SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_005454916.1 NCBI__GCF_000244975.1:WP_005454916.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5c55A Crystal structure of the y138f mutant of c.Glutamicum n- acetylneuraminic acid lyase in complex with pyruvate
44% identity, 94% coverage: 12:303/312 of query aligns to 4:303/307 of 5c55A

query
sites
5c55A
G
 
G
V
 
V
V
 
I
P
 
P
P
|
P
L
 
V
V
 
M
T
 
T
P
 
P
L
 
L
D
 
H
E
 
A
H
 
D
G
 
G
E
 
S
V
 
V
D
 
D
R
 
V
A
 
E
S
 
S
L
 
L
E
 
R
R
 
K
L
 
L
V
 
V
S
 
D
F
 
H
Q
 
L
L
 
I
D
 
N
A
 
G
G
 
G
V
 
V
D
 
D
G
 
G
V
 
L
F
 
F
V
 
A
G
 
L
G
 
G
S
|
S
S
|
S
G
 
G
E
 
E
I
 
A
A
 
A
L
 
F
L
 
L
D
 
T
T
 
R
A
 
A
Q
 
Q
R
 
R
R
 
K
A
 
L
A
 
A
V
 
L
E
 
T
V
 
T
V
 
I
V
 
I
R
 
E
T
 
H
V
 
T
A
 
A
G
 
G
A
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
T
A
 
A
G
 
G
T
 
V
I
 
I
D
 
E
T
 
T
G
 
T
T
 
T
R
 
A
R
 
R
V
 
V
V
 
I
E
 
E
H
 
L
A
 
V
R
 
E
Q
 
D
A
 
A
T
 
L
E
 
E
L
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
E
A
 
G
V
 
L
V
 
V
V
 
A
T
 
T
A
 
A
P
 
P
F
 
F
Y
|
Y
V
 
T
R
 
R
P
 
T
G
 
H
A
 
D
A
 
V
E
 
E
I
 
I
V
 
E
D
 
E
H
 
H
F
 
F
R
 
R
Y
 
K
V
 
I
H
 
H
A
 
A
A
 
A
V
 
A
-
 
P
D
 
E
V
 
L
P
 
P
V
 
L
V
 
F
A
 
A
Y
x
F
D
 
N
I
 
I
P
 
P
S
 
V
A
x
S
T
 
V
H
 
H
V
 
S
A
 
N
L
 
L
T
 
N
P
 
P
D
 
V
I
 
M
V
 
L
A
 
L
E
 
T
L
 
L
A
 
A
A
 
K
E
 
D
D
 
G
L
 
V
V
 
L
V
 
A
A
 
G
L
 
T
K
|
K
D
 
D
S
 
S
S
 
S
G
 
G
D
 
N
L
 
D
A
 
G
A
 
A
F
 
I
R
 
R
E
 
S
I
 
L
L
 
I
R
 
E
-
 
A
-
 
R
-
 
D
-
 
D
-
 
A
-
 
G
-
 
L
R
 
T
T
 
E
E
 
Q
L
 
F
P
 
K
A
 
I
L
 
L
T
 
T
G
 
G
S
 
S
E
 
E
L
 
T
F
 
T
A
 
V
D
 
D
T
 
F
A
 
A
V
 
Y
Q
 
L
V
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
G
I
 
V
V
|
V
P
 
P
G
 
G
L
 
L
G
 
G
N
 
N
V
 
V
D
 
D
P
 
P
H
 
A
G
 
A
Y
 
Y
V
 
A
R
 
A
L
 
L
H
 
A
R
 
K
A
 
L
A
 
C
R
 
L
E
 
D
G
 
G
D
 
K
H
 
W
A
 
A
T
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
A
E
 
L
Q
 
Q
D
 
K
R
 
R
L
 
I
A
 
N
R
 
H
L
 
L
F
 
F
R
 
H
I
 
I
T
 
V
T
 
F
V
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
T
S
 
S
R
 
H
V
 
M
G
 
S
F
 
G
T
 
S
A
 
S
G
 
A
A
 
G
L
 
L
G
 
G
A
 
G
F
 
F
K
 
K
T
 
T
A
 
A
L
 
L
A
 
A
V
 
H
R
 
L
G
 
G
V
 
I
I
 
I
A
 
E
H
 
S
P
 
N
A
 
A
T
 
M
N
 
A
L
 
V
P
 
P
L
 
H
R
 
Q
P
 
S
L
 
L
D
 
S
D
 
D
D
 
E
E
 
E
A
 
T
R
 
A
G
 
R
I
 
I
A
 
H
A
 
A
M
 
I
L
 
V
D
 
D
E
 
E

8u8wA Crystal structure of n-acetylneuraminate lyase (nana) from klebsiella aerogenes (pyruvate and halides bound)
32% identity, 93% coverage: 12:301/312 of query aligns to 8:293/297 of 8u8wA

query
sites
8u8wA
G
 
G
V
 
V
V
 
M
P
 
P
P
x
A
L
 
L
V
 
L
T
 
T
P
 
P
L
 
F
D
 
D
E
 
A
H
 
Q
G
 
Q
E
 
N
V
 
I
D
 
D
R
 
R
A
 
A
S
 
S
L
 
L
E
 
R
R
 
R
L
 
L
V
 
V
S
 
R
F
 
F
Q
 
N
L
 
I
D
 
E
A
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
G
 
G
V
 
V
F
 
Y
V
 
V
G
 
G
G
|
G
S
|
S
S
x
T
G
 
G
E
 
E
I
 
A
A
 
F
L
 
V
L
 
Q
D
 
S
T
 
L
A
 
S
Q
 
E
R
 
R
R
 
E
A
 
E
A
 
V
V
 
L
E
 
E
V
 
I
V
 
V
V
 
A
R
 
E
T
 
E
V
 
A
A
 
K
G
 
G
A
 
K
V
 
I
P
 
T
V
 
L
L
 
I
A
 
A
G
 
H
T
 
V
I
 
G
D
 
C
T
 
V
G
 
S
T
 
T
R
 
A
R
 
E
V
 
S
V
 
Q
E
 
Q
H
 
L
A
 
A
R
 
A
Q
 
A
A
 
A
T
 
K
E
 
R
L
 
Y
G
 
G
A
 
F
D
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
S
V
 
A
T
 
V
A
 
T
P
 
P
F
 
F
Y
 
Y
V
 
Y
R
 
P
P
 
F
G
 
S
A
 
F
A
 
E
E
 
E
I
 
H
V
 
C
D
 
D
H
 
H
F
 
Y
R
 
R
Y
 
A
V
 
I
H
 
I
A
 
D
A
 
S
V
 
A
D
 
D
-
 
G
V
 
I
P
 
P
V
 
M
V
 
V
A
 
V
Y
|
Y
D
 
N
I
 
I
P
 
P
S
 
A
A
 
L
T
 
S
H
 
G
V
 
V
A
 
K
L
 
L
T
 
T
P
 
L
D
 
E
I
 
Q
V
 
I
A
 
N
E
 
Q
L
 
L
A
 
V
A
 
T
E
 
L
D
 
P
L
 
G
V
 
V
V
 
G
A
 
A
L
 
L
K
|
K
D
 
Q
S
 
T
S
 
S
G
 
G
D
 
D
L
 
L
A
 
Y
A
 
Q
F
 
M
R
 
E
E
 
Q
I
 
I
L
 
R
R
 
R
-
 
A
R
 
H
T
 
P
E
 
E
L
 
L
P
 
V
A
 
L
L
 
Y
T
 
N
G
 
G
-
 
Y
S
 
D
E
 
E
L
 
I
F
 
F
A
 
A
D
 
-
T
 
S
A
 
G
V
 
L
Q
 
L
V
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
G
I
 
G
V
 
I
P
 
G
G
 
S
L
 
T
G
 
Y
N
 
N
V
 
I
D
 
M
P
 
A
H
 
W
G
 
R
Y
 
Y
V
 
L
R
 
G
L
 
I
H
 
V
R
 
Q
A
 
A
A
 
L
R
 
K
E
 
E
G
 
G
D
 
D
H
 
T
A
 
A
T
 
K
A
 
A
A
 
Q
A
 
Q
E
 
L
Q
 
Q
D
 
H
R
 
E
L
 
C
A
 
N
R
 
K
L
 
V
F
 
I
R
 
D
I
 
L
T
 
L
T
 
V
V
 
-
A
 
-
D
 
-
R
 
-
S
 
-
R
 
-
V
 
-
G
 
-
F
 
-
T
 
K
A
 
V
G
 
G
A
 
V
L
 
F
G
 
R
A
 
G
F
 
L
K
 
K
T
 
T
A
 
V
L
 
L
A
 
H
V
 
Y
R
 
M
G
 
D
V
 
V
I
 
L
A
 
S
H
 
V
P
 
P
A
 
L
T
 
C
N
 
R
L
 
K
P
 
P
L
 
F
R
 
A
P
 
P
L
 
V
D
 
E
D
 
D
D
 
K
-
 
F
-
 
Q
-
 
A
E
 
E
A
 
L
R
 
K
G
 
A
I
 
L
A
 
A
A
 
Q
M
 
Q
L
 
L

3lbcD D-sialic acid aldolase complexed with l-arabinose
31% identity, 93% coverage: 12:301/312 of query aligns to 7:292/296 of 3lbcD

query
sites
3lbcD
G
 
G
V
 
V
V
 
M
P
 
A
P
 
A
L
 
L
V
 
L
T
 
T
P
 
P
L
 
F
D
 
D
E
 
Q
H
 
Q
G
 
Q
E
 
A
V
 
L
D
 
D
R
 
K
A
 
A
S
 
S
L
 
L
E
 
R
R
 
R
L
 
L
V
 
V
S
 
Q
F
 
F
Q
 
N
L
 
I
D
 
Q
A
 
Q
G
 
G
V
 
I
D
 
D
G
 
G
V
 
L
F
 
Y
V
 
V
G
 
G
G
 
G
S
|
S
S
 
T
G
 
G
E
 
E
I
 
A
A
 
F
L
 
V
L
 
Q
D
 
S
T
 
L
A
 
S
Q
 
E
R
 
R
R
 
E
A
 
Q
A
 
V
V
 
L
E
 
E
V
 
I
V
 
V
V
 
A
R
 
E
T
 
E
V
 
A
A
 
K
G
 
G
A
 
K
V
 
I
P
 
K
V
 
L
L
 
I
A
 
A
G
 
H
T
 
V
I
 
G
D
 
C
T
 
V
G
 
S
T
 
T
R
 
A
R
 
E
V
 
S
V
 
Q
E
 
Q
H
 
L
A
 
A
R
 
A
Q
 
S
A
 
A
T
 
K
E
 
R
L
 
Y
G
 
G
A
 
F
D
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
S
V
 
A
T
 
V
A
 
T
P
 
P
F
 
F
Y
|
Y
V
 
Y
R
 
P
P
 
F
G
 
S
A
 
F
A
 
E
E
 
E
I
 
H
V
 
C
D
 
D
H
 
H
F
 
Y
R
 
R
Y
 
A
V
 
I
H
 
I
A
 
D
A
 
S
V
 
A
D
 
D
-
 
G
V
 
L
P
 
P
V
 
M
V
 
V
A
 
V
Y
|
Y
D
 
N
I
 
I
P
 
P
S
 
A
A
x
L
T
 
S
H
 
G
V
 
V
A
 
K
L
 
L
T
 
T
P
 
L
D
 
D
I
 
Q
V
 
I
A
 
N
E
 
T
L
 
L
A
 
V
A
 
T
E
 
L
D
 
P
L
 
G
V
 
V
V
 
G
A
 
A
L
 
L
K
|
K
D
 
Q
S
 
T
S
 
S
G
 
G
D
|
D
L
 
L
A
x
Y
A
 
Q
F
 
M
R
 
E
E
 
Q
I
 
I
L
 
-
R
 
-
R
 
R
T
 
R
E
 
E
L
 
H
P
 
P
A
 
D
L
 
L
T
 
V
-
 
L
-
 
Y
-
 
N
-
 
G
G
 
Y
S
 
D
E
 
E
L
 
I
F
 
F
A
 
A
D
 
-
T
 
S
A
 
G
V
 
L
Q
 
L
V
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
G
I
 
G
V
x
I
P
 
G
G
 
S
L
 
T
G
 
Y
N
 
N
V
 
I
D
 
M
P
 
G
H
 
W
G
 
R
Y
 
Y
V
 
Q
R
 
G
L
 
I
H
 
V
R
 
K
A
 
A
A
 
L
R
 
K
E
 
E
G
 
G
D
 
D
H
 
I
A
 
Q
T
 
T
A
 
A
A
 
Q
A
 
K
E
 
L
Q
 
Q
D
 
T
R
 
E
L
 
C
A
 
N
R
 
K
L
 
V
F
 
I
R
 
D
I
 
L
T
 
L
T
 
-
V
 
-
A
 
-
D
 
-
R
 
-
S
 
-
R
 
-
V
 
-
G
 
-
F
 
I
T
 
K
A
 
T
G
 
G
A
 
V
L
 
F
G
 
R
A
 
G
F
 
L
K
 
K
T
 
T
A
 
V
L
 
L
A
 
H
V
 
Y
R
 
M
G
 
D
V
 
V
I
 
V
A
 
S
H
 
V
P
 
P
A
 
L
T
 
C
N
 
R
L
 
K
P
 
P
L
 
F
R
 
G
P
 
P
L
 
V
D
 
D
D
 
E
D
 
K
-
 
Y
-
 
L
-
 
P
E
 
E
A
 
L
R
 
K
G
 
A
I
 
L
A
 
A
A
 
Q
M
 
Q
L
 
L

P0A6L4 N-acetylneuraminate lyase; AcNeu lyase; NAL; Neu5Ac lyase; N-acetylneuraminate pyruvate-lyase; N-acetylneuraminic acid aldolase; NALase; Sialate lyase; Sialic acid aldolase; Sialic acid lyase; EC 4.1.3.3 from Escherichia coli (strain K12) (see 5 papers)
31% identity, 93% coverage: 12:301/312 of query aligns to 7:292/297 of P0A6L4

query
sites
P0A6L4
G
 
G
V
 
V
V
 
M
P
 
A
P
 
A
L
 
L
V
 
L
T
 
T
P
 
P
L
 
F
D
 
D
E
 
Q
H
 
Q
G
 
Q
E
 
A
V
 
L
D
 
D
R
 
K
A
 
A
S
 
S
L
 
L
E
 
R
R
 
R
L
 
L
V
 
V
S
 
Q
F
 
F
Q
 
N
L
 
I
D
 
Q
A
 
Q
G
 
G
V
 
I
D
 
D
G
 
G
V
 
L
F
 
Y
V
 
V
G
 
G
G
 
G
S
|
S
S
x
T
G
 
G
E
 
E
I
 
A
A
 
F
L
 
V
L
 
Q
D
 
S
T
 
L
A
 
S
Q
 
E
R
 
R
R
 
E
A
 
Q
A
 
V
V
 
L
E
 
E
V
 
I
V
 
V
V
 
A
R
 
E
T
 
E
V
 
A
A
 
K
G
 
G
A
 
K
V
 
I
P
 
K
V
 
L
L
 
I
A
 
A
G
 
H
T
 
V
I
 
G
D
 
C
T
 
V
G
 
S
T
 
T
R
 
A
R
 
E
V
 
S
V
 
Q
E
 
Q
H
 
L
A
 
A
R
 
A
Q
 
S
A
 
A
T
 
K
E
 
R
L
 
Y
G
 
G
A
 
F
D
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
S
V
 
A
T
 
V
A
 
T
P
 
P
F
 
F
Y
|
Y
V
 
Y
R
 
P
P
 
F
G
 
S
A
 
F
A
 
E
E
 
E
I
 
H
V
 
C
D
 
D
H
 
H
F
 
Y
R
 
R
Y
 
A
V
 
I
H
 
I
A
 
D
A
 
S
V
 
A
D
 
D
-
 
G
V
 
L
P
 
P
V
 
M
V
 
V
A
 
V
Y
|
Y
D
 
N
I
 
I
P
 
P
S
 
A
A
x
L
T
 
S
H
 
G
V
 
V
A
 
K
L
 
L
T
 
T
P
 
L
D
 
D
I
 
Q
V
 
I
A
 
N
E
 
T
L
 
L
A
 
V
A
 
T
E
 
L
D
 
P
L
 
G
V
 
V
V
 
G
A
 
A
L
 
L
K
|
K
D
 
Q
S
x
T
S
 
S
G
 
G
D
 
D
L
 
L
A
 
Y
A
 
Q
F
 
M
R
 
E
E
 
Q
I
 
I
L
 
-
R
 
-
R
 
R
T
 
R
E
 
E
L
 
H
P
 
P
A
 
D
L
 
L
T
 
V
-
 
L
-
 
Y
-
 
N
-
x
G
G
 
Y
S
x
D
E
|
E
L
 
I
F
 
F
A
 
A
D
 
-
T
 
S
A
 
G
V
 
L
Q
 
L
V
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
G
I
 
G
V
 
I
P
 
G
G
x
S
L
 
T
G
 
Y
N
 
N
V
 
I
D
 
M
P
 
G
H
 
W
G
 
R
Y
 
Y
V
 
Q
R
 
G
L
 
I
H
 
V
R
 
K
A
 
A
A
 
L
R
 
K
E
 
E
G
 
G
D
 
D
H
 
I
A
 
Q
T
 
T
A
 
A
A
 
Q
A
 
K
E
 
L
Q
 
Q
D
 
T
R
 
E
L
 
C
A
 
N
R
 
K
L
 
V
F
 
I
R
 
D
I
 
L
T
 
L
T
 
-
V
 
-
A
 
-
D
 
-
R
 
-
S
 
-
R
 
-
V
 
-
G
 
-
F
 
I
T
 
K
A
 
T
G
 
G
A
 
V
L
x
F
G
 
R
A
 
G
F
 
L
K
 
K
T
 
T
A
 
V
L
 
L
A
 
H
V
 
Y
R
 
M
G
 
D
V
 
V
I
 
V
A
 
S
H
 
V
P
 
P
A
 
L
T
 
C
N
 
R
L
 
K
P
 
P
L
 
F
R
 
G
P
 
P
L
 
V
D
 
D
D
 
E
D
 
K
-
 
Y
-
 
L
-
 
P
E
 
E
A
 
L
R
 
K
G
 
A
I
 
L
A
 
A
A
 
Q
M
 
Q
L
 
L

Sites not aligning to the query:

2wpbA Crystal structure of the e192n mutant of e. Coli n-acetylneuraminic acid lyase in complex with pyruvate and the inhibitor (2r,3r)-2,3,4- trihydroxy-n,n-dipropylbutanamide in space group p21 crystal form i (see paper)
30% identity, 93% coverage: 12:301/312 of query aligns to 12:297/302 of 2wpbA

query
sites
2wpbA
G
 
G
V
 
V
V
 
M
P
 
A
P
 
A
L
 
L
V
 
L
T
 
T
P
 
P
L
 
F
D
 
D
E
 
Q
H
 
Q
G
 
Q
E
 
A
V
 
L
D
 
D
R
 
K
A
 
A
S
 
S
L
 
L
E
 
R
R
 
R
L
 
L
V
 
V
S
 
Q
F
 
F
Q
 
N
L
 
I
D
 
Q
A
 
Q
G
 
G
V
 
I
D
 
D
G
 
G
V
 
L
F
 
Y
V
 
V
G
 
G
G
 
G
S
|
S
S
 
T
G
 
G
E
 
E
I
 
A
A
 
F
L
 
V
L
 
Q
D
 
S
T
 
L
A
 
S
Q
 
E
R
 
R
R
 
E
A
 
Q
A
 
V
V
 
L
E
 
E
V
 
I
V
 
V
V
 
A
R
 
E
T
 
E
V
 
A
A
 
K
G
 
G
A
 
K
V
 
I
P
 
K
V
 
L
L
 
I
A
 
A
G
 
H
T
 
V
I
 
G
D
 
C
T
 
V
G
 
S
T
 
T
R
 
A
R
 
E
V
 
S
V
 
Q
E
 
Q
H
 
L
A
 
A
R
 
A
Q
 
S
A
 
A
T
 
K
E
 
R
L
 
Y
G
 
G
A
 
F
D
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
S
V
 
A
T
 
V
A
 
T
P
 
P
F
 
F
Y
|
Y
V
 
Y
R
 
P
P
 
F
G
 
S
A
 
F
A
 
E
E
 
E
I
 
H
V
 
C
D
 
D
H
 
H
F
 
Y
R
 
R
Y
 
A
V
 
I
H
 
I
A
 
D
A
 
S
V
 
A
D
 
D
-
 
G
V
 
L
P
 
P
V
 
M
V
 
V
A
 
V
Y
|
Y
D
 
N
I
 
I
P
 
P
S
 
A
A
x
L
T
 
S
H
 
G
V
 
V
A
 
K
L
 
L
T
 
T
P
 
L
D
 
D
I
 
Q
V
 
I
A
 
N
E
 
T
L
 
L
A
 
V
A
 
T
E
 
L
D
 
P
L
 
G
V
 
V
V
 
G
A
 
A
L
 
L
K
|
K
D
 
Q
S
 
T
S
 
S
G
 
G
D
 
D
L
 
L
A
 
Y
A
 
Q
F
 
M
R
 
E
E
 
Q
I
 
I
L
 
R
R
 
R
R
 
E
T
 
H
-
 
P
E
 
D
L
 
L
P
 
V
A
 
L
L
 
Y
T
 
N
G
|
G
S
x
Y
E
x
D
L
x
N
F
 
I
A
 
F
D
 
A
T
 
S
A
 
G
V
 
L
Q
 
L
V
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
G
I
 
G
V
x
I
P
 
G
G
x
S
L
 
T
G
 
Y
N
 
N
V
 
I
D
 
M
P
 
G
H
 
W
G
 
R
Y
 
Y
V
 
Q
R
 
G
L
 
I
H
 
V
R
 
K
A
 
A
A
 
L
R
 
K
E
 
E
G
 
G
D
 
D
H
 
I
A
 
Q
T
 
T
A
 
A
A
 
Q
A
 
K
E
 
L
Q
 
Q
D
 
T
R
 
E
L
 
C
A
 
N
R
 
K
L
 
V
F
 
I
R
 
D
I
 
L
T
 
L
T
 
-
V
 
-
A
 
-
D
 
-
R
 
-
S
 
-
R
 
-
V
 
-
G
 
-
F
 
I
T
 
K
A
 
T
G
 
G
A
 
V
L
 
F
G
 
R
A
 
G
F
 
L
K
 
K
T
 
T
A
 
V
L
 
L
A
 
H
V
 
Y
R
 
M
G
 
D
V
 
V
I
 
V
A
 
S
H
 
V
P
 
P
A
 
L
T
 
C
N
 
R
L
 
K
P
 
P
L
 
F
R
 
G
P
 
P
L
 
V
D
 
D
D
 
E
D
 
K
-
 
Y
-
 
L
-
 
P
E
 
E
A
 
L
R
 
K
G
 
A
I
 
L
A
 
A
A
 
Q
M
 
Q
L
 
L

1fdzA N-acetylneuraminate lyase in complex with pyruvate via borohydride reduction (see paper)
31% identity, 93% coverage: 12:301/312 of query aligns to 4:289/292 of 1fdzA

query
sites
1fdzA
G
 
G
V
 
V
V
 
M
P
 
A
P
 
A
L
 
L
V
 
L
T
 
T
P
 
P
L
 
F
D
 
D
E
 
Q
H
 
Q
G
 
Q
E
 
A
V
 
L
D
 
D
R
 
K
A
 
A
S
 
S
L
 
L
E
 
R
R
 
R
L
 
L
V
 
V
S
 
Q
F
 
F
Q
 
N
L
 
I
D
 
Q
A
 
Q
G
 
G
V
 
I
D
 
D
G
 
G
V
 
L
F
x
Y
V
 
V
G
 
G
G
|
G
S
|
S
S
x
T
G
 
G
E
 
E
I
 
A
A
 
F
L
 
V
L
 
Q
D
 
S
T
 
L
A
 
S
Q
 
E
R
 
R
R
 
E
A
 
Q
A
 
V
V
 
L
E
 
E
V
 
I
V
 
V
V
 
A
R
 
E
T
 
E
V
 
G
A
 
K
G
 
G
A
 
K
V
 
I
P
 
K
V
 
L
L
 
I
A
 
A
G
 
H
T
 
V
I
 
G
D
 
C
T
 
V
G
 
T
T
 
T
R
 
A
R
 
E
V
 
S
V
 
Q
E
 
Q
H
 
L
A
 
A
R
 
A
Q
 
S
A
 
A
T
 
K
E
 
R
L
 
Y
G
 
G
A
 
F
D
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
S
V
 
A
T
 
V
A
 
T
P
 
P
F
 
F
Y
|
Y
V
 
Y
R
 
P
P
 
F
G
 
S
A
 
F
A
 
E
E
 
E
I
 
H
V
 
C
D
 
D
H
 
H
F
 
Y
R
 
R
Y
 
A
V
 
I
H
 
I
A
 
D
A
 
S
V
 
A
D
 
D
-
 
G
V
 
L
P
 
P
V
 
M
V
 
V
A
 
V
Y
|
Y
D
 
N
I
 
I
P
 
P
S
 
A
A
x
L
T
 
S
H
 
G
V
 
V
A
 
K
L
 
L
T
 
T
P
 
L
D
 
D
I
 
Q
V
 
I
A
 
N
E
 
T
L
 
L
A
 
V
A
 
T
E
 
L
D
 
P
L
 
G
V
 
V
V
 
G
A
 
A
L
 
L
K
|
K
D
 
Q
S
 
T
S
 
S
G
 
G
D
 
D
L
 
L
A
 
Y
A
 
Q
F
 
M
R
 
E
E
 
Q
I
 
I
L
 
-
R
 
-
R
 
R
T
 
R
E
 
E
L
 
H
P
 
P
A
 
D
L
 
L
T
 
V
-
 
L
-
 
Y
-
 
N
-
 
G
G
 
Y
S
 
D
E
 
E
L
 
I
F
 
F
A
 
A
D
 
-
T
 
S
A
 
G
V
 
L
Q
 
L
V
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
G
I
 
G
V
x
I
P
 
G
G
 
S
L
 
T
G
 
Y
N
 
N
V
 
I
D
 
M
P
 
G
H
 
W
G
 
R
Y
 
Y
V
 
Q
R
 
G
L
 
I
H
 
V
R
 
K
A
 
A
A
 
L
R
 
K
E
 
E
G
 
G
D
 
D
H
 
I
A
 
Q
T
 
T
A
 
A
A
 
Q
A
 
K
E
 
L
Q
 
Q
D
 
T
R
 
E
L
 
C
A
 
N
R
 
K
L
 
V
F
 
I
R
 
D
I
 
L
T
 
L
T
 
-
V
 
-
A
 
-
D
 
-
R
 
-
S
 
-
R
 
-
V
 
-
G
 
-
F
 
I
T
 
K
A
 
T
G
 
G
A
 
V
L
 
F
G
 
R
A
 
G
F
 
L
K
 
K
T
 
T
A
 
V
L
 
L
A
 
H
V
 
Y
R
 
M
G
 
D
V
 
V
I
 
V
A
 
S
H
 
V
P
 
P
A
 
L
T
 
C
N
 
R
L
 
K
P
 
P
L
 
F
R
 
G
P
 
P
L
 
V
D
 
D
D
 
E
D
 
K
-
 
Y
-
 
L
-
 
P
E
 
E
A
 
L
R
 
K
G
 
A
I
 
L
A
 
A
A
 
Q
M
 
Q
L
 
L

1fdyA N-acetylneuraminate lyase in complex with hydroxypyruvate (see paper)
31% identity, 93% coverage: 12:301/312 of query aligns to 4:289/292 of 1fdyA

query
sites
1fdyA
G
 
G
V
 
V
V
 
M
P
 
A
P
 
A
L
 
L
V
 
L
T
 
T
P
 
P
L
 
F
D
 
D
E
 
Q
H
 
Q
G
 
Q
E
 
A
V
 
L
D
 
D
R
 
K
A
 
A
S
 
S
L
 
L
E
 
R
R
 
R
L
 
L
V
 
V
S
 
Q
F
 
F
Q
 
N
L
 
I
D
 
Q
A
 
Q
G
 
G
V
 
I
D
 
D
G
 
G
V
 
L
F
x
Y
V
 
V
G
 
G
G
|
G
S
|
S
S
x
T
G
 
G
E
 
E
I
 
A
A
 
F
L
 
V
L
 
Q
D
 
S
T
 
L
A
 
S
Q
 
E
R
 
R
R
 
E
A
 
Q
A
 
V
V
 
L
E
 
E
V
 
I
V
 
V
V
 
A
R
 
E
T
 
E
V
 
G
A
 
K
G
 
G
A
 
K
V
 
I
P
 
K
V
 
L
L
 
I
A
 
A
G
 
H
T
 
V
I
 
G
D
 
C
T
 
V
G
 
T
T
 
T
R
 
A
R
 
E
V
 
S
V
 
Q
E
 
Q
H
 
L
A
 
A
R
 
A
Q
 
S
A
 
A
T
 
K
E
 
R
L
 
Y
G
 
G
A
 
F
D
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
S
V
 
A
T
 
V
A
 
T
P
 
P
F
 
F
Y
|
Y
V
 
Y
R
 
P
P
 
F
G
 
S
A
 
F
A
 
E
E
 
E
I
 
H
V
 
C
D
 
D
H
 
H
F
 
Y
R
 
R
Y
 
A
V
 
I
H
 
I
A
 
D
A
 
S
V
 
A
D
 
D
-
 
G
V
 
L
P
 
P
V
 
M
V
 
V
A
 
V
Y
|
Y
D
 
N
I
 
I
P
 
P
S
 
A
A
x
L
T
 
S
H
 
G
V
 
V
A
 
K
L
 
L
T
 
T
P
 
L
D
 
D
I
 
Q
V
 
I
A
 
N
E
 
T
L
 
L
A
 
V
A
 
T
E
 
L
D
 
P
L
 
G
V
 
V
V
 
G
A
 
A
L
 
L
K
|
K
D
 
Q
S
 
T
S
 
S
G
 
G
D
 
D
L
 
L
A
 
Y
A
 
Q
F
 
M
R
 
E
E
 
Q
I
 
I
L
 
-
R
 
-
R
 
R
T
 
R
E
 
E
L
 
H
P
 
P
A
 
D
L
 
L
T
 
V
-
 
L
-
 
Y
-
 
N
-
 
G
G
 
Y
S
 
D
E
 
E
L
 
I
F
 
F
A
 
A
D
 
-
T
 
S
A
 
G
V
 
L
Q
 
L
V
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
G
I
 
G
V
x
I
P
 
G
G
 
S
L
 
T
G
 
Y
N
 
N
V
 
I
D
 
M
P
 
G
H
 
W
G
 
R
Y
 
Y
V
 
Q
R
 
G
L
 
I
H
 
V
R
 
K
A
 
A
A
 
L
R
 
K
E
 
E
G
 
G
D
 
D
H
 
I
A
 
Q
T
 
T
A
 
A
A
 
Q
A
 
K
E
 
L
Q
 
Q
D
 
T
R
 
E
L
 
C
A
 
N
R
 
K
L
 
V
F
 
I
R
 
D
I
 
L
T
 
L
T
 
-
V
 
-
A
 
-
D
 
-
R
 
-
S
 
-
R
 
-
V
 
-
G
 
-
F
 
I
T
 
K
A
 
T
G
 
G
A
 
V
L
 
F
G
 
R
A
 
G
F
 
L
K
 
K
T
 
T
A
 
V
L
 
L
A
 
H
V
 
Y
R
 
M
G
 
D
V
 
V
I
 
V
A
 
S
H
 
V
P
 
P
A
 
L
T
 
C
N
 
R
L
 
K
P
 
P
L
 
F
R
 
G
P
 
P
L
 
V
D
 
D
D
 
E
D
 
K
-
 
Y
-
 
L
-
 
P
E
 
E
A
 
L
R
 
K
G
 
A
I
 
L
A
 
A
A
 
Q
M
 
Q
L
 
L

4bwlC Structure of the y137a mutant of e. Coli n-acetylneuraminic acid lyase in complex with pyruvate, n-acetyl-d-mannosamine and n- acetylneuraminic acid (see paper)
31% identity, 93% coverage: 12:301/312 of query aligns to 7:292/296 of 4bwlC

query
sites
4bwlC
G
 
G
V
 
V
V
 
M
P
 
A
P
 
A
L
 
L
V
 
L
T
 
T
P
 
P
L
 
F
D
 
D
E
 
Q
H
 
Q
G
 
Q
E
 
A
V
 
L
D
 
D
R
 
K
A
 
A
S
 
S
L
 
L
E
 
R
R
 
R
L
 
L
V
 
V
S
 
Q
F
 
F
Q
 
N
L
 
I
D
 
Q
A
 
Q
G
 
G
V
 
I
D
 
D
G
 
G
V
 
L
F
 
Y
V
 
V
G
 
G
G
 
G
S
|
S
S
 
T
G
 
G
E
 
E
I
 
A
A
 
F
L
 
V
L
 
Q
D
 
S
T
 
L
A
 
S
Q
 
E
R
 
R
R
 
E
A
 
Q
A
 
V
V
 
L
E
 
E
V
 
I
V
 
V
V
 
A
R
 
E
T
 
E
V
 
A
A
 
K
G
 
G
A
 
K
V
 
I
P
 
K
V
 
L
L
 
I
A
 
A
G
 
H
T
 
V
I
 
G
D
 
C
T
 
V
G
 
S
T
 
T
R
 
A
R
 
E
V
 
S
V
 
Q
E
 
Q
H
 
L
A
 
A
R
 
A
Q
 
S
A
 
A
T
 
K
E
 
R
L
 
Y
G
 
G
A
 
F
D
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
S
V
 
A
T
 
V
A
 
T
P
 
P
F
 
F
Y
|
Y
V
 
Y
R
 
P
P
 
F
G
 
S
A
 
F
A
 
E
E
 
E
I
 
H
V
 
C
D
 
D
H
 
H
F
 
Y
R
 
R
Y
 
A
V
 
I
H
 
I
A
 
D
A
 
S
V
 
A
D
 
D
-
 
G
V
 
L
P
 
P
V
 
M
V
 
V
A
 
V
Y
x
A
D
 
N
I
|
I
P
 
P
S
 
A
A
x
L
T
 
S
H
 
G
V
 
V
A
 
K
L
 
L
T
 
T
P
 
L
D
 
D
I
 
Q
V
 
I
A
 
N
E
 
T
L
 
L
A
 
V
A
 
T
E
 
L
D
 
P
L
 
G
V
 
V
V
 
G
A
 
A
L
 
L
K
|
K
D
 
Q
S
x
T
S
 
S
G
 
G
D
 
D
L
 
L
A
 
Y
A
 
Q
F
 
M
R
 
E
E
 
Q
I
 
I
L
 
-
R
 
-
R
 
R
T
 
R
E
 
E
L
 
H
P
 
P
A
 
D
L
 
L
T
 
V
-
 
L
-
 
Y
-
 
N
-
x
G
G
 
Y
S
x
D
E
|
E
L
 
I
F
 
F
A
 
A
D
 
-
T
 
S
A
 
G
V
 
L
Q
 
L
V
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
G
I
 
G
V
x
I
P
 
G
G
x
S
L
 
T
G
 
Y
N
 
N
V
 
I
D
 
M
P
 
G
H
 
W
G
 
R
Y
 
Y
V
 
Q
R
 
G
L
 
I
H
 
V
R
 
K
A
 
A
A
 
L
R
 
K
E
 
E
G
 
G
D
 
D
H
 
I
A
 
Q
T
 
T
A
 
A
A
 
Q
A
 
K
E
 
L
Q
 
Q
D
 
T
R
 
E
L
 
C
A
 
N
R
 
K
L
 
V
F
 
I
R
 
D
I
 
L
T
 
L
T
 
-
V
 
-
A
 
-
D
 
-
R
 
-
S
 
-
R
 
-
V
 
-
G
 
-
F
 
I
T
 
K
A
 
T
G
 
G
A
 
V
L
x
F
G
 
R
A
 
G
F
 
L
K
 
K
T
 
T
A
 
V
L
 
L
A
 
H
V
 
Y
R
 
M
G
 
D
V
 
V
I
 
V
A
 
S
H
 
V
P
 
P
A
 
L
T
 
C
N
 
R
L
 
K
P
 
P
L
 
F
R
 
G
P
 
P
L
 
V
D
 
D
D
 
E
D
 
K
-
 
Y
-
 
L
-
 
P
E
 
E
A
 
L
R
 
K
G
 
A
I
 
L
A
 
A
A
 
Q
M
 
Q
L
 
L

4bwlA Structure of the y137a mutant of e. Coli n-acetylneuraminic acid lyase in complex with pyruvate, n-acetyl-d-mannosamine and n- acetylneuraminic acid (see paper)
31% identity, 93% coverage: 12:301/312 of query aligns to 9:294/299 of 4bwlA

query
sites
4bwlA
G
 
G
V
 
V
V
 
M
P
 
A
P
 
A
L
 
L
V
 
L
T
 
T
P
 
P
L
 
F
D
 
D
E
 
Q
H
 
Q
G
 
Q
E
 
A
V
 
L
D
 
D
R
 
K
A
 
A
S
 
S
L
 
L
E
 
R
R
 
R
L
 
L
V
 
V
S
 
Q
F
 
F
Q
 
N
L
 
I
D
 
Q
A
 
Q
G
 
G
V
 
I
D
 
D
G
 
G
V
 
L
F
 
Y
V
 
V
G
 
G
G
 
G
S
|
S
S
x
T
G
 
G
E
 
E
I
 
A
A
 
F
L
 
V
L
 
Q
D
 
S
T
 
L
A
 
S
Q
 
E
R
 
R
R
 
E
A
 
Q
A
 
V
V
 
L
E
 
E
V
 
I
V
 
V
V
 
A
R
 
E
T
 
E
V
 
A
A
 
K
G
 
G
A
 
K
V
 
I
P
 
K
V
 
L
L
 
I
A
 
A
G
 
H
T
 
V
I
 
G
D
 
C
T
 
V
G
 
S
T
 
T
R
 
A
R
 
E
V
 
S
V
 
Q
E
 
Q
H
 
L
A
 
A
R
 
A
Q
 
S
A
 
A
T
 
K
E
 
R
L
 
Y
G
 
G
A
 
F
D
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
S
V
 
A
T
 
V
A
 
T
P
 
P
F
 
F
Y
|
Y
V
 
Y
R
 
P
P
 
F
G
 
S
A
 
F
A
 
E
E
 
E
I
 
H
V
 
C
D
 
D
H
 
H
F
 
Y
R
 
R
Y
 
A
V
 
I
H
 
I
A
 
D
A
 
S
V
 
A
D
 
D
-
 
G
V
 
L
P
 
P
V
 
M
V
 
V
A
 
V
Y
x
A
D
 
N
I
 
I
P
 
P
S
 
A
A
x
L
T
 
S
H
 
G
V
 
V
A
 
K
L
 
L
T
 
T
P
 
L
D
 
D
I
 
Q
V
 
I
A
 
N
E
 
T
L
 
L
A
 
V
A
 
T
E
 
L
D
 
P
L
 
G
V
 
V
V
 
G
A
 
A
L
 
L
K
|
K
D
 
Q
S
x
T
S
 
S
G
 
G
D
 
D
L
 
L
A
 
Y
A
 
Q
F
 
M
R
 
E
E
 
Q
I
 
I
L
 
-
R
 
-
R
 
R
T
 
R
E
 
E
L
 
H
P
 
P
A
 
D
L
 
L
T
 
V
-
 
L
-
 
Y
-
 
N
-
x
G
G
x
Y
S
x
D
E
|
E
L
 
I
F
 
F
A
 
A
D
 
-
T
 
S
A
 
G
V
 
L
Q
 
L
V
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
G
I
 
G
V
x
I
P
 
G
G
x
S
L
 
T
G
 
Y
N
 
N
V
 
I
D
 
M
P
 
G
H
 
W
G
 
R
Y
 
Y
V
 
Q
R
 
G
L
 
I
H
 
V
R
 
K
A
 
A
A
 
L
R
 
K
E
 
E
G
 
G
D
 
D
H
 
I
A
 
Q
T
 
T
A
 
A
A
 
Q
A
 
K
E
 
L
Q
 
Q
D
 
T
R
 
E
L
 
C
A
 
N
R
 
K
L
 
V
F
 
I
R
 
D
I
 
L
T
 
L
T
 
-
V
 
-
A
 
-
D
 
-
R
 
-
S
 
-
R
 
-
V
 
-
G
 
-
F
 
I
T
 
K
A
 
T
G
 
G
A
 
V
L
x
F
G
 
R
A
 
G
F
 
L
K
 
K
T
 
T
A
 
V
L
 
L
A
 
H
V
 
Y
R
 
M
G
 
D
V
 
V
I
 
V
A
 
S
H
 
V
P
 
P
A
 
L
T
 
C
N
 
R
L
 
K
P
 
P
L
 
F
R
 
G
P
 
P
L
 
V
D
 
D
D
 
E
D
 
K
-
 
Y
-
 
L
-
 
P
E
 
E
A
 
L
R
 
K
G
 
A
I
 
L
A
 
A
A
 
Q
M
 
Q
L
 
L

4pfmA Shewanella benthica dhdps with lysine and pyruvate
29% identity, 76% coverage: 11:246/312 of query aligns to 4:241/295 of 4pfmA

query
sites
4pfmA
H
 
N
G
 
G
V
 
S
V
 
I
P
 
V
P
 
A
L
 
L
V
 
I
T
 
T
P
 
P
L
 
L
D
 
N
E
 
S
H
 
D
G
 
G
E
 
T
V
 
V
D
 
D
R
 
Y
A
 
T
S
 
S
L
 
L
E
 
E
R
 
K
L
 
L
V
 
V
S
 
E
F
 
Y
Q
 
H
L
 
I
D
 
T
A
 
E
G
 
G
V
 
T
D
 
D
G
 
A
V
 
I
F
 
V
V
 
A
G
 
V
G
 
G
S
x
T
S
 
T
G
 
G
E
 
E
I
x
S
A
|
A
L
 
T
L
|
L
D
 
P
T
 
I
A
 
S
Q
 
E
R
x
H
R
 
I
A
 
A
A
 
V
V
 
V
E
 
G
V
 
Q
V
 
T
V
 
V
R
 
K
T
 
F
V
 
A
A
 
S
G
 
G
A
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
V
L
 
I
A
 
G
G
 
G
T
 
N
I
 
G
D
 
A
T
x
N
G
 
A
T
 
T
R
 
A
R
x
E
V
 
A
V
 
I
E
 
E
H
 
L
A
 
T
R
 
K
Q
 
A
A
 
Q
T
 
N
E
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
V
D
 
A
A
 
A
V
 
M
V
 
L
V
 
G
T
 
V
A
 
T
P
 
P
F
x
Y
Y
|
Y
V
 
N
R
 
K
P
 
P
G
 
S
A
 
P
A
 
K
E
 
G
I
 
L
V
 
I
D
 
A
H
 
H
F
 
Y
R
 
T
Y
 
A
V
 
V
H
 
A
A
 
A
A
 
S
V
 
T
D
 
D
V
 
I
P
 
P
V
 
Q
V
 
I
A
 
L
Y
|
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
S
 
G
A
x
R
T
 
T
H
 
A
V
 
V
A
 
D
L
 
M
T
 
L
P
 
P
D
 
E
I
 
T
V
 
I
A
 
A
E
 
Q
L
 
L
A
 
V
A
 
E
E
 
V
D
 
P
L
 
N
V
 
I
V
 
I
A
 
G
L
 
V
K
|
K
D
 
D
S
 
A
S
 
T
G
 
G
D
 
D
L
 
V
A
 
A
A
 
R
F
 
V
R
 
K
E
 
Q
I
 
L
-
 
R
-
 
D
L
 
L
R
 
C
R
 
G
T
 
N
E
 
D
L
 
F
P
 
L
A
 
L
L
 
Y
T
 
S
G
 
G
S
 
D
E
 
D
L
 
A
F
 
T
A
 
A
D
 
R
T
 
E
A
 
F
V
 
L
Q
 
T
V
 
L
G
 
G
A
 
G
A
 
D
G
 
G
I
 
V
V
x
I
P
 
S
G
 
V
L
 
A
G
 
N
N
 
N
V
 
I
D
 
V
P
 
P
H
 
K
G
 
L
Y
 
F
V
 
K
R
 
L
L
 
M
H
 
C
R
 
D
A
 
A
A
 
A
R
 
L
E
 
A
G
 
G
D
 
D
H
 
T
A
 
Q
T
 
A
A
 
A
A
 
M
A
 
A
E
 
A
Q
 
E
D
 
D
R
 
Q
L
 
I
A
 
K
R
 
G
L
 
L
F
 
F

4dxvA Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii complexed with mg and cl ions at 1.80 a resolution
26% identity, 95% coverage: 11:306/312 of query aligns to 3:290/291 of 4dxvA

query
sites
4dxvA
H
 
Q
G
 
G
V
 
S
V
 
I
P
 
V
P
 
A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
L
 
M
D
 
L
E
 
K
H
 
D
G
 
G
E
 
G
V
 
V
D
 
D
R
 
W
A
 
K
S
 
S
L
 
L
E
 
E
R
 
K
L
 
L
V
 
V
S
 
E
F
 
W
Q
 
H
L
 
I
D
 
E
A
 
Q
G
 
G
V
 
T
D
 
N
G
 
S
V
 
I
F
 
V
V
 
A
G
 
V
G
 
G
S
x
T
S
 
T
G
 
G
E
 
E
I
 
A
A
 
S
L
 
T
L
 
L
D
 
S
T
 
M
A
 
E
Q
 
E
R
 
H
R
 
T
A
 
Q
A
 
V
V
 
I
E
 
K
V
 
E
V
 
I
V
 
I
R
 
R
T
 
V
V
 
A
A
 
N
G
 
K
A
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
I
L
 
I
A
 
A
G
 
G
T
 
T
I
 
G
D
 
A
T
 
N
G
 
S
T
 
T
R
 
R
R
 
E
V
 
A
V
 
I
E
 
E
H
 
L
A
 
T
R
 
K
Q
 
A
A
 
A
T
 
K
E
 
D
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
A
V
 
L
V
 
L
T
 
V
A
x
T
P
 
P
F
 
Y
Y
|
Y
V
 
N
R
 
K
P
 
P
G
 
T
A
 
Q
A
 
E
E
 
G
I
 
L
V
 
Y
D
 
Q
H
 
H
F
 
Y
R
 
K
Y
 
A
V
 
I
H
 
A
A
 
E
A
 
A
V
 
V
D
 
E
V
 
L
P
 
P
V
 
L
V
 
I
A
 
L
Y
|
Y
D
x
N
I
x
V
P
|
P
S
 
G
A
x
R
T
|
T
H
 
G
V
 
V
A
 
D
L
 
L
T
 
S
P
 
N
D
 
D
I
 
T
V
 
A
A
 
V
E
 
R
L
 
L
A
 
A
A
 
E
E
 
I
D
 
P
L
 
N
V
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
I
K
|
K
D
 
D
S
 
A
S
 
T
G
 
G
D
 
D
L
 
V
A
 
P
A
 
R
F
 
G
R
 
K
E
 
A
I
 
L
L
 
I
R
 
D
-
 
A
-
 
L
R
 
N
T
 
G
E
 
K
L
 
M
P
 
A
A
 
V
L
 
Y
T
 
S
G
 
G
S
 
D
E
 
D
L
 
E
F
 
T
A
 
A
D
 
W
T
 
E
A
 
L
V
 
M
Q
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
G
I
 
N
V
x
I
P
 
S
G
 
V
L
 
T
G
 
A
N
 
N
V
 
I
D
 
A
P
 
P
H
 
K
G
 
A
Y
 
M
V
 
S
R
 
E
L
 
V
H
 
C
R
 
A
A
 
V
A
 
A
R
 
I
E
 
A
G
 
K
D
 
D
H
 
E
A
 
Q
T
 
Q
A
 
A
A
 
K
A
 
T
E
 
L
Q
 
N
D
 
N
R
 
K
L
 
I
A
 
A
R
 
N
L
 
L
F
 
H
R
 
N
I
 
I
T
 
L
T
 
-
V
 
-
A
 
-
D
 
-
R
 
-
S
 
-
R
 
-
V
 
-
G
 
-
F
 
F
T
 
C
A
 
E
G
 
S
A
 
N
L
 
P
G
 
I
A
 
P
F
 
V
K
 
K
T
 
W
A
 
A
L
 
L
A
 
H
V
 
E
R
 
M
G
 
G
V
 
L
I
 
I
A
 
-
H
 
D
P
 
T
A
 
G
T
 
I
N
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
L
R
 
T
P
 
P
L
 
L
D
 
A
D
 
E
D
 
Q
E
 
Y
A
 
R
R
 
E
G
 
P
I
 
L
A
 
R
A
 
N
M
 
A
L
 
L
D
 
K
E
 
D
A
 
A
G
 
G
L
 
I

3u8gA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with oxalic acid at 1.80 a resolution
26% identity, 95% coverage: 11:306/312 of query aligns to 3:290/291 of 3u8gA

query
sites
3u8gA
H
 
Q
G
 
G
V
 
S
V
 
I
P
 
V
P
x
A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
L
 
M
D
 
L
E
 
K
H
 
D
G
 
G
E
 
G
V
 
V
D
 
D
R
 
W
A
 
K
S
 
S
L
 
L
E
 
E
R
 
K
L
 
L
V
 
V
S
 
E
F
 
W
Q
 
H
L
 
I
D
 
E
A
 
Q
G
 
G
V
 
T
D
 
N
G
 
S
V
 
I
F
 
V
V
 
A
G
 
V
G
|
G
S
x
T
S
x
T
G
 
G
E
 
E
I
 
A
A
 
S
L
 
T
L
 
L
D
 
S
T
 
M
A
 
E
Q
 
E
R
 
H
R
 
T
A
 
Q
A
 
V
V
 
I
E
 
K
V
 
E
V
 
I
V
 
I
R
 
R
T
 
V
V
 
A
A
 
N
G
 
K
A
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
I
L
 
I
A
 
A
G
 
G
T
 
T
I
 
G
D
 
A
T
 
N
G
 
S
T
 
T
R
 
R
R
 
E
V
 
A
V
 
I
E
 
E
H
 
L
A
 
T
R
 
K
Q
 
A
A
 
A
T
 
K
E
 
D
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
A
V
x
L
V
 
L
T
 
V
A
 
T
P
 
P
F
 
Y
Y
|
Y
V
 
N
R
 
K
P
 
P
G
 
T
A
 
Q
A
 
E
E
 
G
I
 
L
V
 
Y
D
 
Q
H
 
H
F
 
Y
R
 
K
Y
 
A
V
 
I
H
 
A
A
 
E
A
 
A
V
 
V
D
 
E
V
 
L
P
 
P
V
 
L
V
 
I
A
 
L
Y
|
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
S
 
G
A
x
R
T
 
T
H
 
G
V
 
V
A
 
D
L
 
L
T
 
S
P
 
N
D
 
D
I
 
T
V
 
A
A
 
V
E
 
R
L
 
L
A
 
A
A
 
E
E
 
I
D
 
P
L
 
N
V
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
I
K
|
K
D
 
D
S
 
A
S
 
T
G
 
G
D
 
D
L
 
V
A
 
P
A
 
R
F
 
G
R
 
K
E
 
A
I
 
L
L
 
I
R
 
D
-
 
A
-
 
L
R
 
N
T
 
G
E
 
K
L
 
M
P
 
A
A
 
V
L
 
Y
T
 
S
G
 
G
S
 
D
E
 
D
L
 
E
F
 
T
A
 
A
D
 
W
T
 
E
A
 
L
V
 
M
Q
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
G
I
 
N
V
x
I
P
 
S
G
 
V
L
 
T
G
 
A
N
 
N
V
 
I
D
 
A
P
 
P
H
 
K
G
 
A
Y
 
M
V
 
S
R
 
E
L
 
V
H
 
C
R
 
A
A
 
V
A
 
A
R
 
I
E
 
A
G
 
K
D
 
D
H
 
E
A
 
Q
T
 
Q
A
 
A
A
 
K
A
 
T
E
 
L
Q
 
N
D
 
N
R
 
K
L
 
I
A
 
A
R
 
N
L
 
L
F
 
H
R
 
N
I
 
I
T
 
L
T
 
-
V
 
-
A
 
-
D
 
-
R
 
-
S
 
-
R
 
-
V
 
-
G
 
-
F
 
F
T
 
C
A
 
E
G
 
S
A
 
N
L
 
P
G
 
I
A
 
P
F
 
V
K
 
K
T
 
W
A
 
A
L
 
L
A
 
H
V
 
E
R
 
M
G
 
G
V
 
L
I
 
I
A
 
-
H
 
D
P
 
T
A
 
G
T
 
I
N
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
L
R
 
T
P
 
P
L
 
L
D
 
A
D
 
E
D
 
Q
E
 
Y
A
 
R
R
 
E
G
 
P
I
 
L
A
 
R
A
 
N
M
 
A
L
 
L
D
 
K
E
 
D
A
 
A
G
 
G
L
 
I

3tdfA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with 2-ketobutanoic acid at 1.99 a resolution
26% identity, 95% coverage: 11:306/312 of query aligns to 3:290/291 of 3tdfA

query
sites
3tdfA
H
 
Q
G
 
G
V
 
S
V
 
I
P
 
V
P
x
A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
L
 
M
D
 
L
E
 
K
H
 
D
G
 
G
E
 
G
V
 
V
D
 
D
R
 
W
A
 
K
S
 
S
L
 
L
E
 
E
R
 
K
L
 
L
V
 
V
S
 
E
F
 
W
Q
 
H
L
 
I
D
 
E
A
 
Q
G
 
G
V
 
T
D
 
N
G
 
S
V
 
I
F
 
V
V
 
A
G
 
V
G
 
G
S
x
T
S
x
T
G
 
G
E
 
E
I
 
A
A
 
S
L
 
T
L
 
L
D
 
S
T
 
M
A
 
E
Q
 
E
R
 
H
R
 
T
A
 
Q
A
 
V
V
 
I
E
 
K
V
 
E
V
 
I
V
 
I
R
 
R
T
 
V
V
 
A
A
 
N
G
 
K
A
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
I
L
 
I
A
 
A
G
 
G
T
 
T
I
 
G
D
 
A
T
 
N
G
 
S
T
 
T
R
 
R
R
 
E
V
 
A
V
 
I
E
 
E
H
 
L
A
 
T
R
 
K
Q
 
A
A
 
A
T
 
K
E
 
D
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
A
V
 
L
V
 
L
T
 
V
A
 
T
P
 
P
F
 
Y
Y
|
Y
V
 
N
R
 
K
P
 
P
G
 
T
A
 
Q
A
 
E
E
 
G
I
 
L
V
 
Y
D
 
Q
H
 
H
F
 
Y
R
 
K
Y
 
A
V
 
I
H
 
A
A
 
E
A
 
A
V
 
V
D
 
E
V
 
L
P
 
P
V
 
L
V
 
I
A
 
L
Y
|
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
S
 
G
A
x
R
T
 
T
H
 
G
V
 
V
A
 
D
L
 
L
T
 
S
P
 
N
D
 
D
I
 
T
V
 
A
A
 
V
E
 
R
L
 
L
A
 
A
A
 
E
E
 
I
D
 
P
L
 
N
V
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
I
K
|
K
D
 
D
S
 
A
S
 
T
G
 
G
D
 
D
L
 
V
A
 
P
A
 
R
F
 
G
R
 
K
E
 
A
I
 
L
L
 
I
R
 
D
-
 
A
-
 
L
R
 
N
T
 
G
E
 
K
L
 
M
P
 
A
A
 
V
L
 
Y
T
 
S
G
 
G
S
 
D
E
 
D
L
 
E
F
 
T
A
 
A
D
 
W
T
 
E
A
 
L
V
 
M
Q
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
G
I
 
N
V
x
I
P
 
S
G
 
V
L
 
T
G
 
A
N
 
N
V
 
I
D
 
A
P
 
P
H
 
K
G
 
A
Y
 
M
V
 
S
R
 
E
L
 
V
H
 
C
R
 
A
A
 
V
A
 
A
R
 
I
E
 
A
G
 
K
D
 
D
H
 
E
A
 
Q
T
 
Q
A
 
A
A
 
K
A
 
T
E
 
L
Q
 
N
D
 
N
R
 
K
L
 
I
A
 
A
R
 
N
L
 
L
F
 
H
R
 
N
I
 
I
T
 
L
T
 
-
V
 
-
A
 
-
D
 
-
R
 
-
S
 
-
R
 
-
V
 
-
G
 
-
F
 
F
T
 
C
A
 
E
G
 
S
A
 
N
L
 
P
G
 
I
A
 
P
F
 
V
K
 
K
T
 
W
A
 
A
L
 
L
A
 
H
V
 
E
R
 
M
G
 
G
V
 
L
I
 
I
A
 
-
H
 
D
P
 
T
A
 
G
T
 
I
N
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
L
R
 
T
P
 
P
L
 
L
D
 
A
D
 
E
D
 
Q
E
 
Y
A
 
R
R
 
E
G
 
P
I
 
L
A
 
R
A
 
N
M
 
A
L
 
L
D
 
K
E
 
D
A
 
A
G
 
G
L
 
I

3tceA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with 5-hydroxylysine at 2.6 a resolution
26% identity, 95% coverage: 11:306/312 of query aligns to 3:290/291 of 3tceA

query
sites
3tceA
H
 
Q
G
 
G
V
 
S
V
 
I
P
 
V
P
 
A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
L
 
M
D
 
L
E
 
K
H
 
D
G
 
G
E
 
G
V
 
V
D
 
D
R
 
W
A
 
K
S
 
S
L
 
L
E
 
E
R
 
K
L
 
L
V
 
V
S
 
E
F
 
W
Q
 
H
L
 
I
D
 
E
A
 
Q
G
 
G
V
 
T
D
 
N
G
 
S
V
 
I
F
 
V
V
 
A
G
 
V
G
 
G
S
x
T
S
 
T
G
 
G
E
 
E
I
 
A
A
x
S
L
 
T
L
|
L
D
 
S
T
 
M
A
 
E
Q
 
E
R
x
H
R
 
T
A
 
Q
A
 
V
V
 
I
E
 
K
V
 
E
V
 
I
V
 
I
R
 
R
T
 
V
V
 
A
A
 
N
G
 
K
A
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
I
L
 
I
A
 
A
G
 
G
T
 
T
I
 
G
D
 
A
T
 
N
G
 
S
T
 
T
R
 
R
R
 
E
V
 
A
V
 
I
E
 
E
H
 
L
A
 
T
R
 
K
Q
 
A
A
 
A
T
 
K
E
 
D
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
A
V
 
L
V
 
L
T
 
V
A
 
T
P
 
P
F
x
Y
Y
|
Y
V
 
N
R
 
K
P
 
P
G
 
T
A
 
Q
A
 
E
E
 
G
I
 
L
V
 
Y
D
 
Q
H
 
H
F
 
Y
R
 
K
Y
 
A
V
 
I
H
 
A
A
 
E
A
 
A
V
 
V
D
 
E
V
 
L
P
 
P
V
 
L
V
 
I
A
 
L
Y
|
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
S
 
G
A
x
R
T
 
T
H
 
G
V
 
V
A
 
D
L
 
L
T
 
S
P
 
N
D
 
D
I
 
T
V
 
A
A
 
V
E
 
R
L
 
L
A
 
A
A
 
E
E
 
I
D
 
P
L
 
N
V
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
I
K
|
K
D
 
D
S
 
A
S
 
T
G
 
G
D
 
D
L
 
V
A
 
P
A
 
R
F
 
G
R
 
K
E
 
A
I
 
L
L
 
I
R
 
D
-
 
A
-
 
L
R
 
N
T
 
G
E
 
K
L
 
M
P
 
A
A
 
V
L
 
Y
T
 
S
G
 
G
S
 
D
E
 
D
L
 
E
F
 
T
A
 
A
D
 
W
T
 
E
A
 
L
V
 
M
Q
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
G
I
 
N
V
x
I
P
 
S
G
 
V
L
 
T
G
 
A
N
 
N
V
 
I
D
 
A
P
 
P
H
 
K
G
 
A
Y
 
M
V
 
S
R
 
E
L
 
V
H
 
C
R
 
A
A
 
V
A
 
A
R
 
I
E
 
A
G
 
K
D
 
D
H
 
E
A
 
Q
T
 
Q
A
 
A
A
 
K
A
 
T
E
 
L
Q
 
N
D
 
N
R
 
K
L
 
I
A
 
A
R
 
N
L
 
L
F
 
H
R
 
N
I
 
I
T
 
L
T
 
-
V
 
-
A
 
-
D
 
-
R
 
-
S
 
-
R
 
-
V
 
-
G
 
-
F
 
F
T
 
C
A
 
E
G
 
S
A
 
N
L
 
P
G
 
I
A
 
P
F
 
V
K
 
K
T
 
W
A
 
A
L
 
L
A
 
H
V
 
E
R
 
M
G
 
G
V
 
L
I
 
I
A
 
-
H
 
D
P
 
T
A
 
G
T
 
I
N
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
L
R
 
T
P
 
P
L
 
L
D
 
A
D
 
E
D
 
Q
E
 
Y
A
 
R
R
 
E
G
 
P
I
 
L
A
 
R
A
 
N
M
 
A
L
 
L
D
 
K
E
 
D
A
 
A
G
 
G
L
 
I

3rk8A Crystal structure of the chloride inhibited dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii complexed with pyruvate at 1.8 a resolution
26% identity, 95% coverage: 11:306/312 of query aligns to 3:290/291 of 3rk8A

query
sites
3rk8A
H
 
Q
G
 
G
V
 
S
V
 
I
P
 
V
P
 
A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
L
 
M
D
 
L
E
 
K
H
 
D
G
 
G
E
 
G
V
 
V
D
 
D
R
 
W
A
 
K
S
 
S
L
 
L
E
 
E
R
 
K
L
 
L
V
 
V
S
 
E
F
 
W
Q
 
H
L
 
I
D
 
E
A
 
Q
G
 
G
V
 
T
D
 
N
G
 
S
V
 
I
F
 
V
V
 
A
G
 
V
G
 
G
S
x
T
S
 
T
G
 
G
E
 
E
I
 
A
A
 
S
L
 
T
L
 
L
D
 
S
T
 
M
A
 
E
Q
 
E
R
 
H
R
 
T
A
 
Q
A
 
V
V
 
I
E
 
K
V
 
E
V
 
I
V
 
I
R
 
R
T
 
V
V
 
A
A
 
N
G
 
K
A
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
I
L
 
I
A
 
A
G
 
G
T
 
T
I
 
G
D
 
A
T
 
N
G
 
S
T
 
T
R
 
R
R
 
E
V
 
A
V
 
I
E
 
E
H
 
L
A
 
T
R
 
K
Q
 
A
A
 
A
T
 
K
E
 
D
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
A
V
 
L
V
 
L
T
 
V
A
 
T
P
 
P
F
 
Y
Y
|
Y
V
 
N
R
 
K
P
 
P
G
 
T
A
 
Q
A
 
E
E
 
G
I
 
L
V
 
Y
D
 
Q
H
 
H
F
 
Y
R
 
K
Y
 
A
V
 
I
H
 
A
A
 
E
A
 
A
V
 
V
D
 
E
V
 
L
P
 
P
V
 
L
V
 
I
A
 
L
Y
|
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
S
 
G
A
x
R
T
 
T
H
 
G
V
 
V
A
 
D
L
 
L
T
 
S
P
 
N
D
 
D
I
 
T
V
 
A
A
 
V
E
 
R
L
 
L
A
 
A
A
 
E
E
 
I
D
 
P
L
 
N
V
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
I
K
|
K
D
 
D
S
 
A
S
 
T
G
 
G
D
 
D
L
 
V
A
 
P
A
 
R
F
 
G
R
 
K
E
 
A
I
 
L
L
 
I
R
 
D
-
 
A
-
 
L
R
 
N
T
 
G
E
 
K
L
 
M
P
 
A
A
 
V
L
 
Y
T
 
S
G
|
G
S
 
D
E
 
D
L
 
E
F
 
T
A
 
A
D
 
W
T
 
E
A
 
L
V
 
M
Q
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
G
I
 
N
V
x
I
P
 
S
G
 
V
L
 
T
G
 
A
N
 
N
V
 
I
D
 
A
P
 
P
H
 
K
G
 
A
Y
 
M
V
 
S
R
 
E
L
 
V
H
 
C
R
 
A
A
 
V
A
 
A
R
 
I
E
 
A
G
 
K
D
 
D
H
 
E
A
 
Q
T
 
Q
A
 
A
A
 
K
A
 
T
E
 
L
Q
 
N
D
 
N
R
 
K
L
 
I
A
 
A
R
 
N
L
 
L
F
 
H
R
 
N
I
 
I
T
 
L
T
 
-
V
 
-
A
 
-
D
 
-
R
 
-
S
 
-
R
 
-
V
 
-
G
 
-
F
|
F
T
 
C
A
 
E
G
 
S
A
 
N
L
 
P
G
 
I
A
 
P
F
 
V
K
 
K
T
 
W
A
 
A
L
 
L
A
 
H
V
 
E
R
 
M
G
 
G
V
 
L
I
 
I
A
 
-
H
 
D
P
 
T
A
 
G
T
 
I
N
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
L
R
 
T
P
 
P
L
 
L
D
 
A
D
 
E
D
 
Q
E
 
Y
A
 
R
R
 
E
G
 
P
I
 
L
A
 
R
A
 
N
M
 
A
L
 
L
D
 
K
E
 
D
A
 
A
G
 
G
L
 
I

3pueB Crystal structure of the complex of dhydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with lysine at 2.6a resolution
26% identity, 95% coverage: 11:306/312 of query aligns to 3:290/291 of 3pueB

query
sites
3pueB
H
 
Q
G
 
G
V
 
S
V
 
I
P
 
V
P
 
A
L
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
L
 
M
D
 
L
E
 
K
H
 
D
G
 
G
E
 
G
V
 
V
D
 
D
R
 
W
A
 
K
S
 
S
L
 
L
E
 
E
R
 
K
L
 
L
V
 
V
S
 
E
F
 
W
Q
 
H
L
 
I
D
 
E
A
 
Q
G
 
G
V
 
T
D
 
N
G
 
S
V
 
I
F
 
V
V
 
A
G
 
V
G
 
G
S
x
T
S
 
T
G
 
G
E
 
E
I
 
A
A
 
S
L
 
T
L
 
L
D
 
S
T
 
M
A
 
E
Q
 
E
R
 
H
R
 
T
A
 
Q
A
 
V
V
 
I
E
 
K
V
 
E
V
 
I
V
 
I
R
 
R
T
 
V
V
 
A
A
 
N
G
 
K
A
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
I
L
 
I
A
 
A
G
 
G
T
 
T
I
 
G
D
 
A
T
 
N
G
 
S
T
 
T
R
 
R
R
 
E
V
 
A
V
 
I
E
 
E
H
 
L
A
 
T
R
 
K
Q
 
A
A
 
A
T
 
K
E
 
D
L
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
A
V
 
L
V
 
L
T
 
V
A
 
T
P
 
P
F
 
Y
Y
|
Y
V
 
N
R
 
K
P
 
P
G
 
T
A
 
Q
A
 
E
E
 
G
I
 
L
V
 
Y
D
 
Q
H
 
H
F
 
Y
R
 
K
Y
 
A
V
 
I
H
 
A
A
 
E
A
 
A
V
 
V
D
 
E
V
 
L
P
 
P
V
 
L
V
 
I
A
 
L
Y
|
Y
D
 
N
I
 
V
P
 
P
S
 
G
A
x
R
T
 
T
H
 
G
V
 
V
A
 
D
L
 
L
T
 
S
P
 
N
D
 
D
I
 
T
V
 
A
A
 
V
E
 
R
L
 
L
A
 
A
A
 
E
E
 
I
D
 
P
L
 
N
V
 
I
V
 
V
A
 
G
L
 
I
K
|
K
D
 
D
S
 
A
S
 
T
G
 
G
D
 
D
L
 
V
A
 
P
A
 
R
F
 
G
R
 
K
E
 
A
I
 
L
L
 
I
R
 
D
-
 
A
-
 
L
R
 
N
T
 
G
E
 
K
L
 
M
P
 
A
A
 
V
L
 
Y
T
 
S
G
 
G
S
 
D
E
 
D
L
 
E
F
 
T
A
 
A
D
 
W
T
 
E
A
 
L
V
 
M
Q
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
D
G
 
G
I
 
N
V
x
I
P
 
S
G
 
V
L
 
T
G
 
A
N
 
N
V
 
I
D
 
A
P
 
P
H
 
K
G
 
A
Y
 
M
V
 
S
R
 
E
L
 
V
H
 
C
R
 
A
A
 
V
A
 
A
R
 
I
E
 
A
G
 
K
D
 
D
H
 
E
A
 
Q
T
 
Q
A
 
A
A
 
K
A
 
T
E
 
L
Q
 
N
D
 
N
R
 
K
L
 
I
A
 
A
R
 
N
L
 
L
F
 
H
R
 
N
I
 
I
T
 
L
T
 
-
V
 
-
A
 
-
D
 
-
R
 
-
S
 
-
R
 
-
V
 
-
G
 
-
F
|
F
T
 
C
A
 
E
G
 
S
A
x
N
L
 
P
G
 
I
A
 
P
F
 
V
K
 
K
T
 
W
A
 
A
L
 
L
A
 
H
V
 
E
R
 
M
G
 
G
V
 
L
I
 
I
A
 
-
H
 
D
P
 
T
A
 
G
T
 
I
N
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
L
R
 
T
P
 
P
L
 
L
D
 
A
D
 
E
D
 
Q
E
 
Y
A
 
R
R
 
E
G
 
P
I
 
L
A
 
R
A
 
N
M
 
A
L
 
L
D
 
K
E
 
D
A
 
A
G
 
G
L
 
I

4ptnA Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein in complex with magnesium cation coordinated l-glyceraldehyde (see paper)
31% identity, 75% coverage: 12:245/312 of query aligns to 5:244/298 of 4ptnA

query
sites
4ptnA
G
 
G
V
 
I
V
 
I
P
 
P
P
|
P
L
 
V
V
 
S
T
 
T
P
 
I
L
 
F
D
 
T
E
 
A
H
 
D
G
 
G
E
 
Q
V
 
L
D
 
D
R
 
K
A
 
P
S
 
G
L
 
T
E
 
A
R
 
A
L
 
L
V
 
I
S
 
D
F
 
D
Q
 
L
L
 
I
D
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
G
 
G
V
 
L
F
 
F
V
 
F
G
 
L
G
 
G
S
|
S
S
x
G
G
 
G
E
 
E
I
 
F
A
 
S
L
 
Q
L
 
L
D
 
G
T
 
A
A
 
E
Q
 
E
R
 
R
R
 
K
A
 
A
A
 
I
V
 
A
E
 
R
V
 
F
V
 
A
V
 
I
R
 
D
T
 
H
V
 
V
A
 
D
G
 
R
A
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
L
A
 
I
G
 
G
T
 
T
I
 
G
D
 
G
T
 
T
G
 
N
T
 
A
R
 
R
R
 
E
V
 
T
V
 
I
E
 
E
H
 
L
A
 
S
R
 
Q
Q
 
H
A
 
A
T
 
Q
E
 
Q
L
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
A
 
G
V
 
I
V
 
V
V
 
V
T
 
I
A
 
N
P
 
P
F
 
Y
Y
|
Y
V
 
W
R
 
K
P
 
V
G
 
S
A
 
E
A
 
A
E
 
N
I
 
L
V
 
I
D
 
R
H
 
Y
F
 
F
R
 
E
Y
 
Q
V
 
V
H
 
A
A
 
D
A
 
S
V
 
V
D
 
T
V
 
L
P
 
P
V
 
V
V
 
M
A
 
L
Y
|
Y
D
 
N
I
 
F
P
 
P
S
 
A
A
x
L
T
 
T
H
 
G
V
 
Q
A
 
D
L
 
L
T
 
T
P
 
P
D
 
A
I
 
L
V
 
V
A
 
K
E
 
T
L
 
L
A
 
A
-
 
D
A
 
S
E
 
R
D
 
S
L
 
N
V
 
I
V
 
I
A
 
G
L
 
I
K
|
K
D
 
D
S
 
T
S
 
I
G
 
D
D
 
S
L
 
V
A
 
A
A
 
H
F
 
L
R
 
R
E
 
S
I
 
M
L
 
I
R
 
H
R
 
T
T
 
V
E
 
K
-
 
G
-
 
A
-
 
H
-
 
P
-
 
H
L
 
F
P
 
T
A
 
V
L
 
L
T
 
C
G
|
G
S
x
Y
E
 
D
L
 
D
F
 
H
A
 
L
D
 
F
T
 
N
A
 
T
V
 
L
Q
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
G
A
 
D
G
 
G
I
 
A
V
x
I
P
 
S
G
x
A
L
 
S
G
 
G
N
 
N
V
 
F
D
 
A
P
 
P
H
 
Q
G
 
V
Y
 
S
V
 
V
R
 
N
L
 
L
H
 
L
R
 
K
A
 
A
A
 
W
R
 
R
E
 
D
G
 
G
D
 
D
H
 
V
A
 
A
T
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
G
E
 
Y
Q
 
H
D
 
Q
R
 
T
L
 
L
A
 
L
R
 
Q
L
 
I

4onvA Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein in complex with 2- keto-3-deoxy gluconate
31% identity, 75% coverage: 12:245/312 of query aligns to 5:244/298 of 4onvA

query
sites
4onvA
G
 
G
V
 
I
V
 
I
P
 
P
P
|
P
L
 
V
V
 
S
T
 
T
P
 
I
L
 
F
D
 
T
E
 
A
H
 
D
G
 
G
E
 
Q
V
 
L
D
 
D
R
 
K
A
 
P
S
 
G
L
 
T
E
 
A
R
 
A
L
 
L
V
 
I
S
 
D
F
 
D
Q
 
L
L
 
I
D
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
G
 
G
V
 
L
F
|
F
V
 
F
G
 
L
G
|
G
S
|
S
S
 
G
G
 
G
E
 
E
I
 
F
A
 
S
L
 
Q
L
 
L
D
 
G
T
 
A
A
 
E
Q
 
E
R
 
R
R
 
K
A
 
A
A
 
I
V
 
A
E
 
R
V
 
F
V
 
A
V
 
I
R
 
D
T
 
H
V
 
V
A
 
D
G
 
R
A
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
L
A
 
I
G
 
G
T
 
T
I
 
G
D
 
G
T
 
T
G
 
N
T
 
A
R
 
R
R
 
E
V
 
T
V
 
I
E
 
E
H
 
L
A
 
S
R
 
Q
Q
 
H
A
 
A
T
 
Q
E
 
Q
L
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
A
 
G
V
 
I
V
 
V
V
 
V
T
 
I
A
 
N
P
 
P
F
 
Y
Y
|
Y
V
 
W
R
 
K
P
 
V
G
 
S
A
 
E
A
 
A
E
 
N
I
 
L
V
 
I
D
 
R
H
 
Y
F
 
F
R
 
E
Y
 
Q
V
 
V
H
 
A
A
 
D
A
 
S
V
 
V
D
 
T
V
 
L
P
 
P
V
 
V
V
 
M
A
 
L
Y
|
Y
D
 
N
I
 
F
P
 
P
S
 
A
A
x
L
T
 
T
H
 
G
V
 
Q
A
 
D
L
 
L
T
 
T
P
 
P
D
 
A
I
 
L
V
 
V
A
 
K
E
 
T
L
 
L
A
 
A
-
 
D
A
 
S
E
 
R
D
 
S
L
 
N
V
 
I
V
 
I
A
 
G
L
 
I
K
|
K
D
 
D
S
 
T
S
 
I
G
 
D
D
 
S
L
 
V
A
 
A
A
 
H
F
 
L
R
 
R
E
 
S
I
 
M
L
 
I
R
 
H
R
 
T
T
 
V
E
 
K
-
 
G
-
 
A
-
 
H
-
 
P
-
 
H
L
 
F
P
 
T
A
 
V
L
 
L
T
 
C
G
|
G
S
x
Y
E
 
D
L
 
D
F
 
H
A
 
L
D
 
F
T
 
N
A
 
T
V
 
L
Q
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
G
A
 
D
G
 
G
I
 
A
V
x
I
P
x
S
G
 
A
L
 
S
G
 
G
N
 
N
V
 
F
D
 
A
P
 
P
H
 
Q
G
 
V
Y
 
S
V
 
V
R
 
N
L
 
L
H
 
L
R
 
K
A
 
A
A
 
W
R
 
R
E
 
D
G
 
G
D
 
D
H
 
V
A
 
A
T
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
G
E
 
Y
Q
 
H
D
 
Q
R
 
T
L
 
L
A
 
L
R
 
Q
L
 
I

4oe7D Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein, in complex with aldol condensed product of pyruvate and glyoxal
31% identity, 75% coverage: 12:245/312 of query aligns to 5:244/298 of 4oe7D

query
sites
4oe7D
G
 
G
V
 
I
V
 
I
P
 
P
P
|
P
L
 
V
V
 
S
T
 
T
P
 
I
L
 
F
D
 
T
E
 
A
H
 
D
G
 
G
E
 
Q
V
 
L
D
 
D
R
 
K
A
 
P
S
 
G
L
 
T
E
 
A
R
 
A
L
 
L
V
 
I
S
 
D
F
 
D
Q
 
L
L
 
I
D
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
G
 
G
V
 
L
F
 
F
V
 
F
G
 
L
G
|
G
S
|
S
S
x
G
G
 
G
E
 
E
I
 
F
A
 
S
L
 
Q
L
 
L
D
 
G
T
 
A
A
 
E
Q
 
E
R
 
R
R
 
K
A
 
A
A
 
I
V
 
A
E
 
R
V
 
F
V
 
A
V
 
I
R
 
D
T
 
H
V
 
V
A
 
D
G
 
R
A
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
L
A
 
I
G
 
G
T
 
T
I
 
G
D
 
G
T
 
T
G
 
N
T
 
A
R
 
R
R
 
E
V
 
T
V
 
I
E
 
E
H
 
L
A
 
S
R
 
Q
Q
 
H
A
 
A
T
 
Q
E
 
Q
L
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
A
 
G
V
 
I
V
 
V
V
 
V
T
 
I
A
 
N
P
 
P
F
 
Y
Y
|
Y
V
 
W
R
 
K
P
 
V
G
 
S
A
 
E
A
 
A
E
 
N
I
 
L
V
 
I
D
 
R
H
 
Y
F
 
F
R
 
E
Y
 
Q
V
 
V
H
 
A
A
 
D
A
 
S
V
 
V
D
 
T
V
 
L
P
 
P
V
 
V
V
 
M
A
 
L
Y
|
Y
D
 
N
I
x
F
P
 
P
S
 
A
A
x
L
T
 
T
H
 
G
V
 
Q
A
 
D
L
 
L
T
 
T
P
 
P
D
 
A
I
 
L
V
 
V
A
 
K
E
 
T
L
 
L
A
 
A
-
 
D
A
 
S
E
 
R
D
 
S
L
 
N
V
 
I
V
 
I
A
 
G
L
 
I
K
|
K
D
 
D
S
x
T
S
 
I
G
 
D
D
 
S
L
 
V
A
 
A
A
 
H
F
 
L
R
 
R
E
 
S
I
 
M
L
 
I
R
 
H
R
 
T
T
 
V
E
 
K
-
 
G
-
 
A
-
 
H
-
 
P
-
 
H
L
 
F
P
 
T
A
 
V
L
 
L
T
 
C
G
|
G
S
 
Y
E
 
D
L
 
D
F
 
H
A
 
L
D
 
F
T
 
N
A
 
T
V
 
L
Q
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
G
A
 
D
G
 
G
I
 
A
V
x
I
P
 
S
G
 
A
L
 
S
G
 
G
N
 
N
V
 
F
D
 
A
P
 
P
H
 
Q
G
 
V
Y
 
S
V
 
V
R
 
N
L
 
L
H
 
L
R
 
K
A
 
A
A
 
W
R
 
R
E
 
D
G
 
G
D
 
D
H
 
V
A
 
A
T
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
G
E
 
Y
Q
 
H
D
 
Q
R
 
T
L
 
L
A
 
L
R
 
Q
L
 
I

4oe7B Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein, in complex with aldol condensed product of pyruvate and glyoxal
31% identity, 75% coverage: 12:245/312 of query aligns to 5:244/298 of 4oe7B

query
sites
4oe7B
G
 
G
V
 
I
V
 
I
P
 
P
P
|
P
L
 
V
V
 
S
T
 
T
P
 
I
L
 
F
D
 
T
E
 
A
H
 
D
G
 
G
E
 
Q
V
 
L
D
 
D
R
 
K
A
 
P
S
 
G
L
 
T
E
 
A
R
 
A
L
 
L
V
 
I
S
 
D
F
 
D
Q
 
L
L
 
I
D
 
K
A
 
A
G
 
G
V
 
V
D
 
D
G
 
G
V
 
L
F
 
F
V
 
F
G
 
L
G
|
G
S
|
S
S
x
G
G
 
G
E
 
E
I
 
F
A
 
S
L
 
Q
L
 
L
D
 
G
T
 
A
A
 
E
Q
 
E
R
 
R
R
 
K
A
 
A
A
 
I
V
 
A
E
 
R
V
 
F
V
 
A
V
 
I
R
 
D
T
 
H
V
 
V
A
 
D
G
 
R
A
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
L
A
 
I
G
 
G
T
 
T
I
 
G
D
 
G
T
 
T
G
 
N
T
 
A
R
 
R
R
 
E
V
 
T
V
 
I
E
 
E
H
 
L
A
 
S
R
 
Q
Q
 
H
A
 
A
T
 
Q
E
 
Q
L
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
A
 
G
V
 
I
V
 
V
V
 
V
T
 
I
A
 
N
P
 
P
F
 
Y
Y
|
Y
V
 
W
R
 
K
P
 
V
G
 
S
A
 
E
A
 
A
E
 
N
I
 
L
V
 
I
D
 
R
H
 
Y
F
 
F
R
 
E
Y
 
Q
V
 
V
H
 
A
A
 
D
A
 
S
V
 
V
D
 
T
V
 
L
P
 
P
V
 
V
V
 
M
A
 
L
Y
|
Y
D
 
N
I
x
F
P
 
P
S
 
A
A
x
L
T
 
T
H
 
G
V
 
Q
A
 
D
L
 
L
T
 
T
P
 
P
D
 
A
I
 
L
V
 
V
A
 
K
E
 
T
L
 
L
A
 
A
-
 
D
A
 
S
E
 
R
D
 
S
L
 
N
V
 
I
V
 
I
A
 
G
L
 
I
K
|
K
D
 
D
S
x
T
S
 
I
G
 
D
D
 
S
L
 
V
A
 
A
A
 
H
F
 
L
R
 
R
E
 
S
I
 
M
L
 
I
R
 
H
R
 
T
T
 
V
E
 
K
-
 
G
-
 
A
-
 
H
-
 
P
-
 
H
L
 
F
P
 
T
A
 
V
L
 
L
T
 
C
G
|
G
S
 
Y
E
 
D
L
 
D
F
 
H
A
 
L
D
 
F
T
 
N
A
 
T
V
 
L
Q
 
L
V
 
L
G
 
G
A
 
G
A
 
D
G
 
G
I
 
A
V
x
I
P
 
S
G
 
A
L
 
S
G
 
G
N
 
N
V
 
F
D
 
A
P
 
P
H
 
Q
G
 
V
Y
 
S
V
 
V
R
 
N
L
 
L
H
 
L
R
 
K
A
 
A
A
 
W
R
 
R
E
 
D
G
 
G
D
 
D
H
 
V
A
 
A
T
 
K
A
 
A
A
 
A
A
 
G
E
 
Y
Q
 
H
D
 
Q
R
 
T
L
 
L
A
 
L
R
 
Q
L
 
I

Query Sequence

>WP_005454916.1 NCBI__GCF_000244975.1:WP_005454916.1
MVPDPATRPPHGVVPPLVTPLDEHGEVDRASLERLVSFQLDAGVDGVFVGGSSGEIALLD
TAQRRAAVEVVVRTVAGAVPVLAGTIDTGTRRVVEHARQATELGADAVVVTAPFYVRPGA
AEIVDHFRYVHAAVDVPVVAYDIPSATHVALTPDIVAELAAEDLVVALKDSSGDLAAFRE
ILRRTELPALTGSELFADTAVQVGAAGIVPGLGNVDPHGYVRLHRAAREGDHATAAAEQD
RLARLFRITTVADRSRVGFTAGALGAFKTALAVRGVIAHPATNLPLRPLDDDEARGIAAM
LDEAGLGPVRAN

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory