SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_004045055.1 NCBI__GCF_000337315.1:WP_004045055.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3vpdA Lysx from thermus thermophilus complexed with amp-pnp (see paper)
44% identity, 96% coverage: 3:282/291 of query aligns to 2:281/281 of 3vpdA

query
sites
3vpdA
V
 
L
G
 
A
L
 
I
L
 
L
Y
 
Y
S
 
D
R
 
R
I
 
I
R
 
R
R
 
P
D
 
D
E
 
E
K
 
R
L
 
M
L
 
L
L
 
F
N
 
E
E
 
R
L
 
A
R
 
E
D
 
A
R
 
L
G
 
G
H
 
L
E
 
P
V
 
Y
T
 
K
K
 
K
I
 
V
D
 
Y
V
 
V
R
 
P
K
 
A
E
 
L
Q
 
P
F
 
M
D
 
V
L
 
L
T
 
G
E
 
E
P
 
R
P
 
P
E
 
E
S
 
A
F
 
L
D
 
E
G
 
G
L
 
V
D
 
T
V
 
V
V
 
A
V
 
L
D
 
E
R
 
R
C
 
C
L
 
V
A
 
S
T
 
Q
S
 
S
R
 
R
S
 
G
I
 
L
Y
 
A
I
 
A
T
 
A
R
 
R
F
 
Y
L
 
L
K
 
T
S
 
A
Y
 
L
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
V
N
 
N
S
 
R
H
 
P
E
 
E
T
 
V
A
 
I
D
 
E
I
 
A
C
 
C
A
 
G
D
 
D
K
 
K
A
 
W
K
 
A
N
 
T
S
 
S
L
 
V
A
 
A
L
 
L
A
 
A
D
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
L
P
 
P
T
 
Q
P
 
P
N
 
K
T
 
T
K
 
A
V
 
L
A
 
A
F
 
T
T
 
D
V
 
R
D
 
E
S
 
E
A
 
A
M
 
L
D
 
R
I
 
L
V
 
M
E
 
E
E
 
A
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
C
 
V
V
|
V
L
 
L
K
|
K
P
 
P
V
 
V
V
 
I
G
 
G
S
 
S
W
|
W
G
|
G
R
 
R
L
 
L
M
x
L
A
 
A
K
 
K
I
 
V
D
 
T
S
 
D
E
 
R
S
 
A
A
 
A
A
 
A
E
 
E
A
 
A
I
 
L
L
 
L
E
 
E
H
 
H
K
 
K
S
 
E
T
 
V
L
 
L
G
 
G
N
 
G
Y
 
F
E
 
Q
H
 
H
K
 
Q
V
 
L
F
 
F
Y
 
Y
I
 
I
Q
|
Q
E
 
E
F
 
Y
V
|
V
E
 
E
K
|
K
P
 
P
G
 
G
R
 
R
D
|
D
I
 
I
R
 
R
V
 
V
L
 
F
A
 
V
T
 
V
D
 
G
G
 
E
E
 
R
P
 
A
V
 
I
A
 
A
A
 
A
M
 
I
V
 
Y
R
|
R
S
 
R
S
 
S
D
 
A
H
 
H
W
|
W
L
 
I
T
|
T
N
 
N
A
 
T
A
 
A
K
 
R
G
 
G
A
 
G
S
 
Q
V
 
A
D
 
E
E
 
N
F
 
C
E
 
P
L
 
L
D
 
T
D
 
E
R
 
E
A
 
I
K
 
A
E
 
R
L
 
L
V
 
S
K
 
V
Q
 
G
A
 
A
S
 
A
D
 
E
A
 
A
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
L
 
V
L
 
V
G
 
A
V
 
V
D
 
D
L
 
L
M
x
F
E
 
E
T
 
S
G
 
E
D
 
R
D
 
G
Y
 
L
T
 
L
V
 
V
H
 
N
E
|
E
V
 
V
N
 
N
H
 
H
T
 
T
V
 
M
E
 
E
F
|
F
K
|
K
A
x
N
L
x
S
N
 
V
D
 
H
A
 
T
V
 
T
E
 
G
A
 
V
D
 
D
V
 
I
P
 
P
A
 
G
T
 
E
V
 
I
V
 
L
D
 
R
W
 
Y
L
 
A
E
 
W
A
 
E
K
 
V
A
 
A
D
 
R
G
 
G

5k2mI Bifunctional lysx/argx from thermococcus kodakarensis with lysw-gamma- aaa (see paper)
38% identity, 95% coverage: 1:275/291 of query aligns to 1:266/273 of 5k2mI

query
sites
5k2mI
M
 
M
H
 
R
V
 
I
G
 
G
L
 
I
L
 
T
Y
 
Y
S
 
T
R
 
V
I
 
L
R
 
R
R
 
R
D
 
E
E
 
E
K
 
M
L
 
-
L
 
-
L
 
-
N
 
-
E
 
A
L
 
I
R
 
K
D
 
E
R
 
R
G
 
A
H
 
G
E
 
E
V
 
F
T
 
G
K
 
E
I
 
V
D
 
V
V
 
M
R
 
L
K
 
H
E
 
E
Q
 
D
F
 
-
D
 
D
L
 
L
T
 
L
E
 
F
P
 
P
P
 
G
E
 
-
S
 
N
F
 
Y
D
 
D
G
 
-
L
 
L
D
 
D
V
 
V
V
 
V
V
 
I
D
 
I
R
 
R
C
 
N
L
x
V
A
x
S
T
x
H
S
x
F
R
 
K
S
 
A
I
 
L
Y
 
Y
I
 
T
T
 
A
R
 
R
F
 
L
L
 
F
K
 
E
S
 
S
Y
 
E
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
T
V
 
V
N
 
N
S
 
S
H
 
S
E
 
R
T
 
L
A
 
I
D
 
F
I
 
E
C
 
A
A
 
G
D
 
D
K
|
K
A
 
L
K
 
F
N
 
A
S
 
T
L
 
L
A
 
R
L
 
L
A
 
A
D
 
G
A
 
K
G
 
-
V
 
V
P
 
P
T
 
V
P
 
P
N
 
E
T
 
W
K
 
K
V
 
A
A
 
A
F
 
L
T
 
S
V
 
E
D
 
G
S
 
G
A
 
A
M
 
L
D
 
R
I
 
V
V
 
P
E
 
D
E
 
S
F
 
L
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
C
 
L
V
|
V
L
 
S
K
|
K
P
 
P
V
 
V
V
x
F
G
 
G
S
|
S
W
|
W
G
 
G
R
|
R
L
 
L
M
x
L
A
 
A
K
 
K
I
 
V
D
 
N
S
 
D
E
 
R
S
 
D
A
 
S
A
 
L
E
 
E
A
 
A
I
 
V
L
 
L
E
 
E
H
 
H
K
 
R
S
 
K
T
 
W
L
 
M
G
 
K
N
|
N
Y
 
P
E
 
L
H
x
Y
K
 
G
V
 
I
F
 
H
Y
 
Y
I
 
F
Q
|
Q
E
 
E
F
 
F
V
|
V
E
 
E
K
|
K
P
 
P
G
 
G
R
 
R
D
|
D
I
 
I
R
|
R
V
 
S
L
 
Y
A
 
V
T
 
I
D
 
G
G
 
G
E
 
E
P
 
F
V
 
V
A
 
G
A
 
A
M
 
I
V
 
Y
R
 
R
S
 
Y
S
 
S
D
 
N
H
 
H
W
|
W
L
x
I
T
|
T
N
|
N
A
x
T
A
|
A
K
 
R
G
 
G
A
 
G
S
 
K
V
 
A
D
 
E
E
 
P
F
 
C
E
 
S
L
 
-
D
 
D
D
 
P
R
 
E
A
 
V
K
 
E
E
 
E
L
 
L
V
 
S
K
 
V
Q
 
K
A
 
A
S
 
W
D
 
E
A
 
A
V
 
F
G
 
G
G
 
E
G
 
G
L
 
A
L
 
L
G
 
A
V
 
I
D
 
D
L
 
I
M
x
F
E
 
E
T
 
S
G
 
E
D
 
K
D
 
G
Y
 
L
T
 
L
V
 
V
H
x
N
E
|
E
V
 
V
N
 
N
H
 
P
T
x
N
V
 
M
E
|
E
F
|
F
K
 
K
A
x
N
L
 
A
N
 
A
D
 
R
A
 
V
V
 
T
E
 
G
A
 
A
D
 
D
V
 
M
P
 
A
A
 
G
T
 
K
V
 
L
V
 
V
D
 
E
W
 
Y

5k2mG Bifunctional lysx/argx from thermococcus kodakarensis with lysw-gamma- aaa (see paper)
38% identity, 95% coverage: 1:275/291 of query aligns to 1:266/273 of 5k2mG

query
sites
5k2mG
M
 
M
H
 
R
V
 
I
G
 
G
L
 
I
L
 
T
Y
 
Y
S
 
T
R
 
V
I
 
L
R
 
R
R
 
R
D
 
E
E
 
E
K
 
M
L
 
-
L
 
-
L
 
-
N
 
-
E
 
A
L
 
I
R
 
K
D
 
E
R
 
R
G
 
A
H
 
G
E
 
E
V
 
F
T
 
G
K
 
E
I
 
V
D
 
V
V
 
M
R
 
L
K
 
H
E
 
E
Q
 
D
F
 
-
D
 
D
L
 
L
T
 
L
E
 
F
P
 
P
P
 
G
E
 
-
S
 
N
F
 
Y
D
 
D
G
 
-
L
 
L
D
 
D
V
 
V
V
 
V
V
 
I
D
 
I
R
 
R
C
 
N
L
x
V
A
x
S
T
x
H
S
x
F
R
 
K
S
 
A
I
 
L
Y
 
Y
I
 
T
T
 
A
R
 
R
F
 
L
L
 
F
K
 
E
S
 
S
Y
 
E
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
T
V
 
V
N
 
N
S
 
S
H
 
S
E
 
R
T
 
L
A
 
I
D
 
F
I
 
E
C
 
A
A
 
G
D
 
D
K
|
K
A
 
L
K
 
F
N
 
A
S
 
T
L
 
L
A
 
R
L
 
L
A
 
A
D
 
G
A
 
K
G
 
-
V
 
V
P
 
P
T
 
V
P
 
P
N
 
E
T
 
W
K
 
K
V
 
A
A
 
A
F
 
L
T
 
S
V
 
E
D
 
G
S
 
G
A
 
A
M
 
L
D
 
R
I
 
V
V
 
P
E
 
D
E
 
S
F
 
L
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
C
 
L
V
|
V
L
 
S
K
|
K
P
 
P
V
 
V
V
x
F
G
 
G
S
|
S
W
|
W
G
|
G
R
|
R
L
 
L
M
 
L
A
 
A
K
 
K
I
 
V
D
 
N
S
 
D
E
 
R
S
 
D
A
 
S
A
 
L
E
 
E
A
 
A
I
 
V
L
 
L
E
 
E
H
 
H
K
 
R
S
 
K
T
 
W
L
 
M
G
 
K
N
 
N
Y
 
P
E
 
L
H
x
Y
K
 
G
V
 
I
F
 
H
Y
 
Y
I
 
F
Q
|
Q
E
 
E
F
 
F
V
|
V
E
 
E
K
|
K
P
 
P
G
 
G
R
 
R
D
|
D
I
 
I
R
|
R
V
 
S
L
 
Y
A
 
V
T
 
I
D
 
G
G
 
G
E
 
E
P
 
F
V
 
V
A
 
G
A
 
A
M
 
I
V
 
Y
R
|
R
S
 
Y
S
 
S
D
 
N
H
 
H
W
|
W
L
 
I
T
|
T
N
|
N
A
x
T
A
|
A
K
 
R
G
 
G
A
 
G
S
 
K
V
 
A
D
 
E
E
 
P
F
 
C
E
 
S
L
 
-
D
 
D
D
 
P
R
 
E
A
 
V
K
 
E
E
 
E
L
 
L
V
 
S
K
 
V
Q
 
K
A
 
A
S
 
W
D
 
E
A
 
A
V
 
F
G
 
G
G
 
E
G
 
G
L
 
A
L
 
L
G
 
A
V
 
I
D
|
D
L
 
I
M
x
F
E
 
E
T
 
S
G
 
E
D
 
K
D
 
G
Y
 
L
T
 
L
V
 
V
H
x
N
E
|
E
V
 
V
N
|
N
H
x
P
T
x
N
V
 
M
E
|
E
F
|
F
K
 
K
A
x
N
L
x
A
N
 
A
D
 
R
A
 
V
V
 
T
E
 
G
A
 
A
D
 
D
V
 
M
P
 
A
A
 
G
T
 
K
V
 
L
V
 
V
D
 
E
W
 
Y

1uc9A Crystal structure of a lysine biosynthesis enzyme, lysx, from thermus thermophilus hb8 (see paper)
37% identity, 94% coverage: 3:275/291 of query aligns to 2:250/256 of 1uc9A

query
sites
1uc9A
V
 
L
G
 
A
L
 
I
L
 
L
Y
 
Y
S
 
D
R
 
R
I
 
I
R
 
R
R
 
P
D
 
D
E
 
E
K
 
R
L
 
M
L
 
L
L
 
F
N
 
E
E
 
R
L
 
A
R
 
E
D
 
A
R
 
L
G
 
G
H
 
L
E
 
P
V
 
Y
T
 
K
K
 
K
I
 
V
D
 
Y
V
 
V
R
 
P
K
 
A
E
 
L
Q
 
P
F
 
M
D
 
V
L
 
L
T
 
G
E
 
E
P
 
R
P
 
P
E
 
K
S
 
E
F
 
L
D
 
E
G
 
G
L
 
V
D
 
T
V
 
V
V
 
A
V
 
L
D
 
E
R
 
R
C
 
C
L
 
V
A
 
S
T
 
Q
S
 
S
R
 
R
S
 
G
I
 
L
Y
 
A
I
 
A
T
 
A
R
 
R
F
 
Y
L
 
L
K
 
T
S
 
A
Y
 
L
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
V
N
 
N
S
 
R
H
 
P
E
 
E
T
 
V
A
 
I
D
 
E
I
 
A
C
 
C
A
 
G
D
 
D
K
 
K
A
 
W
K
 
A
N
 
T
S
 
S
L
 
V
A
 
A
L
 
L
A
 
A
D
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
L
P
 
P
T
 
Q
P
 
P
N
 
K
T
 
T
K
 
A
V
 
L
A
 
A
F
 
T
T
 
D
V
 
R
D
 
E
S
 
E
A
 
A
M
 
L
D
 
R
I
 
L
V
 
M
E
 
E
E
 
A
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
C
 
V
V
 
V
L
 
L
K
|
K
P
 
P
V
 
V
V
 
I
G
 
G
S
 
-
W
 
-
G
 
-
R
 
-
L
 
-
M
 
-
A
 
-
K
 
-
I
 
-
D
 
-
S
 
A
E
 
A
S
 
A
A
 
A
A
 
A
E
 
A
A
 
A
I
 
A
L
 
A
E
 
A
H
 
A
K
 
A
S
 
A
T
 
A
L
 
A
G
 
A
N
 
G
Y
 
F
E
 
Q
H
 
H
K
 
Q
V
 
L
F
 
F
Y
 
Y
I
 
I
Q
 
Q
E
 
E
F
x
Y
V
|
V
E
 
E
K
 
K
P
 
P
G
 
G
R
 
R
D
|
D
I
 
I
R
 
R
V
 
V
L
 
F
A
 
V
T
 
V
D
 
G
G
 
E
E
 
R
P
 
A
V
 
I
A
 
A
A
 
A
M
 
I
V
 
Y
R
|
R
S
 
A
S
 
E
D
 
N
H
 
C
W
 
P
L
 
L
T
 
T
N
 
E
A
 
E
A
 
V
K
 
A
G
 
R
A
 
L
S
 
S
V
 
V
D
 
-
E
 
-
F
 
-
E
 
-
L
 
-
D
 
-
D
 
-
R
 
-
A
 
-
K
 
-
E
 
-
L
 
-
V
 
-
K
 
-
Q
 
K
A
 
A
S
 
A
D
 
E
A
 
A
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
L
 
V
L
 
V
G
 
A
V
 
V
D
 
D
L
 
L
M
x
F
E
 
E
T
 
S
G
 
E
D
 
R
D
 
G
Y
 
L
T
 
L
V
 
V
H
x
N
E
 
E
V
 
V
N
 
N
H
 
H
T
 
T
V
 
M
E
 
E
F
 
F
K
 
K
A
 
N
L
 
S
N
 
V
D
 
H
A
 
T
V
 
T
E
 
G
A
 
V
D
 
D
V
 
I
P
 
P
A
 
G
T
 
E
V
 
I
V
 
L
D
 
K
W
 
Y

3vpbB Argx from sulfolobus tokodaii complexed with lysw/glu/adp/mg/zn/sulfate (see paper)
29% identity, 95% coverage: 1:277/291 of query aligns to 1:277/282 of 3vpbB

query
sites
3vpbB
M
 
M
H
 
R
V
 
V
G
 
V
L
 
L
L
 
I
Y
 
V
S
 
D
R
 
I
I
 
V
R
 
R
R
 
Q
D
 
E
E
 
E
K
 
K
L
 
L
L
 
I
L
 
A
N
 
K
E
 
A
L
 
L
R
 
E
D
 
E
R
 
N
G
 
K
H
 
V
E
 
Q
V
 
Y
T
 
D
K
 
I
I
 
I
D
 
N
V
 
V
R
 
A
K
 
Q
E
 
E
Q
 
P
F
 
L
D
 
P
L
 
F
T
 
N
E
 
K
P
 
-
P
 
-
E
 
-
S
 
A
F
 
L
D
 
G
G
 
R
L
 
Y
D
 
D
V
 
V
V
 
A
V
 
I
D
 
I
R
 
R
C
 
P
L
 
V
A
 
S
T
 
M
S
 
Y
R
 
R
S
 
A
I
 
L
Y
 
Y
I
 
S
T
 
S
R
 
A
F
 
V
L
 
L
K
 
E
S
 
A
Y
 
A
G
 
G
I
 
V
P
 
H
V
 
T
V
 
I
N
 
N
S
 
S
H
 
S
E
 
D
T
 
V
A
 
I
D
 
N
I
 
V
C
 
C
A
 
G
D
 
D
K
|
K
A
 
I
K
 
L
N
 
T
S
 
Y
L
 
S
A
 
K
L
 
L
A
 
Y
D
 
R
A
 
E
G
 
G
V
 
I
P
 
P
T
 
I
P
 
P
N
 
D
T
 
S
K
 
I
V
 
I
A
 
A
F
 
L
T
 
S
V
 
A
D
 
E
S
 
A
A
 
A
M
 
L
D
 
K
I
 
A
V
 
Y
E
 
E
E
 
Q
F
 
R
G
 
G
Y
 
F
P
 
P
C
 
L
V
x
I
L
 
D
K
|
K
P
 
P
V
 
P
V
 
I
G
 
G
S
|
S
W
 
W
G
|
G
R
 
R
L
 
L
M
x
V
A
 
S
K
 
L
I
 
I
D
 
R
S
 
D
E
 
V
S
 
F
A
 
E
A
 
G
E
 
K
A
 
T
I
 
I
L
 
I
E
 
E
H
 
H
K
 
R
S
 
E
T
 
L
L
 
M
G
 
G
N
 
N
Y
 
S
E
 
A
H
 
L
K
 
K
V
 
A
F
 
H
Y
 
I
I
 
V
Q
|
Q
E
 
E
F
x
Y
V
x
I
E
 
Q
K
 
Y
P
 
K
G
 
G
R
 
R
D
|
D
I
 
I
R
 
R
V
 
C
L
 
I
A
 
A
T
 
I
D
 
G
G
 
E
E
 
E
P
 
L
V
 
L
A
 
G
A
 
C
M
x
Y
V
 
A
R
|
R
S
 
N
-
 
I
-
 
P
S
 
P
D
 
N
H
 
E
W
 
W
L
x
R
T
x
A
N
|
N
A
x
V
A
|
A
K
 
L
G
 
G
A
 
G
S
 
T
V
 
P
D
 
S
E
 
N
F
 
I
E
 
E
L
 
V
D
 
D
D
 
E
R
 
K
A
 
L
K
 
K
E
 
E
L
 
T
V
 
V
K
 
V
Q
 
K
A
 
A
S
 
V
D
 
S
A
 
I
V
 
V
G
 
H
G
 
G
G
 
E
L
 
F
L
 
V
G
 
S
V
 
I
D
|
D
L
 
I
M
 
L
E
 
E
T
 
H
G
 
P
D
 
N
D
 
K
-
 
G
Y
 
Y
T
 
V
V
 
V
H
x
N
E
|
E
V
 
L
N
|
N
H
 
D
T
 
V
V
 
P
E
|
E
F
 
F
K
 
K
A
x
G
L
 
F
N
 
M
D
 
V
A
 
A
V
 
T
E
 
N
A
 
I
D
 
N
V
 
V
P
 
A
A
 
Q
T
 
K
V
 
L
V
 
V
D
 
E
W
 
Y
L
 
I
E
 
K

Q970U6 Glutamate--LysW ligase ArgX; EC 6.3.2.- from Sulfurisphaera tokodaii (strain DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7) (Sulfolobus tokodaii) (see paper)
29% identity, 95% coverage: 1:277/291 of query aligns to 1:277/282 of Q970U6

query
sites
Q970U6
M
 
M
H
 
R
V
 
V
G
 
V
L
 
L
L
 
I
Y
 
V
S
 
D
R
 
I
I
 
V
R
 
R
R
 
Q
D
 
E
E
 
E
K
 
K
L
 
L
L
 
I
L
 
A
N
 
K
E
 
A
L
 
L
R
 
E
D
 
E
R
 
N
G
 
K
H
 
V
E
 
Q
V
 
Y
T
 
D
K
 
I
I
 
I
D
 
N
V
 
V
R
 
A
K
 
Q
E
 
E
Q
 
P
F
 
L
D
 
P
L
 
F
T
 
N
E
 
K
P
 
-
P
 
-
E
 
-
S
 
A
F
 
L
D
 
G
G
 
R
L
 
Y
D
 
D
V
 
V
V
 
A
V
 
I
D
 
I
R
 
R
C
 
P
L
 
V
A
 
S
T
 
M
S
 
Y
R
 
R
S
 
A
I
 
L
Y
 
Y
I
 
S
T
 
S
R
 
A
F
 
V
L
 
L
K
 
E
S
 
A
Y
 
A
G
 
G
I
 
V
P
 
H
V
 
T
V
 
I
N
 
N
S
 
S
H
 
S
E
 
D
T
 
V
A
 
I
D
 
N
I
 
V
C
 
C
A
 
G
D
 
D
K
 
K
A
 
I
K
 
L
N
 
T
S
 
Y
L
 
S
A
 
K
L
 
L
A
 
Y
D
 
R
A
 
E
G
 
G
V
 
I
P
 
P
T
 
I
P
 
P
N
 
D
T
 
S
K
 
I
V
 
I
A
 
A
F
 
L
T
 
S
V
 
A
D
 
E
S
 
A
A
 
A
M
 
L
D
 
K
I
 
A
V
 
Y
E
 
E
E
 
Q
F
 
R
G
 
G
Y
 
F
P
 
P
C
 
L
V
 
I
L
 
D
K
 
K
P
 
P
V
 
P
V
 
I
G
 
G
S
 
S
W
 
W
G
 
G
R
 
R
L
 
L
M
 
V
A
 
S
K
 
L
I
 
I
D
 
R
S
 
D
E
 
V
S
 
F
A
 
E
A
 
G
E
 
K
A
 
T
I
 
I
L
 
I
E
 
E
H
 
H
K
 
R
S
 
E
T
 
L
L
 
M
G
 
G
N
 
N
Y
 
S
E
 
A
H
 
L
K
 
K
V
 
A
F
 
H
Y
 
I
I
 
V
Q
 
Q
E
 
E
F
 
Y
V
 
I
E
 
Q
K
 
Y
P
 
K
G
 
G
R
 
R
D
 
D
I
 
I
R
 
R
V
 
C
L
 
I
A
 
A
T
 
I
D
 
G
G
 
E
E
 
E
P
 
L
V
 
L
A
 
G
A
 
C
M
 
Y
V
 
A
R
 
R
S
 
N
-
 
I
-
 
P
S
 
P
D
 
N
H
 
E
W
 
W
L
 
R
T
 
A
N
 
N
A
 
V
A
 
A
K
 
L
G
 
G
A
 
G
S
 
T
V
 
P
D
 
S
E
 
N
F
 
I
E
 
E
L
 
V
D
 
D
D
 
E
R
 
K
A
 
L
K
 
K
E
 
E
L
 
T
V
 
V
K
 
V
Q
 
K
A
 
A
S
 
V
D
 
S
A
 
I
V
 
V
G
 
H
G
 
G
G
 
E
L
 
F
L
 
V
G
 
S
V
 
I
D
|
D
L
 
I
M
 
L
E
 
E
T
 
H
G
 
P
D
 
N
D
 
K
-
 
G
Y
 
Y
T
 
V
V
 
V
H
 
N
E
|
E
V
 
L
N
|
N
H
 
D
T
 
V
V
 
P
E
 
E
F
 
F
K
 
K
A
 
G
L
 
F
N
 
M
D
 
V
A
 
A
V
 
T
E
 
N
A
 
I
D
 
N
V
 
V
P
 
A
A
 
Q
T
 
K
V
 
L
V
 
V
D
 
E
W
 
Y
L
 
I
E
 
K

Q4JAP9 Alpha-aminoadipate--LysW ligase LysX; AAA--LysW ligase LysX; EC 6.3.2.43 from Sulfolobus acidocaldarius (strain ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770) (see paper)
31% identity, 86% coverage: 10:258/291 of query aligns to 1:252/276 of Q4JAP9

query
sites
Q4JAP9
I
 
M
R
 
R
R
 
W
D
 
E
E
 
E
K
 
K
L
 
D
L
 
I
L
 
I
N
 
T
E
 
E
L
 
A
R
 
K
D
 
K
R
 
S
G
 
G
H
 
F
E
 
K
V
 
A
T
 
I
K
 
P
I
 
I
D
 
-
V
 
F
R
 
T
K
 
K
E
 
D
Q
 
F
F
 
Y
D
 
S
L
 
A
T
 
I
E
 
G
P
 
V
P
 
G
E
 
E
S
 
N
F
 
Y
D
 
S
G
 
E
L
 
L
-
 
E
-
 
A
D
 
D
V
 
V
V
 
I
V
 
I
D
 
Q
R
 
R
C
 
N
L
 
T
A
 
S
T
 
H
S
 
A
R
 
R
S
 
A
I
 
L
Y
 
T
I
 
T
T
 
S
R
 
L
F
 
I
L
 
F
K
 
E
S
 
G
Y
 
W
G
 
N
I
 
Y
P
 
N
V
 
V
V
 
V
N
 
N
S
 
D
H
 
A
E
 
T
T
 
S
A
 
L
D
 
F
I
 
K
C
 
C
A
 
G
D
 
N
K
 
K
A
 
L
K
 
Y
N
 
T
S
 
L
L
 
S
A
 
L
L
 
L
A
 
A
D
 
K
A
 
H
G
 
N
V
 
I
P
 
K
T
 
T
P
 
P
N
 
R
T
 
T
K
 
I
V
 
V
A
 
T
F
 
F
T
 
S
V
 
K
D
 
D
S
 
K
A
 
A
M
 
V
D
 
D
I
 
L
V
 
A
E
 
K
E
 
K
F
 
I
G
 
G
Y
 
F
P
 
P
C
 
A
V
 
V
L
 
I
K
 
K
P
 
P
V
 
I
V
 
E
G
 
G
S
 
S
W
 
W
G
 
G
R
 
R
L
 
M
M
 
V
A
 
A
K
 
K
I
 
A
D
 
V
S
 
D
E
 
E
S
 
D
A
 
I
A
 
L
E
 
Y
A
 
S
I
 
F
L
 
L
E
 
E
H
 
Y
K
 
Q
S
 
E
T
 
Y
L
 
T
G
 
T
N
 
S
Y
 
Q
E
 
F
H
 
R
K
 
Q
V
 
I
F
 
Y
Y
 
L
I
 
V
Q
 
Q
E
 
E
F
 
F
V
 
V
E
 
K
K
 
K
P
 
P
G
 
N
R
 
R
D
 
D
I
 
I
R
 
R
V
 
I
L
 
F
A
 
V
T
 
M
-
 
G
D
 
D
G
 
E
E
 
A
P
 
P
V
 
V
A
 
G
A
 
I
M
 
Y
V
 
R
R
 
V
S
 
N
S
 
E
D
 
R
H
 
N
W
 
W
L
 
K
T
 
T
N
 
N
A
 
T
A
 
A
K
 
L
G
 
G
A
 
A
S
 
R
V
 
A
D
 
L
E
 
P
F
 
L
E
 
K
L
 
I
D
 
D
D
 
D
R
 
E
A
 
L
K
 
R
E
 
D
L
 
L
V
 
A
K
 
L
Q
 
K
A
 
V
S
 
R
D
 
D
A
 
I
V
 
M
G
 
G
G
 
G
G
 
F
L
 
F
L
 
L
G
 
G
V
 
I
D
 
D
L
 
I
M
 
F
E
 
E
T
 
D
G
 
P
D
 
E
-
 
R
D
 
G
Y
 
Y
T
 
L
V
 
V
H
 
N
E
 
E
V
 
V
N
 
N
H
 
G
T
 
V
V
 
P
E
 
E
F
 
Y
K
 
K

Sites not aligning to the query:

7qyrD Crystal structure of rimk from pseudomonas aeruginosa pao1 (see paper)
25% identity, 93% coverage: 6:277/291 of query aligns to 12:287/293 of 7qyrD

query
sites
7qyrD
L
|
L
Y
 
Y
S
|
S
R
 
T
I
 
R
R
 
R
R
 
-
D
 
-
E
 
-
K
 
-
L
 
-
L
 
L
L
 
V
N
 
E
E
 
A
L
 
G
R
 
R
D
 
E
R
 
R
G
 
G
H
 
H
E
 
E
V
 
M
T
 
V
K
 
V
I
 
I
D
 
D
V
 
T
R
 
L
K
 
R
E
 
A
Q
 
Y
F
 
M
D
 
N
L
 
I
-
 
A
T
 
S
E
 
H
P
 
K
P
 
P
E
 
Q
-
 
I
-
 
H
-
 
Y
-
 
R
-
 
G
-
 
Q
S
 
P
F
 
L
D
 
E
G
 
G
L
 
F
D
 
D
V
 
A
V
 
V
V
 
I
D
 
P
R
|
R
C
 
-
L
 
I
A
 
G
T
 
A
S
 
S
R
 
V
S
 
T
I
 
F
Y
 
Y
I
 
G
T
 
C
R
 
A
F
 
V
L
 
L
K
 
R
S
 
Q
Y
 
F
-
 
E
-
 
M
-
 
M
G
 
G
I
 
V
P
 
F
V
 
P
V
 
L
N
 
N
S
 
E
H
 
S
E
 
V
T
 
A
A
 
I
D
 
A
I
 
R
C
 
S
A
 
R
D
 
D
K
 
K
A
 
L
K
 
R
N
 
S
S
 
L
L
 
Q
A
 
L
L
 
L
A
 
S
D
 
R
A
 
K
G
 
G
V
 
I
P
 
G
T
 
L
P
 
P
N
 
V
T
 
T
K
 
G
V
 
F
A
 
A
F
 
H
T
 
S
V
 
P
D
 
D
S
 
D
A
 
V
M
 
P
D
 
D
I
 
L
V
 
I
E
 
E
E
 
M
F
 
V
G
 
G
-
 
G
Y
 
A
P
 
P
C
 
L
V
|
V
L
 
I
K
 
K
P
 
L
V
 
L
V
 
E
G
 
G
S
 
T
W
 
Q
G
 
G
R
 
I
L
 
G
M
 
V
A
 
V
K
 
L
I
 
C
D
 
E
S
 
T
E
 
E
S
 
K
A
 
A
A
 
A
E
 
E
A
 
S
I
 
V
L
 
L
E
 
E
H
 
A
K
 
F
S
 
M
T
 
G
L
 
L
G
 
-
N
 
-
Y
 
-
E
 
K
H
 
H
K
 
N
V
 
I
F
 
M
Y
 
-
I
 
V
Q
 
Q
E
 
E
F
x
Y
V
x
I
-
 
K
E
 
E
K
 
A
P
 
G
G
 
G
R
 
A
D
|
D
I
 
I
R
|
R
V
 
C
L
 
F
A
 
V
T
 
V
D
 
G
G
 
D
E
 
K
P
 
V
V
 
I
A
 
A
A
 
S
M
 
M
V
 
K
R
 
R
S
 
Q
S
 
A
-
 
A
-
 
P
D
 
G
H
 
E
W
 
F
L
x
R
T
x
S
N
 
N
A
 
L
A
 
H
K
 
R
G
 
G
A
 
G
S
 
S
V
 
A
D
 
S
E
 
L
F
 
I
E
 
K
L
 
I
D
 
T
D
 
P
R
 
E
A
 
E
K
 
R
E
 
M
L
 
T
V
 
A
K
 
I
Q
 
R
A
 
A
S
 
A
D
 
R
A
 
V
V
 
M
G
 
G
G
 
L
G
 
N
L
 
V
L
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
I
M
x
L
E
 
R
T
 
S
G
 
N
D
 
H
D
 
G
Y
 
P
T
 
L
V
 
V
H
x
M
E
 
E
V
 
V
N
|
N
H
 
S
T
x
S
V
 
P
E
x
G
F
 
L
K
 
E
A
 
G
L
 
I
N
 
E
D
 
S
A
 
T
V
 
T
E
 
G
A
 
K
D
 
D
V
 
I
P
 
A
A
 
G
T
 
I
V
 
I
V
 
I
D
 
Q
W
 
Y
L
 
L
E
 
E

Sites not aligning to the query:

4iwxA Rimk structure at 2.85a (see paper)
24% identity, 95% coverage: 4:280/291 of query aligns to 12:292/294 of 4iwxA

query
sites
4iwxA
G
 
G
L
 
T
L
 
L
Y
 
Y
S
 
S
R
 
C
I
 
K
R
 
R
R
 
L
D
 
R
E
 
E
K
 
A
L
 
A
L
 
I
L
 
-
N
 
-
E
 
-
L
 
-
R
 
-
D
 
Q
R
 
R
G
 
G
H
 
H
E
 
L
V
 
V
T
 
E
K
 
I
I
 
L
D
 
D
V
 
P
R
 
L
K
 
S
E
 
C
Q
 
Y
F
 
M
D
 
N
L
 
I
T
 
N
E
 
P
P
 
A
P
 
A
E
 
S
S
 
S
-
 
I
-
 
H
F
 
Y
D
 
K
G
 
G
-
 
R
-
 
K
-
 
L
-
 
P
-
 
H
L
 
F
D
 
D
V
 
A
V
 
V
V
 
I
D
 
P
R
 
R
C
 
-
L
 
I
A
 
G
T
 
T
S
 
A
R
 
I
S
 
T
I
 
F
Y
 
Y
I
 
G
T
 
T
R
 
A
F
 
A
L
 
L
K
 
R
S
 
Q
Y
 
F
-
 
E
-
 
M
-
 
L
G
 
G
I
 
S
P
 
Y
V
 
P
V
 
L
N
 
N
S
 
E
H
 
S
E
 
V
T
 
A
A
 
I
D
 
A
I
x
R
C
 
A
A
 
R
D
 
D
K
 
K
A
 
L
K
x
R
N
 
S
S
 
M
L
x
Q
A
x
L
L
 
L
A
 
A
D
x
R
A
 
Q
G
 
G
V
 
I
P
 
D
T
 
L
P
 
P
N
 
V
T
 
T
K
 
G
V
 
I
A
 
A
F
 
H
T
 
S
V
 
P
D
 
D
S
 
D
A
 
T
M
 
S
D
 
D
I
 
L
V
 
I
E
 
D
E
 
M
F
 
V
G
 
G
-
 
G
Y
 
A
P
 
P
C
 
L
V
|
V
L
 
V
K
|
K
P
 
L
V
 
V
V
 
E
G
 
G
S
 
T
W
 
Q
G
 
G
R
 
I
L
 
G
M
 
V
A
 
V
K
 
L
I
 
A
D
 
E
S
 
T
E
 
R
S
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
E
A
 
S
I
 
V
L
 
I
E
 
D
H
 
A
K
 
F
S
 
R
T
 
G
L
 
L
G
 
N
N
 
A
Y
 
H
E
 
-
H
 
-
K
 
-
V
 
-
F
 
I
Y
 
L
I
 
V
Q
 
Q
E
|
E
F
x
Y
V
x
I
-
x
K
E
 
E
K
 
A
P
 
Q
G
 
G
R
 
C
D
|
D
I
 
I
R
 
R
V
 
C
L
 
L
A
 
V
T
 
V
D
 
G
G
 
D
E
 
E
P
 
V
V
 
V
A
 
A
A
 
A
M
 
I
V
 
E
R
 
R
S
 
R
S
 
A
D
 
K
H
 
E
-
 
G
-
 
D
W
 
F
L
x
R
T
x
S
N
|
N
A
 
L
A
 
H
K
 
R
G
 
G
A
 
G
S
 
A
V
 
A
D
 
S
E
 
V
F
 
A
E
 
S
L
 
I
D
 
T
D
 
P
R
 
Q
A
 
E
K
 
R
E
 
E
L
 
I
V
 
A
K
 
I
Q
 
K
A
 
A
S
 
A
D
 
R
A
 
T
V
 
M
G
 
A
G
 
L
G
 
D
L
 
V
L
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
I
M
 
L
E
 
R
T
 
A
G
 
N
D
 
R
D
 
G
Y
 
P
T
 
L
V
 
V
H
x
M
E
|
E
V
 
V
N
 
N
H
 
A
T
 
S
V
 
P
E
 
G
F
 
L
K
 
E
A
 
G
L
 
I
N
 
E
D
 
K
A
 
T
V
 
T
E
 
G
A
 
I
D
 
D
V
 
I
P
 
A
A
 
G
T
 
K
V
 
M
V
 
I
D
 
R
W
 
W
L
 
I
E
 
E
A
 
R
K
 
H
A
 
A

5zctH The crystal structure of the poly-alpha-l-glutamate peptides synthetase rimk at 2.05 angstrom resolution. (see paper)
24% identity, 95% coverage: 4:280/291 of query aligns to 10:290/292 of 5zctH

query
sites
5zctH
G
 
G
L
 
T
L
 
L
Y
 
Y
S
 
S
R
 
C
I
 
K
R
 
R
R
 
L
D
 
R
E
 
E
K
 
A
L
 
A
L
 
I
L
 
-
N
 
-
E
 
-
L
 
-
R
 
-
D
 
Q
R
 
R
G
 
G
H
 
H
E
 
L
V
 
V
T
 
E
K
 
I
I
 
L
D
 
D
V
 
P
R
 
L
K
 
S
E
 
C
Q
 
Y
F
 
M
D
 
N
L
 
I
T
 
N
E
 
P
P
 
A
P
 
A
E
 
S
S
 
S
-
 
I
-
 
H
F
 
Y
D
 
K
G
 
G
-
 
R
-
 
K
-
 
L
-
 
P
-
 
H
L
 
F
D
 
D
V
 
A
V
 
V
V
 
I
D
 
P
R
 
R
C
 
-
L
 
I
A
 
G
T
 
T
S
 
A
R
 
I
S
 
T
I
 
F
Y
 
Y
I
 
G
T
 
T
R
 
A
F
 
A
L
 
L
K
 
R
S
 
Q
Y
 
F
-
 
E
-
 
M
-
 
L
G
 
G
I
 
S
P
 
Y
V
 
P
V
 
L
N
 
N
S
 
E
H
 
S
E
 
V
T
 
A
A
 
I
D
 
A
I
 
R
C
 
A
A
 
R
D
 
D
K
 
K
A
 
L
K
 
R
N
 
S
S
 
M
L
 
Q
A
 
L
L
 
L
A
 
A
D
 
R
A
 
Q
G
 
G
V
 
I
P
 
D
T
 
L
P
 
P
N
 
V
T
 
T
K
 
G
V
 
I
A
 
A
F
 
H
T
 
S
V
 
P
D
 
D
S
 
D
A
 
T
M
 
S
D
 
D
I
 
L
V
 
I
E
 
D
E
 
M
F
 
V
G
 
G
-
 
G
Y
 
A
P
 
P
C
 
L
V
|
V
L
 
V
K
|
K
P
 
L
V
 
V
V
 
E
G
 
G
S
 
T
W
 
Q
G
 
G
R
 
I
L
 
G
M
 
V
A
 
V
K
 
L
I
 
A
D
 
E
S
 
T
E
 
R
S
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
E
A
 
S
I
 
V
L
 
I
E
 
D
H
 
A
K
 
F
S
 
R
T
 
G
L
 
L
G
 
N
N
 
A
Y
 
H
E
 
-
H
 
-
K
 
-
V
 
-
F
 
I
Y
 
L
I
 
V
Q
|
Q
E
 
E
F
x
Y
V
x
I
-
 
K
E
 
E
K
 
A
P
 
Q
G
 
G
R
 
C
D
|
D
I
 
I
R
 
R
V
 
C
L
 
L
A
 
V
T
 
V
D
 
G
G
 
D
E
 
E
P
 
V
V
 
V
A
 
A
A
 
A
M
 
I
V
 
E
R
 
R
S
 
R
S
 
A
D
 
K
H
 
E
-
 
G
-
 
D
W
x
F
L
x
R
T
x
S
N
|
N
A
 
L
A
 
H
K
x
R
G
 
G
A
 
G
S
 
A
V
 
A
D
 
S
E
 
V
F
 
A
E
 
S
L
 
I
D
 
T
D
 
P
R
 
Q
A
 
E
K
 
R
E
 
E
L
 
I
V
 
A
K
 
I
Q
 
K
A
 
A
S
 
A
D
 
R
A
 
T
V
 
M
G
 
A
G
 
L
G
 
D
L
 
V
L
 
A
G
 
G
V
 
V
D
|
D
L
 
I
M
x
L
E
 
R
T
 
A
G
 
N
D
 
R
D
 
G
Y
 
P
T
 
L
V
 
V
H
x
M
E
|
E
V
 
V
N
 
N
H
 
A
T
 
S
V
 
P
E
 
G
F
 
L
K
 
E
A
 
G
L
 
I
N
 
E
D
 
K
A
 
T
V
 
T
E
 
G
A
 
I
D
 
D
V
 
I
P
 
A
A
 
G
T
 
K
V
 
M
V
 
I
D
 
R
W
 
W
L
 
I
E
 
E
A
 
R
K
 
H
A
 
A

5zctA The crystal structure of the poly-alpha-l-glutamate peptides synthetase rimk at 2.05 angstrom resolution. (see paper)
24% identity, 95% coverage: 4:280/291 of query aligns to 10:290/292 of 5zctA

query
sites
5zctA
G
 
G
L
 
T
L
 
L
Y
 
Y
S
 
S
R
 
C
I
 
K
R
 
R
R
 
L
D
 
R
E
 
E
K
 
A
L
 
A
L
 
I
L
 
-
N
 
-
E
 
-
L
 
-
R
 
-
D
 
Q
R
 
R
G
 
G
H
 
H
E
 
L
V
 
V
T
 
E
K
 
I
I
 
L
D
 
D
V
 
P
R
 
L
K
 
S
E
 
C
Q
 
Y
F
 
M
D
 
N
L
 
I
T
 
N
E
 
P
P
 
A
P
 
A
E
 
S
S
 
S
-
 
I
-
 
H
F
 
Y
D
 
K
G
 
G
-
 
R
-
 
K
-
 
L
-
 
P
-
 
H
L
 
F
D
 
D
V
 
A
V
 
V
V
 
I
D
 
P
R
 
R
C
 
-
L
 
I
A
 
G
T
 
T
S
 
A
R
 
I
S
 
T
I
 
F
Y
 
Y
I
 
G
T
 
T
R
 
A
F
 
A
L
 
L
K
 
R
S
 
Q
Y
 
F
-
 
E
-
 
M
-
 
L
G
 
G
I
 
S
P
 
Y
V
 
P
V
 
L
N
 
N
S
 
E
H
 
S
E
 
V
T
 
A
A
 
I
D
 
A
I
 
R
C
 
A
A
 
R
D
 
D
K
|
K
A
 
L
K
 
R
N
 
S
S
 
M
L
 
Q
A
 
L
L
 
L
A
 
A
D
 
R
A
 
Q
G
 
G
V
 
I
P
 
D
T
 
L
P
 
P
N
 
V
T
 
T
K
 
G
V
 
I
A
 
A
F
 
H
T
 
S
V
 
P
D
 
D
S
 
D
A
 
T
M
 
S
D
 
D
I
 
L
V
 
I
E
 
D
E
 
M
F
 
V
G
 
G
-
 
G
Y
 
A
P
 
P
C
 
L
V
 
V
L
 
V
K
|
K
P
 
L
V
 
V
V
 
E
G
 
G
S
x
T
W
x
Q
G
|
G
R
 
I
L
 
G
M
 
V
A
 
V
K
 
L
I
 
A
D
 
E
S
 
T
E
 
R
S
 
Q
A
 
A
A
 
A
E
 
E
A
 
S
I
 
V
L
 
I
E
 
D
H
 
A
K
 
F
S
 
R
T
 
G
L
 
L
G
 
N
N
 
A
Y
 
H
E
 
-
H
 
-
K
 
-
V
 
-
F
 
I
Y
 
L
I
 
V
Q
|
Q
E
 
E
F
x
Y
V
x
I
-
 
K
E
 
E
K
 
A
P
 
Q
G
 
G
R
 
C
D
 
D
I
 
I
R
 
R
V
 
C
L
 
L
A
 
V
T
 
V
D
 
G
G
 
D
E
 
E
P
 
V
V
 
V
A
 
A
A
 
A
M
 
I
V
 
E
R
 
R
S
 
R
S
 
A
D
 
K
H
 
E
-
 
G
-
 
D
W
 
F
L
x
R
T
x
S
N
|
N
A
 
L
A
 
H
K
 
R
G
 
G
A
 
G
S
 
A
V
 
A
D
 
S
E
 
V
F
 
A
E
 
S
L
 
I
D
 
T
D
 
P
R
 
Q
A
 
E
K
 
R
E
 
E
L
 
I
V
 
A
K
 
I
Q
 
K
A
 
A
S
 
A
D
 
R
A
 
T
V
 
M
G
 
A
G
 
L
G
 
D
L
 
V
L
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
L
 
I
M
x
L
E
 
R
T
 
A
G
 
N
D
 
R
D
 
G
Y
 
P
T
 
L
V
 
V
H
x
M
E
 
E
V
 
V
N
 
N
H
 
A
T
 
S
V
 
P
E
 
G
F
 
L
K
 
E
A
 
G
L
 
I
N
 
E
D
 
K
A
 
T
V
 
T
E
 
G
A
 
I
D
 
D
V
 
I
P
 
A
A
 
G
T
 
K
V
 
M
V
 
I
D
 
R
W
 
W
L
 
I
E
 
E
A
 
R
K
 
H
A
 
A

7lgmA Cyanophycin synthetase from a. Baylyi dsm587 with atp (see paper)
31% identity, 41% coverage: 80:199/291 of query aligns to 208:322/719 of 7lgmA

query
sites
7lgmA
S
 
S
H
 
H
E
 
I
T
 
A
A
 
V
D
 
E
I
 
I
C
 
A
A
 
G
D
 
D
K
 
K
A
 
N
K
 
V
N
 
C
S
 
N
L
 
Q
A
 
L
L
 
L
A
 
Q
D
 
D
A
 
L
G
 
G
V
 
L
P
 
P
T
 
V
P
 
P
N
 
K
T
 
Q
K
 
R
V
 
V
A
 
V
F
 
Y
T
 
D
V
 
I
D
 
D
S
 
D
A
 
A
M
 
V
D
 
R
I
 
A
V
 
A
E
 
R
E
 
R
F
 
V
G
 
G
Y
 
F
P
 
P
C
 
V
V
|
V
L
 
L
K
 
K
P
 
P
V
 
L
V
 
D
G
 
G
S
 
N
W
 
H
G
 
G
R
|
R
-
 
G
L
 
V
M
 
S
A
 
V
K
 
N
I
 
L
D
 
T
S
 
T
E
 
D
S
 
E
A
 
A
A
 
V
E
 
E
A
 
A
I
 
A
L
 
F
E
 
D
H
 
-
K
 
-
S
 
-
T
 
-
L
 
I
G
 
A
N
 
M
Y
 
S
E
 
E
H
 
G
K
 
S
V
 
A
F
 
V
Y
 
I
I
 
V
Q
 
E
E
 
S
F
x
M
V
x
L
E
 
Y
K
 
-
P
 
-
G
 
G
R
 
D
D
|
D
I
 
H
R
 
R
V
 
L
L
 
L
A
 
V
T
 
V
D
 
N
G
 
G
E
 
E
P
 
L
V
 
V
A
 
A
A
 
A
M
 
A
V
 
R
R
 
R
S
 
V
S
 
P
D
 
G
H
 
H

Sites not aligning to the query:

7waeB Trichodesmium erythraeum cyanophycin synthetase 1 (tecpha1) with atpgammas, 4x(beta-asp-arg), and aspartate (see paper)
30% identity, 47% coverage: 68:204/291 of query aligns to 187:332/877 of 7waeB

query
sites
7waeB
R
 
R
F
 
F
L
 
M
K
 
I
S
 
Q
Y
 
F
G
 
G
-
 
Y
-
 
G
-
 
V
-
 
N
-
 
Q
-
 
K
-
 
K
I
 
I
P
 
Q
V
 
A
V
 
T
N
 
L
S
 
S
H
 
N
E
 
Q
T
 
T
A
 
G
-
 
I
-
 
L
-
 
G
-
 
V
D
 
E
I
 
L
C
 
A
A
 
C
D
 
D
K
 
K
A
 
E
K
 
G
N
 
T
S
 
K
L
 
R
A
 
I
L
 
L
A
 
K
D
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
T
 
V
P
 
P
N
 
R
T
 
G
K
 
T
V
 
V
A
 
A
F
 
R
T
 
Y
V
 
F
D
 
D
S
 
E
A
 
L
M
 
Q
D
 
D
I
 
A
V
 
I
E
 
E
E
 
Y
F
 
V
-
 
G
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
C
 
I
V
 
V
L
 
I
K
|
K
P
 
P
V
 
L
V
 
D
G
 
G
S
 
N
W
 
H
G
 
G
R
 
R
L
 
G
M
x
I
A
 
T
K
 
-
I
 
I
D
 
D
S
 
V
E
 
K
S
 
N
A
 
W
A
 
Q
E
 
E
A
 
A
I
 
E
L
 
E
E
 
A
H
 
Y
K
 
D
S
 
L
T
 
A
L
 
R
G
 
K
N
 
A
Y
 
S
E
 
K
H
 
T
K
 
K
V
 
T
F
 
V
Y
 
I
I
 
V
Q
x
E
E
 
R
F
 
Y
V
x
Y
E
 
T
K
 
-
P
 
-
G
 
G
R
 
K
D
|
D
I
 
H
R
|
R
V
 
V
L
 
L
A
 
V
T
 
V
D
 
N
G
 
G
E
 
K
P
 
V
V
 
V
A
 
A
A
 
V
M
 
A
V
 
E
R
 
R
S
 
V
S
 
P
D
 
A
H
 
H
W
 
V
L
 
V
T
 
G
N
 
N
A
 
G

Sites not aligning to the query:

7waeD Trichodesmium erythraeum cyanophycin synthetase 1 (tecpha1) with atpgammas, 4x(beta-asp-arg), and aspartate (see paper)
30% identity, 47% coverage: 68:204/291 of query aligns to 187:332/724 of 7waeD

query
sites
7waeD
R
 
R
F
 
F
L
 
M
K
 
I
S
 
Q
Y
 
F
G
 
G
-
 
Y
-
 
G
-
 
V
-
 
N
-
 
Q
-
 
K
-
 
K
I
 
I
P
 
Q
V
 
A
V
 
T
N
 
L
S
 
S
H
 
N
E
 
Q
T
 
T
A
 
G
-
 
I
-
 
L
-
 
G
-
 
V
D
 
E
I
 
L
C
 
A
A
 
C
D
 
D
K
|
K
A
 
E
K
 
G
N
 
T
S
 
K
L
 
R
A
 
I
L
 
L
A
 
K
D
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
V
P
 
P
T
 
V
P
 
P
N
 
R
T
 
G
K
 
T
V
 
V
A
 
A
F
 
R
T
 
Y
V
 
F
D
 
D
S
 
E
A
 
L
M
 
Q
D
 
D
I
 
A
V
 
I
E
 
E
E
 
Y
F
 
V
-
 
G
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
C
 
I
V
|
V
L
 
I
K
|
K
P
 
P
V
 
L
V
 
D
G
|
G
S
x
N
W
x
H
G
|
G
R
 
R
L
 
G
M
x
I
A
 
T
K
 
-
I
|
I
D
 
D
S
 
V
E
 
K
S
 
N
A
 
W
A
 
Q
E
 
E
A
 
A
I
 
E
L
 
E
E
 
A
H
 
Y
K
 
D
S
 
L
T
 
A
L
 
R
G
 
K
N
 
A
Y
 
S
E
 
K
H
 
T
K
 
K
V
 
T
F
 
V
Y
 
I
I
 
V
Q
x
E
E
 
R
F
 
Y
V
x
Y
E
 
T
K
 
-
P
 
-
G
 
G
R
 
K
D
|
D
I
 
H
R
|
R
V
 
V
L
 
L
A
 
V
T
 
V
D
 
N
G
 
G
E
 
K
P
 
V
V
 
V
A
 
A
A
 
V
M
 
A
V
 
E
R
 
R
S
 
V
S
 
P
D
 
A
H
 
H
W
 
V
L
 
V
T
 
G
N
 
N
A
 
G

Sites not aligning to the query:

8fxiD Cryo-em structure of stanieria sp. Cpha2 in complex with adpcp and 4x(beta-asp-arg) (see paper)
32% identity, 41% coverage: 78:195/291 of query aligns to 199:316/630 of 8fxiD

query
sites
8fxiD
V
 
V
N
 
D
S
 
S
H
|
H
E
x
I
T
 
D
A
x
S
D
|
D
I
 
F
C
 
T
A
 
T
D
 
Q
K
 
K
A
 
D
K
 
D
N
 
C
S
 
K
L
 
K
A
 
F
L
 
L
A
 
Q
D
 
E
A
 
L
G
 
G
V
 
F
P
 
P
T
 
V
P
 
P
N
 
Q
T
 
G
K
 
D
V
 
V
A
 
V
F
 
F
T
 
S
V
 
L
D
 
A
S
 
E
A
 
A
M
 
K
D
 
E
I
 
V
V
 
A
E
 
A
E
 
E
F
 
I
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
C
 
V
V
 
A
L
 
V
K
 
K
P
 
P
V
 
V
V
 
A
G
 
G
S
 
H
W
 
K
G
 
G
-
 
I
R
 
G
L
 
V
M
 
T
A
 
A
K
 
D
I
 
V
D
 
Q
S
 
D
E
 
E
S
 
I
A
 
E
A
 
L
E
 
E
A
 
A
I
 
A
L
 
Y
E
 
D
H
 
R
K
 
A
S
 
V
T
 
A
L
 
G
G
 
I
N
 
P
Y
 
L
E
 
E
H
 
E
K
 
K
V
 
I
F
 
C
Y
 
I
I
 
I
Q
 
V
E
 
E
F
 
-
V
 
N
E
 
S
K
x
I
P
 
A
G
 
G
R
 
H
D
 
D
I
 
Y
R
 
R
V
 
L
L
 
L
A
 
C
T
 
V
D
 
N
G
 
G
E
 
R
P
 
F
V
 
V
A
 
A
A
 
A
M
 
T
V
 
E
R
 
R

Sites not aligning to the query:

8fxiC Cryo-em structure of stanieria sp. Cpha2 in complex with adpcp and 4x(beta-asp-arg) (see paper)
32% identity, 41% coverage: 78:195/291 of query aligns to 199:316/630 of 8fxiC

query
sites
8fxiC
V
 
V
N
 
D
S
 
S
H
|
H
E
x
I
T
 
D
A
x
S
D
|
D
I
 
F
C
 
T
A
 
T
D
 
Q
K
 
K
A
 
D
K
 
D
N
 
C
S
 
K
L
 
K
A
 
F
L
 
L
A
 
Q
D
 
E
A
 
L
G
 
G
V
 
F
P
 
P
T
 
V
P
 
P
N
 
Q
T
 
G
K
 
D
V
 
V
A
 
V
F
 
F
T
 
S
V
 
L
D
 
A
S
 
E
A
 
A
M
 
K
D
 
E
I
 
V
V
 
A
E
 
A
E
 
E
F
 
I
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
C
 
V
V
 
A
L
 
V
K
 
K
P
 
P
V
 
V
V
 
A
G
 
G
S
 
H
W
 
K
G
 
G
-
 
I
R
 
G
L
 
V
M
 
T
A
 
A
K
 
D
I
 
V
D
 
Q
S
 
D
E
 
E
S
 
I
A
 
E
A
 
L
E
 
E
A
 
A
I
 
A
L
 
Y
E
 
D
H
 
R
K
 
A
S
 
V
T
 
A
L
 
G
G
 
I
N
 
P
Y
 
L
E
 
E
H
 
E
K
 
K
V
 
I
F
 
C
Y
 
I
I
 
I
Q
 
V
E
 
E
F
 
-
V
 
N
E
 
S
K
x
I
P
 
A
G
 
G
R
 
H
D
 
D
I
 
Y
R
 
R
V
 
L
L
 
L
A
 
C
T
 
V
D
 
N
G
 
G
E
 
R
P
 
F
V
 
V
A
 
A
A
 
A
M
 
T
V
 
E
R
 
R

Sites not aligning to the query:

O58056 Formate-dependent phosphoribosylglycinamide formyltransferase; 5'-phosphoribosylglycinamide transformylase 2; Formate-dependent GAR transformylase; GAR transformylase 2; GART 2; Non-folate glycinamide ribonucleotide transformylase; Phosphoribosylglycinamide formyltransferase 2; EC 6.3.1.21 from Pyrococcus horikoshii (strain ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3)
26% identity, 54% coverage: 97:252/291 of query aligns to 126:290/430 of O58056

query
sites
O58056
L
 
V
A
 
K
D
 
E
A
 
A
G
 
K
V
 
V
P
 
P
T
 
T
P
 
S
N
 
R
T
 
Y
K
 
M
V
 
Y
A
 
A
F
 
T
T
 
T
V
 
L
D
 
D
S
 
E
A
 
L
M
 
Y
D
 
E
I
 
A
V
 
C
E
 
E
E
 
K
F
 
I
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
C
 
C
V
 
H
L
 
T
K
|
K
P
 
A
V
 
I
V
 
M
G
 
S
S
 
S
W
 
S
G
 
G
R
 
K
L
 
G
M
 
S
A
 
Y
K
 
F
I
 
V
D
 
K
S
 
G
-
 
P
E
 
E
S
 
D
A
 
I
A
 
P
E
 
K
A
 
A
I
 
W
L
 
E
E
 
E
H
 
A
K
 
K
S
 
T
T
 
K
L
 
A
G
 
R
N
 
G
Y
 
S
E
 
A
H
 
E
K
 
K
V
 
I
F
 
I
-
 
V
-
x
E
-
x
E
Y
x
H
I
|
I
Q
 
D
E
 
F
F
 
D
V
 
V
E
|
E
K
 
V
P
 
T
G
 
E
R
 
L
D
 
A
I
 
V
R
 
R
V
 
H
L
 
F
A
 
D
T
 
E
D
 
N
G
 
G
E
 
E
P
 
I
V
 
V
A
 
T
A
 
T
M
 
F
V
 
P
R
 
K
S
 
P
S
 
V
D
 
G
H
 
H
W
 
Y
L
 
Q
T
 
I
N
 
D
A
 
G
A
 
D
K
 
Y
G
 
H
A
 
A
S
 
S
V
 
W
D
 
Q
E
 
P
F
 
A
E
 
E
L
 
I
D
 
S
D
 
E
R
 
K
A
 
A
K
 
E
-
 
R
-
 
E
-
 
V
-
 
Y
E
 
R
L
 
I
V
 
A
K
 
K
Q
 
R
A
 
I
S
 
T
D
 
D
A
 
V
V
 
L
G
 
G
G
 
G
-
 
L
G
 
G
L
 
I
L
 
F
G
 
G
V
 
V
D
 
E
L
 
M
M
 
F
E
 
V
T
 
K
G
 
G
D
 
D
D
 
K
Y
 
V
T
 
W
V
 
A
H
 
N
E
 
E
V
 
V
N
 
S

Sites not aligning to the query:

7txuA Cyanophycin synthetase 1 from synechocystis sp. Utex2470 with atp and 16x(asp-arg)
33% identity, 40% coverage: 85:199/291 of query aligns to 215:324/869 of 7txuA

query
sites
7txuA
D
 
E
I
 
L
C
 
A
A
 
C
D
 
D
K
 
K
A
 
E
K
 
G
N
 
T
S
 
K
L
 
T
A
 
I
L
 
L
A
 
Q
D
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
I
P
 
P
T
 
V
P
 
P
-
 
R
N
 
G
T
 
T
K
 
T
V
 
I
A
 
Q
F
 
Y
T
 
F
V
 
D
D
 
D
S
 
L
A
 
E
M
 
E
D
 
A
I
 
I
V
 
N
E
 
D
E
 
V
F
 
G
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
C
 
V
V
 
V
L
 
I
K
 
K
P
 
P
V
 
L
V
 
D
G
 
G
S
 
N
W
 
H
G
|
G
R
 
R
L
 
G
M
x
I
A
 
T
K
 
-
I
 
I
D
 
N
S
 
V
E
 
R
S
 
H
A
 
W
A
 
Q
E
 
E
A
 
A
I
 
I
L
 
A
E
 
A
H
 
Y
K
 
D
S
 
-
T
 
-
L
 
L
G
 
A
N
 
A
Y
 
E
E
 
E
H
 
S
K
 
K
V
 
I
F
 
I
Y
 
-
I
 
V
Q
 
E
E
 
R
F
x
Y
V
x
Y
E
 
E
K
 
-
P
 
-
G
 
G
R
 
S
D
|
D
I
 
H
R
 
R
V
 
V
L
 
L
A
 
V
T
 
V
D
 
N
G
 
G
E
 
K
P
 
L
V
 
V
A
 
A
A
 
V
M
 
A
V
 
E
R
 
R
S
 
I
S
 
P
D
 
A
H
 
H

Sites not aligning to the query:

7lgjA Cyanophycin synthetase 1 from synechocystis sp. Utex2470 with adpcp and 8x(asp-arg)-nh2 (see paper)
33% identity, 40% coverage: 85:199/291 of query aligns to 215:324/869 of 7lgjA

query
sites
7lgjA
D
 
E
I
 
L
C
 
A
A
 
C
D
 
D
K
 
K
A
 
E
K
 
G
N
 
T
S
 
K
L
 
T
A
 
I
L
 
L
A
 
Q
D
 
D
A
 
A
G
 
G
V
 
I
P
 
P
T
 
V
P
 
P
-
 
R
N
 
G
T
 
T
K
 
T
V
 
I
A
 
Q
F
 
Y
T
 
F
V
 
D
D
 
D
S
 
L
A
 
E
M
 
E
D
 
A
I
 
I
V
 
N
E
 
D
E
 
V
F
 
G
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
C
 
V
V
 
V
L
 
I
K
 
K
P
 
P
V
 
L
V
 
D
G
 
G
S
 
N
W
 
H
G
 
G
R
 
R
L
 
G
M
 
I
A
 
T
K
 
-
I
 
I
D
 
N
S
 
V
E
 
R
S
 
H
A
 
W
A
 
Q
E
 
E
A
 
A
I
 
I
L
 
A
E
 
A
H
 
Y
K
 
D
S
 
-
T
 
-
L
 
L
G
 
A
N
 
A
Y
 
E
E
 
E
H
 
S
K
 
K
V
 
I
F
 
I
Y
 
-
I
 
V
Q
 
E
E
 
R
F
 
Y
V
x
Y
E
 
E
K
 
-
P
 
-
G
 
G
R
 
S
D
|
D
I
 
H
R
 
R
V
 
V
L
 
L
A
 
V
T
 
V
D
 
N
G
 
G
E
 
K
P
 
L
V
 
V
A
 
A
A
 
V
M
 
A
V
 
E
R
 
R
S
 
I
S
 
P
D
 
A
H
 
H

Sites not aligning to the query:

1kjiA Crystal structure of glycinamide ribonucleotide transformylase in complex with mg-amppcp (see paper)
29% identity, 63% coverage: 70:252/291 of query aligns to 93:278/389 of 1kjiA

query
sites
1kjiA
L
 
L
K
 
E
S
 
E
Y
 
E
G
 
G
I
 
L
P
 
N
V
 
V
V
 
V
N
 
P
S
 
C
H
 
A
E
 
R
T
 
A
A
 
T
D
 
K
I
 
L
C
 
T
A
 
M
D
 
N
K
x
R
-
x
E
A
 
G
K
 
I
N
 
R
S
 
R
L
 
L
A
 
A
L
 
A
A
 
E
D
 
E
A
 
L
G
 
Q
V
 
L
P
 
P
T
 
T
P
 
S
N
 
T
T
 
Y
K
 
R
V
 
F
A
 
A
F
 
D
T
 
S
V
 
E
D
 
S
S
 
L
A
 
F
M
 
R
D
 
E
I
 
A
V
 
V
E
 
A
E
 
D
F
 
I
G
 
G
Y
 
Y
P
 
P
C
 
C
V
x
I
L
 
V
K
|
K
P
 
P
V
 
V
V
 
M
G
 
S
S
|
S
W
x
S
G
|
G
R
 
K
L
 
G
M
x
Q
A
 
T
K
 
F
I
 
I
D
 
R
S
 
S
-
 
A
E
 
E
S
 
Q
A
 
L
A
 
A
E
 
Q
A
 
A
I
 
W
L
 
-
E
 
-
H
 
K
K
 
Y
S
 
A
T
 
Q
L
 
Q
G
 
G
N
 
G
Y
 
R
E
 
A
H
 
G
K
 
R
V
 
V
F
 
-
Y
 
-
I
 
I
Q
 
V
E
|
E
F
 
G
V
 
V
E
x
V
K
 
K
P
 
F
G
 
D
R
 
F
D
x
E
I
 
I
R
 
T
V
 
L
L
 
L
-
 
T
-
 
V
-
 
S
A
 
A
T
 
V
D
 
D
G
 
G
E
 
V
P
 
H
V
 
F
A
 
C
A
 
A
M
 
P
V
 
V
-
 
G
-
 
H
R
 
R
S
x
Q
S
 
E
D
 
D
H
 
G
W
 
D
L
 
Y
T
 
R
N
 
E
A
 
S
A
 
W
K
 
Q
G
 
P
A
 
Q
S
 
Q
V
 
M
D
 
S
E
 
P
F
 
L
E
 
A
L
 
L
D
 
-
D
 
E
R
 
R
A
 
A
K
 
Q
E
 
E
L
 
I
V
 
A
K
 
R
Q
 
K
A
 
V
S
 
V
D
 
L
A
 
A
V
 
L
G
 
G
G
 
G
-
 
Y
G
 
G
L
 
L
L
 
F
G
 
G
V
 
V
D
x
E
L
 
L
M
x
F
E
 
V
T
 
C
G
 
G
D
 
D
D
 
E
Y
 
V
T
 
I
V
 
F
H
 
S
E
|
E
V
 
V
N
 
S

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_004045055.1 NCBI__GCF_000337315.1:WP_004045055.1
MHVGLLYSRIRRDEKLLLNELRDRGHEVTKIDVRKEQFDLTEPPESFDGLDVVVDRCLAT
SRSIYITRFLKSYGIPVVNSHETADICADKAKNSLALADAGVPTPNTKVAFTVDSAMDIV
EEFGYPCVLKPVVGSWGRLMAKIDSESAAEAILEHKSTLGNYEHKVFYIQEFVEKPGRDI
RVLATDGEPVAAMVRSSDHWLTNAAKGASVDEFELDDRAKELVKQASDAVGGGLLGVDLM
ETGDDYTVHEVNHTVEFKALNDAVEADVPATVVDWLEAKADGAQSLAEVSA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory