SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Other sequence analysis tools:

Find papers: PaperBLAST

Search for conserved domains

Find the best match in UniProt

Compare to protein structures

Predict transmenbrane helices: Phobius

Predict protein localization: PSORTb

Find homologs in fast.genomics

Fitness BLAST: loading...

Comparing WP_008202812.1 NCBI__GCF_000166275.1:WP_008202812.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

6uziC Crystal structure of dihydrolipoyl dehydrogenase from elizabethkingia anophelis nuhp1
43% identity, 98% coverage: 4:458/465 of query aligns to 5:462/470 of 6uziC

query
sites
6uziC
T
 
N
K
 
Q
F
 
F
D
 
D
L
 
V
I
 
A
V
 
V
V
x
I
G
|
G
S
 
S
G
|
G
P
|
P
G
|
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
C
S
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
F
K
 
K
T
 
T
A
 
V
V
 
I
V
 
I
E
|
E
A
x
K
-
 
Y
A
 
S
E
 
T
L
 
L
G
 
G
G
|
G
I
x
T
C
|
C
L
 
L
N
 
N
W
 
V
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
T
x
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
K
 
D
S
 
S
A
 
S
Q
 
E
V
 
H
F
 
F
E
 
E
Y
 
N
I
 
A
N
 
K
H
 
H
A
 
T
-
 
F
A
 
A
D
 
T
Y
 
H
G
 
G
I
 
I
T
 
L
V
 
I
G
 
D
D
 
E
A
 
P
K
 
K
A
 
V
D
 
D
F
 
I
D
 
A
G
 
Q
I
 
M
V
 
I
K
 
S
R
 
R
S
 
K
R
 
N
G
 
D
V
 
V
A
 
V
D
 
D
G
 
Q
M
 
T
S
 
T
K
 
K
G
 
G
V
 
I
T
 
N
F
 
F
L
 
L
M
 
M
K
 
D
K
 
K
N
 
N
K
 
K
I
 
I
E
 
T
V
 
V
I
 
L
K
 
Q
G
 
G
W
x
V
G
|
G
K
 
S
I
 
F
Q
 
E
P
 
S
G
 
A
K
 
T
K
 
Q
V
 
I
E
 
K
V
 
V
T
 
T
D
 
K
S
 
A
E
 
D
E
 
G
K
 
S
K
 
S
T
 
E
V
 
V
Y
 
I
S
 
E
A
 
A
D
 
K
N
 
N
I
 
T
I
 
I
I
 
I
A
 
A
T
|
T
G
|
G
A
 
S
R
 
K
S
 
P
R
 
S
E
 
S
L
 
L
P
 
P
S
 
F
M
 
I
K
 
T
I
 
L
D
 
D
K
 
K
K
 
E
K
 
R
I
 
V
I
 
I
G
 
T
Y
 
S
R
 
T
E
 
E
A
 
A
M
 
L
T
 
N
L
 
L
D
 
K
K
 
E
M
 
V
P
 
P
K
 
K
K
 
H
M
 
L
V
 
I
V
 
V
V
 
I
G
 
G
S
 
G
G
 
G
A
x
V
I
|
I
G
 
G
I
 
L
E
|
E
F
 
L
A
 
G
Y
 
S
F
 
V
Y
 
Y
A
 
L
T
 
R
M
 
L
G
 
G
A
 
S
E
 
D
V
 
V
T
 
T
I
 
V
V
 
V
E
 
E
Y
 
Y
L
 
L
D
 
D
R
 
K
I
 
I
V
 
I
P
 
P
V
 
G
E
 
M
D
 
D
A
 
G
E
 
T
V
 
L
S
 
S
K
 
K
T
 
E
L
 
L
E
 
Q
K
 
K
I
 
T
Y
 
L
K
 
K
K
 
K
A
 
Q
G
 
G
M
 
M
T
 
K
I
 
F
M
 
M
T
 
L
S
 
S
S
 
T
E
 
A
V
 
V
T
 
S
A
 
G
V
 
V
D
 
E
T
 
R
K
 
N
G
 
G
S
 
D
G
 
T
C
 
V
K
 
K
V
 
V
T
 
T
V
 
A
K
 
K
T
 
D
A
 
K
K
 
K
G
 
G
E
 
E
E
 
D
-
 
V
T
 
V
L
 
V
E
 
E
C
 
G
D
 
D
I
 
Y
V
 
C
L
 
L
S
 
V
A
 
S
A
 
V
G
 
G
V
x
R
V
 
R
S
 
P
N
 
Y
L
 
T
E
 
D
N
 
G
C
 
L
G
 
G
L
 
L
E
 
E
D
 
K
V
 
A
G
 
G
I
 
V
L
 
E
V
 
L
D
 
D
-
 
E
K
 
R
G
 
G
K
 
R
I
 
V
K
 
K
V
 
T
D
 
N
E
 
D
Y
 
H
Y
 
L
K
 
Q
T
 
T
N
 
N
M
 
V
P
 
P
G
 
N
Y
 
I
Y
 
Y
A
 
A
I
 
I
G
 
G
D
|
D
V
 
V
I
 
V
P
 
K
G
 
G
P
 
A
A
x
M
L
|
L
A
|
A
H
 
H
V
 
K
A
 
A
S
 
E
A
 
E
E
 
E
G
 
G
I
 
V
I
 
F
C
 
V
V
 
A
E
 
E
K
 
T
I
 
L
A
 
A
G
 
G
Q
 
E
N
 
K
P
 
P
E
 
H
P
 
-
L
 
V
D
 
N
Y
 
Y
G
 
N
N
 
L
I
 
I
P
 
P
G
 
G
C
 
V
T
 
V
Y
 
Y
C
 
T
S
 
W
P
 
P
E
 
E
I
 
V
A
 
A
S
 
G
V
 
V
G
 
G
M
 
K
T
 
T
E
 
E
A
 
E
K
 
Q
A
 
L
K
 
K
E
 
E
A
 
A
G
 
G
Y
 
V
E
 
A
L
 
Y
R
 
K
V
 
T
G
 
G
K
 
S
F
 
F
P
 
P
F
 
M
S
 
R
A
 
A
S
 
L
G
 
G
K
 
R
A
 
S
S
 
R
A
 
A
A
 
S
G
 
M
A
 
D
K
 
T
D
 
D
G
 
G
F
 
V
V
 
I
K
 
K
L
 
I
V
 
L
F
 
A
D
 
D
K
 
E
K
 
K
Y
 
T
G
 
D
E
 
E
L
 
I
L
 
L
G
 
G
A
 
V
H
 
H
M
 
M
I
 
I
G
 
G
F
 
A
N
 
R
V
 
A
T
 
A
E
 
D
M
 
M
I
 
I
A
 
A
E
 
E
I
 
A
V
 
V
A
 
V
I
 
A
R
 
M
K
 
E
L
 
F
E
 
R
T
 
A
T
 
S
G
 
A
H
 
E
E
 
D
L
 
I
I
 
A
K
 
R
T
 
I
V
 
S
H
 
H
P
 
A
H
|
H
P
 
P
T
 
T
M
 
Y
S
 
T
E
|
E
A
 
A
V
 
I
M
 
K
E
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
L
A
 
D
A
 
A

3urhB Crystal structure of a dihydrolipoamide dehydrogenase from sinorhizobium meliloti 1021
43% identity, 99% coverage: 6:464/465 of query aligns to 1:465/465 of 3urhB

query
sites
3urhB
F
 
Y
D
 
D
L
 
L
I
 
I
V
 
V
V
x
I
G
|
G
S
 
S
G
|
G
P
|
P
G
|
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
A
 
C
A
 
A
I
 
I
R
 
K
A
 
A
S
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
M
K
 
K
T
 
V
A
 
A
V
 
V
V
 
V
E
|
E
-
x
K
A
 
R
A
 
S
E
 
T
L
x
Y
G
 
G
G
|
G
I
x
T
C
|
C
L
 
L
N
 
N
W
 
V
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
T
x
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
K
 
H
S
 
A
A
 
S
Q
 
E
V
 
M
F
 
F
E
 
H
Y
 
Q
I
 
A
N
 
Q
H
 
H
A
 
G
A
 
L
D
 
E
-
 
A
Y
 
L
G
 
G
I
 
V
T
 
E
V
 
V
G
 
A
D
 
N
A
 
P
K
 
K
A
 
L
D
 
N
F
 
L
D
 
Q
G
 
K
I
 
M
V
 
M
K
 
A
R
 
H
S
 
K
R
 
D
G
 
A
V
 
T
A
 
V
D
 
K
G
 
S
M
 
N
S
 
V
K
 
D
G
 
G
V
 
V
T
 
S
F
 
F
L
 
L
M
 
F
K
 
K
K
 
K
N
 
N
K
 
K
I
 
I
E
 
D
V
 
G
I
 
F
K
 
Q
G
 
G
W
x
T
G
|
G
K
 
K
I
 
V
Q
 
L
P
 
G
G
 
Q
K
 
G
K
 
K
V
 
V
E
 
S
V
 
V
T
 
T
D
 
N
S
 
E
E
 
K
E
 
G
K
 
E
K
 
E
T
 
Q
V
 
V
Y
 
L
S
 
E
A
 
A
D
 
K
N
 
N
I
 
V
I
 
V
I
 
I
A
|
A
T
|
T
G
|
G
A
 
S
R
 
D
S
 
V
R
 
A
E
 
G
L
 
I
P
 
P
S
 
G
M
 
V
K
 
E
I
 
V
-
 
A
-
 
F
D
 
D
K
 
E
K
 
K
K
 
T
I
 
I
I
 
V
G
 
S
Y
 
S
R
 
T
E
 
G
A
 
A
M
 
L
T
 
A
L
 
L
D
 
E
K
 
K
M
 
V
P
 
P
K
 
A
K
 
S
M
 
M
V
 
I
V
 
V
V
 
V
G
 
G
S
 
G
G
 
G
A
x
V
I
|
I
G
 
G
I
 
L
E
|
E
F
 
L
A
 
G
Y
 
S
F
 
V
Y
 
W
A
 
A
T
 
R
M
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
K
V
 
V
T
 
T
I
 
V
V
 
V
E
 
E
Y
 
F
L
 
L
D
 
D
R
 
T
I
 
I
V
 
L
P
 
G
V
 
G
E
 
M
D
 
D
A
 
G
E
 
E
V
 
V
S
 
A
K
 
K
T
 
Q
L
 
L
E
 
Q
K
 
R
I
 
M
Y
 
L
K
 
T
K
 
K
A
 
Q
G
 
G
M
 
I
T
 
D
I
 
F
M
 
K
T
 
L
S
 
G
S
 
A
E
 
K
V
 
V
T
 
T
A
 
G
V
 
A
D
 
V
T
 
K
K
 
S
G
 
G
S
 
D
G
 
G
C
 
A
K
 
K
V
 
V
T
 
T
V
 
F
K
 
E
T
 
P
A
 
V
K
 
K
G
 
G
E
 
G
E
 
E
-
 
A
-
 
T
T
 
T
L
 
L
E
 
D
C
 
A
D
 
E
I
 
V
V
 
V
L
 
L
S
 
I
A
 
A
A
 
T
G
 
G
V
x
R
V
 
K
S
 
P
N
 
S
L
 
T
E
 
D
N
 
G
C
 
L
G
 
G
L
 
L
E
 
A
D
 
K
V
 
A
G
 
G
I
 
V
L
 
V
V
 
L
D
 
D
-
 
S
K
 
R
G
 
G
K
 
R
I
 
V
K
 
E
V
 
I
D
 
D
E
 
R
Y
 
H
Y
 
F
K
 
Q
T
 
T
N
 
S
M
 
I
P
 
A
G
 
G
Y
 
V
Y
 
Y
A
 
A
I
 
I
G
|
G
D
|
D
V
 
V
I
 
V
P
 
R
G
 
G
P
 
P
A
x
M
L
|
L
A
|
A
H
|
H
V
 
K
A
 
A
S
 
E
A
 
D
E
 
E
G
 
G
I
 
V
I
 
A
C
 
V
V
 
A
E
 
E
K
 
I
I
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
N
 
A
P
 
G
E
 
H
P
 
-
L
 
V
D
 
N
Y
 
Y
G
 
D
N
 
V
I
 
I
P
 
P
G
 
G
C
 
V
T
 
V
Y
 
Y
C
 
T
S
 
Q
P
 
P
E
 
E
I
 
V
A
 
A
S
 
S
V
 
V
G
 
G
M
 
K
T
 
T
E
 
E
A
 
E
K
 
E
A
 
L
K
 
K
E
 
A
A
 
A
G
 
G
Y
 
V
E
 
A
L
 
Y
R
 
K
V
 
I
G
 
G
K
 
K
F
 
F
P
 
P
F
 
F
S
 
T
A
 
A
S
 
N
G
 
G
K
 
R
A
 
A
S
 
R
A
 
A
A
 
M
G
 
L
A
 
Q
K
 
T
D
 
D
G
 
G
F
 
F
V
 
V
K
 
K
L
 
I
V
 
L
F
 
A
D
 
D
K
 
K
K
 
E
Y
 
T
G
 
D
E
 
R
L
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
G
H
 
H
M
 
I
I
 
I
G
 
G
F
 
F
N
 
G
V
 
A
T
 
G
E
 
E
M
 
M
I
 
I
A
 
H
E
 
E
I
 
I
V
 
A
A
 
V
I
 
L
R
 
M
K
 
E
L
 
F
E
 
G
T
 
G
T
 
S
G
 
S
H
 
E
E
 
D
L
 
L
I
 
G
K
 
R
T
 
T
V
 
C
H
|
H
P
 
A
H
|
H
P
 
P
T
 
T
M
 
M
S
 
S
E
|
E
A
 
A
V
 
V
M
 
K
E
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
L
A
 
S
A
 
T
Y
 
F
D
 
F
E
 
K
V
 
P
I
 
I
H
 
H

P31023 Dihydrolipoyl dehydrogenase, mitochondrial; Dihydrolipoamide dehydrogenase; Glycine cleavage system L protein; Pyruvate dehydrogenase complex E3 subunit; E3; PDC-E3; EC 1.8.1.4 from Pisum sativum (Garden pea) (Lathyrus oleraceus) (see 2 papers)
42% identity, 100% coverage: 3:465/465 of query aligns to 35:501/501 of P31023

query
sites
P31023
S
 
S
T
 
D
K
 
E
F
 
N
D
 
D
L
 
V
I
 
V
V
 
I
V
 
I
G
 
G
S
 
G
G
 
G
P
 
P
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
K
A
 
A
S
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
F
K
 
K
T
 
T
A
 
T
V
 
C
V
 
I
E
|
E
-
x
K
A
x
R
A
x
G
E
x
A
L
|
L
G
|
G
G
|
G
I
x
T
C
|
C
L
 
L
N
 
N
W
 
V
G
 
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
T
 
S
K
 
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
K
 
H
S
 
S
A
 
S
Q
 
H
V
 
M
F
 
Y
E
 
H
Y
 
E
I
 
A
N
 
K
H
 
H
A
 
S
-
 
F
A
 
A
D
 
N
Y
 
H
G
 
G
I
 
V
T
 
K
V
 
V
G
 
S
D
 
N
A
 
V
K
 
E
A
 
I
D
 
D
F
 
L
D
 
A
G
 
A
I
 
M
V
 
M
K
 
G
R
 
Q
S
 
K
R
 
D
G
 
K
V
 
A
A
 
V
D
 
S
G
 
N
M
 
L
S
 
T
K
 
R
G
 
G
V
 
I
T
 
E
F
 
G
L
 
L
M
 
F
K
 
K
K
 
K
N
 
N
K
 
K
I
 
V
E
 
T
V
 
Y
I
 
V
K
 
K
G
 
G
W
 
Y
G
|
G
K
 
K
I
 
F
Q
 
V
P
 
S
G
 
P
K
 
S
K
 
E
V
 
I
E
 
S
V
 
V
T
 
D
D
 
T
S
 
I
E
 
E
E
 
G
K
 
E
K
 
N
T
 
T
V
 
V
Y
 
V
S
 
K
A
 
G
D
 
K
N
 
H
I
 
I
I
 
I
I
 
I
A
 
A
T
 
T
G
 
G
A
 
S
R
 
D
S
 
V
R
 
K
E
 
S
L
 
L
P
 
P
S
 
G
M
 
V
K
 
T
I
 
I
D
 
D
K
 
E
K
 
K
K
 
K
I
 
I
I
 
V
G
 
S
Y
 
S
R
 
T
E
 
G
A
 
A
M
 
L
T
 
A
L
 
L
D
 
S
K
 
E
M
 
I
P
 
P
K
 
K
K
 
K
M
 
L
V
 
V
V
 
V
V
 
I
G
 
G
S
 
A
G
 
G
A
 
Y
I
 
I
G
 
G
I
 
L
E
 
E
F
 
M
A
 
G
Y
 
S
F
 
V
Y
 
W
A
 
G
T
 
R
M
 
I
G
 
G
A
 
S
E
 
E
V
 
V
T
 
T
I
 
V
V
 
V
E
 
E
Y
 
F
L
 
A
D
 
S
R
 
E
I
 
I
V
 
V
P
 
P
V
 
T
E
 
M
D
 
D
A
 
A
E
 
E
V
 
I
S
 
R
K
 
K
T
 
Q
L
 
F
E
 
Q
K
 
R
I
 
S
Y
 
L
K
 
E
K
 
K
A
 
Q
G
 
G
M
 
M
T
 
K
I
 
F
M
 
K
T
 
L
S
 
K
S
 
T
E
 
K
V
 
V
T
 
V
A
 
G
V
 
V
D
 
D
T
 
T
K
 
S
G
 
G
S
 
D
G
 
G
C
 
V
K
 
K
V
 
L
T
 
T
V
 
V
K
 
E
-
 
P
T
 
S
A
 
A
K
 
G
G
 
G
E
 
E
E
 
Q
T
 
T
-
 
I
L
 
I
E
 
E
C
 
A
D
 
D
I
 
V
V
 
V
L
 
L
S
 
V
A
 
S
A
 
A
G
 
G
V
 
R
V
 
T
S
 
P
N
 
F
L
 
T
E
 
S
N
 
G
C
 
L
G
 
N
L
 
L
E
 
D
D
 
K
V
 
I
G
 
G
I
 
V
L
 
E
V
 
T
D
 
D
K
 
K
-
 
L
G
 
G
K
 
R
I
 
I
K
 
L
V
 
V
D
 
N
E
 
E
Y
 
R
Y
 
F
K
 
S
T
 
T
N
 
N
M
 
V
P
 
S
G
 
G
Y
 
V
Y
 
Y
A
 
A
I
 
I
G
 
G
D
|
D
V
 
V
I
 
I
P
 
P
G
 
G
P
 
P
A
x
M
L
|
L
A
|
A
H
|
H
V
 
K
A
 
A
S
 
E
A
 
E
E
 
D
G
 
G
I
 
V
I
 
A
C
 
C
V
 
V
E
 
E
K
 
Y
I
 
L
A
 
A
G
 
G
Q
 
K
N
 
V
P
 
G
E
 
H
P
 
-
L
 
V
D
 
D
Y
 
Y
G
 
D
N
 
K
I
 
V
P
 
P
G
 
G
C
 
V
T
 
V
Y
 
Y
C
 
T
S
 
N
P
 
P
E
 
E
I
 
V
A
 
A
S
 
S
V
 
V
G
 
G
M
 
K
T
 
T
E
 
E
A
 
E
K
 
Q
A
 
V
K
 
K
E
 
E
A
 
T
G
 
G
Y
 
V
E
 
E
L
 
Y
R
 
R
V
 
V
G
 
G
K
 
K
F
 
F
P
 
P
F
 
F
S
 
M
A
 
A
S
 
N
G
 
S
K
 
R
A
 
A
S
 
K
A
 
A
A
 
I
G
 
D
A
 
N
K
 
A
D
 
E
G
 
G
F
 
L
V
 
V
K
 
K
L
 
I
V
 
I
F
 
A
D
 
E
K
 
K
K
 
E
Y
 
T
G
 
D
E
 
K
L
 
I
L
 
L
G
 
G
A
 
V
H
 
H
M
 
I
I
 
M
G
 
A
F
 
P
N
 
N
V
 
A
T
 
G
E
 
E
M
 
L
I
 
I
A
 
H
E
 
E
I
 
A
V
 
A
A
 
I
I
 
A
R
 
L
K
 
Q
L
 
Y
E
 
D
T
 
A
T
 
S
G
 
S
H
 
E
E
 
D
L
 
I
I
 
A
K
 
R
T
 
V
V
 
C
H
 
H
P
 
A
H
 
H
P
 
P
T
 
T
M
 
M
S
 
S
E
 
E
A
 
A
V
 
I
M
 
K
E
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
M
A
 
A
A
 
T
Y
 
Y
D
 
D
E
 
K
V
 
P
I
 
I
H
 
H
L
 
I

Sites not aligning to the query:

1dxlA Dihydrolipoamide dehydrogenase of glycine decarboxylase from pisum sativum (see paper)
42% identity, 100% coverage: 3:465/465 of query aligns to 1:467/467 of 1dxlA

query
sites
1dxlA
S
 
S
T
 
D
K
 
E
F
 
N
D
 
D
L
 
V
I
 
V
V
 
I
V
x
I
G
 
G
S
 
G
G
 
G
P
|
P
G
|
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
K
A
 
A
S
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
F
K
 
K
T
 
T
A
 
T
V
 
C
V
 
I
E
|
E
-
x
K
A
x
R
A
 
G
E
 
A
L
|
L
G
 
G
G
|
G
I
x
T
C
|
C
L
 
L
N
 
N
W
 
V
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
T
x
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
K
 
H
S
 
S
A
 
S
Q
 
H
V
 
M
F
 
Y
E
 
H
Y
 
E
I
 
A
N
 
K
H
 
H
A
 
S
-
 
F
A
 
A
D
 
N
Y
 
H
G
 
G
I
 
V
T
 
K
V
 
V
G
 
S
D
 
N
A
 
V
K
 
E
A
 
I
D
 
D
F
 
L
D
 
A
G
 
A
I
 
M
V
 
M
K
 
G
R
 
Q
S
 
K
R
 
D
G
 
K
V
 
A
A
 
V
D
 
S
G
 
N
M
 
L
S
 
T
K
 
R
G
 
G
V
 
I
T
 
E
F
 
G
L
 
L
M
 
F
K
 
K
K
 
K
N
 
N
K
 
K
I
 
V
E
 
T
V
 
Y
I
 
V
K
 
K
G
 
G
W
x
Y
G
|
G
K
 
K
I
 
F
Q
 
V
P
 
S
G
 
P
K
 
S
K
 
E
V
 
I
E
 
S
V
 
V
T
 
D
D
 
T
S
 
I
E
 
E
E
 
G
K
 
E
K
 
N
T
 
T
V
 
V
Y
 
V
S
 
K
A
 
G
D
 
K
N
 
H
I
 
I
I
 
I
I
 
I
A
 
A
T
|
T
G
|
G
A
 
S
R
 
D
S
 
V
R
 
K
E
 
S
L
 
L
P
 
P
S
 
G
M
 
V
K
 
T
I
 
I
D
 
D
K
 
E
K
 
K
K
 
K
I
 
I
I
 
V
G
 
S
Y
 
S
R
 
T
E
 
G
A
 
A
M
 
L
T
 
A
L
 
L
D
 
S
K
 
E
M
 
I
P
 
P
K
 
K
K
 
K
M
 
L
V
 
V
V
 
V
V
 
I
G
 
G
S
 
A
G
 
G
A
x
Y
I
|
I
G
 
G
I
 
L
E
|
E
F
 
M
A
 
G
Y
 
S
F
 
V
Y
 
W
A
 
G
T
 
R
M
 
I
G
 
G
A
 
S
E
 
E
V
 
V
T
 
T
I
 
V
V
 
V
E
 
E
Y
 
F
L
 
A
D
 
S
R
 
E
I
 
I
V
 
V
P
 
P
V
 
T
E
 
M
D
 
D
A
 
A
E
 
E
V
 
I
S
 
R
K
 
K
T
 
Q
L
 
F
E
 
Q
K
 
R
I
 
S
Y
 
L
K
 
E
K
 
K
A
 
Q
G
 
G
M
 
M
T
 
K
I
 
F
M
 
K
T
 
L
S
 
K
S
 
T
E
 
K
V
 
V
T
 
V
A
 
G
V
 
V
D
 
D
T
 
T
K
 
S
G
 
G
S
 
D
G
 
G
C
 
V
K
 
K
V
 
L
T
 
T
V
 
V
K
 
E
-
 
P
T
 
S
A
 
A
K
 
G
G
 
G
E
 
E
E
 
Q
T
 
T
-
 
I
L
 
I
E
 
E
C
 
A
D
 
D
I
 
V
V
 
V
L
 
L
S
 
V
A
 
S
A
 
A
G
 
G
V
x
R
V
 
T
S
 
P
N
 
F
L
 
T
E
 
S
N
 
G
C
 
L
G
 
N
L
 
L
E
 
D
D
 
K
V
 
I
G
 
G
I
 
V
L
 
E
V
 
T
D
 
D
K
 
K
-
 
L
G
 
G
K
 
R
I
 
I
K
 
L
V
 
V
D
 
N
E
 
E
Y
 
R
Y
 
F
K
 
S
T
 
T
N
 
N
M
 
V
P
 
S
G
 
G
Y
 
V
Y
 
Y
A
 
A
I
 
I
G
 
G
D
|
D
V
 
V
I
 
I
P
 
P
G
 
G
P
 
P
A
x
M
L
|
L
A
|
A
H
|
H
V
 
K
A
 
A
S
 
E
A
 
E
E
 
D
G
 
G
I
 
V
I
 
A
C
 
C
V
 
V
E
 
E
K
 
Y
I
 
L
A
 
A
G
 
G
Q
 
K
N
 
V
P
 
G
E
 
H
P
 
-
L
 
V
D
 
D
Y
 
Y
G
 
D
N
 
K
I
 
V
P
 
P
G
 
G
C
 
V
T
 
V
Y
 
Y
C
 
T
S
 
N
P
 
P
E
 
E
I
 
V
A
 
A
S
 
S
V
 
V
G
 
G
M
 
K
T
 
T
E
 
E
A
 
E
K
 
Q
A
 
V
K
 
K
E
 
E
A
 
T
G
 
G
Y
 
V
E
 
E
L
 
Y
R
 
R
V
 
V
G
 
G
K
 
K
F
 
F
P
 
P
F
 
F
S
 
M
A
 
A
S
 
N
G
 
S
K
 
R
A
 
A
S
 
K
A
 
A
A
 
I
G
 
D
A
 
N
K
 
A
D
 
E
G
 
G
F
 
L
V
 
V
K
 
K
L
 
I
V
 
I
F
 
A
D
 
E
K
 
K
K
 
E
Y
 
T
G
 
D
E
 
K
L
 
I
L
 
L
G
 
G
A
 
V
H
 
H
M
 
I
I
 
M
G
 
A
F
 
P
N
 
N
V
 
A
T
 
G
E
 
E
M
 
L
I
 
I
A
 
H
E
 
E
I
 
A
V
 
A
A
 
I
I
 
A
R
 
L
K
 
Q
L
 
Y
E
 
D
T
 
A
T
 
S
G
 
S
H
 
E
E
 
D
L
 
I
I
 
A
K
 
R
T
 
V
V
 
C
H
|
H
P
 
A
H
|
H
P
 
P
T
 
T
M
 
M
S
 
S
E
|
E
A
 
A
V
 
I
M
 
K
E
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
M
A
 
A
A
 
T
Y
 
Y
D
 
D
E
 
K
V
 
P
I
 
I
H
 
H
L
 
I

7kmyA Structure of mtb lpd bound to 010705 (see paper)
44% identity, 97% coverage: 2:453/465 of query aligns to 1:453/465 of 7kmyA

query
sites
7kmyA
S
 
S
S
 
M
T
 
T
K
 
H
F
 
Y
D
 
D
L
 
V
I
 
V
V
 
V
V
x
L
G
|
G
S
 
A
G
|
G
P
|
P
G
 
G
G
 
G
Y
|
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
A
S
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
S
T
 
T
A
 
A
V
 
I
V
|
V
E
|
E
A
x
P
A
 
K
E
x
Y
L
x
W
G
 
G
G
|
G
I
x
V
C
|
C
L
 
L
N
 
N
W
 
V
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
T
x
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
K
 
R
S
 
N
A
 
A
Q
 
E
V
 
L
F
 
V
E
 
H
-
 
I
Y
 
F
I
 
T
N
 
K
H
 
D
A
 
A
A
 
K
D
 
A
Y
 
F
G
 
G
I
 
I
T
 
S
V
 
-
G
 
G
D
 
E
A
 
V
K
 
T
A
 
F
D
 
D
F
 
Y
D
 
G
G
 
I
I
 
A
V
 
Y
K
 
D
R
 
R
S
 
S
R
 
R
G
 
K
V
 
V
A
 
A
D
 
E
G
 
G
M
x
R
S
 
V
K
 
A
G
|
G
V
 
V
T
 
H
F
|
F
L
 
L
M
 
M
K
 
K
K
 
K
N
 
N
K
 
K
I
 
I
E
 
T
V
 
E
I
 
I
K
 
H
G
 
G
W
x
Y
G
|
G
K
 
T
I
 
F
Q
 
A
P
 
D
G
 
A
K
 
N
K
 
T
V
 
L
E
 
L
V
 
V
T
 
D
D
 
L
S
 
N
E
 
D
E
 
G
K
 
G
K
 
T
T
 
E
V
 
S
Y
 
V
S
 
T
A
 
F
D
 
D
N
 
N
I
 
A
I
 
I
I
 
I
A
|
A
T
|
T
G
|
G
A
 
S
R
 
S
S
 
T
R
 
R
E
 
L
L
 
V
P
 
P
S
 
G
M
 
T
K
 
S
I
 
L
D
 
-
K
 
S
K
 
A
K
 
N
I
 
V
I
 
V
G
 
T
Y
|
Y
R
 
E
E
 
E
A
 
Q
M
 
I
T
 
L
L
 
S
D
 
R
K
 
E
M
 
L
P
 
P
K
 
K
K
 
S
M
 
I
V
 
I
V
 
I
V
 
A
G
 
G
S
 
A
G
 
G
A
|
A
I
|
I
G
 
G
I
 
M
E
|
E
F
 
F
A
 
G
Y
 
Y
F
 
V
Y
 
L
A
 
K
T
 
N
M
 
Y
G
 
G
A
 
V
E
 
D
V
 
V
T
 
T
I
 
I
V
 
V
E
 
E
Y
 
F
L
 
L
D
 
P
R
 
R
I
 
A
V
 
L
P
 
P
V
 
N
E
 
E
D
 
D
A
 
A
E
 
D
V
 
V
S
 
S
K
 
K
T
 
E
L
 
I
E
 
E
K
 
K
I
 
Q
Y
 
F
K
 
K
K
 
K
A
 
L
G
 
G
M
 
V
T
 
T
I
 
I
M
 
L
T
 
T
S
 
A
S
 
T
E
 
K
V
 
V
T
 
E
A
 
S
V
 
I
D
 
A
T
 
D
K
 
G
G
 
G
S
 
S
G
 
Q
C
 
V
K
 
T
V
 
V
T
 
T
V
 
V
K
 
T
T
 
K
A
 
D
K
 
G
G
 
V
E
 
A
E
 
Q
T
 
E
L
 
L
E
 
K
C
 
A
D
 
E
I
 
K
V
 
V
L
 
L
S
 
Q
A
 
A
A
 
I
G
 
G
V
 
F
V
 
A
S
 
P
N
 
N
L
 
V
E
 
E
N
 
G
C
x
Y
G
 
G
L
 
L
E
 
D
D
 
K
V
 
A
G
 
G
I
 
V
-
 
A
L
 
L
V
 
T
D
 
D
K
 
R
G
 
K
K
 
A
I
 
I
K
 
G
V
 
V
D
 
D
E
 
D
Y
 
Y
Y
 
M
K
 
R
T
 
T
N
 
N
M
 
V
P
 
G
G
 
H
Y
 
I
Y
 
Y
A
 
A
I
 
I
G
|
G
D
|
D
V
 
V
I
 
N
P
 
G
G
 
L
P
 
L
A
x
Q
L
|
L
A
|
A
H
 
H
V
 
V
A
 
A
S
x
E
A
 
A
E
 
Q
G
 
G
I
 
V
I
 
V
C
 
A
V
 
A
E
 
E
K
 
T
I
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
A
N
 
E
P
 
T
E
 
L
P
 
T
L
 
L
-
 
G
D
 
D
Y
 
H
G
 
R
N
 
M
I
 
L
P
 
P
G
 
R
C
 
A
T
 
T
Y
 
F
C
 
C
S
 
Q
P
 
P
E
 
N
I
 
V
A
 
A
S
 
S
V
 
F
G
 
G
M
 
L
T
 
T
E
 
E
A
 
Q
K
 
Q
A
 
A
K
 
R
E
 
N
A
 
E
G
 
G
Y
 
Y
E
 
D
L
 
V
R
 
V
V
 
V
G
 
A
K
 
K
F
 
F
P
 
P
F
 
F
S
 
T
A
|
A
S
 
N
G
 
A
K
 
K
A
 
A
S
 
H
A
 
G
A
 
V
G
 
G
A
 
D
K
 
P
D
 
S
G
 
G
F
 
F
V
 
V
K
 
K
L
 
L
V
 
V
F
 
A
D
 
D
K
 
A
K
 
K
Y
 
H
G
 
G
E
 
E
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
G
H
 
H
M
 
L
I
 
V
G
 
G
F
 
H
N
 
D
V
 
V
T
 
A
E
 
E
M
 
L
I
 
L
A
 
P
E
 
E
I
 
L
V
 
T
A
 
L
I
 
A
R
 
Q
K
 
R
L
 
W
E
 
D
T
 
L
T
 
T
G
 
A
H
 
S
E
 
E
L
 
L
I
 
A
K
 
R
T
 
N
V
 
V
H
|
H
P
 
T
H
|
H
P
 
P
T
 
T
M
 
M
S
 
S
E
|
E
A
 
A
V
 
L
M
 
Q
E
 
E

Sites not aligning to the query:

4m52A Structure of mtb lpd bound to sl827 (see paper)
44% identity, 97% coverage: 2:453/465 of query aligns to 1:453/465 of 4m52A

query
sites
4m52A
S
 
S
S
 
M
T
 
T
K
 
H
F
 
Y
D
 
D
L
 
V
I
 
V
V
 
V
V
x
L
G
|
G
S
 
A
G
|
G
P
|
P
G
 
G
G
 
G
Y
|
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
A
S
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
S
T
 
T
A
 
A
V
 
I
V
|
V
E
|
E
A
x
P
A
 
K
E
x
Y
L
x
W
G
 
G
G
 
G
I
x
V
C
|
C
L
 
L
N
 
N
W
 
V
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
T
x
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
K
 
R
S
 
N
A
 
A
Q
 
E
V
 
L
F
 
V
E
 
H
-
 
I
Y
 
F
I
 
T
N
 
K
H
 
D
A
 
A
A
 
K
D
 
A
Y
 
F
G
 
G
I
 
I
T
 
S
V
 
-
G
 
G
D
 
E
A
 
V
K
 
T
A
 
F
D
 
D
F
 
Y
D
 
G
G
 
I
I
 
A
V
 
Y
K
 
D
R
 
R
S
 
S
R
 
R
G
 
K
V
 
V
A
 
A
D
 
E
G
 
G
M
x
R
S
 
V
K
 
A
G
 
G
V
 
V
T
 
H
F
|
F
L
 
L
M
 
M
K
 
K
K
 
K
N
 
N
K
 
K
I
 
I
E
 
T
V
 
E
I
 
I
K
 
H
G
 
G
W
x
Y
G
|
G
K
 
T
I
 
F
Q
 
A
P
 
D
G
 
A
K
 
N
K
 
T
V
 
L
E
 
L
V
 
V
T
 
D
D
 
L
S
 
N
E
 
D
E
 
G
K
 
G
K
 
T
T
 
E
V
 
S
Y
 
V
S
 
T
A
 
F
D
 
D
N
 
N
I
 
A
I
 
I
I
 
I
A
|
A
T
|
T
G
 
G
A
 
S
R
 
S
S
 
T
R
 
R
E
 
L
L
 
V
P
 
P
S
 
G
M
 
T
K
 
S
I
 
L
D
 
-
K
 
S
K
 
A
K
 
N
I
 
V
I
 
V
G
 
T
Y
|
Y
R
 
E
E
 
E
A
 
Q
M
 
I
T
 
L
L
 
S
D
 
R
K
 
E
M
 
L
P
 
P
K
 
K
K
 
S
M
 
I
V
 
I
V
 
I
V
 
A
G
 
G
S
 
A
G
 
G
A
|
A
I
|
I
G
 
G
I
 
M
E
|
E
F
 
F
A
 
G
Y
 
Y
F
 
V
Y
 
L
A
 
K
T
 
N
M
 
Y
G
 
G
A
 
V
E
 
D
V
 
V
T
 
T
I
 
I
V
 
V
E
 
E
Y
 
F
L
 
L
D
 
P
R
 
R
I
 
A
V
 
L
P
 
P
V
 
N
E
 
E
D
 
D
A
 
A
E
 
D
V
 
V
S
 
S
K
 
K
T
 
E
L
 
I
E
 
E
K
 
K
I
 
Q
Y
 
F
K
 
K
K
 
K
A
 
L
G
 
G
M
 
V
T
 
T
I
 
I
M
 
L
T
 
T
S
 
A
S
 
T
E
 
K
V
 
V
T
 
E
A
 
S
V
 
I
D
 
A
T
 
D
K
 
G
G
 
G
S
 
S
G
 
Q
C
 
V
K
 
T
V
 
V
T
 
T
V
 
V
K
 
T
T
 
K
A
 
D
K
 
G
G
 
V
E
 
A
E
 
Q
T
 
E
L
 
L
E
 
K
C
 
A
D
 
E
I
 
K
V
 
V
L
 
L
S
 
Q
A
 
A
A
 
I
G
 
G
V
x
F
V
 
A
S
 
P
N
 
N
L
 
V
E
 
E
N
 
G
C
x
Y
G
 
G
L
 
L
E
 
D
D
 
K
V
 
A
G
 
G
I
 
V
-
 
A
L
 
L
V
 
T
D
 
D
K
 
R
G
 
K
K
 
A
I
 
I
K
 
G
V
 
V
D
 
D
E
 
D
Y
 
Y
Y
 
M
K
 
R
T
 
T
N
 
N
M
 
V
P
 
G
G
 
H
Y
 
I
Y
 
Y
A
 
A
I
 
I
G
|
G
D
|
D
V
 
V
I
 
N
P
 
G
G
 
L
P
 
L
A
x
Q
L
|
L
A
|
A
H
 
H
V
 
V
A
 
A
S
x
E
A
 
A
E
 
Q
G
 
G
I
 
V
I
 
V
C
 
A
V
 
A
E
 
E
K
 
T
I
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
A
N
 
E
P
 
T
E
 
L
P
 
T
L
 
L
-
 
G
D
 
D
Y
 
H
G
 
R
N
 
M
I
 
L
P
 
P
G
 
R
C
 
A
T
 
T
Y
 
F
C
 
C
S
 
Q
P
 
P
E
 
N
I
 
V
A
 
A
S
 
S
V
 
F
G
 
G
M
 
L
T
 
T
E
 
E
A
 
Q
K
 
Q
A
 
A
K
 
R
E
 
N
A
 
E
G
 
G
Y
 
Y
E
 
D
L
 
V
R
 
V
V
 
V
G
 
A
K
 
K
F
 
F
P
 
P
F
 
F
S
 
T
A
|
A
S
 
N
G
 
A
K
 
K
A
 
A
S
 
H
A
 
G
A
 
V
G
 
G
A
 
D
K
 
P
D
 
S
G
 
G
F
 
F
V
 
V
K
 
K
L
 
L
V
 
V
F
 
A
D
 
D
K
 
A
K
 
K
Y
 
H
G
 
G
E
 
E
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
G
H
 
H
M
 
L
I
 
V
G
 
G
F
 
H
N
 
D
V
 
V
T
 
A
E
 
E
M
 
L
I
 
L
A
 
P
E
 
E
I
 
L
V
 
T
A
 
L
I
 
A
R
 
Q
K
 
R
L
 
W
E
 
D
T
 
L
T
 
T
G
 
A
H
 
S
E
 
E
L
 
L
I
 
A
K
 
R
T
 
N
V
 
V
H
|
H
P
 
T
H
|
H
P
 
P
T
 
T
M
 
M
S
 
S
E
|
E
A
 
A
V
 
L
M
 
Q
E
 
E

Sites not aligning to the query:

8u0qA Co-crystal structure of optimized analog tdi-13537 provided new insights into the potency determinants of the sulfonamide inhibitor series (see paper)
44% identity, 97% coverage: 4:453/465 of query aligns to 2:452/464 of 8u0qA

query
sites
8u0qA
T
 
T
K
 
H
F
 
Y
D
 
D
L
 
V
I
 
V
V
 
V
V
x
L
G
|
G
S
 
A
G
|
G
P
|
P
G
|
G
G
 
G
Y
|
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
A
S
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
S
T
 
T
A
 
A
V
 
I
V
|
V
E
|
E
A
x
P
A
 
K
E
x
Y
L
 
W
G
 
G
G
|
G
I
x
V
C
|
C
L
 
L
N
 
N
W
 
V
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
T
 
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
K
 
R
S
 
N
A
 
A
Q
 
E
V
 
L
F
 
V
E
 
H
-
 
I
Y
 
F
I
 
T
N
 
K
H
 
D
A
 
A
A
 
K
D
 
A
Y
 
F
G
 
G
I
 
I
T
 
S
V
 
-
G
 
G
D
 
E
A
 
V
K
 
T
A
 
F
D
 
D
F
 
Y
D
 
G
G
 
I
I
 
A
V
 
Y
K
 
D
R
 
R
S
 
S
R
 
R
G
 
K
V
 
V
A
 
A
D
 
E
G
 
G
M
x
R
S
 
V
K
 
A
G
|
G
V
 
V
T
 
H
F
|
F
L
 
L
M
 
M
K
 
K
K
 
K
N
 
N
K
 
K
I
 
I
E
 
T
V
 
E
I
 
I
K
 
H
G
 
G
W
x
Y
G
|
G
K
 
T
I
 
F
Q
 
A
P
 
D
G
 
A
K
 
N
K
 
T
V
 
L
E
 
L
V
 
V
T
 
D
D
 
L
S
 
N
E
 
D
E
 
G
K
 
G
K
 
T
T
 
E
V
 
S
Y
 
V
S
 
T
A
 
F
D
 
D
N
 
N
I
 
A
I
 
I
I
 
I
A
|
A
T
|
T
G
|
G
A
 
S
R
 
S
S
 
T
R
 
R
E
 
L
L
 
V
P
 
P
S
 
G
M
 
T
K
 
S
I
 
L
D
 
-
K
 
S
K
 
A
K
 
N
I
 
V
I
 
V
G
 
T
Y
|
Y
R
 
E
E
 
E
A
 
Q
M
 
I
T
 
L
L
 
S
D
 
R
K
 
E
M
 
L
P
 
P
K
 
K
K
 
S
M
 
I
V
 
I
V
 
I
V
 
A
G
 
G
S
 
A
G
 
G
A
 
A
I
|
I
G
 
G
I
 
M
E
 
E
F
 
F
A
 
G
Y
 
Y
F
 
V
Y
 
L
A
 
K
T
 
N
M
 
Y
G
 
G
A
 
V
E
 
D
V
 
V
T
 
T
I
 
I
V
 
V
E
 
E
Y
 
F
L
 
L
D
 
P
R
 
R
I
 
A
V
 
L
P
 
P
V
 
N
E
 
E
D
 
D
A
 
A
E
 
D
V
 
V
S
 
S
K
 
K
T
 
E
L
 
I
E
 
E
K
 
K
I
 
Q
Y
 
F
K
 
K
K
 
K
A
 
L
G
 
G
M
 
V
T
 
T
I
 
I
M
 
L
T
 
T
S
 
A
S
 
T
E
 
K
V
 
V
T
 
E
A
 
S
V
 
I
D
 
A
T
 
D
K
 
G
G
 
G
S
 
S
G
 
Q
C
 
V
K
 
T
V
 
V
T
 
T
V
 
V
K
 
T
T
 
K
A
 
D
K
 
G
G
 
V
E
 
A
E
 
Q
T
 
E
L
 
L
E
 
K
C
 
A
D
 
E
I
 
K
V
 
V
L
 
L
S
 
Q
A
 
A
A
 
I
G
 
G
V
 
F
V
 
A
S
 
P
N
 
N
L
 
V
E
 
E
N
 
G
C
x
Y
G
 
G
L
 
L
E
 
D
D
 
K
V
 
A
G
 
G
I
 
V
-
 
A
L
 
L
V
 
T
D
 
D
K
 
R
G
 
K
K
 
A
I
 
I
K
 
G
V
 
V
D
 
D
E
 
D
Y
 
Y
Y
 
M
K
 
R
T
 
T
N
 
N
M
 
V
P
 
G
G
 
H
Y
 
I
Y
 
Y
A
 
A
I
 
I
G
|
G
D
|
D
V
 
V
I
 
N
P
 
G
G
 
L
P
 
L
A
x
Q
L
|
L
A
|
A
H
|
H
V
 
V
A
 
A
S
x
E
A
 
A
E
 
Q
G
 
G
I
 
V
I
 
V
C
 
A
V
 
A
E
 
E
K
 
T
I
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
A
N
 
E
P
 
T
E
 
L
P
 
T
L
 
L
-
 
G
D
 
D
Y
 
H
G
 
R
N
 
M
I
 
L
P
 
P
G
 
R
C
 
A
T
 
T
Y
 
F
C
 
C
S
 
Q
P
 
P
E
 
N
I
 
V
A
 
A
S
 
S
V
 
F
G
 
G
M
 
L
T
 
T
E
 
E
A
 
Q
K
 
Q
A
 
A
K
 
R
E
 
N
A
 
E
G
 
G
Y
 
Y
E
 
D
L
 
V
R
 
V
V
 
V
G
 
A
K
 
K
F
 
F
P
 
P
F
 
F
S
 
T
A
|
A
S
 
N
G
x
A
K
 
K
A
 
A
S
 
H
A
 
G
A
 
V
G
 
G
A
 
D
K
 
P
D
 
S
G
 
G
F
 
F
V
 
V
K
 
K
L
 
L
V
 
V
F
 
A
D
 
D
K
 
A
K
 
K
Y
 
H
G
 
G
E
 
E
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
G
H
 
H
M
 
L
I
 
V
G
 
G
F
 
H
N
 
D
V
 
V
T
 
A
E
 
E
M
 
L
I
 
L
A
 
P
E
 
E
I
 
L
V
 
T
A
 
L
I
 
A
R
 
Q
K
 
R
L
 
W
E
 
D
T
 
L
T
 
T
G
 
A
H
 
S
E
 
E
L
 
L
I
 
A
K
 
R
T
 
N
V
 
V
H
 
H
P
 
T
H
|
H
P
 
P
T
 
T
M
 
M
S
 
S
E
|
E
A
 
A
V
 
L
M
 
Q
E
 
E

Sites not aligning to the query:

8ct4A Cryo-em structure of mtb lpd bound to inhibitor complex with 2-((2- cyano-n,5-dimethyl-1h-indole)-7-sulfonamido)-n-(4-(oxetan-3-yl)-3,4- dihydro-2h-benzo[b] [1,4]oxazin-7-yl)acetamide
44% identity, 97% coverage: 4:453/465 of query aligns to 2:452/464 of 8ct4A

query
sites
8ct4A
T
 
T
K
 
H
F
 
Y
D
 
D
L
 
V
I
 
V
V
 
V
V
x
L
G
|
G
S
 
A
G
|
G
P
|
P
G
 
G
G
 
G
Y
|
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
A
S
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
S
T
 
T
A
 
A
V
 
I
V
 
V
E
|
E
A
x
P
A
 
K
E
x
Y
L
 
W
G
 
G
G
|
G
I
x
V
C
|
C
L
 
L
N
 
N
W
 
V
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
T
 
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
K
 
R
S
 
N
A
 
A
Q
 
E
V
 
L
F
 
V
E
 
H
-
 
I
Y
 
F
I
 
T
N
 
K
H
 
D
A
 
A
A
 
K
D
 
A
Y
 
F
G
 
G
I
 
I
T
 
S
V
 
-
G
 
G
D
 
E
A
 
V
K
 
T
A
 
F
D
 
D
F
 
Y
D
 
G
G
 
I
I
 
A
V
 
Y
K
 
D
R
 
R
S
 
S
R
 
R
G
 
K
V
 
V
A
 
A
D
 
E
G
 
G
M
x
R
S
 
V
K
 
A
G
 
G
V
 
V
T
 
H
F
|
F
L
 
L
M
 
M
K
 
K
K
 
K
N
 
N
K
 
K
I
 
I
E
 
T
V
 
E
I
 
I
K
 
H
G
 
G
W
x
Y
G
|
G
K
 
T
I
 
F
Q
 
A
P
 
D
G
 
A
K
 
N
K
 
T
V
 
L
E
 
L
V
 
V
T
 
D
D
 
L
S
 
N
E
 
D
E
 
G
K
 
G
K
 
T
T
 
E
V
 
S
Y
 
V
S
 
T
A
 
F
D
 
D
N
 
N
I
 
A
I
 
I
I
 
I
A
 
A
T
|
T
G
|
G
A
 
S
R
 
S
S
 
T
R
 
R
E
 
L
L
 
V
P
 
P
S
 
G
M
 
T
K
 
S
I
 
L
D
 
-
K
 
S
K
 
A
K
 
N
I
 
V
I
 
V
G
 
T
Y
|
Y
R
 
E
E
 
E
A
 
Q
M
 
I
T
 
L
L
 
S
D
 
R
K
 
E
M
 
L
P
 
P
K
 
K
K
 
S
M
 
I
V
 
I
V
 
I
V
 
A
G
 
G
S
 
A
G
 
G
A
 
A
I
|
I
G
 
G
I
 
M
E
 
E
F
 
F
A
 
G
Y
 
Y
F
 
V
Y
 
L
A
 
K
T
 
N
M
 
Y
G
 
G
A
 
V
E
 
D
V
 
V
T
 
T
I
 
I
V
 
V
E
 
E
Y
 
F
L
 
L
D
 
P
R
 
R
I
 
A
V
 
L
P
 
P
V
 
N
E
 
E
D
 
D
A
 
A
E
 
D
V
 
V
S
 
S
K
 
K
T
 
E
L
 
I
E
 
E
K
 
K
I
 
Q
Y
 
F
K
 
K
K
 
K
A
 
L
G
 
G
M
 
V
T
 
T
I
 
I
M
 
L
T
 
T
S
 
A
S
 
T
E
 
K
V
 
V
T
 
E
A
 
S
V
 
I
D
 
A
T
 
D
K
 
G
G
 
G
S
 
S
G
 
Q
C
 
V
K
 
T
V
 
V
T
 
T
V
 
V
K
 
T
T
 
K
A
 
D
K
 
G
G
 
V
E
 
A
E
 
Q
T
 
E
L
 
L
E
 
K
C
 
A
D
 
E
I
 
K
V
 
V
L
 
L
S
 
Q
A
 
A
A
 
I
G
 
G
V
 
F
V
 
A
S
 
P
N
 
N
L
 
V
E
 
E
N
 
G
C
x
Y
G
 
G
L
 
L
E
 
D
D
 
K
V
 
A
G
 
G
I
 
V
-
 
A
L
 
L
V
 
T
D
 
D
K
 
R
G
 
K
K
 
A
I
 
I
K
 
G
V
 
V
D
 
D
E
 
D
Y
 
Y
Y
 
M
K
 
R
T
 
T
N
 
N
M
 
V
P
 
G
G
 
H
Y
 
I
Y
 
Y
A
 
A
I
 
I
G
 
G
D
|
D
V
 
V
I
 
N
P
 
G
G
 
L
P
 
L
A
x
Q
L
|
L
A
|
A
H
 
H
V
 
V
A
 
A
S
x
E
A
 
A
E
 
Q
G
 
G
I
 
V
I
 
V
C
 
A
V
 
A
E
 
E
K
 
T
I
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
A
N
 
E
P
 
T
E
 
L
P
 
T
L
 
L
-
 
G
D
 
D
Y
 
H
G
 
R
N
 
M
I
 
L
P
 
P
G
 
R
C
 
A
T
 
T
Y
 
F
C
 
C
S
 
Q
P
 
P
E
 
N
I
 
V
A
 
A
S
 
S
V
 
F
G
 
G
M
 
L
T
 
T
E
 
E
A
 
Q
K
 
Q
A
 
A
K
 
R
E
 
N
A
 
E
G
 
G
Y
 
Y
E
 
D
L
 
V
R
 
V
V
 
V
G
 
A
K
 
K
F
|
F
P
 
P
F
 
F
S
 
T
A
|
A
S
 
N
G
x
A
K
 
K
A
 
A
S
 
H
A
 
G
A
 
V
G
 
G
A
 
D
K
 
P
D
 
S
G
 
G
F
 
F
V
 
V
K
 
K
L
 
L
V
 
V
F
 
A
D
 
D
K
 
A
K
 
K
Y
 
H
G
 
G
E
 
E
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
G
H
 
H
M
 
L
I
 
V
G
 
G
F
 
H
N
 
D
V
 
V
T
 
A
E
 
E
M
 
L
I
 
L
A
 
P
E
 
E
I
 
L
V
 
T
A
 
L
I
 
A
R
 
Q
K
 
R
L
 
W
E
 
D
T
 
L
T
 
T
G
 
A
H
 
S
E
 
E
L
 
L
I
 
A
K
 
R
T
 
N
V
 
V
H
 
H
P
 
T
H
|
H
P
 
P
T
 
T
M
 
M
S
 
S
E
|
E
A
|
A
V
 
L
M
 
Q
E
|
E

Sites not aligning to the query:

P9WHH9 Dihydrolipoyl dehydrogenase; LPD; Component of peroxynitrite reductase/peroxidase complex; Component of PNR/P; Dihydrolipoamide dehydrogenase; E3 component of alpha-ketoacid dehydrogenase complexes; EC 1.8.1.4 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see 2 papers)
44% identity, 97% coverage: 4:453/465 of query aligns to 2:452/464 of P9WHH9

query
sites
P9WHH9
T
 
T
K
 
H
F
 
Y
D
|
D
L
 
V
I
 
V
V
 
V
V
 
L
G
 
G
S
 
A
G
 
G
P
 
P
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
A
S
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
S
T
 
T
A
 
A
V
 
I
V
 
V
E
|
E
A
x
P
A
x
K
E
x
Y
L
x
W
G
|
G
G
|
G
I
x
V
C
|
C
L
 
L
N
|
N
W
 
V
G
 
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
T
 
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
K
 
R
S
 
N
A
 
A
Q
 
E
V
 
L
F
 
V
E
 
H
-
 
I
Y
 
F
I
 
T
N
 
K
H
 
D
A
 
A
A
 
K
D
 
A
Y
 
F
G
 
G
I
 
I
T
 
S
V
 
-
G
 
G
D
 
E
A
 
V
K
 
T
A
 
F
D
 
D
F
 
Y
D
 
G
G
 
I
I
 
A
V
 
Y
K
 
D
R
 
R
S
 
S
R
 
R
G
 
K
V
 
V
A
 
A
D
 
E
G
 
G
M
x
R
S
 
V
K
 
A
G
 
G
V
 
V
T
 
H
F
 
F
L
 
L
M
 
M
K
 
K
K
|
K
N
 
N
K
 
K
I
 
I
E
 
T
V
 
E
I
 
I
K
 
H
G
 
G
W
 
Y
G
 
G
K
 
T
I
 
F
Q
 
A
P
 
D
G
 
A
K
 
N
K
 
T
V
 
L
E
 
L
V
 
V
T
 
D
D
 
L
S
 
N
E
 
D
E
 
G
K
 
G
K
 
T
T
 
E
V
 
S
Y
 
V
S
 
T
A
 
F
D
 
D
N
 
N
I
 
A
I
 
I
I
 
I
A
 
A
T
 
T
G
 
G
A
 
S
R
 
S
S
 
T
R
 
R
E
 
L
L
 
V
P
 
P
S
 
G
M
 
T
K
 
S
I
 
L
D
 
-
K
 
S
K
 
A
K
 
N
I
 
V
I
 
V
G
 
T
Y
 
Y
R
 
E
E
 
E
A
 
Q
M
 
I
T
 
L
L
 
S
D
 
R
K
 
E
M
 
L
P
 
P
K
 
K
K
 
S
M
 
I
V
 
I
V
 
I
V
 
A
G
 
G
S
 
A
G
 
G
A
 
A
I
 
I
G
 
G
I
 
M
E
 
E
F
 
F
A
 
G
Y
 
Y
F
 
V
Y
 
L
A
 
K
T
 
N
M
 
Y
G
 
G
A
 
V
E
 
D
V
 
V
T
 
T
I
 
I
V
 
V
E
 
E
Y
 
F
L
 
L
D
 
P
R
 
R
I
 
A
V
 
L
P
 
P
V
 
N
E
 
E
D
 
D
A
 
A
E
 
D
V
 
V
S
 
S
K
 
K
T
 
E
L
 
I
E
 
E
K
 
K
I
 
Q
Y
 
F
K
 
K
K
 
K
A
 
L
G
 
G
M
 
V
T
 
T
I
 
I
M
 
L
T
 
T
S
 
A
S
 
T
E
 
K
V
 
V
T
 
E
A
 
S
V
 
I
D
 
A
T
 
D
K
 
G
G
 
G
S
 
S
G
 
Q
C
 
V
K
 
T
V
 
V
T
 
T
V
 
V
K
 
T
T
 
K
A
 
D
K
 
G
G
 
V
E
 
A
E
 
Q
T
 
E
L
 
L
E
 
K
C
 
A
D
 
E
I
 
K
V
 
V
L
 
L
S
 
Q
A
 
A
A
 
I
G
 
G
V
 
F
V
 
A
S
 
P
N
 
N
L
 
V
E
 
E
N
 
G
C
 
Y
G
 
G
L
 
L
E
 
D
D
 
K
V
 
A
G
 
G
I
 
V
-
 
A
L
 
L
V
 
T
D
 
D
K
 
R
G
 
K
K
 
A
I
 
I
K
 
G
V
 
V
D
 
D
E
 
D
Y
 
Y
Y
 
M
K
 
R
T
 
T
N
 
N
M
 
V
P
 
G
G
 
H
Y
 
I
Y
 
Y
A
 
A
I
 
I
G
 
G
D
|
D
V
 
V
I
 
N
P
 
G
G
 
L
P
 
L
A
 
Q
L
 
L
A
|
A
H
 
H
V
 
V
A
 
A
S
 
E
A
 
A
E
 
Q
G
 
G
I
 
V
I
 
V
C
 
A
V
 
A
E
 
E
K
 
T
I
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
A
N
 
E
P
 
T
E
 
L
P
 
T
L
 
L
-
 
G
D
 
D
Y
 
H
G
 
R
N
 
M
I
 
L
P
 
P
G
 
R
C
 
A
T
 
T
Y
 
F
C
 
C
S
 
Q
P
 
P
E
 
N
I
 
V
A
 
A
S
 
S
V
 
F
G
 
G
M
 
L
T
 
T
E
 
E
A
 
Q
K
 
Q
A
 
A
K
 
R
E
 
N
A
 
E
G
 
G
Y
 
Y
E
 
D
L
 
V
R
 
V
V
 
V
G
 
A
K
 
K
F
 
F
P
 
P
F
 
F
S
 
T
A
 
A
S
 
N
G
 
A
K
 
K
A
 
A
S
x
H
A
 
G
A
 
V
G
 
G
A
 
D
K
 
P
D
 
S
G
 
G
F
 
F
V
 
V
K
 
K
L
 
L
V
 
V
F
 
A
D
 
D
K
 
A
K
 
K
Y
 
H
G
 
G
E
 
E
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
G
H
 
H
M
 
L
I
 
V
G
 
G
F
 
H
N
 
D
V
 
V
T
 
A
E
 
E
M
 
L
I
 
L
A
 
P
E
 
E
I
 
L
V
 
T
A
 
L
I
 
A
R
 
Q
K
 
R
L
 
W
E
 
D
T
 
L
T
 
T
G
 
A
H
 
S
E
 
E
L
 
L
I
 
A
K
 
R
T
 
N
V
 
V
H
 
H
P
 
T
H
 
H
P
 
P
T
 
T
M
 
M
S
 
S
E
 
E
A
 
A
V
 
L
M
 
Q
E
 
E

Sites not aligning to the query:

3ii4A Structure of mycobacterial lipoamide dehydrogenase bound to a triazaspirodimethoxybenzoyl inhibitor (see paper)
44% identity, 97% coverage: 4:453/465 of query aligns to 1:451/463 of 3ii4A

query
sites
3ii4A
T
 
T
K
 
H
F
 
Y
D
 
D
L
 
V
I
 
V
V
 
V
V
x
L
G
|
G
S
 
A
G
|
G
P
|
P
G
|
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
A
S
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
S
T
 
T
A
 
A
V
 
I
V
|
V
E
|
E
A
x
P
A
 
K
E
x
Y
L
x
W
G
 
G
G
|
G
I
x
V
C
|
C
L
 
L
N
 
N
W
 
V
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
T
x
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
K
 
R
S
 
N
A
 
A
Q
 
E
V
 
L
F
 
V
E
 
H
-
 
I
Y
 
F
I
 
T
N
 
K
H
 
D
A
 
A
A
 
K
D
 
A
Y
 
F
G
 
G
I
 
I
T
 
S
V
 
-
G
 
G
D
 
E
A
 
V
K
 
T
A
 
F
D
 
D
F
 
Y
D
 
G
G
 
I
I
 
A
V
 
Y
K
 
D
R
 
R
S
 
S
R
 
R
G
 
K
V
 
V
A
 
A
D
 
E
G
 
G
M
 
R
S
 
V
K
 
A
G
 
G
V
 
V
T
 
H
F
 
F
L
 
L
M
 
M
K
 
K
K
 
K
N
 
N
K
 
K
I
 
I
E
 
T
V
 
E
I
 
I
K
 
H
G
 
G
W
x
Y
G
|
G
K
 
T
I
 
F
Q
 
A
P
 
D
G
 
A
K
 
N
K
 
T
V
 
L
E
 
L
V
 
V
T
 
D
D
 
L
S
 
N
E
 
D
E
 
G
K
 
G
K
 
T
T
 
E
V
 
S
Y
 
V
S
 
T
A
 
F
D
 
D
N
 
N
I
 
A
I
 
I
I
 
I
A
|
A
T
|
T
G
|
G
A
 
S
R
 
S
S
 
T
R
|
R
E
 
L
L
 
V
P
 
P
S
 
G
M
 
T
K
 
S
I
 
L
D
 
-
K
 
S
K
 
A
K
 
N
I
 
V
I
 
V
G
 
T
Y
|
Y
R
 
E
E
 
E
A
 
Q
M
 
I
T
 
L
L
 
S
D
 
R
K
 
E
M
 
L
P
 
P
K
 
K
K
 
S
M
 
I
V
 
I
V
 
I
V
 
A
G
 
G
S
 
A
G
 
G
A
|
A
I
|
I
G
 
G
I
 
M
E
|
E
F
 
F
A
 
G
Y
 
Y
F
 
V
Y
 
L
A
 
K
T
 
N
M
 
Y
G
 
G
A
 
V
E
 
D
V
 
V
T
 
T
I
 
I
V
 
V
E
 
E
Y
 
F
L
 
L
D
 
P
R
 
R
I
 
A
V
 
L
P
 
P
V
x
N
E
|
E
D
 
D
A
 
A
E
 
D
V
 
V
S
 
S
K
 
K
T
 
E
L
 
I
E
 
E
K
 
K
I
 
Q
Y
 
F
K
 
K
K
 
K
A
 
L
G
 
G
M
 
V
T
 
T
I
 
I
M
 
L
T
 
T
S
 
A
S
 
T
E
 
K
V
 
V
T
 
E
A
 
S
V
 
I
D
 
A
T
 
D
K
 
G
G
 
G
S
 
S
G
 
Q
C
 
V
K
 
T
V
 
V
T
 
T
V
 
V
K
 
T
T
 
K
A
 
D
K
 
G
G
 
V
E
 
A
E
 
Q
T
 
E
L
 
L
E
 
K
C
 
A
D
 
E
I
 
K
V
 
V
L
 
L
S
 
Q
A
 
A
A
 
I
G
 
G
V
x
F
V
 
A
S
 
P
N
 
N
L
 
V
E
 
E
N
 
G
C
x
Y
G
 
G
L
 
L
E
 
D
D
 
K
V
 
A
G
 
G
I
 
V
-
 
A
L
 
L
V
 
T
D
 
D
K
x
R
G
 
K
K
 
A
I
 
I
K
 
G
V
 
V
D
 
D
E
 
D
Y
 
Y
Y
 
M
K
 
R
T
 
T
N
 
N
M
 
V
P
 
G
G
 
H
Y
 
I
Y
 
Y
A
 
A
I
 
I
G
|
G
D
|
D
V
 
V
I
 
N
P
x
G
G
 
L
P
 
L
A
x
Q
L
|
L
A
|
A
H
 
H
V
 
V
A
 
A
S
 
E
A
 
A
E
 
Q
G
 
G
I
 
V
I
 
V
C
 
A
V
 
A
E
 
E
K
 
T
I
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
A
N
 
E
P
 
T
E
 
L
P
 
T
L
 
L
-
 
G
D
 
D
Y
 
H
G
 
R
N
 
M
I
 
L
P
 
P
G
x
R
C
x
A
T
 
T
Y
 
F
C
 
C
S
 
Q
P
 
P
E
 
N
I
 
V
A
 
A
S
 
S
V
 
F
G
 
G
M
 
L
T
 
T
E
 
E
A
 
Q
K
 
Q
A
 
A
K
 
R
E
 
N
A
 
E
G
 
G
Y
 
Y
E
 
D
L
 
V
R
 
V
V
 
V
G
 
A
K
 
K
F
 
F
P
 
P
F
 
F
S
 
T
A
 
A
S
 
N
G
 
A
K
 
K
A
 
A
S
 
H
A
 
G
A
 
V
G
 
G
A
 
D
K
 
P
D
 
S
G
 
G
F
 
F
V
 
V
K
 
K
L
 
L
V
 
V
F
 
A
D
 
D
K
 
A
K
 
K
Y
 
H
G
 
G
E
 
E
L
 
L
L
 
L
G
 
G
A
 
G
H
 
H
M
 
L
I
 
V
G
 
G
F
 
H
N
 
D
V
 
V
T
 
A
E
 
E
M
 
L
I
 
L
A
 
P
E
 
E
I
 
L
V
 
T
A
 
L
I
 
A
R
 
Q
K
 
R
L
 
W
E
 
D
T
 
L
T
 
T
G
 
A
H
 
S
E
 
E
L
 
L
I
 
A
K
 
R
T
 
N
V
 
V
H
|
H
P
 
T
H
|
H
P
 
P
T
 
T
M
 
M
S
 
S
E
|
E
A
 
A
V
 
L
M
 
Q
E
 
E

6awaA 1.83 angstrom resolution crystal structure of dihydrolipoyl dehydrogenase from pseudomonas putida in complex with fad and adenosine-5'-monophosphate.
41% identity, 100% coverage: 3:465/465 of query aligns to 2:472/475 of 6awaA

query
sites
6awaA
S
 
T
T
 
Q
K
 
K
F
 
F
D
 
D
L
 
V
I
 
V
V
 
V
V
x
I
G
 
G
S
 
A
G
|
G
P
|
P
G
|
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
K
A
 
A
S
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
K
T
 
T
A
 
A
V
 
C
V
 
I
E
|
E
A
x
K
-
 
Y
-
 
T
-
 
D
A
 
A
E
 
E
-
 
G
-
 
K
-
 
L
-
 
A
L
|
L
G
 
G
G
 
G
I
x
T
C
|
C
L
 
L
N
 
N
W
 
V
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
T
x
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
K
 
D
S
 
S
A
 
S
Q
 
W
V
 
K
F
 
Y
E
 
K
Y
 
E
I
 
A
N
 
K
H
 
E
A
 
S
A
 
F
D
 
N
-
 
V
Y
 
H
G
 
G
I
 
I
T
 
S
V
 
T
G
 
G
D
 
E
A
 
V
K
 
K
A
 
M
D
 
D
F
 
V
D
 
A
G
 
A
I
 
M
V
 
V
K
 
G
R
 
R
S
 
K
R
 
A
G
 
G
V
 
I
A
 
V
D
 
K
G
 
N
M
 
L
S
 
T
K
 
G
G
 
G
V
 
V
T
 
A
F
 
T
L
 
L
M
 
F
K
 
K
K
 
A
N
 
N
K
 
G
I
 
V
E
 
T
V
 
S
I
 
I
K
 
Q
G
 
G
W
x
H
G
|
G
K
 
K
I
 
L
Q
 
L
P
 
A
G
 
G
K
 
K
K
 
K
V
 
V
E
 
E
V
 
V
T
 
T
D
 
K
S
 
A
E
 
D
E
 
G
K
 
T
K
 
T
T
 
E
V
 
V
Y
 
I
S
 
E
A
 
A
D
 
E
N
 
N
I
 
V
I
 
I
I
 
L
A
 
A
T
x
S
G
|
G
A
 
S
R
 
R
S
 
P
R
 
I
E
 
D
L
 
I
P
 
P
S
 
P
M
 
A
K
 
P
I
 
V
D
 
D
K
 
Q
K
 
N
K
 
V
I
 
I
I
 
V
G
 
D
Y
 
S
R
 
T
E
 
G
A
 
A
M
 
L
T
 
E
L
 
F
D
 
Q
K
 
A
M
 
V
P
 
P
K
 
K
K
 
R
M
 
L
V
 
G
V
 
V
V
x
I
G
 
G
S
 
A
G
 
G
A
x
V
I
|
I
G
 
G
I
 
L
E
|
E
F
 
L
A
 
G
Y
 
S
F
 
V
Y
 
W
A
 
A
T
 
R
M
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
E
V
 
V
T
 
T
I
 
V
V
 
L
E
|
E
Y
x
A
L
|
L
D
 
D
R
 
T
I
 
F
V
 
L
P
 
M
V
 
A
E
 
A
D
 
D
A
 
T
E
 
A
V
 
V
S
 
S
K
 
K
T
 
E
L
 
A
E
 
Q
K
 
K
I
 
T
Y
 
L
K
 
T
K
 
K
A
 
Q
G
 
G
M
 
L
T
 
D
I
 
I
M
 
K
T
 
L
S
 
G
S
 
A
E
 
R
V
|
V
T
 
T
A
 
G
V
 
S
D
 
K
T
 
V
K
 
N
G
 
G
S
 
N
G
 
E
C
 
V
K
 
E
V
 
V
T
 
T
V
 
Y
K
 
T
T
 
N
A
 
A
K
 
E
G
 
G
E
 
E
E
 
Q
T
 
K
L
 
I
E
 
T
C
 
F
D
 
D
I
 
K
V
 
L
L
 
I
S
 
V
A
 
A
A
x
V
G
 
G
V
x
R
V
 
R
S
 
P
N
 
V
L
 
T
E
 
T
N
 
D
C
 
L
G
 
L
L
 
A
E
 
S
D
 
D
V
 
S
G
 
G
I
 
V
L
 
T
V
 
I
D
 
D
-
 
E
K
 
R
G
 
G
K
 
Y
I
 
I
K
 
F
V
 
V
D
 
D
E
 
D
Y
 
Y
Y
 
C
K
 
A
T
 
T
N
 
S
M
 
V
P
 
P
G
 
G
Y
 
V
Y
 
Y
A
 
A
I
 
I
G
|
G
D
|
D
V
 
V
I
 
V
P
 
R
G
 
G
P
 
M
A
x
M
L
|
L
A
|
A
H
 
H
V
 
K
A
 
A
S
 
S
A
 
E
E
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
M
C
 
V
V
 
V
E
 
E
K
 
R
I
 
I
A
 
K
G
 
G
Q
 
H
N
 
K
P
 
A
E
 
Q
P
 
-
L
 
M
D
 
N
Y
 
Y
G
 
D
N
 
L
I
 
I
P
 
P
G
 
S
C
 
V
T
 
I
Y
|
Y
C
 
T
S
 
H
P
 
P
E
 
E
I
 
I
A
 
A
S
 
W
V
 
V
G
 
G
M
 
K
T
 
T
E
 
E
A
 
Q
K
 
A
A
 
L
K
 
K
E
 
A
A
 
E
G
 
G
Y
 
V
E
 
E
L
 
V
R
 
N
V
 
V
G
 
G
K
 
T
F
 
F
P
 
P
F
 
F
S
 
A
A
 
A
S
 
S
G
 
G
K
 
R
A
 
A
S
 
M
A
 
A
A
 
A
G
 
N
A
 
D
K
 
T
D
 
G
G
 
G
F
 
F
V
 
V
K
 
K
L
 
V
V
 
I
F
 
A
D
 
D
K
 
A
K
 
K
Y
 
T
G
 
D
E
 
R
L
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
V
H
 
H
M
 
V
I
 
I
G
 
G
F
 
P
N
 
S
V
 
A
T
 
A
E
 
E
M
 
L
I
 
V
A
 
Q
E
 
Q
I
 
G
V
 
A
A
 
I
I
 
A
R
 
M
K
 
E
L
 
F
E
 
G
T
 
T
T
 
S
G
 
A
H
 
E
E
 
D
L
 
L
I
 
G
K
 
M
T
 
M
V
 
V
H
x
F
P
 
S
H
|
H
P
 
P
T
 
T
M
 
L
S
 
S
E
|
E
A
 
A
V
 
L
M
 
H
E
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
L
A
 
A
A
 
V
Y
 
N
D
 
G
E
 
G
V
 
A
I
 
I
H
 
H
L
 
V

Sites not aligning to the query:

2yquB Crystal structures and evolutionary relationship of two different lipoamide dehydrogenase(e3s) from thermus thermophilus
41% identity, 99% coverage: 6:465/465 of query aligns to 2:455/455 of 2yquB

query
sites
2yquB
F
 
Y
D
 
D
L
 
L
I
 
L
V
 
V
V
 
I
G
|
G
S
 
A
G
|
G
P
|
P
G
|
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
A
S
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
M
K
 
K
T
 
V
A
 
G
V
 
V
V
 
V
E
|
E
A
x
K
A
 
E
E
 
K
-
 
A
L
|
L
G
 
G
G
|
G
I
x
T
C
|
C
L
 
L
N
x
R
W
 
V
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
T
x
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
K
 
E
S
 
T
A
 
T
Q
 
E
V
 
R
F
 
I
E
 
-
Y
 
Y
I
 
E
N
 
A
H
 
K
A
 
K
A
 
G
D
 
L
Y
 
L
G
 
G
I
 
A
T
 
K
V
 
V
G
 
K
D
x
G
A
x
V
K
 
E
A
 
L
D
 
D
F
 
L
D
 
P
G
 
A
I
 
L
V
 
M
K
 
A
R
 
H
S
 
K
R
 
D
G
 
K
V
 
V
A
 
V
D
 
Q
G
 
A
M
 
N
S
 
T
K
 
Q
G
 
G
V
 
V
T
 
E
F
 
F
L
 
L
M
 
F
K
 
K
K
 
K
N
 
N
K
 
G
I
 
I
E
 
A
V
 
R
I
 
H
K
 
Q
G
 
G
W
x
T
G
x
A
K
 
R
I
 
F
Q
 
L
P
 
S
G
 
E
K
 
R
K
 
K
V
 
V
E
 
L
V
 
V
T
 
E
D
 
E
S
 
T
E
 
G
E
 
E
K
 
E
K
 
-
T
 
-
V
 
-
Y
 
L
S
 
E
A
 
A
D
 
R
N
 
Y
I
 
I
I
 
L
I
 
I
A
 
A
T
|
T
G
|
G
A
 
S
R
 
A
S
 
P
R
 
L
E
 
I
L
 
P
P
 
P
S
 
W
M
 
A
K
 
Q
I
 
V
D
 
D
K
 
Y
K
 
E
K
 
R
I
 
V
I
 
V
G
 
T
Y
 
S
R
 
T
E
 
E
A
 
A
M
 
L
T
 
S
L
 
F
D
 
P
K
 
E
M
 
V
P
 
P
K
 
K
K
 
R
M
 
L
V
 
I
V
 
V
V
 
V
G
 
G
S
 
G
G
 
G
A
x
V
I
|
I
G
 
G
I
 
L
E
|
E
F
 
L
A
 
G
Y
 
V
F
 
V
Y
 
W
A
 
H
T
 
R
M
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
E
V
 
V
T
 
I
I
 
V
V
 
L
E
 
E
Y
 
Y
L
 
M
D
 
D
R
 
R
I
 
I
V
 
L
P
 
P
V
 
T
E
 
M
D
 
D
A
 
L
E
 
E
V
 
V
S
 
S
K
 
R
T
 
A
L
 
A
E
 
E
K
 
R
I
 
V
Y
 
F
K
 
K
K
 
K
A
 
Q
G
 
G
M
 
L
T
 
T
I
 
I
M
 
R
T
 
T
S
 
G
S
 
V
E
 
R
V
 
V
T
 
T
A
 
A
V
 
V
D
 
V
T
 
P
K
 
E
G
 
A
S
 
K
G
 
G
C
 
A
K
 
R
V
 
V
T
 
E
V
 
L
K
 
E
T
 
-
A
 
-
K
 
-
G
 
G
E
 
G
E
 
E
T
 
V
L
 
L
E
 
E
C
 
A
D
 
D
I
 
R
V
 
V
L
 
L
S
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
V
 
R
V
 
R
S
 
P
N
x
Y
L
 
T
E
 
E
N
 
G
C
 
L
G
 
S
L
 
L
E
 
E
D
 
N
V
 
A
G
 
G
I
 
L
L
 
S
V
 
T
D
 
D
-
 
E
K
 
R
G
 
G
K
 
R
I
 
I
K
 
P
V
 
V
D
 
D
E
 
E
Y
 
H
Y
 
L
K
 
R
T
 
T
N
 
R
M
 
V
P
 
P
G
 
H
Y
 
I
Y
 
Y
A
 
A
I
 
I
G
|
G
D
|
D
V
 
V
I
 
V
P
 
R
G
 
G
P
 
P
A
x
M
L
|
L
A
|
A
H
|
H
V
 
K
A
 
A
S
|
S
A
 
E
E
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
A
C
 
A
V
 
V
E
 
E
K
 
H
I
 
M
A
 
V
G
 
-
Q
 
R
N
 
G
P
 
F
E
 
G
P
 
H
L
 
V
D
 
D
Y
 
Y
G
 
Q
N
 
A
I
 
I
P
 
P
G
 
S
C
 
V
T
 
V
Y
 
Y
C
 
T
S
 
H
P
 
P
E
 
E
I
 
I
A
 
A
S
 
A
V
 
V
G
 
G
M
 
Y
T
 
T
E
 
E
A
 
E
K
 
E
A
 
L
K
 
K
E
 
A
A
 
Q
G
 
G
Y
 
I
E
 
P
L
 
Y
R
 
K
V
 
V
G
 
G
K
 
K
F
 
F
P
 
P
F
 
Y
S
 
S
A
 
A
S
 
S
G
 
G
K
 
R
A
 
A
S
 
R
A
 
A
A
 
M
G
 
G
A
 
E
K
 
T
D
 
E
G
 
G
F
 
F
V
 
I
K
 
K
L
 
V
V
 
L
F
 
A
D
 
H
K
 
A
K
 
K
Y
 
T
G
 
D
E
 
R
L
 
I
L
 
L
G
 
G
A
 
V
H
 
H
M
 
G
I
 
I
G
 
G
F
 
A
N
 
R
V
 
V
T
 
G
E
 
D
M
 
V
I
 
L
A
 
A
E
 
E
I
 
A
V
 
A
A
 
L
I
 
A
R
 
L
K
 
F
L
 
F
E
 
K
T
 
A
T
x
S
G
 
A
H
 
E
E
x
D
L
 
L
I
 
G
K
 
R
T
 
A
V
 
P
H
|
H
P
 
A
H
|
H
P
 
P
T
 
S
M
 
L
S
 
S
E
|
E
A
 
I
V
 
L
M
 
K
E
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
L
A
 
A
A
 
A
Y
 
W
D
 
E
E
 
R
V
 
P
I
 
I
H
 
H
L
 
L

2yquA Crystal structures and evolutionary relationship of two different lipoamide dehydrogenase(e3s) from thermus thermophilus
41% identity, 99% coverage: 6:465/465 of query aligns to 2:455/455 of 2yquA

query
sites
2yquA
F
 
Y
D
 
D
L
 
L
I
 
L
V
 
V
V
 
I
G
|
G
S
 
A
G
|
G
P
|
P
G
|
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
A
S
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
M
K
 
K
T
 
V
A
 
G
V
 
V
V
 
V
E
|
E
A
x
K
A
 
E
E
 
K
-
 
A
L
|
L
G
 
G
G
|
G
I
x
T
C
|
C
L
 
L
N
x
R
W
 
V
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
T
x
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
K
 
E
S
 
T
A
 
T
Q
 
E
V
 
R
F
 
I
E
 
-
Y
 
Y
I
 
E
N
 
A
H
 
K
A
 
K
A
 
G
D
 
L
Y
 
L
G
 
G
I
 
A
T
 
K
V
 
V
G
 
K
D
x
G
A
x
V
K
 
E
A
 
L
D
 
D
F
 
L
D
 
P
G
 
A
I
 
L
V
 
M
K
 
A
R
 
H
S
 
K
R
 
D
G
 
K
V
 
V
A
 
V
D
 
Q
G
 
A
M
 
N
S
 
T
K
 
Q
G
 
G
V
 
V
T
 
E
F
 
F
L
 
L
M
 
F
K
 
K
K
 
K
N
 
N
K
 
G
I
 
I
E
 
A
V
 
R
I
 
H
K
 
Q
G
 
G
W
x
T
G
x
A
K
 
R
I
 
F
Q
 
L
P
 
S
G
 
E
K
 
R
K
 
K
V
 
V
E
 
L
V
 
V
T
 
E
D
 
E
S
 
T
E
 
G
E
 
E
K
 
E
K
 
-
T
 
-
V
 
-
Y
 
L
S
 
E
A
 
A
D
 
R
N
 
Y
I
 
I
I
 
L
I
 
I
A
 
A
T
|
T
G
|
G
A
 
S
R
 
A
S
 
P
R
 
L
E
 
I
L
 
P
P
 
P
S
 
W
M
 
A
K
 
Q
I
 
V
D
 
D
K
 
Y
K
 
E
K
 
R
I
 
V
I
 
V
G
 
T
Y
x
S
R
 
T
E
 
E
A
 
A
M
 
L
T
 
S
L
 
F
D
 
P
K
 
E
M
 
V
P
 
P
K
 
K
K
 
R
M
 
L
V
 
I
V
 
V
V
 
V
G
 
G
S
 
G
G
 
G
A
x
V
I
|
I
G
 
G
I
 
L
E
|
E
F
 
L
A
 
G
Y
 
V
F
 
V
Y
 
W
A
 
H
T
 
R
M
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
E
V
 
V
T
 
I
I
 
V
V
 
L
E
 
E
Y
 
Y
L
 
M
D
 
D
R
 
R
I
 
I
V
 
L
P
 
P
V
 
T
E
 
M
D
 
D
A
 
L
E
 
E
V
 
V
S
 
S
K
 
R
T
 
A
L
 
A
E
 
E
K
 
R
I
 
V
Y
 
F
K
 
K
K
 
K
A
 
Q
G
 
G
M
 
L
T
 
T
I
 
I
M
 
R
T
 
T
S
 
G
S
 
V
E
 
R
V
 
V
T
 
T
A
 
A
V
 
V
D
 
V
T
 
P
K
 
E
G
 
A
S
 
K
G
 
G
C
 
A
K
 
R
V
 
V
T
 
E
V
 
L
K
 
E
T
 
-
A
 
-
K
 
-
G
 
G
E
 
G
E
 
E
T
 
V
L
 
L
E
 
E
C
 
A
D
 
D
I
 
R
V
 
V
L
 
L
S
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
V
 
R
V
 
R
S
 
P
N
x
Y
L
 
T
E
 
E
N
 
G
C
 
L
G
 
S
L
 
L
E
 
E
D
 
N
V
 
A
G
 
G
I
 
L
L
 
S
V
 
T
D
 
D
-
 
E
K
 
R
G
 
G
K
 
R
I
 
I
K
 
P
V
 
V
D
 
D
E
 
E
Y
 
H
Y
 
L
K
 
R
T
 
T
N
 
R
M
 
V
P
 
P
G
 
H
Y
 
I
Y
 
Y
A
 
A
I
 
I
G
|
G
D
|
D
V
 
V
I
 
V
P
 
R
G
 
G
P
 
P
A
x
M
L
|
L
A
|
A
H
 
H
V
 
K
A
 
A
S
|
S
A
 
E
E
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
A
C
 
A
V
 
V
E
 
E
K
 
H
I
 
M
A
 
V
G
 
-
Q
 
R
N
 
G
P
 
F
E
 
G
P
 
H
L
 
V
D
 
D
Y
 
Y
G
 
Q
N
 
A
I
 
I
P
 
P
G
 
S
C
 
V
T
 
V
Y
 
Y
C
 
T
S
 
H
P
 
P
E
 
E
I
 
I
A
 
A
S
 
A
V
 
V
G
 
G
M
 
Y
T
 
T
E
 
E
A
 
E
K
 
E
A
 
L
K
 
K
E
 
A
A
 
Q
G
 
G
Y
 
I
E
 
P
L
 
Y
R
 
K
V
 
V
G
 
G
K
 
K
F
 
F
P
 
P
F
 
Y
S
 
S
A
 
A
S
 
S
G
 
G
K
 
R
A
 
A
S
 
R
A
 
A
A
 
M
G
 
G
A
 
E
K
 
T
D
 
E
G
 
G
F
 
F
V
 
I
K
 
K
L
 
V
V
 
L
F
 
A
D
 
H
K
 
A
K
 
K
Y
 
T
G
 
D
E
 
R
L
 
I
L
 
L
G
 
G
A
 
V
H
 
H
M
 
G
I
 
I
G
 
G
F
 
A
N
 
R
V
 
V
T
 
G
E
 
D
M
 
V
I
 
L
A
 
A
E
 
E
I
 
A
V
 
A
A
 
L
I
 
A
R
 
L
K
 
F
L
 
F
E
 
K
T
 
A
T
 
S
G
 
A
H
 
E
E
 
D
L
 
L
I
 
G
K
 
R
T
 
A
V
 
P
H
|
H
P
 
A
H
|
H
P
 
P
T
 
S
M
 
L
S
 
S
E
|
E
A
 
I
V
 
L
M
 
K
E
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
L
A
 
A
A
 
A
Y
 
W
D
 
E
E
 
R
V
 
P
I
 
I
H
 
H
L
 
L

P18925 Dihydrolipoyl dehydrogenase; Dihydrolipoamide dehydrogenase; E3 component of pyruvate complex; EC 1.8.1.4 from Azotobacter vinelandii (see 2 papers)
39% identity, 100% coverage: 3:465/465 of query aligns to 2:472/477 of P18925

query
sites
P18925
S
 
S
T
 
Q
K
 
K
F
 
F
D
 
D
L
 
V
I
 
I
V
 
V
V
 
I
G
 
G
S
 
A
G
 
G
P
 
P
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
K
A
 
S
S
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
K
T
 
T
A
 
A
V
 
L
V
 
I
E
|
E
A
x
K
-
x
Y
-
x
K
-
x
G
-
x
K
-
x
E
-
x
G
-
x
K
A
x
T
E
x
A
L
|
L
G
|
G
G
|
G
I
x
T
C
|
C
L
 
L
N
 
N
W
 
V
G
 
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
T
 
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
K
 
D
S
 
S
A
 
S
Q
 
Y
V
 
K
F
 
F
E
 
H
Y
 
E
I
 
A
N
 
H
H
 
E
A
 
S
A
 
F
D
 
K
-
 
L
Y
 
H
G
 
G
I
 
I
T
 
S
V
 
T
G
 
G
D
 
E
A
 
V
K
 
A
A
 
I
D
 
D
F
 
V
D
 
P
G
 
T
I
 
M
V
 
I
K
 
A
R
 
R
S
 
K
R
 
D
G
 
Q
V
 
I
A
 
V
D
 
R
G
 
N
M
 
L
S
 
T
K
 
G
G
 
G
V
 
V
T
 
A
F
 
S
L
 
L
M
 
I
K
 
K
K
 
A
N
 
N
K
 
G
I
 
V
E
 
T
V
 
L
I
 
F
K
 
E
G
 
G
W
 
H
G
 
G
K
 
K
I
 
L
Q
 
L
P
 
A
G
 
G
K
 
K
K
 
K
V
 
V
E
 
E
V
 
V
T
 
T
D
 
A
S
 
A
E
 
D
E
 
G
K
 
S
K
 
S
T
 
Q
V
 
V
Y
 
L
S
 
D
A
 
T
D
 
E
N
 
N
I
 
V
I
 
I
I
 
L
A
 
A
T
 
S
G
 
G
A
 
S
R
 
K
S
 
P
R
 
V
E
 
E
L
 
I
P
 
P
S
 
P
M
 
A
K
 
P
I
 
V
D
 
D
K
 
Q
K
 
D
K
 
V
I
 
I
I
 
V
G
 
D
Y
 
S
R
 
T
E
 
G
A
 
A
M
 
L
T
 
D
L
 
F
D
 
Q
K
 
N
M
 
V
P
 
P
K
 
G
K
 
K
M
 
L
V
 
G
V
 
V
V
 
I
G
 
G
S
 
A
G
 
G
A
 
V
I
 
I
G
 
G
I
 
L
E
 
E
F
 
L
A
 
G
Y
 
S
F
 
V
Y
 
W
A
 
A
T
 
R
M
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
E
V
 
V
T
 
T
I
 
V
V
 
L
E
 
E
Y
 
A
L
 
M
D
 
D
R
 
K
I
 
F
V
 
L
P
 
P
V
 
A
E
 
V
D
 
D
A
 
E
E
 
Q
V
 
V
S
 
A
K
 
K
T
 
E
L
 
A
E
 
Q
K
 
K
I
 
I
Y
 
L
K
 
T
K
 
K
A
 
Q
G
 
G
M
 
L
T
 
K
I
 
I
M
 
L
T
 
L
S
 
G
S
 
A
E
 
R
V
 
V
T
 
T
A
 
G
V
 
T
D
 
E
T
 
V
K
 
K
G
 
N
S
 
K
G
 
Q
C
 
V
K
 
T
V
 
V
T
 
K
V
 
F
K
 
V
T
 
D
A
 
A
K
 
E
G
 
G
E
 
E
E
 
K
T
 
S
L
 
Q
E
 
A
C
 
F
D
 
D
I
 
K
V
 
L
L
 
I
S
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
V
 
R
V
 
R
S
 
P
N
 
V
L
 
T
E
 
T
N
 
D
C
 
L
G
 
L
L
 
A
E
 
A
D
 
D
V
 
S
G
 
G
I
 
V
L
 
T
V
 
L
D
 
D
-
 
E
K
 
R
G
 
G
K
 
F
I
 
I
K
 
Y
V
 
V
D
 
D
E
 
D
Y
 
Y
Y
 
C
K
 
A
T
 
T
N
 
S
M
 
V
P
 
P
G
 
G
Y
 
V
Y
 
Y
A
 
A
I
 
I
G
 
G
D
|
D
V
 
V
I
 
V
P
 
R
G
 
G
P
 
A
A
 
M
L
 
L
A
|
A
H
 
H
V
 
K
A
 
A
S
 
S
A
 
E
E
 
E
G
 
G
I
 
V
I
 
V
C
 
V
V
 
A
E
 
E
K
 
R
I
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
H
N
 
K
P
 
A
E
 
Q
P
 
-
L
 
M
D
 
N
Y
 
Y
G
 
D
N
 
L
I
 
I
P
 
P
G
 
A
C
 
V
T
 
I
Y
 
Y
C
 
T
S
 
H
P
 
P
E
 
E
I
 
I
A
 
A
S
 
G
V
 
V
G
 
G
M
 
K
T
 
T
E
 
E
A
 
Q
K
 
A
A
 
L
K
 
K
E
 
A
A
 
E
G
 
G
Y
 
V
E
 
A
L
 
I
R
 
N
V
 
V
G
 
G
K
 
V
F
 
F
P
 
P
F
 
F
S
 
A
A
 
A
S
 
S
G
 
G
K
 
R
A
 
A
S
 
M
A
 
A
A
 
A
G
 
N
A
 
D
K
 
T
D
 
A
G
 
G
F
 
F
V
 
V
K
 
K
L
 
V
V
 
I
F
 
A
D
 
D
K
 
A
K
 
K
Y
 
T
G
 
D
E
 
R
L
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
V
H
 
H
M
 
V
I
 
I
G
 
G
F
 
P
N
 
S
V
 
A
T
 
A
E
 
E
M
 
L
I
 
V
A
 
Q
E
 
Q
I
 
G
V
 
A
A
 
I
I
 
A
R
 
M
K
 
E
L
 
F
E
 
G
T
 
T
T
 
S
G
 
A
H
 
E
E
 
D
L
 
L
I
 
G
K
 
M
T
 
M
V
 
V
H
 
F
P
 
A
H
 
H
P
 
P
T
 
A
M
 
L
S
 
S
E
 
E
A
 
A
V
 
L
M
 
H
E
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
L
A
 
A
A
 
V
Y
 
S
D
 
G
E
 
H
V
 
A
I
 
I
H
 
H
L
 
V

3ladA Refined crystal structure of lipoamide dehydrogenase from azotobacter vinelandii at 2.2 angstroms resolution. A comparison with the structure of glutathione reductase (see paper)
39% identity, 100% coverage: 3:465/465 of query aligns to 1:471/472 of 3ladA

query
sites
3ladA
S
 
S
T
 
Q
K
 
K
F
 
F
D
 
D
L
 
V
I
 
I
V
 
V
V
x
I
G
|
G
S
 
A
G
|
G
P
|
P
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
K
A
 
S
S
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
L
K
 
K
T
 
T
A
 
A
V
 
L
V
 
I
E
|
E
A
x
K
-
 
Y
-
 
K
-
 
G
-
 
K
-
 
E
-
 
G
-
 
K
A
 
T
E
 
A
L
|
L
G
 
G
G
|
G
I
x
T
C
|
C
L
 
L
N
 
N
W
 
V
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
T
x
S
K
 
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
K
 
D
S
 
S
A
 
S
Q
 
Y
V
 
K
F
 
F
E
 
H
Y
 
E
I
 
A
N
 
H
H
 
E
A
 
S
A
 
F
D
 
K
-
 
L
Y
 
H
G
 
G
I
 
I
T
 
S
V
 
T
G
 
G
D
 
E
A
 
V
K
 
A
A
 
I
D
 
D
F
 
V
D
 
P
G
 
T
I
 
M
V
 
I
K
 
A
R
 
R
S
 
K
R
 
D
G
 
Q
V
 
I
A
 
V
D
 
R
G
 
N
M
 
L
S
 
T
K
 
G
G
 
G
V
 
V
T
 
A
F
 
S
L
 
L
M
 
I
K
 
K
K
 
A
N
 
N
K
 
G
I
 
V
E
 
T
V
 
L
I
 
F
K
 
E
G
 
G
W
x
H
G
|
G
K
 
K
I
 
L
Q
 
L
P
 
A
G
 
G
K
 
K
K
 
K
V
 
V
E
 
E
V
 
V
T
 
T
D
 
A
S
 
A
E
 
D
E
 
G
K
 
S
K
 
S
T
 
Q
V
 
V
Y
 
L
S
 
D
A
 
T
D
 
E
N
 
N
I
 
V
I
 
I
I
 
L
A
|
A
T
x
S
G
|
G
A
 
S
R
 
K
S
 
P
R
 
V
E
 
E
L
 
I
P
 
P
S
 
P
M
 
A
K
 
P
I
 
V
D
 
D
K
 
Q
K
 
D
K
 
V
I
 
I
I
 
V
G
 
D
Y
 
S
R
 
T
E
 
G
A
 
A
M
 
L
T
 
D
L
 
F
D
 
Q
K
 
N
M
 
V
P
 
P
K
 
G
K
 
K
M
 
L
V
 
G
V
 
V
V
 
I
G
 
G
S
 
A
G
 
G
A
x
V
I
|
I
G
 
G
I
 
L
E
|
E
F
 
L
A
 
G
Y
 
S
F
 
V
Y
 
W
A
 
A
T
 
R
M
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
E
V
 
V
T
 
T
I
 
V
V
 
L
E
 
E
Y
 
A
L
 
M
D
 
D
R
 
K
I
 
F
V
 
L
P
 
P
V
 
A
E
 
V
D
 
D
A
 
E
E
 
Q
V
 
V
S
 
A
K
 
K
T
 
E
L
 
A
E
 
Q
K
 
K
I
 
I
Y
 
L
K
 
T
K
 
K
A
 
Q
G
 
G
M
 
L
T
 
K
I
 
I
M
 
L
T
 
L
S
 
G
S
 
A
E
 
R
V
 
V
T
 
T
A
 
G
V
 
T
D
 
E
T
 
V
K
 
K
G
 
N
S
 
K
G
 
Q
C
 
V
K
 
T
V
 
V
T
 
K
V
 
F
K
 
V
T
 
D
A
 
A
K
 
E
G
 
G
E
 
E
E
 
K
T
 
S
L
 
Q
E
 
A
C
 
F
D
 
D
I
 
K
V
 
L
L
 
I
S
 
V
A
 
A
A
 
V
G
 
G
V
x
R
V
 
R
S
 
P
N
 
V
L
 
T
E
 
T
N
 
D
C
 
L
G
 
L
L
 
A
E
 
A
D
 
D
V
 
S
G
 
G
I
 
V
L
 
T
V
 
L
D
 
D
-
 
E
K
 
R
G
 
G
K
 
F
I
 
I
K
 
Y
V
 
V
D
 
D
E
 
D
Y
 
Y
Y
 
C
K
 
A
T
 
T
N
 
S
M
 
V
P
 
P
G
 
G
Y
 
V
Y
 
Y
A
 
A
I
 
I
G
 
G
D
|
D
V
 
V
I
 
V
P
 
R
G
 
G
P
 
A
A
 
M
L
|
L
A
|
A
H
 
H
V
 
K
A
 
A
S
 
S
A
 
E
E
 
E
G
 
G
I
 
V
I
 
V
C
 
V
V
 
A
E
 
E
K
 
R
I
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
H
N
 
K
P
 
A
E
 
Q
P
 
-
L
 
M
D
 
N
Y
 
Y
G
 
D
N
 
L
I
 
I
P
 
P
G
 
A
C
 
V
T
 
I
Y
 
Y
C
 
T
S
 
H
P
 
P
E
 
E
I
 
I
A
 
A
S
 
G
V
 
V
G
 
G
M
 
K
T
 
T
E
 
E
A
 
Q
K
 
A
A
 
L
K
 
K
E
 
A
A
 
E
G
 
G
Y
 
V
E
 
A
L
 
I
R
 
N
V
 
V
G
 
G
K
 
V
F
 
F
P
 
P
F
 
F
S
 
A
A
 
A
S
 
S
G
 
G
K
 
R
A
 
A
S
 
M
A
 
A
A
 
A
G
 
N
A
 
D
K
 
T
D
 
A
G
 
G
F
 
F
V
 
V
K
 
K
L
 
V
V
 
I
F
 
A
D
 
D
K
 
A
K
 
K
Y
 
T
G
 
D
E
 
R
L
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
V
H
 
H
M
 
V
I
 
I
G
 
G
F
 
P
N
 
S
V
 
A
T
 
A
E
 
E
M
 
L
I
 
V
A
 
Q
E
 
Q
I
 
G
V
 
A
A
 
I
I
 
A
R
 
M
K
 
E
L
 
F
E
 
G
T
 
T
T
 
S
G
 
A
H
 
E
E
 
D
L
 
L
I
 
G
K
 
M
T
 
M
V
 
V
H
x
F
P
 
A
H
|
H
P
 
P
T
 
A
M
 
L
S
 
S
E
|
E
A
 
A
V
 
L
M
 
H
E
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
L
A
 
A
A
 
V
Y
 
S
D
 
G
E
 
H
V
 
A
I
 
I
H
 
H
L
 
V

P11959 Dihydrolipoyl dehydrogenase; Dihydrolipoamide dehydrogenase; E3 component of pyruvate complex; EC 1.8.1.4 from Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) (see paper)
40% identity, 99% coverage: 7:465/465 of query aligns to 11:467/470 of P11959

query
sites
P11959
D
 
E
L
 
T
I
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
S
 
A
G
 
G
P
 
P
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
A
S
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
Q
K
 
K
T
 
V
A
 
T
V
 
I
V
 
V
E
|
E
A
x
K
A
x
G
E
x
N
L
|
L
G
|
G
G
|
G
I
x
V
C
|
C
L
 
L
N
 
N
W
 
V
G
 
G
C
 
C
I
 
I
P
 
P
T
 
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
I
K
 
S
S
 
A
A
 
S
Q
 
H
V
 
R
F
 
Y
E
 
E
Y
 
Q
I
 
A
N
 
K
H
 
H
A
 
S
A
 
E
D
 
E
Y
 
M
G
 
G
I
 
I
T
 
K
V
 
A
G
 
E
D
 
N
A
 
V
K
 
T
A
 
I
D
 
D
F
 
F
D
 
A
G
 
K
I
 
V
V
 
Q
K
 
E
R
 
W
S
 
K
R
 
A
G
 
S
V
 
V
A
 
V
D
 
K
G
 
K
M
 
L
S
 
T
K
 
G
G
 
G
V
 
V
T
 
E
F
 
G
L
 
L
M
 
L
K
 
K
K
 
G
N
 
N
K
 
K
I
 
V
E
 
E
V
 
I
I
 
V
K
 
K
G
 
G
W
 
E
G
 
A
K
 
Y
I
 
F
Q
 
V
P
 
D
G
 
A
K
 
N
K
 
T
V
 
V
E
 
R
V
 
V
T
 
V
D
 
N
S
 
G
E
 
D
E
 
S
K
 
A
K
 
Q
T
 
T
V
 
-
Y
 
Y
S
 
T
A
 
F
D
 
K
N
 
N
I
 
A
I
 
I
I
 
I
A
 
A
T
 
T
G
 
G
A
 
S
R
 
R
S
 
P
R
 
I
E
 
E
L
 
L
P
 
P
S
 
N
M
 
F
K
 
K
I
 
F
D
 
S
K
 
-
K
 
N
K
 
R
I
 
I
I
 
L
G
 
D
Y
 
S
R
 
T
E
 
G
A
 
A
M
 
L
T
 
N
L
 
L
D
 
G
K
 
E
M
 
V
P
 
P
K
 
K
K
 
S
M
 
L
V
 
V
V
 
V
V
 
I
G
 
G
S
 
G
G
 
G
A
 
Y
I
 
I
G
 
G
I
 
I
E
 
E
F
 
L
A
 
G
Y
 
T
F
 
A
Y
 
Y
A
 
A
T
 
N
M
 
F
G
 
G
A
 
T
E
 
K
V
 
V
T
 
T
I
 
I
V
 
L
E
 
E
Y
 
G
L
 
A
D
 
G
R
 
E
I
 
I
V
 
L
P
 
S
V
 
G
E
 
F
D
 
E
A
 
K
E
 
Q
V
 
M
S
 
A
K
 
A
T
 
I
L
 
I
E
 
K
K
 
K
I
 
R
Y
 
L
K
 
K
K
 
K
A
 
K
G
 
G
M
 
V
T
 
E
I
 
V
M
 
V
T
 
T
S
 
N
S
 
A
E
 
L
V
 
A
T
 
K
A
 
G
V
 
A
D
 
E
T
 
E
K
 
R
G
 
E
S
 
D
G
 
G
C
 
V
K
 
T
V
 
V
T
 
T
V
 
Y
K
 
E
T
 
A
A
 
N
K
 
G
G
 
E
E
 
T
E
 
K
T
 
T
L
 
I
E
 
D
C
 
A
D
 
D
I
 
Y
V
 
V
L
 
L
S
 
V
A
 
T
A
 
V
G
 
G
V
 
R
V
 
R
S
 
P
N
 
N
L
 
T
E
 
D
N
 
E
C
 
L
G
 
G
L
 
L
E
 
E
D
 
Q
V
 
I
G
 
G
I
 
I
-
 
K
L
 
M
V
 
T
D
 
N
K
 
R
G
 
G
K
 
L
I
 
I
K
 
E
V
 
V
D
 
D
E
 
Q
Y
 
Q
Y
 
C
K
 
R
T
 
T
N
 
S
M
 
V
P
 
P
G
 
N
Y
 
I
Y
 
F
A
 
A
I
 
I
G
 
G
D
|
D
V
 
I
I
 
V
P
 
P
G
 
G
P
 
P
A
 
A
L
 
L
A
|
A
H
 
H
V
 
K
A
 
A
S
 
S
A
 
Y
E
 
E
G
 
G
I
 
K
I
 
V
C
 
A
V
 
A
E
 
E
K
 
A
I
 
I
A
 
A
G
 
G
Q
 
-
N
 
H
P
 
P
E
 
S
P
 
A
L
 
V
D
 
D
Y
 
Y
G
 
V
N
 
A
I
 
I
P
 
P
G
 
A
C
 
V
T
 
V
Y
 
F
C
 
S
S
 
D
P
 
P
E
 
E
I
 
C
A
 
A
S
 
S
V
 
V
G
 
G
M
 
Y
T
 
F
E
 
E
A
 
Q
K
 
Q
A
 
A
K
 
K
E
 
D
A
 
E
G
 
G
Y
 
I
E
 
D
L
 
V
R
 
I
V
 
A
G
 
A
K
 
K
F
 
F
P
 
P
F
 
F
S
 
A
A
 
A
S
 
N
G
 
G
K
 
R
A
 
A
S
 
L
A
 
A
A
 
L
G
 
N
A
 
D
K
 
T
D
 
D
G
 
G
F
 
F
V
 
L
K
 
K
L
 
L
V
 
V
F
 
V
D
 
R
K
 
K
K
 
E
Y
 
D
G
 
G
E
 
V
L
 
I
L
 
I
G
 
G
A
 
A
H
 
Q
M
 
I
I
 
I
G
 
G
F
 
P
N
 
N
V
 
A
T
 
S
E
 
D
M
 
M
I
 
I
A
 
A
E
 
E
I
 
L
V
 
G
A
 
L
I
 
A
R
 
I
K
 
E
L
 
A
E
 
G
T
 
M
T
 
T
G
 
A
H
 
E
E
 
D
L
 
I
I
 
A
K
 
L
T
 
T
V
 
I
H
 
H
P
 
A
H
 
H
P
 
P
T
 
T
M
 
L
S
 
G
E
 
E
A
 
I
V
 
A
M
 
M
E
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
E
A
 
V
A
 
A
Y
 
L
D
 
G
E
 
T
V
 
P
I
 
I
H
 
H
L
 
I

2eq7A Crystal structure of lipoamide dehydrogenase from thermus thermophilus hb8 with psbdo
41% identity, 98% coverage: 6:461/465 of query aligns to 2:451/452 of 2eq7A

query
sites
2eq7A
F
 
Y
D
 
D
L
 
L
I
 
L
V
 
V
V
 
I
G
 
G
S
 
A
G
|
G
P
|
P
G
|
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
R
A
 
A
S
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
M
K
 
K
T
 
V
A
 
G
V
 
V
V
 
V
E
|
E
A
x
K
A
 
E
E
 
K
-
 
A
L
|
L
G
 
G
G
|
G
I
x
T
C
|
C
L
 
L
N
x
R
W
 
V
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
T
x
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
K
 
E
S
 
T
A
 
T
Q
 
E
V
 
R
F
 
I
E
 
-
Y
 
Y
I
 
E
N
 
A
H
 
K
A
 
K
A
 
G
D
 
L
Y
 
L
G
 
G
I
 
A
T
 
K
V
 
V
G
 
K
D
x
G
A
x
V
K
 
E
A
 
L
D
 
D
F
 
L
D
 
P
G
 
A
I
 
L
V
 
M
K
 
A
R
 
H
S
 
K
R
 
D
G
 
K
V
 
V
A
 
V
D
 
Q
G
 
A
M
 
N
S
 
T
K
 
Q
G
 
G
V
 
V
T
 
E
F
 
F
L
 
L
M
 
F
K
 
K
K
 
K
N
 
N
K
 
G
I
 
I
E
 
A
V
 
R
I
 
H
K
 
Q
G
 
G
W
x
T
G
x
A
K
 
R
I
 
F
Q
 
L
P
 
S
G
 
E
K
 
R
K
 
K
V
 
V
E
 
L
V
 
V
T
 
E
D
 
E
S
 
T
E
 
G
E
 
E
K
 
E
K
 
-
T
 
-
V
 
-
Y
 
L
S
 
E
A
 
A
D
 
R
N
 
Y
I
 
I
I
 
L
I
 
I
A
 
A
T
|
T
G
|
G
A
 
S
R
 
A
S
 
P
R
 
L
E
 
I
L
 
P
P
 
P
S
x
W
M
 
A
K
 
Q
I
 
V
D
 
D
K
 
Y
K
 
E
K
 
R
I
 
V
I
 
V
G
 
T
Y
x
S
R
 
T
E
 
E
A
 
A
M
 
L
T
 
S
L
 
F
D
 
P
K
 
E
M
 
V
P
 
P
K
 
K
K
 
R
M
 
L
V
 
I
V
 
V
V
 
V
G
|
G
S
 
G
G
|
G
A
x
V
I
|
I
G
 
G
I
 
L
E
|
E
F
 
L
A
 
G
Y
 
V
F
 
V
Y
 
W
A
 
H
T
 
R
M
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
E
V
 
V
T
 
I
I
 
V
V
 
L
E
|
E
Y
|
Y
L
 
M
D
 
D
R
 
R
I
 
I
V
 
L
P
 
P
V
 
T
E
 
M
D
 
D
A
 
L
E
 
E
V
 
V
S
 
S
K
 
R
T
 
A
L
 
A
E
 
E
K
 
R
I
 
V
Y
 
F
K
 
K
K
 
K
A
 
Q
G
 
G
M
 
L
T
 
T
I
 
I
M
 
R
T
 
T
S
 
G
S
 
V
E
 
R
V
|
V
T
 
T
A
 
A
V
 
V
D
 
V
T
 
P
K
 
E
G
 
A
S
 
K
G
 
G
C
 
A
K
 
R
V
 
V
T
 
E
V
 
L
K
 
E
T
 
-
A
 
-
K
 
-
G
 
G
E
 
G
E
 
E
T
 
V
L
 
L
E
 
E
C
 
A
D
 
D
I
 
R
V
 
V
L
 
L
S
 
V
A
 
A
A
x
V
G
|
G
V
x
R
V
 
R
S
 
P
N
x
Y
L
 
T
E
 
E
N
 
G
C
 
L
G
 
S
L
 
L
E
 
E
D
 
N
V
 
A
G
 
G
I
 
L
L
 
S
V
 
T
D
 
D
-
 
E
K
 
R
G
 
G
K
 
R
I
 
I
K
 
P
V
 
V
D
 
D
E
 
E
Y
 
H
Y
 
L
K
 
R
T
 
T
N
 
R
M
 
V
P
 
P
G
 
H
Y
 
I
Y
 
Y
A
 
A
I
 
I
G
 
G
D
|
D
V
 
V
I
 
V
P
 
R
G
 
G
P
 
P
A
x
M
L
|
L
A
|
A
H
|
H
V
 
K
A
 
A
S
|
S
A
 
E
E
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
A
C
 
A
V
 
V
E
 
E
K
 
H
I
 
M
A
 
V
G
 
-
Q
 
R
N
 
G
P
 
F
E
 
G
P
 
H
L
 
V
D
 
D
Y
 
Y
G
 
Q
N
 
A
I
 
I
P
 
P
G
 
S
C
x
V
T
 
V
Y
|
Y
C
 
T
S
 
H
P
 
P
E
 
E
I
 
I
A
 
A
S
 
A
V
 
V
G
 
G
M
 
Y
T
 
T
E
 
E
A
 
E
K
 
E
A
 
L
K
 
K
E
 
A
A
 
Q
G
 
G
Y
 
I
E
 
P
L
 
Y
R
 
K
V
 
V
G
 
G
K
 
K
F
 
F
P
 
P
F
 
Y
S
 
S
A
 
A
S
 
S
G
 
G
K
 
R
A
 
A
S
 
R
A
 
A
A
 
M
G
 
G
A
 
E
K
 
T
D
 
E
G
 
G
F
 
F
V
 
I
K
 
K
L
 
V
V
 
L
F
 
A
D
 
H
K
 
A
K
 
K
Y
 
T
G
 
D
E
 
R
L
 
I
L
 
L
G
 
G
A
 
V
H
 
H
M
 
G
I
 
I
G
 
G
F
 
A
N
 
R
V
 
V
T
 
G
E
 
D
M
 
V
I
 
L
A
 
A
E
 
E
I
 
A
V
 
A
A
 
L
I
 
A
R
 
L
K
 
F
L
 
F
E
 
K
T
 
A
T
 
S
G
 
A
H
 
E
E
 
D
L
 
L
I
 
G
K
 
R
T
 
A
V
 
P
H
|
H
P
 
A
H
|
H
P
 
P
T
 
S
M
 
L
S
 
S
E
|
E
A
 
I
V
 
L
M
 
K
E
 
E
A
 
A
A
 
A
A
 
L
A
 
A
A
 
A
Y
 
W
D
 
E
E
 
R

1zmdA Crystal structure of human dihydrolipoamide dehydrogenase complexed to nadh (see paper)
39% identity, 97% coverage: 7:458/465 of query aligns to 6:464/472 of 1zmdA

query
sites
1zmdA
D
 
D
L
 
V
I
 
T
V
 
V
V
x
I
G
|
G
S
 
S
G
|
G
P
|
P
G
|
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
K
A
 
A
S
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
F
K
 
K
T
 
T
A
 
V
V
 
C
V
 
I
E
|
E
A
x
K
A
x
N
E
 
E
-
 
T
L
|
L
G
 
G
G
|
G
I
x
T
C
|
C
L
 
L
N
 
N
W
 
V
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
T
x
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
K
 
N
S
 
N
A
 
S
Q
 
H
V
 
Y
F
 
Y
E
 
-
Y
 
H
I
 
M
N
 
A
H
 
H
A
 
G
A
 
T
D
 
D
Y
 
F
-
 
A
-
 
S
-
 
R
G
 
G
I
 
I
T
 
E
V
 
M
G
 
S
D
 
E
A
 
V
K
 
R
A
 
L
D
 
N
F
 
L
D
 
D
G
 
K
I
 
M
V
 
M
K
 
E
R
 
Q
S
 
K
R
 
S
G
 
T
V
 
A
A
 
V
D
 
K
G
 
A
M
 
L
S
 
T
K
 
G
G
 
G
V
 
I
T
 
A
F
 
H
L
 
L
M
 
F
K
 
K
K
 
Q
N
 
N
K
 
K
I
 
V
E
 
V
V
 
H
I
 
V
K
 
N
G
 
G
W
x
Y
G
|
G
K
 
K
I
 
I
Q
 
T
P
 
G
G
 
K
K
 
N
K
 
Q
V
 
V
E
 
T
V
 
A
T
 
T
D
 
K
S
 
A
E
 
D
E
 
G
K
 
G
K
 
T
T
 
Q
V
 
V
Y
 
I
S
 
D
A
 
T
D
 
K
N
 
N
I
 
I
I
 
L
I
 
I
A
 
A
T
|
T
G
|
G
A
 
S
R
 
E
S
 
V
R
 
T
E
 
P
L
 
F
P
 
P
S
 
G
M
 
I
K
 
T
I
 
I
D
 
D
K
 
E
K
 
D
K
 
T
I
 
I
I
 
V
G
 
S
Y
x
S
R
 
T
E
 
G
A
 
A
M
 
L
T
 
S
L
 
L
D
 
K
K
 
K
M
 
V
P
 
P
K
 
E
K
 
K
M
 
M
V
 
V
V
 
V
V
x
I
G
|
G
S
 
A
G
|
G
A
x
V
I
|
I
G
 
G
I
 
V
E
|
E
F
 
L
A
 
G
Y
 
S
F
 
V
Y
 
W
A
 
Q
T
 
R
M
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
D
V
 
V
T
 
T
I
 
A
V
 
V
E
|
E
Y
x
F
L
|
L
D
 
G
R
 
H
I
 
V
V
 
G
P
 
G
V
 
V
E
 
G
-
 
I
D
 
D
A
 
M
E
 
E
V
 
I
S
 
S
K
 
K
T
 
N
L
 
F
E
 
Q
K
 
R
I
 
I
Y
 
L
K
 
Q
K
 
K
A
 
Q
G
 
G
M
 
F
T
 
K
I
 
F
M
 
K
T
 
L
S
 
N
S
 
T
E
 
K
V
 
V
T
 
T
A
 
G
V
 
A
D
 
T
T
 
K
K
 
K
G
 
S
S
 
D
G
 
G
-
 
K
C
 
I
K
 
D
V
 
V
T
 
S
V
 
I
K
 
E
T
 
A
A
 
A
K
 
S
G
 
G
-
 
G
-
 
K
E
 
A
E
 
E
T
 
V
L
 
I
E
 
T
C
 
C
D
 
D
I
 
V
V
 
L
L
 
L
S
 
V
A
 
C
A
x
I
G
|
G
V
x
R
V
 
R
S
 
P
N
x
F
L
 
T
E
 
K
N
 
N
C
 
L
G
 
G
L
 
L
E
 
E
D
 
E
V
 
L
G
 
G
I
 
I
L
 
E
V
 
L
D
 
D
-
 
P
K
 
R
G
 
G
K
 
R
I
 
I
K
 
P
V
 
V
D
 
N
E
 
T
Y
 
R
Y
 
F
K
 
Q
T
 
T
N
 
K
M
 
I
P
 
P
G
 
N
Y
 
I
Y
 
Y
A
 
A
I
 
I
G
|
G
D
|
D
V
 
V
I
 
V
P
 
A
G
 
G
P
 
P
A
x
M
L
|
L
A
|
A
H
|
H
V
 
K
A
 
A
S
 
E
A
 
D
E
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
I
C
 
C
V
 
V
E
 
E
K
 
G
I
 
M
A
 
A
G
 
G
Q
 
-
N
 
G
P
 
A
E
 
V
P
 
H
L
 
I
D
 
D
Y
 
Y
G
 
N
N
 
C
I
 
V
P
 
P
G
 
S
C
x
V
T
 
I
Y
|
Y
C
 
T
S
 
H
P
 
P
E
 
E
I
 
V
A
 
A
S
 
W
V
 
V
G
 
G
M
 
K
T
 
S
E
 
E
A
 
E
K
 
Q
A
 
L
K
 
K
E
 
E
A
 
E
G
 
G
Y
 
I
E
 
E
L
 
Y
R
 
K
V
 
V
G
 
G
K
 
K
F
 
F
P
 
P
F
 
F
S
 
A
A
 
A
S
 
N
G
 
S
K
 
R
A
 
A
S
 
K
A
 
T
A
 
N
G
 
A
A
 
D
K
 
T
D
 
D
G
 
G
F
 
M
V
 
V
K
 
K
L
 
I
V
 
L
F
 
G
D
 
Q
K
 
K
K
 
S
Y
 
T
G
 
D
E
 
R
L
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
A
H
 
H
M
 
I
I
 
L
G
 
G
F
 
P
N
 
G
V
 
A
T
 
G
E
 
E
M
 
M
I
 
V
A
 
N
E
 
E
I
 
A
V
 
A
A
 
L
I
 
A
R
 
L
K
 
E
L
 
Y
E
 
G
T
 
A
T
 
S
G
 
C
H
 
E
E
 
D
L
 
I
I
 
A
K
 
R
T
 
V
V
 
C
H
|
H
P
 
A
H
|
H
P
 
P
T
 
T
M
 
L
S
 
S
E
|
E
A
 
A
V
 
F
M
 
R
E
 
E
A
 
A
A
 
N
A
 
L
A
 
A
A
 
A

1zmcA Crystal structure of human dihydrolipoamide dehydrogenase complexed to NAD+ (see paper)
39% identity, 97% coverage: 7:458/465 of query aligns to 6:464/472 of 1zmcA

query
sites
1zmcA
D
 
D
L
 
V
I
 
T
V
 
V
V
x
I
G
|
G
S
 
S
G
|
G
P
|
P
G
|
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
K
A
 
A
S
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
F
K
 
K
T
 
T
A
 
V
V
 
C
V
 
I
E
|
E
A
x
K
A
x
N
E
 
E
-
 
T
L
|
L
G
 
G
G
|
G
I
x
T
C
|
C
L
 
L
N
 
N
W
 
V
G
|
G
C
|
C
I
 
I
P
 
P
T
x
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
K
 
N
S
 
N
A
 
S
Q
 
H
V
 
Y
F
 
Y
E
 
-
Y
 
H
I
 
M
N
 
A
H
 
H
A
 
G
A
 
T
D
 
D
Y
 
F
-
 
A
-
 
S
-
 
R
G
 
G
I
 
I
T
 
E
V
 
M
G
 
S
D
 
E
A
 
V
K
 
R
A
 
L
D
 
N
F
 
L
D
 
D
G
 
K
I
 
M
V
 
M
K
 
E
R
 
Q
S
 
K
R
 
S
G
 
T
V
 
A
A
 
V
D
 
K
G
 
A
M
 
L
S
 
T
K
 
G
G
 
G
V
 
I
T
 
A
F
 
H
L
 
L
M
 
F
K
 
K
K
 
Q
N
 
N
K
 
K
I
 
V
E
 
V
V
 
H
I
 
V
K
 
N
G
 
G
W
x
Y
G
|
G
K
 
K
I
 
I
Q
 
T
P
 
G
G
 
K
K
 
N
K
 
Q
V
 
V
E
 
T
V
 
A
T
 
T
D
 
K
S
 
A
E
 
D
E
 
G
K
 
G
K
 
T
T
 
Q
V
 
V
Y
 
I
S
 
D
A
 
T
D
 
K
N
 
N
I
 
I
I
 
L
I
 
I
A
 
A
T
|
T
G
|
G
A
 
S
R
 
E
S
 
V
R
 
T
E
 
P
L
 
F
P
 
P
S
 
G
M
 
I
K
 
T
I
 
I
D
 
D
K
 
E
K
 
D
K
 
T
I
 
I
I
 
V
G
 
S
Y
x
S
R
 
T
E
 
G
A
 
A
M
 
L
T
 
S
L
 
L
D
 
K
K
 
K
M
 
V
P
 
P
K
 
E
K
 
K
M
 
M
V
 
V
V
 
V
V
 
I
G
|
G
S
 
A
G
|
G
A
x
V
I
|
I
G
 
G
I
 
V
E
|
E
F
 
L
A
 
G
Y
 
S
F
 
V
Y
 
W
A
 
Q
T
 
R
M
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
D
V
 
V
T
 
T
I
 
A
V
|
V
E
|
E
Y
x
F
L
|
L
D
 
G
R
 
H
I
 
V
V
 
G
P
 
G
V
 
V
E
 
G
-
 
I
D
 
D
A
 
M
E
 
E
V
 
I
S
 
S
K
 
K
T
 
N
L
 
F
E
 
Q
K
 
R
I
 
I
Y
 
L
K
 
Q
K
 
K
A
 
Q
G
 
G
M
 
F
T
 
K
I
 
F
M
 
K
T
 
L
S
 
N
S
 
T
E
x
K
V
|
V
T
 
T
A
 
G
V
 
A
D
 
T
T
 
K
K
 
K
G
 
S
S
 
D
G
 
G
-
 
K
C
 
I
K
 
D
V
 
V
T
 
S
V
 
I
K
 
E
T
 
A
A
 
A
K
 
S
G
 
G
-
 
G
-
 
K
E
 
A
E
 
E
T
 
V
L
 
I
E
 
T
C
 
C
D
 
D
I
 
V
V
 
L
L
 
L
S
 
V
A
 
C
A
x
I
G
|
G
V
x
R
V
 
R
S
 
P
N
x
F
L
 
T
E
 
K
N
 
N
C
 
L
G
 
G
L
 
L
E
 
E
D
 
E
V
 
L
G
 
G
I
 
I
L
 
E
V
 
L
D
 
D
-
 
P
K
x
R
G
 
G
K
 
R
I
 
I
K
 
P
V
 
V
D
 
N
E
 
T
Y
 
R
Y
 
F
K
 
Q
T
 
T
N
 
K
M
 
I
P
 
P
G
 
N
Y
 
I
Y
 
Y
A
 
A
I
 
I
G
|
G
D
|
D
V
 
V
I
 
V
P
 
A
G
 
G
P
 
P
A
x
M
L
|
L
A
|
A
H
|
H
V
 
K
A
 
A
S
 
E
A
 
D
E
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
I
C
 
C
V
 
V
E
 
E
K
 
G
I
 
M
A
 
A
G
 
G
Q
 
-
N
 
G
P
 
A
E
 
V
P
 
H
L
 
I
D
 
D
Y
 
Y
G
 
N
N
 
C
I
 
V
P
 
P
G
 
S
C
 
V
T
 
I
Y
 
Y
C
 
T
S
 
H
P
 
P
E
 
E
I
 
V
A
 
A
S
 
W
V
 
V
G
 
G
M
 
K
T
 
S
E
 
E
A
 
E
K
 
Q
A
 
L
K
 
K
E
 
E
A
 
E
G
 
G
Y
 
I
E
 
E
L
 
Y
R
 
K
V
 
V
G
 
G
K
 
K
F
 
F
P
 
P
F
 
F
S
 
A
A
 
A
S
 
N
G
 
S
K
 
R
A
 
A
S
 
K
A
 
T
A
 
N
G
 
A
A
 
D
K
 
T
D
 
D
G
 
G
F
 
M
V
 
V
K
 
K
L
 
I
V
 
L
F
 
G
D
 
Q
K
 
K
K
 
S
Y
 
T
G
 
D
E
 
R
L
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
A
H
 
H
M
 
I
I
 
L
G
 
G
F
 
P
N
 
G
V
 
A
T
 
G
E
 
E
M
 
M
I
 
V
A
 
N
E
 
E
I
 
A
V
 
A
A
 
L
I
 
A
R
 
L
K
 
E
L
 
Y
E
 
G
T
 
A
T
 
S
G
 
C
H
 
E
E
 
D
L
 
I
I
 
A
K
 
R
T
 
V
V
 
C
H
|
H
P
 
A
H
|
H
P
 
P
T
 
T
M
 
L
S
 
S
E
|
E
A
 
A
V
 
F
M
 
R
E
 
E
A
 
A
A
 
N
A
 
L
A
 
A
A
 
A

P09622 Dihydrolipoyl dehydrogenase, mitochondrial; Dihydrolipoamide dehydrogenase; Glycine cleavage system L protein; EC 1.8.1.4 from Homo sapiens (Human) (see 14 papers)
39% identity, 97% coverage: 7:458/465 of query aligns to 43:501/509 of P09622

query
sites
P09622
D
 
D
L
 
V
I
 
T
V
 
V
V
 
I
G
 
G
S
 
S
G
 
G
P
 
P
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
A
 
A
I
 
I
R
 
K
A
 
A
S
 
A
Q
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
F
K
 
K
T
 
T
A
 
V
V
 
C
V
 
I
E
|
E
A
x
K
A
x
N
E
|
E
-
x
T
L
|
L
G
|
G
G
|
G
I
x
T
C
|
C
L
 
L
N
 
N
W
 
V
G
 
G
C
 
C
I
 
I
P
 
P
T
 
S
K
|
K
A
 
A
L
 
L
L
 
L
K
 
N
S
 
N
A
 
S
Q
 
H
V
 
Y
F
 
Y
E
 
-
Y
 
H
I
 
M
N
 
A
H
 
H
A
 
G
A
x
K
D
 
D
Y
 
F
-
 
A
-
 
S
-
 
R
G
 
G
I
 
I
T
 
E
V
 
M
G
 
S
D
 
E
A
 
V
K
 
R
A
 
L
D
 
N
F
 
L
D
 
D
G
 
K
I
 
M
V
 
M
K
 
E
R
 
Q
S
 
K
R
 
S
G
 
T
V
 
A
A
 
V
D
 
K
G
 
A
M
 
L
S
 
T
K
 
G
G
 
G
V
 
I
T
 
A
F
 
H
L
 
L
M
 
F
K
 
K
K
 
Q
N
 
N
K
 
K
I
 
V
E
 
V
V
 
H
I
 
V
K
 
N
G
 
G
W
 
Y
G
|
G
K
 
K
I
 
I
Q
 
T
P
 
G
G
 
K
K
 
N
K
 
Q
V
 
V
E
 
T
V
 
A
T
 
T
D
 
K
S
 
A
E
 
D
E
 
G
K
 
G
K
 
T
T
 
Q
V
 
V
Y
 
I
S
 
D
A
 
T
D
 
K
N
 
N
I
 
I
I
 
L
I
 
I
A
 
A
T
|
T
G
|
G
A
x
S
R
 
E
S
 
V
R
 
T
E
 
P
L
 
F
P
 
P
S
 
G
M
 
I
K
 
T
I
 
I
D
 
D
K
 
E
K
 
D
K
 
T
I
 
I
I
 
V
G
 
S
Y
 
S
R
 
T
E
 
G
A
 
A
M
 
L
T
 
S
L
 
L
D
 
K
K
 
K
M
 
V
P
 
P
K
 
E
K
 
K
M
 
M
V
 
V
V
 
V
V
 
I
G
|
G
S
x
A
G
|
G
A
x
V
I
|
I
G
|
G
I
x
V
E
|
E
F
 
L
A
 
G
Y
 
S
F
 
V
Y
 
W
A
 
Q
T
 
R
M
 
L
G
 
G
A
 
A
E
 
D
V
 
V
T
 
T
I
 
A
V
 
V
E
|
E
Y
 
F
L
 
L
D
 
G
R
 
H
I
 
V
V
 
G
P
 
G
V
 
V
E
 
G
-
 
I
D
 
D
A
 
M
E
 
E
V
 
I
S
 
S
K
 
K
T
 
N
L
 
F
E
 
Q
K
 
R
I
 
I
Y
 
L
K
 
Q
K
 
K
A
 
Q
G
 
G
M
 
F
T
 
K
I
 
F
M
 
K
T
 
L
S
 
N
S
 
T
E
 
K
V
|
V
T
 
T
A
 
G
V
 
A
D
 
T
T
 
K
K
 
K
G
 
S
S
 
D
G
 
G
-
 
K
C
 
I
K
 
D
V
 
V
T
 
S
V
 
I
K
 
E
T
 
A
A
 
A
K
 
S
G
 
G
-
 
G
-
 
K
E
 
A
E
 
E
T
 
V
L
 
I
E
 
T
C
 
C
D
 
D
I
 
V
V
 
L
L
 
L
S
 
V
A
 
C
A
 
I
G
|
G
V
 
R
V
 
R
S
 
P
N
 
F
L
 
T
E
 
K
N
 
N
C
 
L
G
 
G
L
 
L
E
 
E
D
 
E
V
 
L
G
 
G
I
 
I
L
 
E
V
 
L
D
 
D
-
 
P
K
 
R
G
 
G
K
 
R
I
 
I
K
 
P
V
 
V
D
 
N
E
 
T
Y
 
R
Y
 
F
K
 
Q
T
 
T
N
 
K
M
 
I
P
 
P
G
 
N
Y
 
I
Y
 
Y
A
 
A
I
 
I
G
 
G
D
|
D
V
 
V
I
 
V
P
 
A
G
 
G
P
 
P
A
x
M
L
|
L
A
|
A
H
|
H
V
 
K
A
 
A
S
 
E
A
 
D
E
 
E
G
 
G
I
 
I
I
 
I
C
 
C
V
 
V
E
|
E
K
 
G
I
 
M
A
 
A
G
 
G
Q
 
-
N
 
G
P
 
A
E
 
V
P
x
H
L
 
I
D
 
D
Y
 
Y
G
 
N
N
 
C
I
 
V
P
 
P
G
 
S
C
 
V
T
 
I
Y
 
Y
C
 
T
S
 
H
P
 
P
E
 
E
I
 
V
A
 
A
S
 
W
V
 
V
G
 
G
M
 
K
T
 
S
E
 
E
A
 
E
K
 
Q
A
 
L
K
 
K
E
 
E
A
 
E
G
 
G
Y
 
I
E
 
E
L
 
Y
R
 
K
V
 
V
G
 
G
K
 
K
F
 
F
P
 
P
F
 
F
S
 
A
A
 
A
S
 
N
G
 
S
K
 
R
A
 
A
S
 
K
A
 
T
A
 
N
G
 
A
A
 
D
K
 
T
D
 
D
G
 
G
F
 
M
V
 
V
K
 
K
L
 
I
V
 
L
F
 
G
D
 
Q
K
 
K
K
 
S
Y
 
T
G
x
D
E
 
R
L
 
V
L
 
L
G
 
G
A
 
A
H
 
H
M
 
I
I
 
L
G
 
G
F
 
P
N
 
G
V
 
A
T
 
G
E
 
E
M
 
M
I
 
V
A
 
N
E
|
E
I
 
A
V
 
A
A
 
L
I
 
A
R
 
L
K
 
E
L
x
Y
E
 
G
T
 
A
T
 
S
G
 
C
H
 
E
E
x
D
L
 
I
I
 
A
K
x
R
T
 
V
V
 
C
H
|
H
P
 
A
H
 
H
P
|
P
T
 
T
M
 
L
S
|
S
E
|
E
A
 
A
V
 
F
M
x
R
E
 
E
A
 
A
A
 
N
A
 
L
A
 
A
A
 
A

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_008202812.1 NCBI__GCF_000166275.1:WP_008202812.1
MSSTKFDLIVVGSGPGGYVAAIRASQLGLKTAVVEAAELGGICLNWGCIPTKALLKSAQV
FEYINHAADYGITVGDAKADFDGIVKRSRGVADGMSKGVTFLMKKNKIEVIKGWGKIQPG
KKVEVTDSEEKKTVYSADNIIIATGARSRELPSMKIDKKKIIGYREAMTLDKMPKKMVVV
GSGAIGIEFAYFYATMGAEVTIVEYLDRIVPVEDAEVSKTLEKIYKKAGMTIMTSSEVTA
VDTKGSGCKVTVKTAKGEETLECDIVLSAAGVVSNLENCGLEDVGILVDKGKIKVDEYYK
TNMPGYYAIGDVIPGPALAHVASAEGIICVEKIAGQNPEPLDYGNIPGCTYCSPEIASVG
MTEAKAKEAGYELRVGKFPFSASGKASAAGAKDGFVKLVFDKKYGELLGAHMIGFNVTEM
IAEIVAIRKLETTGHELIKTVHPHPTMSEAVMEAAAAAYDEVIHL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory