SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Synpcc7942_1794 Synpcc7942_1794 succinyldiaminopimelate transaminase to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2x5dD Crystal structure of a probable aminotransferase from pseudomonas aeruginosa (see paper)
40% identity, 94% coverage: 17:386/392 of query aligns to 1:371/380 of 2x5dD

query
sites
2x5dD
V
 
V
F
 
F
A
 
N
D
 
I
M
 
T
D
 
A
R
 
E
A
 
L
K
 
K
A
 
M
V
 
A
A
 
A
I
 
R
A
 
R
A
 
R
G
 
G
R
 
E
E
 
D
V
 
I
I
 
I
D
 
D
L
 
L
S
 
S
L
 
M
G
 
G
S
 
N
S
 
P
D
 
D
L
 
G
P
 
P
A
 
T
P
 
P
D
 
P
H
 
H
V
 
I
V
 
V
A
 
E
V
 
K
I
 
L
A
 
C
A
 
T
S
 
V
L
 
A
Q
 
Q
D
 
R
P
 
E
S
 
D
T
 
T
H
 
H
G
 
G
Y
|
Y
L
 
S
L
 
T
H
 
S
Q
 
R
G
 
G
T
 
I
L
 
P
P
 
R
F
 
L
R
 
R
Q
 
R
V
 
A
A
 
I
A
 
S
A
 
H
W
 
W
Y
 
Y
E
 
R
R
 
D
K
 
R
F
 
Y
G
 
D
L
 
V
G
 
Q
V
 
I
D
 
D
P
 
P
E
 
E
T
 
S
E
 
E
V
 
A
L
 
I
L
 
V
L
 
T
I
 
I
G
|
G
S
|
S
Q
x
K
E
 
E
G
 
G
T
 
L
A
 
A
H
 
H
L
 
L
P
 
M
L
 
L
A
 
A
V
 
T
M
 
L
E
 
D
P
 
H
G
 
G
E
 
D
I
 
T
A
 
I
L
 
L
L
 
V
Q
 
P
D
 
N
P
 
P
G
 
S
Y
|
Y
P
 
P
S
 
I
H
 
H
A
 
I
G
 
Y
G
 
G
V
 
A
Y
 
V
L
 
I
A
 
A
G
 
G
G
 
A
E
 
Q
I
 
V
Y
 
R
R
 
S
L
 
V
P
 
P
T
 
L
T
 
V
A
 
P
D
 
G
R
 
I
G
 
D
F
 
F
L
 
F
P
 
N
D
 
E
F
 
L
S
 
E
T
 
R
I
 
A
P
 
I
T
 
R
E
 
E
I
 
S
L
 
I
S
 
P
R
 
K
S
 
P
R
 
R
L
 
M
L
 
M
V
 
I
L
 
L
S
 
G
Y
 
F
P
 
P
H
 
S
N
|
N
P
 
P
T
 
T
T
 
A
A
 
Q
I
 
C
A
 
V
P
 
E
L
 
L
A
 
D
F
 
F
F
 
F
E
 
E
E
 
R
A
 
V
V
 
V
A
 
A
F
 
L
C
 
A
R
 
K
H
 
Q
H
 
Y
Q
 
D
L
 
V
V
 
M
L
 
V
A
 
V
H
 
H
D
|
D
F
 
L
P
x
A
Y
|
Y
P
 
A
D
 
D
L
 
I
G
 
V
F
 
Y
D
 
D
G
 
G
V
 
W
E
 
K
V
 
A
P
 
P
S
 
S
I
 
I
F
 
M
Q
 
Q
A
 
V
D
 
P
R
 
G
Q
 
A
K
 
K
Q
 
D
Q
 
I
A
 
A
I
 
V
E
 
E
F
 
F
F
 
F
S
x
T
L
 
L
S
|
S
K
|
K
S
 
S
Y
 
Y
N
 
N
M
 
M
G
 
A
G
 
G
F
 
W
R
|
R
V
 
I
G
 
G
F
 
F
A
 
M
I
 
V
G
 
G
N
 
N
A
 
P
E
 
E
L
 
L
I
 
V
G
 
S
A
 
A
L
 
L
R
 
A
R
 
R
L
 
I
K
 
K
A
 
S
V
 
Y
V
 
H
D
 
D
F
x
Y
N
 
G
Q
 
T
Y
 
F
Q
 
T
G
 
P
I
 
L
L
 
Q
A
 
V
G
 
A
A
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
A
L
 
L
T
 
E
G
 
G
P
 
D
Q
 
Q
A
 
Q
C
 
C
V
 
V
E
 
R
A
 
D
T
 
I
R
 
A
Q
 
R
R
 
Q
F
 
Y
R
 
Q
D
 
Q
R
 
R
R
 
R
D
 
D
I
 
V
F
 
L
I
 
V
N
 
K
A
 
G
L
 
L
A
 
R
A
 
E
T
 
A
G
 
G
W
 
W
T
 
M
I
 
V
P
 
E
K
 
N
P
 
P
V
 
K
S
 
A
T
 
S
M
 
M
Y
 
Y
L
 
V
W
 
W
A
 
A
P
 
K
L
 
I
P
 
P
E
 
E
P
 
P
W
 
Y
-
 
A
Q
 
H
T
 
L
R
 
G
S
 
S
L
 
L
E
 
E
F
 
F
C
 
A
E
 
K
K
 
K
L
 
L
V
 
L
A
 
Q
E
 
D
T
 
A
G
 
K
V
 
V
A
 
S
A
 
V
S
 
S
P
 
P
G
 
G
I
 
I
G
 
G
F
 
F
G
 
G
D
 
D
C
 
Y
G
 
G
E
 
D
G
 
D
F
 
H
V
 
V
R
 
R
F
 
F
A
 
A
L
 
L
V
 
I
H
 
E
D
 
N
R
 
R
D
 
D
R
 
R
L
 
L
E
 
R
E
 
Q
A
 
A
A
 
V
R
 
R
R
 
G
I
 
I

6l1nA Substrate bound bacf structure from bacillus subtillis (see paper)
36% identity, 93% coverage: 25:388/392 of query aligns to 23:385/393 of 6l1nA

query
sites
6l1nA
K
 
K
A
 
V
V
 
K
A
 
E
I
 
M
A
 
K
A
 
T
G
 
G
R
 
A
E
 
H
V
 
I
I
 
I
D
 
N
L
 
L
S
 
G
L
x
Q
G
|
G
S
 
N
S
 
P
D
 
D
L
 
L
P
 
P
A
 
T
P
 
P
D
 
P
H
 
H
V
 
I
V
 
V
A
 
E
V
 
A
I
 
L
A
 
R
A
 
E
S
 
A
L
 
S
Q
 
L
D
 
N
P
 
P
S
 
S
T
 
F
H
 
H
G
 
G
Y
 
Y
L
 
G
L
 
P
H
 
F
Q
 
R
G
 
G
T
 
Y
L
 
P
P
 
F
F
 
L
R
 
K
Q
 
E
V
 
A
A
 
I
A
 
A
A
 
A
W
 
F
Y
 
Y
E
 
K
R
 
R
K
 
E
F
 
Y
G
 
G
L
 
V
G
 
T
V
 
I
D
 
N
P
 
P
E
 
E
T
 
T
E
 
E
V
 
V
L
 
A
L
 
L
L
 
F
I
 
G
G
|
G
S
x
G
Q
x
K
E
 
A
G
 
G
T
 
L
A
 
Y
H
 
V
L
 
L
P
 
T
L
 
Q
A
 
C
V
 
L
M
 
L
E
 
N
P
 
P
G
 
G
E
 
D
I
 
I
A
 
A
L
 
L
L
 
V
Q
 
P
D
 
N
P
 
P
G
 
G
Y
|
Y
P
 
P
S
 
E
H
 
Y
A
 
L
G
 
S
G
 
G
V
 
I
Y
 
T
L
 
M
A
 
A
G
 
R
G
 
A
E
 
E
I
 
L
Y
 
Y
R
 
E
L
 
M
P
 
P
T
 
L
T
 
Y
A
 
E
D
 
E
R
 
N
G
 
G
F
 
Y
L
 
L
P
 
P
D
 
D
F
 
F
S
 
E
T
 
K
I
 
I
P
 
D
T
 
P
E
 
A
I
 
V
L
 
L
S
 
E
R
 
K
S
 
A
R
 
K
L
 
L
L
 
M
V
 
F
L
 
L
S
x
N
Y
 
Y
P
 
P
H
 
N
N
|
N
P
 
P
T
 
T
T
 
G
A
 
A
I
 
V
A
 
A
P
 
D
L
 
A
A
 
A
F
 
F
F
 
Y
E
 
A
E
 
K
A
 
A
V
 
A
A
 
A
F
 
F
C
 
A
R
 
K
H
 
E
H
 
H
Q
 
N
L
 
I
V
 
H
L
 
L
A
 
I
H
 
H
D
|
D
F
 
F
P
x
A
Y
|
Y
P
 
G
D
 
A
L
 
F
G
 
E
F
 
F
D
 
D
G
 
Q
V
 
-
E
 
K
V
 
P
P
 
A
S
 
S
I
 
F
F
 
L
Q
 
E
A
 
A
D
 
E
R
 
D
Q
 
A
K
 
K
Q
 
T
Q
 
V
A
 
G
I
 
A
E
 
E
F
 
L
F
 
Y
S
|
S
L
 
F
S
|
S
K
|
K
S
 
T
Y
 
F
N
 
N
M
 
M
G
 
A
G
 
G
F
 
W
R
|
R
V
 
M
G
 
A
F
 
F
A
 
A
I
 
V
G
 
G
N
 
N
A
 
E
E
 
K
L
 
I
I
 
I
G
 
Q
A
 
A
L
 
V
R
 
N
R
 
E
L
 
F
K
 
Q
A
 
D
V
 
H
V
 
V
D
 
F
F
 
V
N
 
G
Q
 
M
Y
 
F
Q
 
G
G
 
G
I
 
L
L
 
Q
A
 
Q
G
 
A
A
 
A
I
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
L
T
 
S
G
 
G
P
 
D
Q
 
P
A
 
E
C
 
H
V
 
T
E
 
E
A
 
S
T
 
L
R
 
K
Q
 
R
R
 
I
F
 
Y
R
 
K
D
 
E
R
 
R
R
 
I
D
 
D
I
 
-
F
 
F
I
 
F
N
 
T
A
 
A
L
 
L
A
 
C
A
 
E
T
 
K
-
 
E
-
 
L
G
 
G
W
 
W
T
 
K
I
 
M
P
 
E
K
 
K
P
 
P
V
 
K
S
 
G
T
 
T
M
 
F
Y
|
Y
L
 
V
W
 
W
A
 
A
P
 
E
L
 
I
P
 
P
E
 
N
P
 
T
W
 
F
Q
 
E
T
 
T
R
 
-
S
 
S
L
 
H
E
 
Q
F
 
F
C
 
S
E
 
D
K
 
Y
L
 
L
V
 
L
A
 
E
E
 
H
T
 
A
G
 
H
V
 
V
A
 
V
A
 
V
S
 
T
P
 
P
G
 
G
I
 
E
G
 
I
F
 
F
G
 
G
D
 
S
C
 
N
G
 
G
E
 
K
G
 
R
F
 
H
V
 
V
R
|
R
F
 
I
A
 
S
L
 
M
V
 
V
H
 
S
D
 
K
R
 
Q
D
 
E
R
 
D
L
 
L
E
 
R
E
 
E
A
 
F
A
 
V
R
 
T
R
 
R
I
 
I
T
 
Q
Q
 
K

Sites not aligning to the query:

6l1oA Product bound bacf structure from bacillus subtillis (see paper)
35% identity, 97% coverage: 7:388/392 of query aligns to 6:386/393 of 6l1oA

query
sites
6l1oA
S
 
S
Q
 
D
R
 
V
L
 
I
A
 
K
P
 
T
L
 
L
Q
 
P
R
 
R
N
 
Q
V
 
E
F
 
F
A
 
S
D
 
L
M
 
V
D
 
F
R
 
Q
A
 
K
K
 
V
A
 
K
V
 
E
A
 
M
I
 
E
A
 
K
A
 
T
G
 
G
R
 
A
E
 
H
V
 
I
I
 
I
D
 
N
L
 
L
S
 
G
L
 
Q
G
 
G
S
 
N
S
 
P
D
 
D
L
 
L
P
 
P
A
 
T
P
 
P
D
 
P
H
 
H
V
 
I
V
 
V
A
 
E
V
 
A
I
 
L
A
 
R
A
 
E
S
 
A
L
 
S
Q
 
L
D
 
N
P
 
P
S
 
S
T
 
F
H
 
H
G
 
G
Y
|
Y
L
 
G
L
 
P
H
x
F
Q
 
R
G
 
G
T
 
Y
L
 
P
P
 
F
F
 
L
R
 
K
Q
 
E
V
 
A
A
 
I
A
 
A
A
 
A
W
 
F
Y
 
Y
E
 
K
R
 
R
K
 
E
F
 
Y
G
 
G
L
 
V
G
 
T
V
 
I
D
 
N
P
 
P
E
 
E
T
 
T
E
 
E
V
 
V
L
 
A
L
 
L
L
 
F
I
 
G
G
|
G
S
x
G
Q
x
K
E
 
A
G
 
G
T
 
L
A
 
Y
H
 
V
L
 
L
P
 
T
L
 
Q
A
 
C
V
 
L
M
 
L
E
 
N
P
 
P
G
 
G
E
 
D
I
 
I
A
 
A
L
 
L
L
 
V
Q
 
P
D
 
N
P
 
P
G
 
G
Y
|
Y
P
 
P
S
 
E
H
 
Y
A
 
L
G
 
S
G
 
G
V
 
I
Y
 
T
L
 
M
A
 
A
G
 
R
G
 
A
E
 
E
I
 
L
Y
 
Y
R
 
E
L
 
M
P
 
P
T
 
L
T
 
Y
A
 
E
D
 
E
R
 
N
G
 
G
F
 
Y
L
 
L
P
 
P
D
 
D
F
 
F
S
 
E
T
 
K
I
 
I
P
 
D
T
 
P
E
 
A
I
 
V
L
 
L
S
 
E
R
 
K
S
 
A
R
 
K
L
 
L
L
 
M
V
 
F
L
 
L
S
x
N
Y
 
Y
P
 
P
H
 
N
N
|
N
P
 
P
T
 
T
T
 
G
A
 
A
I
 
V
A
 
A
P
 
D
L
 
A
A
 
A
F
 
F
F
 
Y
E
 
A
E
 
K
A
 
A
V
 
A
A
 
A
F
 
F
C
 
A
R
 
K
H
 
E
H
 
H
Q
 
N
L
 
I
V
 
H
L
 
L
A
 
I
H
 
H
D
|
D
F
 
F
P
x
A
Y
|
Y
P
 
G
D
 
A
L
 
F
G
 
E
F
 
F
D
 
D
G
 
Q
V
 
-
E
 
K
V
 
P
P
 
A
S
 
S
I
 
F
F
 
L
Q
 
E
A
 
A
D
 
E
R
 
D
Q
 
A
K
 
K
Q
 
T
Q
 
V
A
 
G
I
 
A
E
 
E
F
 
L
F
 
Y
S
|
S
L
 
F
S
|
S
K
|
K
S
 
T
Y
 
F
N
 
N
M
 
M
G
 
A
G
 
G
F
 
W
R
|
R
V
 
M
G
 
A
F
 
F
A
 
A
I
 
V
G
 
G
N
 
N
A
 
E
E
 
K
L
 
I
I
 
I
G
 
Q
A
 
A
L
 
V
R
 
N
R
 
E
L
 
F
K
 
Q
A
 
D
V
 
H
V
 
V
D
 
F
F
x
V
N
 
G
Q
 
M
Y
 
F
Q
 
G
G
 
G
I
 
L
L
 
Q
A
 
Q
G
 
A
A
 
A
I
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
L
T
 
S
G
 
G
P
 
D
Q
 
P
A
 
E
C
 
H
V
 
T
E
 
E
A
 
S
T
 
L
R
 
K
Q
 
R
R
 
I
F
 
Y
R
 
K
D
 
E
R
 
R
R
 
I
D
 
D
I
 
-
F
 
F
I
 
F
N
 
T
A
 
A
L
 
L
A
 
C
A
 
E
T
 
K
-
 
E
-
 
L
G
 
G
W
 
W
T
 
K
I
 
M
P
 
E
K
 
K
P
 
P
V
 
K
S
 
G
T
 
T
M
 
F
Y
 
Y
L
 
V
W
 
W
A
 
A
P
 
E
L
 
I
P
 
P
E
 
N
P
 
T
W
 
F
Q
 
E
T
 
T
R
 
-
S
 
S
L
 
H
E
 
Q
F
 
F
C
 
S
E
 
D
K
 
Y
L
 
L
V
 
L
A
 
E
E
 
H
T
 
A
G
 
H
V
 
V
A
 
V
A
 
V
S
 
T
P
 
P
G
 
G
I
 
E
G
 
I
F
 
F
G
 
G
D
 
S
C
 
N
G
 
G
E
 
K
G
 
R
F
 
H
V
 
V
R
 
R
F
 
I
A
 
S
L
 
M
V
 
V
H
 
S
D
 
K
R
 
Q
D
 
E
R
 
D
L
 
L
E
 
R
E
 
E
A
 
F
A
 
V
R
 
T
R
 
R
I
 
I
T
 
Q
Q
 
K

6l1lB Apo-bacf structure from bacillus subtillis (see paper)
35% identity, 97% coverage: 7:388/392 of query aligns to 6:386/393 of 6l1lB

query
sites
6l1lB
S
 
S
Q
 
D
R
 
V
L
 
I
A
 
K
P
 
T
L
 
L
Q
 
P
R
 
R
N
 
Q
V
 
E
F
 
F
A
 
S
D
 
L
M
 
V
D
 
F
R
 
Q
A
 
K
K
 
V
A
 
K
V
 
E
A
 
M
I
 
E
A
 
K
A
 
T
G
 
G
R
 
A
E
 
H
V
 
I
I
 
I
D
 
N
L
 
L
S
 
G
L
 
Q
G
 
G
S
 
N
S
 
P
D
 
D
L
 
L
P
 
P
A
 
T
P
 
P
D
 
P
H
 
H
V
 
I
V
 
V
A
 
E
V
 
A
I
 
L
A
 
R
A
 
E
S
 
A
L
 
S
Q
 
L
D
 
N
P
 
P
S
 
S
T
 
F
H
 
H
G
 
G
Y
 
Y
L
 
G
L
 
P
H
 
F
Q
 
R
G
 
G
T
 
Y
L
 
P
P
 
F
F
 
L
R
 
K
Q
 
E
V
 
A
A
 
I
A
 
A
A
 
A
W
 
F
Y
 
Y
E
 
K
R
 
R
K
 
E
F
 
Y
G
 
G
L
 
V
G
 
T
V
 
I
D
 
N
P
 
P
E
 
E
T
 
T
E
 
E
V
 
V
L
 
A
L
 
L
L
 
F
I
 
G
G
|
G
S
x
G
Q
x
K
E
 
A
G
 
G
T
 
L
A
 
Y
H
 
V
L
 
L
P
 
T
L
 
Q
A
 
C
V
 
L
M
 
L
E
 
N
P
 
P
G
 
G
E
 
D
I
 
I
A
 
A
L
 
L
L
 
V
Q
 
P
D
 
N
P
 
P
G
 
G
Y
|
Y
P
 
P
S
 
E
H
 
Y
A
 
L
G
 
S
G
 
G
V
 
I
Y
 
T
L
 
M
A
 
A
G
 
R
G
 
A
E
 
E
I
 
L
Y
 
Y
R
 
E
L
 
M
P
 
P
T
 
L
T
 
Y
A
 
E
D
 
E
R
 
N
G
 
G
F
 
Y
L
 
L
P
 
P
D
 
D
F
 
F
S
 
E
T
 
K
I
 
I
P
 
D
T
 
P
E
 
A
I
 
V
L
 
L
S
 
E
R
 
K
S
 
A
R
 
K
L
 
L
L
 
M
V
 
F
L
 
L
S
x
N
Y
 
Y
P
 
P
H
 
N
N
|
N
P
 
P
T
 
T
T
 
G
A
 
A
I
 
V
A
 
A
P
 
D
L
 
A
A
 
A
F
 
F
F
 
Y
E
 
A
E
 
K
A
 
A
V
 
A
A
 
A
F
 
F
C
 
A
R
 
K
H
 
E
H
 
H
Q
 
N
L
 
I
V
 
H
L
 
L
A
 
I
H
 
H
D
|
D
F
 
F
P
x
A
Y
|
Y
P
 
G
D
 
A
L
 
F
G
 
E
F
 
F
D
 
D
G
 
Q
V
 
-
E
 
K
V
 
P
P
 
A
S
 
S
I
 
F
F
 
L
Q
 
E
A
 
A
D
 
E
R
 
D
Q
 
A
K
 
K
Q
 
T
Q
 
V
A
 
G
I
 
A
E
 
E
F
 
L
F
 
Y
S
|
S
L
 
F
S
|
S
K
|
K
S
 
T
Y
 
F
N
 
N
M
 
M
G
 
A
G
 
G
F
 
W
R
|
R
V
 
M
G
 
A
F
 
F
A
 
A
I
 
V
G
 
G
N
 
N
A
 
E
E
 
K
L
 
I
I
 
I
G
 
Q
A
 
A
L
 
V
R
 
N
R
 
E
L
 
F
K
 
Q
A
 
D
V
 
H
V
 
V
D
 
F
F
 
V
N
 
G
Q
 
M
Y
 
F
Q
 
G
G
 
G
I
 
L
L
 
Q
A
 
Q
G
 
A
A
 
A
I
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
L
T
 
S
G
 
G
P
 
D
Q
 
P
A
 
E
C
 
H
V
 
T
E
 
E
A
 
S
T
 
L
R
 
K
Q
 
R
R
 
I
F
 
Y
R
 
K
D
 
E
R
 
R
R
 
I
D
 
D
I
 
-
F
 
F
I
 
F
N
 
T
A
 
A
L
 
L
A
 
C
A
 
E
T
 
K
-
 
E
-
 
L
G
 
G
W
 
W
T
 
K
I
 
M
P
 
E
K
 
K
P
 
P
V
 
K
S
 
G
T
 
T
M
 
F
Y
 
Y
L
 
V
W
 
W
A
 
A
P
 
E
L
 
I
P
 
P
E
 
N
P
 
T
W
 
F
Q
 
E
T
 
T
R
 
-
S
 
S
L
 
H
E
 
Q
F
 
F
C
 
S
E
 
D
K
 
Y
L
 
L
V
 
L
A
 
E
E
 
H
T
 
A
G
 
H
V
 
V
A
 
V
A
 
V
S
 
T
P
 
P
G
 
G
I
 
E
G
 
I
F
 
F
G
 
G
D
 
S
C
 
N
G
 
G
E
 
K
G
 
R
F
 
H
V
 
V
R
 
R
F
 
I
A
 
S
L
 
M
V
 
V
H
 
S
D
 
K
R
 
Q
D
 
E
R
 
D
L
 
L
E
 
R
E
 
E
A
 
F
A
 
V
R
 
T
R
 
R
I
 
I
T
 
Q
Q
 
K

6l1oB Product bound bacf structure from bacillus subtillis (see paper)
35% identity, 97% coverage: 7:388/392 of query aligns to 6:386/392 of 6l1oB

query
sites
6l1oB
S
 
S
Q
 
D
R
 
V
L
 
I
A
 
K
P
 
T
L
 
L
Q
 
P
R
 
R
N
 
Q
V
 
E
F
|
F
A
 
S
D
 
L
M
 
V
D
 
F
R
 
Q
A
 
K
K
 
V
A
 
K
V
 
E
A
 
M
I
 
E
A
 
K
A
 
T
G
 
G
R
 
A
E
 
H
V
 
I
I
 
I
D
 
N
L
 
L
S
 
G
L
x
Q
G
|
G
S
 
N
S
 
P
D
 
D
L
 
L
P
 
P
A
 
T
P
 
P
D
 
P
H
 
H
V
 
I
V
 
V
A
 
E
V
 
A
I
 
L
A
 
R
A
 
E
S
 
A
L
 
S
Q
 
L
D
 
N
P
 
P
S
 
S
T
 
F
H
 
H
G
 
G
Y
 
Y
L
 
G
L
 
P
H
 
F
Q
 
R
G
 
G
T
 
Y
L
 
P
P
 
F
F
 
L
R
 
K
Q
 
E
V
 
A
A
 
I
A
 
A
A
 
A
W
 
F
Y
 
Y
E
 
K
R
 
R
K
 
E
F
 
Y
G
 
G
L
 
V
G
 
T
V
 
I
D
 
N
P
 
P
E
 
E
T
 
T
E
 
E
V
 
V
L
 
A
L
 
L
L
 
F
I
 
G
G
|
G
S
x
G
Q
x
K
E
 
A
G
 
G
T
 
L
A
 
Y
H
 
V
L
 
L
P
 
T
L
 
Q
A
 
C
V
 
L
M
 
L
E
 
N
P
 
P
G
 
G
E
 
D
I
 
I
A
 
A
L
 
L
L
 
V
Q
 
P
D
 
N
P
 
P
G
 
G
Y
|
Y
P
 
P
S
x
E
H
 
Y
A
 
L
G
 
S
G
 
G
V
 
I
Y
 
T
L
 
M
A
 
A
G
 
R
G
 
A
E
 
E
I
 
L
Y
 
Y
R
 
E
L
 
M
P
 
P
T
 
L
T
 
Y
A
 
E
D
 
E
R
 
N
G
 
G
F
 
Y
L
 
L
P
 
P
D
 
D
F
 
F
S
 
E
T
 
K
I
 
I
P
 
D
T
 
P
E
 
A
I
 
V
L
 
L
S
 
E
R
 
K
S
 
A
R
 
K
L
 
L
L
 
M
V
 
F
L
 
L
S
x
N
Y
 
Y
P
 
P
H
 
N
N
|
N
P
 
P
T
 
T
T
 
G
A
 
A
I
 
V
A
 
A
P
 
D
L
 
A
A
 
A
F
 
F
F
 
Y
E
 
A
E
 
K
A
 
A
V
 
A
A
 
A
F
 
F
C
 
A
R
 
K
H
 
E
H
 
H
Q
 
N
L
 
I
V
 
H
L
 
L
A
 
I
H
 
H
D
|
D
F
 
F
P
x
A
Y
|
Y
P
 
G
D
 
A
L
 
F
G
 
E
F
 
F
D
 
D
G
 
Q
V
 
-
E
 
K
V
 
P
P
 
A
S
 
S
I
 
F
F
 
L
Q
 
E
A
 
A
D
 
E
R
 
D
Q
 
A
K
 
K
Q
 
T
Q
 
V
A
 
G
I
 
A
E
 
E
F
 
L
F
 
Y
S
|
S
L
 
F
S
|
S
K
|
K
S
 
T
Y
 
F
N
 
N
M
 
M
G
 
A
G
 
G
F
 
W
R
|
R
V
 
M
G
 
A
F
 
F
A
 
A
I
 
V
G
 
G
N
 
N
A
 
E
E
 
K
L
 
I
I
 
I
G
 
Q
A
 
A
L
 
V
R
 
N
R
 
E
L
 
F
K
 
Q
A
 
D
V
 
H
V
 
V
D
 
F
F
 
V
N
 
G
Q
 
M
Y
 
F
Q
 
G
G
 
G
I
 
L
L
 
Q
A
 
Q
G
 
A
A
 
A
I
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
L
T
 
S
G
 
G
P
 
D
Q
 
P
A
 
E
C
 
H
V
 
T
E
 
E
A
 
S
T
 
L
R
 
K
Q
 
R
R
 
I
F
 
Y
R
 
K
D
 
E
R
 
R
R
 
I
D
 
D
I
 
-
F
 
F
I
 
F
N
 
T
A
 
A
L
 
L
A
 
C
A
 
E
T
 
K
-
 
E
-
 
L
G
 
G
W
 
W
T
 
K
I
 
M
P
 
E
K
 
K
P
 
P
V
 
K
S
 
G
T
 
T
M
 
F
Y
|
Y
L
 
V
W
 
W
A
 
A
P
 
E
L
 
I
P
 
P
E
 
N
P
 
T
W
 
F
Q
 
E
T
 
T
R
 
-
S
 
S
L
 
H
E
 
Q
F
 
F
C
 
S
E
 
D
K
 
Y
L
 
L
V
 
L
A
 
E
E
 
H
T
 
A
G
 
H
V
 
V
A
 
V
A
 
V
S
 
T
P
 
P
G
 
G
I
 
E
G
 
I
F
 
F
G
 
G
D
 
S
C
 
N
G
 
G
E
 
K
G
 
R
F
 
H
V
 
V
R
|
R
F
 
I
A
 
S
L
 
M
V
 
V
H
 
S
D
 
K
R
 
Q
D
 
E
R
 
D
L
 
L
E
 
R
E
 
E
A
 
F
A
 
V
R
 
T
R
 
R
I
 
I
T
 
Q
Q
 
K

2o1bA Structure of aminotransferase from staphylococcus aureus
34% identity, 91% coverage: 35:389/392 of query aligns to 21:371/376 of 2o1bA

query
sites
2o1bA
V
 
L
I
 
I
D
 
N
L
 
M
S
 
A
L
 
V
G
 
G
S
 
I
S
 
P
D
 
D
L
 
G
P
 
P
A
 
T
P
 
P
D
 
Q
H
 
G
V
 
I
V
 
I
A
 
D
V
 
H
I
 
F
A
 
Q
A
 
K
S
 
A
L
 
L
Q
 
T
D
 
I
P
 
P
S
 
E
T
 
N
H
 
Q
G
 
K
Y
 
Y
L
 
G
L
 
A
H
 
F
Q
 
H
G
 
G
T
 
K
L
 
E
P
 
A
F
 
F
R
 
K
Q
 
Q
V
 
A
A
 
I
A
 
V
A
 
D
W
 
F
Y
 
Y
E
 
Q
R
 
R
K
 
Q
F
 
Y
G
 
N
L
 
V
G
 
T
V
 
L
D
 
D
P
 
K
E
 
E
T
 
D
E
 
E
V
 
V
L
 
C
L
 
I
L
 
L
I
 
Y
G
|
G
S
x
T
Q
x
K
E
 
N
G
 
G
T
x
L
A
 
V
H
 
A
L
 
V
P
 
P
L
 
T
A
 
C
V
 
V
M
 
I
E
 
N
P
 
P
G
 
G
E
 
D
I
 
Y
A
 
V
L
 
L
L
 
L
Q
 
P
D
 
D
P
 
P
G
 
G
Y
|
Y
P
 
T
S
 
D
H
 
Y
A
 
L
G
 
A
G
 
G
V
 
V
Y
 
L
L
 
L
A
 
A
G
 
D
G
 
G
E
 
K
I
 
P
Y
 
V
R
 
P
L
 
L
P
 
N
T
 
L
T
 
E
A
 
P
D
 
P
R
 
H
G
 
-
F
 
Y
L
 
L
P
 
P
D
 
D
F
 
W
S
 
S
T
 
K
I
 
V
P
 
D
T
 
S
E
 
Q
I
 
I
L
 
I
S
 
D
R
 
K
S
 
T
R
 
K
L
 
L
L
 
I
V
 
Y
L
 
L
S
 
T
Y
 
Y
P
 
P
H
 
N
N
|
N
P
 
P
T
 
T
T
 
G
A
 
S
I
 
T
A
 
A
P
 
T
L
 
K
A
 
E
F
 
V
F
 
F
E
 
D
E
 
E
A
 
A
V
 
I
A
 
A
F
 
K
C
 
F
R
 
K
H
 
G
H
 
T
Q
 
D
L
 
T
V
 
K
L
 
I
A
 
V
H
 
H
D
|
D
F
 
F
P
x
A
Y
|
Y
P
 
G
D
 
A
L
 
F
G
 
G
F
 
F
D
 
D
G
 
A
V
 
-
E
 
K
V
 
N
P
 
P
S
 
S
I
 
I
F
 
L
Q
 
A
A
 
S
D
 
E
R
 
N
Q
 
G
K
 
K
Q
 
D
Q
 
V
A
 
A
I
 
I
E
 
E
F
 
I
F
 
Y
S
|
S
L
 
L
S
|
S
K
|
K
S
 
G
Y
 
Y
N
 
N
M
 
M
G
 
S
G
 
G
F
 
F
R
|
R
V
 
V
G
 
G
F
 
F
A
 
A
I
 
V
G
 
G
N
 
N
A
 
K
E
 
D
L
 
M
I
 
I
G
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
K
R
 
K
L
 
Y
K
 
Q
A
 
T
V
 
H
V
 
T
D
 
N
F
 
A
N
 
G
Q
 
M
Y
 
F
Q
 
G
G
 
A
I
 
L
L
 
Q
A
 
D
G
 
A
A
 
A
I
 
I
A
 
Y
A
 
A
L
 
L
T
 
N
G
 
H
P
 
Y
Q
 
D
A
 
D
C
 
F
V
 
L
E
 
E
A
 
E
T
 
Q
R
 
S
Q
 
N
R
 
V
F
 
F
R
 
K
D
 
T
R
 
R
R
 
R
D
 
D
I
 
R
F
 
F
I
 
E
N
 
A
A
 
M
L
 
L
A
 
A
A
 
K
T
 
A
G
 
D
W
 
L
T
 
P
I
 
F
P
 
V
K
 
H
P
 
A
V
 
K
S
 
G
T
 
G
M
 
I
Y
 
Y
L
 
V
W
 
W
A
 
L
P
 
E
L
 
T
P
 
P
E
 
P
P
 
G
W
 
Y
Q
 
D
T
 
S
R
 
E
S
 
Q
L
 
F
E
 
E
F
 
-
C
 
-
E
 
Q
K
 
F
L
 
L
V
 
V
A
 
Q
E
 
E
T
 
K
G
 
S
V
 
I
A
 
L
A
 
V
S
 
A
P
 
P
G
 
G
I
 
K
G
 
P
F
 
F
G
 
G
D
 
E
C
 
N
G
 
G
E
 
N
G
 
R
F
 
Y
V
 
V
R
 
R
F
 
I
A
 
S
L
 
L
V
 
A
H
 
L
D
 
D
R
 
D
D
 
Q
R
 
K
L
 
L
E
 
D
E
 
E
A
 
A
A
 
A
R
 
I
R
 
R
I
 
L
T
 
T
Q
 
E
F
 
L

1gdeA Crystal structure of pyrococcus protein a-1 e-form (see paper)
29% identity, 93% coverage: 25:390/392 of query aligns to 16:382/388 of 1gdeA

query
sites
1gdeA
K
 
K
A
 
L
V
 
F
A
 
D
I
 
I
A
 
A
A
 
A
G
 
G
-
 
M
R
 
K
E
 
D
V
 
V
I
 
I
D
 
S
L
 
L
S
 
G
L
 
I
G
|
G
S
 
E
S
 
P
D
 
D
L
 
F
P
 
D
A
 
T
P
 
P
D
 
Q
H
 
H
V
 
I
V
 
K
A
 
E
V
 
Y
I
 
A
A
 
K
A
 
E
S
 
A
L
 
L
Q
 
D
D
 
K
P
 
G
S
 
L
T
 
T
H
 
H
G
 
-
Y
 
Y
L
 
G
L
 
P
H
 
N
Q
 
I
G
 
G
T
 
L
L
 
L
P
 
E
F
 
L
R
 
R
Q
 
E
V
 
A
A
 
I
A
 
A
A
 
E
W
 
K
Y
 
L
E
 
K
R
 
K
K
 
Q
F
 
N
G
 
G
L
 
I
G
 
E
V
 
A
D
 
D
P
 
P
E
 
K
T
 
T
E
 
E
V
 
I
L
 
M
L
 
V
L
 
L
I
 
L
G
|
G
S
x
A
Q
x
N
E
 
Q
G
 
A
T
 
F
A
 
L
H
 
M
L
 
G
P
 
L
L
 
S
A
 
A
V
 
F
M
 
L
E
 
K
P
 
D
G
 
G
E
 
E
I
 
E
A
 
V
L
 
L
L
 
I
Q
 
P
D
 
T
P
 
P
G
 
A
Y
x
F
P
 
V
S
 
S
H
 
Y
A
 
A
G
 
P
G
 
A
V
 
V
Y
 
I
L
 
L
A
 
A
G
 
G
G
 
G
E
 
K
I
 
P
Y
 
V
R
 
E
L
 
V
P
 
P
T
 
T
T
 
Y
A
 
E
D
 
E
R
 
D
G
 
E
F
 
F
L
 
R
P
 
L
D
 
N
F
 
V
S
 
D
T
 
E
I
 
L
P
 
K
T
 
K
E
 
Y
I
 
V
L
 
T
S
 
D
R
 
K
S
 
T
R
 
R
L
 
A
L
 
L
V
 
I
L
 
I
S
x
N
Y
 
S
P
 
P
H
 
C
N
|
N
P
 
P
T
 
T
T
 
G
A
 
A
I
 
V
A
 
L
P
 
T
L
 
K
A
 
K
F
 
D
F
 
L
E
 
E
E
 
E
A
 
I
V
 
A
A
 
D
F
 
F
C
 
V
R
 
V
H
 
E
H
 
H
Q
 
D
L
 
L
V
 
I
L
 
V
A
 
I
H
 
S
D
|
D
F
 
E
P
x
V
Y
|
Y
P
 
E
D
 
H
L
 
F
G
 
I
F
 
Y
D
 
D
G
 
D
V
 
A
E
 
R
V
 
H
P
 
Y
S
 
S
I
 
I
F
 
A
Q
 
S
A
 
L
D
 
D
R
 
G
Q
 
M
K
 
F
Q
 
E
Q
 
R
A
 
T
I
 
I
E
 
T
F
 
V
F
 
N
S
 
G
L
 
F
S
|
S
K
|
K
S
 
T
Y
 
F
N
 
A
M
 
M
G
 
T
G
 
G
F
 
W
R
|
R
V
 
L
G
 
G
F
 
F
A
 
V
I
 
A
G
 
A
N
 
P
A
 
S
E
 
W
L
 
I
I
 
I
G
 
E
A
 
R
L
 
M
R
 
V
R
 
K
L
 
F
K
 
Q
A
 
M
V
 
Y
-
 
N
-
 
A
-
 
T
-
 
C
-
 
P
V
 
V
D
 
T
F
 
F
N
 
I
Q
 
Q
Y
 
Y
Q
 
-
G
 
-
I
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
A
A
 
A
I
 
A
A
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
K
G
 
D
P
 
E
Q
 
R
A
 
S
-
 
W
-
 
K
C
 
A
V
 
V
E
 
E
A
 
E
T
 
M
R
 
R
Q
 
K
R
 
E
F
 
Y
R
 
D
D
 
R
R
 
R
R
 
R
D
 
K
I
 
L
F
 
V
I
 
W
N
 
K
A
 
R
L
 
L
A
 
N
A
 
E
T
 
M
G
 
G
W
 
L
T
 
P
I
 
T
P
 
V
K
 
K
P
 
P
V
 
K
S
 
G
T
 
A
M
 
F
Y
|
Y
L
 
I
W
 
F
A
 
P
P
 
R
L
 
I
P
 
R
E
 
D
P
 
T
W
 
G
Q
 
L
T
 
T
R
 
-
S
 
S
L
 
K
E
 
K
F
 
F
C
 
S
E
 
E
K
 
L
L
 
M
V
 
L
A
 
K
E
 
E
T
 
A
G
 
R
V
 
V
A
 
A
A
 
V
S
 
V
P
 
P
G
 
G
I
 
S
G
 
A
F
 
F
G
 
G
D
 
K
C
 
A
G
 
G
E
 
E
G
 
G
F
 
Y
V
 
V
R
|
R
F
 
I
A
 
S
L
 
Y
V
 
A
H
 
T
D
 
A
R
 
Y
D
 
E
R
 
K
L
 
L
E
 
E
E
 
E
A
 
A
A
 
M
R
 
D
R
 
R
I
 
M
T
 
E
Q
 
R
F
 
V
L
 
L

1gd9A Crystall structure of pyrococcus protein-a1 (see paper)
29% identity, 93% coverage: 25:390/392 of query aligns to 16:382/388 of 1gd9A

query
sites
1gd9A
K
 
K
A
 
L
V
 
F
A
 
D
I
 
I
A
 
A
A
 
A
G
 
G
-
 
M
R
 
K
E
 
D
V
 
V
I
 
I
D
 
S
L
 
L
S
 
G
L
 
I
G
 
G
S
 
E
S
 
P
D
 
D
L
 
F
P
 
D
A
 
T
P
 
P
D
 
Q
H
 
H
V
 
I
V
 
K
A
 
E
V
 
Y
I
 
A
A
 
K
A
 
E
S
 
A
L
 
L
Q
 
D
D
 
K
P
 
G
S
 
L
T
 
T
H
 
H
G
 
-
Y
 
Y
L
 
G
L
 
P
H
 
N
Q
 
I
G
 
G
T
 
L
L
 
L
P
 
E
F
 
L
R
 
R
Q
 
E
V
 
A
A
 
I
A
 
A
A
 
E
W
 
K
Y
 
L
E
 
K
R
 
K
K
 
Q
F
 
N
G
 
G
L
 
I
G
 
E
V
 
A
D
 
D
P
 
P
E
 
K
T
 
T
E
 
E
V
 
I
L
 
M
L
 
V
L
 
L
I
 
L
G
|
G
S
x
A
Q
x
N
E
 
Q
G
 
A
T
 
F
A
 
L
H
 
M
L
 
G
P
 
L
L
 
S
A
 
A
V
 
F
M
 
L
E
 
K
P
 
D
G
 
G
E
 
E
I
 
E
A
 
V
L
 
L
L
 
I
Q
 
P
D
 
T
P
 
P
G
 
A
Y
x
F
P
 
V
S
 
S
H
 
Y
A
 
A
G
 
P
G
 
A
V
 
V
Y
 
I
L
 
L
A
 
A
G
 
G
G
 
G
E
 
K
I
 
P
Y
 
V
R
 
E
L
 
V
P
 
P
T
 
T
T
 
Y
A
 
E
D
 
E
R
 
D
G
 
E
F
 
F
L
 
R
P
 
L
D
 
N
F
 
V
S
 
D
T
 
E
I
 
L
P
 
K
T
 
K
E
 
Y
I
 
V
L
 
T
S
 
D
R
 
K
S
 
T
R
 
R
L
 
A
L
 
L
V
 
I
L
 
I
S
x
N
Y
 
S
P
 
P
H
 
C
N
|
N
P
 
P
T
 
T
T
 
G
A
 
A
I
 
V
A
 
L
P
 
T
L
 
K
A
 
K
F
 
D
F
 
L
E
 
E
E
 
E
A
 
I
V
 
A
A
 
D
F
 
F
C
 
V
R
 
V
H
 
E
H
 
H
Q
 
D
L
 
L
V
 
I
L
 
V
A
 
I
H
 
S
D
|
D
F
 
E
P
x
V
Y
|
Y
P
 
E
D
 
H
L
 
F
G
 
I
F
 
Y
D
 
D
G
 
D
V
 
A
E
 
R
V
 
H
P
 
Y
S
 
S
I
 
I
F
 
A
Q
 
S
A
 
L
D
 
D
R
 
G
Q
 
M
K
 
F
Q
 
E
Q
 
R
A
 
T
I
 
I
E
 
T
F
 
V
F
 
N
S
 
G
L
 
F
S
|
S
K
|
K
S
 
T
Y
 
F
N
 
A
M
 
M
G
 
T
G
 
G
F
 
W
R
|
R
V
 
L
G
 
G
F
 
F
A
 
V
I
 
A
G
 
A
N
 
P
A
 
S
E
 
W
L
 
I
I
 
I
G
 
E
A
 
R
L
 
M
R
 
V
R
 
K
L
 
F
K
 
Q
A
 
M
V
 
Y
-
 
N
-
 
A
-
 
T
-
 
C
-
 
P
V
 
V
D
 
T
F
 
F
N
 
I
Q
 
Q
Y
 
Y
Q
 
-
G
 
-
I
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
A
A
 
A
I
 
A
A
 
K
A
 
A
L
 
L
T
 
K
G
 
D
P
 
E
Q
 
R
A
 
S
-
 
W
-
 
K
C
 
A
V
 
V
E
 
E
A
 
E
T
 
M
R
 
R
Q
 
K
R
 
E
F
 
Y
R
 
D
D
 
R
R
 
R
R
 
R
D
 
K
I
 
L
F
 
V
I
 
W
N
 
K
A
 
R
L
 
L
A
 
N
A
 
E
T
 
M
G
 
G
W
 
L
T
 
P
I
 
T
P
 
V
K
 
K
P
 
P
V
 
K
S
 
G
T
 
A
M
 
F
Y
 
Y
L
 
I
W
 
F
A
 
P
P
 
R
L
 
I
P
 
R
E
 
D
P
 
T
W
 
G
Q
 
L
T
 
T
R
 
-
S
 
S
L
 
K
E
 
K
F
 
F
C
 
S
E
 
E
K
 
L
L
 
M
V
 
L
A
 
K
E
 
E
T
 
A
G
 
R
V
 
V
A
 
A
A
 
V
S
 
V
P
 
P
G
 
G
I
 
S
G
 
A
F
 
F
G
 
G
D
 
K
C
 
A
G
 
G
E
 
E
G
 
G
F
 
Y
V
 
V
R
 
R
F
 
I
A
 
S
L
 
Y
V
 
A
H
 
T
D
 
A
R
 
Y
D
 
E
R
 
K
L
 
L
E
 
E
E
 
E
A
 
A
A
 
M
R
 
D
R
 
R
I
 
M
T
 
E
Q
 
R
F
 
V
L
 
L

2o0rA The three-dimensional structure of n-succinyldiaminopimelate aminotransferase from mycobacterium tuberculosis (see paper)
31% identity, 97% coverage: 8:387/392 of query aligns to 4:381/385 of 2o0rA

query
sites
2o0rA
Q
 
S
R
 
R
L
 
L
A
 
R
P
 
P
L
 
Y
Q
 
A
R
 
T
N
x
T
V
 
V
F
|
F
A
 
A
D
 
E
M
 
M
D
 
S
R
 
-
A
 
-
K
 
-
A
 
-
V
 
-
A
 
A
I
 
L
A
 
A
A
 
T
G
 
R
R
 
I
E
 
G
V
 
A
I
 
V
D
 
N
L
 
L
S
 
G
L
 
Q
G
 
G
S
 
F
S
 
P
D
 
D
L
 
E
P
 
D
A
 
G
P
 
P
D
 
P
H
 
K
V
 
M
V
 
L
A
 
Q
V
 
A
I
 
A
A
 
Q
A
 
D
S
 
A
L
 
I
Q
 
A
D
 
G
P
 
-
S
 
G
T
 
V
H
 
N
G
 
Q
Y
 
Y
L
 
P
L
 
P
H
 
G
Q
 
P
G
 
G
T
 
S
L
 
A
P
 
P
F
 
L
R
 
R
Q
 
R
V
 
A
A
 
I
A
 
A
A
 
A
W
 
Q
Y
 
R
E
 
R
R
 
R
K
 
H
F
 
F
G
 
G
L
 
V
G
 
D
V
 
Y
D
 
D
P
 
P
E
 
E
T
 
T
E
 
E
V
 
V
L
 
L
L
 
V
L
 
T
I
 
V
G
 
G
S
 
A
Q
 
T
E
 
E
G
 
A
T
 
I
A
 
A
H
 
A
L
 
A
P
 
V
L
 
L
A
 
G
V
 
L
M
 
V
E
 
E
P
 
P
G
 
G
E
 
S
I
 
E
A
 
V
L
 
L
L
 
L
Q
 
I
D
 
E
P
 
P
G
 
F
Y
|
Y
P
x
D
S
 
S
H
 
Y
A
 
S
G
 
P
G
 
V
V
 
V
Y
 
A
L
 
M
A
 
A
G
 
G
G
 
A
E
 
H
I
 
R
Y
 
V
R
 
T
L
 
V
P
 
P
T
 
L
T
 
V
A
 
P
D
 
D
-
 
G
R
 
R
G
 
G
F
 
F
L
 
A
P
 
L
D
 
D
F
 
A
S
 
D
T
 
A
I
 
L
P
 
R
T
 
R
E
 
A
I
 
V
L
 
T
S
 
P
R
 
R
S
 
T
R
 
R
L
 
A
L
 
L
V
 
I
L
 
I
S
 
N
Y
 
S
P
 
P
H
 
H
N
 
N
P
 
P
T
 
T
T
 
G
A
 
A
I
 
V
A
 
L
P
 
S
L
 
A
A
 
T
F
 
E
F
 
L
E
 
A
E
 
A
A
 
I
V
 
A
A
 
E
F
 
I
C
 
A
R
 
V
H
 
A
H
 
A
Q
 
N
L
 
L
V
 
V
L
 
V
A
 
I
H
 
T
D
|
D
F
 
E
P
x
V
Y
 
Y
P
 
E
D
 
H
L
 
L
G
 
V
F
 
F
D
 
D
G
 
H
V
 
A
E
 
R
V
 
H
P
 
L
S
 
P
I
 
L
F
 
A
Q
 
G
A
 
F
D
 
D
R
 
G
Q
 
M
K
 
A
Q
 
E
Q
 
R
A
 
T
I
 
I
E
 
T
F
 
I
F
 
S
S
 
S
L
 
A
S
 
A
K
|
K
S
 
M
Y
 
F
N
 
N
M
 
C
G
 
T
G
 
G
F
 
W
R
 
K
V
 
I
G
 
G
F
 
W
A
 
A
I
 
C
G
 
G
N
 
P
A
 
A
E
 
E
L
 
L
I
 
I
G
 
A
A
 
G
L
 
V
R
 
R
R
 
A
L
 
A
K
 
K
A
x
Q
V
x
Y
V
 
L
D
 
S
F
x
Y
N
 
V
Q
 
G
Y
 
G
Q
 
A
G
 
P
I
 
F
L
 
Q
A
 
P
G
 
A
A
 
V
I
 
A
A
 
L
A
 
A
L
 
L
T
 
D
G
 
T
P
 
E
Q
 
D
A
 
A
C
 
W
V
 
V
E
 
A
A
 
A
T
 
L
R
 
R
Q
 
N
R
 
S
F
 
L
R
 
R
D
 
A
R
 
R
R
 
R
D
 
D
I
 
R
F
 
L
I
 
A
N
 
A
A
 
G
L
 
L
A
 
T
A
 
E
T
 
I
G
 
G
W
 
F
T
 
A
I
 
V
P
 
H
K
 
D
P
 
S
V
 
Y
S
 
G
T
 
T
M
 
Y
Y
 
F
L
 
L
W
 
C
A
 
A
-
 
D
P
 
P
L
 
R
P
 
P
E
 
L
P
 
G
W
 
Y
Q
 
D
T
 
D
R
 
-
S
 
S
L
 
T
E
 
E
F
 
F
C
 
C
E
 
A
K
 
A
L
 
L
V
 
P
A
 
E
E
 
K
T
 
V
G
 
G
V
 
V
A
 
A
A
 
A
S
 
I
P
 
P
G
 
M
I
 
S
G
 
A
F
 
F
-
 
C
-
 
D
-
 
P
G
 
A
D
 
D
C
 
V
G
 
W
E
 
N
G
 
H
F
 
L
V
 
V
R
 
R
F
 
F
A
 
T
L
 
F
V
 
C
H
 
K
D
 
R
R
 
D
D
 
D
R
 
T
L
 
L
E
 
D
E
 
E
A
 
A
A
 
I
R
 
R
R
 
R
I
 
L
T
 
S

3jtxB Crystal structure of aminotransferase (np_283882.1) from neisseria meningitidis z2491 at 1.91 a resolution
28% identity, 98% coverage: 6:389/392 of query aligns to 1:391/393 of 3jtxB

query
sites
3jtxB
L
 
M
S
 
N
Q
 
T
R
 
L
L
 
L
A
 
K
P
 
Q
L
 
L
Q
 
K
R
 
P
N
 
Y
V
 
P
F
 
F
A
 
A
D
 
R
M
 
L
D
 
H
R
 
E
A
 
A
-
 
M
K
 
Q
A
 
G
V
 
I
A
 
S
I
 
A
A
 
P
A
 
E
G
 
G
R
 
M
E
 
E
V
 
A
I
 
V
D
 
P
L
 
L
S
 
H
L
 
I
G
 
G
S
 
E
S
 
P
D
 
K
L
 
H
P
 
P
A
 
T
P
 
P
D
 
K
H
 
V
V
 
I
V
 
T
A
 
D
V
 
A
I
 
L
A
 
T
A
 
A
S
 
S
L
 
L
Q
 
H
D
 
E
P
 
-
S
 
-
T
 
L
H
 
E
G
 
K
Y
 
Y
L
 
P
L
 
L
H
 
T
Q
 
A
G
 
G
T
 
L
L
 
P
P
 
E
F
 
L
R
 
R
Q
 
Q
V
 
A
A
 
C
A
 
A
A
 
N
W
 
W
Y
 
L
E
 
K
R
 
R
K
 
R
F
 
Y
-
 
D
G
 
G
L
 
L
G
 
T
V
 
V
D
 
D
P
 
A
E
 
D
T
 
N
E
 
E
V
 
I
L
 
L
L
 
P
L
 
V
I
 
L
G
 
G
S
 
S
Q
 
R
E
 
E
G
 
A
T
 
L
A
 
F
H
 
S
L
 
F
P
 
V
L
x
Q
A
 
T
V
 
V
M
x
L
E
x
N
P
 
P
G
 
V
E
 
G
I
 
I
A
 
K
-
 
P
-
 
A
-
 
I
L
 
V
L
 
S
Q
 
P
D
 
N
P
 
P
G
 
F
Y
 
Y
P
 
Q
S
 
I
H
 
Y
A
 
E
G
 
G
G
 
A
V
 
T
Y
 
L
L
 
L
A
 
G
G
 
G
G
 
G
E
 
E
I
 
I
Y
 
H
R
 
F
L
 
A
P
 
N
T
 
C
T
 
P
A
 
A
D
 
P
R
 
-
G
 
S
F
 
F
L
 
N
P
 
P
D
 
D
F
 
W
S
 
R
T
 
S
I
 
I
P
 
S
T
 
E
E
 
E
I
 
V
L
 
W
S
 
K
R
 
R
S
 
T
R
 
K
L
 
L
L
 
V
V
 
F
L
 
V
S
 
C
Y
 
S
P
 
P
H
 
N
N
 
N
P
 
P
T
 
S
T
 
G
A
 
S
I
 
V
A
 
L
P
 
D
L
 
L
A
 
D
F
 
G
F
 
W
E
 
K
E
 
E
A
 
V
V
 
F
A
 
D
F
 
L
C
 
Q
R
 
D
H
 
K
H
 
Y
Q
 
G
L
 
F
V
 
I
L
 
I
A
 
A
H
 
S
D
 
D
F
 
E
P
 
C
Y
 
Y
P
 
S
D
 
E
L
 
I
G
 
Y
F
 
F
D
 
D
G
 
G
V
 
N
E
 
K
V
 
P
P
 
L
S
 
G
I
 
C
F
 
L
Q
 
Q
A
 
A
-
 
A
-
 
A
-
 
Q
-
 
L
D
 
G
R
 
R
Q
 
S
K
 
R
Q
 
Q
Q
 
K
A
 
L
I
 
L
E
 
M
F
 
F
F
 
T
S
 
S
L
 
L
S
 
S
K
 
K
S
 
R
Y
 
S
N
 
N
M
 
V
G
 
P
G
 
G
F
 
L
R
 
R
V
 
S
G
 
G
F
 
F
A
 
V
I
 
A
G
 
G
N
 
D
A
 
A
E
 
E
L
 
L
I
 
-
G
 
-
A
 
-
L
 
-
R
 
-
R
 
-
L
 
L
K
 
K
A
 
N
V
 
F
V
 
L
D
 
L
F
 
Y
N
 
R
Q
 
T
Y
 
Y
Q
 
H
G
 
G
-
 
S
-
 
A
-
 
M
-
 
S
-
 
I
-
 
P
I
 
V
L
 
Q
A
 
R
G
 
A
A
 
S
I
 
I
A
 
A
A
 
A
L
 
W
T
 
D
G
 
D
P
 
E
Q
 
Q
A
 
H
C
 
V
V
 
I
E
 
D
A
 
-
T
 
N
R
 
R
Q
 
R
R
 
L
F
 
Y
R
 
Q
D
 
E
R
 
K
R
 
F
D
 
E
I
 
R
F
 
V
I
 
I
N
 
P
A
 
I
L
 
L
A
 
Q
A
 
Q
T
 
V
G
 
-
W
 
F
T
 
D
I
 
V
P
 
K
K
 
L
P
 
P
V
 
D
S
 
A
T
 
S
M
 
F
Y
 
Y
L
 
I
W
 
W
A
 
L
P
 
K
L
 
V
P
 
P
E
 
D
P
 
-
W
 
-
Q
 
-
T
 
G
R
 
D
S
 
D
L
 
L
E
 
A
F
 
F
C
 
A
E
 
R
K
 
N
L
 
L
V
 
W
A
 
Q
E
 
K
T
 
A
G
 
A
V
 
I
A
 
Q
A
 
V
S
 
L
P
 
P
G
 
G
-
 
R
-
 
F
-
 
L
-
 
A
-
 
R
-
 
D
I
 
T
G
 
E
F
 
Q
G
 
G
D
 
N
C
 
P
G
 
G
E
 
E
G
 
G
F
 
Y
V
 
V
R
 
R
F
 
I
A
 
A
L
 
L
V
 
V
H
 
A
D
 
D
R
 
V
D
 
A
R
 
T
L
 
C
E
 
V
E
 
K
A
 
A
A
 
A
R
 
E
R
 
D
I
 
I
T
 
V
Q
 
S
F
 
L

1j32A Aspartate aminotransferase from phormidium lapideum
28% identity, 99% coverage: 4:390/392 of query aligns to 1:384/388 of 1j32A

query
sites
1j32A
F
 
M
R
 
K
L
 
L
S
 
A
Q
 
A
R
 
R
L
 
V
A
 
E
P
 
S
L
 
V
Q
 
S
R
 
P
N
 
S
V
 
M
F
 
T
A
 
L
D
 
I
M
 
I
D
 
D
R
 
A
A
 
K
K
 
A
A
 
K
V
 
A
A
 
M
I
 
K
A
 
A
A
 
E
G
 
G
R
 
I
E
 
D
V
 
V
I
 
C
D
 
S
L
 
F
S
 
S
L
 
A
G
 
G
S
 
E
S
 
P
D
 
D
L
 
F
P
 
N
A
 
T
P
 
P
D
 
K
H
 
H
V
 
I
V
 
V
A
 
E
V
 
A
I
 
A
A
 
K
A
 
A
S
 
A
L
 
L
Q
 
E
D
 
Q
P
 
G
S
 
K
T
 
T
H
 
R
G
 
-
Y
 
Y
L
 
G
L
 
P
H
 
A
Q
 
A
G
 
G
T
 
E
L
 
P
P
 
R
F
 
L
R
 
R
Q
 
E
V
 
A
A
 
I
A
 
A
A
 
Q
W
 
K
Y
 
L
E
 
Q
R
 
R
K
 
D
F
 
N
G
 
G
L
 
L
-
 
C
-
 
Y
G
 
G
V
 
A
D
 
D
P
 
-
E
 
-
T
 
-
E
 
N
V
 
I
L
 
L
L
 
V
L
 
T
I
 
N
G
|
G
S
x
G
Q
x
K
E
 
Q
G
 
S
T
 
I
A
 
F
H
 
N
L
 
L
P
 
M
L
 
L
A
 
A
V
 
M
M
 
I
E
 
E
P
 
P
G
 
G
E
 
D
I
 
E
A
 
V
L
 
I
L
 
I
Q
 
P
D
 
A
P
 
P
G
 
F
Y
x
W
P
 
V
S
 
S
H
x
Y
A
 
P
G
 
E
G
 
M
V
 
V
Y
 
K
L
 
L
A
 
A
G
 
E
G
 
G
E
 
T
I
 
P
Y
 
V
R
 
I
L
 
L
P
 
P
T
 
T
T
 
T
A
 
V
D
 
E
R
 
T
G
 
Q
F
 
F
L
 
K
P
 
V
D
 
S
F
 
P
S
 
E
T
 
Q
I
 
I
P
 
R
T
 
Q
E
 
A
I
 
I
L
 
T
S
 
P
R
 
K
S
 
T
R
 
K
L
 
L
L
 
L
V
 
V
L
 
F
S
x
N
Y
 
T
P
 
P
H
 
S
N
|
N
P
 
P
T
 
T
T
 
G
A
 
M
I
 
V
A
 
Y
P
 
T
L
 
P
A
 
D
F
 
E
F
 
V
E
 
R
E
 
A
A
 
I
V
 
A
A
 
Q
F
 
V
C
 
A
R
 
V
H
 
E
H
 
A
Q
 
G
L
 
L
V
 
W
L
 
V
A
 
L
H
 
S
D
|
D
F
 
E
P
x
I
Y
|
Y
P
 
E
D
 
K
L
 
I
G
 
L
F
 
Y
D
 
D
G
 
D
V
 
A
E
 
Q
V
 
H
P
 
L
S
 
S
I
 
I
F
 
G
Q
 
A
A
 
A
D
 
S
R
 
P
Q
 
E
K
 
A
-
 
Y
Q
 
E
Q
 
R
A
 
S
I
 
V
E
 
V
F
 
C
F
 
S
S
 
G
L
 
F
S
x
A
K
|
K
S
 
T
Y
 
Y
N
 
A
M
 
M
G
 
T
G
 
G
F
 
W
R
|
R
V
 
V
G
 
G
F
 
F
A
 
L
I
 
A
G
 
G
N
 
P
A
 
V
E
 
P
L
 
L
I
 
V
G
 
K
A
 
A
L
 
A
R
 
T
R
 
K
L
 
I
K
 
Q
A
 
G
-
 
H
-
 
S
-
 
T
-
 
S
-
 
N
V
 
V
V
 
C
D
 
T
F
 
F
N
 
A
Q
 
Q
Y
 
Y
Q
 
-
G
 
-
I
 
-
L
 
-
A
 
-
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
A
A
 
A
L
 
Y
T
 
E
G
 
N
P
 
S
Q
 
Q
A
 
D
C
 
C
V
 
V
E
 
Q
A
 
E
T
 
M
R
 
L
Q
 
A
R
 
A
F
 
F
R
 
A
D
 
E
R
 
R
R
 
R
D
 
R
I
 
Y
F
 
M
I
 
L
N
 
D
A
 
A
L
 
L
A
 
N
A
 
A
T
 
M
-
 
P
G
 
G
W
 
L
T
 
E
I
 
C
P
 
P
K
 
K
P
 
P
V
 
D
S
 
G
T
 
A
M
 
F
Y
 
Y
L
 
M
W
 
F
A
 
P
P
 
S
L
 
I
P
 
A
E
 
K
P
 
T
W
 
G
Q
 
R
T
 
S
R
 
-
S
 
S
L
 
L
E
 
D
F
 
F
C
 
C
E
 
S
K
 
E
L
 
L
V
 
L
A
 
D
E
 
Q
T
 
H
G
 
Q
V
 
V
A
 
A
A
 
T
S
 
V
P
 
P
G
 
G
I
 
A
G
 
A
F
 
F
G
 
G
-
 
A
-
 
D
D
 
D
C
 
C
G
 
-
E
 
-
G
 
-
F
 
-
V
 
I
R
 
R
F
 
L
A
 
S
L
 
Y
V
 
A
H
 
T
D
 
D
R
 
L
D
 
D
R
 
T
L
 
I
E
 
K
E
 
R
A
 
G
A
 
M
R
 
E
R
 
R
I
 
L
T
 
E
Q
 
K
F
 
F
L
 
L

Q56232 Aspartate/prephenate aminotransferase; AspAT / PAT; Transaminase A; EC 2.6.1.1; EC 2.6.1.78 from Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (see 3 papers)
27% identity, 99% coverage: 6:392/392 of query aligns to 4:384/385 of Q56232

query
sites
Q56232
L
 
L
S
 
S
Q
 
R
R
 
R
L
 
V
A
 
Q
P
 
A
L
 
M
Q
x
K
R
 
P
N
 
S
V
 
A
F
 
T
A
 
V
D
 
A
M
 
V
D
 
N
R
 
-
A
 
A
K
 
K
A
 
A
V
 
L
A
 
E
I
 
L
A
 
R
-
 
R
A
 
Q
G
 
G
R
 
V
E
 
D
V
 
L
I
 
V
D
 
A
L
 
L
S
 
T
L
 
A
G
 
G
S
 
E
S
 
P
D
 
D
L
 
F
P
 
D
A
 
T
P
 
P
D
 
E
H
 
H
V
 
V
V
 
K
A
 
E
V
 
A
I
 
A
A
 
R
A
 
R
S
 
A
L
 
L
Q
 
A
D
 
Q
P
 
G
S
 
K
T
 
T
H
 
K
G
 
-
Y
 
Y
L
 
A
L
 
P
H
 
P
Q
 
A
G
 
G
T
 
I
L
 
P
P
 
E
F
 
L
R
 
R
Q
 
E
V
 
A
A
 
L
A
 
A
A
 
E
W
 
K
Y
 
F
E
 
R
R
 
R
K
 
E
F
 
N
G
 
G
L
 
L
G
 
S
V
 
V
D
 
T
P
 
P
E
 
E
T
 
-
E
 
E
V
 
T
L
 
I
L
 
V
L
 
T
I
 
V
G
 
G
S
 
G
Q
 
K
E
 
Q
G
 
A
T
 
L
A
 
F
H
 
N
L
 
L
P
 
F
L
 
Q
A
 
A
V
 
I
M
 
L
E
 
D
P
 
P
G
 
G
E
 
D
I
 
E
A
 
V
L
 
I
L
 
V
Q
 
L
D
 
S
P
 
P
G
 
Y
Y
 
W
P
 
V
S
 
S
H
 
Y
A
 
P
G
 
E
G
 
M
V
 
V
Y
 
R
L
 
F
A
 
A
G
 
G
G
 
G
E
 
V
I
 
V
Y
 
V
R
 
E
L
 
V
P
 
E
T
 
T
T
 
L
A
 
P
D
 
E
R
 
E
G
 
G
F
 
F
L
 
V
P
 
P
D
 
D
F
 
P
S
 
E
T
 
R
I
 
V
P
 
R
T
 
R
E
 
A
I
 
I
L
 
T
S
 
P
R
 
R
S
 
T
R
 
K
L
 
A
L
 
L
V
 
V
L
 
V
S
 
N
Y
 
S
P
 
P
H
 
N
N
 
N
P
 
P
T
 
T
T
 
G
A
 
A
I
 
V
A
 
Y
P
 
P
L
 
K
A
 
E
F
 
V
F
 
L
E
 
E
E
 
A
A
 
L
V
 
A
A
 
R
F
 
L
C
 
A
R
 
V
H
 
E
H
 
H
Q
 
D
L
 
F
V
 
Y
L
 
L
A
 
V
H
 
S
D
 
D
F
 
E
P
 
I
Y
 
Y
P
 
E
D
 
H
L
 
L
G
 
L
F
 
Y
D
 
E
G
 
G
V
 
-
E
 
-
V
 
-
P
 
-
S
 
E
I
 
H
F
 
F
Q
 
S
A
 
P
D
 
G
R
 
R
-
 
V
Q
 
A
K
 
P
Q
 
E
Q
 
H
A
 
T
I
 
L
E
 
T
F
 
V
F
 
N
S
 
G
L
 
A
S
 
A
K
|
K
S
 
A
Y
 
F
N
 
A
M
 
M
G
 
T
G
 
G
F
 
W
R
 
R
V
 
I
G
 
G
F
 
Y
A
 
A
I
 
C
G
 
G
N
 
P
A
 
K
E
 
E
L
 
V
I
 
I
G
 
K
A
 
A
L
 
M
R
 
A
R
 
S
L
 
V
K
 
S
A
 
S
V
 
Q
V
 
S
D
 
T
F
 
T
N
 
S
Q
 
P
Y
 
D
Q
 
T
G
 
I
I
 
A
L
 
Q
A
 
W
G
 
A
A
 
T
I
 
L
A
 
E
A
 
A
L
 
L
T
 
T
G