SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Synpcc7942_1276 FitnessBrowser__SynE:Synpcc7942_1276 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5eyfB Crystal structure of solute-binding protein from enterococcus faecium with bound glutamate
28% identity, 85% coverage: 38:258/260 of query aligns to 6:233/243 of 5eyfB

query
sites
5eyfB
L
 
L
E
 
E
T
 
R
I
 
S
K
 
K
R
 
S
R
 
T
G
 
N
Y
 
E
L
 
I
I
 
I
V
 
W
G
 
G
V
 
V
Q
 
K
A
 
Y
N
 
D
V
 
T
A
 
R
P
 
L
L
 
F
S
 
G
W
 
M
Q
 
M
D
 
D
A
 
I
Q
 
E
G
 
S
Q
 
R
W
 
T
-
 
V
Q
 
Q
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
V
D
 
D
L
 
I
A
 
A
R
 
K
S
 
A
L
 
I
A
 
T
A
 
K
E
 
K
L
 
I
L
 
L
G
 
G
N
 
D
S
 
N
A
 
G
A
 
K
V
 
T
R
 
E
F
 
F
E
 
V
G
 
E
L
 
V
Q
 
T
S
|
S
R
 
K
D
 
T
R
|
R
L
 
I
P
 
P
A
 
L
L
 
L
L
 
K
A
 
N
D
 
G
R
 
N
V
 
I
D
 
D
L
 
A
L
 
I
I
 
I
A
 
A
Q
x
T
M
|
M
T
|
T
V
 
I
T
 
T
D
 
D
A
 
E
R
|
R
Q
 
K
R
 
K
V
 
Q
A
 
V
Q
 
D
F
 
F
S
 
S
R
 
D
P
 
V
Y
 
Y
Y
 
F
R
 
D
D
 
A
R
 
G
I
 
Q
G
 
A
L
 
L
L
 
L
T
 
V
R
 
K
R
 
K
G
 
G
-
 
S
-
 
Q
-
 
I
-
 
K
-
 
S
-
 
V
-
 
D
-
 
D
I
 
L
T
 
N
Q
 
A
P
 
S
Q
 
T
R
 
T
V
 
V
A
 
L
V
 
A
L
 
V
Q
 
K
G
 
G
S
|
S
S
x
T
A
 
S
I
 
A
P
 
A
L
 
N
L
 
I
R
 
R
W
 
Q
Q
 
H
A
 
A
P
 
P
E
 
D
L
 
A
A
 
K
L
 
I
V
 
L
G
 
E
V
 
L
K
 
E
S
 
N
Y
|
Y
A
 
A
A
 
E
A
 
A
Q
 
F
T
 
T
A
 
A
L
 
L
D
 
Q
R
 
S
G
 
G
Q
 
Q
V
 
G
D
 
D
G
 
A
I
 
M
A
 
T
A
 
T
D
|
D
R
 
N
L
 
A
V
 
I
L
 
L
Q
 
L
Q
 
G
W
 
I
Q
 
A
R
 
D
Q
 
E
S
 
N
D
 
P
R
 
E
Y
 
Y
Q
 
E
L
 
L
L
 
V
P
 
G
Q
 
G
Q
 
T
W
 
F
G
 
T
D
 
N
F
 
E
P
 
P
L
 
Y
A
 
G
I
 
I
A
 
A
L
 
I
P
 
N
Q
 
K
G
 
G
L
 
-
Q
 
Q
Y
 
E
R
 
N
S
 
F
L
 
L
Q
 
K
I
 
-
A
 
A
I
 
V
D
 
N
R
 
Q
L
 
A
I
 
L
Q
 
E
N
 
E
W
 
M
D
 
H
A
 
A
D
 
D
D
 
G
K
 
T
L
 
Y
R
 
D
D
 
K
I
 
I
R
 
Y
K
 
Q
R
 
K
W
 
W

2v25A Structure of the campylobacter jejuni antigen peb1a, an aspartate and glutamate receptor with bound aspartate (see paper)
29% identity, 86% coverage: 38:260/260 of query aligns to 3:231/231 of 2v25A

query
sites
2v25A
L
 
L
E
 
E
T
 
S
I
 
I
K
 
K
R
 
S
R
 
K
G
 
G
Y
 
Q
L
 
L
I
 
I
V
 
V
G
 
G
V
 
V
Q
x
K
A
 
N
N
 
D
V
 
V
A
 
P
P
 
H
L
 
Y
S
 
A
W
 
L
Q
 
L
D
 
D
-
 
Q
A
 
A
Q
 
T
G
 
G
Q
 
E
W
 
I
Q
 
K
G
 
G
F
 
F
E
 
E
V
 
V
D
 
D
L
 
V
A
 
A
R
 
K
S
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
K
E
 
S
L
 
I
L
 
L
G
 
G
N
 
D
S
 
D
A
 
K
A
 
K
V
 
I
R
 
K
F
 
L
E
 
V
G
 
A
L
 
V
Q
 
N
S
 
A
R
 
K
D
 
T
R
|
R
L
 
G
P
 
P
A
 
L
L
 
L
L
 
D
A
 
N
D
 
G
R
 
S
V
 
V
D
 
D
L
 
A
L
 
V
I
 
I
A
 
A
Q
x
T
M
 
F
T
|
T
V
 
I
T
 
T
D
 
P
A
 
E
R
|
R
Q
 
K
R
 
R
V
 
I
A
 
Y
Q
 
N
F
 
F
S
 
S
R
 
E
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
R
 
Q
D
 
D
R
 
A
I
 
I
G
 
G
L
 
L
L
 
L
T
 
V
R
 
L
R
 
K
-
 
E
-
 
K
-
 
K
-
 
Y
-
 
K
-
 
S
-
 
L
G
 
A
I
 
D
T
 
M
Q
 
K
P
 
G
Q
 
A
R
 
N
V
 
I
A
 
G
V
 
V
L
 
A
Q
 
Q
G
 
A
S
x
A
S
x
T
A
 
T
I
 
K
P
 
K
L
 
A
L
 
I
R
 
G
W
 
E
Q
 
A
A
 
A
P
 
K
E
 
K
L
 
I
A
 
G
L
 
-
V
 
I
G
 
D
V
 
V
K
 
K
-
 
F
-
 
S
-
 
E
-
 
F
-
 
P
S
 
D
Y
|
Y
A
 
P
A
 
S
A
 
I
Q
 
K
T
 
A
A
 
A
L
 
L
D
 
D
R
 
A
G
 
K
Q
 
R
V
 
V
D
 
D
G
 
A
I
 
F
A
 
S
A
 
V
D
|
D
R
 
K
L
 
S
V
x
I
L
 
L
Q
 
L
Q
 
G
W
 
Y
Q
 
-
R
 
-
Q
 
V
S
 
D
D
 
D
R
 
K
Y
 
S
Q
 
E
L
 
I
L
 
L
P
 
P
Q
 
D
Q
 
S
W
 
F
G
 
E
D
 
-
F
 
-
P
 
-
L
 
-
A
 
-
I
 
-
A
 
-
L
 
-
P
 
P
Q
 
Q
-
 
S
-
 
Y
G
 
G
L
 
I
Q
 
V
Y
 
T
R
 
K
S
 
K
L
 
D
Q
 
D
I
 
P
A
 
A
I
 
F
D
 
A
R
 
K
L
 
Y
I
 
V
Q
 
D
N
 
D
W
 
F
-
 
V
-
 
K
D
 
E
A
 
H
D
 
K
D
 
N
K
 
E
L
 
I
R
 
D
D
 
A
I
 
L
R
 
A
K
 
K
R
 
K
W
 
W
G
 
G
L
 
L

4zv2A An ancestral arginine-binding protein bound to glutamine (see paper)
24% identity, 83% coverage: 44:258/260 of query aligns to 3:222/225 of 4zv2A

query
sites
4zv2A
R
 
R
G
 
G
Y
 
T
L
 
L
I
 
R
V
 
V
G
 
G
V
 
T
Q
x
E
A
 
A
N
 
T
V
x
F
A
 
P
P
 
P
L
 
F
S
 
G
W
 
F
Q
 
K
D
 
D
A
 
E
Q
 
N
G
 
G
Q
 
K
W
 
L
Q
 
V
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
I
D
 
D
L
 
L
A
 
A
R
 
K
S
 
A
L
 
I
A
 
A
A
 
K
E
 
K
L
 
L
L
 
-
G
 
-
N
 
-
S
 
G
A
 
V
A
 
K
V
 
V
R
 
E
F
 
F
E
 
K
G
 
P
L
 
M
Q
 
D
S
x
F
R
 
D
D
 
G
R
 
I
L
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
L
 
Q
A
 
S
D
 
G
R
 
K
V
 
I
D
 
D
L
 
V
L
 
V
I
 
I
A
 
A
Q
x
G
M
|
M
T
|
T
V
 
I
T
 
T
D
 
E
A
 
E
R
|
R
Q
 
K
R
 
K
V
 
Q
A
 
V
Q
 
D
F
 
F
S
 
S
R
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
R
 
E
D
 
A
R
 
G
I
 
Q
G
 
A
L
 
I
L
 
V
T
 
V
R
 
K
R
 
K
G
 
G
I
 
N
T
 
D
-
 
S
-
 
I
-
 
K
-
 
S
-
 
L
-
 
E
-
 
D
-
 
L
Q
 
K
P
 
G
Q
 
K
R
 
K
V
 
V
A
 
G
V
 
V
L
 
Q
Q
 
L
G
 
G
S
|
S
S
x
T
A
 
S
I
 
E
P
 
Q
L
 
H
L
 
V
R
 
K
W
 
K
Q
 
V
A
 
A
P
 
A
E
 
G
L
 
V
A
 
K
L
 
V
V
 
K
G
 
K
V
 
F
K
 
D
S
 
N
Y
 
F
A
 
S
A
 
E
A
 
A
Q
 
F
T
 
Q
A
 
E
L
 
L
D
 
K
R
 
S
G
 
G
Q
 
R
V
 
V
D
 
D
G
 
A
I
 
V
A
 
V
A
 
T
D
|
D
R
 
N
L
 
A
V
 
V
L
 
A
Q
 
L
Q
 
A
W
 
Y
Q
 
V
R
 
K
Q
 
Q
S
 
N
D
 
P
R
 
N
-
 
A
-
 
G
Y
 
V
Q
 
K
L
 
I
L
 
V
P
 
G
Q
 
E
Q
 
T
W
 
F
G
 
S
D
 
G
F
 
E
P
 
P
L
 
Y
A
 
G
I
 
I
A
 
A
L
 
V
P
 
R
Q
 
K
G
 
G
L
 
-
Q
 
-
Y
 
N
R
 
S
S
 
E
L
 
L
Q
 
L
I
 
E
A
 
K
I
 
I
D
 
N
R
 
K
L
 
A
I
 
L
Q
 
E
N
 
E
W
 
M
D
 
K
A
 
K
D
 
D
D
 
G
K
 
T
L
 
Y
R
 
D
D
 
K
I
 
I
R
 
Y
K
 
E
R
 
K
W
 
W

2yjpA Crystal structure of the solute receptors for l-cysteine of neisseria gonorrhoeae (see paper)
28% identity, 68% coverage: 35:211/260 of query aligns to 1:184/247 of 2yjpA

query
sites
2yjpA
A
 
A
A
 
A
D
 
T
L
 
V
E
 
A
T
 
A
I
 
I
K
 
K
R
 
E
R
 
K
G
 
G
Y
 
V
L
 
I
I
 
R
V
 
I
G
 
G
V
 
V
Q
x
F
A
 
G
N
 
D
V
x
K
A
 
P
P
 
P
L
 
F
S
 
G
W
 
Y
Q
 
V
D
 
D
A
 
A
Q
 
N
G
 
G
Q
 
K
W
 
N
Q
 
Q
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
V
D
 
E
L
 
I
A
 
A
R
 
K
S
 
D
L
 
L
A
 
A
A
 
K
E
 
D
L
 
L
L
 
L
G
 
G
N
 
S
S
 
P
A
 
D
A
 
K
V
 
V
R
 
E
F
 
F
E
 
V
G
 
L
L
 
T
Q
x
E
S
 
A
R
 
A
D
 
N
R
|
R
L
 
V
P
 
E
A
 
Y
L
 
V
L
 
R
A
 
S
D
 
G
R
 
K
V
 
V
D
 
D
L
 
L
L
 
I
I
 
L
A
 
A
Q
x
N
M
x
F
T
|
T
V
 
Q
T
 
T
D
 
P
A
 
E
R
|
R
Q
 
A
R
 
E
V
 
A
A
 
V
Q
 
D
F
 
F
S
 
A
R
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
M
R
 
K
D
 
V
R
 
A
I
 
L
G
 
G
L
 
V
L
 
V
T
 
S
R
 
P
R
 
K
G
 
N
-
 
K
-
 
P
I
 
I
T
 
T
-
 
D
-
 
M
-
 
A
-
 
Q
-
 
L
Q
 
K
P
 
D
Q
 
Q
R
 
T
V
 
L
A
 
L
V
 
V
L
 
N
Q
 
K
G
 
G
S
x
T
S
x
T
A
 
A
I
 
D
P
 
A
L
 
F
L
 
F
R
 
T
W
 
K
Q
 
S
A
x
H
P
 
P
E
|
E
L
 
V
A
 
K
L
 
L
V
 
L
G
 
K
V
 
F
K
x
D
S
 
Q
Y
 
N
A
 
T
A
 
E
A
 
T
Q
 
F
T
 
D
A
 
A
L
 
L
D
 
K
R
 
D
G
 
G
Q
 
R
V
 
G
D
 
V
G
 
A
I
 
L
A
 
A
A
x
H
D
|
D
R
 
N
L
 
A
V
 
L
L
 
L
Q
 
W
Q
 
A
W
 
W
Q
 
A
R
 
K
Q
 
E
S
 
N
D
 
P
R
 
N
Y
 
F
Q
 
E
L
 
V

4zv1A An ancestral arginine-binding protein bound to arginine (see paper)
26% identity, 83% coverage: 44:258/260 of query aligns to 3:224/226 of 4zv1A

query
sites
4zv1A
R
 
R
G
 
G
Y
 
T
L
 
L
I
 
R
V
 
V
G
 
G
V
 
T
Q
x
E
A
 
A
N
 
T
V
x
F
A
 
P
P
 
P
L
 
F
S
 
G
W
 
F
Q
 
K
D
 
D
A
 
E
Q
 
N
G
 
G
Q
 
K
W
 
L
Q
 
V
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
I
D
 
D
L
 
L
A
 
A
R
 
K
S
 
A
L
 
I
A
 
A
A
 
K
E
 
K
L
 
L
L
 
-
G
 
-
N
 
-
S
 
G
A
 
V
A
 
K
V
 
V
R
 
E
F
 
F
E
 
K
G
 
P
L
 
M
Q
 
D
S
x
F
R
 
D
D
 
G
R
 
I
L
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
L
 
Q
A
 
S
D
 
G
R
 
K
V
 
I
D
 
D
L
 
V
L
 
V
I
 
I
A
|
A
Q
x
G
M
|
M
T
|
T
V
 
I
T
 
T
D
 
E
A
 
E
R
|
R
Q
 
K
R
 
K
V
 
Q
A
 
V
Q
 
D
F
 
F
S
 
S
R
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
R
 
E
D
 
A
R
 
G
I
 
Q
G
 
A
L
 
I
L
 
V
T
 
V
R
 
K
R
 
K
G
 
G
I
 
N
T
 
D
-
 
S
-
 
I
-
 
K
-
 
S
-
 
L
-
 
E
-
 
D
-
 
L
Q
 
K
P
 
G
Q
 
K
R
 
K
V
 
V
A
 
G
V
 
V
L
x
Q
Q
 
L
G
 
G
S
|
S
S
x
T
A
 
S
I
 
E
P
 
Q
L
 
H
L
 
V
R
 
K
W
 
K
Q
 
V
A
 
A
P
 
K
E
 
D
L
 
-
A
 
A
L
 
G
V
 
V
G
 
K
V
 
V
K
 
K
-
 
K
-
 
F
-
 
D
S
 
N
Y
 
F
A
 
S
A
 
E
A
 
A
Q
 
F
T
 
Q
A
 
E
L
 
L
D
 
K
R
 
S
G
 
G
Q
 
R
V
 
V
D
 
D
G
 
A
I
 
V
A
 
V
A
 
T
D
|
D
R
 
N
L
 
A
V
 
V
L
 
A
Q
 
L
Q
 
A
W
 
Y
Q
 
V
R
 
K
Q
 
Q
S
 
N
D
 
P
R
 
N
-
 
A
-
 
G
Y
 
V
Q
 
K
L
 
I
L
 
V
P
 
G
Q
 
E
Q
 
T
W
 
F
G
 
S
D
 
G
F
 
E
P
 
P
L
 
Y
A
 
G
I
 
I
A
 
A
L
 
V
P
 
R
Q
 
K
G
 
G
L
 
-
Q
 
-
Y
 
N
R
 
S
S
 
E
L
 
L
Q
 
L
I
 
E
A
 
K
I
 
I
D
 
N
R
 
K
L
 
A
I
 
L
Q
 
E
N
 
E
W
 
M
D
 
K
A
 
K
D
 
D
D
 
G
K
 
T
L
 
Y
R
 
D
D
 
K
I
 
I
R
 
Y
K
 
E
R
 
K
W
 
W

6svfA Crystal structure of the p235gk mutant of argbp from t. Maritima (see paper)
39% identity, 37% coverage: 38:132/260 of query aligns to 3:94/229 of 6svfA

query
sites
6svfA
L
 
I
E
 
D
T
 
E
I
 
I
K
 
K
R
 
S
R
 
R
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
I
 
L
V
 
V
G
 
G
V
 
L
Q
 
S
A
 
A
N
 
D
V
x
F
A
 
P
P
 
P
L
 
F
S
 
E
W
 
F
Q
 
V
D
 
D
A
 
E
Q
 
N
G
 
G
Q
 
N
W
 
I
Q
 
V
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
V
D
 
D
L
 
L
A
 
A
R
 
K
S
 
E
L
 
I
A
 
A
A
 
R
E
 
R
L
 
L
L
 
G
G
 
V
N
 
E
S
 
L
A
 
K
A
 
I
V
 
V
-
 
D
-
 
M
R
 
T
F
|
F
E
 
D
G
 
G
L
 
L
Q
 
-
S
 
-
R
 
-
D
 
-
R
 
-
L
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
L
 
L
A
 
T
D
 
K
R
 
K
V
 
I
D
 
D
L
 
V
L
 
I
I
 
I
A
x
S
Q
x
G
M
|
M
T
|
T
V
 
I
T
 
T
D
 
E
A
 
E
R
|
R
Q
 
K
R
 
K
V
 
V
A
 
V
Q
 
A
F
 
F
S
 
S
R
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
F

Sites not aligning to the query:

6h20A Glnh bound to asn, mycobacterium tuberculosis (see paper)
25% identity, 71% coverage: 41:225/260 of query aligns to 47:239/287 of 6h20A

query
sites
6h20A
I
 
I
K
 
R
R
 
A
R
 
R
G
 
G
Y
 
R
L
 
L
I
 
I
V
 
V
G
 
G
V
 
L
Q
 
D
A
 
I
N
 
G
V
 
S
A
 
N
P
 
L
L
 
F
S
 
S
W
 
F
Q
 
R
D
 
D
A
 
P
-
 
I
Q
 
T
G
 
G
Q
 
E
W
 
I
Q
 
T
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
V
D
 
D
L
 
I
A
 
A
R
 
G
S
 
E
L
 
V
A
 
A
A
 
R
E
 
D
L
 
I
L
 
F
G
 
G
N
 
V
S
 
P
A
 
S
A
 
H
V
 
V
R
 
E
F
 
Y
E
 
R
G
 
I
L
 
L
Q
 
S
S
 
A
R
 
A
D
 
E
R
|
R
L
 
V
P
 
T
A
 
A
L
 
L
L
 
Q
A
 
K
D
 
S
R
 
Q
V
 
V
D
 
D
L
 
I
L
 
V
I
 
V
A
 
K
Q
x
T
M
 
M
T
x
S
V
 
I
T
 
T
D
 
C
A
 
E
R
|
R
Q
 
R
R
 
K
V
 
L
A
 
V
Q
 
N
F
 
F
S
 
S
R
 
T
P
 
V
Y
 
Y
Y
 
L
R
 
D
-
 
A
-
 
N
-
 
Q
-
 
R
-
 
I
-
 
L
-
 
A
D
 
P
R
 
R
I
 
D
G
 
S
L
 
P
L
 
I
T
 
T
R
 
K
R
 
V
G
 
S
I
 
D
T
 
L
Q
 
S
P
 
G
Q
 
K
R
 
R
V
 
V
A
 
C
V
 
V
L
 
A
Q
 
R
G
 
G
S
x
T
S
x
T
A
 
S
I
 
L
P
 
R
L
 
R
L
 
I
R
 
R
W
 
E
Q
 
I
A
 
A
P
 
P
E
 
P
L
 
P
A
 
V
L
 
I
V
 
V
G
 
S
V
 
V
K
 
V
S
 
N
Y
x
W
A
 
A
A
 
D
A
 
C
Q
 
L
T
 
V
A
 
A
L
 
L
D
 
Q
R
 
Q
G
 
R
Q
 
E
V
 
I
D
 
D
G
 
A
I
 
V
A
 
S
A
 
T
D
|
D
R
 
D
L
 
T
V
 
I
L
 
L
Q
 
A
Q
 
G
W
 
L
Q
 
V
R
 
E
Q
 
E
S
 
D
D
 
P
R
 
Y
Y
 
L
Q
 
H
L
 
I
L
 
V
P
 
G
Q
 
P
Q
 
D
W
 
M
G
 
A
D
 
D
F
 
Q
P
 
P
L
 
Y
A
 
G
I
 
V
A
 
G
L
 
I

6h1uA Glnh bound to asp, mycobacterium tuberculosis (see paper)
25% identity, 71% coverage: 41:225/260 of query aligns to 47:239/287 of 6h1uA

query
sites
6h1uA
I
 
I
K
 
R
R
 
A
R
 
R
G
 
G
Y
 
R
L
 
L
I
 
I
V
 
V
G
 
G
V
 
L
Q
 
D
A
 
I
N
 
G
V
 
S
A
 
N
P
 
L
L
 
F
S
 
S
W
 
F
Q
 
R
D
 
D
A
 
P
-
 
I
Q
 
T
G
 
G
Q
 
E
W
 
I
Q
 
T
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
V
D
 
D
L
 
I
A
 
A
R
 
G
S
 
E
L
 
V
A
 
A
A
 
R
E
 
D
L
 
I
L
 
F
G
 
G
N
 
V
S
 
P
A
 
S
A
 
H
V
 
V
R
 
E
F
 
Y
E
 
R
G
 
I
L
 
L
Q
 
S
S
 
A
R
 
A
D
 
E
R
|
R
L
 
V
P
 
T
A
 
A
L
 
L
L
 
Q
A
 
K
D
 
S
R
 
Q
V
 
V
D
 
D
L
 
I
L
 
V
I
 
V
A
 
K
Q
x
T
M
 
M
T
x
S
V
 
I
T
 
T
D
 
C
A
 
E
R
|
R
Q
 
R
R
 
K
V
 
L
A
 
V
Q
 
N
F
 
F
S
 
S
R
 
T
P
 
V
Y
 
Y
Y
 
L
R
 
D
-
 
A
-
 
N
-
 
Q
-
 
R
-
 
I
-
 
L
-
 
A
D
 
P
R
 
R
I
 
D
G
 
S
L
 
P
L
 
I
T
 
T
R
 
K
R
 
V
G
 
S
I
 
D
T
 
L
Q
 
S
P
 
G
Q
 
K
R
 
R
V
 
V
A
 
C
V
 
V
L
 
A
Q
 
R
G
 
G
S
x
T
S
x
T
A
 
S
I
 
L
P
 
R
L
 
R
L
 
I
R
 
R
W
 
E
Q
 
I
A
 
A
P
 
P
E
 
P
L
 
P
A
 
V
L
 
I
V
 
V
G
 
S
V
 
V
K
 
V
S
 
N
Y
x
W
A
 
A
A
 
D
A
 
C
Q
 
L
T
 
V
A
 
A
L
 
L
D
 
Q
R
 
Q
G
 
R
Q
 
E
V
 
I
D
 
D
G
 
A
I
 
V
A
 
S
A
 
T
D
|
D
R
 
D
L
 
T
V
x
I
L
 
L
Q
 
A
Q
 
G
W
 
L
Q
 
V
R
 
E
Q
 
E
S
 
D
D
 
P
R
 
Y
Y
 
L
Q
 
H
L
 
I
L
 
V
P
 
G
Q
 
P
Q
 
D
W
 
M
G
 
A
D
 
D
F
 
Q
P
 
P
L
 
Y
A
 
G
I
 
V
A
 
G
L
 
I

6h2tA Glnh bound to glu, mycobacterium tuberculosis (see paper)
25% identity, 71% coverage: 41:225/260 of query aligns to 48:240/288 of 6h2tA

query
sites
6h2tA
I
 
I
K
 
R
R
 
A
R
 
R
G
 
G
Y
 
R
L
 
L
I
 
I
V
 
V
G
 
G
V
 
L
Q
 
D
A
 
I
N
 
G
V
 
S
A
 
N
P
 
L
L
 
F
S
 
S
W
 
F
Q
 
R
D
 
D
A
 
P
-
 
I
Q
 
T
G
 
G
Q
 
E
W
 
I
Q
 
T
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
V
D
 
D
L
 
I
A
 
A
R
 
G
S
 
E
L
 
V
A
 
A
A
 
R
E
 
D
L
 
I
L
 
F
G
 
G
N
 
V
S
 
P
A
 
S
A
 
H
V
 
V
R
 
E
F
 
Y
E
 
R
G
 
I
L
 
L
Q
 
S
S
 
A
R
 
A
D
 
E
R
|
R
L
 
V
P
 
T
A
 
A
L
 
L
L
 
Q
A
 
K
D
 
S
R
 
Q
V
 
V
D
 
D
L
 
I
L
 
V
I
 
V
A
 
K
Q
x
T
M
 
M
T
x
S
V
 
I
T
 
T
D
 
C
A
 
E
R
|
R
Q
 
R
R
 
K
V
 
L
A
 
V
Q
 
N
F
 
F
S
 
S
R
 
T
P
 
V
Y
 
Y
Y
 
L
R
 
D
-
 
A
-
 
N
-
 
Q
-
 
R
-
 
I
-
 
L
-
 
A
D
 
P
R
 
R
I
 
D
G
 
S
L
 
P
L
 
I
T
 
T
R
 
K
R
 
V
G
 
S
I
 
D
T
 
L
Q
 
S
P
 
G
Q
 
K
R
 
R
V
 
V
A
 
C
V
 
V
L
 
A
Q
 
R
G
 
G
S
x
T
S
x
T
A
 
S
I
 
L
P
 
R
L
 
R
L
 
I
R
 
R
W
 
E
Q
 
I
A
 
A
P
 
P
E
 
P
L
 
P
A
 
V
L
 
I
V
 
V
G
 
S
V
 
V
K
 
V
S
 
N
Y
x
W
A
 
A
A
 
D
A
 
C
Q
 
L
T
 
V
A
 
A
L
 
L
D
 
Q
R
 
Q
G
 
R
Q
 
E
V
 
I
D
 
D
G
 
A
I
 
V
A
 
S
A
 
T
D
|
D
R
 
D
L
 
T
V
 
I
L
 
L
Q
 
A
Q
 
G
W
 
L
Q
 
V
R
 
E
Q
 
E
S
 
D
D
 
P
R
 
Y
Y
 
L
Q
 
H
L
 
I
L
 
V
P
 
G
Q
 
P
Q
 
D
W
 
M
G
 
A
D
 
D
F
 
Q
P
 
P
L
 
Y
A
 
G
I
 
V
A
 
G
L
 
I

7a99B Crystal structure of the phe57trp mutant of the arginine-bound form of domain 1 from tmargbp (see paper)
36% identity, 37% coverage: 38:132/260 of query aligns to 2:93/130 of 7a99B

query
sites
7a99B
L
 
I
E
 
D
T
 
E
I
 
I
K
 
K
R
 
S
R
 
R
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
I
 
L
V
 
V
G
 
G
V
 
L
Q
 
S
A
 
A
N
x
D
V
x
F
A
 
P
P
 
P
L
 
F
S
x
E
W
 
F
Q
 
V
D
 
D
A
 
E
Q
 
N
G
 
G
Q
 
N
W
 
I
Q
 
V
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
V
D
 
D
L
 
L
A
 
A
R
 
K
S
 
E
L
 
I
A
 
A
A
 
R
E
 
R
L
 
L
L
 
-
G
 
-
N
 
-
S
 
G
A
 
V
A
 
E
V
 
L
R
 
K
F
 
I
E
 
V
G
 
D
L
 
M
Q
 
T
S
x
W
R
 
D
D
 
G
R
 
L
L
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
L
 
L
A
 
T
D
 
K
R
 
K
V
 
I
D
 
D
L
 
V
L
 
I
I
 
I
A
x
S
Q
x
G
M
|
M
T
|
T
V
 
I
T
 
T
D
 
E
A
 
E
R
|
R
Q
 
K
R
 
K
V
 
V
A
 
V
Q
 
A
F
 
F
S
 
S
R
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
F

Sites not aligning to the query:

4h5fA Crystal structure of an amino acid abc transporter substrate-binding protein from streptococcus pneumoniae canada mdr_19a bound to l- arginine, form 1
28% identity, 62% coverage: 38:198/260 of query aligns to 4:173/240 of 4h5fA

query
sites
4h5fA
L
 
V
E
 
E
T
 
A
I
 
I
K
 
K
R
 
Q
R
 
K
G
 
G
Y
 
K
L
 
L
I
 
V
V
 
V
G
 
A
V
 
T
Q
x
S
A
 
P
N
x
D
V
x
Y
A
 
A
P
 
P
L
 
F
S
 
E
W
 
F
Q
 
Q
-
 
S
-
 
L
-
 
V
D
 
D
A
 
G
Q
 
K
G
 
N
Q
 
Q
W
 
V
Q
 
V
G
 
G
F
 
A
E
 
D
V
 
I
D
 
D
L
 
M
A
 
A
R
 
Q
S
 
A
L
 
I
A
 
A
A
 
D
E
 
E
L
 
L
L
 
-
G
 
-
N
 
-
S
 
-
A
 
-
A
 
G
V
 
V
R
 
K
F
 
L
E
 
E
G
 
I
L
 
L
Q
 
S
-
 
M
S
 
S
R
x
F
D
 
D
R
 
N
-
 
V
L
 
L
P
 
T
A
 
S
L
 
L
L
 
Q
A
 
T
D
 
G
R
 
K
V
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
A
I
 
V
A
|
A
Q
x
G
M
x
I
T
x
S
V
 
A
T
 
T
D
 
D
A
 
E
R
|
R
Q
 
K
R
 
E
V
 
V
A
 
F
Q
 
D
F
 
F
S
 
S
R
 
I
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
R
 
E
D
 
N
R
 
K
I
 
I
G
 
S
L
 
F
L
 
L
T
 
V
R
 
H
R
 
K
G
 
A
I
 
D
T
 
V
Q
 
E
P
 
K
Q
 
Y
R
 
K
-
 
D
-
 
L
-
 
T
-
 
S
-
 
L
-
 
E
-
 
S
-
 
A
-
 
N
V
 
I
A
 
A
V
 
A
L
x
Q
Q
 
K
G
 
G
S
x
T
S
 
V
A
 
P
I
 
E
P
 
S
L
 
M
L
 
V
R
 
K
W
 
E
Q
 
Q
A
 
L
P
 
P
E
 
K
L
 
A
A
 
Q
L
 
L
V
 
T
G
 
S
V
 
L
K
 
T
S
 
N
Y
 
M
A
 
G
A
 
E
A
 
A
Q
 
V
T
 
N
A
 
E
L
 
L
D
 
Q
R
 
A
G
 
G
Q
 
K
V
 
I
D
 
D
G
 
A
I
 
V
A
 
H
A
 
M
D
|
D
R
 
E
L
 
P
V
 
V

5t0wA Crystal structure of the ancestral amino acid-binding protein anccdt- 1, a precursor of cyclohexadienyl dehydratase
26% identity, 73% coverage: 38:228/260 of query aligns to 3:199/229 of 5t0wA

query
sites
5t0wA
L
 
L
E
 
D
T
 
E
I
 
I
K
 
M
R
 
K
R
 
R
G
 
G
Y
 
T
L
 
L
I
 
R
V
 
V
G
 
G
V
 
T
Q
x
D
A
 
A
N
 
D
V
x
Y
A
 
K
P
 
P
L
 
F
S
 
S
W
 
F
Q
 
K
D
 
D
A
 
K
Q
 
N
G
 
G
Q
 
Q
W
 
Y
Q
 
T
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
I
D
 
D
L
 
L
A
 
A
R
 
K
S
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
K
E
 
E
L
 
L
L
 
-
G
 
-
N
 
-
S
 
G
A
 
V
A
 
K
V
 
V
R
 
E
F
 
F
E
 
V
G
 
P
L
 
T
Q
 
T
S
x
W
R
 
D
D
 
G
R
 
I
L
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
L
L
 
Q
A
 
T
D
 
G
R
 
K
V
 
F
D
 
D
L
 
I
L
 
V
I
 
M
A
x
S
Q
x
G
M
|
M
T
|
T
V
 
I
T
 
T
D
 
P
A
 
E
R
|
R
Q
 
K
R
 
K
V
 
K
A
 
V
Q
 
D
F
 
F
S
 
S
R
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
M
R
 
T
D
 
A
R
 
G
I
 
Q
G
 
T
L
 
I
L
 
L
T
 
V
R
 
K
R
 
K
-
 
D
-
 
N
-
 
A
-
 
D
-
 
K
-
 
I
-
 
K
-
 
S
-
 
F
-
 
E
G
 
D
I
 
L
T
 
N
Q
 
K
P
 
P
Q
 
D
-
 
V
R
 
K
V
 
V
A
 
A
V
 
V
L
x
Q
Q
 
L
G
 
G
S
x
T
S
x
T
A
 
S
I
 
E
P
 
Q
L
 
A
L
 
A
R
 
K
W
 
E
Q
 
F
A
 
L
P
 
P
E
 
K
L
 
A
A
 
K
L
 
I
V
 
R
G
 
T
V
 
F
K
 
E
S
 
N
Y
 
N
A
 
A
A
 
E
A
 
A
Q
 
F
T
 
Q
A
 
E
L
 
V
D
 
V
R
 
S
G
 
G
Q
 
R
V
 
A
D
 
D
G
 
A
I
 
M
A
 
V
A
 
T
D
|
D
R
 
S
L
 
P
V
 
V
L
 
A
Q
 
A
Q
 
Y
W
 
Y
Q
 
A
R
 
K
Q
 
L
S
 
A
D
 
-
R
 
-
Y
 
V
Q
 
V
L
 
V
L
 
V
P
 
D
Q
 
E
Q
 
P
W
 
F
G
 
T
D
 
H
F
 
E
P
 
P
L
 
L
A
 
G
I
 
F
A
 
A
L
 
I
P
 
R
Q
 
K
G
 
G

1xt8B Crystal structure of cysteine-binding protein from campylobacter jejuni at 2.0 a resolution (see paper)
24% identity, 79% coverage: 38:242/260 of query aligns to 7:217/251 of 1xt8B

query
sites
1xt8B
L
 
L
E
 
D
T
 
K
I
 
I
K
 
K
R
 
Q
R
 
N
G
 
G
Y
 
V
L
 
V
I
 
R
V
 
I
G
 
G
V
 
V
Q
x
F
A
 
G
N
 
D
V
x
K
A
 
P
P
 
P
L
 
F
S
 
G
W
 
Y
Q
 
V
D
 
D
A
 
E
Q
 
K
G
 
G
Q
 
N
W
 
N
Q
 
Q
G
 
G
F
 
Y
E
 
D
V
 
I
D
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
K
S
 
R
L
 
I
A
 
A
A
 
K
E
 
E
L
 
L
L
 
F
G
 
G
N
 
D
S
 
E
A
 
N
A
 
K
V
 
V
R
 
Q
F
 
F
E
 
V
G
 
L
L
 
V
Q
 
E
S
 
A
R
 
A
D
 
N
R
|
R
L
 
V
P
 
E
A
 
F
L
 
L
L
 
K
A
 
S
D
 
N
R
 
K
V
 
V
D
 
D
L
 
I
L
 
I
I
 
L
A
 
A
Q
x
N
M
 
F
T
|
T
V
 
Q
T
 
T
D
 
P
A
 
Q
R
|
R
Q
 
A
R
 
E
V
 
Q
A
 
V
Q
 
D
F
 
F
S
 
C
R
 
S
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
M
R
 
K
D
 
V
R
 
A
I
 
L
G
 
G
L
 
V
L
 
A
T
 
V
R
 
P
R
 
K
-
 
D
-
 
S
G
 
N
I
 
I
T
 
T
-
 
S
-
 
V
-
 
E
-
 
D
-
 
L
Q
 
K
P
 
D
Q
 
K
R
 
T
V
 
L
A
 
L
V
 
L
L
 
N
Q
 
K
G
 
G
S
x
T
S
x
T
A
 
A
I
 
D
P
 
A
L
 
Y
L
 
F
R
 
T
W
 
Q
Q
 
N
A
 
Y
P
 
P
E
 
N
L
 
I
A
 
K
L
 
T
V
 
L
G
 
K
V
 
Y
K
 
D
S
 
Q
Y
 
N
A
 
T
A
 
E
A
 
T
Q
 
F
T
 
A
A
 
A
L
 
L
D
 
M
R
 
D
G
 
K
Q
 
R
V
 
G
D
 
D
G
 
A
I
 
L
A
 
S
A
x
H
D
|
D
R
 
N
L
 
T
V
 
L
L
 
L
Q
 
F
Q
 
A
W
 
W
Q
 
V
R
 
K
Q
 
D
S
 
H
D
 
P
R
 
D
Y
 
F
Q
 
K
L
 
M
L
 
G
P
 
I
Q
 
K
Q
 
E
W
 
L
G
 
G
D
 
N
F
 
K
P
 
D
-
 
V
L
 
I
A
 
A
I
 
P
A
 
A
L
 
V
P
 
K
Q
 
K
G
 
G
L
 
-
Q
 
-
Y
 
D
R
 
K
S
 
E
L
 
L
Q
 
K
I
 
E
A
 
F
I
 
I
D
 
D
R
 
N
L
 
L
I
 
I

4zefA Crystal structure of substrate binding domain 2 (sbd2) of abc transporter glnpq from enterococcus faecalis
28% identity, 62% coverage: 40:199/260 of query aligns to 12:177/239 of 4zefA

query
sites
4zefA
T
 
T
I
 
P
K
 
K
R
 
K
R
 
E
G
 
K
Y
 
Y
L
 
V
I
 
I
V
 
A
G
 
S
V
 
-
Q
 
D
A
 
S
N
 
T
V
x
F
A
 
A
P
 
P
L
 
F
S
 
E
W
 
F
Q
 
Q
D
 
N
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
D
W
 
Y
Q
 
V
G
 
G
F
 
I
E
 
D
V
 
V
D
 
D
L
 
L
A
 
V
R
 
K
S
 
R
L
 
-
A
 
A
A
 
A
E
 
E
L
 
L
L
 
Q
G
 
G
N
 
F
S
 
T
A
 
V
A
 
E
V
 
F
R
 
K
F
 
F
E
 
I
G
 
G
L
x
F
Q
 
S
S
 
S
R
 
A
D
 
-
R
 
-
L
 
V
P
 
Q
A
 
A
L
 
V
L
 
E
A
 
S
D
 
G
R
 
Q
V
 
A
D
 
D
L
 
G
L
 
M
I
 
V
A
|
A
Q
x
G
M
|
M
T
|
T
V
 
I
T
 
T
D
 
D
A
 
D
R
|
R
Q
 
K
R
 
K
V
 
A
A
 
F
Q
 
D
F
 
F
S
 
S
R
 
V
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
R
 
D
D
 
S
R
 
G
I
 
I
G
 
Q
L
 
I
L
 
A
T
 
V
R
 
K
R
 
K
G
 
G
I
 
N
T
 
D
-
 
K
-
 
I
-
 
K
-
 
S
-
 
Y
-
 
D
-
 
D
-
 
L
Q
 
K
P
 
G
Q
 
K
R
 
K
V
 
V
A
 
G
V
 
V
L
x
K
Q
 
I
G
 
G
S
x
T
S
x
E
A
 
S
I
 
A
P
 
D
L
 
F
L
 
L
R
 
E
W
 
K
Q
 
N
A
 
K
P
 
K
-
 
K
-
 
Y
E
 
D
L
 
Y
A
 
S
L
 
I
V
 
K
G
 
Y
V
 
L
K
 
D
S
 
T
Y
 
T
A
 
D
A
 
A
A
 
L
Q
 
Y
T
 
S
A
 
A
L
 
L
D
 
E
R
 
I
G
 
G
Q
 
E
V
 
V
D
 
D
G
 
A
I
 
M
A
 
M
A
 
D
D
|
D
R
 
Y
L
 
P
V
 
V
L
 
I

2y7iA Structural basis for high arginine specificity in salmonella typhimurium periplasmic binding protein stm4351. (see paper)
27% identity, 66% coverage: 47:218/260 of query aligns to 8:183/228 of 2y7iA

query
sites
2y7iA
L
 
L
I
x
H
V
 
F
G
 
G
V
 
T
Q
 
S
A
 
A
N
 
T
V
x
Y
A
 
A
P
 
P
L
 
Y
S
x
E
W
 
F
Q
 
V
D
|
D
A
 
A
Q
x
D
G
 
N
Q
 
K
W
 
I
Q
 
V
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
I
D
 
D
L
 
V
A
 
A
R
 
N
S
 
A
L
 
V
A
 
C
A
 
K
E
 
E
L
 
M
L
 
-
G
 
-
N
 
-
S
 
Q
A
 
A
A
 
E
V
 
C
R
 
S
F
 
F
E
 
T
G
 
N
L
 
-
Q
 
Q
S
 
S
R
x
F
D
|
D
R
 
S
L
 
L
-
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
L
 
R
A
 
F
D
 
K
R
 
K
V
 
F
D
|
D
L
 
A
L
 
V
I
 
I
A
|
A
Q
x
G
M
 
M
T
x
D
V
 
M
T
 
T
D
 
P
A
 
K
R
|
R
Q
 
E
R
 
Q
V
 
Q
A
 
V
Q
 
S
F
 
F
S
 
S
R
 
Q
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
R
 
E
D
 
G
R
 
L
I
 
S
G
 
A
-
 
V
L
 
V
L
 
V
T
 
T
R
 
R
R
 
K
G
 
G
I
 
A
T
 
Y
Q
 
H
P
 
T
-
 
F
-
 
A
-
 
D
-
 
L
-
 
K
-
 
G
Q
 
K
R
 
K
V
 
V
A
 
G
V
 
L
L
x
E
Q
 
N
G
 
G
S
x
T
S
x
T
A
 
H
I
 
Q
P
 
R
L
 
Y
L
 
L
R
 
Q
W
 
D
Q
 
K
A
 
Q
P
 
Q
E
 
A
L
 
I
A
 
T
L
 
P
V
 
V
G
 
A
V
 
Y
K
x
D
S
 
S
Y
 
Y
A
 
L
A
 
N
A
 
A
Q
 
F
T
 
T
A
 
D
L
 
L
D
 
K
R
 
N
G
 
N
Q
 
R
V
 
L
D
 
E
G
 
G
I
 
V
A
 
F
A
 
G
D
|
D
R
 
V
L
 
A
V
 
A
L
 
I
Q
 
G
Q
 
K
W
 
W
Q
 
L
R
 
K
Q
 
N
S
 
N
D
 
P
R
 
D
Y
 
Y
Q
 
A
L
 
I
L
 
M
P
 
D
Q
 
E
Q
 
R
W
 
A
G
 
S
D
 
D

4z9nB Abc transporter / periplasmic binding protein from brucella ovis with glutathione bound
25% identity, 75% coverage: 35:228/260 of query aligns to 5:216/324 of 4z9nB

query
sites
4z9nB
A
 
A
A
 
D
D
 
T
L
 
L
E
 
S
T
 
D
I
 
V
K
 
K
R
 
A
R
 
K
G
 
G
Y
 
F
L
 
L
I
 
Q
V
 
C
G
 
G
V
 
V
Q
x
N
A
x
T
N
 
G
V
 
L
A
 
L
P
 
G
L
 
F
S
 
A
W
 
S
Q
 
P
D
 
N
A
 
D
Q
 
K
G
 
G
Q
 
E
W
 
W
Q
 
S
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
V
D
 
D
L
 
Y
A
 
C
R
 
R
S
 
A
L
 
V
A
 
A
A
 
S
E
 
A
L
 
I
L
 
F
G
 
G
N
 
D
S
 
P
A
 
T
A
 
K
V
 
V
R
 
K
F
 
F
E
 
T
G
 
P
L
 
L
Q
x
N
S
x
A
R
 
K
D
 
E
R
|
R
L
 
F
P
 
T
A
 
A
L
 
L
L
 
Q
A
 
S
D
 
G
R
 
E
V
 
V
D
 
D
L
 
V
L
 
L
I
 
I
A
x
R
Q
x
N
M
x
T
T
|
T
V
 
W
T
 
T
D
 
I
A
 
S
R
|
R
Q
 
D
R
 
T
V
 
S
-
 
L
-
 
G
A
 
L
Q
 
D
F
 
F
S
 
A
R
 
G
P
 
I
Y
 
N
Y
 
Y
R
 
Y
D
 
D
R
 
G
I
 
Q
G
 
G
L
 
F
L
 
M
T
 
I
R
 
N
R
 
S
-
 
K
-
 
K
-
 
L
-
 
A
G
 
G
I
 
I
T
 
N
Q
 
S
P
 
A
Q
 
L
R
 
Q
V
 
L
A
 
S
-
 
G
-
 
A
-
 
S
-
 
I
V
 
C
L
 
V
Q
|
Q
G
 
A
S
 
G
S
x
T
A
x
T
I
 
T
P
 
E
L
 
L
-
 
N
-
 
M
-
 
A
-
 
D
-
 
Y
L
 
F
R
 
R
W
 
A
Q
 
N
A
 
K
P
 
M
E
 
E
L
 
Y
A
 
N
L
 
P
V
 
V
G
 
V
V
 
F
K
 
E
S
 
K
Y
x
I
A
 
E
A
 
E
A
 
A
Q
 
N
T
 
A
A
 
A
L
 
Y
D
 
D
R
 
S
G
 
G
Q
 
R
V
 
C
D
 
D
G
 
A
I
 
Y
A
 
T
A
x
T
D
|
D
R
 
Q
L
 
S
V
 
S
L
 
L
Q
 
Y
Q
 
G
W
 
V
Q
 
R
-
 
L
-
 
A
-
 
L
R
 
A
Q
 
N
S
 
P
D
 
D
R
 
D
Y
 
H
Q
 
V
L
 
I
L
 
L
P
 
P
Q
 
E
Q
 
I
W
 
I
G
 
S
D
 
K
F
 
E
P
 
P
L
 
F
A
 
G
I
 
L
A
 
T
L
 
V
P
 
R
Q
 
Q
G
 
G

4i62A 1.05 angstrom crystal structure of an amino acid abc transporter substrate-binding protein abpa from streptococcus pneumoniae canada mdr_19a bound to l-arginine
24% identity, 79% coverage: 38:243/260 of query aligns to 1:215/237 of 4i62A

query
sites
4i62A
L
 
I
E
 
E
T
 
A
I
 
I
K
 
K
R
 
S
R
 
K
G
 
G
Y
 
K
L
 
L
I
 
V
V
 
V
G
 
A
V
 
L
Q
x
N
A
 
P
N
 
D
V
x
F
A
 
A
P
 
P
L
 
F
S
 
E
W
 
Y
Q
 
Q
-
 
K
-
 
V
-
 
V
D
 
D
A
 
G
Q
 
K
G
 
N
Q
 
Q
W
 
I
Q
 
V
G
 
G
F
 
S
E
 
D
V
 
I
D
 
E
L
 
L
A
 
A
R
 
K
S
 
A
L
 
I
A
 
A
A
 
T
E
 
E
L
 
L
L
 
-
G
 
-
N
 
-
S
 
G
A
 
V
A
 
E
V
 
L
R
 
E
F
 
L
E
 
S
G
 
P
L
 
M
Q
 
S
S
x
F
R
 
D
D
 
N
R
 
V
L
 
L
P
 
A
A
 
S
L
 
V
L
 
Q
A
 
S
D
 
G
R
 
K
V
 
A
D
 
D
L
 
L
L
 
A
I
 
I
A
x
S
Q
x
G
M
x
V
T
x
S
V
 
K
T
 
T
D
 
D
A
 
E
R
|
R
Q
 
S
R
 
K
V
 
V
A
 
F
Q
 
D
F
 
F
S
 
S
R
 
T
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
Y
R
 
T
D
 
A
R
 
K
I
 
N
G
 
K
L
 
L
L
 
I
T
 
V
R
 
K
R
 
K
G
 
S
-
 
D
-
 
L
-
 
A
-
 
T
-
 
Y
-
 
Q
-
 
S
-
 
V
-
 
N
-
 
D
I
 
L
T
 
A
Q
 
Q
P
 
-
Q
 
K
R
 
K
V
 
V
A
 
G
V
 
A
L
x
Q
Q
 
K
G
 
G
S
|
S
S
x
I
A
x
Q
I
 
E
P
 
T
L
 
M
L
 
A
R
 
K
W
 
D
Q
 
L
A
 
L
P
 
Q
E
 
N
L
 
S
A
 
S
L
 
L
V
 
V
G
 
S
V
 
L
K
 
P
S
 
K
Y
 
N
A
 
G
A
 
N
A
 
L
Q
 
I
T
 
T
A
 
D
L
 
L
D
 
K
R
 
S
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
D
 
D
G
 
A
I
 
V
A
 
I
A
 
F
D
x
E
R
 
E
L
 
P
V
 
V
L
 
A
Q
 
K
Q
 
G
W
 
F
Q
 
V
R
 
E
Q
 
N
S
 
N
D
 
P
R
 
D
Y
 
L
Q
 
A
L
 
I
-
 
A
-
 
D
L
 
L
P
 
N
Q
 
F
Q
 
E
W
 
K
G
 
Q
D
 
D
F
 
D
P
 
S
L
 
Y
A
 
A
I
 
V
A
 
A
L
 
M
P
 
K
Q
 
K
G
 
-
L
 
-
Q
 
D
Y
 
S
R
 
K
S
 
E
L
 
L
Q
 
K
I
 
E
A
 
A
I
 
V
D
 
D
R
 
K
L
 
T
I
 
I
Q
 
Q

4g4pA Crystal structure of glutamine-binding protein from enterococcus faecalis at 1.5 a (see paper)
24% identity, 69% coverage: 49:228/260 of query aligns to 18:204/235 of 4g4pA

query
sites
4g4pA
V
 
I
G
 
G
V
 
T
Q
 
D
A
 
L
N
 
T
V
x
F
A
 
A
P
 
P
L
 
F
S
 
E
W
 
F
Q
 
Q
D
 
D
A
 
S
Q
 
K
G
 
G
Q
 
K
W
 
Y
Q
 
I
G
 
G
F
 
I
E
 
D
V
 
V
D
 
D
L
 
L
A
 
L
R
 
D
S
 
A
L
 
I
A
 
A
A
 
K
E
 
D
L
 
-
L
 
-
G
 
-
N
 
Q
S
 
D
A
 
F
A
 
E
V
 
V
R
 
D
F
 
L
E
 
K
G
 
P
L
 
L
Q
 
G
S
x
F
R
 
D
D
 
S
R
 
A
L
 
V
P
 
Q
A
 
A
L
 
I
L
 
Q
A
 
S
D
 
K
R
 
Q
V
 
I
D
 
D
L
 
G
L
 
M
I
 
I
A
|
A
Q
x
G
M
|
M
T
x
S
V
 
I
T
 
T
D
 
D
A
 
E
R
|
R
Q
 
K
R
 
K
V
 
S
A
 
F
Q
 
D
F
 
F
S
 
S
R
 
D
P
 
P
Y
 
Y
Y
 
F
R
 
D
D
 
S
R
 
G
I
 
L
G
 
Q
L
 
L
L
 
A
T
 
V
R
 
K
R
 
K
G
 
G
I
 
N
T
 
D
-
 
K
-
 
I
-
 
K
-
 
S
-
 
Y
-
 
D
-
 
D
-
 
L
Q
 
K
P
 
G
Q
 
K
R
 
T
V
 
V
A
 
A
V
 
A
L
x
K
Q
 
V
G
 
G
S
x
T
S
x
E
A
 
S
I
 
A
P
 
N
L
 
F
L
 
L
R
 
E
W
 
K
Q
 
N
A
 
K
P
 
E
E
 
K
L
 
Y
A
 
D
L
 
Y
V
 
T
G
 
-
V
 
I
K
 
K
S
 
N
Y
 
F
A
 
D
A
 
D
A
 
A
Q
 
T
-
 
G
-
 
L
-
 
Y
T
 
K
A
 
A
L
 
L
D
 
E
R
 
N
G
 
G
Q
 
E
V
 
A
D
 
D
G
 
A
I
 
I
A
 
V
A
 
D
D
|
D
R
 
Y
L
 
P
V
 
V
L
 
L
Q
 
G
Q
 
Y
W
 
A
Q
 
V
R
 
K
Q
 
N
S
 
G
D
 
Q
R
 
K
Y
 
L
Q
 
Q
L
 
L
L
 
V
P
 
G
Q
 
D
Q
 
K
W
 
E
G
 
T
D
 
G
F
 
S
P
 
S
L
 
Y
A
 
G
I
 
F
A
 
A
L
 
V
P
 
K
Q
 
K
G
 
G

P02911 Lysine/arginine/ornithine-binding periplasmic protein; LAO-binding protein from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 4 papers)
30% identity, 42% coverage: 49:157/260 of query aligns to 30:143/260 of P02911

query
sites
P02911
V
 
I
G
 
G
V
 
T
Q
x
D
A
 
T
N
 
T
V
x
Y
A
 
A
P
 
P
L
 
F
S
 
S
W
 
S
Q
 
K
D
 
D
A
 
A
Q
 
K
G
 
G
Q
 
E
W
 
F
Q
 
I
G
 
G
F
 
F
E
x
D
V
 
I
D
 
D
L
 
L
A
 
G
R
 
N
S
 
E
L
 
M
A
x
C
A
 
K
E
 
R
L
 
M
L
 
Q
G
 
V
N
 
K
S
x
C
A
 
T
-
 
W
-
 
V
A
 
A
V
 
S
R
 
D
F
|
F
E
 
D
G
 
A
L
 
L
Q
 
-
S
 
-
R
 
-
D
 
-
R
 
-
L
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
L
 
K
A
 
A
D
 
K
R
 
K
V
 
I
D
 
D
L
 
A
L
 
I
I
 
I
A
x
S
Q
x
S
M
 
L
T
x
S
V
 
I
T
 
T
D
 
D
A
 
K
R
|
R
Q
 
Q
R
 
Q
V
 
E
A
 
I
Q
 
A
F
 
F
S
 
S
R
 
D
P
 
K
Y
 
L
Y
 
Y
R
 
A
D
 
A
R
 
D
I
 
S
G
 
R
L
 
L
L
 
I
T
 
A
R
 
A
R
 
K
G
 
G
I
 
S
-
 
P
T
 
I
Q
 
Q
P
 
P
-
 
T
-
 
L
-
 
E
-
 
S
-
 
L
-
 
K
-
 
G
Q
 
K
R
 
H
V
 
V
A
 
G
V
 
V
L
|
L
Q
 
Q
G
 
G
S
 
S
S
x
T

Sites not aligning to the query:

1lstA Three-dimensional structures of the periplasmic lysine-, arginine-, ornithine-binding protein with and without a ligand (see paper)
30% identity, 42% coverage: 49:157/260 of query aligns to 8:121/238 of 1lstA

query
sites
1lstA
V
 
I
G
 
G
V
 
T
Q
 
D
A
 
T
N
 
T
V
x
Y
A
 
A
P
 
P
L
 
F
S
 
S
W
 
S
Q
 
K
D
 
D
A
 
A
Q
 
K
G
 
G
Q
 
E
W
 
F
Q
 
I
G
 
G
F
 
F
E
 
D
V
 
I
D
 
D
L
 
L
A
 
G
R
 
N
S
 
E
L
 
M
A
 
C
A
 
K
E
 
R
L
 
M
L
 
Q
G
 
V
N
 
K
S
 
C
A
 
T
-
 
W
-
 
V
A
 
A
V
 
S
R
 
D
F
|
F
E
 
D
G
 
A
L
 
L
Q
 
-
S
 
-
R
 
-
D
 
-
R
 
-
L
 
I
P
 
P
A
 
S
L
 
L
L
 
K
A
 
A
D
 
K
R
 
K
V
 
I
D
 
D
L
 
A
L
 
I
I
 
I
A
 
S
Q
x
S
M
 
L
T
x
S
V
 
I
T
 
T
D
 
D
A
 
K
R
|
R
Q
 
Q
R
 
Q
V
 
E
A
 
I
Q
 
A
F
 
F
S
 
S
R
 
D
P
 
K
Y
 
L
Y
 
Y
R
 
A
D
 
A
R
 
D
I
 
S
G
 
R
L
 
L
L
 
I
T
 
A
R
 
A
R
 
K
G
 
G
I
 
S
-
 
P
T
 
I
Q
 
Q
P
 
P
-
 
T
-
 
L
-
 
E
-
 
S
-
 
L
-
 
K
-
 
G
Q
 
K
R
 
H
V
 
V
A
 
G
V
 
V
L
|
L
Q
 
Q
G
 
G
S
|
S
S
x
T

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>Synpcc7942_1276 FitnessBrowser__SynE:Synpcc7942_1276
MNKASRPTLLRRWLLLGTSVLASFFYGANTSGTIAADLETIKRRGYLIVGVQANVAPLSW
QDAQGQWQGFEVDLARSLAAELLGNSAAVRFEGLQSRDRLPALLADRVDLLIAQMTVTDA
RQRVAQFSRPYYRDRIGLLTRRGITQPQRVAVLQGSSAIPLLRWQAPELALVGVKSYAAA
QTALDRGQVDGIAADRLVLQQWQRQSDRYQLLPQQWGDFPLAIALPQGLQYRSLQIAIDR
LIQNWDADDKLRDIRKRWGL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory