SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_004299492.1 NCBI__GCF_000310185.1:WP_004299492.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3zokA Structure of 3-dehydroquinate synthase from actinidia chinensis in complex with NAD (see paper)
56% identity, 99% coverage: 4:360/360 of query aligns to 4:364/365 of 3zokA

query
sites
3zokA
L
 
V
N
 
D
V
 
V
A
 
D
L
 
L
G
 
G
E
 
D
R
 
R
A
 
S
Y
 
Y
P
 
P
I
 
I
H
 
Y
I
 
I
G
 
G
R
 
S
G
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
D
R
 
Q
A
 
P
D
 
D
L
 
L
I
 
L
L
 
Q
P
 
R
H
 
H
L
 
V
K
 
H
T
 
G
Q
 
K
R
 
R
V
 
V
A
 
L
I
 
V
V
 
V
T
 
T
N
 
N
E
 
S
V
x
T
V
|
V
G
 
A
P
 
P
L
 
I
Y
 
Y
L
 
L
E
 
D
R
 
K
L
 
V
R
 
V
A
 
G
G
 
A
L
 
L
-
 
T
-
 
N
E
 
E
D
 
N
A
 
P
G
 
N
V
 
V
R
 
S
T
 
V
A
 
E
A
 
S
V
 
V
V
 
I
L
 
L
P
 
P
D
|
D
G
 
G
E
|
E
A
 
K
H
 
Y
K
|
K
D
 
N
W
 
M
E
 
D
T
 
T
L
 
L
A
 
M
R
 
K
I
 
V
F
 
F
D
 
D
M
 
K
L
 
A
L
 
I
A
 
E
E
 
S
R
 
R
C
 
L
E
 
D
R
 
R
S
 
R
T
 
C
T
 
T
L
 
F
V
 
V
A
 
A
L
 
L
G
 
G
G
|
G
G
|
G
V
|
V
V
 
I
G
 
G
D
|
D
M
 
M
G
 
C
G
 
G
F
 
Y
A
 
A
A
 
A
A
 
A
C
 
S
Y
 
F
Q
 
L
R
|
R
G
 
G
M
 
V
P
 
N
F
 
F
I
 
I
Q
 
Q
V
 
I
P
 
P
T
|
T
T
|
T
L
 
V
L
x
M
S
 
A
Q
 
Q
V
 
V
D
|
D
S
|
S
S
 
S
V
 
V
G
 
G
G
 
G
K
|
K
T
 
T
A
 
G
I
 
I
N
 
N
H
 
H
P
 
R
L
 
L
G
 
G
K
|
K
N
 
N
M
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
A
F
 
F
Y
 
Y
Q
 
Q
P
 
P
R
 
Q
L
 
C
V
 
V
L
 
L
A
 
I
D
 
D
I
 
T
D
 
D
T
 
T
L
 
L
D
 
N
T
|
T
L
|
L
P
 
P
D
 
D
R
 
R
E
|
E
L
 
L
S
 
A
A
 
S
G
 
G
L
 
L
A
 
A
E
|
E
V
 
V
I
 
V
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
I
 
I
R
 
R
D
 
D
P
 
A
G
 
N
F
 
F
L
 
F
A
 
E
W
 
W
L
 
Q
E
 
E
L
 
K
N
 
N
L
 
M
D
 
P
R
 
A
L
 
L
M
 
M
A
 
A
R
 
R
D
 
D
T
 
P
D
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
W
 
Y
A
 
A
I
 
I
E
 
K
R
 
R
S
 
S
C
 
C
R
 
E
N
 
N
K
|
K
A
 
A
E
 
E
V
 
V
V
 
V
A
 
S
A
 
L
D
 
D
E
 
E
T
 
K
E
|
E
Q
 
S
G
 
G
E
 
L
R
|
R
A
 
A
L
 
T
L
 
L
N
|
N
L
 
L
G
 
G
H
|
H
T
 
T
F
 
F
G
 
G
H
|
H
A
 
A
I
 
I
E
 
E
T
 
T
G
 
G
L
 
F
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
E
 
Q
W
 
W
L
 
L
H
|
H
G
 
G
E
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
G
T
 
M
M
 
V
M
 
M
A
 
A
A
 
V
E
 
D
L
 
M
S
 
S
R
 
Y
R
 
R
L
 
L
G
 
G
W
 
W
I
 
I
D
 
D
A
 
E
A
 
S
A
 
I
V
 
V
A
 
N
R
 
R
I
 
A
E
 
H
A
 
N
L
 
I
L
 
L
E
 
Q
R
 
Q
A
 
A
R
 
K
L
 
L
P
 
P
V
 
T
W
 
A
G
 
P
P
 
P
R
 
E
-
 
T
L
 
M
G
 
T
V
 
V
E
 
E
R
 
M
Y
 
F
V
 
K
E
 
S
L
 
V
M
 
M
S
 
A
H
 
V
D
 
D
K
 
K
K
 
K
V
 
V
E
 
A
A
 
D
G
 
G
K
 
L
L
 
L
R
 
R
L
 
L
V
 
I
L
 
L
L
 
L
R
 
K
A
 
G
-
 
P
L
 
L
G
 
G
C
 
N
A
 
C
V
 
V
M
 
F
H
 
T
G
 
G
E
 
D
A
 
Y
P
 
D
A
 
R
G
 
K
E
 
A
I
 
L
A
 
D
A
 
E
A
 
T
I
 
L
E
 
H
A
 
A
R
 
F
C
 
C
R
 
K

U3KRF2 3-dehydroquinate synthase, chloroplastic; EC 4.2.3.4 from Actinidia chinensis var. chinensis (Chinese soft-hair kiwi) (see paper)
56% identity, 99% coverage: 4:360/360 of query aligns to 84:444/445 of U3KRF2

query
sites
U3KRF2
L
 
V
N
 
D
V
 
V
A
 
D
L
 
L
G
 
G
E
 
D
R
 
R
A
 
S
Y
 
Y
P
 
P
I
 
I
H
 
Y
I
 
I
G
 
G
R
 
S
G
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
D
R
 
Q
A
 
P
D
 
D
L
 
L
I
 
L
L
 
Q
P
 
R
H
 
H
L
 
V
K
 
H
T
 
G
Q
 
K
R
 
R
V
 
V
A
 
L
I
 
V
V
 
V
T
 
T
N
|
N
E
 
S
V
 
T
V
 
V
G
 
A
P
 
P
L
 
I
Y
 
Y
L
 
L
E
 
D
R
 
K
L
 
V
R
 
V
A
 
G
G
 
A
L
 
L
E
 
T
D
 
N
A
 
G
G
 
N
-
 
P
-
 
N
V
 
V
R
 
S
T
 
V
A
 
E
A
 
S
V
 
V
V
 
I
L
 
L
P
 
P
D
|
D
G
|
G
E
|
E
A
 
K
H
 
Y
K
|
K
D
 
N
W
 
M
E
 
D
T
 
T
L
 
L
A
 
M
R
 
K
I
 
V
F
 
F
D
 
D
M
 
K
L
 
A
L
 
I
A
 
E
E
 
S
R
 
R
C
 
L
E
 
D
R
 
R
S
 
R
T
 
C
T
 
T
L
 
F
V
 
V
A
 
A
L
 
L
G
 
G
G
|
G
G
|
G
V
|
V
V
x
I
G
|
G
D
|
D
M
 
M
G
 
C
G
 
G
F
 
Y
A
 
A
A
 
A
A
 
A
C
 
S
Y
 
F
Q
 
L
R
 
R
G
 
G
M
 
V
P
 
N
F
 
F
I
 
I
Q
 
Q
V
 
I
P
 
P
T
|
T
T
|
T
L
 
V
L
 
M
S
 
A
Q
 
Q
V
 
V
D
 
D
S
 
S
S
 
S
V
 
V
G
 
G
G
 
G
K
|
K
T
 
T
A
 
G
I
 
I
N
 
N
H
 
H
P
 
R
L
 
L
G
 
G
K
|
K
N
 
N
M
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
A
F
 
F
Y
 
Y
Q
 
Q
P
 
P
R
 
Q
L
 
C
V
 
V
L
 
L
A
 
I
D
 
D
I
 
T
D
 
D
T
|
T
L
|
L
D
x
N
T
|
T
L
 
L
P
 
P
D
 
D
R
 
R
E
 
E
L
 
L
S
 
A
A
 
S
G
 
G
L
 
L
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
V
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
I
 
I
R
 
R
D
 
D
P
 
A
G
 
N
F
 
F
L
 
F
A
 
E
W
 
W
L
 
Q
E
 
E
L
 
K
N
 
N
L
 
M
D
 
P
R
 
A
L
 
L
M
 
M
A
 
A
R
 
R
D
 
D
T
 
P
D
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
A
W
 
Y
A
 
A
I
 
I
E
 
K
R
 
R
S
 
S
C
 
C
R
 
E
N
 
N
K
|
K
A
 
A
E
 
E
V
 
V
V
 
V
A
 
S
A
 
L
D
 
D
E
 
E
T
 
K
E
 
E
Q
 
S
G
 
G
E
 
L
R
 
R
A
 
A
L
 
T
L
 
L
N
 
N
L
 
L
G
 
G
H
 
H
T
 
T
F
 
F
G
 
G
H
 
H
A
 
A
I
 
I
E
 
E
T
 
T
G
 
G
L
 
F
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
E
 
Q
W
 
W
L
 
L
H
 
H
G
 
G
E
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
G
T
 
M
M
 
V
M
 
M
A
 
A
A
 
V
E
 
D
L
 
M
S
 
S
R
 
Y
R
 
R
L
 
L
G
 
G
W
 
W
I
 
I
D
 
D
A
 
E
A
 
S
A
 
I
V
 
V
A
 
N
R
 
R
I
 
A
E
 
H
A
 
N
L
 
I
L
 
L
E
 
Q
R
 
Q
A
 
A
R
 
K
L
 
L
P
 
P
V
 
T
W
 
A
G
 
P
P
 
P
R
 
E
-
 
T
L
 
M
G
 
T
V
 
V
E
 
E
R
 
M
Y
 
F
V
 
K
E
 
S
L
 
V
M
 
M
S
 
A
H
 
V
D
 
D
K
 
K
K
 
K
V
 
V
E
 
A
A
 
D
G
 
G
K
 
L
L
 
L
R
 
R
L
 
L
V
 
I
L
 
L
L
 
L
R
 
K
A
 
G
-
 
P
L
 
L
G
 
G
C
 
N
A
 
C
V
 
V
M
 
F
H
 
T
G
 
G
E
 
D
A
 
Y
P
 
D
A
 
R
G
 
K
E
 
A
I
 
L
A
 
D
A
 
E
A
 
T
I
 
L
E
 
H
A
 
A
R
 
F
C
 
C
R
 
K

5eksA Structure of 3-dehydroquinate synthase from acinetobacter baumannii in complex with NAD
60% identity, 95% coverage: 1:342/360 of query aligns to 2:336/355 of 5eksA

query
sites
5eksA
M
 
M
Q
 
Q
T
 
T
L
 
L
N
 
H
V
 
V
A
 
E
L
 
L
G
 
G
E
 
E
R
 
R
A
 
R
Y
 
Y
P
 
P
I
 
I
H
 
F
I
 
I
G
 
G
R
 
S
G
 
Q
L
 
L
L
 
D
G
 
P
R
 
K
A
 
-
D
 
Q
L
 
L
I
 
L
L
 
E
P
 
P
H
 
Y
L
 
I
K
 
H
T
 
G
Q
 
Q
R
 
Q
V
 
V
A
 
M
I
 
I
V
 
V
T
 
S
N
|
N
E
 
V
V
 
T
V
|
V
G
 
A
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
E
 
S
R
 
H
L
 
Y
R
 
Q
A
 
E
G
 
A
L
 
L
E
 
E
D
 
S
A
 
L
G
 
G
V
 
K
R
 
T
T
 
V
A
 
A
A
 
T
V
 
C
V
 
I
L
 
L
P
 
P
D
|
D
G
 
G
E
|
E
A
 
K
H
 
Y
K
|
K
D
 
D
W
 
I
E
 
Q
T
 
H
L
 
L
A
 
N
R
 
L
I
 
I
F
 
F
D
 
D
M
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
E
E
 
A
R
 
G
C
 
F
E
 
N
R
 
R
S
 
D
T
 
C
T
 
T
L
 
V
V
 
L
A
 
A
L
 
L
G
 
G
G
|
G
G
|
G
V
|
V
V
 
I
G
 
G
D
|
D
M
 
M
G
 
A
G
 
G
F
 
F
A
 
A
A
 
S
A
 
A
C
 
C
Y
 
F
Q
 
Q
R
|
R
G
 
G
M
 
V
P
 
Y
F
 
F
I
 
V
Q
 
Q
V
 
V
P
 
P
T
|
T
T
|
T
L
 
L
L
 
L
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
D
|
D
S
|
S
S
 
S
V
 
V
G
 
G
G
 
G
K
|
K
T
 
T
A
 
G
I
 
I
N
 
N
H
 
H
P
 
P
L
 
L
G
 
G
K
 
K
N
 
N
M
 
M
I
 
L
G
 
G
A
 
A
F
 
F
Y
 
Q
Q
 
Q
P
 
P
R
 
Q
L
 
V
V
 
V
L
 
L
A
 
A
D
 
D
I
 
M
D
 
A
T
 
Q
L
 
L
D
 
N
T
|
T
L
|
L
P
 
P
D
 
E
R
 
R
E
|
E
L
 
L
S
 
S
A
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
A
E
|
E
V
 
V
I
 
I
K
 
K
Y
 
Y
G
 
A
L
 
L
I
 
L
R
 
G
D
 
D
P
 
E
G
 
D
F
 
F
L
 
L
A
 
V
W
 
W
L
 
L
E
 
E
L
 
E
N
 
N
L
 
M
D
 
D
R
 
G
L
 
L
M
 
V
A
 
A
R
 
R
D
 
D
T
 
A
D
 
D
A
 
L
L
 
L
A
 
A
W
 
E
A
 
A
I
 
V
E
 
Y
R
 
R
S
 
S
C
 
C
R
 
A
N
 
H
K
|
K
A
 
A
E
 
R
V
 
I
V
 
V
A
 
A
A
 
N
D
 
D
E
 
E
T
 
K
E
 
-
Q
 
-
G
 
-
E
 
E
R
|
R
A
 
A
L
 
L
L
 
L
N
|
N
L
 
L
G
 
G
H
|
H
T
 
T
F
 
F
G
 
G
H
|
H
A
 
A
I
 
I
E
 
E
T
 
S
G
 
Y
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
E
 
T
W
 
W
L
 
L
H
|
H
G
 
G
E
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
T
G
 
G
T
 
M
M
 
V
M
 
M
A
 
A
A
 
A
E
 
D
L
 
L
S
 
S
R
 
Q
R
 
R
L
 
L
G
 
G
W
 
W
I
 
I
D
 
S
A
 
N
A
 
E
A
 
D
V
 
V
A
 
A
R
 
R
I
 
T
E
 
K
A
 
K
L
 
I
L
 
I
E
 
Q
R
 
R
A
 
A
R
 
N
L
 
L
P
 
P
V
 
I
W
 
S
G
 
C
P
 
P
R
 
Q
L
 
I
G
 
P
V
 
L
E
 
D
R
 
D
Y
 
F
V
 
L
E
 
G
L
 
Y
M
 
M
S
 
A
H
 
H
D
 
D
K
 
K
K
 
K
V
 
V
E
 
Q
A
 
-
G
 
-
K
 
-
L
 
L
R
 
R
L
 
L
V
 
V
L
 
L
L
 
L
R
 
K
A
 
Q
L
 
L
G
 
G
C
 
Q
A
 
A
V
 
V
M
 
I

Q9KNV2 3-dehydroquinate synthase; DHQS; EC 4.2.3.4 from Vibrio cholerae serotype O1 (strain ATCC 39315 / El Tor Inaba N16961)
55% identity, 100% coverage: 1:360/360 of query aligns to 1:359/361 of Q9KNV2

query
sites
Q9KNV2
M
 
M
Q
 
E
T
 
R
L
 
I
N
 
T
V
 
V
A
 
N
L
 
L
G
 
G
E
 
E
R
 
R
A
 
S
Y
 
Y
P
 
P
I
 
I
H
 
S
I
 
I
G
 
G
R
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
F
G
 
A
R
 
N
A
 
P
D
 
A
L
 
L
I
 
L
L
 
S
P
 
L
H
 
S
L
 
A
K
 
K
T
 
-
Q
 
Q
R
 
K
V
 
V
A
 
V
I
 
I
V
 
V
T
 
T
N
|
N
E
 
H
V
 
T
V
 
V
G
 
A
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
L
 
A
E
 
P
R
 
A
L
 
I
R
 
I
A
 
S
G
 
L
L
 
L
E
 
D
D
 
H
A
 
I
G
 
G
V
 
C
R
 
Q
T
 
H
A
 
A
A
 
L
V
 
L
V
 
E
L
 
L
P
 
P
D
|
D
G
|
G
E
|
E
A
x
Q
H
x
Y
K
|
K
D
 
T
W
 
L
E
 
E
T
 
T
L
 
F
A
 
N
R
 
T
I
 
V
F
 
M
D
 
S
M
 
F
L
 
L
L
 
L
A
 
E
E
 
H
R
 
N
C
 
Y
E
 
S
R
 
R
S
 
D
T
 
V
T
 
V
L
 
V
V
 
I
A
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
G
G
|
G
V
|
V
V
x
I
G
|
G
D
|
D
M
 
L
G
 
V
G
 
G
F
 
F
A
 
A
A
 
A
A
 
A
C
 
C
Y
 
Y
Q
 
Q
R
 
R
G
 
G
M
 
V
P
 
D
F
 
F
I
 
I
Q
 
Q
V
 
I
P
 
P
T
|
T
T
|
T
L
 
L
L
 
L
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
D
 
D
S
 
S
S
 
S
V
 
V
G
 
G
G
 
G
K
|
K
T
 
T
A
 
A
I
 
V
N
 
N
H
 
H
P
 
P
L
 
L
G
 
G
K
|
K
N
|
N
M
 
M
I
 
I
G
 
G
A
 
A
F
 
F
Y
 
Y
Q
 
Q
P
 
P
R
 
K
L
 
A
V
 
V
L
 
V
A
 
I
D
 
D
I
 
T
D
 
D
T
x
C
L
|
L
D
x
T
T
|
T
L
 
L
P
 
P
D
 
A
R
 
R
E
 
E
L
 
F
S
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
M
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
I
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
L
 
I
I
 
I
R
 
Y
D
 
D
P
 
S
G
 
A
F
 
F
L
 
F
A
 
D
W
 
W
L
 
L
E
 
E
L
 
A
N
 
Q
L
 
M
D
 
E
R
 
A
L
 
L
M
 
Y
A
 
A
R
 
L
D
 
D
T
 
E
D
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
T
W
 
Y
A
 
A
I
 
I
E
 
A
R
 
R
S
 
C
C
 
C
R
 
Q
N
 
I
K
 
K
A
 
A
E
 
E
V
 
V
V
 
V
A
 
A
A
 
Q
D
 
D
E
 
E
T
 
K
E
 
E
Q
 
S
G
 
G
E
 
I
R
 
R
A
 
A
L
 
L
L
 
L
N
 
N
L
 
L
G
 
G
H
 
H
T
 
T
F
 
F
G
 
G
H
 
H
A
 
A
I
 
I
E
 
E
T
 
A
G
 
H
L
 
M
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
E
 
N
W
 
W
L
 
L
H
 
H
G
 
G
E
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
S
A
 
A
G
 
G
T
 
T
M
 
V
M
 
M
A
 
A
A
 
A
E
 
K
L
 
T
S
 
A
R
 
Q
R
 
L
L
 
Q
G
 
G
W
 
L
I
 
I
D
 
D
A
 
A
A
 
S
A
 
Q
V
 
F
A
 
E
R
 
R
I
 
I
E
 
L
A
 
A
L
 
I
L
 
L
E
 
K
R
 
K
A
 
A
R
 
H
L
 
L
P
 
P
V
 
V
W
 
R
G
 
T
P
 
P
-
 
E
R
 
N
L
 
M
G
 
T
V
 
F
E
 
A
R
 
D
Y
 
F
V
 
M
E
 
Q
L
 
H
M
 
M
S
 
M
H
 
R
D
 
D
K
 
K
K
 
K
V
 
V
E
 
L
A
 
A
G
 
G
K
 
E
L
 
L
R
 
R
L
 
L
V
 
V
L
 
L
L
 
P
R
 
T
A
 
S
L
 
I
G
 
G
C
 
T
A
 
S
V
 
A
M
 
V
H
 
V
G
 
K
E
 
G
A
 
V
P
 
P
A
 
E
G
 
A
E
 
V
I
 
I
A
 
A
A
 
Q
A
 
A
I
 
I
E
 
E
A
 
-
R
 
Y
C
 
C
R
 
R

3okfA 2.5 angstrom resolution crystal structure of 3-dehydroquinate synthase (arob) from vibrio cholerae
55% identity, 100% coverage: 1:360/360 of query aligns to 2:358/360 of 3okfA

query
sites
3okfA
M
 
M
Q
 
E
T
 
R
L
 
I
N
 
T
V
 
V
A
 
N
L
 
L
G
 
G
E
 
E
R
 
R
A
 
S
Y
 
Y
P
 
P
I
 
I
H
 
S
I
 
I
G
 
G
R
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
F
G
 
A
R
 
N
A
 
P
D
 
A
L
 
L
I
 
L
L
 
S
P
 
L
H
 
S
L
 
A
K
 
K
T
 
-
Q
 
Q
R
 
K
V
 
V
A
 
V
I
 
I
V
 
V
T
 
T
N
|
N
E
 
H
V
 
T
V
 
V
G
 
A
P
 
P
L
|
L
Y
 
Y
L
 
A
E
 
P
R
 
A
L
 
I
R
 
I
A
 
S
G
 
L
L
 
L
E
 
D
D
 
H
A
 
I
G
 
G
V
 
C
R
 
Q
T
 
H
A
 
A
A
 
L
V
 
L
V
 
E
L
 
L
P
 
P
D
|
D
G
 
G
E
|
E
A
 
Q
H
 
Y
K
|
K
D
 
T
W
 
L
E
 
E
T
 
T
L
 
F
A
 
N
R
 
T
I
 
V
F
 
M
D
 
S
M
 
F
L
 
L
L
 
L
A
 
E
E
 
H
R
 
N
C
 
Y
E
 
S
R
 
R
S
 
D
T
 
V
T
 
V
L
 
V
V
 
I
A
 
A
L
 
L
G
 
G
G
|
G
G
|
G
V
|
V
V
 
I
G
 
G
D
|
D
M
 
L
G
 
V
G
 
G
F
 
F
A
 
A
A
 
A
A
 
A
C
 
C
Y
 
Y
Q
 
Q
R
|
R
G
 
G
M
 
V
P
 
D
F
 
F
I
 
I
Q
 
Q
V
 
I
P
 
P
T
|
T
T
|
T
L
 
L
L
|
L
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
D
|
D
S
 
S
S
 
S
V
 
V
G
 
G
G
 
G
K
|
K
T
 
T
A
 
A
I
 
V
N
 
N
H
 
H
P
 
P
L
 
L
G
 
G
K
 
K
N
 
N
M
 
M
I
 
I
G
 
G
A
 
A
F
 
F
Y
 
Y
Q
 
Q
P
 
P
R
 
K
L
 
A
V
 
V
L
 
V
A
 
I
D
 
D
I
 
T
D
 
D
T
 
C
L
 
L
D
 
T
T
|
T
L
|
L
P
 
P
D
 
A
R
 
R
E
|
E
L
 
F
S
 
A
A
 
A
G
 
G
L
 
M
A
 
A
E
|
E
V
 
V
I
 
I
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
L
 
I
I
 
I
R
 
Y
D
 
D
P
 
S
G
 
A
F
 
F
L
 
F
A
 
D
W
 
W
L
 
L
E
 
E
L
 
A
N
 
Q
L
 
M
D
 
E
R
 
A
L
 
L
M
 
Y
A
 
A
R
 
L
D
 
D
T
 
E
D
 
Q
A
 
A
L
 
L
A
 
T
W
 
Y
A
 
A
I
 
I
E
 
A
R
 
R
S
 
C
C
 
C
R
 
Q
N
 
I
K
|
K
A
 
A
E
 
E
V
 
V
V
 
V
A
 
A
A
 
Q
D
 
D
E
 
-
T
 
-
E
 
E
Q
 
K
G
 
G
E
 
I
R
|
R
A
 
A
L
 
L
L
 
L
N
|
N
L
 
L
G
 
G
H
|
H
T
 
T
F
 
F
G
 
G
H
|
H
A
 
A
I
 
I
E
 
E
T
 
A
G
 
H
L
 
M
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
E
 
N
W
 
W
L
 
L
H
|
H
G
 
G
E
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
S
A
 
A
G
 
G
T
 
T
M
 
V
M
 
M
A
 
A
A
 
A
E
 
K
L
 
T
S
 
A
R
 
Q
R
 
L
L
 
Q
G
 
G
W
 
L
I
 
I
D
 
D
A
 
A
A
 
S
A
 
Q
V
 
F
A
 
E
R
 
R
I
 
I
E
 
L
A
 
A
L
 
I
L
 
L
E
 
K
R
 
K
A
 
A
R
 
H
L
 
L
P
 
P
V
 
V
W
 
R
G
 
T
P
 
P
-
 
E
R
 
N
L
 
M
G
 
T
V
 
F
E
 
A
R
 
D
Y
 
F
V
 
M
E
 
Q
L
 
H
M
 
M
S
 
M
H
 
R
D
 
D
K
 
K
K
 
K
V
 
V
E
 
L
A
 
A
G
 
G
K
 
E
L
 
L
R
 
R
L
 
L
V
 
V
L
 
L
L
 
P
R
 
T
A
 
S
L
 
I
G
 
G
C
 
T
A
 
S
V
 
A
M
 
V
H
 
V
G
 
K
E
 
G
A
 
V
P
 
P
A
 
E
G
 
A
E
 
V
I
 
I
A
 
A
A
 
Q
A
 
A
I
 
I
E
 
E
A
 
-
R
 
Y
C
 
C
R
 
R

6llaB Crystal structure of providencia alcalifaciens 3-dehydroquinate synthase (dhqs) in complex with mg2+ and NAD (see paper)
56% identity, 99% coverage: 1:357/360 of query aligns to 2:360/363 of 6llaB

query
sites
6llaB
M
 
M
Q
 
E
T
 
K
L
 
V
N
 
T
V
 
V
A
 
T
L
 
L
G
 
D
E
 
E
R
 
R
A
 
S
Y
 
Y
P
 
P
I
 
I
H
 
N
I
 
I
G
 
A
R
 
P
G
 
S
L
 
L
L
 
Y
G
 
Q
R
 
Q
A
 
Q
D
 
D
L
 
A
I
 
F
L
 
W
P
 
P
H
 
L
L
 
T
K
 
A
T
 
G
Q
 
Q
R
 
R
V
 
A
A
 
M
I
 
I
V
 
V
T
 
T
N
 
N
E
 
E
V
 
T
V
x
L
G
 
A
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
E
 
H
R
 
K
L
 
I
R
 
Q
A
 
T
G
 
V
L
 
L
E
 
E
D
 
V
A
 
S
G
 
G
V
 
V
R
 
K
T
 
V
A
 
D
A
 
S
V
 
I
V
 
I
L
 
L
P
 
P
D
|
D
G
 
G
E
|
E
A
 
Q
H
 
Y
K
|
K
D
 
S
W
 
L
E
 
F
T
 
I
L
 
M
A
 
N
R
 
D
I
 
V
F
 
F
D
 
T
M
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
E
E
 
K
R
 
H
C
 
H
E
 
N
R
 
R
S
 
D
T
 
T
T
 
T
L
 
L
V
 
I
A
 
A
L
 
L
G
 
G
G
|
G
G
|
G
V
|
V
V
 
I
G
 
G
D
|
D
M
 
L
G
 
T
G
 
G
F
 
F
A
 
A
A
 
A
A
 
A
C
 
S
Y
 
Y
Q
 
Q
R
|
R
G
 
G
M
 
V
P
 
R
F
 
F
I
 
I
Q
 
Q
V
 
V
P
 
P
T
|
T
T
|
T
L
 
L
L
|
L
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
D
|
D
S
 
S
S
 
S
V
 
V
G
 
G
G
 
G
K
|
K
T
 
T
A
 
A
I
 
V
N
 
N
H
 
H
P
 
P
L
 
L
G
 
G
K
 
K
N
 
N
M
 
M
I
 
I
G
 
G
A
 
A
F
 
F
Y
 
Y
Q
 
Q
P
 
P
R
 
A
L
 
S
V
 
V
L
 
V
A
 
I
D
 
D
I
 
L
D
 
D
T
 
C
L
 
L
D
 
K
T
|
T
L
|
L
P
 
P
D
 
K
R
 
R
E
|
E
L
 
L
S
 
S
A
 
S
G
 
G
L
 
L
A
 
A
E
|
E
V
 
V
I
 
I
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
L
 
I
I
 
I
R
 
L
D
 
D
P
 
G
G
 
E
F
 
F
L
 
F
A
 
S
W
 
W
L
 
L
E
 
E
L
 
E
N
 
N
L
 
I
D
 
D
R
 
A
L
 
L
M
 
M
A
 
A
R
 
L
D
 
D
T
 
N
D
 
Q
A
 
A
L
 
M
A
 
A
W
 
Y
A
 
C
I
 
I
E
 
R
R
 
R
S
 
C
C
 
C
R
 
E
N
 
L
K
|
K
A
 
A
E
 
Q
V
 
V
V
 
V
A
 
A
A
 
A
D
 
D
E
 
E
T
 
K
E
|
E
-
 
T
Q
 
S
G
 
G
E
 
L
R
|
R
A
 
A
L
 
L
L
 
L
N
|
N
L
 
L
G
 
G
H
|
H
T
 
T
F
 
F
G
 
G
H
|
H
A
 
A
I
 
I
E
 
E
T
 
A
G
 
E
L
 
M
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
E
 
V
W
 
W
L
 
L
H
|
H
G
 
G
E
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
G
T
 
M
M
 
V
M
 
M
A
 
A
A
 
A
E
 
K
L
 
T
S
 
A
R
 
E
R
 
L
L
 
I
G
 
G
W
 
Q
I
 
F
D
 
T
A
 
P
A
 
E
A
 
Q
V
 
T
A
 
D
R
 
R
I
 
V
E
 
I
A
 
A
L
 
L
L
 
L
E
 
K
R
 
R
A
 
A
R
 
E
L
 
L
P
 
P
V
 
V
W
 
T
G
 
G
P
 
P
-
 
A
R
 
K
L
 
M
G
 
Q
V
 
P
E
 
D
R
 
D
Y
 
Y
V
 
L
E
 
P
L
 
H
M
 
M
S
 
M
H
 
R
D
 
D
K
 
K
K
 
K
V
 
V
E
 
M
A
 
G
G
 
G
K
 
K
L
 
L
R
 
H
L
 
L
V
 
I
L
 
L
L
 
P
R
 
T
A
 
T
L
 
I
G
 
G
C
 
H
A
 
S
V
 
E
M
 
M
H
 
R
G
 
S
E
 
D
A
 
V
P
 
D
A
 
A
G
 
S
E
 
T
I
 
V
A
 
T
A
 
A
A
 
A
I
 
I
E
 
S
A
 
A

6lk2A Crystal structure of providencia alcalifaciens 3-dehydroquinate synthase (dhqs) in complex with mg2+, NAD and chlorogenic acid (see paper)
56% identity, 99% coverage: 1:357/360 of query aligns to 2:356/357 of 6lk2A

query
sites
6lk2A
M
 
M
Q
 
E
T
 
K
L
 
V
N
 
T
V
 
V
A
 
T
L
 
L
G
 
D
E
 
E
R
 
R
A
 
S
Y
 
Y
P
 
P
I
 
I
H
 
N
I
 
I
G
 
A
R
 
P
G
 
S
L
 
L
L
 
Y
G
 
Q
R
 
Q
A
 
Q
D
 
D
L
 
A
I
 
F
L
 
W
P
 
P
H
 
L
L
 
T
K
 
A
T
 
G
Q
 
Q
R
 
R
V
 
A
A
 
M
I
 
I
V
 
V
T
 
T
N
 
N
E
 
E
V
 
T
V
x
L
G
 
A
P
 
P
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
E
 
H
R
 
K
L
 
I
R
 
Q
A
 
T
G
 
V
L
 
L
E
 
E
D
 
V
A
 
S
G
 
G
V
 
V
R
 
K
T
 
V
A
 
D
A
 
S
V
 
I
V
 
I
L
 
L
P
 
P
D
|
D
G
 
G
E
|
E
A
 
Q
H
 
Y
K
|
K
D
 
S
W
 
L
E
 
F
T
 
I
L
 
M
A
 
N
R
 
D
I
 
V
F
 
F
D
 
T
M
 
A
L
 
L
L
 
L
A
 
E
E
 
K
R
 
H
C
 
H
E
 
N
R
 
R
S
 
D
T
 
T
T
 
T
L
 
L
V
 
I
A
 
A
L
 
L
G
 
G
G
|
G
G
|
G
V
|
V
V
 
I
G
 
G
D
|
D
M
 
L
G
 
T
G
 
G
F
 
F
A
 
A
A
 
A
A
 
A
C
 
S
Y
 
Y
Q
 
Q
R
|
R
G
 
G
M
 
V
P
 
R
F
 
F
I
 
I
Q
 
Q
V
 
V
P
 
P
T
|
T
T
|
T
L
 
L
L
|
L
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
D
|
D
S
|
S
S
 
S
V
 
V
G
 
G
G
 
G
K
|
K
T
 
T
A
 
A
I
 
V
N
 
N
H
 
H
P
 
P
L
 
L
G
 
G
K
 
K
N
 
N
M
 
M
I
 
I
G
 
G
A
 
A
F
 
F
Y
 
Y
Q
 
Q
P
 
P
R
 
A
L
 
S
V
 
V
L
 
V
A
 
I
D
 
D
I
 
L
D
 
D
T
x
C
L
 
L
D
 
K
T
|
T
L
|
L
P
|
P
D
 
K
R
 
R
E
|
E
L
 
L
S
 
S
A
 
S
G
 
G
L
 
L
A
 
A
E
|
E
V
 
V
I
 
I
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
L
 
I
I
 
I
R
 
L
D
 
D
P
 
G
G
 
E
F
 
F
L
 
F
A
 
S
W
 
W
L
 
L
E
 
E
L
 
E
N
 
N
L
 
I
D
 
D
R
 
A
L
 
L
M
 
M
A
 
A
R
 
L
D
 
D
T
 
N
D
 
Q
A
 
A
L
 
M
A
 
A
W
 
Y
A
 
C
I
 
I
E
 
R
R
 
R
S
 
C
C
 
C
R
 
E
N
 
L
K
|
K
A
 
A
E
 
Q
V
 
V
V
 
V
A
 
A
A
 
A
D
 
D
E
 
E
T
 
-
E
 
-
Q
 
-
G
 
G
E
 
L
R
|
R
A
 
A
L
 
L
L
 
L
N
|
N
L
 
L
G
 
G
H
|
H
T
|
T
F
 
F
G
 
G
H
|
H
A
 
A
I
 
I
E
 
E
T
 
A
G
 
E
L
 
M
G
 
G
Y
 
Y
G
 
G
E
 
V
W
 
W
L
 
L
H
|
H
G
 
G
E
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
A
G
 
G
T
 
M
M
 
V
M
 
M
A
 
A
A
 
A
E
 
K
L
 
T
S
 
A
R
 
E
R
 
L
L
 
I
G
 
G
W
 
Q
I
 
F
D
 
T
A
 
P
A
 
E
A
 
Q
V
 
T
A
 
D
R
 
R
I
 
V
E
 
I
A
 
A
L
 
L
L
 
L
E
 
K
R
 
R
A
 
A
R
 
E
L
 
L
P
 
P
V
 
V
W
 
T
G
 
G
P
 
P
-
 
A
R
 
K
L
 
M
G
 
Q
V
 
P
E
 
D
R
 
D
Y
 
Y
V
 
L
E
 
P
L
 
H
M
 
M
S
 
M
H
 
R
D
 
D
K
 
K
K
 
K
V
 
V
E
 
M
A
 
G
G
 
G
K
 
K
L
 
L
R
 
H
L
 
L
V
 
I
L
 
L
L
 
P
R
 
T
A
 
T
L
 
I
G
 
G
C
 
H
A
 
S
V
 
E
M
 
M
H
 
R
G
 
S
E
 
D
A
 
V
P
 
D
A
 
A
G
 
S
E
 
T
I
 
V
A
 
T
A
 
A
A
 
A
I
 
I
E
 
S
A
 
A

Q5NFS1 3-dehydroquinate synthase; DHQS; EC 4.2.3.4 from Francisella tularensis subsp. tularensis (strain SCHU S4 / Schu 4)
47% identity, 89% coverage: 28:347/360 of query aligns to 28:348/359 of Q5NFS1

query
sites
Q5NFS1
I
 
I
L
 
L
P
 
E
H
 
Y
L
 
V
K
 
T
T
 
N
Q
 
K
R
 
Q
V
 
V
A
 
L
I
 
V
V
 
V
T
 
T
N
|
N
E
 
T
V
 
T
V
 
V
G
 
A
P
 
K
L
 
L
Y
 
Y
L
 
L
E
 
T
R
 
K
L
 
F
R
 
L
A
 
A
G
 
A
L
 
L
-
 
V
E
 
D
D
 
D
A
 
L
G
 
D
V
 
V
R
 
R
T
 
T
A
 
C
A
 
-
V
 
-
V
 
I
L
 
L
P
 
E
D
|
D
G
|
G
E
|
E
A
x
Q
H
x
Y
K
|
K
D
 
S
W
 
Q
E
 
Q
T
 
S
L
 
L
A
 
D
R
 
K
I
 
I
F
 
L
D
 
S
M
 
T
L
 
L
L
 
L
A
 
E
E
 
N
R
 
H
C
 
F
E
 
T
R
 
R
-
 
N
S
 
S
T
 
T
T
 
V
L
 
L
V
 
V
A
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
G
G
|
G
V
|
V
V
x
I
G
|
G
D
|
D
M
 
I
G
 
T
G
 
G
F
 
F
A
 
A
A
 
A
A
 
A
C
 
I
Y
 
Y
Q
 
Q
R
 
R
G
 
G
M
 
I
P
 
D
F
 
F
I
 
I
Q
 
Q
V
 
I
P
 
P
T
|
T
T
|
T
L
 
L
L
 
L
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
D
 
D
S
 
S
S
 
S
V
 
V
G
 
G
G
 
G
K
|
K
T
 
T
A
 
A
I
 
I
N
 
N
H
 
H
P
 
Q
L
 
L
G
 
G
K
 
K
N
 
N
M
 
M
I
 
I
G
 
G
A
 
A
F
 
F
Y
 
Y
Q
 
Q
P
 
P
R
 
K
L
 
V
V
 
V
L
 
Y
A
 
T
D
 
S
I
 
I
D
 
E
T
x
F
L
x
Y
D
x
K
T
|
T
L
 
L
P
 
P
D
 
Q
R
 
R
E
 
E
L
 
Y
S
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
M
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
V
K
 
K
Y
 
Y
G
 
A
L
 
F
I
 
I
R
 
S
D
 
-
P
 
K
G
 
D
F
 
F
L
 
Y
A
 
L
W
 
W
L
 
L
E
 
D
L
 
S
N
 
N
L
 
R
D
 
D
R
 
K
L
 
I
M
 
L
A
 
A
R
 
K
D
 
D
T
 
S
D
 
V
A
 
T
L
 
L
A
 
I
W
 
E
A
 
M
I
 
V
E
 
K
R
 
R
S
 
S
C
 
C
R
 
Q
N
 
I
K
 
K
A
 
A
E
 
Q
V
 
V
V
 
V
A
 
A
A
 
M
D
 
D
E
 
E
T
 
K
E
 
E
-
 
L
Q
 
T
G
 
G
E
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
L
 
L
N
 
N
L
 
F
G
 
G
H
 
H
T
 
T
F
 
F
G
 
G
H
 
H
A
 
A
I
 
I
E
 
E
T
 
K
G
 
C
L
 
Q
G
 
N
Y
 
Y
G
 
R
E
 
G
W
 
L
L
 
K
H
 
H
G
 
G
E
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
G
A
 
V
G
 
G
T
 
M
M
 
A
M
 
Q
A
 
A
A
 
I
E
 
D
L
 
F
S
 
S
R
 
H
R
 
Y
L
 
L
G
 
G
W
 
L
I
 
I
D
 
S
A
 
Q
A
 
Q
A
 
Q
V
 
A
A
 
K
R
 
D
I
 
F
E
 
N
A
 
D
L
 
F
L
 
I
E
 
V
R
 
S
A
 
F
R
 
G
L
 
I
P
 
S
V
 
I
W
 
D
G
 
F
P
 
P
R
 
N
-
 
D
L
 
I
G
 
C
V
 
Q
E
 
K
R
 
E
Y
 
F
V
 
L
E
 
E
L
 
A
M
 
M
S
 
L
H
 
L
D
 
D
K
 
K
K
 
K
V
 
N
E
 
S
A
 
N
G
 
K
K
 
E
L
 
L
R
 
K
L
 
F
V
 
I
L
 
L
L
 
I
R
 
E
A
 
N
L
 
I
G
 
G
C
 
S
A
 
L
V
 
S
M
 
L
H
 
Q
G
 
K
E
 
Q
A
 
S
P
 
K

5hvnA 3.0 angstrom crystal structure of 3-dehydroquinate synthase (arob) from francisella tularensis in complex with NAD.
46% identity, 89% coverage: 28:347/360 of query aligns to 31:343/354 of 5hvnA

query
sites
5hvnA
I
 
I
L
 
L
P
 
E
H
 
Y
L
 
V
K
 
T
T
 
N
Q
 
K
R
 
Q
V
 
V
A
 
L
I
 
V
V
 
V
T
 
T
N
|
N
E
 
T
V
 
T
V
 
V
G
 
A
P
 
K
L
|
L
Y
 
Y
L
 
L
E
 
T
R
 
K
L
 
F
R
 
L
A
 
A
G
 
A
L
 
L
-
 
V
E
 
D
D
 
D
A
 
L
G
 
D
V
 
V
R
 
R
T
 
T
A
 
C
A
 
-
V
 
-
V
 
I
L
 
L
P
 
E
D
|
D
G
 
G
E
|
E
A
 
Q
H
 
Y
K
|
K
D
 
S
W
 
Q
E
 
Q
T
 
S
L
 
L
A
 
D
R
 
K
I
 
I
F
 
L
D
 
S
M
 
T
L
 
L
L
 
L
A
 
E
E
 
N
R
 
H
C
 
F
E
 
T
R
 
R
-
 
N
S
 
S
T
 
T
T
 
V
L
 
L
V
 
V
A
 
A
L
 
L
G
 
G
G
|
G
G
|
G
V
|
V
V
 
I
G
 
G
D
|
D
M
 
I
G
 
T
G
 
G
F
 
F
A
 
A
A
 
A
A
 
A
C
 
I
Y
 
Y
Q
 
Q
R
|
R
G
 
G
M
 
I
P
 
D
F
 
F
I
 
I
Q
 
Q
V
 
I
P
 
P
T
|
T
T
|
T
L
 
L
L
|
L
S
 
S
Q
 
Q
V
 
V
D
|
D
S
 
S
S
 
S
V
 
V
G
 
G
G
 
G
K
|
K
T
 
T
A
 
A
I
 
I
N
 
N
H
 
H
P
 
Q
L
 
L
G
 
G
K
 
K
N
 
N
M
 
M
I
 
I
G
 
G
A
 
A
F
 
F
Y
 
Y
Q
 
Q
P
 
P
R
 
K
L
 
V
V
 
V
L
 
Y
A
 
T
D
 
S
I
 
I
D
 
E
T
x
F
L
 
Y
D
 
K
T
|
T
L
|
L
P
 
P
D
 
Q
R
 
R
E
|
E
L
 
Y
S
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
M
A
 
A
E
|
E
V
 
V
I
 
V
K
 
K
Y
 
Y
G
 
A
L
 
F
I
 
I
R
 
S
D
 
-
P
 
K
G
 
D
F
 
F
L
 
Y
A
 
L
W
 
W
L
 
L
E
 
D
L
 
S
N
 
N
L
 
R
D
 
D
R
 
K
L
 
I
M
 
L
A
 
A
R
 
K
D
 
D
T
 
S
D
 
V
A
 
T
L
 
L
A
 
I
W
 
E
A
 
M
I
 
V
E
 
K
R
 
R
S
 
S
C
 
C
R
 
Q
N
 
I
K
|
K
A
 
A
E
 
Q
V
 
V
V
 
V
A
 
A
A
 
M
D
 
D
E
 
T
T
 
-
E
 
-
Q
 
-
G
 
G
E
 
A
R
|
R
A
 
A
L
 
I
L
 
L
N
|
N
L
 
F
G
 
G
H
|
H
T
 
T
F
 
F
G
 
G
H
|
H
A
 
A
I
 
I
E
 
E
T
 
K
G
 
C
L
 
Q
G
 
N
Y
 
Y
G
 
R
E
 
G
W
 
L
L
 
K
H
|
H
G
 
G
E
 
E
A
 
A
V
 
V
A
 
G
A
 
V
G
 
G
T
 
M
M
 
A
M
 
Q
A
 
A
A
 
I
E
 
D
L
 
F
S
 
S
R
 
H
R
 
Y
L
 
L
G
 
G
W
 
L
I
 
I
D
 
S
A
 
Q
A
 
Q
A
 
Q
V
 
A
A
 
K
R
 
D
I
 
F
E
 
N
A
 
D
L
 
F
L
 
I
E
 
V
R
 
S
A
 
F
R
 
G
L
 
I
P
 
S
V
 
I
W
 
D
G
 
F
P
 
P
R
 
N
-
 
D
L
 
I
G
 
C
V
 
Q
E
 
K
R
 
E
Y
 
F
V
 
L
E
 
E
L
 
A
M
 
M
S
 
L
H
 
L
D
 
D
K
 
N
K
 
K
V
 
-
E
 
-
A
 
-
G
 
-
K
 
E
L
 
L
R
 
K
L
 
F
V
 
I
L
 
L
L
 
I
R
 
E
A
 
N
L
 
I
G
 
G
C
 
S
A
 
L
V
 
S
M
 
L
H
 
Q
G
 
K
E
 
Q
A
 
S
P
 
K

P56081 3-dehydroquinate synthase; DHQS; EC 4.2.3.4 from Helicobacter pylori (strain ATCC 700392 / 26695) (Campylobacter pylori) (see paper)
39% identity, 99% coverage: 1:356/360 of query aligns to 1:340/343 of P56081

query
sites
P56081
M
 
M
Q
 
Q
T
 
E
L
 
I
N
 
L
V
 
I
A
 
P
L
 
L
G
 
K
E
 
E
R
 
K
A
 
N
Y
 
Y
P
 
K
I
 
V
H
 
F
I
 
L
G
 
G
R
 
E
G
 
-
L
 
-
L
 
-
G
 
-
R
 
-
A
 
-
D
 
-
L
 
-
I
 
-
L
 
L
P
 
P
H
 
E
L
 
I
K
 
K
-
 
L
T
 
K
Q
 
Q
R
 
K
V
 
A
A
 
L
I
 
I
V
 
I
T
 
S
N
 
D
E
 
S
V
 
I
V
 
V
G
 
A
P
 
G
L
 
L
Y
 
H
L
 
L
E
 
P
R
 
Y
L
 
L
R
 
L
A
 
E
G
 
R
L
 
L
E
 
K
D
 
A
A
 
L
G
 
E
V
 
V
R
 
R
T
 
V
A
 
C
A
 
-
V
 
-
V
 
V
L
 
I
P
 
E
D
x
S
G
|
G
E
|
E
A
x
K
H
x
Y
K
|
K
D
 
N
W
 
F
E
 
H
T
 
S
L
 
L
A
 
E
R
 
R
I
 
I
F
 
L
D
 
N
M
 
N
L
 
A
L
 
F
A
 
E
E
 
M
R
 
Q
C
 
L
E
 
N
R
 
R
S
 
H
T
 
S
T
 
L
L
 
M
V
 
I
A
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
G
G
|
G
V
|
V
V
 
I
G
 
S
D
 
D
M
 
M
G
 
V
G
 
G
F
 
F
A
 
A
A
 
S
A
 
S
C
 
I
Y
 
Y
Q
 
F
R
 
R
G
 
G
M
 
I
P
 
D
F
 
F
I
 
I
Q
 
N
V
 
I
P
 
P
T
|
T
T
|
T
L
 
L
L
 
L
S
 
A
Q
 
Q
V
 
V
D
 
D
S
 
A
S
 
S
V
 
V
G
 
G
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
G
I
 
I
N
 
N
H
 
T
P
 
P
L
 
Y
G
 
G
K
 
K
N
|
N
M
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
S
F
 
F
Y
 
H
Q
 
Q
P
 
P
R
 
K
L
 
A
V
 
V
L
 
Y
A
 
M
D
 
D
I
 
L
D
 
A
T
x
F
L
|
L
D
x
K
T
|
T
L
 
L
P
 
E
D
 
K
R
 
R
E
 
E
L
 
F
S
 
Q
A
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
A
E
 
E
V
 
I
I
 
I
K
 
K
Y
 
M
G
 
A
L
 
V
I
 
C
R
 
F
D
 
D
P
 
K
G
 
N
F
 
L
L
 
-
A
 
-
W
 
-
L
 
-
E
 
-
L
 
-
N
 
-
L
 
V
D
 
E
R
 
R
L
 
L
M
 
E
A
 
T
R
 
K
D
 
D
-
 
L
T
 
K
D
 
D
A
 
C
L
 
L
A
 
E
W
 
E
A
 
V
I
 
I
E
 
F
R
 
Q
S
 
S
C
 
V
R
 
N
N
 
I
K
 
K
A
 
A
E
 
Q
V
 
V
V
 
V
A
 
V
A
 
Q
D
 
D
E
 
E
T
 
K
E
 
E
Q
 
Q
G
 
N
E
 
I
R
 
R
A
 
A
L
 
G
L
 
L
N
 
N
L
 
Y
G
 
G
H
 
H
T
 
T
F
 
F
G
 
G
H
 
H
A
 
A
I
 
I
E
 
E
T
 
K
G
 
E
L
 
T
G
 
D
Y
 
Y
G
 
E
E
 
R
W
 
F
L
 
L
H
 
H
G
 
G
E
 
E
A
 
A
V
 
I
A
 
A
A
 
I
G
 
G
T
 
M
M
 
R
M
 
M
A
 
A
A
 
N
E
 
D
L
 
L
S
 
A
R
 
L
R
 
S
L
 
L
G
 
G
W
 
M
I
 
L
D
 
T
A
 
L
A
 
K
A
 
E
V
 
Y
A
 
E
R
 
R
I
 
I
E
 
E
A
 
N
L
 
L
L
 
L
E
 
K
R
 
K
A
 
F
R
 
D
L
 
L
P
 
I
V
 
F
W
 
H
G
 
Y
P
 
K
R
 
I
L
 
L
G
 
D
V
 
L
E
 
Q
R
 
K
Y
 
F
V
 
Y
E
 
E
L
 
R
M
 
L
S
 
F
H
 
L
D
 
D
K
 
K
K
 
K
V
 
S
E
 
E
A
 
N
G
 
K
K
 
T
L
 
I
R
 
K
L
 
F
V
 
I
L
 
L
L
 
P
R
 
K
A
 
G
L
 
V
G
 
G
C
 
A
A
 
F
V
 
E
M
 
V
H
 
A
G
 
S
E
 
H
A
 
I
P
 
P
A
 
K
G
 
E
E
 
T
I
 
I
A
 
I
A
 
K
A
 
V
I
 
L
E
 
E

6hqvA Pentafunctional arom complex from chaetomium thermophilum (see paper)
40% identity, 88% coverage: 21:338/360 of query aligns to 7:365/1555 of 6hqvA

query
sites
6hqvA
L
 
I
L
 
L
G
 
G
R
 
K
A
 
E
D
 
D
L
 
I
I
 
I
L
 
V
P
 
D
H
 
H
-
 
G
-
 
I
-
 
W
-
 
L
-
 
N
-
 
F
-
 
V
-
 
A
-
 
H
-
 
D
-
 
L
-
 
L
-
 
Q
-
 
T
L
 
L
K
 
P
T
 
S
Q
 
S
R
 
T
V
 
Y
A
 
V
I
 
L
V
 
I
T
 
T
N
x
D
E
 
T
V
x
N
V
x
L
G
 
Y
P
 
T
L
 
T
Y
 
Y
L
 
V
E
 
P
R
 
P
L
 
F
R
 
Q
A
 
A
G
 
V
L
 
F
E
 
E
D
 
A
A
 
A
G
 
A
-
 
P
-
 
R
-
 
D
V
 
V
R
 
R
T
 
L
A
 
L
A
 
T
V
 
Y
V
 
A
L
 
I
P
 
P
D
 
P
G
 
G
E
|
E
A
 
Y
H
 
S
K
|
K
D
 
S
W
 
R
E
 
E
T
 
T
L
 
K
A
 
A
R
 
E
I
 
I
F
 
E
D
 
D
M
 
W
L
 
M
L
 
L
A
 
S
E
 
H
R
 
A
C
 
C
E
 
T
R
 
R
S
 
D
T
 
T
T
 
V
L
 
I
V
 
I
A
 
A
L
 
L
G
 
G
G
|
G
G
|
G
V
|
V
V
 
I
G
 
G
D
|
D
M
 
M
G
 
I
G
 
G
F
 
Y
A
 
V
A
 
A
A
 
A
C
 
T
Y
 
F
Q
 
M
R
|
R
G
 
G
M
 
V
P
 
R
F
 
F
I
 
V
Q
 
Q
V
 
V
P
 
P
T
|
T
T
|
T
L
 
L
L
|
L
S
 
A
Q
 
M
V
 
V
D
|
D
S
|
S
S
 
S
V
 
I
G
 
G
G
 
G
K
|
K
T
 
T
A
 
A
I
 
I
N
 
D
H
 
T
P
 
P
L
 
M
G
 
G
K
|
K
N
 
N
M
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
A
F
 
F
Y
 
W
Q
 
Q
P
 
P
R
 
R
L
 
R
V
 
I
L
 
Y
A
 
I
D
 
D
I
 
L
D
 
A
T
 
F
L
 
L
D
 
E
T
|
T
L
|
L
P
|
P
D
 
V
R
 
R
E
|
E
L
 
F
S
 
I
A
 
N
G
 
G
L
 
M
A
 
A
E
|
E
V
 
V
I
 
I
K
 
K
Y
 
T
G
 
A
L
 
A
I
 
I
R
 
W
D
 
N
P
 
E
G
 
T
F
 
E
L
 
F
A
 
T
W
 
A
L
 
L
E
 
E
L
 
E
N
 
N
-
 
A
-
 
A
-
 
A
-
 
I
L
 
L
D
 
E
R
 
A
L
 
V
M
 
R
A
 
S
R
 
K
D
 
A
T
 
S
D
 
S
A
 
P
L
 
A
A
 
A
-
 
R
-
 
L
-
 
A
-
 
P
-
 
I
-
 
R
W
 
H
A
 
I
I
 
L
E
 
K
R
 
R
-
 
I
-
 
V
-
 
L
-
 
G
S
 
S
C
 
A
R
 
R
N
 
V
K
|
K
A
 
A
E
 
E
V
 
V
V
 
V
A
 
S
A
 
A
D
 
D
E
 
E
T
 
R
E
|
E
Q
 
G
G
 
G
E
 
L
R
|
R
A
 
N
L
 
L
L
 
L
N
|
N
L
 
F
G
 
G
H
|
H
T
 
S
F
 
I
G
 
G
H
|
H
A
 
A
I
 
Y
E
 
E
T
 
A
G
 
I
L
 
L
G
 
A
Y
 
-
G
 
P
E
 
Q
W
 
V
L
 
L
H
|
H
G
 
G
E
 
E
A
 
C
V
 
V
A
 
A
A
 
I
G
 
G
T
 
M
M
 
V
M
 
K
A
 
E
A
 
A
E
 
E
L
 
L
S
 
A
R
 
R
R
 
Y
L
 
L
G
 
G
W
 
V
I
 
L
D
 
R
A
 
P
A
 
S
A
 
A
V
 
V
A
 
A
R
 
R
I
 
L
E
 
T
A
 
K
L
 
L
L
 
I
E
 
A
R
 
S
A
 
Y
R
 
D
L
 
L
P
 
P
V
 
T
W
 
S
-
 
V
-
 
H
-
 
D
-
 
K
-
 
R
-
 
I
-
 
A
-
 
K
-
 
L
-
 
S
-
 
A
G
 
G
P
 
K
R
 
E
L
 
C
G
 
P
V
 
V
E
 
D
R
 
V
Y
 
L
V
 
L
E
 
Q
L
 
K
M
 
M
S
 
A
H
 
V
D
 
D
K
 
K
K
 
K
V
 
N
E
 
E
A
 
G
G
 
R
K
 
K
L
 
K
R
 
K
L
 
I
V
 
V
L
 
L
L
 
L
R
 
S
A
 
A
L
 
I
G
 
G

Sites not aligning to the query:

P9WPX9 3-dehydroquinate synthase; DHQS; EC 4.2.3.4 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv)
44% identity, 80% coverage: 51:337/360 of query aligns to 53:338/362 of P9WPX9

query
sites
P9WPX9
E
 
E
R
 
E
L
 
I
R
 
R
A
 
K
G
 
R
L
 
L
E
 
A
D
 
G
A
 
K
G
 
G
V
 
V
R
 
D
T
 
A
A
 
H
A
 
R
V
 
I
V
 
E
L
 
I
P
 
P
D
|
D
G
x
A
E
|
E
A
|
A
H
x
G
K
|
K
D
 
D
W
 
L
E
 
P
T
 
V
L
 
V
A
 
G
R
 
F
I
 
I
F
 
W
D
 
E
M
 
V
L
 
L
L
 
G
A
 
R
E
 
I
R
 
G
C
 
I
E
 
G
R
 
R
S
 
K
T
 
D
T
 
A
L
 
L
V
 
V
A
 
S
L
 
L
G
 
G
G
 
G
G
|
G
V
x
A
V
x
A
G
x
T
D
|
D
M
 
V
G
 
A
G
 
G
F
 
F
A
 
A
A
 
A
A
 
A
C
 
T
Y
 
W
Q
 
L
R
 
R
G
 
G
M
 
V
P
 
S
F
 
I
I
 
V
Q
 
H
V
 
L
P
 
P
T
|
T
T
|
T
L
 
L
L
 
L
S
 
G
Q
 
M
V
 
V
D
 
D
S
 
A
S
 
A
V
 
V
G
 
G
G
 
G
K
|
K
T
 
T
A
 
G
I
 
I
N
 
N
H
 
T
P
 
D
L
 
A
G
 
G
K
 
K
N
 
N
M
 
L
I
 
V
G
 
G
A
 
A
F
 
F
Y
 
H
Q
 
Q
P
 
P
R
 
L
L
 
A
V
 
V
L
 
L
A
 
V
D
 
D
I
 
L
D
 
A
T
|
T
L
|
L
D
x
Q
T
|
T
L
 
L
P
 
P
D
 
R
R
 
D
E
 
E
L
 
M
S
 
I
A
 
C
G
 
G
L
 
M
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
V
K
 
K
Y
 
A
G
 
G
L
 
F
I
 
I
R
 
A
D
 
D
P
 
P
G
 
V
F
 
I
L
 
L
A
 
D
W
 
L
L
 
I
E
 
E
L
 
A
N
 
D
L
 
P
D
 
Q
R
 
A
L
 
A
M
 
L
A
 
D
R
 
P
D
 
A
T
 
G
D
 
D
A
 
V
L
 
L
A
 
P
W
 
E
A
 
L
I
 
I
E
 
R
R
 
R
S
 
A
C
 
I
R
 
T
N
 
V
K
 
K
A
 
A
E
 
E
V
 
V
V
 
V
A
 
A
A
 
A
D
 
D
E
 
E
T
 
K
E
 
E
Q
 
S
G
 
E
E
 
L
R
 
R
A
 
E
L
 
I
L
 
L
N
 
N
L
 
Y
G
 
G
H
 
H
T
 
T
F
 
L
G
 
G
H
 
H
A
 
A
I
 
I
E
 
E
T
 
R
G
 
R
L
 
E
G
 
R
Y
 
Y
G
 
-
E
 
R
W
 
W
L
 
R
H
 
H
G
 
G
E
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
S
A
 
V
G
 
G
T
 
L
M
 
V
M
 
F
A
 
A
A
 
A
E
 
E
L
 
L
S
 
A
R
 
R
R
 
L
L
 
A
G
 
G
W
 
R
I
 
L
D
 
D
A
 
D
A
 
A
A
 
T
V
 
A
A
 
Q
R
 
R
I
 
H
E
 
R
A
 
T
L
 
I
L
 
L
E
 
S
R
 
S
A
 
L
R
 
G
L
 
L
P
 
P
V
 
V
W
 
S
G
 
Y
P
 
D
R
 
P
L
 
D
G
 
A
V
 
L
E
 
P
R
 
Q
Y
 
L
V
 
L
E
 
E
L
 
I
M
 
M
S
 
A
H
 
G
D
 
D
K
 
K
K
 
K
V
 
T
E
 
R
A
 
A
G
 
G
K
 
V
L
 
L
R
 
R
L
 
F
V
 
V
L
 
V
L
 
L
R
 
D
A
 
G
L
 
L

Sites not aligning to the query:

3clhA Crystal structure of 3-dehydroquinate synthase (dhqs)from helicobacter pylori (see paper)
41% identity, 83% coverage: 6:302/360 of query aligns to 3:274/308 of 3clhA

query
sites
3clhA
V
 
I
A
 
P
L
 
L
G
 
K
E
 
E
R
 
K
A
 
N
Y
 
Y
P
 
K
I
 
V
H
 
F
I
 
L
G
 
G
R
 
E
G
 
-
L
 
-
L
 
-
G
 
-
R
 
-
A
 
-
D
 
-
L
 
-
I
 
-
L
 
L
P
 
P
H
 
E
L
 
I
K
 
K
-
 
L
T
 
K
Q
 
Q
R
 
K
V
 
A
A
 
L
I
 
I
V
 
I
T
 
S
N
 
D
E
 
S
V
x
I
V
|
V
G
 
A
P
 
G
L
 
L
Y
x
H
L
 
L
E
 
P
R
 
Y
L
 
L
R
 
L
A
 
E
G
 
R
L
 
L
E
 
K
D
 
A
A
 
L
G
 
E
V
 
V
R
 
R
T
 
V
A
 
C
A
 
-
V
 
-
V
 
V
L
 
I
P
 
E
D
x
S
G
 
G
E
|
E
A
 
K
H
 
Y
K
|
K
D
 
N
W
 
F
E
 
H
T
 
S
L
 
L
A
 
E
R
 
R
I
 
I
F
 
L
D
 
N
M
 
N
L
 
A
L
 
F
A
 
E
E
 
M
R
 
Q
C
 
L
E
 
N
R
 
R
S
 
H
T
 
S
T
 
L
L
 
M
V
 
I
A
 
A
L
 
L
G
 
G
G
|
G
G
|
G
V
|
V
V
 
I
G
 
S
D
|
D
M
 
M
G
 
V
G
 
G
F
 
F
A
 
A
A
 
S
A
 
S
C
 
I
Y
 
Y
Q
 
F
R
|
R
G
 
G
M
 
I
P
 
D
F
 
F
I
 
I
Q
 
N
V
 
I
P
 
P
T
|
T
T
|
T
L
 
L
L
|
L
S
 
A
Q
 
Q
V
 
V
D
|
D
S
x
A
S
 
S
V
 
V
G
 
G
G
 
G
K
|
K
T
 
T
A
 
G
I
 
I
N
 
N
H
 
T
P
 
P
L
 
Y
G
 
G
K
 
K
N
|
N
M
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
S
F
 
F
Y
 
H
Q
 
Q
P
 
P
R
 
K
L
 
A
V
 
V
L
 
Y
A
 
M
D
 
D
I
 
L
D
 
A
T
 
F
L
 
L
D
 
K
T
|
T
L
|
L
P
 
E
D
 
K
R
 
R
E
|
E
L
 
F
S
 
Q
A
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
A
E
|
E
V
 
I
I
 
I
K
 
K
Y
 
M
G
 
A
L
 
V
I
 
C
R
 
F
D
 
D
P
 
K
G
 
N
F
 
L
L
 
-
A
 
-
W
 
-
L
 
-
E
 
-
L
 
-
N
 
-
L
 
V
D
 
E
R
 
R
L
 
L
M
 
E
A
 
T
R
 
K
D
 
D
-
 
L
T
 
K
D
 
D
A
 
C
L
 
L
A
 
E
W
 
E
A
 
V
I
 
I
E
 
F
R
 
Q
S
 
S
C
 
V
R
 
N
N
 
I
K
|
K
A
 
A
E
 
Q
V
 
V
V
 
V
A
 
-
A
 
-
D
 
-
E
 
-
T
 
-
E
 
-
Q
 
-
G
 
-
E
 
-
R
|
R
A
 
A
L
 
G
L
 
L
N
|
N
L
 
Y
G
 
G
H
|
H
T
 
T
F
 
F
G
 
G
H
|
H
A
 
A
I
 
I
E
 
E
T
 
K
G
 
E
L
 
T
G
 
D
Y
 
Y
G
 
E
E
 
R
W
 
F
L
 
L
H
|
H
G
 
G
E
 
E
A
 
A
V
 
I
A
 
A
A
 
I
G
 
G
T
 
M
M
 
R
M
 
M
A
 
A
A
 
N
E
 
D
L
 
L
S
 
A
R
 
L
R
 
S
L
 
L
G
 
G
W
 
M
I
 
L
D
 
T
A
 
L
A
 
K
A
 
E
V
 
Y
A
 
E
R
 
R
I
 
I
E
 
E
A
 
N
L
 
L
L
 
L
E
 
K
R
 
K
A
 
F
R
 
D
L
 
L

1dqsA Crystal structure of dehydroquinate synthase (dhqs) complexed with carbaphosphonate, NAD+ and zn2+ (see paper)
41% identity, 87% coverage: 26:338/360 of query aligns to 26:362/381 of 1dqsA

query
sites
1dqsA
D
 
D
L
 
L
I
 
I
L
 
S
P
 
D
H
 
C
L
 
S
K
 
S
T
 
T
Q
 
T
R
 
Y
V
 
V
A
 
-
I
 
L
V
 
V
T
 
T
N
x
D
E
 
T
V
x
N
V
x
I
G
 
G
P
 
S
L
 
I
Y
 
Y
L
 
T
E
 
P
-
 
S
-
 
F
-
 
E
-
 
E
-
 
A
-
 
F
R
 
R
L
 
K
R
 
R
A
 
A
G
 
A
L
 
E
E
 
I
D
 
T
A
 
P
G
 
S
V
 
P
R
 
R
T
 
L
A
 
L
A
 
I
V
 
Y
V
 
N
L
 
R
P
 
P
D
 
P
G
 
G
E
|
E
A
 
V
H
 
S
K
|
K
D
 
S
W
 
R
E
 
Q
T
 
T
L
 
K
A
 
A
R
 
D
I
 
I
F
 
E
D
 
D
M
 
W
L
 
M
L
 
L
A
 
S
E
 
Q
R
 
N
-
 
P
-
 
P
C
 
C
E
 
G
R
 
R
S
 
D
T
 
T
T
 
V
L
 
V
V
 
I
A
 
A
L
 
L
G
 
G
G
|
G
G
|
G
V
|
V
V
 
I
G
 
G
D
|
D
M
 
L
G
 
T
G
 
G
F
 
F
A
 
V
A
 
A
A
 
S
C
 
T
Y
 
Y
Q
 
M
R
|
R
G
 
G
M
 
V
P
 
R
F
 
Y
I
 
V
Q
 
Q
V
 
V
P
 
P
T
|
T
T
|
T
L
 
L
L
|
L
S
 
A
Q
 
M
V
 
V
D
|
D
S
|
S
S
 
S
V
 
I
G
 
G
G
 
G
K
|
K
T
 
T
A
 
A
I
 
I
N
 
D
H
 
T
P
 
P
L
 
L
G
 
G
K
|
K
N
|
N
M
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
A
F
 
I
Y
 
W
Q
 
Q
P
 
P
R
 
T
L
 
K
V
 
I
L
 
Y
A
 
I
D
 
D
I
 
L
D
 
E
T
 
F
L
 
L
D
 
E
T
|
T
L
 
L
P
|
P
D
 
V
R
 
R
E
|
E
L
 
F
S
 
I
A
 
N
G
 
G
L
 
M
A
 
A
E
|
E
V
 
V
I
 
I
K
 
K
Y
 
T
G
 
A
L
 
A
I
 
I
R
 
S
D
 
S
P
 
E
G
 
E
F
 
E
L
 
F
A
 
T
W
 
A
L
 
L
E
 
E
L
 
E
N
 
N
L
 
A
D
 
E
R
 
T
L
 
I
M
 
L
A
 
K
R
 
A
-
 
V
-
 
R
-
 
R
-
 
R
-
 
F
-
 
E
-
 
G
D
 
T
T
 
E
D
 
E
A
 
I
L
 
L
A
 
K
W
 
A
A
 
R
I
 
I
E
 
L
R
 
A
S
 
S
C
 
A
R
 
R
N
 
H
K
|
K
A
 
A
E
 
Y
V
 
V
V
 
V
A
 
S
A
 
A
D
 
D
E
 
E
T
 
R
E
|
E
Q
 
G
G
 
G
E
 
L
R
|
R
A
 
N
L
 
L
L
|
L
N
|
N
L
 
W
G
 
G
H
|
H
T
 
S
F
 
I
G
 
G
H
|
H
A
 
A
I
 
I
E
 
E
T
 
A
G
 
I
L
 
L
G
 
T
Y
 
-
G
 
P
E
 
Q
W
 
I
L
 
L
H
|
H
G
 
G
E
 
E
A
 
C
V
 
V
A
 
A
A
 
I
G
 
G
T
 
M
M
 
V
M
 
K
A
 
E
A
 
A
E
 
E
L
 
L
S
 
A
R
 
R
R
 
H
L
 
L
G
 
G
W
 
I
I
 
L
D
 
K
A
 
G
A
 
V
A
 
A
V
 
V
A
 
S
R
 
R
I
 
I
E
 
V
A
 
K
L
 
C
L
 
L
E
 
A
R
 
A
A
 
Y
R
 
G
L
 
L
P
 
P
V
 
T
W
 
S
-
 
L
-
 
K
-
 
D
-
 
A
-
 
R
-
 
I
-
 
R
-
 
K
-
 
L
-
 
T
-
 
A
G
 
G
P
 
K
R
 
H
L
 
C
G
 
S
V
 
V
E
 
D
R
 
Q
Y
 
L
V
 
M
E
 
F
L
 
N
M
 
M
S
 
A
H
 
L
D
 
D
K
|
K
K
 
K
V
 
N
E
 
D
A
 
G
G
 
P
K
 
K
L
 
K
R
 
K
L
 
I
V
 
V
L
 
L
L
 
L
R
 
S
A
 
A
L
 
I
G
 
G

1nvbB Crystal structure of 3-dehydroquinate synthase (dhqs) in complex with zn2+ and carbaphosphonate (see paper)
41% identity, 87% coverage: 26:338/360 of query aligns to 27:370/391 of 1nvbB

query
sites
1nvbB
D
 
D
L
 
L
I
 
I
L
 
S
P
 
D
H
 
C
L
 
S
K
 
S
T
 
T
Q
 
T
R
 
Y
V
 
V
A
 
-
I
 
L
V
 
V
T
 
T
N
 
D
E
 
T
V
 
N
V
 
I
G
 
G
P
 
S
L
 
I
Y
 
Y
L
 
T
E
 
P
-
 
S
-
 
F
-
 
E
-
 
E
-
 
A
-
 
F
R
 
R
L
 
K
R
 
R
A
 
A
G
 
A
L
 
E
E
 
I
D
 
T
A
 
P
G
 
S
V
 
P
R
 
R
T
 
L
A
 
L
A
 
I
V
 
Y
V
 
N
L
 
R
P
 
P
D
 
P
G
 
G
E
 
E
A
 
V
H
 
S
K
 
K
D
 
S
W
 
R
E
 
Q
T
 
T
L
 
K
A
 
A
R
 
D
I
 
I
F
 
E
D
 
D
M
 
W
L
 
M
L
 
L
A
 
S
E
 
Q
R
 
N
-
 
P
-
 
P
C
 
C
E
 
G
R
 
R
S
 
D
T
 
T
T
 
V
L
 
V
V
 
I
A
 
A
L
 
L
G
 
G
G
 
G
G
 
G
V
 
V
V
 
I
G
 
G
D
 
D
M
 
L
G
 
T
G
 
G
F
 
F
A
 
V
A
 
A
A
 
S
C
 
T
Y
 
Y
Q
 
M
R
|
R
G
 
G
M
 
V
P
 
R
F
 
Y
I
 
V
Q
 
Q
V
 
V
P
 
P
T
 
T
T
 
T
L
 
L
L
 
L
S
 
A
Q
 
M
V
 
V
D
|
D
S
 
S
S
 
S
V
 
I
G
 
G
G
 
G
K
|
K
T
 
T
A
 
A
I
 
I
N
 
D
H
 
T
P
 
P
L
 
L
G
 
G
K
 
K
N
|
N
M
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
A
F
 
I
Y
 
W
Q
 
Q
P
 
P
R
 
T
L
 
K
V
 
I
L
 
Y
A
 
I
D
 
D
I
 
L
D
 
E
T
 
F
L
 
L
D
 
E
T
 
T
L
 
L
P
 
P
D
 
V
R
 
R
E
 
E
L
 
F
S
 
I
A
 
N
G
 
G
L
 
M
A
 
A
E
|
E
V
 
V
I
 
I
K
 
K
Y
 
T
G
 
A
L
 
A
I
 
I
R
 
S
D
 
S
P
 
E
G
 
E
F
 
E
L
 
F
A
 
T
W
 
A
L
 
L
E
 
E
L
 
E
N
 
N
L
 
A
D
 
E
R
 
T
L
 
I
M
 
L
A
 
K
-
 
A
-
 
V
-
 
R
R
 
R
D
 
E
T
 
V
-
 
T
-
 
P
-
 
G
-
 
E
-
 
H
-
 
R
-
 
F
-
 
E
-
 
G
-
 
T
-
 
E
D
 
E
A
 
I
L
 
L
A
 
K
W
 
A
A
 
R
I
 
I
E
 
L
R
 
A
S
 
S
C
 
A
R
 
R
N
 
H
K
|
K
A
 
A
E
 
Y
V
 
V
V
 
V
A
 
S
A
 
A
D
 
D
E
 
E
T
 
R
E
|
E
Q
 
G
G
 
G
E
 
L
R
|
R
A
 
N
L
 
L
L
|
L
N
|
N
L
 
W
G
 
G
H
|
H
T
 
S
F
 
I
G
 
G
H
|
H
A
 
A
I
 
I
E
 
E
T
 
A
G
 
I
L
 
L
G
 
-
Y
 
T
G
 
P
E
 
Q
W
 
I
L
 
L
H
|
H
G
 
G
E
 
E
A
 
C
V
 
V
A
 
A
A
 
I
G
 
G
T
 
M
M
 
V
M
 
K
A
 
E
A
 
A
E
 
E
L
 
L
S
 
A
R
 
R
R
 
H
L
 
L
G
 
G
W
 
I
I
 
L
D
 
K
A
 
G
A
 
V
A
 
A
V
 
V
A
 
S
R
 
R
I
 
I
E
 
V
A
 
K
L
 
C
L
 
L
E
 
A
R
 
A
A
 
Y
R
 
G
L
 
L
P
 
P
V
 
T
W
 
S
-
 
L
-
 
K
-
 
D
-
 
A
-
 
R
-
 
I
-
 
R
-
 
K
-
 
L
-
 
T
-
 
A
G
 
G
P
 
K
R
 
H
L
 
C
G
 
S
V
 
V
E
 
D
R
 
Q
Y
 
L
V
 
M
E
 
F
L
 
N
M
 
M
S
 
A
H
 
L
D
 
D
K
|
K
K
 
K
V
 
N
E
 
D
A
 
G
G
 
P
K
 
K
L
 
K
R
 
K
L
 
I
V
 
V
L
 
L
L
 
L
R
 
S
A
 
A
L
 
I
G
 
G

P07547 Pentafunctional AROM polypeptide; EC 4.2.3.4; EC 2.5.1.19; EC 2.7.1.71; EC 4.2.1.10; EC 1.1.1.25 from Emericella nidulans (strain FGSC A4 / ATCC 38163 / CBS 112.46 / NRRL 194 / M139) (Aspergillus nidulans) (see 2 papers)
40% identity, 87% coverage: 26:338/360 of query aligns to 29:372/1583 of P07547

query
sites
P07547
D
 
D
L
 
L
I
 
I
L
 
S
P
 
D
H
 
C
L
 
S
K
 
S
T
 
T
Q
 
T
R
 
Y
V
 
V
A
 
-
I
 
L
V
 
V
T
 
T
N
x
D
E
x
T
V
x
N
V
 
I
G
 
G
P
 
S
L
 
I
Y
 
Y
L
 
T
E
 
P
R
 
S
L
 
F
R
 
E
A
 
E
G
 
A
L
 
F
E
 
R
D
 
K
A
 
A
G
 
A
V
 
A
-
 
E
-
 
I
-
 
T
-
 
P
-
 
S
-
 
P
R
 
R
T
 
L
A
 
L
A
 
I
V
 
Y
V
 
N
L
 
A
P
 
P
D
 
P
G
 
G
E
|
E
A
x
V
H
x
S
K
|
K
D
 
S
W
 
R
E
 
Q
T
 
T
L
 
K
A
 
A
R
 
D
I
 
I
F
 
E
D
 
D
M
 
W
L
 
M
L
 
L
A
 
S
E
 
Q
R
 
N
-
 
P
-
 
P
C
 
C
E
 
G
R
 
R
S
 
D
T
 
T
T
 
V
L
 
V
V
 
I
A
 
A
L
 
L
G
 
G
G
|
G
G
|
G
V
|
V
V
 
I
G
 
G
D
|
D
M
 
L
G
 
T
G
 
G
F
 
F
A
 
V
A
 
A
A
 
S
C
 
T
Y
 
Y
Q
 
M
R
 
R
G
 
G
M
 
V
P
 
R
F
 
Y
I
 
V
Q
 
Q
V
 
V
P
 
P
T
|
T
T
|
T
L
 
L
L
 
L
S
 
A
Q
 
M
V
 
V
D
 
D
S
 
S
S
 
S
V
 
I
G
 
G
G
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
A
I
 
I
N
 
D
H
 
T
P
 
P
L
 
L
G
 
G
K
|
K
N
 
N
M
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
A
F
 
I
Y
 
W
Q
 
Q
P
 
P
R
 
T
L
 
K
V
 
I
L
 
Y
A
 
I
D
 
D
I
 
L
D
 
E
T
x
F
L
|
L
D
x
E
T
|
T
L
 
L
P
 
P
D
 
V
R
 
R
E
 
E
L
 
F
S
 
I
A
x
N
G
 
G
L
 
M
A
 
A
E
|
E
V
 
V
I
 
I
K
 
K
Y
 
T
G
 
A
L
 
A
I
 
I
R
 
S
D
 
S
P
 
E
G
 
E
F
 
E
L
 
F
A
 
T
W
 
A
L
 
L
E
 
E
L
 
E
N
 
N
L
 
A
D
 
E
R
 
T
L
 
I
M
 
L
A
 
K
-
 
A
-
 
V
-
 
R
R
 
R
D
 
E
T
 
V
-
 
R
-
 
P
-
 
G
-
 
E
-
 
H
-
 
R
-
 
F
-
 
E
-
 
G
-
 
I
-
 
E
D
 
E
A
 
I
L
 
L
A
 
K
W
 
A
A
 
R
I
 
I
E
 
L
R
 
A
S
 
S
C
 
A
R
 
R
N
 
H
K
 
K
A
 
A
E
 
Y
V
 
V
V
 
V
A
 
S
A
 
A
D
 
D
E
 
E
T
 
R
E
 
E
Q
 
G
G
 
G
E
 
L
R
 
R
A
 
N
L
 
L
L
 
L
N
 
N
L
 
W
G
 
G
H
|
H
T
 
S
F
 
I
G
 
G
H
 
H
A
 
A
I
 
I
E
 
E
T
 
A
G
 
I
L
 
L
G
 
-
Y
 
T
G
 
P
E
 
Q
W
 
I
L
 
L
H
|
H
G
 
G
E
 
E
A
 
C
V
 
V
A
 
A
A
 
I
G
 
G
T
 
M
M
 
V
M
 
K
A
 
E
A
 
A
E
 
E
L
 
L
S
 
A
R
 
R
R
 
H
L
 
L
G
 
G
W
 
I
I
 
L
D
 
K
A
 
G
A
 
V
A
 
A
V
 
V
A
 
S
R
 
R
I
 
I
E
 
V
A
 
K
L
 
C
L
 
L
E
 
A
R
 
A
A
 
Y
R
 
G
L
 
L
P
 
P
V
 
T
W
 
S
-
 
L
-
 
K
-
 
D
-
 
A
-
 
R
-
 
I
-
 
R
-
 
K
-
 
L
-
 
T
-
 
A
G
 
G
P
 
K
R
 
H
L
 
C
G
 
S
V
 
V
E
 
D
R
 
Q
Y
 
L
V
 
M
E
 
F
L
 
N
M
 
M
S
 
A
H
 
L
D
 
D
K
 
K
K
 
K
V
 
N
E
 
D
A
 
G
G
 
P
K
 
K
L
 
K
R
 
K
L
 
I
V
 
V
L
 
L
L
 
L
R
 
S
A
 
A
L
 
I
G
 
G

6c5cA Crystal structure of the 3-dehydroquinate synthase (dhqs) domain of aro1 from candida albicans sc5314 in complex with nadh (see paper)
41% identity, 90% coverage: 15:338/360 of query aligns to 17:365/385 of 6c5cA

query
sites
6c5cA
I
 
I
H
 
H
I
 
V
G
 
G
R
 
Y
G
 
G
L
 
I
L
 
-
G
 
-
R
 
-
A
 
A
D
 
D
L
 
H
I
 
I
-
 
V
-
 
R
-
 
E
-
 
V
L
 
I
P
 
A
H
 
N
L
 
L
K
 
A
T
 
S
Q
 
S
R
 
T
V
 
Y
A
 
V
I
 
I
V
 
V
T
 
T
-
x
D
-
 
T
N
|
N
E
x
M
V
 
A
V
 
R
G
 
T
P
 
P
L
 
Q
Y
 
Y
-
 
S
-
 
K
-
 
L
L
 
T
E
 
D
R
 
D
L
 
F
R
 
K
A
 
T
G
 
N
L
 
L
E
 
S
D
 
E
A
 
K
-
 
R
-
 
P
G
 
E
V
 
S
R
 
R
T
 
L
A
 
L
A
 
T
V
 
Y
V
 
C
L
 
V
P
 
S
D
 
P
G
 
G
E
|
E
A
 
N
H
 
N
K
|
K
D
 
N
W
 
R
E
 
A
T
 
T
L
 
K
A
 
A
R
 
A
I
 
V
F
 
E
D
 
D
M
 
F
L
 
L
L
 
L
A
 
Q
E
 
Q
R
 
G
C
 
C
E
 
T
R
 
R
S
 
D
T
 
T
T
 
V
L
 
I
V
 
L
A
 
A
L
 
V
G
 
G
G
|
G
G
|
G
V
|
V
V
 
I
G
 
G
D
|
D
M
 
M
G
 
I
G
 
G
F
 
F
A
 
V
A
 
A
A
 
A
C
 
T
Y
 
F
Q
 
M
R
|
R
G
 
G
M
 
V
P
 
R
F
 
V
I
 
V
Q
 
Q
V
 
V
P
 
P
T
|
T
T
|
T
L
 
L
L
 
L
S
 
A
Q
 
M
V
 
V
D
|
D
S
|
S
S
 
S
V
 
V
G
 
G
G
 
G
K
|
K
T
 
T
A
 
A
I
 
I
N
 
D
H
 
T
P
 
P
L
 
L
G
 
G
K
 
K
N
 
N
M
 
F
I
 
I
G
 
G
A
 
A
F
 
F
Y
 
H
Q
 
Q
P
 
P
R
 
E
L
 
Y
V
 
V
L
 
F
A
 
C
D
 
D
I
 
V
D
 
S
T
x
F
L
 
L
D
 
E
T
|
T
L
|
L
P
 
P
D
 
A
R
 
R
E
x
Q
L
 
F
S
 
I
A
 
N
G
 
G
L
 
M
A
 
A
E
|
E
V
 
V
I
 
V
K
 
K
Y
 
T
G
 
A
L
 
A
I
 
I
R
 
W
D
 
N
P
 
E
G
 
E
F
 
E
L
 
F
A
 
T
W
 
R
L
 
L
E
 
E
L
 
N
N
 
F
L
 
S
D
 
K
R
 
K
L
 
F
M
 
L
A
 
S
R
 
V
D
 
V
T
 
T
D
 
S
A
 
K
-
 
K
-
 
P
-
 
D
-
 
L
-
 
Q
-
 
S
-
 
I
-
 
K
-
 
A
-
 
E
L
 
L
A
 
V
W
 
K
A
 
T
I
 
V
E
 
L
R
 
E
S
 
S
C
 
V
R
 
R
N
 
V
K
|
K
A
 
A
E
 
G
V
 
V
V
 
V
A
 
S
A
 
S
D
 
D
E
|
E
T
 
A
E
 
-
Q
 
-
G
 
G
E
 
L
R
|
R
A
 
N
L
 
L
L
 
L
N
|
N
L
 
F
G
 
G
H
|
H
T
 
T
F
 
I
G
 
G
H
|
H
A
 
A
I
 
I
E
 
E
T
 
A
G
 
V
L
 
L
G
 
T
Y
 
-
G
 
P
E
 
E
W
 
A
L
 
L
H
|
H
G
 
G
E
 
E
A
 
C
V
 
V
A
 
S
A
 
I
G
 
G
T
 
M
M
 
I
M
 
K
A
 
E
A
 
A
E
 
E
L
 
L
S
 
S
R
 
R
R
 
Y
L
 
L
G
 
G
W
 
I
I
 
L
D
 
P
A
 
P
A
 
V
A
 
A
V
 
V
A
 
A
R
 
R
I
 
L
E
 
S
A
 
K
L
 
C
L
 
L
E
 
V
R
 
A
A
 
Y
R
 
G
L
 
L
P
 
P
V
 
V
-
 
S
-
 
I
-
 
D
-
 
D
-
 
K
-
 
E
W
 
F
G
 
L
P
 
K
R
 
K
L
 
V
G
 
G
V
 
P
E
 
K
R
 
R
-
 
H
Y
 
Y
V
 
V
E
 
E
L
 
I
-
 
D
-
 
I
-
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
K
M
 
M
S
 
A
H
 
I
D
 
D
K
 
K
K
 
K
V
 
-
E
 
-
A
 
-
G
 
N
K
 
D
L
 
I
R
 
R
L
 
C
V
 
V
L
 
L
L
 
L
R
 
E
A
 
K
L
 
I
G
 
G

3qbeA Crystal structure of the 3-dehydroquinate synthase (arob) from mycobacterium tuberculosis
44% identity, 80% coverage: 51:337/360 of query aligns to 48:329/352 of 3qbeA

query
sites
3qbeA
E
 
E
R
 
E
L
 
I
R
 
R
A
 
K
G
 
R
L
 
L
E
 
A
D
 
G
A
 
K
G
 
G
V
 
V
R
 
D
T
 
A
A
 
H
A
 
R
V
 
I
V
 
E
L
 
I
P
 
P
D
 
D
G
 
A
E
 
E
A
 
A
H
 
G
K
 
K
D
 
D
W
 
L
E
 
P
T
 
V
L
 
V
A
 
G
R
 
F
I
 
I
F
 
W
D
 
E
M
 
V
L
 
L
L
 
G
A
 
R
E
 
I
R
 
G
C
 
I
E
 
G
R
 
R
S
 
K
T
 
D
T
 
A
L
 
L
V
 
V
A
 
S
L
 
L
G
 
G
G
 
G
G
 
G
V
 
A
V
 
A
G
 
T
D
 
D
M
 
V
G
 
A
G
 
G
F
 
F
A
 
A
A
 
A
A
 
A
C
 
T
Y
 
W
Q
 
L
R
|
R
G
 
G
M
 
V
P
 
S
F
 
I
I
 
V
Q
 
H
V
 
L
P
 
P
T
 
T
T
 
T
L
 
L
L
 
L
S
 
G
Q
 
M
V
 
V
D
 
D
S
 
A
S
 
A
V
 
V
G
 
G
G
 
G
K
|
K
T
 
T
A
 
G
I
 
I
N
 
N
H
 
T
P
 
D
L
 
A
G
 
G
K
 
K
N
 
N
M
 
L
I
 
V
G
 
G
A
 
A
F
 
F
Y
 
H
Q
 
Q
P
 
P
R
 
L
L
 
A
V
 
V
L
 
L
A
 
V
D
 
D
I
 
L
D
 
A
T
 
T
L
 
L
D
 
Q
T
 
T
L
 
L
P
 
P
D
 
R
R
 
D
E
 
E
L
 
M
S
 
I
A
 
C
G
 
G
L
 
M
A
 
A
E
|
E
V
 
V
I
 
V
K
 
K
Y
 
A
G
 
G
L
 
F
I
 
I
R
 
A
D
 
D
P
 
P
G
 
V
F
 
I
L
 
L
A
 
D
W
 
L
L
 
I
E
 
E
L
 
A
N
 
D
L
 
P
D
 
Q
R
 
A
L
 
A
M
 
L
A
 
D
R
 
P
D
 
A
T
 
G
D
 
D
A
 
V
L
 
L
A
 
P
W
 
E
A
 
L
I
 
I
E
 
R
R
 
R
S
 
A
C
 
I
R
 
T
N
 
V
K
|
K
A
 
A
E
 
E
V
 
V
V
 
V
A
 
A
A
 
A
D
 
S
E
 
E
T
 
L
E
 
-
Q
 
-
G
 
-
E
 
-
R
|
R
A
 
E
L
 
I
L
 
L
N
|
N
L
 
Y
G
 
G
H
|
H
T
 
T
F
 
L
G
 
G
H
|
H
A
 
A
I
 
I
E
 
E
T
 
R
G
 
R
L
 
E
G
 
R
Y
 
Y
G
 
-
E
 
R
W
 
W
L
 
R
H
|
H
G
 
G
E
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
S
A
 
V
G
 
G
T
 
L
M
 
V
M
 
F
A
 
A
A
 
A
E
 
E
L
 
L
S
 
A
R
 
R
R
 
L
L
 
A
G
 
G
W
 
R
I
 
L
D
 
D
A
 
D
A
 
A
A
 
T
V
 
A
A
 
Q
R
 
R
I
 
H
E
 
R
A
 
T
L
 
I
L
 
L
E
 
S
R
 
S
A
 
L
R
 
G
L
 
L
P
 
P
V
 
V
W
 
S
G
 
Y
P
 
D
R
 
P
L
 
D
G
 
A
V
 
L
E
 
P
R
 
Q
Y
 
L
V
 
L
E
 
E
L
 
I
M
 
M
S
 
A
H
 
G
D
 
D
K
 
K
K
 
K
V
 
T
E
 
R
A
 
A
G
 
G
K
 
V
L
 
L
R
 
R
L
 
F
V
 
V
L
 
V
L
 
L
R
 
D
A
 
G
L
 
L

1xagA Crystal structure of staphlyococcus aureus 3-dehydroquinate synthase (dhqs) in complex with zn2+, NAD+ and carbaphosphonate (see paper)
34% identity, 94% coverage: 4:342/360 of query aligns to 3:334/353 of 1xagA

query
sites
1xagA
L
 
L
N
 
Q
V
 
T
A
 
T
L
 
Y
G
 
P
E
 
S
R
 
N
A
 
N
Y
 
Y
P
 
P
I
 
I
H
 
Y
I
 
V
G
 
E
R
 
H
G
 
G
L
 
A
L
 
I
G
 
K
R
 
Y
A
 
I
D
 
G
L
 
T
I
 
Y
L
 
L
P
 
N
H
 
Q
L
 
F
K
 
D
T
 
Q
Q
 
S
R
 
F
V
 
L
A
 
L
I
 
I
V
 
-
T
 
-
N
x
D
E
 
E
V
x
Y
V
|
V
G
 
N
P
 
Q
L
x
Y
Y
 
F
L
 
A
E
 
N
R
 
K
L
 
F
R
 
D
A
 
D
G
 
I
L
 
L
E
 
S
D
 
Y
A
 
E
G
 
N
V
 
V
R
 
H
T
 
-
A
 
-
A
 
K
V
 
V
V
 
I
L
 
I
P
 
P
D
 
A
G
 
G
E
|
E
A
 
K
H
 
T
K
|
K
D
 
T
W
 
F
E
 
E
T
 
Q
L
 
Y
A
 
Q
R
 
E
I
 
T
F
 
L
D
 
E
M
 
Y
L
 
I
L
 
L
A
 
S
E
 
H
R
 
H
C
 
V
E
 
T
R
 
R
S
 
N
T
 
T
T
 
A
L
 
I
V
 
I
A
 
A
L
 
V
G
 
G
G
|
G
G
|
G
V
x
A
V
 
T
G
 
G
D
|
D
M
 
F
G
 
A
G
 
G
F
 
F
A
 
V
A
 
A
A
 
A
C
 
T
Y
 
L
Q
 
L
R
|
R
G
 
G
M
 
V
P
 
H
F
 
F
I
 
I
Q
 
Q
V
 
V
P
 
P
T
|
T
T
|
T
L
 
I
L
|
L
S
 
A
Q
 
H
V
 
-
D
|
D
S
|
S
S
 
S
V
 
V
G
 
G
G
 
G
K
|
K
T
 
V
A
 
G
I
 
I
N
 
N
H
 
S
P
 
K
L
 
Q
G
 
G
K
|
K
N
|
N
M
 
L
I
 
I
G
 
G
A
 
A
F
 
F
Y
 
Y
Q
 
R
P
 
P
R
 
T
L
 
A
V
 
V
L
 
I
A
 
Y
D
 
D
I
 
L
D
 
D
T
 
F
L
 
L
D
 
K
T
|
T
L
|
L
P
 
P
D
 
F
R
 
K
E
x
Q
L
 
I
S
 
L
A
 
S
G
 
G
L
 
Y
A
 
A
E
|
E
V
 
V
I
 
Y
K
 
K
Y
 
H
G
 
A
L
 
L
I
 
L
R
 
N
D
 
G
P
 
E
G
 
S
F
 
A
L
 
T
A
 
Q
W
 
D
L
 
I
E
 
E
L
 
Q
N
 
H
L
 
F
-
 
K
D
 
D
R
 
R
L
 
E
M
 
I
A
 
L
R
 
Q
D
 
S
T
 
L
D
 
N
A
 
G
L
 
M
A
 
D
W
 
K
A
 
Y
I
 
I
E
 
A
R
 
K
S
 
G
C
 
I
R
 
E
N
 
T
K
|
K
A
 
L
E
 
D
V
 
I
V
 
V
A
 
V
A
 
A
D
 
D
E
 
E
T
 
K
E
|
E
Q
 
Q
G
 
G
E
 
V
R
|
R
A
 
K
L
 
F
L
|
L
N
|
N
L
 
L
G
 
G
H
|
H
T
 
T
F
 
F
G
 
G
H
|
H
A
 
A
I
 
V
E
 
E
T
 
Y
G
 
-
L
 
-
G
 
-
Y
 
Y
G
 
H
E
 
K
W
 
I
L
 
P
H
|
H
G
 
G
E
 
H
A
 
A
V
 
V
A
 
M
A
 
V
G
 
G
T
 
I
M
 
I
M
 
Y
A
 
Q
A
 
F
E
 
I
L
 
V
S
 
A
R
 
N
R
 
A
L
 
L
G
 
F
W
 
D
I
 
S
D
 
K
A
 
H
A
 
D
A
 
I
V
 
S
A
 
H
R
 
Y
I
 
I
E
 
Q
A
 
Y
L
 
L
L
 
I
E
 
Q
R
 
L
A
 
G
R
 
Y
L
 
P
P
 
L
V
 
D
W
 
M
G
 
I
P
 
T
R
 
D
L
 
L
G
 
D
V
 
F
E
 
E
R
 
T
Y
 
L
V
 
Y
E
 
Q
L
 
Y
M
 
M
S
 
L
H
 
S
D
 
D
K
|
K
K
 
K
V
 
N
E
 
D
A
 
K
G
 
Q
K
 
G
L
 
V
R
 
Q
L
 
M
V
 
V
L
 
L
L
 
M
R
 
R
A
 
Q
L
 
F
G
 
G
C
 
D
A
 
I
V
 
V
M
 
V

3qbdA 3-dehydroquinate synthase (arob) from mycobacterium tuberculosis in complex with NAD
42% identity, 80% coverage: 51:337/360 of query aligns to 48:321/344 of 3qbdA

query
sites
3qbdA
E
 
E
R
 
E
L
 
I
R
 
R
A
 
K
G
 
R
L
 
L
E
 
A
D
 
G
A
 
K
G
 
G
V
 
V
R
 
D
T
 
A
A
 
H
A
 
R
V
 
I
V
 
E
L
 
I
P
 
P
D
|
D
G
x
A
E
|
E
A
 
A
H
 
G
K
|
K
D
 
D
W
 
L
E
 
P
T
 
V
L
 
V
A
 
G
R
 
F
I
 
I
F
 
W
D
 
E
M
 
V
L
 
L
L
 
G
A
 
R
E
 
I
R
 
G
C
 
I
E
 
G
R
 
R
S
 
K
T
 
D
T
 
A
L
 
L
V
 
V
A
 
S
L
 
L
G
 
G
G
|
G
G
|
G
V
x
A
V
 
A
G
 
T
D
|
D
M
 
V
G
 
A
G
 
G
F
 
F
A
 
A
A
 
A
A
 
A
C
 
T
Y
 
W
Q
 
L
R
|
R
G
 
G
M
 
V
P
 
S
F
 
I
I
 
V
Q
 
H
V
 
L
P
 
P
T
|
T
T
|
T
L
 
L
L
|
L
S
 
G
Q
 
M
V
 
V
D
 
D
S
x
A
S
 
A
V
 
V
G
 
G
G
 
G
K
|
K
T
 
T
A
 
G
I
 
I
N
 
N
H
 
T
P
 
D
L
 
A
G
 
G
K
 
K
N
 
N
M
 
L
I
 
V
G
 
G
A
 
A
F
 
F
Y
 
H
Q
 
Q
P
 
P
R
 
L
L
 
A
V
 
V
L
 
L
A
 
V
D
 
D
I
 
L
D
 
A
T
 
T
L
 
L
D
 
Q
T
|
T
L
|
L
P
 
P
D
 
R
R
 
D
E
 
E
L
 
M
S
 
I
A
 
C
G
 
G
L
 
M
A
 
A
E
|
E
V
 
V
I
 
V
K
 
K
Y
 
A
G
 
G
L
 
F
I
 
I
R
 
A
D
 
D
P
 
P
G
 
V
F
 
I
L
 
L
A
 
D
W
 
L
L
 
I
E
 
E
L
 
A
N
 
D
L
 
P
D
 
Q
R
 
A
L
 
A
M
 
L
A
 
D
R
 
P
D
 
A
T
 
G
D
 
D
A
 
V
L
 
L
A
 
P
W
 
E
A
 
L
I
 
I
E
 
R
R
 
R
S
 
A
C
 
I
R
 
T
N
 
V
K
|
K
A
 
A
E
 
E
V
 
V
V
 
V
A
 
A
A
 
A
D
 
E
E
 
-
T
 
-
E
 
-
Q
 
-
G
 
-
E
 
L
R
|
R
A
 
E
L
 
I
L
 
L
N
|
N
L
 
Y
G
 
G
H
|
H
T
 
T
F
 
L
G
 
G
H
|
H
A
 
A
I
 
I
E
 
E
T
 
R
G
 
R
L
 
E
G
 
R
Y
 
Y
G
 
-
E
 
R
W
 
W
L
 
R
H
|
H
G
 
G
E
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
S
A
 
V
G
 
G
T
 
L
M
 
V
M
 
F
A
 
A
A
 
A
E
 
E
L
 
L
S
 
A
R
 
R
R
 
L
L
 
A
G
 
G
W
 
R
I
 
L
D
 
D
A
 
D
A
 
A
A
 
T
V
 
A
A
 
Q
R
 
R
I
 
H
E
 
R
A
 
T
L
 
I
L
 
L
E
 
S
R
 
S
A
 
L
R
 
G
L
 
L
P
 
P
V
 
V
W
 
S
G
 
Y
P
 
D
R
 
P
L
 
D
G
 
A
V
 
L
E
 
P
R
 
Q
Y
 
L
V
 
L
E
 
E
L
 
I
M
 
M
S
 
-
H
 
-
D
 
-
K
 
-
K
 
-
V
 
-
E
 
-
A
 
A
G
 
G
K
 
V
L
 
L
R
 
R
L
 
F
V
 
V
L
 
V
L
 
L
R
 
D
A
 
G
L
 
L

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_004299492.1 NCBI__GCF_000310185.1:WP_004299492.1
MQTLNVALGERAYPIHIGRGLLGRADLILPHLKTQRVAIVTNEVVGPLYLERLRAGLEDA
GVRTAAVVLPDGEAHKDWETLARIFDMLLAERCERSTTLVALGGGVVGDMGGFAAACYQR
GMPFIQVPTTLLSQVDSSVGGKTAINHPLGKNMIGAFYQPRLVLADIDTLDTLPDRELSA
GLAEVIKYGLIRDPGFLAWLELNLDRLMARDTDALAWAIERSCRNKAEVVAADETEQGER
ALLNLGHTFGHAIETGLGYGEWLHGEAVAAGTMMAAELSRRLGWIDAAAVARIEALLERA
RLPVWGPRLGVERYVELMSHDKKVEAGKLRLVLLRALGCAVMHGEAPAGEIAAAIEARCR

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory