SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Synpcc7942_0411 FitnessBrowser__SynE:Synpcc7942_0411 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5ey5A Lbcats
52% identity, 97% coverage: 1:259/266 of query aligns to 1:256/261 of 5ey5A

query
sites
5ey5A
M
 
M
T
 
N
A
 
R
I
 
I
S
 
A
D
 
E
C
 
A
F
 
F
A
 
E
A
 
E
L
 
L
R
 
K
S
 
K
Q
 
K
G
 
G
R
 
E
C
 
K
A
 
A
L
 
L
I
 
I
P
 
P
F
 
F
L
 
I
T
 
T
A
 
A
G
 
G
D
 
D
P
 
P
D
 
D
L
 
L
E
 
E
T
 
T
T
 
T
R
 
L
Q
 
E
A
 
L
L
 
V
L
 
R
A
 
A
L
 
L
D
 
V
R
 
E
E
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
I
I
 
I
E
|
E
L
 
L
G
 
G
V
 
I
P
 
P
Y
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
L
 
L
A
 
A
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
|
I
Q
 
Q
A
 
R
A
 
A
A
 
S
T
 
Q
R
 
R
A
 
A
L
 
L
Q
 
A
A
 
S
G
 
G
T
 
T
R
 
T
L
 
L
D
 
D
D
 
K
V
 
V
L
 
F
A
 
E
L
 
M
L
 
V
K
 
R
D
 
E
V
 
L
R
 
R
S
 
E
Q
 
K
-
 
N
I
 
T
K
 
D
A
 
V
P
 
P
I
 
I
V
 
V
L
 
F
F
 
L
T
 
T
Y
 
Y
C
 
Y
N
 
N
P
 
P
I
 
I
L
 
F
N
 
R
R
 
Y
G
 
G
F
 
I
E
 
E
A
 
R
F
 
F
L
 
V
D
 
K
Q
 
E
I
 
C
A
 
A
A
 
E
A
 
A
G
 
G
A
 
V
N
 
D
G
 
G
L
 
L
V
 
I
V
 
V
P
 
P
D
 
D
L
 
L
P
 
P
L
 
P
E
 
E
E
 
E
S
 
A
Q
 
A
R
 
D
L
 
L
S
 
A
E
 
A
V
 
A
A
 
A
A
 
E
E
 
K
R
 
Y
G
 
G
I
 
V
D
 
D
L
 
L
I
 
I
L
 
F
L
 
L
I
 
V
A
 
A
P
 
P
T
 
T
S
 
S
S
 
T
A
 
D
D
 
E
R
 
R
I
 
I
A
 
K
A
 
M
I
 
I
S
 
A
K
 
K
Q
 
H
A
 
A
R
 
S
G
 
G
F
 
F
I
 
V
Y
|
Y
L
 
C
V
 
V
S
 
S
V
 
V
T
 
T
G
 
G
V
 
V
T
 
T
G
|
G
M
 
A
R
 
R
Q
 
S
G
 
E
M
 
-
Q
 
-
S
 
-
R
 
-
V
 
-
A
 
-
D
 
-
L
 
-
L
 
I
Q
 
S
E
 
R
I
 
I
R
 
R
Q
 
K
G
 
H
T
 
T
D
 
D
K
 
L
P
 
P
I
 
I
G
 
A
V
 
V
G
 
G
F
|
F
G
|
G
I
 
I
S
 
S
G
 
T
A
 
P
E
 
E
Q
 
Q
A
 
A
R
 
A
Q
 
E
V
 
V
R
 
A
D
 
Q
W
 
V
G
 
-
A
 
A
D
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
V
G
|
G
S
|
S
A
 
A
F
 
I
V
 
V
N
 
K
R
 
R
L
 
I
Q
 
E
E
 
E
Q
 
N
G
 
Q
-
 
D
-
 
E
-
 
E
-
 
D
-
 
I
V
 
V
E
 
E
G
 
E
V
 
V
A
 
R
T
 
E
L
 
F
C
 
V
R
 
R
E
 
E
L
 
L
R
 
R
Q
 
E
A
 
A
I
 
V

6uapC Crystal structure of tryptophan synthase from m. Tuberculosis - open form with brd6309 bound
39% identity, 88% coverage: 8:242/266 of query aligns to 8:231/250 of 6uapC

query
sites
6uapC
F
 
F
A
 
D
A
 
S
L
 
C
R
 
R
S
 
A
Q
 
N
G
 
N
R
 
R
C
 
A
A
 
A
L
 
L
I
 
I
P
 
G
F
 
Y
L
 
L
T
 
P
A
 
T
G
 
G
D
 
Y
P
 
P
D
 
D
L
 
V
E
 
P
T
 
A
T
 
S
R
 
V
Q
 
A
A
 
A
L
 
M
L
 
T
A
 
A
L
 
L
D
 
V
R
 
E
E
 
S
G
 
G
A
 
C
D
 
D
L
 
I
I
 
I
E
|
E
L
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
Y
 
Y
S
 
S
D
|
D
P
 
P
L
x
G
A
 
M
D
|
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
A
A
 
R
A
 
A
A
 
T
T
 
E
R
 
A
A
 
A
L
 
L
Q
 
R
A
 
G
G
 
G
T
 
V
R
 
R
L
 
V
D
 
R
D
 
D
V
 
T
L
 
L
A
 
A
L
 
A
L
 
V
K
 
E
D
 
A
V
 
I
R
 
-
S
 
S
Q
 
I
I
 
A
K
 
G
A
 
G
P
 
R
I
 
A
V
 
V
L
 
V
F
 
M
T
 
T
Y
 
Y
C
 
W
N
 
N
P
 
P
I
 
V
L
 
L
N
 
R
R
 
Y
G
 
G
F
 
V
E
 
D
A
 
A
F
 
F
L
 
A
D
 
R
Q
 
D
I
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
G
N
 
L
G
 
G
L
 
L
V
 
I
V
 
T
P
 
P
D
|
D
L
 
L
P
 
I
L
 
P
E
 
D
E
 
E
S
 
A
Q
 
Q
R
 
Q
L
 
W
S
 
L
E
 
A
V
 
A
A
 
S
A
 
E
E
 
E
R
 
H
G
 
R
I
 
L
D
 
D
L
 
R
I
 
I
L
 
F
L
 
L
I
 
V
A
 
A
P
 
P
T
 
S
S
 
S
S
 
T
A
 
P
D
 
E
R
 
R
I
 
L
A
 
A
A
 
A
I
 
T
S
 
V
K
 
E
Q
 
A
A
 
S
R
 
R
G
 
G
F
 
F
I
 
V
Y
|
Y
L
 
A
V
 
A
S
 
S
V
 
T
T
 
-
G
 
-
V
 
-
T
 
-
G
 
-
M
 
-
R
 
-
Q
 
-
G
 
-
M
 
V
Q
 
S
S
 
Q
R
 
A
V
 
A
A
 
P
D
 
E
L
 
L
L
 
V
Q
 
G
E
 
R
I
 
V
R
 
K
Q
 
A
G
 
V
T
 
S
D
 
D
K
 
I
P
 
P
I
 
V
G
 
G
V
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
I
 
V
S
 
R
G
 
-
A
 
S
E
 
R
Q
 
A
A
 
Q
R
 
A
Q
 
A
V
 
Q
R
 
I
D
 
A
W
 
Q
G
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
V
G
 
G
S
 
S
A
 
A
F
 
L
V
 
V
N
 
T
R
 
A
L
 
L
Q
 
T
E
 
E

6usaA Crystal structure of tryptophan synthase from m. Tuberculosis - aminoacrylate- and gsk1-bound form (see paper)
39% identity, 88% coverage: 8:242/266 of query aligns to 9:230/249 of 6usaA

query
sites
6usaA
F
 
F
A
 
D
A
 
S
L
 
C
R
 
R
S
 
A
Q
 
N
G
 
N
R
 
R
C
 
A
A
 
A
L
 
L
I
 
I
P
 
G
F
 
Y
L
 
L
T
 
P
A
 
T
G
 
G
D
 
Y
P
 
P
D
 
D
L
 
V
E
 
P
T
 
A
T
 
S
R
 
V
Q
 
A
A
 
A
L
 
M
L
 
T
A
 
A
L
 
L
D
 
V
R
 
E
E
 
S
G
 
G
A
 
C
D
 
D
L
 
I
I
 
I
E
|
E
L
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
Y
 
Y
S
 
S
D
 
D
P
 
P
L
x
G
A
 
M
D
|
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
A
A
 
R
A
 
A
A
 
T
T
 
E
R
 
A
A
 
A
L
 
L
Q
 
R
A
 
G
G
 
G
T
 
V
R
 
R
L
 
V
D
 
R
D
 
D
V
 
T
L
 
L
A
 
A
L
 
A
L
 
V
K
 
E
D
 
A
V
 
I
R
 
-
S
 
S
Q
 
I
I
 
A
K
 
G
A
 
G
P
 
R
I
 
A
V
 
V
L
 
V
F
 
M
T
 
T
Y
 
Y
C
 
W
N
 
N
P
 
P
I
 
V
L
 
L
N
 
R
R
 
Y
G
 
G
F
 
V
E
 
D
A
 
A
F
 
F
L
 
A
D
 
R
Q
 
D
I
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
G
N
 
L
G
 
G
L
 
L
V
 
I
V
 
T
P
 
P
D
|
D
L
 
L
P
 
I
L
 
P
E
 
D
E
 
E
S
 
A
Q
 
Q
R
 
Q
L
 
W
S
 
L
E
 
A
V
 
A
A
 
S
A
 
E
E
 
E
R
 
H
G
 
R
I
 
L
D
 
D
L
 
R
I
 
I
L
 
F
L
 
L
I
 
V
A
 
A
P
 
P
T
 
S
S
 
S
S
 
T
A
 
P
D
 
E
R
 
R
I
 
L
A
 
A
A
 
A
I
 
T
S
 
V
K
 
E
Q
 
A
A
 
S
R
 
R
G
 
G
F
 
F
I
 
V
Y
|
Y
L
 
A
V
 
A
S
 
S
V
 
-
T
 
-
G
 
-
V
 
-
T
 
-
G
 
-
M
 
-
R
 
-
Q
 
-
G
 
-
M
 
-
Q
 
S
S
 
Q
R
 
A
V
 
A
A
 
P
D
 
E
L
 
L
L
 
V
Q
 
G
E
 
R
I
 
V
R
 
K
Q
 
A
G
 
V
T
 
S
D
 
D
K
 
I
P
 
P
I
 
V
G
 
G
V
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
I
 
V
S
 
R
G
 
-
A
 
S
E
 
R
Q
 
A
A
 
Q
R
 
A
Q
 
A
V
 
Q
R
 
I
D
 
A
W
 
Q
G
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
V
G
 
G
S
 
S
A
 
A
F
 
L
V
 
V
N
 
T
R
 
A
L
 
L
Q
 
T
E
 
E

6u6cA Crystal structure of tryptophan synthase from m. Tuberculosis - aminoacrylate- and gsk2-bound form (see paper)
39% identity, 88% coverage: 8:242/266 of query aligns to 9:230/249 of 6u6cA

query
sites
6u6cA
F
 
F
A
 
D
A
 
S
L
 
C
R
 
R
S
 
A
Q
 
N
G
 
N
R
 
R
C
 
A
A
 
A
L
 
L
I
 
I
P
 
G
F
 
Y
L
 
L
T
 
P
A
 
T
G
 
G
D
 
Y
P
 
P
D
 
D
L
 
V
E
 
P
T
 
A
T
 
S
R
 
V
Q
 
A
A
 
A
L
 
M
L
 
T
A
 
A
L
 
L
D
 
V
R
 
E
E
 
S
G
 
G
A
 
C
D
 
D
L
 
I
I
 
I
E
|
E
L
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
Y
|
Y
S
 
S
D
 
D
P
 
P
L
x
G
A
x
M
D
|
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
A
A
 
R
A
 
A
A
 
T
T
 
E
R
 
A
A
 
A
L
 
L
Q
 
R
A
 
G
G
 
G
T
 
V
R
 
R
L
 
V
D
 
R
D
 
D
V
 
T
L
 
L
A
 
A
L
 
A
L
 
V
K
 
E
D
 
A
V
 
I
R
 
-
S
 
S
Q
 
I
I
 
A
K
 
G
A
 
G
P
 
R
I
 
A
V
 
V
L
 
V
F
 
M
T
 
T
Y
|
Y
C
 
W
N
 
N
P
 
P
I
 
V
L
 
L
N
 
R
R
 
Y
G
 
G
F
 
V
E
 
D
A
 
A
F
 
F
L
 
A
D
 
R
Q
 
D
I
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
G
N
 
L
G
 
G
L
 
L
V
 
I
V
 
T
P
 
P
D
|
D
L
 
L
P
 
I
L
 
P
E
 
D
E
 
E
S
 
A
Q
 
Q
R
 
Q
L
 
W
S
 
L
E
 
A
V
 
A
A
 
S
A
 
E
E
 
E
R
 
H
G
 
R
I
 
L
D
 
D
L
 
R
I
 
I
L
 
F
L
 
L
I
 
V
A
 
A
P
 
P
T
 
S
S
 
S
S
 
T
A
 
P
D
 
E
R
 
R
I
 
L
A
 
A
A
 
A
I
 
T
S
 
V
K
 
E
Q
 
A
A
 
S
R
 
R
G
 
G
F
 
F
I
 
V
Y
|
Y
L
 
A
V
 
A
S
 
S
V
 
-
T
 
-
G
 
-
V
 
-
T
 
-
G
 
-
M
 
-
R
 
-
Q
 
-
G
 
-
M
 
-
Q
 
S
S
 
Q
R
 
A
V
 
A
A
 
P
D
 
E
L
 
L
L
 
V
Q
 
G
E
 
R
I
 
V
R
 
K
Q
 
A
G
 
V
T
 
S
D
 
D
K
 
I
P
 
P
I
 
V
G
 
G
V
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
I
 
V
S
 
R
G
 
-
A
 
S
E
 
R
Q
 
A
A
 
Q
R
 
A
Q
 
A
V
 
Q
R
 
I
D
 
A
W
 
Q
G
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
V
G
 
G
S
 
S
A
 
A
F
 
L
V
 
V
N
 
T
R
 
A
L
 
L
Q
 
T
E
 
E

6dweA Crystal structure of tryptophan synthase from m. Tuberculosis - aminoacrylate- and brd0059-bound form
39% identity, 88% coverage: 8:242/266 of query aligns to 9:230/249 of 6dweA

query
sites
6dweA
F
 
F
A
 
D
A
 
S
L
 
C
R
 
R
S
 
A
Q
 
N
G
 
N
R
 
R
C
 
A
A
 
A
L
 
L
I
 
I
P
 
G
F
 
Y
L
 
L
T
 
P
A
 
T
G
 
G
D
 
Y
P
 
P
D
 
D
L
 
V
E
 
P
T
 
A
T
 
S
R
 
V
Q
 
A
A
 
A
L
 
M
L
 
T
A
 
A
L
 
L
D
 
V
R
 
E
E
 
S
G
 
G
A
 
C
D
 
D
L
 
I
I
 
I
E
|
E
L
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
Y
 
Y
S
 
S
D
|
D
P
 
P
L
 
G
A
 
M
D
|
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
A
A
 
R
A
 
A
A
 
T
T
 
E
R
 
A
A
 
A
L
 
L
Q
 
R
A
 
G
G
 
G
T
 
V
R
 
R
L
 
V
D
 
R
D
 
D
V
 
T
L
 
L
A
 
A
L
 
A
L
 
V
K
 
E
D
 
A
V
 
I
R
 
-
S
 
S
Q
 
I
I
 
A
K
 
G
A
 
G
P
 
R
I
 
A
V
 
V
L
 
V
F
 
M
T
 
T
Y
|
Y
C
 
W
N
 
N
P
 
P
I
 
V
L
 
L
N
 
R
R
 
Y
G
 
G
F
 
V
E
 
D
A
 
A
F
 
F
L
 
A
D
 
R
Q
 
D
I
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
G
N
 
L
G
 
G
L
 
L
V
 
I
V
 
T
P
 
P
D
 
D
L
 
L
P
 
I
L
 
P
E
 
D
E
 
E
S
 
A
Q
 
Q
R
 
Q
L
 
W
S
 
L
E
 
A
V
 
A
A
 
S
A
 
E
E
 
E
R
 
H
G
 
R
I
 
L
D
 
D
L
 
R
I
 
I
L
 
F
L
 
L
I
 
V
A
 
A
P
 
P
T
 
S
S
 
S
S
 
T
A
 
P
D
 
E
R
 
R
I
 
L
A
 
A
A
 
A
I
 
T
S
 
V
K
 
E
Q
 
A
A
 
S
R
 
R
G
 
G
F
 
F
I
 
V
Y
|
Y
L
 
A
V
 
A
S
 
S
V
 
-
T
 
-
G
 
-
V
 
-
T
 
-
G
 
-
M
 
-
R
 
-
Q
 
-
G
 
-
M
 
-
Q
 
S
S
 
Q
R
 
A
V
 
A
A
 
P
D
 
E
L
 
L
L
 
V
Q
 
G
E
 
R
I
 
V
R
 
K
Q
 
A
G
 
V
T
 
S
D
 
D
K
 
I
P
 
P
I
 
V
G
 
G
V
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
I
 
V
S
 
R
G
 
-
A
 
S
E
 
R
Q
 
A
A
 
Q
R
 
A
Q
 
A
V
 
Q
R
 
I
D
 
A
W
 
Q
G
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
V
G
 
G
S
 
S
A
 
A
F
 
L
V
 
V
N
 
T
R
 
A
L
 
L
Q
 
T
E
 
E

5tciA Crystal structure of tryptophan synthase from m. Tuberculosis - brd4592-bound form (see paper)
39% identity, 88% coverage: 8:242/266 of query aligns to 9:230/249 of 5tciA

query
sites
5tciA
F
 
F
A
 
D
A
 
S
L
 
C
R
 
R
S
 
A
Q
 
N
G
 
N
R
 
R
C
 
A
A
 
A
L
 
L
I
 
I
P
 
G
F
 
Y
L
 
L
T
 
P
A
 
T
G
 
G
D
 
Y
P
 
P
D
 
D
L
 
V
E
 
P
T
 
A
T
 
S
R
 
V
Q
 
A
A
 
A
L
 
M
L
 
T
A
 
A
L
 
L
D
 
V
R
 
E
E
 
S
G
 
G
A
 
C
D
 
D
L
 
I
I
 
I
E
|
E
L
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
Y
 
Y
S
 
S
D
|
D
P
 
P
L
x
G
A
 
M
D
|
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
A
A
 
R
A
 
A
A
 
T
T
 
E
R
 
A
A
 
A
L
 
L
Q
 
R
A
 
G
G
 
G
T
 
V
R
 
R
L
 
V
D
 
R
D
 
D
V
 
T
L
 
L
A
 
A
L
 
A
L
 
V
K
 
E
D
 
A
V
 
I
R
 
-
S
 
S
Q
 
I
I
 
A
K
 
G
A
 
G
P
 
R
I
 
A
V
 
V
L
 
V
F
 
M
T
 
T
Y
 
Y
C
 
W
N
 
N
P
 
P
I
 
V
L
 
L
N
 
R
R
 
Y
G
 
G
F
 
V
E
 
D
A
 
A
F
 
F
L
 
A
D
 
R
Q
 
D
I
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
G
N
 
L
G
 
G
L
 
L
V
 
I
V
 
T
P
 
P
D
|
D
L
 
L
P
 
I
L
 
P
E
 
D
E
 
E
S
 
A
Q
 
Q
R
 
Q
L
 
W
S
 
L
E
 
A
V
 
A
A
 
S
A
 
E
E
 
E
R
 
H
G
 
R
I
 
L
D
 
D
L
 
R
I
 
I
L
 
F
L
 
L
I
 
V
A
 
A
P
 
P
T
 
S
S
 
S
S
 
T
A
 
P
D
 
E
R
 
R
I
 
L
A
 
A
A
 
A
I
 
T
S
 
V
K
 
E
Q
 
A
A
 
S
R
 
R
G
 
G
F
 
F
I
 
V
Y
|
Y
L
 
A
V
 
A
S
 
S
V
 
-
T
 
-
G
 
-
V
 
-
T
 
-
G
 
-
M
 
-
R
 
-
Q
 
-
G
 
-
M
 
-
Q
 
S
S
 
Q
R
 
A
V
 
A
A
 
P
D
 
E
L
 
L
L
 
V
Q
 
G
E
 
R
I
 
V
R
 
K
Q
 
A
G
 
V
T
 
S
D
 
D
K
 
I
P
 
P
I
 
V
G
 
G
V
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
I
 
V
S
 
R
G
 
-
A
 
S
E
 
R
Q
 
A
A
 
Q
R
 
A
Q
 
A
V
 
Q
R
 
I
D
 
A
W
 
Q
G
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
V
G
 
G
S
 
S
A
 
A
F
 
L
V
 
V
N
 
T
R
 
A
L
 
L
Q
 
T
E
 
E

6u6cE Crystal structure of tryptophan synthase from m. Tuberculosis - aminoacrylate- and gsk2-bound form (see paper)
39% identity, 88% coverage: 8:242/266 of query aligns to 8:228/245 of 6u6cE

query
sites
6u6cE
F
 
F
A
 
D
A
 
S
L
 
C
R
 
R
S
 
A
Q
 
N
G
 
N
R
 
R
C
 
A
A
 
A
L
 
L
I
 
I
P
 
G
F
 
Y
L
 
L
T
 
P
A
 
T
G
 
G
D
 
Y
P
 
P
D
 
D
L
 
V
E
 
P
T
 
A
T
 
S
R
 
V
Q
 
A
A
 
A
L
 
M
L
 
T
A
 
A
L
 
L
D
 
V
R
 
E
E
 
S
G
 
G
A
 
C
D
 
D
L
 
I
I
 
I
E
|
E
L
 
V
G
 
G
V
 
V
P
 
P
Y
 
Y
S
 
S
D
 
D
P
 
P
L
x
G
A
x
M
D
|
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
A
A
 
R
A
 
A
A
 
T
T
 
E
R
 
A
A
 
A
L
 
L
Q
 
R
A
 
G
G
 
G
T
 
V
R
 
R
L
 
V
D
 
R
D
 
D
V
 
T
L
 
L
A
 
A
L
 
A
L
 
V
K
 
E
D
 
A
V
 
I
R
 
-
S
 
S
Q
 
I
I
 
A
K
 
G
A
 
G
P
 
R
I
 
A
V
 
V
L
 
V
F
 
M
T
 
T
Y
|
Y
C
 
W
N
 
N
P
 
P
I
 
V
L
 
L
N
 
R
R
 
Y
G
 
G
F
 
V
E
 
D
A
 
A
F
 
F
L
 
A
D
 
R
Q
 
D
I
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
G
 
G
A
 
G
N
 
L
G
 
G
L
 
L
V
 
I
V
 
T
P
 
P
D
|
D
L
 
L
P
 
I
L
 
P
E
 
D
E
 
E
S
 
A
Q
 
Q
R
 
Q
L
 
W
S
 
L
E
 
A
V
 
A
A
 
S
A
 
E
E
 
E
R
 
H
G
 
R
I
 
L
D
 
D
L
 
R
I
 
I
L
 
F
L
 
L
I
 
V
A
 
A
P
 
P
T
 
S
S
 
S
S
 
T
A
 
P
D
 
E
R
 
R
I
 
L
A
 
A
A
 
A
I
 
T
S
 
V
K
 
E
Q
 
A
A
 
S
R
 
R
G
 
G
F
 
F
I
 
V
Y
|
Y
L
 
A
V
 
A
S
 
S
V
 
-
T
 
-
G
 
-
V
 
-
T
 
-
G
 
-
M
 
-
R
 
-
Q
 
-
G
 
-
M
 
-
Q
 
-
S
 
Q
R
 
A
V
 
A
A
 
P
D
 
E
L
 
L
L
 
V
Q
 
G
E
 
R
I
 
V
R
 
K
Q
 
A
G
 
V
T
 
S
D
 
D
K
 
I
P
 
P
I
 
V
G
 
G
V
 
V
G
 
G
F
 
L
G
 
G
I
 
V
S
 
R
G
 
-
A
 
S
E
 
R
Q
 
A
A
 
Q
R
 
A
Q
 
A
V
 
Q
R
 
I
D
 
A
W
 
Q
G
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
I
V
 
V
G
 
G
S
 
S
A
 
A
F
 
L
V
 
V
N
 
T
R
 
A
L
 
L
Q
 
T
E
 
E

Sites not aligning to the query:

8b08A Tryptophan synthase - cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger after 30 sec (see paper)
35% identity, 97% coverage: 1:259/266 of query aligns to 2:260/269 of 8b08A

query
sites
8b08A
M
 
M
T
 
E
A
 
R
I
 
Y
S
 
E
D
 
N
C
 
L
F
 
F
A
 
A
A
 
Q
L
 
L
R
 
N
S
 
D
Q
 
R
G
 
R
R
 
E
C
 
G
A
 
A
L
 
F
I
 
V
P
 
P
F
|
F
L
 
V
T
 
T
A
 
L
G
 
G
D
 
D
P
 
P
D
 
G
L
 
I
E
 
E
T
 
Q
T
 
S
R
 
L
Q
 
K
A
 
I
L
 
I
L
 
D
A
 
T
L
 
L
D
 
I
R
 
D
E
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
A
I
 
L
E
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
V
P
 
P
Y
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
L
 
L
A
 
A
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
Q
A
 
N
A
 
A
A
 
N
T
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
F
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
T
 
V
-
 
T
-
 
P
-
 
A
R
 
Q
L
 
C
D
 
F
D
 
E
V
 
M
L
 
L
A
 
A
L
 
L
L
 
I
K
 
R
D
 
E
V
 
K
R
 
H
S
 
P
Q
 
T
I
 
I
K
 
-
A
 
-
P
 
P
I
 
I
V
 
G
L
 
L
F
 
L
T
 
M
Y
 
Y
C
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
L
 
F
N
 
N
R
 
N
G
 
G
F
 
I
E
 
D
A
 
A
F
 
F
L
 
Y
D
 
A
Q
 
R
I
 
C
A
 
E
A
 
Q
A
 
V
G
 
G
A
 
V
N
 
D
G
 
S
L
 
V
V
 
L
V
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
L
 
V
E
 
E
E
 
E
S
 
S
Q
 
A
R
 
P
L
 
F
S
 
R
E
 
Q
V
 
A
A
 
A
A
 
L
E
 
R
R
 
H
G
 
N
I
 
I
D
 
A
L
 
P
I
 
I
L
 
F
L
 
I
I
 
C
A
 
P
P
 
P
T
 
N
S
 
A
S
 
D
A
 
D
D
 
D
R
 
L
I
 
L
A
 
R
A
 
Q
I
 
V
S
 
A
K
 
S
Q
 
Y
A
 
G
R
 
R
G
 
G
F
 
Y
I
 
T
Y
|
Y
L
 
L
V
 
L
S
 
S
V
 
R
T
 
S
G
 
G
V
 
V
T
|
T
G
|
G
M
 
A
R
 
E
Q
 
N
G
 
R
M
 
G
Q
 
A
S
 
L
R
 
P
V
 
L
A
 
H
D
 
H
L
 
L
L
 
I
Q
 
E
E
 
K
I
 
L
R
 
K
Q
 
E
G
 
Y
T
 
H
D
 
A
K
 
A
P
 
P
I
 
A
G
 
L
V
 
Q
G
 
G
F
|
F
G
 
G
I
 
I
S
 
S
G
 
S
A
 
P
E
 
E
Q
 
Q
A
 
V
R
 
S
Q
 
A
V
 
A
R
 
V
D
 
R
W
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
A
G
 
G
V
 
A
I
 
I
V
x
S
G
|
G
S
|
S
A
 
A
F
 
I
V
 
V
N
 
-
R
 
K
L
 
I
Q
 
I
E
 
E
Q
 
K
G
 
N
V
 
L
E
 
A
G
 
S
V
 
P
A
 
K
T
 
Q
L
 
M
C
 
L
R
 
A
E
 
E
L
 
L
R
 
R
Q
 
S
A
 
F
I
 
V

1k3uA Crystal structure of wild-type tryptophan synthase complexed with n- [1h-indol-3-yl-acetyl]aspartic acid (see paper)
35% identity, 97% coverage: 1:259/266 of query aligns to 1:259/268 of 1k3uA

query
sites
1k3uA
M
 
M
T
 
E
A
 
R
I
 
Y
S
 
E
D
 
N
C
 
L
F
 
F
A
 
A
A
 
Q
L
 
L
R
 
N
S
 
D
Q
 
R
G
 
R
R
 
E
C
 
G
A
 
A
L
 
F
I
 
V
P
 
P
F
|
F
L
 
V
T
 
T
A
 
L
G
 
G
D
 
D
P
 
P
D
 
G
L
 
I
E
 
E
T
 
Q
T
 
S
R
 
L
Q
 
K
A
 
I
L
 
I
L
 
D
A
 
T
L
 
L
D
 
I
R
 
D
E
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
A
I
 
L
E
|
E
L
 
L
G
 
G
V
 
V
P
 
P
Y
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
L
 
L
A
 
A
D
|
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
|
I
Q
 
Q
A
 
N
A
 
A
A
 
N
T
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
F
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
T
 
V
-
 
T
-
 
P
-
 
A
R
 
Q
L
 
C
D
 
F
D
 
E
V
 
M
L
 
L
A
 
A
L
 
L
L
 
I
K
 
R
D
 
E
V
 
K
R
 
H
S
 
P
Q
 
T
I
 
I
K
 
-
A
 
-
P
 
P
I
 
I
V
 
G
L
 
L
F
x
L
T
 
M
Y
 
Y
C
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
L
 
F
N
 
N
R
 
N
G
 
G
F
 
I
E
 
D
A
 
A
F
 
F
L
 
Y
D
 
A
Q
 
R
I
 
C
A
 
E
A
 
Q
A
 
V
G
 
G
A
 
V
N
 
D
G
 
S
L
 
V
V
 
L
V
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
L
 
V
E
 
E
E
 
E
S
 
S
Q
 
A
R
 
P
L
 
F
S
 
R
E
 
Q
V
 
A
A
 
A
A
 
L
E
 
R
R
 
H
G
 
N
I
 
I
D
 
A
L
 
P
I
 
I
L
 
F
L
 
I
I
 
C
A
 
P
P
 
P
T
 
N
S
 
A
S
 
D
A
 
D
D
 
D
R
 
L
I
 
L
A
 
R
A
 
Q
I
 
V
S
 
A
K
 
S
Q
 
Y
A
 
G
R
 
R
G
 
G
F
 
Y
I
 
T
Y
|
Y
L
 
L
V
 
L
S
 
S
V
 
R
T
 
S
G
 
G
V
 
V
T
|
T
G
|
G
M
 
A
R
 
E
Q
 
N
G
 
R
M
 
G
Q
 
A
S
 
L
R
 
P
V
 
L
A
 
H
D
 
H
L
 
L
L
 
I
Q
 
E
E
 
K
I
 
L
R
 
K
Q
 
E
G
 
Y
T
 
H
D
 
A
K
 
A
P
 
P
I
 
A
G
 
L
V
 
Q
G
 
G
F
|
F
G
|
G
I
|
I
S
 
S
G
 
S
A
 
P
E
 
E
Q
 
Q
A
 
V
R
 
S
Q
 
A
V
 
A
R
 
V
D
 
R
W
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
A
G
 
G
V
 
A
I
|
I
V
x
S
G
|
G
S
|
S
A
 
A
F
 
I
V
 
V
N
 
-
R
 
K
L
 
I
Q
 
I
E
 
E
Q
 
K
G
 
N
V
 
L
E
 
A
G
 
S
V
 
P
A
 
K
T
 
Q
L
 
M
C
 
L
R
 
A
E
 
E
L
 
L
R
 
R
Q
 
S
A
 
F
I
 
V

1tjpA Crystal structure of wild-type tryptophan synthase complexed with 1- [(2-hydroxylphenyl)amino]3-glycerolphosphate (see paper)
35% identity, 97% coverage: 1:259/266 of query aligns to 1:259/267 of 1tjpA

query
sites
1tjpA
M
 
M
T
 
E
A
 
R
I
 
Y
S
 
E
D
 
N
C
 
L
F
 
F
A
 
A
A
 
Q
L
 
L
R
 
N
S
 
D
Q
 
R
G
 
R
R
 
E
C
 
G
A
 
A
L
 
F
I
 
V
P
 
P
F
 
F
L
 
V
T
 
T
A
 
L
G
 
G
D
 
D
P
 
P
D
 
G
L
 
I
E
 
E
T
 
Q
T
 
S
R
 
L
Q
 
K
A
 
I
L
 
I
L
 
D
A
 
T
L
 
L
D
 
I
R
 
D
E
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
A
I
 
L
E
|
E
L
 
L
G
 
G
V
 
V
P
 
P
Y
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
L
 
L
A
 
A
D
|
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
|
I
Q
 
Q
A
 
N
A
 
A
A
 
N
T
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
F
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
T
 
V
-
 
T
-
 
P
-
 
A
R
 
Q
L
 
C
D
 
F
D
 
E
V
 
M
L
 
L
A
 
A
L
 
L
L
 
I
K
 
R
D
 
E
V
 
K
R
 
H
S
 
P
Q
 
T
I
 
I
K
 
-
A
 
-
P
 
P
I
 
I
V
 
G
L
 
L
F
x
L
T
 
M
Y
 
Y
C
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
L
 
F
N
 
N
R
 
N
G
 
G
F
 
I
E
 
D
A
 
A
F
 
F
L
 
Y
D
 
A
Q
 
R
I
 
C
A
 
E
A
 
Q
A
 
V
G
 
G
A
 
V
N
 
D
G
 
S
L
 
V
V
 
L
V
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
L
 
V
E
 
E
E
 
E
S
 
S
Q
 
A
R
 
P
L
 
F
S
 
R
E
 
Q
V
 
A
A
 
A
A
 
L
E
 
R
R
 
H
G
 
N
I
 
I
D
 
A
L
 
P
I
 
I
L
 
F
L
 
I
I
 
C
A
 
P
P
 
P
T
 
N
S
 
A
S
 
D
A
 
D
D
 
D
R
 
L
I
 
L
A
 
R
A
 
Q
I
 
V
S
 
A
K
 
S
Q
 
Y
A
 
G
R
 
R
G
 
G
F
 
Y
I
 
T
Y
|
Y
L
 
L
V
 
L
S
 
S
V
 
R
T
 
S
G
 
G
V
 
V
T
|
T
G
|
G
M
 
A
R
 
E
Q
 
N
G
 
R
M
 
G
Q
 
A
S
 
L
R
 
P
V
 
L
A
 
H
D
 
H
L
 
L
L
 
I
Q
 
E
E
 
K
I
 
L
R
 
K
Q
 
E
G
 
Y
T
 
H
D
 
A
K
 
A
P
 
P
I
 
A
G
 
L
V
 
Q
G
 
G
F
|
F
G
|
G
I
 
I
S
 
S
G
 
S
A
 
P
E
 
E
Q
 
Q
A
 
V
R
 
S
Q
 
A
V
 
A
R
 
V
D
 
R
W
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
A
G
 
G
V
 
A
I
 
I
V
 
S
G
|
G
S
|
S
A
 
A
F
 
I
V
 
V
N
 
-
R
 
K
L
 
I
Q
 
I
E
 
E
Q
 
K
G
 
N
V
 
L
E
 
A
G
 
S
V
 
P
A
 
K
T
 
Q
L
 
M
C
 
L
R
 
A
E
 
E
L
 
L
R
 
R
Q
 
S
A
 
F
I
 
V

2clkA Tryptophan synthase in complex with d-glyceraldehyde 3- phosphate (g3p) (see paper)
34% identity, 97% coverage: 1:259/266 of query aligns to 1:259/267 of 2clkA

query
sites
2clkA
M
 
M
T
 
E
A
 
R
I
 
Y
S
 
E
D
 
N
C
 
L
F
 
F
A
 
A
A
 
Q
L
 
L
R
 
N
S
 
D
Q
 
R
G
 
R
R
 
E
C
 
G
A
 
A
L
 
F
I
 
V
P
 
P
F
|
F
L
 
V
T
 
T
A
 
L
G
 
G
D
 
D
P
 
P
D
 
G
L
 
I
E
 
E
T
 
Q
T
 
S
R
 
L
Q
 
K
A
 
I
L
 
I
L
 
D
A
 
T
L
 
L
D
 
I
R
 
D
E
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
A
I
 
L
E
|
E
L
 
L
G
 
G
V
 
V
P
 
P
Y
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
L
 
L
A
 
A
D
|
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
|
I
Q
 
Q
A
 
N
A
 
A
A
 
N
T
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
F
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
T
 
V
R
 
T
L
 
P
D
 
A
D
 
Q
V
 
C
L
 
F
A
 
E
L
 
M
L
 
L
K
 
A
D
 
I
V
 
I
R
 
R
S
 
E
Q
 
K
I
 
H
K
 
P
A
 
T
-
 
I
P
 
P
I
 
I
V
 
G
L
 
L
F
x
L
T
 
M
Y
 
Y
C
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
L
 
F
N
 
N
R
 
N
G
 
G
F
 
I
E
 
D
A
 
A
F
 
F
L
 
Y
D
 
A
Q
 
R
I
 
C
A
 
E
A
 
Q
A
 
V
G
 
G
A
 
V
N
 
D
G
 
S
L
 
V
V
 
L
V
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
L
 
V
E
 
E
E
 
E
S
 
S
Q
 
A
R
 
P
L
 
F
S
 
R
E
 
Q
V
 
A
A
 
A
A
 
L
E
 
R
R
 
H
G
 
N
I
 
I
D
 
A
L
 
P
I
 
I
L
 
F
L
 
I
I
 
C
A
 
P
P
 
P
T
 
N
S
 
A
S
 
D
A
 
D
D
 
D
R
 
L
I
 
L
A
 
R
A
 
Q
I
 
V
S
 
A
K
 
S
Q
 
Y
A
 
G
R
 
R
G
 
G
F
 
Y
I
 
T
Y
|
Y
L
 
L
V
 
L
S
 
S
V
 
R
T
 
S
G
 
G
V
 
V
T
|
T
G
|
G
M
 
A
R
 
E
Q
 
N
G
 
R
M
 
G
Q
 
A
S
 
L
R
 
P
V
 
L
A
 
H
D
 
H
L
 
L
L
 
I
Q
 
E
E
 
K
I
 
L
R
 
K
Q
 
E
G
 
Y
T
 
H
D
 
A
K
 
A
P
 
P
I
 
A
G
 
L
V
 
Q
G
 
G
F
|
F
G
|
G
I
 
I
S
 
S
G
 
S
A
 
P
E
 
E
Q
 
Q
A
 
V
R
 
S
Q
 
A
V
 
A
R
 
V
D
 
R
W
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
A
G
 
G
V
 
A
I
 
I
V
 
S
G
|
G
S
|
S
A
 
A
F
 
I
V
 
V
N
 
-
R
 
K
L
 
I
Q
 
I
E
 
E
Q
 
K
G
 
N
V
 
L
E
 
A
G
 
S
V
 
P
A
 
K
T
 
Q
L
 
M
C
 
L
R
 
A
E
 
E
L
 
L
R
 
R
Q
 
S
A
 
F
I
 
V

7jllA The internal aldimine crystal structure of salmonella typhimurium tryptophan synthase mutant beta-s377a in complex with inhibitor 2- ({[4-(trifluoromethoxy)phenyl]sulfonyl}amino)ethyl dihydrogen phosphate (f9f) at the alpha-site, cesium ion at the metal coordination site and l-tryptophan at the enzyme beta-site
35% identity, 95% coverage: 6:259/266 of query aligns to 5:258/267 of 7jllA

query
sites
7jllA
D
 
N
C
 
L
F
 
F
A
 
A
A
 
Q
L
 
L
R
 
N
S
 
D
Q
 
R
G
 
R
R
 
E
C
 
G
A
 
A
L
 
F
I
 
V
P
 
P
F
|
F
L
 
V
T
 
T
A
 
L
G
 
G
D
 
D
P
 
P
D
 
G
L
 
I
E
 
E
T
 
Q
T
 
S
R
 
L
Q
 
K
A
 
I
L
 
I
L
 
D
A
 
T
L
 
L
D
 
I
R
 
D
E
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
A
I
 
L
E
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
V
P
 
P
Y
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
L
 
L
A
 
A
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
Q
A
 
N
A
 
A
A
 
N
T
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
F
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
T
 
V
-
 
T
-
 
P
-
 
A
R
 
Q
L
 
C
D
 
F
D
 
E
V
 
M
L
 
L
A
 
A
L
 
L
L
 
I
K
 
R
D
 
E
V
 
K
R
 
H
S
 
P
Q
 
T
I
 
I
K
 
-
A
 
-
P
 
P
I
 
I
V
 
G
L
 
L
F
x
L
T
 
M
Y
 
Y
C
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
L
 
F
N
 
N
R
 
N
G
 
G
F
 
I
E
 
D
A
 
A
F
 
F
L
 
Y
D
 
A
Q
 
R
I
 
C
A
 
E
A
 
Q
A
 
V
G
 
G
A
 
V
N
 
D
G
 
S
L
 
V
V
x
L
V
 
V
P
x
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
L
 
V
E
 
E
E
 
E
S
 
S
Q
 
A
R
 
P
L
 
F
S
 
R
E
 
Q
V
 
A
A
 
A
A
 
L
E
 
R
R
 
H
G
 
N
I
 
I
D
 
A
L
 
P
I
 
I
L
 
F
L
x
I
I
 
C
A
 
P
P
|
P
T
x
N
S
 
A
S
 
D
A
 
D
D
 
D
R
 
L
I
 
L
A
 
R
A
 
Q
I
 
V
S
 
A
K
 
S
Q
 
Y
A
 
G
R
 
R
G
 
G
F
 
Y
I
 
T
Y
|
Y
L
 
L
V
 
L
S
 
S
V
x
R
T
x
S
G
 
G
V
 
V
T
|
T
G
|
G
M
 
A
R
 
E
Q
 
N
G
 
R
M
 
G
Q
 
A
S
x
L
R
 
P
V
 
L
A
 
H
D
 
H
L
 
L
L
 
I
Q
 
E
E
 
K
I
 
L
R
 
K
Q
 
E
G
 
Y
T
 
H
D
 
A
K
 
A
P
 
P
I
 
A
G
 
L
V
 
Q
G
 
G
F
|
F
G
|
G
I
 
I
S
 
S
G
 
S
A
 
P
E
 
E
Q
 
Q
A
 
V
R
 
S
Q
 
A
V
 
A
R
 
V
D
 
R
W
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
A
G
 
G
V
 
A
I
 
I
V
 
S
G
|
G
S
|
S
A
 
A
F
 
I
V
 
V
N
 
-
R
 
K
L
 
I
Q
 
I
E
 
E
Q
 
K
G
 
N
V
 
L
E
 
A
G
 
S
V
 
P
A
 
K
T
 
Q
L
 
M
C
 
L
R
 
A
E
 
E
L
 
L
R
 
R
Q
 
S
A
 
F
I
 
V

6xncA Salmonella typhimurium tryptophan synthase complexed with l-tryptophan and d-glycerol-3-phosphate (see paper)
35% identity, 95% coverage: 6:259/266 of query aligns to 5:258/267 of 6xncA

query
sites
6xncA
D
 
N
C
 
L
F
 
F
A
 
A
A
 
Q
L
 
L
R
 
N
S
 
D
Q
 
R
G
 
R
R
 
E
C
 
G
A
 
A
L
 
F
I
 
V
P
 
P
F
|
F
L
 
V
T
 
T
A
 
L
G
 
G
D
 
D
P
 
P
D
 
G
L
 
I
E
 
E
T
 
Q
T
 
S
R
 
L
Q
 
K
A
 
I
L
 
I
L
 
D
A
 
T
L
 
L
D
 
I
R
 
D
E
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
A
I
 
L
E
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
V
P
 
P
Y
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
L
 
L
A
 
A
D
 
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
Q
A
 
N
A
 
A
A
 
N
T
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
F
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
T
 
V
-
 
T
-
 
P
-
 
A
R
 
Q
L
 
C
D
 
F
D
 
E
V
 
M
L
 
L
A
 
A
L
 
L
L
 
I
K
 
R
D
 
E
V
 
K
R
 
H
S
 
P
Q
 
T
I
 
I
K
 
-
A
 
-
P
 
P
I
 
I
V
 
G
L
 
L
F
x
L
T
 
M
Y
 
Y
C
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
L
 
F
N
 
N
R
 
N
G
 
G
F
 
I
E
 
D
A
 
A
F
 
F
L
 
Y
D
 
A
Q
 
R
I
 
C
A
 
E
A
 
Q
A
 
V
G
 
G
A
 
V
N
 
D
G
 
S
L
 
V
V
 
L
V
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
L
 
V
E
 
E
E
 
E
S
 
S
Q
 
A
R
 
P
L
 
F
S
 
R
E
 
Q
V
 
A
A
 
A
A
 
L
E
 
R
R
 
H
G
 
N
I
 
I
D
 
A
L
 
P
I
 
I
L
 
F
L
 
I
I
 
C
A
 
P
P
 
P
T
 
N
S
 
A
S
 
D
A
 
D
D
 
D
R
 
L
I
 
L
A
 
R
A
 
Q
I
 
V
S
 
A
K
 
S
Q
 
Y
A
 
G
R
 
R
G
 
G
F
 
Y
I
 
T
Y
|
Y
L
 
L
V
 
L
S
 
S
V
 
R
T
 
S
G
 
G
V
 
V
T
|
T
G
|
G
M
 
A
R
 
E
Q
 
N
G
 
R
M
 
G
Q
 
A
S
 
L
R
 
P
V
 
L
A
 
H
D
 
H
L
 
L
L
 
I
Q
 
E
E
 
K
I
 
L
R
 
K
Q
 
E
G
 
Y
T
 
H
D
 
A
K
 
A
P
 
P
I
 
A
G
 
L
V
 
Q
G
 
G
F
|
F
G
|
G
I
 
I
S
 
S
G
 
S
A
 
P
E
 
E
Q
 
Q
A
 
V
R
 
S
Q
 
A
V
 
A
R
 
V
D
 
R
W
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
A
G
 
G
V
 
A
I
 
I
V
 
S
G
|
G
S
|
S
A
 
A
F
 
I
V
 
V
N
 
-
R
 
K
L
 
I
Q
 
I
E
 
E
Q
 
K
G
 
N
V
 
L
E
 
A
G
 
S
V
 
P
A
 
K
T
 
Q
L
 
M
C
 
L
R
 
A
E
 
E
L
 
L
R
 
R
Q
 
S
A
 
F
I
 
V

3cepA Structure of a tryptophan synthase quinonoid intermediate (see paper)
35% identity, 95% coverage: 6:259/266 of query aligns to 5:258/266 of 3cepA

query
sites
3cepA
D
 
N
C
 
L
F
 
F
A
 
A
A
 
Q
L
 
L
R
 
N
S
 
D
Q
 
R
G
 
R
R
 
E
C
 
G
A
 
A
L
 
F
I
 
V
P
 
P
F
|
F
L
 
V
T
 
T
A
 
L
G
 
G
D
 
D
P
 
P
D
 
G
L
 
I
E
 
E
T
 
Q
T
 
S
R
 
L
Q
 
K
A
 
I
L
 
I
L
 
D
A
 
T
L
 
L
D
 
I
R
 
D
E
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
A
I
 
L
E
|
E
L
 
L
G
 
G
V
 
V
P
 
P
Y
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
L
 
L
A
 
A
D
|
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
|
I
Q
 
Q
A
 
N
A
 
A
A
 
N
T
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
F
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
T
 
V
R
 
T
L
 
P
D
 
A
D
 
Q
V
 
C
L
 
F
A
 
E
L
 
M
L
 
L
K
 
A
D
 
I
V
 
I
R
 
R
S
 
E
Q
 
K
I
 
H
K
 
P
A
 
T
-
 
I
P
 
P
I
 
I
V
 
G
L
 
L
F
x
L
T
 
M
Y
 
Y
C
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
L
 
F
N
 
N
R
 
N
G
 
G
F
 
I
E
 
D
A
 
A
F
 
F
L
 
Y
D
 
A
Q
 
R
I
 
C
A
 
E
A
 
Q
A
 
V
G
 
G
A
 
V
N
 
D
G
 
S
L
 
V
V
 
L
V
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
L
 
V
E
 
E
E
 
E
S
 
S
Q
 
A
R
 
P
L
 
F
S
 
R
E
 
Q
V
 
A
A
 
A
A
 
L
E
 
R
R
 
H
G
 
N
I
 
I
D
 
A
L
 
P
I
 
I
L
 
F
L
 
I
I
 
C
A
 
P
P
 
P
T
 
N
S
 
A
S
 
D
A
 
D
D
 
D
R
 
L
I
 
L
A
 
R
A
 
Q
I
 
V
S
 
A
K
 
S
Q
 
Y
A
 
G
R
 
R
G
 
G
F
 
Y
I
 
T
Y
|
Y
L
 
L
V
 
L
S
 
S
V
 
R
T
 
S
G
 
G
V
 
V
T
|
T
G
 
G
M
 
A
R
 
E
Q
 
N
G
 
R
M
 
G
Q
 
A
S
 
L
R
 
P
V
 
L
A
 
H
D
 
H
L
 
L
L
 
I
Q
 
E
E
 
K
I
 
L
R
 
K
Q
 
E
G
 
Y
T
 
H
D
 
A
K
 
A
P
 
P
I
 
A
G
 
L
V
 
Q
G
 
G
F
|
F
G
|
G
I
 
I
S
 
S
G
 
S
A
 
P
E
 
E
Q
 
Q
A
 
V
R
 
S
Q
 
A
V
 
A
R
 
V
D
 
R
W
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
A
G
 
G
V
 
A
I
 
I
V
 
S
G
|
G
S
|
S
A
 
A
F
 
I
V
 
V
N
 
-
R
 
K
L
 
I
Q
 
I
E
 
E
Q
 
K
G
 
N
V
 
L
E
 
A
G
 
S
V
 
P
A
 
K
T
 
Q
L
 
M
C
 
L
R
 
A
E
 
E
L
 
L
R
 
R
Q
 
S
A
 
F
I
 
V

2trsA Crystal structures of mutant (betak87t) tryptophan synthase alpha2 beta2 complex with ligands bound to the active sites of the alpha and beta subunits reveal ligand-induced conformational changes (see paper)
35% identity, 97% coverage: 1:259/266 of query aligns to 1:253/262 of 2trsA

query
sites
2trsA
M
 
M
T
 
E
A
 
R
I
 
Y
S
 
E
D
 
N
C
 
L
F
 
F
A
 
A
A
 
Q
L
 
L
R
 
N
S
 
D
Q
 
R
G
 
R
R
 
E
C
 
G
A
 
A
L
 
F
I
 
V
P
 
P
F
|
F
L
 
V
T
 
T
A
 
L
G
 
G
D
 
D
P
 
P
D
 
G
L
 
I
E
 
E
T
 
Q
T
 
S
R
 
L
Q
 
K
A
 
I
L
 
I
L
 
D
A
 
T
L
 
L
D
 
I
R
 
D
E
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
A
I
 
L
E
|
E
L
 
L
G
 
G
V
 
V
P
 
P
Y
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
L
 
L
A
|
A
D
|
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
Q
A
 
N
A
 
A
A
 
N
T
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
F
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
T
 
V
-
 
T
-
 
P
-
 
A
R
 
Q
L
 
C
D
 
F
D
 
E
V
 
M
L
 
L
A
 
A
L
 
L
L
 
I
K
 
R
D
 
E
V
 
K
R
 
H
S
 
P
Q
 
T
I
 
I
K
 
-
A
 
-
P
 
P
I
 
I
V
 
G
L
 
L
F
 
L
T
 
M
Y
 
Y
C
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
L
 
F
N
 
N
R
 
N
G
 
G
F
 
I
E
 
D
A
 
A
F
 
F
L
 
Y
D
 
A
Q
 
R
I
 
C
A
 
E
A
 
Q
A
 
V
G
 
G
A
 
V
N
 
D
G
 
S
L
 
V
V
 
L
V
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
L
 
V
E
 
E
E
 
E
S
 
S
Q
 
A
R
 
P
L
 
F
S
 
R
E
 
Q
V
 
A
A
 
A
A
 
L
E
 
R
R
 
H
G
 
N
I
 
I
D
 
A
L
 
P
I
 
I
L
 
F
L
 
I
I
 
C
A
 
P
P
 
P
T
 
N
S
 
A
S
 
D
A
 
D
D
 
D
R
 
L
I
 
L
A
 
R
A
 
Q
I
 
V
S
 
A
K
 
S
Q
 
Y
A
 
G
R
 
R
G
 
G
F
 
Y
I
 
T
Y
|
Y
L
 
L
V
 
L
S
 
S
V
 
R
T
 
S
G
 
G
V
 
V
T
|
T
G
 
G
M
 
A
R
 
E
Q
 
N
G
 
H
M
 
-
Q
 
-
S
 
-
R
 
-
V
 
-
A
 
-
D
 
H
L
 
L
L
 
I
Q
 
E
E
 
K
I
 
L
R
 
K
Q
 
E
G
 
Y
T
 
H
D
 
A
K
 
A
P
 
P
I
 
A
G
 
L
V
 
Q
G
 
G
F
|
F
G
 
G
I
 
I
S
 
S
G
 
S
A
 
P
E
 
E
Q
 
Q
A
 
V
R
 
S
Q
 
A
V
 
A
R
 
V
D
 
R
W
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
A
G
 
G
V
 
A
I
 
I
V
 
S
G
 
G
S
|
S
A
 
A
F
 
I
V
 
V
N
 
-
R
 
K
L
 
I
Q
 
I
E
 
E
Q
 
K
G
 
N
V
 
L
E
 
A
G
 
S
V
 
P
A
 
K
T
 
Q
L
 
M
C
 
L
R
 
A
E
 
E
L
 
L
R
 
R
Q
 
S
A
 
F
I
 
V

1cx9A Crystal structure of the complex of bacterial tryptophan synthase with the transition state analogue inhibitor 4-(2-aminophenylthio)- butylphosphonic acid (see paper)
35% identity, 95% coverage: 6:259/266 of query aligns to 5:256/264 of 1cx9A

query
sites
1cx9A
D
 
N
C
 
L
F
 
F
A
 
A
A
 
Q
L
 
L
R
 
N
S
 
D
Q
 
R
G
 
R
R
 
E
C
 
G
A
 
A
L
 
F
I
 
V
P
 
P
F
 
F
L
 
V
T
 
T
A
 
L
G
 
G
D
 
D
P
 
P
D
 
G
L
 
I
E
 
E
T
 
Q
T
 
S
R
 
L
Q
 
K
A
 
I
L
 
I
L
 
D
A
 
T
L
 
L
D
 
I
R
 
D
E
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
A
I
 
L
E
|
E
L
 
L
G
 
G
V
 
V
P
 
P
Y
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
L
 
L
A
 
A
D
|
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
Q
A
 
N
A
 
A
A
 
N
T
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
F
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
T
 
V
-
 
T
-
 
P
-
 
A
R
 
Q
L
 
C
D
 
F
D
 
E
V
 
M
L
 
L
A
 
A
L
 
L
L
 
I
K
 
R
D
 
E
V
 
K
R
 
H
S
 
P
Q
 
T
I
 
I
K
 
-
A
 
-
P
 
P
I
 
I
V
 
G
L
 
L
F
x
L
T
 
M
Y
 
Y
C
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
L
 
F
N
 
N
R
 
N
G
 
G
F
 
I
E
 
D
A
 
A
F
 
F
L
 
Y
D
 
A
Q
 
R
I
 
C
A
 
E
A
 
Q
A
 
V
G
 
G
A
 
V
N
 
D
G
 
S
L
 
V
V
 
L
V
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
L
 
V
E
 
E
E
 
E
S
 
S
Q
 
A
R
 
P
L
 
F
S
 
R
E
 
Q
V
 
A
A
 
A
A
 
L
E
 
R
R
 
H
G
 
N
I
 
I
D
 
A
L
 
P
I
 
I
L
 
F
L
 
I
I
 
C
A
 
P
P
 
P
T
 
N
S
 
A
S
 
D
A
 
D
D
 
D
R
 
L
I
 
L
A
 
R
A
 
Q
I
 
V
S
 
A
K
 
S
Q
 
Y
A
 
G
R
 
R
G
 
G
F
 
Y
I
 
T
Y
|
Y
L
 
L
V
 
L
S
 
S
V
 
R
T
 
S
G
 
G
V
 
V
T
|
T
G
|
G
M
 
A
R
 
E
Q
 
N
G
 
-
M
 
-
Q
 
R
S
 
G
R
 
P
V
 
L
A
 
H
D
 
H
L
 
L
L
 
I
Q
 
E
E
 
K
I
 
L
R
 
K
Q
 
E
G
 
Y
T
 
H
D
 
A
K
 
A
P
 
P
I
 
A
G
 
L
V
 
Q
G
 
G
F
|
F
G
 
G
I
 
I
S
 
S
G
 
S
A
 
P
E
 
E
Q
 
Q
A
 
V
R
 
S
Q
 
A
V
 
A
R
 
V
D
 
R
W
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
A
G
 
G
V
 
A
I
 
I
V
 
S
G
|
G
S
|
S
A
 
A
F
 
I
V
 
V
N
 
-
R
 
K
L
 
I
Q
 
I
E
 
E
Q
 
K
G
 
N
V
 
L
E
 
A
G
 
S
V
 
P
A
 
K
T
 
Q
L
 
M
C
 
L
R
 
A
E
 
E
L
 
L
R
 
R
Q
 
S
A
 
F
I
 
V

1cw2A Crystal structure of the complex of bacterial tryptophan synthase with the transition state analogue inhibitor 4-(2-hydroxyphenylsulfinyl)- butylphosphonic acid (see paper)
35% identity, 95% coverage: 6:259/266 of query aligns to 5:256/264 of 1cw2A

query
sites
1cw2A
D
 
N
C
 
L
F
 
F
A
 
A
A
 
Q
L
 
L
R
 
N
S
 
D
Q
 
R
G
 
R
R
 
E
C
 
G
A
 
A
L
 
F
I
 
V
P
 
P
F
|
F
L
 
V
T
 
T
A
 
L
G
 
G
D
 
D
P
 
P
D
 
G
L
 
I
E
 
E
T
 
Q
T
 
S
R
 
L
Q
 
K
A
 
I
L
 
I
L
 
D
A
 
T
L
 
L
D
 
I
R
 
D
E
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
A
I
 
L
E
|
E
L
 
L
G
 
G
V
 
V
P
 
P
Y
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
L
 
L
A
 
A
D
|
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
Q
A
 
N
A
 
A
A
 
N
T
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
F
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
T
 
V
-
 
T
-
 
P
-
 
A
R
 
Q
L
 
C
D
 
F
D
 
E
V
 
M
L
 
L
A
 
A
L
 
L
L
 
I
K
 
R
D
 
E
V
 
K
R
 
H
S
 
P
Q
 
T
I
 
I
K
 
-
A
 
-
P
 
P
I
 
I
V
 
G
L
 
L
F
x
L
T
 
M
Y
 
Y
C
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
L
 
F
N
 
N
R
 
N
G
 
G
F
 
I
E
 
D
A
 
A
F
 
F
L
 
Y
D
 
A
Q
 
R
I
 
C
A
 
E
A
 
Q
A
 
V
G
 
G
A
 
V
N
 
D
G
 
S
L
 
V
V
 
L
V
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
L
 
V
E
 
E
E
 
E
S
 
S
Q
 
A
R
 
P
L
 
F
S
 
R
E
 
Q
V
 
A
A
 
A
A
 
L
E
 
R
R
 
H
G
 
N
I
 
I
D
 
A
L
 
P
I
 
I
L
 
F
L
 
I
I
 
C
A
 
P
P
 
P
T
 
N
S
 
A
S
 
D
A
 
D
D
 
D
R
 
L
I
 
L
A
 
R
A
 
Q
I
 
V
S
 
A
K
 
S
Q
 
Y
A
 
G
R
 
R
G
 
G
F
 
Y
I
 
T
Y
|
Y
L
 
L
V
 
L
S
 
S
V
 
R
T
 
S
G
 
G
V
 
V
T
|
T
G
|
G
M
 
A
R
 
E
Q
 
N
G
 
-
M
 
-
Q
 
R
S
 
G
R
 
P
V
 
L
A
 
H
D
 
H
L
 
L
L
 
I
Q
 
E
E
 
K
I
 
L
R
 
K
Q
 
E
G
 
Y
T
 
H
D
 
A
K
 
A
P
 
P
I
 
A
G
 
L
V
 
Q
G
 
G
F
|
F
G
 
G
I
 
I
S
 
S
G
 
S
A
 
P
E
 
E
Q
 
Q
A
 
V
R
 
S
Q
 
A
V
 
A
R
 
V
D
 
R
W
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
A
G
 
G
V
 
A
I
 
I
V
 
S
G
|
G
S
|
S
A
 
A
F
 
I
V
 
V
N
 
-
R
 
K
L
 
I
Q
 
I
E
 
E
Q
 
K
G
 
N
V
 
L
E
 
A
G
 
S
V
 
P
A
 
K
T
 
Q
L
 
M
C
 
L
R
 
A
E
 
E
L
 
L
R
 
R
Q
 
S
A
 
F
I
 
V

1c9dA Crystal structure of the complex of bacterial tryptophan synthase with the transition state analogue inhibitor 4-(2-hydroxy-4- fluorophenylthio)-butylphosphonic acid (see paper)
35% identity, 95% coverage: 6:259/266 of query aligns to 5:256/264 of 1c9dA

query
sites
1c9dA
D
 
N
C
 
L
F
 
F
A
 
A
A
 
Q
L
 
L
R
 
N
S
 
D
Q
 
R
G
 
R
R
 
E
C
 
G
A
 
A
L
 
F
I
 
V
P
 
P
F
 
F
L
 
V
T
 
T
A
 
L
G
 
G
D
 
D
P
 
P
D
 
G
L
 
I
E
 
E
T
 
Q
T
 
S
R
 
L
Q
 
K
A
 
I
L
 
I
L
 
D
A
 
T
L
 
L
D
 
I
R
 
D
E
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
A
I
 
L
E
|
E
L
 
L
G
 
G
V
 
V
P
 
P
Y
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
L
 
L
A
 
A
D
|
D
G
 
G
P
 
P
V
 
T
I
 
I
Q
 
Q
A
 
N
A
 
A
A
 
N
T
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
F
Q
 
A
A
 
A
G
 
G
T
 
V
-
 
T
-
 
P
-
 
A
R
 
Q
L
 
C
D
 
F
D
 
E
V
 
M
L
 
L
A
 
A
L
 
L
L
 
I
K
 
R
D
 
E
V
 
K
R
 
H
S
 
P
Q
 
T
I
 
I
K
 
-
A
 
-
P
 
P
I
 
I
V
 
G
L
 
L
F
x
L
T
 
M
Y
 
Y
C
 
A
N
 
N
P
 
L
I
 
V
L
 
F
N
 
N
R
 
N
G
 
G
F
 
I
E
 
D
A
 
A
F
 
F
L
 
Y
D
 
A
Q
 
R
I
 
C
A
 
E
A
 
Q
A
 
V
G
 
G
A
 
V
N
 
D
G
 
S
L
 
V
V
 
L
V
 
V
P
 
A
D
 
D
L
 
V
P
 
P
L
 
V
E
 
E
E
 
E
S
 
S
Q
 
A
R
 
P
L
 
F
S
 
R
E
 
Q
V
 
A
A
 
A
A
 
L
E
 
R
R
 
H
G
 
N
I
 
I
D
 
A
L
 
P
I
 
I
L
 
F
L
 
I
I
 
C
A
 
P
P
 
P
T
 
N
S
 
A
S
 
D
A
 
D
D
 
D
R
 
L
I
 
L
A
 
R
A
 
Q
I
 
V
S
 
A
K
 
S
Q
 
Y
A
 
G
R
 
R
G
 
G
F
 
Y
I
 
T
Y
|
Y
L
 
L
V
 
L
S
 
S
V