SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_007474672.1 NCBI__GCF_000170735.1:WP_007474672.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 11 hits to proteins with known functional sites (download)

3r5cA Pseudomonas aeruginosa dapd (pa3666) in complex with coa and succinate (see paper)
39% identity, 68% coverage: 125:387/387 of query aligns to 94:336/338 of 3r5cA

query
sites
3r5cA
F
 
L
L
 
L
F
 
A
E
 
E
D
 
D
A
 
A
A
 
A
P
 
P
K
 
S
S
 
S
V
 
T
E
 
A
A
 
E
V
 
A
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
L
 
L
Y
 
H
A
 
L
L
 
L
S
 
S
T
 
H
R
 
R
K
 
L
A
 
V
K
 
K
L
 
P
R
 
H
S
 
A
L
 
V
N
 
N
L
 
L
N
 
S
G
 
G
A
 
I
F
 
F
G
 
P
I
 
L
L
 
L
T
 
P
N
 
N
C
 
V
A
 
A
W
 
W
V
 
T
G
 
N
N
 
I
V
 
G
P
 
A
I
 
V
E
 
D
L
 
L
D
 
A
Y
 
E
L
 
L
R
 
A
A
 
E
N
 
L
E
 
Q
I
 
L
E
 
E
L
 
A
K
 
R
L
 
L
K
 
K
D
 
G
A
 
K
Y
 
L
P
 
L
E
 
E
V
 
V
E
 
F
Y
 
S
V
 
V
D
 
D
K
 
K
F
 
F
P
 
P
R
 
K
F
 
M
L
 
T
S
 
D
H
 
Y
I
 
V
I
 
V
P
 
P
D
 
-
D
 
A
N
 
G
T
 
V
R
 
R
I
 
I
L
 
A
D
 
D
S
 
T
A
 
A
K
 
R
V
 
V
R
 
R
M
 
L
G
 
G
A
 
A
Q
 
Y
L
 
I
A
 
G
A
 
E
G
 
G
T
 
T
T
 
T
V
 
V
M
 
M
P
 
H
G
 
-
A
 
E
S
 
G
Y
 
F
I
 
V
N
 
N
F
 
F
N
 
N
A
 
A
G
 
G
T
 
T
E
 
E
G
 
G
P
 
P
V
 
G
M
 
M
V
 
I
E
 
E
G
 
G
R
 
R
I
 
V
S
 
S
S
 
A
S
 
G
A
 
V
V
 
F
V
 
V
K
 
G
E
 
K
G
 
G
A
 
S
D
 
D
V
 
L
G
 
G
G
 
G
G
 
G
A
 
C
S
 
S
I
 
T
L
x
M
G
 
G
V
 
T
L
 
I
S
 
V
G
 
-
T
 
-
N
 
-
G
 
-
N
 
-
P
 
-
I
 
I
T
 
S
I
 
V
G
 
G
R
 
E
N
 
G
T
 
C
L
 
L
L
 
I
G
|
G
A
|
A
N
 
N
S
 
A
V
 
G
T
 
I
G
 
G
I
 
I
P
 
P
L
 
L
G
 
G
D
 
D
G
 
R
C
 
N
I
 
I
V
 
V
D
x
E
A
|
A
G
 
G
I
 
L
A
 
Y
V
 
I
L
 
T
E
 
A
G
|
G
T
 
T
K
|
K
I
 
V
W
 
A
I
 
L
S
 
L
E
 
D
D
 
E
E
 
Q
F
 
N
E
 
A
K
 
L
I
 
V
K
 
K
E
 
V
V
 
V
N
 
-
P
 
-
E
 
-
W
 
-
N
 
-
A
 
-
E
 
-
Y
 
-
K
 
-
E
 
-
Y
 
-
F
 
-
K
|
K
G
 
A
L
 
R
E
 
D
L
 
L
A
 
A
G
 
G
L
 
Q
N
 
P
G
 
D
I
 
L
H
 
L
Y
 
F
R
|
R
F
x
R
D
x
N
T
x
S
T
 
Q
K
 
N
G
 
G
K
 
A
M
 
V
V
 
E
A
 
C
F
 
K
R
 
T
S
 
N
R
 
K
R
 
T
E
 
A
V
 
I
K
 
E
L
 
L
N
 
N
E
 
E
E
 
A
L
 
L
H
 
H

3r5bA Pseudomonas aeruginosa dapd (pa3666) in complex with l-2-aminopimelate (see paper)
44% identity, 54% coverage: 125:334/387 of query aligns to 91:294/321 of 3r5bA

query
sites
3r5bA
F
 
L
L
 
L
F
 
A
E
 
E
D
 
D
A
 
A
A
 
A
P
 
P
K
 
S
S
 
S
V
 
T
E
 
A
A
 
E
V
 
A
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
L
 
L
Y
 
H
A
 
L
L
 
L
S
 
S
T
 
H
R
 
R
K
 
L
A
 
V
K
 
K
L
 
P
R
 
H
S
 
A
L
 
V
N
 
N
L
 
L
N
 
S
G
 
G
A
 
I
F
|
F
G
 
P
I
 
L
L
 
L
T
 
P
N
 
N
C
 
V
A
 
A
W
 
W
V
 
T
G
 
N
N
 
I
V
 
G
P
 
A
I
 
V
E
 
D
L
 
L
D
 
A
Y
 
E
L
 
L
R
 
A
A
 
E
N
 
L
E
 
Q
I
 
L
E
 
E
L
 
A
K
 
R
L
 
L
K
 
K
D
 
G
A
 
K
Y
 
L
P
 
L
E
 
E
V
 
V
E
 
F
Y
 
S
V
 
V
D
 
D
K
 
K
F
 
F
P
 
P
R
 
K
F
 
M
L
 
T
S
 
D
H
 
Y
I
 
V
I
 
V
P
 
P
D
 
-
D
 
A
N
 
G
T
 
V
R
 
R
I
 
I
L
 
A
D
 
D
S
 
T
A
 
A
K
 
R
V
 
V
R
|
R
M
 
L
G
 
G
A
 
A
Q
 
Y
L
 
I
A
 
G
A
 
E
G
 
G
T
 
T
T
 
T
V
 
V
M
 
M
P
 
H
G
 
-
A
 
E
S
 
G
Y
 
F
I
 
V
N
 
N
F
 
F
N
 
N
A
 
A
G
 
G
T
 
T
E
 
E
G
 
G
P
 
P
V
 
G
M
 
M
V
 
I
E
 
E
G
 
G
R
 
R
I
 
V
S
|
S
S
 
A
S
 
G
A
 
V
V
 
F
V
 
V
K
 
G
E
 
K
G
 
G
A
 
S
D
 
D
V
 
L
G
 
G
G
 
G
G
 
G
A
 
C
S
 
S
I
 
T
L
 
M
G
 
G
V
 
T
L
 
L
S
 
N
G
 
I
T
 
V
N
 
-
G
 
-
N
 
-
P
 
-
I
 
I
T
 
S
I
 
V
G
 
G
R
 
E
N
 
G
T
 
C
L
 
L
L
 
I
G
 
G
A
 
A
N
 
N
S
 
A
V
 
G
T
 
I
G
 
G
I
 
I
P
 
P
L
 
L
G
 
G
D
 
D
G
 
R
C
 
N
I
 
I
V
 
V
D
 
E
A
 
A
G
 
G
I
 
L
A
 
Y
V
 
I
L
 
T
E
 
A
G
 
G
T
 
T
K
 
K
I
 
V
W
 
A
I
 
L
S
 
L
E
 
D
D
 
N
E
 
A
F
 
L
E
 
V
K
 
K
I
 
V

3r5aA Pseudomonas aeruginosa dapd (pa3666) in complex with d-2-aminopimelate (see paper)
44% identity, 54% coverage: 125:334/387 of query aligns to 91:294/321 of 3r5aA

query
sites
3r5aA
F
 
L
L
 
L
F
 
A
E
 
E
D
 
D
A
 
A
A
 
A
P
 
P
K
 
S
S
 
S
V
 
T
E
 
A
A
 
E
V
 
A
Y
 
Y
L
 
L
K
 
K
L
 
L
Y
 
H
A
 
L
L
 
L
S
 
S
T
 
H
R
 
R
K
 
L
A
 
V
K
 
K
L
 
P
R
 
H
S
 
A
L
 
V
N
 
N
L
 
L
N
 
S
G
 
G
A
 
I
F
|
F
G
 
P
I
 
L
L
 
L
T
 
P
N
 
N
C
 
V
A
 
A
W
 
W
V
 
T
G
 
N
N
 
I
V
 
G
P
 
A
I
 
V
E
 
D
L
 
L
D
 
A
Y
 
E
L
 
L
R
 
A
A
 
E
N
 
L
E
 
Q
I
 
L
E
 
E
L
 
A
K
 
R
L
 
L
K
 
K
D
 
G
A
 
K
Y
 
L
P
 
L
E
 
E
V
 
V
E
 
F
Y
 
S
V
 
V
D
 
D
K
 
K
F
 
F
P
 
P
R
 
K
F
 
M
L
 
T
S
 
D
H
 
Y
I
 
V
I
 
V
P
 
P
D
 
-
D
 
A
N
 
G
T
 
V
R
|
R
I
 
I
L
 
A
D
 
D
S
 
T
A
 
A
K
 
R
V
 
V
R
|
R
M
 
L
G
 
G
A
 
A
Q
 
Y
L
 
I
A
 
G
A
 
E
G
 
G
T
 
T
T
 
T
V
 
V
M
|
M
P
 
H
G
 
-
A
 
E
S
 
G
Y
 
F
I
 
V
N
|
N
F
 
F
N
 
N
A
 
A
G
 
G
T
 
T
E
 
E
G
 
G
P
 
P
V
 
G
M
|
M
V
 
I
E
 
E
G
 
G
R
 
R
I
 
V
S
|
S
S
x
A
S
 
G
A
 
V
V
 
F
V
 
V
K
 
G
E
 
K
G
 
G
A
 
S
D
 
D
V
 
L
G
 
G
G
 
G
G
 
G
A
 
C
S
 
S
I
 
T
L
 
M
G
 
G
V
 
T
L
 
L
S
 
N
G
 
I
T
 
V
N
 
-
G
 
-
N
 
-
P
 
-
I
 
I
T
 
S
I
 
V
G
 
G
R
 
E
N
 
G
T
 
C
L
 
L
L
 
I
G
 
G
A
 
A
N
 
N
S
 
A
V
 
G
T
 
I
G
 
G
I
 
I
P
 
P
L
 
L
G
 
G
D
 
D
G
 
R
C
 
N
I
 
I
V
 
V
D
 
E
A
 
A
G
 
G
I
 
L
A
 
Y
V
 
I
L
 
T
E
 
A
G
 
G
T
 
T
K
 
K
I
 
V
W
 
A
I
 
L
S
 
L
E
 
D
D
 
N
E
 
A
F
 
L
E
 
V
K
 
K
I
 
V

5e3qA Crystal structure of dapd in complex with succinyl-coa from corynebacterium glutamicum (see paper)
41% identity, 63% coverage: 129:373/387 of query aligns to 57:272/278 of 5e3qA

query
sites
5e3qA
D
 
D
A
 
A
A
 
A
P
 
P
K
 
T
S
 
D
V
 
T
E
 
Y
A
 
D
V
 
A
Y
 
W
L
 
L
K
 
R
L
 
L
Y
 
H
A
 
L
L
 
L
S
 
S
T
 
H
R
 
R
K
 
V
A
 
F
K
 
R
L
 
P
R
 
H
S
 
T
L
 
I
N
 
N
L
 
L
N
 
D
G
 
G
A
 
I
F
 
F
G
 
G
I
 
L
L
 
L
T
 
N
N
 
N
C
 
V
A
 
V
W
 
W
V
 
T
G
 
N
N
 
F
V
 
G
P
 
P
I
 
C
E
 
A
L
 
V
D
 
D
Y
 
G
L
 
F
R
 
A
A
 
L
N
 
T
E
 
R
I
 
A
E
 
R
L
 
L
K
 
S
L
 
-
K
 
R
D
 
R
A
 
G
Y
 
Q
P
 
V
E
 
T
V
 
V
E
 
Y
Y
 
S
V
 
V
D
 
D
K
 
K
F
 
F
P
 
P
R
 
R
F
 
M
L
 
V
S
 
D
H
 
Y
I
 
V
I
 
V
P
 
P
D
 
S
D
 
-
N
 
G
T
 
V
R
 
R
I
 
I
L
 
G
D
 
D
S
 
A
A
 
D
K
 
R
V
 
V
R
 
R
M
 
L
G
 
G
A
 
A
Q
 
Y
L
 
L
A
 
A
A
 
D
G
 
G
T
 
T
T
 
T
V
 
V
M
 
M
P
 
H
G
 
-
A
 
E
S
 
G
Y
 
F
I
 
V
N
 
N
F
 
F
N
 
N
A
 
A
G
 
G
T
 
T
E
 
L
G
 
G
P
 
A
V
 
S
M
 
M
V
 
V
E
 
E
G
 
G
R
 
R
I
 
I
S
 
S
S
 
A
S
 
G
A
 
V
V
 
T
V
 
V
K
 
D
E
 
D
G
 
G
A
 
T
D
 
D
V
 
V
G
 
G
G
|
G
G
 
G
A
 
A
S
 
S
I
 
I
L
 
M
G
 
G
V
 
V
L
 
I
S
 
S
G
 
-
T
 
-
N
 
-
G
 
-
N
 
-
P
 
-
I
 
-
T
 
-
I
 
L
G
 
G
R
 
K
N
 
R
T
 
C
L
 
L
L
 
L
G
|
G
A
|
A
N
 
N
S
 
S
V
 
G
T
 
C
G
 
G
I
 
I
P
 
P
L
 
L
G
 
G
D
 
D
G
 
D
C
 
C
I
 
I
V
 
I
D
x
E
A
 
A
G
 
G
I
 
L
A
 
Y
V
 
I
L
 
T
E
 
A
G
 
G
T
 
T
K
 
K
I
 
V
W
 
L
I
 
F
S
 
D
E
 
-
D
 
-
E
 
-
F
 
-
E
 
-
K
 
-
I
 
-
K
 
-
E
 
-
V
 
-
N
 
-
P
 
-
E
 
-
W
 
-
N
 
-
A
 
-
E
 
-
Y
 
-
K
 
G
E
 
S
Y
 
L
F
 
H
K
 
K
G
 
A
L
 
S
E
 
T
L
 
L
A
 
A
G
 
G
L
 
S
N
 
N
G
 
G
I
 
L
H
 
I
Y
 
F
R
|
R
F
x
R
D
|
D
T
x
S
T
 
V
K
 
S
G
 
G
K
 
Q
M
 
V
V
 
V
A
 
A

5e3rA Crystal structure of dapd in complex with 2-aminopimelate from corynebacterium glutamicum (see paper)
41% identity, 63% coverage: 129:373/387 of query aligns to 57:272/277 of 5e3rA

query
sites
5e3rA
D
 
D
A
 
A
A
 
A
P
 
P
K
 
T
S
 
D
V
 
T
E
 
Y
A
 
D
V
 
A
Y
 
W
L
 
L
K
 
R
L
 
L
Y
 
H
A
 
L
L
 
L
S
 
S
T
 
H
R
 
R
K
 
V
A
 
F
K
 
R
L
 
P
R
 
H
S
 
T
L
 
I
N
 
N
L
 
L
N
 
D
G
 
G
A
 
I
F
 
F
G
 
G
I
 
L
L
 
L
T
 
N
N
 
N
C
 
V
A
 
V
W
 
W
V
 
T
G
 
N
N
 
F
V
 
G
P
 
P
I
 
C
E
 
A
L
 
V
D
 
D
Y
 
G
L
 
F
R
 
A
A
 
L
N
 
T
E
 
R
I
 
A
E
 
R
L
 
L
K
 
S
L
 
-
K
 
R
D
 
R
A
 
G
Y
 
Q
P
 
V
E
 
T
V
 
V
E
 
Y
Y
 
S
V
 
V
D
 
D
K
 
K
F
 
F
P
 
P
R
 
R
F
 
M
L
 
V
S
 
D
H
 
Y
I
 
V
I
 
V
P
 
P
D
 
S
D
 
-
N
 
G
T
 
V
R
|
R
I
 
I
L
 
G
D
 
D
S
 
A
A
 
D
K
 
R
V
 
V
R
 
R
M
 
L
G
 
G
A
 
A
Q
 
Y
L
 
L
A
 
A
A
 
D
G
 
G
T
 
T
T
 
T
V
 
V
M
 
M
P
 
H
G
 
-
A
 
E
S
 
G
Y
 
F
I
 
V
N
 
N
F
 
F
N
 
N
A
 
A
G
 
G
T
 
T
E
 
L
G
 
G
P
 
A
V
 
S
M
 
M
V
 
V
E
|
E
G
 
G
R
 
R
I
 
I
S
 
S
S
 
A
S
 
G
A
 
V
V
 
T
V
 
V
K
 
D
E
 
D
G
 
G
A
 
T
D
 
D
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
A
 
A
S
 
S
I
 
I
L
 
M
G
 
G
V
 
V
L
 
I
S
 
S
G
 
-
T
 
-
N
 
-
G
 
-
N
 
-
P
 
-
I
 
-
T
 
-
I
 
L
G
 
G
R
 
K
N
 
R
T
 
C
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
S
 
S
V
 
G
T
 
C
G
 
G
I
 
I
P
 
P
L
 
L
G
 
G
D
 
D
G
 
D
C
 
C
I
 
I
V
 
I
D
 
E
A
 
A
G
 
G
I
 
L
A
 
Y
V
 
I
L
 
T
E
 
A
G
 
G
T
 
T
K
 
K
I
 
V
W
 
L
I
 
F
S
 
D
E
 
-
D
 
-
E
 
-
F
 
-
E
 
-
K
 
-
I
 
-
K
 
-
E
 
-
V
 
-
N
 
-
P
 
-
E
 
-
W
 
-
N
 
-
A
 
-
E
 
-
Y
 
-
K
 
G
E
 
S
Y
 
L
F
 
H
K
 
K
G
 
A
L
 
S
E
 
T
L
 
L
A
 
A
G
 
G
L
 
S
N
 
N
G
 
G
I
 
L
H
 
I
Y
 
F
R
 
R
F
 
R
D
 
D
T
 
S
T
 
V
K
 
S
G
 
G
K
 
Q
M
 
V
V
 
V
A
 
A

P9WP21 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-succinyltransferase; Tetrahydrodipicolinate N-succinyltransferase; THDP succinyltransferase; THP succinyltransferase; Tetrahydropicolinate succinylase; EC 2.3.1.117 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see paper)
41% identity, 67% coverage: 127:387/387 of query aligns to 75:315/317 of P9WP21

query
sites
P9WP21
F
 
L
E
 
D
D
 
D
A
 
V
A
 
A
P
 
A
K
 
D
S
 
P
V
 
Y
E
 
D
A
 
A
V
 
-
Y
 
Y
L
 
L
K
 
R
L
 
L
Y
 
H
A
 
L
L
 
L
S
 
S
T
 
H
R
 
R
K
 
L
A
 
V
K
 
A
L
 
P
R
 
H
S
 
G
L
 
L
N
 
N
L
 
A
N
 
G
G
 
G
A
 
L
F
 
F
G
 
G
I
 
V
L
 
L
T
 
T
N
 
N
C
 
V
A
 
V
W
 
W
V
 
T
G
 
N
N
 
H
V
 
G
P
 
P
I
 
C
E
 
A
L
 
I
D
 
D
Y
 
G
L
 
F
R
 
E
A
 
A
N
 
-
E
 
-
I
 
V
E
 
R
L
 
A
K
 
R
L
 
L
K
 
R
D
 
R
A
 
R
Y
 
G
P
 
P
E
 
V
V
 
T
E
 
V
Y
 
Y
-
 
G
V
 
V
D
 
D
K
 
K
F
 
F
P
 
P
R
 
R
F
 
M
L
 
V
S
 
D
H
 
Y
I
 
V
I
 
V
P
 
P
D
 
-
D
 
T
N
 
G
T
 
V
R
 
R
I
 
I
L
 
A
D
 
D
S
 
A
A
x
D
K
 
R
V
 
V
R
 
R
M
 
L
G
 
G
A
 
A
Q
 
H
L
 
L
A
 
A
A
 
P
G
 
G
T
 
T
T
 
T
V
 
V
M
 
M
P
 
H
G
 
-
A
x
E
S
 
G
Y
 
F
I
 
V
N
 
N
F
 
Y
N
 
N
A
 
A
G
 
G
T
 
T
E
 
L
G
 
G
P
 
A
V
 
S
M
 
M
V
 
V
E
|
E
G
 
G
R
|
R
I
 
I
S
 
S
S
 
A
S
 
G
A
 
V
V
 
V
V
 
V
K
 
G
E
 
D
G
 
G
A
 
S
D
 
D
V
 
V
G
 
G
G
|
G
G
 
G
A
 
A
S
|
S
I
 
I
L
 
M
G
|
G
V
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
T
 
G
N
 
G
G
 
T
N
 
H
P
 
V
I
 
I
T
 
S
I
 
I
G
 
G
R
 
K
N
 
R
T
 
C
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
|
A
N
 
N
S
 
S
V
 
G
T
 
L
G
 
G
I
 
I
P
 
S
L
 
L
G
 
G
D
 
D
G
 
D
C
 
C
I
 
V
V
 
V
D
x
E
A
|
A
G
 
G
I
 
L
A
 
Y
V
 
V
L
 
T
E
 
A
G
|
G
T
 
T
K
 
R
I
 
V
W
 
T
I
 
M
S
 
-
E
 
-
D
 
-
E
 
-
F
 
-
E
 
-
K
 
-
I
 
-
K
 
-
E
 
-
V
 
-
N
 
-
P
 
P
E
 
D
W
 
S
N
 
N
A
 
S
E
 
-
Y
 
-
K
 
-
E
 
-
Y
 
-
F
 
V
K
|
K
G
 
A
L
 
R
E
 
E
L
 
L
A
 
S
G
 
G
L
 
S
N
 
S
G
 
N
I
 
L
H
 
L
Y
 
F
R
|
R
F
x
R
D
x
N
T
x
S
T
 
V
K
 
S
G
 
G
K
 
A
M
 
V
-
 
E
V
 
V
A
 
L
F
 
A
R
 
R
S
 
D
R
 
G
R
 
Q
E
 
G
V
 
I
K
 
A
L
 
L
N
 
N
E
 
E
E
 
D
L
 
L
H
 
H

3fsyB Structure of tetrahydrodipicolinate n-succinyltransferase (rv1201c;dapd) in complex with succinyl-coa from mycobacterium tuberculosis (see paper)
44% identity, 57% coverage: 127:347/387 of query aligns to 73:289/307 of 3fsyB

query
sites
3fsyB
F
 
L
E
 
D
D
 
D
A
 
V
A
 
A
P
 
A
K
 
D
S
 
P
V
 
Y
E
 
D
A
 
A
V
 
-
Y
 
Y
L
 
L
K
 
R
L
 
L
Y
 
H
A
 
L
L
 
L
S
 
S
T
 
H
R
 
R
K
 
L
A
 
V
K
 
A
L
 
P
R
 
H
S
 
G
L
 
L
N
 
N
L
 
A
N
 
G
G
 
G
A
 
L
F
 
F
G
 
G
I
 
V
L
 
L
T
 
T
N
 
N
C
 
V
A
 
V
W
 
W
V
 
T
G
 
N
N
 
H
V
 
G
P
 
P
I
 
C
E
 
A
L
 
I
D
 
D
Y
 
G
L
 
F
R
 
E
A
 
A
N
 
-
E
 
-
I
 
V
E
 
R
L
 
A
K
 
R
L
 
L
K
 
R
D
 
R
A
 
R
Y
 
G
P
 
P
E
 
V
V
 
T
E
 
V
Y
 
Y
-
 
G
V
 
V
D
 
D
K
 
K
F
 
F
P
 
P
R
 
R
F
 
M
L
 
V
S
 
D
H
 
Y
I
 
V
I
 
V
P
 
P
D
 
-
D
 
T
N
 
G
T
 
V
R
 
R
I
 
I
L
 
A
D
 
D
S
 
A
A
 
D
K
 
R
V
 
V
R
 
R
M
 
L
G
 
G
A
 
A
Q
 
H
L
 
L
A
 
A
A
 
P
G
 
G
T
 
T
T
 
T
V
 
V
M
 
M
P
 
H
G
 
-
A
 
E
S
 
G
Y
 
F
I
 
V
N
 
N
F
 
Y
N
 
N
A
 
A
G
 
G
T
 
T
E
 
L
G
 
G
P
 
A
V
 
S
M
 
M
V
 
V
E
 
E
G
 
G
R
 
R
I
 
I
S
 
S
S
 
A
S
 
G
A
 
V
V
 
V
V
 
V
K
 
G
E
 
D
G
 
G
A
 
S
D
 
D
V
 
V
G
 
G
G
 
G
G
 
G
A
 
A
S
 
S
I
 
I
L
 
M
G
 
G
V
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
T
 
G
N
 
G
G
 
T
N
 
H
P
 
V
I
 
I
T
 
S
I
 
I
G
 
G
R
 
K
N
 
R
T
 
C
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
A
N
 
N
S
 
S
V
 
G
T
 
L
G
 
G
I
 
I
P
 
S
L
 
L
G
 
G
D
 
D
G
 
D
C
 
C
I
 
V
V
 
V
D
x
E
A
 
A
G
 
G
I
 
L
A
 
Y
V
 
V
L
 
T
E
 
A
G
|
G
T
 
T
K
x
R
I
 
V
W
 
T
I
 
M
S
 
P
E
 
D
D
 
S
E
 
N
F
 
S
E
 
V
K
|
K
I
 
A
K
 
R
E
 
E
V
 
L
N
 
S
P
 
G
E
 
S
W
 
S
N
 
N
A
 
L
E
 
L
Y
 
F
K
x
R
E
 
R

Sites not aligning to the query:

3tdtA Complex of tetrahydrodipicolinate n-succinyltransferase with 2-amino- 6-oxopimelate and coenzyme a (see paper)
33% identity, 27% coverage: 195:300/387 of query aligns to 79:188/274 of 3tdtA

query
sites
3tdtA
E
 
E
V
 
T
E
 
R
Y
 
Y
V
 
Y
D
 
D
K
 
K
F
 
V
P
 
P
-
 
M
R
 
K
F
 
F
L
 
A
S
 
D
H
 
Y
-
 
D
-
 
E
-
 
A
I
 
R
I
 
F
P
 
Q
D
 
K
D
 
E
N
 
G
T
 
F
R
|
R
I
 
V
L
 
V
D
 
P
S
 
P
A
 
A
K
 
T
V
 
V
R
 
R
M
 
Q
G
 
G
A
 
A
Q
 
F
L
 
I
A
 
A
A
 
R
G
 
N
T
 
T
T
 
V
V
 
L
M
|
M
P
 
P
G
 
-
A
 
-
S
 
S
Y
 
Y
I
 
V
N
 
N
F
 
I
N
 
G
A
 
A
G
 
Y
T
 
V
E
 
D
G
 
E
P
 
G
V
 
T
M
|
M
V
 
V
E
x
D
-
 
T
-
 
W
G
 
A
R
 
T
I
 
V
S
 
G
S
 
S
S
 
C
A
 
A
V
 
Q
V
 
I
K
 
G
E
 
K
G
 
N
A
 
V
D
 
H
V
 
L
G
 
S
G
 
G
G
 
G
A
 
V
S
 
G
I
 
I
L
 
G
G
|
G
V
 
V
L
 
L
S
 
E
G
 
P
T
 
L
N
 
Q
G
 
A
N
 
N
P
 
P
I
 
T
T
 
I
I
 
I
G
 
E
R
 
D
N
 
N
T
 
C
L
 
F
L
 
I
G
|
G
A
|
A
N
 
R
S
 
S

Sites not aligning to the query:

2tdtA Complex of tetrahydrodipicolinate n-succinyltransferase with 2- aminopimelate and coenzyme a (see paper)
33% identity, 27% coverage: 195:300/387 of query aligns to 79:188/274 of 2tdtA

query
sites
2tdtA
E
 
E
V
 
T
E
 
R
Y
 
Y
V
 
Y
D
 
D
K
 
K
F
 
V
P
 
P
-
 
M
R
 
K
F
 
F
L
 
A
S
 
D
H
 
Y
-
 
D
-
 
E
-
 
A
I
 
R
I
 
F
P
 
Q
D
 
K
D
 
E
N
 
G
T
 
F
R
|
R
I
 
V
L
 
V
D
 
P
S
 
P
A
 
A
K
 
T
V
 
V
R
 
R
M
 
Q
G
 
G
A
 
A
Q
 
F
L
 
I
A
 
A
A
 
R
G
 
N
T
 
T
T
 
V
V
 
L
M
|
M
P
 
P
G
 
-
A
 
-
S
 
S
Y
 
Y
I
 
V
N
 
N
F
 
I
N
 
G
A
 
A
G
 
Y
T
 
V
E
 
D
G
 
E
P
 
G
V
 
T
M
|
M
V
 
V
E
x
D
-
 
T
-
 
W
G
 
A
R
 
T
I
 
V
S
 
G
S
 
S
S
 
C
A
 
A
V
 
Q
V
 
I
K
 
G
E
 
K
G
 
N
A
 
V
D
 
H
V
 
L
G
x
S
G
 
G
G
 
G
A
 
V
S
 
G
I
 
I
L
 
G
G
|
G
V
 
V
L
 
L
S
 
E
G
 
P
T
 
L
N
 
Q
G
 
A
N
 
N
P
 
P
I
 
T
T
 
I
I
 
I
G
 
E
R
 
D
N
 
N
T
 
C
L
x
F
L
 
I
G
|
G
A
 
A
N
 
R
S
 
S

Sites not aligning to the query:

1kgtA Crystal structure of tetrahydrodipicolinate n-succinyltransferase in complex with pimelate and succinyl-coa (see paper)
33% identity, 27% coverage: 195:300/387 of query aligns to 79:188/274 of 1kgtA

query
sites
1kgtA
E
 
E
V
 
T
E
 
R
Y
 
Y
V
 
Y
D
 
D
K
 
K
F
 
V
P
 
P
-
 
M
R
 
K
F
 
F
L
 
A
S
 
D
H
 
Y
-
 
D
-
 
E
-
 
A
I
 
R
I
 
F
P
 
Q
D
 
K
D
 
E
N
 
G
T
 
F
R
|
R
I
 
V
L
 
V
D
 
P
S
 
P
A
 
A
K
 
T
V
 
V
R
 
R
M
 
Q
G
 
G
A
 
A
Q
 
F
L
 
I
A
 
A
A
 
R
G
 
N
T
 
T
T
 
V
V
 
L
M
|
M
P
 
P
G
 
-
A
 
-
S
 
S
Y
 
Y
I
 
V
N
 
N
F
 
I
N
 
G
A
 
A
G
 
Y
T
 
V
E
 
D
G
 
E
P
 
G
V
 
T
M
|
M
V
 
V
E
x
D
-
 
T
-
 
W
G
 
A
R
 
T
I
 
V
S
 
G
S
 
S
S
 
C
A
 
A
V
 
Q
V
 
I
K
 
G
E
 
K
G
 
N
A
 
V
D
 
H
V
 
L
G
x
S
G
 
G
G
 
G
A
 
V
S
 
G
I
 
I
L
 
G
G
|
G
V
 
V
L
 
L
S
 
E
G
 
P
T
 
L
N
 
Q
G
 
A
N
 
N
P
 
P
I
 
T
T
 
I
I
 
I
G
 
E
R
 
D
N
 
N
T
 
C
L
 
F
L
 
I
G
 
G
A
|
A
N
 
R
S
 
S

Sites not aligning to the query:

1kgqA Crystal structure of tetrahydrodipicolinate n-succinyltransferase in complex with l-2-aminopimelate and succinamide-coa (see paper)
33% identity, 27% coverage: 195:300/387 of query aligns to 79:188/274 of 1kgqA

query
sites
1kgqA
E
 
E
V
 
T
E
 
R
Y
 
Y
V
 
Y
D
 
D
K
 
K
F
 
V
P
 
P
-
 
M
R
 
K
F
 
F
L
 
A
S
 
D
H
 
Y
-
 
D
-
 
E
-
 
A
I
 
R
I
 
F
P
 
Q
D
 
K
D
 
E
N
 
G
T
 
F
R
|
R
I
 
V
L
 
V
D
 
P
S
 
P
A
 
A
K
 
T
V
 
V
R
 
R
M
 
Q
G
 
G
A
 
A
Q
 
F
L
 
I
A
 
A
A
 
R
G
 
N
T
 
T
T
 
V
V
 
L
M
|
M
P
 
P
G
 
-
A
 
-
S
 
S
Y
 
Y
I
 
V
N
 
N
F
 
I
N
 
G
A
 
A
G
 
Y
T
 
V
E
 
D
G
 
E
P
 
G
V
 
T
M
|
M
V
 
V
E
x
D
-
 
T
-
 
W
G
 
A
R
 
T
I
 
V
S
 
G
S
 
S
S
 
C
A
 
A
V
 
Q
V
 
I
K
 
G
E
 
K
G
 
N
A
 
V
D
 
H
V
 
L
G
 
S
G
 
G
G
 
G
A
 
V
S
 
G
I
 
I
L
 
G
G
|
G
V
 
V
L
 
L
S
 
E
G
 
P
T
 
L
N
 
Q
G
 
A
N
 
N
P
 
P
I
 
T
T
 
I
I
 
I
G
 
E
R
 
D
N
 
N
T
 
C
L
x
F
L
 
I
G
|
G
A
 
A
N
 
R
S
 
S

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_007474672.1 NCBI__GCF_000170735.1:WP_007474672.1
MFEKLVESIKGYKKPLAFGIARVDLGQLNHDKVLQATYPVINWNENFGSAAVFIRSLFEN
GVEVDFNDSEFVAPITKEFIDTALNYFGEDLVAEAVGDKHKNIQVLKVLKEIFEDEDYDN
YRICFLFEDAAPKSVEAVYLKLYALSTRKAKLRSLNLNGAFGILTNCAWVGNVPIELDYL
RANEIELKLKDAYPEVEYVDKFPRFLSHIIPDDNTRILDSAKVRMGAQLAAGTTVMPGAS
YINFNAGTEGPVMVEGRISSSAVVKEGADVGGGASILGVLSGTNGNPITIGRNTLLGANS
VTGIPLGDGCIVDAGIAVLEGTKIWISEDEFEKIKEVNPEWNAEYKEYFKGLELAGLNGI
HYRFDTTKGKMVAFRSRREVKLNEELH

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory