SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_007671898.1 NCBI__GCF_000319285.1:WP_007671898.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 2 hits to proteins with known functional sites (download)

P11551 L-fucose-proton symporter; 6-deoxy-L-galactose permease; L-fucose permease; L-fucose-H(+) symport protein from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
40% identity, 92% coverage: 26:402/408 of query aligns to 30:429/438 of P11551

query
sites
P11551
L
 
L
V
 
L
T
 
C
S
 
S
L
 
L
F
 
F
F
 
F
M
 
L
W
|
W
G
 
A
L
 
V
S
 
A
Y
 
N
G
 
N
L
 
L
L
 
N
D
|
D
V
 
I
L
 
L
N
 
L
K
 
P
H
 
Q
F
 
F
Q
 
Q
E
 
Q
T
 
A
L
 
F
H
 
T
V
 
L
S
 
T
K
 
N
A
 
F
Q
 
Q
S
 
A
G
 
G
L
 
L
L
 
I
Q
 
Q
A
 
S
A
 
A
Y
 
F
F
 
Y
G
 
F
A
 
G
Y
 
Y
F
 
F
L
 
I
V
 
I
A
 
P
L
 
I
P
 
P
A
 
A
G
 
G
Y
 
I
F
 
L
M
 
M
E
 
K
K
 
K
R
 
L
G
 
S
Y
 
Y
K
 
K
A
 
A
G
 
G
I
 
I
L
 
I
V
 
T
G
 
G
L
 
L
C
 
F
L
 
L
Y
 
Y
A
 
A
L
 
L
G
 
G
A
 
A
L
 
A
L
 
L
F
 
F
V
 
W
P
 
P
A
 
A
A
 
A
G
 
E
A
 
I
N
 
M
S
 
N
F
 
Y
M
 
T
L
 
L
F
 
F
L
 
L
F
 
V
A
 
G
L
 
L
F
 
F
V
 
I
I
 
I
A
 
A
C
 
A
G
 
G
L
 
L
G
 
G
C
 
C
L
 
L
E
|
E
T
 
T
A
 
A
A
 
A
N
 
N
P
 
P
Y
 
F
A
 
V
T
 
T
V
 
V
L
 
L
G
 
G
D
 
P
P
 
E
Q
 
S
G
 
S
A
 
G
E
 
H
R
 
F
R
 
R
L
 
L
N
 
N
L
 
L
A
 
A
Q
 
Q
S
 
T
F
 
F
N
 
N
G
 
S
L
 
F
G
 
G
Q
 
A
F
 
I
M
 
I
G
 
A
P
 
V
L
 
V
I
 
F
G
 
G
G
 
Q
T
 
S
L
 
L
F
 
I
F
 
L
S
 
S
A
 
N
T
 
V
-
 
P
-
 
H
H
 
Q
N
 
S
A
 
Q
D
 
D
G
 
V
G
 
L
Q
 
D
G
 
K
M
 
M
-
 
S
-
 
P
-
 
E
-
 
Q
-
 
L
-
 
S
-
 
A
-
 
Y
-
 
K
-
 
H
-
 
S
-
 
L
-
 
V
-
 
L
-
 
S
V
 
V
K
 
Q
M
 
T
T
 
P
Y
 
Y
V
 
M
G
 
I
I
 
I
A
 
V
L
 
A
L
 
I
V
 
V
L
 
L
V
 
L
I
 
V
A
 
A
F
 
L
L
 
L
F
 
I
R
 
M
R
 
L
T
 
T
P
 
K
M
 
F
P
 
P
D
 
A
I
 
L
R
 
Q
E
 
S
A
 
D
E
 
N
E
 
H
T
 
S
V
 
D
A
 
A
G
 
K
Q
 
Q
P
 
G
S
 
S
-
 
F
-
 
S
-
 
A
-
 
S
-
 
L
K
 
S
G
 
R
L
 
L
W
 
A
Q
 
R
H
 
I
R
 
R
H
 
H
F
 
W
T
 
R
G
 
W
G
 
A
V
 
V
V
 
L
A
 
A
Q
 
Q
F
 
F
F
 
C
Y
 
Y
V
 
V
A
 
G
A
 
A
Q
 
Q
V
 
T
G
 
A
V
 
C
G
x
W
A
 
S
F
 
Y
F
 
L
I
 
I
N
 
R
Y
 
Y
A
 
A
T
 
V
E
 
E
H
 
E
W
 
I
Q
 
P
G
 
G
V
 
M
T
 
T
S
 
A
Q
 
G
H
 
F
A
 
A
S
 
A
Y
 
N
L
 
Y
L
 
L
S
 
T
V
 
G
A
 
T
M
 
M
I
 
V
S
 
C
F
 
F
M
 
F
V
 
I
G
 
G
R
 
R
F
 
F
F
 
T
S
 
G
T
 
T
W
 
W
L
 
L
M
 
I
G
 
S
R
 
R
V
 
F
R
 
A
A
 
P
A
 
H
T
 
K
L
 
V
L
 
L
V
 
A
L
 
A
Y
 
Y
S
 
A
L
 
L
V
 
I
N
 
A
I
 
M
V
 
A
L
 
L
C
 
C
G
 
L
L
 
I
V
 
S
M
 
A
M
 
F
S
 
A
I
 
G
D
 
G
G
 
H
V
 
V
S
 
G
V
 
L
V
 
I
A
 
A
L
 
L
I
 
T
A
 
L
V
 
C
F
 
S
F
 
A
F
 
F
M
 
M
S
 
S
I
 
I
M
 
Q
F
 
Y
P
 
P
T
 
T
I
 
I
F
 
F
A
 
S
L
 
L
G
 
G
V
 
I
K
 
K
N
 
N
M
 
L
G
 
G
S
 
Q
H
 
D
T
 
T
K
 
K
R
 
Y
A
 
G
S
 
S
S
 
S
F
 
F
M
 
I
I
 
V
M
 
M
A
 
T
I
 
I
V
 
I
G
 
G
G
 
G
A
 
G
I
 
I
M
 
V
P
 
T
Y
 
P
F
 
V
M
 
M
G
 
G
A
 
F
V
 
V
A
 
S
D
 
D
S
 
A
Y
 
A
-
 
G
S
 
N
T
 
I
A
 
P
V
 
T
A
 
A
Y
 
E
G
 
L
L
 
I
P
 
P
L
 
A
L
 
L
C
 
C
F
 
F
I
 
A
V
 
V
V
 
I
F
 
F
F
 
I
Y
 
F
G
 
A

Sites not aligning to the query:

P0AA76 D-galactonate transporter; D-galactonate/H(+) symporter from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
22% identity, 91% coverage: 16:387/408 of query aligns to 8:404/430 of P0AA76

query
sites
P0AA76
A
 
A
A
 
K
P
 
P
G
 
G
L
 
R
R
 
R
L
 
R
A
 
Y
L
 
L
M
 
T
L
 
L
V
 
V
T
 
M
S
 
-
L
 
I
F
 
F
F
 
I
M
 
T
W
 
V
G
 
V
L
 
I
S
 
C
Y
|
Y
-
 
V
-
x
D
-
x
R
G
 
A
L
 
N
L
 
L
D
 
A
V
 
V
L
 
A
N
 
S
K
 
A
H
 
H
F
 
I
Q
 
Q
E
 
E
T
 
E
L
 
F
H
 
G
V
 
I
S
 
T
K
 
K
A
 
A
Q
 
E
S
 
M
G
 
G
L
 
Y
L
 
V
Q
 
F
A
 
S
A
 
A
Y
 
F
F
 
A
G
 
W
A
 
L
Y
|
Y
F
 
T
L
 
L
V
 
C
A
 
Q
L
 
I
P
 
P
A
 
G
G
 
G
Y
 
W
F
 
F
M
 
L
E
 
D
K
 
R
R
 
V
G
 
G
Y
 
S
K
 
R
A
 
V
G
 
T
I
 
Y
L
 
F
V
 
I
G
 
A
L
 
I
C
 
F
L
 
G
Y
 
W
A
 
S
L
 
V
G
 
A
A
 
T
L
 
L
L
 
F
F
 
-
V
 
-
P
 
-
A
 
-
A
 
-
G
 
-
A
 
-
N
 
Q
S
 
G
F
 
F
M
 
A
L
 
T
F
 
G
L
 
L
F
 
M
A
 
S
L
 
L
F
 
I
V
 
G
I
 
L
A
 
R
C
 
A
G
 
I
L
 
T
G
 
G
C
 
I
L
 
F
E
|
E
T
 
A
A
 
P
A
 
A
N
 
F
P
 
P
Y
 
T
A
 
N
T
 
N
V
 
R
L
 
M
G
 
V
D
 
T
P
 
S
Q
 
W
G
 
F
A
 
P
E
 
E
R
 
H
R
 
E
L
 
R
N
 
A
L
 
S
A
 
A
Q
 
V
S
 
G
F
 
F
N
 
Y
G
 
T
L
 
S
G
 
G
Q
 
Q
F
 
F
M
 
V
G
 
G
P
 
L
L
 
A
I
 
F
G
 
L
G
 
T
T
 
P
L
 
L
F
 
L
F
 
I
S
 
W
A
 
I
T
 
-
H
 
-
N
 
-
A
 
-
D
 
-
G
 
-
G
 
-
Q
 
Q
G
 
E
M
 
M
V
 
L
K
 
S
M
 
W
T
 
H
Y
 
W
V
 
V
-
 
F
-
 
I
-
 
V
-
 
T
-
 
G
G
 
G
I
 
I
A
 
G
L
 
I
L
 
I
V
 
W
L
 
S
V
 
L
I
 
I
A
 
W
F
 
F
L
 
K
F
 
V
R
 
Y
R
 
Q
T
 
P
P
 
P
M
 
R
-
 
L
-
 
T
-
 
K
-
 
G
-
 
I
-
 
S
-
 
K
-
 
A
-
 
E
-
 
L
-
 
D
-
 
Y
-
 
I
-
 
R
-
 
D
-
 
G
-
 
G
-
 
G
-
 
L
-
 
V
-
 
D
-
 
G
-
 
D
-
 
A
P
 
P
D
 
V
I
 
K
R
 
K
E
 
E
A
 
A
E
 
R
E
 
Q
T
 
P
V
 
L
A
 
T
G
 
A
Q
 
K
P
 
D
S
 
W
K
 
K
G
 
-
L
 
L
W
 
V
Q
 
F
H
 
H
R
 
R
H
 
K
F
 
L
T
 
I
G
 
G
G
 
V
V
 
Y
V
 
L
A
 
G
Q
 
Q
F
 
F
F
 
A
Y
 
V
V
 
A
A
 
S
A
 
T
Q
 
L
V
 
W
G
 
F
V
 
F
G
 
L
A
 
T
F
 
W
F
 
F
I
 
P
N
 
N
Y
 
Y
A
 
L
T
 
T
E
 
Q
H
 
E
W
 
-
Q
 
K
G
 
G
V
 
I
T
 
T
S
 
A
Q
 
L
H
 
K
A
 
A
S
 
G
Y
 
F
L
 
M
L
 
T
S
 
T
V
 
V
A
 
P
M
 
F
I
 
L
S
 
A
F
 
A
M
 
F
V
 
V
G
 
G
R
 
V
F
 
L
F
 
L
S
 
S
T
 
G
W
 
W
L
 
V
M
 
A
G
 
D
R
 
L
V
 
L
R
 
V
A
 
R
A
 
K
T
 
G
L
 
F
L
 
S
V
 
L
L
 
G
Y
 
F
S
 
A
L
 
R
V
 
K
N
 
T
I
 
P
V
 
I
L
 
I
C
 
C
G
 
G
L
 
L
V
 
L
M
 
I
M
 
S
S
 
T
I
 
C
-
 
I
-
 
M
-
 
G
-
 
A
-
 
N
-
 
Y
-
 
T
-
 
N
D
 
D
G
 
P
V
 
M
S
 
M
V
 
I
V
 
M
A
 
C
L
 
L
I
 
M
A
 
A
V
 
L
F
 
A
F
 
F
-
 
F
-
 
G
-
 
N
-
 
G
F
 
F
M
 
A
S
 
S
I
 
I
M
 
T
F
x
W
P
 
S
T
 
L
I
 
V
F
 
S
A
 
S
L
 
L
G
 
A
V
 
P
K
 
M
N
 
R
M
 
L
G
 
I
S
 
G
H
 
L
T
 
T
K
 
-
R
 
-
A
 
G
S
 
G
S
 
V
F
 
F
M
 
N
I
 
F
M
 
A
A
 
G
I
 
G
V
 
L
G
 
G
G
 
G
A
 
I
I
 
T
M
 
V
P
 
P
Y
 
L
F
 
V
M
 
V
G
 
G
A
 
Y
V
 
L
A
 
A
D
 
Q
S
 
G
Y
 
Y
S
 
G
T
 
F
A
 
A
V
 
P
A
 
A

Query Sequence

>WP_007671898.1 NCBI__GCF_000319285.1:WP_007671898.1
MLVNKTATPAQARVGAAPGLRLALMLVTSLFFMWGLSYGLLDVLNKHFQETLHVSKAQSG
LLQAAYFGAYFLVALPAGYFMEKRGYKAGILVGLCLYALGALLFVPAAGANSFMLFLFAL
FVIACGLGCLETAANPYATVLGDPQGAERRLNLAQSFNGLGQFMGPLIGGTLFFSATHNA
DGGQGMVKMTYVGIALLVLVIAFLFRRTPMPDIREAEETVAGQPSKGLWQHRHFTGGVVA
QFFYVAAQVGVGAFFINYATEHWQGVTSQHASYLLSVAMISFMVGRFFSTWLMGRVRAAT
LLVLYSLVNIVLCGLVMMSIDGVSVVALIAVFFFMSIMFPTIFALGVKNMGSHTKRASSF
MIMAIVGGAIMPYFMGAVADSYSTAVAYGLPLLCFIVVFFYGLRQRRA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory