SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Synpcc7942_0707 FitnessBrowser__SynE:Synpcc7942_0707 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2x3lB Crystal structure of the orn_lys_arg decarboxylase family protein sar0482 from methicillin-resistant staphylococcus aureus (see paper)
28% identity, 96% coverage: 4:471/489 of query aligns to 1:421/423 of 2x3lB

query
sites
2x3lB
P
 
P
L
 
I
F
 
L
D
 
N
Q
 
K
L
 
L
L
 
E
A
 
S
S
 
L
A
 
N
Q
 
Q
Q
 
E
A
 
E
R
 
A
A
 
I
P
 
S
F
 
L
H
 
H
T
 
V
P
 
P
G
 
G
H
 
H
K
 
K
L
 
-
G
 
-
R
 
N
A
 
M
I
 
T
A
 
I
T
 
G
H
 
H
L
 
L
Q
 
S
Q
 
Q
A
 
L
W
 
S
G
 
M
S
 
T
A
 
M
I
 
-
F
 
-
Q
 
-
S
 
-
D
 
D
L
 
K
P
 
T
E
 
E
L
 
I
P
 
P
E
 
G
L
 
L
D
 
D
N
 
D
L
 
L
Y
 
H
A
 
H
A
 
P
S
 
E
G
 
E
V
 
V
L
 
I
A
 
L
E
 
K
S
 
S
Q
 
M
A
 
K
Q
 
Q
A
 
V
A
 
E
E
 
K
V
 
H
F
 
S
G
 
D
A
 
Y
D
 
D
R
 
-
S
 
G
W
 
Y
F
 
F
L
 
L
V
 
V
N
 
N
G
|
G
S
x
T
T
|
T
G
 
S
G
 
G
L
 
I
L
 
L
A
 
S
A
 
V
I
 
I
L
 
Q
T
 
S
I
 
F
C
 
S
S
 
Q
P
 
K
G
 
K
D
 
G
R
 
D
L
 
I
L
 
L
L
 
M
P
 
A
R
 
R
N
 
N
A
 
V
H
|
H
R
 
K
S
 
S
L
 
V
L
 
L
S
 
H
G
 
A
C
 
L
I
 
D
L
 
I
S
 
S
G
 
Q
A
 
Q
M
 
E
P
 
G
V
 
H
W
 
F
I
 
I
T
 
E
-
 
T
-
 
H
-
 
Q
P
 
S
P
 
P
E
 
L
A
 
T
A
 
N
D
 
H
F
 
Y
D
 
N
L
 
K
V
 
V
G
 
N
V
 
L
P
 
H
T
 
-
P
 
-
E
 
-
Q
 
-
V
 
-
A
 
-
T
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
Q
 
-
D
 
-
P
 
-
Q
 
-
I
 
-
K
 
K
A
 
L
V
 
V
V
 
V
L
 
L
V
 
T
S
 
Y
P
 
P
T
 
N
Y
 
Y
E
 
Y
G
 
G
V
 
E
C
 
T
A
 
F
D
 
N
V
 
V
A
 
E
A
 
E
I
 
V
A
 
I
A
 
K
I
 
S
A
 
L
H
 
H
N
 
Q
H
 
L
N
 
N
L
 
I
P
 
P
L
 
V
I
 
L
I
 
I
D
|
D
A
 
E
A
|
A
H
|
H
G
 
G
A
 
A
H
 
H
L
 
F
G
 
G
F
 
L
H
 
Q
P
 
-
D
 
G
L
 
F
P
 
P
R
 
D
S
 
S
P
 
T
L
 
L
H
 
N
E
 
Y
G
 
Q
A
 
A
D
 
D
L
 
Y
V
 
V
V
 
V
Q
 
Q
S
|
S
T
 
F
H
 
H
K
|
K
L
 
T
L
 
L
G
 
P
A
 
A
L
 
L
T
 
T
Q
 
M
A
 
G
A
 
S
M
 
V
L
 
L
H
 
Y
C
 
I
K
 
H
G
 
K
D
 
N
R
 
A
I
 
P
D
 
Y
P
 
R
E
 
E
R
 
N
L
 
I
S
 
I
Q
 
E
S
 
Y
L
 
L
A
 
S
L
 
Y
V
 
F
Q
 
Q
S
x
T
S
|
S
S
|
S
P
 
P
S
 
S
Y
 
Y
L
 
L
L
 
I
L
 
M
A
 
A
S
 
S
L
 
L
E
 
E
A
 
S
A
 
A
T
 
A
E
 
Q
Q
 
F
M
 
Y
R
 
K
T
 
T
S
 
Y
A
 
D
Q
 
S
D
 
T
L
 
L
L
 
F
Q
 
-
V
 
-
T
 
-
I
 
-
D
 
-
L
 
F
A
 
A
R
 
K
Q
 
R
A
 
A
H
 
-
Q
 
Q
R
 
L
L
 
I
A
 
E
E
 
C
L
 
L
P
 
E
G
 
N
L
 
K
Q
 
G
L
 
F
P
 
E
A
 
M
L
 
L
K
 
Q
I
 
V
G
 
D
N
 
-
R
 
-
E
 
-
G
 
-
F
 
-
P
 
-
Q
 
-
W
 
-
D
 
D
R
 
P
T
 
L
R
 
K
L
 
L
V
 
L
I
 
I
N
 
K
F
 
Y
Q
 
E
S
 
-
C
 
-
G
 
G
W
 
F
S
 
T
G
 
G
-
 
H
-
 
D
-
 
I
-
 
Q
-
 
N
-
 
W
-
 
F
F
 
M
C
 
N
A
 
A
D
 
H
E
 
I
Y
 
Y
L
 
L
H
 
E
-
 
L
-
 
A
E
 
D
Q
 
D
W
 
Y
Q
 
Q
V
 
A
T
 
L
A
 
A
E
 
I
L
 
L
P
 
P
S
 
L
L
 
W
S
 
H
N
 
H
L
 
D
V
 
D
F
 
T
H
 
Y
L
 
L
-
 
F
-
 
D
S
 
S
L
 
L
G
 
L
N
 
R
R
 
K
I
 
I
E
 
E
D
 
D
I
 
M
D
 
-
R
 
I
L
 
L
V
 
P
T
 
K
A
 
K
C
 
S
D
 
V
R
 
Q
L
 
L
L
 
L
S
 
T
Q
 
T
E
 
E
H
 
-
Q
 
-
E
 
G
E
 
N
L
 
Y
P
 
K
P
 
P
R
 
K
L
 
Y
P
 
V
V
 
T
W
 
W
L
 
C
E
 
D
P
 
-
E
 
-
T
 
-
I
 
-
L
 
-
S
 
-
P
 
-
R
 
-
Q
 
-
A
 
-
W
 
-
F
 
-
S
 
-
R
 
-
H
 
-
Q
 
-
T
 
-
V
 
-
S
 
-
A
 
L
E
 
K
Q
 
K
A
 
A
I
 
K
G
 
G
A
 
K
I
 
V
A
 
L
A
 
A
E
 
R
C
 
H
V
 
I
C
 
V
P
 
P
Y
 
Y
P
 
P
P
 
P
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
I
L
 
I
L
 
F
P
 
K
G
 
G
E
 
E
R
 
T
I
 
I
S
 
T
K
 
E
S
 
N
A
 
M
V
 
I
D
 
E
Y
 
L
L
 
V
R
 
N
Q
 
E
V
 
Y
Q
 
L
T
 
E
T
 
T
G
 
G
G
 
M
I
 
I
L
 
V
S
 
E
G
 
G
C
 
I
A
 
K
D
 
N
P
 
N
E
 
K
L
 
I

6q6iA Lysine decarboxylase a from pseudomonas aeruginosa
30% identity, 60% coverage: 4:298/489 of query aligns to 149:471/749 of 6q6iA

query
sites
6q6iA
P
 
P
L
 
F
F
 
F
D
 
R
Q
 
A
L
 
L
L
 
V
A
 
E
S
 
H
A
 
T
Q
 
A
Q
 
Q
A
 
S
R
 
N
A
 
Y
P
 
S
F
 
W
H
 
H
T
 
T
P
 
P
G
 
G
H
 
H
K
 
G
L
 
G
G
 
G
R
 
V
A
 
A
-
 
Y
-
 
R
-
 
K
-
 
S
-
 
P
I
 
V
A
 
G
T
 
Q
H
 
A
L
 
F
Q
 
H
Q
 
Q
A
 
F
W
 
F
G
 
G
S
 
E
A
 
N
I
 
T
F
 
L
Q
 
R
S
 
S
D
 
D
L
 
L
P
 
S
-
 
V
E
 
S
L
 
V
P
 
P
E
 
E
L
 
L
D
 
G
N
 
S
L
 
L
Y
 
L
A
 
D
A
 
H
S
 
T
G
 
G
V
 
P
L
 
L
A
 
A
E
 
E
S
 
A
Q
 
E
A
 
D
Q
 
R
A
 
A
A
 
A
E
 
R
V
 
N
F
 
F
G
 
G
A
 
A
D
 
D
R
 
H
S
 
T
W
 
F
F
 
F
L
 
V
V
 
I
N
 
N
G
 
G
S
x
T
T
x
S
G
 
T
G
 
A
L
 
N
L
 
K
A
 
I
A
 
V
I
 
W
L
 
H
T
 
S
I
 
M
C
 
V
S
 
G
P
 
R
G
 
E
D
 
D
R
 
L
L
 
V
L
 
L
L
 
V
P
 
D
R
 
R
N
 
N
A
 
C
H
|
H
R
 
K
S
 
S
L
 
I
L
 
L
S
 
H
G
 
S
C
 
I
I
 
I
L
 
M
S
 
T
G
 
G
A
 
A
M
 
I
P
 
P
V
 
L
W
 
Y
I
 
L
T
 
T
P
 
-
P
 
P
E
 
E
A
 
R
A
 
N
D
 
E
F
 
L
D
 
G
L
 
I
V
 
I
G
 
G
V
 
-
P
 
P
T
 
I
P
 
P
-
 
L
-
 
S
-
 
E
-
 
F
-
 
S
-
 
K
E
 
E
Q
 
S
V
 
I
A
 
A
T
 
A
A
 
K
L
 
I
A
 
A
-
 
A
-
 
S
-
 
P
-
 
L
-
 
A
-
 
R
-
 
G
Q
 
R
D
 
E
P
 
P
Q
 
K
I
 
V
K
 
K
A
 
L
V
 
A
V
 
V
L
 
V
V
 
T
S
 
N
P
 
S
T
 
T
Y
 
Y
E
 
D
G
 
G
V
 
L
C
 
C
A
 
Y
D
 
N
V
 
A
A
 
E
A
 
L
I
 
I
A
 
K
A
 
Q
I
 
T
A
 
L
H
 
G
N
 
D
H
 
S
N
 
V
L
 
E
P
 
V
L
 
L
I
 
H
I
 
F
D
|
D
A
 
E
A
|
A
H
x
W
G
 
Y
A
 
A
H
 
Y
L
 
A
G
 
A
F
 
F
H
 
H
P
 
E
-
 
F
-
 
Y
-
 
D
-
 
G
-
 
R
-
 
Y
D
 
G
L
 
M
P
 
G
R
 
T
S
 
S
P
 
R
L
 
S
H
 
E
E
 
E
G
 
G
-
 
P
A
 
L
D
 
V
L
 
F
V
 
A
V
 
T
Q
 
H
S
 
S
T
 
T
H
|
H
K
|
K
L
 
M
L
 
L
G
 
A
A
 
A
L
 
F
T
 
S
Q
 
Q
A
 
A
A
 
S
M
 
M
L
 
I
H
 
H
C
 
V
K
 
Q
G
 
D
D
 
G
-
 
G
-
 
T
-
 
R
R
 
K
I
 
L
D
 
D
P
 
V
E
 
A
R
 
R
L
 
F
S
 
N
Q
 
E
S
 
A
L
 
F
A
 
M
L
 
M
V
 
H
Q
 
I
S
 
S
S
 
T
S
 
S
P
 
P
S
 
Q
Y
 
Y
L
 
G
L
 
I
L
 
I
A
 
A
S
 
S
L
 
L
E
 
D
A
 
V
A
 
A
T
 
S
E
 
A
Q
 
M
M
 
M
R
 
E
T
 
G
S
 
P
A
 
A
-
 
G
Q
 
R
D
 
S
L
 
L
L
 
I
Q
 
Q
V
 
E
T
 
T
I
 
F
D
 
D
L
 
E
A
 
A
R
 
L
Q
 
S
A
 
F
H
 
R
Q
 
R
R
 
A
L
 
L
A
 
A
E
 
N
L
 
V

2vycA Crystal structure of acid induced arginine decarboxylase from e. Coli (see paper)
28% identity, 60% coverage: 4:298/489 of query aligns to 141:464/755 of 2vycA

query
sites
2vycA
P
 
P
L
 
L
F
 
F
D
 
S
Q
 
A
L
 
L
L
 
M
A
 
K
S
 
Y
A
 
S
Q
 
D
Q
 
I
A
 
H
R
 
E
A
 
Y
P
 
S
F
 
W
H
 
A
T
 
A
P
 
P
G
 
G
H
 
H
K
 
Q
L
 
G
G
 
G
R
 
V
A
 
G
I
 
F
A
 
T
T
 
K
-
 
T
-
 
P
-
 
A
-
 
G
-
 
R
H
 
F
L
 
Y
Q
 
H
Q
 
D
A
 
Y
W
 
Y
G
 
G
S
 
E
A
 
N
I
 
L
F
 
F
Q
 
R
S
 
T
D
 
D
L
 
M
P
 
G
-
 
I
E
 
E
L
 
R
P
 
T
E
 
S
L
 
L
D
 
G
N
 
S
L
 
L
Y
 
L
A
 
D
A
 
H
S
 
T
G
 
G
V
 
A
L
 
F
A
 
G
E
 
E
S
 
S
Q
 
E
A
 
K
Q
 
Y
A
 
A
A
 
A
E
 
R
V
 
V
F
 
F
G
 
G
A
 
A
D
 
D
R
 
R
S
 
S
W
 
W
F
 
S
L
 
V
V
 
V
N
 
V
G
|
G
S
x
T
T
x
S
G
 
G
G
 
S
L
 
N
L
 
R
A
 
T
A
 
I
I
 
M
L
 
Q
T
 
A
I
 
C
C
 
M
S
 
T
P
 
D
G
 
N
D
 
D
R
 
V
L
 
V
L
 
V
L
 
V
P
 
D
R
 
R
N
 
N
A
 
C
H
|
H
R
 
K
S
 
S
L
 
I
L
 
E
S
 
Q
G
 
G
C
 
L
I
 
M
L
 
L
S
 
T
G
 
G
A
 
A
M
 
K
P
 
P
V
 
V
W
 
Y
I
 
M
T
 
V
P
 
P
P
 
S
E
 
R
A
 
N
A
 
R
D
 
-
F
 
Y
D
 
G
L
 
I
V
 
I
G
 
G
-
 
P
-
 
I
V
 
Y
P
 
P
-
 
Q
-
 
E
-
 
M
T
 
Q
P
 
P
E
 
E
Q
 
T
V
 
L
A
 
Q
T
 
K
A
 
K
L
 
I
A
 
S
Q
 
E
D
 
S
P
 
P
Q
 
L
I
 
T
K
 
K
-
 
D
-
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
Q
-
 
K
-
 
P
-
 
S
A
 
Y
V
 
C
V
 
V
L
 
V
V
 
T
S
 
N
P
 
C
T
 
T
Y
 
Y
E
 
D
G
 
G
V
 
V
C
 
C
A
 
Y
D
 
N
V
 
A
A
 
K
A
 
E
I
 
A
A
 
Q
A
 
D
I
 
L
A
 
L
H
 
E
N
 
K
H
 
T
N
 
S
L
 
D
P
 
R
L
 
L
I
 
H
I
 
F
D
|
D
A
 
E
A
|
A
H
x
W
G
 
Y
A
 
G
H
 
Y
L
 
A
G
 
R
F
 
F
H
 
N
P
 
P
D
 
I
L
 
Y
P
 
A
R
 
D
S
 
H
P
 
Y
L
 
A
H
 
M
E
 
R
G
 
G
-
 
E
-
 
P
-
 
G
-
 
D
-
 
H
-
 
N
-
 
G
-
 
P
A
 
T
D
 
V
L
 
F
V
 
A
V
 
T
Q
 
H
S
|
S
T
 
T
H
|
H
K
|
K
L
 
L
L
 
L
G
 
N
A
 
A
L
 
L
T
 
S
Q
 
Q
A
 
A
A
 
S
M
 
Y
L
 
I
H
 
H
C
 
V
K
 
R
G
 
E
D
 
G
R
 
R
-
 
G
-
 
A
I
 
I
D
 
N
P
 
F
E
 
S
R
 
R
L
 
F
S
 
N
Q
 
Q
S
 
A
L
 
Y
A
 
M
L
 
M
V
 
H
Q
 
A
S
 
T
S
 
T
S
 
S
P
 
P
S
 
L
Y
 
Y
L
 
A
L
 
I
L
 
C
A
 
A
S
 
S
L
 
N
E
 
D
A
 
V
A
 
A
T
 
V
E
 
S
Q
 
M
M
 
M
R
 
D
-
 
G
T
 
N
S
 
S
A
 
G
Q
 
L
D
 
S
L
 
L
L
 
T
Q
 
Q
V
 
E
T
 
V
I
 
I
D
 
D
L
 
E
A
 
A
R
 
V
Q
 
D
A
 
F
H
 
R
Q
 
Q
R
 
A
L
 
M
A
 
A
E
 
R
L
 
L

P28629 Biodegradative arginine decarboxylase; ADC; EC 4.1.1.19 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
28% identity, 60% coverage: 4:298/489 of query aligns to 141:464/755 of P28629

query
sites
P28629
P
 
P
L
 
L
F
 
F
D
 
S
Q
 
A
L
 
L
L
 
M
A
 
K
S
 
Y
A
 
S
Q
 
D
Q
 
I
A
 
H
R
 
E
A
 
Y
P
 
S
F
 
W
H
 
A
T
 
A
P
 
P
G
 
G
H
 
H
K
 
Q
L
 
G
G
 
G
R
 
V
A
 
G
I
 
F
A
 
T
T
 
K
-
 
T
-
 
P
-
 
A
-
 
G
-
 
R
H
 
F
L
 
Y
Q
 
H
Q
 
D
A
 
Y
W
 
Y
G
 
G
S
 
E
A
 
N
I
 
L
F
 
F
Q
 
R
S
 
T
D
 
D
L
 
M
P
 
G
-
 
I
E
 
E
L
 
R
P
 
T
E
 
S
L
 
L
D
 
G
N
 
S
L
 
L
Y
 
L
A
 
D
A
 
H
S
 
T
G
 
G
V
 
A
L
 
F
A
 
G
E
 
E
S
 
S
Q
 
E
A
 
K
Q
 
Y
A
 
A
A
 
A
E
 
R
V
 
V
F
 
F
G
 
G
A
 
A
D
 
D
R
 
R
S
 
S
W
 
W
F
 
S
L
 
V
V
 
V
N
 
V
G
 
G
S
 
T
T
 
S
G
 
G
G
 
S
L
 
N
L
 
R
A
 
T
A
 
I
I
 
M
L
 
Q
T
 
A
I
 
C
C
 
M
S
 
T
P
 
D
G
 
N
D
 
D
R
 
V
L
 
V
L
 
V
L
 
V
P
 
D
R
 
R
N
 
N
A
 
C
H
 
H
R
 
K
S
 
S
L
 
I
L
 
E
S
 
Q
G
 
G
C
 
L
I
 
M
L
 
L
S
 
T
G
 
G
A
 
A
M
 
K
P
 
P
V
 
V
W
 
Y
I
 
M
T
 
V
P
 
P
P
 
S
E
 
R
A
 
N
A
 
R
D
 
-
F
 
Y
D
 
G
L
 
I
V
 
I
G
 
G
-
 
P
-
 
I
V
 
Y
P
 
P
-
 
Q
-
 
E
-
 
M
T
 
Q
P
 
P
E
 
E
Q
 
T
V
 
L
A
 
Q
T
 
K
A
 
K
L
 
I
A
 
S
Q
 
E
D
 
S
P
 
P
Q
 
L
I
 
T
K
 
K
-
 
D
-
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
Q
-
 
K
-
 
P
-
 
S
A
 
Y
V
 
C
V
 
V
L
 
V
V
 
T
S
 
N
P
 
C
T
 
T
Y
 
Y
E
 
D
G
 
G
V
 
V
C
 
C
A
 
Y
D
 
N
V
 
A
A
 
K
A
 
E
I
 
A
A
 
Q
A
 
D
I
 
L
A
 
L
H
 
E
N
 
K
H
 
T
N
 
S
L
 
D
P
 
R
L
 
L
I
 
H
I
 
F
D
 
D
A
 
E
A
 
A
H
 
W
G
 
Y
A
 
G
H
 
Y
L
 
A
G
 
R
F
 
F
H
 
N
P
 
P
D
 
I
L
 
Y
P
 
A
R
 
D
S
 
H
P
 
Y
L
 
A
H
 
M
E
 
R
G
 
G
-
 
E
-
 
P
-
 
G
-
 
D
-
 
H
-
 
N
-
 
G
-
 
P
A
 
T
D
 
V
L
 
F
V
 
A
V
 
T
Q
 
H
S
 
S
T
 
T
H
 
H
K
|
K
L
 
L
L
 
L
G
 
N
A
 
A
L
 
L
T
 
S
Q
 
Q
A
 
A
A
 
S
M
 
Y
L
 
I
H
 
H
C
 
V
K
 
R
G
 
E
D
 
G
R
 
R
-
 
G
-
 
A
I
 
I
D
 
N
P
 
F
E
 
S
R
 
R
L
 
F
S
 
N
Q
 
Q
S
 
A
L
 
Y
A
 
M
L
 
M
V
 
H
Q
 
A
S
 
T
S
 
T
S
 
S
P
 
P
S
 
L
Y
 
Y
L
 
A
L
 
I
L
 
C
A
 
A
S
 
S
L
 
N
E
 
D
A
 
V
A
 
A
T
 
V
E
 
S
Q
 
M
M
 
M
R
 
D
-
 
G
T
 
N
S
 
S
A
 
G
Q
 
L
D
 
S
L
 
L
L
 
T
Q
 
Q
V
 
E
T
 
V
I
 
I
D
 
D
L
 
E
A
 
A
R
 
V
Q
 
D
A
 
F
H
 
R
Q
 
Q
R
 
A
L
 
M
A
 
A
E
 
R
L
 
L

5xx1G Crystal structure of arginine decarboxylase (adia) from salmonella typhimurium (see paper)
29% identity, 60% coverage: 4:298/489 of query aligns to 142:444/735 of 5xx1G

query
sites
5xx1G
P
 
P
L
 
L
F
 
F
D
 
N
Q
 
A
L
 
L
L
 
M
A
 
-
S
 
-
A
 
-
Q
 
K
Q
 
Q
A
 
G
R
 
G
A
 
V
P
 
G
F
 
F
-
 
T
H
 
K
T
 
T
P
 
P
G
 
S
H
 
G
K
 
R
L
 
F
G
 
-
R
 
-
A
 
-
I
 
-
A
 
-
T
 
-
H
 
-
L
 
Y
Q
 
H
Q
 
D
A
 
Y
W
 
Y
G
 
G
S
 
E
A
 
N
I
 
L
F
 
F
Q
 
R
S
 
S
D
 
D
L
 
M
P
 
T
E
 
T
L
 
L
P
 
-
E
 
-
L
 
-
D
 
G
N
 
S
L
 
L
Y
 
L
A
 
D
A
 
H
S
 
T
G
 
G
V
 
A
L
 
F
A
 
G
E
 
E
S
 
S
Q
 
E
A
 
K
Q
 
N
A
 
A
A
 
A
E
 
R
V
 
V
F
 
F
G
 
G
A
 
A
D
 
D
R
 
R
S
 
S
W
 
W
F
 
S
L
 
V
V
 
V
N
 
V
G
|
G
S
x
T
T
x
S
G
 
G
G
 
S
L
 
N
L
 
R
A
 
T
A
 
I
I
 
M
L
 
Q
T
 
A
I
 
C
C
 
M
S
 
T
P
 
D
G
 
N
D
 
D
R
 
V
L
 
V
L
 
V
L
 
L
P
 
D
R
 
R
N
 
N
A
 
C
H
 
H
R
 
K
S
 
S
L
 
I
L
 
E
S
 
Q
G
 
G
C
 
L
I
 
I
L
 
L
S
 
T
G
 
G
A
 
A
M
 
K
P
 
P
V
 
V
W
 
Y
I
 
M
T
 
V
P
 
P
P
 
S
E
 
R
A
 
N
A
 
R
D
 
-
F
 
Y
D
 
G
L
 
I
V
 
I
G
 
G
-
 
P
-
 
I
V
 
Y
P
 
P
-
 
Q
-
 
E
-
 
M
T
 
Q
P
 
P
E
 
E
Q
 
T
V
 
L
A
 
Q
T
 
K
A
 
K
L
 
I
A
 
S
Q
 
A
D
 
S
P
 
P
Q
 
L
I
 
T
K
 
K
-
 
T
-
 
K
-
 
A
-
 
G
-
 
Q
-
 
K
-
 
P
A
 
S
V
 
Y
V
 
S
L
 
V
V
 
V
S
 
T
P
 
C
T
 
T
Y
 
Y
E
 
D
G
 
G
V
 
V
C
 
C
A
 
Y
D
 
N
V
 
A
A
 
K
A
 
E
I
 
A
A
 
Q
A
 
D
I
 
L
A
 
L
H
 
A
N
 
K
H
 
T
N
 
S
L
 
D
P
 
R
L
 
I
I
 
H
I
 
F
D
 
D
A
 
E
A
 
A
H
 
W
G
 
Y
A
 
G
H
 
Y
L
 
A
G
 
R
F
 
F
H
 
N
P
 
P
-
 
I
-
 
Y
-
 
C
-
 
D
-
 
H
-
 
Y
D
 
A
L
 
M
P
 
R
R
 
G
S
 
E
P
 
P
L
 
G
H
 
D
E
 
G
G
 
P
A
 
T
D
 
V
L
 
F
V
 
A
V
 
T
Q
 
H
S
 
S
T
 
T
H
|
H
K
 
K
L
 
L
L
 
L
G
 
N
A
 
A
L
 
L
T
 
S
Q
 
Q
A
 
A
A
 
S
M
 
Y
L
 
I
H
 
H
C
 
V
K
 
R
G
 
E
D
 
G
R
 
R
-
 
G
-
 
A
I
 
V
D
 
N
P
 
F
E
 
S
R
 
R
L
 
F
S
 
N
Q
 
Q
S
 
A
L
 
Y
A
 
M
L
 
M
V
 
H
Q
 
A
S
 
T
S
 
T
S
 
S
P
 
P
S
 
L
Y
 
Y
L
 
A
L
 
I
L
 
C
A
 
A
S
 
S
L
 
N
E
 
D
A
 
V
A
 
A
T
 
V
E
 
S
Q
 
M
M
 
M
R
 
D
-
 
G
T
 
N
S
 
S
A
 
G
Q
 
L
D
 
S
L
 
L
L
 
T
Q
 
Q
V
 
E
T
 
V
I
 
I
D
 
D
L
 
E
A
 
A
R
 
V
Q
 
D
A
 
F
H
 
R
Q
 
Q
R
 
A
L
 
M
A
 
A
E
 
R
L
 
L

6q7lA Inducible lysine decarboxylase (see paper)
27% identity, 60% coverage: 4:298/489 of query aligns to 131:442/711 of 6q7lA

query
sites
6q7lA
P
 
P
L
 
L
F
 
T
D
 
K
Q
 
A
L
 
L
L
 
F
A
 
K
S
 
Y
A
 
V
Q
 
R
Q
 
E
A
 
G
R
 
K
A
 
Y
P
 
T
F
 
F
H
 
C
T
 
T
P
 
P
G
 
G
H
 
H
K
 
M
L
 
G
G
 
G
R
 
T
A
 
A
-
 
F
-
 
Q
-
 
K
-
 
S
-
 
P
I
 
V
A
 
G
T
 
S
H
 
L
L
 
F
Q
 
Y
Q
 
D
A
 
F
W
 
F
G
 
G
S
 
P
A
 
N
I
 
T
F
 
M
Q
 
K
S
 
S
D
 
D
L
 
I
P
 
S
-
 
I
E
 
S
L
 
V
P
 
S
E
 
E
L
 
L
D
 
G
N
 
S
L
 
L
Y
 
L
A
 
D
A
 
H
S
 
S
G
 
G
V
 
P
L
 
H
A
 
K
E
 
E
S
 
A
Q
 
E
A
 
Q
Q
 
Y
A
 
I
A
 
A
E
 
R
V
 
V
F
 
F
G
 
N
A
 
A
D
 
D
R
 
R
S
 
S
W
 
Y
F
 
M
L
 
V
V
 
T
N
 
N
G
|
G
S
x
T
T
x
S
G
 
T
G
 
A
L
 
N
L
 
K
A
 
I
A
 
V
I
 
G
L
 
M
T
 
Y
I
 
S
C
 
A
S
 
P
P
 
A
G
 
G
D
 
S
R
 
T
L
 
I
L
 
L
L
 
I
P
 
D
R
 
R
N
 
N
A
 
C
H
|
H
R
 
K
S
 
S
L
 
L
L
 
T
S
 
H
G
 
L
C
 
M
I
 
M
L
 
M
S
 
S
G
 
D
A
 
V
M
 
T
P
 
P
V
 
I
W
 
Y
I
 
F
T
 
R
P
 
P
P
 
T
E
 
R
A
 
N
A
 
A
D
 
Y
F
 
G
D
 
I
L
 
L
V
 
G
G
 
G
V
 
I
P
 
P
T
 
Q
P
 
S
E
 
E
-
 
F
-
 
Q
-
 
H
-
 
A
Q
 
T
V
 
I
A
 
A
T
 
K
A
 
R
L
 
V
A
 
K
Q
 
E
D
 
T
P
 
P
Q
 
N
I
 
A
K
 
T
-
 
W
-
 
P
-
 
V
A
 
H
V
 
A
V
 
V
L
 
I
V
 
T
S
 
N
P
 
S
T
 
T
Y
 
Y
E
 
D
G
 
G
V
 
L
C
 
L
A
 
Y
D
 
N
V
 
T
A
 
D
A
 
F
I
 
I
A
 
K
A
 
K
I
 
T
A
 
L
H
 
D
N
 
V
H
 
K
N
 
S
L
 
I
P
 
H
L
 
F
I
 
-
I
 
-
D
|
D
A
 
S
A
|
A
H
x
W
G
 
V
A
 
P
H
 
Y
L
 
T
G
 
N
F
 
F
H
 
-
P
 
-
D
 
-
L
 
-
P
 
-
R
 
-
S
 
S
P
 
P
L
 
I
H
 
Y
E
 
E
G
 
G
-
 
K
-
 
C
-
 
G
-
 
M
-
 
S
-
 
G
-
 
G
-
 
R
-
 
V
-
 
E
-
 
G
-
 
K
A
 
V
D
 
I
L
 
Y
V
 
E
V
 
T
Q
 
Q
S
 
S
T
 
T
H
|
H
K
|
K
L
 
L
L
 
L
G
 
A
A
 
A
L
 
F
T
 
S
Q
 
Q
A
 
A
A
 
S
M
 
M
L
 
I
H
 
H
C
 
V
K
 
K
G
 
G
D
 
D
R
 
-
I
 
V
D
 
N
P
 
E
E
 
E
R
 
T
L
 
F
S
 
N
Q
 
E
S
 
A
L
 
Y
A
 
M
L
 
M
V
 
H
Q
 
T
S
x
T
S
 
T
S
|
S
P
 
P
S
 
H
Y
 
Y
L
 
G
L
 
I
L
 
V
A
 
A
S
 
S
L
 
T
E
 
E
A
 
T
A
 
A
T
 
A
E
 
A
Q
 
M
M
 
M
R
 
K
T
 
G
S
 
N
A
 
A
-
 
G
Q
 
K
D
 
R
L
 
L
L
 
I
Q
 
N
V
 
G
T
 
S
I
 
I
D
 
E
L
 
R
A
 
A
R
 
I
Q
 
K
A
 
F
H
 
R
Q
 
K
R
 
E
L
 
I
A
 
K
E
 
R
L
 
L

3n75A X-ray crystal structure of the escherichia coli inducible lysine decarboxylase ldci (see paper)
27% identity, 60% coverage: 4:298/489 of query aligns to 131:442/711 of 3n75A

query
sites
3n75A
P
 
P
L
 
L
F
 
T
D
 
K
Q
 
A
L
 
L
L
 
F
A
 
K
S
 
Y
A
 
V
Q
 
R
Q
 
E
A
 
G
R
 
K
A
 
Y
P
 
T
F
 
F
H
 
C
T
 
T
P
 
P
G
 
G
H
 
H
K
 
M
L
 
G
G
 
G
R
 
T
A
 
A
-
 
F
-
 
Q
-
 
K
-
 
S
-
 
P
I
 
V
A
 
G
T
 
S
H
 
L
L
 
F
Q
 
Y
Q
 
D
A
 
F
W
 
F
G
 
G
S
 
P
A
 
N
I
 
T
F
 
M
Q
 
K
S
 
S
D
 
D
L
 
I
P
 
S
-
 
I
E
 
S
L
 
V
P
 
S
E
 
E
L
 
L
D
 
G
N
 
S
L
 
L
Y
 
L
A
 
D
A
 
H
S
 
S
G
 
G
V
 
P
L
 
H
A
 
K
E
 
E
S
 
A
Q
 
E
A
 
Q
Q
 
Y
A
 
I
A
 
A
E
x
R
V
 
V
F
 
F
G
 
N
A
 
A
D
 
D
R
 
R
S
 
S
W
 
Y
F
 
M
L
 
V
V
 
T
N
 
N
G
 
G
S
 
T
T
 
S
G
 
T
G
 
A
L
 
N
L
 
K
A
 
I
A
 
V
I
 
G
L
 
M
T
 
Y
I
 
S
C
 
A
S
 
P
P
 
A
G
 
G
D
 
S
R
 
T
L
 
I
L
 
L
L
 
I
P
 
D
R
 
R
N
 
N
A
 
C
H
|
H
R
 
K
S
 
S
L
 
L
L
 
T
S
 
H
G
 
L
C
 
M
I
 
M
L
 
M
S
 
S
G
 
D
A
 
V
M
 
T
P
 
P
V
 
I
W
 
Y
I
 
F
T
 
R
P
 
P
P
 
T
E
 
R
A
 
N
A
 
A
D
 
Y
F
 
G
D
 
I
L
 
L
V
 
G
G
 
G
V
 
I
P
 
P
T
 
Q
P
 
S
E
 
E
-
 
F
-
 
Q
-
 
H
-
 
A
Q
 
T
V
 
I
A
 
A
T
 
K
A
 
R
L
 
V
A
 
K
Q
 
E
D
 
T
P
 
P
Q
 
N
I
 
A
K
 
T
-
 
W
-
 
P
-
 
V
A
 
H
V
 
A
V
 
V
L
 
I
V
 
T
S
 
N
P
 
S
T
 
T
Y
 
Y
E
 
D
G
 
G
V
 
L
C
 
L
A
 
Y
D
 
N
V
 
T
A
 
D
A
 
F
I
 
I
A
 
K
A
 
K
I
 
T
A
 
L
H
 
D
N
 
V
H
 
K
N
 
S
L
 
I
P
 
H
L
 
F
I
 
-
I
 
-
D
|
D
A
 
S
A
 
A
H
 
W
G
 
V
A
 
P
H
 
Y
L
 
T
G
 
N
F
 
F
H
 
-
P
 
-
D
 
-
L
 
-
P
 
-
R
 
-
S
 
S
P
 
P
L
 
I
H
 
Y
E
 
E
G
 
G
-
 
K
-
 
C
-
 
G
-
 
M
-
 
S
-
 
G
-
 
G
-
 
R
-
 
V
-
 
E
-
 
G
-
 
K
A
 
V
D
 
I
L
 
Y
V
 
E
V
 
T
Q
 
Q
S
 
S
T
 
T
H
 
H
K
|
K
L
 
L
L
 
L
G
 
A
A
 
A
L
 
F
T
 
S
Q
 
Q
A
 
A
A
 
S
M
 
M
L
 
I
H
 
H
C
 
V
K
 
K
G
 
G
D
 
D
R
 
-
I
 
V
D
 
N
P
 
E
E
 
E
R
 
T
L
 
F
S
 
N
Q
 
E
S
 
A
L
 
Y
A
 
M
L
 
M
V
 
H
Q
 
T
S
 
T
S
 
T
S
 
S
P
 
P
S
 
H
Y
 
Y
L
 
G
L
 
I
L
 
V
A
 
A
S
 
S
L
 
T
E
 
E
A
 
T
A
 
A
T
 
A
E
 
A
Q
 
M
M
 
M
R
x
K
T
x
G
S
 
N
A
 
A
-
 
G
Q
 
K
D
 
R
L
 
L
L
 
I
Q
 
N
V
 
G
T
 
S
I
 
I
D
 
E
L
 
R
A
 
A
R
 
I
Q
 
K
A
 
F
H
 
R
Q
 
K
R
 
E
L
 
I
A
 
K
E
 
R
L
 
L

Sites not aligning to the query:

1ordA Crystallographic structure of a plp-dependent ornithine decarboxylase from lactobacillus 30a to 3.1 angstroms resolution (see paper)
25% identity, 59% coverage: 4:290/489 of query aligns to 109:434/730 of 1ordA

query
sites
1ordA
P
 
P
L
 
F
F
 
F
D
 
K
Q
 
S
L
 
L
L
 
K
A
 
E
S
 
Y
A
 
V
Q
 
S
Q
 
R
A
 
G
R
 
L
A
 
I
P
 
Q
F
 
F
H
 
D
T
 
C
P
 
P
G
 
G
H
 
H
K
 
Q
L
 
G
G
 
G
R
 
Q
A
 
Y
I
 
Y
A
 
R
T
 
K
H
 
H
-
 
P
-
 
A
-
 
G
-
 
R
-
 
E
L
 
F
Q
 
Y
Q
 
D
A
 
F
W
 
F
G
 
G
S
 
E
A
 
T
I
 
V
F
 
F
Q
 
R
S
 
A
D
 
D
L
 
L
P
 
C
E
 
N
L
 
A
P
 
D
-
 
V
E
 
A
L
 
L
D
 
G
N
 
D
L
 
L
Y
 
L
A
 
I
A
 
H
S
 
E
G
 
G
V
 
P
L
 
A
A
 
V
E
 
A
S
 
A
Q
 
E
A
 
K
Q
 
H
A
 
A
A
 
A
E
 
R
V
 
V
F
 
Y
G
 
N
A
 
A
D
 
D
R
 
K
S
 
T
W
 
Y
F
 
F
L
 
V
V
 
L
N
 
G
G
|
G
S
|
S
T
x
S
G
 
N
G
 
A
L
 
N
L
 
N
A
 
T
A
 
V
I
 
T
L
 
S
T
 
A
I
 
L
C
 
V
S
 
S
P
 
N
G
 
G
D
 
D
R
 
L
L
 
V
L
 
L
L
 
F
P
 
D
R
 
R
N
 
N
A
 
N
H
|
H
R
 
K
S
 
S
L
 
V
L
 
Y
S
 
N
G
 
S
C
 
A
I
 
L
-
 
A
L
 
M
S
 
A
G
 
G
A
 
G
M
 
R
P
 
P
V
 
V
W
 
Y
I
 
L
T
 
Q
P
 
T
P
 
N
E
 
R
A
 
N
-
 
P
-
 
Y
-
 
G
-
 
F
-
 
I
-
 
G
-
 
G
-
 
I
-
 
Y
-
 
D
A
 
S
D
 
D
F
 
F
D
 
D
-
 
E
-
 
K
-
 
K
-
 
I
-
 
R
-
 
E
L
 
L
V
 
A
G
 
A
V
 
K
P
 
V
T
 
D
P
 
P
E
 
E
Q
 
R
V
 
-
A
 
-
T
 
-
A
 
A
L
 
K
A
 
W
Q
 
K
D
 
R
P
 
P
Q
 
F
I
 
R
K
 
L
A
 
A
V
 
V
V
 
I
L
 
Q
V
 
L
S
 
G
P
 
-
T
 
T
Y
 
Y
E
 
D
G
 
G
V
 
T
C
 
I
A
 
Y
D
 
N
V
 
A
-
 
H
A
 
E
A
 
V
I
 
V
A
 
K
A
 
R
I
 
I
A
 
G
H
 
H
N
 
L
H
 
C
N
 
D
L
 
Y
P
 
-
L
 
I
I
 
E
I
 
F
D
|
D
A
 
S
A
|
A
H
x
W
G
 
V
A
 
G
H
 
Y
L
 
E
G
 
Q
F
 
F
H
 
I
P
 
P
D
 
M
L
 
M
P
 
R
R
 
N
-
 
S
S
 
S
P
 
P
L
 
L
-
 
L
-
 
I
-
 
D
-
 
D
-
 
L
-
 
G
-
 
P
H
 
E
E
 
D
G
 
P
A
 
G
D
 
I
L
 
I
V
 
V
V
 
V
Q
 
Q
S
|
S
T
 
V
H
|
H
K
|
K
L
 
Q
L
 
Q
G
 
A
A
 
G
L
 
F
T
 
S
Q
 
Q
A
 
T
A
 
S
M
 
Q
L
 
I
H
 
H
C
 
K
K
 
K
G
 
D
D
 
S
R
 
H
I
 
I
-
 
K
-
 
G
-
 
Q
-
 
L
-
 
R
-
 
Y
-
 
C
D
 
D
P
 
H
E
 
K
R
 
H
L
 
F
S
 
N
Q
 
N
S
 
S
L
 
F
A
 
N
L
 
L
V
 
F
Q
 
M
S
 
S
S
x
T
S
|
S
P
 
P
S
 
F
Y
 
Y
L
 
P
L
 
M
L
 
Y
A
 
A
S
 
A
L
 
L
E
 
D
A
 
V
A
 
N
T
 
A
-
 
A
-
 
M
-
 
Q
-
 
E
-
 
G
E
 
E
Q
 
A
M
 
G
R
 
R
T
 
K
S
 
L
A
 
W
Q
 
H
D
 
D
L
 
L
L
 
L
Q
 
I
V
 
T
T
 
T
I
 
I
D
 
E
L
 
A
A
 
R
R
 
K
Q
 
K

1c4kA Ornithine decarboxylase mutant (gly121tyr) (see paper)
25% identity, 59% coverage: 4:290/489 of query aligns to 107:432/728 of 1c4kA

query
sites
1c4kA
P
 
P
L
 
F
F
 
F
D
 
K
Q
 
S
L
 
L
L
 
K
A
 
E
S
 
Y
A
 
V
Q
 
S
Q
 
R
A
 
Y
R
 
L
A
 
I
P
 
Q
F
 
F
H
 
D
T
 
C
P
 
P
G
 
G
H
 
H
K
 
Q
L
 
G
G
 
G
R
 
Q
A
 
Y
I
 
Y
A
 
R
T
 
K
H
 
H
-
 
P
-
 
A
-
 
G
-
 
R
-
 
E
L
 
F
Q
 
Y
Q
 
D
A
 
F
W
 
F
G
 
G
S
 
E
A
 
T
I
 
V
F
 
F
Q
 
R
S
 
A
D
 
D
L
 
L
P
 
C
E
 
N
L
 
A
P
 
D
-
 
V
E
 
A
L
 
L
D
 
G
N
 
D
L
 
L
Y
 
L
A
 
I
A
x
H
S
 
E
G
 
G
V
 
P
L
 
A
A
 
V
E
 
A
S
 
A
Q
x
E
A
 
K
Q
 
H
A
 
A
A
 
A
E
 
R
V
 
V
F
 
Y
G
 
N
A
 
A
D
 
D
R
x
K
S
x
T
W
x
Y
F
 
F
L
 
V
V
 
L
N
 
G
G
|
G
S
|
S
T
x
S
G
 
N
G
 
A
L
 
N
L
 
N
A
 
T
A
 
V
I
 
T
L
 
S
T
 
A
I
 
L
C
 
V
S
 
S
P
 
N
G
 
G
D
 
D
R
 
L
L
 
V
L
 
L
L
 
F
P
 
D
R
 
R
N
 
N
A
 
N
H
|
H
R
 
K
S
 
S
L
 
V
L
 
Y
S
 
N
G
 
S
C
 
A
I
 
L
-
 
A
L
 
M
S
 
A
G
 
G
A
 
G
M
 
R
P
 
P
V
 
V
W
 
Y
I
 
L
T
 
Q
P
 
T
P
 
N
E
 
R
A
 
N
-
 
P
-
 
Y
-
 
G
-
 
F
-
 
I
-
 
G
-
 
G
-
 
I
-
 
Y
-
 
D
A
 
S
D
 
D
F
 
F
D
 
D
-
 
E
-
 
K
-
 
K
-
 
I
-
 
R
-
 
E
L
 
L
V
 
A
G
 
A
V
 
K
P
 
V
T
 
D
P
 
P
E
 
E
Q
 
R
V
 
-
A
 
-
T
 
-
A
 
A
L
 
K
A
 
W
Q
 
K
D
 
R
P
 
P
Q
 
F
I
 
R
K
 
L
A
 
A
V
 
V
V
 
I
L
 
Q
V
 
L
S
 
G
P
 
-
T
 
T
Y
 
Y
E
 
D
G
 
G
V
 
T
C
 
I
A
 
Y
D
 
N
V
 
A
-
 
H
A
 
E
A
 
V
I
 
V
A
 
K
A
 
R
I
 
I
A
 
G
H
 
H
N
 
L
H
 
C
N
 
D
L
 
Y
P
 
-
L
 
I
I
 
E
I
 
F
D
|
D
A
 
S
A
|
A
H
 
W
G
 
V
A
 
G
H
 
Y
L
 
E
G
 
Q
F
 
F
H
 
I
P
 
P
D
 
M
L
 
M
P
 
R
R
 
N
-
 
S
S
 
S
P
 
P
L
 
L
-
 
L
-
 
I
-
 
D
-
 
D
-
 
L
-
 
G
-
 
P
H
 
E
E
 
D
G
 
P
A
 
G
D
 
I
L
 
I
V
 
V
V
 
V
Q
 
Q
S
|
S
T
 
V
H
|
H
K
|
K
L
 
Q
L
 
Q
G
 
A
A
 
G
L
 
F
T
 
S
Q
 
Q
A
 
T
A
 
S
M
 
Q
L
 
I
H
 
H
C
 
K
K
 
K
G
 
D
D
 
S
R
 
H
I
 
I
-
x
K
-
 
G
-
 
Q
-
 
L
-
 
R
-
x
Y
-
 
C
D
|
D
P
x
H
E
x
K
R
 
H
L
 
F
S
 
N
Q
 
N
S
 
S
L
 
F
A
 
N
L
 
L
V
 
F
Q
 
M
S
 
S
S
 
T
S
 
S
P
 
P
S
 
F
Y
 
Y
L
 
P
L
 
M
L
 
Y
A
 
A
S
 
A
L
 
L
E
 
D
A
 
V
A
 
N
T
 
A
-
 
A
-
 
M
-
 
Q
-
 
E
-
 
G
E
 
E
Q
 
A
M
 
G
R
 
R
T
 
K
S
 
L
A
 
W
Q
 
H
D
 
D
L
 
L
L
 
L
Q
 
I
V
 
T
T
 
T
I
 
I
D
 
E
L
 
A
A
 
R
R
 
K
Q
 
K

8snjA Crystal structure of arnb transferase from klebsiella aerogenes (lattice translocation disorder, p1 form)
34% identity, 25% coverage: 77:197/489 of query aligns to 47:159/370 of 8snjA

query
sites
8snjA
A
 
G
D
 
N
R
 
R
S
 
H
W
 
A
F
 
I
L
 
A
V
 
V
N
 
S
G
 
S
S
x
A
T
|
T
G
 
G
G
 
G
L
 
M
L
 
H
A
 
V
A
 
T
I
 
L
L
 
M
T
 
A
I
 
M
-
 
G
C
 
I
S
 
G
P
 
P
G
 
G
D
 
D
R
 
E
L
 
V
L
 
I
L
 
T
P
 
P
R
 
S
N
 
Q
A
 
T
H
x
W
R
 
V
S
|
S
L
 
T
L
 
L
S
 
N
G
 
M
C
 
I
I
 
C
L
 
L
S
 
L
G
 
G
A
 
A
M
 
T
P
 
P
V
 
V
W
 
M
I
 
I
T
 
D
P
 
-
P
 
-
E
 
-
A
 
-
A
 
V
D
 
D
F
 
H
D
 
D
L
 
N
V
 
L
G
 
M
V
 
I
P
 
-
T
 
T
P
 
P
E
 
E
Q
 
A
V
 
V
A
 
E
T
 
A
A
 
A
L
 
I
A
 
T
Q
 
S
D
 
-
P
 
-
Q
 
R
I
 
T
K
 
K
A
 
A
V
 
I
V
 
I
L
 
P
V
 
V
S
 
H
P
 
-
T
 
-
Y
 
Y
E
 
A
G
 
G
V
 
A
C
 
P
A
 
A
D
 
D
V
 
I
A
 
D
A
 
A
I
 
I
A
 
R
A
 
A
I
 
V
A
 
G
H
 
E
N
 
R
H
 
H
N
 
G
L
 
I
P
 
P
L
 
V
I
 
I
I
 
E
D
|
D
A
 
A
A
|
A
H
|
H
G
 
A
A
 
A

8sngA Crystal structure of arnb transferase from klebsiella aerogenes (lattice translocation disorder, p21 form)
34% identity, 25% coverage: 77:197/489 of query aligns to 47:159/368 of 8sngA

query
sites
8sngA
A
 
G
D
 
N
R
 
R
S
 
H
W
 
A
F
 
I
L
 
A
V
 
V
N
 
S
G
 
S
S
x
A
T
|
T
G
 
G
G
 
G
L
 
M
L
 
H
A
 
V
A
 
T
I
 
L
L
 
M
T
 
A
I
 
M
-
 
G
C
 
I
S
 
G
P
 
P
G
 
G
D
 
D
R
 
E
L
 
V
L
 
I
L
 
T
P
 
P
R
 
S
N
 
Q
A
 
T
H
x
W
R
 
V
S
|
S
L
 
T
L
 
L
S
 
N
G
 
M
C
 
I
I
 
C
L
 
L
S
 
L
G
 
G
A
 
A
M
 
T
P
 
P
V
 
V
W
 
M
I
 
I
T
 
D
P
 
-
P
 
-
E
 
-
A
 
-
A
 
V
D
 
D
F
 
H
D
 
D
L
 
N
V
 
L
G
 
M
V
 
I
P
 
-
T
 
T
P
 
P
E
 
E
Q
 
A
V
 
V
A
 
E
T
 
A
A
 
A
L
 
I
A
 
T
Q
 
S
D
 
-
P
 
-
Q
 
R
I
 
T
K
 
K
A
 
A
V
 
I
V
 
I
L
 
P
V
 
V
S
 
H
P
 
-
T
 
-
Y
 
Y
E
 
A
G
 
G
V
 
A
C
 
P
A
 
A
D
 
D
V
 
I
A
 
D
A
 
A
I
 
I
A
 
R
A
 
A
I
 
V
A
 
G
H
 
E
N
 
R
H
 
H
N
 
G
L
 
I
P
 
P
L
 
V
I
 
I
I
 
E
D
|
D
A
 
A
A
|
A
H
|
H
G
 
A
A
 
A

Sites not aligning to the query:

1pg8A Crystal structure of l-methionine alpha-, gamma-lyase
26% identity, 52% coverage: 68:321/489 of query aligns to 71:304/398 of 1pg8A

query
sites
1pg8A
Q
 
E
A
 
A
Q
 
R
A
 
M
A
 
A
E
 
S
V
 
L
F
 
E
G
 
G
A
 
G
D
 
E
R
 
A
S
 
G
W
 
L
F
 
A
L
 
L
V
 
A
N
x
S
G
|
G
S
 
-
T
x
M
G
 
G
G
 
A
L
 
I
L
 
T
A
 
S
A
 
T
I
 
L
L
 
W
T
 
T
I
 
L
C
 
L
S
 
R
P
 
P
G
 
G
D
 
D
R
 
E
L
 
V
L
 
L
L
 
L
P
 
G
R
 
N
N
 
T
A
 
-
H
 
-
R
 
-
S
 
-
L
 
-
L
 
L
S
x
Y
G
 
G
C
 
C
I
 
T
L
 
F
S
 
A
-
 
F
-
 
L
-
 
H
-
 
H
-
 
G
-
 
I
G
 
G
A
 
E
M
 
F
P
 
G
V
 
V
W
 
K
I
 
L
T
 
R
P
 
H
P
 
V
E
 
D
A
 
M
A
 
A
D
 
D
F
 
L
D
 
Q
L
 
-
V
 
-
G
 
-
V
 
-
P
 
-
T
 
-
P
 
-
E
 
-
Q
 
-
V
 
-
A
 
A
T
 
L
A
 
E
L
 
A
A
 
A
Q
 
M
D
 
T
P
 
P
Q
 
A
I
 
T
K
 
R
A
 
V
V
 
I
V
 
Y
L
 
F
V
 
E
S
 
S
P
 
P
T
 
A
Y
 
N
E
 
P
G
 
N
V
 
M
-
 
H
C
 
M
A
 
A
D
 
D
V
 
I
A
 
A
A
 
G
I
 
V
A
 
A
A
 
K
I
 
I
A
 
A
H
 
R
N
 
K
H
 
H
N
 
G
L
 
A
P
 
T
L
 
V
I
 
V
I
 
V
D
|
D
A
 
N
A
 
T
H
 
Y
G
 
C
A
 
T
H
 
-
L
 
-
G
 
-
F
 
-
H
 
-
P
 
P
D
 
Y
L
 
L
P
 
Q
R
 
R
S
 
-
P
 
P
L
 
L
H
 
E
E
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
V
V
 
V
Q
 
H
S
|
S
T
 
A
H
x
T
K
|
K
L
 
Y
L
 
L
-
 
S
-
 
G
-
 
H
G
 
G
A
 
D
L
 
I
T
 
T
Q
 
A
A
 
G
A
 
I
M
 
V
L
 
V
H
 
G
C
 
S
K
 
Q
G
 
A
-
 
L
-
 
V
D
 
D
R
 
R
I
 
I
D
 
R
P
 
L
E
 
Q
R
 
G
L
 
L
S
 
K
Q
 
D
S
 
M
L
 
T
A
 
G
L
 
A
V
 
V
Q
 
L
S
 
S
S
 
P
S
 
H
P
 
D
S
 
A
Y
 
A
L
 
L
L
 
L
L
 
M
A
 
R
S
 
G
L
 
I
E
 
K
A
 
T
A
 
L
T
 
N
E
 
L
Q
 
R
M
 
M
R
 
D
T
 
R
S
 
H
A
 
C
Q
 
A
D
 
N
L
 
A
L
 
Q
Q
 
V
V
 
L
T
 
A
I
 
E
D
 
F
L
 
L
A
 
A
R
 
R
Q
 
Q
A
 
P
H
 
Q
Q
 
V
R
 
E
L
 
L
A
 
I
E
 
H
L
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
Q
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
-
L
 
-
K
 
-
I
 
-
G
 
-
N
 
-
R
 
-
E
 
A
G
 
S
F
 
F
P
 
P
Q
 
Q
W
 
Y
D
 
T
R
 
L
T
 
A
R
 
R

Sites not aligning to the query:

P13254 L-methionine gamma-lyase; MGL; Homocysteine desulfhydrase; L-methioninase; EC 4.4.1.11; EC 4.4.1.2 from Pseudomonas putida (Arthrobacter siderocapsulatus) (see 3 papers)
26% identity, 52% coverage: 68:321/489 of query aligns to 71:304/398 of P13254

query
sites
P13254
Q
 
E
A
 
A
Q
 
R
A
 
M
A
 
A
E
 
S
V
 
L
F
 
E
G
 
G
A
 
G
D
 
E
R
 
A
S
 
G
W
 
L
F
 
A
L
 
L
V
 
A
N
 
S
G
|
G
S
 
-
T
x
M
G
 
G
G
 
A
L
 
I
L
 
T
A
 
S
A
 
T
I
 
L
L
 
W
T
 
T
I
 
L
C
 
L
S
 
R
P
 
P
G
 
G
D
 
D
R
 
E
L
 
V
L
 
L
L
 
L
P
 
G
R
 
N
N
 
T
A
 
-
H
 
-
R
 
-
S
 
-
L
 
-
L
 
L
S
x
Y
G
 
G
C
|
C
I
 
T
L
 
F
S
 
A
-
 
F
-
 
L
-
 
H
-
 
H
-
 
G
-
 
I
G
 
G
A
 
E
M
 
F
P
 
G
V
 
V
W
 
K
I
 
L
T
 
R
P
 
H
P
 
V
E
 
D
A
 
M
A
 
A
D
 
D
F
 
L
D
 
Q
L
 
-
V
 
-
G
 
-
V
 
-
P
 
-
T
 
-
P
 
-
E
 
-
Q
 
-
V
 
-
A
 
A
T
 
L
A
 
E
L
 
A
A
 
A
Q
 
M
D
 
T
P
 
P
Q
 
A
I
 
T
K
 
R
A
 
V
V
 
I
V
 
Y
L
 
F
V
 
E
S
 
S
P
 
P
T
 
A
Y
 
N
E
 
P
G
 
N
V
 
M
-
 
H
C
 
M
A
 
A
D
 
D
V
 
I
A
 
A
A
 
G
I
 
V
A
 
A
A
 
K
I
 
I
A
 
A
H
 
R
N
 
K
H
 
H
N
 
G
L
 
A
P
 
T
L
 
V
I
 
V
I
 
V
D
 
D
A
 
N
A
 
T
H
 
Y
G
 
C
A
 
T
H
 
-
L
 
-
G
 
-
F
 
-
H
 
-
P
 
P
D
 
Y
L
 
L
P
 
Q
R
 
R
S
 
-
P
 
P
L
 
L
H
 
E
E
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
V
V
 
V
Q
 
H
S
|
S
T
x
A
H
x
T
K
|
K
L
 
Y
L
 
L
-
 
S
-
 
G
-
 
H
G
 
G
A
 
D
L
 
I
T
 
T
Q
 
A
A
 
G
A
 
I
M
 
V
L
 
V
H
 
G
C
 
S
K
 
Q
G
 
A
-
 
L
-
 
V
D
 
D
R
 
R
I
 
I
D
 
R
P
 
L
E
 
Q
R
 
G
L
 
L
S
x
K
Q
x
D
S
 
M
L
 
T
A
 
G
L
 
A
V
 
V
Q
 
L
S
 
S
S
 
P
S
 
H
P
 
D
S
 
A
Y
 
A
L
 
L
L
 
L
L
 
M
A
 
R
S
 
G
L
 
I
E
 
K
A
 
T
A
 
L
T
 
N
E
 
L
Q
 
R
M
 
M
R
 
D
T
 
R
S
 
H
A
 
C
Q
 
A
D
 
N
L
 
A
L
 
Q
Q
 
V
V
 
L
T
 
A
I
 
E
D
 
F
L
 
L
A
 
A
R
 
R
Q
 
Q
A
 
P
H
 
Q
Q
 
V
R
 
E
L
 
L
A
 
I
E
 
H
L
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
Q
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
-
L
 
-
K
 
-
I
 
-
G
 
-
N
 
-
R
 
-
E
 
A
G
 
S
F
 
F
P
 
P
Q
 
Q
W
 
Y
D
 
T
R
 
L
T
 
A
R
 
R

Sites not aligning to the query:

5x2xA Crystal structure of pseudomonas putida methionine gamma-lyase wild type with l-homocysteine intermediates (see paper)
26% identity, 52% coverage: 68:321/489 of query aligns to 65:298/392 of 5x2xA

query
sites
5x2xA
Q
 
E
A
 
A
Q
 
R
A
 
M
A
 
A
E
 
S
V
 
L
F
 
E
G
 
G
A
 
G
D
 
E
R
 
A
S
 
G
W
 
L
F
 
A
L
 
L
V
 
A
N
 
S
G
|
G
S
 
-
T
x
M
G
 
G
G
 
A
L
 
I
L
 
T
A
 
S
A
 
T
I
 
L
L
 
W
T
 
T
I
 
L
C
 
L
S
 
R
P
 
P
G
 
G
D
 
D
R
 
E
L
 
V
L
 
L
L
 
L
P
 
G
R
 
N
N
 
T
A
 
-
H
 
-
R
 
-
S
 
-
L
 
-
L
 
L
S
x
Y
G
 
G
C
 
C
I
 
T
L
 
F
S
 
A
-
 
F
-
 
L
-
 
H
-
 
H
-
 
G
-
 
I
G
 
G
A
 
E
M
 
F
P
 
G
V
 
V
W
 
K
I
 
L
T
 
R
P
 
H
P
 
V
E
 
D
A
 
M
A
 
A
D
 
D
F
 
L
D
 
Q
L
 
-
V
 
-
G
 
-
V
 
-
P
 
-
T
 
-
P
 
-
E
 
-
Q
 
-
V
 
-
A
 
A
T
 
L
A
 
E
L
 
A
A
 
A
Q
 
M
D
 
T
P
 
P
Q
 
A
I
 
T
K
 
R
A
 
V
V
 
I
V
 
Y
L
 
F
V
 
E
S
 
S
P
 
P
T
 
A
Y
x
N
E
 
P
G
 
N
V
 
M
-
 
H
C
 
M
A
 
A
D
 
D
V
 
I
A
 
A
A
 
G
I
 
V
A
 
A
A
 
K
I
 
I
A
 
A
H
 
R
N
 
K
H
 
H
N
 
G
L
 
A
P
 
T
L
 
V
I
 
V
I
 
V
D
|
D
A
 
N
A
 
T
H
 
Y
G
 
C
A
 
T
H
 
-
L
 
-
G
 
-
F
 
-
H
 
-
P
 
P
D
 
Y
L
 
L
P
 
Q
R
 
R
S
 
-
P
 
P
L
 
L
H
 
E
E
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
V
V
 
V
Q
 
H
S
|
S
T
 
A
H
x
T
K
|
K
L
 
Y
L
 
L
-
 
S
-
 
G
-
 
H
G
 
G
A
 
D
L
 
I
T
 
T
Q
 
A
A
 
G
A
 
I
M
 
V
L
 
V
H
 
G
C
 
S
K
 
Q
G
 
A
-
 
L
-
 
V
D
 
D
R
 
R
I
 
I
D
 
R
P
 
L
E
 
Q
R
 
G
L
 
L
S
 
K
Q
 
D
S
 
M
L
 
T
A
 
G
L
 
A
V
 
V
Q
 
L
S
 
S
S
 
P
S
 
H
P
 
D
S
 
A
Y
 
A
L
 
L
L
 
L
L
 
M
A
 
R
S
 
G
L
 
I
E
 
K
A
 
T
A
 
L
T
 
N
E
 
L
Q
 
R
M
 
M
R
 
D
T
 
R
S
 
H
A
 
C
Q
 
A
D
 
N
L
 
A
L
 
Q
Q
 
V
V
 
L
T
 
A
I
 
E
D
 
F
L
 
L
A
 
A
R
 
R
Q
 
Q
A
 
P
H
 
Q
Q
 
V
R
 
E
L
 
L
A
 
I
E
 
H
L
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
Q
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
-
L
 
-
K
 
-
I
 
-
G
 
-
N
 
-
R
 
-
E
 
A
G
 
S
F
 
F
P
 
P
Q
 
Q
W
 
Y
D
 
T
R
 
L
T
 
A
R
 
R

Sites not aligning to the query:

5x2wA Crystal structure of pseudomonas putida methionine gamma-lyase wild type with l-methionine intermediates (see paper)
26% identity, 52% coverage: 68:321/489 of query aligns to 65:298/392 of 5x2wA

query
sites
5x2wA
Q
 
E
A
 
A
Q
 
R
A
 
M
A
 
A
E
 
S
V
 
L
F
 
E
G
 
G
A
 
G
D
 
E
R
 
A
S
 
G
W
 
L
F
 
A
L
 
L
V
 
A
N
x
S
G
|
G
S
 
-
T
x
M
G
 
G
G
 
A
L
 
I
L
 
T
A
 
S
A
 
T
I
 
L
L
 
W
T
 
T
I
 
L
C
 
L
S
 
R
P
 
P
G
 
G
D
 
D
R
 
E
L
 
V
L
 
L
L
 
L
P
 
G
R
 
N
N
 
T
A
 
-
H
 
-
R
 
-
S
 
-
L
 
-
L
 
L
S
x
Y
G
 
G
C
 
C
I
 
T
L
 
F
S
 
A
-
 
F
-
 
L
-
 
H
-
 
H
-
 
G
-
 
I
G
 
G
A
 
E
M
 
F
P
 
G
V
 
V
W
 
K
I
 
L
T
 
R
P
 
H
P
 
V
E
 
D
A
 
M
A
 
A
D
 
D
F
 
L
D
 
Q
L
 
-
V
 
-
G
 
-
V
 
-
P
 
-
T
 
-
P
 
-
E
 
-
Q
 
-
V
 
-
A
 
A
T
 
L
A
 
E
L
 
A
A
 
A
Q
 
M
D
 
T
P
 
P
Q
 
A
I
 
T
K
 
R
A
 
V
V
 
I
V
 
Y
L
 
F
V
 
E
S
 
S
P
 
P
T
 
A
Y
 
N
E
 
P
G
 
N
V
 
M
-
 
H
C
 
M
A
 
A
D
 
D
V
 
I
A
 
A
A
 
G
I
 
V
A
 
A
A
 
K
I
 
I
A
 
A
H
 
R
N
 
K
H
 
H
N
 
G
L
 
A
P
 
T
L
 
V
I
 
V
I
 
V
D
|
D
A
 
N
A
 
T
H
 
Y
G
 
C
A
 
T
H
 
-
L
 
-
G
 
-
F
 
-
H
 
-
P
 
P
D
 
Y
L
 
L
P
 
Q
R
 
R
S
 
-
P
 
P
L
 
L
H
 
E
E
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
L
 
L
V
 
V
V
 
V
Q
 
H
S
|
S
T
 
A
H
 
T
K
|
K
L
 
Y
L
 
L
-
 
S
-
 
G
-
 
H
G
 
G
A
 
D
L
 
I
T
 
T
Q
 
A
A
 
G
A
 
I
M
 
V
L
 
V
H
 
G
C
 
S
K
 
Q
G
 
A
-
 
L
-
 
V
D
 
D
R
 
R
I
 
I
D
 
R
P
 
L
E
 
Q
R
 
G
L
 
L
S
 
K
Q
 
D
S
 
M
L
 
T
A
 
G
L
 
A
V
 
V
Q
 
L
S
 
S
S
 
P
S
 
H
P
 
D
S
 
A
Y
 
A
L
 
L
L
 
L
L
 
M
A
 
R
S
 
G
L
 
I
E
 
K
A
 
T
A
 
L
T
 
N
E
 
L
Q
 
R
M
 
M
R
 
D
T
 
R
S
 
H
A
 
C
Q
 
A
D
 
N
L
 
A
L
 
Q
Q
 
V
V
 
L
T
 
A
I
 
E
D
 
F
L
 
L
A
 
A
R
 
R
Q
 
Q
A
 
P
H
 
Q
Q
 
V
R
 
E
L
 
L
A
 
I
E
 
H
L
 
Y
P
 
P
G
 
G
L
 
L
Q
 
-
L
 
-
P
 
-
A
 
-
L
 
-
K
 
-
I
 
-
G
 
-
N
 
-
R
 
-
E
 
A
G
 
S
F
 
F
P
 
P
Q
 
Q
W
 
Y
D
 
T
R
 
L
T
 
A
R
 
R

Sites not aligning to the query:

Q8ZNF3 UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose--oxoglutarate aminotransferase; Polymyxin resistance protein PmrH; UDP-(beta-L-threo-pentapyranosyl-4''-ulose diphosphate) aminotransferase; UDP-Ara4O aminotransferase; UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose aminotransferase; EC 2.6.1.87 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 2 papers)
28% identity, 51% coverage: 84:330/489 of query aligns to 60:309/385 of Q8ZNF3

query
sites
Q8ZNF3
V
 
V
N
 
S
G
 
S
S
 
A
T
 
T
G
 
A
G
 
G
L
 
M
L
 
H
A
 
I
A
 
A
I
 
L
L
 
M
T
 
A
I
 
L
-
 
G
C
 
I
S
 
G
P
 
E
G
 
G
D
 
D
R
 
E
L
 
V
L
 
I
L
 
T
P
 
P
R
 
S
N
 
M
A
 
T
H
 
W
R
 
V
S
 
S
L
 
T
L
 
L
S
 
N
G
 
M
C
 
I
I
 
V
L
 
L
S
 
L
G
 
G
A
 
A
M
 
N
P
 
P
V
 
V
W
 
M
I
 
V
T
 
D
P
 
-
P
 
-
E
 
-
A
 
-
A
 
V
D
 
D
F
 
R
D
 
D
L
 
T
V
 
L
G
 
M
V
 
V
P
 
-
T
 
T
P
 
P
E
 
E
Q
 
H
V
 
I
A
 
E
T
 
A
A
 
A
L
 
I
A
 
T
Q
 
-
D
 
-
P
 
P
Q
 
Q
I
 
T
K
 
K
A
 
A
V
 
I
V
 
I
L
 
P
V
 
V
S
 
H
P
 
-
T
 
-
Y
 
Y
E
 
A
G
 
G
V
 
A
C
 
P
A
 
A
D
 
D
V
 
L
A
 
D
A
 
A
I
 
I
A
 
Y
A
 
A
I
 
L
A
 
G
H
 
E
N
 
R
H
 
Y
N
 
G
L
 
I
P
 
P
L
 
V
I
 
I
I
 
E
D
 
D
A
 
A
A
 
A
H
 
H
-
 
A
-
 
T
-
 
G
-
 
T
-
 
S
-
 
Y
-
 
K
G
 
G
A
 
R
H
 
H
L
 
I
G
 
G
-
 
A
-
 
R
-
 
G
-
 
T
-
 
A
-
 
I
-
 
F
-
 
S
F
 
F
H
 
H
P
 
A
D
 
-
L
 
I
P
x
K
R
 
N
S
 
I
P
 
T
L
 
C
H
 
A
E
 
E
G
 
G
A
 
G
D
 
-
L
 
I
V
 
V
V
 
V
Q
 
T
S
 
D
T
 
N
H
 
P
K
 
Q
L
 
F
L
 
A
G
 
D
A
 
K
L
 
L
T
 
-
Q
 
R
A
 
S
A
 
L
M
 
K
L
 
F
H
 
H
C
 
G
K
 
L
G
 
G
-
 
V
-
 
D
-
 
A
-
 
W
D
 
D
R
 
R
I
 
Q
D
 
S
P
 
G
E
 
G
R
 
R
L
 
A
S
 
P
Q
 
Q
S
 
A
L
 
E
A
 
V
L
 
L
V
 
-
Q
 
-
S
 
-
S
 
-
S
 
A
P
 
P
S
 
G
Y
 
Y
L
 
K
L
 
Y
-
 
N
L
 
L
A
 
P
S
 
D
L
 
L
E
 
N
A
 
A
A
 
A
T
 
I
E
 
A
Q
 
L
M
 
A
R
 
Q
T
 
L
S
 
Q
A
 
K
Q
 
L
D
 
D
L
 
A
L
 
L
Q
 
N
V
 
A
-
 
R
T
 
R
I
 
A
D
 
A
L
 
I
A
 
A
R
 
A
Q
 
Q
A
 
Y
H
 
H
Q
 
Q
R
 
A
L
 
M
A
 
A
E
 
D
L
 
L
P
 
P
G
 
-
L
 
-
Q
 
-
L
 
F
P
 
Q
A
 
P
L
 
L
K
 
S
I
 
L
G
 
P
N
 
S
R
 
W
E
 
E
G
 
H
F
 
I
P
 
H
Q
 
A
W
 
W
D
 
H
R
 
L
T
 
F
R
 
I
L
 
I
V
 
R
I
 
V
N
 
D
F
 
E
Q
 
A
S
 
R
C
 
C
G
 
G

1mdzA Crystal structure of arnb aminotransferase with cycloserine and pyridoxal 5' phosphate (see paper)
34% identity, 24% coverage: 84:200/489 of query aligns to 52:167/364 of 1mdzA

query
sites
1mdzA
V
 
V
N
 
S
G
 
S
S
x
A
T
|
T
G
 
A
G
 
G
L
 
M
L
 
H
A
 
I
A
 
A
I
 
L
L
 
M
T
 
A
I
 
L
-
 
G
C
 
I
S
 
G
P
 
E
G
 
G
D
 
D
R
 
E
L
 
V
L
 
I
L
 
T
P
 
P
R
 
S
N
 
M
A
 
T
H
x
W
R
 
V
S
 
S
L
 
T
L
 
L
S
 
N
G
 
M
C
 
I
I
 
V
L
 
L
S
 
L
G
 
G
A
 
A
M
 
N
P
 
P
V
 
V
W
 
M
I
 
V
T
 
D
P
 
-
P
 
-
E
 
-
A
 
-
A
 
V
D
 
D
F
 
R
D
 
D
L
 
T
V
 
L
G
 
M
V
 
V
P
 
-
T
 
T
P
 
P
E
 
E
Q
 
H
V
 
I
A
 
E
T
 
A
A
 
A
L
 
I
A
 
T
Q
 
-
D
 
-
P
 
P
Q
 
Q
I
 
T
K
 
K
A
 
A
V
 
I
V
 
I
L
 
P
V
 
V
S
 
H
P
 
-
T
 
-
Y
 
Y
E
 
A
G
 
G
V
 
A
C
 
P
A
 
A
D
 
D
V
 
L
A
 
D
A
 
A
I
 
I
A
 
Y
A
 
A
I
 
L
A
 
G
H
 
E
N
 
R
H
 
Y
N
 
G
L
 
I
P
 
P
L
 
V
I
 
I
I
 
E
D
|
D
A
 
A
A
|
A
H
|
H
-
 
A
-
 
T
-
 
G
-
 
T
-
 
S
-
 
Y
-
 
K
G
 
G
A
 
R
H
 
H
L
 
I
G
 
G

Sites not aligning to the query:

1mdxA Crystal structure of arnb transferase with pyridoxal 5' phosphate (see paper)
34% identity, 24% coverage: 84:200/489 of query aligns to 52:167/366 of 1mdxA

query
sites
1mdxA
V
 
V
N
 
S
G
 
S
S
x
A
T
|
T
G
 
A
G
 
G
L
 
M
L
 
H
A
 
I
A
 
A
I
 
L
L
 
M
T
 
A
I
 
L
-
 
G
C
 
I
S
 
G
P
 
E
G
 
G
D
 
D
R
 
E
L
 
V
L
 
I
L
 
T
P
 
P
R
 
S
N
 
M
A
 
T
H
 
W
R
 
V
S
 
S
L
 
T
L
 
L
S
 
N
G
 
M
C
 
I
I
 
V
L
 
L
S
 
L
G
 
G
A
 
A
M
 
N
P
 
P
V
 
V
W
 
M
I
 
V
T
 
D
P
 
-
P
 
-
E
 
-
A
 
-
A
 
V
D
 
D
F
 
R
D
 
D
L
 
T
V
 
L
G
 
M
V
 
V
P
 
-
T
 
T
P
 
P
E
 
E
Q
 
H
V
 
I
A
 
E
T
 
A
A
 
A
L
 
I
A
 
T
Q
 
-
D
 
-
P
 
P
Q
 
Q
I
 
T
K
 
K
A
 
A
V
 
I
V
 
I
L
 
P
V
 
V
S
 
H
P
 
-
T
 
-
Y
 
Y
E
 
A
G
 
G
V
 
A
C
 
P
A
 
A
D
 
D
V
 
L
A
 
D
A
 
A
I
 
I
A
 
Y
A
 
A
I
 
L
A
 
G
H
 
E
N
 
R
H
 
Y
N
 
G
L
 
I
P
 
P
L
 
V
I
 
I
I
 
E
D
|
D
A
 
A
A
|
A
H
|
H
-
 
A
-
 
T
-
 
G
-
 
T
-
 
S
-
 
Y
-
 
K
G
 
G
A
 
R
H
 
H
L
 
I
G
 
G

Sites not aligning to the query:

1mdoA Crystal structure of arnb aminotransferase with pyridomine 5' phosphate (see paper)
34% identity, 24% coverage: 84:200/489 of query aligns to 52:167/365 of 1mdoA

query
sites
1mdoA
V
 
V
N
 
S
G
 
S
S
x
A
T
|
T
G
 
A
G
 
G
L
 
M
L
 
H
A
 
I
A
 
A
I
 
L
L
 
M
T
 
A
I
 
L
-
 
G
C
 
I
S
 
G
P
 
E
G
 
G
D
 
D
R
 
E
L
 
V
L
 
I
L
 
T
P
 
P
R
 
S
N
 
M
A
 
T
H
x
W
R
 
V
S
 
S
L
 
T
L
 
L
S
 
N
G
 
M
C
 
I
I
 
V
L
 
L
S
 
L
G
 
G
A
 
A
M
 
N
P
 
P
V
 
V
W
 
M
I
 
V
T
 
D
P
 
-
P
 
-
E
 
-
A
 
-
A
 
V
D
 
D
F
 
R
D
 
D
L
 
T
V
 
L
G
 
M
V
 
V
P
 
-
T
 
T
P
 
P
E
 
E
Q
 
H
V
 
I
A
 
E
T
 
A
A
 
A
L
 
I
A
 
T
Q
 
-
D
 
-
P
 
P
Q
 
Q
I
 
T
K
 
K
A
 
A
V
 
I
V
 
I
L
 
P
V
 
V
S
 
H
P
 
-
T
 
-
Y
 
Y
E
 
A
G
 
G
V
 
A
C
 
P
A
 
A
D
 
D
V
 
L
A
 
D
A
 
A
I
 
I
A
 
Y
A
 
A
I
 
L
A
 
G
H
 
E
N
 
R
H
 
Y
N
 
G
L
 
I
P
 
P
L
 
V
I
 
I
I
 
E
D
|
D
A
 
A
A
|
A
H
|
H
-
 
A
-
 
T
-
 
G
-
 
T
-
 
S
-
 
Y
-
 
K
G
 
G
A
 
R
H
 
H
L
 
I
G
 
G

Sites not aligning to the query:

4ocaA Cryatal structure of arnb k188a complexted with plp and udp-ara4n (see paper)
34% identity, 24% coverage: 84:200/489 of query aligns to 53:168/363 of 4ocaA

query
sites
4ocaA
V
 
V
N
 
S
G
 
S
S
x
A
T
|
T
G
 
A
G
 
G
L
 
M
L
 
H
A
 
I
A
 
A
I
 
L
L
 
M
T
 
A
I
 
L
-
 
G
C
 
I
S
 
G
P
 
E
G
 
G
D
 
D
R
 
E
L
 
V
L
 
I
L
 
T
P
 
P
R
 
S
N
 
M
A
 
T
H
x
W
R
 
V
S
 
S
L
 
T
L
 
L
S
 
N
G
 
M
C
 
I
I
 
V
L
 
L
S
 
L
G
 
G
A
 
A
M
 
N
P
 
P
V
 
V
W
 
M
I
 
V
T
 
D
P
 
-
P
 
-
E
 
-
A
 
-
A
 
V
D
 
D
F
 
R
D
 
D
L
 
T
V
 
L
G
 
M
V
 
V
P
 
-
T
 
T
P
 
P
E
 
E
Q
 
H
V
 
I
A
 
E
T
 
A
A
 
A
L
 
I
A
 
T
Q
 
-
D
 
-
P
 
P
Q
 
Q
I
 
T
K
 
K
A
 
A
V
 
I
V
 
I
L
 
P
V
 
V
S
 
H
P
 
-
T
 
-
Y
 
Y
E
 
A
G
 
G
V
 
A
C
 
P
A
 
A
D
 
D
V
 
L
A
 
D
A
 
A
I
 
I
A
 
Y
A
 
A
I
 
L
A
 
G
H
 
E
N
 
R
H
 
Y
N
 
G
L
 
I
P
 
P
L
 
V
I
 
I
I
 
E
D
|
D
A
 
A
A
|
A
H
|
H
-
 
A
-
 
T
-
 
G
-
 
T
-
 
S
-
 
Y
-
 
K
G
 
G
A
 
R
H
 
H
L
 
I
G
 
G

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>Synpcc7942_0707 FitnessBrowser__SynE:Synpcc7942_0707
MAKPLFDQLLASAQQARAPFHTPGHKLGRAIATHLQQAWGSAIFQSDLPELPELDNLYAA
SGVLAESQAQAAEVFGADRSWFLVNGSTGGLLAAILTICSPGDRLLLPRNAHRSLLSGCI
LSGAMPVWITPPEAADFDLVGVPTPEQVATALAQDPQIKAVVLVSPTYEGVCADVAAIAA
IAHNHNLPLIIDAAHGAHLGFHPDLPRSPLHEGADLVVQSTHKLLGALTQAAMLHCKGDR
IDPERLSQSLALVQSSSPSYLLLASLEAATEQMRTSAQDLLQVTIDLARQAHQRLAELPG
LQLPALKIGNREGFPQWDRTRLVINFQSCGWSGFCADEYLHEQWQVTAELPSLSNLVFHL
SLGNRIEDIDRLVTACDRLLSQEHQEELPPRLPVWLEPETILSPRQAWFSRHQTVSAEQA
IGAIAAECVCPYPPGIPVLLPGERISKSAVDYLRQVQTTGGILSGCADPELTTLRIVQDS
DTIHASCLS

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory