 
G
Y
 
H
Y
 
V
Y
 
Y
Y
 
S
P
 
P
G
 
A
W
 
L
W
 
F
E
 
-
G
 
-
G
 
-
P
 
-
T
 
-
V
 
-
H
 
-
A
 
-
M
 
L
F
 
M
N
 
N
K
 
K
A
 
A
A
 
L
F
 
F
D
 
D
G
 
K
L
 
L
P
 
P
K
 
A
A
 
A
Y
 
D
Q
 
Q

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>SMc04251 FitnessBrowser__Smeli:SMc04251
MDRRSFIKHASIGGLGAAAASALAAPAIAQTNPKVTWRLTSSFPKSLDTIYGGAEVLSKY
VSEATDGNFQIQVFAAGEIVPGLQAADAAAAGTVEACHTVAYYYWGKDPTWALGAAVPFA
LNARGMNAWHYHGGGIDLFNEFLGTQGLVGYPGGNTGVQMGGWFRKEIKTVADMKGLKMR
VGGFAGKVMERLGVVPQQLAGGDIYPALEKGTIDAAEWVGPYDDEKLGFYKVAPYYYYPG
WWEGGPTVHAMFNKAAFDGLPKAYQSLLRTACQATDANMLQKYDYLNPSAIKRLVAAGAK
LSPFSPEILSACFDESNKVYAEMEASNAPFKKIWESIKAFRAEYFLNAQIAEYNYDTFMM
IQQRNGKI

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory