SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_007477148.1 NCBI__GCF_000344175.1:WP_007477148.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 5 hits to proteins with known functional sites (download)

P69801 PTS system mannose-specific EIIC component; EII-P-Man; EIIC-Man; Mannose permease IIC component from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
71% identity, 100% coverage: 1:270/271 of query aligns to 3:266/266 of P69801

query
sites
P69801
M
 
I
T
 
T
A
 
T
I
 
L
Q
 
Q
L
 
I
V
 
V
L
 
L
V
 
V
F
 
F
L
 
I
V
 
V
S
 
A
C
 
C
V
 
I
S
 
A
G
 
G
M
 
M
G
 
G
S
 
S
I
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
W
 
F
Q
 
Q
T
 
F
H
 
H
R
 
R
P
 
P
L
 
L
I
 
I
A
 
A
C
 
C
T
 
T
L
 
L
I
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
L
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
M
T
 
K
T
 
T
G
 
G
I
 
I
I
 
I
I
 
I
G
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
L
E
 
E
M
 
M
I
 
I
A
 
A
L
 
L
G
 
G
W
 
W
M
 
M
N
|
N
I
 
I
G
 
G
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
P
 
P
D
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
S
I
 
I
I
 
I
S
 
S
T
 
T
I
 
I
L
 
L
V
 
V
I
 
I
T
 
A
G
 
G
G
 
H
Q
 
Q
D
 
S
I
 
I
S
 
G
V
 
A
G
 
G
I
 
I
S
 
A
L
 
L
A
 
A
I
 
I
P
 
P
L
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
A
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
L
 
L
T
 
T
I
 
I
L
 
I
V
 
V
R
 
R
T
 
T
I
 
I
T
 
T
V
 
V
A
 
A
F
 
F
Q
 
Q
H
 
H
M
 
A
A
 
A
D
 
D
K
 
K
A
 
A
G
 
A
K
 
D
A
 
N
G
 
G
N
 
N
L
 
L
R
 
T
S
 
A
L
 
I
D
 
S
W
 
W
I
 
I
H
 
H
V
 
V
T
 
S
A
 
S
L
 
L
L
 
F
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
M
 
M
R
 
R
I
 
V
A
 
A
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
V
I
 
I
V
 
V
A
 
A
V
 
L
T
 
S
V
 
V
G
 
G
T
 
T
D
 
S
A
 
E
V
 
V
T
 
Q
N
 
N
M
 
M
L
 
L
N
 
N
A
 
A
I
 
I
P
 
P
S
 
E
V
 
V
I
 
V
V
 
T
N
 
N
G
 
G
L
 
L
N
 
N
V
 
I
A
 
A
G
 
G
G
 
G
F
 
M
I
 
I
V
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
M
 
M
V
 
V
I
 
I
N
 
N
M
 
M
M
 
M
Q
 
R
A
 
A
K
 
G
Y
 
Y
L
 
L
M
 
M
P
 
P
F
 
F
F
 
F
F
 
Y
L
 
L
G
 
G
F
 
F
V
 
V
V
 
T
A
 
A
A
 
A
F
 
F
T
 
T
A
 
N
F
 
F
N
 
N
L
 
L
V
 
V
A
 
A
L
 
L
G
 
G
V
 
V
L
 
I
G
 
G
L
 
T
V
 
V
A
 
M
A
 
A
I
 
V
I
 
L
Y
 
Y
I
 
I
Q
 
Q
L
 
L
N
 
S
P
 
P
K
 
K
Y
 
Y
Q
 
-
L
 
-
K
 
-
A
 
-
A
 
-
I
 
-
E
 
N
Q
 
R
Y
 
V
G
 
A
G
 
G
G
 
A
G
 
P
G
 
A
K
 
Q
R
 
A
Q
 
A
S
 
G
D
 
N
D
 
N
D
 
D
L
 
L
D
 
D
D
 
N
D
 
E
L
 
L
D
 
D

7dyrY Cryoem structure of mannose transporter manyz and microcin e492 (mcea) complex (see paper)
77% identity, 90% coverage: 1:244/271 of query aligns to 3:246/248 of 7dyrY

query
sites
7dyrY
M
 
I
T
 
T
A
 
T
I
 
L
Q
 
Q
L
 
I
V
 
V
L
 
L
V
 
V
F
 
F
L
 
I
V
 
V
S
 
A
C
 
C
V
 
I
S
 
A
G
 
G
M
 
M
G
 
G
S
 
S
I
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
W
 
F
Q
 
Q
T
 
F
H
 
H
R
 
R
P
 
P
L
 
L
I
 
I
A
 
A
C
 
C
T
 
T
L
 
L
I
 
V
G
 
G
L
 
I
V
 
V
L
 
L
G
 
G
D
 
D
I
 
M
T
 
K
T
 
T
G
 
G
I
 
I
I
 
I
I
 
I
G
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
L
E
 
E
M
 
M
I
 
I
A
 
A
L
 
L
G
 
G
W
 
W
M
 
M
N
|
N
I
 
I
G
|
G
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
P
 
P
D
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
S
I
 
I
I
 
I
S
 
S
T
 
T
I
 
I
L
 
L
V
 
V
I
 
I
T
 
A
G
 
G
G
 
H
Q
 
Q
D
 
S
I
 
I
S
 
G
V
 
A
G
 
G
I
 
I
S
 
A
L
 
L
A
 
A
I
 
I
P
 
P
L
 
L
A
 
A
A
 
A
L
 
A
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
L
 
L
T
 
T
I
 
I
L
 
I
V
 
V
R
 
R
T
 
T
I
 
I
T
 
T
V
 
V
A
 
A
F
 
F
Q
 
Q
H
 
H
M
 
A
A
 
A
D
 
D
K
 
K
A
 
A
G
 
A
K
 
D
A
 
N
G
 
G
N
 
N
L
 
L
R
 
T
S
 
A
L
 
I
D
 
S
W
 
W
I
 
I
H
 
H
V
 
V
T
 
S
A
 
S
L
 
L
L
 
F
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
M
 
M
R
 
R
I
 
V
A
 
A
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
V
I
 
I
V
 
V
A
 
A
V
 
L
T
 
S
V
 
V
G
 
G
T
 
T
D
 
S
A
 
E
V
 
V
T
 
Q
N
 
N
M
 
M
L
 
L
N
 
N
A
 
A
I
 
I
P
 
P
S
 
E
V
 
V
I
 
V
V
 
T
N
 
N
G
 
G
L
 
L
N
 
N
V
 
I
A
 
A
G
 
G
G
 
G
F
 
M
I
 
I
V
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
M
 
M
V
 
V
I
 
I
N
 
N
M
 
M
M
 
M
Q
 
R
A
 
A
K
 
G
Y
 
Y
L
 
L
M
 
M
P
 
P
F
 
F
F
 
F
F
 
Y
L
 
L
G
 
G
F
 
F
V
 
V
V
 
T
A
 
A
A
 
A
F
 
F
T
 
T
A
 
N
F
 
F
N
 
N
L
 
L
V
 
V
A
 
A
L
 
L
G
 
G
V
 
V
L
 
I
G
 
G
L
 
T
V
 
V
A
 
M
A
 
A
I
 
V
I
 
L
Y
 
Y
I
 
I
Q
 
Q
L
 
L
N
 
S
P
 
P
K
 
K
Y
 
Y
Q
 
N

7vlxY Cryo-em structures of listeria monocytogenes man-pts (see paper)
51% identity, 89% coverage: 1:240/271 of query aligns to 1:242/247 of 7vlxY

query
sites
7vlxY
M
 
M
T
 
S
A
 
V
I
 
I
Q
 
S
L
 
I
V
 
I
L
 
L
V
 
V
F
 
V
L
 
L
V
 
I
S
 
A
C
 
F
V
 
L
S
 
A
G
 
G
M
 
I
G
 
E
S
 
G
I
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
W
 
F
Q
 
Q
T
 
F
H
 
H
R
 
Q
P
 
P
L
 
L
I
 
I
A
 
A
C
 
C
T
 
T
L
 
L
I
 
I
G
 
G
L
 
L
V
 
V
L
 
T
G
 
G
D
 
N
I
 
L
T
 
T
T
 
A
G
 
C
I
 
I
I
 
I
I
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
L
E
 
Q
M
 
M
I
 
I
A
 
A
L
 
L
G
 
G
W
 
W
M
 
A
N
|
N
I
 
I
G
|
G
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
P
 
P
D
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
S
I
 
V
I
 
A
S
 
S
T
 
A
I
 
I
L
 
I
V
 
L
I
 
V
T
 
L
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
-
 
G
-
 
V
-
 
A
D
 
G
I
 
I
S
 
P
V
 
S
G
 
A
I
 
I
S
 
A
L
 
I
A
 
A
I
 
I
P
 
P
L
 
L
A
 
A
A
 
V
L
 
A
G
 
G
Q
 
L
V
 
F
L
 
L
T
 
T
I
 
M
L
 
I
V
 
V
R
 
R
T
 
T
I
 
L
T
 
A
V
 
V
A
 
P
F
 
I
Q
 
V
H
 
H
M
 
L
A
 
M
D
 
D
K
 
R
A
 
A
G
 
A
K
 
E
A
 
K
G
 
G
N
 
N
L
 
I
R
 
R
S
 
S
L
 
V
D
 
E
W
 
W
I
 
L
H
 
H
V
 
I
T
 
S
A
 
A
L
 
I
L
 
C
L
 
M
Q
 
Q
A
 
G
M
 
I
R
 
R
I
 
I
A
 
A
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
A
I
 
A
V
 
L
A
 
-
V
 
L
T
 
F
V
 
I
G
 
P
T
 
A
D
 
D
A
 
S
V
 
V
T
 
Q
N
 
S
M
 
F
L
 
L
N
 
E
A
 
A
I
 
M
P
 
P
S
 
A
V
 
W
I
 
L
V
 
T
N
 
D
G
 
G
L
 
M
N
 
A
V
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
F
 
M
I
 
V
V
 
V
V
 
A
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
M
 
L
V
 
V
I
 
I
N
 
N
M
 
M
M
 
M
Q
 
A
A
 
T
K
 
K
Y
 
E
L
 
V
M
 
W
P
 
P
F
 
F
F
 
F
F
 
V
L
 
I
G
 
G
F
 
F
V
 
V
V
 
V
A
 
A
A
 
A
F
 
I
T
 
S
A
 
Q
F
 
L
N
 
T
L
 
L
V
 
I
A
 
A
L
 
I
G
 
G
V
 
A
L
 
L
G
 
G
L
 
V
V
 
A
A
 
L
A
 
A
I
 
L
I
 
I
Y
 
Y
I
 
L
Q
 
N
L
 
L
N
 
S

7xtgD Cryo-em structure of listeria monocytogenes man-pts complexed with pediocin pa-1 (see paper)
48% identity, 88% coverage: 4:242/271 of query aligns to 5:245/248 of 7xtgD

query
sites
7xtgD
I
 
I
Q
 
Q
L
 
V
V
 
I
L
 
L
V
 
V
F
 
I
L
 
F
V
 
V
S
 
A
C
 
F
V
 
L
S
 
A
G
 
G
M
 
V
G
 
E
S
 
G
I
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
W
 
F
Q
 
H
T
 
F
H
 
H
R
 
Q
P
 
P
L
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
C
T
 
T
L
 
L
I
 
I
G
 
G
L
 
L
V
 
V
L
 
T
G
 
G
D
 
N
I
 
L
T
 
L
T
 
P
G
 
C
I
 
L
I
 
I
I
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
L
E
 
Q
M
 
M
I
 
I
A
 
A
L
 
L
G
 
G
W
 
W
M
 
A
N
|
N
I
x
V
G
|
G
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
P
 
P
D
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
S
I
 
I
I
 
A
S
 
S
T
 
A
I
 
I
L
 
I
V
 
L
I
 
V
T
 
L
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
-
 
G
-
 
K
-
 
A
D
 
G
I
 
V
S
 
T
V
 
S
G
 
A
I
 
I
S
 
A
L
 
I
A
 
A
I
 
V
P
 
P
L
 
L
A
 
A
A
 
V
L
 
A
G
 
G
Q
 
L
V
 
L
L
 
L
T
 
T
I
 
I
L
 
I
V
 
V
R
 
R
T
 
T
I
 
L
T
 
A
V
 
T
A
 
G
F
 
I
Q
 
V
H
 
H
M
 
I
A
 
M
D
 
D
K
 
A
A
 
A
G
 
A
K
 
K
A
 
E
G
 
G
N
 
N
L
 
F
R
 
R
S
 
K
L
 
I
D
 
E
W
 
M
I
 
W
H
 
Q
V
 
Y
T
 
I
A
 
A
L
 
I
L
 
I
L
 
M
Q
 
Q
A
 
G
M
 
V
R
 
R
I
 
I
A
 
A
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
G
I
 
L
V
 
I
A
 
-
V
 
L
T
 
A
V
 
I
G
 
G
T
 
A
D
 
G
A
 
P
V
 
V
T
 
K
N
 
E
M
 
M
L
 
L
N
 
T
A
 
A
I
 
M
P
 
P
S
 
V
V
 
W
I
 
L
V
 
T
N
 
D
G
 
G
L
 
L
N
 
A
V
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
F
 
M
I
 
V
V
 
V
V
 
A
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
M
 
M
V
 
V
I
 
I
N
 
N
M
 
M
M
 
M
Q
 
A
A
 
T
K
 
K
Y
 
E
L
 
V
M
 
W
P
 
P
F
 
F
F
 
F
F
 
A
L
 
I
G
 
G
F
 
F
V
 
V
V
 
L
A
 
A
A
 
T
F
 
I
T
 
S
A
 
Q
F
 
L
N
 
T
L
 
L
V
 
I
A
 
G
L
 
L
G
 
G
V
 
A
L
 
I
G
 
G
L
 
I
V
 
S
A
 
L
A
 
A
I
 
L
I
 
I
Y
 
Y
I
 
L
Q
 
A
L
 
L
N
 
S
P
 
K
K
 
Q

8hfsY The structure of lcna, lcia, and the man-pts of lactococcus lactis (see paper)
49% identity, 83% coverage: 15:240/271 of query aligns to 17:246/249 of 8hfsY

query
sites
8hfsY
V
 
L
S
 
A
G
 
G
M
 
L
G
 
E
S
 
G
I
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
W
 
W
Q
 
Q
T
 
F
H
 
H
R
 
Q
P
 
P
L
 
I
I
 
I
A
 
A
C
 
C
T
 
S
L
 
L
I
 
I
G
 
G
L
 
I
V
 
V
L
 
T
G
 
G
D
 
H
I
 
A
T
 
S
T
 
A
G
 
G
I
 
I
I
 
I
I
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
S
L
 
L
E
 
Q
M
 
L
I
 
I
A
 
A
L
 
L
G
 
G
W
 
W
M
 
A
N
|
N
I
 
V
G
|
G
A
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
A
P
 
P
D
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
S
I
 
I
I
 
A
S
 
S
T
 
S
I
 
I
L
 
L
V
 
M
I
 
V
T
 
Q
G
 
S
G
 
N
Q
 
N
-
 
F
D
 
D
I
 
L
S
 
T
V
 
H
G
 
I
I
 
M
S
 
G
L
 
T
A
 
I
I
 
V
P
 
P
-
 
A
-
 
A
-
 
I
-
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
T
L
 
A
G
 
G
Q
 
L
V
 
V
L
 
L
T
 
T
I
 
T
L
 
L
V
 
V
R
 
R
T
 
M
I
 
L
T
 
S
V
 
V
A
 
V
F
 
L
Q
 
V
H
 
H
M
 
Q
A
 
A
D
 
D
K
 
R
A
 
A
G
 
A
K
 
E
A
 
N
G
 
G
N
 
S
L
 
Y
R
 
S
S
 
G
L
 
V
D
 
E
W
 
M
I
 
W
H
 
H
V
 
F
T
 
I
A
 
A
L
 
L
L
 
I
L
 
C
Q
 
Q
A
 
G
M
 
L
R
 
R
I
 
I
A
 
A
I
 
I
P
 
P
A
 
A
L
 
G
I
 
L
V
 
L
A
 
L
V
 
V
T
 
-
V
 
I
G
 
S
T
 
P
D
 
D
A
 
A
V
 
I
T
 
Q
N
 
K
M
 
A
L
 
L
N
 
A
A
 
A
I
 
I
P
 
P
S
 
P
V
 
V
I
 
I
V
 
S
N
 
G
G
 
G
L
 
L
N
 
A
V
 
V
A
 
G
G
 
G
G
 
G
F
 
M
I
 
V
V
 
V
V
 
A
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
M
 
M
V
 
V
I
 
I
N
 
N
M
 
L
M
 
M
Q
 
A
A
 
T
K
 
R
Y
 
E
L
 
V
M
 
W
P
 
P
F
 
F
F
 
F
F
 
F
L
 
L
G
 
G
F
 
F
V
 
A
V
 
L
A
 
A
A
 
P
F
 
I
T
 
S
A
 
E
F
 
L
N
 
T
L
 
L
V
 
I
A
 
A
L
 
T
G
 
G
V
 
V
L
 
L
G
 
G
L
 
V
V
 
V
A
 
I
A
 
A
I
 
I
I
 
V
Y
 
Y
I
 
L
Q
 
N
L
 
L
N
 
Q

Query Sequence

>WP_007477148.1 NCBI__GCF_000344175.1:WP_007477148.1
MTAIQLVLVFLVSCVSGMGSILDEWQTHRPLIACTLIGLVLGDITTGIIIGGTLEMIALG
WMNIGAAVAPDAALASIISTILVITGGQDISVGISLAIPLAALGQVLTILVRTITVAFQH
MADKAGKAGNLRSLDWIHVTALLLQAMRIAIPALIVAVTVGTDAVTNMLNAIPSVIVNGL
NVAGGFIVVVGYAMVINMMQAKYLMPFFFLGFVVAAFTAFNLVALGVLGLVAAIIYIQLN
PKYQLKAAIEQYGGGGGKRQSDDDLDDDLDD

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory