SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_004124112.1 NCBI__GCF_000359745.1:WP_004124112.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

P52697 6-phosphogluconolactonase; 6-P-gluconolactonase; Pgl; EC 3.1.1.31 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
34% identity, 96% coverage: 11:355/361 of query aligns to 2:326/331 of P52697

query
sites
P52697
R
 
K
T
 
Q
F
 
T
V
 
V
Y
 
Y
V
 
I
S
 
A
A
 
S
A
 
P
T
 
E
A
 
S
G
 
Q
M
 
Q
I
 
I
D
 
H
T
 
V
Y
 
W
A
 
N
M
 
L
D
 
N
E
 
H
A
 
E
T
 
-
G
 
G
A
 
A
L
 
L
T
 
T
R
 
L
V
 
T
S
 
Q
S
 
V
V
 
V
E
 
D
A
 
V
G
 
P
P
 
G
T
 
Q
V
 
V
M
 
Q
P
 
P
M
 
M
A
 
V
V
 
V
A
 
S
P
 
P
D
 
D
Q
 
K
K
 
R
H
 
Y
L
 
L
Y
 
Y
A
 
V
T
 
G
I
 
V
R
 
R
S
 
P
Q
 
E
P
 
-
Y
 
F
R
 
R
V
 
V
L
 
L
T
 
A
L
 
Y
A
 
R
I
 
I
D
 
A
P
 
P
A
 
D
T
 
D
G
 
G
N
 
A
L
 
L
A
 
T
Q
 
F
K
 
A
A
 
A
A
 
E
A
 
S
P
 
A
L
 
L
P
 
P
D
 
G
S
 
S
M
 
P
A
 
T
Y
 
H
I
 
I
S
 
S
V
 
T
D
 
D
P
 
H
S
 
Q
G
 
G
R
 
Q
L
 
F
L
 
V
L
 
F
A
 
V
A
 
G
S
 
S
Y
 
Y
G
 
N
G
 
A
N
 
G
C
 
N
V
 
V
A
 
S
V
 
V
S
 
T
P
 
R
I
 
L
G
 
-
K
 
E
D
 
D
G
 
G
L
 
L
V
 
P
T
 
V
E
 
-
G
 
G
A
 
V
R
 
V
Q
 
D
L
 
V
V
 
V
S
 
E
T
 
G
G
 
L
R
 
D
N
 
G
A
 
C
H
 
H
S
 
S
I
 
A
V
 
N
S
 
I
D
 
S
R
 
P
S
 
D
G
 
N
K
 
R
F
 
T
V
 
L
F
 
W
A
 
V
T
 
P
N
 
A
L
 
L
G
 
K
S
 
Q
D
 
D
A
 
R
V
 
I
L
 
C
Q
 
L
F
 
F
V
 
T
L
 
V
N
 
S
P
 
-
E
 
D
T
 
D
G
 
G
M
 
H
L
 
L
E
 
V
A
 
A
N
 
Q
D
 
D
P
 
P
P
 
A
Q
 
E
V
 
V
A
 
T
T
 
T
G
 
V
P
 
E
G
 
G
F
 
A
G
 
G
P
 
P
R
 
R
H
 
H
I
 
M
V
 
V
P
 
F
S
 
H
P
 
P
D
 
N
N
 
E
R
 
Q
Y
 
Y
L
 
A
Y
 
Y
V
 
C
L
 
V
T
 
N
E
 
E
L
 
L
T
 
N
G
 
S
H
 
S
V
 
V
I
 
D
H
 
V
Y
 
W
A
 
E
L
 
L
D
 
K
S
 
D
A
 
P
R
 
H
G
 
G
T
 
N
L
 
I
T
 
E
E
 
C
V
 
V
Q
 
Q
S
 
T
V
 
L
A
 
D
S
 
M
V
 
M
P
 
P
D
 
E
K
 
N
A
 
F
G
 
S
L
 
-
S
 
-
P
 
-
G
 
-
V
 
-
V
 
-
P
 
-
S
 
-
A
 
-
P
 
-
A
 
-
E
 
-
D
 
D
G
 
T
R
 
R
P
 
-
K
 
-
I
 
-
W
 
W
A
 
A
A
 
A
D
 
D
I
 
I
G
 
H
I
 
I
T
 
T
P
 
P
N
 
D
G
 
G
R
 
R
F
 
H
L
 
L
Y
 
Y
T
 
A
T
 
C
E
 
D
R
 
R
T
 
T
T
 
A
S
 
S
T
 
L
I
 
I
A
 
T
L
 
V
F
 
F
R
 
S
L
 
V
N
 
S
G
 
-
H
 
E
D
 
D
G
 
G
T
 
S
P
 
V
V
 
L
Y
 
S
V
 
K
A
 
E
N
 
G
Y
 
F
-
 
Q
P
 
P
T
 
T
E
 
E
R
 
T
Q
 
Q
P
 
P
R
 
R
G
 
G
I
 
F
R
 
N
I
 
V
D
 
D
P
 
H
S
 
S
G
 
G
R
x
K
F
 
Y
L
 
L
I
 
I
A
 
A
S
 
A
G
 
G
E
 
Q
K
 
K
S
 
S
D
 
H
R
 
H
L
 
I
S
 
S
V
 
V
Y
 
Y
S
 
E
I
 
I
G
 
V
E
 
G
A
 
E
D
 
Q
G
 
G
E
 
L
L
 
L
S
 
H
I
 
E
V
 
K
G
 
G
R
 
R
Y
 
Y
P
 
A
V
 
V
S
 
G
A
 
Q
G
 
G
A
 
P
N
 
M
W
 
W
I
 
V

1jofB Neurospora crassa 3-carboxy-cis,cis-mucoante lactonizing enzyme (see paper)
25% identity, 49% coverage: 114:290/361 of query aligns to 121:283/365 of 1jofB

query
sites
1jofB
G
 
G
N
 
N
C
 
V
V
 
F
A
 
S
V
 
V
S
 
S
P
 
E
I
 
T
G
 
G
K
 
K
D
 
L
G
 
E
L
 
K
V
 
N
T
 
V
E
 
Q
G
 
N
A
 
Y
R
 
E
Q
 
Y
L
 
Q
V
 
E
S
 
N
T
 
T
G
 
G
R
 
-
N
 
-
A
 
I
H
|
H
S
 
G
I
 
M
V
 
V
S
 
F
D
 
D
R
 
P
S
 
T
G
 
E
K
 
T
F
 
Y
V
 
L
F
 
Y
A
 
S
T
 
A
N
 
D
L
 
L
G
 
T
S
 
A
D
 
N
A
 
K
V
 
L
L
 
W
Q
 
T
F
 
H
-
 
R
-
 
K
V
 
L
L
 
A
N
 
S
P
 
G
E
 
E
T
 
V
G
 
E
M
 
L
L
 
V
E
 
G
A
 
S
N
 
V
D
 
D
P
 
A
P
 
P
Q
 
D
V
 
-
A
 
-
T
 
-
G
 
-
P
 
P
G
 
G
F
 
D
G
 
H
P
 
P
R
|
R
H
 
W
I
 
V
V
 
A
P
 
M
S
 
H
P
 
P
D
 
T
N
 
G
R
 
N
Y
 
Y
L
 
L
Y
 
Y
V
 
A
L
 
L
T
 
M
E
|
E
L
 
A
T
 
G
G
 
N
H
 
R
V
 
I
I
 
C
H
 
E
Y
 
Y
A
 
V
L
 
I
D
 
D
S
 
P
A
 
A
R
 
-
G
 
-
T
 
T
L
 
H
T
 
M
E
 
P
V
 
V
Q
 
Y
S
 
T
V
 
H
A
 
H
S
 
S
V
 
F
P
 
P
D
 
-
K
 
-
A
 
-
G
 
-
L
 
L
S
 
I
P
 
P
G
 
P
V
 
G
V
 
I
P
 
P
S
 
D
A
 
R
P
 
D
A
 
P
E
 
E
D
 
T
G
 
G
R
 
K
P
 
-
K
 
G
I
 
L
W
 
Y
A
 
R
A
 
A
D
 
D
I
 
V
-
 
C
G
 
A
I
 
L
T
 
T
P
 
F
N
 
S
G
 
G
R
 
K
F
 
Y
L
 
M
Y
 
F
T
 
A
T
 
S
E
 
S
R
|
R
T
 
A
T
 
N
S
 
K
T
 
-
I
 
-
A
 
-
L
 
-
F
 
F
R
x
E
L
 
L
N
 
Q
G
 
G
H
 
Y

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_004124112.1 NCBI__GCF_000359745.1:WP_004124112.1
MNQASYNASTRTFVYVSAATAGMIDTYAMDEATGALTRVSSVEAGPTVMPMAVAPDQKHL
YATIRSQPYRVLTLAIDPATGNLAQKAAAPLPDSMAYISVDPSGRLLLAASYGGNCVAVS
PIGKDGLVTEGARQLVSTGRNAHSIVSDRSGKFVFATNLGSDAVLQFVLNPETGMLEAND
PPQVATGPGFGPRHIVPSPDNRYLYVLTELTGHVIHYALDSARGTLTEVQSVASVPDKAG
LSPGVVPSAPAEDGRPKIWAADIGITPNGRFLYTTERTTSTIALFRLNGHDGTPVYVANY
PTERQPRGIRIDPSGRFLIASGEKSDRLSVYSIGEADGELSIVGRYPVSAGANWIEIVTF
A

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory