SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_007668606.1 NCBI__GCF_000319285.1:WP_007668606.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 4 hits to proteins with known functional sites (download)

7dyrZ Cryoem structure of mannose transporter manyz and microcin e492 (mcea) complex (see paper)
93% identity, 96% coverage: 10:282/283 of query aligns to 1:273/274 of 7dyrZ

query
sites
7dyrZ
E
 
E
K
 
K
K
 
K
L
 
L
T
 
T
P
 
Q
G
 
S
D
 
D
V
 
I
R
 
R
A
 
G
V
 
V
F
 
F
I
 
L
R
 
R
S
 
S
N
 
N
L
 
L
F
 
F
Q
|
Q
G
 
G
S
 
S
W
|
W
N
 
N
F
 
F
E
 
E
R
 
R
M
 
M
Q
|
Q
A
 
A
L
 
L
G
 
G
F
 
F
C
 
C
F
 
F
S
 
S
M
 
M
I
 
V
P
 
P
A
 
A
I
 
I
R
 
R
R
 
R
L
 
L
Y
 
Y
P
 
P
E
 
E
N
 
N
N
 
N
E
 
E
A
 
A
R
 
R
R
 
K
Q
 
Q
A
 
A
I
 
I
K
 
R
R
 
R
H
 
H
L
 
L
E
 
E
F
 
F
F
 
F
N
|
N
T
|
T
H
 
Q
P
 
P
Y
 
F
V
 
V
A
 
A
A
 
A
P
 
P
V
 
I
L
 
L
G
 
G
V
 
V
T
 
T
L
 
L
A
 
A
M
 
L
E
 
E
E
 
E
Q
 
Q
R
 
R
A
 
A
N
 
N
G
 
G
A
 
A
E
 
E
I
 
I
D
 
D
D
 
D
G
 
G
A
 
A
I
 
I
N
 
N
G
 
G
L
 
I
K
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
L
M
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
L
A
 
A
G
 
G
V
 
V
G
 
G
D
|
D
P
 
P
I
 
I
F
 
F
W
|
W
G
 
G
T
 
T
V
 
V
R
 
R
P
 
P
V
 
V
F
 
F
A
 
A
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
M
 
M
S
 
S
G
 
G
S
 
S
L
 
L
L
 
L
G
 
G
P
 
P
L
 
L
L
 
L
F
 
F
F
 
F
V
 
I
L
 
L
F
 
F
N
 
N
L
 
L
V
 
V
R
 
R
L
 
L
A
 
A
T
 
T
R
 
R
Y
 
Y
Y
 
Y
G
 
G
V
 
V
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
R
 
S
K
 
K
G
 
G
V
 
I
D
 
D
I
 
I
V
 
V
K
 
K
D
 
D
M
 
M
G
 
G
G
 
G
G
 
G
F
 
F
L
 
L
Q
 
Q
K
 
K
L
 
L
T
 
T
E
 
E
G
 
G
A
 
A
S
 
S
I
 
I
L
 
L
G
 
G
L
 
L
F
 
F
V
 
V
M
 
M
G
 
G
A
 
A
L
 
L
V
 
V
N
 
N
K
 
K
W
 
W
T
 
T
H
 
H
V
 
V
N
 
N
I
 
I
P
 
P
L
 
L
V
 
V
V
 
V
S
 
S
R
 
R
I
 
I
T
 
T
D
 
D
Q
 
Q
N
 
T
G
 
G
A
 
K
E
 
E
K
 
H
V
 
V
T
 
T
T
 
T
V
 
V
Q
 
Q
T
 
T
I
 
I
L
 
L
D
 
D
Q
 
Q
L
 
L
M
 
M
P
 
P
G
 
G
L
 
L
V
 
V
P
 
P
L
 
L
L
 
L
L
 
L
T
 
T
F
 
F
A
 
A
C
 
C
M
 
M
W
 
W
L
 
L
L
 
L
R
 
R
K
 
K
K
 
K
V
 
V
N
 
N
P
 
P
L
 
L
W
 
W
I
 
I
I
 
I
V
 
V
G
 
G
F
 
F
F
 
F
V
 
V
I
 
I
G
 
G
I
 
I
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
I
 
C
G
 
G
L
 
L
L
 
L
G
 
G

8hfsZ The structure of lcna, lcia, and the man-pts of lactococcus lactis (see paper)
51% identity, 95% coverage: 6:275/283 of query aligns to 1:297/303 of 8hfsZ

query
sites
8hfsZ
K
 
K
T
 
V
T
 
T
G
 
L
E
 
D
K
 
K
K
 
K
L
 
I
T
 
R
P
 
-
G
 
-
D
 
-
V
 
-
R
 
R
A
 
S
V
 
V
F
 
M
I
 
W
R
 
R
S
 
S
N
 
M
L
 
F
F
 
L
Q
 
Q
G
 
G
S
 
S
W
|
W
N
 
N
F
 
Y
E
 
E
R
 
R
M
 
M
Q
 
Q
A
 
N
L
 
G
G
 
G
F
 
W
C
 
A
F
 
Y
S
 
S
M
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
A
I
 
L
R
 
K
R
 
K
L
 
L
Y
 
Y
P
 
P
E
 
S
N
 
G
N
 
E
E
 
E
A
 
A
R
 
K
R
 
-
Q
 
E
A
 
A
I
 
L
K
 
K
R
 
R
H
 
H
L
 
L
E
 
E
F
 
F
F
 
F
N
|
N
T
 
T
H
 
H
P
 
P
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
P
 
P
V
 
I
L
 
I
G
 
G
V
 
V
T
 
T
L
 
L
A
 
A
M
 
L
E
 
E
E
 
E
Q
 
E
R
 
R
A
 
A
N
 
N
G
 
G
A
 
A
E
 
D
I
 
I
D
 
D
D
 
D
G
 
A
A
 
A
I
 
I
N
 
Q
G
 
G
L
 
V
K
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
M
M
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
L
A
 
A
G
 
G
V
 
I
G
 
G
D
|
D
P
 
P
I
 
V
F
 
F
W
|
W
G
 
F
T
 
T
V
 
V
R
 
R
P
 
P
V
 
I
F
 
V
A
 
G
A
 
A
L
 
I
G
 
A
A
 
A
G
 
S
I
 
L
A
 
A
M
 
T
S
 
G
G
 
G
S
 
S
L
 
I
L
 
I
G
 
A
P
 
P
L
 
L
L
 
F
F
 
F
F
 
F
V
 
I
L
 
V
F
 
W
N
 
N
L
 
A
V
 
I
R
 
R
L
 
I
A
 
A
T
 
F
R
 
L
Y
 
W
Y
 
Y
G
 
T
V
 
Q
A
 
E
Y
 
F
G
 
G
Y
 
Y
R
 
K
K
 
S
G
 
G
V
 
S
D
 
A
I
 
I
V
 
T
K
 
K
D
 
D
M
 
L
G
 
G
G
 
G
G
 
G
F
 
L
L
 
L
Q
 
Q
K
 
T
L
 
V
T
 
T
E
 
K
G
 
G
A
 
A
S
 
S
I
 
I
L
 
L
G
 
G
L
 
M
F
 
F
V
 
V
M
 
L
G
 
G
A
 
V
L
 
L
V
 
I
N
 
Q
K
 
R
W
 
W
T
 
V
H
 
T
V
 
I
N
 
N
I
 
F
-
 
N
-
 
G
-
 
P
P
 
N
L
 
A
V
 
V
V
 
V
S
 
S
R
 
K
I
 
I
T
 
P
D
 
L
Q
 
Q
N
 
K
G
 
G
A
 
A
-
 
Y
-
 
V
-
 
E
-
 
F
-
 
P
-
 
K
-
 
G
-
 
S
-
 
V
-
 
S
-
 
G
-
 
T
-
 
Q
-
 
L
-
 
H
-
 
D
-
 
I
-
 
L
-
 
G
-
 
Q
-
 
V
-
 
G
-
 
N
-
 
K
-
 
L
-
 
S
-
 
L
-
 
D
-
 
P
E
 
T
K
 
K
V
 
V
T
 
T
T
 
Y
V
 
L
Q
 
Q
T
 
D
I
 
N
L
 
L
D
 
N
Q
 
Q
L
 
L
M
 
I
P
 
P
G
 
G
L
 
L
V
 
A
P
 
G
L
 
L
L
 
L
L
 
I
T
 
T
F
 
L
A
 
L
C
 
C
M
 
M
W
 
W
L
 
L
L
 
L
R
 
K
K
 
K
K
 
K
V
 
V
N
 
S
P
 
P
L
 
I
W
 
V
I
 
I
I
 
I
V
 
F
G
 
G
F
 
L
F
 
F
V
 
V
I
 
V
G
 
G
I
 
I
A
 
L
G
 
G

7xnoZ Cryo-em structure of the bacteriocin-receptor-immunity ternary complex from lactobacillus sakei (see paper)
49% identity, 95% coverage: 12:281/283 of query aligns to 4:301/301 of 7xnoZ

query
sites
7xnoZ
K
 
K
L
 
L
T
 
T
P
 
K
G
 
K
D
 
D
V
 
R
R
 
I
A
 
S
V
 
V
F
 
W
I
 
L
R
 
R
S
 
S
N
 
T
L
 
F
F
 
L
Q
|
Q
G
 
G
S
 
S
W
|
W
N
 
N
F
 
Y
E
 
E
R
 
R
M
 
M
Q
|
Q
A
 
N
L
 
G
G
 
G
F
 
W
C
 
A
F
 
Y
S
 
T
M
 
L
I
 
I
P
 
P
A
 
A
I
 
L
R
 
K
R
 
K
L
 
L
Y
 
Y
P
 
-
E
 
K
N
 
T
N
 
K
E
 
E
A
 
D
R
 
R
R
 
S
Q
 
A
A
 
A
I
 
L
K
 
V
R
 
R
H
 
H
L
 
M
E
 
E
F
 
F
F
 
F
N
|
N
T
|
T
H
|
H
P
 
P
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
P
 
P
V
 
I
L
 
L
G
 
G
V
 
V
T
 
T
L
 
L
A
 
A
M
 
L
E
 
E
E
 
E
Q
 
E
R
 
R
A
 
A
N
 
N
G
 
G
A
 
A
E
 
P
I
 
I
D
 
D
D
 
D
G
 
V
A
 
T
I
 
I
N
 
Q
G
 
G
L
 
V
K
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
M
M
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
L
A
 
A
G
 
G
V
 
I
G
 
G
D
|
D
P
 
P
I
 
V
F
 
F
W
|
W
G
 
F
T
 
T
V
 
V
R
 
K
P
 
P
V
 
I
F
 
I
A
 
G
A
 
A
L
 
L
G
 
A
A
 
A
G
 
S
I
 
L
A
 
A
M
 
M
S
 
S
G
 
G
S
 
N
L
 
I
L
 
L
G
 
G
P
 
P
L
 
I
L
 
I
F
 
Y
F
 
F
V
 
V
L
 
A
F
 
W
N
 
N
L
 
A
V
 
I
R
 
R
L
 
M
A
 
A
T
 
F
R
 
T
Y
 
W
Y
 
Y
G
 
T
V
 
Q
A
 
E
Y
 
F
G
 
G
Y
 
Y
R
 
R
K
 
A
G
 
G
V
 
S
D
 
K
I
 
I
V
 
T
K
 
E
D
 
D
M
 
L
G
 
S
G
 
G
G
 
G
F
 
I
L
 
L
Q
 
Q
K
 
D
L
 
I
T
 
T
E
 
K
G
 
G
A
 
A
S
 
S
I
 
I
L
 
L
G
 
G
L
 
M
F
 
F
V
 
I
M
 
L
G
 
G
A
 
S
L
 
L
V
 
V
N
 
N
K
 
R
W
 
W
T
 
V
H
 
S
V
 
V
N
 
K
I
 
F
P
 
T
L
 
P
V
 
T
V
 
V
S
 
S
R
 
S
I
 
V
T
 
K
D
 
L
Q
 
D
N
 
K
G
 
G
A
 
A
-
 
F
-
 
I
-
 
D
-
 
W
-
 
D
-
 
K
-
 
L
-
 
P
-
 
S
-
 
G
-
 
A
-
 
K
-
 
G
-
 
I
-
 
Q
-
 
S
-
 
A
-
 
L
-
 
Q
-
 
Q
-
 
Q
-
 
A
-
 
Q
-
 
G
-
 
L
-
 
S
-
 
L
-
 
T
-
 
D
E
 
H
K
 
K
V
 
I
T
 
T
T
 
T
V
 
L
Q
 
Q
T
 
D
I
 
N
L
 
L
D
 
D
Q
 
S
L
 
L
M
 
I
P
 
P
G
 
G
L
 
L
V
 
A
P
 
A
L
 
L
L
 
G
L
 
L
T
 
T
F
 
L
A
 
F
C
 
C
M
 
M
W
 
W
L
 
L
L
 
L
R
 
K
K
 
K
K
 
K
V
 
V
N
 
S
P
 
P
L
 
I
W
 
V
I
 
I
I
 
I
V
 
L
G
 
G
F
 
L
F
 
F
V
 
V
I
 
V
G
 
G
I
 
I
A
 
V
G
 
F
Y
 
H
A
 
L
I
 
L
G
 
H
L
 
L
L
 
M

7vlxZ Cryo-em structures of listeria monocytogenes man-pts (see paper)
52% identity, 95% coverage: 12:281/283 of query aligns to 1:298/298 of 7vlxZ

query
sites
7vlxZ
K
 
E
L
 
L
T
 
S
P
 
K
G
 
R
D
 
D
V
 
R
R
 
L
A
 
R
V
 
V
F
 
A
I
 
W
R
 
R
S
 
S
N
 
T
L
 
F
F
 
I
Q
|
Q
G
 
G
S
 
S
W
|
W
N
 
N
F
 
Y
E
 
E
R
 
R
M
 
M
Q
|
Q
A
 
N
L
 
G
G
 
G
F
 
W
C
 
A
F
 
F
S
 
S
M
 
M
I
 
I
P
 
P
A
 
A
I
 
I
R
 
K
R
 
K
L
 
L
Y
 
Y
P
 
-
E
 
K
N
 
T
N
 
K
E
 
E
A
 
D
R
 
R
R
 
S
Q
 
S
A
 
A
I
 
L
K
 
K
R
 
R
H
 
H
L
 
L
E
 
E
F
 
F
F
 
F
N
|
N
T
|
T
H
|
H
P
 
P
Y
 
Y
V
 
I
A
 
A
A
 
S
P
 
P
V
 
I
L
 
L
G
 
G
V
 
V
T
 
T
L
 
L
A
 
A
M
 
L
E
 
E
E
 
E
Q
 
E
R
 
R
A
 
A
N
 
N
G
 
G
A
 
A
E
 
E
I
 
V
D
 
D
D
 
D
G
 
V
A
 
A
I
 
I
N
 
Q
G
 
G
L
 
V
K
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
M
M
 
M
G
 
G
P
 
P
L
 
L
A
 
A
G
 
G
V
 
V
G
 
G
D
|
D
P
 
P
I
 
V
F
 
F
W
 
W
G
 
F
T
 
T
V
 
I
R
 
R
P
 
P
V
 
M
F
 
L
A
 
G
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
G
 
S
I
 
L
A
 
A
M
 
L
S
 
S
G
 
G
S
 
N
L
 
I
L
 
L
G
 
G
P
 
P
L
 
I
L
 
L
F
 
F
F
 
F
V
 
V
L
 
A
F
 
W
N
 
N
L
 
V
V
 
I
R
 
R
L
 
W
A
 
G
T
 
F
R
 
M
Y
 
W
Y
 
Y
G
 
T
V
 
Q
A
 
E
Y
 
F
G
 
G
Y
 
Y
R
 
K
K
 
A
G
 
G
V
 
S
D
 
K
I
 
I
V
 
T
K
 
D
D
 
D
M
 
L
G
 
S
G
 
G
G
 
G
F
 
L
L
 
L
Q
 
Q
K
 
D
L
 
I
T
 
T
E
 
K
G
 
G
A
 
A
S
 
S
I
 
I
L
 
L
G
 
G
L
 
M
F
 
F
V
 
V
M
 
L
G
 
A
A
 
A
L
 
L
V
 
V
N
 
Q
K
 
R
W
 
W
T
 
V
H
 
N
V
 
I
N
 
Q
I
 
F
P
 
A
L
 
P
V
 
I
V
 
I
S
 
S
R
 
K
I
 
V
T
 
K
D
 
L
Q
 
D
N
 
E
G
 
G
A
 
A
E
 
Y
-
 
I
-
 
D
-
 
W
-
 
S
-
 
H
-
 
L
-
 
P
-
 
Q
-
 
G
-
 
A
-
 
Q
-
 
G
-
 
I
-
 
K
-
 
T
-
 
A
-
 
L
-
 
Q
-
 
Q
-
 
Q
-
 
Q
-
 
A
-
 
G
-
 
L
-
 
A
-
 
L
-
 
S
-
 
E
-
 
I
K
 
K
V
 
V
T
 
T
T
 
T
V
 
L
Q
 
Q
T
 
N
I
 
N
L
 
L
D
 
D
Q
 
N
L
 
L
M
 
I
P
 
P
G
 
G
L
 
L
V
 
A
P
 
A
L
 
V
L
 
A
L
 
L
T
 
T
F
 
F
A
 
L
C
 
C
M
 
M
W
 
W
L
 
L
L
 
L
R
 
K
K
 
K
K
 
K
V
 
I
N
 
S
P
 
P
L
 
I
W
 
I
I
 
I
I
 
I
V
 
L
G
 
G
F
 
L
F
 
F
V
 
V
I
 
V
G
 
G
I
 
I
A
 
V
G
 
G
Y
 
H
A
 
L
I
 
I
G
 
G
L
 
L
L
 
L

Query Sequence

>WP_007668606.1 NCBI__GCF_000319285.1:WP_007668606.1
MVDMTKTTGEKKLTPGDVRAVFIRSNLFQGSWNFERMQALGFCFSMIPAIRRLYPENNEA
RRQAIKRHLEFFNTHPYVAAPVLGVTLAMEEQRANGAEIDDGAINGLKVGLMGPLAGVGD
PIFWGTVRPVFAALGAGIAMSGSLLGPLLFFVLFNLVRLATRYYGVAYGYRKGVDIVKDM
GGGFLQKLTEGASILGLFVMGALVNKWTHVNIPLVVSRITDQNGAEKVTTVQTILDQLMP
GLVPLLLTFACMWLLRKKVNPLWIIVGFFVIGIAGYAIGLLGQ

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory