SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_000818317.1 NCBI__GCF_000382825.1:WP_000818317.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 4 hits to proteins with known functional sites (download)

8hfsZ The structure of lcna, lcia, and the man-pts of lactococcus lactis (see paper)
70% identity, 99% coverage: 4:303/303 of query aligns to 1:303/303 of 8hfsZ

query
sites
8hfsZ
K
 
K
I
 
V
Q
 
T
L
 
L
S
 
D
K
 
K
S
 
K
D
 
I
R
 
R
Q
 
R
K
 
S
V
 
V
W
 
M
W
 
W
R
 
R
S
 
S
Q
 
M
F
 
F
L
 
L
Q
 
Q
G
 
G
S
 
S
W
|
W
N
 
N
Y
 
Y
E
 
E
R
 
R
M
 
M
Q
 
Q
N
 
N
L
 
G
G
 
G
W
 
W
A
 
A
Y
 
Y
S
 
S
L
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
A
I
 
L
K
 
K
K
 
K
L
 
L
Y
 
Y
T
 
P
K
 
S
K
 
G
E
 
E
D
 
E
Q
 
A
A
 
K
A
 
E
A
 
A
L
 
L
E
 
K
R
 
R
H
 
H
L
 
L
E
 
E
F
 
F
F
 
F
N
|
N
T
 
T
H
 
H
P
 
P
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
P
 
P
I
 
I
M
 
I
G
 
G
V
 
V
T
 
T
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
E
E
 
E
E
 
E
R
 
R
A
 
A
N
 
N
G
 
G
V
 
A
E
 
D
I
 
I
D
 
D
D
 
D
A
 
A
A
 
A
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
K
 
K
I
 
V
G
 
G
M
 
M
M
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
I
G
 
G
D
|
D
P
 
P
V
 
V
F
 
F
W
|
W
F
 
F
T
 
T
V
 
V
R
 
R
P
 
P
I
 
I
L
 
V
G
 
G
A
 
A
L
 
I
G
 
A
A
 
A
S
 
S
L
 
L
A
 
A
A
 
T
S
 
G
G
 
G
N
 
S
I
 
I
V
 
I
G
 
A
P
 
P
L
 
L
L
 
F
F
 
F
F
 
F
F
 
I
G
 
V
W
 
W
N
 
N
A
 
A
I
 
I
R
 
R
M
 
I
A
 
A
F
 
F
L
 
L
W
 
W
Y
 
Y
T
 
T
Q
 
Q
E
 
E
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
K
 
K
A
 
S
G
 
G
S
 
S
E
 
A
I
 
I
T
 
T
K
 
K
D
 
D
M
 
L
S
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
L
L
 
L
K
 
Q
D
 
T
I
 
V
T
 
T
K
 
K
G
 
G
A
 
A
S
 
S
I
 
I
L
 
L
G
 
G
M
 
M
F
 
F
I
 
V
L
 
L
A
 
G
V
 
V
L
 
L
V
 
I
Q
 
Q
R
 
R
W
 
W
V
 
V
S
 
T
I
 
I
N
 
N
F
 
F
T
 
-
V
 
-
N
 
N
L
 
G
P
 
P
G
 
N
K
 
A
-
 
V
-
 
V
-
 
S
-
 
K
-
 
I
Q
 
P
L
 
L
A
 
Q
E
 
K
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
I
 
V
N
 
E
F
 
F
P
 
P
E
 
K
G
 
G
P
 
S
V
 
V
S
 
S
G
 
G
A
 
T
E
 
Q
L
 
L
K
 
H
G
 
D
I
 
I
L
 
L
G
 
G
Q
 
Q
A
 
V
L
 
G
G
 
N
G
 
K
L
 
L
S
 
S
L
 
L
D
 
D
K
 
P
I
 
T
Q
 
K
P
 
V
Q
 
T
T
 
Y
L
 
L
Q
 
Q
G
 
D
Q
 
N
L
 
L
N
 
N
S
 
Q
L
 
L
I
 
I
P
 
P
G
 
G
L
 
L
M
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
I
T
 
T
F
 
L
L
 
L
C
 
C
M
 
M
W
 
W
L
 
L
L
 
L
K
 
K
K
 
K
K
 
K
V
 
V
S
 
S
P
 
P
I
 
I
T
 
V
I
 
I
I
 
I
L
 
F
A
 
G
L
 
L
F
 
F
A
 
V
V
 
V
G
 
G
I
 
I
A
 
L
A
 
G
R
 
R
F
 
W
F
 
A
G
 
Q
I
 
I
M
 
M

7xnoZ Cryo-em structure of the bacteriocin-receptor-immunity ternary complex from lactobacillus sakei (see paper)
68% identity, 99% coverage: 3:303/303 of query aligns to 1:301/301 of 7xnoZ

query
sites
7xnoZ
E
 
E
K
 
Q
I
 
L
Q
 
K
L
 
L
S
 
T
K
 
K
S
 
K
D
 
D
R
 
R
Q
 
I
K
 
S
V
 
V
W
 
W
W
 
L
R
 
R
S
 
S
Q
 
T
F
 
F
L
 
L
Q
|
Q
G
 
G
S
 
S
W
|
W
N
 
N
Y
 
Y
E
 
E
R
 
R
M
 
M
Q
|
Q
N
 
N
L
 
G
G
 
G
W
 
W
A
 
A
Y
 
Y
S
 
T
L
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
A
I
 
L
K
 
K
K
 
K
L
 
L
Y
 
Y
T
 
K
K
 
T
K
 
K
E
 
E
D
 
D
Q
 
R
A
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
L
E
 
V
R
 
R
H
 
H
L
 
M
E
 
E
F
 
F
F
 
F
N
|
N
T
|
T
H
|
H
P
 
P
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
P
 
P
I
 
I
M
 
L
G
 
G
V
 
V
T
 
T
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
E
E
 
E
E
 
E
R
 
R
A
 
A
N
 
N
G
 
G
V
 
A
E
 
P
I
 
I
D
 
D
D
 
D
A
 
V
A
 
T
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
K
 
K
I
 
V
G
 
G
M
 
M
M
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
I
G
 
G
D
|
D
P
 
P
V
 
V
F
 
F
W
|
W
F
 
F
T
 
T
V
 
V
R
 
K
P
 
P
I
 
I
L
 
I
G
 
G
A
 
A
L
 
L
G
 
A
A
 
A
S
 
S
L
 
L
A
 
A
A
 
M
S
 
S
G
 
G
N
 
N
I
 
I
V
 
L
G
 
G
P
 
P
L
 
I
L
 
I
F
 
Y
F
 
F
F
 
V
G
 
A
W
 
W
N
 
N
A
 
A
I
 
I
R
 
R
M
 
M
A
 
A
F
 
F
L
 
T
W
 
W
Y
 
Y
T
 
T
Q
 
Q
E
 
E
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
K
 
R
A
 
A
G
 
G
S
 
S
E
 
K
I
 
I
T
 
T
K
 
E
D
 
D
M
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
I
 
I
L
 
L
K
 
Q
D
 
D
I
 
I
T
 
T
K
 
K
G
 
G
A
 
A
S
 
S
I
 
I
L
 
L
G
 
G
M
 
M
F
 
F
I
 
I
L
 
L
A
 
G
V
 
S
L
 
L
V
 
V
Q
 
N
R
 
R
W
 
W
V
 
V
S
 
S
I
 
V
N
 
K
F
 
F
T
 
T
V
 
P
N
 
T
L
 
V
P
 
S
G
 
S
K
 
V
Q
 
K
L
 
L
A
 
D
E
 
K
G
 
G
A
 
A
Y
 
F
I
 
I
N
 
D
F
 
W
P
 
D
E
 
K
G
 
L
P
 
P
V
 
S
S
 
G
G
 
A
A
 
K
E
 
G
L
 
I
K
 
Q
G
 
S
I
 
A
L
 
L
G
 
Q
Q
 
Q
A
 
Q
L
 
A
G
 
Q
G
 
G
L
 
L
S
 
S
L
 
L
D
 
T
K
 
D
I
 
H
Q
 
K
P
 
I
Q
 
T
T
 
T
L
 
L
Q
 
Q
G
 
D
Q
 
N
L
 
L
N
 
D
S
 
S
L
 
L
I
 
I
P
 
P
G
 
G
L
 
L
M
 
A
G
 
A
L
 
L
L
 
G
L
 
L
T
 
T
F
 
L
L
 
F
C
 
C
M
 
M
W
 
W
L
 
L
L
 
L
K
 
K
K
 
K
K
 
K
V
 
V
S
 
S
P
 
P
I
 
I
T
 
V
I
 
I
I
 
I
L
 
L
A
 
G
L
 
L
F
 
F
A
 
V
V
 
V
G
 
G
I
 
I
A
 
V
A
 
F
R
 
H
F
 
L
F
 
L
G
 
H
I
 
L
M
 
M

7vlxZ Cryo-em structures of listeria monocytogenes man-pts (see paper)
68% identity, 98% coverage: 6:303/303 of query aligns to 1:298/298 of 7vlxZ

query
sites
7vlxZ
Q
 
E
L
 
L
S
 
S
K
 
K
S
 
R
D
 
D
R
 
R
Q
 
L
K
 
R
V
 
V
W
 
A
W
 
W
R
 
R
S
 
S
Q
 
T
F
 
F
L
 
I
Q
|
Q
G
 
G
S
 
S
W
|
W
N
 
N
Y
 
Y
E
 
E
R
 
R
M
 
M
Q
|
Q
N
 
N
L
 
G
G
 
G
W
 
W
A
 
A
Y
 
F
S
 
S
L
 
M
I
 
I
P
 
P
A
 
A
I
 
I
K
 
K
K
 
K
L
 
L
Y
 
Y
T
 
K
K
 
T
K
 
K
E
 
E
D
 
D
Q
 
R
A
 
S
A
 
S
A
 
A
L
 
L
E
 
K
R
 
R
H
 
H
L
 
L
E
 
E
F
 
F
F
 
F
N
|
N
T
|
T
H
|
H
P
 
P
Y
 
Y
V
 
I
A
 
A
A
 
S
P
 
P
I
 
I
M
 
L
G
 
G
V
 
V
T
 
T
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
E
E
 
E
E
 
E
R
 
R
A
 
A
N
 
N
G
 
G
V
 
A
E
 
E
I
 
V
D
 
D
D
 
D
A
 
V
A
 
A
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
V
 
V
K
 
K
I
 
V
G
 
G
M
 
M
M
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
V
G
 
G
D
|
D
P
 
P
V
 
V
F
 
F
W
 
W
F
 
F
T
 
T
V
 
I
R
 
R
P
 
P
I
 
M
L
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
S
 
S
L
 
L
A
 
A
A
 
L
S
 
S
G
 
G
N
 
N
I
 
I
V
 
L
G
 
G
P
 
P
L
 
I
L
 
L
F
 
F
F
 
F
F
 
V
G
 
A
W
 
W
N
 
N
A
 
V
I
 
I
R
 
R
M
 
W
A
 
G
F
 
F
L
 
M
W
 
W
Y
 
Y
T
 
T
Q
 
Q
E
 
E
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
K
 
K
A
 
A
G
 
G
S
 
S
E
 
K
I
 
I
T
 
T
K
 
D
D
 
D
M
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
I
 
L
L
 
L
K
 
Q
D
 
D
I
 
I
T
 
T
K
 
K
G
 
G
A
 
A
S
 
S
I
 
I
L
 
L
G
 
G
M
 
M
F
 
F
I
 
V
L
 
L
A
 
A
V
 
A
L
 
L
V
 
V
Q
 
Q
R
 
R
W
 
W
V
 
V
S
 
N
I
 
I
N
 
Q
F
 
F
T
 
A
V
 
P
N
 
I
L
 
I
P
 
S
G
 
K
K
 
V
Q
 
K
L
 
L
A
 
D
E
 
E
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
I
 
I
N
 
D
F
 
W
P
 
S
E
 
H
G
 
L
P
 
P
V
 
Q
S
 
G
G
 
A
A
 
Q
E
 
G
L
 
I
K
 
K
G
 
T
I
 
A
L
 
L
G
 
Q
Q
 
Q
A
 
Q
L
 
Q
G
 
A
G
 
G
L
 
L
S
 
A
L
 
L
D
 
S
K
 
E
I
 
I
Q
 
K
P
 
V
Q
 
T
T
 
T
L
 
L
Q
 
Q
G
 
N
Q
 
N
L
 
L
N
 
D
S
 
N
L
 
L
I
 
I
P
 
P
G
 
G
L
 
L
M
 
A
G
 
A
L
 
V
L
 
A
L
 
L
T
 
T
F
 
F
L
 
L
C
 
C
M
 
M
W
 
W
L
 
L
L
 
L
K
 
K
K
 
K
K
 
K
V
 
I
S
 
S
P
 
P
I
 
I
T
 
I
I
 
I
I
 
I
L
 
L
A
 
G
L
 
L
F
 
F
A
 
V
V
 
V
G
 
G
I
 
I
A
 
V
A
 
G
R
 
H
F
 
L
F
 
I
G
 
G
I
 
L
M
 
L

7dyrZ Cryoem structure of mannose transporter manyz and microcin e492 (mcea) complex (see paper)
48% identity, 98% coverage: 6:303/303 of query aligns to 3:272/274 of 7dyrZ

query
sites
7dyrZ
Q
 
K
L
 
L
S
 
T
K
 
Q
S
 
S
D
 
D
R
 
I
Q
 
R
K
 
G
V
 
V
W
 
F
W
 
L
R
 
R
S
 
S
Q
 
N
F
 
L
L
 
F
Q
|
Q
G
 
G
S
 
S
W
|
W
N
 
N
Y
 
F
E
 
E
R
 
R
M
 
M
Q
|
Q
N
 
A
L
 
L
G
 
G
W
 
F
A
 
C
Y
 
F
S
 
S
L
 
M
I
 
V
P
 
P
A
 
A
I
 
I
K
 
R
K
 
R
L
 
L
Y
 
Y
T
 
P
K
 
E
K
 
N
-
 
N
E
 
E
D
 
A
Q
 
R
A
 
K
A
 
Q
A
 
A
L
 
I
E
 
R
R
 
R
H
 
H
L
 
L
E
 
E
F
 
F
F
 
F
N
|
N
T
|
T
H
 
Q
P
 
P
Y
 
F
V
 
V
A
 
A
A
 
A
P
 
P
I
 
I
M
 
L
G
 
G
V
 
V
T
 
T
L
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
E
E
 
E
E
 
Q
R
 
R
A
 
A
N
 
N
G
 
G
V
 
A
E
 
E
I
 
I
D
 
D
D
 
D
A
 
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
N
G
 
G
V
 
I
K
 
K
I
 
V
G
 
G
M
 
L
M
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
V
G
 
G
D
|
D
P
 
P
V
 
I
F
 
F
W
|
W
F
 
G
T
 
T
V
 
V
R
 
R
P
 
P
I
 
V
L
 
F
G
 
A
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
S
 
G
L
 
I
A
 
A
A
 
M
S
 
S
G
 
G
N
 
S
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
L
 
L
L
 
L
F
 
F
F
 
F
F
 
I
G
 
L
W
 
F
N
 
N
A
 
L
I
 
V
R
 
R
M
 
L
A
 
A
F
 
T
L
 
R
W
 
Y
Y
 
Y
T
 
G
Q
 
V
E
 
A
F
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
K
 
S
A
 
K
G
 
G
S
 
I
E
 
D
I
 
I
T
 
V
K
 
K
D
 
D
M
 
M
S
 
G
G
 
G
G
 
G
I
 
F
L
 
L
K
 
Q
D
 
K
I
 
L
T
 
T
K
 
E
G
 
G
A
 
A
S
 
S
I
 
I
L
 
L
G
 
G
M
 
L
F
 
F
I
 
V
L
 
M
A
 
G
V
 
A
L
 
L
V
 
V
Q
 
N
R
 
K
W
 
W
V
 
T
S
 
H
I
 
V
N
 
N
F
 
I
T
 
-
V
 
-
N
 
-
L
 
-
P
 
-
G
 
-
K
 
-
Q
 
-
L
 
-
A
 
-
E
 
-
G
 
-
A
 
-
Y
 
-
I
 
-
N
 
-
F
 
-
P
 
-
E
 
-
G
 
-
P
 
P
V
 
L
S
 
V
G
 
V
A
 
S
E
 
R
L
 
I
K
 
T
G
 
D
I
 
Q
L
 
T
G
 
G
Q
 
-
A
 
-
L
 
-
G
 
-
G
 
-
L
 
-
S
 
-
L
 
-
D
 
-
K
 
K
I
 
E
Q
 
H
P
 
V
Q
 
T
T
 
T
L
 
V
Q
 
Q
G
 
T
Q
 
I
L
 
L
N
 
D
S
 
Q
L
 
L
I
 
M
P
 
P
G
 
G
L
 
L
M
 
V
G
 
P
L
 
L
L
 
L
L
 
L
T
 
T
F
 
F
L
 
A
C
 
C
M
 
M
W
 
W
L
 
L
L
 
L
K
 
R
K
 
K
K
 
K
V
 
V
S
 
N
P
 
P
I
 
L
T
 
W
I
 
I
I
 
I
L
 
V
A
 
G
L
 
F
F
 
F
A
 
V
V
 
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
A
 
G
R
 
Y
F
 
A
F
 
C
G
 
G
I
 
L
M
 
L

Query Sequence

>WP_000818317.1 NCBI__GCF_000382825.1:WP_000818317.1
MAEKIQLSKSDRQKVWWRSQFLQGSWNYERMQNLGWAYSLIPAIKKLYTKKEDQAAALER
HLEFFNTHPYVAAPIMGVTLALEEERANGVEIDDAAIQGVKIGMMGPLAGIGDPVFWFTV
RPILGALGASLAASGNIVGPLLFFFGWNAIRMAFLWYTQEFGYKAGSEITKDMSGGILKD
ITKGASILGMFILAVLVQRWVSINFTVNLPGKQLAEGAYINFPEGPVSGAELKGILGQAL
GGLSLDKIQPQTLQGQLNSLIPGLMGLLLTFLCMWLLKKKVSPITIILALFAVGIAARFF
GIM

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory