SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_005456121.1 NCBI__GCF_000244975.1:WP_005456121.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6cfoB Human pyruvate dehydrogenase e1 component complex with covalent tdp adduct acetyl phosphinate (see paper)
46% identity, 97% coverage: 4:324/330 of query aligns to 4:328/330 of 6cfoB

query
sites
6cfoB
I
 
V
S
 
T
Y
 
V
R
 
R
E
 
D
A
 
A
L
 
I
R
 
N
N
 
Q
T
 
G
L
 
M
R
 
D
E
 
E
E
 
E
L
 
L
R
 
E
R
 
R
D
 
D
D
 
E
D
 
K
V
 
V
L
 
F
L
 
L
I
 
L
G
 
G
E
|
E
E
 
E
I
 
V
G
 
A
V
 
Q
F
 
Y
G
 
D
G
 
G
S
 
A
Y
 
Y
K
 
K
I
 
V
T
 
S
S
 
R
G
 
G
L
 
L
L
 
W
E
 
K
E
 
K
F
 
Y
G
 
G
E
 
D
K
 
K
R
 
R
V
 
I
R
 
I
D
 
D
T
 
T
P
 
P
I
|
I
A
 
S
E
|
E
E
 
M
G
 
G
F
 
F
V
 
A
G
 
G
A
 
I
A
 
A
V
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
A
M
 
M
L
 
A
G
 
G
L
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
I
V
 
C
E
 
E
I
 
F
M
 
M
T
 
T
I
 
F
N
 
N
F
|
F
S
 
S
L
 
M
L
x
Q
A
 
A
L
 
I
D
 
D
Q
 
Q
I
 
V
V
 
I
N
 
N
H
 
S
A
 
A
A
 
A
K
 
K
I
 
T
Y
 
Y
G
 
Y
M
 
M
F
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
L
T
 
Q
S
 
P
V
 
V
P
 
P
M
 
I
V
 
V
I
 
F
R
 
R
T
 
G
P
 
P
G
 
N
G
 
G
G
 
A
G
 
S
Q
 
A
Q
 
G
L
 
V
G
 
A
A
 
A
T
 
Q
H
|
H
S
 
S
Q
 
Q
N
 
C
I
 
F
E
 
A
L
 
A
Y
 
W
Y
 
Y
A
 
G
F
 
H
V
 
C
P
 
P
G
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
V
V
 
V
A
 
S
P
 
P
S
 
W
T
 
N
P
 
S
A
 
E
D
 
D
A
 
A
R
 
K
A
 
G
L
 
L
L
 
I
L
 
K
A
 
S
A
 
A
V
 
I
R
 
R
D
 
D
D
 
N
D
 
N
P
 
P
V
 
V
L
 
V
F
 
V
L
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
E
A
 
L
L
 
M
Y
 
Y
N
 
G
T
 
V
K
 
P
G
 
F
E
 
E
V
 
F
P
 
P
D
 
P
D
 
E
L
 
A
G
 
Q
P
 
S
A
 
K
E
 
D
-
 
F
-
 
L
-
 
I
-
 
P
I
 
I
G
 
G
R
 
K
A
 
A
A
 
K
V
 
I
V
 
E
R
 
R
E
 
Q
G
 
G
T
 
T
D
 
H
I
 
I
T
 
T
I
 
V
V
 
V
G
 
S
Y
 
H
S
 
S
R
 
R
M
 
P
A
 
V
A
 
G
V
 
H
A
 
C
V
 
L
E
 
E
V
 
A
A
 
A
D
 
A
R
 
V
L
 
L
R
 
S
D
 
K
E
 
E
S
 
-
G
 
G
V
 
V
S
 
E
A
 
C
E
 
E
V
 
V
I
 
I
D
 
N
L
 
M
R
 
R
S
 
T
L
 
I
R
 
R
P
 
P
L
 
M
D
 
D
R
 
M
E
 
E
T
 
T
L
 
I
V
 
E
A
 
A
S
 
S
A
 
V
R
 
M
R
 
K
T
 
T
G
 
N
C
 
H
V
 
L
V
 
V
V
 
T
A
 
V
E
 
E
D
 
G
D
 
G
W
 
W
L
 
P
T
 
Q
Y
 
F
G
 
G
V
 
V
G
 
G
A
 
A
E
 
E
I
 
I
A
 
C
A
 
A
S
 
R
I
 
I
S
 
M
D
 
E
G
 
G
-
 
P
A
 
A
F
 
F
D
 
N
H
 
F
L
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
 
A
R
 
V
R
 
R
V
 
V
A
 
T
A
 
G
A
 
A
E
 
D
V
 
V
P
 
P
L
 
M
P
 
P
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
P
 
I
L
 
L
E
 
E
T
 
D
A
 
N
A
 
S
L
 
I
P
 
P
S
 
Q
A
 
V
E
 
K
S
 
D
L
 
I
H
 
I
T
 
F
A
 
A
V
 
I
L
 
K
E
 
K
T
 
T
L
 
L

6cerD Human pyruvate dehydrogenase complex e1 component v138m mutation (see paper)
46% identity, 97% coverage: 4:324/330 of query aligns to 5:329/331 of 6cerD

query
sites
6cerD
I
 
V
S
 
T
Y
 
V
R
 
R
E
 
D
A
 
A
L
 
I
R
 
N
N
 
Q
T
 
G
L
 
M
R
 
D
E
 
E
E
 
E
L
 
L
R
 
E
R
 
R
D
 
D
D
 
E
D
 
K
V
 
V
L
 
F
L
 
L
I
 
L
G
 
G
E
 
E
E
 
E
I
 
V
G
 
A
V
 
Q
F
 
Y
G
 
D
G
 
G
S
 
A
Y
 
Y
K
 
K
I
 
V
T
 
S
S
 
R
G
 
G
L
 
L
L
 
W
E
 
K
E
 
K
F
 
Y
G
 
G
E
 
D
K
 
K
R
 
R
V
 
I
R
 
I
D
 
D
T
 
T
P
 
P
I
|
I
A
 
S
E
|
E
E
 
M
G
 
G
F
 
F
V
 
A
G
 
G
A
 
I
A
 
A
V
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
A
M
 
M
L
 
A
G
 
G
L
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
I
V
 
C
E
 
E
I
 
F
M
|
M
T
 
T
I
 
F
N
 
N
F
|
F
S
 
S
L
 
M
L
 
Q
A
 
A
L
 
I
D
 
D
Q
 
Q
I
 
V
V
 
I
N
 
N
H
 
S
A
 
A
A
 
A
K
 
K
I
 
T
Y
 
Y
G
 
Y
M
 
M
F
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
L
T
 
Q
S
 
P
V
 
V
P
 
P
M
 
I
V
 
V
I
 
F
R
 
R
T
 
G
P
 
P
G
 
N
G
 
G
G
 
A
G
 
S
Q
 
A
Q
 
G
L
 
V
G
 
A
A
 
A
T
 
Q
H
|
H
S
 
S
Q
 
Q
N
 
C
I
 
F
E
 
A
L
 
A
Y
 
W
Y
 
Y
A
 
G
F
 
H
V
 
C
P
 
P
G
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
V
V
 
V
A
 
S
P
 
P
S
 
W
T
 
N
P
 
S
A
 
E
D
 
D
A
 
A
R
 
K
A
 
G
L
 
L
L
 
I
L
 
K
A
 
S
A
 
A
V
 
I
R
 
R
D
 
D
D
 
N
D
 
N
P
 
P
V
 
V
L
 
V
F
 
V
L
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
E
A
 
L
L
 
M
Y
 
Y
N
 
G
T
 
V
K
 
P
G
 
F
E
 
E
V
 
F
P
 
P
D
 
P
D
 
E
L
 
A
G
 
Q
P
 
S
A
 
K
E
 
D
-
 
F
-
 
L
-
 
I
-
 
P
I
 
I
G
 
G
R
 
K
A
 
A
A
 
K
V
 
I
V
 
E
R
 
R
E
 
Q
G
 
G
T
 
T
D
 
H
I
 
I
T
 
T
I
 
V
V
 
V
G
 
S
Y
 
H
S
 
S
R
 
R
M
 
P
A
 
V
A
 
G
V
 
H
A
 
C
V
 
L
E
 
E
V
 
A
A
 
A
D
 
A
R
 
V
L
 
L
R
 
S
D
 
K
E
 
E
S
 
-
G
 
G
V
 
V
S
 
E
A
 
C
E
 
E
V
 
V
I
 
I
D
 
N
L
 
M
R
 
R
S
 
T
L
 
I
R
 
R
P
 
P
L
 
M
D
 
D
R
 
M
E
 
E
T
 
T
L
 
I
V
 
E
A
 
A
S
 
S
A
 
V
R
 
M
R
 
K
T
 
T
G
 
N
C
 
H
V
 
L
V
 
V
V
 
T
A
 
V
E
 
E
D
 
G
D
 
G
W
 
W
L
 
P
T
 
Q
Y
 
F
G
 
G
V
 
V
G
 
G
A
 
A
E
 
E
I
 
I
A
 
C
A
 
A
S
 
R
I
 
I
S
 
M
D
 
E
G
 
G
-
 
P
A
 
A
F
 
F
D
 
N
H
 
F
L
 
L
D
 
D
A
 
A
P
 
P
V
 
A
R
 
V
R
 
R
V
 
V
A
 
T
A
 
G
A
 
A
E
 
D
V
 
V
P
 
P
L
 
M
P
 
P
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
P
 
I
L
 
L
E
 
E
T
 
D
A
 
N
A
 
S
L
 
I
P
 
P
S
 
Q
A
 
V
E
 
K
S
 
D
L
 
I
H
 
I
T
 
F
A
 
A
V
 
I
L
 
K
E
 
K
T
 
T
L
 
L

P11177 Pyruvate dehydrogenase E1 component subunit beta, mitochondrial; PDHE1-B; EC 1.2.4.1 from Homo sapiens (Human) (see 6 papers)
46% identity, 97% coverage: 4:324/330 of query aligns to 33:357/359 of P11177

query
sites
P11177
I
 
V
S
 
T
Y
 
V
R
 
R
E
 
D
A
 
A
L
 
I
R
 
N
N
 
Q
T
 
G
L
 
M
R
 
D
E
 
E
E
 
E
L
 
L
R
 
E
R
 
R
D
 
D
D
 
E
D
 
K
V
 
V
L
 
F
L
 
L
I
 
L
G
 
G
E
 
E
E
 
E
I
 
V
G
 
A
V
 
Q
F
 
Y
G
 
D
G
 
G
S
 
A
Y
 
Y
K
 
K
I
 
V
T
 
S
S
 
R
G
 
G
L
 
L
L
 
W
E
 
K
E
 
K
F
 
Y
G
 
G
E
 
D
K
 
K
R
 
R
V
 
I
R
 
I
D
 
D
T
 
T
P
 
P
I
 
I
A
 
S
E
|
E
E
 
M
G
 
G
F
 
F
V
 
A
G
 
G
A
 
I
A
 
A
V
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
A
M
 
M
L
 
A
G
 
G
L
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
I
V
 
C
E
 
E
I
 
F
M
 
M
T
 
T
I
 
F
N
 
N
F
 
F
S
 
S
L
 
M
L
 
Q
A
 
A
L
 
I
D
 
D
Q
 
Q
I
 
V
V
 
I
N
 
N
H
 
S
A
 
A
A
 
A
K
 
K
I
 
T
Y
 
Y
G
 
Y
M
 
M
F
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
L
T
 
Q
S
 
P
V
 
V
P
 
P
M
 
I
V
 
V
I
 
F
R
 
R
T
 
G
P
 
P
G
 
N
G
 
G
G
 
A
G
 
S
Q
 
A
Q
 
G
L
 
V
G
 
A
A
 
A
T
 
Q
H
 
H
S
 
S
Q
 
Q
N
 
C
I
 
F
E
 
A
L
 
A
Y
 
W
Y
 
Y
A
 
G
F
 
H
V
 
C
P
 
P
G
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
V
V
 
V
A
 
S
P
 
P
S
 
W
T
 
N
P
 
S
A
 
E
D
 
D
A
 
A
R
 
K
A
 
G
L
 
L
L
 
I
L
 
K
A
 
S
A
 
A
V
 
I
R
 
R
D
 
D
D
 
N
D
 
N
P
 
P
V
 
V
L
 
V
F
 
V
L
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
E
A
 
L
L
 
M
Y
 
Y
N
 
G
T
 
V
K
 
P
G
 
F
E
 
E
V
 
F
P
 
P
D
 
P
D
 
E
L
 
A
G
 
Q
P
 
S
A
 
K
E
 
D
-
 
F
-
 
L
-
 
I
-
 
P
I
 
I
G
 
G
R
 
K
A
 
A
A
 
K
V
 
I
V
 
E
R
 
R
E
 
Q
G
 
G
T
 
T
D
 
H
I
 
I
T
 
T
I
 
V
V
 
V
G
 
S
Y
 
H
S
 
S
R
 
R
M
 
P
A
 
V
A
 
G
V
 
H
A
 
C
V
 
L
E
 
E
V
 
A
A
 
A
D
 
A
R
 
V
L
 
L
R
 
S
D
 
K
E
|
E
S
 
-
G
 
G
V
 
V
S
x
E
A
 
C
E
|
E
V
 
V
I
 
I
D
 
N
L
 
M
R
 
R
S
 
T
L
 
I
R
 
R
P
 
P
L
 
M
D
 
D
R
 
M
E
 
E
T
 
T
L
 
I
V
 
E
A
 
A
S
 
S
A
 
V
R
 
M
R
 
K
T
 
T
G
 
N
C
 
H
V
 
L
V
 
V
V
 
T
A
 
V
E
 
E
D
 
G
D
 
G
W
 
W
L
 
P
T
 
Q
Y
 
F
G
 
G
V
 
V
G
 
G
A
 
A
E
 
E
I
 
I
A
 
C
A
 
A
S
 
R
I
 
I
S
 
M
D
 
E
G
 
G
-
 
P
A
 
A
F
 
F
D
 
N
H
 
F
L
 
L
D
|
D
A
 
A
P
 
P
V
 
A
R
 
V
R
 
R
V
 
V
A
 
T
A
 
G
A
 
A
E
 
D
V
 
V
P
 
P
L
 
M
P
 
P
Y
 
Y
A
 
A
K
 
K
P
 
I
L
 
L
E
 
E
T
 
D
A
 
N
A
 
S
L
 
I
P
 
P
S
 
Q
A
 
V
E
 
K
S
 
D
L
 
I
H
 
I
T
 
F
A
 
A
V
 
I
L
 
K
E
 
K
T
 
T
L
 
L

Sites not aligning to the query:

3dv0D Snapshots of catalysis in the e1 subunit of the pyruvate dehydrogenase multi-enzyme complex (see paper)
44% identity, 92% coverage: 8:312/330 of query aligns to 7:310/324 of 3dv0D

query
sites
3dv0D
E
 
Q
A
 
A
L
 
I
R
 
T
N
 
D
T
 
A
L
 
L
R
 
R
E
 
I
E
 
E
L
 
L
R
 
K
R
 
N
D
 
D
D
 
P
D
 
N
V
 
V
L
 
L
L
 
I
I
 
F
G
 
G
E
 
E
E
 
D
I
 
V
G
 
G
V
 
V
F
 
N
G
 
G
G
 
G
S
 
V
Y
 
F
K
 
R
I
 
A
T
 
T
S
 
E
G
 
G
L
 
L
L
 
Q
E
 
A
E
 
E
F
 
F
G
 
G
E
 
E
K
 
D
R
 
R
V
 
V
R
 
F
D
 
D
T
 
T
P
 
P
I
x
L
A
 
A
E
|
E
E
 
S
G
 
G
F
 
I
V
 
G
G
 
G
A
 
L
A
 
A
V
 
I
G
 
G
A
 
L
A
 
A
M
 
L
L
 
Q
G
 
G
L
 
F
R
 
R
P
 
P
I
 
V
V
 
P
E
 
E
I
 
I
M
 
Q
T
x
F
I
 
F
N
 
G
F
|
F
S
 
V
L
 
Y
L
x
E
A
 
V
L
 
M
D
 
D
Q
 
S
I
 
I
V
 
C
N
 
G
H
 
Q
A
 
M
A
 
A
K
 
R
I
 
I
Y
 
R
G
 
Y
M
 
R
F
 
T
G
 
G
G
 
G
Q
 
R
T
 
Y
S
 
H
V
 
M
P
 
P
M
 
I
V
 
T
I
 
I
R
 
R
T
 
S
P
 
P
G
 
F
G
 
G
G
 
G
G
 
G
Q
 
V
Q
 
H
L
 
T
G
 
P
A
 
E
T
 
L
H
|
H
S
 
S
Q
 
D
N
 
S
I
 
L
E
 
E
L
 
G
Y
 
L
Y
 
V
A
 
A
F
 
Q
V
 
Q
P
 
P
G
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
V
V
 
V
A
 
I
P
 
P
S
 
S
T
 
T
P
 
P
A
 
Y
D
 
D
A
 
A
R
 
K
A
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
I
A
 
S
A
 
A
V
 
I
R
 
R
D
 
D
D
 
N
D
 
D
P
 
P
V
 
V
L
 
I
F
 
F
L
 
L
E
 
E
N
 
H
L
 
L
A
 
K
L
 
L
Y
 
Y
N
 
R
T
 
S
-
 
F
K
 
R
G
 
Q
E
 
E
V
 
V
P
 
P
D
 
E
D
 
G
L
 
E
G
 
Y
P
 
T
A
 
I
E
 
P
I
 
I
G
 
G
R
 
K
A
 
A
A
 
D
V
 
I
V
 
K
R
 
R
E
 
E
G
 
G
T
 
K
D
 
D
I
 
I
T
 
T
I
 
I
V
 
I
G
 
A
Y
 
Y
S
 
G
R
 
A
M
 
M
A
 
V
A
 
H
V
 
E
A
 
S
V
 
L
E
 
K
V
 
A
A
 
A
D
 
A
R
 
E
L
 
L
R
 
E
D
 
K
E
 
E
S
 
-
G
 
G
V
 
I
S
 
S
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
V
D
 
D
L
 
L
R
 
R
S
 
T
L
 
V
R
 
Q
P
 
P
L
 
L
D
 
D
R
 
I
E
 
E
T
 
T
L
 
I
V
 
I
A
 
G
S
 
S
A
 
V
R
 
E
R
 
K
T
 
T
G
 
G
C
 
R
V
 
A
V
 
I
V
 
V
A
 
V
E
 
Q
D
 
E
D
 
A
W
 
Q
L
 
R
T
 
Q
Y
 
A
G
 
G
V
 
I
G
 
A
A
 
A
E
 
N
I
 
V
A
 
V
A
 
A
S
 
E
I
 
I
S
 
N
D
 
E
G
 
R
A
 
A
F
 
I
D
 
L
H
 
S
L
 
L
D
 
E
A
 
A
P
 
P
V
 
V
R
 
L
R
 
R
V
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
P
E
 
D
V
 
T
P
 
V
L
 
Y
P
 
P
Y
 
F
A
 
A
K
 
Q
P
 
A
L
 
-
E
 
E
T
 
S
A
 
V
A
 
W
L
 
L
P
 
P
S
 
N

3dv0B Snapshots of catalysis in the e1 subunit of the pyruvate dehydrogenase multi-enzyme complex (see paper)
44% identity, 92% coverage: 8:312/330 of query aligns to 7:310/324 of 3dv0B

query
sites
3dv0B
E
 
Q
A
 
A
L
 
I
R
 
T
N
 
D
T
 
A
L
 
L
R
 
R
E
 
I
E
 
E
L
 
L
R
 
K
R
 
N
D
 
D
D
 
P
D
 
N
V
 
V
L
 
L
L
 
I
I
 
F
G
 
G
E
 
E
E
 
D
I
 
V
G
 
G
V
 
V
F
 
N
G
 
G
G
 
G
S
 
V
Y
 
F
K
 
R
I
 
A
T
 
T
S
 
E
G
 
G
L
 
L
L
 
Q
E
 
A
E
 
E
F
 
F
G
 
G
E
 
E
K
 
D
R
 
R
V
 
V
R
 
F
D
 
D
T
 
T
P
 
P
I
x
L
A
 
A
E
|
E
E
 
S
G
 
G
F
 
I
V
 
G
G
 
G
A
 
L
A
 
A
V
 
I
G
 
G
A
 
L
A
 
A
M
 
L
L
 
Q
G
 
G
L
 
F
R
 
R
P
 
P
I
 
V
V
 
P
E
 
E
I
 
I
M
 
Q
T
 
F
I
 
F
N
 
G
F
|
F
S
 
V
L
 
Y
L
x
E
A
 
V
L
 
M
D
 
D
Q
 
S
I
 
I
V
 
C
N
 
G
H
 
Q
A
 
M
A
 
A
K
 
R
I
 
I
Y
 
R
G
 
Y
M
 
R
F
 
T
G
 
G
G
 
G
Q
 
R
T
 
Y
S
 
H
V
 
M
P
 
P
M
 
I
V
 
T
I
 
I
R
 
R
T
 
S
P
 
P
G
 
F
G
 
G
G
 
G
G
 
G
Q
 
V
Q
 
H
L
 
T
G
 
P
A
 
E
T
 
L
H
|
H
S
 
S
Q
 
D
N
 
S
I
 
L
E
 
E
L
 
G
Y
 
L
Y
 
V
A
 
A
F
 
Q
V
 
Q
P
 
P
G
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
V
V
 
V
A
 
I
P
 
P
S
 
S
T
 
T
P
 
P
A
 
Y
D
 
D
A
 
A
R
 
K
A
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
I
A
 
S
A
 
A
V
 
I
R
 
R
D
 
D
D
 
N
D
 
D
P
 
P
V
 
V
L
 
I
F
 
F
L
 
L
E
 
E
N
 
H
L
 
L
A
 
K
L
 
L
Y
 
Y
N
 
R
T
 
S
-
 
F
K
 
R
G
 
Q
E
 
E
V
 
V
P
 
P
D
 
E
D
 
G
L
 
E
G
 
Y
P
 
T
A
 
I
E
 
P
I
 
I
G
 
G
R
 
K
A
 
A
A
 
D
V
 
I
V
 
K
R
 
R
E
 
E
G
 
G
T
 
K
D
 
D
I
 
I
T
 
T
I
 
I
V
 
I
G
 
A
Y
 
Y
S
 
G
R
 
A
M
 
M
A
 
V
A
 
H
V
 
E
A
 
S
V
 
L
E
 
K
V
 
A
A
 
A
D
 
A
R
 
E
L
 
L
R
 
E
D
 
K
E
 
E
S
 
-
G
 
G
V
 
I
S
 
S
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
V
D
 
D
L
 
L
R
 
R
S
 
T
L
 
V
R
 
Q
P
 
P
L
 
L
D
 
D
R
 
I
E
 
E
T
 
T
L
 
I
V
 
I
A
 
G
S
 
S
A
 
V
R
 
E
R
 
K
T
 
T
G
 
G
C
 
R
V
 
A
V
 
I
V
 
V
A
 
V
E
 
Q
D
 
E
D
 
A
W
 
Q
L
 
R
T
 
Q
Y
 
A
G
 
G
V
 
I
G
 
A
A
 
A
E
 
N
I
 
V
A
 
V
A
 
A
S
 
E
I
 
I
S
 
N
D
 
E
G
 
R
A
 
A
F
 
I
D
 
L
H
 
S
L
 
L
D
 
E
A
 
A
P
 
P
V
 
V
R
 
L
R
 
R
V
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
P
E
 
D
V
 
T
P
 
V
L
 
Y
P
 
P
Y
 
F
A
 
A
K
 
Q
P
 
A
L
 
-
E
 
E
T
 
S
A
 
V
A
 
W
L
 
L
P
 
P
S
 
N

3dufD Snapshots of catalysis in the e1 subunit of the pyruvate dehydrogenase multi-enzyme complex (see paper)
44% identity, 92% coverage: 8:312/330 of query aligns to 7:310/324 of 3dufD

query
sites
3dufD
E
 
Q
A
 
A
L
 
I
R
 
T
N
 
D
T
 
A
L
 
L
R
 
R
E
 
I
E
 
E
L
 
L
R
 
K
R
 
N
D
 
D
D
 
P
D
 
N
V
 
V
L
 
L
L
 
I
I
 
F
G
 
G
E
 
E
E
 
D
I
 
V
G
 
G
V
 
V
F
 
N
G
 
G
G
 
G
S
 
V
Y
 
F
K
 
R
I
 
A
T
 
T
S
 
E
G
 
G
L
 
L
L
 
Q
E
 
A
E
 
E
F
 
F
G
 
G
E
 
E
K
 
D
R
 
R
V
 
V
R
 
F
D
 
D
T
 
T
P
 
P
I
x
L
A
 
A
E
|
E
E
 
S
G
 
G
F
 
I
V
 
G
G
 
G
A
 
L
A
 
A
V
 
I
G
 
G
A
 
L
A
 
A
M
 
L
L
 
Q
G
 
G
L
 
F
R
 
R
P
 
P
I
 
V
V
 
P
E
 
E
I
 
I
M
 
Q
T
 
F
I
 
F
N
 
G
F
|
F
S
 
V
L
 
Y
L
x
E
A
 
V
L
 
M
D
 
D
Q
 
S
I
 
I
V
 
C
N
 
G
H
 
Q
A
 
M
A
 
A
K
 
R
I
 
I
Y
 
R
G
 
Y
M
 
R
F
 
T
G
 
G
G
 
G
Q
 
R
T
 
Y
S
 
H
V
 
M
P
 
P
M
 
I
V
 
T
I
 
I
R
 
R
T
 
S
P
 
P
G
 
F
G
 
G
G
 
G
G
 
G
Q
 
V
Q
 
H
L
 
T
G
 
P
A
 
E
T
 
L
H
|
H
S
 
S
Q
 
D
N
 
S
I
 
L
E
 
E
L
 
G
Y
 
L
Y
 
V
A
 
A
F
 
Q
V
 
Q
P
 
P
G
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
V
V
 
V
A
 
I
P
 
P
S
 
S
T
 
T
P
 
P
A
 
Y
D
 
D
A
 
A
R
 
K
A
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
I
A
 
S
A
 
A
V
 
I
R
 
R
D
 
D
D
 
N
D
 
D
P
 
P
V
 
V
L
 
I
F
 
F
L
 
L
E
 
E
N
 
H
L
 
L
A
 
K
L
 
L
Y
 
Y
N
 
R
T
 
S
-
 
F
K
 
R
G
 
Q
E
 
E
V
 
V
P
 
P
D
 
E
D
 
G
L
 
E
G
 
Y
P
 
T
A
 
I
E
 
P
I
 
I
G
 
G
R
 
K
A
 
A
A
 
D
V
 
I
V
 
K
R
 
R
E
 
E
G
 
G
T
 
K
D
 
D
I
 
I
T
 
T
I
 
I
V
 
I
G
 
A
Y
 
Y
S
 
G
R
 
A
M
 
M
A
 
V
A
 
H
V
 
E
A
 
S
V
 
L
E
 
K
V
 
A
A
 
A
D
 
A
R
 
E
L
 
L
R
 
E
D
 
K
E
 
E
S
 
-
G
 
G
V
 
I
S
 
S
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
V
D
 
D
L
 
L
R
 
R
S
 
T
L
 
V
R
 
Q
P
 
P
L
 
L
D
 
D
R
 
I
E
 
E
T
 
T
L
 
I
V
 
I
A
 
G
S
 
S
A
 
V
R
 
E
R
 
K
T
 
T
G
 
G
C
 
R
V
 
A
V
 
I
V
 
V
A
 
V
E
 
Q
D
 
E
D
 
A
W
 
Q
L
 
R
T
 
Q
Y
 
A
G
 
G
V
 
I
G
 
A
A
 
A
E
 
N
I
 
V
A
 
V
A
 
A
S
 
E
I
 
I
S
 
N
D
 
E
G
 
R
A
 
A
F
 
I
D
 
L
H
 
S
L
 
L
D
 
E
A
 
A
P
 
P
V
 
V
R
 
L
R
 
R
V
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
P
E
 
D
V
 
T
P
 
V
L
 
Y
P
 
P
Y
 
F
A
 
A
K
 
Q
P
 
A
L
 
-
E
 
E
T
 
S
A
 
V
A
 
W
L
 
L
P
 
P
S
 
N

1w85B The crystal structure of pyruvate dehydrogenase e1 bound to the peripheral subunit binding domain of e2 (see paper)
44% identity, 92% coverage: 8:312/330 of query aligns to 7:310/324 of 1w85B

query
sites
1w85B
E
 
Q
A
 
A
L
 
I
R
 
T
N
 
D
T
 
A
L
 
L
R
 
R
E
 
I
E
 
E
L
 
L
R
 
K
R
 
N
D
 
D
D
 
P
D
 
N
V
 
V
L
 
L
L
 
I
I
 
F
G
 
G
E
|
E
E
 
D
I
 
V
G
 
G
V
 
V
F
 
N
G
 
G
G
 
G
S
 
V
Y
 
F
K
 
R
I
 
A
T
 
T
S
 
E
G
 
G
L
 
L
L
 
Q
E
 
A
E
 
E
F
 
F
G
 
G
E
 
E
K
 
D
R
 
R
V
 
V
R
 
F
D
 
D
T
 
T
P
 
P
I
x
L
A
 
A
E
|
E
E
 
S
G
 
G
F
 
I
V
 
G
G
 
G
A
 
L
A
 
A
V
 
I
G
 
G
A
 
L
A
 
A
M
 
L
L
 
Q
G
 
G
L
 
F
R
 
R
P
 
P
I
 
V
V
 
P
E
 
E
I
 
I
M
 
Q
T
 
F
I
 
F
N
 
G
F
|
F
S
 
V
L
 
Y
L
x
E
A
 
V
L
 
M
D
 
D
Q
 
S
I
 
I
V
 
C
N
 
G
H
 
Q
A
 
M
A
 
A
K
 
R
I
 
I
Y
 
R
G
 
Y
M
 
R
F
 
T
G
 
G
G
 
G
Q
 
R
T
 
Y
S
 
H
V
 
M
P
 
P
M
 
I
V
 
T
I
 
I
R
 
R
T
 
S
P
 
P
G
 
F
G
 
G
G
 
G
G
 
G
Q
 
V
Q
 
H
L
 
T
G
 
P
A
 
E
T
 
L
H
|
H
S
 
S
Q
 
D
N
 
S
I
 
L
E
 
E
L
 
G
Y
 
L
Y
 
V
A
 
A
F
 
Q
V
 
Q
P
 
P
G
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
V
V
 
V
A
 
I
P
 
P
S
 
S
T
 
T
P
 
P
A
 
Y
D
 
D
A
 
A
R
 
K
A
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
I
A
 
S
A
 
A
V
 
I
R
 
R
D
 
D
D
 
N
D
 
D
P
 
P
V
 
V
L
 
I
F
 
F
L
 
L
E
 
E
N
 
H
L
 
L
A
 
K
L
 
L
Y
 
Y
N
 
R
T
 
S
-
 
F
K
 
R
G
 
Q
E
 
E
V
 
V
P
 
P
D
 
E
D
 
G
L
 
E
G
 
Y
P
 
T
A
 
I
E
 
P
I
 
I
G
 
G
R
 
K
A
 
A
A
 
D
V
 
I
V
 
K
R
 
R
E
 
E
G
 
G
T
 
K
D
 
D
I
 
I
T
 
T
I
 
I
V
 
I
G
 
A
Y
 
Y
S
 
G
R
 
A
M
 
M
A
 
V
A
 
H
V
 
E
A
 
S
V
 
L
E
 
K
V
 
A
A
 
A
D
 
A
R
 
E
L
 
L
R
 
E
D
 
K
E
 
E
S
 
-
G
 
G
V
 
I
S
 
S
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
V
D
 
D
L
 
L
R
 
R
S
 
T
L
 
V
R
 
Q
P
 
P
L
 
L
D
 
D
R
 
I
E
 
E
T
 
T
L
 
I
V
 
I
A
 
G
S
 
S
A
 
V
R
 
E
R
 
K
T
 
T
G
 
G
C
 
R
V
 
A
V
 
I
V
 
V
A
 
V
E
 
Q
D
 
E
D
 
A
W
 
Q
L
 
R
T
 
Q
Y
 
A
G
 
G
V
 
I
G
 
A
A
 
A
E
 
N
I
 
V
A
 
V
A
 
A
S
 
E
I
 
I
S
 
N
D
 
E
G
 
R
A
 
A
F
 
I
D
 
L
H
 
S
L
 
L
D
 
E
A
 
A
P
 
P
V
 
V
R
 
L
R
 
R
V
 
V
A
 
A
A
 
A
A
 
P
E
 
D
V
 
T
P
 
V
L
 
Y
P
 
P
Y
 
F
A
 
A
K
 
Q
P
 
A
L
 
-
E
 
E
T
 
S
A
 
V
A
 
W
L
 
L
P
 
P
S
 
N

1qs0B Crystal structure of pseudomonas putida 2-oxoisovalerate dehydrogenase (branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase, e1b) (see paper)
39% identity, 96% coverage: 8:324/330 of query aligns to 9:336/338 of 1qs0B

query
sites
1qs0B
E
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
R
N
 
S
T
 
A
L
 
M
R
 
D
E
 
V
E
 
M
L
 
L
R
 
E
R
 
R
D
 
D
D
 
D
D
 
N
V
 
V
L
 
V
L
 
V
I
 
Y
G
 
G
E
 
Q
E
 
D
I
 
V
G
 
G
V
 
Y
F
 
F
G
 
G
G
 
G
S
 
V
Y
 
F
K
 
R
I
 
C
T
 
T
S
 
E
G
 
G
L
 
L
L
 
Q
E
 
T
E
 
K
F
 
Y
G
 
G
E
 
K
K
 
S
R
 
R
V
 
V
R
 
F
D
 
D
T
 
A
P
 
P
I
 
I
A
 
S
E
|
E
E
 
S
G
 
G
F
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
T
A
 
A
V
 
V
G
 
G
A
 
M
A
 
G
M
 
A
L
 
Y
G
 
G
L
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
V
V
 
V
E
 
E
I
 
I
M
 
Q
T
 
F
I
 
A
N
 
D
F
x
Y
S
 
F
L
 
Y
L
 
P
A
 
A
L
 
S
D
 
D
Q
 
Q
I
 
I
V
 
V
N
 
S
H
 
E
A
 
M
A
 
A
K
 
R
I
 
L
Y
 
R
G
 
Y
M
 
R
F
 
S
G
 
A
G
 
G
Q
 
E
T
 
F
S
 
I
V
 
A
P
 
P
M
 
L
V
 
T
I
 
L
R
 
R
T
 
M
P
 
P
G
 
C
G
 
G
G
 
G
G
 
G
Q
 
I
Q
 
Y
L
 
G
G
 
G
A
 
Q
T
 
T
H
|
H
S
 
S
Q
 
Q
N
 
S
I
 
P
E
 
E
L
 
A
Y
 
M
Y
 
F
A
 
T
F
 
Q
V
 
V
P
 
C
G
 
G
L
 
L
K
 
R
V
 
T
V
 
V
A
 
M
P
 
P
S
 
S
T
 
N
P
 
P
A
 
Y
D
 
D
A
 
A
R
 
K
A
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
I
A
 
A
A
 
S
V
 
I
R
 
E
D
 
C
D
 
D
D
 
D
P
 
P
V
 
V
L
 
I
F
 
F
L
 
L
E
 
E
N
 
P
L
 
K
A
 
R
L
 
L
Y
 
Y
N
 
N
-
 
G
-
 
P
-
 
F
-
 
D
-
 
G
-
 
H
-
 
H
-
 
D
-
 
R
-
 
P
-
 
V
-
 
T
-
 
P
-
 
W
-
 
S
-
 
K
-
 
H
T
 
P
K
 
H
G
 
S
E
 
A
V
 
V
P
 
P
D
 
D
D
 
G
L
 
Y
G
 
Y
P
 
T
A
 
V
E
 
P
I
 
L
G
 
D
R
 
K
A
 
A
A
 
A
V
 
I
V
 
T
R
 
R
E
 
P
G
 
G
T
 
N
D
 
D
I
 
V
T
 
S
I
 
V
V
 
L
G
 
T
Y
 
Y
S
 
-
R
 
-
M
 
-
A
 
-
A
 
G
V
 
T
A
 
T
V
 
V
E
 
Y
V
 
V
A
 
A
D
 
Q
R
 
V
L
 
A
R
 
A
D
 
E
E
 
E
S
 
S
G
 
G
V
 
V
S
 
D
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
I
D
 
D
L
 
L
R
 
R
S
 
S
L
 
L
R
 
W
P
 
P
L
 
L
D
 
D
R
 
L
E
 
D
T
 
T
L
 
I
V
 
V
A
 
E
S
 
S
A
 
V
R
 
K
R
 
K
T
 
T
G
 
G
C
 
R
V
 
C
V
 
V
V
 
V
A
 
V
E
 
H
D
 
E
D
 
A
W
 
T
L
 
R
T
 
T
Y
 
C
G
 
G
V
 
F
G
 
G
A
 
A
E
 
E
I
 
L
A
 
V
A
 
S
S
 
L
I
 
V
S
 
Q
D
 
E
G
 
H
A
 
C
F
 
F
D
 
H
H
 
H
L
 
L
D
 
E
A
 
A
P
 
P
V
 
I
R
 
E
R
 
R
V
 
V
A
 
T
A
 
G
A
 
W
E
 
D
V
 
T
P
 
P
L
 
Y
P
 
P
Y
 
H
A
 
A
K
 
Q
P
 
-
L
 
-
E
 
E
T
 
W
A
 
A
A
 
Y
L
 
F
P
 
P
S
 
G
A
 
P
E
 
S
S
 
R
L
 
V
H
 
G
T
 
A
A
 
A
V
 
L
L
 
K
E
 
K
T
 
V
L
 
M

Q5SLR3 2-oxoisovalerate dehydrogenase subunit beta; Branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component beta chain; BCKDH E1-beta; EC 1.2.4.4 from Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (see paper)
43% identity, 92% coverage: 1:303/330 of query aligns to 1:303/324 of Q5SLR3

query
sites
Q5SLR3
M
 
M
P
 
A
V
 
L
I
 
M
S
 
T
Y
 
M
R
 
V
E
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
N
N
 
R
T
 
A
L
 
L
R
 
D
E
 
E
E
 
E
L
 
M
R
 
A
R
 
K
D
 
D
D
 
P
D
 
R
V
 
V
L
 
V
L
 
V
I
 
L
G
 
G
E
|
E
E
 
D
I
 
V
G
 
G
V
 
K
F
 
R
G
 
G
G
 
G
S
 
V
Y
 
F
K
 
L
I
 
V
T
 
T
S
 
E
G
 
G
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
E
 
K
F
 
Y
G
 
G
E
 
P
K
 
D
R
 
R
V
 
V
R
 
M
D
 
D
T
 
T
P
 
P
I
 
L
A
 
S
E
 
E
E
 
A
G
 
A
F
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
A
V
 
L
G
 
G
A
 
M
A
 
A
M
 
A
L
 
H
G
 
G
L
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
V
V
 
A
E
 
E
I
 
I
M
x
Q
T
 
F
I
 
A
N
 
D
F
 
Y
S
 
I
L
 
F
L
 
P
A
 
G
L
 
F
D
 
D
Q
 
Q
I
 
L
V
 
V
N
 
S
H
 
Q
A
 
V
A
 
A
K
 
K
I
 
L
Y
 
R
G
 
Y
M
 
R
F
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
T
 
F
S
 
T
V
 
A
P
 
P
M
 
L
V
 
V
I
 
V
R
 
R
T
 
M
P
 
P
G
 
S
G
 
G
G
 
G
G
 
G
Q
 
V
Q
 
R
L
 
G
G
 
G
A
 
H
T
 
H
H
 
H
S
 
S
Q
 
Q
N
 
S
I
 
P
E
 
E
L
 
A
Y
 
H
Y
 
F
A
 
V
F
 
H
V
 
T
P
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
V
V
 
V
A
 
A
P
 
V
S
 
S
T
 
T
P
 
P
A
 
Y
D
 
D
A
 
A
R
 
K
A
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
K
A
 
A
A
 
A
V
 
I
R
 
R
D
 
D
D
 
E
D
 
D
P
 
P
V
 
V
L
 
V
F
 
F
L
 
L
E
 
E
N
 
P
L
 
K
A
 
R
L
 
L
Y
 
Y
N
 
R
T
 
S
-
 
V
K
 
K
G
 
E
E
 
E
V
 
V
P
 
P
D
 
E
D
 
E
L
 
D
G
 
Y
P
 
T
A
 
L
E
 
P
I
 
I
G
 
G
R
 
K
A
 
A
A
 
A
V
 
L
V
 
R
R
 
R
E
 
E
G
 
G
T
 
K
D
 
D
I
 
L
T
 
T
I
 
L
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
S
 
G
R
 
T
M
 
V
A
 
M
A
 
P
V
 
E
A
 
V
V
 
L
E
 
Q
V
 
A
A
 
A
D
 
A
R
 
E
L
 
L
R
 
A
D
 
-
E
 
K
S
 
A
G
 
G
V
 
V
S
 
S
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
S
 
T
L
 
L
R
 
M
P
 
P
L
 
W
D
 
D
R
 
Y
E
 
E
T
 
A
L
 
V
V
 
M
A
 
N
S
 
S
A
 
V
R
 
A
R
 
K
T
 
T
G
 
G
C
 
R
V
 
V
V
 
V
V
 
L
A
 
V
E
 
S
D
 
D
D
 
A
W
 
P
L
 
R
T
 
H
Y
 
A
G
 
S
V
 
F
G
 
V
A
 
S
E
 
E
I
 
V
A
 
A
A
 
A
S
 
T
I
 
I
S
 
A
D
 
E
G
 
D
A
 
L
F
 
L
D
 
D
H
 
M
L
 
L
D
 
L
A
 
A
P
 
P
V
 
P
R
 
I
R
 
R
V
 
V
A
 
T
A
 
G
A
 
F
E
 
D
V
 
T
P
 
P
L
 
Y
P
 
P
Y
 
Y
A
 
A
K
 
Q

1umdD Branched-chain 2-oxo acid dehydrogenase (e1) from thermus thermophilus hb8 with 4-methyl-2-oxopentanoate as an intermediate (see paper)
43% identity, 90% coverage: 8:303/330 of query aligns to 7:302/323 of 1umdD

query
sites
1umdD
E
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
N
N
 
R
T
 
A
L
 
L
R
 
D
E
 
E
E
 
E
L
 
M
R
 
A
R
 
K
D
 
D
D
 
P
D
 
R
V
 
V
L
 
V
L
 
V
I
 
L
G
 
G
E
|
E
E
 
D
I
 
V
G
 
G
V
 
K
F
 
R
G
 
G
G
 
G
S
 
V
Y
 
F
K
 
L
I
 
V
T
 
T
S
 
E
G
 
G
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
E
 
K
F
 
Y
G
 
G
E
 
P
K
 
D
R
 
R
V
 
V
R
 
M
D
 
D
T
 
T
P
 
P
I
x
L
A
 
S
E
|
E
E
 
A
G
 
A
F
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
A
V
 
L
G
 
G
A
 
M
A
 
A
M
 
A
L
 
H
G
 
G
L
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
V
V
 
A
E
 
E
I
 
I
M
x
Q
T
 
F
I
 
A
N
 
D
F
x
Y
S
 
I
L
 
F
L
x
P
A
 
G
L
 
F
D
 
D
Q
 
Q
I
 
L
V
 
V
N
 
S
H
 
Q
A
 
V
A
 
A
K
 
K
I
 
L
Y
 
R
G
 
Y
M
 
R
F
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
T
 
F
S
 
T
V
 
A
P
 
P
M
 
L
V
 
V
I
 
V
R
 
R
T
 
M
P
 
P
G
 
S
G
 
G
G
 
G
G
 
G
Q
 
V
Q
 
R
L
 
G
G
 
G
A
 
H
T
 
H
H
|
H
S
 
S
Q
 
Q
N
 
S
I
 
P
E
 
E
L
 
A
Y
 
H
Y
 
F
A
 
V
F
 
H
V
 
T
P
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
V
V
 
V
A
 
A
P
 
V
S
 
S
T
 
T
P
 
P
A
 
Y
D
 
D
A
 
A
R
 
K
A
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
K
A
 
A
A
 
A
V
 
I
R
 
R
D
 
D
D
 
E
D
 
D
P
 
P
V
 
V
L
 
V
F
 
F
L
 
L
E
 
E
N
 
P
L
 
K
A
 
R
L
 
L
Y
 
Y
N
 
R
T
 
S
-
 
V
K
 
K
G
 
E
E
 
E
V
 
V
P
 
P
D
 
E
D
 
E
L
 
D
G
 
Y
P
 
T
A
 
L
E
 
P
I
 
I
G
 
G
R
 
K
A
 
A
A
 
A
V
 
L
V
 
R
R
 
R
E
 
E
G
 
G
T
 
K
D
 
D
I
 
L
T
 
T
I
 
L
V
 
I
G
 
C
Y
 
Y
S
 
G
R
 
T
M
 
V
A
 
M
A
 
P
V
 
E
A
 
V
V
 
L
E
 
Q
V
 
A
A
 
A
D
 
A
R
 
E
L
 
L
R
 
A
D
 
-
E
 
K
S
 
A
G
 
G
V
 
V
S
 
S
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
S
 
T
L
 
L
R
 
M
P
 
P
L
 
W
D
 
D
R
 
Y
E
 
E
T
 
A
L
 
V
V
 
M
A
 
N
S
 
S
A
 
V
R
 
A
R
 
K
T
 
T
G
 
G
C
 
R
V
 
V
V
 
V
V
 
L
A
 
V
E
 
S
D
 
D
D
 
A
W
 
P
L
 
R
T
 
H
Y
 
A
G
 
S
V
 
F
G
 
V
A
 
S
E
 
E
I
 
V
A
 
A
A
 
A
S
 
T
I
 
I
S
 
A
D
 
E
G
 
D
A
 
L
F
 
L
D
 
D
H
 
M
L
 
L
D
 
L
A
 
A
P
 
P
V
 
P
R
 
I
R
 
R
V
 
V
A
 
T
A
 
G
A
 
F
E
 
D
V
 
T
P
 
P
L
 
Y
P
 
P
Y
 
Y
A
 
A
K
 
Q

1umcD Branched-chain 2-oxo acid dehydrogenase (e1) from thermus thermophilus hb8 with 4-methylpentanoate (see paper)
43% identity, 90% coverage: 8:303/330 of query aligns to 7:302/323 of 1umcD

query
sites
1umcD
E
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
N
N
 
R
T
 
A
L
 
L
R
 
D
E
 
E
E
 
E
L
 
M
R
 
A
R
 
K
D
 
D
D
 
P
D
 
R
V
 
V
L
 
V
L
 
V
I
 
L
G
 
G
E
|
E
E
 
D
I
 
V
G
 
G
V
 
K
F
 
R
G
 
G
G
 
G
S
 
V
Y
 
F
K
 
L
I
 
V
T
 
T
S
 
E
G
 
G
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
E
 
K
F
 
Y
G
 
G
E
 
P
K
 
D
R
 
R
V
 
V
R
 
M
D
 
D
T
 
T
P
 
P
I
x
L
A
 
S
E
|
E
E
 
A
G
 
A
F
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
A
V
 
L
G
 
G
A
 
M
A
 
A
M
 
A
L
 
H
G
 
G
L
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
V
V
 
A
E
 
E
I
 
I
M
 
Q
T
 
F
I
 
A
N
 
D
F
x
Y
S
 
I
L
 
F
L
x
P
A
 
G
L
 
F
D
 
D
Q
 
Q
I
 
L
V
 
V
N
 
S
H
 
Q
A
 
V
A
 
A
K
 
K
I
 
L
Y
 
R
G
 
Y
M
 
R
F
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
T
 
F
S
 
T
V
 
A
P
 
P
M
 
L
V
 
V
I
 
V
R
 
R
T
 
M
P
 
P
G
 
S
G
 
G
G
 
G
G
 
G
Q
 
V
Q
 
R
L
 
G
G
 
G
A
 
H
T
x
H
H
|
H
S
 
S
Q
 
Q
N
 
S
I
 
P
E
 
E
L
 
A
Y
 
H
Y
 
F
A
 
V
F
 
H
V
 
T
P
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
V
V
 
V
A
 
A
P
 
V
S
 
S
T
 
T
P
 
P
A
 
Y
D
 
D
A
 
A
R
 
K
A
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
K
A
 
A
A
 
A
V
 
I
R
 
R
D
 
D
D
 
E
D
 
D
P
 
P
V
 
V
L
 
V
F
 
F
L
 
L
E
 
E
N
 
P
L
 
K
A
 
R
L
 
L
Y
 
Y
N
 
R
T
 
S
-
 
V
K
 
K
G
 
E
E
 
E
V
 
V
P
 
P
D
 
E
D
 
E
L
 
D
G
 
Y
P
 
T
A
 
L
E
 
P
I
 
I
G
 
G
R
 
K
A
 
A
A
 
A
V
 
L
V
 
R
R
 
R
E
 
E
G
 
G
T
 
K
D
 
D
I
 
L
T
 
T
I
 
L
V
 
I
G
 
C
Y
 
Y
S
 
G
R
 
T
M
 
V
A
 
M
A
 
P
V
 
E
A
 
V
V
 
L
E
 
Q
V
 
A
A
 
A
D
 
A
R
 
E
L
 
L
R
 
A
D
 
-
E
 
K
S
 
A
G
 
G
V
 
V
S
 
S
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
S
 
T
L
 
L
R
 
M
P
 
P
L
 
W
D
 
D
R
 
Y
E
 
E
T
 
A
L
 
V
V
 
M
A
 
N
S
 
S
A
 
V
R
 
A
R
 
K
T
 
T
G
 
G
C
 
R
V
 
V
V
 
V
V
 
L
A
 
V
E
 
S
D
 
D
D
 
A
W
 
P
L
 
R
T
 
H
Y
 
A
G
 
S
V
 
F
G
 
V
A
 
S
E
 
E
I
 
V
A
 
A
A
 
A
S
 
T
I
 
I
S
 
A
D
 
E
G
 
D
A
 
L
F
 
L
D
 
D
H
 
M
L
 
L
D
 
L
A
 
A
P
 
P
V
 
P
R
 
I
R
 
R
V
 
V
A
 
T
A
 
G
A
 
F
E
 
D
V
 
T
P
 
P
L
 
Y
P
 
P
Y
 
Y
A
 
A
K
 
Q

1umbD Branched-chain 2-oxo acid dehydrogenase (e1) from thermus thermophilus hb8 in holo-form (see paper)
43% identity, 90% coverage: 8:303/330 of query aligns to 7:302/323 of 1umbD

query
sites
1umbD
E
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
N
N
 
R
T
 
A
L
 
L
R
 
D
E
 
E
E
 
E
L
 
M
R
 
A
R
 
K
D
 
D
D
 
P
D
 
R
V
 
V
L
 
V
L
 
V
I
 
L
G
 
G
E
|
E
E
 
D
I
 
V
G
 
G
V
 
K
F
 
R
G
 
G
G
 
G
S
 
V
Y
 
F
K
 
L
I
 
V
T
 
T
S
 
E
G
 
G
L
 
L
L
 
L
E
 
Q
E
 
K
F
 
Y
G
 
G
E
 
P
K
 
D
R
 
R
V
 
V
R
 
M
D
 
D
T
 
T
P
 
P
I
x
L
A
 
S
E
|
E
E
 
A
G
 
A
F
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
A
V
 
L
G
 
G
A
 
M
A
 
A
M
 
A
L
 
H
G
 
G
L
 
L
R
 
R
P
 
P
I
 
V
V
 
A
E
 
E
I
 
I
M
 
Q
T
 
F
I
 
A
N
 
D
F
x
Y
S
 
I
L
 
F
L
x
P
A
 
G
L
 
F
D
 
D
Q
 
Q
I
 
L
V
 
V
N
 
S
H
 
Q
A
 
V
A
 
A
K
 
K
I
 
L
Y
 
R
G
 
Y
M
 
R
F
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
T
 
F
S
 
T
V
 
A
P
 
P
M
 
L
V
 
V
I
 
V
R
 
R
T
 
M
P
 
P
G
 
S
G
 
G
G
 
G
G
 
G
Q
 
V
Q
 
R
L
 
G
G
 
G
A
 
H
T
 
H
H
|
H
S
 
S
Q
 
Q
N
 
S
I
 
P
E
 
E
L
 
A
Y
 
H
Y
 
F
A
 
V
F
 
H
V
 
T
P
 
A
G
 
G
L
 
L
K
 
K
V
 
V
V
 
V
A
 
A
P
 
V
S
 
S
T
 
T
P
 
P
A
 
Y
D
 
D
A
 
A
R
 
K
A
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
K
A
 
A
A
 
A
V
 
I
R
 
R
D
 
D
D
 
E
D
 
D
P
 
P
V
 
V
L
 
V
F
 
F
L
 
L
E
 
E
N
 
P
L
 
K
A
 
R
L
 
L
Y
 
Y
N
 
R
T
 
S
-
 
V
K
 
K
G
 
E
E
 
E
V
 
V
P
 
P
D
 
E
D
 
E
L
 
D
G
 
Y
P
 
T
A
 
L
E
 
P
I
 
I
G
 
G
R
 
K
A
 
A
A
 
A
V
 
L
V
 
R
R
 
R
E
 
E
G
 
G
T
 
K
D
 
D
I
 
L
T
 
T
I
 
L
V
 
I
G
 
C
Y
 
Y
S
 
G
R
 
T
M
 
V
A
 
M
A
 
P
V
 
E
A
 
V
V
 
L
E
 
Q
V
 
A
A
 
A
D
 
A
R
 
E
L
 
L
R
 
A
D
 
-
E
 
K
S
 
A
G
 
G
V
 
V
S
 
S
A
 
A
E
 
E
V
 
V
I
 
L
D
 
D
L
 
L
R
 
R
S
 
T
L
 
L
R
 
M
P
 
P
L
 
W
D
 
D
R
 
Y
E
 
E
T
 
A
L
 
V
V
 
M
A
 
N
S
 
S
A
 
V
R
 
A
R
 
K
T
 
T
G
 
G
C
 
R
V
 
V
V
 
V
V
 
L
A
 
V
E
 
S
D
 
D
D
 
A
W
 
P
L
 
R
T
 
H
Y
 
A
G
 
S
V
 
F
G
 
V
A
 
S
E
 
E
I
 
V
A
 
A
A
 
A
S
 
T
I
 
I
S
 
A
D
 
E
G
 
D
A
 
L
F
 
L
D
 
D
H
 
M
L
 
L
D
 
L
A
 
A
P
 
P
V
 
P
R
 
I
R
 
R
V
 
V
A
 
T
A
 
G
A
 
F
E
 
D
V
 
T
P
 
P
L
 
Y
P
 
P
Y
 
Y
A
 
A
K
 
Q

1dtwB Human branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase (see paper)
34% identity, 95% coverage: 8:320/330 of query aligns to 9:320/326 of 1dtwB

query
sites
1dtwB
E
 
Q
A
 
S
L
 
V
R
 
T
N
 
S
T
 
A
L
 
L
R
 
D
E
 
N
E
 
S
L
 
L
R
 
A
R
 
K
D
 
D
D
 
P
D
 
T
V
 
A
L
 
V
L
 
I
I
 
F
G
 
G
E
 
E
E
 
D
I
 
V
G
 
A
V
 
-
F
 
F
G
 
G
G
 
G
S
 
V
Y
 
F
K
 
R
I
 
C
T
 
T
S
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
R
E
 
D
E
 
K
F
 
Y
G
 
G
E
 
K
K
 
D
R
 
R
V
 
V
R
 
F
D
 
N
T
 
T
P
 
P
I
 
L
A
 
C
E
|
E
E
 
Q
G
 
G
F
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
F
A
 
G
V
 
I
G
 
G
A
 
I
A
 
A
M
 
V
L
 
T
G
 
G
L
 
A
R
 
T
P
 
A
I
 
I
V
 
A
E
 
E
I
 
I
M
 
Q
T
 
F
I
 
A
N
 
D
F
 
Y
S
 
I
L
 
F
L
 
P
A
 
A
L
 
F
D
 
D
Q
 
Q
I
 
I
V
 
V
N
 
N
H
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
K
I
 
Y
Y
 
R
G
 
Y
M
 
R
F
 
S
G
 
G
G
 
D
Q
 
L
T
 
F
S
 
N
V
 
C
-
x
G
P
x
S
M
x
L
V
x
T
I
 
I
R
 
R
T
 
S
P
 
P
G
 
W
G
 
G
G
 
C
G
 
V
Q
 
G
Q
 
H
L
 
G
G
 
A
A
 
L
T
 
Y
H
|
H
S
 
S
Q
 
Q
N
 
S
I
 
P
E
 
E
L
 
A
Y
 
F
Y
 
F
A
 
A
F
 
H
V
 
C
P
 
P
G
 
G
L
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
V
A
 
I
P
 
P
S
 
R
T
 
S
P
 
P
A
 
F
D
 
Q
A
 
A
R
 
K
A
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
L
A
 
S
A
x
C
V
x
I
R
 
E
D
|
D
D
 
K
D
x
N
P
|
P
V
x
C
L
 
I
F
 
F
L
 
F
E
 
E
N
 
P
L
 
K
A
 
I
L
 
L
Y
 
Y
N
 
R
T
 
A
K
 
A
G
 
A
E
 
E
-
 
E
V
 
V
P
 
P
D
 
I
D
 
E
L
 
P
G
 
Y
P
 
N
A
 
I
E
 
P
I
 
L
G
 
S
R
 
Q
A
 
A
A
 
E
V
 
V
V
 
I
R
 
Q
E
 
E
G
 
G
T
 
S
D
 
D
I
 
V
T
 
T
I
 
L
V
 
V
G
 
A
Y
 
W
S
 
G
R
 
T
M
 
Q
A
 
V
A
 
H
V
 
V
A
 
I
V
 
R
E
 
E
V
 
V
A
 
A
D
 
S
R
 
M
L
 
A
R
 
K
D
 
E
E
 
K
S
 
L
G
 
G
V
 
V
S
 
S
A
 
C
E
 
E
V
 
V
I
 
I
D
 
D
L
 
L
R
 
R
S
 
T
L
 
I
R
 
I
P
 
P
L
 
W
D
 
D
R
 
V
E
 
D
T
 
T
L
 
I
V
 
C
A
 
K
S
 
S
A
 
V
R
 
I
R
 
K
T
 
T
G
 
G
C
 
R
V
 
L
V
 
L
V
 
I
A
 
S
E
 
H
D
 
E
D
 
A
W
 
P
L
 
L
T
 
T
Y
 
G
G
 
G
V
 
F
G
 
A
A
 
S
E
 
E
I
 
I
A
 
S
A
 
S
S
 
T
I
 
V
S
 
Q
D
 
E
G
 
E
A
 
C
F
 
F
D
 
L
H
 
N
L
 
L
D
 
E
A
 
A
P
 
P
V
 
I
R
 
S
R
 
R
V
 
V
A
 
C
A
 
G
A
 
Y
E
 
D
V
 
T
P
 
P
L
 
F
P
 
P
Y
 
H
A
 
I
K
 
-
P
 
-
L
 
F
E
 
E
T
 
P
A
 
F
A
 
Y
L
 
I
P
 
P
S
 
D
A
 
K
E
 
W
S
 
K
L
 
C
H
 
Y
T
 
D
A
 
A
V
 
L

2j9fD Human branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase-decarboxylase e1b (see paper)
34% identity, 95% coverage: 8:320/330 of query aligns to 12:323/329 of 2j9fD

query
sites
2j9fD
E
 
Q
A
 
S
L
 
V
R
 
T
N
 
S
T
 
A
L
 
L
R
 
D
E
 
N
E
 
S
L
 
L
R
 
A
R
 
K
D
 
D
D
 
P
D
 
T
V
 
A
L
 
V
L
 
I
I
 
F
G
 
G
E
|
E
E
 
D
I
 
V
G
 
A
V
 
-
F
 
F
G
 
G
G
 
G
S
 
V
Y
 
F
K
 
R
I
 
C
T
 
T
S
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
R
E
 
D
E
 
K
F
 
Y
G
 
G
E
 
K
K
 
D
R
 
R
V
 
V
R
 
F
D
 
N
T
 
T
P
 
P
I
x
L
A
 
C
E
|
E
E
 
Q
G
 
G
F
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
F
A
 
G
V
 
I
G
 
G
A
 
I
A
 
A
M
 
V
L
 
T
G
 
G
L
 
A
R
 
T
P
 
A
I
 
I
V
 
A
E
 
E
I
 
I
M
x
Q
T
 
F
I
 
A
N
 
D
F
x
Y
S
 
I
L
 
F
L
 
P
A
 
A
L
 
F
D
 
D
Q
 
Q
I
 
I
V
 
V
N
 
N
H
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
K
I
 
Y
Y
 
R
G
 
Y
M
 
R
F
 
S
G
 
G
G
 
D
Q
 
L
T
 
F
S
 
N
V
 
C
-
 
G
P
 
S
M
 
L
V
 
T
I
 
I
R
 
R
T
 
S
P
 
P
G
 
W
G
 
G
G
 
C
G
 
V
Q
 
G
Q
 
H
L
 
G
G
 
A
A
 
L
T
 
Y
H
|
H
S
 
S
Q
 
Q
N
 
S
I
 
P
E
 
E
L
 
A
Y
 
F
Y
 
F
A
 
A
F
 
H
V
 
C
P
 
P
G
 
G
L
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
V
A
 
I
P
 
P
S
 
R
T
 
S
P
 
P
A
 
F
D
 
Q
A
 
A
R
 
K
A
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
L
A
 
S
A
 
C
V
 
I
R
 
E
D
 
D
D
 
K
D
 
N
P
 
P
V
 
C
L
 
I
F
 
F
L
 
F
E
 
E
N
 
P
L
 
K
A
 
I
L
 
L
Y
 
Y
N
 
R
T
 
A
K
 
A
G
 
A
E
 
E
-
 
E
V
 
V
P
 
P
D
 
I
D
 
E
L
 
P
G
 
Y
P
 
N
A
 
I
E
 
P
I
 
L
G
 
S
R
 
Q
A
 
A
A
 
E
V
 
V
V
 
I
R
 
Q
E
 
E
G
 
G
T
 
S
D
 
D
I
 
V
T
 
T
I
 
L
V
 
V
G
 
A
Y
 
W
S
 
G
R
 
T
M
 
Q
A
 
V
A
 
H
V
 
V
A
 
I
V
 
R
E
 
E
V
 
V
A
 
A
D
 
S
R
 
M
L
 
A
R
 
K
D
 
E
E
 
K
S
 
L
G
 
G
V
 
V
S
 
S
A
 
C
E
 
E
V
 
V
I
 
I
D
 
D
L
 
L
R
 
R
S
 
T
L
 
I
R
 
I
P
 
P
L
 
W
D
 
D
R
 
V
E
 
D
T
 
T
L
 
I
V
 
C
A
 
K
S
 
S
A
 
V
R
 
I
R
 
K
T
 
T
G
 
G
C
 
R
V
 
L
V
 
L
V
 
I
A
 
S
E
 
H
D
 
E
D
 
A
W
 
P
L
 
L
T
 
T
Y
 
G
G
 
G
V
 
F
G
 
A
A
 
S
E
 
E
I
 
I
A
 
S
A
 
S
S
 
T
I
 
V
S
 
Q
D
 
E
G
 
E
A
 
C
F
 
F
D
 
L
H
 
N
L
 
L
D
 
E
A
 
A
P
 
P
V
 
I
R
 
S
R
 
R
V
 
V
A
 
C
A
 
G
A
 
Y
E
 
D
V
 
T
P
 
P
L
 
F
P
 
P
Y
 
H
A
 
I
K
 
-
P
 
-
L
 
F
E
 
E
T
 
P
A
 
F
A
 
Y
L
 
I
P
 
P
S
 
D
A
 
K
E
 
W
S
 
K
L
 
C
H
 
Y
T
 
D
A
 
A
V
 
L

P21953 2-oxoisovalerate dehydrogenase subunit beta, mitochondrial; Branched-chain alpha-keto acid dehydrogenase E1 component beta chain; BCKDE1B; BCKDH E1-beta; EC 1.2.4.4 from Homo sapiens (Human) (see 2 papers)
35% identity, 89% coverage: 8:301/330 of query aligns to 75:369/392 of P21953

query
sites
P21953
E
 
Q
A
 
S
L
 
V
R
 
T
N
 
S
T
 
A
L
 
L
R
 
D
E
 
N
E
 
S
L
 
L
R
 
A
R
 
K
D
 
D
D
 
P
D
 
T
V
 
A
L
 
V
L
 
I
I
 
F
G
 
G
E
 
E
E
 
D
I
 
V
G
 
A
V
 
-
F
 
F
G
 
G
G
 
G
S
 
V
Y
 
F
K
 
R
I
 
C
T
 
T
S
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
R
E
 
D
E
 
K
F
 
Y
G
 
G
E
 
K
K
 
D
R
 
R
V
 
V
R
 
F
D
 
N
T
 
T
P
 
P
I
 
L
A
 
C
E
 
E
E
 
Q
G
 
G
F
 
I
V
 
V
G
 
G
A
 
F
A
 
G
V
 
I
G
 
G
A
 
I
A
 
A
M
 
V
L
 
T
G
 
G
L
 
A
R
 
T
P
 
A
I
 
I
V
 
A
E
 
E
I
 
I
M
 
Q
T
 
F
I
 
A
N
 
D
F
x
Y
S
 
I
L
 
F
L
 
P
A
 
A
L
 
F
D
 
D
Q
 
Q
I
 
I
V
 
V
N
 
N
H
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
K
I
 
Y
Y
 
R
G
 
Y
M
 
R
F
 
S
G
 
G
G
 
D
Q
 
L
T
 
F
S
x
N
V
 
C
-
x
G
P
 
S
M
x
L
V
x
T
I
 
I
R
 
R
T
 
S
P
 
P
G
 
W
G
 
G
G
 
C
G
 
V
Q
 
G
Q
 
H
L
 
G
G
 
A
A
 
L
T
 
Y
H
 
H
S
 
S
Q
 
Q
N
 
S
I
 
P
E
 
E
L
 
A
Y
 
F
Y
 
F
A
 
A
F
x
H
V
 
C
P
 
P
G
 
G
L
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
V
A
 
I
P
 
P
S
 
R
T
 
S
P
 
P
A
 
F
D
 
Q
A
 
A
R
 
K
A
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
L
A
 
S
A
x
C
V
 
I
R
 
E
D
|
D
D
 
K
D
x
N
P
 
P
V
 
C
L
 
I
F
 
F
L
 
F
E
 
E
N
 
P
L
 
K
A
 
I
L
 
L
Y
 
Y
N
 
R
T
 
A
K
 
A
G
 
A
E
 
E
-
 
E
V
 
V
P
 
P
D
 
I
D
 
E
L
 
P
G
 
Y
P
 
N
A
 
I
E
 
P
I
 
L
G
 
S
R
 
Q
A
 
A
A
 
E
V
 
V
V
 
I
R
 
Q
E
 
E
G
 
G
T
 
S
D
 
D
I
 
V
T
 
T
I
 
L
V
 
V
G
 
A
Y
 
W
S
 
G
R
 
T
M
 
Q
A
 
V
A
 
H
V
 
V
A
 
I
V
 
R
E
 
E
V
 
V
A
 
A
D
 
S
R
 
M
L
 
A
R
 
K
D
 
E
E
 
K
S
 
L
G
 
G
V
 
V
S
 
S
A
 
C
E
 
E
V
 
V
I
 
I
D
 
D
L
 
L
R
 
R
S
 
T
L
 
I
R
 
I
P
 
P
L
 
W
D
 
D
R
 
V
E
 
D
T
 
T
L
 
I
V
 
C
A
 
K
S
 
S
A
 
V
R
 
I
R
 
K
T
 
T
G
 
G
C
 
R
V
 
L
V
 
L
V
 
I
A
 
S
E
 
H
D
 
E
D
 
A
W
 
P
L
 
L
T
 
T
Y
 
G
G
 
G
V
 
F
G
 
A
A
 
S
E
 
E
I
 
I
A
 
S
A
 
S
S
 
T
I
 
V
S
 
Q
D
 
E
G
 
E
A
 
C
F
 
F
D
 
L
H
 
N
L
 
L
D
 
E
A
 
A
P
 
P
V
 
I
R
 
S
R
 
R
V
 
V
A
 
C
A
 
G
A
 
Y
E
 
D
V
 
T
P
 
P
L
 
F
P
 
P
Y
 
H

6yakDDD C-terminal component of the split chain transketolase (see paper)
31% identity, 84% coverage: 4:279/330 of query aligns to 3:264/311 of 6yakDDD

query
sites
6yakDDD
I
 
I
S
 
A
Y
 
T
R
 
R
E
 
E
A
 
A
L
 
Y
R
 
G
N
 
K
T
 
A
L
 
L
R
 
V
E
 
E
E
 
L
L
 
G
R
 
Q
R
 
E
D
 
N
D
 
P
D
 
K
V
 
I
L
 
V
L
 
V
I
 
L
G
 
D
E
 
A
E
x
D
I
 
L
G
 
S
V
 
-
F
 
-
G
 
-
G
 
K
S
 
S
Y
 
T
K
 
K
I
 
-
T
 
T
S
 
S
G
 
D
L
 
F
L
 
A
E
 
K
E
 
A
F
 
F
G
 
P
E
 
E
K
 
-
R
 
R
V
 
F
R
 
F
D
 
N
T
 
M
P
 
G
I
|
I
A
 
A
E
|
E
E
 
Q
G
 
N
F
 
L
V
 
M
G
 
G
A
 
V
A
 
A
V
 
A
G
 
G
A
 
L
A
 
S
M
 
T
L
 
V
G
 
G
L
 
K
R
 
I
P
 
P
I
 
F
V
 
A
E
 
S
I
 
T
M
 
F
T
 
A
I
 
V
N
x
F
F
 
A
S
 
A
L
 
G
L
 
R
A
 
A
L
 
F
D
 
E
Q
 
I
I
 
I
V
 
R
N
 
N
H
 
S
A
 
I
A
 
C
K
 
-
I
 
-
Y
 
Y
G
 
P
M
 
K
F
 
L
G
 
N
G
 
V
Q
 
K
T
 
I
S
 
A
V
 
A
P
 
T
M
 
H
V
 
A
I
 
G
R
 
L
T
 
T
P
 
V
G
 
G
G
 
-
G
 
-
G
 
-
Q
 
-
Q
 
E
L
 
D
G
 
G
A
 
A
T
 
S
H
 
H
S
 
-
Q
 
Q
N
 
A
I
 
I
E
 
E
-
 
D
-
 
L
L
 
A
Y
 
L
Y
 
M
A
 
R
F
 
V
V
 
L
P
 
P
G
 
N
L
 
M
K
 
Q
V
 
V
V
 
F
A
 
V
P
 
P
S
 
A
T
 
D
P
 
A
A
 
A
D
 
Q
A
 
T
R
 
R
A
 
A
L
 
I
L
 
V
L
 
K
A
 
K
A
 
A
V
 
A
R
 
E
D
 
I
D
 
E
D
 
G
P
 
P
V
 
V
L
 
Y
F
 
-
L
 
-
E
 
-
N
 
-
L
 
-
A
 
-
L
 
I
Y
 
R
N
 
L
T
 
G
K
 
R
G
 
S
E
 
G
V
 
V
P
 
P
D
 
E
D
 
V
L
 
F
G
 
S
P
 
P
-
 
D
-
 
I
-
 
R
A
 
F
E
 
E
I
 
P
G
 
G
R
 
R
A
 
G
A
 
T
V
 
V
V
 
L
R
 
K
E
 
E
G
 
G
T
 
K
D
 
D
I
 
V
T
 
T
I
 
I
V
 
V
G
 
A
Y
 
L
S
 
G
R
 
I
M
 
M
A
 
T
A
 
A
V
 
K
A
 
A
V
 
L
E
 
E
V
 
A
A
 
A
D
 
K
R
 
M
L
 
L
R
 
E
D
 
A
E
 
E
S
 
-
G
 
G
V
 
I
S
 
A
A
 
A
E
 
R
V
 
V
I
 
V
D
 
D
L
 
M
R
 
A
S
 
S
L
 
L
R
 
K
P
 
P
L
 
I
D
 
D
R
 
R
E
 
E
T
 
L
L
 
L
V
 
V
A
 
E
S
 
S
A
 
A
R
 
R
R
 
L
T
 
T
G
 
G
C
 
A
V
 
V
V
 
V
V
 
T
A
 
A
E
 
E
D
 
E
D
 
H
W
 
S
L
 
V
T
 
I
Y
 
G
G
 
G
V
 
L
G
 
G
A
 
S
E
 
A
I
 
V
A
 
A
A
 
E
S
 
V
I
 
L
S
 
S
D
 
E

8a45F Structural analysis of 1-deoxy-d-xylulose 5-phosphate synthase from pseudomonas aeruginosa with 2-acetyl thiamine diphosphate (see paper)
28% identity, 78% coverage: 51:309/330 of query aligns to 315:556/573 of 8a45F

query
sites
8a45F
K
 
E
R
 
R
V
 
Y
R
 
F
D
 
D
T
 
V
P
 
A
I
|
I
A
 
A
E
|
E
E
 
Q
G
 
H
F
 
A
V
 
V
G
 
T
A
 
L
A
 
A
V
 
A
G
 
G
A
 
M
A
 
A
M
 
C
L
 
E
G
 
G
L
 
M
R
 
K
P
 
P
I
 
V
V
 
V
E
 
A
I
 
I
M
 
Y
T
 
S
I
 
-
N
 
T
F
|
F
S
 
L
L
 
Q
L
x
R
A
 
A
L
 
Y
D
 
D
Q
 
Q
I
 
L
V
 
I
N
 
H
H
 
D
A
 
V
A
 
A
K
 
V
I
 
Q
Y
 
H
G
 
-
M
 
-
F
 
-
G
 
-
G
 
-
Q
 
-
T
 
L
S
x
D
V
 
V
P
 
L
M
 
F
V
 
A
I
 
I
R
 
D
T
 
R
P
 
A
G
 
G
G
 
L
G
 
V
G
 
G
Q
 
E
Q
 
D
L
 
-
G
 
G
A
 
P
T
 
T
H
 
H
S
 
A
Q
 
G
N
 
S
I
 
F
E
 
D
L
 
I
-
 
S
Y
 
Y
Y
 
L
A
 
R
F
 
C
V
 
I
P
 
P
G
 
G
L
 
M
K
 
L
V
 
V
V
 
M
A
 
T
P
 
P
S
 
S
T
 
D
P
 
E
A
 
D
D
 
E
A
 
L
R
 
R
A
 
K
L
 
L
L
 
L
L
 
T
A
 
T
A
x
G
V
x
Y
R
 
L
D
x
F
D
 
D
D
 
G
P
 
P
V
 
A
L
 
-
F
 
-
L
 
-
E
 
-
N
 
-
L
 
-
A
 
A
L
 
V
Y
 
R
N
 
Y
T
 
P
K
 
R
G
 
G
E
 
S
V
 
G
P
 
P
D
 
N
-
 
H
-
 
P
-
 
I
-
x
D
-
 
P
D
|
D
L
 
L
G
 
Q
P
 
P
A
 
V
E
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
K
A
 
G
A
 
V
V
 
V
V
 
R
R
 
R
E
 
R
G
 
G
T
 
G
D
 
R
I
 
V
T
 
A
I
 
L
V
 
L
G
 
V
Y
 
F
S
 
G
R
 
V
M
 
Q
A
 
L
A
 
A
V
 
E
A
 
A
V
 
M
E
 
K
V
 
V
A
 
A
D
 
E
R
 
S
L
 
L
R
 
-
D
 
-
E
 
-
S
 
-
G
 
-
V
 
-
S
 
D
A
 
A
E
 
T
V
 
V
I
 
V
D
 
D
L
 
M
R
 
R
S
 
F
L
 
V
R
 
K
P
 
P
L
 
L
D
 
D
R
 
E
E
 
A
T
 
L
L
 
V
V
 
R
A
 
E
S
 
L
A
 
A
R
 
G
R
 
S
T
 
H
G
 
E
C
 
L
V
 
L
V
 
V
V
 
T
A
 
I
E
 
E
D
 
E
D
 
N
W
 
A
L
 
V
T
 
M
Y
 
G
G
 
G
V
 
A
G
 
G
A
 
S
E
 
A
I
 
V
A
 
G
A
 
E
S
 
F
I
 
L
S
 
-
D
 
-
G
 
-
A
 
A
F
 
S
D
 
E
H
 
G
L
 
L
D
 
E
A
 
V
P
 
P
V
 
L
R
 
L
R
 
Q
V
 
L
A
 
G
A
 
L
A
 
P
E
 
D
V
 
Y
P
 
Y
L
 
V
P
 
E
Y
 
H
A
 
A
K
 
K
P
 
P
L
 
S
E
 
E
T
 
M
A
 
L
A
 
A

Sites not aligning to the query:

8a5kA Structural analysis of 1-deoxy-d-xylulose 5-phosphate synthase from pseudomonas aeruginosa and klebsiella pneumoniae reveals conformational changes upon cofactor binding (see paper)
28% identity, 78% coverage: 51:309/330 of query aligns to 304:545/562 of 8a5kA

query
sites
8a5kA
K
 
E
R
 
R
V
 
Y
R
 
F
D
 
D
T
 
V
P
 
A
I
|
I
A
 
A
E
|
E
E
 
Q
G
 
H
F
 
A
V
 
V
G
 
T
A
 
L
A
 
A
V
 
A
G
 
G
A
 
M
A
 
A
M
 
C
L
 
E
G
 
G
L
 
M
R
 
K
P
 
P
I
 
V
V
 
V
E
 
A
I
 
I
M
 
Y
T
 
S
I
 
-
N
 
T
F
|
F
S
 
L
L
 
Q
L
x
R
A
 
A
L
 
Y
D
 
D
Q
 
Q
I
 
L
V
 
I
N
 
H
H
 
D
A
 
V
A
 
A
K
 
V
I
 
Q
Y
 
H
G
 
-
M
 
-
F
 
-
G
 
-
G
 
-
Q
 
-
T
 
L
S
 
D
V
 
V
P
 
L
M
 
F
V
 
A
I
 
I
R
 
D
T
 
R
P
 
A
G
 
G
G
 
L
G
 
V
G
 
G
Q
 
E
Q
 
D
L
 
-
G
 
G
A
 
P
T
 
T
H
 
H
S
 
A
Q
 
G
N
 
S
I
 
F
E
 
D
L
 
I
-
 
S
Y
 
Y
Y
 
L
A
 
R
F
 
C
V
 
I
P
 
P
G
 
G
L
 
M
K
 
L
V
 
V
V
 
M
A
 
T
P
 
P
S
 
S
T
 
D
P
 
E
A
 
D
D
 
E
A
 
L
R
 
R
A
 
K
L
 
L
L
 
L
L
 
T
A
 
T
A
 
G
V
 
Y
R
 
L
D
 
F
D
 
D
D
 
G
P
 
P
V
 
A
L
 
-
F
 
-
L
 
-
E
 
-
N
 
-
L
 
-
A
 
A
L
 
V
Y
 
R
N
 
Y
T
 
P
K
 
R
G
 
G
E
 
S
V
 
G
P
 
P
D
 
N
-
 
H
-
 
P
-
 
I
-
 
D
-
 
P
D
 
D
L
 
L
G
 
Q
P
 
P
A
 
V
E
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
K
A
 
G
A
 
V
V
 
V
V
 
R
R
 
R
E
 
R
G
 
G
T
 
G
D
 
R
I
 
V
T
 
A
I
 
L
V
 
L
G
 
V
Y
 
F
S
 
G
R
 
V
M
 
Q
A
 
L
A
 
A
V
 
E
A
 
A
V
 
M
E
 
K
V
 
V
A
 
A
D
 
E
R
 
S
L
 
L
R
 
-
D
 
-
E
 
-
S
 
-
G
 
-
V
 
-
S
 
D
A
 
A
E
 
T
V
 
V
I
 
V
D
 
D
L
 
M
R
 
R
S
 
F
L
 
V
R
 
K
P
 
P
L
 
L
D
 
D
R
 
E
E
 
A
T
 
L
L
 
V
V
 
R
A
 
E
S
 
L
A
 
A
R
 
G
R
 
S
T
 
H
G
 
E
C
 
L
V
 
L
V
 
V
V
 
T
A
 
I
E
 
E
D
 
E
D
 
N
W
 
A
L
 
V
T
 
M
Y
 
G
G
 
G
V
 
A
G
 
G
A
 
S
E
 
A
I
 
V
A
 
G
A
 
E
S
 
F
I
 
L
S
 
-
D
 
-
G
 
-
A
 
A
F
 
S
D
 
E
H
 
G
L
 
L
D
 
E
A
 
V
P
 
P
V
 
L
R
 
L
R
 
Q
V
 
L
A
 
G
A
 
L
A
 
P
E
 
D
V
 
Y
P
 
Y
L
 
V
P
 
E
Y
 
H
A
 
A
K
 
K
P
 
P
L
 
S
E
 
E
T
 
M
A
 
L
A
 
A

Sites not aligning to the query:

8a4dA 1-deoxy-d-xylulose 5-phosphate synthase from pseudomonas aeruginosa with a thiamine analog inhibitor (see paper)
28% identity, 78% coverage: 51:309/330 of query aligns to 304:545/564 of 8a4dA

query
sites
8a4dA
K
 
E
R
 
R
V
 
Y
R
 
F
D
 
D
T
 
V
P
 
A
I
|
I
A
 
A
E
|
E
E
 
Q
G
 
H
F
 
A
V
 
V
G
 
T
A
 
L
A
 
A
V
 
A
G
 
G
A
 
M
A
 
A
M
 
C
L
 
E
G
 
G
L
 
M
R
 
K
P
 
P
I
 
V
V
 
V
E
 
A
I
 
I
M
 
Y
T
 
S
I
 
-
N
 
T
F
|
F
S
 
L
L
 
Q
L
x
R
A
 
A
L
 
Y
D
 
D
Q
 
Q
I
 
L
V
 
I
N
 
H
H
 
D
A
 
V
A
 
A
K
 
V
I
 
Q
Y
 
H
G
 
-
M
 
-
F
 
-
G
 
-
G
 
-
Q
 
-
T
 
L
S
 
D
V
 
V
P
 
L
M
 
F
V
 
A
I
 
I
R
 
D
T
 
R
P
 
A
G
 
G
G
 
L
G
 
V
G
 
G
Q
 
E
Q
 
D
L
 
-
G
 
G
A
 
P
T
 
T
H
 
H
S
 
A
Q
 
G
N
 
S
I
 
F
E
 
D
L
 
I
-
 
S
Y
 
Y
Y
 
L
A
 
R
F
 
C
V
 
I
P
 
P
G
 
G
L
 
M
K
 
L
V
 
V
V
 
M
A
 
T
P
 
P
S
 
S
T
 
D
P
 
E
A
 
D
D
 
E
A
 
L
R
 
R
A
 
K
L
 
L
L
 
L
L
 
T
A
 
T
A
 
G
V
 
Y
R
 
L
D
 
F
D
 
D
D
 
G
P
 
P
V
 
A
L
 
-
F
 
-
L
 
-
E
 
-
N
 
-
L
 
-
A
 
A
L
 
V
Y
 
R
N
 
Y
T
 
P
K
 
R
G
 
G
E
 
S
V
 
G
P
 
P
D
 
N
-
 
H
-
 
P
-
 
I
-
 
D
-
 
P
D
 
D
L
 
L
G
 
Q
P
 
P
A
 
V
E
 
E
I
 
I
G
 
G
R
 
K
A
 
G
A
 
V
V
 
V
V
 
R
R
 
R
E
 
R
G
 
G
T
 
G
D
 
R
I
 
V
T
 
A
I
 
L
V
 
L
G
 
V
Y
 
F
S
 
G
R
 
V
M
 
Q
A
 
L
A
 
A
V
 
E
A
 
A
V
 
M
E
 
K
V
 
V
A
 
A
D
 
E
R
 
S
L
 
L
R
 
-
D
 
-
E
 
-
S
 
-
G
 
-
V
 
-
S
 
D
A
 
A
E
 
T
V
 
V
I
 
V
D
 
D
L
 
M
R
 
R
S
 
F
L
 
V
R
 
K
P
 
P
L
 
L
D
 
D
R
 
E
E
 
A
T
 
L
L
 
V
V
 
R
A
 
E
S
 
L
A
 
A
R
 
G
R
 
S
T
 
H
G
 
E
C
 
L
V
 
L
V
 
V
V
 
T
A
 
I
E
 
E
D
 
E
D
 
N
W
 
A
L
 
V
T
 
M
Y
 
G
G
 
G
V
 
A
G
 
G
A
 
S
E
 
A
I
 
V
A
 
G
A
 
E
S
 
F
I
 
L
S
 
-
D
 
-
G
 
-
A
 
A
F
 
S
D
 
E
H
 
G
L
 
L
D
 
E
A
 
V
P
 
P
V
 
L
R
 
L
R
 
Q
V
 
L
A
 
G
A
 
L
A
 
P
E
 
D
V
 
Y
P
 
Y
L
 
V
P
 
E
Y
 
H
A
 
A
K
 
K
P
 
P
L
 
S
E
 
E
T
 
M
A
 
L
A
 
A

Sites not aligning to the query:

8oghA Truncated 1-deoxy-d-xylulose 5-phosphate synthase (dxps) from mycobacterium tuberculosis with butylacetylphosphonate (bap) bound
30% identity, 75% coverage: 45:292/330 of query aligns to 270:509/549 of 8oghA

query
sites
8oghA
L
 
L
E
 
T
E
 
A
F
 
F
G
 
G
E
 
Q
K
 
R
-
 
F
-
 
P
-
 
D
R
 
R
V
 
L
R
 
F
D
 
D
T
 
V
P
 
G
I
|
I
A
 
A
E
|
E
E
 
Q
G
 
H
F
 
A
V
 
M
G
 
T
A
 
S
A
 
A
V
 
A
G
 
G
A
 
L
A
 
A
M
 
M
L
 
G
G
 
G
L
 
L
R
 
H
P
 
P
I
 
V
V
 
V
E
 
A
I
 
I
M
 
Y
T
 
S
I
 
-
N
 
T
F
|
F
S
 
L
L
 
N
L
 
R
A
 
A
L
 
F
D
 
D
Q
 
Q
I
 
I
V
 
M
N
 
M
H
 
D
A
 
V
A
 
A
K
 
L
I
 
-
Y
 
-
G
 
-
M
 
-
F
 
-
G
 
-
G
 
H
Q
 
K
T
 
L
S
 
P
V
 
V
P
 
T
M
 
M
V
 
V
I
 
L
R
 
D
T
 
R
P
 
A
G
 
G
G
 
I
G
 
T
G
 
G
Q
 
S
Q
x
D
L
 
-
G
 
G
A
 
A
T
 
S
H
 
H
S
 
N
Q
 
G
N
 
M
I
 
W
E
 
D
L
 
L
-
 
S
Y
 
M
Y
 
L
A
 
G
F
 
I
V
 
V
P
 
P
G
 
G
L
 
I
K
 
R
V
 
V
V
 
A
A
 
A
P
 
P
S
 
R
T
 
D
P
 
A
A
 
T
D
 
R
A
 
L
R
 
R
A
 
E
L
 
E
L
 
L
L
 
G
A
 
E
A
 
A
V
 
L
R
 
D
-
 
V
D
 
D
D
 
D
D
 
G
P
 
P
V
 
T
L
 
-
F
 
-
L
 
-
E
 
-
N
 
-
L
 
-
A
 
A
L
 
L
Y
 
R
N
 
F
T
 
P
K
 
K
G
 
G
E
 
D
V
 
V
P
 
G
D
 
E
D
 
D
L
 
I
-
 
S
-
 
A
-
 
L
-
 
E
-
 
R
-
 
R
G
 
G
P
 
G
A
 
V
E
 
D
I
 
V
G
 
L
R
 
A
A
 
A
A
 
P
V
 
A
V
 
D
R
 
G
E
 
L
G
 
N
T
 
H
D
 
D
I
 
V
T
 
L
I
 
L
V
 
V
G
 
A
Y
 
I
S
 
G
R
 
A
M
 
F
A
 
A
A
 
P
V
 
M
A
 
A
V
 
L
E
 
A
V
 
V
A
 
A
D
 
K
R
 
R
L
 
L
R
 
H
D
 
N
E
 
Q
S
 
-
G
 
G
V
 
I
S
 
G
A
 
V
E
 
T
V
 
V
I
 
I
D
 
D
L
 
P
R
 
R
S
 
W
L
 
V
R
 
L
P
 
P
L
 
V
D
 
S
-
 
D
-
 
G
-
 
V
R
 
R
E
 
E
T
 
L
L
 
A
V
 
V
A
 
-
S
 
-
A
 
-
R
 
-
R
 
Q
T
 
H
G
 
K
C
 
L
V
 
L
V
 
V
V
 
T
A
 
L
E
 
E
D
 
D
D
 
N
W
 
G
L
 
V
T
 
N
Y
 
G
G
 
G
V
 
A
G
 
G
A
 
S
E
 
A
I
 
V
A
 
S
A
 
A
S
 
A
I
 
L
S
 
R
D
 
R
G
 
A
A
 
-
F
 
-
D
 
-
H
 
E
L
 
I
D
 
D
A
 
V
P
 
P
V
 
C
R
 
R
R
 
D
V
 
V

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_005456121.1 NCBI__GCF_000244975.1:WP_005456121.1
MPVISYREALRNTLREELRRDDDVLLIGEEIGVFGGSYKITSGLLEEFGEKRVRDTPIAE
EGFVGAAVGAAMLGLRPIVEIMTINFSLLALDQIVNHAAKIYGMFGGQTSVPMVIRTPGG
GGQQLGATHSQNIELYYAFVPGLKVVAPSTPADARALLLAAVRDDDPVLFLENLALYNTK
GEVPDDLGPAEIGRAAVVREGTDITIVGYSRMAAVAVEVADRLRDESGVSAEVIDLRSLR
PLDRETLVASARRTGCVVVAEDDWLTYGVGAEIAASISDGAFDHLDAPVRRVAAAEVPLP
YAKPLETAALPSAESLHTAVLETLAAIGRR

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory