SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Synpcc7942_0815 FitnessBrowser__SynE:Synpcc7942_0815 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1ji0A Crystal structure analysis of the abc transporter from thermotoga maritima
45% identity, 92% coverage: 16:238/243 of query aligns to 15:238/240 of 1ji0A

query
sites
1ji0A
Y
 
Y
L
x
Y
P
 
G
D
 
A
L
 
I
D
 
H
I
 
A
V
 
I
Q
 
K
G
 
G
V
 
I
N
 
D
L
 
L
Q
 
K
V
 
V
A
 
P
A
 
R
G
 
G
E
 
Q
L
 
I
L
 
V
T
 
T
L
 
L
L
 
I
G
 
G
P
 
A
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
A
 
L
K
 
S
T
 
A
L
 
I
L
 
A
G
 
G
L
 
L
V
 
V
P
 
R
V
 
A
R
 
Q
S
 
K
G
 
G
S
 
K
I
 
I
R
 
I
F
 
F
R
 
N
G
 
G
Q
 
Q
E
 
D
I
 
I
S
 
T
R
 
N
L
 
K
S
 
P
S
 
A
E
 
H
A
 
V
I
 
I
V
 
N
R
 
R
L
 
M
G
 
G
I
 
I
G
 
A
Y
 
L
V
 
V
P
 
P
Q
x
E
V
 
G
R
 
R
N
 
R
V
 
I
F
 
F
A
 
P
S
 
E
L
 
L
T
 
T
V
 
V
A
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
L
E
 
M
M
 
M
G
 
G
L
 
A
F
 
Y
Q
 
N
I
 
R
R
 
K
P
 
D
Q
 
K
H
 
E
R
 
G
-
 
I
P
 
K
A
 
R
A
 
D
I
 
L
A
 
E
R
 
W
I
 
I
Y
 
F
D
 
S
L
 
L
F
 
F
P
 
P
T
 
R
L
 
L
A
 
K
T
 
E
R
 
R
R
 
L
S
 
K
Q
 
Q
R
 
L
A
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
Q
Q
 
Q
L
 
M
L
 
L
A
 
A
M
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
M
A
 
S
E
 
R
P
 
P
T
 
K
L
 
L
L
 
L
V
 
M
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
S
A
 
L
A
 
G
L
 
L
S
 
A
P
 
P
L
 
I
M
 
L
V
 
V
A
 
S
T
 
E
V
 
V
F
 
F
E
 
E
Q
 
V
I
 
I
R
 
Q
A
 
K
I
 
I
N
 
N
N
 
Q
S
 
E
G
 
G
T
 
T
T
 
T
I
 
I
I
 
L
L
 
L
V
 
V
E
 
E
Q
 
Q
N
 
N
T
 
A
R
 
L
R
 
G
A
 
A
L
 
L
Q
 
K
L
 
V
A
 
A
D
 
H
R
 
Y
G
 
G
C
 
Y
I
 
V
L
 
L
E
 
E
S
 
T
G
 
G
R
 
Q
D
 
I
R
 
V
Q
 
L
T
 
E
G
 
G
P
 
K
A
 
A
A
 
S
E
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
D
D
 
N
P
 
E
L
 
M
L
 
V
G
 
R
E
 
K
L
 
A
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
34% identity, 89% coverage: 22:238/243 of query aligns to 17:235/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
I
 
V
V
 
V
Q
 
S
G
 
D
V
 
V
N
 
S
L
 
L
Q
 
Q
V
 
V
A
 
E
A
 
S
G
 
G
E
 
Q
L
 
I
L
 
V
T
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
S
A
 
F
K
 
Y
T
 
M
L
 
I
L
 
V
G
 
G
L
 
L
V
 
V
P
 
A
V
 
R
R
 
D
S
 
E
G
 
G
S
 
T
I
 
I
R
 
T
F
 
I
R
 
D
G
 
D
Q
 
N
E
 
D
I
 
I
S
 
S
R
 
I
L
 
L
S
 
P
S
 
M
E
 
H
A
 
S
I
 
R
V
 
S
R
 
R
L
 
M
G
 
G
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
 
Q
V
 
E
R
 
A
N
 
S
V
 
I
F
 
F
A
 
R
S
 
K
L
 
L
T
 
S
V
 
V
A
 
E
E
 
D
N
 
N
L
 
I
E
 
-
M
 
M
G
 
A
L
 
V
F
 
L
Q
 
Q
I
 
T
R
 
R
P
 
E
-
 
E
-
 
L
-
 
T
-
 
H
Q
x
E
H
 
E
R
 
R
P
 
Q
A
x
D
A
 
K
I
 
L
A
 
E
R
 
D
I
 
L
Y
 
L
D
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
T
 
I
L
 
Q
A
 
H
T
 
I
R
 
R
R
 
K
S
 
S
Q
 
-
R
 
-
A
 
A
G
 
G
-
 
M
T
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
L
 
R
L
 
V
A
 
E
M
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
T
 
Q
L
 
F
L
 
I
V
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
S
 
F
A
 
A
A
 
G
L
 
V
S
 
D
P
 
P
L
 
I
M
 
S
V
 
V
A
 
I
T
 
D
V
 
I
F
 
K
E
 
K
Q
 
I
I
 
I
R
 
E
A
 
H
I
 
L
N
 
R
N
 
D
S
 
R
G
 
G
T
 
L
T
 
G
I
 
V
I
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
T
 
V
R
 
R
R
 
E
A
 
T
L
 
L
Q
 
D
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
K
G
 
A
C
 
Y
I
 
I
L
 
V
E
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
R
D
 
L
R
 
I
Q
 
A
T
 
E
G
 
G
P
 
T
A
 
P
A
 
Q
E
 
D
L
 
V
L
 
L
D
 
N
D
 
N
P
 
E
L
 
Q
L
 
V
G
 
K
E
 
Q
L
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
36% identity, 89% coverage: 22:238/243 of query aligns to 17:235/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
I
 
V
V
 
V
Q
 
E
G
 
D
V
 
V
N
 
S
L
 
L
Q
 
T
V
 
V
A
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
I
L
 
V
T
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
L
 
T
A
 
F
K
 
Y
T
 
M
L
 
V
L
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
P
 
P
V
 
R
R
 
D
S
 
A
G
 
G
S
 
N
I
 
I
R
 
I
F
 
I
R
 
D
G
 
D
Q
 
D
E
 
D
I
 
I
S
 
S
R
 
L
L
 
L
S
 
P
S
 
L
E
 
H
A
 
A
I
 
R
V
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
 
Q
V
 
E
R
 
A
N
 
S
V
 
I
F
 
F
A
x
R
S
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
A
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
E
 
-
M
 
M
G
 
A
L
 
V
F
 
L
Q
 
Q
I
 
I
R
 
R
P
 
D
-
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
A
Q
 
E
H
 
Q
R
 
R
P
 
E
A
 
D
A
 
R
I
 
A
A
 
N
R
 
E
I
 
L
Y
 
M
D
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
T
 
I
L
 
E
A
 
H
T
 
L
R
 
R
R
 
D
S
 
S
Q
x
M
R
 
-
A
x
G
G
x
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
L
 
R
L
 
V
A
 
E
M
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
T
 
K
L
 
F
L
 
I
V
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
A
 
A
A
 
G
L
 
V
S
 
D
P
 
P
L
 
I
M
 
S
V
 
V
A
 
I
T
 
D
V
 
I
F
 
K
E
 
R
Q
 
I
I
 
I
R
 
E
A
 
H
I
 
L
N
 
R
N
 
D
S
 
S
G
 
G
T
 
L
T
 
G
I
 
V
I
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
T
 
V
R
 
R
R
 
E
A
 
T
L
 
L
Q
 
A
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
G
 
A
C
 
Y
I
 
I
L
 
V
E
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
D
 
L
R
 
I
Q
 
A
T
 
H
G
 
G
P
 
T
A
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
L
 
L
D
 
Q
D
 
D
P
 
E
L
 
H
L
 
V
G
 
K
E
 
R
L
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
36% identity, 89% coverage: 22:238/243 of query aligns to 17:235/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
I
 
V
V
 
V
Q
 
E
G
 
D
V
 
V
N
 
S
L
 
L
Q
 
T
V
 
V
A
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
I
L
 
V
T
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
 
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
A
 
F
K
 
Y
T
 
M
L
 
V
L
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
P
 
P
V
 
R
R
 
D
S
 
A
G
 
G
S
 
N
I
 
I
R
 
I
F
 
I
R
 
D
G
 
D
Q
 
D
E
 
D
I
 
I
S
 
S
R
 
L
L
 
L
S
 
P
S
 
L
E
 
H
A
 
A
I
 
R
V
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
|
Q
V
 
E
R
 
A
N
 
S
V
 
I
F
 
F
A
 
R
S
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
A
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
E
 
-
M
 
M
G
 
A
L
 
V
F
 
L
Q
 
Q
I
 
I
R
 
R
P
 
D
-
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
A
Q
 
E
H
 
Q
R
 
R
P
 
E
A
 
D
A
 
R
I
 
A
A
 
N
R
 
E
I
 
L
Y
 
M
D
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
T
 
I
L
 
E
A
 
H
T
 
L
R
 
R
R
 
D
S
 
S
Q
 
M
R
 
-
A
 
G
G
 
Q
T
x
S
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
|
E
R
 
R
Q
 
R
L
 
R
L
 
V
A
 
E
M
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
T
 
K
L
 
F
L
 
I
V
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
A
 
A
A
 
G
L
 
V
S
 
D
P
 
P
L
 
I
M
 
S
V
 
V
A
 
I
T
 
D
V
 
I
F
 
K
E
 
R
Q
 
I
I
 
I
R
 
E
A
 
H
I
 
L
N
 
R
N
 
D
S
 
S
G
 
G
T
 
L
T
 
G
I
 
V
I
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
T
 
V
R
 
R
R
 
E
A
 
T
L
 
L
Q
 
A
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
G
 
A
C
 
Y
I
 
I
L
 
V
E
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
D
 
L
R
 
I
Q
 
A
T
 
H
G
 
G
P
 
T
A
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
L
 
L
D
 
Q
D
 
D
P
 
E
L
 
H
L
 
V
G
 
K
E
 
R
L
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

Sites not aligning to the query:

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
36% identity, 89% coverage: 22:238/243 of query aligns to 17:235/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
I
 
V
V
 
V
Q
 
E
G
 
D
V
 
V
N
 
S
L
 
L
Q
 
T
V
 
V
A
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
I
L
 
V
T
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
A
 
F
K
 
Y
T
 
M
L
 
V
L
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
P
 
P
V
 
R
R
 
D
S
 
A
G
 
G
S
 
N
I
 
I
R
 
I
F
 
I
R
 
D
G
 
D
Q
 
D
E
 
D
I
 
I
S
 
S
R
 
L
L
 
L
S
 
P
S
 
L
E
 
H
A
 
A
I
 
R
V
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
|
Q
V
 
E
R
 
A
N
 
S
V
 
I
F
 
F
A
 
R
S
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
A
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
E
 
-
M
 
M
G
 
A
L
 
V
F
 
L
Q
 
Q
I
 
I
R
 
R
-
 
D
-
 
D
-
 
L
-
 
S
P
 
A
Q
 
E
H
 
Q
R
 
R
P
 
E
A
 
D
A
 
R
I
 
A
A
 
N
R
 
E
I
 
L
Y
 
M
D
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
T
 
I
L
 
E
A
 
H
T
 
L
R
 
R
R
 
D
S
 
S
Q
 
M
R
 
-
A
 
G
G
 
Q
T
x
S
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
L
 
R
L
 
V
A
 
E
M
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
T
 
K
L
 
F
L
 
I
V
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
F
A
 
A
A
x
G
L
 
V
S
 
D
P
 
P
L
 
I
M
 
S
V
 
V
A
 
I
T
 
D
V
 
I
F
 
K
E
 
R
Q
 
I
I
 
I
R
 
E
A
 
H
I
 
L
N
 
R
N
 
D
S
 
S
G
 
G
T
 
L
T
 
G
I
 
V
I
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
x
H
N
 
N
T
 
V
R
 
R
R
 
E
A
 
T
L
 
L
Q
 
A
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
G
 
A
C
 
Y
I
 
I
L
 
V
E
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
D
 
L
R
 
I
Q
 
A
T
 
H
G
 
G
P
 
T
A
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
L
 
L
D
 
Q
D
 
D
P
 
E
L
 
H
L
 
V
G
 
K
E
 
R
L
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

Sites not aligning to the query:

6mbnA Lptb e163q in complex with atp (see paper)
36% identity, 89% coverage: 22:238/243 of query aligns to 18:236/241 of 6mbnA

query
sites
6mbnA
I
x
V
V
 
V
Q
 
E
G
 
D
V
 
V
N
 
S
L
 
L
Q
 
T
V
 
V
A
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
I
L
 
V
T
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
A
 
F
K
 
Y
T
 
M
L
 
V
L
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
P
 
P
V
 
R
R
 
D
S
 
A
G
 
G
S
 
N
I
 
I
R
 
I
F
 
I
R
 
D
G
 
D
Q
 
D
E
 
D
I
 
I
S
 
S
R
 
L
L
 
L
S
 
P
S
 
L
E
 
H
A
 
A
I
 
R
V
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
 
Q
V
 
E
R
 
A
N
 
S
V
 
I
F
 
F
A
 
R
S
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
A
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
E
 
-
M
 
M
G
 
A
L
 
V
F
 
L
Q
 
Q
I
 
I
R
 
R
P
 
D
-
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
A
Q
 
E
H
 
Q
R
 
R
P
 
E
A
 
D
A
 
R
I
 
A
A
 
N
R
 
E
I
 
L
Y
 
M
D
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
T
 
I
L
 
E
A
 
H
T
 
L
R
 
R
R
 
D
S
 
S
Q
 
M
R
 
-
A
 
G
G
 
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
L
 
R
L
 
V
A
 
E
M
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
T
 
K
L
 
F
L
 
I
V
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
S
 
F
A
 
A
A
 
G
L
 
V
S
 
D
P
 
P
L
 
I
M
 
S
V
 
V
A
 
I
T
 
D
V
 
I
F
 
K
E
 
R
Q
 
I
I
 
I
R
 
E
A
 
H
I
 
L
N
 
R
N
 
D
S
 
S
G
 
G
T
 
L
T
 
G
I
 
V
I
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
x
H
N
 
N
T
 
V
R
 
R
R
 
E
A
 
T
L
 
L
Q
 
A
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
G
 
A
C
 
Y
I
 
I
L
 
V
E
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
D
 
L
R
 
I
Q
 
A
T
 
H
G
 
G
P
 
T
A
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
L
 
L
D
 
Q
D
 
D
P
 
E
L
 
H
L
 
V
G
 
K
E
 
R
L
 
V
Y
 
Y
L
 
L
G
 
G

Sites not aligning to the query:

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
36% identity, 89% coverage: 22:237/243 of query aligns to 17:234/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
I
x
V
V
 
V
Q
 
E
G
 
D
V
 
V
N
 
S
L
 
L
Q
 
T
V
 
V
A
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
I
L
 
V
T
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
A
 
F
K
 
Y
T
 
M
L
 
V
L
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
P
 
P
V
 
R
R
 
D
S
 
A
G
 
G
S
 
N
I
 
I
R
 
I
F
 
I
R
 
D
G
 
D
Q
 
D
E
 
D
I
 
I
S
 
S
R
 
L
L
 
L
S
 
P
S
x
L
E
x
H
A
 
A
I
 
R
V
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
|
P
Q
|
Q
V
 
E
R
x
A
N
x
S
V
 
I
F
|
F
A
x
R
S
x
R
L
|
L
T
 
S
V
 
V
A
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
E
 
-
M
 
M
G
 
A
L
x
V
F
 
L
Q
 
Q
I
 
I
R
 
R
P
 
D
-
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
A
Q
 
E
H
 
Q
R
 
R
P
 
E
A
 
D
A
 
R
I
 
A
A
 
N
R
 
E
I
 
L
Y
 
M
D
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
T
 
I
L
 
E
A
 
H
T
 
L
R
 
R
R
 
D
S
 
S
Q
 
M
R
 
-
A
 
G
G
x
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
L
 
R
L
 
V
A
 
E
M
 
I
G
 
A
R
|
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
T
 
K
L
 
F
L
 
I
V
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
A
 
A
A
 
G
L
 
V
S
 
D
P
 
P
L
 
I
M
 
S
V
 
V
A
 
I
T
 
D
V
 
I
F
 
K
E
 
R
Q
 
I
I
 
I
R
 
E
A
 
H
I
 
L
N
 
R
N
 
D
S
 
S
G
 
G
T
 
L
T
 
G
I
 
V
I
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
T
 
V
R
 
R
R
 
E
A
 
T
L
 
L
Q
 
A
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
G
 
A
C
 
Y
I
 
I
L
 
V
E
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
D
 
L
R
 
I
Q
 
A
T
 
H
G
 
G
P
 
T
A
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
L
 
L
D
 
Q
D
 
D
P
 
E
L
 
H
L
 
V
G
 
K
E
 
R
L
 
V
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

4p31A Crystal structure of a selenomethionine derivative of e. Coli lptb in complex with adp-magensium (see paper)
36% identity, 89% coverage: 22:237/243 of query aligns to 17:234/234 of 4p31A

query
sites
4p31A
I
x
V
V
 
V
Q
 
E
G
 
D
V
 
V
N
 
S
L
 
L
Q
 
T
V
 
V
A
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
I
L
 
V
T
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
A
 
F
K
 
Y
T
 
M
L
 
V
L
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
P
 
P
V
 
R
R
 
D
S
 
A
G
 
G
S
 
N
I
 
I
R
 
I
F
 
I
R
 
D
G
 
D
Q
 
D
E
 
D
I
 
I
S
 
S
R
 
L
L
 
L
S
 
P
S
 
L
E
 
H
A
 
A
I
 
R
V
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
|
Q
V
 
E
R
 
A
N
 
S
V
 
I
F
 
F
A
 
R
S
 
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
A
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
E
 
-
M
 
M
G
 
A
L
 
V
F
 
L
Q
 
Q
I
 
I
R
 
R
P
 
D
-
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
A
Q
 
E
H
 
Q
R
 
R
P
 
E
A
 
D
A
 
R
I
 
A
A
 
N
R
 
E
I
 
L
Y
 
M
D
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
T
 
I
L
 
E
A
 
H
T
 
L
R
 
R
R
 
D
S
 
S
Q
 
M
R
 
-
A
 
G
G
 
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
L
 
R
L
 
V
A
 
E
M
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
T
 
K
L
 
F
L
 
I
V
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
A
 
A
A
 
G
L
 
V
S
 
D
P
 
P
L
 
I
M
 
S
V
 
V
A
 
I
T
 
D
V
 
I
F
 
K
E
 
R
Q
 
I
I
 
I
R
 
E
A
 
H
I
 
L
N
 
R
N
 
D
S
 
S
G
 
G
T
 
L
T
 
G
I
 
V
I
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
T
 
V
R
 
R
R
 
E
A
 
T
L
 
L
Q
 
A
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
G
 
A
C
 
Y
I
 
I
L
 
V
E
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
D
 
L
R
 
I
Q
 
A
T
 
H
G
 
G
P
 
T
A
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
L
 
L
D
 
Q
D
 
D
P
 
E
L
 
H
L
 
V
G
 
K
E
 
R
L
 
V
Y
 
Y
L
 
L

Sites not aligning to the query:

6b8bA E. Coli lptb in complex with adp and a novobiocin derivative (see paper)
36% identity, 88% coverage: 22:236/243 of query aligns to 17:233/233 of 6b8bA

query
sites
6b8bA
I
x
V
V
 
V
Q
 
E
G
 
D
V
 
V
N
 
S
L
 
L
Q
 
T
V
 
V
A
 
N
A
 
S
G
 
G
E
 
E
L
 
I
L
 
V
T
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
L
 
T
A
 
F
K
 
Y
T
 
M
L
 
V
L
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
P
 
P
V
 
R
R
 
D
S
 
A
G
 
G
S
 
N
I
 
I
R
 
I
F
 
I
R
 
D
G
 
D
Q
 
D
E
 
D
I
 
I
S
 
S
R
 
L
L
 
L
S
 
P
S
 
L
E
 
H
A
 
A
I
 
R
V
 
A
R
 
R
L
 
R
G
 
G
I
 
I
G
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
 
Q
V
 
E
R
 
A
N
 
S
V
 
I
F
|
F
A
x
R
S
x
R
L
 
L
T
 
S
V
 
V
A
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
E
 
-
M
 
M
G
 
A
L
 
V
F
 
L
Q
 
Q
I
 
I
R
 
R
P
 
D
-
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
A
Q
 
E
H
 
Q
R
 
R
P
 
E
A
 
D
A
 
R
I
 
A
A
 
N
R
 
E
I
 
L
Y
 
M
D
 
E
L
 
E
F
 
F
P
 
H
T
 
I
L
 
E
A
 
H
T
 
L
R
 
R
R
 
D
S
 
S
Q
 
M
R
 
-
A
 
G
G
 
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
R
Q
 
R
L
 
R
L
 
V
A
 
E
M
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
N
P
 
P
T
 
K
L
 
F
L
 
I
V
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
A
 
A
A
 
G
L
 
V
S
 
D
P
 
P
L
 
I
M
 
S
V
 
V
A
 
I
T
 
D
V
 
I
F
 
K
E
 
R
Q
 
I
I
 
I
R
 
E
A
 
H
I
 
L
N
 
R
N
 
D
S
 
S
G
 
G
T
 
L
T
 
G
I
 
V
I
 
L
L
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
T
 
V
R
 
R
R
 
E
A
 
T
L
 
L
Q
 
A
L
 
V
A
 
C
D
 
E
R
 
R
G
 
A
C
 
Y
I
 
I
L
 
V
E
 
S
S
 
Q
G
 
G
R
 
H
D
 
L
R
 
I
Q
 
A
T
 
H
G
 
G
P
 
T
A
 
P
A
 
T
E
 
E
L
 
I
L
 
L
D
 
Q
D
 
D
P
 
E
L
 
H
L
 
V
G
 
K
E
 
R
L
 
V
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
31% identity, 93% coverage: 5:230/243 of query aligns to 1:227/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
P
 
P
L
 
I
L
 
I
D
 
R
L
 
I
D
 
R
Q
 
N
V
 
L
F
 
H
A
 
K
G
 
W
Y
x
F
L
 
G
P
 
P
D
 
-
L
 
L
D
 
H
I
x
V
V
 
L
Q
 
K
G
 
G
V
 
I
N
 
H
L
 
L
Q
 
E
V
 
V
A
 
A
A
 
P
G
 
G
E
 
E
L
 
K
L
 
L
T
 
V
L
 
I
L
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
A
 
I
K
 
R
T
 
T
L
 
I
L
 
N
G
 
R
L
 
L
V
 
E
P
 
D
V
 
F
R
 
Q
S
 
E
G
 
G
S
 
E
I
 
V
R
 
V
F
 
V
R
 
D
G
 
G
Q
 
L
E
 
S
I
 
V
S
 
K
R
 
D
L
 
D
S
 
R
S
 
A
E
 
L
A
 
R
I
 
E
V
 
I
R
 
R
L
 
R
G
 
E
I
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
V
 
Q
R
 
F
N
 
N
V
 
L
F
 
F
A
 
P
S
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
A
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
V
E
 
T
M
 
L
G
 
A
L
 
P
F
 
M
Q
 
R
I
 
V
R
 
R
P
 
R
Q
 
W
H
 
P
R
 
R
P
 
E
A
 
K
A
 
A
I
 
E
A
 
K
R
 
K
I
 
A
Y
 
L
D
 
E
L
 
L
F
 
L
P
 
E
T
 
R
L
 
V
A
 
G
T
 
I
R
 
L
R
 
D
S
 
Q
Q
 
A
R
 
R
A
 
K
-
 
Y
-
 
P
G
 
A
T
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
L
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
M
E
 
E
P
 
P
T
 
K
L
 
I
L
 
M
V
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
S
 
D
P
 
P
L
 
E
M
 
M
V
 
V
A
 
G
T
 
E
V
 
V
F
 
L
E
 
D
Q
 
V
I
 
M
R
 
R
A
 
D
I
 
L
N
 
A
N
 
Q
S
 
G
G
 
G
T
 
M
T
 
T
I
 
M
I
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
T
 
M
R
 
G
R
 
F
A
 
A
L
 
R
Q
 
E
L
 
V
A
 
A
D
 
D
R
 
R
G
 
V
C
 
V
I
 
F
L
 
M
E
 
D
S
 
G
G
 
G
R
 
Q
D
 
I
R
 
V
Q
 
E
T
 
E
G
 
G
P
 
R
A
 
P
A
 
E
E
 
E
L
 
I
L
 
F
D
 
T
D
 
R
P
 
P

3c4jA Abc protein artp in complex with atp-gamma-s
30% identity, 93% coverage: 6:230/243 of query aligns to 3:229/242 of 3c4jA

query
sites
3c4jA
L
 
M
L
 
I
D
 
D
L
 
V
D
 
H
Q
 
Q
V
 
L
F
 
K
A
 
K
G
 
S
Y
x
F
L
 
-
P
 
G
D
 
S
L
 
L
D
 
E
I
x
V
V
 
L
Q
 
K
G
 
G
V
 
I
N
 
N
L
 
V
Q
 
H
V
 
I
A
 
R
A
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
V
L
 
V
T
 
V
L
 
V
L
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
A
 
L
K
 
R
T
 
C
L
 
L
L
 
N
G
 
L
L
 
L
V
 
E
P
 
D
V
 
F
R
 
D
S
 
E
G
 
G
S
 
E
I
 
I
R
 
I
F
 
I
R
 
D
G
 
G
Q
 
I
E
 
N
I
 
L
-
 
K
S
 
A
R
 
K
L
 
D
S
 
T
S
 
N
E
 
L
A
 
N
I
 
K
V
 
V
R
 
R
L
 
E
G
 
E
I
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
V
 
R
R
 
F
N
 
N
V
 
L
F
 
F
A
 
P
S
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
A
 
L
E
 
N
N
 
N
L
 
I
E
 
T
M
 
L
G
 
A
L
 
P
F
 
M
Q
 
K
I
 
V
R
 
R
P
 
K
Q
 
W
H
 
P
R
 
R
P
 
E
A
 
K
A
 
A
I
 
E
A
 
A
R
 
K
I
 
A
Y
 
M
D
 
E
L
 
L
F
 
L
P
 
D
T
 
K
L
 
V
A
 
G
T
 
L
R
 
K
R
 
D
S
 
K
Q
 
A
R
 
H
A
 
A
-
 
Y
-
 
P
G
 
D
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
A
Q
 
Q
L
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
M
E
 
E
P
 
P
T
 
K
L
 
I
L
 
M
V
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
S
 
D
P
 
P
L
 
E
M
 
M
V
 
V
A
 
G
T
 
E
V
 
V
F
 
L
E
 
S
Q
 
V
I
 
M
R
 
K
A
 
Q
I
 
L
N
 
A
N
 
N
S
 
E
G
 
G
T
 
M
T
 
T
I
 
M
I
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
T
 
M
R
 
G
R
 
F
A
 
A
L
 
R
Q
 
E
L
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
G
 
V
C
 
L
I
 
F
L
 
M
E
 
D
S
 
G
G
 
G
R
 
Y
D
 
I
R
 
I
Q
 
E
T
 
E
G
 
G
P
 
K
A
 
P
A
 
E
E
 
D
L
 
L
L
 
F
D
 
D
D
 
R
P
 
P

3c41J Abc protein artp in complex with amp-pnp/mg2+
30% identity, 93% coverage: 6:230/243 of query aligns to 3:229/242 of 3c41J

query
sites
3c41J
L
 
M
L
 
I
D
 
D
L
 
V
D
 
H
Q
 
Q
V
 
L
F
 
K
A
 
K
G
 
S
Y
x
F
L
 
-
P
 
G
D
 
S
L
 
L
D
 
E
I
x
V
V
 
L
Q
 
K
G
 
G
V
 
I
N
 
N
L
 
V
Q
 
H
V
 
I
A
 
R
A
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
V
L
 
V
T
 
V
L
 
V
L
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
A
 
L
K
 
R
T
 
C
L
 
L
L
 
N
G
 
L
L
 
L
V
 
E
P
 
D
V
 
F
R
 
D
S
 
E
G
 
G
S
 
E
I
 
I
R
 
I
F
 
I
R
 
D
G
 
G
Q
 
I
E
 
N
I
 
L
-
 
K
S
 
A
R
 
K
L
 
D
S
 
T
S
 
N
E
 
L
A
 
N
I
 
K
V
 
V
R
 
R
L
 
E
G
 
E
I
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
V
 
R
R
 
F
N
 
N
V
 
L
F
 
F
A
 
P
S
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
A
 
L
E
 
N
N
 
N
L
 
I
E
 
T
M
 
L
G
 
A
L
 
P
F
 
M
Q
 
K
I
 
V
R
 
R
P
 
K
Q
 
W
H
 
P
R
 
R
P
 
E
A
 
K
A
 
A
I
 
E
A
 
A
R
 
K
I
 
A
Y
 
M
D
 
E
L
 
L
F
 
L
P
 
D
T
 
K
L
 
V
A
 
G
T
 
L
R
 
K
R
 
D
S
 
K
Q
 
A
R
 
H
A
 
A
-
 
Y
-
 
P
G
 
D
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
A
Q
 
Q
L
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
M
E
 
E
P
 
P
T
 
K
L
 
I
L
 
M
V
 
L
L
 
F
D
|
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
S
 
D
P
 
P
L
 
E
M
 
M
V
 
V
A
 
G
T
 
E
V
 
V
F
 
L
E
 
S
Q
 
V
I
 
M
R
 
K
A
 
Q
I
 
L
N
 
A
N
 
N
S
 
E
G
 
G
T
 
M
T
 
T
I
 
M
I
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
T
 
M
R
 
G
R
 
F
A
 
A
L
 
R
Q
 
E
L
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
G
 
V
C
 
L
I
 
F
L
 
M
E
 
D
S
 
G
G
 
G
R
 
Y
D
 
I
R
 
I
Q
 
E
T
 
E
G
 
G
P
 
K
A
 
P
A
 
E
E
 
D
L
 
L
L
 
F
D
 
D
D
 
R
P
 
P

2olkA Abc protein artp in complex with adp-beta-s
30% identity, 93% coverage: 6:230/243 of query aligns to 3:229/242 of 2olkA

query
sites
2olkA
L
 
M
L
 
I
D
 
D
L
 
V
D
 
H
Q
 
Q
V
 
L
F
 
K
A
 
K
G
 
S
Y
x
F
L
 
-
P
 
G
D
 
S
L
 
L
D
 
E
I
x
V
V
 
L
Q
 
K
G
 
G
V
 
I
N
 
N
L
 
V
Q
 
H
V
 
I
A
 
R
A
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
V
L
 
V
T
 
V
L
 
V
L
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
A
 
L
K
 
R
T
 
C
L
 
L
L
 
N
G
 
L
L
 
L
V
 
E
P
 
D
V
 
F
R
 
D
S
 
E
G
 
G
S
 
E
I
 
I
R
 
I
F
 
I
R
 
D
G
 
G
Q
 
I
E
 
N
I
 
L
-
 
K
S
 
A
R
 
K
L
 
D
S
 
T
S
 
N
E
 
L
A
 
N
I
 
K
V
 
V
R
 
R
L
 
E
G
 
E
I
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
V
 
R
R
 
F
N
 
N
V
 
L
F
 
F
A
 
P
S
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
A
 
L
E
 
N
N
 
N
L
 
I
E
 
T
M
 
L
G
 
A
L
 
P
F
 
M
Q
 
K
I
 
V
R
 
R
P
 
K
Q
 
W
H
 
P
R
 
R
P
 
E
A
 
K
A
 
A
I
 
E
A
 
A
R
 
K
I
 
A
Y
 
M
D
 
E
L
 
L
F
 
L
P
 
D
T
 
K
L
 
V
A
 
G
T
 
L
R
 
K
R
 
D
S
 
K
Q
 
A
R
 
H
A
 
A
-
 
Y
-
 
P
G
 
D
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
A
Q
 
Q
L
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
M
E
 
E
P
 
P
T
 
K
L
 
I
L
 
M
V
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
S
 
D
P
 
P
L
 
E
M
 
M
V
 
V
A
 
G
T
 
E
V
 
V
F
 
L
E
 
S
Q
 
V
I
 
M
R
 
K
A
 
Q
I
 
L
N
 
A
N
 
N
S
 
E
G
 
G
T
 
M
T
 
T
I
 
M
I
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
T
 
M
R
 
G
R
 
F
A
 
A
L
 
R
Q
 
E
L
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
G
 
V
C
 
L
I
 
F
L
 
M
E
 
D
S
 
G
G
 
G
R
 
Y
D
 
I
R
 
I
Q
 
E
T
 
E
G
 
G
P
 
K
A
 
P
A
 
E
E
 
D
L
 
L
L
 
F
D
 
D
D
 
R
P
 
P

2oljA Abc protein artp in complex with adp/mg2+
30% identity, 93% coverage: 6:230/243 of query aligns to 3:229/242 of 2oljA

query
sites
2oljA
L
 
M
L
 
I
D
 
D
L
 
V
D
 
H
Q
 
Q
V
 
L
F
 
K
A
 
K
G
 
S
Y
x
F
L
 
-
P
 
G
D
 
S
L
 
L
D
 
E
I
x
V
V
 
L
Q
 
K
G
 
G
V
 
I
N
 
N
L
 
V
Q
 
H
V
 
I
A
 
R
A
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
V
L
 
V
T
 
V
L
 
V
L
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
A
 
L
K
 
R
T
 
C
L
 
L
L
 
N
G
 
L
L
 
L
V
 
E
P
 
D
V
 
F
R
 
D
S
 
E
G
 
G
S
 
E
I
 
I
R
 
I
F
 
I
R
 
D
G
 
G
Q
 
I
E
 
N
I
 
L
-
 
K
S
 
A
R
 
K
L
 
D
S
 
T
S
 
N
E
 
L
A
 
N
I
 
K
V
 
V
R
 
R
L
 
E
G
 
E
I
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
V
 
R
R
 
F
N
 
N
V
 
L
F
 
F
A
 
P
S
 
H
L
 
M
T
 
T
V
 
V
A
 
L
E
 
N
N
 
N
L
 
I
E
 
T
M
 
L
G
 
A
L
 
P
F
 
M
Q
 
K
I
 
V
R
 
R
P
 
K
Q
 
W
H
 
P
R
 
R
P
 
E
A
 
K
A
 
A
I
 
E
A
 
A
R
 
K
I
 
A
Y
 
M
D
 
E
L
 
L
F
 
L
P
 
D
T
 
K
L
 
V
A
 
G
T
 
L
R
 
K
R
 
D
S
 
K
Q
 
A
R
 
H
A
 
A
-
 
Y
-
 
P
G
 
D
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
A
Q
 
Q
L
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
M
E
 
E
P
 
P
T
 
K
L
 
I
L
 
M
V
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
S
 
D
P
 
P
L
 
E
M
 
M
V
 
V
A
 
G
T
 
E
V
 
V
F
 
L
E
 
S
Q
 
V
I
 
M
R
 
K
A
 
Q
I
 
L
N
 
A
N
 
N
S
 
E
G
 
G
T
 
M
T
 
T
I
 
M
I
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
T
 
M
R
 
G
R
 
F
A
 
A
L
 
R
Q
 
E
L
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
G
 
V
C
 
L
I
 
F
L
 
M
E
 
D
S
 
G
G
 
G
R
 
Y
D
 
I
R
 
I
Q
 
E
T
 
E
G
 
G
P
 
K
A
 
P
A
 
E
E
 
D
L
 
L
L
 
F
D
 
D
D
 
R
P
 
P

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
31% identity, 86% coverage: 20:227/243 of query aligns to 14:224/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
L
 
L
D
 
E
I
x
V
V
 
L
Q
 
K
G
 
G
V
 
V
N
 
T
L
 
L
Q
 
K
V
 
V
A
 
N
A
 
K
G
 
G
E
 
E
L
 
V
L
 
V
T
 
V
L
 
I
L
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
A
 
L
K
 
R
T
 
C
L
 
I
L
 
N
G
 
L
L
 
L
V
 
E
P
 
E
V
 
P
R
 
T
S
 
K
G
 
G
S
 
E
I
 
V
R
 
F
F
 
I
R
 
D
G
 
G
Q
 
V
E
 
K
I
 
I
S
 
N
R
 
N
L
 
G
S
 
K
S
 
V
E
 
N
A
 
I
-
 
N
I
 
K
V
 
V
R
 
R
L
 
Q
G
 
K
I
 
V
G
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
V
 
H
R
 
F
N
 
N
V
 
L
F
 
F
A
 
P
S
 
H
L
 
L
T
 
T
V
 
A
A
 
I
E
 
E
N
 
N
L
 
I
E
 
T
M
 
L
G
 
A
L
 
P
F
 
V
Q
 
K
I
 
V
R
 
K
P
 
K
Q
 
M
H
 
N
R
 
K
P
 
K
A
 
E
A
 
A
I
 
E
A
 
E
R
 
L
I
 
A
Y
 
V
D
 
D
L
 
L
F
 
L
P
 
A
T
 
K
-
 
V
-
 
G
L
 
L
A
 
L
T
 
D
R
 
K
R
 
K
S
 
D
Q
 
Q
R
 
Y
A
 
P
G
 
I
T
 
K
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
L
 
R
L
 
L
A
 
A
M
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
M
E
 
Q
P
 
P
T
 
E
L
 
V
L
 
M
V
 
L
L
 
F
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
S
 
D
P
 
P
L
 
E
M
 
M
V
 
V
A
 
K
T
 
E
V
 
V
F
 
L
E
 
N
Q
 
V
I
 
M
R
 
K
A
 
Q
I
 
L
N
 
A
N
 
N
S
 
E
G
 
G
T
 
M
T
 
T
I
 
M
I
 
V
L
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
x
H
N
 
E
T
 
M
R
 
G
R
 
F
A
 
A
L
 
R
Q
 
E
L
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
G
 
V
C
 
I
I
 
F
L
 
M
E
 
D
S
 
D
G
 
G
R
 
V
D
 
I
R
 
V
Q
 
E
T
 
E
G
 
G
P
 
T
A
 
P
A
 
E
E
 
E
L
 
I
L
 
F

Sites not aligning to the query:

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
27% identity, 92% coverage: 16:238/243 of query aligns to 13:253/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
Y
 
Y
L
x
F
P
 
G
D
 
E
L
x
F
D
 
K
I
 
A
V
 
L
Q
 
D
G
 
G
V
 
V
N
 
S
L
 
I
Q
 
S
V
 
V
A
 
C
A
 
K
G
 
G
E
 
D
L
 
V
L
 
T
T
 
L
L
 
I
L
 
I
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
A
 
I
K
 
N
T
 
V
L
 
I
L
 
T
G
 
G
L
 
F
V
 
L
P
 
K
V
 
A
R
 
D
S
 
E
G
 
G
S
 
R
I
 
V
R
 
Y
F
 
F
R
 
E
G
 
N
Q
 
K
E
 
D
I
 
I
S
 
T
R
 
N
L
 
K
S
 
E
S
 
P
E
 
A
A
 
E
I
 
L
V
 
Y
R
 
H
L
 
Y
G
 
G
I
 
I
G
 
V
Y
 
R
V
 
T
P
 
F
Q
 
Q
V
 
T
R
 
P
N
 
Q
V
 
P
F
 
L
A
 
K
S
 
E
L
 
M
T
 
T
V
 
V
A
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
E
 
L
M
 
I
G
 
G
L
 
-
F
 
-
Q
 
E
I
 
I
R
 
N
P
 
P
Q
 
G
H
 
E
R
 
S
P
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
S
-
 
L
-
 
F
-
 
Y
-
 
K
-
 
K
-
 
W
-
 
I
-
 
P
-
 
K
-
 
E
-
 
E
A
 
E
A
 
M
I
 
V
A
 
E
R
 
K
I
 
A
Y
 
F
D
 
K
L
 
I
-
 
L
-
 
E
F
 
F
P
 
L
T
 
K
L
 
L
A
 
S
T
 
H
R
 
L
R
 
Y
S
 
D
Q
 
R
R
 
K
A
 
A
G
 
G
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
M
Q
 
K
L
 
L
L
 
V
A
 
E
M
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
M
A
 
T
E
 
N
P
 
P
T
 
K
L
 
M
L
 
I
V
 
V
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
I
A
 
A
A
 
G
L
 
V
S
 
A
P
 
P
L
 
G
M
 
L
V
 
A
A
 
H
T
 
D
V
 
I
F
 
F
E
 
N
Q
 
H
I
 
V
R
 
L
A
 
E
I
 
L
N
 
K
N
 
A
S
 
K
G
 
G
T
 
I
T
 
T
I
 
F
I
 
L
L
 
I
V
 
I
E
 
E
Q
 
H
N
 
R
T
 
L
R
 
D
R
 
I
A
 
V
L
 
L
Q
 
N
L
 
Y
A
 
I
D
 
D
R
 
H
G
 
L
C
 
Y
I
 
V
L
 
M
E
 
F
S
 
N
G
 
G
R
 
Q
D
 
I
R
 
I
Q
 
A
T
 
E
G
 
G
P
 
R
A
 
G
A
 
E
E
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
N
L
 
V
L
 
L
D
 
S
D
 
D
P
 
P
L
 
K
L
 
V
G
 
V
E
 
E
L
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
27% identity, 92% coverage: 16:239/243 of query aligns to 13:254/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
Y
 
Y
L
x
F
P
 
G
D
 
E
L
x
F
D
 
K
I
 
A
V
 
L
Q
 
D
G
 
G
V
 
V
N
 
S
L
 
I
Q
 
S
V
 
V
A
 
N
A
 
K
G
 
G
E
 
D
L
 
V
L
 
T
T
 
L
L
 
I
L
 
I
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
A
 
I
K
 
N
T
 
V
L
 
I
L
 
T
G
 
G
L
 
F
V
 
L
P
 
K
V
 
A
R
 
D
S
 
E
G
 
G
S
 
R
I
 
V
R
 
Y
F
 
F
R
 
E
G
 
N
Q
 
K
E
 
D
I
 
I
S
 
T
R
 
N
L
 
K
S
 
E
S
 
P
E
 
A
A
 
E
I
 
L
V
 
Y
R
 
H
L
 
Y
G
 
G
I
 
I
G
 
V
Y
 
R
V
 
T
P
 
F
Q
 
Q
V
 
T
R
 
P
N
 
Q
V
 
P
F
 
L
A
 
K
S
 
E
L
 
M
T
 
T
V
 
V
A
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
E
 
L
M
 
I
G
 
G
L
 
-
F
 
-
Q
 
E
I
 
I
R
 
C
P
 
P
Q
 
G
H
 
E
R
 
S
P
 
P
-
 
L
-
 
N
-
 
S
-
 
L
-
 
F
-
 
Y
-
 
K
-
 
K
-
 
W
-
 
I
-
 
P
-
 
K
-
 
E
-
 
E
A
 
E
A
 
M
I
 
V
A
 
E
R
 
K
I
 
A
Y
 
F
D
 
K
L
 
I
-
 
L
-
 
E
F
 
F
P
 
L
T
 
K
L
 
L
A
 
S
T
 
H
R
 
L
R
 
Y
S
 
D
Q
 
R
R
 
K
A
 
A
G
 
G
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
R
 
M
Q
 
K
L
 
L
L
 
V
A
 
E
M
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
A
 
M
A
 
T
E
 
N
P
 
P
T
 
K
L
 
M
L
 
I
V
 
V
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
I
A
 
A
A
 
G
L
 
V
S
 
A
P
 
P
L
 
G
M
 
L
V
 
A
A
 
H
T
 
D
V
 
I
F
 
F
E
 
N
Q
 
H
I
 
V
R
 
L
A
 
E
I
 
L
N
 
K
N
 
A
S
 
K
G
 
G
T
 
I
T
 
T
I
 
F
I
 
L
L
 
I
V
 
I
E
 
E
Q
 
H
N
 
R
T
 
L
R
 
D
R
 
I
A
 
V
L
 
L
Q
 
N
L
 
Y
A
 
I
D
 
D
R
 
H
G
 
L
C
 
Y
I
 
V
L
 
M
E
 
F
S
 
N
G
 
G
R
 
Q
D
 
I
R
 
I
Q
 
A
T
 
E
G
 
G
P
 
R
A
 
G
A
 
E
E
 
E
-
 
E
-
 
I
-
 
K
-
 
N
L
 
V
L
 
L
D
 
S
D
 
D
P
 
P
L
 
K
L
 
V
G
 
V
E
 
E
L
 
I
Y
 
Y
L
 
I
G
 
G
R
 
E

7n59A Structure of atatm3 in the inward-facing conformation with gssg bound (see paper)
31% identity, 91% coverage: 7:227/243 of query aligns to 353:575/590 of 7n59A

query
sites
7n59A
L
 
I
D
 
E
L
 
F
D
 
E
Q
 
N
V
 
V
F
 
H
A
 
F
G
 
S
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
D
 
E
L
 
R
D
 
K
I
 
I
V
 
L
Q
 
D
G
 
G
V
 
I
N
 
S
L
 
F
Q
 
V
V
 
V
A
 
P
A
 
A
G
 
G
E
 
K
L
 
S
L
 
V
T
 
A
L
 
I
L
 
V
G
 
G
P
 
T
N
 
S
G
 
G
A
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
I
A
 
L
K
 
R
T
 
M
L
 
L
L
 
F
G
 
R
L
 
F
V
 
F
P
 
D
V
 
T
R
 
D
S
 
S
G
 
G
S
 
N
I
 
I
R
 
R
F
 
I
R
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
D
I
 
I
S
 
K
R
 
E
L
 
V
S
 
R
S
 
L
E
 
D
A
 
S
I
 
L
V
 
-
R
 
R
L
 
S
G
 
S
I
 
I
G
 
G
Y
 
V
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
V
 
D
R
 
T
N
 
V
V
 
L
F
 
F
A
 
N
S
 
D
L
 
-
T
 
T
V
 
I
A
 
F
E
 
H
N
 
N
L
 
I
E
 
H
M
 
Y
G
 
G
L
 
R
F
 
L
-
 
S
-
 
A
-
 
T
-
 
E
-
 
E
Q
 
E
I
 
V
R
 
Y
P
 
E
Q
 
A
H
 
A
R
 
R
P
 
R
A
 
A
A
 
A
I
 
I
A
 
H
R
 
E
I
 
T
Y
 
I
D
 
S
L
 
N
F
 
F
P
 
P
-
 
D
T
 
K
L
 
Y
A
 
S
T
 
T
R
 
I
R
 
V
S
 
G
Q
 
E
R
 
R
A
 
G
G
 
L
T
 
K
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
K
Q
 
Q
L
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
L
G
 
A
R
 
R
A
 
T
L
 
F
A
 
L
A
 
K
E
 
S
P
 
P
T
 
A
L
 
I
L
 
L
V
 
L
L
 
C
D
 
D
E
 
E
P
 
A
S
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
S
 
D
P
 
S
L
 
T
M
 
T
V
 
E
A
 
A
T
 
E
V
 
I
F
 
L
E
 
N
Q
 
A
I
 
L
R
 
K
A
 
A
I
 
L
N
 
A
N
 
S
S
 
N
G
 
R
T
 
T
T
 
S
I
 
I
I
 
F
L
 
I
V
 
A
E
 
H
Q
 
R
N
 
L
T
 
T
R
 
-
R
 
T
A
 
A
L
 
M
Q
 
Q
L
 
-
A
 
C
D
 
D
R
 
E
G
 
I
C
 
V
I
 
V
L
 
L
E
 
E
S
 
N
G
 
G
R
 
K
D
 
V
R
 
V
Q
 
E
T
 
Q
G
 
G
P
 
P
A
 
H
A
 
D
E
 
E
L
 
L
L
 
L

Sites not aligning to the query:

7n5aA Structure of atatm3 in the closed conformation (see paper)
31% identity, 91% coverage: 7:227/243 of query aligns to 352:574/589 of 7n5aA

query
sites
7n5aA
L
 
I
D
 
E
L
 
F
D
 
E
Q
 
N
V
 
V
F
 
H
A
 
F
G
 
S
Y
|
Y
L
 
L
P
 
P
D
 
E
L
 
R
D
 
K
I
 
I
V
 
L
Q
 
D
G
 
G
V
 
I
N
 
S
L
 
F
Q
 
V
V
 
V
A
 
P
A
 
A
G
 
G
E
 
K
L
 
S
L
 
V
T
 
A
L
 
I
L
 
V
G
 
G
P
 
T
N
 
S
G
 
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
I
A
 
L
K
 
R
T
 
M
L
 
L
L
 
F
G
 
R
L
 
F
V
 
F
P
 
D
V
 
T
R
 
D
S
 
S
G
 
G
S
 
N
I
 
I
R
 
R
F
 
I
R
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
D
I
 
I
S
 
K
R
 
E
L
 
V
S
 
R
S
 
L
E
 
D
A
 
S
I
 
L
V
 
-
R
 
R
L
 
S
G
 
S
I
 
I
G
 
G
Y
 
V
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
V
 
D
R
 
T
N
 
V
V
 
L
F
 
F
A
 
N
S
 
D
L
 
-
T
 
T
V
 
I
A
 
F
E
 
H
N
 
N
L
 
I
E
 
H
M
 
Y
G
 
G
L
 
R
F
 
L
-
 
S
-
 
A
-
 
T
-
 
E
-
 
E
Q
 
E
I
 
V
R
 
Y
P
 
E
Q
 
A
H
 
A
R
 
R
P
 
R
A
 
A
A
 
A
I
 
I
A
 
H
R
 
E
I
 
T
Y
 
I
D
 
S
L
 
N
F
 
F
P
 
P
-
 
D
T
 
K
L
 
Y
A
 
S
T
 
T
R
 
I
R
 
V
S
 
G
Q
 
E
R
 
R
A
 
G
G
 
L
T
x
K
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
|
E
R
 
K
Q
 
Q
L
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
L
G
 
A
R
 
R
A
 
T
L
 
F
A
 
L
A
 
K
E
 
S
P
 
P
T
 
A
L
 
I
L
 
L
V
 
L
L
 
C
D
 
D
E
 
E
P
 
A
S
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
S
 
D
P
 
S
L
 
T
M
 
T
V
 
E
A
 
A
T
 
E
V
 
I
F
 
L
E
 
N
Q
 
A
I
 
L
R
 
K
A
 
A
I
 
L
N
 
A
N
 
S
S
 
N
G
 
R
T
 
T
T
 
S
I
 
I
I
 
F
L
 
I
V
 
A
E
 
H
Q
 
R
N
 
L
T
 
T
R
 
-
R
 
T
A
 
A
L
 
M
Q
 
Q
L
 
-
A
 
C
D
 
D
R
 
E
G
 
I
C
 
V
I
 
V
L
 
L
E
 
E
S
 
N
G
 
G
R
 
K
D
 
V
R
 
V
Q
 
E
T
 
Q
G
 
G
P
 
P
A
 
H
A
 
D
E
 
E
L
 
L
L
 
L

Q9LVM1 ABC transporter B family member 25, mitochondrial; ABC transporter ABCB.25; AtABCB25; ABC transporter of the mitochondrion 3; AtATM3; Iron-sulfur clusters transporter ATM3; Protein STARIK 1 from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (see paper)
31% identity, 91% coverage: 7:227/243 of query aligns to 479:701/728 of Q9LVM1

query
sites
Q9LVM1
L
 
I
D
 
E
L
 
F
D
 
E
Q
 
N
V
 
V
F
 
H
A
 
F
G
 
S
Y
 
Y
L
 
L
P
 
P
D
 
E
L
 
R
D
 
K
I
 
I
V
 
L
Q
 
D
G
 
G
V
 
I
N
 
S
L
 
F
Q
 
V
V
 
V
A
 
P
A
 
A
G
 
G
E
 
K
L
 
S
L
 
V
T
 
A
L
 
I
L
 
V
G
 
G
P
 
T
N
 
S
G
 
G
A
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
I
A
 
L
K
 
R
T
 
M
L
 
L
L
 
F
G
 
R
L
 
F
V
 
F
P
 
D
V
 
T
R
 
D
S
 
S
G
 
G
S
 
N
I
 
I
R
 
R
F
 
I
R
 
D
G
 
G
Q
 
Q
E
 
D
I
 
I
S
 
K
R
 
E
L
 
V
S
 
R
S
 
L
E
 
D
A
 
S
I
 
L
V
 
-
R
 
R
L
 
S
G
 
S
I
 
I
G
 
G
Y
 
V
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
V
 
D
R
 
T
N
 
V
V
 
L
F
 
F
A
 
N
S
 
D
L
 
-
T
 
T
V
 
I
A
 
F
E
 
H
N
 
N
L
 
I
E
 
H
M
 
Y
G
 
G
L
 
R
F
 
L
-
 
S
-
 
A
-
 
T
-
 
E
-
 
E
Q
 
E
I
 
V
R
 
Y
P
 
E
Q
 
A
H
 
A
R
 
R
P
 
R
A
 
A
A
 
A
I
 
I
A
 
H
R
 
E
I
 
T
Y
 
I
D
 
S
L
 
N
F
 
F
P
 
P
-
 
D
T
 
K
L
 
Y
A
 
S
T
 
T
R
 
I
R
 
V
S
 
G
Q
 
E
R
|
R
A
 
G
G
 
L
T
 
K
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
R
 
K
Q
 
Q
L
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
L
G
 
A
R
 
R
A
 
T