SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_008199087.1 NCBI__GCF_000166275.1:WP_008199087.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 11 hits to proteins with known functional sites (download)

3iudA Cu2+-bound form of pseudomonas stutzeri l-rhamnose isomerase (see paper)
47% identity, 98% coverage: 1:419/426 of query aligns to 1:418/419 of 3iudA

query
sites
3iudA
M
 
F
K
 
R
L
 
I
T
 
A
S
 
Q
D
 
D
K
 
V
I
 
V
Q
 
A
E
 
R
L
 
E
N
 
N
Q
 
D
S
 
R
K
 
R
L
 
A
S
 
S
S
 
A
H
 
L
Q
 
K
E
 
E
E
 
D
L
 
Y
N
 
E
F
 
A
L
 
L
S
 
G
N
 
A
R
 
N
L
 
L
S
 
A
K
 
R
E
 
R
G
 
G
H
 
V
D
 
D
V
 
I
E
 
E
S
 
A
L
 
V
I
 
T
Q
 
A
K
 
K
I
 
V
K
 
E
D
 
K
F
 
F
Q
 
F
I
 
V
A
 
A
V
 
V
P
 
P
S
 
S
W
 
W
A
 
G
L
 
V
G
 
G
A
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
R
 
R
F
 
F
G
 
A
R
 
R
F
 
F
G
 
P
I
 
G
G
 
T
G
 
G
E
 
E
P
 
P
R
 
R
T
 
G
L
 
I
E
 
F
E
 
D
K
 
K
L
 
L
E
 
D
D
 
D
I
 
C
G
 
A
L
 
V
L
 
I
K
 
Q
A
 
Q
L
 
L
T
 
T
Q
 
R
K
 
A
T
 
T
D
 
P
S
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
H
 
H
I
 
I
P
 
P
W
 
W
D
 
D
I
 
-
P
 
K
S
 
A
D
 
D
V
 
P
S
 
K
G
 
E
V
 
L
K
 
K
E
 
A
L
 
R
A
 
G
T
 
D
D
 
A
L
 
L
G
 
G
I
 
L
G
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
M
 
M
N
 
N
S
 
S
N
 
N
T
 
T
F
 
F
Q
 
S
D
 
D
Y
 
A
-
 
P
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
E
 
H
T
 
S
Y
 
Y
K
 
K
L
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
G
 
S
N
 
H
A
 
T
K
 
N
K
 
A
S
 
A
I
 
T
R
 
R
D
 
A
Q
 
Q
A
 
A
V
 
V
A
 
E
H
 
H
N
 
N
I
 
L
E
 
E
V
 
C
I
 
I
E
 
E
I
 
I
G
 
G
E
 
K
K
 
A
L
 
I
G
 
G
S
 
S
K
 
K
G
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
V
W
 
W
L
 
I
A
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
N
 
N
F
 
F
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
S
 
S
S
 
N
L
 
F
R
 
T
N
 
R
S
 
A
L
 
F
Q
 
E
W
 
R
T
 
Y
Q
 
L
E
 
S
S
 
A
L
 
M
Q
 
A
A
 
E
I
 
I
Y
 
Y
G
 
K
K
 
G
M
 
L
P
 
P
G
 
D
D
 
D
W
 
W
K
 
K
M
 
L
L
 
F
L
 
S
E
|
E
Y
 
H
K
 
K
P
 
M
Y
 
Y
E
 
E
P
 
P
N
 
A
F
 
F
Y
 
Y
H
 
S
T
 
T
I
 
V
I
 
V
P
 
Q
D
 
D
W
 
W
G
 
G
T
 
T
S
 
N
S
 
Y
L
 
L
L
 
I
C
 
A
K
 
Q
S
 
T
V
 
L
G
 
G
D
 
P
R
 
K
A
 
A
K
 
Q
V
 
C
L
 
L
V
 
V
D
|
D
L
 
L
G
 
G
H
|
H
H
 
H
L
 
A
P
 
P
N
 
N
T
 
T
N
 
N
I
 
I
E
 
E
Q
 
M
I
 
I
V
 
V
A
 
A
T
 
R
L
 
L
M
 
I
Y
 
Q
Q
 
F
D
 
G
M
 
K
L
 
L
A
 
G
G
 
G
F
 
F
H
|
H
F
 
F
N
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
D
|
D
D
 
D
D
 
D
L
 
L
T
 
D
T
 
A
G
 
G
S
 
A
I
 
I
K
 
E
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
R
L
 
L
F
 
F
L
 
L
I
 
V
F
 
F
C
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
V
S
 
D
G
 
A
A
 
E
E
 
A
D
 
R
G
 
G
A
 
V
Q
 
K
A
 
G
W
 
F
E
 
H
S
 
P
I
 
-
S
 
A
W
 
H
M
 
M
I
 
I
D
|
D
A
 
Q
S
 
S
H
 
H
N
 
N
T
 
V
K
 
T
D
 
D
P
 
P
I
 
I
E
 
E
D
 
S
L
 
L
M
 
I
Q
 
N
A
 
S
L
 
A
E
 
N
M
 
E
I
 
I
G
 
R
V
 
R
C
 
A
F
 
Y
T
 
A
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
V
 
V
D
 
D
R
 
R
K
 
A
K
 
A
L
 
L
S
 
S
A
 
G
C
 
Y
Q
 
Q
I
 
E
E
 
D
G
 
N
D
 
D
V
 
A
V
 
L
G
 
M
A
 
A
Q
 
T
E
 
E
C
 
T
L
 
L
Q
 
K
A
 
R
A
 
A
F
 
Y
Q
 
R
C
 
T
D
 
D
V
 
V
R
 
E
P
 
P
L
 
I
V
 
L
K
 
A
E
 
E
A
 
A
R
 
R
I
 
R
Q
 
R
N
 
T
G
 
G
G
 
G
A
 
A
C
 
V
D
 
D
P
 
P
I
 
V
S
 
A
V
 
T
Y
 
Y
R
 
R
E
 
A
L
 
S
E
 
G
I
 
Y
R
 
R
K
 
A
K
 
R
L
 
V
I
 
A
N
 
A
T
 
E
R
 
R
G
 
P
A
 
A

2i57A Crystal structure of l-rhamnose isomerase from pseudomonas stutzeri in complex with d-allose (see paper)
47% identity, 98% coverage: 1:419/426 of query aligns to 1:418/419 of 2i57A

query
sites
2i57A
M
 
F
K
 
R
L
 
I
T
 
A
S
 
Q
D
 
D
K
 
V
I
 
V
Q
 
A
E
 
R
L
 
E
N
 
N
Q
 
D
S
 
R
K
 
R
L
 
A
S
 
S
S
 
A
H
 
L
Q
 
K
E
 
E
E
 
D
L
 
Y
N
 
E
F
 
A
L
 
L
S
 
G
N
 
A
R
 
N
L
 
L
S
 
A
K
 
R
E
 
R
G
 
G
H
 
V
D
 
D
V
 
I
E
 
E
S
 
A
L
 
V
I
 
T
Q
 
A
K
 
K
I
 
V
K
 
E
D
 
K
F
 
F
Q
 
F
I
 
V
A
 
A
V
 
V
P
 
P
S
 
S
W
|
W
A
 
G
L
 
V
G
 
G
A
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
R
 
R
F
 
F
G
 
A
R
 
R
F
 
F
G
 
P
I
 
G
G
 
T
G
 
G
E
 
E
P
 
P
R
 
R
T
 
G
L
 
I
E
 
F
E
 
D
K
 
K
L
 
L
E
 
D
D
 
D
I
 
C
G
 
A
L
 
V
L
 
I
K
 
Q
A
 
Q
L
 
L
T
 
T
Q
 
R
K
 
A
T
 
T
D
 
P
S
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
H
 
H
I
 
I
P
 
P
W
 
W
D
 
D
I
 
-
P
 
K
S
 
A
D
 
D
V
 
P
S
 
K
G
 
E
V
 
L
K
 
K
E
 
A
L
 
R
A
 
G
T
 
D
D
 
A
L
 
L
G
 
G
I
 
L
G
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
M
 
M
N
 
N
S
 
S
N
 
N
T
 
T
F
 
F
Q
 
S
D
 
D
Y
 
A
-
 
P
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
E
 
H
T
 
S
Y
 
Y
K
 
K
L
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
G
 
S
N
 
H
A
 
T
K
 
N
K
 
A
S
 
A
I
 
T
R
 
R
D
 
A
Q
 
Q
A
 
A
V
 
V
A
 
E
H
 
H
N
 
N
I
 
L
E
 
E
V
 
C
I
 
I
E
 
E
I
 
I
G
 
G
E
 
K
K
 
A
L
 
I
G
 
G
S
 
S
K
 
K
G
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
V
W
|
W
L
 
I
A
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
N
 
N
F
 
F
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
S
 
S
S
 
N
L
 
F
R
 
T
N
 
R
S
 
A
L
 
F
Q
 
E
W
 
R
T
 
Y
Q
 
L
E
 
S
S
 
A
L
 
M
Q
 
A
A
 
E
I
 
I
Y
 
Y
G
 
K
K
 
G
M
 
L
P
 
P
G
 
D
D
 
D
W
 
W
K
 
K
M
 
L
L
 
F
L
 
S
E
|
E
Y
 
H
K
|
K
P
 
M
Y
 
Y
E
 
E
P
 
P
N
 
A
F
 
F
Y
 
Y
H
 
S
T
 
T
I
 
V
I
 
V
P
 
Q
D
 
D
W
 
W
G
 
G
T
 
T
S
 
N
S
 
Y
L
 
L
L
 
I
C
 
A
K
 
Q
S
 
T
V
 
L
G
 
G
D
 
P
R
 
K
A
 
A
K
 
Q
V
 
C
L
 
L
V
 
V
D
|
D
L
 
L
G
 
G
H
|
H
H
 
H
L
 
A
P
 
P
N
 
N
T
 
T
N
 
N
I
 
I
E
 
E
Q
 
M
I
 
I
V
 
V
A
 
A
T
 
R
L
 
L
M
 
I
Y
 
Q
Q
 
F
D
 
G
M
 
K
L
 
L
A
 
G
G
 
G
F
 
F
H
|
H
F
 
F
N
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
D
|
D
D
 
D
D
 
D
L
 
L
T
 
D
T
 
A
G
 
G
S
 
A
I
 
I
K
 
E
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
R
L
 
L
F
 
F
L
 
L
I
 
V
F
 
F
C
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
V
S
 
D
G
 
A
A
 
E
E
 
A
D
 
R
G
 
G
A
 
V
Q
 
K
A
 
G
W
 
F
E
 
H
S
 
P
I
 
-
S
 
A
W
 
H
M
 
M
I
 
I
D
|
D
A
 
Q
S
 
S
H
 
H
N
 
N
T
 
V
K
 
T
D
 
D
P
 
P
I
 
I
E
 
E
D
 
S
L
 
L
M
 
I
Q
 
N
A
 
S
L
 
A
E
 
N
M
 
E
I
 
I
G
 
R
V
 
R
C
 
A
F
 
Y
T
 
A
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
V
 
V
D
 
D
R
 
R
K
 
A
K
 
A
L
 
L
S
 
S
A
 
G
C
 
Y
Q
 
Q
I
 
E
E
 
D
G
 
N
D
 
D
V
 
A
V
 
L
G
 
M
A
 
A
Q
 
T
E
 
E
C
 
T
L
 
L
Q
 
K
A
 
R
A
 
A
F
 
Y
Q
 
R
C
 
T
D
 
D
V
 
V
R
 
E
P
 
P
L
 
I
V
 
L
K
 
A
E
 
E
A
 
A
R
 
R
I
 
R
Q
 
R
N
 
T
G
 
G
G
 
G
A
 
A
C
 
V
D
 
D
P
 
P
I
 
V
S
 
A
V
 
T
Y
 
Y
R
 
R
E
 
A
L
 
S
E
 
G
I
 
Y
R
 
R
K
 
A
K
 
R
L
 
V
I
 
A
N
 
A
T
 
E
R
 
R
G
 
P
A
 
A

2hcvA Crystal structure of l-rhamnose isomerase from pseudomonas stutzeri with metal ion (see paper)
47% identity, 98% coverage: 1:419/426 of query aligns to 1:418/421 of 2hcvA

query
sites
2hcvA
M
 
F
K
 
R
L
 
I
T
 
A
S
 
Q
D
 
D
K
 
V
I
 
V
Q
 
A
E
 
R
L
 
E
N
 
N
Q
 
D
S
 
R
K
 
R
L
 
A
S
 
S
S
 
A
H
 
L
Q
 
K
E
 
E
E
 
D
L
 
Y
N
 
E
F
 
A
L
 
L
S
 
G
N
 
A
R
 
N
L
 
L
S
 
A
K
 
R
E
 
R
G
 
G
H
 
V
D
 
D
V
 
I
E
 
E
S
 
A
L
 
V
I
 
T
Q
 
A
K
 
K
I
 
V
K
 
E
D
 
K
F
 
F
Q
 
F
I
 
V
A
 
A
V
 
V
P
 
P
S
 
S
W
 
W
A
 
G
L
 
V
G
 
G
A
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
R
 
R
F
 
F
G
 
A
R
 
R
F
 
F
G
 
P
I
 
G
G
 
T
G
 
G
E
 
E
P
 
P
R
 
R
T
 
G
L
 
I
E
 
F
E
 
D
K
 
K
L
 
L
E
 
D
D
 
D
I
 
C
G
 
A
L
 
V
L
 
I
K
 
Q
A
 
Q
L
 
L
T
 
T
Q
 
R
K
 
A
T
 
T
D
 
P
S
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
H
 
H
I
 
I
P
 
P
W
 
W
D
 
D
I
 
-
P
 
K
S
 
A
D
 
D
V
 
P
S
 
K
G
 
E
V
 
L
K
 
K
E
 
A
L
 
R
A
 
G
T
 
D
D
 
A
L
 
L
G
 
G
I
 
L
G
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
M
 
M
N
 
N
S
 
S
N
 
N
T
 
T
F
 
F
Q
 
S
D
 
D
Y
 
A
-
 
P
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
E
 
H
T
 
S
Y
 
Y
K
 
K
L
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
G
 
S
N
 
H
A
 
T
K
 
N
K
 
A
S
 
A
I
 
T
R
 
R
D
 
A
Q
 
Q
A
 
A
V
 
V
A
 
E
H
 
H
N
 
N
I
 
L
E
 
E
V
 
C
I
 
I
E
 
E
I
 
I
G
 
G
E
 
K
K
 
A
L
 
I
G
 
G
S
 
S
K
 
K
G
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
V
W
 
W
L
 
I
A
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
N
 
N
F
 
F
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
S
 
S
S
 
N
L
 
F
R
 
T
N
 
R
S
 
A
L
 
F
Q
 
E
W
 
R
T
 
Y
Q
 
L
E
 
S
S
 
A
L
 
M
Q
 
A
A
 
E
I
 
I
Y
 
Y
G
 
K
K
 
G
M
 
L
P
 
P
G
 
D
D
 
D
W
 
W
K
 
K
M
 
L
L
 
F
L
 
S
E
|
E
Y
 
H
K
 
K
P
 
M
Y
 
Y
E
 
E
P
 
P
N
 
A
F
 
F
Y
 
Y
H
 
S
T
 
T
I
 
V
I
 
V
P
 
Q
D
 
D
W
 
W
G
 
G
T
 
T
S
 
N
S
 
Y
L
 
L
L
 
I
C
 
A
K
 
Q
S
 
T
V
 
L
G
 
G
D
 
P
R
 
K
A
 
A
K
 
Q
V
 
C
L
 
L
V
 
V
D
|
D
L
 
L
G
 
G
H
|
H
H
 
H
L
 
A
P
 
P
N
 
N
T
 
T
N
 
N
I
 
I
E
 
E
Q
 
M
I
 
I
V
 
V
A
 
A
T
 
R
L
 
L
M
 
I
Y
 
Q
Q
 
F
D
 
G
M
 
K
L
 
L
A
 
G
G
 
G
F
 
F
H
|
H
F
 
F
N
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
D
|
D
D
 
D
D
 
D
L
 
L
T
 
D
T
 
A
G
 
G
S
 
A
I
 
I
K
 
E
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
R
L
 
L
F
 
F
L
 
L
I
 
V
F
 
F
C
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
V
S
 
D
G
 
A
A
 
E
E
 
A
D
 
R
G
 
G
A
 
V
Q
 
K
A
 
G
W
 
F
E
 
H
S
 
P
I
 
-
S
 
A
W
 
H
M
 
M
I
 
I
D
|
D
A
 
Q
S
 
S
H
 
H
N
 
N
T
 
V
K
 
T
D
 
D
P
 
P
I
 
I
E
 
E
D
 
S
L
 
L
M
 
I
Q
 
N
A
 
S
L
 
A
E
 
N
M
 
E
I
 
I
G
 
R
V
 
R
C
 
A
F
 
Y
T
 
A
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
V
 
V
D
 
D
R
 
R
K
 
A
K
 
A
L
 
L
S
 
S
A
 
G
C
 
Y
Q
 
Q
I
 
E
E
 
D
G
 
N
D
 
D
V
 
A
V
 
L
G
 
M
A
 
A
Q
 
T
E
 
E
C
 
T
L
 
L
Q
 
K
A
 
R
A
 
A
F
 
Y
Q
 
R
C
 
T
D
 
D
V
 
V
R
 
E
P
 
P
L
 
I
V
 
L
K
 
A
E
 
E
A
 
A
R
 
R
I
 
R
Q
 
R
N
 
T
G
 
G
G
 
G
A
 
A
C
 
V
D
 
D
P
 
P
I
 
V
S
 
A
V
 
T
Y
 
Y
R
 
R
E
 
A
L
 
S
E
 
G
I
 
Y
R
 
R
K
 
A
K
 
R
L
 
V
I
 
A
N
 
A
T
 
E
R
 
R
G
 
P
A
 
A

3iuhA Co2+-bound form of pseudomonas stutzeri l-rhamnose isomerase (see paper)
47% identity, 98% coverage: 1:417/426 of query aligns to 1:416/417 of 3iuhA

query
sites
3iuhA
M
 
F
K
 
R
L
 
I
T
 
A
S
 
Q
D
 
D
K
 
V
I
 
V
Q
 
A
E
 
R
L
 
E
N
 
N
Q
 
D
S
 
R
K
 
R
L
 
A
S
 
S
S
 
A
H
 
L
Q
 
K
E
 
E
E
 
D
L
 
Y
N
 
E
F
 
A
L
 
L
S
 
G
N
 
A
R
 
N
L
 
L
S
 
A
K
 
R
E
 
R
G
 
G
H
 
V
D
 
D
V
 
I
E
 
E
S
 
A
L
 
V
I
 
T
Q
 
A
K
 
K
I
 
V
K
 
E
D
 
K
F
 
F
Q
 
F
I
 
V
A
 
A
V
 
V
P
 
P
S
 
S
W
 
W
A
 
G
L
 
V
G
 
G
A
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
R
 
R
F
 
F
G
 
A
R
 
R
F
 
F
G
 
P
I
 
G
G
 
T
G
 
G
E
 
E
P
 
P
R
 
R
T
 
G
L
 
I
E
 
F
E
 
D
K
 
K
L
 
L
E
 
D
D
 
D
I
 
C
G
 
A
L
 
V
L
 
I
K
 
Q
A
 
Q
L
 
L
T
 
T
Q
 
R
K
 
A
T
 
T
D
 
P
S
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
H
 
H
I
 
I
P
 
P
W
 
W
D
 
D
I
 
-
P
 
K
S
 
A
D
 
D
V
 
P
S
 
K
G
 
E
V
 
L
K
 
K
E
 
A
L
 
R
A
 
G
T
 
D
D
 
A
L
 
L
G
 
G
I
 
L
G
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
M
 
M
N
 
N
S
 
S
N
 
N
T
 
T
F
 
F
Q
 
S
D
 
D
Y
 
A
-
 
P
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
E
 
H
T
 
S
Y
 
Y
K
 
K
L
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
G
 
S
N
 
H
A
 
T
K
 
N
K
 
A
S
 
A
I
 
T
R
 
R
D
 
A
Q
 
Q
A
 
A
V
 
V
A
 
E
H
 
H
N
 
N
I
 
L
E
 
E
V
 
C
I
 
I
E
 
E
I
 
I
G
 
G
E
 
K
K
 
A
L
 
I
G
 
G
S
 
S
K
 
K
G
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
V
W
 
W
L
 
I
A
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
N
 
N
F
 
F
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
S
 
S
S
 
N
L
 
F
R
 
T
N
 
R
S
 
A
L
 
F
Q
 
E
W
 
R
T
 
Y
Q
 
L
E
 
S
S
 
A
L
 
M
Q
 
A
A
 
E
I
 
I
Y
 
Y
G
 
K
K
 
G
M
 
L
P
 
P
G
 
D
D
 
D
W
 
W
K
 
K
M
 
L
L
 
F
L
 
S
E
|
E
Y
 
H
K
 
K
P
 
M
Y
 
Y
E
 
E
P
 
P
N
 
A
F
 
F
Y
 
Y
H
 
S
T
 
T
I
 
V
I
 
V
P
 
Q
D
 
D
W
 
W
G
 
G
T
 
T
S
 
N
S
 
Y
L
 
L
L
 
I
C
 
A
K
 
Q
S
 
T
V
 
L
G
 
G
D
 
P
R
 
K
A
 
A
K
 
Q
V
 
C
L
 
L
V
 
V
D
|
D
L
 
L
G
 
G
H
|
H
H
 
H
L
 
A
P
 
P
N
 
N
T
 
T
N
 
N
I
 
I
E
 
E
Q
 
M
I
 
I
V
 
V
A
 
A
T
 
R
L
 
L
M
 
I
Y
 
Q
Q
 
F
D
 
G
M
 
K
L
 
L
A
 
G
G
 
G
F
 
F
H
|
H
F
 
F
N
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
D
|
D
D
 
D
D
|
D
L
 
L
T
 
D
T
 
A
G
 
G
S
 
A
I
 
I
K
 
E
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
R
L
 
L
F
 
F
L
 
L
I
 
V
F
 
F
C
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
V
S
 
D
G
 
A
A
 
E
E
 
A
D
 
R
G
 
G
A
 
V
Q
 
K
A
 
G
W
 
F
E
 
H
S
 
P
I
 
-
S
 
A
W
 
H
M
 
M
I
 
I
D
|
D
A
 
Q
S
 
S
H
 
H
N
 
N
T
 
V
K
 
T
D
 
D
P
 
P
I
 
I
E
 
E
D
 
S
L
 
L
M
 
I
Q
 
N
A
 
S
L
 
A
E
 
N
M
 
E
I
 
I
G
 
R
V
 
R
C
 
A
F
 
Y
T
 
A
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
V
 
V
D
 
D
R
 
R
K
 
A
K
 
A
L
 
L
S
 
S
A
 
G
C
 
Y
Q
 
Q
I
 
E
E
 
D
G
 
N
D
 
D
V
 
A
V
 
L
G
 
M
A
 
A
Q
 
T
E
 
E
C
 
T
L
 
L
Q
 
K
A
 
R
A
 
A
F
 
Y
Q
 
R
C
 
T
D
 
D
V
 
V
R
 
E
P
 
P
L
 
I
V
 
L
K
 
A
E
 
E
A
 
A
R
 
R
I
 
R
Q
 
R
N
 
T
G
 
G
G
 
G
A
 
A
C
 
V
D
 
D
P
 
P
I
 
V
S
 
A
V
 
T
Y
 
Y
R
 
R
E
 
A
L
 
S
E
 
G
I
 
Y
R
 
R
K
 
A
K
 
R
L
 
V
I
 
A
N
 
A
T
 
E
R
 
R

3itoA Crystal structure of pseudomonas stutzeri l-rhamnose isomerase mutant d327n in complex with d-psicose (see paper)
47% identity, 98% coverage: 1:419/426 of query aligns to 1:418/421 of 3itoA

query
sites
3itoA
M
 
F
K
 
R
L
 
I
T
 
A
S
 
Q
D
 
D
K
 
V
I
 
V
Q
 
A
E
 
R
L
 
E
N
 
N
Q
 
D
S
 
R
K
 
R
L
 
A
S
 
S
S
 
A
H
 
L
Q
 
K
E
 
E
E
 
D
L
 
Y
N
 
E
F
 
A
L
 
L
S
 
G
N
 
A
R
 
N
L
 
L
S
 
A
K
 
R
E
 
R
G
 
G
H
 
V
D
 
D
V
 
I
E
 
E
S
 
A
L
 
V
I
 
T
Q
 
A
K
 
K
I
 
V
K
 
E
D
 
K
F
 
F
Q
 
F
I
 
V
A
 
A
V
 
V
P
 
P
S
 
S
W
|
W
A
 
G
L
 
V
G
 
G
A
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
R
 
R
F
 
F
G
 
A
R
 
R
F
 
F
G
 
P
I
 
G
G
 
T
G
 
G
E
 
E
P
 
P
R
 
R
T
 
G
L
 
I
E
 
F
E
 
D
K
 
K
L
 
L
E
 
D
D
 
D
I
 
C
G
 
A
L
 
V
L
 
I
K
 
Q
A
 
Q
L
 
L
T
 
T
Q
 
R
K
 
A
T
 
T
D
 
P
S
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
H
 
H
I
 
I
P
 
P
W
 
W
D
 
D
I
 
-
P
 
K
S
 
A
D
 
D
V
 
P
S
 
K
G
 
E
V
 
L
K
 
K
E
 
A
L
 
R
A
 
G
T
 
D
D
 
A
L
 
L
G
 
G
I
 
L
G
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
M
 
M
N
 
N
S
 
S
N
 
N
T
 
T
F
 
F
Q
 
S
D
 
D
Y
 
A
-
 
P
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
E
 
H
T
 
S
Y
 
Y
K
 
K
L
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
G
 
S
N
 
H
A
 
T
K
 
N
K
 
A
S
 
A
I
 
T
R
 
R
D
 
A
Q
 
Q
A
 
A
V
 
V
A
 
E
H
 
H
N
 
N
I
 
L
E
 
E
V
 
C
I
 
I
E
 
E
I
 
I
G
 
G
E
 
K
K
 
A
L
 
I
G
 
G
S
 
S
K
 
K
G
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
V
W
|
W
L
 
I
A
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
N
 
N
F
 
F
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
S
 
S
S
 
N
L
 
F
R
 
T
N
 
R
S
 
A
L
 
F
Q
 
E
W
 
R
T
 
Y
Q
 
L
E
 
S
S
 
A
L
 
M
Q
 
A
A
 
E
I
 
I
Y
 
Y
G
 
K
K
 
G
M
 
L
P
 
P
G
 
D
D
 
D
W
 
W
K
 
K
M
 
L
L
 
F
L
 
S
E
|
E
Y
 
H
K
|
K
P
 
M
Y
 
Y
E
 
E
P
 
P
N
 
A
F
 
F
Y
 
Y
H
 
S
T
 
T
I
 
V
I
 
V
P
 
Q
D
 
D
W
 
W
G
 
G
T
 
T
S
 
N
S
 
Y
L
 
L
L
 
I
C
 
A
K
 
Q
S
 
T
V
 
L
G
 
G
D
 
P
R
 
K
A
 
A
K
 
Q
V
 
C
L
 
L
V
 
V
D
|
D
L
 
L
G
 
G
H
|
H
H
 
H
L
 
A
P
 
P
N
 
N
T
 
T
N
 
N
I
 
I
E
 
E
Q
 
M
I
 
I
V
 
V
A
 
A
T
 
R
L
 
L
M
 
I
Y
 
Q
Q
 
F
D
 
G
M
 
K
L
 
L
A
 
G
G
 
G
F
 
F
H
|
H
F
 
F
N
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
D
|
D
D
 
D
D
 
D
L
 
L
T
 
D
T
 
A
G
 
G
S
 
A
I
 
I
K
 
E
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
R
L
 
L
F
 
F
L
 
L
I
 
V
F
 
F
C
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
V
S
 
D
G
 
A
A
 
E
E
 
A
D
 
R
G
 
G
A
 
V
Q
 
K
A
 
G
W
 
F
E
 
H
S
 
P
I
 
-
S
 
A
W
 
H
M
 
M
I
 
I
D
x
N
A
 
Q
S
 
S
H
 
H
N
 
N
T
 
V
K
 
T
D
 
D
P
 
P
I
 
I
E
 
E
D
 
S
L
 
L
M
 
I
Q
 
N
A
 
S
L
 
A
E
 
N
M
 
E
I
 
I
G
 
R
V
 
R
C
 
A
F
 
Y
T
 
A
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
V
 
V
D
 
D
R
 
R
K
 
A
K
 
A
L
 
L
S
 
S
A
 
G
C
 
Y
Q
 
Q
I
 
E
E
 
D
G
 
N
D
 
D
V
 
A
V
 
L
G
 
M
A
 
A
Q
 
T
E
 
E
C
 
T
L
 
L
Q
 
K
A
 
R
A
 
A
F
 
Y
Q
 
R
C
 
T
D
 
D
V
 
V
R
 
E
P
 
P
L
 
I
V
 
L
K
 
A
E
 
E
A
 
A
R
 
R
I
 
R
Q
 
R
N
 
T
G
 
G
G
 
G
A
 
A
C
 
V
D
 
D
P
 
P
I
 
V
S
 
A
V
 
T
Y
 
Y
R
 
R
E
 
A
L
 
S
E
 
G
I
 
Y
R
 
R
K
 
A
K
 
R
L
 
V
I
 
A
N
 
A
T
 
E
R
 
R
G
 
P
A
 
A

3itlA Crystal structure of pseudomonas stutzeri l-rhamnose isomerase mutant d327n in complex with l-rhamnulose (see paper)
47% identity, 98% coverage: 1:419/426 of query aligns to 1:418/421 of 3itlA

query
sites
3itlA
M
 
F
K
 
R
L
 
I
T
 
A
S
 
Q
D
 
D
K
 
V
I
 
V
Q
 
A
E
 
R
L
 
E
N
 
N
Q
 
D
S
 
R
K
 
R
L
 
A
S
 
S
S
 
A
H
 
L
Q
 
K
E
 
E
E
 
D
L
 
Y
N
 
E
F
 
A
L
 
L
S
 
G
N
 
A
R
 
N
L
 
L
S
 
A
K
 
R
E
 
R
G
 
G
H
 
V
D
 
D
V
 
I
E
 
E
S
 
A
L
 
V
I
 
T
Q
 
A
K
 
K
I
 
V
K
 
E
D
 
K
F
 
F
Q
 
F
I
 
V
A
 
A
V
 
V
P
 
P
S
 
S
W
 
W
A
 
G
L
 
V
G
 
G
A
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
R
 
R
F
 
F
G
 
A
R
 
R
F
 
F
G
 
P
I
 
G
G
 
T
G
 
G
E
 
E
P
 
P
R
 
R
T
 
G
L
 
I
E
 
F
E
 
D
K
 
K
L
 
L
E
 
D
D
 
D
I
 
C
G
 
A
L
 
V
L
 
I
K
 
Q
A
 
Q
L
 
L
T
 
T
Q
 
R
K
 
A
T
 
T
D
 
P
S
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
H
 
H
I
 
I
P
 
P
W
 
W
D
 
D
I
 
-
P
 
K
S
 
A
D
 
D
V
 
P
S
 
K
G
 
E
V
 
L
K
 
K
E
 
A
L
 
R
A
 
G
T
 
D
D
 
A
L
 
L
G
 
G
I
 
L
G
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
M
 
M
N
 
N
S
 
S
N
 
N
T
 
T
F
 
F
Q
 
S
D
 
D
Y
 
A
-
 
P
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
E
 
H
T
 
S
Y
 
Y
K
 
K
L
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
G
 
S
N
 
H
A
 
T
K
 
N
K
 
A
S
 
A
I
 
T
R
 
R
D
 
A
Q
 
Q
A
 
A
V
 
V
A
 
E
H
 
H
N
 
N
I
 
L
E
 
E
V
 
C
I
 
I
E
 
E
I
 
I
G
 
G
E
 
K
K
 
A
L
 
I
G
 
G
S
 
S
K
 
K
G
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
V
W
|
W
L
 
I
A
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
N
 
N
F
 
F
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
S
 
S
S
 
N
L
 
F
R
 
T
N
 
R
S
 
A
L
 
F
Q
 
E
W
 
R
T
 
Y
Q
 
L
E
 
S
S
 
A
L
 
M
Q
 
A
A
 
E
I
 
I
Y
 
Y
G
 
K
K
 
G
M
 
L
P
 
P
G
 
D
D
 
D
W
 
W
K
 
K
M
 
L
L
 
F
L
 
S
E
|
E
Y
 
H
K
|
K
P
 
M
Y
 
Y
E
 
E
P
 
P
N
 
A
F
 
F
Y
 
Y
H
 
S
T
 
T
I
 
V
I
 
V
P
 
Q
D
 
D
W
 
W
G
 
G
T
 
T
S
 
N
S
 
Y
L
 
L
L
 
I
C
 
A
K
 
Q
S
 
T
V
 
L
G
 
G
D
 
P
R
 
K
A
 
A
K
 
Q
V
 
C
L
 
L
V
 
V
D
|
D
L
 
L
G
 
G
H
|
H
H
 
H
L
 
A
P
 
P
N
 
N
T
 
T
N
 
N
I
 
I
E
 
E
Q
 
M
I
 
I
V
 
V
A
 
A
T
 
R
L
 
L
M
 
I
Y
 
Q
Q
 
F
D
 
G
M
 
K
L
 
L
A
 
G
G
 
G
F
 
F
H
|
H
F
 
F
N
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
D
|
D
D
 
D
D
 
D
L
 
L
T
 
D
T
 
A
G
 
G
S
 
A
I
 
I
K
 
E
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
R
L
 
L
F
 
F
L
 
L
I
 
V
F
 
F
C
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
V
S
 
D
G
 
A
A
 
E
E
 
A
D
 
R
G
 
G
A
 
V
Q
 
K
A
 
G
W
 
F
E
 
H
S
 
P
I
 
-
S
 
A
W
 
H
M
 
M
I
 
I
D
x
N
A
 
Q
S
 
S
H
 
H
N
 
N
T
 
V
K
 
T
D
 
D
P
 
P
I
 
I
E
 
E
D
 
S
L
 
L
M
 
I
Q
 
N
A
 
S
L
 
A
E
 
N
M
 
E
I
 
I
G
 
R
V
 
R
C
 
A
F
 
Y
T
 
A
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
V
 
V
D
 
D
R
 
R
K
 
A
K
 
A
L
 
L
S
 
S
A
 
G
C
 
Y
Q
 
Q
I
 
E
E
 
D
G
 
N
D
 
D
V
 
A
V
 
L
G
 
M
A
 
A
Q
 
T
E
 
E
C
 
T
L
 
L
Q
 
K
A
 
R
A
 
A
F
 
Y
Q
 
R
C
 
T
D
 
D
V
 
V
R
 
E
P
 
P
L
 
I
V
 
L
K
 
A
E
 
E
A
 
A
R
 
R
I
 
R
Q
 
R
N
 
T
G
 
G
G
 
G
A
 
A
C
 
V
D
 
D
P
 
P
I
 
V
S
 
A
V
 
T
Y
 
Y
R
 
R
E
 
A
L
 
S
E
 
G
I
 
Y
R
 
R
K
 
A
K
 
R
L
 
V
I
 
A
N
 
A
T
 
E
R
 
R
G
 
P
A
 
A

3itvA Crystal structure of pseudomonas stutzeri l-rhamnose isomerase mutant s329k in complex with d-psicose (see paper)
47% identity, 98% coverage: 1:419/426 of query aligns to 1:418/421 of 3itvA

query
sites
3itvA
M
 
F
K
 
R
L
 
I
T
 
A
S
 
Q
D
 
D
K
 
V
I
 
V
Q
 
A
E
 
R
L
 
E
N
 
N
Q
 
D
S
 
R
K
 
R
L
 
A
S
 
S
S
 
A
H
 
L
Q
 
K
E
 
E
E
 
D
L
 
Y
N
 
E
F
 
A
L
 
L
S
 
G
N
 
A
R
 
N
L
 
L
S
 
A
K
 
R
E
 
R
G
 
G
H
 
V
D
 
D
V
 
I
E
 
E
S
 
A
L
 
V
I
 
T
Q
 
A
K
 
K
I
 
V
K
 
E
D
 
K
F
 
F
Q
 
F
I
 
V
A
 
A
V
 
V
P
 
P
S
 
S
W
|
W
A
 
G
L
 
V
G
 
G
A
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
R
 
R
F
 
F
G
 
A
R
 
R
F
 
F
G
 
P
I
 
G
G
 
T
G
 
G
E
 
E
P
 
P
R
 
R
T
 
G
L
 
I
E
 
F
E
 
D
K
 
K
L
 
L
E
 
D
D
 
D
I
 
C
G
 
A
L
 
V
L
 
I
K
 
Q
A
 
Q
L
 
L
T
 
T
Q
 
R
K
 
A
T
 
T
D
 
P
S
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
H
 
H
I
 
I
P
 
P
W
 
W
D
 
D
I
 
-
P
 
K
S
 
A
D
 
D
V
 
P
S
 
K
G
 
E
V
 
L
K
 
K
E
 
A
L
 
R
A
 
G
T
 
D
D
 
A
L
 
L
G
 
G
I
 
L
G
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
M
 
M
N
 
N
S
 
S
N
 
N
T
 
T
F
 
F
Q
 
S
D
 
D
Y
 
A
-
 
P
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
E
 
H
T
 
S
Y
 
Y
K
 
K
L
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
G
 
S
N
 
H
A
 
T
K
 
N
K
 
A
S
 
A
I
 
T
R
 
R
D
 
A
Q
 
Q
A
 
A
V
 
V
A
 
E
H
 
H
N
 
N
I
 
L
E
 
E
V
 
C
I
 
I
E
 
E
I
 
I
G
 
G
E
 
K
K
 
A
L
 
I
G
 
G
S
 
S
K
 
K
G
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
V
W
|
W
L
 
I
A
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
N
 
N
F
 
F
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
S
 
S
S
 
N
L
 
F
R
 
T
N
 
R
S
 
A
L
 
F
Q
 
E
W
 
R
T
 
Y
Q
 
L
E
 
S
S
 
A
L
 
M
Q
 
A
A
 
E
I
 
I
Y
 
Y
G
 
K
K
 
G
M
 
L
P
 
P
G
 
D
D
 
D
W
 
W
K
 
K
M
 
L
L
 
F
L
 
S
E
|
E
Y
 
H
K
|
K
P
 
M
Y
 
Y
E
 
E
P
 
P
N
 
A
F
 
F
Y
 
Y
H
 
S
T
 
T
I
 
V
I
 
V
P
 
Q
D
 
D
W
 
W
G
 
G
T
 
T
S
 
N
S
 
Y
L
 
L
L
 
I
C
 
A
K
 
Q
S
 
T
V
 
L
G
 
G
D
 
P
R
 
K
A
 
A
K
 
Q
V
 
C
L
 
L
V
 
V
D
|
D
L
 
L
G
 
G
H
|
H
H
 
H
L
 
A
P
 
P
N
 
N
T
 
T
N
 
N
I
 
I
E
 
E
Q
 
M
I
 
I
V
 
V
A
 
A
T
 
R
L
 
L
M
 
I
Y
 
Q
Q
 
F
D
 
G
M
 
K
L
 
L
A
 
G
G
 
G
F
 
F
H
|
H
F
 
F
N
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
D
|
D
D
 
D
D
 
D
L
 
L
T
 
D
T
 
A
G
 
G
S
 
A
I
 
I
K
 
E
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
R
L
 
L
F
 
F
L
 
L
I
 
V
F
 
F
C
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
V
S
 
D
G
 
A
A
 
E
E
 
A
D
 
R
G
 
G
A
 
V
Q
 
K
A
 
G
W
 
F
E
 
H
S
 
P
I
 
-
S
 
A
W
 
H
M
 
M
I
 
I
D
|
D
A
 
Q
S
x
K
H
 
H
N
 
N
T
 
V
K
 
T
D
 
D
P
 
P
I
 
I
E
 
E
D
 
S
L
 
L
M
 
I
Q
 
N
A
 
S
L
 
A
E
 
N
M
 
E
I
 
I
G
 
R
V
 
R
C
 
A
F
 
Y
T
 
A
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
V
 
V
D
 
D
R
 
R
K
 
A
K
 
A
L
 
L
S
 
S
A
 
G
C
 
Y
Q
 
Q
I
 
E
E
 
D
G
 
N
D
 
D
V
 
A
V
 
L
G
 
M
A
 
A
Q
 
T
E
 
E
C
 
T
L
 
L
Q
 
K
A
 
R
A
 
A
F
 
Y
Q
 
R
C
 
T
D
 
D
V
 
V
R
 
E
P
 
P
L
 
I
V
 
L
K
 
A
E
 
E
A
 
A
R
 
R
I
 
R
Q
 
R
N
 
T
G
 
G
G
 
G
A
 
A
C
 
V
D
 
D
P
 
P
I
 
V
S
 
A
V
 
T
Y
 
Y
R
 
R
E
 
A
L
 
S
E
 
G
I
 
Y
R
 
R
K
 
A
K
 
R
L
 
V
I
 
A
N
 
A
T
 
E
R
 
R
G
 
P
A
 
A

3m0vC Crystal structure of pseudomonas stutzeri l-rhamnose isomerase mutant s329l in complex with l-rhamnose (see paper)
47% identity, 98% coverage: 1:419/426 of query aligns to 2:419/433 of 3m0vC

query
sites
3m0vC
M
 
F
K
 
R
L
 
I
T
 
A
S
 
Q
D
 
D
K
 
V
I
 
V
Q
 
A
E
 
R
L
 
E
N
 
N
Q
 
D
S
 
R
K
 
R
L
 
A
S
 
S
S
 
A
H
 
L
Q
 
K
E
 
E
E
 
D
L
 
Y
N
 
E
F
 
A
L
 
L
S
 
G
N
 
A
R
 
N
L
 
L
S
 
A
K
 
R
E
 
R
G
 
G
H
 
V
D
 
D
V
 
I
E
 
E
S
 
A
L
 
V
I
 
T
Q
 
A
K
 
K
I
 
V
K
 
E
D
 
K
F
 
F
Q
 
F
I
 
V
A
 
A
V
 
V
P
 
P
S
 
S
W
|
W
A
 
G
L
 
V
G
 
G
A
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
R
 
R
F
 
F
G
 
A
R
 
R
F
 
F
G
 
P
I
 
G
G
 
T
G
 
G
E
 
E
P
 
P
R
 
R
T
 
G
L
 
I
E
 
F
E
 
D
K
 
K
L
 
L
E
 
D
D
 
D
I
 
C
G
 
A
L
 
V
L
 
I
K
 
Q
A
 
Q
L
 
L
T
 
T
Q
 
R
K
 
A
T
 
T
D
 
P
S
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
H
|
H
I
 
I
P
 
P
W
 
W
D
 
D
I
 
-
P
 
K
S
 
A
D
 
D
V
 
P
S
 
K
G
 
E
V
 
L
K
 
K
E
 
A
L
 
R
A
 
G
T
 
D
D
 
A
L
 
L
G
 
G
I
 
L
G
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
M
 
M
N
 
N
S
 
S
N
 
N
T
 
T
F
 
F
Q
 
S
D
 
D
Y
 
A
-
 
P
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
E
 
H
T
 
S
Y
 
Y
K
 
K
L
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
G
 
S
N
 
H
A
 
T
K
 
N
K
 
A
S
 
A
I
 
T
R
 
R
D
 
A
Q
 
Q
A
 
A
V
 
V
A
 
E
H
 
H
N
 
N
I
 
L
E
 
E
V
 
C
I
 
I
E
 
E
I
 
I
G
 
G
E
 
K
K
 
A
L
 
I
G
 
G
S
 
S
K
 
K
G
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
V
W
|
W
L
 
I
A
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
N
 
N
F
 
F
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
S
 
S
S
 
N
L
 
F
R
 
T
N
 
R
S
 
A
L
 
F
Q
 
E
W
 
R
T
 
Y
Q
 
L
E
 
S
S
 
A
L
 
M
Q
 
A
A
 
E
I
 
I
Y
 
Y
G
 
K
K
 
G
M
 
L
P
 
P
G
 
D
D
 
D
W
 
W
K
 
K
M
 
L
L
 
F
L
 
S
E
|
E
Y
 
H
K
|
K
P
 
M
Y
 
Y
E
 
E
P
 
P
N
 
A
F
 
F
Y
 
Y
H
 
S
T
 
T
I
 
V
I
 
V
P
 
Q
D
 
D
W
 
W
G
 
G
T
 
T
S
 
N
S
 
Y
L
 
L
L
 
I
C
 
A
K
 
Q
S
 
T
V
 
L
G
 
G
D
 
P
R
 
K
A
 
A
K
 
Q
V
 
C
L
 
L
V
 
V
D
|
D
L
 
L
G
 
G
H
|
H
H
 
H
L
 
A
P
 
P
N
 
N
T
 
T
N
 
N
I
 
I
E
 
E
Q
 
M
I
 
I
V
 
V
A
 
A
T
 
R
L
 
L
M
 
I
Y
 
Q
Q
 
F
D
 
G
M
 
K
L
 
L
A
 
G
G
 
G
F
 
F
H
|
H
F
 
F
N
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
D
|
D
D
 
D
D
 
D
L
 
L
T
 
D
T
 
A
G
 
G
S
 
A
I
 
I
K
 
E
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
R
L
 
L
F
 
F
L
 
L
I
 
V
F
 
F
C
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
V
S
 
D
G
 
A
A
 
E
E
 
A
D
 
R
G
 
G
A
 
V
Q
 
K
A
 
G
W
 
F
E
 
H
S
 
P
I
 
-
S
 
A
W
 
H
M
 
M
I
 
I
D
|
D
A
 
Q
S
 
L
H
 
H
N
 
N
T
 
V
K
 
T
D
 
D
P
 
P
I
 
I
E
 
E
D
 
S
L
 
L
M
 
I
Q
 
N
A
 
S
L
 
A
E
 
N
M
 
E
I
 
I
G
 
R
V
 
R
C
 
A
F
 
Y
T
 
A
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
V
 
V
D
 
D
R
 
R
K
 
A
K
 
A
L
 
L
S
 
S
A
 
G
C
 
Y
Q
 
Q
I
 
E
E
 
D
G
 
N
D
 
D
V
 
A
V
 
L
G
 
M
A
 
A
Q
 
T
E
 
E
C
 
T
L
 
L
Q
 
K
A
 
R
A
 
A
F
 
Y
Q
 
R
C
 
T
D
 
D
V
 
V
R
 
E
P
 
P
L
 
I
V
 
L
K
 
A
E
 
E
A
 
A
R
 
R
I
 
R
Q
 
R
N
 
T
G
 
G
G
 
G
A
 
A
C
 
V
D
 
D
P
 
P
I
 
V
S
 
A
V
 
T
Y
 
Y
R
 
R
E
 
A
L
 
S
E
 
G
I
 
Y
R
 
R
K
 
A
K
 
R
L
 
V
I
 
A
N
 
A
T
 
E
R
 
R
G
 
P
A
 
A

4gjjB Crystal structure of pseudomonas stutzeri l-rhamnose isomerase mutant h101n in complex with d-allopyranose (see paper)
47% identity, 98% coverage: 1:419/426 of query aligns to 1:418/421 of 4gjjB

query
sites
4gjjB
M
 
F
K
 
R
L
 
I
T
 
A
S
 
Q
D
 
D
K
 
V
I
 
V
Q
 
A
E
 
R
L
 
E
N
 
N
Q
 
D
S
 
R
K
 
R
L
 
A
S
 
S
S
 
A
H
 
L
Q
 
K
E
 
E
E
 
D
L
 
Y
N
 
E
F
 
A
L
 
L
S
 
G
N
 
A
R
 
N
L
 
L
S
 
A
K
 
R
E
 
R
G
 
G
H
 
V
D
 
D
V
 
I
E
 
E
S
 
A
L
 
V
I
 
T
Q
 
A
K
 
K
I
 
V
K
 
E
D
 
K
F
 
F
Q
 
F
I
 
V
A
 
A
V
 
V
P
 
P
S
 
S
W
 
W
A
 
G
L
 
V
G
 
G
A
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
R
 
R
F
 
F
G
 
A
R
 
R
F
 
F
G
 
P
I
 
G
G
 
T
G
 
G
E
 
E
P
 
P
R
 
R
T
 
G
L
 
I
E
 
F
E
 
D
K
 
K
L
 
L
E
 
D
D
 
D
I
 
C
G
 
A
L
 
V
L
 
I
K
 
Q
A
 
Q
L
 
L
T
 
T
Q
 
R
K
 
A
T
 
T
D
 
P
S
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
H
 
N
I
 
I
P
 
P
W
 
W
D
 
D
I
 
-
P
 
K
S
 
A
D
 
D
V
 
P
S
 
K
G
 
E
V
 
L
K
 
K
E
 
A
L
 
R
A
 
G
T
 
D
D
 
A
L
 
L
G
 
G
I
 
L
G
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
M
 
M
N
 
N
S
 
S
N
 
N
T
 
T
F
 
F
Q
 
S
D
 
D
Y
 
A
-
 
P
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
E
 
H
T
 
S
Y
 
Y
K
 
K
L
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
G
 
S
N
 
H
A
 
T
K
 
N
K
 
A
S
 
A
I
 
T
R
 
R
D
 
A
Q
 
Q
A
 
A
V
 
V
A
 
E
H
 
H
N
 
N
I
 
L
E
 
E
V
 
C
I
 
I
E
 
E
I
 
I
G
 
G
E
 
K
K
 
A
L
 
I
G
 
G
S
 
S
K
 
K
G
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
V
W
|
W
L
 
I
A
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
N
 
N
F
 
F
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
S
 
S
S
 
N
L
 
F
R
 
T
N
 
R
S
 
A
L
 
F
Q
 
E
W
 
R
T
 
Y
Q
 
L
E
 
S
S
 
A
L
 
M
Q
 
A
A
 
E
I
 
I
Y
 
Y
G
 
K
K
 
G
M
 
L
P
 
P
G
 
D
D
 
D
W
 
W
K
 
K
M
 
L
L
 
F
L
 
S
E
|
E
Y
 
H
K
|
K
P
 
M
Y
 
Y
E
 
E
P
 
P
N
 
A
F
 
F
Y
 
Y
H
 
S
T
 
T
I
 
V
I
 
V
P
 
Q
D
 
D
W
 
W
G
 
G
T
 
T
S
 
N
S
 
Y
L
 
L
L
 
I
C
 
A
K
 
Q
S
 
T
V
 
L
G
 
G
D
 
P
R
 
K
A
 
A
K
 
Q
V
 
C
L
 
L
V
 
V
D
|
D
L
 
L
G
 
G
H
|
H
H
 
H
L
 
A
P
 
P
N
 
N
T
 
T
N
 
N
I
 
I
E
 
E
Q
 
M
I
 
I
V
 
V
A
 
A
T
 
R
L
 
L
M
 
I
Y
 
Q
Q
 
F
D
 
G
M
 
K
L
 
L
A
 
G
G
 
G
F
 
F
H
|
H
F
 
F
N
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
D
|
D
D
 
D
D
|
D
L
 
L
T
 
D
T
 
A
G
 
G
S
 
A
I
 
I
K
 
E
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
R
L
 
L
F
 
F
L
 
L
I
 
V
F
 
F
C
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
V
S
 
D
G
 
A
A
 
E
E
 
A
D
 
R
G
 
G
A
 
V
Q
 
K
A
 
G
W
 
F
E
 
H
S
 
P
I
 
-
S
 
A
W
 
H
M
 
M
I
 
I
D
|
D
A
 
Q
S
 
S
H
 
H
N
 
N
T
 
V
K
 
T
D
 
D
P
 
P
I
 
I
E
 
E
D
 
S
L
 
L
M
 
I
Q
 
N
A
 
S
L
 
A
E
 
N
M
 
E
I
 
I
G
 
R
V
 
R
C
 
A
F
 
Y
T
 
A
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
V
 
V
D
 
D
R
 
R
K
 
A
K
 
A
L
 
L
S
 
S
A
 
G
C
 
Y
Q
 
Q
I
 
E
E
 
D
G
 
N
D
 
D
V
 
A
V
 
L
G
 
M
A
 
A
Q
 
T
E
 
E
C
 
T
L
 
L
Q
 
K
A
 
R
A
 
A
F
 
Y
Q
 
R
C
 
T
D
 
D
V
 
V
R
 
E
P
 
P
L
 
I
V
 
L
K
 
A
E
 
E
A
 
A
R
 
R
I
 
R
Q
 
R
N
 
T
G
 
G
G
 
G
A
 
A
C
 
V
D
 
D
P
 
P
I
 
V
S
 
A
V
 
T
Y
 
Y
R
 
R
E
 
A
L
 
S
E
 
G
I
 
Y
R
 
R
K
 
A
K
 
R
L
 
V
I
 
A
N
 
A
T
 
E
R
 
R
G
 
P
A
 
A

4gjiB Crystal structure of pseudomonas stutzeri l-rhamnose isomerase mutant h101n in complex with l-rhamnopyranose (see paper)
47% identity, 98% coverage: 1:419/426 of query aligns to 1:418/421 of 4gjiB

query
sites
4gjiB
M
 
F
K
x
R
L
 
I
T
 
A
S
 
Q
D
 
D
K
 
V
I
 
V
Q
 
A
E
 
R
L
 
E
N
 
N
Q
 
D
S
 
R
K
 
R
L
 
A
S
 
S
S
 
A
H
 
L
Q
 
K
E
 
E
E
 
D
L
 
Y
N
 
E
F
 
A
L
 
L
S
 
G
N
 
A
R
 
N
L
 
L
S
 
A
K
 
R
E
 
R
G
 
G
H
 
V
D
 
D
V
 
I
E
 
E
S
 
A
L
 
V
I
 
T
Q
 
A
K
 
K
I
 
V
K
 
E
D
 
K
F
 
F
Q
 
F
I
 
V
A
 
A
V
 
V
P
 
P
S
 
S
W
|
W
A
 
G
L
 
V
G
 
G
A
 
T
G
 
G
G
 
G
T
 
T
R
 
R
F
 
F
G
 
A
R
 
R
F
 
F
G
 
P
I
 
G
G
 
T
G
 
G
E
 
E
P
 
P
R
 
R
T
 
G
L
 
I
E
 
F
E
 
D
K
 
K
L
 
L
E
x
D
D
 
D
I
 
C
G
 
A
L
 
V
L
 
I
K
 
Q
A
 
Q
L
 
L
T
 
T
Q
 
R
K
 
A
T
 
T
D
 
P
S
 
N
V
 
V
S
 
S
L
 
L
H
 
N
I
 
I
P
 
P
W
 
W
D
 
D
I
 
-
P
 
K
S
 
A
D
 
D
V
 
P
S
 
K
G
 
E
V
 
L
K
 
K
E
 
A
L
 
R
A
 
G
T
 
D
D
 
A
L
 
L
G
 
G
I
 
L
G
 
G
F
 
F
D
 
D
A
 
A
M
 
M
N
 
N
S
 
S
N
 
N
T
 
T
F
 
F
Q
 
S
D
 
D
Y
 
A
-
 
P
G
 
G
Q
 
Q
A
 
A
E
 
H
T
 
S
Y
 
Y
K
 
K
L
 
Y
G
 
G
S
 
S
L
 
L
G
 
S
N
 
H
A
 
T
K
 
N
K
 
A
S
 
A
I
 
T
R
 
R
D
 
A
Q
 
Q
A
 
A
V
 
V
A
 
E
H
 
H
N
 
N
I
 
L
E
 
E
V
 
C
I
 
I
E
 
E
I
 
I
G
 
G
E
 
K
K
 
A
L
 
I
G
 
G
S
 
S
K
 
K
G
 
A
L
 
L
T
 
T
V
 
V
W
|
W
L
 
I
A
 
G
D
 
D
G
 
G
S
 
S
N
 
N
F
 
F
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
S
 
S
S
 
N
L
 
F
R
 
T
N
 
R
S
 
A
L
 
F
Q
 
E
W
 
R
T
 
Y
Q
 
L
E
 
S
S
 
A
L
 
M
Q
 
A
A
 
E
I
 
I
Y
 
Y
G
 
K
K
 
G
M
 
L
P
 
P
G
 
D
D
 
D
W
 
W
K
 
K
M
 
L
L
 
F
L
 
S
E
|
E
Y
 
H
K
|
K
P
 
M
Y
 
Y
E
 
E
P
 
P
N
 
A
F
 
F
Y
 
Y
H
 
S
T
 
T
I
 
V
I
 
V
P
 
Q
D
 
D
W
 
W
G
 
G
T
 
T
S
 
N
S
 
Y
L
 
L
L
 
I
C
 
A
K
 
Q
S
 
T
V
 
L
G
 
G
D
 
P
R
 
K
A
 
A
K
 
Q
V
 
C
L
 
L
V
 
V
D
|
D
L
 
L
G
 
G
H
|
H
H
 
H
L
 
A
P
 
P
N
 
N
T
 
T
N
 
N
I
 
I
E
 
E
Q
 
M
I
 
I
V
 
V
A
 
A
T
 
R
L
 
L
M
 
I
Y
 
Q
Q
 
F
D
 
G
M
 
K
L
 
L
A
 
G
G
 
G
F
 
F
H
|
H
F
 
F
N
 
N
D
 
D
S
 
S
K
 
K
Y
 
Y
G
 
G
D
|
D
D
 
D
D
 
D
L
 
L
T
 
D
T
 
A
G
 
G
S
 
A
I
 
I
K
 
E
P
 
P
Y
 
Y
Q
 
R
L
 
L
F
 
F
L
 
L
I
 
V
F
 
F
C
 
N
E
 
E
L
 
L
V
 
V
S
 
D
G
 
A
A
 
E
E
 
A
D
 
R
G
 
G
A
 
V
Q
 
K
A
 
G
W
 
F
E
 
H
S
 
P
I
 
-
S
 
A
W
 
H
M
 
M
I
 
I
D
|
D
A
 
Q
S
|
S
H
 
H
N
 
N
T
 
V
K
 
T
D
 
D
P
 
P
I
 
I
E
 
E
D
 
S
L
 
L
M
 
I
Q
 
N
A
 
S
L
 
A
E
 
N
M
 
E
I
 
I
G
 
R
V
 
R
C
 
A
F
 
Y
T
 
A
K
 
Q
A
 
A
L
 
L
L
 
L
V
 
V
D
 
D
R
 
R
K
 
A
K
 
A
L
 
L
S
 
S
A
 
G
C
 
Y
Q
 
Q
I
 
E
E
 
D
G
 
N
D
 
D
V
 
A
V
 
L
G
 
M
A
 
A
Q
 
T
E
 
E
C
 
T
L
 
L
Q
 
K
A
 
R
A
 
A
F
 
Y
Q
 
R
C
 
T
D
 
D
V
 
V
R
 
E
P
 
P
L
 
I
V
 
L
K
 
A
E
 
E
A
 
A
R
 
R
I
 
R
Q
 
R
N
 
T
G
 
G
G
 
G
A
 
A
C
 
V
D
 
D
P
 
P
I
 
V
S
 
A
V
 
T
Y
 
Y
R
 
R
E
 
A
L
 
S
E
 
G
I
 
Y
R
 
R
K
 
A
K
x
R
L
 
V
I
 
A
N
 
A
T
x
E
R
 
R
G
 
P
A
 
A

3ktcA Crystal structure of putative sugar isomerase (yp_050048.1) from erwinia carotovora atroseptica scri1043 at 1.54 a resolution
24% identity, 68% coverage: 95:383/426 of query aligns to 49:327/330 of 3ktcA

query
sites
3ktcA
V
 
V
S
 
D
L
 
L
H
 
P
I
 
Y
P
 
P
W
 
F
D
 
T
I
 
P
P
 
G
S
 
V
D
 
T
V
 
L
S
 
S
G
 
E
V
 
V
K
 
K
E
 
D
L
 
A
A
 
L
T
 
K
D
 
D
L
 
A
G
 
G
I
 
L
G
 
K
F
 
A
D
 
I
A
 
G
M
 
I
N
 
T
S
 
P
N
 
E
T
 
I
F
 
Y
Q
 
-
D
 
-
Y
 
-
G
 
-
Q
 
-
A
 
L
E
 
Q
T
 
K
Y
 
W
K
 
S
L
 
R
G
 
G
S
 
A
L
 
F
G
 
T
N
 
N
A
 
P
K
 
D
K
 
P
S
 
A
I
 
A
R
 
R
D
 
A
Q
 
A
A
 
A
V
 
F
A
 
E
H
 
L
N
 
M
I
 
H
E
 
E
V
 
S
I
 
A
E
 
G
I
 
I
G
 
V
E
 
R
K
 
E
L
 
L
G
 
G
S
 
A
K
 
N
G
 
Y
L
 
V
T
 
K
V
 
V
W
 
W
L
 
P
A
 
G
-
 
Q
D
 
D
G
 
G
S
 
W
N
 
D
F
 
Y
P
 
P
G
 
F
Q
 
Q
S
 
V
S
 
S
L
 
H
R
 
K
N
 
N
S
 
L
L
 
W
Q
 
K
W
 
L
T
 
A
Q
 
V
E
 
D
S
 
G
L
 
M
Q
 
R
A
 
D
I
 
L
Y
 
A
G
 
G
K
 
A
M
 
N
P
 
P
G
 
-
D
 
D
W
 
V
K
 
K
M
 
F
L
 
A
L
 
I
E
|
E
Y
 
Y
K
|
K
P
 
P
Y
 
R
E
 
E
P
 
P
N
 
R
F
 
V
Y
 
K
H
 
M
T
 
T
I
 
-
I
 
-
P
 
-
D
 
-
W
 
W
G
 
D
T
 
S
S
 
A
S
 
A
-
 
R
-
 
T
-
 
L
L
 
L
L
 
G
C
 
I
K
 
E
S
 
D
V
 
I
G
 
G
-
 
L
D
 
D
R
 
N
A
 
V
K
 
G
V
 
V
L
 
L
V
 
L
D
|
D
L
 
F
G
 
G
H
|
H
H
 
A
L
 
L
P
 
Y
N
 
G
T
 
G
N
 
E
I
 
S
E
 
P
Q
 
A
I
 
D
V
 
S
A
 
A
T
 
Q
L
 
L
M
 
I
Y
 
I
-
 
D
Q
 
R
D
 
G
M
 
R
L
 
L
A
 
F
G
 
G
F
 
M
H
x
D
F
 
V
N
 
N
D
 
D
S
 
N
K
 
L
Y
 
R
G
 
G
-
 
W
D
|
D
D
 
D
D
|
D
L
 
L
T
 
V
T
 
V
G
 
G
S
 
T
I
 
V
K
 
H
P
 
M
Y
 
T
Q
 
E
L
 
I
F
 
F
L
 
E
I
 
F
F
 
F
C
 
Y
E
 
V
L
 
L
V
 
-
S
 
-
G
 
-
A
 
-
E
 
-
D
 
-
G
 
K
A
 
I
Q
 
N
A
 
N
W
 
W
E
 
Q
S
 
G
I
 
V
S
 
-
W
 
W
M
 
Q
I
 
L
D
|
D
A
 
Q
S
 
F
H
 
P
N
 
F
T
 
R
K
 
E
D
 
N
P
 
H
I
 
V
E
 
E
D
 
A
L
 
A
M
 
Q
Q
 
L
A
 
S
L
 
I
E
 
R
M
 
F
I
 
L
G
 
K
V
 
H
C
 
I
F
 
Y
T
 
R
K
 
A
A
 
L
L
 
D
L
 
K
V
 
L
D
 
D
R
 
I
K
 
P
K
 
A
L
 
L
S
 
Q
A
 
A
C
 
A
Q
 
Q
I
 
E
E
 
A
G
 
Q
D
 
N
V
 
P
V
 
L
G
 
Q
A
 
A
Q
 
Q
E
 
R
C
 
I
L
 
V
Q
 
Q
A
 
D
A
 
A
F
 
L
Q
 
L
C
 
S
D
 
S
V
 
I

Query Sequence

>WP_008199087.1 NCBI__GCF_000166275.1:WP_008199087.1
MKLTSDKIQELNQSKLSSHQEELNFLSNRLSKEGHDVESLIQKIKDFQIAVPSWALGAGG
TRFGRFGIGGEPRTLEEKLEDIGLLKALTQKTDSVSLHIPWDIPSDVSGVKELATDLGIG
FDAMNSNTFQDYGQAETYKLGSLGNAKKSIRDQAVAHNIEVIEIGEKLGSKGLTVWLADG
SNFPGQSSLRNSLQWTQESLQAIYGKMPGDWKMLLEYKPYEPNFYHTIIPDWGTSSLLCK
SVGDRAKVLVDLGHHLPNTNIEQIVATLMYQDMLAGFHFNDSKYGDDDLTTGSIKPYQLF
LIFCELVSGAEDGAQAWESISWMIDASHNTKDPIEDLMQALEMIGVCFTKALLVDRKKLS
ACQIEGDVVGAQECLQAAFQCDVRPLVKEARIQNGGACDPISVYRELEIRKKLINTRGAD
SRSTGL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory