SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_003464681.1 NCBI__GCF_000359605.1:WP_003464681.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

Q5M243 Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1; ECF transporter A component EcfA1; EC 7.-.-.- from Streptococcus thermophilus (strain ATCC BAA-250 / LMG 18311) (see paper)
49% identity, 97% coverage: 4:272/276 of query aligns to 2:272/276 of Q5M243

query
sites
Q5M243
I
 
I
E
 
E
F
 
I
R
 
K
H
 
N
V
 
L
S
 
K
F
 
F
R
 
K
Y
 
Y
H
 
N
E
 
Q
N
 
D
E
 
Q
-
 
T
P
 
S
W
 
Y
V
 
T
L
 
L
D
 
N
D
 
D
V
 
V
S
 
S
F
 
F
V
 
H
V
 
V
Q
 
K
S
 
H
N
 
G
E
 
E
S
 
W
V
 
L
A
 
S
L
 
I
I
 
V
G
 
G
K
 
H
N
 
N
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
I
 
T
A
 
A
K
 
R
L
 
L
M
 
I
I
 
G
G
 
G
L
 
L
L
 
L
Q
 
V
P
 
A
Q
 
D
A
 
S
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
F
 
I
I
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
I
 
E
V
 
L
N
 
T
E
 
E
E
 
E
T
 
T
I
 
V
W
 
W
D
 
D
I
 
I
R
 
R
S
 
D
Q
 
K
V
 
I
G
 
G
L
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
N
P
 
P
E
 
D
N
 
N
Q
|
Q
F
 
F
V
 
V
G
 
G
T
 
A
T
 
T
V
 
V
Y
 
E
D
 
D
D
 
D
V
 
V
A
 
A
F
 
F
G
 
G
L
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
K
A
 
G
V
 
L
P
 
P
R
 
Y
E
 
K
E
 
E
M
 
M
T
 
V
H
 
S
R
 
R
I
 
V
E
 
Q
R
 
E
S
 
A
L
 
L
Q
 
S
Q
 
F
V
 
V
G
 
G
M
 
M
L
 
M
A
 
D
Y
 
F
R
 
K
D
 
D
R
 
R
E
 
E
P
 
P
H
 
A
D
 
R
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
R
 
R
I
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
A
S
 
G
V
 
I
L
 
I
A
 
A
V
 
M
E
 
R
P
 
P
K
 
S
I
 
I
L
 
L
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
|
E
A
 
A
T
 
T
S
 
S
M
 
M
L
 
L
D
 
D
P
 
P
H
 
E
G
 
G
T
 
R
E
 
Q
S
 
E
I
 
L
N
 
I
Q
 
Q
L
 
Y
F
 
I
R
 
E
Q
 
D
L
 
I
K
 
R
R
 
Q
E
 
Q
Q
 
Y
N
 
G
M
 
M
T
 
T
H
 
V
V
 
L
T
 
S
V
 
I
T
 
T
H
 
H
D
 
D
T
 
L
E
 
D
E
 
E
V
 
V
M
 
A
Y
 
M
A
 
S
D
 
N
R
 
R
V
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
L
D
 
K
Q
 
Q
G
 
G
K
 
K
I
 
V
A
 
E
E
 
S
D
 
I
C
 
S
T
 
S
P
 
P
R
 
R
Q
 
E
L
 
L
F
 
F
C
 
S
R
 
R
Q
 
G
E
 
S
L
 
E
L
 
L
D
 
V
E
 
D
Y
 
L
G
 
G
L
 
L
R
 
D
I
 
I
P
 
P
F
 
F
I
 
S
V
 
A
E
 
L
L
 
L
T
 
T
N
 
Q
E
 
K
L
 
L
Y
 
K
K
 
N
Q
 
Q
G
 
G
-
 
L
I
 
I
S
 
D
L
 
C
D
 
E
D
 
G
P
 
Y
M
 
L
N
 
T
H
 
E
K
 
K
E
 
E
L
 
L
L
 
V
D
 
E
Q
 
Q
L
 
L
W
 
W
T
 
E
F
 
Y

5d3mA Folate ecf transporter: amppnp bound state (see paper)
48% identity, 98% coverage: 4:273/276 of query aligns to 6:279/280 of 5d3mA

query
sites
5d3mA
I
 
I
E
 
S
F
 
F
R
 
D
H
 
H
V
 
V
S
 
T
F
|
F
R
 
T
Y
 
Y
H
 
P
E
 
D
N
 
S
E
 
P
P
 
R
W
 
P
V
 
A
L
 
L
D
 
S
D
 
D
V
 
L
S
 
S
F
 
F
V
 
A
V
 
I
Q
 
E
S
 
R
N
 
G
E
 
S
S
 
W
V
 
T
A
 
A
L
 
L
I
 
I
G
 
G
K
 
H
N
|
N
G
|
G
S
 
S
G
 
G
K
|
K
S
|
S
T
 
T
I
 
V
A
 
S
K
 
K
L
 
L
M
 
I
I
 
N
G
 
G
L
 
L
L
 
L
Q
 
A
P
 
P
Q
 
D
-
 
D
-
 
L
-
 
D
A
 
K
G
 
S
E
 
S
I
 
I
F
 
T
I
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
V
I
 
K
V
 
L
N
 
G
E
 
A
E
 
D
T
 
T
I
 
V
W
 
W
D
 
E
I
 
V
R
 
R
S
 
E
Q
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
N
P
 
P
E
 
D
N
 
N
Q
 
Q
F
 
F
V
 
V
G
 
G
T
 
A
T
 
T
V
 
V
Y
 
S
D
 
D
D
 
D
V
 
V
A
 
A
F
 
F
G
 
G
L
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
R
A
 
A
V
 
V
P
 
P
R
 
R
E
 
P
E
 
E
M
 
M
T
 
L
H
 
K
R
 
I
I
 
V
E
 
A
R
 
Q
S
 
A
L
 
V
Q
 
A
Q
 
D
V
 
V
G
 
G
M
 
M
L
 
A
A
 
D
Y
 
Y
R
 
A
D
 
D
R
 
S
E
 
E
P
 
P
H
 
S
D
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
R
 
R
I
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
A
S
 
G
V
 
I
L
 
L
A
 
A
V
 
V
E
 
K
P
 
P
K
 
Q
I
 
V
L
 
I
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
A
 
S
T
 
T
S
 
S
M
 
M
L
 
L
D
 
D
P
 
P
H
 
E
G
 
G
T
 
K
E
 
E
S
 
Q
I
 
I
N
 
L
Q
 
D
L
 
L
F
 
V
R
 
R
Q
 
K
L
 
I
K
 
K
R
 
E
E
 
D
Q
 
N
N
 
N
M
 
L
T
 
T
H
 
V
V
 
I
T
 
S
V
 
I
T
 
T
H
 
H
D
 
D
T
 
L
E
 
E
E
 
E
V
 
A
M
 
A
Y
 
G
A
 
A
D
 
D
R
 
Q
V
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
L
D
 
D
Q
 
D
G
 
G
K
 
Q
I
 
L
A
 
L
E
 
D
D
 
Q
C
 
G
T
 
K
P
 
P
R
 
E
Q
 
E
L
 
I
F
 
F
C
 
P
R
 
K
Q
 
V
E
 
E
L
 
M
L
 
L
D
 
K
E
 
R
Y
 
I
G
 
G
L
 
L
R
 
D
I
 
I
P
 
P
F
 
F
I
 
V
V
 
Y
E
 
R
L
 
L
T
 
K
N
 
Q
E
 
L
L
 
L
Y
 
K
K
 
E
Q
 
R
G
 
G
I
 
I
S
 
V
L
 
L
D
 
P
D
 
D
P
 
E
M
 
I
N
 
D
H
 
D
K
 
D
E
 
E
-
 
K
L
 
L
L
 
V
D
 
Q
Q
 
S
L
 
L
W
 
W
T
 
Q
F
 
L
H
 
N

8bmpA Cryo-em structure of the folate-specific ecf transporter complex in msp2n2 lipid nanodiscs bound to atp and adp (see paper)
47% identity, 98% coverage: 4:273/276 of query aligns to 6:276/278 of 8bmpA

query
sites
8bmpA
I
 
I
E
 
S
F
 
F
R
 
D
H
 
H
V
 
V
S
 
T
F
|
F
R
 
-
Y
 
-
H
 
-
E
 
D
N
 
S
E
 
P
P
 
R
W
 
P
V
 
A
L
 
L
D
 
S
D
 
D
V
 
L
S
 
S
F
 
F
V
 
A
V
 
I
Q
 
E
S
 
R
N
 
G
E
 
S
S
 
W
V
 
T
A
 
A
L
 
L
I
 
I
G
 
G
K
 
H
N
|
N
G
 
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
I
 
V
A
 
S
K
 
K
L
 
L
M
 
I
I
 
N
G
 
G
L
 
L
L
 
L
Q
 
A
P
 
P
Q
 
D
-
 
D
-
 
L
-
 
D
A
 
K
G
 
S
E
 
S
I
 
I
F
 
T
I
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
V
I
 
K
V
 
L
N
 
G
E
 
A
E
 
D
T
 
T
I
 
V
W
 
W
D
 
E
I
 
V
R
 
R
S
 
E
Q
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
N
P
 
P
E
 
D
N
 
N
Q
 
Q
F
 
F
V
 
V
G
 
G
T
 
A
T
 
T
V
 
V
Y
 
S
D
 
D
D
 
D
V
 
V
A
 
A
F
 
F
G
 
G
L
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
R
A
 
A
V
 
V
P
 
P
R
 
R
E
 
P
E
 
E
M
 
M
T
 
L
H
 
K
R
 
I
I
 
V
E
 
A
R
 
Q
S
 
A
L
 
V
Q
 
A
Q
 
D
V
 
V
G
 
G
M
 
M
L
 
A
A
 
D
Y
 
Y
R
 
A
D
 
D
R
 
S
E
 
E
P
 
P
H
 
S
D
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
R
 
R
I
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
A
S
 
G
V
 
I
L
 
L
A
 
A
V
 
V
E
 
K
P
 
P
K
 
Q
I
 
V
L
 
I
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
A
 
S
T
 
T
S
 
S
M
 
M
L
 
L
D
 
D
P
 
P
H
 
E
G
 
G
T
 
K
E
 
E
S
 
Q
I
 
I
N
 
L
Q
 
D
L
 
L
F
 
V
R
 
R
Q
 
K
L
 
I
K
 
K
R
 
E
E
 
D
Q
 
N
N
 
N
M
 
L
T
 
T
H
 
V
V
 
I
T
 
S
V
 
I
T
 
T
H
 
H
D
 
D
T
 
L
E
 
E
E
 
E
V
 
A
M
 
A
Y
 
G
A
 
A
D
 
D
R
 
Q
V
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
L
D
 
D
Q
 
D
G
 
G
K
 
Q
I
 
L
A
 
L
E
 
D
D
 
Q
C
 
G
T
 
K
P
 
P
R
 
E
Q
 
E
L
 
I
F
 
F
C
 
P
R
 
K
Q
 
V
E
 
E
L
 
M
L
 
L
D
 
K
E
 
R
Y
 
I
G
 
G
L
 
L
R
 
D
I
 
I
P
 
P
F
 
F
I
 
V
V
 
Y
E
 
R
L
 
L
T
 
K
N
 
Q
E
 
L
L
 
L
Y
 
K
K
 
E
Q
 
R
G
 
G
I
 
I
S
 
V
L
 
L
D
 
P
D
 
D
P
 
E
M
 
I
N
 
D
H
 
D
K
 
D
E
 
E
-
 
K
L
 
L
L
 
V
D
 
Q
Q
 
S
L
 
L
W
 
W
T
 
Q
F
 
L
H
 
N

8bmsA Cryo-em structure of the mutant solitary ecf module 2eq in msp2n2 lipid nanodiscs in the atpase closed and atp-bound conformation (see paper)
47% identity, 98% coverage: 4:273/276 of query aligns to 5:276/278 of 8bmsA

query
sites
8bmsA
I
 
I
E
 
S
F
 
F
R
 
D
H
 
H
V
 
V
S
 
T
F
|
F
R
 
T
Y
 
-
H
 
-
E
 
D
N
 
S
E
 
P
P
 
R
W
 
P
V
 
A
L
 
L
D
 
S
D
 
D
V
 
L
S
 
S
F
 
F
V
 
A
V
 
I
Q
 
E
S
 
R
N
 
G
E
 
S
S
 
W
V
 
T
A
 
A
L
 
L
I
 
I
G
 
G
K
 
H
N
|
N
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
I
 
V
A
 
S
K
 
K
L
 
L
M
 
I
I
 
N
G
 
G
L
 
L
L
 
L
Q
 
A
P
 
P
Q
 
D
-
 
D
-
 
L
-
 
D
A
 
K
G
 
S
E
 
S
I
 
I
F
 
T
I
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
V
I
 
K
V
 
L
N
 
G
E
 
A
E
 
D
T
 
T
I
 
V
W
 
W
D
 
E
I
 
V
R
 
R
S
 
E
Q
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
F
 
F
Q
|
Q
N
 
N
P
 
P
E
 
D
N
 
N
Q
 
Q
F
 
F
V
 
V
G
 
G
T
 
A
T
 
T
V
 
V
Y
 
S
D
 
D
D
 
D
V
 
V
A
 
A
F
 
F
G
 
G
L
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
R
A
 
A
V
 
V
P
 
P
R
 
R
E
 
P
E
 
E
M
 
M
T
 
L
H
 
K
R
 
I
I
 
V
E
 
A
R
 
Q
S
 
A
L
 
V
Q
 
A
Q
 
D
V
 
V
G
 
G
M
 
M
L
 
A
A
 
D
Y
|
Y
R
 
A
D
 
D
R
 
S
E
 
E
P
 
P
H
 
S
D
x
N
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
Q
|
Q
K
 
K
Q
 
Q
R
 
R
I
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
A
S
 
G
V
 
I
L
 
L
A
 
A
V
 
V
E
 
K
P
 
P
K
 
Q
I
 
V
L
 
I
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
x
Q
A
 
S
T
 
T
S
 
S
M
 
M
L
 
L
D
 
D
P
 
P
H
 
E
G
 
G
T
 
K
E
 
E
S
 
Q
I
 
I
N
 
L
Q
 
D
L
 
L
F
 
V
R
 
R
Q
 
K
L
 
I
K
 
K
R
 
E
E
 
D
Q
 
N
N
 
N
M
 
L
T
 
T
H
 
V
V
 
I
T
 
S
V
 
I
T
 
T
H
|
H
D
 
D
T
 
L
E
 
E
E
 
E
V
 
A
M
 
A
Y
 
G
A
 
A
D
 
D
R
 
Q
V
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
L
D
 
D
Q
 
D
G
 
G
K
 
Q
I
 
L
A
 
L
E
 
D
D
 
Q
C
 
G
T
 
K
P
 
P
R
 
E
Q
 
E
L
 
I
F
 
F
C
 
P
R
 
K
Q
 
V
E
 
E
L
 
M
L
 
L
D
 
K
E
 
R
Y
 
I
G
 
G
L
 
L
R
 
D
I
 
I
P
 
P
F
 
F
I
 
V
V
 
Y
E
 
R
L
 
L
T
 
K
N
 
Q
E
 
L
L
 
L
Y
 
K
K
 
E
Q
 
R
G
 
G
I
 
I
S
 
V
L
 
L
D
 
P
D
 
D
P
 
E
M
 
I
N
 
D
H
 
D
K
 
D
E
 
E
-
 
K
L
 
L
L
 
V
D
 
Q
Q
 
S
L
 
L
W
 
W
T
 
Q
F
 
L
H
 
N

Q5M244 Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA2; ECF transporter A component EcfA2; EC 3.6.3.- from Streptococcus thermophilus (strain ATCC BAA-250 / LMG 18311) (see paper)
39% identity, 96% coverage: 4:269/276 of query aligns to 3:277/280 of Q5M244

query
sites
Q5M244
I
 
I
E
 
S
F
 
L
R
 
E
H
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
Y
R
 
T
Y
 
Y
H
 
Q
E
 
S
N
 
G
E
 
T
P
 
P
W
 
F
-
 
E
-
 
R
-
 
R
V
 
A
L
 
L
D
 
F
D
 
D
V
 
M
S
 
T
F
 
V
V
 
T
V
 
I
Q
 
K
S
 
D
N
 
G
E
 
S
S
 
Y
V
 
T
A
 
A
L
 
F
I
 
I
G
 
G
K
 
H
N
 
T
G
 
G
S
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
I
 
I
A
 
M
K
 
Q
L
 
L
M
 
L
I
 
N
G
 
G
L
 
L
L
 
Y
Q
 
L
P
 
P
Q
 
T
A
 
S
G
 
G
E
 
Q
I
 
V
F
 
K
I
 
V
D
 
D
G
 
D
Q
 
T
I
 
I
V
 
I
N
 
N
E
 
S
E
 
Q
T
 
S
-
 
K
-
 
N
-
 
K
-
 
E
I
 
I
W
 
K
D
 
P
I
 
I
R
 
R
S
 
K
Q
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
L
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
F
P
 
P
E
 
E
N
 
S
Q
|
Q
F
 
L
V
 
F
G
 
A
T
 
E
T
 
T
V
 
V
Y
 
L
D
 
E
D
 
D
V
 
I
A
 
A
F
 
F
G
 
G
L
 
P
E
 
Q
N
 
N
L
 
F
A
 
G
V
 
V
P
 
S
R
 
K
E
 
E
E
 
E
M
 
A
T
 
E
H
 
Q
R
 
R
I
 
A
E
 
L
R
 
E
S
 
S
L
 
L
Q
 
R
Q
 
L
V
 
V
G
 
G
M
 
L
L
 
S
-
 
D
A
 
E
Y
 
L
R
 
R
D
 
D
R
 
Q
E
 
N
P
 
P
H
 
F
D
 
D
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
M
Q
 
R
R
 
R
I
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
A
S
 
G
V
 
I
L
 
L
A
 
A
V
 
M
E
 
Q
P
 
P
K
 
D
I
 
I
L
 
L
L
 
V
L
 
L
D
 
D
E
|
E
A
 
P
T
 
T
S
 
A
M
 
G
L
 
L
D
 
D
P
 
P
H
 
Q
G
 
G
T
 
R
E
 
K
S
 
E
I
 
L
N
 
M
Q
 
S
L
 
L
F
 
F
R
 
K
Q
 
Q
L
 
L
K
 
H
R
 
L
E
 
S
Q
 
-
N
 
G
M
 
I
T
 
T
H
 
I
V
 
V
T
 
L
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
L
T
 
M
E
 
D
E
 
D
V
 
V
M
 
A
-
 
D
Y
 
Y
A
 
A
D
 
T
R
 
A
V
 
V
L
 
N
V
 
V
I
 
M
D
 
E
Q
 
K
G
 
G
K
 
R
I
 
L
A
 
V
E
 
L
D
 
S
C
 
G
T
 
T
P
 
P
R
 
K
Q
 
D
L
 
V
F
 
F
C
 
Q
R
 
K
Q
 
V
E
 
A
L
 
F
L
 
L
D
 
K
E
 
E
Y
 
K
G
 
Q
L
 
L
R
 
G
I
 
V
P
 
P
F
 
K
I
 
I
V
 
T
E
 
E
L
 
F
T
 
A
N
 
L
E
 
Q
L
 
L
Y
 
Q
K
 
E
Q
 
K
G
 
G
I
 
Y
S
 
S
L
 
F
D
 
E
D
 
S
-
 
L
P
 
P
M
 
I
N
 
T
H
 
I
K
 
E
E
 
E
L
 
F
L
 
V
D
 
E
Q
 
V
L
 
L

4hluC Structure of the ecfa-a' heterodimer bound to adp (see paper)
42% identity, 86% coverage: 4:241/276 of query aligns to 5:231/249 of 4hluC

query
sites
4hluC
I
 
I
E
 
E
F
 
L
R
 
N
H
 
S
V
 
V
S
 
S
F
 
F
R
 
R
Y
|
Y
H
 
-
E
 
-
N
 
N
E
 
G
P
 
D
W
 
Y
V
 
V
L
 
L
D
 
K
D
 
D
V
 
V
S
 
N
F
 
A
V
 
E
V
 
F
Q
 
E
S
 
T
N
 
G
E
 
K
S
 
I
V
 
Y
A
 
V
L
 
V
I
 
V
G
 
G
K
 
K
N
|
N
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
I
 
L
A
 
L
K
 
K
L
 
I
M
 
L
I
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
L
Q
 
A
P
 
A
Q
 
-
A
 
A
G
 
G
E
 
E
I
 
I
F
 
F
I
 
L
D
 
D
G
 
G
Q
 
S
I
 
P
V
 
A
N
 
D
E
 
P
E
 
-
T
 
-
I
 
-
W
 
F
D
 
L
I
 
L
R
 
R
S
 
K
Q
 
N
V
 
V
G
 
G
L
 
Y
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
N
P
 
P
E
 
S
N
 
S
Q
 
Q
F
 
I
V
 
I
G
 
G
T
 
A
T
 
T
V
 
V
Y
 
E
D
 
E
D
 
D
V
 
V
A
 
A
F
 
F
G
 
S
L
 
L
E
 
E
N
 
I
L
 
M
A
 
G
V
 
L
P
 
D
R
 
E
E
 
S
E
 
E
M
 
M
T
 
R
H
 
K
R
 
R
I
 
I
E
 
K
R
 
K
S
 
V
L
 
L
Q
 
E
Q
 
L
V
 
V
G
 
G
M
 
L
L
 
S
A
 
G
Y
 
L
R
 
A
D
 
A
R
 
A
E
 
D
P
 
P
H
 
L
D
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
R
 
R
I
 
L
A
 
A
L
 
I
A
 
A
S
 
S
V
 
M
L
 
L
A
 
A
V
 
R
E
 
D
P
 
T
K
 
R
I
 
F
L
 
L
L
 
A
L
 
L
D
 
D
E
 
E
A
 
P
T
 
V
S
 
S
M
 
M
L
 
L
D
 
D
P
 
P
H
 
P
G
 
S
T
 
Q
E
 
R
S
 
E
I
 
I
N
 
F
Q
 
Q
L
 
V
F
 
L
R
 
E
Q
 
S
L
 
L
K
 
K
R
 
N
E
 
E
Q
 
G
N
 
K
M
 
G
T
 
I
H
 
-
V
 
I
T
 
L
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
E
T
 
L
E
 
E
E
 
Y
V
 
L
M
 
D
Y
 
D
A
 
M
D
 
D
R
 
F
V
 
I
L
 
L
V
 
H
I
 
I
D
 
S
Q
 
N
G
 
G
K
 
T
I
 
I
A
 
-
E
 
D
D
 
F
C
 
C
T
 
G
P
 
S
R
 
W
Q
 
E
L
 
E
F
 
F
C
 
V
R
 
E
Q
 
R
E
 
E
L
 
F
L
 
D
D
 
D
E
 
-
Y
 
-
G
 
-
L
 
V
R
 
E
I
 
I
P
 
P
F
 
F

5x40A Structure of a cbio dimer bound with amppcp (see paper)
38% identity, 82% coverage: 20:246/276 of query aligns to 20:248/280 of 5x40A

query
sites
5x40A
V
x
A
L
 
L
D
 
D
D
 
D
V
 
L
S
 
S
F
 
L
V
 
A
V
 
V
Q
 
P
S
 
K
N
 
G
E
 
E
S
 
S
V
 
L
A
 
A
L
 
I
I
 
L
G
 
G
K
 
P
N
|
N
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
I
 
L
A
 
L
K
 
L
L
 
H
M
 
L
I
 
N
G
 
G
L
 
T
L
 
L
Q
 
R
P
 
P
Q
 
Q
A
 
S
G
 
G
E
 
R
I
 
V
F
 
L
I
 
L
D
 
G
G
 
G
Q
 
T
I
 
A
V
 
T
N
 
G
E
 
H
E
 
S
-
 
R
-
 
K
-
 
D
-
 
L
T
 
T
I
 
G
W
 
W
D
 
-
I
 
-
R
 
R
S
 
R
Q
 
R
V
 
V
G
 
G
L
 
L
V
 
V
F
 
L
Q
|
Q
N
 
D
P
 
A
E
 
D
N
 
D
Q
 
Q
F
 
L
V
 
F
G
 
A
T
 
T
T
 
T
V
 
V
Y
 
F
D
 
E
D
 
D
V
 
V
A
 
S
F
 
F
G
 
G
L
 
P
E
 
L
N
 
N
L
 
L
A
 
G
V
 
L
P
 
S
R
 
E
E
 
A
E
 
E
M
 
A
T
 
R
H
 
A
R
 
R
I
 
V
E
 
E
R
 
E
S
 
A
L
 
L
Q
 
A
Q
 
A
V
 
L
G
 
S
M
 
I
L
 
S
A
 
D
Y
 
L
R
 
R
D
 
D
R
 
R
E
 
P
P
 
T
H
|
H
D
x
M
L
|
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
K
 
K
Q
 
R
R
 
R
I
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
A
S
 
G
V
 
A
L
 
V
A
 
A
V
 
M
E
 
R
P
 
P
K
 
E
I
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
x
Q
A
 
P
T
 
T
S
 
A
M
 
G
L
 
L
D
 
D
P
 
L
H
 
A
G
 
G
T
 
T
E
 
E
S
 
Q
I
 
L
N
 
L
Q
 
T
L
 
L
F
 
L
R
 
R
Q
 
G
L
 
L
K
 
-
R
 
R
E
 
A
Q
 
A
N
 
G
M
 
M
T
 
T
H
 
L
V
 
V
T
 
F
V
 
S
T
 
T
H
|
H
D
 
D
T
 
V
E
 
E
-
 
L
E
 
A
V
 
A
M
 
A
Y
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
R
V
 
V
L
 
A
V
 
L
I
 
F
D
 
R
Q
 
T
G
 
G
K
 
R
I
 
V
A
 
L
E
 
A
D
 
E
C
 
G
T
 
A
P
 
A
R
 
E
Q
 
A
L
 
V
F
 
L
C
 
S
R
 
D
Q
 
R
E
 
A
L
 
T
L
 
L
D
 
A
E
 
K
Y
 
V
G
 
A
L
 
L
R
 
R
I
 
P
P
 
P
F
 
L
I
 
V
V
 
I
E
 
D
L
 
L
T
 
A

Sites not aligning to the query:

4zirB Crystal structure of ecfaa' heterodimer bound to amppnp (see paper)
42% identity, 86% coverage: 4:241/276 of query aligns to 4:227/247 of 4zirB

query
sites
4zirB
I
 
I
E
 
E
F
 
L
R
 
N
H
 
S
V
 
V
S
 
S
F
 
F
R
 
R
Y
|
Y
H
 
-
E
 
-
N
 
N
E
 
G
P
 
D
W
 
Y
V
|
V
L
 
L
D
 
K
D
 
D
V
 
V
S
 
N
F
 
A
V
 
E
V
 
F
Q
 
E
S
 
T
N
 
G
E
 
K
S
 
I
V
 
Y
A
 
V
L
 
V
I
 
V
G
 
G
K
 
K
N
|
N
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
I
 
L
A
 
L
K
 
K
L
 
I
M
 
L
I
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
L
Q
 
A
P
 
A
Q
 
-
A
 
A
G
 
G
E
 
E
I
 
I
F
 
F
I
 
L
D
 
D
G
 
G
Q
 
S
I
 
P
V
 
A
N
 
D
E
 
P
E
 
-
T
 
-
I
 
-
W
 
F
D
 
L
I
 
L
R
 
R
S
 
K
Q
 
N
V
 
V
G
 
G
L
 
Y
V
 
V
F
 
F
Q
|
Q
N
 
N
P
 
P
E
 
S
N
 
S
Q
 
Q
F
 
I
V
 
I
G
 
G
T
 
A
T
 
T
V
 
V
Y
 
E
D
 
E
D
 
D
V
 
V
A
 
A
F
 
F
G
 
S
L
 
L
E
 
E
N
 
-
L
 
-
A
 
-
V
 
I
P
 
D
R
 
E
E
 
S
E
 
E
M
 
M
T
 
R
H
 
K
R
 
R
I
 
I
E
 
K
R
 
K
S
 
V
L
 
L
Q
 
E
Q
 
L
V
 
V
G
 
G
M
 
L
L
 
S
A
 
G
Y
 
L
R
 
A
D
 
A
R
 
A
E
 
D
P
 
P
H
 
L
D
x
N
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
R
 
R
I
 
L
A
 
A
L
 
I
A
 
A
S
 
S
V
 
M
L
 
L
A
 
A
V
 
R
E
 
D
P
 
T
K
 
R
I
 
F
L
 
L
L
 
A
L
 
L
D
 
D
E
 
E
A
 
P
T
 
V
S
 
S
M
 
M
L
 
L
D
 
D
P
 
P
H
 
P
G
 
S
T
 
Q
E
 
R
S
 
E
I
 
I
N
 
F
Q
 
Q
L
 
V
F
 
L
R
 
E
Q
 
S
L
 
L
K
 
K
R
 
N
E
 
E
Q
 
G
N
 
K
M
 
G
T
 
I
H
 
-
V
 
I
T
 
L
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
E
T
 
L
E
 
E
E
 
Y
V
 
L
M
 
D
Y
 
D
A
 
M
D
 
D
R
 
F
V
 
I
L
 
L
V
 
H
I
 
I
D
 
S
Q
 
N
G
 
G
K
 
T
I
 
I
A
 
-
E
 
D
D
 
F
C
 
C
T
 
G
P
 
S
R
 
W
Q
 
E
L
 
E
F
 
F
C
 
V
R
 
E
Q
 
R
E
 
E
L
 
F
L
 
D
D
 
D
E
 
-
Y
 
-
G
 
-
L
 
V
R
 
E
I
 
I
P
 
P
F
 
F

4hluA Structure of the ecfa-a' heterodimer bound to adp (see paper)
33% identity, 97% coverage: 4:271/276 of query aligns to 3:265/265 of 4hluA

query
sites
4hluA
I
 
I
E
 
E
F
 
V
R
 
V
H
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
H
R
 
I
Y
x
F
H
 
H
E
 
R
N
 
G
E
 
T
P
 
P
W
 
L
-
 
E
-
x
K
-
 
K
V
 
A
L
 
L
D
 
E
D
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
L
V
 
V
V
 
I
Q
 
N
S
 
E
N
 
G
E
 
E
S
 
C
V
 
L
A
 
L
L
 
V
I
 
A
G
 
G
K
 
N
N
 
T
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
I
 
L
A
 
L
K
 
Q
L
 
I
M
 
V
I
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
I
Q
 
E
P
 
P
Q
 
T
A
 
S
G
 
G
E
 
D
I
 
V
F
 
L
I
 
Y
D
 
D
G
 
G
Q
 
E
I
 
-
V
 
-
N
 
-
E
 
R
E
 
K
T
 
K
I
 
G
W
 
Y
D
 
E
I
 
I
R
 
R
S
 
R
Q
 
N
V
 
I
G
 
G
L
 
I
V
 
A
F
 
F
Q
 
Q
N
 
Y
P
 
P
E
 
E
N
 
D
Q
 
Q
F
 
F
V
 
F
G
 
A
T
 
E
T
 
R
V
 
V
Y
 
F
D
 
D
D
 
E
V
 
V
A
 
A
F
 
F
G
 
A
L
 
V
E
 
K
N
 
N
L
 
F
A
 
-
V
 
Y
P
 
P
R
 
D
E
 
R
E
 
D
M
 
P
T
 
V
H
 
P
R
 
L
I
 
V
E
 
K
R
 
K
S
 
A
L
 
M
Q
 
E
Q
 
F
V
 
V
G
 
G
M
 
L
-
 
D
-
 
F
L
 
D
A
 
S
Y
 
F
R
 
K
D
 
D
R
 
R
E
 
V
P
 
P
H
 
F
D
 
F
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
K
 
K
Q
 
R
R
 
R
I
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
A
S
 
S
V
 
V
L
 
I
A
 
V
V
 
H
E
 
E
P
 
P
K
 
D
I
 
I
L
 
L
L
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
A
 
P
T
 
L
S
 
V
M
 
G
L
 
L
D
 
D
P
 
R
H
 
E
G
 
G
T
 
K
E
 
T
S
 
D
I
 
L
N
 
L
Q
 
R
L
 
I
F
 
V
R
 
E
Q
 
K
L
 
W
K
 
K
R
 
-
E
 
T
Q
 
L
N
 
G
M
 
K
T
 
T
H
 
V
V
 
I
T
 
L
V
 
I
T
 
S
H
 
H
D
 
D
T
 
I
E
 
E
E
 
T
V
 
V
M
 
I
-
 
N
Y
 
H
A
 
V
D
 
D
R
 
R
V
 
V
L
 
V
V
 
V
I
 
L
D
 
E
Q
 
K
G
 
G
K
 
K
I
 
K
A
 
V
E
 
F
D
 
D
C
 
G
T
 
T
P
 
-
R
 
-
Q
 
-
L
 
-
F
 
-
C
 
-
R
 
R
Q
 
M
E
 
E
L
 
F
L
 
L
D
 
E
E
 
K
Y
 
Y
G
 
D
L
 
P
R
 
R
I
 
-
P
 
-
F
 
F
I
 
F
V
 
T
E
 
S
L
 
K
T
 
M
N
 
L
E
 
V
L
 
M
Y
 
R
K
 
R
Q
 
L
G
 
V
I
 
L
S
 
K
L
 
G
D
 
E
D
 
D
P
 
P
-
 
F
-
 
S
M
 
M
N
 
S
H
 
D
K
 
D
E
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
E
Q
 
R
L
 
V
W
 
C
T
 
N

4zirA Crystal structure of ecfaa' heterodimer bound to amppnp (see paper)
33% identity, 97% coverage: 4:271/276 of query aligns to 3:263/263 of 4zirA

query
sites
4zirA
I
 
I
E
 
E
F
 
V
R
 
V
H
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
H
R
 
I
Y
x
F
H
 
H
E
 
R
N
 
G
E
 
T
P
 
P
W
 
L
-
 
E
-
 
K
-
 
K
V
 
A
L
 
L
D
 
E
D
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
L
V
 
V
V
 
I
Q
 
N
S
 
E
N
 
G
E
 
E
S
 
C
V
 
L
A
 
L
L
 
V
I
 
A
G
 
G
K
 
N
N
x
T
G
 
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
I
 
L
A
 
L
K
 
Q
L
 
I
M
 
V
I
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
I
Q
 
E
P
 
P
Q
 
T
A
 
S
G
 
G
E
 
D
I
 
V
F
 
L
I
 
Y
D
 
D
G
 
G
Q
 
-
I
 
-
V
 
-
N
 
-
E
 
-
E
 
E
T
 
K
I
 
G
W
 
Y
D
 
E
I
 
I
R
 
R
S
 
R
Q
 
N
V
 
I
G
 
G
L
 
I
V
 
A
F
 
F
Q
|
Q
N
 
Y
P
 
P
E
 
E
N
 
D
Q
 
Q
F
 
F
V
 
F
G
 
A
T
 
E
T
 
R
V
 
V
Y
 
F
D
 
D
D
 
E
V
 
V
A
 
A
F
 
F
G
 
A
L
 
V
E
 
K
N
 
N
L
 
F
A
 
-
V
 
Y
P
 
P
R
 
D
E
 
R
E
 
D
M
 
P
T
 
V
H
 
P
R
 
L
I
 
V
E
 
K
R
 
K
S
 
A
L
 
M
Q
 
E
Q
 
F
V
 
V
G
 
G
M
 
L
-
 
D
-
 
F
L
 
D
A
 
S
Y
 
F
R
 
K
D
 
D
R
|
R
E
 
V
P
 
P
H
 
F
D
x
F
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
Q
x
E
K
 
K
Q
 
R
R
 
R
I
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
A
S
 
S
V
 
V
L
 
I
A
 
V
V
 
H
E
 
E
P
 
P
K
 
D
I
 
I
L
 
L
L
 
I
L
 
L
D
|
D
E
 
E
A
 
P
T
 
L
S
 
V
M
 
G
L
 
L
D
 
D
P
 
R
H
 
E
G
 
G
T
 
K
E
 
T
S
 
D
I
 
L
N
 
L
Q
 
R
L
 
I
F
 
V
R
 
E
Q
 
K
L
 
W
K
 
K
R
 
-
E
 
T
Q
 
L
N
 
G
M
 
K
T
 
T
H
 
V
V
 
I
T
 
L
V
 
I
T
 
S
H
 
H
D
 
D
T
 
I
E
 
E
E
 
T
V
 
V
M
 
I
-
 
N
Y
 
H
A
 
V
D
 
D
R
 
R
V
 
V
L
 
V
V
 
V
I
 
L
D
 
E
Q
 
K
G
 
G
K
 
K
I
 
K
A
 
V
E
 
F
D
 
D
C
 
G
T
 
T
P
 
-
R
 
-
Q
 
-
L
 
-
F
 
-
C
 
-
R
 
R
Q
 
M
E
 
E
L
 
F
L
 
L
D
 
E
E
 
K
Y
 
Y
G
 
D
L
 
P
R
 
R
I
 
-
P
 
-
F
 
F
I
 
F
V
 
T
E
 
S
L
 
K
T
 
M
N
 
L
E
 
V
L
 
M
Y
 
R
K
 
R
Q
 
L
G
 
V
I
 
L
S
 
K
L
 
G
D
 
E
D
 
D
P
 
P
-
 
F
-
 
S
M
 
M
N
 
S
H
 
D
K
 
D
E
 
E
L
 
L
L
 
L
D
 
E
Q
 
R
L
 
V
W
 
C
T
 
N

8bmpB Cryo-em structure of the folate-specific ecf transporter complex in msp2n2 lipid nanodiscs bound to atp and adp (see paper)
34% identity, 96% coverage: 4:269/276 of query aligns to 2:276/281 of 8bmpB

query
sites
8bmpB
I
 
I
E
 
K
F
 
F
R
 
E
H
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
Y
R
 
V
Y
|
Y
H
 
S
E
 
P
N
 
G
E
 
S
P
 
P
W
 
L
-
 
E
-
 
A
-
 
I
V
 
G
L
 
L
D
 
D
D
 
Q
V
 
L
S
 
N
F
 
F
V
 
S
V
 
L
Q
 
E
S
 
E
N
 
G
E
 
K
S
 
F
V
 
I
A
 
A
L
 
L
I
 
V
G
 
G
K
 
H
N
 
T
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
 
K
S
|
S
T
|
T
I
 
L
A
 
M
K
 
Q
L
 
H
M
 
F
I
 
N
G
 
A
L
 
L
L
 
L
Q
 
K
P
 
P
Q
 
T
A
 
S
G
 
G
E
 
K
I
 
I
F
 
E
I
 
I
D
 
A
G
 
G
Q
 
Y
I
 
T
V
 
I
N
 
T
E
 
P
E
 
E
T
 
T
-
 
G
-
 
N
-
 
K
-
 
G
I
 
L
W
 
K
D
 
D
I
 
L
R
 
R
S
 
R
Q
 
K
V
 
V
G
 
S
L
 
L
V
 
A
F
 
F
Q
 
Q
N
 
F
P
 
S
E
 
E
N
 
A
Q
 
Q
F
 
L
V
 
F
G
 
E
T
 
N
T
 
T
V
 
V
Y
 
L
D
 
K
D
 
D
V
 
V
A
 
E
F
 
Y
G
 
G
L
 
P
E
 
R
N
 
N
L
 
F
A
 
G
V
 
F
P
 
S
R
 
E
E
 
D
E
 
E
M
 
A
T
 
R
H
 
E
R
 
A
I
 
A
E
 
L
R
 
K
S
 
W
L
 
L
Q
 
K
Q
 
K
V
 
V
G
 
G
M
 
L
L
 
K
A
 
D
-
 
D
Y
 
L
R
 
I
D
 
E
R
 
H
E
 
S
P
 
P
H
 
F
D
 
D
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
M
Q
 
R
R
 
R
I
 
V
A
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
G
V
 
V
L
 
L
A
 
A
V
 
Y
E
 
E
P
 
P
K
 
E
I
 
I
L
 
I
L
 
C
L
 
L
D
 
D
E
 
E
A
 
P
T
 
A
S
 
A
M
 
G
L
 
L
D
 
D
P
 
P
H
 
M
G
 
G
T
 
R
E
 
L
S
 
E
I
 
M
N
 
M
Q
 
Q
L
 
L
F
 
F
R
 
K
Q
 
D
L
 
Y
K
 
Q
R
 
A
E
 
A
Q
 
G
N
 
H
M
 
-
T
 
T
H
 
V
V
 
I
T
 
L
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
N
-
 
M
T
 
D
E
 
D
E
 
V
V
 
A
M
 
D
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
R
 
D
V
 
V
L
 
L
V
 
A
I
 
L
D
 
E
Q
 
H
G
 
G
K
 
R
I
 
L
A
 
I
E
 
K
D
 
H
C
 
A
T
 
S
P
 
P
R
 
K
Q
 
E
L
 
V
F
 
F
C
 
K
R
 
D
Q
 
S
E
 
E
L
 
W
L
 
L
D
 
Q
E
 
K
Y
 
H
G
 
H
L
 
L
R
 
A
I
 
E
P
 
P
F
 
R
I
 
S
V
 
A
E
 
R
L
 
F
T
 
A
N
 
A
E
 
K
L
 
L
Y
 
E
K
 
A
Q
 
A
G
 
G
I
 
L
S
 
K
L
 
L
-
 
P
D
 
G
D
 
Q
P
 
P
M
 
L
N
 
T
H
 
M
K
 
P
E
 
E
L
 
L
L
 
A
D
 
D
Q
 
A
L
 
I

5d3mB Folate ecf transporter: amppnp bound state (see paper)
34% identity, 96% coverage: 4:269/276 of query aligns to 2:276/281 of 5d3mB

query
sites
5d3mB
I
 
I
E
 
K
F
 
F
R
 
E
H
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
Y
R
 
V
Y
|
Y
H
 
S
E
 
P
N
 
G
E
 
S
P
 
P
W
 
L
-
 
E
-
 
A
-
 
I
V
 
G
L
 
L
D
 
D
D
 
Q
V
 
L
S
 
N
F
 
F
V
 
S
V
 
L
Q
 
E
S
 
E
N
 
G
E
 
K
S
 
F
V
 
I
A
 
A
L
 
L
I
 
V
G
 
G
K
 
H
N
x
T
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
 
T
I
 
L
A
 
M
K
 
Q
L
 
H
M
 
F
I
 
N
G
 
A
L
 
L
L
 
L
Q
 
K
P
 
P
Q
 
T
A
 
S
G
 
G
E
 
K
I
 
I
F
 
E
I
 
I
D
 
A
G
 
G
Q
 
Y
I
 
T
V
 
I
N
 
T
E
 
P
E
 
E
T
 
T
-
 
G
-
 
N
-
 
K
-
 
G
I
 
L
W
 
K
D
 
D
I
 
L
R
 
R
S
 
R
Q
 
K
V
 
V
G
 
S
L
 
L
V
 
A
F
 
F
Q
 
Q
N
 
F
P
 
S
E
 
E
N
 
A
Q
 
Q
F
 
L
V
 
F
G
 
E
T
 
N
T
 
T
V
 
V
Y
 
L
D
 
K
D
 
D
V
 
V
A
 
E
F
 
Y
G
 
G
L
 
P
E
 
R
N
 
N
L
 
F
A
 
G
V
 
F
P
 
S
R
 
E
E
 
D
E
 
E
M
 
A
T
 
R
H
 
E
R
 
A
I
 
A
E
 
L
R
 
K
S
 
W
L
 
L
Q
 
K
Q
 
K
V
 
V
G
 
G
M
 
L
L
 
K
A
 
D
-
 
D
Y
 
L
R
 
I
D
 
E
R
 
H
E
 
S
P
 
P
H
 
F
D
 
D
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
M
Q
 
R
R
 
R
I
 
V
A
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
G
V
 
V
L
 
L
A
 
A
V
 
Y
E
 
E
P
 
P
K
 
E
I
 
I
L
 
I
L
 
C
L
 
L
D
|
D
E
 
E
A
 
P
T
 
A
S
 
A
M
 
G
L
 
L
D
 
D
P
 
P
H
 
M
G
 
G
T
 
R
E
 
L
S
 
E
I
 
M
N
 
M
Q
 
Q
L
 
L
F
 
F
R
 
K
Q
 
D
L
 
Y
K
 
Q
R
 
A
E
 
A
Q
 
G
N
 
H
M
 
-
T
 
T
H
 
V
V
 
I
T
 
L
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
N
-
 
M
T
 
D
E
 
D
E
 
V
V
 
A
M
 
D
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
R
 
D
V
 
V
L
 
L
V
 
A
I
 
L
D
 
E
Q
 
H
G
 
G
K
 
R
I
 
L
A
 
I
E
 
K
D
 
H
C
 
A
T
 
S
P
 
P
R
 
K
Q
 
E
L
 
V
F
 
F
C
 
K
R
 
D
Q
 
S
E
 
E
L
 
W
L
 
L
D
 
Q
E
 
K
Y
 
H
G
 
H
L
 
L
R
 
A
I
 
E
P
 
P
F
 
R
I
 
S
V
 
A
E
 
R
L
 
F
T
 
A
N
 
A
E
 
K
L
 
L
Y
 
E
K
 
A
Q
 
A
G
 
G
I
 
L
S
 
K
L
 
L
-
 
P
D
 
G
D
 
Q
P
 
P
M
 
L
N
 
T
H
 
M
K
 
P
E
 
E
L
 
L
L
 
A
D
 
D
Q
 
A
L
 
I

8bmsB Cryo-em structure of the mutant solitary ecf module 2eq in msp2n2 lipid nanodiscs in the atpase closed and atp-bound conformation (see paper)
34% identity, 96% coverage: 4:269/276 of query aligns to 2:276/281 of 8bmsB

query
sites
8bmsB
I
 
I
E
 
K
F
 
F
R
 
E
H
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
Y
R
 
V
Y
|
Y
H
 
S
E
 
P
N
 
G
E
 
S
P
 
P
W
 
L
-
 
E
-
 
A
-
 
I
V
 
G
L
 
L
D
 
D
D
 
Q
V
 
L
S
 
N
F
 
F
V
 
S
V
 
L
Q
 
E
S
 
E
N
 
G
E
 
K
S
 
F
V
 
I
A
 
A
L
 
L
I
 
V
G
 
G
K
 
H
N
x
T
G
|
G
S
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
I
 
L
A
 
M
K
 
Q
L
 
H
M
 
F
I
 
N
G
 
A
L
 
L
L
 
L
Q
 
K
P
 
P
Q
 
T
A
 
S
G
 
G
E
 
K
I
 
I
F
 
E
I
 
I
D
 
A
G
 
G
Q
 
Y
I
 
T
V
 
I
N
 
T
E
 
P
E
 
E
T
 
T
-
 
G
-
 
N
-
 
K
-
 
G
I
 
L
W
 
K
D
 
D
I
 
L
R
 
R
S
 
R
Q
 
K
V
 
V
G
 
S
L
 
L
V
 
A
F
 
F
Q
|
Q
N
 
F
P
 
S
E
 
E
N
 
A
Q
 
Q
F
 
L
V
 
F
G
 
E
T
 
N
T
 
T
V
 
V
Y
 
L
D
 
K
D
 
D
V
 
V
A
 
E
F
 
Y
G
 
G
L
 
P
E
 
R
N
 
N
L
 
F
A
 
G
V
 
F
P
 
S
R
 
E
E
 
D
E
 
E
M
 
A
T
 
R
H
 
E
R
 
A
I
 
A
E
 
L
R
 
K
S
 
W
L
 
L
Q
 
K
Q
 
K
V
 
V
G
 
G
M
 
L
L
 
K
A
 
D
-
 
D
Y
 
L
R
 
I
D
 
E
R
 
H
E
 
S
P
 
P
H
 
F
D
|
D
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
Q
 
Q
K
 
M
Q
 
R
R
 
R
I
 
V
A
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
G
V
 
V
L
 
L
A
 
A
V
 
Y
E
 
E
P
 
P
K
 
E
I
 
I
L
 
I
L
 
C
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
A
 
P
T
 
A
S
 
A
M
 
G
L
 
L
D
 
D
P
 
P
H
 
M
G
 
G
T
 
R
E
 
L
S
 
E
I
 
M
N
 
M
Q
 
Q
L
 
L
F
 
F
R
 
K
Q
 
D
L
 
Y
K
 
Q
R
 
A
E
 
A
Q
 
G
N
 
H
M
 
-
T
 
T
H
 
V
V
 
I
T
 
L
V
 
V
T
 
T
H
|
H
D
 
N
-
 
M
T
 
D
E
 
D
E
 
V
V
 
A
M
 
D
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
R
 
D
V
 
V
L
 
L
V
 
A
I
 
L
D
 
E
Q
 
H
G
 
G
K
 
R
I
 
L
A
 
I
E
 
K
D
 
H
C
 
A
T
 
S
P
 
P
R
 
K
Q
 
E
L
 
V
F
 
F
C
 
K
R
 
D
Q
 
S
E
 
E
L
 
W
L
 
L
D
 
Q
E
 
K
Y
 
H
G
 
H
L
 
L
R
 
A
I
 
E
P
 
P
F
 
R
I
 
S
V
 
A
E
 
R
L
 
F
T
 
A
N
 
A
E
 
K
L
 
L
Y
 
E
K
 
A
Q
 
A
G
 
G
I
 
L
S
 
K
L
 
L
-
 
P
D
 
G
D
 
Q
P
 
P
M
 
L
N
 
T
H
 
M
K
 
P
E
 
E
L
 
L
L
 
A
D
 
D
Q
 
A
L
 
I

P30750 Methionine import ATP-binding protein MetN; EC 7.4.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
35% identity, 81% coverage: 3:226/276 of query aligns to 1:229/343 of P30750

query
sites
P30750
W
 
M
I
 
I
E
 
K
F
 
L
R
 
S
H
 
N
V
 
I
S
 
T
F
 
K
R
 
V
Y
 
F
H
 
H
E
 
Q
N
 
G
E
 
T
P
 
R
W
 
T
V
 
I
-
 
Q
-
 
A
L
 
L
D
 
N
D
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
L
V
 
H
V
 
V
Q
 
P
S
 
A
N
 
G
E
 
Q
S
 
I
V
 
Y
A
 
G
L
 
V
I
 
I
G
 
G
K
 
A
N
x
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
I
 
L
A
 
I
K
 
R
L
 
C
M
 
V
I
 
N
G
 
L
L
 
L
L
 
E
Q
 
R
P
 
P
Q
 
T
A
 
E
G
 
G
E
 
S
I
 
V
F
 
L
I
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
-
 
E
-
 
L
-
 
T
I
 
T
V
 
L
N
 
S
E
 
E
E
 
S
T
 
E
I
 
L
W
 
T
D
 
K
I
 
A
R
 
R
S
 
R
Q
 
Q
V
 
I
G
 
G
L
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
N
 
H
P
 
-
E
 
F
N
 
N
Q
 
L
F
 
L
V
 
S
G
 
S
T
 
R
T
 
T
V
 
V
Y
 
F
D
 
G
D
 
N
V
 
V
A
 
A
F
 
L
G
 
P
L
 
L
E
 
E
N
 
L
L
 
D
A
 
N
V
 
T
P
 
P
R
 
K
E
 
D
E
 
E
M
 
V
T
 
K
H
 
R
R
 
R
I
 
V
E
 
T
R
 
E
S
 
L
L
 
L
Q
 
S
Q
 
L
V
 
V
G
 
G
M
 
L
L
 
G
A
 
D
Y
 
K
R
 
H
D
 
D
R
 
S
E
 
Y
P
 
P
H
 
S
D
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
R
 
R
I
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
A
S
 
R
V
 
A
L
 
L
A
 
A
V
 
S
E
 
N
P
 
P
K
 
K
I
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
|
E
A
 
A
T
 
T
S
 
S
M
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
H
 
A
G
 
T
T
 
T
E
 
R
S
 
S
I
 
I
N
 
L
Q
 
E
L
 
L
F
 
L
R
 
K
Q
 
D
L
 
I
K
 
N
R
 
R
E
 
R
Q
 
L
N
 
G
M
 
L
T
 
T
H
 
I
V
 
L
T
 
L
V
 
I
T
 
T
H
 
H
D
 
E
T
 
M
E
 
D
E
 
V
V
 
V
M
 
K
-
 
R
Y
 
I
A
 
C
D
 
D
R
 
C
V
 
V
L
 
A
V
 
V
I
 
I
D
 
S
Q
 
N
G
 
G
K
 
E
I
 
L
A
 
I
E
 
E
D
 
Q
C
 
D
T
 
T
P
 
V
R
 
S
Q
 
E
L
 
V
F
 
F

Sites not aligning to the query:

6cvlD Crystal structure of the escherichia coli atpgs-bound metni methionine abc transporter in complex with its metq binding protein (see paper)
35% identity, 81% coverage: 3:226/276 of query aligns to 2:230/344 of 6cvlD

query
sites
6cvlD
W
 
M
I
 
I
E
 
K
F
 
L
R
 
S
H
 
N
V
 
I
S
 
T
F
 
K
R
 
V
Y
x
F
H
 
H
E
x
Q
N
 
G
E
 
T
P
 
R
W
 
T
V
x
I
-
 
Q
-
 
A
L
 
L
D
 
N
D
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
L
V
 
H
V
 
V
Q
 
P
S
 
A
N
 
G
E
 
Q
S
 
I
V
 
Y
A
 
G
L
 
V
I
 
I
G
 
G
K
 
A
N
x
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
I
 
L
A
 
I
K
 
R
L
 
C
M
 
V
I
 
N
G
 
L
L
 
L
L
 
E
Q
 
R
P
 
P
Q
 
T
A
 
E
G
 
G
E
 
S
I
 
V
F
 
L
I
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
-
 
E
-
 
L
-
 
T
I
 
T
V
 
L
N
 
S
E
 
E
E
 
S
T
 
E
I
 
L
W
 
T
D
 
K
I
 
A
R
 
R
S
 
R
Q
 
Q
V
 
I
G
 
G
L
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
N
 
H
P
 
-
E
 
F
N
 
N
Q
 
L
F
 
L
V
 
S
G
 
S
T
 
R
T
 
T
V
 
V
Y
 
F
D
 
G
D
 
N
V
 
V
A
 
A
F
 
L
G
 
P
L
 
L
E
 
E
N
 
L
L
 
D
A
 
N
V
 
T
P
 
P
R
 
K
E
 
D
E
 
E
M
 
V
T
 
K
H
 
R
R
 
R
I
 
V
E
 
T
R
 
E
S
 
L
L
 
L
Q
 
S
Q
 
L
V
 
V
G
 
G
M
 
L
L
 
G
A
 
D
Y
 
K
R
 
H
D
 
D
R
 
S
E
 
Y
P
 
P
H
 
S
D
x
N
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
|
Q
K
 
K
Q
 
Q
R
 
R
I
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
A
S
 
R
V
 
A
L
 
L
A
 
A
V
 
S
E
 
N
P
 
P
K
 
K
I
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
 
Q
A
 
A
T
 
T
S
 
S
M
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
H
 
A
G
 
T
T
 
T
E
 
R
S
 
S
I
 
I
N
 
L
Q
 
E
L
 
L
F
 
L
R
 
K
Q
 
D
L
 
I
K
 
N
R
 
R
E
 
R
Q
 
L
N
 
G
M
 
L
T
 
T
H
 
I
V
 
L
T
 
L
V
 
I
T
 
T
H
|
H
D
 
E
T
 
M
E
 
D
E
 
V
V
 
V
M
 
K
-
 
R
Y
 
I
A
 
C
D
 
D
R
 
C
V
 
V
L
 
A
V
 
V
I
 
I
D
 
S
Q
 
N
G
 
G
K
 
E
I
 
L
A
 
I
E
 
E
D
 
Q
C
 
D
T
 
T
P
 
V
R
 
S
Q
 
E
L
 
V
F
 
F

3tuzC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 semet soak crystal form (see paper)
35% identity, 81% coverage: 3:226/276 of query aligns to 2:230/344 of 3tuzC

query
sites
3tuzC
W
 
M
I
 
I
E
 
K
F
 
L
R
 
S
H
 
N
V
 
I
S
 
T
F
 
K
R
 
V
Y
x
F
H
 
H
E
x
Q
N
 
G
E
 
T
P
 
R
W
 
T
V
 
I
-
 
Q
-
 
A
L
 
L
D
 
N
D
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
L
V
 
H
V
 
V
Q
 
P
S
 
A
N
 
G
E
 
Q
S
 
I
V
 
Y
A
 
G
L
 
V
I
 
I
G
 
G
K
 
A
N
 
S
G
|
G
S
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
I
 
L
A
 
I
K
 
R
L
 
C
M
 
V
I
 
N
G
 
L
L
 
L
L
 
E
Q
 
R
P
 
P
Q
 
T
A
 
E
G
 
G
E
 
S
I
 
V
F
 
L
I
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
-
 
E
-
 
L
-
 
T
I
 
T
V
 
L
N
 
S
E
 
E
E
 
S
T
 
E
I
 
L
W
 
T
D
 
K
I
 
A
R
 
R
S
 
R
Q
 
Q
V
 
I
G
 
G
L
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
N
 
H
P
 
-
E
 
F
N
 
N
Q
 
L
F
 
L
V
 
S
G
 
S
T
 
R
T
 
T
V
 
V
Y
 
F
D
 
G
D
 
N
V
 
V
A
 
A
F
 
L
G
 
P
L
 
L
E
 
E
N
 
L
L
 
D
A
 
N
V
 
T
P
 
P
R
 
K
E
 
D
E
 
E
M
 
V
T
 
K
H
 
R
R
 
R
I
 
V
E
 
T
R
 
E
S
 
L
L
 
L
Q
 
S
Q
 
L
V
 
V
G
 
G
M
 
L
L
 
G
A
 
D
Y
 
K
R
 
H
D
 
D
R
 
S
E
 
Y
P
 
P
H
 
S
D
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
R
 
R
I
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
A
S
 
R
V
 
A
L
 
L
A
 
A
V
 
S
E
 
N
P
 
P
K
 
K
I
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
 
Q
A
 
A
T
 
T
S
 
S
M
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
H
 
A
G
 
T
T
 
T
E
 
R
S
 
S
I
 
I
N
 
L
Q
 
E
L
 
L
F
 
L
R
 
K
Q
 
D
L
 
I
K
 
N
R
 
R
E
 
R
Q
 
L
N
 
G
M
 
L
T
 
T
H
 
I
V
 
L
T
 
L
V
 
I
T
 
T
H
 
H
D
 
E
T
 
M
E
 
D
E
 
V
V
 
V
M
 
K
-
 
R
Y
 
I
A
 
C
D
 
D
R
 
C
V
 
V
L
 
A
V
 
V
I
 
I
D
 
S
Q
 
N
G
 
G
K
 
E
I
 
L
A
 
I
E
 
E
D
 
Q
C
 
D
T
 
T
P
 
V
R
 
S
Q
 
E
L
 
V
F
 
F

Sites not aligning to the query:

3tuiC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 native crystal form (see paper)
35% identity, 81% coverage: 3:226/276 of query aligns to 2:230/344 of 3tuiC

query
sites
3tuiC
W
 
M
I
 
I
E
 
K
F
 
L
R
 
S
H
 
N
V
 
I
S
 
T
F
 
K
R
 
V
Y
x
F
H
 
H
E
 
Q
N
 
G
E
 
T
P
 
R
W
 
T
V
 
I
-
 
Q
-
 
A
L
 
L
D
 
N
D
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
L
V
 
H
V
 
V
Q
 
P
S
 
A
N
 
G
E
 
Q
S
 
I
V
 
Y
A
 
G
L
 
V
I
 
I
G
 
G
K
 
A
N
 
S
G
|
G
S
x
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
I
 
L
A
 
I
K
 
R
L
 
C
M
 
V
I
 
N
G
 
L
L
 
L
L
 
E
Q
 
R
P
 
P
Q
 
T
A
 
E
G
 
G
E
 
S
I
 
V
F
 
L
I
 
V
D
 
D
G
 
G
Q
 
Q
-
 
E
-
 
L
-
 
T
I
 
T
V
 
L
N
 
S
E
 
E
E
 
S
T
 
E
I
 
L
W
 
T
D
 
K
I
 
A
R
 
R
S
 
R
Q
 
Q
V
 
I
G
 
G
L
 
M
V
 
I
F
 
F
Q
 
Q
N
 
H
P
 
-
E
 
F
N
 
N
Q
 
L
F
 
L
V
 
S
G
 
S
T
 
R
T
 
T
V
 
V
Y
 
F
D
 
G
D
 
N
V
 
V
A
 
A
F
 
L
G
 
P
L
 
L
E
 
E
N
 
L
L
 
D
A
 
N
V
 
T
P
 
P
R
 
K
E
 
D
E
 
E
M
 
V
T
 
K
H
 
R
R
 
R
I
 
V
E
 
T
R
 
E
S
 
L
L
 
L
Q
 
S
Q
 
L
V
 
V
G
 
G
M
 
L
L
 
G
A
 
D
Y
 
K
R
 
H
D
 
D
R
 
S
E
 
Y
P
 
P
H
 
S
D
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
R
 
R
I
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
A
S
 
R
V
 
A
L
 
L
A
 
A
V
 
S
E
 
N
P
 
P
K
 
K
I
 
V
L
 
L
L
 
L
L
 
C
D
 
D
E
 
Q
A
 
A
T
 
T
S
 
S
M
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
H
 
A
G
 
T
T
 
T
E
 
R
S
 
S
I
 
I
N
 
L
Q
 
E
L
 
L
F
 
L
R
 
K
Q
 
D
L
 
I
K
 
N
R
 
R
E
 
R
Q
 
L
N
 
G
M
 
L
T
 
T
H
 
I
V
 
L
T
 
L
V
 
I
T
 
T
H
 
H
D
 
E
T
 
M
E
 
D
E
 
V
V
 
V
M
 
K
-
 
R
Y
 
I
A
 
C
D
 
D
R
 
C
V
 
V
L
 
A
V
 
V
I
 
I
D
 
S
Q
 
N
G
 
G
K
 
E
I
 
L
A
 
I
E
 
E
D
 
Q
C
 
D
T
 
T
P
 
V
R
 
S
Q
 
E
L
 
V
F
 
F

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
38% identity, 76% coverage: 20:230/276 of query aligns to 16:228/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
V
|
V
L
 
L
D
 
K
D
 
G
V
 
V
S
 
T
F
 
L
V
 
K
V
 
V
Q
 
N
S
 
K
N
 
G
E
 
E
S
 
V
V
 
V
A
 
V
L
 
I
I
 
I
G
 
G
K
 
P
N
x
S
G
|
G
S
|
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
I
 
L
A
 
L
K
 
R
L
 
C
M
 
I
I
 
N
G
 
L
L
 
L
L
 
E
Q
 
E
P
 
P
Q
 
T
A
 
K
G
 
G
E
 
E
I
 
V
F
 
F
I
 
I
D
 
D
G
 
G
Q
 
V
I
 
K
V
 
I
N
 
N
-
 
N
-
 
G
E
 
K
E
 
V
T
 
N
I
 
I
W
 
N
D
 
K
I
 
V
R
 
R
S
 
Q
Q
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
M
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
H
P
 
-
E
 
F
N
 
N
Q
 
L
F
 
F
V
 
P
G
 
H
T
 
L
T
 
T
V
 
A
Y
 
I
D
 
E
D
 
N
V
 
I
A
 
T
F
 
L
G
 
A
-
 
P
L
 
V
E
 
K
N
 
V
L
 
K
A
 
K
V
 
M
P
 
N
R
 
K
E
 
K
E
 
E
M
 
A
T
 
E
H
 
E
R
 
L
I
 
A
E
 
V
R
 
D
S
 
L
L
 
L
Q
 
A
Q
 
K
V
 
V
G
 
G
M
 
L
L
 
L
A
 
D
Y
 
K
R
 
K
D
 
D
R
 
Q
E
 
Y
P
 
P
H
 
I
D
 
K
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
K
Q
 
Q
R
 
R
I
 
L
A
 
A
L
 
I
A
 
A
S
 
R
V
 
A
L
 
L
A
 
A
V
 
M
E
 
Q
P
 
P
K
 
E
I
 
V
L
 
M
L
 
L
L
 
F
D
 
D
E
|
E
A
 
P
T
 
T
S
 
S
M
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
H
 
E
G
 
M
T
 
V
E
 
K
S
 
E
I
 
V
N
 
L
Q
 
N
L
 
V
F
 
M
R
 
K
Q
 
Q
L
 
L
K
 
A
R
 
N
E
 
E
Q
 
-
N
 
G
M
 
M
T
 
T
H
 
M
V
 
V
T
 
V
V
 
V
T
 
T
H
|
H
D
 
E
-
 
M
-
 
G
-
 
F
T
 
A
E
 
R
E
 
E
V
 
V
M
 
-
Y
 
-
A
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
V
L
 
I
V
 
F
I
 
M
D
 
D
Q
 
D
G
 
G
K
 
V
I
 
I
A
 
V
E
 
E
D
 
E
C
 
G
T
 
T
P
 
P
R
 
E
Q
 
E
L
 
I
F
 
F
C
 
Y
R
 
R
Q
 
A
E
 
K

Sites not aligning to the query:

P69874 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA; EC 7.6.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
35% identity, 75% coverage: 20:226/276 of query aligns to 32:236/378 of P69874

query
sites
P69874
V
 
V
L
 
I
D
 
P
D
 
Q
V
 
L
S
 
D
F
 
L
V
 
T
V
 
I
Q
 
N
S
 
N
N
 
G
E
 
E
S
x
F
V
 
L
A
 
T
L
 
L
I
 
L
G
 
G
K
 
P
N
 
S
G
 
G
S
x
C
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
I
 
V
A
x
L
K
 
R
L
 
L
M
 
I
I
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
E
Q
 
T
P
 
V
Q
 
D
A
 
S
G
 
G
E
 
R
I
 
I
F
 
M
I
x
L
D
 
D
G
 
N
Q
 
E
I
 
D
V
 
I
N
 
T
E
 
H
E
 
-
T
 
-
I
 
V
W
 
P
D
 
A
I
 
E
R
 
N
S
 
R
Q
 
Y
V
 
V
G
 
N
L
 
T
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
S
P
 
-
E
 
Y
N
 
A
Q
 
L
F
 
F
V
 
P
G
 
H
T
 
M
T
 
T
V
 
V
Y
 
F
D
 
E
D
 
N
V
 
V
A
 
A
F
 
F
G
 
G
L
 
L
E
 
R
N
 
M
L
 
Q
A
 
K
V
 
T
P
 
P
R
 
A
E
 
A
E
 
E
M
 
I
T
 
T
H
 
P
R
 
R
I
 
V
E
 
M
R
 
E
S
 
A
L
 
L
Q
 
R
Q
 
M
V
|
V
G
 
Q
M
 
L
L
 
E
A
 
T
Y
 
F
R
 
A
D
 
Q
R
 
R
E
 
K
P
 
P
H
 
H
D
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
I
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
A
S
 
R
V
 
A
L
 
V
A
 
V
V
 
N
E
 
K
P
 
P
K
 
R
I
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
|
D
E
 
E
A
 
S
T
 
L
S
 
S
M
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
Y
H
 
K
G
 
L
T
 
R
E
 
K
S
 
Q
I
 
M
N
 
Q
Q
 
N
L
 
E
F
 
L
R
 
K
Q
 
A
L
 
L
K
 
Q
R
 
R
E
 
K
Q
 
L
N
 
G
M
 
I
T
 
T
H
 
F
V
 
V
T
 
F
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
T
 
Q
E
 
E
E
 
E
V
 
A
M
 
L
-
 
T
Y
 
M
A
 
S
D
 
D
R
 
R
V
 
I
L
 
V
V
 
V
I
 
M
D
 
R
Q
 
D
G
 
G
K
 
R
I
 
I
A
 
E
E
 
Q
D
 
D
C
 
G
T
 
T
P
 
P
R
 
R
Q
 
E
L
 
I
F
 
Y

Sites not aligning to the query:

8y5iA Cryo-em structure of e.Coli spermidine transporter potd-potabc in translocation intermidiate state (see paper)
34% identity, 75% coverage: 20:226/276 of query aligns to 17:221/358 of 8y5iA

query
sites
8y5iA
V
 
V
L
 
I
D
 
P
D
 
Q
V
 
L
S
 
D
F
 
L
V
 
T
V
 
I
Q
 
N
S
 
N
N
 
G
E
 
E
S
 
F
V
 
L
A
 
T
L
 
L
I
 
L
G
 
G
K
 
P
N
 
S
G
|
G
S
 
C
G
 
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
I
 
V
A
 
L
K
 
R
L
 
L
M
 
I
I
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
E
Q
 
T
P
 
V
Q
 
D
A
 
S
G
 
G
E
 
R
I
 
I
F
 
M
I
 
L
D
 
D
G
 
N
Q
 
E
I
 
D
V
 
I
N
 
T
E
 
H
E
 
V
T
 
P
I
 
A
W
 
E
D
 
N
I
 
-
R
 
-
S
 
R
Q
 
Y
V
 
V
G
 
N
L
 
T
V
 
V
F
 
F
Q
 
Q
N
 
S
P
 
-
E
 
Y
N
 
A
Q
 
L
F
 
F
V
 
P
G
 
H
T
 
M
T
 
T
V
 
V
Y
 
F
D
 
E
D
 
N
V
 
V
A
 
A
F
 
F
G
 
G
L
 
L
E
 
R
N
 
M
L
 
Q
A
 
K
V
 
T
P
 
P
R
 
A
E
 
A
E
 
E
M
 
I
T
 
T
H
 
P
R
 
R
I
 
V
E
 
M
R
 
E
S
 
A
L
 
L
Q
 
R
Q
 
M
V
 
V
G
 
Q
M
 
L
L
 
E
A
 
T
Y
 
F
R
 
A
D
 
Q
R
|
R
E
 
K
P
 
P
H
 
H
D
x
Q
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
K
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
I
 
V
A
 
A
L
 
I
A
 
A
S
 
R
V
 
A
L
 
V
A
 
V
V
 
N
E
 
K
P
 
P
K
 
R
I
 
L
L
 
L
L
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
A
 
S
T
 
L
S
 
S
M
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
Y
H
 
K
G
 
L
T
 
R
E
 
K
S
 
Q
I
 
M
N
 
Q
Q
 
N
L
 
E
F
 
L
R
 
K
Q
 
A
L
 
L
K
 
Q
R
 
R
E
 
K
Q
 
L
N
 
G
M
 
I
T
 
T
H
 
F
V
 
V
T
 
F
V
 
V
T
 
T
H
 
H
D
 
D
T
 
Q
E
 
E
E
 
E
V
 
A
M
 
L
-
 
T
Y
 
M
A
 
S
D
 
D
R
 
R
V
 
I
L
 
V
V
 
V
I
 
M
D
 
R
Q
 
D
G
 
G
K
 
R
I
 
I
A
 
E
E
 
Q
D
 
D
C
 
G
T
 
T
P
 
P
R
 
R
Q
 
E
L
 
I
F
 
Y

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_003464681.1 NCBI__GCF_000359605.1:WP_003464681.1
MSWIEFRHVSFRYHENEPWVLDDVSFVVQSNESVALIGKNGSGKSTIAKLMIGLLQPQAG
EIFIDGQIVNEETIWDIRSQVGLVFQNPENQFVGTTVYDDVAFGLENLAVPREEMTHRIE
RSLQQVGMLAYRDREPHDLSGGQKQRIALASVLAVEPKILLLDEATSMLDPHGTESINQL
FRQLKREQNMTHVTVTHDTEEVMYADRVLVIDQGKIAEDCTPRQLFCRQELLDEYGLRIP
FIVELTNELYKQGISLDDPMNHKELLDQLWTFHLTE

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory