SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_007680677.1 NCBI__GCF_000319285.1:WP_007680677.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3ma0A Closed liganded crystal structure of xylose binding protein from escherichia coli (see paper)
90% identity, 93% coverage: 24:330/330 of query aligns to 1:307/313 of 3ma0A

query
sites
3ma0A
K
 
K
D
 
E
V
 
V
K
 
K
I
 
I
G
 
G
M
 
M
A
 
A
I
 
I
D
 
D
D
 
D
L
 
L
R
 
R
L
|
L
E
 
E
R
|
R
W
 
W
Q
 
Q
K
 
K
D
 
D
R
 
R
D
 
D
I
 
I
F
 
F
V
 
V
S
 
K
K
 
K
A
 
A
E
 
E
S
 
S
L
 
L
G
 
G
A
 
A
K
 
K
V
 
V
F
 
F
V
 
V
Q
 
Q
S
 
S
A
 
A
N
 
N
G
 
G
N
 
N
E
 
E
E
 
E
T
 
T
Q
 
Q
M
 
M
S
 
S
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
N
 
N
M
 
M
I
 
I
N
 
N
R
 
R
G
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
I
I
 
I
P
 
P
Y
 
Y
N
 
N
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
L
 
L
S
 
S
N
 
N
V
 
V
I
 
V
A
 
K
E
 
E
A
 
A
K
 
K
R
 
Q
E
 
E
G
 
G
I
 
I
K
 
K
V
 
V
L
 
L
A
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
M
 
M
I
 
I
N
 
N
N
 
D
A
 
A
D
 
D
I
 
I
D
 
D
F
 
F
Y
 
Y
I
 
I
S
 
S
F
 
F
D
 
D
N
 
N
E
 
E
K
 
K
V
 
V
G
 
G
E
 
E
I
 
L
Q
 
Q
A
 
A
Q
 
K
S
 
A
L
 
L
V
 
V
D
 
D
N
 
I
V
 
V
P
 
P
Q
 
Q
G
 
G
N
 
N
Y
 
Y
F
 
F
L
 
L
M
 
M
G
 
G
G
 
G
S
 
S
P
 
P
V
 
V
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
R
 
K
L
 
L
F
 
F
R
 
R
D
 
A
G
 
G
Q
 
Q
M
 
M
K
 
K
V
 
V
L
 
L
K
 
K
P
 
P
F
 
Y
I
 
V
D
 
D
S
 
S
G
 
G
K
 
K
I
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
V
G
 
G
D
 
D
Q
 
Q
W
 
W
V
 
V
D
 
D
G
 
G
W
|
W
L
 
L
P
 
P
E
 
E
N
 
N
A
 
A
L
 
L
K
 
K
I
 
I
M
 
M
E
 
E
N
 
N
A
 
A
L
 
L
T
 
T
A
 
A
N
 
N
N
 
N
N
 
N
K
 
K
I
 
I
D
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
V
A
 
A
S
 
S
N
|
N
D
 
D
A
 
A
T
 
T
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
S
 
S
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
A
 
S
S
 
G
K
 
K
V
 
V
A
 
A
I
 
I
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
D
 
D
L
 
L
A
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
K
R
 
R
I
 
I
M
 
A
A
 
A
G
 
G
T
 
T
Q
 
Q
T
 
T
M
 
M
T
 
T
V
 
V
Y
 
Y
K
|
K
P
 
P
I
 
I
T
 
T
Q
 
L
L
 
L
A
 
A
N
 
N
T
 
T
A
 
A
A
 
A
E
 
E
V
 
I
A
 
A
V
 
V
E
 
E
L
 
L
G
 
G
N
 
N
D
 
G
K
 
Q
Q
 
E
P
 
P
K
 
K
S
 
A
D
 
D
A
 
T
T
 
T
L
 
L
N
 
N
N
 
N
G
 
G
L
 
L
K
 
K
D
 
D
V
 
V
P
 
P
S
 
S
R
 
R
L
 
L
L
 
L
T
 
T
P
 
P
I
 
I
K
 
D
V
 
V
D
 
N
K
 
K
S
 
N
N
 
N
I
 
I
E
 
K
S
 
D
T
 
T
V
 
V
I
 
I
K
 
K
D
 
D
G
 
G
F
 
F
H
 
H
K
 
K
K
 
E
S
 
S
D
 
E
L
 
L

4ywhA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z (asuc_0499, target efi-511068) with bound d-xylose
77% identity, 92% coverage: 24:327/330 of query aligns to 2:305/310 of 4ywhA

query
sites
4ywhA
K
 
K
D
 
D
V
 
L
K
 
T
I
 
I
G
 
G
M
 
M
A
 
S
I
 
I
D
 
D
D
 
D
L
 
L
R
 
R
L
|
L
E
 
E
R
|
R
W
 
W
Q
 
Q
K
 
K
D
 
D
R
 
R
D
 
D
I
 
I
F
 
F
V
 
V
S
 
K
K
 
K
A
 
A
E
 
E
S
 
S
L
 
L
G
 
G
A
 
A
K
 
K
V
 
V
F
 
L
V
 
V
Q
 
Q
S
 
S
A
 
A
N
 
N
G
 
G
N
 
D
E
 
D
E
 
S
T
 
A
Q
 
Q
M
 
I
S
 
S
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
N
 
N
M
 
M
I
 
L
N
 
N
R
 
K
G
 
N
V
 
V
D
 
D
V
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
I
I
 
I
P
 
P
Y
 
H
N
 
N
G
 
G
Q
 
D
V
 
V
L
 
L
S
 
S
N
 
N
V
 
V
I
 
I
A
 
S
E
 
E
A
 
A
K
 
K
R
 
K
E
 
E
G
 
G
I
 
V
K
 
K
V
 
V
L
 
L
A
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
M
 
L
I
 
I
N
 
N
N
 
N
A
 
A
D
 
D
I
 
L
D
 
D
F
 
F
Y
 
Y
I
 
V
S
 
S
F
 
F
D
 
D
N
 
N
E
 
E
K
 
K
V
 
V
G
 
G
E
 
E
I
 
L
Q
 
Q
A
 
A
Q
 
D
S
 
A
L
 
I
V
 
I
D
 
K
N
 
E
V
 
K
P
 
P
Q
 
E
G
 
G
N
 
N
Y
 
Y
F
 
F
L
 
L
M
 
M
G
 
G
G
 
G
S
 
S
P
 
P
V
 
V
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
R
 
K
L
 
L
F
 
F
R
 
R
D
 
K
G
 
G
Q
 
Q
M
 
M
K
 
K
V
 
V
L
 
L
K
 
Q
P
 
P
F
 
L
I
 
I
D
 
D
S
 
S
G
 
G
K
 
K
I
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
V
G
 
G
D
 
D
Q
 
Q
W
 
W
V
 
V
D
 
D
G
 
S
W
|
W
L
 
L
P
 
A
E
 
E
N
 
K
A
 
A
L
 
L
K
 
Q
I
 
I
M
 
M
E
 
E
N
 
N
A
 
A
L
 
L
T
 
T
A
 
A
N
 
N
N
 
K
N
 
N
K
 
N
I
 
I
D
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
V
A
 
A
S
 
S
N
|
N
D
 
D
A
 
A
T
 
T
A
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
S
 
S
A
 
A
Q
 
Q
G
 
G
L
 
L
A
 
S
S
 
G
K
 
K
V
 
V
A
 
A
I
 
I
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
D
 
D
L
 
L
A
 
A
G
 
A
I
 
I
K
 
K
R
 
R
I
 
I
M
 
V
A
 
E
G
 
G
T
 
T
Q
 
Q
T
 
T
M
 
M
T
 
T
V
 
V
Y
 
Y
K
|
K
P
 
P
I
 
I
T
 
T
Q
 
N
L
 
L
A
 
A
N
 
D
T
 
K
A
 
A
A
 
A
E
 
E
V
 
L
A
 
S
V
 
V
E
 
A
L
 
L
G
 
G
N
 
K
D
 
E
K
 
E
Q
 
K
P
 
L
K
 
E
S
 
P
D
 
N
A
 
A
T
 
K
L
 
L
N
 
N
N
 
N
G
 
G
L
 
L
K
 
K
D
 
E
V
 
V
P
 
D
S
 
A
R
 
Y
L
 
L
L
 
L
T
 
D
P
 
P
I
 
I
K
 
V
V
 
V
D
 
T
K
 
K
S
 
D
N
 
N
I
 
I
E
 
D
S
 
S
T
 
T
V
 
V
I
 
I
K
 
K
D
 
D
G
 
G
F
 
F
H
 
H
K
 
S
K
 
K

3uugA Crystal structure of the periplasmic sugar binding protein chve (see paper)
39% identity, 92% coverage: 28:330/330 of query aligns to 5:328/329 of 3uugA

query
sites
3uugA
I
 
V
G
 
G
M
 
I
A
 
A
I
 
M
D
 
P
D
 
T
L
 
K
R
 
S
L
 
S
E
 
A
R
|
R
W
 
W
Q
 
I
K
 
D
D
 
D
R
 
G
D
 
N
I
 
N
F
 
I
V
 
V
S
 
K
K
 
Q
A
 
L
E
 
Q
S
 
E
L
 
A
G
 
G
A
 
Y
K
 
K
V
 
T
F
 
D
V
 
L
Q
 
Q
S
 
Y
A
 
A
N
 
D
G
 
D
N
 
D
E
 
I
E
 
P
T
 
N
Q
 
Q
M
 
L
S
 
S
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
N
 
N
M
 
M
I
 
V
N
 
T
R
 
K
G
 
G
V
 
V
D
 
K
V
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
I
I
 
A
P
 
S
Y
 
I
N
 
D
G
 
G
Q
 
T
V
 
T
L
 
L
S
 
S
N
 
D
V
 
V
I
 
L
A
 
K
E
 
Q
A
 
A
K
 
G
R
 
E
E
 
Q
G
 
G
I
 
I
K
 
K
V
 
V
L
 
I
A
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
M
 
L
I
 
I
-
 
R
N
 
N
N
 
S
A
 
G
D
 
D
I
 
V
D
 
S
F
 
Y
Y
 
Y
I
 
A
S
 
T
F
 
F
D
 
D
N
 
N
E
 
F
K
 
Q
V
 
V
G
 
G
E
 
V
I
 
L
Q
 
Q
A
 
A
Q
 
T
S
 
S
L
 
I
V
 
T
D
 
D
N
 
K
V
 
L
-
 
G
-
 
L
-
 
K
-
 
D
P
 
G
Q
 
K
G
 
G
-
 
P
-
 
F
N
 
N
Y
 
I
F
 
E
L
 
L
M
 
F
G
 
G
G
 
G
S
 
S
P
 
P
V
 
D
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
R
 
F
L
 
F
F
 
F
R
 
Y
D
 
D
G
 
G
Q
 
A
M
 
M
K
 
S
V
 
V
L
 
L
K
 
K
P
 
P
F
 
Y
I
 
I
D
 
D
S
 
S
G
 
G
K
 
K
I
 
L
K
 
V
V
 
V
-
 
K
V
 
S
G
 
G
D
 
Q
Q
 
M
W
 
G
V
 
M
D
 
D
G
 
K
-
 
V
-
 
G
-
 
T
-
 
L
-
 
R
W
|
W
L
 
D
P
 
P
E
 
A
N
 
T
A
 
A
L
 
Q
K
 
A
I
 
R
M
 
M
E
 
D
N
 
N
A
 
L
L
 
L
T
 
S
A
 
A
-
 
Y
-
 
Y
N
 
T
N
 
D
N
 
A
K
 
K
I
 
V
D
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
L
A
 
S
S
 
P
N
x
Y
D
 
D
A
 
G
T
 
L
A
 
S
G
 
I
G
 
G
A
 
I
I
 
I
Q
 
S
A
 
S
L
 
L
S
 
K
A
 
G
Q
 
V
G
 
G
L
 
Y
A
 
G
S
 
T
K
 
K
-
 
D
-
 
Q
-
 
P
-
 
L
V
 
P
A
 
V
I
 
V
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
D
 
E
L
 
V
A
 
P
G
 
S
I
 
V
K
 
K
R
 
S
I
 
I
M
 
I
A
 
A
G
 
G
T
 
E
Q
 
Q
T
 
Y
M
 
S
T
 
T
V
 
I
Y
 
F
K
|
K
P
 
D
I
 
T
T
 
R
Q
 
E
L
 
L
A
 
A
N
 
K
T
 
V
A
 
T
A
 
V
E
 
N
V
 
M
-
 
V
-
 
N
A
 
A
V
 
V
E
 
M
L
 
E
G
 
G
N
 
K
D
 
E
K
 
P
Q
 
E
P
 
V
K
 
N
S
 
D
D
 
T
A
 
K
T
 
T
L
 
Y
N
 
E
N
 
N
G
 
G
L
 
V
K
 
K
D
 
V
V
 
V
P
 
P
S
 
S
R
 
Y
L
 
L
L
 
L
T
 
K
P
 
P
I
 
V
K
 
A
V
 
V
D
 
T
K
 
K
S
 
E
N
 
N
I
 
Y
E
 
K
S
 
Q
T
 
V
V
 
L
I
 
V
K
 
D
D
 
G
G
 
G
F
 
Y
H
 
Y
K
 
K
K
 
E
S
 
D
D
 
Q
L
 
L

3urmA Crystal structure of the periplasmic sugar binding protein chve (see paper)
39% identity, 92% coverage: 28:330/330 of query aligns to 5:328/329 of 3urmA

query
sites
3urmA
I
 
V
G
 
G
M
 
I
A
 
A
I
 
M
D
 
P
D
 
T
L
 
K
R
 
S
L
 
S
E
 
A
R
|
R
W
 
W
Q
 
I
K
 
D
D
 
D
R
 
G
D
 
N
I
 
N
F
 
I
V
 
V
S
 
K
K
 
Q
A
 
L
E
 
Q
S
 
E
L
 
A
G
 
G
A
 
Y
K
 
K
V
 
T
F
 
D
V
 
L
Q
 
Q
S
 
Y
A
 
A
N
 
D
G
 
D
N
 
D
E
 
I
E
 
P
T
 
N
Q
 
Q
M
 
L
S
 
S
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
N
 
N
M
 
M
I
 
V
N
 
T
R
 
K
G
 
G
V
 
V
D
 
K
V
 
V
L
 
L
V
 
V
I
 
I
I
 
A
P
 
S
Y
 
I
N
 
D
G
 
G
Q
 
T
V
 
T
L
 
L
S
 
S
N
 
D
V
 
V
I
 
L
A
 
K
E
 
Q
A
 
A
K
 
G
R
 
E
E
 
Q
G
 
G
I
 
I
K
 
K
V
 
V
L
 
I
A
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
M
 
L
I
 
I
-
 
R
N
 
N
N
 
S
A
 
G
D
 
D
I
 
V
D
 
S
F
 
Y
Y
 
Y
I
 
A
S
 
T
F
 
F
D
 
D
N
 
N
E
 
F
K
 
Q
V
 
V
G
 
G
E
 
V
I
 
L
Q
 
Q
A
 
A
Q
 
T
S
 
S
L
 
I
V
 
T
D
 
D
N
 
K
V
 
L
-
 
G
-
 
L
-
 
K
-
 
D
P
 
G
Q
 
K
G
 
G
-
 
P
-
 
F
N
 
N
Y
 
I
F
 
E
L
 
L
M
 
F
G
 
G
G
 
G
S
 
S
P
 
P
V
 
D
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
R
 
F
L
 
F
F
 
F
R
 
Y
D
 
D
G
 
G
Q
 
A
M
 
M
K
 
S
V
 
V
L
 
L
K
 
K
P
 
P
F
 
Y
I
 
I
D
 
D
S
 
S
G
 
G
K
 
K
I
 
L
K
 
V
V
 
V
-
 
K
V
 
S
G
 
G
D
 
Q
Q
 
M
W
 
G
V
 
M
D
 
D
G
 
K
-
 
V
-
 
G
-
 
T
-
 
L
-
 
R
W
|
W
L
 
D
P
 
P
E
 
A
N
 
T
A
 
A
L
 
Q
K
 
A
I
 
R
M
 
M
E
 
D
N
 
N
A
 
L
L
 
L
T
 
S
A
 
A
-
 
Y
-
 
Y
N
 
T
N
 
D
N
 
A
K
 
K
I
 
V
D
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
L
A
 
S
S
 
P
N
 
Y
D
 
D
A
 
G
T
 
L
A
 
S
G
 
I
G
 
G
A
 
I
I
 
I
Q
 
S
A
 
S
L
 
L
S
 
K
A
 
G
Q
 
V
G
 
G
L
 
Y
A
 
G
S
 
T
K
 
K
-
 
D
-
 
Q
-
 
P
-
 
L
V
 
P
A
 
V
I
 
V
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
D
 
E
L
 
V
A
 
P
G
 
S
I
 
V
K
 
K
R
 
S
I
 
I
M
 
I
A
 
A
G
 
G
T
 
E
Q
 
Q
T
 
Y
M
 
S
T
 
T
V
 
I
Y
 
F
K
|
K
P
 
D
I
 
T
T
 
R
Q
 
E
L
 
L
A
 
A
N
 
K
T
 
V
A
 
T
A
 
V
E
 
N
V
 
M
-
 
V
-
 
N
A
 
A
V
 
V
E
 
M
L
 
E
G
 
G
N
 
K
D
 
E
K
 
P
Q
 
E
P
 
V
K
 
N
S
 
D
D
 
T
A
 
K
T
 
T
L
 
Y
N
 
E
N
 
N
G
 
G
L
 
V
K
 
K
D
 
V
V
 
V
P
 
P
S
 
S
R
 
Y
L
 
L
L
 
L
T
 
K
P
 
P
I
 
V
K
 
A
V
 
V
D
 
T
K
 
K
S
 
E
N
 
N
I
 
Y
E
 
K
S
 
Q
T
 
V
V
 
L
I
 
V
K
 
D
D
 
G
G
 
G
F
 
Y
H
 
Y
K
 
K
K
 
E
S
 
D
D
 
Q
L
 
L

4wwhA Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from mycobacterium smegmatis (msmeg_1704, target efi- 510967) with bound d-galactose
38% identity, 91% coverage: 28:328/330 of query aligns to 5:326/329 of 4wwhA

query
sites
4wwhA
I
 
V
G
 
G
M
 
I
A
 
A
I
 
M
D
 
P
D
 
T
L
 
K
R
 
S
L
 
S
E
 
E
R
|
R
W
 
W
Q
 
V
K
 
A
D
 
D
R
 
G
D
 
Q
I
 
N
F
 
M
V
 
V
S
 
D
K
 
Q
A
 
F
E
 
K
S
 
A
L
 
F
G
 
G
A
 
Y
K
 
D
V
 
T
F
 
D
V
 
L
Q
 
Q
S
 
Y
A
 
G
N
 
D
G
 
D
N
 
V
E
 
V
E
 
Q
T
 
N
Q
 
Q
M
 
V
S
 
S
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
N
 
N
M
 
M
I
 
I
N
 
T
R
 
K
G
 
G
V
 
V
D
 
K
V
 
L
L
 
L
V
 
V
I
 
I
I
 
A
P
 
P
Y
 
I
N
 
D
G
 
G
Q
 
S
V
 
S
L
 
L
S
 
T
N
 
N
V
 
T
I
 
L
A
 
Q
E
 
H
A
 
A
K
 
A
R
 
D
E
 
L
G
 
K
I
 
I
K
 
P
V
 
V
L
 
I
A
 
S
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
M
 
L
I
 
I
-
 
K
N
 
G
N
 
T
A
 
P
D
 
N
I
 
V
D
 
D
F
 
Y
Y
 
Y
I
 
A
S
 
T
F
 
F
D
 
D
N
 
N
E
 
T
K
 
K
V
 
V
G
 
G
E
 
V
I
 
L
Q
 
Q
A
 
A
Q
 
N
S
 
Y
L
 
I
V
 
V
D
 
D
N
 
T
-
 
L
-
 
G
V
 
V
P
 
A
Q
 
D
G
 
G
-
 
K
-
 
G
-
 
P
-
 
F
N
 
N
Y
 
L
F
 
E
L
 
L
M
 
F
G
 
A
G
 
G
S
 
S
P
 
P
V
 
D
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
R
 
T
L
 
Y
F
 
F
R
 
F
D
 
Q
G
 
G
Q
 
A
M
 
M
K
 
S
V
 
V
L
 
L
K
 
Q
P
 
P
F
 
Y
I
 
I
D
 
D
S
 
S
G
 
G
K
 
K
I
 
L
K
 
V
V
 
V
V
 
K
G
 
S
D
 
G
Q
 
Q
-
 
T
-
 
T
-
 
F
-
 
D
-
 
Q
-
 
I
-
 
A
-
 
T
-
 
L
-
 
R
W
|
W
V
 
-
D
 
D
G
 
G
W
 
G
L
 
L
P
 
A
E
 
Q
N
 
S
A
 
R
L
 
M
-
 
D
K
 
N
I
 
L
M
 
L
E
 
S
N
 
Q
A
 
A
L
 
Y
T
 
T
A
 
S
N
 
-
N
 
-
N
 
G
K
 
R
I
 
V
D
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
L
A
 
S
S
 
P
N
 
Y
D
 
D
A
 
G
T
 
I
A
 
S
G
 
R
G
 
G
A
 
V
I
 
I
Q
 
S
A
 
A
L
 
L
S
 
K
A
 
S
Q
 
A
G
 
G
L
 
Y
A
 
G
S
 
N
K
 
A
V
 
A
A
 
K
-
 
P
-
 
L
-
 
P
-
 
I
I
 
V
S
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
D
 
E
L
 
L
A
 
A
G
 
S
I
 
V
K
 
K
R
 
S
I
 
I
M
 
V
A
 
A
G
 
G
T
 
E
Q
 
Q
T
 
T
M
 
Q
T
 
T
V
 
V
Y
 
F
K
|
K
P
 
D
I
 
T
T
 
R
Q
 
E
L
 
L
A
 
A
N
 
K
T
 
A
A
 
A
A
 
V
E
 
Q
V
 
E
-
 
A
-
 
D
A
 
A
V
 
V
E
 
L
L
 
T
G
 
G
N
 
G
D
 
T
K
 
P
Q
 
Q
P
 
V
K
 
N
S
 
D
D
 
T
A
 
E
T
 
T
L
 
Y
N
 
D
N
 
N
G
 
G
L
 
V
K
 
K
D
 
V
V
 
V
P
 
P
S
 
S
R
 
Y
L
 
L
L
 
L
T
 
D
P
 
P
I
 
V
K
 
S
V
 
V
D
 
D
K
 
K
S
 
S
N
 
N
I
 
Y
E
 
K
S
 
K
T
 
V
V
 
L
I
 
I
K
 
D
D
 
S
G
 
G
F
 
Y
H
 
Y
K
 
T
K
 
E
S
 
T

4ys6A Crystal structure of an abc transporter solute binding protein (ipr025997) from clostridium phytofermentans (cphy_1585, target efi- 511156) with bound beta-d-glucose
34% identity, 92% coverage: 28:330/330 of query aligns to 3:323/324 of 4ys6A

query
sites
4ys6A
I
 
V
G
 
G
M
 
V
A
 
A
I
 
M
D
 
P
D
 
T
L
 
K
R
 
D
L
 
L
E
 
Q
R
|
R
W
|
W
Q
 
N
K
 
Q
D
 
D
R
 
G
D
 
S
I
 
N
F
 
M
V
 
E
S
 
K
K
 
Q
A
 
L
E
 
K
S
 
D
L
 
A
G
 
G
A
 
Y
K
 
E
V
 
V
F
 
D
V
 
L
Q
 
Q
S
 
Y
A
 
A
N
 
S
G
 
N
N
 
D
E
 
V
E
 
Q
T
 
T
Q
 
Q
M
 
V
S
 
S
Q
 
Q
I
 
I
E
 
E
N
 
N
M
 
M
I
 
I
N
 
S
R
 
N
G
 
G
V
 
C
D
 
K
V
 
L
L
 
L
V
 
V
I
 
I
I
 
A
P
 
S
Y
 
I
N
 
E
G
 
G
Q
 
D
V
 
S
L
 
L
S
 
G
N
 
T
V
 
V
I
 
L
A
 
A
E
 
Q
A
 
A
K
 
K
R
 
K
E
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
S
V
 
V
L
 
I
A
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
M
 
L
I
 
I
N
 
M
N
 
N
A
 
S
D
 
D
-
 
A
I
 
V
D
 
S
F
 
Y
Y
 
Y
I
 
A
S
 
T
F
 
F
D
 
D
N
 
N
E
 
Y
K
 
M
V
 
V
G
 
G
E
 
T
I
 
K
Q
 
Q
A
 
G
Q
 
E
S
 
Y
L
 
I
V
 
K
D
 
E
N
 
K
V
 
L
-
 
N
-
 
L
-
 
E
-
 
T
P
 
A
Q
 
K
G
 
G
-
 
P
-
 
F
N
 
N
Y
 
L
F
 
E
L
 
I
M
 
F
G
 
T
G
 
G
S
 
D
P
 
P
V
 
G
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
R
 
R
L
 
F
F
 
F
R
 
Y
D
 
G
G
 
G
Q
 
A
M
 
M
K
 
D
V
 
V
L
 
L
K
 
K
P
 
P
F
 
Y
I
 
V
D
 
D
S
 
G
G
 
G
K
 
V
I
 
L
K
 
V
V
 
V
V
 
K
G
 
S
D
 
G
Q
 
S
-
 
V
-
 
A
-
 
F
-
 
E
-
 
K
-
 
V
W
 
A
V
 
T
D
 
A
G
 
G
W
|
W
L
 
S
P
 
T
E
 
E
N
 
T
A
 
A
L
 
Q
K
 
N
I
 
R
M
 
M
E
 
D
-
 
A
-
 
I
-
 
I
N
 
A
A
 
S
L
 
Y
T
 
Y
A
 
A
N
 
D
N
 
G
N
 
T
K
 
K
I
 
L
D
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
L
A
 
C
S
 
S
N
|
N
D
 
D
A
 
S
T
 
T
A
 
A
G
 
L
G
 
G
A
 
V
I
 
T
Q
 
N
A
 
A
L
 
L
S
 
T
A
 
A
Q
 
S
G
 
Y
L
 
K
A
 
G
S
 
E
K
 
W
V
 
P
A
 
I
I
 
V
S
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
C
D
 
D
L
 
I
A
 
A
G
 
N
I
 
V
K
 
K
R
 
N
I
 
M
M
 
L
A
 
D
G
 
G
T
 
K
Q
 
Q
T
 
S
M
 
M
T
 
S
V
 
I
Y
 
F
K
|
K
P
 
D
I
 
T
T
 
R
Q
 
T
L
 
L
A
 
A
N
 
S
T
 
Q
A
 
V
A
 
V
E
 
K
V
 
M
-
 
V
-
 
D
A
 
A
V
 
I
E
 
M
L
 
K
G
 
G
N
 
G
D
 
E
K
 
A
Q
 
P
P
 
V
K
 
N
S
 
D
D
 
T
A
 
K
T
 
S
L
 
Y
N
 
D
N
 
N
G
 
G
L
 
N
K
 
G
D
 
I
V
 
V
P
 
P
S
 
S
R
 
Y
L
 
L
L
 
C
T
 
E
P
 
P
I
 
V
K
 
F
V
 
A
D
 
D
K
 
A
S
 
T
N
 
N
I
 
Y
E
 
K
S
 
E
T
 
L
V
 
L
I
 
I
K
 
D
D
 
S
G
 
G
F
 
Y
H
 
Y
K
 
T
K
 
E
S
 
D
D
 
Q
L
 
L

4rxuA Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein caur_1924 from chloroflexus aurantiacus, target efi-511158, in complex with d-glucose
31% identity, 93% coverage: 24:330/330 of query aligns to 2:336/340 of 4rxuA

query
sites
4rxuA
K
 
Q
D
 
Q
V
 
L
K
 
A
I
 
V
G
 
G
M
 
I
A
 
V
I
 
L
D
 
P
D
 
T
L
 
K
R
 
D
L
x
E
E
 
P
R
|
R
W
 
W
Q
 
I
K
 
Q
D
 
D
R
 
E
D
 
T
I
 
R
F
 
F
V
 
R
S
 
E
K
 
A
A
 
L
E
 
Q
S
 
Q
L
 
A
G
 
G
A
 
Y
K
 
Q
V
 
V
F
 
E
V
 
I
Q
 
L
S
 
F
A
 
S
N
 
Q
G
 
G
N
 
S
E
 
S
E
 
A
T
 
K
Q
 
E
M
 
K
S
 
E
Q
 
N
I
 
V
E
 
E
N
 
A
M
 
L
I
 
I
N
 
A
R
 
K
G
 
G
V
 
I
D
 
K
V
 
V
L
 
L
V
 
I
I
 
I
I
 
C
P
 
P
Y
 
H
N
 
D
G
 
G
Q
 
T
V
 
A
L
 
A
S
 
A
N
 
A
V
 
A
I
 
A
A
 
E
E
 
A
A
 
A
K
 
R
R
 
A
E
 
A
G
 
G
I
 
V
K
 
K
V
 
V
L
 
I
A
 
S
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
M
 
L
I
 
I
N
 
R
N
 
E
A
 
T
D
 
D
-
 
A
I
 
V
D
 
D
F
 
Y
Y
 
Y
I
 
V
S
 
T
F
 
F
D
 
D
N
 
S
E
 
I
K
 
A
V
 
V
G
 
G
E
 
A
I
 
Q
Q
 
Q
A
 
A
Q
 
Q
S
 
Y
L
 
L
V
 
V
D
 
D
N
 
H
V
 
A
P
 
S
-
 
G
Q
 
T
G
 
G
N
 
N
-
 
P
Y
 
L
F
 
Y
L
 
L
M
 
Y
G
 
A
G
 
G
S
 
A
P
 
A
V
 
S
D
|
D
N
 
N
N
|
N
A
 
A
R
 
F
L
 
L
F
 
F
R
 
F
D
 
E
G
 
G
Q
 
A
M
 
W
K
 
K
V
 
V
L
 
L
K
 
Q
P
 
P
F
 
K
I
 
I
D
 
A
S
 
D
G
 
G
K
 
T
I
 
F
-
 
V
-
 
I
-
 
K
-
 
N
-
 
S
-
 
S
-
 
E
-
 
A
-
 
V
-
 
A
-
 
L
-
 
Q
-
 
N
-
 
K
-
 
L
-
 
D
-
 
L
-
 
T
-
 
R
-
 
D
-
 
E
-
 
M
-
 
A
K
 
K
V
 
I
V
 
I
G
 
G
D
 
-
Q
 
Q
W
 
V
V
 
T
D
 
T
G
 
N
W
|
W
L
 
D
P
 
F
E
 
N
N
 
T
A
 
A
L
 
K
K
 
N
I
 
L
M
 
A
E
 
E
N
 
A
A
 
N
L
 
L
T
 
T
A
 
A
-
 
A
-
 
T
-
 
A
-
 
A
N
 
D
N
 
K
N
 
G
K
 
K
I
 
V
D
 
-
A
 
Y
V
 
I
V
 
L
A
 
A
S
 
P
N
|
N
D
 
D
A
 
G
T
 
T
A
 
A
G
 
R
G
 
A
A
 
I
I
 
A
Q
 
D
A
 
A
L
 
F
S
 
A
A
 
A
Q
 
D
G
 
K
L
 
D
A
 
V
S
 
T
K
 
E
V
 
Y
A
 
F
I
 
V
S
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
A
D
 
E
L
 
K
A
 
A
G
 
S
I
 
V
K
 
Q
R
 
Y
I
 
I
M
 
I
A
 
D
G
 
G
T
 
R
Q
 
Q
T
 
S
M
 
M
T
 
T
V
 
V
Y
 
F
K
|
K
P
 
D
I
 
V
T
 
R
Q
 
T
L
 
L
A
 
V
N
 
Q
T
 
D
A
 
A
A
 
I
E
 
K
V
 
A
A
 
A
V
 
V
E
 
A
L
 
L
G
 
L
N
 
Q
D
 
D
K
 
Q
Q
 
Q
P
 
P
K
 
E
S
 
A
D
 
R
A
 
G
T
 
T
L
 
Y
N
 
N
N
 
N
G
 
G
L
 
K
K
 
K
D
 
D
V
 
V
P
 
P
S
 
A
R
 
I
L
 
Q
L
 
S
T
 
P
P
 
V
I
 
V
K
 
T
V
 
V
D
 
T
K
 
R
S
 
D
N
 
N
I
 
V
E
 
R
S
 
A
T
 
A
V
 
L
I
 
I
K
 
D
D
 
S
G
 
G
F
 
Y
H
 
Y
K
 
S
K
 
A
S
 
S
D
 
D
L
 
F

6s3tA P46, an immunodominant surface protein from mycoplasma hyopneumoniae (see paper)
31% identity, 82% coverage: 28:298/330 of query aligns to 15:334/374 of 6s3tA

query
sites
6s3tA
I
 
I
G
 
R
M
 
I
A
 
A
I
 
L
D
 
T
D
|
D
L
 
P
R
 
D
L
 
N
E
 
P
R
 
R
W
|
W
-
 
I
-
 
S
-
 
A
Q
 
Q
K
 
K
D
 
D
R
 
I
D
 
I
I
 
S
F
 
Y
V
 
V
S
 
D
K
 
E
A
 
T
E
 
E
S
 
A
L
 
A
G
 
T
A
 
S
K
 
T
V
 
I
F
 
T
V
 
K
-
 
N
Q
 
Q
S
 
D
A
 
A
N
 
Q
G
 
N
N
 
N
E
 
W
E
 
L
T
 
T
Q
 
Q
M
 
Q
S
 
A
Q
 
N
I
 
L
E
 
-
N
 
-
M
 
-
I
 
-
N
 
S
R
 
P
G
 
A
V
 
P
D
 
K
V
 
G
L
 
F
V
 
I
I
 
I
I
 
A
P
 
P
Y
 
E
N
 
N
G
 
G
Q
 
S
V
 
G
L
 
V
S
 
G
N
 
T
V
 
A
I
 
V
A
 
N
E
 
T
A
 
I
K
 
A
R
 
D
E
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
I
L
 
V
A
 
A
Y
 
Y
D
|
D
R
|
R
M
 
L
I
 
I
N
 
T
N
 
G
A
 
S
D
 
D
-
 
K
I
 
Y
D
 
D
F
 
W
Y
 
Y
I
 
V
S
 
S
F
 
F
D
 
D
N
 
N
E
 
E
K
 
K
V
 
V
G
 
G
E
 
E
I
 
L
Q
 
Q
A
 
G
Q
 
L
S
 
S
L
 
L
V
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
L
-
 
L
-
 
G
-
 
K
-
 
E
-
 
D
-
 
G
-
 
A
-
 
F
D
 
D
N
 
S
V
 
I
P
 
D
Q
 
Q
G
 
M
N
 
N
-
 
E
-
 
Y
-
 
L
-
 
K
-
 
S
-
 
H
-
 
M
-
 
P
-
 
Q
-
 
E
-
 
T
-
 
I
-
 
S
Y
 
F
F
 
Y
L
 
T
M
 
I
G
 
A
G
 
G
S
 
S
P
 
Q
V
 
D
D
|
D
N
 
N
N
 
N
A
 
S
R
 
Q
L
 
Y
F
 
F
R
 
Y
D
 
N
G
 
G
Q
 
A
M
 
M
K
 
K
V
 
V
L
 
L
K
 
K
P
 
E
F
 
L
I
 
M
D
 
K
S
 
N
G
 
S
K
 
Q
I
 
N
K
 
K
V
 
I
V
 
I
-
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
P
-
 
E
G
 
G
D
 
E
Q
 
N
-
 
A
-
 
V
W
 
Y
V
 
V
D
 
P
G
 
G
W
 
W
L
 
N
P
 
Y
E
 
G
N
 
T
A
 
A
L
 
G
K
 
Q
I
 
R
M
 
I
E
 
Q
N
 
S
A
 
F
L
 
L
T
 
T
A
 
I
N
 
N
N
 
K
-
 
D
-
 
P
-
 
A
-
 
G
-
 
G
N
 
N
K
 
K
I
 
I
D
 
K
A
 
A
V
 
V
-
 
G
-
 
S
-
 
K
-
 
P
-
 
A
-
 
S
-
 
I
-
 
F
-
 
K
-
 
G
-
 
F
V
 
L
A
 
A
S
 
P
N
 
N
D
 
D
A
 
G
T
 
M
A
 
A
G
 
E
G
 
Q
A
 
A
I
 
I
Q
 
T
A
 
K
L
 
L
S
 
K
A
 
L
Q
 
E
G
 
G
L
 
F
-
 
D
A
 
T
S
 
Q
K
 
K
V
 
I
A
 
F
I
 
V
S
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
Y
D
 
N
L
 
D
A
 
K
G
 
A
I
 
K
K
 
T
R
 
F
I
 
I
M
 
K
A
 
D
G
 
G
T
 
D
Q
 
Q
T
 
N
M
 
M
T
 
T
V
 
I
Y
 
Y
K
|
K
P
 
P
I
 
D
T
 
K
Q
 
V
L
 
L
A
 
G
N
 
K
T
 
V
A
 
A
A
 
V
E
 
E
V
 
V
A
 
L
V
 
R
E
 
V
L
 
L
G
 
I
N
 
A
D
 
K
K
 
K
Q
 
N
P
 
K
K
 
A
S
 
S
D
 
R
A
 
S
T
 
E
L
 
V
N
 
E
N
 
N
G
 
E
L
 
L
K
 
K

6ruxA P46, an immunodominant surface protein from mycoplasma hyopneumoniae (see paper)
31% identity, 82% coverage: 28:298/330 of query aligns to 13:332/373 of 6ruxA

query
sites
6ruxA
I
 
I
G
 
R
M
 
I
A
 
A
I
 
L
D
 
T
D
 
D
L
 
P
R
 
D
L
 
N
E
 
P
R
 
R
W
 
W
-
 
I
-
 
S
-
 
A
Q
 
Q
K
 
K
D
 
D
R
 
I
D
 
I
I
 
S
F
 
Y
V
 
V
S
 
D
K
 
E
A
 
T
E
 
E
S
 
A
L
 
A
G
 
T
A
 
S
K
 
T
V
 
I
F
 
T
V
 
K
-
 
N
Q
 
Q
S
 
D
A
 
A
N
 
Q
G
 
N
N
 
N
E
 
W
E
 
L
T
 
T
Q
 
Q
M
 
Q
S
 
A
Q
 
N
I
 
L
E
 
-
N
 
-
M
 
-
I
 
-
N
 
S
R
 
P
G
 
A
V
 
P
D
 
K
V
 
G
L
 
F
V
 
I
I
 
I
I
 
A
P
 
P
Y
 
E
N
 
N
G
 
G
Q
 
S
V
 
G
L
 
V
S
 
G
N
 
T
V
 
A
I
 
V
A
 
N
E
 
T
A
 
I
K
 
A
R
 
D
E
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
I
L
 
V
A
 
A
Y
 
Y
D
 
D
R
 
R
M
 
L
I
 
I
N
 
T
N
 
G
A
 
S
D
 
D
-
 
K
I
 
Y
D
 
D
F
 
W
Y
 
Y
I
 
V
S
 
S
F
 
F
D
 
D
N
 
N
E
 
E
K
 
K
V
 
V
G
 
G
E
 
E
I
 
L
Q
 
Q
A
 
G
Q
 
L
S
 
S
L
 
L
V
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
L
-
 
L
-
 
G
-
 
K
-
 
E
-
 
D
-
 
G
-
 
A
-
 
F
D
 
D
N
 
S
V
 
I
P
 
D
Q
 
Q
G
 
M
N
 
N
-
 
E
-
 
Y
-
 
L
-
 
K
-
 
S
-
 
H
-
 
M
-
 
P
-
 
Q
-
 
E
-
 
T
-
 
I
-
 
S
Y
 
F
F
 
Y
L
 
T
M
 
I
G
 
A
G
 
G
S
 
S
P
 
Q
V
 
D
D
|
D
N
 
N
N
 
N
A
 
S
R
 
Q
L
 
Y
F
 
F
R
 
Y
D
 
N
G
 
G
Q
 
A
M
 
M
K
 
K
V
 
V
L
 
L
K
 
K
P
 
E
F
 
L
I
 
M
D
 
K
S
 
N
G
 
S
K
 
Q
I
 
N
K
 
K
V
 
I
V
 
I
-
 
D
-
 
L
-
 
S
-
 
P
-
 
E
G
 
G
D
 
E
Q
 
N
-
 
A
-
 
V
W
 
Y
V
 
V
D
 
P
G
 
G
W
|
W
L
 
N
P
 
Y
E
 
G
N
 
T
A
 
A
L
 
G
K
 
Q
I
 
R
M
 
I
E
 
Q
N
 
S
A
 
F
L
 
L
T
 
T
A
 
I
N
 
N
N
 
K
-
 
D
-
 
P
-
 
A
-
 
G
-
 
G
N
 
N
K
 
K
I
 
I
D
 
K
A
 
A
V
 
V
-
 
G
-
 
S
-
 
K
-
 
P
-
 
A
-
 
S
-
 
I
-
 
F
-
 
K
-
 
G
-
 
F
V
 
L
A
 
A
S
 
P
N
|
N
D
 
D
A
 
G
T
 
M
A
 
A
G
 
E
G
 
Q
A
 
A
I
 
I
Q
 
T
A
 
K
L
 
L
S
 
K
A
 
L
Q
 
E
G
 
G
L
 
F
-
 
D
A
 
T
S
 
Q
K
 
K
V
 
I
A
 
F
I
 
V
S
 
T
G
 
G
Q
 
Q
D
|
D
A
 
Y
D
 
N
L
 
D
A
 
K
G
 
A
I
 
K
K
 
T
R
 
F
I
 
I
M
 
K
A
 
D
G
 
G
T
 
D
Q
 
Q
T
 
N
M
 
M
T
 
T
V
 
I
Y
 
Y
K
 
K
P
 
P
I
 
D
T
 
K
Q
 
V
L
 
L
A
 
G
N
 
K
T
 
V
A
 
A
A
 
V
E
 
E
V
 
V
A
 
L
V
 
R
E
 
V
L
 
L
G
 
I
N
 
A
D
 
K
K
 
K
Q
 
N
P
 
K
K
 
A
S
 
S
D
 
R
A
 
S
T
 
E
L
 
V
N
 
E
N
 
N
G
 
E
L
 
L
K
 
K

2ioyA Crystal structure of thermoanaerobacter tengcongensis ribose binding protein (see paper)
32% identity, 69% coverage: 50:278/330 of query aligns to 25:248/274 of 2ioyA

query
sites
2ioyA
K
 
K
A
 
A
E
 
K
S
 
E
L
 
L
G
 
G
A
 
Y
K
 
K
V
 
I
F
 
I
V
 
V
Q
 
E
S
 
D
A
 
S
N
 
Q
G
 
N
N
 
D
E
 
S
E
 
S
T
 
K
Q
 
E
M
 
L
S
 
S
Q
 
N
I
 
V
E
 
E
N
 
D
M
 
L
I
 
I
N
 
Q
R
 
Q
G
 
K
V
 
V
D
 
D
V
 
V
L
 
L
V
 
L
I
 
I
I
 
N
P
 
P
Y
 
V
N
 
D
G
 
S
Q
 
D
V
 
A
L
 
V
S
 
V
N
 
T
V
 
A
I
 
I
A
 
K
E
 
E
A
 
A
K
 
N
R
 
S
E
 
K
G
 
N
I
 
I
K
 
P
V
 
V
L
 
I
A
 
T
Y
 
I
D
|
D
R
|
R
M
 
S
I
 
A
N
 
N
N
 
G
A
 
G
D
 
D
I
 
V
D
 
V
F
 
C
Y
 
H
I
 
I
S
 
A
F
 
S
D
 
D
N
 
N
E
 
V
K
 
K
V
 
G
G
 
G
E
 
E
I
 
M
Q
 
A
A
 
A
Q
 
E
S
 
F
L
 
I
V
 
A
D
 
K
N
 
A
V
 
L
P
 
K
-
 
G
Q
 
K
G
 
G
N
 
N
Y
 
V
F
 
V
L
 
E
M
 
L
G
 
E
G
 
G
S
 
I
P
 
P
V
 
G
D
 
A
N
 
S
N
x
A
A
 
A
R
 
R
L
 
D
F
x
R
R
 
G
D
 
K
G
 
G
Q
 
F
M
 
D
K
 
E
V
 
A
L
 
I
K
 
A
P
 
K
F
 
Y
I
 
P
D
 
D
S
 
-
G
 
-
K
 
-
I
 
I
K
 
K
V
 
I
V
 
V
G
 
A
D
 
K
Q
 
Q
W
 
A
V
 
A
D
 
D
G
 
-
W
x
F
L
 
D
P
 
R
E
 
S
N
 
K
A
 
G
L
 
L
K
 
S
I
 
V
M
 
M
E
 
E
N
 
N
A
 
I
L
 
L
T
 
Q
A
 
A
N
 
Q
N
 
P
N
 
-
K
 
K
I
 
I
D
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
F
A
 
A
S
 
Q
N
|
N
D
 
D
A
 
E
T
 
M
A
 
A
G
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
I
Q
 
K
A
 
A
L
 
I
S
 
E
A
 
A
-
 
A
-
 
N
-
 
R
Q
 
Q
G
 
G
L
 
-
A
 
-
S
 
-
K
 
-
V
 
I
A
 
I
I
 
V
S
 
V
G
 
G
Q
 
F
D
|
D
A
 
G
D
 
T
L
 
E
A
 
D
G
 
A
I
 
L
K
 
K
R
 
A
I
 
I
M
 
K
A
 
E
G
 
G
T
 
K
Q
 
M
T
 
A
M
 
A
T
 
T
V
 
I
Y
 
A
K
x
Q
P
 
Q
I
 
P
T
 
A
Q
 
L
L
 
M
A
 
G
N
 
S
T
 
L
A
 
G
A
 
V
E
 
E
V
 
M
A
 
A

Sites not aligning to the query:

5dteB Crystal structure of an abc transporter periplasmic solute binding protein (ipr025997) from actinobacillus succinogenes 130z(asuc_0081, target efi-511065) with bound d-allose
30% identity, 73% coverage: 41:280/330 of query aligns to 30:257/287 of 5dteB

query
sites
5dteB
Q
 
Q
K
 
K
D
 
D
R
 
I
D
 
D
I
 
L
F
 
I
V
 
V
S
 
Q
K
 
V
A
 
A
E
 
E
S
 
K
L
 
-
G
 
-
A
 
-
K
 
-
V
 
-
F
 
-
V
 
-
Q
 
-
S
 
-
A
 
-
N
 
E
G
 
D
N
 
S
E
 
T
E
 
E
T
 
Q
Q
 
L
M
 
V
S
 
G
Q
 
L
I
 
V
E
 
E
N
 
N
M
 
M
I
 
I
N
 
A
R
 
K
G
 
K
V
 
V
D
 
D
V
 
A
L
 
I
V
 
I
I
 
V
I
 
T
P
 
P
Y
 
N
N
 
D
G
 
S
Q
 
I
V
 
A
L
 
F
S
 
I
N
 
P
V
 
A
I
 
F
A
 
Q
E
 
K
A
 
A
K
 
E
R
 
K
E
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
I
L
 
I
A
 
D
Y
 
L
D
|
D
-
 
V
-
 
R
-
 
L
-
 
D
-
 
A
R
 
K
M
 
A
I
 
A
N
 
E
N
 
A
A
 
A
D
 
G
I
 
L
D
 
K
F
 
F
-
 
N
Y
 
Y
I
 
V
S
 
G
F
 
V
D
 
D
N
 
N
E
 
F
K
 
N
V
 
G
G
 
G
E
 
Y
I
 
L
Q
 
E
A
 
A
Q
 
K
S
 
N
L
 
L
V
 
A
D
 
E
N
 
A
V
 
I
-
 
G
P
 
K
Q
 
K
G
 
G
N
 
N
Y
 
V
F
 
A
L
 
I
M
 
L
G
 
E
G
 
G
S
 
I
P
 
P
V
 
G
D
 
V
N
 
D
N
|
N
A
 
G
R
 
E
L
 
Q
F
x
R
R
 
K
D
 
G
G
 
G
Q
 
A
M
 
L
K
 
K
V
 
A
L
 
F
K
 
A
P
 
E
F
 
Y
I
 
P
D
 
D
S
 
-
G
 
-
K
 
-
I
 
I
K
 
K
V
 
I
V
 
V
G
 
A
D
 
S
Q
 
Q
W
 
S
V
 
A
D
 
N
G
 
-
W
|
W
L
 
E
P
 
T
E
 
E
N
 
Q
A
 
A
L
 
L
K
 
N
I
 
V
M
 
T
E
 
T
N
 
N
A
 
I
L
 
L
T
 
T
A
 
A
N
 
N
N
 
P
N
 
N
K
 
-
I
 
I
D
 
N
A
 
G
V
 
I
V
 
F
A
 
A
S
 
A
N
 
N
D
 
D
A
 
N
T
 
M
A
 
A
G
 
I
G
 
G
A
 
A
I
 
V
Q
 
T
A
 
A
L
 
V
S
 
E
A
 
N
Q
 
A
G
 
G
L
 
L
A
 
A
S
 
G
K
 
K
V
 
V
A
 
L
I
 
V
S
 
S
G
 
G
Q
 
Y
D
|
D
A
 
G
D
 
I
L
 
P
A
 
L
G
 
A
I
 
I
K
 
E
R
 
Y
I
 
V
M
 
K
A
 
Q
G
 
G
T
 
K
Q
 
M
T
 
Q
M
 
N
T
 
T
V
 
-
Y
 
-
K
 
-
P
 
-
I
 
I
T
 
D
Q
|
Q
L
 
L
A
 
P
N
 
K
T
 
K
A
 
Q
A
 
V
E
 
A
V
 
I
A
 
A
V
 
I
E
 
E

Sites not aligning to the query:

4ry9B Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein veis_2079 from verminephrobacter eiseniae ef01-2, target efi-511009, a complex with d-talitol
27% identity, 88% coverage: 27:316/330 of query aligns to 4:288/297 of 4ry9B

query
sites
4ry9B
K
 
K
I
 
I
G
 
G
M
 
V
A
 
S
I
 
M
D
x
K
D
 
T
L
 
L
R
 
S
L
 
A
E
 
P
R
x
Y
W
x
F
Q
 
A
K
 
A
D
 
Q
R
 
M
D
 
E
I
 
A
F
 
A
V
 
K
S
 
A
K
 
R
A
 
G
E
 
K
S
 
E
L
 
L
G
 
G
A
 
Y
K
 
E
V
 
V
F
 
L
V
 
A
Q
 
T
S
 
D
A
 
A
N
 
Q
G
 
G
N
 
K
E
 
L
E
 
Q
T
 
K
Q
 
Q
M
 
I
S
 
S
Q
 
D
I
 
V
E
 
E
N
 
D
M
 
L
I
 
V
N
 
T
R
 
R
G
 
G
V
 
V
D
 
K
V
 
L
L
 
L
V
 
I
I
 
I
I
 
N
P
 
P
Y
 
A
N
x
D
G
x
S
Q
 
E
V
 
G
L
 
L
S
 
V
N
 
N
V
 
A
I
 
V
A
 
N
E
 
N
A
 
A
K
 
S
R
 
A
E
 
N
G
 
G
I
 
V
K
 
K
V
 
V
L
 
V
A
 
V
Y
 
I
D
|
D
R
x
S
M
x
T
I
 
L
N
 
N
-
 
P
N
 
R
A
 
A
D
 
N
I
 
F
D
 
V
F
 
T
Y
 
Q
I
 
V
S
 
Q
F
 
S
D
 
S
N
 
N
E
 
S
K
 
I
V
 
N
G
 
G
E
 
A
I
 
L
Q
 
V
A
 
G
Q
 
H
S
 
W
L
 
V
V
 
I
D
 
E
N
 
E
V
 
V
P
 
-
Q
 
-
G
 
G
N
 
N
-
 
K
-
 
S
-
 
L
-
 
K
-
 
I
Y
 
A
F
 
L
L
 
L
M
 
S
G
 
G
-
 
E
-
 
K
G
 
G
S
x
N
P
|
P
V
 
V
D
 
G
N
 
Q
N
 
E
A
x
R
R
 
R
L
 
L
F
 
-
R
 
-
D
 
-
G
 
-
Q
 
-
M
 
-
K
 
G
V
 
V
L
 
L
K
 
S
P
 
G
F
 
I
I
 
I
D
 
E
S
 
A
-
 
Q
-
 
L
-
 
R
-
 
K
-
 
F
G
 
G
K
 
K
-
 
A
-
 
D
I
 
L
K
 
T
V
 
V
V
 
V
G
 
G
D
 
Q
Q
 
G
W
 
W
V
 
-
D
 
G
G
 
H
W
|
W
L
 
N
P
 
D
E
 
E
N
 
G
A
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
A
M
 
M
E
 
E
N
 
D
A
 
L
L
 
L
T
 
V
A
 
A
N
 
N
N
 
K
N
 
D
K
 
-
I
 
I
D
 
N
A
 
M
V
 
V
V
 
L
A
 
G
S
 
E
N
|
N
D
 
D
A
 
S
T
 
M
A
 
V
G
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
R
Q
 
R
A
 
A
L
 
I
S
 
E
A
 
S
Q
 
A
G
 
G
L
 
R
A
 
T
S
 
G
K
 
I
V
 
L
A
 
L
I
 
V
S
 
A
G
 
A
Q
 
A
D
|
D
A
 
A
D
 
Q
L
 
K
A
 
E
G
 
A
I
 
L
K
 
A
R
 
L
I
 
I
M
 
K
A
 
Q
G
 
G
T
 
K
Q
 
Y
T
 
G
M
 
V
T
 
T
V
 
G
Y
 
L
K
 
N
P
 
D
I
 
P
T
 
A
Q
 
L
L
 
V
A
 
A
N
 
R
T
 
T
A
 
A
A
 
I
E
 
D
V
 
L
A
 
G
V
 
V
E
 
K
L
 
V
G
 
-
N
 
-
D
 
-
K
 
-
Q
 
-
P
 
-
K
 
-
S
 
-
D
 
-
A
 
-
T
 
-
L
 
V
N
 
K
N
 
G
G
 
E
L
 
V
K
 
K
D
 
D
V
 
V
P
 
P
S
 
K
R
 
Q
-
 
T
L
 
L
L
 
T
T
 
T
P
 
P
I
 
A
K
 
A
V
 
I
D
 
T
K
 
K
S
 
G
N
 
N
I
 
V
E
 
D

4ry9A Crystal structure of carbohydrate transporter solute binding protein veis_2079 from verminephrobacter eiseniae ef01-2, target efi-511009, a complex with d-talitol
27% identity, 88% coverage: 27:316/330 of query aligns to 4:288/297 of 4ry9A

query
sites
4ry9A
K
 
K
I
 
I
G
 
G
M
 
V
A
 
S
I
 
M
D
x
K
D
 
T
L
 
L
R
 
S
L
 
A
E
 
P
R
x
Y
W
x
F
Q
 
A
K
 
A
D
 
Q
R
 
M
D
 
E
I
 
A
F
 
A
V
 
K
S
 
A
K
 
R
A
 
G
E
 
K
S
 
E
L
 
L
G
 
G
A
 
Y
K
 
E
V
 
V
F
 
L
V
 
A
Q
 
T
S
 
D
A
 
A
N
 
Q
G
 
G
N
 
K
E
 
L
E
 
Q
T
 
K
Q
 
Q
M
 
I
S
 
S
Q
 
D
I
 
V
E
 
E
N
 
D
M
 
L
I
 
V
N
 
T
R
 
R
G
 
G
V
 
V
D
 
K
V
 
L
L
 
L
V
 
I
I
 
I
I
 
N
P
 
P
Y
 
A
N
 
D
G
 
S
Q
 
E
V
 
G
L
 
L
S
 
V
N
 
N
V
 
A
I
 
V
A
 
N
E
 
N
A
 
A
K
 
S
R
 
A
E
 
N
G
 
G
I
 
V
K
 
K
V
 
V
L
 
V
A
 
V
Y
 
I
D
|
D
R
x
S
M
 
T
I
 
L
N
 
N
-
 
P
N
 
R
A
 
A
D
 
N
I
 
F
D
 
V
F
 
T
Y
 
Q
I
 
V
S
 
Q
F
 
S
D
 
S
N
 
N
E
 
S
K
 
I
V
 
N
G
 
G
E
 
A
I
 
L
Q
 
V
A
 
G
Q
 
H
S
 
W
L
 
V
V
 
I
D
 
E
N
 
E
V
 
V
P
 
-
Q
 
-
G
 
G
N
 
N
-
 
K
-
 
S
-
 
L
-
 
K
-
 
I
Y
 
A
F
 
L
L
 
L
M
 
S
G
 
G
-
 
E
-
 
K
G
 
G
S
x
N
P
 
P
V
 
V
D
 
G
N
 
Q
N
 
E
A
x
R
R
 
R
L
 
L
F
 
-
R
 
-
D
 
-
G
 
-
Q
 
-
M
 
-
K
 
G
V
 
V
L
 
L
K
 
S
P
 
G
F
 
I
I
 
I
D
 
E
S
 
A
-
 
Q
-
 
L
-
 
R
-
 
K
-
 
F
G
 
G
K
 
K
-
 
A
-
 
D
I
 
L
K
 
T
V
 
V
V
 
V
G
 
G
D
 
Q
Q
 
G
W
 
W
V
 
-
D
 
G
G
 
H
W
|
W
L
 
N
P
 
D
E
 
E
N
 
G
A
 
G
L
 
L
K
 
K
I
 
A
M
 
M
E
 
E
N
 
D
A
 
L
L
 
L
T
 
V
A
 
A
N
 
N
N
 
K
N
 
D
K
 
-
I
 
I
D
 
N
A
 
M
V
 
V
V
 
L
A
 
G
S
 
E
N
|
N
D
 
D
A
 
S
T
 
M
A
 
V
G
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
R
Q
 
R
A
 
A
L
 
I
S
 
E
A
 
S
Q
 
A
G
 
G
L
 
R
A
 
T
S
 
G
K
 
I
V
 
L
A
 
L
I
 
V
S
 
A
G
 
A
Q
 
A
D
|
D
A
 
A
D
 
Q
L
 
K
A
 
E
G
 
A
I
 
L
K
 
A
R
 
L
I
 
I
M
 
K
A
 
Q
G
 
G
T
 
K
Q
 
Y
T
 
G
M
 
V
T
 
T
V
 
G
Y
 
L
K
 
N
P
 
D
I
 
P
T
 
A
Q
 
L
L
 
V
A
 
A
N
 
R
T
 
T
A
 
A
A
 
I
E
 
D
V
 
L
A
 
G
V
 
V
E
 
K
L
 
V
G
 
-
N
 
-
D
 
-
K
 
-
Q
 
-
P
 
-
K
 
-
S
 
-
D
 
-
A
 
-
T
 
-
L
 
V
N
 
K
N
 
G
G
 
E
L
 
V
K
 
K
D
 
D
V
 
V
P
 
P
S
 
K
R
 
Q
-
 
T
L
 
L
L
 
T
T
 
T
P
 
P
I
 
A
K
 
A
V
 
I
D
 
T
K
 
K
S
 
G
N
 
N
I
 
V
E
 
D

A0QYB5 D-threitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
31% identity, 59% coverage: 62:257/330 of query aligns to 70:261/349 of A0QYB5

query
sites
A0QYB5
S
 
S
A
 
A
N
 
N
G
 
L
N
 
D
E
 
V
E
 
S
T
 
T
Q
 
Q
M
 
A
S
 
S
Q
 
Q
I
 
V
E
 
D
N
 
S
M
 
M
I
 
I
N
 
N
R
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
A
L
 
I
V
 
I
I
 
V
I
 
V
P
 
P
Y
 
V
N
 
Q
G
 
A
Q
 
D
V
 
S
L
 
L
S
 
A
N
 
P
V
 
Q
I
 
V
A
 
A
E
 
S
A
 
A
K
 
K
R
 
A
E
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
L
L
 
V
A
 
P
Y
 
V
D
x
N
R
 
A
M
 
A
I
 
L
N
 
D
N
 
S
A
 
K
D
 
D
I
 
I
D
 
A
F
 
G
Y
 
N
I
 
V
S
 
Q
F
 
P
D
 
D
N
 
D
E
 
V
K
 
A
V
 
A
G
 
G
E
 
A
I
 
Q
Q
 
E
A
 
M
Q
 
Q
S
 
M
L
 
M
V
 
A
D
 
D
N
 
R
V
 
L
-
 
G
P
 
G
Q
 
K
G
 
G
N
 
N
Y
 
I
F
 
V
L
 
I
M
 
L
G
 
Q
G
 
G
S
 
-
P
 
P
V
 
L
D
 
G
N
 
Q
N
 
S
A
 
G
R
 
E
L
 
L
F
 
D
R
|
R
D
 
S
-
 
K
G
 
G
Q
 
I
M
 
E
K
 
Q
V
 
V
L
 
L
K
 
A
P
 
K
F
 
Y
I
 
P
D
 
D
S
 
-
G
 
-
K
 
-
I
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
L
G
 
A
D
 
K
Q
 
D
W
 
T
V
 
A
D
 
N
G
 
-
W
 
W
L
 
K
P
 
R
E
 
D
N
 
E
A
 
A
L
 
V
K
 
N
I
 
K
M
 
M
E
 
K
N
 
N
A
 
W
L
 
I
T
 
S
A
 
G
N
 
F
N
 
G
N
 
P
K
 
Q
I
 
I
D
 
D
A
 
G
V
 
V
V
 
V
A
 
A
S
 
Q
N
|
N
D
 
D
A
 
D
T
 
M
A
 
G
G
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
S
 
K
A
 
E
Q
 
S
G
 
G
L
 
-
A
 
R
S
 
T
K
 
G
V
 
V
A
 
P
I
 
I
S
 
V
G
 
G
Q
 
I
D
|
D
A
 
G
D
 
I
L
 
E
A
 
D
G
 
G
I
 
L
K
 
N
R
 
A
I
 
V
M
 
K
A
 
S
G
 
G

Sites not aligning to the query:

4rsmA Crystal structure of carbohydrate transporter msmeg_3599 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510970, in complex with d-threitol (see paper)
31% identity, 59% coverage: 62:257/330 of query aligns to 38:229/315 of 4rsmA

query
sites
4rsmA
S
 
S
A
 
A
N
 
N
G
 
L
N
 
D
E
 
V
E
 
S
T
 
T
Q
 
Q
M
 
A
S
 
S
Q
 
Q
I
 
V
E
 
D
N
 
S
M
 
M
I
 
I
N
 
N
R
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
A
L
 
I
V
 
I
I
 
V
I
 
V
P
 
P
Y
 
V
N
 
Q
G
 
A
Q
 
D
V
 
S
L
 
L
S
 
A
N
 
P
V
 
Q
I
 
V
A
 
A
E
 
S
A
 
A
K
 
K
R
 
A
E
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
L
L
 
V
A
 
P
Y
 
V
D
x
N
R
 
A
M
 
A
I
 
L
N
 
D
N
 
S
A
 
K
D
 
D
I
 
I
D
 
A
F
 
G
Y
 
N
I
 
V
S
 
Q
F
 
P
D
 
D
N
 
D
E
 
V
K
 
A
V
 
A
G
 
G
E
 
A
I
 
Q
Q
 
E
A
 
M
Q
 
Q
S
 
M
L
 
M
V
 
A
D
 
D
N
 
R
V
 
L
-
 
G
P
 
G
Q
 
K
G
 
G
N
 
N
Y
 
I
F
 
V
L
 
I
M
 
L
G
 
Q
G
 
G
S
 
-
P
 
P
V
 
L
D
 
G
N
 
Q
N
 
S
A
 
G
R
 
E
L
 
L
F
 
D
R
|
R
D
 
S
-
 
K
G
 
G
Q
 
I
M
 
E
K
 
Q
V
 
V
L
 
L
K
 
A
P
 
K
F
 
Y
I
 
P
D
 
D
S
 
-
G
 
-
K
 
-
I
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
L
G
 
A
D
 
K
Q
 
D
W
 
T
V
 
A
D
 
N
G
 
-
W
|
W
L
 
K
P
 
R
E
 
D
N
 
E
A
 
A
L
 
V
K
 
N
I
 
K
M
 
M
E
 
K
N
 
N
A
 
W
L
 
I
T
 
S
A
 
G
N
 
F
N
 
G
N
 
P
K
 
Q
I
 
I
D
 
D
A
 
G
V
 
V
V
 
V
A
 
A
S
 
Q
N
|
N
D
 
D
A
 
D
T
 
M
A
 
G
G
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
S
 
K
A
 
E
Q
 
S
G
 
G
L
 
-
A
 
R
S
 
T
K
 
G
V
 
V
A
 
P
I
 
I
S
 
V
G
 
G
Q
 
I
D
|
D
A
 
G
D
 
I
L
 
E
A
 
D
G
 
G
I
 
L
K
 
N
R
 
A
I
 
V
M
 
K
A
 
S
G
 
G

Sites not aligning to the query:

A0QYB3 Xylitol-binding protein from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
31% identity, 59% coverage: 62:257/330 of query aligns to 70:261/349 of A0QYB3

query
sites
A0QYB3
S
 
S
A
 
A
N
 
N
G
 
N
N
 
D
E
 
V
E
 
S
T
 
T
Q
 
Q
M
 
A
S
 
S
Q
 
Q
I
 
V
E
 
D
N
 
S
M
 
L
I
 
I
N
 
N
R
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
A
L
 
I
V
 
I
I
 
V
I
 
V
P
 
P
Y
 
V
N
 
Q
G
 
A
Q
 
D
V
 
S
L
 
L
S
 
G
N
 
P
V
 
Q
I
 
V
A
 
A
E
 
S
A
 
A
K
 
K
R
 
S
E
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
P
V
 
L
L
 
L
A
 
A
Y
 
V
D
x
N
R
 
A
M
 
A
I
 
L
N
 
E
N
 
T
A
 
P
D
 
D
I
 
L
D
 
A
F
 
G
Y
 
N
I
 
V
S
 
Q
F
 
P
D
 
D
N
 
D
E
 
V
K
 
A
V
 
A
G
 
G
E
 
A
I
 
Q
Q
 
E
A
 
M
Q
 
Q
S
 
M
L
 
M
V
 
A
D
 
D
N
 
R
V
 
L
-
 
G
P
 
G
Q
 
K
G
 
G
N
 
N
Y
 
I
F
 
V
L
 
I
M
 
L
G
 
Q
G
 
G
S
 
-
P
 
P
V
 
L
D
 
G
N
 
G
N
 
S
A
 
G
R
 
E
L
 
I
F
 
N
R
|
R
-
 
G
D
 
K
G
 
G
Q
 
I
M
 
D
K
 
Q
V
 
V
L
 
L
K
 
A
P
 
K
F
 
Y
I
 
P
D
 
D
S
 
-
G
 
-
K
 
-
I
 
I
K
 
K
V
 
V
V
 
L
G
 
A
D
 
K
Q
 
D
W
 
T
V
 
A
D
 
N
G
 
-
W
 
W
L
 
K
P
 
R
E
 
D
N
 
E
A
 
A
L
 
V
K
 
N
I
 
K
M
 
M
E
 
K
N
 
N
A
 
W
L
 
I
T
 
S
A
 
S
N
 
F
N
 
G
N
 
P
K
 
Q
I
 
I
D
 
D
A
 
G
V
 
V
V
 
V
A
 
A
S
 
Q
N
|
N
D
 
D
A
 
D
T
 
M
A
 
G
G
 
L
G
 
G
A
 
A
I
 
L
Q
 
Q
A
 
A
L
 
L
S
 
K
A
 
E
Q
 
A
G
 
G
L
 
-
A
 
R
S
 
T
K
 
G
V
 
V
A
 
P
I
 
I
S
 
V
G
 
G
Q
 
I
D
|
D
A
 
G
D
 
I
L
 
E
A
 
D
G
 
G
I
 
L
K
 
N
R
 
A
I
 
V
M
 
K
A
 
S
G
 
G

Sites not aligning to the query:

4rs3A Crystal structure of carbohydrate transporter a0qyb3 from mycobacterium smegmatis str. Mc2 155, target efi-510969, in complex with xylitol (see paper)
31% identity, 59% coverage: 62:257/330 of query aligns to 37:228/315 of 4rs3A

query
sites
4rs3A
S
 
S
A
 
A
N
 
N
G
 
N
N
 
D
E
 
V
E
 
S
T
 
T
Q
 
Q
M
 
A
S
 
S
Q
 
Q
I
 
V
E
 
D
N
 
S
M
 
L
I
 
I
N
 
N
R
 
Q
G
 
G
V
 
V
D
 
D
V
 
A
L
 
I
V
 
I
I
 
V
I
 
V
P
 
P
Y
 
V
N
 
Q