SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_007507152.1 NCBI__GCF_000230695.2:WP_007507152.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 5 hits to proteins with known functional sites (download)

5mzzB Crystal structure of the decarboxylase aiba/aibb in complex with 3- methylglutaconate (see paper)
33% identity, 53% coverage: 15:153/264 of query aligns to 13:153/241 of 5mzzB

query
sites
5mzzB
A
 
A
R
 
R
L
 
Q
L
 
I
K
 
D
N
 
D
R
 
G
D
 
G
I
 
V
C
 
V
F
 
A
V
 
T
G
|
G
I
x
V
G
 
A
L
 
S
P
 
P
S
 
L
A
 
A
-
 
I
-
 
L
A
 
A
C
 
I
N
 
A
L
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
A
T
 
T
H
 
H
A
 
A
P
 
P
Q
 
D
I
 
L
V
 
T
L
 
Y
I
 
L
Y
 
A
E
 
C
S
 
V
G
 
G
T
 
S
I
 
L
G
 
D
T
 
P
R
 
E
-
 
I
P
 
P
D
 
T
V
 
L
M
 
L
P
 
P
L
 
S
S
 
S
I
 
E
G
 
D
D
 
L
G
 
G
E
 
Y
L
 
L
A
 
D
Q
 
G
T
 
R
A
 
S
A
 
A
C
 
E
V
 
I
V
 
T
P
 
-
L
 
I
P
 
P
E
 
D
I
 
L
F
 
F
S
 
D
Y
 
H
Y
 
A
L
 
-
Q
 
R
A
 
R
G
 
G
R
 
R
V
 
V
D
 
D
I
 
T
G
 
V
F
 
F
L
 
F
G
 
G
A
 
A
A
 
A
Q
 
E
I
 
V
D
 
D
R
 
A
H
 
E
G
 
G
N
 
R
L
 
T
N
 
N
S
 
M
T
 
T
V
 
A
I
 
S
G
 
G
P
 
S
Y
 
L
E
 
D
T
 
K
P
 
P
S
 
R
T
 
T
R
 
K
L
 
F
P
 
P
G
 
G
A
 
V
G
x
A
G
|
G
A
 
A
P
 
A
E
 
T
I
 
L
A
 
R
Q
 
Q
H
 
W
A
 
V
R
 
R
Q
 
R
-
 
P
V
 
V
F
 
L
V
 
L
M
 
V
L
 
P
R
 
R
A
 
Q
S
 
S
K
 
R
R
 
R
S
 
N
F
 
L
V
 
V

5mzxB Crystal structure of the decarboxylase aiba/aibb in complex with 4'- diphospho pantetheine (see paper)
33% identity, 53% coverage: 15:153/264 of query aligns to 13:153/241 of 5mzxB

query
sites
5mzxB
A
 
A
R
 
R
L
 
Q
L
 
I
K
 
D
N
 
D
R
 
G
D
 
G
I
 
V
C
 
V
F
 
A
V
 
T
G
 
G
I
 
V
G
 
A
L
 
S
P
 
P
S
 
L
A
 
A
-
 
I
-
 
L
A
 
A
C
 
I
N
 
A
L
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
A
T
 
T
H
 
H
A
 
A
P
 
P
Q
 
D
I
 
L
V
 
T
L
 
Y
I
 
L
Y
 
A
E
 
C
S
 
V
G
 
G
T
 
S
I
 
L
G
 
D
T
 
P
R
 
E
-
 
I
P
 
P
D
 
T
V
 
L
M
 
L
P
 
P
L
 
S
S
 
S
I
 
E
G
 
D
D
 
L
G
 
G
E
 
Y
L
 
L
A
 
D
Q
 
G
T
 
R
A
 
S
A
 
A
C
 
E
V
 
I
V
 
T
P
 
-
L
 
I
P
 
P
E
 
D
I
 
L
F
 
F
S
 
D
Y
 
H
Y
 
A
L
 
-
Q
 
R
A
 
R
G
 
G
R
 
R
V
 
V
D
 
D
I
 
T
G
 
V
F
 
F
L
x
F
G
|
G
A
|
A
A
 
A
Q
 
E
I
 
V
D
 
D
R
 
A
H
 
E
G
 
G
N
 
R
L
 
T
N
 
N
S
 
M
T
 
T
V
 
A
I
 
S
G
 
G
P
 
S
Y
 
L
E
 
D
T
 
K
P
 
P
S
 
R
T
 
T
R
 
K
L
 
F
P
|
P
G
 
G
A
 
V
G
 
A
G
 
G
A
 
A
P
 
A
E
 
T
I
 
L
A
 
R
Q
 
Q
H
 
W
A
 
V
R
 
R
Q
 
R
-
 
P
V
 
V
F
 
L
V
 
L
M
 
V
L
 
P
R
 
R
A
 
Q
S
 
S
K
 
R
R
 
R
S
 
N
F
 
L
V
 
V

5mzyB Crystal structure of the decarboxylase aiba/aibb in complex with a possible transition state analog (see paper)
33% identity, 53% coverage: 15:153/264 of query aligns to 16:156/244 of 5mzyB

query
sites
5mzyB
A
 
A
R
 
R
L
 
Q
L
 
I
K
 
D
N
 
D
R
 
G
D
 
G
I
 
V
C
 
V
F
 
A
V
 
T
G
|
G
I
x
V
G
 
A
L
 
S
P
 
P
S
 
L
A
 
A
-
 
I
-
 
L
A
 
A
C
 
I
N
 
A
L
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
A
T
 
T
H
 
H
A
 
A
P
 
P
Q
 
D
I
 
L
V
 
T
L
 
Y
I
 
L
Y
 
A
E
 
C
S
 
V
G
 
G
T
 
S
I
 
L
G
 
D
T
 
P
R
 
E
-
 
I
P
 
P
D
 
T
V
 
L
M
 
L
P
 
P
L
 
S
S
 
S
I
 
E
G
 
D
D
 
L
G
 
G
E
 
Y
L
 
L
A
 
D
Q
 
G
T
 
R
A
 
S
A
 
A
C
 
E
V
 
I
V
 
T
P
 
-
L
 
I
P
 
P
E
 
D
I
 
L
F
|
F
S
 
D
Y
 
H
Y
 
A
L
 
-
Q
 
R
A
 
R
G
 
G
R
 
R
V
 
V
D
 
D
I
 
T
G
 
V
F
 
F
L
 
F
G
 
G
A
 
A
A
 
A
Q
 
E
I
 
V
D
 
D
R
 
A
H
 
E
G
 
G
N
 
R
L
 
T
N
 
N
S
 
M
T
 
T
V
 
A
I
 
S
G
 
G
P
 
S
Y
 
L
E
 
D
T
 
K
P
 
P
S
 
R
T
 
T
R
 
K
L
 
F
P
 
P
G
 
G
A
 
V
G
x
A
G
|
G
A
 
A
P
 
A
E
 
T
I
 
L
A
 
R
Q
 
Q
H
 
W
A
 
V
R
 
R
Q
 
R
-
 
P
V
 
V
F
 
L
V
 
L
M
 
V
L
 
P
R
 
R
A
 
Q
S
 
S
K
 
R
R
 
R
S
 
N
F
 
L
V
 
V

Q0S7Q0 Cholesterol ring-cleaving hydrolase IpdB subunit; (3E)-2-(2-carboxylatoethyl)-3-methyl-6-oxocyclohex-1-ene-1-carboxyl-CoA hydrolase beta subunit; COCHEA-CoA hydrolase beta subunit; EC 4.1.99.- from Rhodococcus jostii (strain RHA1) (see paper)
28% identity, 62% coverage: 1:164/264 of query aligns to 5:161/253 of Q0S7Q0

query
sites
Q0S7Q0
M
 
I
S
 
T
A
 
E
C
 
V
T
 
T
R
 
R
D
 
A
E
 
E
W
 
Y
M
 
C
T
 
A
V
 
I
A
 
A
A
 
C
A
 
A
R
 
D
L
 
I
L
 
-
K
 
-
N
 
-
R
 
-
D
 
-
I
 
-
C
 
-
F
 
F
V
 
S
G
 
G
I
 
A
G
 
G
-
 
E
-
 
I
-
 
M
-
 
A
-
 
S
-
 
P
-
 
M
-
 
A
-
 
T
L
 
L
P
 
P
S
 
L
A
 
I
A
 
G
C
 
A
N
 
R
L
 
L
A
 
A
R
 
R
L
 
L
T
 
T
H
 
-
A
 
-
P
 
-
Q
 
-
I
 
-
V
 
-
L
 
-
I
 
-
Y
 
-
E
 
-
S
 
-
G
 
-
T
 
-
I
 
-
G
 
-
T
 
T
R
 
E
P
 
P
D
 
D
V
 
L
M
 
L
P
 
-
L
 
-
S
 
-
I
 
I
G
 
T
D
 
D
G
 
G
E
|
E
-
 
A
-
 
L
-
 
I
L
 
F
A
 
A
Q
 
D
T
 
T
A
 
P
A
 
A
C
 
V
-
 
G
-
 
A
-
 
K
-
 
A
-
 
P
-
 
I
-
 
E
-
 
G
V
 
W
V
 
M
P
 
P
L
 
F
P
 
R
E
 
K
I
 
V
F
 
F
S
 
D
Y
 
V
Y
 
-
L
 
V
Q
 
A
A
 
S
G
 
G
R
 
R
V
x
R
D
 
H
I
 
V
G
 
-
F
 
V
L
 
M
G
 
G
A
 
A
A
 
N
Q
 
Q
I
 
I
D
 
D
R
 
R
H
 
H
G
 
G
N
 
N
L
 
Q
N
 
N
S
 
L
T
 
S
V
 
A
I
 
F
G
 
G
P
 
P
Y
 
L
E
 
Q
T
 
Q
P
 
P
S
 
T
T
 
R
R
 
Q
L
 
M
P
 
F
G
 
G
A
 
V
G
x
R
G
 
G
A
 
A
P
 
P
E
 
G
I
 
N
A
 
T
Q
 
I
H
 
N
A
 
H
R
 
P
Q
 
T
V
 
S
F
 
Y
V
 
W
M
 
V
L
 
G
R
 
K
A
 
H
S
 
T
K
 
S
R
 
R
S
 
V
F
 
F
V
 
C
E
 
D
R
 
T
L
 
V
A
 
D
F
 
I
R
 
V
S
 
S
S
 
G
A
 
V
G
 
G
Y
 
Y

6cojB Crystal structure of rhodococcus jostii rha1 ipdab e105a cochea-coa complex (see paper)
28% identity, 62% coverage: 2:164/264 of query aligns to 1:156/248 of 6cojB

query
sites
6cojB
S
 
T
A
 
E
C
 
V
T
 
T
R
 
R
D
 
A
E
 
E
W
 
Y
M
 
C
T
 
A
V
 
I
A
 
A
A
 
C
A
 
A
R
 
D
L
 
I
L
 
-
K
 
-
N
 
-
R
 
-
D
 
-
I
 
-
C
 
-
F
 
F
V
 
S
G
 
G
I
 
A
G
 
G
-
 
E
-
 
I
-
 
M
-
 
A
-
 
S
-
 
P
-
x
M
-
 
A
-
 
T
L
 
L
P
 
P
S
 
L
A
 
I
A
 
G
C
 
A
N
 
R
L
 
L
A
 
A
R
 
R
L
 
L
T
 
T
H
 
-
A
 
-
P
 
-
Q
 
-
I
 
-
V
 
-
L
 
-
I
 
-
Y
 
-
E
 
-
S
 
-
G
 
-
T
 
-
I
 
-
G
 
-
T
 
T
R
 
E
P
 
P
D
 
D
V
 
L
M
 
L
P
 
-
L
 
-
S
 
-
I
 
I
G
 
T
D
 
D
G
 
G
E
 
E
-
 
A
-
 
L
-
 
I
L
 
F
A
 
A
Q
 
D
T
 
T
A
 
P
A
 
A
C
 
V
-
 
G
-
 
A
-
 
K
-
 
A
-
 
P
-
 
I
-
 
E
-
 
G
V
 
W
V
 
M
P
 
P
L
 
F
P
 
R
E
 
K
I
 
V
F
|
F
S
 
D
Y
 
V
Y
 
-
L
 
V
Q
 
A
A
 
S
G
 
G
R
 
R
V
x
R
D
 
H
I
 
V
G
 
-
F
 
V
L
x
M
G
|
G
A
|
A
A
x
N
Q
 
Q
I
 
I
D
 
D
R
 
R
H
 
H
G
 
G
N
 
N
L
 
Q
N
 
N
S
x
L
T
 
S
V
 
A
I
x
F
G
 
G
P
 
P
Y
 
L
E
 
Q
T
 
Q
P
 
P
S
x
T
T
x
R
R
 
Q
L
 
M
P
 
F
G
 
G
A
 
V
G
x
R
G
 
G
A
 
A
P
 
P
E
 
G
I
x
N
A
 
T
Q
 
I
H
 
N
A
 
H
R
 
P
Q
 
T
V
 
S
F
 
Y
V
 
W
M
 
V
L
 
G
R
 
K
A
 
H
S
 
T
K
 
S
R
|
R
S
 
V
F
 
F
V
 
C
E
 
D
R
 
T
L
 
V
A
 
D
F
 
I
R
 
V
S
 
S
S
 
G
A
 
V
G
 
G
Y
 
Y

Query Sequence

>WP_007507152.1 NCBI__GCF_000230695.2:WP_007507152.1
MSACTRDEWMTVAAARLLKNRDICFVGIGLPSAACNLARLTHAPQIVLIYESGTIGTRPD
VMPLSIGDGELAQTAACVVPLPEIFSYYLQAGRVDIGFLGAAQIDRHGNLNSTVIGPYET
PSTRLPGAGGAPEIAQHARQVFVMLRASKRSFVERLAFRSSAGYLDGHGARARSGAAGGG
PRAVITDFGMLAPHPESEELQLVALFEGATVEEARAAIGWPLQLADRIDTIAPPSAHELD
TLRALHARTREAHARPVRIPLQNG

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory