SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_008202576.1 NCBI__GCF_000166275.1:WP_008202576.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4ptnA Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein in complex with magnesium cation coordinated l-glyceraldehyde (see paper)
37% identity, 80% coverage: 9:255/310 of query aligns to 5:252/298 of 4ptnA

query
sites
4ptnA
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
P
|
P
M
 
V
V
 
S
T
 
T
P
 
I
L
 
F
N
 
T
S
 
A
D
 
D
F
 
G
S
 
Q
L
 
L
D
 
D
E
 
K
A
 
P
S
 
G
L
 
T
P
 
A
V
 
A
L
 
L
I
 
I
E
 
D
H
 
D
I
 
L
I
 
I
S
 
K
G
 
A
G
 
G
V
 
V
H
 
D
G
 
G
L
 
L
F
 
F
I
 
F
L
 
L
G
 
G
T
x
S
T
x
G
G
 
G
E
 
E
F
 
F
A
 
S
S
 
Q
L
 
L
S
 
G
K
 
A
E
 
E
V
 
E
K
 
R
K
 
K
K
 
A
L
 
I
I
 
A
E
 
R
L
 
F
T
 
A
C
 
I
Q
 
D
I
 
H
V
 
V
N
 
D
K
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
L
V
 
I
G
 
G
I
 
T
S
 
G
D
 
G
C
 
T
S
 
N
F
 
A
Q
 
R
E
 
E
S
 
T
I
 
I
E
 
E
L
 
L
A
 
S
S
 
Q
L
 
H
A
 
A
K
 
Q
K
 
Q
S
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
G
L
 
I
V
 
V
A
 
V
T
 
I
N
 
N
P
 
P
F
 
Y
Y
|
Y
V
 
W
N
 
K
V
 
V
D
 
S
Q
 
E
D
 
A
E
 
N
L
 
L
I
 
I
N
 
R
Y
 
Y
F
 
F
S
 
E
R
 
Q
L
 
V
A
 
A
D
 
D
E
 
S
V
 
V
A
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
V
F
 
M
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
M
 
F
P
 
P
S
 
A
H
x
L
T
 
T
G
 
G
I
 
Q
H
 
D
L
 
L
E
 
T
L
 
P
E
 
A
T
 
L
I
 
V
K
 
K
S
 
T
L
 
L
A
 
A
K
 
D
-
 
S
H
 
R
S
 
S
N
 
N
I
 
I
I
 
I
G
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
D
S
 
T
S
 
I
G
 
D
N
 
S
K
 
V
E
 
A
Y
 
H
F
 
L
Q
 
R
Q
 
S
L
 
M
C
 
I
E
 
H
A
 
T
F
 
V
K
 
K
N
 
G
-
 
A
Q
 
H
P
 
P
G
 
H
F
 
F
T
 
T
V
 
V
L
 
L
M
 
C
G
|
G
P
x
Y
E
 
D
E
 
D
I
 
H
L
 
L
K
 
F
E
 
N
A
 
T
M
 
L
E
 
L
M
 
L
G
 
G
G
 
G
S
 
D
G
 
G
G
 
A
V
x
I
T
 
S
G
x
A
G
 
S
A
 
G
N
 
N
L
 
F
F
 
A
P
 
P
K
 
Q
L
 
V
Y
 
S
V
 
V
Q
 
N
F
 
L
Y
 
L
E
 
K
S
 
A
I
 
W
K
 
R
S
 
D
G
 
G
N
 
D
L
 
V
E
 
A
N
 
K
T
 
A
K
 
A
K
 
G
L
 
Y
N
 
H
E
 
Q
T
 
T
V
 
L
Q
 
L
F
 
Q
L
 
I
S
 
P
Q
 
Q
N
 
-
L
 
M
Y
 
Y
Q
 
Q
Q
 
L
G
 
D
T
 
T

4onvA Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein in complex with 2- keto-3-deoxy gluconate
37% identity, 80% coverage: 9:255/310 of query aligns to 5:252/298 of 4onvA

query
sites
4onvA
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
P
|
P
M
 
V
V
 
S
T
 
T
P
 
I
L
 
F
N
 
T
S
 
A
D
 
D
F
 
G
S
 
Q
L
 
L
D
 
D
E
 
K
A
 
P
S
 
G
L
 
T
P
 
A
V
 
A
L
 
L
I
 
I
E
 
D
H
 
D
I
 
L
I
 
I
S
 
K
G
 
A
G
 
G
V
 
V
H
 
D
G
 
G
L
 
L
F
|
F
I
 
F
L
 
L
G
|
G
T
x
S
T
 
G
G
 
G
E
 
E
F
 
F
A
 
S
S
 
Q
L
 
L
S
 
G
K
 
A
E
 
E
V
 
E
K
 
R
K
 
K
K
 
A
L
 
I
I
 
A
E
 
R
L
 
F
T
 
A
C
 
I
Q
 
D
I
 
H
V
 
V
N
 
D
K
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
L
V
 
I
G
 
G
I
 
T
S
 
G
D
 
G
C
 
T
S
 
N
F
 
A
Q
 
R
E
 
E
S
 
T
I
 
I
E
 
E
L
 
L
A
 
S
S
 
Q
L
 
H
A
 
A
K
 
Q
K
 
Q
S
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
G
L
 
I
V
 
V
A
 
V
T
 
I
N
 
N
P
 
P
F
 
Y
Y
|
Y
V
 
W
N
 
K
V
 
V
D
 
S
Q
 
E
D
 
A
E
 
N
L
 
L
I
 
I
N
 
R
Y
 
Y
F
 
F
S
 
E
R
 
Q
L
 
V
A
 
A
D
 
D
E
 
S
V
 
V
A
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
V
F
 
M
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
M
 
F
P
 
P
S
 
A
H
x
L
T
 
T
G
 
G
I
 
Q
H
 
D
L
 
L
E
 
T
L
 
P
E
 
A
T
 
L
I
 
V
K
 
K
S
 
T
L
 
L
A
 
A
K
 
D
-
 
S
H
 
R
S
 
S
N
 
N
I
 
I
I
 
I
G
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
D
S
 
T
S
 
I
G
 
D
N
 
S
K
 
V
E
 
A
Y
 
H
F
 
L
Q
 
R
Q
 
S
L
 
M
C
 
I
E
 
H
A
 
T
F
 
V
K
 
K
N
 
G
-
 
A
Q
 
H
P
 
P
G
 
H
F
 
F
T
 
T
V
 
V
L
 
L
M
 
C
G
|
G
P
x
Y
E
 
D
E
 
D
I
 
H
L
 
L
K
 
F
E
 
N
A
 
T
M
 
L
E
 
L
M
 
L
G
 
G
G
 
G
S
 
D
G
 
G
G
 
A
V
x
I
T
x
S
G
 
A
G
 
S
A
 
G
N
 
N
L
 
F
F
 
A
P
 
P
K
 
Q
L
 
V
Y
 
S
V
 
V
Q
 
N
F
 
L
Y
 
L
E
 
K
S
 
A
I
 
W
K
 
R
S
 
D
G
 
G
N
 
D
L
 
V
E
 
A
N
 
K
T
 
A
K
 
A
K
 
G
L
 
Y
N
 
H
E
 
Q
T
 
T
V
 
L
Q
 
L
F
 
Q
L
 
I
S
 
P
Q
 
Q
N
 
-
L
 
M
Y
 
Y
Q
 
Q
Q
 
L
G
 
D
T
 
T

4oe7D Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein, in complex with aldol condensed product of pyruvate and glyoxal
37% identity, 80% coverage: 9:255/310 of query aligns to 5:252/298 of 4oe7D

query
sites
4oe7D
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
P
|
P
M
 
V
V
 
S
T
 
T
P
 
I
L
 
F
N
 
T
S
 
A
D
 
D
F
 
G
S
 
Q
L
 
L
D
 
D
E
 
K
A
 
P
S
 
G
L
 
T
P
 
A
V
 
A
L
 
L
I
 
I
E
 
D
H
 
D
I
 
L
I
 
I
S
 
K
G
 
A
G
 
G
V
 
V
H
 
D
G
 
G
L
 
L
F
 
F
I
 
F
L
 
L
G
|
G
T
x
S
T
x
G
G
 
G
E
 
E
F
 
F
A
 
S
S
 
Q
L
 
L
S
 
G
K
 
A
E
 
E
V
 
E
K
 
R
K
 
K
K
 
A
L
 
I
I
 
A
E
 
R
L
 
F
T
 
A
C
 
I
Q
 
D
I
 
H
V
 
V
N
 
D
K
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
L
V
 
I
G
 
G
I
 
T
S
 
G
D
 
G
C
 
T
S
 
N
F
 
A
Q
 
R
E
 
E
S
 
T
I
 
I
E
 
E
L
 
L
A
 
S
S
 
Q
L
 
H
A
 
A
K
 
Q
K
 
Q
S
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
G
L
 
I
V
 
V
A
 
V
T
 
I
N
 
N
P
 
P
F
 
Y
Y
|
Y
V
 
W
N
 
K
V
 
V
D
 
S
Q
 
E
D
 
A
E
 
N
L
 
L
I
 
I
N
 
R
Y
 
Y
F
 
F
S
 
E
R
 
Q
L
 
V
A
 
A
D
 
D
E
 
S
V
 
V
A
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
V
F
 
M
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
M
x
F
P
 
P
S
 
A
H
x
L
T
 
T
G
 
G
I
 
Q
H
 
D
L
 
L
E
 
T
L
 
P
E
 
A
T
 
L
I
 
V
K
 
K
S
 
T
L
 
L
A
 
A
K
 
D
-
 
S
H
 
R
S
 
S
N
 
N
I
 
I
I
 
I
G
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
D
S
x
T
S
 
I
G
 
D
N
 
S
K
 
V
E
 
A
Y
 
H
F
 
L
Q
 
R
Q
 
S
L
 
M
C
 
I
E
 
H
A
 
T
F
 
V
K
 
K
N
 
G
-
 
A
Q
 
H
P
 
P
G
 
H
F
 
F
T
 
T
V
 
V
L
 
L
M
 
C
G
|
G
P
 
Y
E
 
D
E
 
D
I
 
H
L
 
L
K
 
F
E
 
N
A
 
T
M
 
L
E
 
L
M
 
L
G
 
G
G
 
G
S
 
D
G
 
G
G
 
A
V
x
I
T
 
S
G
 
A
G
 
S
A
 
G
N
 
N
L
 
F
F
 
A
P
 
P
K
 
Q
L
 
V
Y
 
S
V
 
V
Q
 
N
F
 
L
Y
 
L
E
 
K
S
 
A
I
 
W
K
 
R
S
 
D
G
 
G
N
 
D
L
 
V
E
 
A
N
 
K
T
 
A
K
 
A
K
 
G
L
 
Y
N
 
H
E
 
Q
T
 
T
V
 
L
Q
 
L
F
 
Q
L
 
I
S
 
P
Q
 
Q
N
 
-
L
 
M
Y
 
Y
Q
 
Q
Q
 
L
G
 
D
T
 
T

4oe7B Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein, in complex with aldol condensed product of pyruvate and glyoxal
37% identity, 80% coverage: 9:255/310 of query aligns to 5:252/298 of 4oe7B

query
sites
4oe7B
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
P
|
P
M
 
V
V
 
S
T
 
T
P
 
I
L
 
F
N
 
T
S
 
A
D
 
D
F
 
G
S
 
Q
L
 
L
D
 
D
E
 
K
A
 
P
S
 
G
L
 
T
P
 
A
V
 
A
L
 
L
I
 
I
E
 
D
H
 
D
I
 
L
I
 
I
S
 
K
G
 
A
G
 
G
V
 
V
H
 
D
G
 
G
L
 
L
F
 
F
I
 
F
L
 
L
G
|
G
T
x
S
T
x
G
G
 
G
E
 
E
F
 
F
A
 
S
S
 
Q
L
 
L
S
 
G
K
 
A
E
 
E
V
 
E
K
 
R
K
 
K
K
 
A
L
 
I
I
 
A
E
 
R
L
 
F
T
 
A
C
 
I
Q
 
D
I
 
H
V
 
V
N
 
D
K
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
L
V
 
I
G
 
G
I
 
T
S
 
G
D
 
G
C
 
T
S
 
N
F
 
A
Q
 
R
E
 
E
S
 
T
I
 
I
E
 
E
L
 
L
A
 
S
S
 
Q
L
 
H
A
 
A
K
 
Q
K
 
Q
S
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
G
L
 
I
V
 
V
A
 
V
T
 
I
N
 
N
P
 
P
F
 
Y
Y
|
Y
V
 
W
N
 
K
V
 
V
D
 
S
Q
 
E
D
 
A
E
 
N
L
 
L
I
 
I
N
 
R
Y
 
Y
F
 
F
S
 
E
R
 
Q
L
 
V
A
 
A
D
 
D
E
 
S
V
 
V
A
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
V
F
 
M
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
M
x
F
P
 
P
S
 
A
H
x
L
T
 
T
G
 
G
I
 
Q
H
 
D
L
 
L
E
 
T
L
 
P
E
 
A
T
 
L
I
 
V
K
 
K
S
 
T
L
 
L
A
 
A
K
 
D
-
 
S
H
 
R
S
 
S
N
 
N
I
 
I
I
 
I
G
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
D
S
x
T
S
 
I
G
 
D
N
 
S
K
 
V
E
 
A
Y
 
H
F
 
L
Q
 
R
Q
 
S
L
 
M
C
 
I
E
 
H
A
 
T
F
 
V
K
 
K
N
 
G
-
 
A
Q
 
H
P
 
P
G
 
H
F
 
F
T
 
T
V
 
V
L
 
L
M
 
C
G
|
G
P
 
Y
E
 
D
E
 
D
I
 
H
L
 
L
K
 
F
E
 
N
A
 
T
M
 
L
E
 
L
M
 
L
G
 
G
G
 
G
S
 
D
G
 
G
G
 
A
V
x
I
T
 
S
G
 
A
G
 
S
A
 
G
N
 
N
L
 
F
F
 
A
P
 
P
K
 
Q
L
 
V
Y
 
S
V
 
V
Q
 
N
F
 
L
Y
 
L
E
 
K
S
 
A
I
 
W
K
 
R
S
 
D
G
 
G
N
 
D
L
 
V
E
 
A
N
 
K
T
 
A
K
 
A
K
 
G
L
 
Y
N
 
H
E
 
Q
T
 
T
V
 
L
Q
 
L
F
 
Q
L
 
I
S
 
P
Q
 
Q
N
 
-
L
 
M
Y
 
Y
Q
 
Q
Q
 
L
G
 
D
T
 
T

4oe7A Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein, in complex with aldol condensed product of pyruvate and glyoxal
37% identity, 80% coverage: 9:255/310 of query aligns to 5:252/298 of 4oe7A

query
sites
4oe7A
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
P
|
P
M
 
V
V
 
S
T
 
T
P
 
I
L
 
F
N
 
T
S
 
A
D
 
D
F
 
G
S
 
Q
L
 
L
D
 
D
E
 
K
A
 
P
S
 
G
L
 
T
P
 
A
V
 
A
L
 
L
I
 
I
E
 
D
H
 
D
I
 
L
I
 
I
S
 
K
G
 
A
G
 
G
V
 
V
H
 
D
G
 
G
L
 
L
F
 
F
I
 
F
L
 
L
G
|
G
T
x
S
T
x
G
G
 
G
E
 
E
F
 
F
A
 
S
S
 
Q
L
 
L
S
 
G
K
 
A
E
 
E
V
 
E
K
 
R
K
 
K
K
 
A
L
 
I
I
 
A
E
 
R
L
 
F
T
 
A
C
 
I
Q
 
D
I
 
H
V
 
V
N
 
D
K
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
L
V
 
I
G
 
G
I
 
T
S
 
G
D
 
G
C
 
T
S
 
N
F
 
A
Q
 
R
E
 
E
S
 
T
I
 
I
E
 
E
L
 
L
A
 
S
S
 
Q
L
 
H
A
 
A
K
 
Q
K
 
Q
S
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
G
L
 
I
V
 
V
A
 
V
T
 
I
N
 
N
P
 
P
F
 
Y
Y
|
Y
V
 
W
N
 
K
V
 
V
D
 
S
Q
 
E
D
 
A
E
 
N
L
 
L
I
 
I
N
 
R
Y
 
Y
F
 
F
S
 
E
R
 
Q
L
 
V
A
 
A
D
 
D
E
 
S
V
 
V
A
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
V
F
 
M
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
M
 
F
P
 
P
S
 
A
H
x
L
T
 
T
G
 
G
I
 
Q
H
 
D
L
 
L
E
 
T
L
 
P
E
 
A
T
 
L
I
 
V
K
 
K
S
 
T
L
 
L
A
 
A
K
 
D
-
 
S
H
 
R
S
 
S
N
 
N
I
 
I
I
 
I
G
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
D
S
 
T
S
 
I
G
 
D
N
 
S
K
 
V
E
 
A
Y
 
H
F
 
L
Q
 
R
Q
 
S
L
 
M
C
 
I
E
 
H
A
 
T
F
 
V
K
 
K
N
 
G
-
 
A
Q
 
H
P
 
P
G
 
H
F
 
F
T
 
T
V
 
V
L
 
L
M
 
C
G
 
G
P
 
Y
E
 
D
E
 
D
I
 
H
L
 
L
K
 
F
E
 
N
A
 
T
M
 
L
E
 
L
M
 
L
G
 
G
G
 
G
S
 
D
G
 
G
G
 
A
V
x
I
T
 
S
G
 
A
G
 
S
A
 
G
N
 
N
L
 
F
F
 
A
P
 
P
K
 
Q
L
 
V
Y
 
S
V
 
V
Q
 
N
F
 
L
Y
 
L
E
 
K
S
 
A
I
 
W
K
 
R
S
 
D
G
 
G
N
 
D
L
 
V
E
 
A
N
 
K
T
 
A
K
 
A
K
 
G
L
 
Y
N
 
H
E
 
Q
T
 
T
V
 
L
Q
 
L
F
 
Q
L
 
I
S
 
P
Q
 
Q
N
 
-
L
 
M
Y
 
Y
Q
 
Q
Q
 
L
G
 
D
T
 
T

3nevA Crystal structure of yage, a prophage protein from e. Coli k12 in complex with kdgal (see paper)
37% identity, 80% coverage: 9:255/310 of query aligns to 5:252/298 of 3nevA

query
sites
3nevA
G
 
G
I
 
I
I
 
I
P
 
P
P
|
P
M
 
V
V
 
S
T
 
T
P
 
I
L
 
F
N
 
T
S
 
A
D
 
D
F
 
G
S
 
Q
L
 
L
D
 
D
E
 
K
A
 
P
S
 
G
L
 
T
P
 
A
V
 
A
L
 
L
I
 
I
E
 
D
H
 
D
I
 
L
I
 
I
S
 
K
G
 
A
G
 
G
V
 
V
H
 
D
G
 
G
L
 
L
F
 
F
I
 
F
L
 
L
G
|
G
T
x
S
T
x
G
G
 
G
E
 
E
F
 
F
A
 
S
S
 
Q
L
 
L
S
 
G
K
 
A
E
 
E
V
 
E
K
 
R
K
 
K
K
 
A
L
 
I
I
 
A
E
 
R
L
 
F
T
 
A
C
 
I
Q
 
D
I
 
H
V
 
V
N
 
D
K
 
R
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
L
V
 
I
G
 
G
I
 
T
S
 
G
D
 
G
C
 
T
S
 
N
F
 
A
Q
 
R
E
 
E
S
 
T
I
 
I
E
 
E
L
 
L
A
 
S
S
 
Q
L
 
H
A
 
A
K
 
Q
K
 
Q
S
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
G
L
 
I
V
 
V
A
 
V
T
 
I
N
 
N
P
 
P
F
 
Y
Y
|
Y
V
 
W
N
 
K
V
 
V
D
 
S
Q
 
E
D
 
A
E
 
N
L
 
L
I
 
I
N
 
R
Y
 
Y
F
 
F
S
 
E
R
 
Q
L
 
V
A
 
A
D
 
D
E
 
S
V
 
V
A
 
T
L
 
L
P
 
P
L
 
V
F
 
M
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
M
x
F
P
 
P
S
 
A
H
x
L
T
 
T
G
 
G
I
 
Q
H
 
D
L
 
L
E
 
T
L
 
P
E
 
A
T
 
L
I
 
V
K
 
K
S
 
T
L
 
L
A
 
A
K
 
D
-
 
S
H
 
R
S
 
S
N
 
N
I
 
I
I
 
I
G
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
D
S
x
T
S
 
I
G
 
D
N
 
S
K
 
V
E
 
A
Y
 
H
F
 
L
Q
 
R
Q
 
S
L
 
M
C
 
I
E
 
H
A
 
T
F
 
V
K
 
K
N
 
G
-
 
A
Q
 
H
P
 
P
G
 
H
F
 
F
T
 
T
V
 
V
L
 
L
M
 
C
G
|
G
P
 
Y
E
 
D
E
 
D
I
 
H
L
 
L
K
 
F
E
 
N
A
 
T
M
 
L
E
 
L
M
 
L
G
 
G
G
 
G
S
 
D
G
 
G
G
 
A
V
x
I
T
 
S
G
x
A
G
 
S
A
 
G
N
 
N
L
 
F
F
 
A
P
 
P
K
 
Q
L
 
V
Y
 
S
V
 
V
Q
 
N
F
 
L
Y
 
L
E
 
K
S
 
A
I
 
W
K
 
R
S
 
D
G
 
G
N
 
D
L
 
V
E
 
A
N
 
K
T
 
A
K
 
A
K
 
G
L
 
Y
N
 
H
E
 
Q
T
 
T
V
 
L
Q
 
L
F
 
Q
L
 
I
S
 
P
Q
 
Q
N
 
-
L
 
M
Y
 
Y
Q
 
Q
Q
 
L
G
 
D
T
 
T

4dxvA Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii complexed with mg and cl ions at 1.80 a resolution
33% identity, 91% coverage: 7:287/310 of query aligns to 2:275/291 of 4dxvA

query
sites
4dxvA
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
I
 
S
I
 
I
P
 
V
P
 
A
M
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
L
 
M
N
 
L
S
 
K
D
 
D
F
 
G
S
 
G
L
 
V
D
 
D
E
 
W
A
 
K
S
 
S
L
 
L
P
 
E
V
 
K
L
 
L
I
 
V
E
 
E
H
 
W
I
 
H
I
 
I
S
 
E
G
 
Q
G
 
G
V
 
T
H
 
N
G
 
S
L
 
I
F
 
V
I
 
A
L
 
V
G
 
G
T
|
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
F
 
A
A
 
S
S
 
T
L
 
L
S
 
S
K
 
M
E
 
E
V
 
E
K
 
H
K
 
T
K
 
Q
L
 
V
I
 
I
E
 
K
L
 
E
T
 
I
C
 
I
Q
 
R
I
 
V
V
 
A
N
 
N
K
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
I
L
 
I
V
 
A
G
 
G
I
 
T
S
 
G
D
 
A
C
 
N
S
 
S
F
 
T
Q
 
R
E
 
E
S
 
A
I
 
I
E
 
E
L
 
L
A
 
T
S
 
K
L
 
A
A
 
A
K
 
K
K
 
D
S
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
A
L
 
A
V
 
L
A
 
L
T
 
V
N
x
T
P
 
P
F
 
Y
Y
|
Y
V
 
N
N
 
K
V
 
P
D
 
T
Q
 
Q
D
 
E
E
 
G
L
 
L
I
 
Y
N
 
Q
Y
 
H
F
 
Y
S
 
K
R
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
E
E
 
A
V
 
V
A
 
E
L
 
L
P
 
P
L
 
L
F
 
I
L
 
L
Y
|
Y
N
|
N
M
x
V
P
|
P
S
 
G
H
x
R
T
|
T
G
 
G
I
 
V
H
 
D
L
 
L
E
 
S
L
 
N
E
 
D
T
 
T
I
 
A
K
 
V
S
 
R
L
 
L
A
 
A
K
 
E
H
 
I
S
 
P
N
 
N
I
 
I
I
 
V
G
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
D
S
 
A
S
 
T
G
 
G
N
 
D
K
 
V
E
 
P
Y
 
R
F
 
G
Q
 
K
Q
 
A
L
 
L
C
 
I
E
 
D
A
 
A
F
 
L
K
 
N
N
 
G
Q
 
K
P
 
-
G
 
-
F
 
M
T
 
A
V
 
V
L
 
Y
M
 
S
G
 
G
P
 
D
E
 
D
E
 
E
I
 
T
L
 
A
K
 
W
E
 
E
A
 
L
M
 
M
E
 
L
M
 
L
G
 
G
G
 
A
S
 
D
G
 
G
G
 
N
V
x
I
T
 
S
G
 
V
G
 
T
A
 
A
N
 
N
L
 
I
F
 
A
P
 
P
K
 
K
L
 
A
Y
 
M
V
 
S
Q
 
E
F
 
V
Y
 
C
E
 
A
S
 
V
I
 
A
K
 
I
S
 
A
G
 
K
N
 
D
L
 
E
E
 
Q
N
 
Q
T
 
A
K
 
K
K
 
T
L
 
L
N
 
N
E
 
N
T
 
K
V
 
I
Q
 
A
F
 
N
L
 
L
S
 
H
Q
 
N
N
 
I
L
 
L
Y
 
F
Q
 
C
Q
 
E
G
 
-
T
 
-
Y
 
-
K
 
-
S
 
-
S
 
S
Y
 
N
L
 
P
K
 
I
G
 
P
L
 
V
K
 
K
A
 
W
S
 
A
L
 
L
S
 
H
F
 
E
E
 
M
G
 
G
L
 
L
C
 
I
P
 
D
N
 
T
V
 
G
L
 
I
A
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
L
T
 
T
S
 
P
F
 
L
D
 
A
E
 
E

3u8gA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with oxalic acid at 1.80 a resolution
33% identity, 91% coverage: 7:287/310 of query aligns to 2:275/291 of 3u8gA

query
sites
3u8gA
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
I
 
S
I
 
I
P
 
V
P
x
A
M
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
L
 
M
N
 
L
S
 
K
D
 
D
F
 
G
S
 
G
L
 
V
D
 
D
E
 
W
A
 
K
S
 
S
L
 
L
P
 
E
V
 
K
L
 
L
I
 
V
E
 
E
H
 
W
I
 
H
I
 
I
S
 
E
G
 
Q
G
 
G
V
 
T
H
 
N
G
 
S
L
 
I
F
 
V
I
 
A
L
 
V
G
|
G
T
|
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
F
 
A
A
 
S
S
 
T
L
 
L
S
 
S
K
 
M
E
 
E
V
 
E
K
 
H
K
 
T
K
 
Q
L
 
V
I
 
I
E
 
K
L
 
E
T
 
I
C
 
I
Q
 
R
I
 
V
V
 
A
N
 
N
K
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
I
L
 
I
V
 
A
G
 
G
I
 
T
S
 
G
D
 
A
C
 
N
S
 
S
F
 
T
Q
 
R
E
 
E
S
 
A
I
 
I
E
 
E
L
 
L
A
 
T
S
 
K
L
 
A
A
 
A
K
 
K
K
 
D
S
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
A
L
 
A
V
x
L
A
 
L
T
 
V
N
 
T
P
 
P
F
 
Y
Y
|
Y
V
 
N
N
 
K
V
 
P
D
 
T
Q
 
Q
D
 
E
E
 
G
L
 
L
I
 
Y
N
 
Q
Y
 
H
F
 
Y
S
 
K
R
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
E
E
 
A
V
 
V
A
 
E
L
 
L
P
 
P
L
 
L
F
 
I
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
M
 
V
P
 
P
S
 
G
H
x
R
T
 
T
G
 
G
I
 
V
H
 
D
L
 
L
E
 
S
L
 
N
E
 
D
T
 
T
I
 
A
K
 
V
S
 
R
L
 
L
A
 
A
K
 
E
H
 
I
S
 
P
N
 
N
I
 
I
I
 
V
G
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
D
S
 
A
S
 
T
G
 
G
N
 
D
K
 
V
E
 
P
Y
 
R
F
 
G
Q
 
K
Q
 
A
L
 
L
C
 
I
E
 
D
A
 
A
F
 
L
K
 
N
N
 
G
Q
 
K
P
 
-
G
 
-
F
 
M
T
 
A
V
 
V
L
 
Y
M
 
S
G
 
G
P
 
D
E
 
D
E
 
E
I
 
T
L
 
A
K
 
W
E
 
E
A
 
L
M
 
M
E
 
L
M
 
L
G
 
G
G
 
A
S
 
D
G
 
G
G
 
N
V
x
I
T
 
S
G
 
V
G
 
T
A
 
A
N
 
N
L
 
I
F
 
A
P
 
P
K
 
K
L
 
A
Y
 
M
V
 
S
Q
 
E
F
 
V
Y
 
C
E
 
A
S
 
V
I
 
A
K
 
I
S
 
A
G
 
K
N
 
D
L
 
E
E
 
Q
N
 
Q
T
 
A
K
 
K
K
 
T
L
 
L
N
 
N
E
 
N
T
 
K
V
 
I
Q
 
A
F
 
N
L
 
L
S
 
H
Q
 
N
N
 
I
L
 
L
Y
 
F
Q
 
C
Q
 
E
G
 
-
T
 
-
Y
 
-
K
 
-
S
 
-
S
 
S
Y
 
N
L
 
P
K
 
I
G
 
P
L
 
V
K
 
K
A
 
W
S
 
A
L
 
L
S
 
H
F
 
E
E
 
M
G
 
G
L
 
L
C
 
I
P
 
D
N
 
T
V
 
G
L
 
I
A
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
L
T
 
T
S
 
P
F
 
L
D
 
A
E
 
E

3tdfA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with 2-ketobutanoic acid at 1.99 a resolution
33% identity, 91% coverage: 7:287/310 of query aligns to 2:275/291 of 3tdfA

query
sites
3tdfA
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
I
 
S
I
 
I
P
 
V
P
x
A
M
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
L
 
M
N
 
L
S
 
K
D
 
D
F
 
G
S
 
G
L
 
V
D
 
D
E
 
W
A
 
K
S
 
S
L
 
L
P
 
E
V
 
K
L
 
L
I
 
V
E
 
E
H
 
W
I
 
H
I
 
I
S
 
E
G
 
Q
G
 
G
V
 
T
H
 
N
G
 
S
L
 
I
F
 
V
I
 
A
L
 
V
G
 
G
T
|
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
F
 
A
A
 
S
S
 
T
L
 
L
S
 
S
K
 
M
E
 
E
V
 
E
K
 
H
K
 
T
K
 
Q
L
 
V
I
 
I
E
 
K
L
 
E
T
 
I
C
 
I
Q
 
R
I
 
V
V
 
A
N
 
N
K
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
I
L
 
I
V
 
A
G
 
G
I
 
T
S
 
G
D
 
A
C
 
N
S
 
S
F
 
T
Q
 
R
E
 
E
S
 
A
I
 
I
E
 
E
L
 
L
A
 
T
S
 
K
L
 
A
A
 
A
K
 
K
K
 
D
S
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
A
L
 
A
V
 
L
A
 
L
T
 
V
N
 
T
P
 
P
F
 
Y
Y
|
Y
V
 
N
N
 
K
V
 
P
D
 
T
Q
 
Q
D
 
E
E
 
G
L
 
L
I
 
Y
N
 
Q
Y
 
H
F
 
Y
S
 
K
R
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
E
E
 
A
V
 
V
A
 
E
L
 
L
P
 
P
L
 
L
F
 
I
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
M
 
V
P
 
P
S
 
G
H
x
R
T
 
T
G
 
G
I
 
V
H
 
D
L
 
L
E
 
S
L
 
N
E
 
D
T
 
T
I
 
A
K
 
V
S
 
R
L
 
L
A
 
A
K
 
E
H
 
I
S
 
P
N
 
N
I
 
I
I
 
V
G
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
D
S
 
A
S
 
T
G
 
G
N
 
D
K
 
V
E
 
P
Y
 
R
F
 
G
Q
 
K
Q
 
A
L
 
L
C
 
I
E
 
D
A
 
A
F
 
L
K
 
N
N
 
G
Q
 
K
P
 
-
G
 
-
F
 
M
T
 
A
V
 
V
L
 
Y
M
 
S
G
 
G
P
 
D
E
 
D
E
 
E
I
 
T
L
 
A
K
 
W
E
 
E
A
 
L
M
 
M
E
 
L
M
 
L
G
 
G
G
 
A
S
 
D
G
 
G
G
 
N
V
x
I
T
 
S
G
 
V
G
 
T
A
 
A
N
 
N
L
 
I
F
 
A
P
 
P
K
 
K
L
 
A
Y
 
M
V
 
S
Q
 
E
F
 
V
Y
 
C
E
 
A
S
 
V
I
 
A
K
 
I
S
 
A
G
 
K
N
 
D
L
 
E
E
 
Q
N
 
Q
T
 
A
K
 
K
K
 
T
L
 
L
N
 
N
E
 
N
T
 
K
V
 
I
Q
 
A
F
 
N
L
 
L
S
 
H
Q
 
N
N
 
I
L
 
L
Y
 
F
Q
 
C
Q
 
E
G
 
-
T
 
-
Y
 
-
K
 
-
S
 
-
S
 
S
Y
 
N
L
 
P
K
 
I
G
 
P
L
 
V
K
 
K
A
 
W
S
 
A
L
 
L
S
 
H
F
 
E
E
 
M
G
 
G
L
 
L
C
 
I
P
 
D
N
 
T
V
 
G
L
 
I
A
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
L
T
 
T
S
 
P
F
 
L
D
 
A
E
 
E

3tceA Crystal structure of the complex of dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with 5-hydroxylysine at 2.6 a resolution
33% identity, 91% coverage: 7:287/310 of query aligns to 2:275/291 of 3tceA

query
sites
3tceA
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
I
 
S
I
 
I
P
 
V
P
 
A
M
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
L
 
M
N
 
L
S
 
K
D
 
D
F
 
G
S
 
G
L
 
V
D
 
D
E
 
W
A
 
K
S
 
S
L
 
L
P
 
E
V
 
K
L
 
L
I
 
V
E
 
E
H
 
W
I
 
H
I
 
I
S
 
E
G
 
Q
G
 
G
V
 
T
H
 
N
G
 
S
L
 
I
F
 
V
I
 
A
L
 
V
G
 
G
T
|
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
F
 
A
A
x
S
S
 
T
L
|
L
S
 
S
K
 
M
E
 
E
V
 
E
K
x
H
K
 
T
K
 
Q
L
 
V
I
 
I
E
 
K
L
 
E
T
 
I
C
 
I
Q
 
R
I
 
V
V
 
A
N
 
N
K
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
I
L
 
I
V
 
A
G
 
G
I
 
T
S
 
G
D
 
A
C
 
N
S
 
S
F
 
T
Q
 
R
E
 
E
S
 
A
I
 
I
E
 
E
L
 
L
A
 
T
S
 
K
L
 
A
A
 
A
K
 
K
K
 
D
S
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
A
L
 
A
V
 
L
A
 
L
T
 
V
N
 
T
P
 
P
F
x
Y
Y
|
Y
V
 
N
N
 
K
V
 
P
D
 
T
Q
 
Q
D
 
E
E
 
G
L
 
L
I
 
Y
N
 
Q
Y
 
H
F
 
Y
S
 
K
R
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
E
E
 
A
V
 
V
A
 
E
L
 
L
P
 
P
L
 
L
F
 
I
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
M
 
V
P
 
P
S
 
G
H
x
R
T
 
T
G
 
G
I
 
V
H
 
D
L
 
L
E
 
S
L
 
N
E
 
D
T
 
T
I
 
A
K
 
V
S
 
R
L
 
L
A
 
A
K
 
E
H
 
I
S
 
P
N
 
N
I
 
I
I
 
V
G
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
D
S
 
A
S
 
T
G
 
G
N
 
D
K
 
V
E
 
P
Y
 
R
F
 
G
Q
 
K
Q
 
A
L
 
L
C
 
I
E
 
D
A
 
A
F
 
L
K
 
N
N
 
G
Q
 
K
P
 
-
G
 
-
F
 
M
T
 
A
V
 
V
L
 
Y
M
 
S
G
 
G
P
 
D
E
 
D
E
 
E
I
 
T
L
 
A
K
 
W
E
 
E
A
 
L
M
 
M
E
 
L
M
 
L
G
 
G
G
 
A
S
 
D
G
 
G
G
 
N
V
x
I
T
 
S
G
 
V
G
 
T
A
 
A
N
 
N
L
 
I
F
 
A
P
 
P
K
 
K
L
 
A
Y
 
M
V
 
S
Q
 
E
F
 
V
Y
 
C
E
 
A
S
 
V
I
 
A
K
 
I
S
 
A
G
 
K
N
 
D
L
 
E
E
 
Q
N
 
Q
T
 
A
K
 
K
K
 
T
L
 
L
N
 
N
E
 
N
T
 
K
V
 
I
Q
 
A
F
 
N
L
 
L
S
 
H
Q
 
N
N
 
I
L
 
L
Y
 
F
Q
 
C
Q
 
E
G
 
-
T
 
-
Y
 
-
K
 
-
S
 
-
S
 
S
Y
 
N
L
 
P
K
 
I
G
 
P
L
 
V
K
 
K
A
 
W
S
 
A
L
 
L
S
 
H
F
 
E
E
 
M
G
 
G
L
 
L
C
 
I
P
 
D
N
 
T
V
 
G
L
 
I
A
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
L
T
 
T
S
 
P
F
 
L
D
 
A
E
 
E

3rk8A Crystal structure of the chloride inhibited dihydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii complexed with pyruvate at 1.8 a resolution
33% identity, 91% coverage: 7:287/310 of query aligns to 2:275/291 of 3rk8A

query
sites
3rk8A
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
I
 
S
I
 
I
P
 
V
P
 
A
M
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
L
 
M
N
 
L
S
 
K
D
 
D
F
 
G
S
 
G
L
 
V
D
 
D
E
 
W
A
 
K
S
 
S
L
 
L
P
 
E
V
 
K
L
 
L
I
 
V
E
 
E
H
 
W
I
 
H
I
 
I
S
 
E
G
 
Q
G
 
G
V
 
T
H
 
N
G
 
S
L
 
I
F
 
V
I
 
A
L
 
V
G
 
G
T
|
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
F
 
A
A
 
S
S
 
T
L
 
L
S
 
S
K
 
M
E
 
E
V
 
E
K
 
H
K
 
T
K
 
Q
L
 
V
I
 
I
E
 
K
L
 
E
T
 
I
C
 
I
Q
 
R
I
 
V
V
 
A
N
 
N
K
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
I
L
 
I
V
 
A
G
 
G
I
 
T
S
 
G
D
 
A
C
 
N
S
 
S
F
 
T
Q
 
R
E
 
E
S
 
A
I
 
I
E
 
E
L
 
L
A
 
T
S
 
K
L
 
A
A
 
A
K
 
K
K
 
D
S
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
A
L
 
A
V
 
L
A
 
L
T
 
V
N
 
T
P
 
P
F
 
Y
Y
|
Y
V
 
N
N
 
K
V
 
P
D
 
T
Q
 
Q
D
 
E
E
 
G
L
 
L
I
 
Y
N
 
Q
Y
 
H
F
 
Y
S
 
K
R
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
E
E
 
A
V
 
V
A
 
E
L
 
L
P
 
P
L
 
L
F
 
I
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
M
 
V
P
 
P
S
 
G
H
x
R
T
 
T
G
 
G
I
 
V
H
 
D
L
 
L
E
 
S
L
 
N
E
 
D
T
 
T
I
 
A
K
 
V
S
 
R
L
 
L
A
 
A
K
 
E
H
 
I
S
 
P
N
 
N
I
 
I
I
 
V
G
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
D
S
 
A
S
 
T
G
 
G
N
 
D
K
 
V
E
 
P
Y
 
R
F
 
G
Q
 
K
Q
 
A
L
 
L
C
 
I
E
 
D
A
 
A
F
 
L
K
 
N
N
 
G
Q
 
K
P
 
-
G
 
-
F
 
M
T
 
A
V
 
V
L
 
Y
M
 
S
G
|
G
P
 
D
E
 
D
E
 
E
I
 
T
L
 
A
K
 
W
E
 
E
A
 
L
M
 
M
E
 
L
M
 
L
G
 
G
G
 
A
S
 
D
G
 
G
G
 
N
V
x
I
T
 
S
G
 
V
G
 
T
A
 
A
N
 
N
L
 
I
F
 
A
P
 
P
K
 
K
L
 
A
Y
 
M
V
 
S
Q
 
E
F
 
V
Y
 
C
E
 
A
S
 
V
I
 
A
K
 
I
S
 
A
G
 
K
N
 
D
L
 
E
E
 
Q
N
 
Q
T
 
A
K
 
K
K
 
T
L
 
L
N
 
N
E
 
N
T
 
K
V
 
I
Q
 
A
F
 
N
L
 
L
S
 
H
Q
 
N
N
 
I
L
 
L
Y
x
F
Q
 
C
Q
 
E
G
 
-
T
 
-
Y
 
-
K
 
-
S
 
-
S
 
S
Y
 
N
L
 
P
K
 
I
G
 
P
L
 
V
K
 
K
A
 
W
S
 
A
L
 
L
S
 
H
F
 
E
E
 
M
G
 
G
L
 
L
C
 
I
P
 
D
N
 
T
V
 
G
L
 
I
A
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
L
T
 
T
S
 
P
F
 
L
D
 
A
E
 
E

3pueB Crystal structure of the complex of dhydrodipicolinate synthase from acinetobacter baumannii with lysine at 2.6a resolution
33% identity, 91% coverage: 7:287/310 of query aligns to 2:275/291 of 3pueB

query
sites
3pueB
I
 
I
Q
 
Q
G
 
G
I
 
S
I
 
I
P
 
V
P
 
A
M
 
I
V
 
V
T
 
T
P
 
P
L
 
M
N
 
L
S
 
K
D
 
D
F
 
G
S
 
G
L
 
V
D
 
D
E
 
W
A
 
K
S
 
S
L
 
L
P
 
E
V
 
K
L
 
L
I
 
V
E
 
E
H
 
W
I
 
H
I
 
I
S
 
E
G
 
Q
G
 
G
V
 
T
H
 
N
G
 
S
L
 
I
F
 
V
I
 
A
L
 
V
G
 
G
T
|
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
F
 
A
A
 
S
S
 
T
L
 
L
S
 
S
K
 
M
E
 
E
V
 
E
K
 
H
K
 
T
K
 
Q
L
 
V
I
 
I
E
 
K
L
 
E
T
 
I
C
 
I
Q
 
R
I
 
V
V
 
A
N
 
N
K
 
K
R
 
R
V
 
I
P
 
P
V
 
I
L
 
I
V
 
A
G
 
G
I
 
T
S
 
G
D
 
A
C
 
N
S
 
S
F
 
T
Q
 
R
E
 
E
S
 
A
I
 
I
E
 
E
L
 
L
A
 
T
S
 
K
L
 
A
A
 
A
K
 
K
K
 
D
S
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
A
L
 
A
V
 
L
A
 
L
T
 
V
N
 
T
P
 
P
F
 
Y
Y
|
Y
V
 
N
N
 
K
V
 
P
D
 
T
Q
 
Q
D
 
E
E
 
G
L
 
L
I
 
Y
N
 
Q
Y
 
H
F
 
Y
S
 
K
R
 
A
L
 
I
A
 
A
D
 
E
E
 
A
V
 
V
A
 
E
L
 
L
P
 
P
L
 
L
F
 
I
L
 
L
Y
|
Y
N
 
N
M
 
V
P
 
P
S
 
G
H
x
R
T
 
T
G
 
G
I
 
V
H
 
D
L
 
L
E
 
S
L
 
N
E
 
D
T
 
T
I
 
A
K
 
V
S
 
R
L
 
L
A
 
A
K
 
E
H
 
I
S
 
P
N
 
N
I
 
I
I
 
V
G
 
G
I
 
I
K
|
K
D
 
D
S
 
A
S
 
T
G
 
G
N
 
D
K
 
V
E
 
P
Y
 
R
F
 
G
Q
 
K
Q
 
A
L
 
L
C
 
I
E
 
D
A
 
A
F
 
L
K
 
N
N
 
G
Q
 
K
P
 
-
G
 
-
F
 
M
T
 
A
V
 
V
L
 
Y
M
 
S
G
 
G
P
 
D
E
 
D
E
 
E
I
 
T
L
 
A
K
 
W
E
 
E
A
 
L
M
 
M
E
 
L
M
 
L
G
 
G
G
 
A
S
 
D
G
 
G
G
 
N
V
x
I
T
 
S
G
 
V
G
 
T
A
 
A
N
 
N
L
 
I
F
 
A
P
 
P
K
 
K
L
 
A
Y
 
M
V
 
S
Q
 
E
F
 
V
Y
 
C
E
 
A
S
 
V
I
 
A
K
 
I
S
 
A
G
 
K
N
 
D
L
 
E
E
 
Q
N
 
Q
T
 
A
K
 
K
K
 
T
L
 
L
N
 
N
E
 
N
T
 
K
V
 
I
Q
 
A
F
 
N
L
 
L
S
 
H
Q
 
N
N
 
I
L
 
L
Y
x
F
Q
 
C
Q
 
E
G
 
-
T
 
-
Y
 
-
K
 
-
S
 
-
S
 
S
Y
x
N
L
 
P
K
 
I
G
 
P
L
 
V
K
 
K
A
 
W
S
 
A
L
 
L
S
 
H
F
 
E
E
 
M
G
 
G
L
 
L
C
 
I
P
 
D
N
 
T
V
 
G
L
 
I
A
 
R
L
 
L
P
 
P
L
 
L
T
 
T
S
 
P
F
 
L
D
 
A
E
 
E

5c55A Crystal structure of the y138f mutant of c.Glutamicum n- acetylneuraminic acid lyase in complex with pyruvate
33% identity, 92% coverage: 9:293/310 of query aligns to 4:297/307 of 5c55A

query
sites
5c55A
G
 
G
I
 
V
I
 
I
P
 
P
P
|
P
M
 
V
V
 
M
T
 
T
P
 
P
L
 
L
N
 
H
S
 
A
D
 
D
F
 
G
S
 
S
L
 
V
D
 
D
E
 
V
A
 
E
S
 
S
L
 
L
P
 
R
V
 
K
L
 
L
I
 
V
E
 
D
H
 
H
I
 
L
I
 
I
S
 
N
G
 
G
G
 
G
V
 
V
H
 
D
G
 
G
L
 
L
F
 
F
I
 
A
L
 
L
G
 
G
T
x
S
T
x
S
G
 
G
E
 
E
F
 
A
A
 
A
S
 
F
L
 
L
S
 
T
K
 
R
E
 
A
V
 
Q
K
 
R
K
 
K
K
 
L
L
 
A
I
 
L
E
 
T
L
 
T
T
 
I
C
 
I
Q
 
E
I
 
H
V
 
T
N
 
A
K
 
G
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
T
V
 
A
G
 
G
I
 
V
S
 
I
D
 
E
C
 
T
S
 
T
F
 
T
Q
 
A
E
 
R
S
 
V
I
 
I
E
 
E
L
 
L
A
 
V
S
 
E
L
 
D
A
 
A
K
 
L
K
 
E
S
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
E
I
 
G
L
 
L
V
 
V
A
 
A
T
 
T
N
 
A
P
 
P
F
 
F
Y
|
Y
V
 
T
N
 
R
V
 
T
D
 
H
Q
 
D
D
 
V
E
 
E
L
 
I
I
 
E
N
 
E
Y
 
H
F
 
F
S
 
R
R
 
K
L
 
I
-
 
H
A
 
A
D
 
A
E
 
A
V
 
P
A
 
E
L
 
L
P
 
P
L
 
L
F
 
F
L
 
A
Y
x
F
N
 
N
M
 
I
P
 
P
S
 
V
H
x
S
T
 
V
G
 
H
I
 
S
H
 
N
L
 
L
E
 
N
L
 
P
E
 
V
T
 
M
I
 
L
K
 
L
S
 
T
L
 
L
A
 
A
K
 
K
H
 
D
S
 
G
N
 
V
I
 
L
I
 
A
G
 
G
I
 
T
K
|
K
D
 
D
S
 
S
S
 
S
G
 
G
N
 
N
K
 
D
E
 
G
Y
 
A
F
 
I
Q
 
R
Q
 
S
L
 
L
C
 
I
E
 
E
A
 
A
F
 
-
K
 
R
N
 
D
Q
 
D
P
 
A
G
 
G
-
 
L
-
 
T
-
 
E
-
 
Q
F
 
F
T
 
K
V
 
I
L
 
L
M
 
T
G
 
G
P
 
S
E
 
E
E
 
T
I
 
T
L
 
V
K
 
D
E
 
F
A
 
A
M
 
Y
E
 
L
M
 
A
G
 
G
G
 
A
S
 
D
G
 
G
G
 
V
V
|
V
T
 
P
G
 
G
G
 
L
A
 
G
N
 
N
L
 
V
F
 
D
P
 
P
K
 
A
L
 
A
Y
 
Y
V
 
A
Q
 
A
F
 
L
Y
 
A
E
 
K
S
 
L
I
 
C
K
 
L
S
 
D
G
 
G
N
 
K
L
 
W
E
 
A
N
 
E
T
 
A
K
 
A
K
 
A
L
 
L
N
 
Q
E
 
K
T
 
R
V
 
I
Q
 
N
F
 
H
L
 
L
S
 
F
Q
 
H
N
 
I
L
 
V
Y
 
F
Q
 
V
Q
 
G
G
 
D
T
 
T
Y
 
S
K
 
H
-
 
M
-
 
S
-
 
G
-
 
S
S
 
S
S
 
A
Y
 
G
L
 
L
K
 
G
G
 
G
L
 
F
K
 
K
A
 
T
S
 
A
L
 
L
S
 
A
F
 
H
E
 
L
G
 
G
L
 
I
C
 
I
-
 
E
P
 
S
N
 
N
V
 
A
L
 
M
A
 
A
L
 
V
P
 
P
L
 
H
T
 
Q
S
 
S
F
 
L
D
 
S
E
 
D
D
 
E
E
 
E
V
 
T
T
 
A
S
 
R
L
 
I

Q8UGL3 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase; HTPA synthase; EC 4.3.3.7 from Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970) (Agrobacterium tumefaciens (strain C58)) (see paper)
32% identity, 79% coverage: 8:253/310 of query aligns to 3:247/294 of Q8UGL3

query
sites
Q8UGL3
Q
 
K
G
 
G
I
 
S
I
 
I
P
 
P
P
 
A
M
 
L
V
 
I
T
 
T
P
 
P
L
 
F
N
 
T
S
 
D
D
 
N
F
 
G
S
 
S
L
 
V
D
 
D
E
 
E
A
 
K
S
 
A
L
 
F
P
 
A
V
 
A
L
 
H
I
 
V
E
 
E
H
 
W
I
 
Q
I
 
I
S
 
A
G
 
E
G
 
G
V
 
S
H
 
N
G
 
G
L
 
L
F
 
V
I
 
P
L
 
V
G
 
G
T
 
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
F
 
S
A
x
P
S
 
T
L
 
L
S
 
S
K
 
H
E
 
D
V
 
E
K
x
H
K
 
K
K
 
R
L
 
V
I
 
V
E
 
E
L
 
L
T
 
C
C
 
I
Q
 
E
I
 
V
V
 
A
N
 
A
K
 
K
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
I
V
 
A
G
 
G
I
 
A
S
 
G
D
 
S
C
x
N
S
 
N
F
 
T
Q
 
D
E
|
E
S
 
A
I
 
I
E
 
E
L
 
L
A
 
A
S
 
L
L
 
H
A
 
A
K
 
Q
K
 
E
S
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
A
L
 
L
V
 
L
A
 
V
T
 
V
N
 
T
P
 
P
F
x
Y
Y
 
Y
V
 
N
N
 
K
V
 
P
D
 
T
Q
 
Q
D
 
K
E
 
G
L
 
L
I
 
F
N
 
A
Y
 
H
F
 
F
S
 
S
R
 
A
L
 
V
A
 
A
D
 
E
E
 
A
V
 
V
A
 
K
L
 
L
P
 
P
L
 
I
F
 
V
L
 
I
Y
 
Y
N
 
N
M
 
I
P
 
P
S
 
P
H
 
R
T
 
S
G
 
V
I
 
V
H
 
D
L
 
M
E
 
S
L
 
P
E
 
E
T
 
T
I
 
M
K
 
G
S
 
A
L
 
L
A
 
V
K
 
K
-
 
A
H
 
H
S
 
K
N
 
N
I
 
I
I
 
I
G
 
G
I
 
V
K
|
K
D
 
D
S
 
A
S
 
T
G
 
G
N
 
K
K
 
L
E
 
D
Y
 
R
F
 
V
-
 
S
Q
 
E
Q
 
Q
L
 
R
C
 
I
E
 
S
A
 
C
F
 
G
K
 
K
N
 
D
Q
 
-
P
 
-
G
 
-
F
 
F
T
 
V
V
 
Q
L
 
L
M
 
S
G
 
G
P
 
E
E
 
D
E
 
G
I
 
T
L
 
A
K
 
L
E
 
G
A
 
F
M
 
N
E
 
A
M
 
H
G
 
G
G
 
G
S
 
V
G
 
G
G
 
C
V
 
I
T
 
S
G
 
V
G
 
T
A
 
A
N
 
N
L
 
V
F
 
A
P
 
P
K
 
R
L
 
L
Y
 
C
V
 
S
Q
 
E
F
 
F
Y
 
Q
E
 
A
S
 
A
I
 
M
K
 
L
S
 
A
G
 
G
N
 
D
L
 
Y
E
 
A
N
 
K
T
 
A
K
 
L
K
 
E
L
 
Y
N
 
Q
E
 
D
T
 
R
V
 
L
Q
 
M
F
 
P
L
 
L
S
 
H
Q
 
R
N
 
A
L
 
I
Y
 
F
Q
 
M
Q
 
E

4i7wA Agrobacterium tumefaciens dhdps with lysine and pyruvate
30% identity, 89% coverage: 8:284/310 of query aligns to 3:273/294 of 4i7wA

query
sites
4i7wA
Q
 
K
G
 
G
I
 
S
I
 
I
P
 
P
P
 
A
M
 
L
V
 
I
T
 
T
P
 
P
L
 
F
N
 
T
S
 
D
D
 
N
F
 
G
S
 
A
L
 
V
D
 
D
E
 
E
A
 
Q
S
 
A
L
 
F
P
 
A
V
 
A
L
 
H
I
 
V
E
 
E
H
 
W
I
 
Q
I
 
I
S
 
A
G
 
E
G
 
G
V
 
S
H
 
N
G
 
G
L
 
L
F
 
V
I
 
P
L
 
V
G
 
G
T
|
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
F
x
S
A
x
P
S
 
T
L
|
L
S
 
S
K
 
H
E
 
D
V
 
E
K
x
H
K
 
K
K
 
R
L
 
V
I
 
V
E
 
E
L
 
L
T
 
C
C
 
I
Q
 
E
I
 
V
V
 
A
N
 
A
K
 
K
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
I
V
 
A
G
 
G
I
 
A
S
 
G
D
 
S
C
x
N
S
 
N
F
 
T
Q
 
D
E
|
E
S
 
A
I
 
I
E
 
E
L
 
L
A
 
A
S
 
L
L
 
H
A
 
A
K
 
Q
K
 
D
S
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
A
L
 
L
V
 
L
A
 
V
T
 
V
N
 
T
P
 
P
F
x
Y
Y
|
Y
V
 
N
N
 
K
V
 
P
D
 
T
Q
 
Q
D
 
K
E
 
G
L
 
L
I
 
F
N
 
A
Y
 
H
F
 
F
S
 
S
R
 
A
L
 
V
A
 
A
D
 
E
E
 
A
V
 
V
A
 
K
L
 
L
P
 
P
L
 
I
F
 
V
L
 
I
Y
|
Y
N
 
N
M
 
I
P
 
P
S
 
P
H
x
R
T
 
S
G
 
V
I
 
V
H
 
D
L
 
M
E
 
S
L
 
P
E
 
E
T
 
T
I
 
M
K
 
G
S
 
A
L
 
L
A
 
V
K
 
K
-
 
A
H
 
H
S
 
K
N
 
N
I
 
I
I
 
V
G
 
G
I
 
V
K
|
K
D
 
D
S
 
A
S
 
T
G
 
G
N
 
K
K
 
L
E
 
D
Y
 
R
F
 
V
-
 
S
Q
 
E
Q
 
Q
L
 
R
C
 
I
E
 
S
A
 
C
F
 
G
K
 
K
N
 
D
Q
 
-
P
 
-
G
 
-
F
 
F
T
 
I
V
 
Q
L
 
L
M
 
S
G
 
G
P
 
E
E
 
D
E
 
S
I
 
T
L
 
A
K
 
L
E
 
G
A
 
F
M
 
N
E
 
A
M
 
H
G
 
G
G
 
G
S
 
V
G
 
G
G
 
C
V
x
I
T
 
S
G
 
V
G
 
S
A
 
A
N
 
N
L
 
V
F
 
A
P
 
P
K
 
R
L
 
L
Y
 
C
V
 
S
Q
 
E
F
 
F
Y
 
Q
E
 
A
S
 
A
I
 
M
K
 
L
S
 
A
G
 
G
N
 
D
L
 
Y
E
 
A
N
 
K
T
 
A
K
 
L
K
 
E
L
 
Y
N
 
Q
E
 
D
T
 
R
V
 
L
Q
 
M
F
 
P
L
 
L
S
 
H
Q
 
R
N
 
A
L
 
I
Y
 
F
Q
 
M
Q
 
E
G
 
-
T
 
-
Y
 
-
K
 
-
S
 
-
S
 
P
Y
 
G
L
 
V
K
 
C
G
 
G
L
 
T
K
 
K
A
 
Y
S
 
A
L
 
L
S
 
S
F
 
K
E
 
T
G
 
R
L
 
G
C
 
C
P
 
N
N
 
R
V
 
K
L
 
V
A
 
R
L
 
S
P
 
P
L
 
L
T
 
M
S
 
S

7mjfA Crystal structure of candidatus liberibacter solanacearum dihydrodipicolinate synthase with pyruvate and succinic semi-aldehyde bound in active site
33% identity, 79% coverage: 8:251/310 of query aligns to 3:245/296 of 7mjfA

query
sites
7mjfA
Q
 
Q
G
 
R
I
 
S
I
 
I
P
 
P
P
x
A
M
 
L
V
 
I
T
 
T
P
 
P
L
 
F
N
 
T
S
 
K
D
 
D
F
 
N
S
 
L
L
 
I
D
 
D
E
 
E
A
 
D
S
 
S
L
 
F
P
 
V
V
 
D
L
 
H
I
 
I
E
 
E
H
 
W
I
 
Q
I
 
I
S
 
S
G
 
E
G
 
G
V
 
S
H
 
S
G
 
G
L
 
L
F
 
V
I
 
P
L
 
A
G
 
G
T
|
T
T
|
T
G
 
G
E
 
E
F
 
S
A
 
S
S
 
T
L
 
L
S
 
S
K
 
Y
E
 
E
V
 
E
K
 
H
K
 
C
K
 
R
L
 
V
I
 
V
E
 
E
L
 
L
T
 
C
C
 
V
Q
 
K
I
 
T
V
 
A
N
 
A
K
 
G
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
M
V
 
A
G
 
G
I
 
A
S
 
G
D
 
S
C
 
N
S
 
N
F
 
T
Q
 
K
E
 
E
S
 
S
I
 
I
E
 
E
L
 
L
A
 
A
S
 
Q
L
 
Y
A
 
A
K
 
Q
K
 
N
S
 
T
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
A
L
 
L
V
 
L
A
 
V
T
 
V
N
 
V
P
 
P
F
 
Y
Y
 
Y
V
 
N
N
 
K
V
 
P
D
 
N
Q
 
K
D
 
K
E
 
G
L
 
L
I
 
L
N
 
A
Y
 
H
F
 
F
S
 
G
R
 
S
L
 
I
A
 
A
D
 
N
E
 
A
V
 
V
A
 
S
L
 
L
P
 
P
L
 
I
F
 
Y
L
 
I
Y
|
Y
N
 
N
M
 
N
P
 
P
S
 
S
H
x
R
T
 
T
G
 
V
I
 
I
H
 
E
L
 
M
E
 
D
L
 
V
E
 
D
T
 
T
I
 
M
K
 
A
S
 
E
L
 
L
A
 
V
K
 
K
-
 
T
H
 
Y
S
 
S
N
 
N
I
 
I
I
 
V
G
 
G
I
 
V
K
|
K
D
 
D
S
 
A
S
 
T
G
 
G
N
 
R
K
 
I
E
 
E
Y
 
L
F
 
A
Q
 
S
Q
 
G
L
 
-
C
 
-
E
 
Q
A
 
R
F
 
I
K
 
A
N
 
C
Q
 
G
P
 
S
G
 
D
F
 
F
T
 
I
V
 
Q
L
 
L
M
 
S
G
|
G
P
 
D
E
 
D
E
 
S
I
 
S
L
 
A
K
 
L
E
 
G
A
 
F
M
 
N
E
 
V
M
 
H
G
 
G
G
 
G
S
 
V
G
 
G
G
 
C
V
 
I
T
 
S
G
 
V
G
 
T
A
 
A
N
 
N
L
 
V
F
 
A
P
 
P
K
 
R
L
 
I
Y
 
C
V
 
A
Q
 
E
F
 
F
Y
 
Q
E
 
K
S
 
A
I
 
I
K
 
S
S
 
E
G
 
G
N
 
D
L
 
Y
E
 
R
N
 
Q
T
 
A
K
 
L
K
 
E
L
 
Y
N
 
Q
E
 
D
T
 
K
V
 
L
Q
 
F
F
 
P
L
 
L
S
 
H
Q
 
Q
N
 
A
L
 
L
Y
 
F

7lvlA Dihydrodipicolinate synthase bound with allosteric inhibitor (s)- lysine from candidatus liberibacter solanacearum
33% identity, 79% coverage: 8:251/310 of query aligns to 3:245/296 of 7lvlA

query
sites
7lvlA
Q
 
Q
G
 
R
I
 
S
I
 
I
P
 
P
P
 
A
M
 
L
V
 
I
T
 
T
P
 
P
L
 
F
N
 
T
S
 
K
D
 
D
F
 
N
S
 
L
L
 
I
D
 
D
E
 
E
A
 
D
S
 
S
L
 
F
P
 
V
V
 
D
L
 
H
I
 
I
E
 
E
H
 
W
I
 
Q
I
 
I
S
 
S
G
 
E
G
 
G
V
 
S
H
 
S
G
 
G
L
 
L
F
 
V
I
 
P
L
 
A
G
 
G
T
|
T
T
 
T
G
 
G
E
 
E
F
x
S
A
x
S
S
 
T
L
|
L
S
 
S
K
 
Y
E
 
E
V
 
E
K
 
H
K
 
C
K
 
R
L
 
V
I
 
V
E
 
E
L
 
L
T
 
C
C
 
V
Q
 
K
I
 
T
V
 
A
N
 
A
K
 
G
R
 
R
V
 
V
P
 
P
V
 
V
L
 
M
V
 
A
G
 
G
I
 
A
S
 
G
D
 
S
C
 
N
S
 
N
F
 
T
Q
 
K
E
 
E
S
 
S
I
 
I
E
 
E
L
 
L
A
 
A
S
 
Q
L
 
Y
A
 
A
K
 
Q
K
 
N
S
 
T
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
A
L
 
L
V
 
L
A
 
V
T
 
V
N
 
V
P
 
P
F
x
Y
Y
|
Y
V
 
N
N
 
K