SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_007499909.1 NCBI__GCF_000691145.1:WP_007499909.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 4 hits to proteins with known functional sites (download)

P39841 Putative mannose-6-phosphate isomerase YvyI; Phosphohexomutase; Phosphomannose isomerase; PMI; EC 5.3.1.8 from Bacillus subtilis (strain 168)
72% identity, 100% coverage: 1:316/316 of query aligns to 1:316/316 of P39841

query
sites
P39841
M
 
M
K
 
T
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
I
 
I
F
 
F
L
 
L
L
 
T
P
 
P
E
 
V
L
 
F
K
 
K
E
 
E
R
 
K
I
 
I
W
 
W
G
 
G
G
 
G
T
 
T
A
 
A
L
 
L
R
 
R
D
 
D
Q
 
R
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
D
 
S
I
 
I
P
 
P
S
 
S
D
 
E
Q
 
S
T
 
T
G
 
G
E
 
E
C
 
C
W
 
W
A
 
A
I
 
I
S
 
S
A
 
A
H
 
H
P
 
P
N
 
K
G
 
G
P
 
P
S
 
S
V
 
T
V
 
V
Q
 
A
D
 
N
G
 
G
P
 
P
Y
 
Y
K
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
T
L
 
L
I
 
I
E
 
E
L
 
L
W
 
W
D
 
E
N
 
E
H
 
H
R
 
R
E
 
E
L
 
V
F
 
F
G
 
G
G
 
G
I
 
V
E
 
E
G
 
G
D
 
D
R
 
R
F
 
F
P
 
P
L
 
L
L
 
L
T
 
T
K
 
K
I
 
L
L
 
L
D
 
D
A
 
V
N
 
K
Q
 
E
D
 
D
L
 
T
S
 
S
V
 
I
Q
 
K
V
 
V
H
|
H
P
 
P
D
 
D
D
 
D
D
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
E
 
G
R
 
E
H
 
N
E
 
E
N
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
L
G
 
G
K
 
K
T
 
T
E
|
E
C
 
C
W
 
W
Y
 
Y
I
 
I
I
 
I
D
 
D
C
 
C
K
 
K
E
 
E
G
 
N
A
 
A
E
 
E
M
 
I
I
 
I
Y
 
Y
G
 
G
H
 
H
N
 
T
A
 
A
R
 
R
T
 
S
R
 
K
T
 
T
E
 
E
L
 
L
V
 
V
T
 
T
M
 
M
M
 
I
N
 
N
S
 
S
G
 
G
D
 
D
W
 
W
E
 
E
G
 
G
L
 
L
L
 
L
R
 
R
R
 
R
V
 
I
K
 
K
I
 
I
K
 
K
P
 
P
G
 
G
D
 
D
F
 
F
Y
 
Y
Y
 
Y
V
 
V
P
 
P
S
 
S
G
 
G
T
 
T
I
 
L
H
|
H
A
 
A
L
 
L
C
 
C
E
 
K
G
 
G
T
 
A
L
 
L
V
 
V
L
 
L
E
 
E
T
 
T
Q
 
Q
Q
 
Q
S
 
N
S
 
S
D
 
D
T
 
A
T
 
T
Y
 
Y
R
 
R
V
 
V
Y
 
Y
D
 
D
Y
 
Y
E
 
D
R
 
R
K
 
L
D
 
D
Q
 
S
N
 
N
G
 
G
H
 
S
E
 
P
R
 
R
E
 
E
L
 
L
H
 
H
F
 
F
T
 
A
Q
 
K
A
 
A
I
 
V
D
 
N
V
 
A
T
 
A
T
 
T
V
 
V
P
 
P
H
 
H
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
A
 
I
D
 
D
E
 
E
S
 
S
V
 
T
E
 
E
T
 
S
R
 
R
P
 
K
G
 
G
V
 
I
T
 
T
I
 
I
R
 
K
T
 
T
F
 
F
V
 
V
E
 
Q
A
 
G
E
 
E
Y
 
Y
F
 
F
S
 
S
V
 
V
Y
 
Y
K
 
K
W
 
W
E
 
D
I
 
I
D
 
N
Q
 
G
K
 
E
V
 
A
E
 
E
L
 
M
S
 
A
Q
 
Q
D
 
D
Y
 
E
P
 
S
F
 
F
L
 
L
L
 
I
C
 
C
S
 
S
V
 
V
I
 
I
N
 
E
G
 
G
E
 
S
G
 
G
S
 
L
L
 
L
E
 
K
H
 
Y
N
 
E
G
 
D
H
 
K
T
 
T
Y
 
C
P
 
P
L
 
L
P
 
K
K
 
K
G
 
G
A
 
D
H
 
H
F
 
F
I
 
I
L
 
L
P
 
P
A
 
A
E
 
Q
T
 
M
G
 
P
N
 
D
F
 
F
T
 
T
I
 
I
E
 
K
G
 
G
S
 
T
C
 
C
E
 
T
L
 
L
I
 
I
V
 
V
S
 
S
H
 
H
I
 
I

1qwrA Crystal structure analysis of the mannose 6-phosphate isomerase from bacillus subtilis
72% identity, 99% coverage: 3:316/316 of query aligns to 2:315/315 of 1qwrA

query
sites
1qwrA
Q
 
Q
S
 
S
P
 
P
I
 
I
F
 
F
L
 
L
L
 
T
P
 
P
E
 
V
L
 
F
K
 
K
E
 
E
R
 
K
I
 
I
W
 
W
G
 
G
G
 
G
T
 
T
A
 
A
L
 
L
R
 
R
D
 
D
Q
 
R
F
 
F
G
 
G
Y
 
Y
D
 
S
I
 
I
P
 
P
S
 
S
D
 
E
Q
 
S
T
 
T
G
 
G
E
 
E
C
 
C
W
 
W
A
 
A
I
 
I
S
 
S
A
 
A
H
 
H
P
 
P
N
 
K
G
 
G
P
 
P
S
 
S
V
 
T
V
 
V
Q
 
A
D
 
N
G
 
G
P
 
P
Y
 
Y
K
 
K
G
 
G
K
 
K
T
 
T
L
 
L
I
 
I
E
 
E
L
 
L
W
 
W
D
 
E
N
 
E
H
 
H
R
 
R
E
 
E
L
 
V
F
 
F
G
 
G
G
 
G
I
 
V
E
 
E
G
 
G
D
 
D
R
 
R
F
 
F
P
 
P
L
 
L
L
 
L
T
 
T
K
 
K
I
 
L
L
 
L
D
 
D
A
 
V
N
 
K
Q
 
E
D
 
D
L
 
T
S
 
S
V
 
I
Q
 
K
V
 
V
H
|
H
P
 
P
D
 
D
D
 
D
D
 
Y
Y
 
Y
A
 
A
E
 
G
R
 
E
H
 
N
E
 
E
N
 
E
G
 
G
E
 
E
L
 
L
G
 
G
K
 
K
T
 
T
E
|
E
C
 
C
W
 
W
Y
 
Y
I
 
I
I
 
I
D
 
D
C
 
C
K
 
K
E
 
E
G
 
N
A
 
A
E
 
E
M
 
I
I
 
I
Y
 
Y
G
 
G
H
 
H
N
 
T
A
 
A
R
 
R
T
 
S
R
 
K
T
 
T
E
 
E
L
 
L
V
 
V
T
 
T
M
 
M
M
 
I
N
 
N
S
 
S
G
 
G
D
 
D
W
 
W
E
 
E
G
 
G
L
 
L
L
 
L
R
 
R
R
 
R
V
 
I
K
 
K
I
 
I
K
 
K
P
 
P
G
 
G
D
 
D
F
 
F
Y
 
Y
Y
 
Y
V
 
V
P
 
P
S
 
S
G
 
G
T
 
T
I
 
L
H
|
H
A
 
A
L
 
L
C
 
C
E
 
K
G
 
G
T
 
A
L
 
L
V
 
V
L
 
L
E
 
E
T
 
T
Q
 
Q
Q
 
Q
S
 
N
S
 
S
D
 
D
T
 
A
T
 
T
Y
 
Y
R
 
R
V
 
V
Y
 
Y
D
 
D
Y
 
Y
E
 
D
R
 
R
K
 
L
D
 
D
Q
 
S
N
 
N
G
 
G
H
 
S
E
 
P
R
 
R
E
 
E
L
 
L
H
 
H
F
 
F
T
 
A
Q
 
K
A
 
A
I
 
V
D
 
N
V
 
A
T
 
A
T
 
T
V
 
V
P
 
P
H
 
H
V
 
V
D
 
D
G
 
G
Y
 
Y
A
 
I
D
 
D
E
 
E
S
 
S
V
 
T
E
 
E
T
 
S
R
 
R
P
 
K
G
 
G
V
 
I
T
 
T
I
 
I
R
 
K
T
 
T
F
 
F
V
 
V
E
 
Q
A
 
G
E
 
E
Y
 
Y
F
 
F
S
 
S
V
 
V
Y
 
Y
K
 
K
W
 
W
E
 
D
I
 
I
D
 
N
Q
 
G
K
 
E
V
 
A
E
 
E
L
 
M
S
 
A
Q
 
Q
D
 
D
Y
 
E
P
 
S
F
 
F
L
 
L
L
 
I
C
 
C
S
 
S
V
 
V
I
 
I
N
 
E
G
 
G
E
 
S
G
 
G
S
 
L
L
 
L
E
 
K
H
 
Y
N
 
E
G
 
D
H
 
K
T
 
T
Y
 
C
P
 
P
L
 
L
P
 
K
K
 
K
G
 
G
A
 
D
H
 
H
F
 
F
I
 
I
L
 
L
P
 
P
A
 
A
E
 
Q
T
 
M
G
 
P
N
 
D
F
 
F
T
 
T
I
 
I
E
 
K
G
 
G
S
 
T
C
 
C
E
 
T
L
 
L
I
 
I
V
 
V
S
 
S
H
 
H
I
 
I

1zx5A The structure of a putative mannosephosphate isomerase from archaeoglobus fulgidus
27% identity, 96% coverage: 12:313/316 of query aligns to 15:294/300 of 1zx5A

query
sites
1zx5A
L
 
L
K
 
V
E
 
E
R
 
R
I
 
P
W
 
W
G
 
G
G
 
G
T
 
E
A
 
W
L
 
I
R
 
A
D
 
L
Q
 
L
F
 
K
G
 
G
Y
 
F
D
 
R
I
 
-
P
 
-
S
 
Q
D
 
S
Q
 
G
T
 
I
G
 
G
E
 
E
C
 
S
W
 
W
A
 
E
I
 
F
S
 
S
A
 
A
H
 
H
P
 
T
N
 
S
G
 
R
P
 
P
S
 
S
V
 
T
V
 
V
Q
 
L
D
 
-
G
 
-
P
 
-
Y
 
V
K
 
K
G
 
G
K
 
Q
-
 
Q
-
 
L
T
 
S
L
 
M
I
 
I
E
 
E
L
 
L
W
 
F
D
 
S
N
 
K
H
 
H
R
 
R
-
 
D
E
 
E
L
 
L
F
 
L
G
 
G
-
 
R
-
 
A
G
 
A
I
 
E
E
 
K
G
 
F
D
 
S
R
 
K
F
 
F
P
 
P
L
 
I
L
 
L
T
 
V
K
 
R
I
 
L
L
 
I
D
 
D
A
 
A
N
 
A
Q
 
S
D
x
P
L
x
T
S
x
Q
V
 
V
Q
 
H
V
 
V
H
 
H
P
 
P
D
 
S
D
 
D
D
 
K
Y
 
A
A
 
A
E
 
E
R
 
S
H
 
L
E
 
G
N
 
E
G
 
A
E
 
E
L
 
G
G
 
G
K
 
V
T
 
E
E
 
S
C
 
A
W
 
W
Y
 
L
I
 
V
I
 
F
D
 
N
C
 
-
K
 
K
E
 
G
G
 
K
A
 
A
E
 
Y
M
 
A
I
 
G
Y
 
F
G
 
K
H
 
E
N
 
D
A
 
V
R
 
K
T
 
I
R
 
E
T
 
E
E
 
L
L
 
E
V
 
E
T
 
K
M
 
L
M
 
K
N
 
E
S
 
E
G
x
D
-
 
F
D
 
D
W
 
F
E
x
K
G
 
T
L
 
L
L
 
L
R
 
N
R
 
T
V
 
F
K
 
E
I
 
T
K
 
T
P
 
P
G
 
Y
D
 
D
F
 
T
Y
 
F
Y
 
V
V
 
I
P
 
R
S
 
P
G
 
G
T
 
I
I
 
P
H
 
H
A
 
A
L
 
-
C
 
G
E
 
E
G
 
G
T
 
L
L
 
R
V
 
V
L
 
L
E
 
E
T
 
V
Q
 
S
Q
 
S
S
 
N
S
 
S
D
 
T
T
 
L
T
 
A
Y
 
Y
R
 
F
V
 
F
Y
 
-
D
 
-
Y
 
-
E
 
-
R
 
-
K
 
-
D
 
N
Q
 
E
N
 
N
G
 
D
H
 
W
E
 
E
R
 
K
E
 
-
L
 
-
H
 
-
F
 
-
T
 
-
Q
 
-
A
 
-
I
 
-
D
 
-
V
 
V
T
 
K
T
 
K
V
 
V
P
 
L
H
 
N
V
 
T
D
 
K
G
 
K
Y
 
V
A
 
E
D
 
E
E
 
F
S
 
E
V
 
V
E
 
K
T
 
G
R
 
K
P
 
K
G
 
G
V
 
M
T
 
A
I
 
-
R
 
-
T
 
-
F
 
-
V
 
-
E
 
E
A
 
T
E
 
E
Y
 
N
F
 
F
S
 
G
V
 
L
Y
 
E
K
 
V
W
 
V
E
 
D
I
 
V
D
 
T
Q
 
G
K
 
T
V
 
A
E
 
E
L
 
I
S
 
K
Q
 
T
D
 
G
Y
 
G
P
 
-
F
 
-
L
 
V
L
 
M
C
 
N
S
 
I
V
 
L
I
 
Y
N
 
A
G
 
A
E
 
E
G
 
G
S
 
Y
L
 
F
E
 
I
H
 
L
N
 
R
G
 
G
-
 
K
H
 
E
T
 
T
Y
 
A
P
 
D
L
 
L
P
 
H
K
 
R
G
 
G
A
 
Y
H
 
S
F
 
C
I
 
L
L
 
V
P
 
P
A
 
A
E
 
S
T
 
T
G
 
D
N
 
S
F
 
F
T
 
T
I
 
V
E
 
E
G
 
S
S
 
E
C
 
R
E
 
G
L
 
K
I
 
I
V
 
V

P00946 Mannose-6-phosphate isomerase; Phosphohexomutase; Phosphomannose isomerase; PMI; EC 5.3.1.8 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
35% identity, 31% coverage: 8:105/316 of query aligns to 4:106/391 of P00946

query
sites
P00946
L
 
L
L
 
I
P
 
N
E
 
S
L
 
V
K
 
Q
E
 
N
R
 
Y
I
 
A
W
 
W
G
 
G
G
 
S
-
 
K
T
 
T
A
 
A
L
 
L
R
 
T
D
 
E
Q
 
L
F
 
Y
G
 
G
Y
 
M
D
 
E
I
 
N
P
 
P
S
 
S
D
 
S
Q
 
Q
-
 
P
T
 
M
G
 
A
E
 
E
C
 
L
W
 
W
A
 
-
I
 
M
S
 
G
A
 
A
H
 
H
P
 
P
N
 
K
G
 
S
P
 
S
S
 
S
V
 
R
V
 
V
Q
 
Q
D
 
N
G
 
A
P
 
A
Y
 
G
K
 
D
G
 
I
K
 
V
T
 
S
L
 
L
I
 
R
E
 
D
L
 
V
W
 
I
D
 
E
N
 
S
H
 
D
R
 
K
E
 
S
-
 
T
L
 
L
F
 
L
G
 
G
G
 
E
I
 
A
E
 
V
G
 
A
D
 
K
R
 
R
F
 
F
-
 
G
-
 
E
-
 
L
P
 
P
L
 
F
L
 
L
T
 
F
K
 
K
I
 
V
L
 
L
D
 
C
A
 
A
N
 
A
Q
 
Q
D
 
P
L
 
L
S
 
S
V
 
I
Q
 
Q
V
 
V
H
 
H
P
 
P
D
 
N
D
 
K
D
 
H
Y
 
N
A
 
S
E
 
E

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_007499909.1 NCBI__GCF_000691145.1:WP_007499909.1
MKQSPIFLLPELKERIWGGTALRDQFGYDIPSDQTGECWAISAHPNGPSVVQDGPYKGKT
LIELWDNHRELFGGIEGDRFPLLTKILDANQDLSVQVHPDDDYAERHENGELGKTECWYI
IDCKEGAEMIYGHNARTRTELVTMMNSGDWEGLLRRVKIKPGDFYYVPSGTIHALCEGTL
VLETQQSSDTTYRVYDYERKDQNGHERELHFTQAIDVTTVPHVDGYADESVETRPGVTIR
TFVEAEYFSVYKWEIDQKVELSQDYPFLLCSVINGEGSLEHNGHTYPLPKGAHFILPAET
GNFTIEGSCELIVSHI

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory