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SitesBLAST – Find functional sites

SitesBLAST

Comparing WP_005453914.1 NCBI__GCF_000244975.1:WP_005453914.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2whiA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with a purine analogue inhibitor and l-methionine-s- sulfoximine phosphate. (see paper)
75% identity, 99% coverage: 4:474/474 of query aligns to 3:476/476 of 2whiA

query
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2whiA

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active site: D52 (= D53), E131 (= E132), E133 (= E134), E217 (= E215), E225 (= E223), H274 (= H272), R345 (= R343), E364 (= E362), R366 (= R364)
binding 1-(3,4-dichlorobenzyl)-3,7-dimethyl-8-morpholin-4-yl-3,7-dihydro-1H-purine-2,6-dione: Y127 (≠ F128), G129 (= G130), F230 (= F228), H276 (= H274), S278 (= S276), W280 (= W278), K359 (= K357), R362 (= R360)
binding magnesium ion: E131 (= E132), E131 (= E132), E133 (= E134), E217 (= E215), E225 (= E223), E225 (= E223), H274 (= H272), E364 (= E362)
binding l-methionine-s-sulfoximine phosphate: E131 (= E132), E133 (= E134), E217 (= E215), E225 (= E223), G270 (= G268), H274 (= H272), R327 (= R325), E333 (= E331), R345 (= R343), R366 (= R364)
binding phosphate ion: E131 (= E132), R350 (= R348), E364 (= E362)

1htoA Crystallographic structure of a relaxed glutamine synthetase from mycobacterium tuberculosis (see paper)
75% identity, 99% coverage: 4:474/474 of query aligns to 4:477/477 of 1htoA

query
sites
1htoA

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active site: D53 (= D53), E132 (= E132), E134 (= E134), E218 (= E215), E226 (= E223), H275 (= H272), R346 (= R343), E365 (= E362), R367 (= R364)
binding adenosine monophosphate: Y128 (≠ F128), G130 (= G130), E132 (= E132), F231 (= F228), H277 (= H274), S279 (= S276), R363 (= R360)
binding manganese (ii) ion: E132 (= E132), H275 (= H272), E365 (= E362)

P9WN39 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see 5 papers)
75% identity, 99% coverage: 4:474/474 of query aligns to 5:478/478 of P9WN39

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P9WN39

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Y406 (= Y402) modified: O-AMP-tyrosine; mutation to F: Unable to be adenylylated.

Sites not aligning to the query:

1 modified: Initiator methionine, Removed

4acfA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with imidazopyridine inhibitor ((4-(6-bromo-3- (butylamino)imidazo(1,2-a)pyridin-2-yl)phenoxy) acetic acid) and l- methionine-s-sulfoximine phosphate.
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4acfA

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3zxvA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with tri-substituted imidazole inhibitor (4-(2-tert-butyl- 4-(6-methoxynaphthalen-2-yl)-1h-imidazol-5-yl)pyridin-2-amine) and l- methionine-s-sulfoximine phosphate (see paper)
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2bvcA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with a transition state mimic (see paper)
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binding l-methionine-s-sulfoximine phosphate: E130 (= E132), E132 (= E134), E216 (= E215), E224 (= E223), G269 (= G268), H273 (= H272), R326 (= R325), E332 (= E331), R344 (= R343), R365 (= R364)

A0R079 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
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K14 (≠ A13) modified: Isoglutamyl lysine isopeptide (Lys-Gln) (interchain with Q-Cter in protein Pup)

4xycA Nanomolar inhibitors of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase 1: synthesis, biological evaluation and x-ray crystallographic studies (see paper)
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4xycA

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2wgsA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with a purine analogue inhibitor. (see paper)
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2wgsA

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binding 1-(3,4-dichlorobenzyl)-3,7-dimethyl-8-morpholin-4-yl-3,7-dihydro-1H-purine-2,6-dione: Y122 (≠ F128), G124 (= G130), E126 (= E132), N222 (= N225), F225 (= F228), H271 (= H274), S273 (= S276), W275 (= W278), K354 (= K357), R357 (= R360)

P77961 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa)
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P77961

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3ng0A Crystal structure of glutamine synthetase from synechocystis sp. Pcc 6803
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3ng0A

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binding phosphoaminophosphonic acid-adenylate ester: Y126 (≠ F128), E130 (= E132), K209 (≠ R211), I224 (≠ Y226), F226 (= F228), H272 (= H274), S274 (= S276), R340 (= R343), R345 (= R348), R357 (= R360)
binding manganese (ii) ion: E130 (= E132), E132 (= E134), E213 (= E215), E221 (= E223), H270 (= H272), E359 (= E362), R361 (= R364)

4s17A The crystal structure of glutamine synthetase from bifidobacterium adolescentis atcc 15703
60% identity, 98% coverage: 11:474/474 of query aligns to 10:452/452 of 4s17A

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1fpyA Crystal structure of glutamine synthetase from salmonella typhimurium with inhibitor phosphinothricin (see paper)
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1fpyA

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binding adenosine-5'-diphosphate: G127 (= G130), E129 (= E132), E207 (= E210), T223 (≠ Y226), F225 (= F228), H271 (= H274), S273 (= S276), R355 (= R360), E357 (= E362)
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1f1hA Crystal structure of glutamine synthetase from salmonella typhimurium with thallium ions (see paper)
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1f1hA

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binding adenosine-5'-diphosphate: E129 (= E132), E207 (= E210), H210 (= H213), E220 (= E223), T223 (≠ Y226), F225 (= F228), H271 (= H274), S273 (= S276), R355 (= R360)
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P0A9C5 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
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1 modified: Initiator methionine, Removed

P0A1P6 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 4 papers)
54% identity, 99% coverage: 4:474/474 of query aligns to 2:469/469 of P0A1P6

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P0A1P6

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E130 (= E132) binding Mn(2+)
E132 (= E134) binding Mn(2+)
E208 (= E210) binding ATP
E213 (= E215) binding Mn(2+)
E221 (= E223) binding Mn(2+)
NG 265:266 (= NG 267:268) binding L-glutamate
H270 (= H272) binding Mn(2+)
HMS 272:274 (≠ HQS 274:276) binding ATP
R322 (= R325) binding L-glutamate
E358 (= E362) binding Mn(2+)
R360 (= R364) binding L-glutamate

2lgsA Feedback inhibition of fully unadenylylated glutamine synthetase from salmonella typhimurium by glycine, alanine, and serine (see paper)
51% identity, 99% coverage: 4:474/474 of query aligns to 1:445/445 of 2lgsA

query
sites
2lgsA

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binding glutamic acid: E125 (= E134), N258 (= N267), G259 (= G268), G261 (= G270), H263 (= H272), R315 (= R325), R349 (= R364)
binding manganese (ii) ion: E123 (= E132), E125 (= E134), E206 (= E215), E214 (= E223), H263 (= H272), E347 (= E362)

1lgrA Interactions of nucleotides with fully unadenylylated glutamine synthetase from salmonella typhimurium (see paper)
51% identity, 99% coverage: 4:474/474 of query aligns to 1:445/445 of 1lgrA

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1lgrA

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binding adenosine monophosphate: E201 (= E210), T217 (≠ Y226), F219 (= F228), H265 (= H274), S267 (= S276), R345 (= R360)
binding manganese (ii) ion: E123 (= E132), E125 (= E134), E206 (= E215), E214 (= E223), H263 (= H272), E347 (= E362)

5zlpJ Crystal structure of glutamine synthetase from helicobacter pylori (see paper)
45% identity, 99% coverage: 7:474/474 of query aligns to 11:478/478 of 5zlpJ

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5zlpJ

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binding adenosine-5'-diphosphate: Y132 (≠ F128), E136 (= E132), F215 (≠ E210), F232 (= F228), H278 (= H274), S280 (= S276), R351 (= R348), R362 (= R360)
binding magnesium ion: E138 (= E134), E220 (= E215), E227 (= E223)
binding phosphinothricin: E138 (= E134), E220 (= E215), G272 (= G268), H276 (= H272), E334 (= E331), R346 (= R343), R366 (= R364)

Query Sequence

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IEFRCPDSSGNPYLAFAAMVMAGLDGIKNKIEPPEPIDKDLYELPPEEARDVKLVPSDLG
TVLDTLEADHDFLLEGGVFTPDVIETWISYKRENEIDPLRLRPHPYEFALYYDV

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SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory