SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_006747829.1 NCBI__GCF_000227685.2:WP_006747829.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2nx3D Structural and mechanistic changes along an engineered path from metallo to non-metallo kdo8p synthase (see paper)
51% identity, 91% coverage: 14:267/280 of query aligns to 2:255/262 of 2nx3D

query
sites
2nx3D
F
 
F
F
 
L
L
 
V
I
 
I
S
 
A
G
 
G
P
 
P
C
x
N
V
 
A
I
 
I
E
 
E
S
 
S
E
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
L
L
 
L
D
 
K
T
 
V
A
 
G
G
 
E
T
 
E
L
 
I
K
 
K
S
 
R
I
 
L
T
 
S
E
 
E
A
 
K
L
 
F
G
 
K
-
 
E
I
 
V
P
 
E
F
 
F
I
 
V
Y
 
F
K
 
K
S
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
|
R
S
|
S
S
 
S
T
 
I
R
 
H
S
 
S
F
 
F
R
 
R
G
 
G
P
 
H
G
 
G
L
 
L
E
 
E
Q
 
Y
G
 
G
L
 
V
R
 
K
I
 
A
L
 
L
E
 
R
K
 
K
V
 
V
K
 
K
Q
 
E
D
 
E
L
 
F
N
 
G
V
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
 
D
V
 
I
H
 
H
E
 
E
D
 
S
T
 
W
P
 
Q
L
 
A
D
 
E
E
 
P
V
 
V
A
 
A
S
 
E
V
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
|
Q
T
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
N
 
D
F
 
L
I
 
L
Q
 
L
N
 
A
V
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
T
G
 
G
L
 
R
P
 
A
V
 
V
N
 
N
I
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
W
 
W
D
 
D
M
 
T
D
 
K
N
 
N
V
 
V
V
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
L
R
 
K
E
 
F
V
 
G
G
 
G
N
 
A
D
 
K
R
 
E
I
 
I
M
 
Y
V
 
L
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
N
L
 
L
I
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
G
 
S
L
 
L
A
 
P
V
 
I
M
 
M
R
 
K
R
 
Q
T
 
W
D
 
-
C
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
Q
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
K
 
L
G
 
G
S
 
D
A
x
K
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
V
 
C
S
 
D
G
 
G
L
 
V
F
 
F
M
 
M
E
 
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
D
 
E
P
 
P
E
 
E
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
S
 
S
D
|
D
G
 
A
P
 
P
N
 
T
A
 
A
W
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
S
R
 
Q
M
 
L
R
 
E
E
 
G
L
 
I
L
 
I
E
 
E
T
 
A
L
 
I
V
 
L
D
 
E
L
 
I
D
 
R
R
 
E
V
 
V
A
 
A

3e0iA Cu2+ substituted aquifex aeolicus kdo8ps in complex with pep (see paper)
51% identity, 91% coverage: 14:267/280 of query aligns to 3:256/263 of 3e0iA

query
sites
3e0iA
F
 
F
F
 
L
L
 
V
I
 
I
S
 
A
G
 
G
P
 
P
C
|
C
V
 
A
I
 
I
E
 
E
S
 
S
E
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
L
L
 
L
D
 
K
T
 
V
A
 
G
G
 
E
T
 
E
L
 
I
K
 
K
S
 
R
I
 
L
T
 
S
E
 
E
A
 
K
L
 
F
G
 
K
-
 
E
I
 
V
P
 
E
F
 
F
I
 
V
Y
 
F
K
|
K
S
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
 
N
R
|
R
S
|
S
S
 
S
T
 
I
R
 
H
S
 
S
F
 
F
R
 
R
G
 
G
P
 
H
G
 
G
L
 
L
E
 
E
Q
 
Y
G
 
G
L
 
V
R
 
K
I
 
A
L
 
L
E
 
R
K
 
K
V
 
V
K
 
K
Q
 
E
D
 
E
L
 
F
N
 
G
V
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
 
D
V
 
I
H
 
H
E
 
E
D
 
S
T
 
W
P
 
Q
L
 
A
D
 
E
E
 
P
V
 
V
A
 
A
S
 
E
V
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
|
Q
T
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
N
 
D
F
 
L
I
 
L
Q
 
L
N
 
A
V
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
T
G
 
G
L
 
R
P
 
A
V
 
V
N
 
N
I
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
W
 
W
D
 
D
M
 
T
D
 
K
N
 
N
V
 
V
V
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
L
R
 
K
E
 
F
V
 
G
G
 
G
N
 
A
D
 
K
R
 
E
I
 
I
M
 
Y
V
 
L
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
N
L
 
L
I
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
G
 
S
L
 
L
A
 
P
V
 
I
M
 
M
R
 
K
R
 
Q
T
 
W
D
 
-
C
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
Q
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
K
 
L
G
 
G
S
 
D
A
x
K
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
V
 
C
S
 
D
G
 
G
L
 
V
F
 
F
M
 
M
E
|
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
D
 
E
P
 
P
E
 
E
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
A
P
 
S
N
 
T
A
 
Q
W
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
S
R
 
Q
M
 
L
R
 
E
E
 
G
L
 
I
L
 
I
E
 
E
T
 
A
L
 
I
V
 
L
D
 
E
L
 
I
D
 
R
R
 
E
V
 
V
A
 
A

2a21A Aquifex aeolicus kdo8ps in complex with pep, po4, and zn2+ (see paper)
51% identity, 91% coverage: 14:267/280 of query aligns to 3:256/263 of 2a21A

query
sites
2a21A
F
 
F
F
 
L
L
 
V
I
 
I
S
 
A
G
 
G
P
 
P
C
|
C
V
 
A
I
 
I
E
 
E
S
 
S
E
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
L
L
 
L
D
 
K
T
 
V
A
 
G
G
 
E
T
 
E
L
 
I
K
 
K
S
 
R
I
 
L
T
 
S
E
 
E
A
 
K
L
 
F
G
 
K
-
 
E
I
 
V
P
 
E
F
 
F
I
 
V
Y
 
F
K
|
K
S
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
 
N
R
|
R
S
|
S
S
 
S
T
 
I
R
 
H
S
 
S
F
 
F
R
 
R
G
 
G
P
 
H
G
 
G
L
 
L
E
 
E
Q
 
Y
G
 
G
L
 
V
R
 
K
I
 
A
L
 
L
E
 
R
K
 
K
V
 
V
K
 
K
Q
 
E
D
 
E
L
 
F
N
 
G
V
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
 
D
V
 
I
H
 
H
E
 
E
D
 
S
T
 
W
P
 
Q
L
 
A
D
 
E
E
 
P
V
 
V
A
 
A
S
 
E
V
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
|
Q
T
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
N
 
D
F
 
L
I
 
L
Q
 
L
N
 
A
V
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
T
G
 
G
L
 
R
P
 
A
V
 
V
N
 
N
I
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
W
 
W
D
 
D
M
 
T
D
 
K
N
 
N
V
 
V
V
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
L
R
 
K
E
 
F
V
 
G
G
 
G
N
 
A
D
 
K
R
 
E
I
 
I
M
 
Y
V
 
L
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
N
L
 
L
I
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
G
 
S
L
 
L
A
 
P
V
 
I
M
 
M
R
 
K
R
 
Q
T
 
W
D
 
-
C
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
Q
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
K
 
L
G
 
G
S
 
D
A
 
K
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
V
 
C
S
 
D
G
 
G
L
 
V
F
 
F
M
 
M
E
|
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
D
 
E
P
 
P
E
 
E
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
S
 
S
D
|
D
G
 
A
P
 
S
N
 
T
A
 
Q
W
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
S
R
 
Q
M
 
L
R
 
E
E
 
G
L
 
I
L
 
I
E
 
E
T
 
A
L
 
I
V
 
L
D
 
E
L
 
I
D
 
R
R
 
E
V
 
V
A
 
A

1jcyA Aquifex aeolicus kdo8p synthase in complex with r5p, pep and cadmium (see paper)
51% identity, 91% coverage: 14:267/280 of query aligns to 3:256/263 of 1jcyA

query
sites
1jcyA
F
 
F
F
 
L
L
 
V
I
 
I
S
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
C
V
 
A
I
 
I
E
 
E
S
 
S
E
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
L
L
 
L
D
 
K
T
 
V
A
 
G
G
 
E
T
 
E
L
 
I
K
 
K
S
 
R
I
 
L
T
 
S
E
 
E
A
 
K
L
 
F
G
 
K
-
 
E
I
 
V
P
 
E
F
 
F
I
 
V
Y
 
F
K
|
K
S
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
|
R
S
|
S
S
 
S
T
 
I
R
 
H
S
 
S
F
 
F
R
 
R
G
 
G
P
 
H
G
 
G
L
 
L
E
 
E
Q
 
Y
G
 
G
L
 
V
R
 
K
I
 
A
L
 
L
E
 
R
K
 
K
V
 
V
K
 
K
Q
 
E
D
 
E
L
 
F
N
 
G
V
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
 
D
V
 
I
H
 
H
E
 
E
D
 
S
T
 
W
P
 
Q
L
 
A
D
 
E
E
 
P
V
 
V
A
 
A
S
 
E
V
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
|
Q
T
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
N
 
D
F
 
L
I
 
L
Q
 
L
N
 
A
V
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
T
G
 
G
L
 
R
P
 
A
V
 
V
N
 
N
I
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
W
 
W
D
 
D
M
 
T
D
 
K
N
 
N
V
 
V
V
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
L
R
 
K
E
 
F
V
 
G
G
 
G
N
 
A
D
 
K
R
 
E
I
 
I
M
 
Y
V
 
L
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
N
L
 
L
I
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
G
 
S
L
 
L
A
 
P
V
 
I
M
 
M
R
 
K
R
 
Q
T
 
W
D
 
-
C
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
|
Q
Q
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
K
 
L
G
 
G
S
 
D
A
 
K
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
V
 
C
S
 
D
G
 
G
L
 
V
F
 
F
M
 
M
E
 
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
D
 
E
P
 
P
E
 
E
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
A
P
 
S
N
 
T
A
 
Q
W
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
S
R
 
Q
M
 
L
R
 
E
E
 
G
L
 
I
L
 
I
E
 
E
T
 
A
L
 
I
V
 
L
D
 
E
L
 
I
D
 
R
R
 
E
V
 
V
A
 
A

1fwwA Aquifex aeolicus kdo8p synthase in complex with pep, a5p and cadmium (see paper)
51% identity, 91% coverage: 14:267/280 of query aligns to 3:256/263 of 1fwwA

query
sites
1fwwA
F
 
F
F
 
L
L
 
V
I
 
I
S
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
C
V
 
A
I
 
I
E
 
E
S
 
S
E
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
L
L
 
L
D
 
K
T
 
V
A
 
G
G
 
E
T
 
E
L
 
I
K
 
K
S
 
R
I
 
L
T
 
S
E
 
E
A
 
K
L
 
F
G
 
K
-
 
E
I
 
V
P
 
E
F
 
F
I
 
V
Y
 
F
K
|
K
S
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
|
R
S
|
S
S
 
S
T
 
I
R
 
H
S
 
S
F
 
F
R
 
R
G
 
G
P
 
H
G
 
G
L
 
L
E
 
E
Q
 
Y
G
 
G
L
 
V
R
 
K
I
 
A
L
 
L
E
 
R
K
 
K
V
 
V
K
 
K
Q
 
E
D
 
E
L
 
F
N
 
G
V
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
 
D
V
 
I
H
 
H
E
 
E
D
 
S
T
 
W
P
 
Q
L
 
A
D
 
E
E
 
P
V
 
V
A
 
A
S
 
E
V
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
|
Q
T
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
N
 
D
F
 
L
I
 
L
Q
 
L
N
 
A
V
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
T
G
 
G
L
 
R
P
 
A
V
 
V
N
 
N
I
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
W
 
W
D
 
D
M
 
T
D
 
K
N
 
N
V
 
V
V
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
L
R
 
K
E
 
F
V
 
G
G
 
G
N
 
A
D
 
K
R
 
E
I
 
I
M
 
Y
V
 
L
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
N
L
 
L
I
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
G
 
S
L
 
L
A
 
P
V
 
I
M
 
M
R
 
K
R
 
Q
T
 
W
D
 
-
C
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
Q
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
K
 
L
G
 
G
S
 
D
A
 
K
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
V
 
C
S
 
D
G
 
G
L
 
V
F
 
F
M
 
M
E
 
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
D
 
E
P
 
P
E
 
E
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
S
 
S
D
|
D
G
 
A
P
 
S
N
 
T
A
 
Q
W
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
S
R
 
Q
M
 
L
R
 
E
E
 
G
L
 
I
L
 
I
E
 
E
T
 
A
L
 
I
V
 
L
D
 
E
L
 
I
D
 
R
R
 
E
V
 
V
A
 
A

1fwtA Aquifex aeolicus kdo8p synthase in complex with pep, e4p and cadmium (see paper)
51% identity, 91% coverage: 14:267/280 of query aligns to 3:256/263 of 1fwtA

query
sites
1fwtA
F
 
F
F
 
L
L
 
V
I
 
I
S
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
C
V
 
A
I
 
I
E
 
E
S
 
S
E
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
L
L
 
L
D
 
K
T
 
V
A
 
G
G
 
E
T
 
E
L
 
I
K
 
K
S
 
R
I
 
L
T
 
S
E
 
E
A
 
K
L
 
F
G
 
K
-
 
E
I
 
V
P
 
E
F
 
F
I
 
V
Y
 
F
K
|
K
S
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
|
R
S
|
S
S
 
S
T
 
I
R
 
H
S
 
S
F
 
F
R
 
R
G
 
G
P
 
H
G
 
G
L
 
L
E
 
E
Q
 
Y
G
 
G
L
 
V
R
 
K
I
 
A
L
 
L
E
 
R
K
 
K
V
 
V
K
 
K
Q
 
E
D
 
E
L
 
F
N
 
G
V
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
 
D
V
 
I
H
 
H
E
 
E
D
 
S
T
 
W
P
 
Q
L
 
A
D
 
E
E
 
P
V
 
V
A
 
A
S
 
E
V
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
|
Q
T
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
N
 
D
F
 
L
I
 
L
Q
 
L
N
 
A
V
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
T
G
 
G
L
 
R
P
 
A
V
 
V
N
 
N
I
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
W
 
W
D
 
D
M
 
T
D
 
K
N
 
N
V
 
V
V
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
L
R
 
K
E
 
F
V
 
G
G
 
G
N
 
A
D
 
K
R
 
E
I
 
I
M
 
Y
V
 
L
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
N
L
 
L
I
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
G
 
S
L
 
L
A
 
P
V
 
I
M
 
M
R
 
K
R
 
Q
T
 
W
D
 
-
C
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
Q
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
K
 
L
G
 
G
S
 
D
A
 
K
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
V
 
C
S
 
D
G
 
G
L
 
V
F
 
F
M
 
M
E
 
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
D
 
E
P
 
P
E
 
E
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
A
P
 
S
N
 
T
A
 
Q
W
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
S
R
 
Q
M
 
L
R
 
E
E
 
G
L
 
I
L
 
I
E
 
E
T
 
A
L
 
I
V
 
L
D
 
E
L
 
I
D
 
R
R
 
E
V
 
V
A
 
A

3undB Substrate-bound crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from burkholderia pseudomallei (see paper)
50% identity, 96% coverage: 5:274/280 of query aligns to 11:282/284 of 3undB

query
sites
3undB
G
 
G
F
 
V
E
 
T
A
 
A
G
 
G
L
 
N
D
 
S
R
 
L
P
 
P
F
 
F
F
 
V
L
 
L
I
 
F
S
 
G
G
 
G
P
 
I
C
x
N
V
 
V
I
 
L
E
 
E
S
 
S
E
 
L
E
 
D
L
 
F
A
 
T
L
 
L
D
 
D
T
 
V
A
 
C
G
 
G
T
 
E
L
 
Y
K
 
V
S
 
A
I
 
V
T
 
T
E
 
R
A
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
P
 
P
F
 
F
I
 
V
Y
 
F
K
|
K
S
 
A
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
|
R
S
|
S
S
 
S
T
 
I
R
 
H
S
 
S
F
 
Y
R
 
R
G
 
G
P
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
D
Q
 
E
G
 
G
L
 
L
R
 
K
I
 
I
L
 
F
E
 
A
K
 
E
V
 
V
K
 
K
Q
 
A
D
 
R
L
 
F
N
 
G
V
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
I
T
 
T
D
 
D
V
 
V
H
 
H
E
 
E
D
 
A
T
 
E
P
 
Q
L
 
A
D
 
A
E
 
P
V
 
V
A
 
A
S
 
E
V
 
I
V
 
A
D
 
D
V
 
V
L
 
L
Q
|
Q
T
 
V
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
A
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
N
 
D
F
 
L
I
 
V
Q
 
V
N
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
K
Q
 
A
G
 
G
L
 
K
P
 
P
V
 
V
N
 
N
I
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
P
Q
 
Q
F
 
F
L
 
M
A
 
S
P
 
P
W
 
T
D
 
Q
M
 
L
D
 
K
N
 
H
V
 
V
V
 
V
D
 
S
K
 
K
A
 
C
R
 
G
E
 
E
V
 
V
G
 
G
N
 
N
D
 
D
R
 
R
I
 
V
M
 
M
V
 
L
C
 
C
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
S
S
 
S
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
D
T
 
N
L
 
L
I
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
M
R
 
L
G
 
G
L
 
F
A
 
R
V
 
Q
M
 
M
R
 
A
R
 
E
T
 
T
D
 
T
-
 
G
-
 
G
C
 
C
P
 
P
V
 
V
V
 
I
F
 
F
D
 
D
A
 
V
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
L
Q
|
Q
Q
 
C
P
x
R
G
 
D
G
 
P
K
 
L
G
 
G
S
 
D
A
|
A
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
R
R
 
R
E
 
R
F
 
Q
V
 
V
P
 
L
V
 
D
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
G
V
 
I
A
 
A
A
 
V
G
 
G
V
 
I
S
 
A
G
 
G
L
 
L
F
 
F
M
 
L
E
 
E
T
 
A
H
 
H
P
 
P
D
 
D
P
 
P
E
 
D
Q
 
R
A
 
A
L
 
R
S
x
C
D
|
D
G
 
G
P
 
P
N
 
S
A
 
A
W
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
H
R
 
Q
M
 
L
R
 
E
E
 
G
L
 
L
L
 
L
E
 
S
T
 
Q
L
 
M
V
 
K
D
 
A
L
 
I
D
 
D
R
 
D
V
 
L
A
 
V
K
 
K
A
 
R
R
 
M
P
 
P
F
 
A
A
 
L
E
 
E

2nx1A Structural and mechanistic changes along an engineered path from metallo to non-metallo kdo8p synthase (see paper)
51% identity, 91% coverage: 14:267/280 of query aligns to 3:256/263 of 2nx1A

query
sites
2nx1A
F
 
F
F
 
L
L
 
V
I
 
I
S
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
N
V
 
A
I
 
I
E
 
E
S
 
S
E
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
L
L
 
L
D
 
K
T
 
V
A
 
G
G
 
E
T
 
E
L
 
I
K
 
K
S
 
R
I
 
L
T
 
S
E
 
E
A
 
K
L
 
F
G
 
K
-
 
E
I
 
V
P
 
E
F
 
F
I
 
V
Y
 
F
K
|
K
S
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
|
R
S
|
S
S
 
S
T
 
I
R
 
H
S
 
S
F
 
F
R
 
R
G
 
G
P
 
H
G
 
G
L
 
L
E
 
E
Q
 
Y
G
 
G
L
 
V
R
 
K
I
 
A
L
 
L
E
 
R
K
 
K
V
 
V
K
 
K
Q
 
E
D
 
E
L
 
F
N
 
G
V
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
 
D
V
 
I
H
 
H
E
 
E
D
 
S
T
 
W
P
 
Q
L
 
A
D
 
E
E
 
P
V
 
V
A
 
A
S
 
E
V
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
|
Q
T
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
N
 
D
F
 
L
I
 
L
Q
 
L
N
 
A
V
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
T
G
 
G
L
 
R
P
 
A
V
 
V
N
 
N
I
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
W
 
W
D
 
D
M
 
T
D
 
K
N
 
N
V
 
V
V
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
L
R
 
K
E
 
F
V
 
G
G
 
G
N
 
A
D
 
K
R
 
E
I
 
I
M
 
Y
V
 
L
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
N
L
 
L
I
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
G
 
S
L
 
L
A
 
P
V
 
I
M
 
M
R
 
K
R
 
Q
T
 
W
D
 
-
C
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
Q
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
K
 
L
G
 
G
S
 
D
A
 
K
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
V
 
C
S
 
D
G
 
G
L
 
V
F
 
F
M
 
M
E
 
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
D
 
E
P
 
P
E
 
E
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
S
 
S
D
|
D
G
 
A
P
 
S
N
 
T
A
 
Q
W
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
S
R
 
Q
M
 
L
R
 
E
E
 
G
L
 
I
L
 
I
E
 
E
T
 
A
L
 
I
V
 
L
D
 
E
L
 
I
D
 
R
R
 
E
V
 
V
A
 
A

1g7vA Crystal structures of kdo8p synthase in its binary complexes with the mechanism-based inhibitor (see paper)
47% identity, 93% coverage: 11:269/280 of query aligns to 16:276/284 of 1g7vA

query
sites
1g7vA
D
 
D
R
 
L
P
 
P
F
 
F
F
 
V
L
 
L
I
 
F
S
 
G
G
 
G
P
 
M
C
x
N
V
 
V
I
 
L
E
 
E
S
 
S
E
 
R
E
 
D
L
 
L
A
 
A
L
 
M
D
 
R
T
 
I
A
 
C
G
 
E
T
 
H
L
 
Y
K
 
V
S
 
T
I
 
V
T
 
T
E
 
Q
A
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
P
 
P
F
 
Y
I
 
V
Y
 
F
K
 
K
S
 
A
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
|
R
S
 
S
S
 
S
T
 
I
R
 
H
S
 
S
F
 
Y
R
 
R
G
 
G
P
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
E
Q
 
E
G
 
G
L
 
M
R
 
K
I
 
I
L
 
F
E
 
Q
K
 
E
V
 
L
K
 
K
Q
 
Q
D
 
T
L
 
F
N
 
G
V
 
V
P
 
K
V
 
I
L
 
I
T
 
T
D
 
D
V
 
V
H
 
H
E
 
E
D
 
P
T
 
S
P
 
Q
L
 
A
D
 
Q
E
 
P
V
 
V
A
 
A
S
 
D
V
 
V
V
 
V
D
 
D
V
 
V
L
 
I
Q
 
Q
T
 
L
P
 
P
A
 
A
F
|
F
L
 
L
C
 
A
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
N
 
D
F
 
L
I
 
V
Q
 
E
N
 
A
V
 
M
A
 
A
R
 
K
Q
 
T
G
 
G
L
 
A
P
 
V
V
 
I
N
 
N
I
 
V
K
 
K
K
 
K
G
 
P
Q
 
Q
F
 
F
L
 
V
A
 
S
P
 
P
W
 
G
D
 
Q
M
 
M
D
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
V
D
 
D
K
 
K
A
 
F
R
 
K
E
 
E
V
 
G
G
 
G
N
 
N
D
 
E
R
 
K
I
 
V
M
 
I
V
 
L
C
 
C
E
 
D
R
|
R
G
 
G
V
 
A
S
 
N
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
D
T
 
N
L
 
L
I
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
M
R
 
L
G
 
G
L
 
F
A
 
S
V
 
I
M
 
M
R
 
K
R
 
K
T
 
V
-
 
S
-
 
G
D
 
N
C
 
S
P
 
P
V
 
V
V
 
I
F
 
F
D
 
D
A
 
V
T
 
T
H
|
H
S
 
A
V
 
L
Q
|
Q
Q
 
C
P
 
R
G
 
D
G
 
P
K
 
F
G
 
G
S
 
A
A
 
A
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
R
R
 
R
E
 
A
F
 
Q
V
 
V
P
 
A
V
 
E
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
G
V
 
M
A
 
A
A
 
V
G
 
G
V
 
L
S
 
A
G
 
G
L
 
L
F
 
F
M
 
I
E
 
E
T
 
A
H
 
H
P
 
P
D
 
D
P
 
P
E
 
E
Q
 
H
A
|
A
L
 
K
S
 
C
D
|
D
G
|
G
P
|
P
N
 
S
A
 
A
W
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
A
R
 
K
M
 
L
R
 
E
E
 
P
L
 
F
L
 
L
E
 
K
T
 
Q
L
 
M
V
 
K
D
 
A
L
 
I
D
 
D
R
 
D
V
 
L
A
 
V
K
 
K
A
 
G

3e12A Cu2+ substituted aquifex aeolicus kdo8ps in complex with kdo8p (see paper)
50% identity, 91% coverage: 14:267/280 of query aligns to 3:251/258 of 3e12A

query
sites
3e12A
F
 
F
F
 
L
L
 
V
I
 
I
S
 
A
G
 
G
P
 
P
C
|
C
V
 
A
I
 
I
E
 
E
S
 
S
E
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
L
L
 
L
D
 
K
T
 
V
A
 
G
G
 
E
T
 
E
L
 
I
K
 
K
S
 
R
I
 
L
T
 
S
E
 
E
A
 
K
L
 
F
G
 
K
-
 
E
I
 
V
P
 
E
F
 
F
I
 
V
Y
 
F
K
|
K
S
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
|
R
S
|
S
S
 
S
T
 
I
R
 
H
S
 
S
F
 
F
R
 
R
G
 
G
P
 
H
G
 
G
L
 
L
E
 
E
Q
 
Y
G
 
G
L
 
V
R
 
K
I
 
A
L
 
L
E
 
R
K
 
K
V
 
V
K
 
K
Q
 
E
D
 
E
L
 
F
N
 
G
V
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
 
D
V
 
I
H
 
H
E
 
E
D
 
S
T
 
W
P
 
Q
L
 
A
D
 
E
E
 
P
V
 
V
A
 
A
S
 
E
V
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
|
Q
T
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
N
 
D
F
 
L
I
 
L
Q
 
L
N
 
A
V
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
T
G
 
G
L
 
R
P
 
A
V
 
V
N
 
N
I
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
W
 
W
D
 
D
M
 
T
D
 
K
N
 
N
V
 
V
V
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
L
R
 
K
E
 
F
V
 
G
G
 
G
N
 
A
D
 
K
R
 
E
I
 
I
M
 
Y
V
 
L
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
N
L
 
L
I
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
G
 
S
L
 
L
A
 
P
V
 
I
M
 
M
R
 
K
R
 
Q
T
 
W
D
 
-
C
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
Q
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
K
 
-
G
 
-
S
 
-
A
 
-
S
 
-
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
V
 
C
S
 
D
G
 
G
L
 
V
F
 
F
M
 
M
E
|
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
D
 
E
P
 
P
E
 
E
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
S
 
S
D
|
D
G
 
A
P
 
S
N
 
T
A
 
Q
W
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
S
R
 
Q
M
 
L
R
 
E
E
 
G
L
 
I
L
 
I
E
 
E
T
 
A
L
 
I
V
 
L
D
 
E
L
 
I
D
 
R
R
 
E
V
 
V
A
 
A

1g7uA Crystal structures of kdo8p synthase in its binary complex with substrate phosphoenol pyruvate (see paper)
47% identity, 92% coverage: 11:268/280 of query aligns to 16:275/284 of 1g7uA

query
sites
1g7uA
D
 
D
R
 
L
P
 
P
F
 
F
F
 
V
L
 
L
I
 
F
S
 
G
G
 
G
P
 
M
C
 
N
V
 
V
I
 
L
E
 
E
S
 
S
E
 
R
E
 
D
L
 
L
A
 
A
L
 
M
D
 
R
T
 
I
A
 
C
G
 
E
T
 
H
L
 
Y
K
 
V
S
 
T
I
 
V
T
 
T
E
 
Q
A
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
P
 
P
F
 
Y
I
 
V
Y
 
F
K
 
K
S
 
A
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
 
K
A
 
A
N
 
N
R
 
R
S
 
S
S
 
S
T
 
I
R
 
H
S
 
S
F
 
Y
R
 
R
G
 
G
P
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
E
Q
 
E
G
 
G
L
 
M
R
 
K
I
 
I
L
 
F
E
 
Q
K
 
E
V
 
L
K
 
K
Q
 
Q
D
 
T
L
 
F
N
 
G
V
 
V
P
 
K
V
 
I
L
 
I
T
 
T
D
 
D
V
 
V
H
 
H
E
 
E
D
 
P
T
 
S
P
 
Q
L
 
A
D
 
Q
E
 
P
V
 
V
A
 
A
S
 
D
V
 
V
V
 
V
D
 
D
V
 
V
L
 
I
Q
 
Q
T
 
L
P
 
P
A
 
A
F
|
F
L
 
L
C
 
A
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
N
 
D
F
 
L
I
 
V
Q
 
E
N
 
A
V
 
M
A
 
A
R
 
K
Q
 
T
G
 
G
L
 
A
P
 
V
V
 
I
N
 
N
I
 
V
K
 
K
K
 
K
G
 
P
Q
 
Q
F
 
F
L
 
V
A
 
S
P
 
P
W
 
G
D
 
Q
M
 
M
D
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
V
D
 
D
K
 
K
A
 
F
R
 
K
E
 
E
V
 
G
G
 
G
N
 
N
D
 
E
R
 
K
I
 
V
M
 
I
V
 
L
C
 
C
E
 
D
R
|
R
G
 
G
V
 
A
S
 
N
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
D
T
 
N
L
 
L
I
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
M
R
 
L
G
 
G
L
 
F
A
 
S
V
 
I
M
 
M
R
 
K
R
 
K
T
 
V
-
 
S
-
 
G
D
 
N
C
 
S
P
 
P
V
 
V
V
 
I
F
 
F
D
 
D
A
 
V
T
 
T
H
|
H
S
 
A
V
 
L
Q
 
Q
Q
 
C
P
 
R
G
 
D
G
 
P
K
 
F
G
 
V
S
 
A
A
 
A
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
R
R
 
R
E
 
A
F
 
Q
V
 
V
P
 
A
V
 
E
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
G
V
 
M
A
 
A
A
 
V
G
 
G
V
 
L
S
 
A
G
 
G
L
 
L
F
 
F
M
 
I
E
 
E
T
 
A
H
 
H
P
 
P
D
 
D
P
 
P
E
 
E
Q
 
H
A
 
A
L
 
K
S
 
C
D
 
D
G
 
G
P
 
P
N
 
S
A
 
A
W
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
A
R
 
K
M
 
L
R
 
E
E
 
P
L
 
F
L
 
L
E
 
K
T
 
Q
L
 
M
V
 
K
D
 
A
L
 
I
D
 
D
R
 
D
V
 
L
A
 
V
K
 
K

1pe1A Aquifex aeolicus kdo8ps in complex with cadmium and 2-pga (see paper)
50% identity, 91% coverage: 14:267/280 of query aligns to 4:251/258 of 1pe1A

query
sites
1pe1A
F
 
F
F
 
L
L
 
V
I
 
I
S
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
C
V
 
A
I
 
I
E
 
E
S
 
S
E
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
L
L
 
L
D
 
K
T
 
V
A
 
G
G
 
E
T
 
E
L
 
I
K
 
K
S
 
R
I
 
L
T
 
S
E
 
E
A
 
K
L
 
F
G
 
K
-
 
E
I
 
V
P
 
E
F
 
F
I
 
V
Y
 
F
K
|
K
S
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
 
K
A
 
A
N
 
N
R
 
R
S
 
S
S
 
S
T
 
I
R
 
H
S
 
S
F
 
F
R
 
R
G
 
G
P
 
H
G
 
G
L
 
L
E
 
E
Q
 
Y
G
 
G
L
 
V
R
 
K
I
 
A
L
 
L
E
 
R
K
 
K
V
 
V
K
 
K
Q
 
E
D
 
E
L
 
F
N
 
G
V
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
|
D
V
 
I
H
 
H
E
 
E
D
 
S
T
 
W
P
 
Q
L
 
A
D
 
E
E
 
P
V
 
V
A
 
A
S
 
E
V
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
|
Q
T
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
N
 
D
F
 
L
I
 
L
Q
 
L
N
 
A
V
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
T
G
 
G
L
 
R
P
 
A
V
 
V
N
 
N
I
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
W
 
W
D
 
D
M
 
T
D
 
K
N
 
N
V
 
V
V
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
L
R
 
K
E
 
F
V
 
G
G
 
G
N
 
A
D
 
K
R
 
E
I
 
I
M
 
Y
V
 
L
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
N
L
 
L
I
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
G
 
S
L
 
L
A
 
P
V
 
I
M
 
M
R
 
K
R
 
Q
T
 
W
D
 
-
C
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
Q
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
-
K
 
-
G
 
-
S
 
-
A
 
-
S
 
-
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
V
 
C
S
 
D
G
 
G
L
 
V
F
 
F
M
 
M
E
 
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
D
 
E
P
 
P
E
 
E
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
A
P
 
S
N
 
T
A
 
Q
W
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
S
R
 
Q
M
 
L
R
 
E
E
 
G
L
 
I
L
 
I
E
 
E
T
 
A
L
 
I
V
 
L
D
 
E
L
 
I
D
 
R
R
 
E
V
 
V
A
 
A

1pcwA Aquifex aeolicus kdo8ps in complex with cadmium and app, a bisubstrate inhibitor (see paper)
50% identity, 91% coverage: 14:267/280 of query aligns to 3:250/257 of 1pcwA

query
sites
1pcwA
F
 
F
F
 
L
L
 
V
I
 
I
S
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
C
V
 
A
I
 
I
E
 
E
S
 
S
E
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
L
L
 
L
D
 
K
T
 
V
A
 
G
G
 
E
T
 
E
L
 
I
K
 
K
S
 
R
I
 
L
T
 
S
E
 
E
A
 
K
L
 
F
G
 
K
-
 
E
I
 
V
P
 
E
F
 
F
I
 
V
Y
 
F
K
 
K
S
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
|
R
S
|
S
S
 
S
T
 
I
R
 
H
S
 
S
F
 
F
R
 
R
G
 
G
P
 
H
G
 
G
L
 
L
E
 
E
Q
 
Y
G
 
G
L
 
V
R
 
K
I
 
A
L
 
L
E
 
R
K
 
K
V
 
V
K
 
K
Q
 
E
D
 
E
L
 
F
N
 
G
V
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
 
D
V
 
I
H
 
H
E
 
E
D
 
S
T
 
W
P
 
Q
L
 
A
D
 
E
E
 
P
V
 
V
A
 
A
S
 
E
V
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
 
Q
T
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
N
 
D
F
 
L
I
 
L
Q
 
L
N
 
A
V
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
T
G
 
G
L
 
R
P
 
A
V
 
V
N
 
N
I
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
W
 
W
D
 
D
M
 
T
D
 
K
N
 
N
V
 
V
V
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
L
R
 
K
E
 
F
V
 
G
G
 
G
N
 
A
D
 
K
R
 
E
I
 
I
M
 
Y
V
 
L
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
N
L
 
L
I
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
G
 
S
L
 
L
A
 
P
V
 
I
M
 
M
R
 
K
R
 
Q
T
 
W
D
 
-
C
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
|
Q
Q
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
-
K
 
-
G
 
-
S
 
-
A
 
-
S
 
-
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
V
 
C
S
 
D
G
 
G
L
 
V
F
 
F
M
 
M
E
 
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
D
 
E
P
 
P
E
 
E
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
S
 
S
D
|
D
G
 
A
P
 
S
N
 
T
A
 
Q
W
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
S
R
 
Q
M
 
L
R
 
E
E
 
G
L
 
I
L
 
I
E
 
E
T
 
A
L
 
I
V
 
L
D
 
E
L
 
I
D
 
R
R
 
E
V
 
V
A
 
A

1pckA Aquifex aeolicus kdo8ps in complex with z-methyl-pep (see paper)
50% identity, 91% coverage: 14:267/280 of query aligns to 3:251/258 of 1pckA

query
sites
1pckA
F
 
F
F
 
L
L
 
V
I
 
I
S
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
C
V
 
A
I
 
I
E
 
E
S
 
S
E
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
L
L
 
L
D
 
K
T
 
V
A
 
G
G
 
E
T
 
E
L
 
I
K
 
K
S
 
R
I
 
L
T
 
S
E
 
E
A
 
K
L
 
F
G
 
K
-
 
E
I
 
V
P
 
E
F
 
F
I
 
V
Y
 
F
K
|
K
S
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
 
R
S
 
S
S
 
S
T
 
I
R
 
H
S
 
S
F
 
F
R
 
R
G
 
G
P
 
H
G
 
G
L
 
L
E
 
E
Q
 
Y
G
 
G
L
 
V
R
 
K
I
 
A
L
 
L
E
 
R
K
 
K
V
 
V
K
 
K
Q
 
E
D
 
E
L
 
F
N
 
G
V
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
 
D
V
 
I
H
 
H
E
 
E
D
 
S
T
 
W
P
 
Q
L
 
A
D
 
E
E
 
P
V
 
V
A
 
A
S
 
E
V
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
|
Q
T
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
N
 
D
F
 
L
I
 
L
Q
 
L
N
 
A
V
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
T
G
 
G
L
 
R
P
 
A
V
 
V
N
 
N
I
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
W
 
W
D
 
D
M
 
T
D
 
K
N
 
N
V
 
V
V
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
L
R
 
K
E
 
F
V
 
G
G
 
G
N
 
A
D
 
K
R
 
E
I
 
I
M
 
Y
V
 
L
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
N
L
 
L
I
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
G
 
S
L
 
L
A
 
P
V
 
I
M
 
M
R
 
K
R
 
Q
T
 
W
D
 
-
C
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
 
Q
Q
 
L
P
 
P
G
 
G
G
 
G
K
 
L
G
 
-
S
 
-
A
 
-
S
 
-
G
 
-
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
V
 
C
S
 
D
G
 
G
L
 
V
F
 
F
M
 
M
E
 
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
D
 
E
P
 
P
E
 
E
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
A
P
 
S
N
 
T
A
 
Q
W
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
S
R
 
Q
M
 
L
R
 
E
E
 
G
L
 
I
L
 
I
E
 
E
T
 
A
L
 
I
V
 
L
D
 
E
L
 
I
D
 
R
R
 
E
V
 
V
A
 
A

1jcxA Aquifex aeolicus kdo8p synthase in complex with api and cadmium (see paper)
49% identity, 91% coverage: 14:267/280 of query aligns to 3:248/255 of 1jcxA

query
sites
1jcxA
F
 
F
F
 
L
L
 
V
I
 
I
S
 
A
G
 
G
P
 
P
C
 
C
V
 
A
I
 
I
E
 
E
S
 
S
E
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
L
L
 
L
D
 
K
T
 
V
A
 
G
G
 
E
T
 
E
L
 
I
K
 
K
S
 
R
I
 
L
T
 
S
E
 
E
A
 
K
L
 
F
G
 
K
-
 
E
I
 
V
P
 
E
F
 
F
I
 
V
Y
 
F
K
|
K
S
 
S
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
|
R
S
|
S
S
 
S
T
 
I
R
 
H
S
 
S
F
 
F
R
 
R
G
 
G
P
 
H
G
 
G
L
 
L
E
 
E
Q
 
Y
G
 
G
L
 
V
R
 
K
I
 
A
L
 
L
E
 
R
K
 
K
V
 
V
K
 
K
Q
 
E
D
 
E
L
 
F
N
 
G
V
 
L
P
 
K
V
 
I
L
 
T
T
 
T
D
 
D
V
 
I
H
 
H
E
 
E
D
 
S
T
 
W
P
 
Q
L
 
A
D
 
E
E
 
P
V
 
V
A
 
A
S
 
E
V
 
V
V
 
A
D
 
D
V
 
I
L
 
I
Q
|
Q
T
 
I
P
|
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
C
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
N
 
D
F
 
L
I
 
L
Q
 
L
N
 
A
V
 
A
A
 
A
R
 
K
Q
 
T
G
 
G
L
 
R
P
 
A
V
 
V
N
 
N
I
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
A
P
 
P
W
 
W
D
 
D
M
 
T
D
 
K
N
 
N
V
 
V
V
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
L
R
 
K
E
 
F
V
 
G
G
 
G
N
 
A
D
 
K
R
 
E
I
 
I
M
 
Y
V
 
L
C
 
T
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
T
S
 
T
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
N
T
 
N
L
 
L
I
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
F
R
 
R
G
 
S
L
 
L
A
 
P
V
 
I
M
 
M
R
 
K
R
 
Q
T
 
W
D
 
-
C
 
A
P
 
K
V
 
V
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
A
 
A
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
V
Q
|
Q
Q
 
L
P
 
P
G
 
-
G
 
-
K
 
-
G
 
-
S
 
-
A
 
-
S
 
-
G
 
-
G
 
G
Q
 
M
R
 
R
E
 
E
F
 
F
V
 
I
P
 
F
V
 
P
L
 
L
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
V
 
C
S
 
D
G
 
G
L
 
V
F
|
F
M
 
M
E
|
E
T
 
T
H
 
H
P
 
P
D
 
E
P
 
P
E
 
E
Q
 
K
A
 
A
L
 
L
S
 
S
D
 
D
G
 
A
P
 
S
N
 
T
A
 
Q
W
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
S
R
 
Q
M
 
L
R
 
E
E
 
G
L
 
I
L
 
I
E
 
E
T
 
A
L
 
I
V
 
L
D
 
E
L
 
I
D
 
R
R
 
E
V
 
V
A
 
A

1x6uA Kdo8p synthase in it's binary complex with the product kdo8p (see paper)
45% identity, 92% coverage: 11:268/280 of query aligns to 16:263/272 of 1x6uA

query
sites
1x6uA
D
 
D
R
 
L
P
 
P
F
 
F
F
 
V
L
 
L
I
 
F
S
 
G
G
 
G
P
 
M
C
x
N
V
 
V
I
 
L
E
 
E
S
 
S
E
 
R
E
 
D
L
 
L
A
 
A
L
 
M
D
 
R
T
 
I
A
 
C
G
 
E
T
 
H
L
 
Y
K
 
V
S
 
T
I
 
V
T
 
T
E
 
Q
A
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
P
 
P
F
 
Y
I
 
V
Y
 
F
K
|
K
S
 
A
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
|
N
R
 
R
S
 
S
S
 
S
T
 
I
R
 
H
S
 
S
F
 
Y
R
 
R
G
 
G
P
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
E
Q
 
E
G
 
G
L
 
M
R
 
K
I
 
I
L
 
F
E
 
Q
K
 
E
V
 
L
K
 
K
Q
 
Q
D
 
T
L
 
F
N
 
G
V
 
V
P
 
K
V
 
I
L
 
I
T
 
T
D
 
D
V
 
V
H
 
H
E
 
E
D
 
P
T
 
S
P
 
Q
L
 
A
D
 
Q
E
 
P
V
 
V
A
 
A
S
 
D
V
 
V
V
 
V
D
 
D
V
 
V
L
 
I
Q
|
Q
T
 
L
P
 
P
A
 
A
F
|
F
L
 
L
C
 
A
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
N
 
D
F
 
L
I
 
V
Q
 
E
N
 
A
V
 
M
A
 
A
R
 
K
Q
 
T
G
 
G
L
 
A
P
 
V
V
 
I
N
 
N
I
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
P
Q
 
Q
F
 
F
L
 
V
A
 
S
P
 
P
W
 
G
D
 
Q
M
 
M
D
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
V
D
 
D
K
 
K
A
 
F
R
 
K
E
 
E
V
 
G
G
 
G
N
 
N
D
 
E
R
 
K
I
 
V
M
 
I
V
 
L
C
 
C
E
 
D
R
 
R
G
 
G
V
 
A
S
 
N
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
D
T
 
N
L
 
L
I
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
M
R
 
L
G
 
G
L
 
F
A
 
S
V
 
I
M
 
M
R
 
K
R
 
K
T
 
V
-
 
S
-
 
G
D
 
N
C
 
S
P
 
P
V
 
V
V
 
I
F
 
F
D
|
D
A
 
V
T
 
T
H
|
H
S
 
A
V
 
L
Q
 
-
Q
 
-
P
 
-
G
 
-
G
 
-
K
 
-
G
 
-
S
 
-
A
 
-
S
 
-
G
 
-
G
 
-
Q
 
Q
R
 
R
E
 
A
F
 
Q
V
 
V
P
 
A
V
 
E
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
G
V
 
M
A
 
A
A
 
V
G
 
G
V
 
L
S
 
A
G
 
G
L
 
L
F
|
F
M
 
I
E
|
E
T
 
A
H
 
H
P
 
P
D
 
D
P
 
P
E
 
E
Q
 
H
A
 
A
L
 
K
S
 
C
D
|
D
G
 
G
P
|
P
N
 
S
A
 
A
W
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
A
R
 
K
M
 
L
R
 
E
E
 
P
L
 
F
L
 
L
E
 
K
T
 
Q
L
 
M
V
 
K
D
 
A
L
 
I
D
 
D
R
 
D
V
 
L
A
 
V
K
 
K

1phwA Crystal structure of kdo8p synthase in its binary complex with substrate analog 1-deoxy-a5p (see paper)
45% identity, 92% coverage: 11:268/280 of query aligns to 16:263/272 of 1phwA

query
sites
1phwA
D
 
D
R
 
L
P
 
P
F
 
F
F
 
V
L
 
L
I
 
F
S
 
G
G
 
G
P
 
M
C
x
N
V
 
V
I
 
L
E
 
E
S
 
S
E
 
R
E
 
D
L
 
L
A
 
A
L
 
M
D
 
R
T
 
I
A
 
C
G
 
E
T
 
H
L
 
Y
K
 
V
S
 
T
I
 
V
T
 
T
E
 
Q
A
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
P
 
P
F
 
Y
I
 
V
Y
 
F
K
 
K
S
 
A
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
 
N
R
 
R
S
 
S
S
 
S
T
 
I
R
 
H
S
 
S
F
 
Y
R
 
R
G
 
G
P
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
E
Q
 
E
G
 
G
L
 
M
R
 
K
I
 
I
L
 
F
E
 
Q
K
 
E
V
 
L
K
 
K
Q
 
Q
D
 
T
L
 
F
N
 
G
V
 
V
P
 
K
V
 
I
L
 
I
T
 
T
D
 
D
V
 
V
H
 
H
E
 
E
D
 
P
T
 
S
P
 
Q
L
 
A
D
 
Q
E
 
P
V
 
V
A
 
A
S
 
D
V
 
V
V
 
V
D
 
D
V
 
V
L
 
I
Q
 
Q
T
 
L
P
|
P
A
|
A
F
|
F
L
 
L
C
 
A
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
N
 
D
F
 
L
I
 
V
Q
 
E
N
 
A
V
 
M
A
 
A
R
 
K
Q
 
T
G
 
G
L
 
A
P
 
V
V
 
I
N
 
N
I
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
P
Q
 
Q
F
 
F
L
 
V
A
 
S
P
 
P
W
 
G
D
 
Q
M
 
M
D
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
V
D
 
D
K
 
K
A
 
F
R
 
K
E
 
E
V
 
G
G
 
G
N
 
N
D
 
E
R
 
K
I
 
V
M
 
I
V
 
L
C
 
C
E
 
D
R
|
R
G
 
G
V
 
A
S
 
N
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
D
T
 
N
L
 
L
I
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
M
R
 
L
G
 
G
L
 
F
A
 
S
V
 
I
M
 
M
R
 
K
R
 
K
T
 
V
-
 
S
-
 
G
D
 
N
C
 
S
P
 
P
V
 
V
V
 
I
F
 
F
D
 
D
A
 
V
T
 
T
H
|
H
S
 
A
V
 
L
Q
 
-
Q
 
-
P
 
-
G
 
-
G
 
-
K
 
-
G
 
-
S
 
-
A
 
-
S
 
-
G
 
-
G
 
-
Q
 
Q
R
 
R
E
 
A
F
 
Q
V
 
V
P
 
A
V
 
E
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
G
V
 
M
A
 
A
A
 
V
G
 
G
V
 
L
S
 
A
G
 
G
L
 
L
F
 
F
M
 
I
E
 
E
T
 
A
H
 
H
P
 
P
D
 
D
P
 
P
E
 
E
Q
 
H
A
 
A
L
 
K
S
 
C
D
|
D
G
 
G
P
 
P
N
 
S
A
 
A
W
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
A
R
 
K
M
 
L
R
 
E
E
 
P
L
 
F
L
 
L
E
 
K
T
 
Q
L
 
M
V
 
K
D
 
A
L
 
I
D
 
D
R
 
D
V
 
L
A
 
V
K
 
K

1phqA Crystal structure of kdo8p synthase in its binary complex with substrate analog e-fpep
45% identity, 92% coverage: 11:268/280 of query aligns to 16:263/272 of 1phqA

query
sites
1phqA
D
 
D
R
 
L
P
 
P
F
 
F
F
 
V
L
 
L
I
 
F
S
 
G
G
 
G
P
 
M
C
x
N
V
 
V
I
 
L
E
 
E
S
 
S
E
 
R
E
 
D
L
 
L
A
 
A
L
 
M
D
 
R
T
 
I
A
 
C
G
 
E
T
 
H
L
 
Y
K
 
V
S
 
T
I
 
V
T
 
T
E
 
Q
A
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
P
 
P
F
 
Y
I
 
V
Y
 
F
K
 
K
S
 
A
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
 
N
R
 
R
S
 
S
S
 
S
T
 
I
R
 
H
S
 
S
F
 
Y
R
 
R
G
 
G
P
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
E
Q
 
E
G
 
G
L
 
M
R
 
K
I
 
I
L
 
F
E
 
Q
K
 
E
V
 
L
K
 
K
Q
 
Q
D
 
T
L
 
F
N
 
G
V
 
V
P
 
K
V
 
I
L
 
I
T
 
T
D
 
D
V
 
V
H
 
H
E
 
E
D
 
P
T
 
S
P
 
Q
L
 
A
D
 
Q
E
 
P
V
 
V
A
 
A
S
 
D
V
 
V
V
 
V
D
 
D
V
 
V
L
 
I
Q
 
Q
T
 
L
P
|
P
A
|
A
F
|
F
L
 
L
C
 
A
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
N
 
D
F
 
L
I
 
V
Q
 
E
N
 
A
V
 
M
A
 
A
R
 
K
Q
 
T
G
 
G
L
 
A
P
 
V
V
 
I
N
 
N
I
 
V
K
 
K
K
 
K
G
 
P
Q
 
Q
F
 
F
L
 
V
A
 
S
P
 
P
W
 
G
D
 
Q
M
 
M
D
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
V
D
 
D
K
 
K
A
 
F
R
 
K
E
 
E
V
 
G
G
 
G
N
 
N
D
 
E
R
 
K
I
 
V
M
 
I
V
 
L
C
 
C
E
 
D
R
|
R
G
 
G
V
 
A
S
 
N
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
D
T
 
N
L
 
L
I
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
M
R
 
L
G
 
G
L
 
F
A
 
S
V
 
I
M
 
M
R
 
K
R
 
K
T
 
V
-
 
S
-
 
G
D
 
N
C
 
S
P
 
P
V
 
V
V
 
I
F
 
F
D
 
D
A
 
V
T
 
T
H
|
H
S
 
A
V
 
L
Q
 
-
Q
 
-
P
 
-
G
 
-
G
 
-
K
 
-
G
 
-
S
 
-
A
 
-
S
 
-
G
 
-
G
 
-
Q
 
Q
R
 
R
E
 
A
F
 
Q
V
 
V
P
 
A
V
 
E
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
G
V
 
M
A
 
A
A
 
V
G
 
G
V
 
L
S
 
A
G
 
G
L
 
L
F
 
F
M
 
I
E
 
E
T
 
A
H
 
H
P
 
P
D
 
D
P
 
P
E
 
E
Q
 
H
A
 
A
L
 
K
S
 
C
D
|
D
G
 
G
P
 
P
N
 
S
A
 
A
W
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
A
R
 
K
M
 
L
R
 
E
E
 
P
L
 
F
L
 
L
E
 
K
T
 
Q
L
 
M
V
 
K
D
 
A
L
 
I
D
 
D
R
 
D
V
 
L
A
 
V
K
 
K

1gg0A Crystal structure analysis of kdop synthase at 3.0 a (see paper)
45% identity, 92% coverage: 11:268/280 of query aligns to 16:266/275 of 1gg0A

query
sites
1gg0A
D
 
D
R
 
L
P
 
P
F
 
F
F
 
V
L
 
L
I
 
F
S
 
G
G
 
G
P
 
M
C
x
N
V
 
V
I
 
L
E
 
E
S
 
S
E
 
R
E
 
D
L
 
L
A
 
A
L
 
M
D
 
R
T
 
I
A
 
C
G
 
E
T
 
H
L
 
Y
K
 
V
S
 
T
I
 
V
T
 
T
E
 
Q
A
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
P
 
P
F
 
Y
I
 
V
Y
 
F
K
 
K
S
 
A
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
|
K
A
 
A
N
 
N
R
 
R
S
 
S
S
 
S
T
 
I
R
 
H
S
 
S
F
 
Y
R
 
R
G
 
G
P
 
P
G
 
G
L
 
L
E
 
E
Q
 
E
G
 
G
L
 
M
R
 
K
I
 
I
L
 
F
E
 
Q
K
 
E
V
 
L
K
 
K
Q
 
Q
D
 
T
L
 
F
N
 
G
V
 
V
P
 
K
V
 
I
L
 
I
T
 
T
D
 
D
V
 
V
H
 
H
E
 
E
D
 
P
T
 
S
P
 
Q
L
 
A
D
 
Q
E
 
P
V
 
V
A
 
A
S
 
D
V
 
V
V
 
V
D
 
D
V
 
V
L
 
I
Q
 
Q
T
 
L
P
 
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
A
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
N
 
D
F
 
L
I
 
V
Q
 
E
N
 
A
V
 
M
A
 
A
R
 
K
Q
 
T
G
 
G
L
 
A
P
 
V
V
 
I
N
 
N
I
 
V
K
|
K
K
 
K
G
 
P
Q
 
Q
F
 
F
L
 
V
A
 
S
P
 
P
W
 
G
D
 
Q
M
 
M
D
 
G
N
 
N
V
 
I
V
 
V
D
 
D
K
 
K
A
 
F
R
 
K
E
 
E
V
 
G
G
 
G
N
 
N
D
 
E
R
 
K
I
 
V
M
 
I
V
 
L
C
 
C
E
 
D
R
|
R
G
 
G
V
 
A
S
 
N
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
D
T
 
N
L
 
L
I
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
M
R
 
L
G
 
G
L
 
F
A
 
S
V
 
I
M
 
M
R
 
K
R
 
K
T
 
V
-
 
S
-
 
G
D
 
N
C
 
S
P
 
P
V
 
V
V
 
I
F
 
F
D
 
D
A
 
V
T
 
T
H
 
H
S
 
A
V
 
L
Q
 
Q
Q
 
-
P
 
-
G
 
-
G
 
-
K
 
-
G
 
-
S
 
-
A
 
-
S
 
-
G
 
C
G
 
R
Q
 
R
R
 
R
E
 
A
F
 
Q
V
 
V
P
 
A
V
 
E
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
G
V
 
M
A
 
A
A
 
V
G
 
G
V
 
L
S
 
A
G
 
G
L
 
L
F
 
F
M
 
I
E
 
E
T
 
A
H
 
H
P
 
P
D
 
D
P
 
P
E
 
E
Q
 
H
A
 
A
L
 
K
S
 
C
D
|
D
G
 
G
P
 
P
N
 
S
A
 
A
W
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
A
R
 
K
M
 
L
R
 
E
E
 
P
L
 
F
L
 
L
E
 
K
T
 
Q
L
 
M
V
 
K
D
 
A
L
 
I
D
 
D
R
 
D
V
 
L
A
 
V
K
 
K

3fyoD Crystal structure of the triple mutant (n23c/d247e/p249a) of 3-deoxy- d-manno-octulosonate 8-phosphate synthase (kdo8ps) from neisseria meningitidis (see paper)
46% identity, 94% coverage: 9:271/280 of query aligns to 11:259/261 of 3fyoD

query
sites
3fyoD
G
 
G
L
 
N
D
 
N
R
 
S
P
 
P
F
 
F
F
 
V
L
 
L
I
 
F
S
 
G
G
 
G
P
 
I
C
|
C
V
 
V
I
 
L
E
 
E
S
 
S
E
 
L
E
 
D
L
 
S
A
 
T
L
 
L
D
 
Q
T
 
T
A
 
C
G
 
A
T
 
H
L
 
Y
K
 
V
S
 
E
I
 
V
T
 
T
E
 
R
A
 
K
L
 
L
G
 
G
I
 
I
P
 
P
F
 
Y
I
 
I
Y
 
F
K
|
K
S
 
A
S
 
S
F
 
F
D
 
D
K
 
K
A
 
A
N
 
N
R
 
R
S
 
S
S
 
S
T
 
I
R
 
H
S
 
S
F
 
Y
R
 
R
G
 
G
P
 
V
G
 
G
L
 
L
E
 
E
Q
 
E
G
 
G
L
 
L
R
 
K
I
 
I
L
 
F
E
 
E
K
 
K
V
 
V
K
 
K
Q
 
A
D
 
E
L
 
F
N
 
G
V
 
I
P
 
P
V
 
V
L
 
I
T
 
T
D
 
D
V
 
V
H
 
H
E
 
E
D
 
P
T
 
H
P
 
Q
L
 
C
D
 
Q
E
 
P
V
 
V
A
 
A
S
 
E
V
 
V
V
 
C
D
 
D
V
 
V
L
 
I
Q
|
Q
T
 
L
P
 
P
A
|
A
F
 
F
L
 
L
C
 
A
R
 
R
Q
 
Q
T
 
T
N
 
D
F
 
L
I
 
V
Q
 
V
N
 
A
V
 
M
A
 
A
R
 
K
Q
 
T
G
 
G
L
 
N
P
 
V
V
 
V
N
 
N
I
 
I
K
|
K
K
 
K
G
 
P
Q
 
Q
F
 
F
L
 
L
A
 
S
P
 
P
W
 
S
D
 
Q
M
 
M
D
 
K
N
 
N
V
 
I
V
 
V
D
 
E
K
 
K
A
 
F
R
 
H
E
 
E
V
 
A
G
 
G
N
 
N
D
 
G
R
 
K
I
 
L
M
 
I
V
 
L
C
 
C
E
 
E
R
|
R
G
 
G
V
 
S
S
 
S
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
N
 
D
T
 
N
L
 
L
I
 
V
S
 
V
D
 
D
M
 
M
R
 
L
G
 
G
L
 
F
A
 
G
V
 
V
M
 
M
R
 
K
R
 
Q
T
 
T
-
 
C
-
 
G
D
 
N
C
 
L
P
 
P
V
 
V
V
 
I
F
 
F
D
 
D
A
 
V
T
 
T
H
|
H
S
 
S
V
 
L
Q
 
Q
Q
 
T
P
 
-
G
 
-
G
 
-
K
 
-
G
 
-
S
 
-
A
 
-
S
 
-
G
 
-
G
 
-
Q
 
R
R
 
R
E
 
A
F
 
Q
V
 
A
P
 
L
V
 
D
L
 
L
A
 
A
R
 
L
A
 
A
A
 
G
V
 
M
A
 
A
A
 
T
G
 
R
V
 
L
S
 
A
G
 
G
L
 
L
F
|
F
M
 
L
E
|
E
T
 
S
H
 
H
P
 
P
D
 
-
P
 
-
E
 
-
Q
 
-
A
 
-
L
 
-
S
 
C
D
 
E
G
 
G
P
 
A
N
 
S
A
 
A
W
 
L
P
 
P
L
 
L
A
 
H
R
 
L
M
 
L
R
 
E
E
 
D
L
 
F
L
 
L
E
 
I
T
 
R
L
 
I
V
 
K
D
 
A
L
 
L
D
 
D
R
 
D
V
 
L
A
 
I
K
 
K
A
 
S
R
 
Q
P
 
P

Query Sequence

>WP_006747829.1 NCBI__GCF_000227685.2:WP_006747829.1
MQLCGFEAGLDRPFFLISGPCVIESEELALDTAGTLKSITEALGIPFIYKSSFDKANRSS
TRSFRGPGLEQGLRILEKVKQDLNVPVLTDVHEDTPLDEVASVVDVLQTPAFLCRQTNFI
QNVARQGLPVNIKKGQFLAPWDMDNVVDKAREVGNDRIMVCERGVSFGYNTLISDMRGLA
VMRRTDCPVVFDATHSVQQPGGKGSASGGQREFVPVLARAAVAAGVSGLFMETHPDPEQA
LSDGPNAWPLARMRELLETLVDLDRVAKARPFAEAAFGLA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory