SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_007693272.1 NCBI__GCF_000336675.1:WP_007693272.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

1ji0A Crystal structure analysis of the abc transporter from thermotoga maritima
46% identity, 86% coverage: 38:268/269 of query aligns to 6:238/240 of 1ji0A

query
sites
1ji0A
L
 
V
L
 
L
A
 
E
V
 
V
S
 
Q
A
 
S
L
 
L
D
 
H
A
 
V
G
 
Y
Y
|
Y
G
 
G
D
 
A
L
 
I
Q
 
H
I
 
A
L
 
I
S
 
K
A
 
G
V
 
I
D
 
D
L
 
L
A
 
K
V
 
V
H
 
P
D
 
R
G
 
G
E
 
Q
Y
 
I
V
 
V
T
 
T
I
 
L
V
 
I
G
 
G
P
 
A
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
V
 
T
M
 
L
K
 
S
T
 
A
V
 
I
F
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
V
T
 
R
Y
 
A
M
 
Q
G
 
K
G
 
G
E
 
K
I
 
I
R
 
I
F
 
F
D
 
N
D
 
G
D
 
Q
D
 
D
I
 
I
S
 
T
G
 
N
L
 
-
A
 
K
P
 
P
E
 
A
R
 
H
I
 
V
I
 
I
H
 
N
R
 
R
-
 
M
G
 
G
V
 
I
S
 
A
Y
 
L
V
 
V
P
 
P
Q
x
E
N
 
G
E
 
R
N
 
R
V
 
I
F
 
F
A
 
P
G
 
E
L
 
L
S
 
T
V
 
V
R
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
L
E
 
M
M
 
M
G
 
G
A
 
A
Y
 
Y
I
 
N
L
 
R
D
 
K
S
 
D
V
 
K
P
 
E
Q
 
G
Y
 
I
R
 
K
-
 
R
-
 
D
L
 
L
D
 
E
W
 
W
V
 
I
F
 
F
E
 
S
R
 
L
F
 
F
P
 
P
I
 
R
L
 
L
E
 
K
E
 
E
R
 
R
Q
 
L
T
 
K
Q
 
Q
R
 
L
A
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
R
 
Q
Q
 
Q
M
 
M
L
 
L
A
 
A
M
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
L
 
S
D
 
R
P
 
P
D
 
K
L
 
L
L
 
L
M
 
M
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
S
A
 
L
G
 
G
L
 
L
A
 
A
P
 
P
D
 
I
L
 
L
V
 
V
D
 
S
E
 
E
M
 
V
F
 
F
D
 
E
R
 
V
I
 
I
D
 
Q
A
 
K
I
 
I
N
 
N
E
 
Q
S
 
E
G
 
G
T
 
T
A
 
T
I
 
I
L
 
L
M
 
L
V
 
V
E
 
E
Q
 
Q
N
 
N
A
 
A
V
 
L
E
 
G
A
 
A
L
 
L
S
 
K
R
 
V
C
 
A
D
 
H
R
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
L
 
L
V
 
E
Q
 
T
G
 
G
Q
 
Q
N
 
I
R
 
V
F
 
L
D
 
E
D
 
G
T
 
K
G
 
A
E
 
S
A
 
E
L
 
L
L
 
L
G
 
D
N
 
N
D
 
E
E
 
M
V
 
V
R
 
R
Q
 
K
E
 
A
F
 
Y
L
 
L
G
 
G

6mjpA Lptb(e163q)fgc from vibrio cholerae (see paper)
33% identity, 86% coverage: 38:268/269 of query aligns to 2:235/240 of 6mjpA

query
sites
6mjpA
L
 
I
L
 
L
A
 
K
V
 
A
S
 
Q
A
 
H
L
 
L
D
 
A
A
 
K
G
 
S
Y
 
Y
G
 
K
D
 
K
L
 
R
Q
 
K
I
 
V
L
 
V
S
 
S
A
 
D
V
 
V
D
 
S
L
 
L
A
 
Q
V
 
V
H
 
E
D
 
S
G
 
G
E
 
Q
Y
 
I
V
 
V
T
 
G
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
V
 
S
M
 
F
K
 
Y
T
 
M
V
 
I
F
 
V
G
 
G
L
 
L
T
 
V
T
 
A
Y
 
R
M
 
D
G
 
E
G
 
G
E
 
T
I
 
I
R
 
T
F
 
I
D
 
D
D
 
D
D
 
N
D
 
D
I
 
I
S
 
S
G
 
I
L
 
L
A
 
P
P
 
M
E
 
H
R
 
S
I
 
R
I
 
S
H
 
R
R
 
M
G
 
G
V
 
I
S
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
 
Q
N
 
E
E
 
A
N
 
S
V
 
I
F
 
F
A
 
R
G
 
K
L
 
L
S
 
S
V
 
V
R
 
E
E
 
D
N
 
N
-
 
I
-
 
M
-
 
A
-
 
V
L
 
L
E
 
Q
M
 
T
G
 
R
A
 
E
Y
 
E
I
 
L
L
 
T
D
 
H
S
x
E
V
 
E
P
 
R
Q
 
Q
Y
x
D
R
 
K
L
 
L
D
 
E
W
 
D
V
 
L
F
 
L
E
 
E
R
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
Q
E
 
H
E
 
I
R
 
R
Q
 
K
T
 
S
Q
 
-
R
 
-
A
 
A
G
 
G
-
 
M
T
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
R
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
M
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
L
 
A
D
 
N
P
 
P
D
 
Q
L
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
S
 
F
A
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
D
 
I
L
 
S
V
 
V
D
 
I
E
 
D
M
 
I
F
 
K
D
 
K
R
 
I
I
 
I
D
 
E
A
 
H
I
 
L
N
 
R
E
 
D
S
 
R
G
 
G
T
 
L
A
 
G
I
 
V
L
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
V
 
R
E
 
E
A
 
T
L
 
L
S
 
D
R
 
V
C
 
C
D
 
E
R
 
K
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
V
 
S
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
R
N
 
L
R
 
I
F
 
A
D
 
E
D
 
G
T
 
T
G
 
P
E
 
Q
A
 
D
L
 
V
L
 
L
G
 
N
N
 
N
D
 
E
E
 
Q
V
 
V
R
 
K
Q
 
Q
E
 
V
F
 
Y
L
 
L
G
 
G

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
29% identity, 83% coverage: 37:259/269 of query aligns to 3:240/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
D
 
E
L
 
I
L
 
L
A
 
R
V
 
T
S
 
E
A
 
N
L
 
I
D
 
V
A
 
K
G
 
Y
Y
x
F
G
 
G
D
 
E
L
x
F
Q
 
K
I
 
A
L
 
L
S
 
D
A
 
G
V
 
V
D
 
S
L
 
I
A
 
S
V
 
V
H
 
N
D
 
K
G
 
G
E
 
D
Y
 
V
V
 
T
T
 
L
I
 
I
V
 
I
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
V
 
L
M
 
I
K
 
N
T
 
V
V
 
I
F
 
T
G
 
G
L
 
F
T
 
L
T
 
K
Y
 
A
M
 
D
G
 
E
G
 
G
E
 
R
I
 
V
R
 
Y
F
 
F
D
 
E
D
 
N
D
 
K
D
 
D
I
 
I
S
 
T
G
 
N
L
 
K
A
 
E
P
 
P
E
 
A
R
 
E
I
 
L
I
 
Y
H
 
H
R
 
Y
G
 
G
V
 
I
S
 
V
Y
 
R
V
 
T
P
 
F
Q
 
Q
N
 
T
E
 
P
N
 
Q
V
 
P
F
 
L
A
 
K
G
 
E
L
 
M
S
 
T
V
 
V
R
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
E
 
L
M
 
I
G
 
G
A
 
E
Y
 
I
I
 
C
L
 
P
D
 
G
S
 
E
V
 
S
P
 
P
Q
 
L
Y
 
N
R
 
S
L
 
L
-
 
F
-
 
Y
-
 
K
D
 
K
W
 
W
V
 
I
F
 
P
E
 
K
R
 
E
-
 
E
-
 
E
-
 
M
-
 
V
-
 
E
-
 
K
-
 
A
F
 
F
P
 
K
I
 
I
L
 
L
E
 
E
E
 
F
R
 
L
Q
 
K
T
 
L
-
 
S
-
 
H
-
 
L
-
 
Y
-
 
D
Q
 
R
R
 
K
A
 
A
G
 
G
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
M
Q
 
K
M
 
L
L
 
V
A
 
E
M
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
L
 
T
D
 
N
P
 
P
D
 
K
L
 
M
L
 
I
M
 
V
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
A
P
 
P
D
 
G
L
 
L
V
 
A
D
 
H
E
 
D
M
 
I
F
 
F
D
 
N
R
 
H
I
 
V
D
 
L
A
 
E
I
 
L
N
 
K
E
 
A
S
 
K
G
 
G
T
 
I
A
 
T
I
 
F
L
 
L
M
 
I
V
 
I
E
 
E
Q
 
H
N
 
R
A
 
L
V
 
D
E
 
I
A
 
V
L
 
L
S
 
N
R
 
Y
C
 
I
D
 
D
R
 
H
G
 
L
Y
 
Y
V
 
V
L
 
M
V
 
F
Q
 
N
G
 
G
Q
 
Q
N
 
I
R
 
I
F
 
A
D
 
E
D
 
G
T
 
R
G
 
G
E
 
E
A
 
E
L
 
E
L
 
I
G
 
K
N
 
N

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
29% identity, 83% coverage: 37:259/269 of query aligns to 3:240/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
D
 
E
L
 
I
L
 
L
A
 
R
V
 
T
S
 
E
A
 
N
L
 
I
D
 
V
A
 
K
G
 
Y
Y
x
F
G
 
G
D
 
E
L
x
F
Q
 
K
I
 
A
L
 
L
S
 
D
A
 
G
V
 
V
D
 
S
L
 
I
A
 
S
V
 
V
H
 
C
D
 
K
G
 
G
E
 
D
Y
 
V
V
 
T
T
 
L
I
 
I
V
 
I
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
V
 
L
M
 
I
K
 
N
T
 
V
V
 
I
F
 
T
G
 
G
L
 
F
T
 
L
T
 
K
Y
 
A
M
 
D
G
 
E
G
 
G
E
 
R
I
 
V
R
 
Y
F
 
F
D
 
E
D
 
N
D
 
K
D
 
D
I
 
I
S
 
T
G
 
N
L
 
K
A
 
E
P
 
P
E
 
A
R
 
E
I
 
L
I
 
Y
H
 
H
R
 
Y
G
 
G
V
 
I
S
 
V
Y
 
R
V
 
T
P
 
F
Q
 
Q
N
 
T
E
 
P
N
 
Q
V
 
P
F
 
L
A
 
K
G
 
E
L
 
M
S
 
T
V
 
V
R
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
L
E
 
L
M
 
I
G
 
G
A
 
E
Y
 
I
I
 
N
L
 
P
D
 
G
S
 
E
V
 
S
P
 
P
Q
 
L
Y
 
N
R
 
S
L
 
L
-
 
F
-
 
Y
-
 
K
D
 
K
W
 
W
V
 
I
F
 
P
E
 
K
R
 
E
-
 
E
-
 
E
-
 
M
-
 
V
-
 
E
-
 
K
-
 
A
F
 
F
P
 
K
I
 
I
L
 
L
E
 
E
E
 
F
R
 
L
Q
 
K
T
 
L
-
 
S
-
 
H
-
 
L
-
 
Y
-
 
D
Q
 
R
R
 
K
A
 
A
G
 
G
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
M
Q
 
K
M
 
L
L
 
V
A
 
E
M
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
M
L
 
T
D
 
N
P
 
P
D
 
K
L
 
M
L
 
I
M
 
V
L
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
I
A
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
A
P
 
P
D
 
G
L
 
L
V
 
A
D
 
H
E
 
D
M
 
I
F
 
F
D
 
N
R
 
H
I
 
V
D
 
L
A
 
E
I
 
L
N
 
K
E
 
A
S
 
K
G
 
G
T
 
I
A
 
T
I
 
F
L
 
L
M
 
I
V
 
I
E
 
E
Q
 
H
N
 
R
A
 
L
V
 
D
E
 
I
A
 
V
L
 
L
S
 
N
R
 
Y
C
 
I
D
 
D
R
 
H
G
 
L
Y
 
Y
V
 
V
L
 
M
V
 
F
Q
 
N
G
 
G
Q
 
Q
N
 
I
R
 
I
F
 
A
D
 
E
D
 
G
T
 
R
G
 
G
E
 
E
A
 
E
L
 
E
L
 
I
G
 
K
N
 
N

6s8nB Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with lipopolysaccharide (see paper)
34% identity, 86% coverage: 39:268/269 of query aligns to 3:235/238 of 6s8nB

query
sites
6s8nB
L
 
L
A
 
T
V
 
A
S
 
K
A
 
N
L
 
L
D
 
A
A
 
K
G
 
A
Y
 
Y
G
 
K
D
 
G
L
 
R
Q
 
R
I
 
V
L
 
V
S
 
E
A
 
D
V
 
V
D
 
S
L
 
L
A
 
T
V
 
V
H
 
N
D
 
S
G
 
G
E
 
E
Y
 
I
V
 
V
T
 
G
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
V
 
T
M
 
F
K
 
Y
T
 
M
V
 
V
F
 
V
G
 
G
L
 
I
T
 
V
T
 
P
Y
 
R
M
 
D
G
 
A
G
 
G
E
 
N
I
 
I
R
 
I
F
 
I
D
 
D
D
 
D
D
 
D
D
 
D
I
 
I
S
 
S
G
 
L
L
 
L
A
 
P
P
 
L
E
 
H
R
 
A
I
 
R
I
 
A
H
 
R
R
 
R
G
 
G
V
 
I
S
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
 
Q
N
 
E
E
 
A
N
 
S
V
 
I
F
 
F
A
x
R
G
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
R
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
E
 
M
M
 
A
G
 
V
A
 
L
Y
 
Q
I
 
I
L
 
R
D
 
D
S
 
D
V
 
L
P
 
S
-
 
A
-
 
E
-
 
Q
-
 
R
Q
 
E
Y
 
D
R
 
R
L
 
A
D
 
N
W
 
E
V
 
L
F
 
M
E
 
E
R
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
E
 
E
E
 
H
R
 
L
Q
 
R
T
 
D
Q
 
S
R
x
M
A
x
G
G
x
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
R
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
M
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
L
 
A
D
 
N
P
 
P
D
 
K
L
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
A
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
D
 
I
L
 
S
V
 
V
D
 
I
E
 
D
M
 
I
F
 
K
D
 
R
R
 
I
I
 
I
D
 
E
A
 
H
I
 
L
N
 
R
E
 
D
S
 
S
G
 
G
T
 
L
A
 
G
I
 
V
L
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
V
 
R
E
 
E
A
 
T
L
 
L
S
 
A
R
 
V
C
 
C
D
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
V
 
S
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
H
N
 
L
R
 
I
F
 
A
D
 
H
D
 
G
T
 
T
G
 
P
E
 
T
A
 
E
L
 
I
L
 
L
G
 
Q
N
 
D
D
 
E
E
 
H
V
 
V
R
 
K
Q
 
R
E
 
V
F
 
Y
L
 
L
G
 
G

6s8gA Cryo-em structure of lptb2fgc in complex with amp-pnp (see paper)
34% identity, 86% coverage: 39:268/269 of query aligns to 3:235/238 of 6s8gA

query
sites
6s8gA
L
 
L
A
 
T
V
 
A
S
 
K
A
 
N
L
 
L
D
 
A
A
 
K
G
 
A
Y
|
Y
G
 
K
D
 
G
L
x
R
Q
 
R
I
 
V
L
 
V
S
 
E
A
 
D
V
 
V
D
 
S
L
 
L
A
 
T
V
 
V
H
 
N
D
 
S
G
 
G
E
 
E
Y
 
I
V
 
V
T
 
G
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
 
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
V
 
T
M
 
F
K
 
Y
T
 
M
V
 
V
F
 
V
G
 
G
L
 
I
T
 
V
T
 
P
Y
 
R
M
 
D
G
 
A
G
 
G
E
 
N
I
 
I
R
 
I
F
 
I
D
 
D
D
 
D
D
 
D
D
 
D
I
 
I
S
 
S
G
 
L
L
 
L
A
 
P
P
 
L
E
 
H
R
 
A
I
 
R
I
 
A
H
 
R
R
 
R
G
 
G
V
 
I
S
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
|
Q
N
 
E
E
 
A
N
 
S
V
 
I
F
 
F
A
 
R
G
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
R
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
E
 
M
M
 
A
G
 
V
A
 
L
Y
 
Q
I
 
I
L
 
R
D
 
D
S
 
D
V
 
L
P
 
S
-
 
A
-
 
E
-
 
Q
-
 
R
Q
 
E
Y
 
D
R
 
R
L
 
A
D
 
N
W
 
E
V
 
L
F
 
M
E
 
E
R
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
E
 
E
E
 
H
R
 
L
Q
 
R
T
 
D
Q
 
S
R
 
M
A
 
G
G
 
Q
T
x
S
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
Q
x
E
R
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
M
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
L
 
A
D
 
N
P
 
P
D
 
K
L
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
A
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
D
 
I
L
 
S
V
 
V
D
 
I
E
 
D
M
 
I
F
 
K
D
 
R
R
 
I
I
 
I
D
 
E
A
 
H
I
 
L
N
 
R
E
 
D
S
 
S
G
 
G
T
 
L
A
 
G
I
 
V
L
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
V
 
R
E
 
E
A
 
T
L
 
L
S
 
A
R
 
V
C
 
C
D
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
V
 
S
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
H
N
 
L
R
 
I
F
 
A
D
 
H
D
 
G
T
 
T
G
 
P
E
 
T
A
 
E
L
 
I
L
 
L
G
 
Q
N
 
D
D
 
E
E
 
H
V
 
V
R
 
K
Q
 
R
E
 
V
F
 
Y
L
 
L
G
 
G

6mhzA Vanadate trapped cryo-em structure of e.Coli lptb2fg transporter (see paper)
34% identity, 86% coverage: 39:268/269 of query aligns to 3:235/235 of 6mhzA

query
sites
6mhzA
L
 
L
A
 
T
V
 
A
S
 
K
A
 
N
L
 
L
D
 
A
A
 
K
G
 
A
Y
|
Y
G
 
K
D
 
G
L
 
R
Q
 
R
I
 
V
L
 
V
S
 
E
A
 
D
V
 
V
D
 
S
L
 
L
A
 
T
V
 
V
H
 
N
D
 
S
G
 
G
E
 
E
Y
 
I
V
 
V
T
 
G
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
V
 
T
M
 
F
K
 
Y
T
 
M
V
 
V
F
 
V
G
 
G
L
 
I
T
 
V
T
 
P
Y
 
R
M
 
D
G
 
A
G
 
G
E
 
N
I
 
I
R
 
I
F
 
I
D
 
D
D
 
D
D
 
D
D
 
D
I
 
I
S
 
S
G
 
L
L
 
L
A
 
P
P
 
L
E
 
H
R
 
A
I
 
R
I
 
A
H
 
R
R
 
R
G
 
G
V
 
I
S
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
|
Q
N
 
E
E
 
A
N
 
S
V
 
I
F
 
F
A
 
R
G
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
R
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
E
 
M
M
 
A
G
 
V
A
 
L
Y
 
Q
I
 
I
L
 
R
D
 
D
S
 
D
V
 
L
P
 
S
-
 
A
-
 
E
-
 
Q
-
 
R
Q
 
E
Y
 
D
R
 
R
L
 
A
D
 
N
W
 
E
V
 
L
F
 
M
E
 
E
R
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
E
 
E
E
 
H
R
 
L
Q
 
R
T
 
D
Q
 
S
R
 
M
A
 
G
G
 
Q
T
x
S
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
Q
 
E
R
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
M
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
L
 
A
D
 
N
P
 
P
D
 
K
L
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
F
A
 
A
G
|
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
D
 
I
L
 
S
V
 
V
D
 
I
E
 
D
M
 
I
F
 
K
D
 
R
R
 
I
I
 
I
D
 
E
A
 
H
I
 
L
N
 
R
E
 
D
S
 
S
G
 
G
T
 
L
A
 
G
I
 
V
L
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
x
H
N
 
N
A
 
V
V
 
R
E
 
E
A
 
T
L
 
L
S
 
A
R
 
V
C
 
C
D
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
V
 
S
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
H
N
 
L
R
 
I
F
 
A
D
 
H
D
 
G
T
 
T
G
 
P
E
 
T
A
 
E
L
 
I
L
 
L
G
 
Q
N
 
D
D
 
E
E
 
H
V
 
V
R
 
K
Q
 
R
E
 
V
F
 
Y
L
 
L
G
 
G

6mbnA Lptb e163q in complex with atp (see paper)
34% identity, 86% coverage: 39:268/269 of query aligns to 4:236/241 of 6mbnA

query
sites
6mbnA
L
 
L
A
 
T
V
 
A
S
 
K
A
 
N
L
 
L
D
 
A
A
 
K
G
 
A
Y
|
Y
G
 
K
D
 
G
L
x
R
Q
 
R
I
x
V
L
 
V
S
 
E
A
 
D
V
 
V
D
 
S
L
 
L
A
 
T
V
 
V
H
 
N
D
 
S
G
 
G
E
 
E
Y
 
I
V
 
V
T
 
G
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
V
 
T
M
 
F
K
 
Y
T
 
M
V
 
V
F
 
V
G
 
G
L
 
I
T
 
V
T
 
P
Y
 
R
M
 
D
G
 
A
G
 
G
E
 
N
I
 
I
R
 
I
F
 
I
D
 
D
D
 
D
D
 
D
D
 
D
I
 
I
S
 
S
G
 
L
L
 
L
A
 
P
P
 
L
E
 
H
R
 
A
I
 
R
I
 
A
H
 
R
R
 
R
G
 
G
V
 
I
S
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
 
Q
N
 
E
E
 
A
N
 
S
V
 
I
F
 
F
A
 
R
G
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
R
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
E
 
M
M
 
A
G
 
V
A
 
L
Y
 
Q
I
 
I
L
 
R
D
 
D
S
 
D
V
 
L
P
 
S
-
 
A
-
 
E
-
 
Q
-
 
R
Q
 
E
Y
 
D
R
 
R
L
 
A
D
 
N
W
 
E
V
 
L
F
 
M
E
 
E
R
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
E
 
E
E
 
H
R
 
L
Q
 
R
T
 
D
Q
 
S
R
 
M
A
 
G
G
 
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
R
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
M
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
L
 
A
D
 
N
P
 
P
D
 
K
L
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
S
 
F
A
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
D
 
I
L
 
S
V
 
V
D
 
I
E
 
D
M
 
I
F
 
K
D
 
R
R
 
I
I
 
I
D
 
E
A
 
H
I
 
L
N
 
R
E
 
D
S
 
S
G
 
G
T
 
L
A
 
G
I
 
V
L
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
x
H
N
 
N
A
 
V
V
 
R
E
 
E
A
 
T
L
 
L
S
 
A
R
 
V
C
 
C
D
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
V
 
S
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
H
N
 
L
R
 
I
F
 
A
D
 
H
D
 
G
T
 
T
G
 
P
E
 
T
A
 
E
L
 
I
L
 
L
G
 
Q
N
 
D
D
 
E
E
 
H
V
 
V
R
 
K
Q
 
R
E
 
V
F
 
Y
L
 
L
G
 
G

6b89A E. Coli lptb in complex with adp and novobiocin (see paper)
34% identity, 85% coverage: 39:267/269 of query aligns to 3:234/234 of 6b89A

query
sites
6b89A
L
 
L
A
 
T
V
 
A
S
 
K
A
 
N
L
 
L
D
 
A
A
 
K
G
 
A
Y
|
Y
G
 
K
D
 
G
L
x
R
Q
 
R
I
x
V
L
 
V
S
 
E
A
 
D
V
 
V
D
 
S
L
 
L
A
 
T
V
 
V
H
 
N
D
 
S
G
 
G
E
 
E
Y
 
I
V
 
V
T
 
G
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
V
 
T
M
 
F
K
 
Y
T
 
M
V
 
V
F
 
V
G
 
G
L
 
I
T
 
V
T
 
P
Y
 
R
M
 
D
G
 
A
G
 
G
E
 
N
I
 
I
R
 
I
F
 
I
D
 
D
D
 
D
D
 
D
D
 
D
I
 
I
S
 
S
G
 
L
L
 
L
A
 
P
P
x
L
E
x
H
R
 
A
I
 
R
I
 
A
H
 
R
R
 
R
G
 
G
V
 
I
S
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
|
P
Q
|
Q
N
 
E
E
x
A
N
x
S
V
 
I
F
|
F
A
x
R
G
x
R
L
|
L
S
 
S
V
 
V
R
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
E
 
M
M
 
A
G
x
V
A
 
L
Y
 
Q
I
 
I
L
 
R
D
 
D
S
 
D
V
 
L
P
 
S
-
 
A
-
 
E
-
 
Q
-
 
R
Q
 
E
Y
 
D
R
 
R
L
 
A
D
 
N
W
 
E
V
 
L
F
 
M
E
 
E
R
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
E
 
E
E
 
H
R
 
L
Q
 
R
T
 
D
Q
 
S
R
 
M
A
 
G
G
x
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
R
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
M
 
I
G
 
A
R
|
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
L
 
A
D
 
N
P
 
P
D
 
K
L
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
A
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
D
 
I
L
 
S
V
 
V
D
 
I
E
 
D
M
 
I
F
 
K
D
 
R
R
 
I
I
 
I
D
 
E
A
 
H
I
 
L
N
 
R
E
 
D
S
 
S
G
 
G
T
 
L
A
 
G
I
 
V
L
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
V
 
R
E
 
E
A
 
T
L
 
L
S
 
A
R
 
V
C
 
C
D
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
V
 
S
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
H
N
 
L
R
 
I
F
 
A
D
 
H
D
 
G
T
 
T
G
 
P
E
 
T
A
 
E
L
 
I
L
 
L
G
 
Q
N
 
D
D
 
E
E
 
H
V
 
V
R
 
K
Q
 
R
E
 
V
F
 
Y
L
 
L

4p31A Crystal structure of a selenomethionine derivative of e. Coli lptb in complex with adp-magensium (see paper)
34% identity, 85% coverage: 39:267/269 of query aligns to 3:234/234 of 4p31A

query
sites
4p31A
L
 
L
A
 
T
V
 
A
S
 
K
A
 
N
L
 
L
D
 
A
A
 
K
G
 
A
Y
|
Y
G
 
K
D
 
G
L
x
R
Q
 
R
I
x
V
L
 
V
S
 
E
A
 
D
V
 
V
D
 
S
L
 
L
A
 
T
V
 
V
H
 
N
D
 
S
G
 
G
E
 
E
Y
 
I
V
 
V
T
 
G
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
V
 
T
M
 
F
K
 
Y
T
 
M
V
 
V
F
 
V
G
 
G
L
 
I
T
 
V
T
 
P
Y
 
R
M
 
D
G
 
A
G
 
G
E
 
N
I
 
I
R
 
I
F
 
I
D
 
D
D
 
D
D
 
D
D
 
D
I
 
I
S
 
S
G
 
L
L
 
L
A
 
P
P
 
L
E
 
H
R
 
A
I
 
R
I
 
A
H
 
R
R
 
R
G
 
G
V
 
I
S
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
|
Q
N
 
E
E
 
A
N
 
S
V
 
I
F
 
F
A
 
R
G
 
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
R
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
E
 
M
M
 
A
G
 
V
A
 
L
Y
 
Q
I
 
I
L
 
R
D
 
D
S
 
D
V
 
L
P
 
S
-
 
A
-
 
E
-
 
Q
-
 
R
Q
 
E
Y
 
D
R
 
R
L
 
A
D
 
N
W
 
E
V
 
L
F
 
M
E
 
E
R
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
E
 
E
E
 
H
R
 
L
Q
 
R
T
 
D
Q
 
S
R
 
M
A
 
G
G
 
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
R
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
M
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
L
 
A
D
 
N
P
 
P
D
 
K
L
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
A
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
D
 
I
L
 
S
V
 
V
D
 
I
E
 
D
M
 
I
F
 
K
D
 
R
R
 
I
I
 
I
D
 
E
A
 
H
I
 
L
N
 
R
E
 
D
S
 
S
G
 
G
T
 
L
A
 
G
I
 
V
L
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
V
 
R
E
 
E
A
 
T
L
 
L
S
 
A
R
 
V
C
 
C
D
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
V
 
S
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
H
N
 
L
R
 
I
F
 
A
D
 
H
D
 
G
T
 
T
G
 
P
E
 
T
A
 
E
L
 
I
L
 
L
G
 
Q
N
 
D
D
 
E
E
 
H
V
 
V
R
 
K
Q
 
R
E
 
V
F
 
Y
L
 
L

6b8bA E. Coli lptb in complex with adp and a novobiocin derivative (see paper)
34% identity, 85% coverage: 39:266/269 of query aligns to 3:233/233 of 6b8bA

query
sites
6b8bA
L
 
L
A
 
T
V
 
A
S
 
K
A
 
N
L
 
L
D
 
A
A
 
K
G
 
A
Y
|
Y
G
 
K
D
 
G
L
x
R
Q
 
R
I
x
V
L
 
V
S
 
E
A
 
D
V
 
V
D
 
S
L
 
L
A
 
T
V
 
V
H
 
N
D
 
S
G
 
G
E
 
E
Y
 
I
V
 
V
T
 
G
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
V
 
T
M
 
F
K
 
Y
T
 
M
V
 
V
F
 
V
G
 
G
L
 
I
T
 
V
T
 
P
Y
 
R
M
 
D
G
 
A
G
 
G
E
 
N
I
 
I
R
 
I
F
 
I
D
 
D
D
 
D
D
 
D
D
 
D
I
 
I
S
 
S
G
 
L
L
 
L
A
 
P
P
 
L
E
 
H
R
 
A
I
 
R
I
 
A
H
 
R
R
 
R
G
 
G
V
 
I
S
 
G
Y
 
Y
V
 
L
P
 
P
Q
 
Q
N
 
E
E
 
A
N
 
S
V
 
I
F
|
F
A
x
R
G
x
R
L
 
L
S
 
S
V
 
V
R
 
Y
E
 
D
N
 
N
L
 
L
E
 
M
M
 
A
G
 
V
A
 
L
Y
 
Q
I
 
I
L
 
R
D
 
D
S
 
D
V
 
L
P
 
S
-
 
A
-
 
E
-
 
Q
-
 
R
Q
 
E
Y
 
D
R
 
R
L
 
A
D
 
N
W
 
E
V
 
L
F
 
M
E
 
E
R
 
E
F
 
F
P
 
H
I
 
I
L
 
-
E
 
E
E
 
H
R
 
L
Q
 
R
T
 
D
Q
 
S
R
 
M
A
 
G
G
 
Q
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
R
 
R
Q
 
R
M
 
R
L
 
V
A
 
E
M
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
L
 
A
D
 
N
P
 
P
D
 
K
L
 
F
L
 
I
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
F
A
 
A
G
 
G
L
 
V
A
 
D
P
 
P
D
 
I
L
 
S
V
 
V
D
 
I
E
 
D
M
 
I
F
 
K
D
 
R
R
 
I
I
 
I
D
 
E
A
 
H
I
 
L
N
 
R
E
 
D
S
 
S
G
 
G
T
 
L
A
 
G
I
 
V
L
 
L
M
 
I
V
 
T
E
 
D
Q
 
H
N
 
N
A
 
V
V
 
R
E
 
E
A
 
T
L
 
L
S
 
A
R
 
V
C
 
C
D
 
E
R
 
R
G
 
A
Y
 
Y
V
 
I
L
 
V
V
 
S
Q
 
Q
G
 
G
Q
 
H
N
 
L
R
 
I
F
 
A
D
 
H
D
 
G
T
 
T
G
 
P
E
 
T
A
 
E
L
 
I
L
 
L
G
 
Q
N
 
D
D
 
E
E
 
H
V
 
V
R
 
K
Q
 
R
E
 
V
F
 
Y

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
30% identity, 78% coverage: 38:246/269 of query aligns to 2:213/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
L
 
I
L
 
I
A
 
R
V
 
I
S
 
R
A
 
N
L
 
L
D
 
H
A
 
K
G
 
W
Y
x
F
G
 
G
D
 
P
L
 
L
Q
 
H
I
x
V
L
 
L
S
 
K
A
 
G
V
 
I
D
 
H
L
 
L
A
 
E
V
 
V
H
 
A
D
 
P
G
 
G
E
 
E
Y
 
K
V
 
L
T
 
V
I
 
I
V
 
I
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
V
 
L
M
 
I
K
 
R
T
 
T
V
 
I
F
 
N
G
 
R
L
 
L
T
 
E
T
 
D
Y
 
F
M
 
Q
G
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
V
R
 
V
F
 
V
D
 
D
D
 
G
D
 
L
D
 
S
I
 
V
S
 
K
G
 
D
L
 
D
A
 
R
P
 
A
E
 
L
R
 
R
I
 
E
I
 
I
H
 
R
R
 
R
G
 
E
V
 
V
S
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
N
 
Q
E
 
F
N
 
N
V
 
L
F
 
F
A
 
P
G
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
V
R
 
L
E
 
E
N
 
N
L
 
V
E
 
T
M
 
L
G
 
A
A
 
P
Y
 
M
I
 
R
L
 
V
D
 
R
S
 
R
V
 
W
P
 
P
Q
 
R
Y
 
E
R
 
K
L
 
A
D
 
E
W
 
K
-
 
K
-
 
A
-
 
L
-
 
E
V
 
L
F
 
L
E
 
E
R
 
R
F
 
V
P
 
G
I
 
I
L
 
L
E
 
D
E
 
Q
R
 
A
Q
 
R
T
 
K
Q
 
Y
R
 
P
A
 
A
G
 
-
T
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
A
L
 
M
D
 
E
P
 
P
D
 
K
L
 
I
L
 
M
M
 
L
L
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
T
A
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
D
 
E
L
 
M
V
 
V
D
 
G
E
 
E
M
 
V
F
 
L
D
 
D
R
 
V
I
 
M
D
 
R
A
 
D
I
 
L
N
 
A
E
 
Q
S
 
G
G
 
G
T
 
M
A
 
T
I
 
M
L
 
V
M
 
V
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
E
A
 
M
V
 
G
E
 
F
A
 
A
L
 
R
S
 
E
R
 
V
C
 
A
D
 
D
R
 
R
G
 
V
Y
 
V
V
 
F
L
 
M
V
 
D
Q
 
G
G
 
G
Q
 
Q

1vciA Crystal structure of the atp-binding cassette of multisugar transporter from pyrococcus horikoshii ot3 complexed with atp (see paper)
32% identity, 75% coverage: 44:246/269 of query aligns to 12:206/353 of 1vciA

query
sites
1vciA
L
 
L
D
 
T
A
 
K
G
 
R
Y
x
F
G
 
G
D
 
N
L
x
F
Q
 
T
I
 
A
L
 
V
S
 
N
A
 
K
V
 
L
D
 
N
L
 
L
A
 
T
V
 
I
H
 
K
D
 
D
G
 
G
E
 
E
Y
 
F
V
 
L
T
 
V
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
T
|
T
V
 
T
M
 
L
K
 
R
T
 
M
V
 
I
F
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
E
T
 
E
Y
 
P
M
 
T
G
 
E
G
 
G
E
 
R
I
 
I
R
 
Y
F
 
F
D
 
G
D
 
D
D
 
R
D
 
D
I
 
V
S
 
T
G
 
Y
L
 
L
A
 
P
P
 
P
E
 
K
R
 
-
I
 
-
I
 
-
H
 
D
R
 
R
G
 
N
V
 
I
S
 
S
Y
 
M
V
 
-
P
 
-
Q
 
-
N
 
-
E
 
-
N
 
-
V
 
V
F
 
F
A
 
Q
G
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
V
R
 
Y
E
 
E
N
 
N
L
 
I
E
 
-
M
 
-
G
 
-
A
 
A
Y
 
F
I
 
P
L
 
L
D
 
K
S
 
K
V
 
F
P
 
P
Q
 
K
-
 
D
-
 
E
-
 
I
-
 
D
Y
 
K
R
 
R
L
 
V
D
 
R
W
 
W
V
 
A
F
 
A
E
 
E
R
 
L
F
 
L
P
 
Q
I
 
I
L
 
-
E
 
E
E
 
E
R
 
L
Q
 
L
T
 
N
Q
 
R
R
 
Y
A
 
P
G
 
A
T
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
V
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
I
M
 
V
L
 
V
D
 
E
P
 
P
D
 
D
L
 
V
L
 
L
M
 
L
L
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
L
A
 
S
G
 
N
L
 
L
A
 
D
P
 
A
D
 
K
L
 
L
V
 
R
D
 
V
E
 
A
M
 
M
F
 
R
D
 
A
R
 
E
I
 
I
D
 
K
A
 
K
I
 
L
N
 
Q
E
 
Q
S
 
K
-
 
L
G
 
K
T
 
V
A
 
T
I
 
T
L
 
I
M
 
Y
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
D
A
 
Q
V
 
V
E
 
E
A
 
A
L
 
M
S
 
T
R
 
M
C
 
G
D
 
D
R
 
R
G
 
I
Y
 
A
V
 
V
L
 
M
V
 
N
Q
 
R
G
 
G
Q
 
Q

P19566 Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK; EC 7.5.2.1 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see paper)
33% identity, 78% coverage: 47:256/269 of query aligns to 12:219/369 of P19566

query
sites
P19566
G
 
A
Y
 
W
G
 
G
D
 
D
L
 
V
Q
 
V
I
 
V
L
 
S
S
 
K
A
 
D
V
 
I
D
 
N
L
 
L
A
 
D
V
 
I
H
 
H
D
 
D
G
 
G
E
 
E
Y
 
F
V
 
V
T
 
V
I
 
F
V
 
V
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
A
 
C
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
V
 
L
M
 
L
K
 
R
T
 
M
V
 
I
F
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
E
T
 
T
Y
 
I
M
 
T
G
 
S
G
 
G
E
 
D
I
 
L
R
 
F
F
 
I
D
 
G
D
 
E
D
 
T
D
 
R
I
 
M
S
 
N
G
 
D
L
 
I
A
 
P
P
 
P
E
 
A
R
 
-
I
 
-
I
 
-
H
 
E
R
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
N
 
S
E
 
Y
N
 
A
V
x
L
F
 
Y
A
 
P
G
 
H
L
 
L
S
 
S
V
 
V
R
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
E
 
S
M
 
F
G
 
G
A
 
L
Y
 
K
I
 
L
L
 
A
-
 
G
-
 
A
-
 
K
D
 
K
S
 
E
V
 
V
P
 
M
Q
 
N
Y
 
Q
R
 
R
L
 
V
D
 
N
W
 
Q
V
 
V
F
 
A
E
 
E
R
 
V
F
 
L
P
 
Q
I
 
L
-
 
A
-
 
H
L
 
L
E
 
L
E
 
E
R
 
R
Q
 
K
T
 
P
Q
 
K
R
 
-
A
 
-
G
 
-
T
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
M
 
V
L
 
A
D
 
E
P
 
P
D
 
R
L
 
V
L
 
F
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
|
P
S
 
L
A
 
S
G
 
N
L
 
L
A
x
D
P
 
A
D
 
A
L
 
L
V
 
R
D
 
V
E
 
Q
M
 
M
F
 
R
D
 
I
R
 
E
I
 
I
D
 
S
A
 
R
I
 
L
N
 
H
E
 
K
S
 
R
-
 
L
G
 
G
T
 
R
A
 
T
I
 
M
L
 
I
M
 
Y
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
D
A
 
Q
V
 
V
E
 
E
A
 
A
L
 
M
S
 
T
R
 
L
C
 
A
D
 
D
R
 
K
G
 
I
Y
 
V
V
 
V
L
 
L
V
 
D
Q
 
A
G
 
G
Q
 
-
N
 
-
R
 
R
F
 
V
D
 
A
D
 
Q
T
 
V
G
 
G
E
 
K
A
 
P
L
 
L

Sites not aligning to the query:

3d31A Modbc from methanosarcina acetivorans (see paper)
27% identity, 78% coverage: 38:246/269 of query aligns to 1:205/348 of 3d31A

query
sites
3d31A
L
 
M
L
 
I
A
 
E
V
 
I
S
 
E
A
 
S
L
 
L
D
 
S
A
 
R
G
 
K
Y
 
W
G
 
K
D
 
N
L
 
F
Q
 
S
I
 
-
L
 
L
S
 
D
A
 
N
V
 
L
D
 
S
L
 
L
A
 
K
V
 
V
H
 
E
D
 
S
G
 
G
E
 
E
Y
 
Y
V
 
F
T
 
V
I
 
I
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
T
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
L
V
 
F
M
 
L
K
 
E
T
 
L
V
 
I
F
 
A
G
 
G
L
 
F
T
 
H
T
 
V
Y
 
P
M
 
D
G
 
S
G
 
G
E
 
R
I
 
I
R
 
L
F
 
L
D
 
D
D
 
G
D
 
K
D
 
D
I
 
V
S
 
T
G
 
D
L
 
L
A
 
S
P
 
P
E
 
E
R
 
K
I
 
-
I
 
-
H
 
-
R
 
H
G
 
D
V
 
I
S
 
A
Y
 
F
V
 
V
P
 
Y
Q
 
Q
N
 
N
E
 
Y
N
 
S
V
 
L
F
 
F
A
 
P
G
 
H
L
 
M
S
 
N
V
 
V
R
 
K
E
 
K
N
 
N
L
 
L
E
 
E
M
 
F
G
 
G
-
 
M
-
 
R
-
 
M
-
 
K
-
 
K
-
 
I
-
 
K
-
 
D
-
 
P
A
 
K
Y
 
R
I
 
V
L
 
L
D
 
D
S
 
T
V
 
A
P
 
R
Q
 
D
Y
 
L
R
 
K
L
 
I
D
 
E
W
 
H
V
 
L
F
 
L
E
 
D
R
 
R
F
 
N
P
 
P
I
 
L
L
 
-
E
 
-
E
 
-
R
 
-
Q
 
-
T
 
-
Q
 
-
R
 
-
A
 
-
G
 
-
T
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
R
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
L
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
L
M
 
V
L
 
T
D
 
N
P
 
P
D
 
K
L
 
I
L
 
L
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
L
A
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
P
D
 
R
L
 
T
V
 
Q
D
 
E
E
 
N
M
 
A
F
 
R
D
 
E
R
 
M
I
 
L
D
 
S
A
 
V
I
 
L
N
 
H
E
 
K
S
 
K
G
 
N
T
 
K
-
 
L
A
 
T
I
 
V
L
 
L
M
 
H
V
 
I
E
 
T
Q
 
H
N
 
D
A
 
Q
V
 
T
E
 
E
A
 
A
L
 
R
S
 
I
R
 
M
C
 
A
D
 
D
R
 
R
G
 
I
Y
 
A
V
 
V
L
 
V
V
 
M
Q
 
D
G
 
G
Q
 
K

Sites not aligning to the query:

P69874 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA; EC 7.6.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
29% identity, 86% coverage: 38:269/269 of query aligns to 17:246/378 of P69874

query
sites
P69874
L
 
L
L
 
V
A
 
Q
V
 
L
S
 
A
A
 
G
L
 
I
D
 
R
A
 
K
G
x
C
Y
x
F
G
 
D
D
 
G
L
 
K
Q
 
E
I
 
V
L
 
I
S
 
P
A
 
Q
V
 
L
D
 
D
L
 
L
A
 
T
V
 
I
H
 
N
D
 
N
G
 
G
E
 
E
Y
x
F
V
 
L
T
 
T
I
 
L
V
 
L
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
A
x
C
G
 
G
K
 
K
S
 
T
T
 
T
V
 
V
M
x
L
K
 
R
T
 
L
V
 
I
F
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
E
T
 
T
Y
 
V
M
 
D
G
 
S
G
 
G
E
 
R
I
 
I
R
 
M
F
x
L
D
 
D
D
 
N
D
 
E
D
 
D
I
 
I
S
 
T
G
 
H
L
 
V
A
 
P
P
 
A
E
 
E
R
 
-
I
 
-
I
 
-
H
 
N
R
 
R
G
 
Y
V
 
V
S
 
N
Y
 
T
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
N
 
S
E
 
Y
N
 
A
V
 
L
F
 
F
A
 
P
G
 
H
L
 
M
S
 
T
V
 
V
R
 
F
E
 
E
N
 
N
L
 
V
E
 
A
M
 
F
G
 
G
A
 
L
Y
 
R
I
 
M
L
 
Q
D
 
K
S
 
T
V
 
P
P
 
A
Q
 
A
Y
 
E
R
 
I
L
 
T
D
 
P
W
 
R
V
 
V
F
 
M
E
 
E
-
 
A
-
 
L
R
 
R
F
 
M
P
x
V
I
 
Q
L
 
L
E
 
E
E
 
T
R
 
F
Q
 
A
T
 
Q
Q
 
R
R
 
K
A
 
P
G
 
H
T
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
I
G
 
A
R
 
R
A
 
A
L
 
V
M
 
V
L
 
N
D
 
K
P
 
P
D
 
R
L
 
L
L
 
L
M
 
L
L
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
S
S
 
L
A
 
S
G
 
A
L
 
L
A
 
D
P
 
Y
D
 
K
L
 
L
V
 
R
D
 
K
E
 
Q
M
 
M
F
 
Q
D
 
N
R
 
E
I
 
L
D
 
K
A
 
A
I
 
L
N
 
Q
E
 
R
S
 
K
-
 
L
G
 
G
T
 
I
A
 
T
I
 
F
L
 
V
M
 
F
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
D
A
 
Q
V
 
E
E
 
E
A
 
A
L
 
L
S
 
T
R
 
M
C
 
S
D
 
D
R
 
R
G
 
I
Y
 
V
V
 
V
L
 
M
V
 
R
Q
 
D
G
 
G
Q
 
R
N
 
I
R
 
E
F
 
Q
D
 
D
D
 
G
T
 
T
G
 
P
E
 
R
A
 
E
L
 
I
L
 
Y
G
 
-
N
 
-
D
 
E
E
 
E
V
 
P
R
 
K
Q
 
N
E
 
L
F
 
F
L
 
V
G
 
A
G
 
G

Sites not aligning to the query:

2awnB Crystal structure of the adp-mg-bound e. Coli malk (crystallized with atp-mg) (see paper)
31% identity, 78% coverage: 47:256/269 of query aligns to 11:218/374 of 2awnB

query
sites
2awnB
G
 
A
Y
x
W
G
 
G
D
 
E
L
 
V
Q
 
V
I
x
V
L
 
S
S
 
K
A
 
D
V
 
I
D
 
N
L
 
L
A
 
D
V
 
I
H
 
H
D
 
E
G
 
G
E
 
E
Y
 
F
V
 
V
T
 
V
I
 
F
V
 
V
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
V
 
L
M
 
L
K
 
R
T
 
M
V
 
I
F
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
E
T
 
T
Y
 
I
M
 
T
G
 
S
G
 
G
E
 
D
I
 
L
R
 
F
F
 
I
D
 
G
D
 
E
D
 
K
D
 
R
I
 
M
S
 
N
G
 
D
L
 
T
A
 
P
P
 
P
E
 
A
R
 
-
I
 
-
I
 
-
H
 
E
R
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
N
 
S
E
 
Y
N
 
A
V
 
L
F
 
Y
A
 
P
G
 
H
L
 
L
S
 
S
V
 
V
R
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
E
 
S
M
 
F
G
 
G
A
 
L
Y
 
K
I
 
L
L
 
A
-
 
G
-
 
A
-
 
K
D
 
K
S
 
E
V
 
V
P
 
I
Q
 
N
Y
 
Q
R
 
R
L
 
V
D
 
N
W
 
Q
V
 
V
F
 
A
E
 
E
R
 
V
F
 
L
P
 
Q
I
 
-
L
 
L
E
 
A
E
 
H
R
 
L
Q
 
L
T
 
D
Q
 
R
R
 
K
A
 
P
G
 
K
T
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
M
 
V
L
 
A
D
 
E
P
 
P
D
 
S
L
 
V
L
 
F
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
L
A
 
S
G
 
N
L
 
L
A
 
D
P
 
A
D
 
A
L
 
L
V
 
R
D
 
V
E
 
Q
M
 
M
F
 
R
D
 
I
R
 
E
I
 
I
D
 
S
A
 
R
I
 
L
N
 
H
E
 
K
S
 
R
-
 
L
G
 
G
T
 
R
A
 
T
I
 
M
L
 
I
M
 
Y
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
D
A
 
Q
V
 
V
E
 
E
A
 
A
L
 
M
S
 
T
R
 
L
C
 
A
D
 
D
R
 
K
G
 
I
Y
 
V
V
 
V
L
 
L
V
 
D
Q
 
A
G
 
G
Q
 
-
N
 
-
R
 
R
F
 
V
D
 
A
D
 
Q
T
 
V
G
 
G
E
 
K
A
 
P
L
 
L

P68187 Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK; EC 7.5.2.1 from Escherichia coli (strain K12) (see 5 papers)
31% identity, 78% coverage: 47:256/269 of query aligns to 12:219/371 of P68187

query
sites
P68187
G
 
A
Y
 
W
G
 
G
D
 
E
L
 
V
Q
 
V
I
 
V
L
 
S
S
 
K
A
 
D
V
 
I
D
 
N
L
 
L
A
 
D
V
 
I
H
 
H
D
 
E
G
 
G
E
 
E
Y
 
F
V
 
V
T
 
V
I
 
F
V
 
V
G
 
G
P
 
P
N
 
S
G
 
G
A
 
C
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
V
 
L
M
 
L
K
 
R
T
 
M
V
 
I
F
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
E
T
 
T
Y
 
I
M
 
T
G
 
S
G
 
G
E
 
D
I
 
L
R
 
F
F
 
I
D
 
G
D
 
E
D
 
K
D
 
R
I
 
M
S
 
N
G
 
D
L
 
T
A
 
P
P
 
P
E
 
A
R
 
-
I
 
-
I
 
-
H
 
E
R
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
 
Q
N
 
S
E
 
Y
N
x
A
V
 
L
F
 
Y
A
 
P
G
 
H
L
 
L
S
 
S
V
 
V
R
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
E
 
S
M
 
F
G
 
G
A
 
L
Y
 
K
I
 
L
L
 
A
-
 
G
-
 
A
-
x
K
D
 
K
S
 
E
V
 
V
P
 
I
Q
 
N
Y
 
Q
R
 
R
L
x
V
D
 
N
W
 
Q
V
|
V
F
 
A
E
|
E
R
 
V
F
 
L
P
 
Q
I
 
-
L
 
L
E
x
A
E
 
H
R
 
L
Q
 
L
T
 
D
Q
 
R
R
 
K
A
 
P
G
 
K
T
 
A
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
|
G
Q
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
M
 
V
L
 
A
D
 
E
P
 
P
D
 
S
L
 
V
L
 
F
M
 
L
L
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
P
S
 
L
A
 
S
G
 
N
L
 
L
A
 
D
P
 
A
D
 
A
L
 
L
V
 
R
D
 
V
E
 
Q
M
 
M
F
 
R
D
 
I
R
 
E
I
 
I
D
 
S
A
 
R
I
 
L
N
 
H
E
 
K
S
 
R
-
 
L
G
 
G
T
 
R
A
 
T
I
 
M
L
 
I
M
 
Y
V
 
V
E
 
T
Q
 
H
N
 
D
A
 
Q
V
 
V
E
 
E
A
 
A
L
 
M
S
 
T
R
 
L
C
 
A
D
 
D
R
 
K
G
 
I
Y
 
V
V
 
V
L
 
L
V
 
D
Q
 
A
G
 
G
Q
 
-
N
 
-
R
 
R
F
 
V
D
 
A
D
 
Q
T
 
V
G
 
G
E
 
K
A
 
P
L
 
L

Sites not aligning to the query:

3puyA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to amp-pnp after crystal soaking of the pretranslocation state (see paper)
31% identity, 78% coverage: 47:256/269 of query aligns to 11:218/371 of 3puyA

query
sites
3puyA
G
 
A
Y
x
W
G
 
G
D
 
E
L
 
V
Q
 
V
I
 
V
L
 
S
S
 
K
A
 
D
V
 
I
D
 
N
L
 
L
A
 
D
V
 
I
H
 
H
D
 
E
G
 
G
E
 
E
Y
 
F
V
 
V
T
 
V
I
 
F
V
 
V
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
V
 
L
M
 
L
K
 
R
T
 
M
V
 
I
F
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
E
T
 
T
Y
 
I
M
 
T
G
 
S
G
 
G
E
 
D
I
 
L
R
 
F
F
 
I
D
 
G
D
 
E
D
 
K
D
 
R
I
 
M
S
 
N
G
 
D
L
 
T
A
 
P
P
 
P
E
 
A
R
 
-
I
 
-
I
 
-
H
 
E
R
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
|
Q
N
 
S
E
 
Y
N
 
A
V
 
L
F
 
Y
A
 
P
G
 
H
L
 
L
S
 
S
V
 
V
R
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
E
 
S
M
 
F
G
 
G
A
 
L
Y
 
K
I
 
L
L
 
A
-
 
G
-
 
A
-
 
K
D
 
K
S
 
E
V
 
V
P
 
I
Q
 
N
Y
 
Q
R
 
R
L
 
V
D
 
N
W
 
Q
V
 
V
F
 
A
E
 
E
R
 
V
F
 
L
P
 
Q
I
 
-
L
 
L
E
 
A
E
 
H
R
 
L
Q
 
L
T
 
D
Q
x
R
R
 
K
A
 
P
G
 
K
T
x
A
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
R
 
R
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
M
 
V
L
 
A
D
 
E
P
 
P
D
 
S
L
 
V
L
 
F
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
S
 
L
A
 
S
G
 
N
L
 
L
A
 
D
P
 
A
D
 
A
L
 
L
V
 
R
D
 
V
E
 
Q
M
 
M
F
 
R
D
 
I
R
 
E
I
 
I
D
 
S
A
 
R
I
 
L
N
 
H
E
 
K
S
 
R
-
 
L
G
 
G
T
 
R
A
 
T
I
 
M
L
 
I
M
 
Y
V
 
V
E
 
T
Q
x
H
N
 
D
A
 
Q
V
 
V
E
 
E
A
 
A
L
 
M
S
 
T
R
 
L
C
 
A
D
 
D
R
 
K
G
 
I
Y
 
V
V
 
V
L
 
L
V
 
D
Q
 
A
G
 
G
Q
 
-
N
 
-
R
 
R
F
 
V
D
 
A
D
 
Q
T
 
V
G
 
G
E
 
K
A
 
P
L
 
L

3puxA Crystal structure of an outward-facing mbp-maltose transporter complex bound to adp-bef3 (see paper)
31% identity, 78% coverage: 47:256/269 of query aligns to 11:218/371 of 3puxA

query
sites
3puxA
G
 
A
Y
x
W
G
 
G
D
 
E
L
 
V
Q
 
V
I
 
V
L
 
S
S
 
K
A
 
D
V
 
I
D
 
N
L
 
L
A
 
D
V
 
I
H
 
H
D
 
E
G
 
G
E
 
E
Y
 
F
V
 
V
T
 
V
I
 
F
V
 
V
G
 
G
P
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
V
 
L
M
 
L
K
 
R
T
 
M
V
 
I
F
 
A
G
 
G
L
 
L
T
 
E
T
 
T
Y
 
I
M
 
T
G
 
S
G
 
G
E
 
D
I
 
L
R
 
F
F
 
I
D
 
G
D
 
E
D
 
K
D
 
R
I
 
M
S
 
N
G
 
D
L
 
T
A
 
P
P
 
P
E
 
A
R
 
-
I
 
-
I
 
-
H
 
E
R
 
R
G
 
G
V
 
V
S
 
G
Y
 
M
V
 
V
P
 
F
Q
|
Q
N
 
S
E
 
Y
N
 
A
V
 
L
F
 
Y
A
 
P
G
 
H
L
 
L
S
 
S
V
 
V
R
 
A
E
 
E
N
 
N
L
 
M
E
 
S
M
 
F
G
 
G
A
 
L
Y
 
K
I
 
L
L
 
A
-
 
G
-
 
A
-
 
K
D
 
K
S
 
E
V
 
V
P
 
I
Q
 
N
Y
 
Q
R
 
R
L
 
V
D
 
N
W
 
Q
V
 
V
F
 
A
E
 
E
R
 
V
F
 
L
P
 
Q
I
 
-
L
 
L
E
 
A
E
 
H
R
 
L
Q
 
L
T
 
D
Q
x
R
R
 
K
A
 
P
G
 
K
T
 
A
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
Q
|
Q
R
 
R
Q
 
Q
M
 
R
L
 
V
A
 
A
M
 
I
G
 
G
R
 
R
A
 
T
L
 
L
M
 
V
L
 
A
D
 
E
P
 
P
D
 
S
L
 
V
L
 
F
M
 
L
L
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
S
 
L
A
 
S
G
 
N
L
 
L
A
 
D
P
 
A
D
 
A
L
 
L
V
 
R
D
 
V
E
 
Q
M
 
M
F
 
R
D
 
I
R
 
E
I
 
I
D
 
S
A
 
R
I
 
L
N
 
H
E
 
K
S
 
R
-
 
L
G
 
G
T
 
R
A
 
T
I
 
M
L
 
I
M
 
Y
V
 
V
E
 
T
Q
x
H
N
 
D
A
 
Q
V
 
V
E
 
E
A
 
A
L
 
M
S
 
T
R
 
L
C
 
A
D
 
D
R
 
K
G
 
I
Y
 
V
V
 
V
L
 
L
V
 
D
Q
 
A
G
 
G
Q
 
-
N
 
-
R
 
R
F
 
V
D
 
A
D
 
Q
T
 
V
G
 
G
E
 
K
A
 
P
L
 
L

Query Sequence

>WP_007693272.1 NCBI__GCF_000336675.1:WP_007693272.1
MSADSTDESGDGDGSPTTDESTAASTTDESSAQFPGDLLAVSALDAGYGDLQILSAVDLA
VHDGEYVTIVGPNGAGKSTVMKTVFGLTTYMGGEIRFDDDDISGLAPERIIHRGVSYVPQ
NENVFAGLSVRENLEMGAYILDSVPQYRLDWVFERFPILEERQTQRAGTLSGGQRQMLAM
GRALMLDPDLLMLDEPSAGLAPDLVDEMFDRIDAINESGTAILMVEQNAVEALSRCDRGY
VLVQGQNRFDDTGEALLGNDEVRQEFLGG

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory