SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_007513010.1 NCBI__GCF_021560695.1:WP_007513010.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 4 hits to proteins with known functional sites (download)

6j2lA Crystal structure of bi-functional enzyme (see paper)
58% identity, 93% coverage: 11:205/209 of query aligns to 9:200/200 of 6j2lA

query
sites
6j2lA
L
 
L
D
 
D
W
 
W
T
 
E
K
 
K
G
 
T
G
 
D
G
 
G
L
 
L
L
 
M
P
 
P
A
 
V
I
 
I
V
 
V
Q
 
Q
H
 
H
W
 
A
L
 
V
S
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
V
L
 
L
M
 
M
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
M
 
M
N
 
N
A
 
P
D
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
D
R
 
K
T
 
T
Q
 
I
A
 
E
S
 
S
G
 
G
Q
 
K
V
 
V
T
 
T
F
 
F
H
 
F
S
 
S
R
 
R
S
 
T
K
 
K
Q
 
Q
R
 
R
L
 
L
W
 
W
T
 
I
K
 
K
G
 
G
E
 
E
S
 
T
S
 
S
G
 
G
R
 
N
V
 
F
L
 
L
A
 
N
L
 
V
K
 
V
S
 
S
I
 
I
R
 
A
L
 
P
D
|
D
C
 
C
D
|
D
A
 
N
D
|
D
T
 
T
L
 
L
L
 
L
V
 
V
R
 
L
A
 
A
E
 
N
P
 
P
H
 
I
G
 
G
P
 
P
T
 
T
C
|
C
H
 
H
T
 
K
G
 
G
T
 
T
S
 
S
S
 
S
C
|
C
F
 
F
G
 
G
D
 
N
S
 
T
A
 
A
E
 
H
V
 
-
R
 
-
P
 
-
P
 
Q
L
 
W
G
 
L
F
 
F
L
 
L
A
 
Y
E
 
Q
L
 
L
D
 
E
T
 
Q
L
 
L
V
 
L
A
 
A
Q
 
E
R
 
R
H
 
K
A
 
Y
E
 
A
R
 
D
P
 
P
E
 
E
G
 
T
S
 
S
Y
 
Y
T
 
T
T
 
A
K
 
K
L
 
L
F
 
Y
N
 
A
G
 
S
G
 
G
I
 
T
R
 
K
R
 
R
M
 
I
A
 
A
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
G
 
G
E
 
E
E
|
E
G
 
G
V
 
V
E
 
E
T
 
T
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
V
 
T
A
 
V
Q
 
H
G
 
D
D
 
R
E
 
F
E
 
E
L
 
L
L
 
T
G
 
N
E
|
E
A
 
A
A
 
S
D
|
D
L
 
L
L
 
M
F
 
Y
H
 
H
L
 
L
T
 
L
V
 
V
A
 
L
L
 
L
R
 
Q
A
 
D
R
 
Q
G
 
D
L
 
L
S
 
D
L
 
L
T
 
T
D
 
T
V
 
V
V
 
I
G
 
E
V
 
N
L
 
L
A
 
H
A
 
K
R
 
R

6j2lB Crystal structure of bi-functional enzyme (see paper)
53% identity, 93% coverage: 11:205/209 of query aligns to 8:185/185 of 6j2lB

query
sites
6j2lB
L
 
L
D
 
D
W
 
W
T
 
E
K
 
K
G
 
T
G
 
D
G
 
G
L
 
L
L
 
M
P
 
P
A
 
V
I
 
I
V
 
V
Q
 
Q
H
 
H
W
 
A
L
 
V
S
 
S
G
 
G
E
 
E
V
 
V
L
 
L
M
 
M
L
 
L
G
 
G
Y
 
Y
M
 
M
N
 
N
A
 
P
D
 
E
A
 
A
L
 
L
A
 
D
R
 
K
T
 
T
Q
 
I
A
 
E
S
 
S
G
 
G
Q
 
K
V
 
V
T
 
T
F
 
F
H
 
F
S
 
S
R
 
R
S
 
T
K
 
K
Q
 
Q
R
 
R
L
 
L
W
 
W
T
 
I
K
 
K
G
 
G
E
 
E
S
 
T
S
 
S
G
 
G
R
 
N
V
 
F
L
 
L
A
 
N
L
 
V
K
 
V
S
 
S
I
 
I
R
 
A
L
 
P
D
|
D
C
 
C
D
|
D
A
 
N
D
|
D
T
 
T
L
 
L
L
 
L
V
 
V
R
 
L
A
 
A
E
 
N
P
 
P
H
 
I
G
 
G
P
 
P
T
 
-
C
 
-
H
 
-
T
 
-
G
 
-
T
 
-
S
 
S
S
 
S
C
 
C
F
 
F
G
 
G
D
 
N
S
 
T
A
 
A
E
 
H
V
 
-
R
 
-
P
 
-
P
 
Q
L
 
W
G
 
L
F
 
F
L
 
L
A
 
Y
E
 
Q
L
 
L
D
 
E
T
 
Q
L
 
L
V
 
L
A
 
A
Q
 
E
R
 
R
H
 
K
A
 
Y
E
 
-
R
 
-
P
 
-
E
 
-
G
 
-
S
 
-
Y
 
-
T
 
-
T
 
A
K
 
D
L
 
L
F
 
Y
N
 
A
G
 
S
G
 
G
I
 
T
R
 
K
R
 
R
M
 
I
A
 
A
Q
 
Q
K
 
K
V
 
V
G
 
G
E
 
E
E
|
E
G
 
G
V
 
V
E
|
E
T
 
T
A
 
A
L
 
L
A
 
A
A
 
A
V
 
T
A
 
V
Q
 
H
G
 
D
D
 
R
E
 
F
E
 
E
L
 
L
L
 
T
G
 
N
E
|
E
A
 
A
A
 
S
D
|
D
L
 
L
L
 
M
F
 
Y
H
 
H
L
 
L
T
 
L
V
 
V
A
 
L
L
 
L
R
 
Q
A
 
D
R
 
Q
G
 
D
L
 
L
S
 
D
L
 
L
T
 
T
D
 
T
V
 
V
V
 
I
G
 
E
V
 
N
L
 
L
A
 
H
A
 
K
R
 
R

7bgnA Crystal structure of mthisn2-amp complex, a bifunctional enzyme from the histidine biosynthetic pathway (see paper)
34% identity, 95% coverage: 8:205/209 of query aligns to 6:203/204 of 7bgnA

query
sites
7bgnA
L
 
L
S
 
D
R
 
S
L
 
V
D
 
K
W
 
W
T
 
-
K
 
D
G
 
N
G
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
A
P
 
V
A
 
A
I
 
I
V
 
A
Q
 
Q
H
 
N
W
 
V
L
 
D
S
 
T
G
 
G
E
 
A
V
 
I
L
 
L
M
 
M
L
 
Q
G
 
G
Y
 
F
M
 
A
N
 
N
A
 
R
D
 
E
A
 
A
L
 
V
A
 
A
R
 
T
T
 
T
Q
 
I
A
 
S
S
 
S
G
 
R
Q
 
K
V
 
A
T
 
T
F
 
F
H
 
Y
S
 
S
R
 
R
S
 
S
K
 
R
Q
 
S
R
 
S
L
 
L
W
|
W
T
 
T
K
|
K
G
|
G
E
 
E
S
x
T
S
|
S
G
 
N
R
 
N
V
 
F
L
 
I
A
 
N
L
 
V
K
 
H
S
 
D
I
 
V
R
 
F
L
 
L
D
|
D
C
 
C
D
|
D
A
 
R
D
|
D
T
 
S
L
 
I
L
 
I
V
 
Y
R
 
L
A
 
G
E
 
K
P
 
P
H
 
D
G
 
G
P
 
P
T
|
T
C
|
C
H
|
H
T
 
T
G
 
G
T
 
A
S
 
E
S
 
T
C
|
C
F
 
Y
G
 
Y
D
 
T
S
 
P
A
 
V
E
 
F
V
 
D
R
 
L
P
 
N
P
 
K
L
 
L
G
 
A
F
 
L
-
 
T
-
 
S
L
 
L
A
 
Y
E
 
A
L
|
L
D
 
E
T
 
S
L
 
T
V
 
I
A
 
S
Q
 
Q
R
|
R
H
 
K
A
 
A
E
 
E
R
 
V
P
 
V
E
 
-
G
 
P
S
|
S
Y
x
W
T
|
T
T
 
K
K
 
R
L
 
L
F
 
L
N
 
L
G
 
N
G
 
D
I
 
-
R
 
K
R
 
L
M
 
L
A
 
C
Q
 
S
K
 
K
V
 
I
G
 
R
E
 
E
E
|
E
G
 
A
V
 
N
E
 
E
T
 
-
A
 
-
L
 
L
A
 
C
A
 
E
V
 
T
A
 
L
Q
 
E
G
 
N
D
 
N
E
 
E
E
 
D
-
 
K
-
 
S
-
 
R
L
 
T
L
 
A
G
 
S
E
|
E
A
 
M
A
 
A
D
|
D
L
 
V
L
 
L
F
x
Y
H
 
H
L
 
A
T
 
M
V
 
V
A
 
L
L
 
L
R
 
A
A
 
L
R
 
K
G
 
D
L
 
V
S
 
K
L
 
V
T
 
E
D
 
E
V
 
V
V
 
L
G
 
Q
V
 
V
L
 
L
A
 
R
A
 
Q
R
|
R

Sites not aligning to the query:

7bgmA Crystal structure of mthisn2, a bifunctional enzyme from the histidine biosynthetic pathway (see paper)
34% identity, 95% coverage: 8:205/209 of query aligns to 8:212/213 of 7bgmA

query
sites
7bgmA
L
 
L
S
 
D
R
 
S
L
 
V
D
 
K
W
 
W
T
 
-
K
 
D
G
 
N
G
 
K
G
 
G
L
 
L
L
 
A
P
 
V
A
 
A
I
 
I
V
 
A
Q
 
Q
H
 
N
W
 
V
L
 
D
S
 
T
G
 
G
E
 
A
V
 
I
L
 
L
M
 
M
L
 
Q
G
 
G
Y
 
F
M
 
A
N
 
N
A
 
R
D
 
E
A
 
A
L
 
V
A
 
A
R
 
T
T
 
T
Q
 
I
A
 
S
S
 
S
G
 
R
Q
 
K
V
 
A
T
 
T
F
 
F
H
 
Y
S
 
S
R
 
R
S
 
S
K
 
R
Q
 
S
R
 
S
L
 
L
W
 
W
T
 
T
K
 
K
G
 
G
E
 
E
S
 
T
S
 
S
G
 
N
R
 
N
V
 
F
L
 
I
A
 
N
L
 
V
K
 
H
S
 
D
I
 
V
R
 
F
L
 
L
D
|
D
C
 
C
D
|
D
A
 
R
D
|
D
T
 
S
L
 
I
L
 
I
V
 
Y
R
 
L
A
 
G
E
 
K
P
 
P
H
 
D
G
 
G
P
 
P
T
 
T
C
|
C
H
 
H
T
 
T
G
 
G
T
 
A
S
 
E
S
 
T
C
|
C
F
 
Y
G
 
Y
-
 
T
-
 
P
-
 
V
-
 
F
-
 
D
-
 
L
-
 
L
D
 
K
S
 
E
A
 
E
E
 
E
V
 
V
-
 
E
-
 
G
-
 
N
R
 
K
P
 
L
P
 
A
L
 
L
G
 
T
F
 
S
L
 
L
A
 
Y
E
 
A
L
 
L
D
 
E
T
 
S
L
 
T
V
 
I
A
 
S
Q
 
Q
R
 
R
H
 
K
A
 
A
E
 
E
R
 
V
P
 
V
E
 
-
G
 
-
S
 
S
Y
 
W
T
 
T
T
 
K
K
 
R
L
 
L
F
 
L
N
 
L
G
 
N
G
 
D
I
 
-
R
 
K
R
 
L
M
 
L
A
 
C
Q
 
S
K
 
K
V
 
I
G
 
R
E
 
E
E
|
E
G
 
A
V
 
N
E
 
E
T
 
-
A
 
-
L
 
L
A
 
C
A
 
E
V
 
T
A
 
L
Q
 
E
G
 
N
D
 
N
E
 
E
E
 
D
-
 
K
-
 
S
-
 
R
L
 
T
L
 
A
G
 
S
E
|
E
A
 
M
A
 
A
D
|
D
L
 
V
L
 
L
F
 
Y
H
 
H
L
 
A
T
 
M
V
 
V
A
 
L
L
 
L
R
 
A
A
 
L
R
 
K
G
 
D
L
 
V
S
 
K
L
 
V
T
 
E
D
 
E
V
 
V
V
 
L
G
 
Q
V
 
V
L
 
L
A
 
R
A
 
Q
R
 
R

Query Sequence

>WP_007513010.1 NCBI__GCF_021560695.1:WP_007513010.1
MSDANTDLSRLDWTKGGGLLPAIVQHWLSGEVLMLGYMNADALARTQASGQVTFHSRSKQ
RLWTKGESSGRVLALKSIRLDCDADTLLVRAEPHGPTCHTGTSSCFGDSAEVRPPLGFLA
ELDTLVAQRHAERPEGSYTTKLFNGGIRRMAQKVGEEGVETALAAVAQGDEELLGEAADL
LFHLTVALRARGLSLTDVVGVLAARHRAG

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory