SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing Synpcc7942_1995 FitnessBrowser__SynE:Synpcc7942_1995 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 4 hits to proteins with known functional sites (download)

6j2lA Crystal structure of bi-functional enzyme (see paper)
41% identity, 91% coverage: 19:209/211 of query aligns to 16:200/200 of 6j2lA

query
sites
6j2lA
G
 
G
L
 
L
L
 
M
P
 
P
A
 
V
I
 
I
A
 
V
Q
 
Q
D
 
H
Y
 
A
L
 
V
D
 
S
G
 
G
T
 
E
V
 
V
L
 
L
M
 
M
L
 
L
A
 
G
W
 
Y
M
 
M
N
 
N
R
 
P
E
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
D
K
 
K
T
 
T
L
 
I
E
 
E
T
 
S
G
 
G
E
 
K
V
 
V
W
 
T
Y
 
F
W
 
F
S
 
S
R
 
R
S
 
T
R
 
K
Q
 
Q
E
 
R
L
 
L
W
 
W
H
 
I
K
 
K
G
 
G
A
 
E
T
 
T
S
 
S
G
 
G
H
 
N
F
 
F
Q
 
L
K
 
N
L
 
V
Q
 
V
A
 
S
I
 
I
R
 
A
Y
 
P
D
|
D
C
 
C
D
|
D
S
 
N
D
|
D
A
 
T
L
 
L
L
 
L
L
 
V
T
 
L
I
 
A
E
 
N
Q
 
P
I
 
I
G
 
G
D
 
P
I
 
-
A
 
T
C
|
C
H
 
H
T
 
K
G
 
G
E
 
T
R
 
S
S
 
S
C
|
C
F
 
F
H
 
G
R
 
N
D
 
-
V
 
-
D
 
-
V
 
-
V
 
-
T
 
T
P
 
A
P
 
H
P
 
Q
A
 
W
D
 
L
I
 
F
L
 
L
T
 
Y
E
 
Q
V
 
L
Y
 
E
R
 
Q
V
 
L
V
 
L
C
 
A
D
 
E
R
 
R
R
 
K
D
 
Y
R
 
A
P
 
D
S
 
P
E
 
E
A
 
T
S
 
S
Y
 
Y
T
 
T
S
 
A
K
 
K
L
 
L
F
 
Y
A
 
A
G
 
S
G
 
G
D
 
T
N
 
K
K
 
R
I
 
I
L
 
A
K
 
Q
K
 
K
I
 
V
G
 
G
E
 
E
E
|
E
A
 
G
A
 
V
E
 
E
V
 
T
V
 
A
M
 
L
A
 
A
C
 
A
K
 
T
D
 
V
D
 
H
D
 
D
A
 
R
D
 
F
G
 
E
L
 
L
A
 
T
G
 
N
E
|
E
A
 
A
A
 
S
D
|
D
L
 
L
F
 
M
F
 
Y
H
 
H
T
 
L
L
 
L
V
 
V
A
 
L
L
 
L
A
 
Q
Q
 
D
H
 
Q
N
 
D
V
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
T
S
 
T
V
 
V
Y
 
I
R
 
E
K
 
N
L
 
L
Q
 
H
E
 
K
R
 
R

6j2lB Crystal structure of bi-functional enzyme (see paper)
36% identity, 91% coverage: 19:209/211 of query aligns to 15:185/185 of 6j2lB

query
sites
6j2lB
G
 
G
L
 
L
L
 
M
P
 
P
A
 
V
I
 
I
A
 
V
Q
 
Q
D
 
H
Y
 
A
L
 
V
D
 
S
G
 
G
T
 
E
V
 
V
L
 
L
M
 
M
L
 
L
A
 
G
W
 
Y
M
 
M
N
 
N
R
 
P
E
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
D
K
 
K
T
 
T
L
 
I
E
 
E
T
 
S
G
 
G
E
 
K
V
 
V
W
 
T
Y
 
F
W
 
F
S
 
S
R
 
R
S
 
T
R
 
K
Q
 
Q
E
 
R
L
 
L
W
 
W
H
 
I
K
 
K
G
 
G
A
 
E
T
 
T
S
 
S
G
 
G
H
 
N
F
 
F
Q
 
L
K
 
N
L
 
V
Q
 
V
A
 
S
I
 
I
R
 
A
Y
 
P
D
|
D
C
 
C
D
|
D
S
 
N
D
|
D
A
 
T
L
 
L
L
 
L
L
 
V
T
 
L
I
 
A
E
 
N
Q
 
P
I
 
I
G
 
G
D
 
P
I
 
S
A
 
S
C
 
C
-
 
F
-
 
G
H
 
N
T
 
T
G
 
A
E
 
H
R
 
Q
S
 
W
C
 
L
F
 
F
H
 
-
R
 
-
D
 
-
V
 
-
D
 
-
V
 
-
V
 
-
T
 
-
P
 
-
P
 
-
P
 
-
A
 
-
D
 
-
I
 
-
L
 
L
T
 
Y
E
 
Q
V
 
L
Y
 
E
R
 
Q
V
 
L
V
 
L
C
 
A
D
 
E
R
 
R
R
 
K
D
 
-
R
 
-
P
 
-
S
 
-
E
 
-
A
 
-
S
 
-
Y
 
-
T
 
Y
S
 
A
K
 
D
L
 
L
F
 
Y
A
 
A
G
 
S
G
 
G
D
 
T
N
 
K
K
 
R
I
 
I
L
 
A
K
 
Q
K
 
K
I
 
V
G
 
G
E
 
E
E
|
E
A
 
G
A
 
V
E
|
E
V
 
T
V
 
A
M
 
L
A
 
A
C
 
A
K
 
T
D
 
V
D
 
H
D
 
D
A
 
R
D
 
F
G
 
E
L
 
L
A
 
T
G
 
N
E
|
E
A
 
A
A
 
S
D
|
D
L
 
L
F
 
M
F
 
Y
H
 
H
T
 
L
L
 
L
V
 
V
A
 
L
L
 
L
A
 
Q
Q
 
D
H
 
Q
N
 
D
V
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
T
S
 
T
V
 
V
Y
 
I
R
 
E
K
 
N
L
 
L
Q
 
H
E
 
K
R
 
R

7bgnA Crystal structure of mthisn2-amp complex, a bifunctional enzyme from the histidine biosynthetic pathway (see paper)
33% identity, 95% coverage: 10:209/211 of query aligns to 6:203/204 of 7bgnA

query
sites
7bgnA
L
 
L
D
 
D
Q
 
S
L
 
V
R
 
K
F
 
W
D
 
D
E
 
N
R
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
A
P
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
D
 
N
Y
 
V
L
 
D
D
 
T
G
 
G
T
 
A
V
 
I
L
 
L
M
 
M
L
 
Q
A
 
G
W
 
F
M
 
A
N
 
N
R
 
R
E
 
E
A
 
A
L
 
V
E
 
A
K
 
T
T
 
T
L
 
I
E
 
S
T
 
S
G
 
R
E
 
K
V
 
A
W
 
T
Y
 
F
W
 
Y
S
 
S
R
 
R
S
 
S
R
 
R
Q
 
S
E
 
S
L
 
L
W
|
W
H
 
T
K
|
K
G
|
G
A
 
E
T
|
T
S
|
S
G
 
N
H
 
N
F
 
F
Q
 
I
K
 
N
L
 
V
Q
 
H
A
 
D
I
 
V
R
 
F
Y
 
L
D
|
D
C
 
C
D
|
D
S
 
R
D
|
D
A
 
S
L
 
I
L
 
I
L
 
Y
T
 
L
I
 
G
E
 
K
Q
 
P
I
 
D
G
 
G
D
 
P
I
 
-
A
x
T
C
|
C
H
|
H
T
 
T
G
 
G
E
 
A
R
 
E
S
 
T
C
|
C
F
 
Y
H
 
Y
R
 
-
D
 
-
V
 
-
D
 
-
V
 
-
V
 
-
T
 
-
P
 
T
P
 
P
P
 
V
A
 
F
D
 
D
I
 
L
-
 
N
-
 
K
-
 
L
-
 
A
L
 
L
T
 
T
E
 
S
V
 
L
Y
 
Y
R
 
A
V
x
L
V
 
E
C
 
S
D
 
T
R
 
I
R
 
S
D
 
Q
R
|
R
P
 
K
S
 
A
E
 
E
A
 
V
-
 
V
-
 
P
S
|
S
Y
x
W
T
|
T
S
 
K
K
 
R
L
 
L
F
 
L
A
 
L
G
 
-
G
 
N
D
 
D
N
 
K
K
 
L
I
 
L
L
 
C
K
 
S
K
 
K
I
 
I
G
 
R
E
 
E
E
|
E
A
 
A
A
 
N
E
 
E
V
 
L
V
 
C
M
 
E
A
 
T
C
 
L
K
 
E
D
 
N
D
 
N
-
 
E
D
 
D
A
 
K
D
 
S
G
 
R
L
 
T
A
 
A
G
 
S
E
|
E
A
 
M
A
 
A
D
|
D
L
 
V
F
 
L
F
x
Y
H
 
H
T
 
A
L
 
M
V
 
V
A
 
L
L
 
L
A
 
A
Q
 
L
H
 
K
N
 
D
V
 
V
D
 
K
L
 
V
R
 
E
S
 
E
V
 
V
Y
 
L
R
 
Q
K
 
V
L
 
L
Q
 
R
E
 
Q
R
|
R

Sites not aligning to the query:

7bgmA Crystal structure of mthisn2, a bifunctional enzyme from the histidine biosynthetic pathway (see paper)
32% identity, 95% coverage: 10:209/211 of query aligns to 8:212/213 of 7bgmA

query
sites
7bgmA
L
 
L
D
 
D
Q
 
S
L
 
V
R
 
K
F
 
W
D
 
D
E
 
N
R
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
A
P
 
V
A
 
A
I
 
I
A
 
A
Q
 
Q
D
 
N
Y
 
V
L
 
D
D
 
T
G
 
G
T
 
A
V
 
I
L
 
L
M
 
M
L
 
Q
A
 
G
W
 
F
M
 
A
N
 
N
R
 
R
E
 
E
A
 
A
L
 
V
E
 
A
K
 
T
T
 
T
L
 
I
E
 
S
T
 
S
G
 
R
E
 
K
V
 
A
W
 
T
Y
 
F
W
 
Y
S
 
S
R
 
R
S
 
S
R
 
R
Q
 
S
E
 
S
L
 
L
W
 
W
H
 
T
K
 
K
G
 
G
A
 
E
T
 
T
S
 
S
G
 
N
H
 
N
F
 
F
Q
 
I
K
 
N
L
 
V
Q
 
H
A
 
D
I
 
V
R
 
F
Y
 
L
D
|
D
C
 
C
D
|
D
S
 
R
D
|
D
A
 
S
L
 
I
L
 
I
L
 
Y
T
 
L
I
 
G
E
 
K
Q
 
P
I
 
D
G
 
G
D
 
P
I
 
-
A
 
T
C
|
C
H
 
H
T
 
T
G
 
G
E
 
A
R
 
E
S
 
T
C
|
C
F
 
Y
H
 
Y
R
 
T
D
 
P
V
 
V
-
 
F
D
 
D
V
 
L
V
 
L
T
 
K
P
 
E
P
 
E
P
 
E
A
 
V
D
 
E
-
 
G
-
 
N
-
 
K
-
 
L
I
 
A
L
 
L
T
 
T
E
 
S
V
 
L
Y
 
Y
R
 
A
V
 
L
V
 
E
C
 
S
D
 
T
R
 
I
R
 
S
D
 
Q
R
 
R
P
 
K
S
 
A
E
 
E
A
 
V
S
 
V
Y
 
S
T
 
W
S
 
T
K
 
K
L
 
R
F
 
L
A
 
L
G
 
L
G
 
N
D
 
D
N
 
K
K
 
L
I
 
L
L
 
C
K
 
S
K
 
K
I
 
I
G
 
R
E
 
E
E
|
E
A
 
A
A
 
N
E
 
E
V
 
L
V
 
C
M
 
E
A
 
T
C
 
L
K
 
E
D
 
N
D
 
N
-
 
E
D
 
D
A
 
K
D
 
S
G
 
R
L
 
T
A
 
A
G
 
S
E
|
E
A
 
M
A
 
A
D
|
D
L
 
V
F
 
L
F
 
Y
H
 
H
T
 
A
L
 
M
V
 
V
A
 
L
L
 
L
A
 
A
Q
 
L
H
 
K
N
 
D
V
 
V
D
 
K
L
 
V
R
 
E
S
 
E
V
 
V
Y
 
L
R
 
Q
K
 
V
L
 
L
Q
 
R
E
 
Q
R
 
R

Query Sequence

>Synpcc7942_1995 FitnessBrowser__SynE:Synpcc7942_1995
MAPLSLSLPLDQLRFDERGLLPAIAQDYLDGTVLMLAWMNREALEKTLETGEVWYWSRSR
QELWHKGATSGHFQKLQAIRYDCDSDALLLTIEQIGDIACHTGERSCFHRDVDVVTPPPA
DILTEVYRVVCDRRDRPSEASYTSKLFAGGDNKILKKIGEEAAEVVMACKDDDADGLAGE
AADLFFHTLVALAQHNVDLRSVYRKLQERRR

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory