SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Synpcc7942_0983 FitnessBrowser__SynE:Synpcc7942_0983 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 7 hits to proteins with known functional sites (download)

3ngjD Crystal structure of a putative deoxyribose-phosphate aldolase from entamoeba histolytica
41% identity, 91% coverage: 10:217/228 of query aligns to 10:219/222 of 3ngjD

query
sites
3ngjD
L
 
L
A
 
A
P
 
K
Y
 
Y
I
 
I
E
 
D
H
 
H
S
 
T
L
 
L
L
 
L
D
 
K
P
 
A
A
 
D
A
 
A
T
 
T
L
 
E
E
 
E
Q
 
Q
I
 
I
D
 
R
Q
 
K
L
 
L
C
 
C
Q
 
S
E
 
E
A
 
A
D
 
A
R
 
E
Y
 
Y
H
 
K
F
 
F
A
 
A
A
 
S
V
 
V
C
|
C
L
 
V
F
 
N
P
 
P
W
 
T
V
 
W
V
 
V
R
 
P
Q
 
L
A
 
C
R
 
A
E
 
E
W
 
L
L
 
L
N
 
K
G
 
G
R
 
T
S
 
G
P
 
V
R
 
K
L
 
V
C
|
C
T
 
T
V
 
V
I
 
I
D
 
G
F
 
F
P
 
P
N
 
L
G
 
G
A
 
A
S
 
T
T
 
P
A
 
S
A
 
E
S
 
V
K
 
K
V
 
A
Y
 
Y
A
 
E
A
 
T
Q
 
K
E
 
V
A
 
A
V
 
V
E
 
E
N
 
Q
G
 
G
A
 
A
Q
 
E
E
 
E
L
 
V
N
x
D
V
 
M
V
 
V
V
 
I
N
 
N
L
 
I
G
 
G
W
 
M
L
 
V
R
 
K
S
 
A
D
 
K
R
 
K
A
 
Y
D
 
D
L
 
D
V
 
V
H
 
E
Q
 
K
E
 
D
L
 
V
A
 
K
E
 
A
I
 
V
V
 
V
E
 
D
A
 
A
T
 
S
G
 
G
V
 
K
P
 
A
I
 
L
-
 
T
K
 
K
A
 
V
I
 
I
L
 
I
E
 
E
A
 
C
T
 
C
R
 
Y
L
 
L
N
 
T
P
 
N
S
 
E
E
 
E
L
 
K
E
 
V
Q
 
E
L
 
V
T
 
C
D
 
K
L
 
R
C
 
C
L
 
V
D
 
A
A
 
A
G
 
G
V
 
A
T
 
E
M
 
Y
L
 
V
Q
x
K
T
 
T
S
 
S
T
 
T
G
 
G
W
 
-
F
 
F
G
 
G
-
 
T
-
 
H
G
 
G
A
 
A
T
 
T
P
 
P
A
 
E
L
 
D
V
 
V
Q
 
K
Q
 
L
L
 
M
R
 
K
Q
 
D
L
 
T
T
 
V
R
 
G
N
 
D
R
 
K
V
 
A
G
 
L
I
 
V
H
x
K
A
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
R
T
 
T
W
 
F
D
|
D
Q
 
D
A
 
A
A
 
M
A
 
K
L
 
M
V
 
I
E
 
N
A
 
N
G
 
G
A
 
A
I
 
S
R
 
R
L
 
I
G
 
G
T
 
A
S
 
S
Y
 
A
G
 
G
P
 
I
M
 
A
I
 
I
L
 
L
Q
 
N

Sites not aligning to the query:

Q4ZMV1 Deoxyribose-phosphate aldolase; DERA; 2-deoxy-D-ribose 5-phosphate aldolase; Phosphodeoxyriboaldolase; Deoxyriboaldolase; EC 4.1.2.4 from Pseudomonas syringae pv. syringae (strain B728a) (see paper)
39% identity, 91% coverage: 10:216/228 of query aligns to 9:217/226 of Q4ZMV1

query
sites
Q4ZMV1
L
 
L
A
 
A
P
 
Q
Y
 
A
I
 
I
E
 
D
H
 
H
S
x
T
L
 
L
L
 
L
D
 
A
P
 
A
A
 
D
A
 
A
T
 
S
L
 
R
E
 
E
Q
 
Q
I
 
I
D
 
A
Q
 
T
L
 
L
C
 
C
Q
 
A
E
 
E
A
 
A
D
 
R
R
 
E
Y
 
H
H
 
G
F
 
F
A
 
Y
A
 
S
V
 
V
C
 
C
L
 
V
-
 
N
-
 
S
-
 
S
-
 
Q
F
 
V
P
 
P
W
 
F
V
 
A
V
 
A
R
 
R
Q
 
Q
A
 
-
R
 
-
E
 
-
W
 
-
L
 
L
N
 
A
G
 
G
R
 
S
S
 
A
P
 
V
R
 
K
L
 
V
C
 
C
T
 
A
V
|
V
I
 
V
D
 
G
F
|
F
P
 
P
N
 
L
G
 
G
A
 
A
S
 
G
T
 
L
A
 
S
A
 
A
S
 
S
K
 
K
V
 
A
Y
 
S
A
 
E
A
 
A
Q
 
A
E
 
L
A
 
T
V
 
I
E
 
A
N
 
A
G
 
G
A
 
A
Q
 
Q
E
 
E
L
 
I
N
 
D
V
 
M
V
 
V
V
 
L
N
 
N
L
 
I
G
 
G
W
 
W
L
 
L
R
 
K
S
 
D
D
 
G
R
 
L
A
 
F
D
 
D
L
 
E
V
 
V
H
 
R
Q
 
D
E
 
D
L
 
I
A
 
A
E
 
A
I
 
V
V
 
L
E
 
Q
A
 
A
T
 
C
G
 
G
-
 
K
V
 
V
P
 
P
I
 
L
K
 
K
A
 
V
I
 
I
L
 
L
E
 
E
A
 
T
T
 
C
R
 
L
L
 
L
N
 
D
P
 
E
S
 
A
E
 
Q
L
 
K
E
 
V
Q
 
R
L
 
A
T
 
C
D
 
E
L
 
I
C
 
C
L
 
R
D
 
E
A
 
L
G
 
G
V
 
V
T
 
A
M
 
F
L
 
V
Q
 
K
T
 
T
S
 
S
T
 
T
G
 
G
W
 
F
F
 
S
-
 
R
G
 
S
G
 
G
A
 
A
T
 
T
P
 
L
A
 
E
L
 
D
V
 
V
Q
 
A
Q
 
L
L
 
M
R
 
R
Q
 
R
L
 
V
T
 
V
R
 
G
N
 
P
R
 
D
V
 
I
G
 
G
I
 
V
H
 
K
A
 
A
A
x
S
G
|
G
G
 
G
I
 
V
R
 
R
T
 
D
W
 
V
D
 
A
Q
 
T
A
 
A
A
 
R
A
 
A
L
 
M
V
 
I
E
 
E
A
 
A
G
 
G
A
 
A
I
 
T
R
 
R
L
 
L
G
 
G
T
 
T
S
 
S
Y
 
S
G
 
G
P
 
I
M
 
A
I
 
I
L
 
V

1ub3A Crystal structure of tetrameric structure of aldolase from thermus thermophilus hb8 (see paper)
38% identity, 89% coverage: 9:212/228 of query aligns to 1:206/211 of 1ub3A

query
sites
1ub3A
D
 
D
L
 
L
A
 
A
P
 
A
Y
 
H
I
 
I
E
 
D
H
 
H
S
 
T
L
 
L
L
 
L
D
 
K
P
 
P
A
 
T
A
 
A
T
 
T
L
 
L
E
 
E
Q
 
E
I
 
V
D
 
A
Q
 
K
L
 
A
C
 
A
Q
 
E
E
 
E
A
 
A
D
 
L
R
 
E
Y
 
Y
H
 
G
F
 
F
A
 
Y
A
 
G
V
 
L
C
 
C
L
 
I
F
 
P
P
 
P
W
 
S
V
 
Y
V
 
V
R
 
-
Q
 
-
A
 
-
R
 
-
E
 
A
W
 
W
L
 
V
N
 
R
G
 
A
R
 
R
S
 
Y
P
 
P
-
 
H
-
 
A
-
 
P
-
 
F
R
 
R
L
 
L
C
 
V
T
 
T
V
 
V
I
 
V
D
 
G
F
 
F
P
 
P
N
 
L
G
 
G
A
 
Y
S
 
Q
T
 
E
A
 
K
A
 
E
S
 
V
K
 
K
V
 
A
Y
 
L
A
 
E
A
 
A
Q
 
A
E
 
L
A
 
A
V
 
C
E
 
A
N
 
R
G
 
G
A
 
A
Q
 
D
E
 
E
L
 
V
N
x
D
V
 
M
V
 
V
V
 
L
N
 
H
L
 
L
G
 
G
W
 
R
L
 
A
R
 
K
S
 
A
D
 
G
R
 
D
A
 
L
D
 
D
L
 
Y
V
 
L
H
 
E
Q
 
A
E
 
E
L
 
V
A
 
R
E
 
A
I
 
V
V
 
R
E
 
E
A
 
A
T
 
-
G
 
-
V
 
V
P
 
P
-
 
Q
-
 
A
-
 
V
I
 
L
K
 
K
A
 
V
I
 
I
L
 
L
E
 
E
A
 
T
T
 
G
R
 
Y
L
 
F
N
 
S
P
 
P
S
 
E
E
 
E
L
 
I
E
 
A
Q
 
R
L
 
L
T
 
A
D
 
E
L
 
A
C
 
A
L
 
I
D
 
R
A
 
G
G
 
G
V
 
A
T
 
D
M
 
F
L
 
L
Q
x
K
T
 
T
S
 
S
T
|
T
G
 
G
W
 
-
F
 
F
G
 
G
-
 
P
-
 
R
G
 
G
A
 
A
T
 
S
P
 
L
A
 
E
L
 
D
V
 
V
Q
 
A
Q
 
L
L
 
L
R
 
V
Q
 
R
L
 
V
T
 
A
R
 
Q
N
 
G
R
 
R
V
 
A
G
 
Q
I
 
V
H
x
K
A
 
A
A
 
A
G
|
G
G
 
G
I
 
I
R
|
R
T
 
D
W
 
R
D
 
E
Q
 
T
A
 
A
A
 
L
A
 
R
L
 
M
V
 
L
E
 
K
A
 
A
G
 
G
A
 
A
I
 
S
R
 
R
L
 
L
G
|
G
T
|
T
S
|
S
Y
 
S
G
 
G

5el1A Crystal structure of deoxyribose-phosphate aldolase from escherichia coli (k58e-y96w mutant) after acetaldehyde treatment (see paper)
28% identity, 79% coverage: 17:196/228 of query aligns to 16:210/248 of 5el1A

query
sites
5el1A
S
x
T
L
 
T
L
 
L
D
 
N
P
 
D
A
 
D
A
 
D
T
 
T
L
 
D
E
 
E
Q
 
K
I
 
V
D
 
I
Q
 
A
L
 
L
C
 
C
Q
 
H
E
 
Q
A
 
A
D
 
K
R
 
T
-
 
P
-
 
V
Y
 
G
H
 
N
F
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
I
C
|
C
L
 
I
F
 
Y
P
 
P
W
 
R
V
 
F
V
 
I
R
 
P
Q
 
I
A
 
A
R
 
R
E
 
E
W
 
T
L
 
L
N
 
K
G
 
E
R
 
Q
S
 
G
P
 
T
-
 
P
-
 
E
-
 
I
R
 
R
L
 
I
C
 
A
T
 
T
V
 
V
I
 
T
D
 
N
F
 
F
P
 
P
N
 
H
G
 
G
A
 
N
S
 
D
T
 
D
A
 
I
A
 
D
S
 
I
K
 
A
V
 
L
Y
 
A
A
 
E
A
 
T
Q
 
R
E
 
A
A
 
A
V
 
I
E
 
A
N
 
W
G
 
G
A
 
A
Q
 
D
E
 
E
L
 
V
N
x
D
V
 
V
V
 
V
V
 
F
N
 
P
L
 
Y
G
 
R
W
 
A
L
 
L
R
 
M
S
 
A
D
 
G
R
 
N
A
 
E
-
 
Q
-
 
V
-
 
G
-
 
F
D
 
D
L
 
L
V
 
V
H
 
K
Q
 
A
E
 
C
L
 
K
A
 
E
E
 
A
I
 
-
V
 
C
E
 
A
A
 
A
T
 
A
G
 
N
V
 
V
P
 
L
I
 
L
K
 
K
A
 
V
I
 
I
L
 
I
E
 
E
A
 
T
T
 
G
R
 
E
L
 
L
N
 
K
P
 
D
S
 
E
E
 
A
L
 
L
-
 
I
E
 
R
Q
 
K
L
 
A
T
 
S
D
 
E
L
 
I
C
 
S
L
 
I
D
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
A
T
 
D
M
 
F
L
 
I
Q
x
K
T
 
T
S
 
S
T
 
T
G
 
G
W
 
K
F
 
V
G
 
A
-
 
V
G
 
N
A
 
A
T
 
T
P
 
P
A
 
E
L
 
S
V
 
A
Q
 
R
Q
 
I
L
 
M
R
 
M
Q
 
E
L
 
V
T
 
I
R
 
R
N
 
D
-
 
M
-
 
G
-
 
V
-
 
E
-
 
K
R
 
T
V
 
V
G
 
G
I
 
F
H
x
K
A
 
P
A
 
A
G
 
G
G
 
G
I
 
V
R
 
R
T
 
T
W
 
A
D
 
E
Q
 
D
A
 
A

Sites not aligning to the query:

5ekyA Crystal structure of deoxyribose-phosphate aldolase from escherichia coli (k58e-y96w mutant) (see paper)
28% identity, 79% coverage: 17:196/228 of query aligns to 16:210/248 of 5ekyA

query
sites
5ekyA
S
 
T
L
 
T
L
 
L
D
 
N
P
 
D
A
 
D
A
 
D
T
 
T
L
 
D
E
 
E
Q
 
K
I
 
V
D
 
I
Q
 
A
L
 
L
C
 
C
Q
 
H
E
 
Q
A
 
A
D
 
K
R
 
T
-
 
P
-
 
V
Y
 
G
H
 
N
F
 
T
A
 
A
A
 
A
V
 
I
C
 
C
L
 
I
F
 
Y
P
 
P
W
 
R
V
 
F
V
 
I
R
 
P
Q
 
I
A
 
A
R
 
R
E
 
E
W
 
T
L
 
L
N
 
K
G
 
E
R
 
Q
S
 
G
P
 
T
-
 
P
-
 
E
-
 
I
R
 
R
L
 
I
C
 
A
T
 
T
V
 
V
I
 
T
D
 
N
F
 
F
P
 
P
N
 
H
G
 
G
A
 
N
S
 
D
T
 
D
A
 
I
A
 
D
S
 
I
K
 
A
V
 
L
Y
 
A
A
 
E
A
 
T
Q
 
R
E
 
A
A
 
A
V
 
I
E
 
A
N
 
W
G
 
G
A
 
A
Q
 
D
E
 
E
L
 
V
N
x
D
V
 
V
V
 
V
V
 
F
N
 
P
L
 
Y
G
 
R
W
 
A
L
 
L
R
 
M
S
 
A
D
 
G
R
 
N
A
 
E
-
 
Q
-
 
V
-
 
G
-
 
F
D
 
D
L
 
L
V
 
V
H
 
K
Q
 
A
E
 
C
L
 
K
A
 
E
E
 
A
I
 
-
V
 
C
E
 
A
A
 
A
T
 
A
G
 
N
V
 
V
P
 
L
I
 
L
K
 
K
A
 
V
I
 
I
L
 
I
E
 
E
A
 
T
T
 
G
R
 
E
L
 
L
N
 
K
P
 
D
S
 
E
E
 
A
L
 
L
-
 
I
E
 
R
Q
 
K
L
 
A
T
 
S
D
 
E
L
 
I
C
 
S
L
 
I
D
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
A
T
 
D
M
 
F
L
 
I
Q
x
K
T
 
T
S
 
S
T
|
T
G
|
G
W
 
K
F
 
V
G
 
A
-
 
V
G
 
N
A
 
A
T
 
T
P
 
P
A
 
E
L
 
S
V
 
A
Q
 
R
Q
 
I
L
 
M
R
 
M
Q
 
E
L
 
V
T
 
I
R
 
R
N
 
D
-
 
M
-
 
G
-
 
V
-
 
E
-
 
K
R
 
T
V
 
V
G
 
G
I
 
F
H
x
K
A
 
P
A
|
A
G
 
G
G
 
G
I
 
V
R
 
R
T
 
T
W
 
A
D
 
E
Q
 
D
A
 
A

Sites not aligning to the query:

Q9Y315 Deoxyribose-phosphate aldolase; DERA; 2-deoxy-D-ribose 5-phosphate aldolase; Phosphodeoxyriboaldolase; Deoxyriboaldolase; EC 4.1.2.4 from Homo sapiens (Human) (see paper)
27% identity, 67% coverage: 41:192/228 of query aligns to 97:261/318 of Q9Y315

query
sites
Q9Y315
A
 
A
A
 
A
V
 
V
C
 
C
L
 
V
F
 
Y
P
 
P
W
 
A
V
 
R
V
 
V
R
 
C
Q
 
D
A
 
A
R
 
V
E
 
K
W
 
A
L
 
L
N
 
K
G
 
A
R
 
A
S
 
G
-
 
C
-
 
N
-
 
I
P
 
P
R
 
V
L
 
A
C
 
S
T
 
V
V
 
A
I
 
A
D
 
G
F
 
F
P
 
P
N
 
A
G
 
G
A
 
Q
S
 
T
T
 
H
A
 
L
A
 
K
S
 
T
K
 
R
V
 
L
Y
 
E
A
 
E
A
 
I
Q
 
R
E
 
L
A
 
A
V
 
V
E
 
E
N
 
D
G
 
G
A
 
A
Q
 
T
E
 
E
L
 
I
N
 
D
V
 
V
V
 
V
V
 
I
N
 
N
L
 
R
G
 
S
W
 
L
L
 
V
R
 
L
S
 
T
D
 
G
R
 
Q
A
 
W
D
 
E
L
 
A
V
 
L
H
 
Y
Q
 
D
E
 
E
L
 
I
A
 
R
E
 
Q
I
 
F
V
 
R
E
 
K
A
 
A
T
 
C
G
 
G
-
 
E
V
 
A
P
 
H
I
 
L
K
 
K
A
 
T
I
 
I
L
 
L
E
 
A
A
 
T
T
 
G
R
 
E
L
 
L
N
 
G
P
 
T
-
 
L
S
 
T
E
 
N
L
 
V
E
 
Y
Q
 
K
L
 
A
T
 
S
D
 
M
L
 
I
C
 
A
L
 
M
D
 
M
A
 
A
G
 
G
V
 
S
T
 
D
M
 
F
L
 
I
Q
x
K
T
 
T
S
 
S
T
 
T
G
 
G
-
 
K
-
 
E
W
 
T
F
 
V
G
 
N
G
 
A
A
 
T
T
 
F
P
 
P
A
 
V
L
 
A
V
 
I
Q
 
V
Q
 
M
L
 
L
R
 
R
Q
 
A
L
 
I
-
 
R
-
 
D
-
 
F
-
 
F
-
 
W
-
 
K
T
 
T
R
 
G
N
 
N
R
 
K
V
 
I
G
 
G
I
 
F
H
x
K
A
 
P
A
 
A
G
 
G
G
 
G
I
 
I
R
 
R
T
 
S

3q2dA Optimization of the in silico designed kemp eliminase ke70 by computational design and directed evolution (see paper)
26% identity, 76% coverage: 24:196/228 of query aligns to 21:208/246 of 3q2dA

query
sites
3q2dA
T
 
T
L
 
D
E
 
E
Q
 
N
I
 
V
D
 
I
Q
 
A
L
 
L
C
 
C
Q
 
H
E
 
Q
A
 
A
D
 
K
R
 
T
-
 
P
-
 
V
Y
 
G
H
 
N
F
 
T
A
 
D
A
 
A
V
 
I
C
x
F
L
 
I
F
 
Y
P
 
P
W
 
R
V
 
F
V
 
I
R
 
P
Q
 
I
A
 
A
R
 
R
E
 
K
W
 
T
L
 
L
N
 
K
G
 
E
R
 
Q
S
 
G
P
 
T
-
 
P
-
 
E
-
 
I
R
 
R
L
 
I
C
|
C
T
 
T
V
 
S
I
 
T
D
 
N
F
 
F
P
 
P
N
 
H
G
 
G
A
 
N
S
 
D
T
 
D
A
 
I
A
 
D
S
 
I
K
 
A
V
 
L
Y
 
A
A
 
E
A
 
T
Q
 
R
E
 
A
A
 
A
V
 
I
E
 
A
N
 
Y
G
 
G
A
 
A
Q
 
D
E
x
S
L
 
V
N
x
A
V
 
V
V
 
V
V
 
F
N
 
P
L
 
Y
G
 
R
W
 
A
L
 
L
R
 
M
S
 
A
D
 
G
R
 
N
A
 
E
-
 
Q
-
 
V
-
 
G
-
 
F
D
 
D
L
 
L
V
 
V
H
 
K
Q
 
A
E
 
C
L
 
K
A
 
E
E
 
A
I
 
-
V
 
C
E
 
A
A
 
A
T
 
A
G
 
N
V
 
V
P
 
L
I
 
L
K
x
A
A
 
V
I
 
I
L
 
I
E
 
E
A
 
T
T
 
G
R
 
E
L
 
L
N
 
K
P
 
D
S
 
E
E
 
A
L
 
L
-
 
I
E
 
R
Q
 
K
L
 
A
T
 
S
D
 
E
L
 
I
C
 
S
L
 
I
D
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
A
T
 
D
M
 
N
L
 
I
Q
 
V
T
 
T
S
 
S
T
 
T
G
 
G
W
 
K
F
 
V
G
 
A
-
 
V
G
 
G
A
 
A
T
 
T
P
 
P
A
 
E
L
 
S
V
 
A
Q
 
R
Q
 
I
L
 
M
R
 
M
Q
 
E
L
 
V
T
 
I
R
 
R
N
 
D
-
 
M
-
 
G
-
 
V
-
 
E
-
 
K
R
 
T
V
 
V
G
 
G
I
 
F
H
x
I
A
 
P
A
 
V
G
 
G
G
 
G
I
 
V
R
 
R
T
 
T
W
 
A
D
 
E
Q
 
D
A
 
A

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>Synpcc7942_0983 FitnessBrowser__SynE:Synpcc7942_0983
MAELSSDFDLAPYIEHSLLDPAATLEQIDQLCQEADRYHFAAVCLFPWVVRQAREWLNGR
SPRLCTVIDFPNGASTAASKVYAAQEAVENGAQELNVVVNLGWLRSDRADLVHQELAEIV
EATGVPIKAILEATRLNPSELEQLTDLCLDAGVTMLQTSTGWFGGATPALVQQLRQLTRN
RVGIHAAGGIRTWDQAAALVEAGAIRLGTSYGPMILQQRLAASTPAPA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory