SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_005350178.1 NCBI__GCF_000173975.1:WP_005350178.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 19 hits to proteins with known functional sites (download)

Q5F8J4 NAD(+)-dependent homoserine dehydrogenase; NAD(+)-dependent HSD; NgHSD; EC 1.1.1.3 from Neisseria gonorrhoeae (strain ATCC 700825 / FA 1090) (see paper)
39% identity, 89% coverage: 20:375/401 of query aligns to 22:389/435 of Q5F8J4

query
sites
Q5F8J4
L
 
L
Q
 
R
T
 
D
N
 
N
T
 
A
E
 
E
V
 
E
I
 
I
A
 
S
Q
 
R
R
 
R
A
 
L
G
 
G
E
 
R
E
 
E
I
 
I
A
 
R
V
 
I
K
 
S
Y
 
A
I
 
M
L
 
C
D
 
D
L
|
L
R
x
S
D
 
E
F
 
E
P
 
K
G
 
A
D
 
R
-
 
Q
-
 
I
-
 
C
P
 
P
N
 
S
A
 
A
D
 
A
K
 
F
V
 
V
V
 
K
H
 
D
D
 
P
Y
 
F
D
 
E
I
 
L
I
 
V
D
 
A
K
 
R
D
 
-
E
 
K
D
 
D
V
 
V
Q
 
D
V
 
V
V
 
V
V
 
V
E
 
E
C
 
L
M
 
F
G
 
G
G
 
G
V
 
T
E
 
G
P
 
I
A
 
A
Y
 
K
T
 
E
F
 
A
V
 
V
K
 
L
R
 
K
A
 
A
L
 
I
L
 
E
N
 
N
G
 
G
R
 
K
S
 
H
V
 
I
A
 
V
T
 
T
S
 
A
N
 
N
K
 
K
E
 
K
L
 
L
V
 
L
A
 
A
K
 
E
H
 
Y
G
 
G
A
 
N
E
 
E
L
 
I
I
 
F
A
 
P
I
 
L
A
 
A
H
 
E
E
 
K
K
 
Q
N
 
N
I
 
V
N
 
I
F
 
V
L
 
Q
F
 
F
E
 
E
A
 
A
S
 
A
V
 
V
G
 
A
G
 
G
G
 
G
I
 
I
P
 
P
I
 
I
I
 
I
R
 
K
P
 
A
L
 
L
V
 
R
Q
 
E
C
 
G
L
 
L
T
 
A
A
 
A
D
 
N
V
 
R
I
 
I
E
 
K
E
 
S
V
 
I
S
 
A
G
 
G
I
 
I
L
 
I
N
 
N
G
 
G
T
 
T
T
 
S
N
 
N
Y
 
F
M
 
I
L
 
L
T
 
S
R
 
E
M
 
M
K
 
R
E
 
E
E
 
K
G
 
G
I
 
S
S
 
A
F
 
F
E
 
A
E
 
D
A
 
V
L
 
L
K
 
K
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
E
 
A
K
 
L
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
E
 
E
L
 
A
H
 
D
P
 
P
E
 
T
A
 
F
D
 
D
V
 
I
E
 
E
G
 
G
Y
 
N
D
 
D
A
 
A
C
 
G
R
 
H
K
 
K
I
 
I
A
 
T
I
 
I
L
 
M
S
 
S
S
 
A
L
 
L
A
 
A
F
 
F
G
 
G
Q
 
T
Q
 
P
V
 
M
D
 
N
F
 
F
E
 
S
D
 
A
I
 
C
Y
 
Y
T
 
L
E
 
E
G
 
G
I
 
I
T
 
S
S
 
K
I
 
L
T
 
D
A
 
S
E
 
R
D
 
D
I
 
I
R
 
K
Y
 
Y
A
 
A
T
 
E
A
 
E
M
 
L
N
 
G
K
 
Y
S
 
R
I
 
I
K
 
K
L
 
L
L
 
L
G
 
G
N
 
V
S
 
T
W
 
R
R
 
K
V
 
T
D
 
G
G
 
K
K
 
G
I
 
I
Y
 
E
A
 
L
M
 
R
V
 
V
C
 
H
P
 
P
M
 
T
L
 
L
L
 
I
D
 
P
N
 
E
A
 
S
H
 
R
P
 
L
L
 
L
S
 
A
G
 
N
V
 
V
N
 
D
D
 
G
V
 
V
F
 
M
N
 
N
A
 
A
I
 
V
F
 
R
V
 
V
R
 
N
G
 
A
N
 
D
M
 
M
V
 
V
D
 
G
E
 
E
T
 
T
M
 
L
F
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
K
 
A
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
A
L
 
L
P
 
P
T
 
T
A
 
A
S
 
S
A
 
A
V
 
V
A
 
V
A
 
A
D
 
D
V
 
I
V
 
I
D
 
D
C
 
I
V
 
A
K
 
R
-
 
L
-
 
V
-
 
E
-
 
A
H
 
D
T
 
T
G
 
A
K
 
H
N
 
R
I
 
V
K
 
P
I
 
H
L
 
L
-
 
A
W
 
F
N
 
Q
P
 
P
E
 
A
K
 
Q
L
 
V
-
 
Q
-
 
A
-
 
Q
T
 
T
L
 
I
S
 
L
D
 
P
L
 
M
G
 
D
D
 
E
F
 
I
E
 
T
R
 
S
Q
 
S
Y
 
Y
F
 
Y
V
 
L
R
 
R
M
 
V
P
 
Q
A
 
A
D
 
K
A
 
D
E
 
E
A
 
P
K
 
G
A
 
T
I
 
L
-
 
G
-
 
Q
T
 
I
A
 
A
A
 
A
F
 
L
G
 
L
A
 
A
V
 
Q
E
 
E
M
 
N
V
 
V
S
 
S
V
 
I
E
 
E
G
 
A
I
 
L
N
 
I
E
 
Q
K
 
K
A
 
G
F
 
V
I
 
I

6dzsA Mycobacterial homoserine dehydrogenase thra in complex with NADP
42% identity, 86% coverage: 2:345/401 of query aligns to 5:356/431 of 6dzsA

query
sites
6dzsA
V
 
I
N
 
G
V
 
V
A
 
A
V
 
V
L
 
L
G
|
G
Y
x
L
G
|
G
T
x
N
I
x
V
G
 
G
S
 
S
G
 
E
V
 
V
V
 
V
E
 
R
V
 
I
L
 
I
Q
 
D
T
 
E
N
 
S
T
 
A
E
 
T
V
 
D
I
 
L
A
 
A
Q
 
A
R
 
R
A
 
I
G
 
G
E
 
A
E
 
P
-
 
L
-
 
Q
-
 
L
-
 
R
-
 
G
I
 
I
A
 
G
V
|
V
K
x
R
Y
x
R
I
 
V
L
 
S
D
 
A
L
 
D
R
|
R
D
 
G
F
 
V
P
 
P
G
 
V
D
 
E
P
 
L
N
 
L
A
 
T
D
 
D
K
 
N
V
x
I
V
 
-
H
 
-
D
 
-
Y
 
E
D
 
E
I
 
L
I
 
V
D
 
S
K
 
R
D
 
D
E
 
-
D
 
D
V
 
V
Q
 
D
V
 
I
V
 
V
V
 
V
E
 
E
C
x
L
M
|
M
G
 
G
G
 
P
V
 
V
E
 
E
P
|
P
A
 
A
Y
 
R
T
 
K
F
 
A
V
 
I
K
 
L
R
 
T
A
 
A
L
 
L
L
 
E
N
 
Q
G
 
G
R
 
K
S
 
S
V
 
V
A
 
V
T
 
T
S
x
A
N
 
N
K
|
K
E
 
A
L
 
L
V
 
M
A
 
S
K
 
V
H
 
S
G
 
T
A
 
G
E
 
E
L
 
L
I
 
A
A
 
Q
I
 
A
A
 
A
H
 
E
E
 
A
K
 
A
N
 
H
I
 
V
N
 
D
F
 
L
L
 
Y
F
 
F
E
 
E
A
 
A
S
 
A
V
 
V
G
 
A
G
 
G
G
 
A
I
 
I
P
 
P
I
 
V
I
 
I
R
 
R
P
 
P
L
 
L
V
 
T
Q
 
Q
C
 
S
L
 
L
T
 
A
A
 
G
D
 
D
V
 
T
I
 
V
E
 
T
E
 
R
V
 
V
S
 
A
G
 
G
I
 
I
L
 
V
N
 
N
G
 
G
T
 
T
T
 
T
N
 
N
Y
 
Y
M
 
I
L
 
L
T
 
S
R
 
A
M
 
M
K
 
D
E
 
S
E
 
T
G
 
G
I
 
A
S
 
D
F
 
Y
E
 
G
E
 
D
A
 
A
L
 
L
K
 
A
E
 
E
A
 
A
Q
 
S
E
 
A
K
 
L
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
E
 
E
L
 
A
H
 
D
P
 
P
E
 
T
A
 
A
D
 
D
V
 
V
E
 
E
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
A
 
A
C
 
A
R
 
A
K
 
K
I
 
A
A
 
A
I
 
I
L
 
L
S
 
A
S
 
S
L
 
I
A
 
A
F
 
F
G
 
H
Q
 
T
Q
 
R
V
 
V
D
 
T
F
 
A
E
 
D
D
 
D
I
 
V
Y
 
Y
T
 
R
E
 
E
G
 
G
I
 
I
T
 
T
S
 
K
I
 
V
T
 
T
A
 
A
E
 
A
D
 
D
I
 
F
R
 
A
Y
 
S
A
 
A
T
 
R
A
 
A
M
 
L
N
 
G
K
 
C
S
 
T
I
 
I
K
 
K
L
 
L
L
 
L
G
 
A
N
 
I
S
 
C
W
 
E
R
 
R
V
 
L
-
 
T
-
 
S
-
 
D
D
 
D
G
 
G
-
 
H
-
 
Q
K
 
S
I
 
V
Y
 
S
A
 
A
M
 
R
V
 
V
C
 
Y
P
 
P
M
 
A
L
 
L
L
 
V
D
 
P
N
 
L
A
 
T
H
 
H
P
 
P
L
 
L
S
 
A
G
 
A
V
 
V
N
 
N
D
 
G
V
 
A
F
 
F
N
 
N
A
 
A
I
 
V
F
 
V
V
 
V
R
 
E
G
 
A
N
 
E
M
 
A
V
 
A
D
 
G
E
 
R
T
 
L
M
 
M
F
 
F
Y
 
Y
G
 
G
K
 
Q
G
 
G
A
 
A
G
|
G
K
 
G
L
 
A
P
 
P
T
|
T
A
 
A
S
 
S
A
 
A
V
 
V
A
 
M
A
 
G
D
 
D
V
 
V
V
 
V
D
 
M
C
 
A
V
 
A
K
 
R
H
 
N
T
 
-
G
 
-
K
 
-
N
 
R
I
 
V
K
 
Q
I
 
G
L
 
G
W
 
R
N
 
G
P
 
P
E
 
R
-
 
E
-
 
S
-
 
K
-
 
Y
-
 
A
K
 
K
L
 
L
T
 
P
L
 
I
S
 
S
D
 
P
L
 
I
G
 
G
D
 
D
F
 
I
E
 
P
R
 
T
Q
 
R
Y
 
Y
F
 
Y
V
 
V
R
 
S
M
 
M

4pg7A Crystal structure of s. Aureus homoserine dehydrogenase at ph7.5 (see paper)
41% identity, 78% coverage: 2:312/401 of query aligns to 5:306/402 of 4pg7A

query
sites
4pg7A
V
 
L
N
 
N
V
 
I
A
 
A
V
 
L
L
 
L
G
 
G
Y
 
L
G
 
G
T
 
T
I
 
V
G
 
G
S
 
S
G
 
G
V
 
V
V
 
V
E
 
K
V
 
I
L
 
I
Q
 
E
T
 
E
N
 
N
T
 
R
E
 
Q
V
 
Q
I
 
I
A
 
Q
Q
 
D
R
 
T
A
 
L
G
 
N
E
 
K
E
 
D
I
 
I
A
 
V
V
 
I
K
 
K
Y
 
H
I
 
I
L
 
L
D
 
-
L
 
V
R
 
R
D
 
D
-
 
K
-
 
S
-
 
K
-
 
K
F
 
R
P
 
P
G
 
L
D
 
N
P
 
I
N
 
S
A
 
Q
D
 
Y
K
 
H
V
 
L
V
 
T
H
 
E
D
 
D
Y
 
V
D
 
N
I
 
E
I
 
I
D
 
L
K
 
N
D
 
D
E
 
D
D
 
S
V
 
L
Q
 
D
V
 
I
V
 
I
V
 
V
E
 
E
C
 
V
M
 
M
G
 
G
G
 
G
V
 
I
E
 
E
P
 
P
A
 
T
Y
 
V
T
 
D
F
 
W
V
 
L
K
 
R
R
 
T
A
 
A
L
 
L
L
 
K
N
 
N
G
 
K
R
 
K
S
 
H
V
 
V
A
 
I
T
 
T
S
 
A
N
 
N
K
 
K
E
 
D
L
 
L
V
 
L
A
 
A
K
 
V
H
 
H
G
 
L
A
 
K
E
 
L
L
 
L
I
 
E
A
 
D
I
 
L
A
 
A
H
 
E
E
 
E
K
 
N
N
 
G
I
 
V
N
 
A
F
 
L
L
 
K
F
 
F
E
 
E
A
 
A
S
 
S
V
 
V
G
 
A
G
 
G
G
 
G
I
 
-
P
 
-
I
 
-
I
 
-
R
 
-
P
 
-
L
 
-
V
 
-
Q
 
-
C
 
-
L
 
-
T
 
-
A
 
P
D
 
N
V
 
N
I
 
I
E
 
S
E
 
K
V
 
F
S
 
M
G
 
G
I
 
I
L
 
L
N
 
N
G
 
G
T
 
T
T
 
S
N
 
N
Y
 
F
M
 
I
L
 
L
T
 
S
R
 
K
M
 
M
K
 
T
E
 
K
E
 
E
G
 
Q
I
 
T
S
 
T
F
 
F
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
D
E
 
E
A
 
A
Q
 
K
E
 
R
K
 
L
G
 
G
Y
 
F
A
 
A
E
 
E
L
 
A
H
 
D
P
 
P
E
 
T
A
 
D
D
 
D
V
 
V
E
 
E
G
 
G
Y
 
V
D
|
D
A
 
A
C
 
A
R
 
R
K
|
K
I
 
V
A
 
V
I
 
I
L
 
T
S
 
S
S
 
Y
L
 
L
A
 
S
F
 
F
G
 
N
Q
 
Q
Q
 
V
V
 
I
D
 
K
F
 
L
E
 
N
D
 
D
I
 
V
Y
 
K
T
 
R
E
x
R
G
 
G
I
 
I
T
 
S
S
x
G
I
 
V
T
 
T
A
 
L
E
 
T
D
 
D
I
 
I
R
 
N
Y
 
V
A
 
A
T
 
D
A
 
Q
M
 
L
N
 
G
K
 
Y
S
 
K
I
 
I
K
 
K
L
 
L
L
 
I
G
 
G
N
 
K
S
 
G
W
 
I
R
 
Y
V
 
E
D
 
N
G
 
G
K
 
K
I
 
V
Y
 
N
A
 
A
M
 
S
V
 
V
C
 
E
P
 
P
M
 
T
L
 
L
L
 
I
D
 
D
N
 
K
A
 
K
H
 
H
P
 
Q
L
 
L
S
 
A
G
 
A
V
 
V
N
 
E
D
 
D
V
 
E
F
 
Y
N
 
N
A
 
A
I
 
I
F
 
Y
V
 
V
R
 
I
G
 
G
N
 
D
M
 
A
V
 
V
D
 
G
E
 
D
T
 
T
M
 
M
F
 
F
Y
 
Y
G
 
G
K
 
K
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
S
L
 
L
P
 
A
T
 
T
A
 
G
S
 
S
A
 
A
V
 
V
A
 
V
A
 
S
D
 
D
V
 
L
V
 
L
D
 
N
C
 
V

Sites not aligning to the query:

6a0sA Homoserine dehydrogenase from thermus thermophilus hb8 complexed with hse and NADPH (see paper)
34% identity, 72% coverage: 2:290/401 of query aligns to 4:283/331 of 6a0sA

query
sites
6a0sA
V
 
L
N
 
K
V
 
I
A
 
A
V
 
L
L
 
L
G
 
G
Y
x
G
G
|
G
T
|
T
I
x
V
G
 
G
S
 
S
G
 
A
V
 
F
V
 
Y
E
 
N
-
 
L
V
 
V
L
 
L
Q
 
E
T
 
R
N
 
A
T
 
E
E
 
E
V
 
L
I
 
S
A
 
A
Q
 
F
R
 
G
A
 
V
G
 
V
E
 
P
E
 
R
I
 
F
A
 
L
V
 
G
K
 
V
Y
x
L
I
x
V
L
x
R
D
|
D
L
 
P
R
 
R
D
x
K
F
 
P
P
x
R
G
 
A
D
 
I
P
 
P
N
 
Q
A
 
E
D
 
L
K
 
L
V
 
R
V
 
A
H
 
E
D
 
P
Y
 
F
D
 
D
I
 
L
I
 
L
D
 
E
K
 
A
D
 
D
E
 
-
D
 
-
V
 
-
Q
 
-
V
 
L
V
 
V
V
 
V
E
 
E
C
x
A
M
|
M
G
 
G
G
 
G
V
 
V
E
 
E
P
 
A
A
 
P
Y
 
L
T
 
R
F
 
L
V
 
V
K
 
L
R
 
P
A
 
A
L
 
L
L
 
E
N
 
A
G
 
G
R
 
I
S
 
P
V
 
L
A
 
I
T
 
T
S
x
A
N
 
N
K
|
K
E
 
A
L
 
L
V
 
L
A
 
A
K
 
E
H
 
A
G
 
W
A
 
E
E
 
S
L
 
L
I
 
R
A
 
P
I
 
F
A
 
A
H
 
E
E
 
E
K
 
G
N
 
L
I
 
I
N
 
Y
F
 
H
L
 
-
F
 
-
E
 
E
A
 
A
S
 
S
V
 
V
G
 
M
G
 
A
G
 
G
I
 
T
P
 
P
I
 
A
I
 
L
R
 
S
P
 
-
L
 
F
V
 
L
Q
 
E
C
 
T
L
 
L
T
 
R
A
 
G
D
 
S
V
 
E
I
 
L
E
 
L
E
 
E
V
 
L
S
 
H
G
 
G
I
 
I
L
 
L
N
|
N
G
|
G
T
|
T
T
 
T
N
 
L
Y
 
Y
M
 
I
L
 
L
T
 
Q
R
 
E
M
 
M
K
 
-
E
 
E
E
 
K
G
 
G
I
 
R
S
 
T
F
 
Y
E
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
L
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
E
 
R
K
 
L
G
|
G
Y
|
Y
A
 
A
E
|
E
L
 
A
H
 
D
P
 
P
E
 
T
A
 
L
D
|
D
V
 
V
E
 
E
G
 
G
Y
 
I
D
|
D
A
 
A
C
 
A
R
 
H
K
|
K
I
 
L
A
 
T
I
 
L
L
 
L
S
 
A
S
 
R
L
 
L
A
 
L
F
 
V
G
 
D
Q
 
P
Q
 
G
V
 
F
D
 
P
F
 
F
E
 
A
D
 
E
I
 
V
Y
 
E
T
 
A
E
 
Q
G
 
G
I
 
I
T
 
A
S
 
R
I
 
L
T
 
T
A
 
P
E
 
E
D
 
V
I
 
L
R
 
Q
Y
 
K
A
 
A
T
 
E
A
 
A
M
 
R
N
 
G
K
 
E
S
 
R
I
 
V
K
 
R
L
 
L
L
 
V
G
 
A
N
 
S
S
 
L
W
 
F
R
 
G
V
 
E
D
 
G
G
 
G
K
 
R
I
 
W
Y
 
R
A
 
A
M
 
A
V
 
V
C
 
A
P
 
P
M
 
R
L
 
R
L
 
L
D
 
P
N
 
Q
A
 
D
H
 
H
P
 
P
L
 
L
S
 
A
G
 
R
V
 
A
N
 
R
D
 
G
V
 
-
F
 
-
N
 
N
A
 
A
I
 
L
F
 
W
V
 
V
R
 
R
G
 
A
N
 
R
M
 
P
V
 
L
D
 
G
E
 
E
T
 
A
M
 
F

Sites not aligning to the query:

2ejwA Homoserine dehydrogenase from thermus thermophilus hb8
34% identity, 72% coverage: 2:290/401 of query aligns to 4:283/331 of 2ejwA

query
sites
2ejwA
V
 
L
N
 
K
V
 
I
A
 
A
V
 
L
L
 
L
G
 
G
Y
 
G
G
 
G
T
 
T
I
 
V
G
 
G
S
 
S
G
 
A
V
 
F
V
 
Y
E
 
N
-
 
L
V
 
V
L
 
L
Q
 
E
T
 
R
N
 
A
T
 
E
E
 
E
V
 
L
I
 
S
A
 
A
Q
 
F
R
 
G
A
 
V
G
 
V
E
 
P
E
 
R
I
 
F
A
 
L
V
 
G
K
 
V
Y
 
L
I
 
V
L
 
R
D
 
D
L
 
P
R
 
R
D
 
K
F
 
P
P
 
R
G
 
A
D
 
I
P
 
P
N
 
Q
A
 
E
D
 
L
K
 
L
V
 
R
V
 
A
H
 
E
D
 
P
Y
 
F
D
 
D
I
 
L
I
 
L
D
 
E
K
 
A
D
 
D
E
 
-
D
 
-
V
 
-
Q
 
-
V
 
L
V
 
V
V
 
V
E
 
E
C
 
A
M
 
M
G
 
G
G
 
G
V
 
V
E
 
E
P
 
A
A
 
P
Y
 
L
T
 
R
F
 
L
V
 
V
K
 
L
R
 
P
A
 
A
L
 
L
L
 
E
N
 
A
G
 
G
R
 
I
S
 
P
V
 
L
A
 
I
T
 
T
S
 
A
N
 
N
K
 
K
E
 
A
L
 
L
V
 
L
A
 
A
K
 
E
H
 
A
G
 
W
A
 
E
E
 
S
L
 
L
I
 
R
A
 
P
I
 
F
A
 
A
H
 
E
E
 
E
K
 
G
N
 
L
I
 
I
N
 
Y
F
 
H
L
 
-
F
 
-
E
|
E
A
 
A
S
 
S
V
|
V
G
x
M
G
x
A
G
 
G
I
x
T
P
 
P
I
 
A
I
 
L
R
 
S
P
 
-
L
 
F
V
 
L
Q
 
E
C
 
T
L
 
L
T
 
R
A
 
G
D
 
S
V
 
E
I
 
L
E
 
L
E
 
E
V
 
L
S
 
H
G
 
G
I
 
I
L
 
L
N
 
N
G
 
G
T
 
T
T
 
T
N
 
L
Y
 
Y
M
 
I
L
 
L
T
 
Q
R
 
E
M
 
M
K
 
-
E
 
E
E
 
K
G
 
G
I
 
R
S
 
T
F
 
Y
E
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
L
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
E
 
R
K
 
L
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
E
 
E
L
 
A
H
 
D
P
 
P
E
 
T
A
 
L
D
 
D
V
 
V
E
 
E
G
 
G
Y
 
I
D
|
D
A
 
A
C
 
A
R
 
H
K
|
K
I
 
L
A
 
T
I
 
L
L
 
L
S
 
A
S
 
R
L
 
L
A
 
L
F
 
V
G
 
D
Q
 
P
Q
 
G
V
 
F
D
 
P
F
 
F
E
 
A
D
 
E
I
 
V
Y
 
E
T
 
A
E
 
Q
G
 
G
I
 
I
T
 
A
S
 
R
I
 
L
T
 
T
A
 
P
E
 
E
D
 
V
I
 
L
R
 
Q
Y
 
K
A
 
A
T
 
E
A
 
A
M
 
R
N
 
G
K
 
E
S
 
R
I
 
V
K
 
R
L
 
L
L
 
V
G
 
A
N
 
S
S
 
L
W
 
F
R
 
G
V
 
E
D
 
G
G
 
G
K
 
R
I
 
W
Y
 
R
A
 
A
M
 
A
V
 
V
C
 
A
P
 
P
M
 
R
L
 
R
L
 
L
D
 
P
N
 
Q
A
 
D
H
 
H
P
 
P
L
 
L
S
 
A
G
 
R
V
 
A
N
 
R
D
 
G
V
 
-
F
 
-
N
 
N
A
 
A
I
 
L
F
 
W
V
 
V
R
 
R
G
 
A
N
 
R
M
 
P
V
 
L
D
 
G
E
 
E
T
 
A
M
 
F

6a0tB Homoserine dehydrogenase k99a mutant from thermus thermophilus hb8 complexed with hse and NADP+ (see paper)
34% identity, 72% coverage: 2:290/401 of query aligns to 4:283/332 of 6a0tB

query
sites
6a0tB
V
 
L
N
 
K
V
 
I
A
 
A
V
 
L
L
 
L
G
|
G
Y
x
G
G
|
G
T
|
T
I
x
V
G
 
G
S
 
S
G
 
A
V
 
F
V
 
Y
E
 
N
-
 
L
V
 
V
L
 
L
Q
 
E
T
 
R
N
 
A
T
 
E
E
 
E
V
 
L
I
 
S
A
 
A
Q
 
F
R
 
G
A
 
V
G
 
V
E
 
P
E
 
R
I
 
F
A
 
L
V
 
G
K
 
V
Y
x
L
I
x
V
L
x
R
D
|
D
L
 
P
R
 
R
D
x
K
F
 
P
P
x
R
G
 
A
D
 
I
P
 
P
N
 
Q
A
 
E
D
 
L
K
 
L
V
 
R
V
 
A
H
 
E
D
 
P
Y
 
F
D
 
D
I
 
L
I
 
L
D
 
E
K
 
A
D
 
D
E
 
-
D
 
-
V
 
-
Q
 
-
V
 
L
V
 
V
V
 
V
E
 
E
C
x
A
M
|
M
G
|
G
G
 
G
V
 
V
E
 
E
P
 
A
A
 
P
Y
 
L
T
 
R
F
 
L
V
 
V
K
 
L
R
 
P
A
 
A
L
 
L
L
 
E
N
 
A
G
 
G
R
 
I
S
 
P
V
 
L
A
 
I
T
 
T
S
x
A
N
|
N
K
 
K
E
 
A
L
 
L
V
 
L
A
 
A
K
 
E
H
 
A
G
 
W
A
 
E
E
 
S
L
 
L
I
 
R
A
 
P
I
 
F
A
 
A
H
 
E
E
 
E
K
 
G
N
 
L
I
 
I
N
 
Y
F
 
H
L
 
-
F
 
-
E
 
E
A
 
A
S
 
S
V
 
V
G
 
M
G
 
A
G
 
G
I
 
T
P
 
P
I
 
A
I
 
L
R
 
S
P
 
-
L
 
F
V
 
L
Q
 
E
C
 
T
L
 
L
T
 
R
A
 
G
D
 
S
V
 
E
I
 
L
E
 
L
E
 
E
V
 
L
S
 
H
G
 
G
I
 
I
L
 
L
N
|
N
G
|
G
T
|
T
T
 
T
N
 
L
Y
 
Y
M
 
I
L
 
L
T
 
Q
R
 
E
M
 
M
K
 
-
E
 
E
E
 
K
G
 
G
I
 
R
S
 
T
F
 
Y
E
 
A
E
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
L
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
E
 
R
K
 
L
G
|
G
Y
|
Y
A
 
A
E
|
E
L
 
A
H
 
D
P
 
P
E
 
T
A
 
L
D
|
D
V
 
V
E
 
E
G
 
G
Y
 
I
D
|
D
A
 
A
C
 
A
R
 
H
K
|
K
I
 
L
A
 
T
I
 
L
L
 
L
S
 
A
S
 
R
L
 
L
A
 
L
F
 
V
G
 
D
Q
 
P
Q
 
G
V
 
F
D
 
P
F
 
F
E
 
A
D
 
E
I
 
V
Y
 
E
T
 
A
E
 
Q
G
 
G
I
 
I
T
 
A
S
 
R
I
 
L
T
 
T
A
 
P
E
 
E
D
 
V
I
 
L
R
 
Q
Y
 
K
A
 
A
T
 
E
A
 
A
M
 
R
N
 
G
K
 
E
S
 
R
I
 
V
K
 
R
L
 
L
L
 
V
G
 
A
N
 
S
S
 
L
W
 
F
R
 
G
V
 
E
D
 
G
G
 
G
K
 
R
I
 
W
Y
 
R
A
 
A
M
 
A
V
 
V
C
 
A
P
 
P
M
 
R
L
 
R
L
 
L
D
 
P
N
 
Q
A
 
D
H
 
H
P
 
P
L
 
L
S
 
A
G
 
R
V
 
A
N
 
R
D
 
G
V
 
-
F
 
-
N
 
N
A
 
A
I
 
L
F
 
W
V
 
V
R
 
R
G
 
A
N
 
R
M
 
P
V
 
L
D
 
G
E
 
E
T
 
A
M
 
F

Sites not aligning to the query:

5x9dA Crystal structure of homoserine dehydrogenase in complex with l- cysteine and NAD (see paper)
31% identity, 78% coverage: 2:313/401 of query aligns to 1:302/302 of 5x9dA

query
sites
5x9dA
V
 
M
N
 
K
V
 
L
A
 
L
V
 
L
L
x
F
G
|
G
Y
|
Y
G
|
G
T
x
N
I
x
V
G
 
G
S
 
K
G
 
A
V
 
F
V
 
R
E
 
K
V
 
L
L
 
L
-
 
H
-
 
E
Q
 
K
T
 
R
N
 
S
T
 
P
E
 
E
V
 
L
I
 
N
A
 
D
Q
 
V
R
 
I
A
 
I
G
 
G
E
 
G
E
 
I
I
 
V
A
x
T
V
x
R
K
 
R
Y
 
G
I
 
I
L
 
M
-
 
L
-
 
Q
D
 
D
L
 
K
R
 
E
D
 
D
F
 
F
P
 
T
G
 
P
D
 
D
P
 
L
N
 
E
A
 
G
D
 
D
K
 
-
V
 
V
V
 
F
H
 
K
D
 
A
Y
 
F
D
 
E
I
 
K
I
 
I
D
 
K
K
 
P
D
 
D
E
 
I
D
 
I
V
 
V
Q
 
D
V
|
V
V
x
S
V
x
S
E
 
A
C
 
N
M
 
Y
G
 
N
G
 
N
V
 
G
E
 
E
P
|
P
A
 
S
Y
 
L
T
 
S
F
 
L
V
 
Y
K
 
K
R
 
E
A
 
A
L
 
I
L
 
K
N
 
D
G
 
G
R
 
V
S
 
N
V
 
I
A
 
I
T
 
T
S
x
T
N
|
N
K
|
K
E
 
A
L
 
P
V
 
L
A
 
A
K
 
L
H
 
A
G
 
F
A
 
N
E
 
E
L
 
I
I
 
F
A
 
S
I
 
L
A
 
A
H
 
R
E
 
S
K
 
K
N
 
G
I
 
V
N
 
K
F
 
I
L
 
G
F
 
F
E
 
Q
A
x
G
S
 
T
V
 
V
G
 
M
G
x
S
G
 
G
I
 
T
P
 
P
I
 
S
I
 
I
R
 
N
P
 
-
L
 
L
V
 
Y
Q
 
R
C
 
V
L
 
L
T
 
P
A
 
G
D
 
S
V
 
R
I
 
V
E
 
I
E
 
K
V
 
I
S
 
R
G
 
G
I
 
I
L
 
L
N
|
N
G
|
G
T
|
T
T
 
T
N
 
N
Y
 
F
M
 
I
L
 
L
T
 
T
R
 
L
M
 
M
K
 
-
E
 
N
E
 
K
G
 
G
I
 
V
S
 
S
F
 
F
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
K
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
E
 
R
K
 
R
G
 
G
Y
|
Y
A
|
A
E
|
E
L
 
E
H
 
D
P
 
P
E
 
T
A
 
L
D
|
D
V
 
I
E
 
N
G
 
G
Y
 
F
D
|
D
A
 
A
C
 
A
R
 
A
K
|
K
I
 
I
A
 
T
I
 
I
L
 
L
S
 
A
S
 
N
L
 
F
A
 
M
F
 
I
G
 
G
Q
 
N
Q
 
S
V
 
V
D
 
T
F
 
I
E
 
K
D
 
D
I
 
V
Y
 
K
T
 
F
E
 
E
G
 
G
I
 
I
T
 
N
S
 
R
I
 
-
T
 
-
A
 
-
E
 
-
D
 
-
I
 
-
R
 
-
Y
 
-
A
 
-
T
 
D
A
 
P
M
 
K
N
 
N
K
 
E
S
 
K
I
 
I
K
 
K
L
 
L
L
 
I
G
 
-
N
 
-
S
 
A
W
 
Y
R
 
A
V
 
D
D
 
E
G
 
K
K
 
E
I
 
V
Y
 
W
A
 
V
M
 
K
V
 
P
C
 
L
P
 
P
M
 
I
L
 
S
L
 
Q
D
 
D
N
 
-
A
 
-
H
 
-
P
 
P
L
 
L
S
 
Y
G
 
N
V
 
V
N
 
D
D
 
G
V
 
V
F
 
E
N
 
N
A
 
A
I
 
L
F
 
E
V
 
I
R
 
T
G
 
T
N
 
D
M
 
-
V
 
I
D
 
Q
E
 
S
T
 
I
M
 
L
F
 
I
Y
 
R
G
 
G
K
 
P
G
 
G
A
|
A
G
|
G
K
 
P
L
 
V
P
 
N
T
x
A
A
 
A
S
 
Y
A
 
G
V
 
A
A
 
L
A
 
S
D
 
D
V
 
L
V
 
I
-
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
R
D
 
D
C
 
C
V
 
L

7f4cA The crystal structure of the immature holo-enzyme of homoserine dehydrogenase complexed with NADP and 1,4-butandiol from the hyperthermophilic archaeon sulfurisphaera tokodaii. (see paper)
30% identity, 78% coverage: 2:313/401 of query aligns to 1:300/300 of 7f4cA

query
sites
7f4cA
V
 
M
N
 
K
V
 
L
A
 
L
V
 
L
L
x
F
G
|
G
Y
|
Y
G
|
G
T
x
N
I
x
V
G
 
G
S
 
K
G
 
A
V
 
F
V
 
R
E
 
K
V
 
L
L
 
L
-
 
H
-
 
E
Q
 
K
T
 
R
N
 
S
T
 
P
E
 
E
V
 
L
I
 
N
A
 
D
Q
 
V
R
 
I
A
 
I
G
 
G
E
 
G
E
 
I
I
 
V
A
x
T
V
x
R
K
x
R
Y
 
G
I
 
I
L
 
M
-
 
L
-
 
Q
D
 
D
L
 
K
R
 
E
D
 
D
F
 
F
P
 
T
G
 
P
D
 
D
P
 
L
N
 
E
A
 
G
D
 
D
K
 
-
V
 
V
V
 
F
H
 
K
D
 
A
Y
 
F
D
 
E
I
 
K
I
 
I
D
 
K
K
 
P
D
 
D
E
 
I
D
 
I
V
 
V
Q
 
D
V
|
V
V
x
S
V
x
S
E
 
A
C
 
N
M
 
Y
G
 
N
G
 
N
V
 
G
E
 
E
P
 
P
A
 
S
Y
 
L
T
 
S
F
 
L
V
 
Y
K
 
K
R
 
E
A
 
A
L
 
I
L
 
K
N
 
D
G
 
G
R
 
V
S
 
N
V
 
I
A
 
I
T
 
T
S
x
T
N
 
N
K
|
K
E
 
A
L
 
P
V
 
L
A
 
A
K
 
L
H
 
A
G
 
F
A
 
N
E
 
E
L
 
I
I
 
F
A
 
S
I
 
L
A
 
A
H
 
R
E
 
S
K
 
K
N
 
G
I
 
V
N
 
K
F
 
I
L
 
G
F
 
F
E
 
Q
A
x
G
S
 
T
V
 
V
G
 
M
G
x
S
G
 
G
I
 
T
P
 
P
I
 
S
I
 
I
R
 
N
P
 
-
L
 
L
V
 
Y
Q
 
R
C
 
V
L
 
L
T
 
P
A
 
G
D
 
S
V
 
R
I
 
V
E
 
I
E
 
K
V
 
I
S
 
R
G
 
G
I
 
I
L
 
L
N
 
N
G
 
G
T
 
T
T
 
T
N
 
N
Y
 
F
M
 
I
L
 
L
T
 
T
R
 
L
M
 
M
K
 
-
E
 
N
E
 
K
G
 
G
I
 
V
S
 
S
F
 
F
E
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
L
K
 
K
E
 
E
A
 
A
Q
 
Q
E
 
R
K
 
R
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
E
|
E
L
 
E
H
 
D
P
 
P
E
 
T
A
 
L
D
 
D
V
 
I
E
 
N
G
 
G
Y
 
F
D
 
D
A
 
A
C
 
A
R
 
A
K
 
K
I
 
I
A
 
T
I
 
I
L
 
L
S
 
A
S
 
N
L
 
F
A
 
M
F
 
I
G
 
G
Q
 
N
Q
 
S
V
 
V
D
 
T
F
 
I
E
 
K
D
 
D
I
 
V
Y
 
K
T
 
F
E
 
E
G
 
G
I
 
I
T
 
-
S
 
-
I
 
-
T
 
-
A
 
-
E
 
-
D
 
-
I
 
-
R
 
-
Y
 
-
A
 
-
T
 
-
A
 
-
M
 
-
N
 
N
K
 
R
S
 
D
I
 
L
K
 
K
L
 
I
L
 
K
G
 
L
N
 
I
S
 
A
W
 
Y
R
 
A
V
 
D
D
 
E
G
 
K
K
 
E
I
 
V
Y
 
W
A
 
-
M
 
-
V
 
V
C
 
K
P
 
P
M
 
L
L
 
P
L
 
I
D
 
S
N
 
Q
A
 
D
H
 
D
P
 
P
L
 
L
S
 
Y
G
 
N
V
 
V
N
 
D
D
 
G
V
 
V
F
 
E
N
 
N
A
 
A
I
 
L
F
 
E
V
 
I
R
 
T
G
 
T
N
 
D
M
 
-
V
 
I
D
 
Q
E
 
S
T
 
I
M
 
L
F
 
I
Y
 
R
G
 
G
K
 
P
G
 
G
A
 
A
G
|
G
K
 
P
L
 
V
P
 
N
T
x
A
A
 
A
S
 
Y
A
 
G
V
 
A
A
 
L
A
 
S
D
 
D
V
 
L
V
 
I
-
 
L
-
 
L
-
 
K
-
 
R
D
 
D
C
 
C
V
 
L

4xb1A Hyperthermophilic archaeal homoserine dehydrogenase in complex with NADPH (see paper)
29% identity, 78% coverage: 2:312/401 of query aligns to 3:311/319 of 4xb1A

query
sites
4xb1A
V
 
V
N
 
N
V
 
I
A
 
S
V
 
I
L
x
F
G
 
G
Y
x
F
G
|
G
T
|
T
I
x
V
G
 
G
S
 
R
G
 
A
V
 
L
V
 
A
E
 
E
V
 
I
L
 
I
Q
 
A
T
 
E
N
 
K
T
 
S
E
 
R
V
 
I
-
 
F
-
 
G
-
 
V
-
 
E
-
 
L
-
 
N
-
 
V
-
 
I
-
 
S
I
 
I
A
 
T
Q
x
D
R
|
R
A
 
S
G
 
G
E
 
T
E
 
I
I
 
W
A
 
G
V
 
D
K
 
F
Y
 
D
I
 
L
L
 
L
D
 
E
L
 
A
R
 
K
D
 
E
F
 
V
P
x
K
G
 
E
D
 
S
P
 
T
N
 
G
A
 
K
D
 
L
K
 
S
V
 
N
V
 
I
H
 
G
D
 
D
Y
 
Y
D
 
E
I
 
V
I
 
Y
D
 
N
K
 
F
D
 
S
-
 
P
-
 
Q
-
 
E
-
 
L
-
 
V
E
 
E
D
 
E
V
 
V
Q
 
K
-
 
P
-
 
N
V
 
I
V
 
L
V
 
V
E
 
D
C
x
V
M
x
S
G
x
S
G
 
W
V
 
D
E
 
E
P
 
-
A
 
A
Y
 
H
T
 
E
F
 
M
V
 
Y
K
 
K
R
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
G
N
 
E
G
 
G
R
 
I
S
 
S
V
 
V
A
 
V
T
 
T
S
|
S
N
 
N
K
|
K
E
 
P
L
 
P
V
 
I
A
 
A
K
 
N
H
 
Y
G
 
Y
A
 
D
E
 
E
L
 
L
I
 
M
A
 
N
I
 
L
A
 
A
H
 
K
E
 
E
K
 
N
N
 
N
I
 
A
N
 
G
F
 
I
L
 
F
F
 
F
E
 
E
A
x
S
S
 
T
V
 
V
G
 
M
G
 
A
G
 
G
I
 
T
P
 
P
I
 
I
I
 
I
R
 
G
P
 
V
L
 
L
V
 
R
Q
 
E
C
 
N
L
 
L
T
 
L
A
 
G
D
 
E
V
 
N
I
 
I
E
 
K
E
 
R
V
 
I
S
 
D
G
 
A
I
 
V
L
 
V
N
 
N
G
 
A
T
 
S
T
 
T
N
 
T
Y
 
F
M
 
I
L
 
L
T
 
T
R
 
K
M
 
M
K
 
S
E
 
-
E
 
E
G
 
G
I
 
K
S
 
T
F
 
L
E
 
D
E
 
D
A
 
A
L
 
I
K
 
E
E
 
E
A
 
A
Q
 
K
E
 
S
K
 
L
G
 
G
Y
 
I
A
 
L
E
 
E
L
 
E
H
 
D
P
 
P
E
 
S
A
 
K
D
 
D
V
 
I
E
 
D
G
 
G
Y
 
I
D
|
D
A
 
A
C
 
Y
R
 
Y
K
|
K
I
 
A
A
 
K
I
 
I
L
 
L
S
 
H
S
 
W
L
 
V
A
 
S
F
 
Y
G
 
G
Q
 
E
Q
 
P
V
 
P
D
 
E
F
 
E
E
 
E
D
 
E
I
 
R
Y
 
L
T
 
-
E
 
-
G
 
G
I
 
I
T
 
R
S
 
E
I
 
V
T
 
R
-
 
D
A
 
A
E
 
R
D
 
N
I
 
V
R
 
R
Y
 
L
A
 
V
T
 
A
A
 
Q
M
 
V
N
 
S
K
 
K
S
 
-
I
 
-
K
 
-
L
 
-
L
 
-
G
 
-
N
 
-
S
 
-
W
 
-
R
 
-
V
 
-
D
 
-
G
 
G
K
 
K
I
 
I
Y
 
-
A
 
-
M
 
S
V
 
V
C
 
K
P
 
P
M
 
R
L
 
K
L
 
L
D
 
S
N
 
S
A
 
D
H
 
N
P
 
P
L
 
L
S
 
L
G
 
-
V
 
V
N
 
E
D
 
G
V
 
V
F
 
Q
N
 
N
A
 
A
I
 
A
F
 
V
V
 
I
R
 
R
G
 
T
N
 
N
M
 
N
V
 
L
D
 
G
E
 
E
T
 
V
M
 
I
F
 
L
Y
 
K
G
 
G
K
 
P
G
 
G
A
x
G
G
 
G
K
 
G
L
 
R
P
 
V
T
|
T
A
 
A
S
 
S
A
 
G
V
 
V
A
 
F
A
 
T
D
 
D
V
 
I
V
 
I
D
 
K
C
 
A

4xb2A Hyperthermophilic archaeal homoserine dehydrogenase mutant in complex with NADPH (see paper)
29% identity, 78% coverage: 2:312/401 of query aligns to 3:311/319 of 4xb2A

query
sites
4xb2A
V
 
V
N
 
N
V
 
I
A
 
S
V
 
I
L
x
F
G
 
G
Y
x
F
G
|
G
T
|
T
I
x
V
G
 
G
S
 
R
G
 
A
V
 
L
V
 
A
E
 
E
V
 
I
L
 
I
Q
 
A
T
 
E
N
 
K
T
 
S
E
 
R
V
 
I
-
 
F
-
 
G
-
 
V
-
 
E
-
 
L
-
 
N
-
 
V
-
 
I
-
 
S
I
 
I
A
 
T
Q
 
D
R
|
R
A
 
S
G
 
G
E
 
T
E
 
I
I
 
W
A
 
G
V
 
D
K
 
F
Y
 
D
I
 
L
L
 
L
D
 
E
L
 
A
R
 
K
D
 
E
F
 
V
P
 
A
G
 
E
D
 
S
P
 
T
N
 
G
A
 
K
D
 
L
K
 
S
V
 
N
V
 
I
H
 
G
D
 
D
Y
 
Y
D
 
E
I
 
V
I
 
Y
D
 
N
K
 
F
D
 
S
-
 
P
-
 
Q
-
 
E
-
 
L
-
 
V
E
 
E
D
 
E
V
 
V
Q
 
K
-
 
P
-
 
N
V
 
I
V
 
L
V
 
V
E
 
D
C
x
V
M
x
S
G
x
S
G
 
W
V
 
D
E
 
E
P
 
-
A
 
A
Y
 
H
T
 
E
F
 
M
V
 
Y
K
 
K
R
 
V
A
 
A
L
 
L
L
 
G
N
 
E
G
 
G
R
 
I
S
 
S
V
 
V
A
 
V
T
 
T
S
|
S
N
|
N
K
|
K
E
 
P
L
 
P
V
 
I
A
 
A
K
 
N
H
 
Y
G
 
Y
A
 
D
E
 
E
L
 
L
I
 
M
A
 
N
I
 
L
A
 
A
H
 
K
E
 
E
K
 
N
N
 
N
I
 
A
N
 
G
F
 
I
L
 
F
F
 
F
E
 
E
A
x
S
S
 
T
V
 
V
G
 
M
G
 
A
G
 
G
I
 
T
P
 
P
I
 
I
I
 
I
R
 
G
P
 
V
L
 
L
V
 
R
Q
 
E
C
 
N
L
 
L
T
 
L
A
 
G
D
 
E
V
 
N
I
 
I
E
 
K
E
 
R
V
 
I
S
 
D
G
 
A
I
 
V
L
 
V
N
 
N
G
x
A
T
x
S
T
 
T
N
 
T
Y
 
F
M
 
I
L
 
L
T
 
T
R
 
K
M
 
M
K
 
S
E
 
-
E
 
E
G
 
G
I
 
K
S
 
T
F
 
L
E
 
D
E
 
D
A
 
A
L
 
I
K
 
E
E
 
E
A
 
A
Q
 
K
E
 
S
K
 
L
G
 
G
Y
 
I
A
 
L
E
 
E
L
 
E
H
 
D
P
 
P
E
 
S
A
 
K
D
|
D
V
 
I
E
 
D
G
 
G
Y
 
I
D
|
D
A
 
A
C
 
Y
R
 
Y
K
|
K
I
 
A
A
 
K
I
 
I
L
 
L
S
 
H
S
 
W
L
 
V
A
 
S
F
 
Y
G
 
G
Q
 
E
Q
 
P
V
 
P
D
 
E
F
 
E
E
 
E
D
 
E
I
 
R
Y
 
L
T
 
-
E
 
-
G
 
G
I
 
I
T
 
R
S
 
E
I
 
V
T
 
R
-
 
D
A
 
A
E
 
R
D
 
N
I
 
V
R
 
R
Y
 
L
A
 
V
T
 
A
A
 
Q
M
 
V
N
 
S
K
 
K
S
 
-
I
 
-
K
 
-
L
 
-
L
 
-
G
 
-
N
 
-
S
 
-
W
 
-
R
 
-
V
 
-
D
 
-
G
 
G
K
 
K
I
 
I
Y
 
-
A
 
-
M
 
S
V
 
V
C
 
K
P
 
P
M
 
R
L
 
K
L
 
L
D
 
S
N
 
S
A
 
D
H
 
N
P
 
P
L
 
L
S
 
L
G
 
-
V
 
V
N
 
E
D
 
G
V
 
V
F
 
Q
N
 
N
A
 
A
I
 
A
F
 
V
V
 
I
R
 
R
G
 
T
N
 
N
M
 
N
V
 
L
D
 
G
E
 
E
T
 
V
M
 
I
F
 
L
Y
 
K
G
 
G
K
 
P
G
 
G
A
x
G
G
 
G
K
 
G
L
 
R
P
 
V
T
|
T
A
 
A
S
 
S
A
 
G
V
 
V
A
 
F
A
 
T
D
 
D
V
 
I
V
 
I
D
 
K
C
 
A

3ingA Crystal structure of homoserine dehydrogenase (np_394635.1) from thermoplasma acidophilum at 1.95 a resolution
28% identity, 39% coverage: 66:223/401 of query aligns to 77:236/319 of 3ingA

query
sites
3ingA
E
 
E
D
 
A
V
 
A
Q
 
D
V
 
L
V
 
L
V
 
V
E
 
D
C
|
C
M
x
T
G
x
P
G
 
A
V
 
S
E
 
R
P
 
D
A
 
G
-
 
V
-
 
R
-
 
E
Y
 
Y
T
 
S
F
 
L
V
 
Y
K
 
R
R
 
M
A
 
A
L
 
F
L
 
E
N
 
S
G
 
G
R
 
M
S
 
N
V
 
V
A
 
V
T
 
T
S
x
A
N
|
N
K
|
K
E
 
S
L
 
G
V
 
L
A
 
A
K
 
N
H
 
K
G
 
W
A
 
H
E
 
D
L
 
I
I
 
M
A
 
D
I
 
S
A
 
A
H
 
N
E
 
Q
K
 
N
N
 
S
I
 
K
N
 
Y
F
 
I
L
 
R
F
 
Y
E
 
E
A
|
A
S
 
T
V
 
V
G
 
A
G
 
G
G
 
G
I
 
V
P
 
P
I
 
L
I
 
F
R
 
S
P
 
V
L
 
L
V
 
D
Q
 
Y
C
 
S
L
 
I
T
 
L
A
 
P
D
 
S
V
 
K
I
 
V
E
 
K
E
 
R
V
 
F
S
 
R
G
 
G
I
 
I
L
 
V
N
 
S
G
 
S
T
 
T
T
 
I
N
 
N
Y
 
Y
M
 
V
L
 
I
T
 
R
R
 
N
M
 
M
K
 
A
E
 
-
E
 
N
G
 
G
I
 
R
S
 
S
F
 
L
E
 
R
E
 
D
A
 
V
L
 
V
K
 
D
E
 
D
A
 
A
Q
 
I
E
 
K
K
 
K
G
 
G
Y
 
I
A
 
A
E
|
E
L
x
S
H
 
N
P
 
P
E
 
Q
A
 
D
D
 
D
V
 
L
E
 
N
G
 
G
Y
 
L
D
|
D
A
 
A
C
 
A
R
 
R
K
|
K
I
 
S
A
 
V
I
 
I
L
 
L
S
 
V
S
 
N
L
 
H
A
 
I
F
 
F
G
 
G
Q
 
T
Q
 
E
V
 
Y
D
 
T
F
 
L
E
 
N
D
 
D
I
 
V
Y
 
E
T
 
Y
E
 
S
G
 
G
I
 
V

Sites not aligning to the query:

3jsaA Homoserine dehydrogenase from thermoplasma volcanium complexed with NAD
26% identity, 55% coverage: 2:223/401 of query aligns to 4:239/321 of 3jsaA

query
sites
3jsaA
V
 
I
N
 
N
V
 
L
A
 
S
V
 
I
L
 
F
G
|
G
Y
x
L
G
|
G
T
x
N
I
x
V
G
 
G
S
 
L
G
 
N
V
 
L
V
 
L
E
 
R
V
 
I
L
 
I
Q
 
R
T
 
S
N
 
F
T
 
N
E
 
E
V
 
-
I
 
-
A
 
E
Q
 
N
R
 
R
A
 
L
G
 
G
E
 
L
E
 
K
I
 
F
A
 
N
V
 
V
K
 
V
Y
 
F
I
 
V
L
 
A
D
|
D
-
x
S
L
 
L
R
 
H
D
 
S
F
 
Y
P
 
Y
G
 
N
D
 
E
P
 
R
-
 
I
N
 
D
A
 
I
D
 
G
K
 
K
V
 
V
V
 
I
H
 
S
-
 
Y
-
 
K
-
 
E
-
 
K
-
 
G
-
 
S
-
 
L
-
 
D
-
 
S
-
 
L
D
 
E
Y
 
Y
D
 
E
I
 
S
I
 
I
D
 
S
K
 
A
D
 
S
E
 
E
-
 
A
-
 
L
-
 
A
-
 
R
D
 
D
V
 
F
Q
 
D
V
 
I
V
 
V
V
 
V
E
 
D
C
x
A
M
x
T
-
x
P
-
 
A
-
 
S
-
 
A
-
 
D
G
 
G
G
 
K
V
 
K
E
 
E
P
 
L
A
 
A
Y
 
-
T
 
-
F
 
F
V
 
Y
K
 
K
R
 
E
A
 
T
L
 
F
L
 
E
N
 
N
G
 
G
R
 
K
S
 
D
V
 
V
A
 
V
T
 
T
S
x
A
N
|
N
K
 
K
E
 
S
L
 
G
V
 
L
A
 
A
K
 
N
H
 
F
G
 
W
A
 
P
E
 
E
L
 
I
I
 
M
A
 
E
I
 
Y
A
 
A
H
 
R
E
 
S
K
 
N
N
 
N
I
 
R
N
 
R
F
 
I
L
 
R
F
 
Y
E
 
E
A
|
A
S
 
T
V
 
V
G
 
A
G
 
G
G
 
G
I
 
V
P
 
P
I
 
L
I
 
F
R
 
S
P
 
F
L
 
I
V
 
D
Q
 
Y
C
 
S
L
 
V
T
 
L
A
 
P
D
 
S
V
 
R
I
 
I
E
 
K
E
 
K
V
 
F
S
 
R
G
 
G
I
 
I
L
 
V
N
 
S
G
 
L
T
 
T
T
 
I
N
 
N
Y
 
Y
M
 
F
L
 
I
T
 
R
R
 
E
M
 
L
K
 
A
E
 
N
E
 
K
G
 
R
I
 
-
S
 
E
F
 
F
E
 
D
E
 
D
A
 
V
L
 
L
K
 
S
E
 
E
A
 
A
Q
 
T
E
 
K
K
 
L
G
 
G
Y
 
I
A
 
-
E
 
-
L
 
V
H
 
N
P
 
Y
E
 
K
A
 
D
D
 
D
V
 
L
E
 
T
G
 
G
Y
 
L
D
|
D
A
 
A
C
 
A
R
 
R
K
|
K
I
 
S
A
 
V
I
 
I
L
 
L
S
 
C
S
 
N
L
 
H
A
 
L
F
 
Y
G
 
G
Q
 
S
Q
 
S
V
 
Y
D
 
R
F
 
L
E
 
S
D
 
D
I
 
V
Y
 
F
T
 
Y
E
 
E
G
 
G
I
 
I

Sites not aligning to the query:

1tveA Homoserine dehydrogenase in complex with 4-(4-hydroxy-3- isopropylphenylthio)-2-isopropylphenol (see paper)
29% identity, 52% coverage: 1:208/401 of query aligns to 4:230/358 of 1tveA

query
sites
1tveA
M
 
V
V
 
V
N
 
N
V
 
V
A
 
A
V
 
V
L
 
I
G
 
G
Y
 
A
G
 
G
T
 
V
I
 
V
G
 
G
S
 
S
G
 
A
V
 
F
V
 
L
E
 
D
V
 
Q
L
 
L
Q
 
L
T
 
A
N
 
M
T
 
K
E
 
S
V
 
T
I
 
I
A
 
T
Q
 
Y
R
 
N
A
 
L
G
 
V
E
 
L
E
 
L
I
 
A
A
 
E
V
 
A
K
 
E
Y
 
R
I
 
S
L
 
L
D
 
I
L
 
S
R
 
K
D
 
D
F
 
F
-
 
S
P
 
P
G
 
L
D
 
N
P
 
V
N
 
G
A
 
S
D
 
D
-
 
W
-
 
K
-
 
A
-
 
A
-
 
L
-
 
A
-
 
A
-
 
S
-
 
T
-
 
T
K
 
K
V
 
T
V
 
L
H
 
P
D
 
L
Y
 
D
D
 
D
I
 
L
I
 
I
D
 
A
K
 
H
D
 
L
E
 
K
D
 
T
V
 
S
Q
 
P
V
 
K
V
 
P
V
 
V
E
 
I
C
 
L
M
 
V
G
 
D
G
 
N
V
 
T
E
x
S
P
 
S
A
 
A
Y
 
Y
T
 
I
-
 
A
-
 
G
F
 
F
V
 
Y
K
 
T
R
 
K
A
 
F
L
 
V
L
 
E
N
 
N
G
 
G
R
 
I
S
 
S
V
 
I
A
 
A
T
 
T
S
 
P
N
 
N
K
|
K
E
 
K
L
 
A
V
 
F
A
 
S
K
 
S
H
 
D
G
 
L
A
 
A
E
 
T
L
 
W
I
 
K
A
 
A
I
 
L
A
 
F
H
 
S
E
 
N
K
 
K
N
 
P
I
 
T
N
 
N
-
 
G
F
 
F
L
 
V
F
 
Y
-
 
H
E
 
E
A
 
A
S
 
T
V
 
V
G
 
G
G
 
A
G
 
G
I
 
L
P
 
P
I
 
I
I
 
I
R
 
S
P
 
F
L
 
L
V
 
R
Q
 
E
C
 
I
L
 
I
-
 
Q
T
 
T
A
 
G
D
 
D
V
 
E
I
 
V
E
 
E
E
 
K
V
 
I
S
 
E
G
 
G
I
 
I
L
 
F
N
 
S
G
 
G
T
|
T
T
 
L
N
 
S
Y
 
Y
M
 
I
L
 
F
T
 
N
R
 
E
M
 
F
-
 
S
-
 
T
-
 
S
K
 
Q
E
 
A
E
 
N
G
 
D
I
 
V
S
 
K
F
 
F
E
 
S
E
 
D
A
 
V
L
 
V
K
 
K
E
 
V
A
 
A
Q
 
K
E
 
K
K
 
L
G
 
G
Y
 
Y
A
 
T
E
 
E
L
 
P
H
 
D
P
 
P
E
 
R
A
 
D
D
|
D
V
 
L
E
 
N
G
 
G
Y
 
L
D
|
D
A
 
V
C
 
A
R
 
R
K
|
K
I
 
V
A
 
T
I
 
I
L
 
V
S
 
G
S
 
R
L
 
I
A
 
S

1q7gA Homoserine dehydrogenase in complex with suicide inhibitor complex NAD-5-hydroxy-4-oxonorvaline (see paper)
29% identity, 52% coverage: 1:208/401 of query aligns to 4:230/358 of 1q7gA

query
sites
1q7gA
M
 
V
V
 
V
N
 
N
V
 
V
A
 
A
V
 
V
L
 
I
G
 
G
Y
 
A
G
|
G
T
x
V
I
x
V
G
 
G
S
 
S
G
 
A
V
 
F
V
 
L
E
 
D
V
 
Q
L
 
L
Q
 
L
T
 
A
N
 
M
T
 
K
E
 
S
V
 
T
I
 
I
A
 
T
Q
 
Y
R
 
N
A
 
L
G
 
V
E
 
L
E
 
L
I
 
A
A
x
E
V
 
A
K
 
E
Y
 
R
I
 
S
L
 
L
D
 
I
L
 
S
R
 
K
D
 
D
F
 
F
-
 
S
P
 
P
G
 
L
D
 
N
P
 
V
N
 
G
A
 
S
D
 
D
-
 
W
-
 
K
-
 
A
-
 
A
-
 
L
-
 
A
-
 
A
-
 
S
-
 
T
-
 
T
K
 
K
V
 
T
V
 
L
H
 
P
D
 
L
Y
 
D
D
 
D
I
 
L
I
 
I
D
 
A
K
 
H
D
 
L
E
 
K
D
 
T
V
 
S
Q
 
P
V
 
K
V
 
P
V
 
V
E
 
I
C
 
L
M
 
V
G
 
D
G
x
N
V
x
T
E
x
S
P
 
S
A
 
A
Y
 
Y
T
x
I
-
 
A
-
 
G
F
 
F
V
 
Y
K
 
T
R
 
K
A
 
F
L
 
V
L
 
E
N
 
N
G
 
G
R
 
I
S
 
S
V
 
I
A
 
A
T
 
T
S
x
P
N
 
N
K
|
K
E
 
K
L
 
A
V
 
F
A
 
S
K
 
S
H
 
D
G
 
L
A
 
A
E
 
T
L
 
W
I
 
K
A
 
A
I
 
L
A
 
F
H
 
S
E
 
N
K
 
K
N
 
P
I
 
T
N
 
N
-
 
G
F
 
F
L
 
V
F
 
Y
-
 
H
E
 
E
A
|
A
S
 
T
V
 
V
G
 
G
G
 
A
G
 
G
I
 
L
P
 
P
I
 
I
I
 
I
R
 
S
P
 
F
L
 
L
V
 
R
Q
 
E
C
 
I
L
 
I
-
 
Q
T
 
T
A
 
G
D
 
D
V
 
E
I
 
V
E
 
E
E
 
K
V
 
I
S
 
E
G
 
G
I
 
I
L
 
F
N
x
S
G
 
G
T
 
T
T
 
L
N
 
S
Y
 
Y
M
 
I
L
 
F
T
 
N
R
 
E
M
 
F
-
 
S
-
 
T
-
 
S
K
 
Q
E
 
A
E
 
N
G
 
D
I
 
V
S
 
K
F
 
F
E
 
S
E
 
D
A
 
V
L
 
V
K
 
K
E
 
V
A
 
A
Q
 
K
E
 
K
K
 
L
G
 
G
Y
 
Y
A
 
T
E
 
E
L
 
P
H
 
D
P
 
P
E
 
R
A
 
D
D
 
D
V
 
L
E
 
N
G
 
G
Y
 
L
D
|
D
A
 
V
C
 
A
R
 
R
K
|
K
I
 
V
A
 
T
I
 
I
L
 
V
S
 
G
S
 
R
L
 
I
A
 
S

Sites not aligning to the query:

1ebuD Homoserine dehydrogenase complex with NAD analogue and l-homoserine (see paper)
29% identity, 52% coverage: 1:208/401 of query aligns to 4:230/358 of 1ebuD

query
sites
1ebuD
M
 
V
V
 
V
N
 
N
V
 
V
A
 
A
V
 
V
L
 
I
G
|
G
Y
x
A
G
|
G
T
x
V
I
x
V
G
 
G
S
 
S
G
 
A
V
 
F
V
 
L
E
 
D
V
 
Q
L
 
L
Q
 
L
T
 
A
N
 
M
T
 
K
E
 
S
V
 
T
I
 
I
A
 
T
Q
 
Y
R
 
N
A
 
L
G
 
V
E
 
L
E
 
L
I
 
A
A
x
E
V
x
A
K
 
E
Y
 
R
I
 
S
L
 
L
D
 
I
L
 
S
R
 
K
D
 
D
F
 
F
-
 
S
P
 
P
G
 
L
D
 
N
P
 
V
N
 
G
A
 
S
D
 
D
-
 
W
-
 
K
-
 
A
-
 
A
-
 
L
-
 
A
-
 
A
-
 
S
-
 
T
-
 
T
K
 
K
V
 
T
V
 
L
H
 
P
D
 
L
Y
 
D
D
 
D
I
 
L
I
 
I
D
 
A
K
 
H
D
 
L
E
 
K
D
 
T
V
 
S
Q
 
P
V
 
K
V
 
P
V
 
V
E
 
I
C
 
L
M
 
V
G
 
D
G
x
N
V
 
T
E
x
S
P
 
S
A
 
A
Y
 
Y
T
 
I
-
 
A
-
 
G
F
 
F
V
 
Y
K
 
T
R
 
K
A
 
F
L
 
V
L
 
E
N
 
N
G
 
G
R
 
I
S
 
S
V
 
I
A
 
A
T
 
T
S
 
P
N
 
N
K
|
K
E
 
K
L
 
A
V
 
F
A
 
S
K
 
S
H
 
D
G
 
L
A
 
A
E
 
T
L
 
W
I
 
K
A
 
A
I
 
L
A
 
F
H
 
S
E
 
N
K
 
K
N
 
P
I
 
T
N
 
N
-
 
G
F
 
F
L
 
V
F
 
Y
-
 
H
E
 
E
A
 
A
S
 
T
V
 
V
G
 
G
G
 
A
G
 
G
I
 
L
P
 
P
I
 
I
I
 
I
R
 
S
P
 
F
L
 
L
V
 
R
Q
 
E
C
 
I
L
 
I
-
 
Q
T
 
T
A
 
G
D
 
D
V
 
E
I
 
V
E
 
E
E
 
K
V
 
I
S
 
E
G
 
G
I
 
I
L
 
F
N
 
S
G
 
G
T
 
T
T
 
L
N
 
S
Y
 
Y
M
 
I
L
 
F
T
 
N
R
 
E
M
 
F
-
 
S
-
 
T
-
 
S
K
 
Q
E
 
A
E
 
N
G
 
D
I
 
V
S
 
K
F
 
F
E
 
S
E
 
D
A
 
V
L
 
V
K
 
K
E
 
V
A
 
A
Q
 
K
E
 
K
K
 
L
G
 
G
Y
 
Y
A
 
T
E
 
E
L
 
P
H
 
D
P
 
P
E
 
R
A
 
D
D
 
D
V
 
L
E
 
N
G
 
G
Y
 
L
D
|
D
A
 
V
C
 
A
R
 
R
K
|
K
I
 
V
A
 
T
I
 
I
L
 
V
S
 
G
S
 
R
L
 
I
A
 
S