SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Synpcc7942_0169 FitnessBrowser__SynE:Synpcc7942_0169 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3o6xA Crystal structure of the type iii glutamine synthetase from bacteroides fragilis (see paper)
39% identity, 99% coverage: 7:721/723 of query aligns to 3:637/638 of 3o6xA

query
sites
3o6xA
R
 
R
V
 
F
N
 
F
A
 
A
V
 
L
H
 
Q
Q
 
E
I
 
L
T
 
S
N
 
N
R
 
R
E
 
K
P
 
P
L
 
L
P
 
E
-
 
I
S
 
T
K
 
T
P
 
P
P
 
S
M
 
N
S
 
K
L
 
L
E
 
S
A
 
D
I
 
Y
W
 
Y
A
 
A
E
 
S
N
 
H
V
 
V
F
 
F
D
 
D
L
 
R
S
 
K
K
 
K
M
 
M
Q
 
Q
A
 
E
R
 
Y
L
 
L
P
 
P
K
 
K
A
 
E
V
 
A
F
 
Y
K
 
K
S
 
A
I
 
V
K
 
V
N
 
D
T
 
A
I
 
T
V
 
E
T
 
K
G
 
G
Q
 
T
K
 
P
L
 
I
D
 
S
P
 
R
S
 
E
V
 
M
A
 
A
D
 
D
A
 
L
V
 
I
A
 
A
T
 
N
A
 
G
M
 
M
K
 
K
D
 
S
W
 
W
A
 
A
M
 
K
S
 
S
K
 
L
G
 
N
A
 
V
L
 
T
Y
 
H
Y
 
Y
A
 
T
H
 
H
V
 
W
F
 
F
Y
 
Q
P
 
P
M
 
L
T
 
T
N
 
-
V
 
-
T
 
-
A
 
-
E
 
-
K
 
K
H
 
H
D
 
D
G
 
G
F
 
F
I
 
I
S
 
E
V
 
F
Q
 
G
G
 
E
D
 
D
G
 
G
K
 
E
V
 
V
I
 
I
S
 
E
E
 
R
F
 
F
S
 
S
G
 
G
K
 
K
V
 
L
L
 
L
V
 
-
Q
 
-
G
 
-
E
 
-
P
 
-
D
 
-
G
 
-
S
 
-
S
 
-
F
 
-
P
 
-
N
 
-
G
 
-
G
 
-
I
 
-
R
 
-
D
 
-
T
 
-
F
 
-
E
 
-
A
 
-
R
 
-
G
 
-
Y
 
-
T
 
T
G
 
A
W
 
W
D
 
D
V
 
G
T
 
S
S
 
S
P
 
P
A
 
A
Y
 
F
I
 
V
M
 
V
E
 
D
T
 
T
D
 
-
N
 
-
G
 
-
S
 
-
T
 
T
L
 
L
C
 
C
I
 
I
P
 
P
T
 
T
V
 
I
F
 
F
V
 
I
S
 
-
W
 
-
T
 
-
G
 
-
E
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
D
K
 
Y
K
 
K
V
 
T
P
 
P
L
 
L
L
 
L
R
 
K
S
 
A
I
 
L
A
 
A
A
 
A
M
 
V
D
 
D
K
 
K
A
 
A
A
 
A
R
 
T
K
 
E
V
 
V
L
 
C
T
 
Q
L
 
L
L
 
F
G
 
-
N
 
D
T
 
K
E
 
N
V
 
I
S
 
T
Q
 
R
V
 
V
N
 
F
S
 
T
S
 
N
C
 
L
G
 
G
A
 
W
E
|
E
Q
 
Q
E
|
E
Y
 
Y
F
 
F
L
 
L
V
 
V
D
 
D
A
 
T
N
 
S
F
 
L
A
 
Y
A
 
N
Q
 
A
R
 
R
P
 
P
D
 
D
L
 
L
L
 
R
L
 
L
A
 
T
G
 
G
R
 
R
T
 
T
L
 
L
F
 
M
G
 
G
R
 
H
P
 
-
S
 
-
A
 
-
K
 
-
G
 
-
Q
 
-
E
 
-
F
 
-
D
 
-
D
 
-
H
 
-
Y
 
-
F
 
-
G
 
-
A
 
S
I
 
I
P
 
P
E
 
P
R
 
R
V
 
V
Q
 
T
V
 
A
F
 
F
M
 
M
Q
 
K
D
 
E
V
 
L
E
 
E
E
 
I
T
 
E
L
 
C
Y
 
H
K
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
P
 
P
A
 
V
K
 
K
T
 
T
R
 
R
H
 
H
N
 
N
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
P
G
 
N
Q
 
Q
F
 
F
E
|
E
I
 
L
A
 
A
P
 
P
F
 
I
F
|
F
E
 
E
A
 
N
A
 
C
N
 
N
V
 
L
A
 
A
S
 
N
D
 
D
H
 
H
Q
 
N
Q
 
Q
L
 
L
I
 
V
M
 
M
T
 
D
V
 
L
L
 
M
K
 
K
Q
 
R
T
 
I
A
 
A
K
 
R
K
 
K
H
 
H
G
 
H
F
 
F
M
 
A
C
 
V
L
 
L
L
 
F
H
 
H
E
 
E
K
 
K
P
 
P
F
 
Y
A
 
N
G
 
G
I
 
V
N
 
N
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
 
K
H
|
H
V
 
N
N
|
N
W
 
W
S
|
S
V
 
L
G
 
C
N
 
T
A
 
D
T
 
T
Q
 
G
G
 
I
N
 
N
L
 
L
L
 
F
D
 
A
P
 
P
G
 
G
D
 
K
S
 
N
P
 
P
H
 
K
D
 
G
N
 
N
A
 
M
Q
 
L
F
 
F
L
 
L
V
 
T
F
 
F
C
 
L
G
 
V
A
 
N
V
 
V
I
 
L
R
 
M
G
 
M
V
 
V
H
 
H
K
 
K
Y
 
N
G
 
Q
P
 
D
L
 
L
M
 
L
R
 
R
A
 
A
A
 
S
I
 
I
A
 
M
T
 
S
A
 
A
S
 
G
N
 
N
D
 
S
H
 
H
R
|
R
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
E
|
E
A
 
A
P
 
P
P
 
P
A
 
A
I
 
I
M
 
L
S
 
S
V
 
I
Y
 
F
L
 
L
G
 
G
T
 
S
Q
 
Q
L
 
L
E
 
S
E
 
A
V
 
T
F
 
L
E
 
D
Q
 
E
I
 
I
K
 
-
T
 
-
G
 
-
T
 
-
V
 
-
T
 
-
E
 
-
S
 
-
K
 
-
Q
 
-
K
 
-
G
 
-
I
 
-
M
 
-
D
 
-
L
 
-
G
 
-
V
 
-
D
 
-
V
 
-
L
 
-
P
 
-
Y
 
-
L
 
-
T
 
-
K
 
-
D
 
-
A
 
-
G
 
-
D
 
-
R
 
R
N
 
N
R
|
R
T
 
T
S
 
S
P
 
P
F
 
F
A
 
A
F
 
F
T
 
T
G
 
G
N
 
N
R
|
R
F
 
F
E
|
E
F
 
F
R
 
R
A
 
A
V
 
A
G
 
G
A
 
S
S
 
S
Q
 
A
S
 
N
V
 
C
S
 
A
G
 
A
P
 
A
L
 
M
I
 
I
V
 
A
L
 
I
N
 
N
T
 
A
I
 
A
L
 
M
A
 
A
D
 
N
S
 
Q
L
 
L
D
 
N
W
 
-
I
 
-
G
 
-
N
 
-
R
 
-
L
 
-
E
 
-
S
 
-
E
 
E
L
 
F
A
 
K
K
 
A
G
 
S
L
 
V
D
 
D
L
 
K
N
 
D
T
 
E
A
 
A
I
 
I
L
 
F
T
 
R
V
 
I
L
 
L
K
 
K
E
 
E
V
 
N
M
 
I
E
 
I
E
 
A
H
 
S
G
 
E
N
 
L
V
 
I
I
 
R
F
 
F
G
 
E
G
 
G
N
 
D
G
 
G
Y
 
Y
S
 
S
E
 
E
E
 
E
W
 
W
H
 
K
R
 
Q
E
 
E
A
 
A
V
 
A
E
 
-
K
 
R
R
 
R
G
 
G
L
 
L
A
 
T
N
 
N
L
 
I
P
 
C
T
 
H
T
 
V
A
 
P
D
 
E
A
 
A
L
 
L
P
 
M
V
 
H
L
 
Y
K
 
M
E
 
D
E
 
N
Y
 
Q
I
 
S
E
 
R
D
 
A
L
 
V
F
 
L
K
 
I
K
 
G
T
 
E
G
 
R
V
 
I
L
 
F
T
 
N
P
 
E
V
 
T
E
 
E
L
 
L
E
 
A
S
 
C
R
 
R
F
 
L
E
 
E
V
 
V
Y
 
E
A
 
L
E
 
E
Q
 
K
Y
 
Y
I
 
T
L
 
M
S
 
K
I
 
V
E
 
Q
V
 
I
E
 
E
A
 
S
K
 
R
L
 
V
A
 
L
V
 
G
S
 
D
I
 
L
A
 
A
K
 
I
T
 
N
I
 
H
I
 
I
Y
 
V
P
 
P
A
 
I
A
 
A
V
 
V
E
 
S
Y
 
Y
L
 
Q
A
 
N
K
 
R
L
 
L
S
 
L
G
 
E
T
 
N
I
 
L
A
 
C
S
 
R
L
 
M
S
 
K
G
 
E
L
 
I
G
 
F
I
 
S
D
 
E
F
 
E
E
 
E
-
 
Y
-
 
E
-
 
V
-
 
M
-
 
S
-
 
A
-
 
D
-
 
R
K
 
K
E
 
E
S
 
L
A
 
I
R
 
K
K
 
E
I
 
I
A
 
S
E
 
H
L
 
R
T
 
V
S
 
S
S
 
A
-
 
I
-
 
K
-
 
V
L
 
L
V
 
V
G
 
R
A
 
D
A
 
M
T
 
T
Q
 
E
L
 
A
S
 
R
E
 
K
A
 
V
L
 
A
E
 
N
H
 
H
E
 
K
S
 
E
S
 
N
D
 
F
T
 
K
V
 
E
E
 
K
H
 
A
L
 
F
Q
 
A
Y
 
Y
C
 
-
A
 
E
K
 
E
T
 
T
L
 
V
R
 
R
P
 
P
L
 
Y
M
 
L
D
 
E
N
 
S
V
 
I
R
 
R
T
 
D
Y
 
H
A
 
I
D
 
D
A
 
H
L
 
L
E
 
E
A
 
M
E
 
E
V
 
I
A
 
D
D
 
D
S
 
E
F
 
I
W
 
W
P
 
P
L
 
L
P
 
P
T
 
K
Y
 
Y
Q
 
R
E
 
E
M
 
L
L
 
L
F
 
F

7tf9S L. Monocytogenes gs(14)-q-glnr peptide (see paper)
33% identity, 23% coverage: 197:363/723 of query aligns to 112:259/443 of 7tf9S

query
sites
7tf9S
K
 
K
A
 
R
A
 
V
R
 
L
K
 
K
V
 
E
L
 
M
T
 
E
L
 
E
L
 
L
G
 
G
N
 
F
T
 
T
E
 
E
V
 
F
S
 
N
Q
 
-
V
 
-
N
 
-
S
 
-
S
 
-
C
 
L
G
 
G
A
 
P
E
|
E
Q
 
P
E
|
E
Y
 
F
F
 
F
L
 
L
-
 
F
-
 
K
V
 
L
D
 
D
A
 
E
N
 
N
F
 
-
A
 
-
A
 
-
Q
 
R
R
 
R
P
 
P
D
 
T
L
 
L
L
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
R
 
-
T
 
-
L
 
-
F
 
-
G
 
-
R
 
-
P
 
-
S
 
-
A
 
-
K
 
-
G
 
-
Q
 
-
E
 
E
F
 
L
D
 
N
D
 
D
H
 
S
-
 
G
-
 
G
Y
|
Y
F
 
F
G
 
D
A
 
L
I
 
A
P
 
P
E
 
T
R
 
D
V
 
L
-
 
G
Q
 
E
V
 
N
F
 
C
M
 
R
Q
 
R
D
 
D
V
 
I
E
 
V
E
 
L
T
 
E
L
 
L
Y
 
E
K
 
E
L
 
M
G
 
G
I
 
F
P
 
E
A
 
I
K
 
E
T
 
A
R
 
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
F
 
H
E
|
E
I
 
I
A
 
D
P
 
F
F
 
K
F
 
Y
E
 
E
A
 
D
A
 
A
N
 
I
V
 
T
A
 
A
S
 
C
D
 
D
H
 
S
Q
 
I
Q
 
Q
L
 
T
I
 
F
M
 
K
T
 
L
V
 
V
L
 
V
K
 
K
Q
 
T
T
 
I
A
 
A
K
 
R
K
 
K
H
 
H
G
 
G
F
 
L
M
 
H
C
 
A
L
 
T
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
F
G
 
G
I
 
V
N
 
N
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
 
M
H
|
H
V
 
F
N
 
N
W
 
M
S
 
S
V
 
L
G
 
F
N
 
N
A
 
E
T
 
K
Q
 
G
G
 
N
N
 
A
L
 
F
L
 
F
D
 
D

Sites not aligning to the query:

7tenA Glutamine synthetase (see paper)
33% identity, 23% coverage: 197:363/723 of query aligns to 111:258/442 of 7tenA

query
sites
7tenA
K
 
K
A
 
R
A
 
V
R
 
L
K
 
K
V
 
E
L
 
M
T
 
E
L
 
E
L
 
L
G
 
G
N
 
F
T
 
T
E
 
E
V
 
F
S
 
N
Q
 
-
V
 
-
N
 
-
S
 
-
S
 
-
C
 
L
G
|
G
A
 
P
E
|
E
Q
 
P
E
|
E
Y
 
F
F
 
F
L
 
L
-
 
F
-
 
K
V
 
L
D
 
D
A
 
E
N
 
N
F
 
-
A
 
-
A
 
-
Q
 
R
R
 
R
P
 
P
D
 
T
L
 
L
L
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
R
 
-
T
 
-
L
 
-
F
 
-
G
 
-
R
 
-
P
 
-
S
 
-
A
 
-
K
 
-
G
 
-
Q
 
-
E
 
E
F
 
L
D
 
N
D
 
D
H
 
S
-
 
G
-
 
G
Y
 
Y
F
 
F
G
 
D
A
 
L
I
 
A
P
 
P
E
 
T
R
 
D
V
 
L
-
 
G
Q
 
E
V
 
N
F
 
C
M
 
R
Q
 
R
D
 
D
V
 
I
E
 
V
E
 
L
T
 
E
L
 
L
Y
 
E
K
 
E
L
 
M
G
 
G
I
 
F
P
 
E
A
 
I
K
x
E
T
 
A
R
 
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
F
 
H
E
|
E
I
 
I
A
x
D
P
x
F
F
x
K
F
x
Y
E
 
E
A
 
D
A
 
A
N
 
I
V
 
T
A
 
A
S
 
C
D
 
D
H
 
S
Q
 
I
Q
 
Q
L
 
T
I
 
F
M
 
K
T
 
L
V
 
V
L
 
V
K
 
K
Q
 
T
T
 
I
A
 
A
K
 
R
K
 
K
H
 
H
G
 
G
F
 
L
M
 
H
C
 
A
L
 
T
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
F
G
 
G
I
 
V
N
|
N
G
|
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
V
 
F
N
|
N
W
 
M
S
|
S
V
 
L
G
 
F
N
 
N
A
 
E
T
 
K
Q
 
G
G
 
N
N
 
A
L
 
F
L
 
F
D
 
D

Sites not aligning to the query:

7tf6A Glutamine synthetase (see paper)
30% identity, 19% coverage: 226:365/723 of query aligns to 118:256/438 of 7tf6A

query
sites
7tf6A
L
 
F
V
 
T
D
 
D
A
 
F
N
 
N
F
 
L
A
 
G
A
 
P
Q
x
E
R
 
-
P
 
P
D
x
E
L
 
F
L
 
F
L
 
L
A
 
F
G
 
K
R
 
L
T
 
D
L
 
E
F
 
K
G
 
G
R
 
E
P
 
P
S
 
T
A
 
L
K
 
E
G
 
L
Q
 
N
E
 
D
F
 
-
D
 
D
D
 
G
H
 
G
Y
 
Y
F
 
F
G
 
D
A
 
L
I
 
A
P
 
P
E
 
T
R
 
D
V
 
L
-
 
G
Q
 
E
V
 
N
F
 
C
M
 
R
Q
 
R
D
 
D
V
 
I
E
 
V
E
 
L
T
 
E
L
 
L
Y
 
E
K
 
D
L
 
M
G
 
G
I
 
F
P
 
D
A
 
I
K
 
E
T
 
A
R
 
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
F
 
H
E
|
E
I
 
I
A
 
D
P
 
F
F
 
K
F
 
Y
E
 
A
A
 
D
A
 
A
N
 
V
V
 
T
A
 
A
S
 
C
D
 
D
H
 
N
Q
 
I
Q
 
Q
L
 
T
I
 
F
M
 
K
T
 
L
V
 
V
L
 
V
K
 
K
Q
 
T
T
 
I
A
 
A
K
 
R
K
 
K
H
 
H
G
 
N
F
 
L
M
 
H
C
 
A
L
 
T
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
F
G
|
G
I
 
V
N
|
N
G
|
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
V
 
F
N
 
N
W
 
V
S
 
S
V
 
L
G
 
F
N
 
K
A
 
G
T
 
K
Q
 
E
G
 
N
N
 
A
L
 
F
L
 
F
D
 
D
P
 
P
G
 
N

Sites not aligning to the query:

7tdvC Glutamine synthetase (see paper)
30% identity, 19% coverage: 226:365/723 of query aligns to 123:261/443 of 7tdvC

query
sites
7tdvC
L
 
F
V
 
T
D
 
D
A
 
F
N
 
N
F
 
L
A
x
G
A
 
P
Q
x
E
R
 
-
P
 
P
D
x
E
L
 
F
L
 
F
L
 
L
A
 
F
G
 
K
R
 
L
T
 
D
L
 
E
F
 
K
G
 
G
R
 
E
P
 
P
S
 
T
A
 
L
K
 
E
G
 
L
Q
 
N
E
 
D
F
 
-
D
 
D
D
 
G
H
 
G
Y
 
Y
F
 
F
G
 
D
A
 
L
I
 
A
P
 
P
E
 
T
R
 
D
V
 
L
-
 
G
Q
 
E
V
 
N
F
 
C
M
 
R
Q
 
R
D
 
D
V
 
I
E
 
V
E
 
L
T
 
E
L
 
L
Y
 
E
K
 
D
L
 
M
G
 
G
I
 
F
P
 
D
A
 
I
K
x
E
T
 
A
R
 
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
F
 
H
E
|
E
I
 
I
A
x
D
P
x
F
F
x
K
F
x
Y
E
 
A
A
 
D
A
 
A
N
 
V
V
 
T
A
 
A
S
 
C
D
 
D
H
 
N
Q
 
I
Q
 
Q
L
 
T
I
 
F
M
 
K
T
 
L
V
 
V
L
 
V
K
 
K
Q
 
T
T
 
I
A
 
A
K
 
R
K
 
K
H
 
H
G
 
N
F
 
L
M
 
H
C
 
A
L
 
T
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
F
G
 
G
I
 
V
N
 
N
G
|
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
V
 
F
N
|
N
W
x
V
S
|
S
V
 
L
G
 
F
N
 
K
A
 
G
T
 
K
Q
 
E
G
 
N
N
 
A
L
 
F
L
 
F
D
 
D
P
 
P
G
 
N

Sites not aligning to the query:

8tfkA Glutamine synthetase (see paper)
28% identity, 26% coverage: 200:388/723 of query aligns to 106:281/440 of 8tfkA

query
sites
8tfkA
R
 
R
K
 
Y
V
 
V
L
 
L
-
 
K
T
 
T
L
 
A
L
 
I
G
 
K
N
 
E
T
 
A
E
 
E
V
 
K
S
 
M
Q
 
G
V
 
F
N
 
S
S
 
M
S
 
N
C
 
V
G
 
G
A
 
P
E
|
E
Q
 
L
E
|
E
Y
 
F
F
 
F
L
 
L
-
 
F
-
 
K
V
 
L
D
 
D
A
 
A
N
 
N
F
 
-
A
 
-
A
 
-
Q
 
-
R
 
-
P
 
-
D
 
-
L
 
-
L
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
R
 
-
T
 
-
L
 
-
F
 
-
G
 
G
R
 
N
P
 
P
S
 
T
A
 
T
K
 
-
G
 
-
Q
 
-
E
 
E
F
 
L
D
 
T
D
 
D
H
 
Q
-
 
G
-
 
G
Y
 
Y
F
 
F
G
 
D
A
 
F
I
 
A
P
 
P
-
 
L
E
 
D
R
 
R
V
 
A
Q
 
Q
V
 
D
F
 
V
M
 
R
Q
 
R
D
 
D
V
 
I
E
 
D
E
 
Y
T
 
A
L
 
L
Y
 
E
K
 
H
L
 
M
G
 
G
I
 
F
P
 
Q
A
 
I
K
 
E
T
 
A
R
 
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
P
G
 
S
Q
 
Q
F
 
H
E
|
E
I
 
I
A
x
D
P
x
F
F
 
R
F
|
F
E
 
G
A
 
D
A
 
V
N
 
L
V
 
C
A
 
T
S
 
A
D
 
D
H
 
N
Q
 
V
Q
 
V
L
 
T
I
 
F
M
 
K
T
 
Y
V
 
V
L
 
V
K
 
K
Q
 
S
T
 
I
A
 
A
K
 
Y
K
 
H
H
 
K
G
 
G
F
 
Y
M
 
Y
C
 
A
L
 
S
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
F
G
 
G
I
 
V
N
 
N
G
|
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
V
 
S
N
|
N
W
 
Q
S
 
S
V
 
L
G
 
F
N
 
K
A
 
D
T
 
G
Q
 
K
G
 
N
N
 
V
L
 
F
L
 
Y
D
 
D
P
 
P
G
 
-
D
 
D
S
 
T
P
 
P
H
 
T
D
 
K
N
 
L
A
 
S
Q
 
Q
-
 
D
F
 
A
L
 
M
V
 
Y
F
 
Y
C
 
I
G
 
G
A
 
G
V
 
L
I
 
L
R
 
K
G
 
H
V
 
I
H
 
R
K
 
E
Y
 
F

Sites not aligning to the query:

7tfaB Glutamine synthetase (see paper)
36% identity, 12% coverage: 279:366/723 of query aligns to 173:260/441 of 7tfaB

query
sites
7tfaB
L
 
L
Y
 
E
K
 
E
L
 
M
G
 
G
I
 
F
P
 
E
A
 
I
K
 
E
T
 
A
R
 
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
|
V
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
F
 
H
E
|
E
I
 
I
A
 
D
P
 
F
F
 
K
F
 
Y
E
 
A
A
 
D
A
 
A
N
 
V
V
 
K
A
 
A
S
 
A
D
 
D
H
 
Q
Q
 
I
Q
 
Q
L
 
T
I
 
F
M
 
K
T
 
L
V
 
V
L
 
V
K
 
K
Q
 
T
T
 
I
A
 
A
K
 
R
K
 
Q
H
 
H
G
 
G
F
 
L
M
 
H
C
 
A
L
 
T
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
F
G
 
G
I
 
V
N
|
N
G
|
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
V
 
C
N
 
N
W
 
Q
S
 
S
V
 
L
G
 
F
N
 
K
A
 
D
T
 
N
Q
 
E
G
 
N
N
 
V
L
 
F
L
 
Y
D
 
D
P
 
E
G
 
T
D
 
D

Sites not aligning to the query:

7tdpA Structure of paenibacillus polymyxa gs bound to met-sox-p-adp (transition state complex) to 1.98 angstom (see paper)
36% identity, 12% coverage: 279:366/723 of query aligns to 171:258/439 of 7tdpA

query
sites
7tdpA
L
 
L
Y
 
E
K
 
E
L
 
M
G
 
G
I
 
F
P
 
E
A
 
I
K
x
E
T
 
A
R
 
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
F
 
H
E
|
E
I
 
I
A
x
D
P
 
F
F
 
K
F
x
Y
E
 
A
A
 
D
A
 
A
N
 
V
V
 
K
A
 
A
S
 
A
D
 
D
H
 
Q
Q
 
I
Q
 
Q
L
 
T
I
 
F
M
 
K
T
 
L
V
 
V
L
 
V
K
 
K
Q
 
T
T
 
I
A
 
A
K
 
R
K
 
Q
H
 
H
G
 
G
F
 
L
M
 
H
C
 
A
L
 
T
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
F
G
 
G
I
 
V
N
 
N
G
|
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
V
 
C
N
|
N
W
 
Q
S
|
S
V
 
L
G
 
F
N
 
K
A
 
D
T
 
N
Q
 
E
G
 
N
N
 
V
L
 
F
L
 
Y
D
 
D
P
 
E
G
 
T
D
 
D

Sites not aligning to the query:

4lnkA B. Subtilis glutamine synthetase structures reveal large active site conformational changes and basis for isoenzyme specific regulation: structure of gs-glutamate-amppcp complex (see paper)
38% identity, 11% coverage: 273:353/723 of query aligns to 169:249/443 of 4lnkA

query
sites
4lnkA
Q
 
R
D
 
D
V
 
I
E
 
V
E
 
L
T
 
E
L
 
L
Y
 
E
K
 
E
L
 
M
G
 
G
I
 
F
P
 
E
A
 
I
K
 
E
T
 
A
R
 
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
|
V
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
F
 
H
E
|
E
I
 
I
A
 
D
P
x
F
F
 
K
F
x
Y
E
 
A
A
 
G
A
 
A
N
 
V
V
 
R
A
 
S
S
 
C
D
 
D
H
 
D
Q
 
I
Q
 
Q
L
 
T
I
 
F
M
 
K
T
 
L
V
 
V
L
 
V
K
 
K
Q
 
T
T
 
I
A
 
A
K
 
R
K
 
K
H
 
H
G
 
G
F
 
L
M
 
H
C
 
A
L
 
T
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
F
G
 
G
I
 
V
N
|
N
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
 
M
H
|
H
V
 
C
N
|
N
W
 
L
S
|
S
V
 
L

Sites not aligning to the query:

4lniA B. Subtilis glutamine synthetase structures reveal large active site conformational changes and basis for isoenzyme specific regulation: structure of the transition state complex (see paper)
38% identity, 11% coverage: 273:353/723 of query aligns to 169:249/443 of 4lniA

query
sites
4lniA
Q
 
R
D
 
D
V
 
I
E
 
V
E
 
L
T
 
E
L
 
L
Y
 
E
K
 
E
L
 
M
G
 
G
I
 
F
P
 
E
A
 
I
K
x
E
T
 
A
R
 
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
F
 
H
E
|
E
I
 
I
A
x
D
P
 
F
F
 
K
F
x
Y
E
 
A
A
 
G
A
 
A
N
 
V
V
 
R
A
 
S
S
 
C
D
 
D
H
 
D
Q
 
I
Q
 
Q
L
 
T
I
 
F
M
 
K
T
 
L
V
 
V
L
 
V
K
 
K
Q
 
T
T
 
I
A
 
A
K
 
R
K
 
K
H
 
H
G
 
G
F
 
L
M
 
H
C
 
A
L
 
T
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
F
G
 
G
I
 
V
N
 
N
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
V
 
C
N
|
N
W
 
L
S
|
S
V
 
L

Sites not aligning to the query:

P12425 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I alpha; GSI alpha; EC 6.3.1.2 from Bacillus subtilis (strain 168) (see 5 papers)
38% identity, 11% coverage: 273:353/723 of query aligns to 170:250/444 of P12425

query
sites
P12425
Q
 
R
D
 
D
V
 
I
E
 
V
E
 
L
T
 
E
L
 
L
Y
 
E
K
 
E
L
 
M
G
 
G
I
 
F
P
 
E
A
 
I
K
 
E
T
 
A
R
 
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
|
V
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
F
 
H
E
|
E
I
 
I
A
 
D
P
 
F
F
 
K
F
 
Y
E
 
A
A
 
G
A
 
A
N
 
V
V
 
R
A
 
S
S
 
C
D
 
D
H
 
D
Q
 
I
Q
 
Q
L
 
T
I
 
F
M
 
K
T
 
L
V
 
V
L
 
V
K
 
K
Q
 
T
T
 
I
A
 
A
K
 
R
K
 
K
H
 
H
G
 
G
F
 
L
M
 
H
C
 
A
L
 
T
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
F
G
 
G
I
 
V
N
 
N
G
|
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
V
 
C
N
 
N
W
 
L
S
 
S
V
 
L

Sites not aligning to the query:

4s0rD Structure of gs-tnra complex (see paper)
38% identity, 11% coverage: 273:353/723 of query aligns to 173:253/447 of 4s0rD

query
sites
4s0rD
Q
 
R
D
 
D
V
 
I
E
 
V
E
 
L
T
 
E
L
 
L
Y
 
E
K
 
E
L
 
M
G
 
G
I
 
F
P
 
E
A
 
I
K
 
E
T
 
A
R
 
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
F
 
H
E
|
E
I
 
I
A
 
D
P
 
F
F
 
K
F
 
Y
E
 
A
A
 
G
A
 
A
N
 
V
V
 
R
A
 
S
S
 
C
D
 
D
H
 
D
Q
 
I
Q
 
Q
L
 
T
I
 
F
M
 
K
T
 
L
V
 
V
L
 
V
K
 
K
Q
 
T
T
 
I
A
 
A
K
 
R
K
 
K
H
 
H
G
 
G
F
 
L
M
 
H
C
 
A
L
 
T
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
F
G
|
G
I
x
V
N
|
N
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
V
 
C
N
 
N
W
 
L
S
 
S
V
 
L

Sites not aligning to the query:

8ooqB Glutamine synthetase from Methanothermococcus thermolithotrophicus (see paper)
24% identity, 40% coverage: 219:509/723 of query aligns to 133:367/446 of 8ooqB

query
sites
8ooqB
G
 
G
A
 
P
E
 
E
Q
 
P
E
|
E
Y
 
F
F
 
F
L
 
L
V
 
L
D
 
K
A
 
K
N
 
D
F
 
-
A
 
-
A
 
P
Q
 
H
R
 
N
P
 
P
D
 
H
L
 
K
L
 
Y
L
 
I
A
 
-
G
 
-
R
 
-
T
 
-
L
 
-
F
 
-
G
 
-
R
 
-
P
 
P
S
 
A
A
 
D
K
 
D
G
 
G
Q
 
G
E
 
Y
F
 
F
D
 
D
D
 
L
H
 
E
Y
 
P
F
 
M
G
 
D
A
 
E
I
 
A
P
|
P
E
 
D
R
 
-
V
 
-
Q
 
-
V
 
-
F
 
I
M
x
R
Q
x
R
D
 
D
V
 
I
E
 
V
E
 
F
T
 
A
L
 
L
Y
 
E
K
 
N
L
 
L
G
 
G
I
 
F
P
 
H
A
 
V
K
 
E
T
 
A
R
x
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
F
 
H
E
|
E
I
 
V
A
 
D
P
 
F
F
 
K
F
 
F
E
 
D
A
 
D
A
 
A
N
 
L
V
 
K
A
 
T
S
 
A
D
 
D
H
 
S
Q
 
V
Q
 
I
L
 
T
I
 
F
M
 
K
T
 
T
V
 
T
L
 
I
K
 
K
Q
 
T
T
 
I
A
 
A
K
 
E
K
 
Q
H
 
H
G
 
G
F
 
L
M
 
K
C
 
A
L
 
T
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
F
A
 
F
G
 
G
I
 
M
N
 
N
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
 
H
V
 
C
N
 
H
W
 
Q
S
 
S
V
 
I
G
 
W
N
 
L
A
 
N
T
 
G
Q
 
E
G
 
P
N
 
S
L
 
F
L
 
Y
D
 
D
P
 
-
G
 
E
D
 
N
S
 
A
P
 
P
H
 
Y
D
 
-
N
 
-
A
 
-
Q
 
Q
F
 
L
L
 
S
V
 
E
F
 
T
C
 
C
G
 
M
A
 
N
V
 
Y
I
 
V
R
 
A
G
 
G
V
 
I
H
 
L
K
 
K
Y
 
H
G
 
A
P
 
K
L
 
A
M
 
I
R
 
V
A
 
A
A
 
I
I
 
T
A
 
N
T
 
P
A
 
T
S
 
V
N
 
N
D
 
S
H
 
Y
R
 
K
-
 
R
-
 
L
L
 
V
G
 
P
A
 
G
N
 
Y
E
 
E
A
 
A
P
 
P
P
 
V
A
 
N
I
 
I
M
 
-
S
 
-
V
 
-
Y
 
-
L
 
-
G
 
-
T
 
-
Q
 
-
L
 
-
E
 
-
E
 
-
V
 
-
F
 
-
E
 
-
Q
 
-
I
 
-
K
 
-
T
 
-
G
 
-
T
 
A
V
 
W
T
 
A
E
 
N
S
 
S
K
 
N
Q
 
R
K
 
S
G
 
A
I
 
I
M
 
I
D
 
-
L
 
-
G
 
-
V
 
-
D
 
-
V
 
-
L
 
-
P
 
-
Y
 
-
L
 
-
T
 
-
K
 
-
D
 
-
A
 
-
G
 
-
D
 
-
R
 
-
N
 
-
R
 
R
T
 
V
S
 
P
P
 
A
F
 
A
A
 
R
F
 
G
T
 
K
G
 
G
N
 
T
R
 
R
F
 
I
E
 
E
F
 
F
R
 
R
A
 
A
V
 
P
G
 
D
A
 
P
S
 
S
Q
 
-
S
 
-
V
 
-
S
 
C
G
 
N
P
 
P
L
 
Y
I
 
L
V
 
A
L
 
F
N
 
T
T
 
V
I
 
M
L
 
L
A
 
A
D
 
A
S
 
G
L
 
L
D
 
D
W
 
G
I
 
V
G
 
K
N
 
N
R
 
K
L
 
L
E
 
D
S
 
A

Sites not aligning to the query:

8oooA Glutamine synthetase from methanothermococcus thermolithotrophicus in complex with 2-oxoglutarate and mgatp at 2.15 a resolution (see paper)
24% identity, 40% coverage: 219:509/723 of query aligns to 134:368/447 of 8oooA

query
sites
8oooA
G
 
G
A
 
P
E
|
E
Q
 
P
E
 
E
Y
 
F
F
 
F
L
 
L
V
 
L
D
 
K
A
 
K
N
 
D
F
 
-
A
 
-
A
 
P
Q
 
H
R
 
N
P
 
P
D
 
H
L
 
K
L
 
Y
L
 
I
A
 
-
G
 
-
R
 
-
T
 
-
L
 
-
F
 
-
G
 
-
R
 
-
P
 
P
S
 
A
A
 
D
K
 
D
G
 
G
Q
 
G
E
 
Y
F
 
F
D
 
D
D
 
L
H
 
E
Y
 
P
F
 
M
G
 
D
A
 
E
I
 
A
P
|
P
E
 
D
R
 
-
V
 
-
Q
 
-
V
 
-
F
 
I
M
x
R
Q
x
R
D
 
D
V
 
I
E
 
V
E
 
F
T
 
A
L
 
L
Y
 
E
K
 
N
L
 
L
G
 
G
I
 
F
P
 
H
A
 
V
K
x
E
T
 
A
R
x
S
H
 
H
N
 
H
E
 
E
V
 
V
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
F
 
H
E
 
E
I
 
V
A
 
D
P
x
F
F
x
K
F
|
F
E
 
D
A
 
D
A
 
A
N
 
L
V
 
K
A
 
T
S
 
A
D
 
D
H
 
S
Q
 
V
Q
 
I
L
 
T
I
 
F
M
 
K
T
 
T
V
 
T
L
 
I
K
 
K
Q
 
T
T
 
I
A
 
A
K
 
E
K
 
Q
H
 
H
G
 
G
F
 
L
M
 
K
C
 
A
L
 
T
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
F
A
 
F
G
 
G
I
 
M
N
 
N
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
 
H
V
 
C
N
x
H
W
 
Q
S
|
S
V
 
I
G
 
W
N
 
L
A
 
N
T
 
G
Q
 
E
G
 
P
N
 
S
L
 
F
L
 
Y
D
 
D
P
 
-
G
 
E
D
 
N
S
 
A
P
 
P
H
 
Y
D
 
-
N
 
-
A
 
-
Q
 
Q
F
 
L
L
 
S
V
 
E
F
 
T
C
 
C
G
 
M
A
 
N
V
 
Y
I
 
V
R
 
A
G
 
G
V
 
I
H
 
L
K
 
K
Y
 
H
G
 
A
P
 
K
L
 
A
M
 
I
R
 
V
A
 
A
A
 
I
I
 
T
A
 
N
T
 
P
A
 
T
S
 
V
N
 
N
D
 
S
H
 
Y
R
 
K
-
 
R
-
 
L
L
 
V
G
 
P
A
 
G
N
 
Y
E
 
E
A
 
A
P
 
P
P
 
V
A
 
N
I
 
I
M
 
-
S
 
-
V
 
-
Y
 
-
L
 
-
G
 
-
T
 
-
Q
 
-
L
 
-
E
 
-
E
 
-
V
 
-
F
 
-
E
 
-
Q
 
-
I
 
-
K
 
-
T
 
-
G
 
-
T
 
A
V
 
W
T
 
A
E
 
N
S
 
S
K
 
N
Q
 
R
K
 
S
G
 
A
I
 
I
M
 
I
D
 
-
L
 
-
G
 
-
V
 
-
D
 
-
V
 
-
L
 
-
P
 
-
Y
 
-
L
 
-
T
 
-
K
 
-
D
 
-
A
 
-
G
 
-
D
 
-
R
 
-
N
 
-
R
|
R
T
 
V
S
 
P
P
 
A
F
 
A
A
 
R
F
 
G
T
 
K
G
 
G
N
 
T
R
|
R
F
 
I
E
 
E
F
 
F
R
 
R
A
 
A
V
 
P
G
 
D
A
 
P
S
 
S
Q
 
-
S
 
-
V
 
-
S
 
C
G
 
N
P
 
P
L
 
Y
I
 
L
V
 
A
L
 
F
N
 
T
T
 
V
I
 
M
L
 
L
A
 
A
D
 
A
S
 
G
L
 
L
D
 
D
W
 
G
I
 
V
G
 
K
N
 
N
R
 
K
L
 
L
E
 
D
S
 
A

Sites not aligning to the query:

8ufjB Glutamine synthetase (see paper)
28% identity, 26% coverage: 200:388/723 of query aligns to 110:285/444 of 8ufjB

query
sites
8ufjB
R
 
R
K
 
Y
V
 
V
L
 
L
-
 
K
T
 
T
L
 
A
L
 
I
G
 
K
N
 
E
T
 
A
E
 
E
V
 
K
S
 
M
Q
 
G
V
 
F
N
 
S
S
 
M
S
 
N
C
 
V
G
 
G
A
 
P
E
|
E
Q
 
L
E
|
E
Y
 
F
F
 
F
L
 
L
-
 
F
-
 
K
V
 
L
D
 
D
A
 
A
N
 
N
F
 
-
A
 
-
A
 
-
Q
 
-
R
 
-
P
 
-
D
 
-
L
 
-
L
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
R
 
-
T
 
-
L
 
-
F
 
-
G
 
G
R
 
N
P
 
P
S
 
T
A
 
T
K
 
-
G
 
-
Q
 
-
E
 
E
F
 
L
D
 
T
D
 
D
H
 
Q
-
 
G
-
 
G
Y
 
Y
F
 
F
G
 
D
A
 
F
I
 
A
P
 
P
E
 
L
R
 
D
V
 
L
-
 
G
Q
 
Q
V
 
D
F
 
V
M
 
R
Q
 
R
D
 
D
V
 
I
E
 
D
E
 
Y
T
 
A
L
 
L
Y
 
E
K
 
H
L
 
M
G
 
G
I
 
F
P
 
Q
A
 
I
K
 
E
T
 
A
R
 
S
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
P
G
 
S
Q
 
Q
F
 
H
E
|
E
I
 
I
A
 
D
P
 
F
F
 
R
F
 
F
E
 
G
A
 
D
A
 
V
N
 
L
V
 
C
A
 
T
S
 
A
D
 
D
H
 
N
Q
 
V
Q
 
V
L
 
T
I
 
F
M
 
K
T
 
Y
V
 
V
L
 
V
K
 
K
Q
 
S
T
 
I
A
 
A
K
 
Y
K
 
H
H
 
K
G
 
G
F
 
Y
M
 
Y
C
 
A
L
 
S
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
F
G
 
G
I
 
V
N
 
N
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
V
 
S
N
 
N
W
 
Q
S
 
S
V
 
L
G
 
F
N
 
K
A
 
D
T
 
G
Q
 
K
G
 
N
N
 
V
L
 
F
L
 
Y
D
 
D
P
 
P
G
 
-
D
 
D
S
 
T
P
 
P
H
 
T
D
 
K
N
 
L
A
 
S
Q
 
Q
-
 
D
F
 
A
L
 
M
V
 
Y
F
 
Y
C
 
I
G
 
G
A
 
G
V
 
L
I
 
L
R
 
K
G
 
H
V
 
I
H
 
R
K
 
E
Y
 
F

Sites not aligning to the query:

8ooxB Glutamine synthetase (see paper)
27% identity, 24% coverage: 217:386/723 of query aligns to 123:277/438 of 8ooxB

query
sites
8ooxB
S
 
N
C
 
T
G
 
G
A
 
P
E
 
E
Q
 
M
E
|
E
Y
 
F
F
 
F
L
 
L
V
 
F
D
 
-
A
 
-
N
 
-
F
 
-
A
 
-
A
 
-
Q
 
K
R
 
R
P
 
Q
D
 
D
L
 
-
L
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
R
 
-
T
 
-
L
 
-
F
 
-
G
 
G
R
 
M
P
 
P
S
 
T
A
 
N
K
 
I
G
 
P
Q
 
Q
E
 
D
F
 
R
D
 
G
D
 
G
H
 
Y
Y
 
F
F
 
D
G
 
L
A
 
A
I
 
P
P
 
I
E
 
D
R
 
L
V
 
A
Q
 
E
V
 
E
F
 
I
M
 
K
Q
 
R
D
 
E
V
 
I
E
 
V
E
 
L
T
 
V
L
 
L
Y
 
E
K
 
E
L
 
M
G
 
G
I
 
F
P
 
E
A
 
V
K
 
E
T
 
A
R
 
A
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
F
G
 
G
Q
 
Q
F
 
H
E
|
E
I
 
I
A
 
D
P
 
F
F
 
K
F
 
Y
E
 
D
A
 
N
A
 
A
N
 
L
V
 
A
A
 
T
S
 
A
D
 
D
H
 
N
Q
 
V
Q
 
I
L
 
T
I
 
L
M
 
K
T
 
Y
V
 
V
L
 
A
K
 
K
Q
 
T
T
 
L
A
 
A
K
 
L
K
 
Q
H
 
H
G
 
G
F
 
L
M
 
H
C
 
A
L
 
T
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
I
A
 
F
G
 
G
I
 
V
N
 
N
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
 
H
V
 
T
N
 
N
W
 
T
S
 
S
V
 
L
G
 
F
N
 
K
A
 
D
T
 
G
Q
 
K
G
 
N
N
 
A
L
 
F
L
 
Y
D
 
D
P
 
P
G
 
-
D
 
D
S
 
A
P
 
P
H
 
D
D
 
Q
N
 
I
A
 
S
Q
 
D
F
 
T
L
 
L
-
 
R
V
 
Y
F
 
F
C
 
V
G
 
G
A
 
G
V
 
V
I
 
L
R
 
K
G
 
H
V
 
I
H
 
R

8oozA Glutamine synthetase (see paper)
27% identity, 24% coverage: 217:386/723 of query aligns to 115:269/430 of 8oozA

query
sites
8oozA
S
 
N
C
 
T
G
|
G
A
 
P
E
|
E
Q
 
M
E
 
E
Y
 
F
F
 
F
L
 
L
V
 
F
D
 
-
A
 
-
N
 
-
F
 
-
A
 
-
A
 
-
Q
 
K
R
 
R
P
 
Q
D
 
D
L
 
-
L
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
-
R
 
-
T
 
-
L
 
-
F
 
-
G
 
G
R
 
M
P
 
P
S
 
T
A
 
N
K
 
I
G
 
P
Q
 
Q
E
 
D
F
 
R
D
 
G
D
 
G
H
 
Y
Y
 
F
F
 
D
G
 
L
A
 
A
I
 
P
P
 
I
E
 
D
R
 
L
V
 
A
Q
 
E
V
 
E
F
 
I
M
 
K
Q
 
R
D
 
E
V
 
I
E
 
V
E
 
L
T
 
V
L
 
L
Y
 
E
K
 
E
L
 
M
G
 
G
I
 
F
P
 
E
A
 
V
K
x
E
T
 
A
R
 
A
H
 
H
N
 
H
E
 
E
V
 
V
A
 
A
P
 
F
G
 
G
Q
 
Q
F
 
H
E
 
E
I
 
I
A
 
D
P
x
F
F
x
K
F
x
Y
E
 
D
A
 
N
A
 
A
N
 
L
V
 
A
A
 
T
S
 
A
D
 
D
H
 
N
Q
 
V
Q
 
I
L
 
T
I
 
L
M
 
K
T
 
Y
V
 
V
L
 
A
K
 
K
Q
 
T
T
 
L
A
 
A
K
 
L
K
 
Q
H
 
H
G
 
G
F
 
L
M
 
H
C
 
A
L
 
T
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
I
A
 
F
G
 
G
I
 
V
N
 
N
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
V
 
T
N
|
N
W
 
T
S
|
S
V
 
L
G
 
F
N
 
K
A
 
D
T
 
G
Q
 
K
G
 
N
N
 
A
L
 
F
L
 
Y
D
 
D
P
 
P
G
 
-
D
 
D
S
 
A
P
 
P
H
 
D
D
 
Q
N
 
I
A
 
S
Q
 
D
F
 
T
L
 
L
-
 
R
V
 
Y
F
 
F
C
 
V
G
 
G
A
 
G
V
 
V
I
 
L
R
 
K
G
 
H
V
 
I
H
 
R

Sites not aligning to the query:

5zlpJ Crystal structure of glutamine synthetase from helicobacter pylori (see paper)
25% identity, 46% coverage: 199:531/723 of query aligns to 115:414/478 of 5zlpJ

query
sites
5zlpJ
A
 
A
R
 
K
K
 
K
V
 
A
L
 
L
T
 
Q
L
 
H
L
 
L
G
 
K
N
 
D
T
 
S
E
 
G
V
 
L
S
 
G
Q
 
D
V
 
V
N
 
-
S
 
A
S
x
Y
C
 
F
G
 
G
A
 
A
E
|
E
Q
 
N
E
|
E
Y
 
F
F
 
F
L
 
I
-
 
F
-
 
D
-
 
S
-
 
I
-
 
K
-
 
I
-
 
K
-
 
D
-
 
A
-
 
S
-
 
N
-
 
S
-
 
Q
-
 
Y
-
 
Y
-
 
E
V
 
V
D
 
D
A
 
S
N
 
E
F
 
E
A
 
G
A
 
E
Q
 
W
R
 
N
P
 
R
D
 
D
L
 
R
L
 
S
L
 
F
A
 
E
G
 
N
R
 
G
T
 
V
L
 
N
F
 
F
G
 
G
-
 
H
R
 
R
P
 
P
S
 
G
A
 
K
K
 
Q
G
 
G
Q
 
-
E
 
-
F
 
-
D
 
-
D
 
-
H
 
-
Y
 
-
F
 
-
G
 
G
A
 
Y
I
 
M
P
 
P
E
 
V
R
 
P
V
 
P
Q
 
T
V
 
D
F
 
T
M
 
M
Q
 
M
D
 
D
V
 
I
E
 
R
-
 
T
-
 
E
-
 
I
-
 
V
E
 
K
T
 
V
L
 
L
Y
 
N
K
 
Q
L
 
V
G
 
G
I
 
L
P
 
E
A
 
T
K
x
F
T
 
V
R
 
V
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
Q
G
 
A
Q
 
Q
F
 
G
E
|
E
I
 
V
A
 
G
P
 
V
F
 
K
F
|
F
E
 
G
A
 
D
A
 
L
N
 
V
V
 
E
A
 
A
S
 
A
D
 
D
H
 
N
Q
 
V
Q
 
Q
L
 
K
I
 
L
M
 
K
T
 
Y
V
 
V
L
 
V
K
 
K
Q
 
M
T
 
V
A
 
A
K
 
H
K
 
L
H
 
N
G
 
G
F
 
K
M
 
T
C
 
A
L
 
T
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
Y
G
 
G
I
 
D
N
 
N
G
|
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
V
 
T
N
x
H
W
 
V
S
|
S
V
 
V
G
 
W
N
 
K
A
 
N
T
 
N
Q
 
E
G
 
-
N
 
N
L
 
L
L
 
F
D
 
S
P
 
-
G
 
G
D
 
E
S
 
T
P
 
Y
H
 
K
D
 
G
N
 
L
A
 
S
Q
 
E
F
 
F
-
 
A
L
 
L
V
 
H
F
 
F
C
 
L
G
 
G
A
 
G
V
 
V
I
 
L
R
 
R
G
 
-
V
 
-
H
 
H
K
 
A
Y
 
R
G
 
G
P
 
L
L
 
A
M
 
A
R
 
F
A
 
T
A
 
N
I
 
A
A
 
S
T
 
T
A
 
N
S
 
S
N
 
Y
D
 
K
H
 
R
R
 
L
L
 
I
G
 
P
A
 
G
N
 
Y
E
|
E
A
 
A
P
 
P
P
 
S
A
 
I
I
 
-
M
 
-
S
 
-
V
 
-
Y
 
-
L
 
-
G
 
-
T
 
-
Q
 
-
L
 
-
E
 
-
E
 
-
V
 
-
F
 
-
E
 
-
Q
 
-
I
 
-
K
 
-
T
 
-
G
 
-
T
 
-
V
 
-
T
 
-
E
 
-
S
 
-
K
 
-
Q
 
-
K
 
-
G
 
-
I
 
-
M
 
-
D
 
-
L
 
-
G
 
-
V
 
-
D
 
-
V
 
-
L
 
-
P
 
-
Y
 
-
L
 
L
T
 
T
K
 
Y
D
 
S
A
 
A
G
 
N
D
 
N
R
|
R
N
 
S
R
 
A
T
 
S
S
 
V
-
x
R
-
 
I
P
 
P
F
 
Y
A
 
G
F
 
I
T
 
S
G
 
K
N
 
N
-
 
S
-
 
A
R
|
R
F
 
F
E
 
E
F
 
F
R
|
R
A
 
F
V
 
P
G
 
D
A
 
S
S
 
S
Q
 
-
S
 
-
V
 
-
S
 
S
G
 
N
P
 
P
L
 
Y
I
 
L
V
 
A
L
 
F
N
 
A
T
 
A
I
 
I
L
 
L
A
 
M
D
 
A
S
 
G
L
 
M
D
 
D
W
 
G
I
 
V
G
 
K
N
 
N
R
 
K
L
 
I
E
 
D
S
 
P
E
 
-
L
 
-
A
 
G
K
 
E
G
 
A
L
 
M
D
 
D
L
 
I
N
 
N
T
 
L
A
 
F
I
 
K
L
 
L
T
 
T
V
 
-
L
 
L
K
 
D
E
 
E
V
 
I
M
 
R
E
 
E
E
 
K

5zlpL Crystal structure of glutamine synthetase from helicobacter pylori (see paper)
25% identity, 46% coverage: 199:531/723 of query aligns to 113:412/476 of 5zlpL

query
sites
5zlpL
A
 
A
R
 
K
K
 
K
V
 
A
L
 
L
T
 
Q
L
 
H
L
 
L
G
 
K
N
 
D
T
 
S
E
 
G
V
 
L
S
 
G
Q
 
D
V
 
V
N
 
-
S
 
A
S
 
Y
C
 
F
G
|
G
A
 
A
E
|
E
Q
 
N
E
|
E
Y
 
F
F
 
F
L
 
I
-
 
F
-
 
D
-
 
S
-
 
I
-
 
K
-
 
I
-
 
K
-
 
D
-
 
A
-
 
S
-
 
N
-
 
S
-
 
Q
-
 
Y
-
 
Y
-
 
E
V
 
V
D
 
D
A
 
S
N
 
E
F
 
E
A
 
G
A
 
E
Q
 
W
R
 
N
P
 
R
D
 
D
L
 
R
L
 
S
L
 
F
A
 
E
G
 
N
R
 
G
T
 
V
L
 
N
F
 
F
G
 
G
-
 
H
R
 
R
P
 
P
S
 
G
A
 
K
K
 
Q
G
 
G
Q
 
-
E
 
-
F
 
-
D
 
-
D
 
-
H
 
-
Y
 
-
F
 
-
G
 
G
A
 
Y
I
 
M
P
 
P
E
 
V
R
 
P
V
 
P
Q
 
T
V
 
D
F
 
T
M
 
M
Q
 
M
D
 
D
V
 
I
E
 
R
-
 
T
-
 
E
-
 
I
-
 
V
E
 
K
T
 
V
L
 
L
Y
 
N
K
 
Q
L
 
V
G
 
G
I
 
L
P
 
E
A
 
T
K
x
F
T
 
V
R
 
V
H
 
H
N
 
H
E
|
E
V
 
V
A
 
A
P
 
Q
G
 
A
Q
 
Q
F
 
G
E
|
E
I
 
V
A
 
G
P
 
V
F
 
K
F
|
F
E
 
G
A
 
D
A
 
L
N
 
V
V
 
E
A
 
A
S
 
A
D
 
D
H
 
N
Q
 
V
Q
 
Q
L
 
K
I
 
L
M
 
K
T
 
Y
V
 
V
L
 
V
K
 
K
Q
 
M
T
 
V
A
 
A
K
 
H
K
 
L
H
 
N
G
 
G
F
 
K
M
 
T
C
 
A
L
 
T
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
Y
G
 
G
I
 
D
N
 
N
G
|
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
|
H
V
 
T
N
x
H
W
 
V
S
|
S
V
 
V
G
 
W
N
 
K
A
 
N
T
 
N
Q
 
E
G
 
-
N
 
N
L
 
L
L
 
F
D
 
S
P
 
-
G
 
G
D
 
E
S
 
T
P
 
Y
H
 
K
D
 
G
N
 
L
A
 
S
Q
 
E
F
 
F
-
 
A
L
 
L
V
 
H
F
 
F
C
 
L
G
 
G
A
 
G
V
 
V
I
 
L
R
 
R
G
 
-
V
 
-
H
 
H
K
 
A
Y
 
R
G
 
G
P
 
L
L
 
A
M
 
A
R
 
F
A
 
T
A
 
N
I
 
A
A
 
S
T
 
T
A
 
N
S
 
S
N
 
Y
D
 
K
H
 
R
R
 
L
L
 
I
G
 
P
A
 
G
N
 
Y
E
|
E
A
 
A
P
 
P
P
 
S
A
 
I
I
 
-
M
 
-
S
 
-
V
 
-
Y
 
-
L
 
-
G
 
-
T
 
-
Q
 
-
L
 
-
E
 
-
E
 
-
V
 
-
F
 
-
E
 
-
Q
 
-
I
 
-
K
 
-
T
 
-
G
 
-
T
 
-
V
 
-
T
 
-
E
 
-
S
 
-
K
 
-
Q
 
-
K
 
-
G
 
-
I
 
-
M
 
-
D
 
-
L
 
-
G
 
-
V
 
-
D
 
-
V
 
-
L
 
-
P
 
-
Y
 
-
L
 
L
T
 
T
K
 
Y
D
 
S
A
 
A
G
 
N
D
 
N
R
|
R
N
 
S
R
 
A
T
 
S
S
 
V
-
x
R
-
 
I
P
 
P
F
 
Y
A
 
G
F
 
I
T
 
S
G
 
K
N
 
N
-
 
S
-
 
A
R
|
R
F
 
F
E
 
E
F
 
F
R
|
R
A
 
F
V
 
P
G
 
D
A
 
S
S
 
S
Q
 
-
S
 
-
V
 
-
S
 
S
G
 
N
P
 
P
L
 
Y
I
 
L
V
 
A
L
 
F
N
 
A
T
 
A
I
 
I
L
 
L
A
 
M
D
 
A
S
 
G
L
 
M
D
 
D
W
 
G
I
 
V
G
 
K
N
 
N
R
 
K
L
 
I
E
 
D
S
 
P
E
 
-
L
 
-
A
 
G
K
 
E
G
 
A
L
 
M
D
 
D
L
 
I
N
 
N
T
 
L
A
 
F
I
 
K
L
 
L
T
 
T
V
 
-
L
 
L
K
 
D
E
 
E
V
 
I
M
 
R
E
 
E
E
 
K

5zlpA Crystal structure of glutamine synthetase from helicobacter pylori (see paper)
25% identity, 46% coverage: 199:531/723 of query aligns to 113:412/476 of 5zlpA

query
sites
5zlpA
A
 
A
R
 
K
K
 
K
V
 
A
L
 
L
T
 
Q
L
 
H
L
 
L
G
 
K
N
 
D
T
 
S
E
 
G
V
 
L
S
 
G
Q
 
D
V
 
V
N
 
-
S
 
A
S
 
Y
C
 
F
G
 
G
A
 
A
E
|
E
Q
 
N
E
 
E
Y
 
F
F
 
F
L
 
I
-
 
F
-
 
D
-
 
S
-
 
I
-
 
K
-
 
I
-
 
K
-
 
D
-
 
A
-
 
S
-
 
N
-
 
S
-
 
Q
-
 
Y
-
 
Y
-
 
E
V
 
V
D
 
D
A
 
S
N
 
E
F
 
E
A
 
G
A
 
E
Q
 
W
R
 
N
P
 
R
D
 
D
L
 
R
L
 
S
L
 
F
A
 
E
G
 
N
R
 
G
T
 
V
L
 
N
F
 
F
G
 
G
-
 
H
R
 
R
P
 
P
S
 
G
A
 
K
K
 
Q
G
 
G
Q
 
-
E
 
-
F
 
-
D
 
-
D
 
-
H
 
-
Y
 
-
F
 
-
G
 
G
A
 
Y
I
 
M
P
 
P
E
 
V
R
 
P
V
 
P
Q
 
T
V
 
D
F
 
T
M
 
M
Q
 
M
D
 
D
V
 
I
E
 
R
-
 
T
-
 
E
-
 
I
-
 
V
E
 
K
T
 
V
L
 
L
Y
 
N
K
 
Q
L
 
V
G
 
G
I
 
L
P
 
E
A
 
T
K
 
F
T
 
V
R
 
V
H
 
H
N
 
H
E
 
E
V
 
V
A
 
A
P
 
Q
G
 
A
Q
 
Q
F
 
G
E
 
E
I
 
V
A
 
G
P
x
V
F
 
K
F
|
F
E
 
G
A
 
D
A
 
L
N
 
V
V
 
E
A
 
A
S
 
A
D
 
D
H
 
N
Q
 
V
Q
 
Q
L
 
K
I
 
L
M
 
K
T
 
Y
V
 
V
L
 
V
K
 
K
Q
 
M
T
 
V
A
 
A
K
 
H
K
 
L
H
 
N
G
 
G
F
 
K
M
 
T
C
 
A
L
 
T
L
 
F
H
 
M
E
 
P
K
 
K
P
 
P
F
 
L
A
 
Y
G
 
G
I
 
D
N
 
N
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
M
H
 
H
V
 
T
N
x
H
W
 
V
S
 
S
V
 
V
G
 
W
N
 
K
A
 
N
T
 
N
Q
 
E
G
 
-
N
 
N
L
 
L
L
 
F
D
 
S
P
 
-
G
 
G
D
 
E
S
 
T
P
 
Y
H
 
K
D
 
G
N
 
L
A
 
S
Q
 
E
F
 
F
-
 
A
L
 
L
V
 
H
F
 
F
C
 
L
G
 
G
A
 
G
V
 
V
I
 
L
R
 
R
G
 
-
V
 
-
H
 
H
K
 
A
Y
 
R
G
 
G
P
 
L
L
 
A
M
 
A
R
 
F
A
 
T
A
 
N
I
 
A
A
 
S
T
 
T
A
 
N
S
 
S
N
 
Y
D
 
K
H
 
R
R
 
L
L
 
I
G
 
P
A
 
G
N
 
Y
E
 
E
A
 
A
P
 
P
P
 
S
A
 
I
I
 
-
M
 
-
S
 
-
V
 
-
Y
 
-
L
 
-
G
 
-
T
 
-
Q
 
-
L
 
-
E
 
-
E
 
-
V
 
-
F
 
-
E
 
-
Q
 
-
I
 
-
K
 
-
T
 
-
G
 
-
T
 
-
V
 
-
T
 
-
E
 
-
S
 
-
K
 
-
Q
 
-
K
 
-
G
 
-
I
 
-
M
 
-
D
 
-
L
 
-
G
 
-
V
 
-
D
 
-
V
 
-
L
 
-
P
 
-
Y
 
-
L
 
L
T
 
T
K
 
Y
D
 
S
A
 
A
G
 
N
D
 
N
R
 
R
N
 
S
R
 
A
T
 
S
S
 
V
-
 
R
-
 
I
P
 
P
F
 
Y
A
 
G
F
 
I
T
 
S
G
 
K
N
 
N
-
x
S
-
 
A
R
|
R
F
 
F
E
 
E
F
 
F
R
 
R
A
 
F
V
 
P
G
 
D
A
 
S
S
 
S
Q
 
-
S
 
-
V
 
-
S
 
S
G
 
N
P
 
P
L
 
Y
I
 
L
V
 
A
L
 
F
N
 
A
T
 
A
I
 
I
L
 
L
A
 
M
D
 
A
S
 
G
L
 
M
D
 
D
W
 
G
I
 
V
G
 
K
N
 
N
R
 
K
L
 
I
E
 
D
S
 
P
E
 
-
L
 
-
A
 
G
K
 
E
G
 
A
L
 
M
D
 
D
L
 
I
N
 
N
T
 
L
A
 
F
I
 
K
L
 
L
T
 
T
V
 
-
L
 
L
K
 
D
E
 
E
V
 
I
M
 
R
E
 
E
E
 
K

Query Sequence

>Synpcc7942_0169 FitnessBrowser__SynE:Synpcc7942_0169
MSGNAARVNAVHQITNREPLPSKPPMSLEAIWAENVFDLSKMQARLPKAVFKSIKNTIVT
GQKLDPSVADAVATAMKDWAMSKGALYYAHVFYPMTNVTAEKHDGFISVQGDGKVISEFS
GKVLVQGEPDGSSFPNGGIRDTFEARGYTGWDVTSPAYIMETDNGSTLCIPTVFVSWTGE
ALDKKVPLLRSIAAMDKAARKVLTLLGNTEVSQVNSSCGAEQEYFLVDANFAAQRPDLLL
AGRTLFGRPSAKGQEFDDHYFGAIPERVQVFMQDVEETLYKLGIPAKTRHNEVAPGQFEI
APFFEAANVASDHQQLIMTVLKQTAKKHGFMCLLHEKPFAGINGSGKHVNWSVGNATQGN
LLDPGDSPHDNAQFLVFCGAVIRGVHKYGPLMRAAIATASNDHRLGANEAPPAIMSVYLG
TQLEEVFEQIKTGTVTESKQKGIMDLGVDVLPYLTKDAGDRNRTSPFAFTGNRFEFRAVG
ASQSVSGPLIVLNTILADSLDWIGNRLESELAKGLDLNTAILTVLKEVMEEHGNVIFGGN
GYSEEWHREAVEKRGLANLPTTADALPVLKEEYIEDLFKKTGVLTPVELESRFEVYAEQY
ILSIEVEAKLAVSIAKTIIYPAAVEYLAKLSGTIASLSGLGIDFEKESARKIAELTSSLV
GAATQLSEALEHESSDTVEHLQYCAKTLRPLMDNVRTYADALEAEVADSFWPLPTYQEML
FIK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory