SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_004124098.1 NCBI__GCF_000359745.1:WP_004124098.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

A0QYB5 D-threitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
35% identity, 98% coverage: 6:326/329 of query aligns to 8:312/349 of A0QYB5

query
sites
A0QYB5
I
 
F
A
 
A
L
 
I
A
 
A
A
 
S
A
 
A
T
 
T
A
 
A
L
 
L
L
 
G
-
 
L
-
 
G
-
 
L
-
 
T
-
 
A
-
 
C
-
 
G
A
 
A
S
 
G
P
 
D
S
 
P
L
 
A
A
 
A
Q
 
N
D
 
S
K
 
D
K
 
T
L
 
T
K
 
R
I
 
I
G
 
G
A
 
V
A
 
T
P
 
V
Y
|
Y
G
 
D
L
 
M
N
 
S
A
 
S
E
 
-
F
 
F
M
 
I
Q
 
T
I
 
A
W
 
G
S
 
K
A
 
E
A
 
G
L
 
M
K
 
D
E
 
A
H
 
Y
P
 
-
A
 
-
V
 
A
K
 
K
N
 
D
G
 
N
N
 
N
V
 
I
D
 
E
L
 
L
T
 
I
V
 
W
F
 
N
D
 
S
G
 
A
R
 
N
Y
 
L
D
 
D
A
 
V
L
 
S
V
 
T
Q
 
Q
Q
 
A
E
 
S
Q
 
Q
V
 
V
N
 
D
T
 
S
M
 
M
I
 
I
T
 
N
Q
 
Q
K
 
G
F
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
F
 
V
V
 
V
P
 
P
I
 
V
D
 
Q
I
 
A
E
 
D
A
 
S
A
 
L
A
 
A
T
 
P
A
 
Q
V
 
V
Q
 
A
A
 
S
A
 
A
H
 
K
D
 
A
A
 
K
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
L
V
 
V
G
 
P
S
 
V
N
|
N
T
 
A
R
 
A
V
 
L
N
 
D
S
 
S
D
 
K
L
 
D
L
 
I
T
 
A
S
 
G
Y
 
N
V
 
V
G
 
Q
S
 
P
N
 
D
D
 
D
T
 
V
I
 
A
S
 
A
G
 
G
Y
 
A
M
 
Q
E
 
E
A
 
M
K
 
Q
T
 
M
V
 
M
L
 
A
D
 
D
K
 
R
I
 
L
G
 
G
C
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
V
I
 
I
L
 
L
E
 
Q
G
 
G
P
 
P
I
 
L
G
 
G
Q
 
Q
S
 
S
A
 
G
Q
 
E
I
 
L
S
 
D
R
|
R
L
 
S
E
 
K
G
 
G
N
 
I
K
 
E
K
 
Q
A
 
V
L
 
L
A
 
A
E
 
K
C
 
Y
P
 
P
N
 
D
V
 
I
K
 
K
V
 
V
L
 
L
E
 
A
D
 
K
Q
 
D
T
 
T
A
 
A
N
 
N
W
 
W
S
 
K
R
 
R
A
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
V
K
 
N
L
 
K
M
 
M
E
 
K
N
 
N
W
 
W
L
 
I
T
 
S
A
 
G
H
 
F
P
 
G
G
 
P
Q
 
Q
I
 
I
S
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
V
G
 
A
Q
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
E
 
Q
A
 
A
I
 
L
K
 
K
A
 
E
A
 
S
K
 
G
L
 
R
N
 
T
V
 
-
K
 
-
D
 
G
F
 
V
A
 
P
I
 
I
A
 
V
G
 
G
I
 
I
D
|
D
G
 
G
I
 
I
T
 
E
D
 
D
A
 
G
L
 
L
H
 
N
A
 
A
V
 
V
K
 
K
Q
 
S
G
 
G
T
 
D
M
 
F
T
 
I
S
 
G
I
 
T
-
 
S
L
 
L
Q
|
Q
D
 
N
A
 
G
S
 
T
A
 
V
Q
 
E
A
 
L
Q
 
A
G
 
A
A
 
G
L
 
L
D
 
A
L
 
V
A
 
A
I
 
N
F
 
R
A
 
L
A
 
A
K
 
K
K
 
G
G
 
-
N
 
-
Y
 
-
K
 
-
P
 
-
E
 
-
S
 
-
K
 
-
I
 
-
W
 
-
S
 
-
Q
 
-
Y
 
-
P
 
-
D
 
-
M
 
E
P
 
P
F
 
V
N
 
N
D
 
-
G
 
-
K
 
K
E
 
E
K
 
P
N
 
V
Y
 
Y
N
 
I
V
 
M
P
 
P
W
 
-
T
 
-
P
 
A
V
 
I
T
 
T
A
 
K
E
 
D
N
 
N
V
 
V
D
 
D
K
 
V
L
 
A
L
 
I
E
 
E

4rsmA Crystal structure of carbohydrate transporter msmeg_3599 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510970, in complex with d-threitol (see paper)
35% identity, 91% coverage: 27:326/329 of query aligns to 4:280/315 of 4rsmA

query
sites
4rsmA
K
 
R
I
 
I
G
 
G
A
 
V
A
 
T
P
 
V
Y
|
Y
G
 
D
L
 
M
N
 
S
A
 
S
E
 
-
F
 
F
M
 
I
Q
 
T
I
 
A
W
 
G
S
 
K
A
 
E
A
 
G
L
 
M
K
 
D
E
 
A
H
 
Y
P
 
-
A
 
-
V
 
A
K
 
K
N
 
D
G
 
N
N
 
N
V
 
I
D
 
E
L
 
L
T
 
I
V
 
W
F
 
N
D
 
S
G
 
A
R
 
N
Y
 
L
D
 
D
A
 
V
L
 
S
V
 
T
Q
 
Q
Q
 
A
E
 
S
Q
 
Q
V
 
V
N
 
D
T
 
S
M
 
M
I
 
I
T
 
N
Q
 
Q
K
 
G
F
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
F
 
V
V
 
V
P
 
P
I
 
V
D
 
Q
I
 
A
E
 
D
A
 
S
A
 
L
A
 
A
T
 
P
A
 
Q
V
 
V
Q
 
A
A
 
S
A
 
A
H
 
K
D
 
A
A
 
K
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
L
V
 
V
G
 
P
S
 
V
N
|
N
T
 
A
R
 
A
V
 
L
N
 
D
S
 
S
D
 
K
L
 
D
L
 
I
T
 
A
S
 
G
Y
 
N
V
 
V
G
 
Q
S
 
P
N
 
D
D
 
D
T
 
V
I
 
A
S
 
A
G
 
G
Y
 
A
M
 
Q
E
 
E
A
 
M
K
 
Q
T
 
M
V
 
M
L
 
A
D
 
D
K
 
R
I
 
L
G
 
G
C
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
V
I
 
I
L
 
L
E
 
Q
G
 
G
P
 
P
I
 
L
G
 
G
Q
 
Q
S
 
S
A
 
G
Q
 
E
I
 
L
S
 
D
R
|
R
L
 
S
E
 
K
G
 
G
N
 
I
K
 
E
K
 
Q
A
 
V
L
 
L
A
 
A
E
 
K
C
 
Y
P
 
P
N
 
D
V
 
I
K
 
K
V
 
V
L
 
L
E
 
A
D
 
K
Q
 
D
T
 
T
A
 
A
N
 
N
W
|
W
S
 
K
R
 
R
A
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
V
K
 
N
L
 
K
M
 
M
E
 
K
N
 
N
W
 
W
L
 
I
T
 
S
A
 
G
H
 
F
P
 
G
G
 
P
Q
 
Q
I
 
I
S
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
V
G
 
A
Q
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
E
 
Q
A
 
A
I
 
L
K
 
K
A
 
E
A
 
S
K
 
G
L
 
R
N
 
T
V
 
-
K
 
-
D
 
G
F
 
V
A
 
P
I
 
I
A
 
V
G
 
G
I
 
I
D
|
D
G
 
G
I
 
I
T
 
E
D
 
D
A
 
G
L
 
L
H
 
N
A
 
A
V
 
V
K
 
K
Q
 
S
G
 
G
T
 
D
M
 
F
T
 
I
S
 
G
I
 
T
-
 
S
L
 
L
Q
|
Q
D
 
N
A
 
G
S
 
T
A
 
V
Q
 
E
A
 
L
Q
 
A
G
 
A
A
 
G
L
 
L
D
 
A
L
 
V
A
 
A
I
 
N
F
 
R
A
 
L
A
 
A
K
 
K
K
 
G
G
 
-
N
 
-
Y
 
-
K
 
-
P
 
-
E
 
-
S
 
-
K
 
-
I
 
-
W
 
-
S
 
-
Q
 
-
Y
 
-
P
 
-
D
 
-
M
 
E
P
 
P
F
 
V
N
 
N
D
 
-
G
 
-
K
 
K
E
 
E
K
 
P
N
 
V
Y
 
Y
N
 
I
V
 
M
P
 
P
W
 
-
T
 
-
P
 
A
V
 
I
T
 
T
A
 
K
E
 
D
N
 
N
V
 
V
D
 
D
K
 
V
L
 
A
L
 
I
E
 
E

A0QYB3 Xylitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
36% identity, 81% coverage: 12:277/329 of query aligns to 21:282/349 of A0QYB3

query
sites
A0QYB3
T
 
T
A
 
A
L
 
C
L
 
G
A
 
A
S
 
G
P
 
D
S
 
T
L
 
A
A
 
A
Q
 
N
D
 
S
K
 
D
K
 
T
L
 
K
K
 
R
I
 
I
G
 
G
A
 
V
A
 
T
P
 
V
Y
|
Y
G
 
D
L
 
M
N
 
S
A
 
S
E
 
-
F
 
F
M
 
I
Q
 
T
I
 
E
W
 
G
S
 
K
A
 
E
A
 
G
L
 
M
K
 
D
E
 
T
H
 
Y
P
 
-
A
 
-
V
 
A
K
 
K
N
 
A
G
 
N
N
 
N
V
 
I
D
 
E
L
 
L
T
 
V
V
 
W
F
 
N
D
 
S
G
 
A
R
 
N
Y
 
N
D
 
D
A
 
V
L
 
S
V
 
T
Q
 
Q
Q
 
A
E
 
S
Q
 
Q
V
 
V
N
 
D
T
 
S
M
 
L
I
 
I
T
 
N
Q
 
Q
K
 
G
F
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
F
 
V
V
 
V
P
 
P
I
 
V
D
 
Q
I
 
A
E
 
D
A
 
S
A
 
L
A
 
G
T
 
P
A
 
Q
V
 
V
Q
 
A
A
 
S
A
 
A
H
 
K
D
 
S
A
 
K
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
L
V
 
L
G
 
A
S
 
V
N
|
N
T
 
A
R
 
A
V
 
L
N
 
E
S
 
T
D
 
P
L
 
D
L
 
L
T
 
A
S
 
G
Y
 
N
V
 
V
G
 
Q
S
 
P
N
 
D
D
 
D
T
 
V
I
 
A
S
 
A
G
 
G
Y
 
A
M
 
Q
E
 
E
A
 
M
K
 
Q
T
 
M
V
 
M
L
 
A
D
 
D
K
 
R
I
 
L
G
 
G
C
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
V
I
 
I
L
 
L
E
 
Q
G
 
G
P
 
P
I
 
L
G
 
G
Q
 
G
S
 
S
A
 
G
Q
 
E
I
 
I
S
 
N
R
|
R
L
 
G
E
 
K
G
 
G
N
 
I
K
 
D
K
 
Q
A
 
V
L
 
L
A
 
A
E
 
K
C
 
Y
P
 
P
N
 
D
V
 
I
K
 
K
V
 
V
L
 
L
E
 
A
D
 
K
Q
 
D
T
 
T
A
 
A
N
 
N
W
 
W
S
 
K
R
 
R
A
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
V
K
 
N
L
 
K
M
 
M
E
 
K
N
 
N
W
 
W
L
 
I
T
 
S
A
 
S
H
 
F
P
 
G
G
 
P
Q
 
Q
I
 
I
S
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
V
G
 
A
Q
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
E
 
Q
A
 
A
I
 
L
K
 
K
A
 
E
A
 
A
K
 
G
L
 
R
N
 
T
V
 
-
K
 
-
D
 
G
F
 
V
A
 
P
I
 
I
A
 
V
G
 
G
I
 
I
D
|
D
G
 
G
I
 
I
T
 
E
D
 
D
A
 
G
L
 
L
H
 
N
A
 
A
V
 
V
K
 
K
Q
 
S
G
 
G
T
 
D
M
 
F
T
 
I
S
 
G
I
 
T
-
 
S
L
 
L
Q
|
Q
D
 
N
A
 
G
S
 
T
A
 
V
Q
 
E
A
 
L
Q
 
S
G
 
A
A
 
G
L
 
L
D
 
A
L
 
V
A
 
A

5hkoA Crystal structure of abc transporter solute binding protein msmeg_3598 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with l-sorbitol
39% identity, 68% coverage: 54:277/329 of query aligns to 27:249/314 of 5hkoA

query
sites
5hkoA
K
 
K
N
 
A
G
 
N
N
 
N
V
 
I
D
 
E
L
 
L
T
 
V
V
 
W
F
 
N
D
 
S
G
 
A
R
 
N
Y
 
N
D
|
D
A
 
V
L
x
S
V
 
T
Q
 
Q
Q
 
A
E
 
S
Q
 
Q
V
 
V
N
 
D
T
 
S
M
 
L
I
 
I
T
 
N
Q
 
Q
K
 
G
F
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
F
 
V
V
 
V
P
 
P
I
 
V
D
 
Q
I
 
A
E
 
D
A
 
S
A
 
L
A
 
G
T
 
P
A
 
Q
V
 
V
Q
 
A
A
 
S
A
 
A
H
 
K
D
 
S
A
 
K
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
L
V
 
L
G
 
A
S
 
V
N
|
N
T
x
A
R
 
A
V
 
L
N
 
E
S
 
T
D
 
P
L
 
D
L
 
L
T
 
A
S
 
G
Y
 
N
V
 
V
G
 
Q
S
 
P
N
 
D
D
 
D
T
 
V
I
 
A
S
 
A
G
 
G
Y
 
A
M
 
Q
E
 
E
A
 
M
K
 
Q
T
 
M
V
 
M
L
 
A
D
 
D
K
 
R
I
 
L
G
 
G
C
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
V
I
 
I
L
 
L
E
 
Q
G
 
G
P
 
P
I
 
L
G
 
G
Q
 
G
S
 
S
A
 
G
Q
 
E
I
 
I
S
 
N
R
|
R
L
 
G
E
 
K
G
 
G
N
 
I
K
 
D
K
 
Q
A
 
V
L
 
L
A
 
A
E
 
K
C
 
Y
P
 
P
N
 
D
V
 
I
K
 
K
V
 
V
L
 
L
E
 
A
D
 
K
Q
 
D
T
 
T
A
 
A
N
 
N
W
|
W
S
 
K
R
 
R
A
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
V
K
 
N
L
 
K
M
 
M
E
 
K
N
 
N
W
 
W
L
 
I
T
 
S
A
 
S
H
 
F
P
 
G
G
 
P
Q
 
Q
I
 
I
S
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
V
G
 
A
Q
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
E
 
Q
A
 
A
I
 
L
K
 
K
A
 
E
A
 
A
K
 
G
L
 
R
N
 
T
V
 
-
K
 
-
D
 
G
F
 
V
A
 
P
I
 
I
A
 
V
G
 
G
I
 
I
D
|
D
G
 
G
I
 
I
T
x
E
D
 
D
A
 
G
L
 
L
H
 
N
A
 
A
V
 
V
K
 
K
Q
 
S
G
 
G
T
 
D
M
 
F
T
 
I
S
 
G
I
 
T
-
 
S
L
 
L
Q
|
Q
D
 
N
A
 
G
S
 
T
A
 
V
Q
 
E
A
 
L
Q
 
S
G
 
A
A
 
G
L
 
L
D
 
A
L
 
V
A
 
A

Sites not aligning to the query:

4rs3A Crystal structure of carbohydrate transporter a0qyb3 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with xylitol (see paper)
39% identity, 68% coverage: 54:277/329 of query aligns to 27:249/315 of 4rs3A

query
sites
4rs3A
K
 
K
N
 
A
G
 
N
N
 
N
V
 
I
D
 
E
L
 
L
T
 
V
V
 
W
F
 
N
D
 
S
G
 
A
R
 
N
Y
 
N
D
 
D
A
 
V
L
 
S
V
 
T
Q
 
Q
Q
 
A
E
 
S
Q
 
Q
V
 
V
N
 
D
T
 
S
M
 
L
I
 
I
T
 
N
Q
 
Q
K
 
G
F
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
F
 
V
V
 
V
P
 
P
I
 
V
D
 
Q
I
 
A
E
 
D
A
 
S
A
 
L
A
 
G
T
 
P
A
 
Q
V
 
V
Q
 
A
A
 
S
A
 
A
H
 
K
D
 
S
A
 
K
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
L
V
 
L
G
 
A
S
 
V
N
|
N
T
 
A
R
 
A
V
 
L
N
 
E
S
 
T
D
 
P
L
 
D
L
 
L
T
 
A
S
 
G
Y
 
N
V
 
V
G
 
Q
S
 
P
N
 
D
D
 
D
T
 
V
I
 
A
S
 
A
G
 
G
Y
 
A
M
 
Q
E
 
E
A
 
M
K
 
Q
T
 
M
V
 
M
L
 
A
D
 
D
K
 
R
I
 
L
G
 
G
C
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
V
I
 
I
L
 
L
E
 
Q
G
 
G
P
 
P
I
 
L
G
 
G
Q
 
G
S
 
S
A
 
G
Q
 
E
I
 
I
S
 
N
R
|
R
L
 
G
E
 
K
G
 
G
N
 
I
K
 
D
K
 
Q
A
 
V
L
 
L
A
 
A
E
 
K
C
 
Y
P
 
P
N
 
D
V
 
I
K
 
K
V
 
V
L
 
L
E
 
A
D
 
K
Q
 
D
T
 
T
A
 
A
N
 
N
W
|
W
S
 
K
R
 
R
A
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
V
K
 
N
L
 
K
M
 
M
E
 
K
N
 
N
W
 
W
L
 
I
T
 
S
A
 
S
H
 
F
P
 
G
G
 
P
Q
 
Q
I
 
I
S
 
D
G
 
G
V
 
V
I
 
V
G
 
A
Q
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
E
 
Q
A
 
A
I
 
L
K
 
K
A
 
E
A
 
A
K
 
G
L
 
R
N
 
T
V
 
-
K
 
-
D
 
G
F
 
V
A
 
P
I
 
I
A
 
V
G
 
G
I
 
I
D
|
D
G
 
G
I
 
I
T
x
E
D
 
D
A
 
G
L
 
L
H
 
N
A
 
A
V
 
V
K
 
K
Q
 
S
G
 
G
T
 
D
M
 
F
T
 
I
S
 
G
I
 
T
-
 
S
L
 
L
Q
|
Q
D
 
N
A
 
G
S
 
T
A
 
V
Q
 
E
A
 
L
Q
 
S
G
 
A
A
 
G
L
 
L
D
 
A
L
 
V
A
 
A

Sites not aligning to the query:

4yo7A Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from bacillus halodurans c-125 (bh2323, target efi- 511484) with bound myo-inositol
34% identity, 90% coverage: 28:323/329 of query aligns to 9:282/287 of 4yo7A

query
sites
4yo7A
I
 
I
G
 
G
A
 
V
A
 
S
P
 
I
Y
 
S
G
 
N
L
 
L
N
x
D
A
 
-
E
 
E
F
 
F
M
 
L
Q
 
T
I
 
Y
W
 
M
S
 
Q
A
 
D
A
 
A
L
 
M
K
 
K
E
 
E
H
 
E
P
 
A
A
 
A
V
 
-
K
 
N
N
 
Y
G
 
P
N
 
D
V
 
F
D
 
E
L
 
F
T
 
I
V
 
F
F
 
S
D
 
D
G
 
A
R
 
Q
Y
 
N
D
 
D
A
 
S
L
 
T
V
 
Q
Q
 
Q
Q
 
M
E
 
A
Q
 
Q
V
 
V
N
 
E
T
 
N
M
 
F
I
 
I
T
 
S
Q
 
R
K
 
N
F
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
F
 
V
V
 
N
P
 
P
I
 
V
D
 
D
I
 
T
E
 
T
A
 
S
A
 
A
A
 
V
T
 
D
A
 
I
V
 
V
Q
 
N
A
 
M
A
 
V
H
 
N
D
 
D
A
 
A
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
I
V
 
I
G
 
I
S
 
A
N
|
N
T
x
R
R
 
T
V
 
F
N
 
D
S
 
G
-
 
V
D
 
D
L
 
Q
L
 
A
T
 
T
S
 
A
Y
 
F
V
 
V
G
 
G
S
 
S
N
 
E
D
 
S
T
 
I
I
 
Q
S
 
S
G
 
G
Y
 
L
M
 
L
E
 
Q
A
 
M
K
 
E
T
 
E
V
 
V
L
 
A
D
 
K
K
 
L
I
 
L
G
 
N
C
 
N
K
 
E
G
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
A
I
 
I
L
 
M
E
 
D
G
 
G
P
 
E
I
 
L
G
 
G
Q
 
H
S
 
E
A
 
A
Q
 
Q
I
 
I
S
 
M
R
|
R
L
 
T
E
 
E
G
 
G
N
 
N
K
 
K
K
 
Q
A
 
I
L
 
I
A
 
E
E
 
E
C
 
H
P
 
D
N
 
G
V
 
L
K
 
E
V
 
V
L
 
V
E
 
L
D
 
Q
Q
 
G
T
 
T
A
 
A
N
 
K
W
 
F
S
 
D
R
 
R
A
 
S
E
 
E
A
 
G
Q
 
M
K
 
R
L
 
L
M
 
M
E
 
E
N
 
N
W
 
W
L
 
L
T
 
N
A
 
S
H
 
G
P
 
T
G
 
-
Q
 
E
I
 
I
S
 
D
G
 
A
V
 
V
I
 
V
G
 
A
Q
 
N
N
|
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
I
E
 
L
A
 
A
I
 
L
K
 
E
A
 
A
-
 
V
A
 
G
K
 
K
L
|
L
N
 
D
V
 
-
K
 
-
D
 
D
F
x
V
A
 
I
I
 
V
A
 
A
G
 
G
I
 
I
D
|
D
G
 
A
I
 
T
T
 
P
D
 
A
A
 
A
L
 
L
H
 
E
A
 
A
V
 
M
K
 
K
Q
 
E
G
 
G
T
 
K
M
 
L
-
 
D
T
 
V
S
 
T
I
 
V
L
 
F
Q
|
Q
D
 
D
A
 
A
S
 
K
A
 
G
Q
 
Q
A
 
G
Q
 
A
G
 
T
A
 
S
L
 
V
D
 
K
L
 
V
A
 
A
I
 
V
F
 
Q
A
 
A
A
 
A
K
 
-
K
 
-
G
 
-
N
 
-
Y
 
-
K
 
-
P
 
-
E
 
-
S
 
-
K
 
-
I
 
-
W
 
-
S
 
-
Q
 
-
Y
 
-
P
 
-
D
 
-
M
 
-
P
 
-
F
 
-
N
 
N
D
 
G
G
 
E
K
 
D
E
 
V
K
 
E
N
 
D
Y
 
A
N
 
M
V
 
I
P
 
P
W
 
Y
T
 
E
P
 
L
V
 
V
T
 
T
A
 
P
E
 
E
N
 
N
V
 
V
D
 
E
K
 
E

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
37% identity, 62% coverage: 60:263/329 of query aligns to 33:233/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
L
 
I
T
 
I
V
 
V
F
 
E
D
 
D
G
 
S
R
 
Q
Y
 
N
D
 
D
A
 
S
L
 
S
V
 
K
Q
 
E
Q
 
L
E
 
S
Q
 
N
V
 
V
N
 
E
T
 
D
M
 
L
I
 
I
T
 
Q
Q
 
Q
K
 
K
F
 
V
D
 
D
A
 
V
I
 
L
I
 
L
F
 
I
V
 
N
P
 
P
I
 
V
D
 
D
I
 
S
E
 
D
A
 
A
A
 
V
A
 
V
T
 
T
A
 
A
V
 
I
Q
 
K
A
 
E
A
 
A
H
 
N
D
 
S
A
 
K
G
 
N
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
G
 
T
S
 
I
N
x
D
T
x
R
R
 
S
V
 
A
N
 
N
S
 
G
D
 
G
L
 
D
L
 
V
T
 
V
S
 
C
Y
 
H
V
 
I
G
 
A
S
 
S
N
 
D
D
 
N
T
 
V
I
 
K
S
 
G
G
 
G
Y
 
E
M
 
M
E
 
A
A
 
A
K
 
E
T
 
F
V
 
I
L
 
A
D
 
K
K
 
A
I
 
L
G
 
K
C
 
G
K
 
K
G
 
G
N
 
N
V
 
V
V
 
V
I
 
E
L
 
L
E
 
E
G
 
G
P
 
I
I
 
P
G
 
G
Q
 
A
S
 
S
A
|
A
Q
 
A
I
 
R
S
 
D
R
|
R
L
 
G
E
 
K
G
 
G
N
 
F
K
 
D
K
 
E
A
 
A
L
 
I
A
 
A
E
 
K
C
 
Y
P
 
P
N
 
D
V
 
I
K
 
K
V
 
I
L
 
V
E
 
A
D
 
K
Q
 
Q
T
 
A
A
 
A
N
 
D
W
x
F
S
 
D
R
 
R
A
 
S
E
 
K
A
 
G
Q
 
L
K
 
S
L
 
V
M
 
M
E
 
E
N
 
N
W
 
I
L
 
L
T
 
Q
A
 
A
H
 
Q
P
 
P
G
 
-
Q
 
K
I
 
I
S
 
D
G
 
A
V
 
V
I
 
F
G
 
A
Q
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
I
E
 
K
A
 
A
I
 
I
K
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
-
L
 
-
N
 
N
V
 
R
K
 
Q
D
 
G
F
 
I
A
 
I
I
 
V
A
 
V
G
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
G
I
 
T
T
 
E
D
 
D
A
 
A
L
 
L
H
 
K
A
 
A
V
 
I
K
 
K
Q
 
E
G
 
G
T
 
K
M
 
M
T
 
A
S
 
A
I
 
T
L
 
I

Sites not aligning to the query:

5dteB Crystal structure of an abc transporter periplasmic solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z(asuc_0081, target efi-511065) with bound d-allose
41% identity, 57% coverage: 76:263/329 of query aligns to 53:244/287 of 5dteB

query
sites
5dteB
V
 
V
N
 
E
T
 
N
M
 
M
I
 
I
T
 
A
Q
 
K
K
 
K
F
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
F
 
V
V
 
T
P
 
P
I
 
N
D
 
D
I
 
S
E
 
I
A
 
A
A
 
F
A
 
I
T
 
P
A
 
A
V
 
F
Q
 
Q
A
 
K
A
 
A
H
 
E
D
 
K
A
 
A
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
I
V
 
I
G
 
D
S
 
L
N
x
D
T
 
V
R
 
R
V
 
L
N
 
D
S
 
A
D
 
K
-
 
A
-
 
A
-
 
E
-
 
A
-
 
A
-
 
G
L
 
L
L
 
K
T
 
F
S
 
N
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
S
 
V
N
 
D
D
 
N
T
 
F
I
 
N
S
 
G
G
 
G
Y
 
Y
M
 
L
E
 
E
A
 
A
K
 
K
T
 
N
V
 
L
L
 
A
D
 
E
K
 
A
I
 
I
G
 
G
C
 
K
K
 
K
G
 
G
N
 
N
V
 
V
V
 
A
I
 
I
L
 
L
E
 
E
G
 
G
P
 
I
I
 
P
G
 
G
Q
 
V
S
 
D
A
x
N
Q
 
G
I
 
E
S
 
Q
R
|
R
L
 
K
E
 
G
G
 
G
N
 
A
K
 
L
K
 
K
A
 
A
L
 
F
A
 
A
E
 
E
C
 
Y
P
 
P
N
 
D
V
 
I
K
 
K
V
 
I
L
 
V
E
 
A
D
 
S
Q
 
Q
T
 
S
A
 
A
N
 
N
W
|
W
S
 
E
R
 
T
A
 
E
E
 
Q
A
 
A
Q
 
L
K
 
N
L
 
V
M
 
T
E
 
T
N
 
N
W
 
I
L
 
L
T
 
T
A
 
A
H
 
N
P
 
P
G
 
-
Q
 
N
I
 
I
S
 
N
G
 
G
V
 
I
I
 
F
G
 
A
Q
 
A
N
 
N
D
 
D
E
 
N
M
 
M
A
 
A
L
 
I
G
 
G
A
 
A
I
 
V
E
 
T
A
 
A
I
 
V
K
 
E
A
 
N
A
 
A
K
 
G
L
 
L
N
 
A
V
 
G
K
 
K
D
 
-
F
 
V
A
 
L
I
 
V
A
 
S
G
 
G
I
 
Y
D
|
D
G
 
G
I
 
I
T
 
P
D
 
L
A
 
A
L
 
I
H
 
E
A
 
Y
V
 
V
K
 
K
Q
 
Q
G
 
G
T
 
K
M
 
M
T
 
Q
S
 
N
I
 
T
L
 
I

Sites not aligning to the query:

5ocpA The periplasmic binding protein component of the arabinose abc transporter from shewanella sp. Ana-3 bound to alpha and beta-l- arabinofuranose
31% identity, 83% coverage: 28:299/329 of query aligns to 3:275/302 of 5ocpA

query
sites
5ocpA
I
 
V
G
 
G
A
 
F
A
 
S
P
 
Q
Y
 
V
G
 
G
L
 
S
N
x
E
A
x
S
E
 
G
F
x
W
M
x
R
Q
 
T
I
 
S
W
 
F
S
 
S
A
 
E
A
 
A
L
 
V
K
 
K
E
 
A
H
 
E
P
 
-
A
 
-
V
 
A
K
 
K
N
 
Q
G
 
R
N
 
G
V
 
I
D
 
D
L
 
L
T
 
K
V
 
F
F
 
A
D
 
D
G
 
A
R
 
Q
Y
 
Q
D
 
K
A
 
Q
L
 
E
V
 
N
Q
 
Q
Q
 
I
E
 
K
Q
 
A
V
 
V
N
 
R
T
 
S
M
 
F
I
 
I
T
 
A
Q
 
Q
K
 
G
F
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
I
F
 
I
V
 
A
P
 
P
I
 
V
D
 
V
I
 
E
E
 
T
A
 
G
A
 
W
A
 
K
T
 
P
A
 
V
V
 
L
Q
 
K
A
 
E
A
 
A
H
 
K
D
 
R
A
 
A
G
 
K
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
V
-
 
I
-
 
V
G
x
D
S
x
R
N
 
N
T
 
I
R
 
K
V
 
V
N
 
D
S
 
D
D
 
D
-
 
S
L
 
L
L
 
F
T
 
L
S
 
T
Y
 
R
V
 
I
G
 
A
S
 
S
N
 
D
D
 
F
T
 
S
I
 
E
S
 
E
G
 
G
Y
 
R
M
 
K
E
 
I
A
 
G
K
 
Q
T
 
W
V
 
L
L
 
M
D
 
D
K
 
K
I
 
T
G
 
Q
C
 
G
K
 
N
G
 
C
N
 
D
V
 
I
V
 
A
I
 
E
L
 
L
E
 
Q
G
 
G
P
 
T
I
 
V
G
 
G
Q
 
A
S
 
T
A
 
A
Q
 
A
I
 
I
S
 
D
R
|
R
L
 
A
E
 
A
G
 
G
N
 
F
K
 
N
K
 
Q
A
 
V
L
 
I
A
 
A
E
 
N
C
 
Y
P
 
P
N
 
N
V
 
A
K
 
K
V
 
I
L
 
V
E
 
R
D
 
S
Q
 
Q
T
 
T
A
 
G
N
 
E
W
x
F
S
 
T
R
 
R
A
 
A
E
 
K
A
 
G
Q
 
K
K
 
E
L
 
V
M
 
M
E
 
E
N
 
G
W
 
F
L
 
L
T
 
K
A
 
A
H
 
Q
P
 
N
G
 
G
Q
 
Q
-
 
P
I
 
L
S
 
C
G
 
A
V
 
V
I
 
W
G
 
S
Q
 
H
N
|
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
V
E
 
Q
A
 
A
I
 
I
K
 
K
A
 
E
A
 
A
K
 
G
L
 
L
N
 
K
V
 
P
-
 
G
K
 
K
D
 
D
F
 
I
A
 
L
I
 
I
A
 
V
G
 
S
I
 
V
D
|
D
G
 
G
I
 
V
T
 
P
D
 
D
A
 
Y
L
 
F
H
 
K
A
 
A
V
 
M
K
 
A
Q
 
D
G
 
G
T
 
D
M
 
V
T
 
N
S
 
A
I
 
T
L
 
V
Q
 
E
D
 
L
A
 
S
S
 
P
A
 
Y
Q
 
L
A
 
G
Q
 
G
G
 
P
A
 
A
L
 
F
D
 
D
L
 
-
A
 
A
I
 
I
F
 
D
A
 
A
A
 
Y
K
 
L
K
 
K
G
 
G
N
 
N
Y
 
-
K
 
K
P
 
D
E
 
Q
S
 
A
K
 
K
I
 
L
W
 
I
S
 
S
Q
 
T
Y
 
T
P
 
G
D
 
D
M
 
V

7e7mC Crystal structure analysis of the streptococcus agalactiae ribose binding protein rbsb
31% identity, 73% coverage: 24:263/329 of query aligns to 7:239/284 of 7e7mC

query
sites
7e7mC
K
 
K
K
 
D
L
 
L
K
 
K
I
 
L
G
 
G
A
 
V
A
 
S
P
 
I
Y
 
S
G
 
T
L
 
T
N
 
N
A
x
N
E
 
P
F
x
Y
M
x
F
Q
 
V
I
 
A
W
 
M
S
 
K
A
 
D
A
 
G
L
 
I
K
 
D
E
 
K
H
 
Y
P
 
A
A
 
S
V
 
-
K
 
-
N
 
N
G
 
K
N
 
K
V
 
I
D
 
S
L
 
I
T
 
K
V
 
V
F
 
A
D
 
D
G
 
A
R
 
Q
Y
 
D
D
 
D
A
 
A
L
 
A
V
 
R
Q
 
Q
Q
 
A
E
 
D
Q
 
D
V
 
V
N
 
Q
T
 
N
M
 
F
I
 
I
T
 
S
Q
 
Q
K
 
N
F
 
V
D
 
D
A
 
A
I
 
I
I
 
L
F
 
I
V
 
N
P
 
P
I
 
V
D
 
D
I
 
S
E
 
K
A
 
A
A
 
I
A
 
V
T
 
T
A
 
A
V
 
I
Q
 
K
A
 
S
A
 
A
H
 
N
D
 
N
A
 
A
G
 
N
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
G
 
L
S
 
M
N
x
D
T
x
R
R
 
G
V
 
S
N
 
E
S
 
G
D
 
G
L
 
K
L
 
V
T
 
L
S
 
T
Y
 
T
V
 
V
G
 
A
S
 
S
N
 
D
D
 
N
T
 
V
I
 
A
S
 
A
G
 
G
Y
 
K
M
 
M
E
 
A
A
 
A
K
 
D
T
 
Y
V
 
A
L
 
V
D
 
K
K
 
K
I
 
L
G
 
G
C
 
K
K
 
K
G
 
A
N
 
K
V
 
A
V
 
F
I
 
E
L
 
L
E
 
S
G
 
G
P
 
V
I
 
P
G
 
G
Q
 
A
S
 
S
A
 
A
Q
 
T
I
 
V
S
 
D
R
|
R
L
 
G
E
 
K
G
 
G
N
 
F
K
 
-
K
 
H
A
 
S
L
 
V
A
 
A
E
 
K
C
 
S
P
 
K
N
 
-
V
 
L
K
 
D
V
 
M
L
 
L
E
 
S
D
 
S
Q
 
Q
T
 
S
A
 
A
N
 
N
W
x
F
S
 
D
R
 
R
A
 
A
E
 
K
A
 
A
Q
 
L
K
 
N
L
 
T
M
 
T
E
 
Q
N
 
N
W
 
M
L
 
I
T
 
Q
A
 
G
H
 
H
P
 
K
G
 
-
Q
 
D
I
 
V
S
 
Q
G
 
I
V
 
I
I
 
F
G
 
A
Q
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
A
E
 
Q
A
 
A
I
 
V
K
 
K
A
 
S
A
 
A
K
 
G
L
 
L
N
 
-
V
 
-
K
 
Q
D
 
N
F
 
V
A
 
L
I
 
I
A
 
V
G
 
G
I
 
I
D
|
D
G
 
G
I
 
Q
T
 
P
D
 
D
A
 
A
L
 
H
H
 
D
A
 
A
V
 
I
K
 
K
Q
 
K
G
 
G
T
 
D
M
 
I
T
 
S
S
 
A
I
 
T
L
 
I

Sites not aligning to the query:

5ibqA Crystal structure of an abc solute binding protein from rhizobium etli cfn 42 (rhe_pf00037,target efi-511357) in complex with alpha-d-apiose
36% identity, 64% coverage: 68:277/329 of query aligns to 43:251/287 of 5ibqA

query
sites
5ibqA
D
 
D
A
 
A
L
 
N
V
 
K
Q
 
Q
Q
 
S
E
 
E
Q
 
M
V
 
I
N
 
D
T
 
T
M
 
A
I
 
I
T
 
G
Q
 
R
K
 
G
F
 
A
D
 
K
A
 
A
I
 
I
I
 
I
F
 
L
V
 
D
P
 
N
I
 
A
D
 
G
I
 
A
E
 
D
A
 
A
A
 
S
A
 
V
T
 
A
A
 
A
V
 
V
Q
 
K
A
 
K
A
 
A
H
 
K
D
 
D
A
 
A
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
S
V
 
F
G
 
L
S
 
I
N
x
D
T
x
R
R
 
E
V
 
I
N
 
N
-
 
A
S
 
T
D
 
G
L
 
V
L
 
A
T
 
V
S
 
A
Y
 
Q
V
 
I
G
 
V
S
 
S
N
 
N
D
 
N
T
 
Y
I
 
Q
S
 
G
G
 
A
Y
 
Q
M
 
L
E
 
G
A
 
A
K
 
Q
T
 
E
V
 
F
L
 
V
D
 
K
K
 
L
I
 
M
G
 
G
C
 
E
K
 
K
G
 
G
N
 
N
V
 
Y
V
 
V
I
 
E
L
 
L
E
 
V
G
 
G
P
 
K
I
 
E
G
 
S
Q
x
D
S
 
T
A
x
N
Q
 
A
I
 
G
S
 
I
R
|
R
L
 
S
E
 
Q
G
 
G
N
 
Y
K
 
H
K
x
D
A
 
V
L
 
I
A
x
D
E
x
D
C
 
Y
P
 
P
N
 
E
V
 
M
K
 
K
V
 
S
L
 
V
E
 
A
D
 
K
Q
 
Q
T
 
S
A
 
A
N
 
N
W
|
W
S
 
S
R
 
Q
A
 
T
E
 
E
A
 
A
Q
 
Y
K
 
S
L
 
K
M
 
M
E
 
E
N
 
T
W
 
I
L
 
L
T
 
Q
A
 
A
H
 
N
P
 
P
G
 
-
Q
 
D
I
 
I
S
 
K
G
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
S
Q
 
G
N
|
N
D
 
D
E
 
T
M
 
M
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
A
I
 
I
E
 
A
A
 
A
I
 
L
K
 
Q
A
 
A
A
 
A
K
 
-
L
 
-
N
 
G
V
 
R
K
 
K
D
 
D
F
 
V
A
 
I
I
 
V
A
 
V
G
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
G
I
 
S
T
 
N
D
 
D
A
 
V
L
 
R
H
 
D
A
 
S
V
 
I
K
 
K
Q
 
S
G
 
G
T
 
G
M
 
I
-
 
K
T
 
A
S
 
T
I
 
V
L
 
L
Q
 
Q
D
 
P
A
 
A
S
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
Q
 
Q
G
 
L
A
 
A
L
 
V
D
 
E
L
 
Q
A
 
A

Sites not aligning to the query:

4ry0A Crystal structure of ribose transporter solute binding protein rhe_pf00037 from rhizobium etli cfn 42, target efi-511357, in complex with d-ribose
36% identity, 64% coverage: 68:277/329 of query aligns to 43:251/287 of 4ry0A

query
sites
4ry0A
D
 
D
A
 
A
L
 
N
V
 
K
Q
 
Q
Q
 
S
E
 
E
Q
 
M
V
 
I
N
 
D
T
 
T
M
 
A
I
 
I
T
 
G
Q
 
R
K
 
G
F
 
A
D
 
K
A
 
A
I
 
I
I
 
I
F
 
L
V
 
D
P
 
N
I
 
A
D
 
G
I
 
A
E
 
D
A
 
A
A
 
S
A
 
V
T
 
A
A
 
A
V
 
V
Q
 
K
A
 
K
A
 
A
H
 
K
D
 
D
A
 
A
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
S
V
 
F
G
 
L
S
 
I
N
x
D
T
x
R
R
 
E
V
 
I
N
 
N
-
 
A
S
 
T
D
 
G
L
 
V
L
 
A
T
 
V
S
 
A
Y
 
Q
V
 
I
G
 
V
S
 
S
N
 
N
D
 
N
T
 
Y
I
 
Q
S
 
G
G
 
A
Y
 
Q
M
 
L
E
 
G
A
 
A
K
 
Q
T
 
E
V
 
F
L
 
V
D
 
K
K
 
L
I
 
M
G
 
G
C
 
E
K
 
K
G
 
G
N
 
N
V
 
Y
V
 
V
I
 
E
L
 
L
E
 
V
G
 
G
P
 
K
I
 
E
G
 
S
Q
x
D
S
 
T
A
 
N
Q
 
A
I
 
G
S
 
I
R
|
R
L
 
S
E
 
Q
G
 
G
N
 
Y
K
 
H
K
x
D
A
 
V
L
 
I
A
x
D
E
x
D
C
 
Y
P
 
P
N
 
E
V
 
M
K
 
K
V
 
S
L
 
V
E
 
A
D
 
K
Q
 
Q
T
 
S
A
 
A
N
 
N
W
|
W
S
 
S
R
 
Q
A
 
T
E
 
E
A
 
A
Q
 
Y
K
 
S
L
 
K
M
 
M
E
 
E
N
 
T
W
 
I
L
 
L
T
 
Q
A
 
A
H
 
N
P
 
P
G
 
-
Q
 
D
I
 
I
S
 
K
G
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
S
Q
 
G
N
|
N
D
 
D
E
 
T
M
 
M
A
 
A
L
 
M
G
 
G
A
 
A
I
 
I
E
 
A
A
 
A
I
 
L
K
 
Q
A
 
A
A
 
A
K
 
-
L
 
-
N
 
G
V
 
R
K
 
K
D
 
D
F
 
V
A
 
I
I
 
V
A
 
V
G
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
G
I
 
S
T
 
N
D
 
D
A
 
V
L
 
R
H
 
D
A
 
S
V
 
I
K
 
K
Q
 
S
G
 
G
T
 
G
M
 
I
-
 
K
T
 
A
S
 
T
I
 
V
L
 
L
Q
|
Q
D
 
P
A
 
A
S
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
A
 
A
Q
 
Q
G
 
L
A
 
A
L
 
V
D
 
E
L
 
Q
A
 
A

Sites not aligning to the query:

4rxmB Crystal structure of periplasmic abc transporter solute binding protein a7jw62 from mannheimia haemolytica phl213, target efi-511105, in complex with myo-inositol
31% identity, 61% coverage: 58:257/329 of query aligns to 33:233/288 of 4rxmB

query
sites
4rxmB
V
 
I
D
 
K
L
 
L
T
 
Q
V
 
V
F
 
L
D
 
D
G
 
G
R
 
Q
Y
 
S
D
 
S
A
 
S
L
 
T
V
 
K
Q
 
Q
Q
 
A
E
 
S
Q
 
D
V
 
L
N
 
E
T
 
N
M
 
A
I
 
I
T
 
T
Q
 
R
K
 
G
F
 
A
D
 
K
A
 
G
I
 
I
I
 
I
F
 
I
V
 
S
P
 
P
I
 
N
D
 
D
I
 
V
E
 
N
A
 
A
A
 
I
A
 
S
T
 
G
A
 
A
V
 
V
Q
 
E
A
 
E
A
 
I
H
 
I
D
 
K
A
 
E
G
 
K
I
 
I
P
 
P
V
 
A
V
 
A
G
 
T
S
 
L
N
x
D
T
x
R
R
 
K
V
 
V
N
 
E
S
 
S
D
 
S
L
 
K
L
 
P
T
 
V
S
 
P
Y
 
H
V
 
F
G
 
G
S
 
A
N
 
N
D
 
N
T
 
Y
I
 
T
S
 
G
G
 
G
Y
 
Q
M
 
E
E
 
V
A
 
A
K
 
K
T
 
A
V
 
V
L
 
K
D
 
A
K
 
K
I
 
Y
G
 
P
C
 
N
K
 
G
G
 
A
N
 
K
V
 
I
V
 
I
I
 
L
L
 
L
E
 
T
G
 
G
P
 
Q
I
 
P
G
 
G
Q
 
S
S
 
T
A
x
S
Q
 
N
I
 
I
S
 
E
R
|
R
L
 
T
E
 
K
G
 
G
N
 
I
K
 
R
K
 
D
A
 
E
L
 
L
A
 
A
E
 
A
C
 
G
P
 
G
N
 
D
-
 
K
V
 
Y
K
 
K
V
 
I
L
 
V
E
 
V
D
 
D
Q
 
Q
T
 
T
A
 
G
N
 
N
W
|
W
S
 
L
R
 
R
A
 
S
E
 
E
A
 
G
Q
 
L
K
 
R
L
 
I
M
 
I
E
 
E
N
 
S
W
 
V
L
 
L
T
 
P
A
 
T
H
x
L
P
x
K
G
x
E
Q
 
K
I
 
P
S
 
E
G
 
V
V
 
I
I
 
I
G
 
S
Q
 
A
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
I
E
 
E
A
 
A
I
 
L
K
 
R
A
 
S
A
 
Q
K
 
G
L
 
L
N
 
K
V
 
A
K
 
G
D
 
D
F
 
I
A
 
L
I
 
V
A
 
T
G
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
S
I
 
T
T
 
P
D
 
E
A
 
A
L
 
L
H
 
A
A
 
R
V
 
V
K
 
K
Q
 
D
G
 
G

Sites not aligning to the query:

4rxmA Crystal structure of periplasmic abc transporter solute binding protein a7jw62 from mannheimia haemolytica phl213, target efi-511105, in complex with myo-inositol
31% identity, 61% coverage: 58:257/329 of query aligns to 35:235/291 of 4rxmA

query
sites
4rxmA
V
x
I
D
 
K
L
 
L
T
 
Q
V
 
V
F
 
L
D
 
D
G
 
G
R
 
Q
Y
 
S
D
 
S
A
 
S
L
 
T
V
 
K
Q
 
Q
Q
 
A
E
 
S
Q
 
D
V
 
L
N
 
E
T
 
N
M
 
A
I
 
I
T
 
T
Q
 
R
K
 
G
F
 
A
D
 
K
A
 
G
I
 
I
I
 
I
F
 
I
V
 
S
P
 
P
I
 
N
D
 
D
I
 
V
E
 
N
A
 
A
A
 
I
A
 
S
T
 
G
A
 
A
V
 
V
Q
 
E
A
 
E
A
 
I
H
 
I
D
 
K
A
 
E
G
 
K
I
 
I
P
 
P
V
 
A
V
 
A
G
 
T
S
 
L
N
x
D
T
x
R
R
 
K
V
 
V
N
 
E
S
 
S
D
 
S
L
 
K
L
 
P
T
 
V
S
 
P
Y
 
H
V
 
F
G
 
G
S
 
A
N
 
N
D
 
N
T
 
Y
I
 
T
S
 
G
G
 
G
Y
 
Q
M
 
E
E
 
V
A
 
A
K
 
K
T
 
A
V
 
V
L
 
K
D
 
A
K
 
K
I
 
Y
G
 
P
C
 
N
K
 
G
G
 
A
N
 
K
V
 
I
V
 
I
I
 
L
L
 
L
E
 
T
G
 
G
P
 
Q
I
 
P
G
 
G
Q
 
S
S
 
T
A
x
S
Q
 
N
I
 
I
S
 
E
R
|
R
L
 
T
E
 
K
G
 
G
N
 
I
K
 
R
K
 
D
A
 
E
L
 
L
A
 
A
E
 
A
C
 
G
P
 
G
N
 
D
-
 
K
V
 
Y
K
 
K
V
 
I
L
 
V
E
 
V
D
 
D
Q
 
Q
T
 
T
A
 
G
N
 
N
W
|
W
S
 
L
R
 
R
A
 
S
E
 
E
A
 
G
Q
 
L
K
 
R
L
 
I
M
 
I
E
 
E
N
 
S
W
 
V
L
 
L
T
 
P
A
 
T
H
 
L
P
 
K
G
 
E
Q
 
K
I
 
P
S
 
E
G
 
V
V
 
I
I
 
I
G
 
S
Q
 
A
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
I
E
 
E
A
 
A
I
 
L
K
 
R
A
 
S
A
 
Q
K
 
G
L
 
L
N
 
K
V
 
A
K
 
G
D
 
D
F
 
I
A
 
L
I
 
V
A
 
T
G
 
G
I
 
F
D
|
D
G
 
S
I
 
T
T
 
P
D
 
E
A
 
A
L
 
L
H
 
A
A
 
R
V
 
V
K
 
K
Q
 
D
G
 
G

Sites not aligning to the query:

6hyhA Crystal structure of msmeg_1712 from mycobacterium smegmatis in complex with beta-d-fucofuranose (see paper)
29% identity, 81% coverage: 43:307/329 of query aligns to 15:283/304 of 6hyhA

query
sites
6hyhA
W
 
W
S
x
R
A
 
T
A
 
A
L
 
N
K
 
T
E
 
E
-
 
S
-
 
I
H
 
K
P
 
S
A
 
A
V
 
A
K
 
E
N
 
E
G
 
A
N
 
G
V
 
V
D
 
N
L
 
L
T
 
K
V
 
F
F
 
A
D
 
D
G
 
A
R
 
N
Y
 
G
D
 
E
A
 
Q
L
 
E
V
 
K
Q
 
Q
Q
 
I
E
 
S
Q
 
A
V
 
I
N
 
R
T
 
S
M
 
F
I
 
I
T
 
Q
Q
 
Q
K
 
G
F
 
V
D
 
D
A
 
V
I
 
I
I
 
A
F
 
F
V
 
S
P
 
P
I
 
V
D
 
V
I
 
R
E
 
T
A
 
G
A
 
W
A
x
D
T
 
A
A
 
V
V
 
L
Q
 
Q
A
 
E
A
 
T
H
 
K
D
 
N
A
 
A
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
G
 
L
S
 
T
N
x
D
T
x
R
R
 
A
V
 
V
N
 
D
S
 
T
-
 
Q
-
x
D
-
 
T
D
 
D
L
 
V
L
 
Y
T
 
K
S
 
T
Y
 
F
V
 
I
G
 
G
S
 
A
N
 
D
D
x
F
T
 
I
I
 
E
S
 
E
G
 
G
Y
 
R
M
 
R
E
 
A
A
 
G
K
 
Q
T
 
W
V
 
V
L
 
A
D
 
D
K
 
Q
I
 
Y
G
 
A
C
 
S
K
 
A
G
 
T
-
 
G
-
 
P
-
 
V
N
 
N
V
 
I
V
 
V
I
 
Q
L
 
L
E
 
E
G
 
G
P
 
T
I
 
T
G
 
G
Q
 
A
S
x
D
A
x
P
Q
 
A
I
 
I
S
x
D
R
|
R
L
 
K
E
 
T
G
 
G
N
 
F
K
 
A
K
 
E
A
 
G
L
 
I
A
 
S
E
 
K
C
 
N
P
 
P
N
 
N
V
 
L
K
 
K
V
 
I
L
 
V
E
 
A
D
 
S
Q
 
Q
T
 
T
A
 
G
N
 
D
W
x
F
S
 
T
R
 
R
A
 
S
E
 
G
A
 
G
Q
 
K
K
 
Q
L
 
V
M
 
M
E
 
E
N
 
A
W
 
F
L
 
L
T
 
K
A
 
S
H
 
T
P
 
P
G
 
-
Q
 
Q
I
 
I
S
 
D
G
 
V
V
 
V
I
 
F
G
 
A
Q
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
M
E
 
E
A
 
A
I
 
I
K
 
E
A
 
A
A
 
A
-
 
G
K
 
K
L
 
K
N
 
P
V
 
G
K
 
T
D
 
D
F
 
I
A
 
K
I
 
I
A
 
V
G
 
A
I
 
V
D
|
D
G
 
A
I
 
T
T
 
H
D
 
D
A
 
G
L
 
M
H
 
Q
A
 
A
V
 
L
K
 
A
Q
 
D
G
 
G
T
 
K
M
 
F
T
 
N
S
 
Y
I
 
I
L
 
V
Q
x
E
D
 
C
A
 
N
S
 
P
A
 
L
Q
 
L
A
 
G
Q
 
P
G
 
E
A
 
L
L
 
M
D
 
D
L
 
L
A
 
A
I
 
K
F
 
K
A
 
V
A
 
A
K
 
-
K
 
A
G
 
G
N
 
E
Y
 
P
K
 
V
P
 
P
E
 
E
S
 
R
K
 
V
I
 
V
W
 
-
S
 
-
Q
 
-
Y
 
T
P
 
P
D
 
D
M
x
E
P
 
A
F
 
F
N
 
D
D
 
Q
G
 
A
K
 
Q
E
 
A
K
 
K

Sites not aligning to the query:

6hbmA Crystal structure of msmeg_1712 from mycobacterium smegmatis in complex with alpha-l-arabinofuranose (see paper)
29% identity, 81% coverage: 43:307/329 of query aligns to 15:283/304 of 6hbmA

query
sites
6hbmA
W
 
W
S
 
R
A
 
T
A
 
A
L
 
N
K
 
T
E
 
E
-
 
S
-
 
I
H
 
K
P
 
S
A
 
A
V
 
A
K
 
E
N
 
E
G
 
A
N
 
G
V
 
V
D
 
N
L
 
L
T
 
K
V
 
F
F
 
A
D
 
D
G
 
A
R
 
N
Y
 
G
D
 
E
A
 
Q
L
 
E
V
 
K
Q
 
Q
Q
 
I
E
 
S
Q
 
A
V
 
I
N
 
R
T
 
S
M
 
F
I
 
I
T
 
Q
Q
 
Q
K
 
G
F
 
V
D
 
D
A
 
V
I
 
I
I
 
A
F
 
F
V
 
S
P
 
P
I
 
V
D
 
V
I
 
R
E
 
T
A
 
G
A
 
W
A
x
D
T
 
A
A
 
V
V
 
L
Q
 
Q
A
 
E
A
 
T
H
 
K
D
 
N
A
 
A
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
G
 
L
S
 
T
N
x
D
T
x
R
R
 
A
V
 
V
N
 
D
S
 
T
-
 
Q
-
x
D
-
 
T
D
 
D
L
 
V
L
 
Y
T
 
K
S
 
T
Y
 
F
V
 
I
G
 
G
S
 
A
N
 
D
D
 
F
T
 
I
I
 
E
S
 
E
G
 
G
Y
 
R
M
 
R
E
 
A
A
 
G
K
 
Q
T
 
W
V
 
V
L
 
A
D
 
D
K
 
Q
I
 
Y
G
 
A
C
 
S
K
 
A
G
 
T
-
 
G
-
 
P
-
 
V
N
 
N
V
 
I
V
 
V
I
 
Q
L
 
L
E
 
E
G
 
G
P
 
T
I
 
T
G
 
G
Q
 
A
S
 
D
A
 
P
Q
 
A
I
 
I
S
 
D
R
|
R
L
 
K
E
 
T
G
 
G
N
 
F
K
 
A
K
 
E
A
 
G
L
 
I
A
 
S
E
 
K
C
 
N
P
 
P
N
 
N
V
 
L
K
 
K
V
 
I
L
 
V
E
 
A
D
 
S
Q
 
Q
T
 
T
A
 
G
N
 
D
W
 
F
S
 
T
R
 
R
A
 
S
E
 
G
A
 
G
Q
 
K
K
 
Q
L
 
V
M
 
M
E
 
E
N
 
A
W
 
F
L
 
L
T
 
K
A
 
S
H
 
T
P
 
P
G
 
-
Q
 
Q
I
 
I
S
 
D
G
 
V
V
 
V
I
 
F
G
 
A
Q
 
Q
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
M
E
 
E
A
 
A
I
 
I
K
 
E
A
 
A
A
 
A
-
 
G
K
 
K
L
 
K
N
 
P
V
 
G
K
 
T
D
 
D
F
 
I
A
 
K
I
 
I
A
 
V
G
 
A
I
 
V
D
|
D
G
 
A
I
 
T
T
 
H
D
 
D
A
 
G
L
 
M
H
 
Q
A
 
A
V
 
L
K
 
A
Q
 
D
G
 
G
T
 
K
M
 
F
T
 
N
S
 
Y
I
 
I
L
 
V
Q
x
E
D
 
C
A
 
N
S
 
P
A
 
L
Q
 
L
A
 
G
Q
 
P
G
 
E
A
 
L
L
 
M
D
 
D
L
 
L
A
 
A
I
 
K
F
 
K
A
 
V
A
 
A
K
 
-
K
 
A
G
 
G
N
 
E
Y
 
P
K
 
V
P
 
P
E
 
E
S
 
R
K
 
V
I
 
V
W
 
-
S
 
-
Q
 
-
Y
 
T
P
 
P
D
 
D
M
x
E
P
 
A
F
 
F
N
 
D
D
 
Q
G
 
A
K
 
Q
E
 
A
K
 
K

Sites not aligning to the query:

6hbdA Crystal structure of msmeg_1712 from mycobacterium smegmatis in complex with beta-d-galactofuranose (see paper)
29% identity, 81% coverage: 43:307/329 of query aligns to 16:284/305 of 6hbdA

query
sites
6hbdA
W
 
W
S
x
R
A
 
T
A
 
A
L
 
N
K
 
T
E
 
E
-
 
S
-
 
I
H
 
K
P
 
S
A
 
A
V
 
A
K
 
E
N
 
E
G
 
A
N
 
G
V
 
V
D
 
N
L
 
L
T
 
K
V
 
F
F
 
A
D
 
D
G
 
A
R
 
N
Y
 
G
D
 
E
A
 
Q
L
 
E
V
 
K
Q
 
Q
Q
 
I
E
 
S
Q
 
A
V
 
I
N
 
R
T
 
S
M
 
F
I
 
I
T
 
Q
Q
 
Q
K
 
G
F
 
V
D
 
D
A
 
V
I
 
I
I
 
A
F
 
F
V
 
S
P
 
P
I
 
V
D
 
V
I
 
R
E
 
T
A
 
G
A
 
W
A
x
D
T
 
A
A
 
V
V
 
L
Q
 
Q
A
 
E
A
 
T
H
 
K
D
 
N
A
 
A
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
I
G
 
L
S
 
T
N
x
D
T
x
R
R
 
A
V
 
V
N
 
D
S
 
T
-
 
Q
-
x
D
-
 
T
D
 
D
L
 
V
L
 
Y
T
 
K
S
 
T
Y
 
F
V
 
I
G
 
G
S
 
A
N
 
D
D
x
F
T
 
I
I
 
E
S
 
E
G
 
G
Y
 
R
M
 
R
E
 
A
A
 
G
K
 
Q
T
 
W
V
 
V
L
 
A
D
 
D
K
 
Q
I
 
Y
G
 
A
C
 
S
K
 
A
G
 
T
-
 
G
-
 
P
-
 
V
N
 
N
V
 
I
V
 
V
I
 
Q
L
 
L
E
 
E
G
 
G
P
 
T
I
 
T
G
 
G
Q
 
A
S
x
D
A
 
P
Q
 
A
I
 
I
S
x
D
R
|
R
L
 
K
E
 
T
G
 
G
N
 
F
K
 
A
K
 
E
A
 
G
L
 
I
A
 
S
E
 
K
C
 
N
P
 
P
N
 
N
V
 
L
K
 
K
V
 
I
L
 
V
E
 
A
D
 
S
Q
 
Q
T
 
T
A
 
G
N
 
D
W
x
F
S
 
T
R
 
R
A
 
S
E
 
G
A
 
G
Q
 
K
K
 
Q
L
 
V
M
 
M
E
 
E
N
 
A
W
 
F
L
 
L
T
 
K
A
 
S
H
 
T
P
 
P
G
 
-
Q
 
Q
I
 
I
S
 
D
G
 
V
V
 
V
I
 
F
G
 
A
Q
 
Q
N
 
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
M
E
 
E
A
 
A
I
 
I
K
 
E
A
 
A
A
 
A
-
 
G
K
 
K
L
 
K
N
 
P
V
 
G
K
 
T
D
 
D
F
 
I
A
 
K
I
 
I
A
 
V
G
 
A
I
 
V
D
|
D
G
 
A
I
 
T
T
 
H
D
 
D
A
 
G
L
 
M
H
 
Q
A
 
A
V
 
L
K
 
A
Q
 
D
G
 
G
T
 
K
M
 
F
T
 
N
S
 
Y
I
 
I
L
 
V
Q
x
E
D
 
C
A
 
N
S
 
P
A
 
L
Q
 
L
A
 
G
Q
 
P
G
 
E
A
 
L
L
 
M
D
 
D
L
 
L
A
 
A
I
 
K
F
 
K
A
 
V
A
 
A
K
 
-
K
 
A
G
 
G
N
 
E
Y
 
P
K
 
V
P
 
P
E
 
E
S
 
R
K
 
V
I
 
V
W
 
-
S
 
-
Q
 
-
Y
 
T
P
 
P
D
 
D
M
x
E
P
 
A
F
 
F
N
 
D
D
 
Q
G
 
A
K
 
Q
E
 
A
K
 
K

Sites not aligning to the query:

8fxuA Thermoanaerobacter thermosaccharolyticum periplasmic glucose-binding protein glucose complex: badan conjugate attached at f17c (see paper)
29% identity, 77% coverage: 24:277/329 of query aligns to 2:270/310 of 8fxuA

query
sites
8fxuA
K
 
K
K
 
Q
L
 
L
K
 
N
I
 
I
G
 
G
A
 
V
A
 
A
P
 
I
Y
 
Y
G
 
K
L
 
F
N
 
D
A
x
D
E
 
T
F
x
C
M
 
M
Q
 
-
I
 
-
W
 
-
S
 
T
A
 
G
A
 
V
L
 
R
K
 
N
E
 
A
H
 
M
P
 
T
A
 
A
V
 
E
K
 
A
N
 
Q
G
 
G
N
 
K
V
 
A
D
 
K
L
 
L
T
 
N
V
 
M
F
 
V
D
 
D
G
 
S
R
 
Q
Y
 
N
D
 
S
A
 
Q
L
 
P
V
 
T
Q
 
Q
Q
 
N
E
 
D
Q
 
Q
V
 
V
N
 
D
T
 
L
M
 
F
I
 
I
T
 
T
Q
 
K
K
 
K
F
 
M
D
 
N
A
 
A
I
 
L
I
 
A
F
 
I
V
 
N
P
 
P
I
 
V
D
 
D
I
 
R
E
 
T
A
 
A
A
 
A
A
 
G
T
 
T
A
 
I
V
 
I
Q
 
D
A
 
K
A
 
A
H
 
K
D
 
Q
A
 
A
G
 
N
I
 
I
P
 
P
V
 
V
V
 
V
G
 
F
S
 
F
N
|
N
T
x
R
R
 
E
-
 
P
V
 
L
N
 
P
S
 
E
D
 
D
L
 
M
L
 
K
-
 
K
-
 
W
-
 
D
-
 
K
T
 
V
S
 
Y
Y
 
Y
V
 
V
G
 
G
S
 
A
N
 
K
D
 
A
T
 
E
I
 
Q
S
 
S
G
 
G
Y
 
I
M
 
L
E
 
Q
A
 
G
K
 
Q
T
 
I
V
 
M
L
 
A
D
 
D
K
 
Y
I
 
W
G
 
K
C
 
A
K
 
H
G
 
P
-
 
E
-
 
A
-
x
D
-
 
K
-
x
N
-
 
H
-
x
D
-
 
G
-
x
V
-
 
M
N
x
Q
V
 
Y
V
 
V
I
 
M
L
 
L
E
 
M
G
 
G
P
 
Q
I
 
P
G
 
G
Q
 
H
S
 
Q
A
x
D
Q
 
A
I
 
I
S
 
L
R
|
R
L
 
T
E
 
Q
G
 
Y
N
 
S
K
 
I
K
 
Q
A
 
T
L
 
V
A
 
K
E
 
D
C
 
A
P
 
G
-
 
I
N
 
K
V
 
V
K
 
Q
V
 
E
L
 
L
E
 
A
D
 
K
Q
 
D
T
 
Y
A
 
A
N
 
N
W
|
W
S
 
D
R
 
R
A
 
V
E
 
T
A
 
A
Q
 
H
K
 
D
L
 
K
M
 
M
E
 
A
N
 
A
W
 
W
L
 
L
T
 
S
A
 
S
H
 
F
P
 
G
G
 
D
Q
 
K
I
 
I
S
x
E
G
 
A
V
 
V
I
 
F
G
 
A
Q
 
N
N
|
N
D
 
D
E
 
D
M
 
M