SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_008498367.1 NCBI__GCF_000342445.1:WP_008498367.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 8 hits to proteins with known functional sites (download)

8hkbA Tpa bound-form of periplasmic terephthalate binding protein (tbp) from ideonella sakaiensis mutant k184d (see paper)
24% identity, 79% coverage: 42:305/336 of query aligns to 5:269/302 of 8hkbA

query
sites
8hkbA
I
 
L
E
 
K
M
 
I
V
 
I
A
 
V
P
 
P
A
x
Y
G
 
P
A
 
A
G
 
G
G
|
G
G
 
T
W
x
A
D
 
D
T
 
I
T
 
L
A
 
P
R
 
R
E
 
V
V
 
V
A
 
A
-
 
E
-
 
K
-
 
L
R
 
R
V
 
A
F
 
Q
G
 
F
E
 
P
T
 
A
G
 
G
I
 
V
V
 
L
E
 
-
K
 
-
N
 
-
M
 
-
T
 
-
V
 
I
I
 
D
N
 
N
K
 
R
E
 
T
G
 
G
G
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
N
I
 
I
-
 
G
A
 
A
W
 
E
A
 
A
Y
 
V
I
 
F
H
 
R
G
 
A
Q
 
E
D
 
P
D
 
D
S
 
G
P
 
-
Y
 
-
N
 
N
L
 
T
F
 
L
V
 
L
S
 
A
S
 
S
P
|
P
P
 
P
-
 
G
-
 
P
-
 
I
L
 
A
M
 
I
F
 
N
V
 
H
P
 
H
L
 
L
N
 
Y
G
 
R
Q
 
K
S
 
M
E
 
A
Y
 
F
G
 
D
H
 
P
E
 
S
D
 
K
F
 
W
T
 
E
P
 
P
L
 
V
A
 
T
N
 
V
M
 
L
I
 
A
A
 
T
D
 
V
Y
 
P
G
 
N
A
 
V
F
 
L
A
 
V
V
 
V
S
 
N
A
 
P
D
 
R
S
 
L
E
 
P
W
 
V
E
 
K
D
 
N
L
 
V
N
 
Q
D
 
E
L
 
F
F
 
I
D
 
A
Q
 
Y
M
 
A
K
 
K
E
 
A
D
 
N
P
 
P
E
 
G
S
 
K
V
 
V
T
 
T
V
 
Y
V
 
-
G
 
G
T
 
S
S
x
Q
S
 
G
P
 
N
G
 
G
S
x
T
M
x
T
D
 
S
H
 
H
M
 
L
Q
 
T
F
 
A
V
 
S
R
 
L
I
 
F
A
 
M
K
 
Q
A
 
L
A
 
T
G
 
G
V
 
T
D
 
E
P
 
M
T
 
V
K
 
H
I
 
V
K
 
P
Y
 
Y
V
 
-
S
 
-
D
 
D
Q
x
G
D
x
T
G
 
A
G
 
P
A
 
A
L
 
L
T
 
V
S
 
D
V
 
L
L
 
V
N
 
G
G
 
G
S
 
Q
V
 
I
D
 
D
V
 
V
F
 
F
S
 
F
T
 
D
G
 
N
V
 
I
G
 
S
E
 
S
V
 
S
V
 
L
E
 
P
Q
 
F
V
 
H
R
 
Q
A
 
A
G
 
G
N
 
K
I
 
L
K
 
R
V
 
I
L
 
L
G
 
G
V
 
V
T
 
A
A
 
D
E
 
E
E
 
Q
R
 
R
L
 
-
E
 
-
G
 
S
E
 
A
I
 
A
L
 
L
S
 
P
D
 
E
F
 
V
P
 
P
T
 
T
A
 
F
I
 
A
E
 
E
Q
 
Q
G
 
G
I
 
L
D
 
P
E
 
S
-
 
M
S
 
N
F
 
A
I
 
V
N
x
T
W
 
W
R
x
F
G
 
A
F
 
V
F
 
V
G
 
A
P
 
P
P
 
P
N
 
G
M
 
T
D
 
P
Q
 
A
A
 
A
A
 
K
V
 
V
D
 
A
Y
 
A
Y
 
L
E
 
Q
E
 
K
K
 
S
F
 
F
K
 
A
-
 
G
E
 
A
L
 
L
S
 
T
E
 
Q
S
 
P
E
 
E
-
 
V
-
 
Q
-
 
Q
E
 
K
F
 
F
A
 
A
E
 
E
V
 
Q
-
 
G
R
 
A
K
 
E
K
 
P
Y
 
R
G
 
G
W
 
W
N
 
D

7ndsA Crystal structure of tphc in a closed conformation (see paper)
24% identity, 65% coverage: 39:256/336 of query aligns to 2:214/294 of 7ndsA

query
sites
7ndsA
S
 
N
K
 
Q
N
 
P
I
 
L
E
 
K
M
 
I
V
 
V
A
 
V
P
 
P
A
x
F
G
 
S
A
 
A
G
 
G
G
|
G
G
 
T
W
x
A
D
 
D
T
 
V
T
 
L
A
 
P
R
 
R
E
 
L
V
 
V
A
 
A
-
 
E
-
 
K
-
 
I
R
 
R
V
 
A
F
 
D
G
 
Y
E
 
A
T
 
G
G
 
G
I
 
V
V
 
I
E
 
-
K
 
-
N
 
-
M
 
-
T
 
-
V
 
I
I
 
E
N
 
N
K
 
K
E
 
P
G
 
G
G
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
N
I
 
I
A
 
G
W
 
A
A
 
D
Y
 
L
I
 
V
H
 
F
G
 
R
Q
 
A
D
 
P
D
 
P
S
 
D
P
 
G
Y
 
M
N
 
T
L
 
V
F
 
L
V
 
A
S
 
S
S
x
P
P
 
P
P
 
G
L
 
P
M
 
I
F
 
A
V
 
I
P
 
N
L
 
H
N
 
N
-
 
L
-
 
Y
G
 
Q
Q
 
K
S
 
L
E
 
S
Y
 
F
G
 
D
H
 
P
E
 
T
D
 
R
F
 
W
T
 
V
P
 
P
L
 
V
A
 
T
N
 
I
M
 
L
I
 
A
A
 
T
D
 
V
Y
 
P
G
 
N
A
 
V
F
 
L
A
 
V
V
 
I
S
 
N
A
 
P
D
 
K
S
 
L
E
 
P
W
 
V
E
 
K
D
 
S
L
 
L
N
 
G
D
 
E
L
 
F
F
 
I
D
 
A
Q
 
Y
M
 
A
K
 
K
E
 
A
D
 
N
P
 
P
E
 
K
S
 
K
V
 
V
T
 
T
V
 
V
V
 
-
G
 
A
T
 
T
S
x
Q
S
 
G
P
 
D
G
 
G
S
|
S
M
x
T
D
 
S
H
 
H
M
 
L
Q
 
T
F
 
A
V
 
A
R
 
M
I
 
F
A
 
M
K
 
Q
A
 
L
A
 
T
G
 
G
V
 
T
D
 
E
P
 
L
T
 
T
K
 
V
I
 
I
K
 
P
Y
 
Y
V
 
-
S
 
-
D
 
K
Q
x
G
D
x
T
G
 
A
G
 
P
A
 
A
L
 
L
T
 
I
S
 
D
V
 
L
L
 
I
N
 
G
G
 
G
S
 
N
V
 
V
D
 
D
V
 
V
F
 
F
S
 
F
T
 
D
G
x
N
V
 
I
G
 
S
E
 
S
V
 
S
V
 
A
E
 
T
Q
 
Y
V
 
H
R
 
Q
A
 
A
G
 
G
N
 
K
I
 
V
K
 
R
V
 
I
L
 
L
G
 
A
V
 
V
T
 
A
A
 
D
E
 
E
E
 
Q
R
 
R
L
 
-
E
 
-
G
 
S
E
 
Q
I
 
I
L
 
L
S
 
P
D
 
Q
F
 
V
P
 
P
T
 
T
A
 
F
I
 
A
E
 
E
Q
 
Q

Sites not aligning to the query:

7ndrD Crystal structure of tphc in an open conformation (see paper)
24% identity, 65% coverage: 39:256/336 of query aligns to 2:214/293 of 7ndrD

query
sites
7ndrD
S
 
N
K
 
Q
N
 
P
I
 
L
E
 
K
M
 
I
V
 
V
A
 
V
P
 
P
A
 
F
G
 
S
A
 
A
G
 
G
G
 
G
G
 
T
W
 
A
D
 
D
T
 
V
T
 
L
A
 
P
R
 
R
E
 
L
V
 
V
A
 
A
-
 
E
-
 
K
-
 
I
R
 
R
V
 
A
F
 
D
G
 
Y
E
 
A
T
 
G
G
 
G
I
 
V
V
 
I
E
 
-
K
 
-
N
 
-
M
 
-
T
 
-
V
 
I
I
 
E
N
 
N
K
 
K
E
 
P
G
 
G
G
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
N
I
 
I
A
 
G
W
 
A
A
 
D
Y
 
L
I
 
V
H
x
F
G
 
R
Q
 
A
D
 
P
D
 
P
S
 
D
P
 
G
Y
 
M
N
 
T
L
 
V
F
 
L
V
 
A
S
 
S
S
 
P
P
 
P
P
 
G
L
 
P
M
 
I
F
 
A
V
 
I
P
 
N
L
 
H
N
 
N
-
 
L
-
 
Y
G
 
Q
Q
 
K
S
 
L
E
x
S
Y
x
F
G
x
D
H
 
P
E
 
T
D
x
R
F
 
W
T
 
V
P
 
P
L
 
V
A
 
T
N
 
I
M
 
L
I
 
A
A
 
T
D
 
V
Y
 
P
G
 
N
A
 
V
F
 
L
A
 
V
V
 
I
S
 
N
A
 
P
D
 
K
S
 
L
E
 
P
W
 
V
E
 
K
D
 
S
L
 
L
N
 
G
D
 
E
L
 
F
F
 
I
D
 
A
Q
 
Y
M
 
A
K
 
K
E
 
A
D
 
N
P
 
P
E
 
K
S
 
K
V
 
V
T
 
T
V
 
V
V
 
-
G
 
A
T
 
T
S
 
Q
S
 
G
P
 
D
G
 
G
S
 
S
M
 
T
D
 
S
H
 
H
M
 
L
Q
 
T
F
 
A
V
 
A
R
 
M
I
 
F
A
 
M
K
 
Q
A
 
L
A
 
T
G
 
G
V
 
T
D
 
E
P
 
L
T
 
T
K
 
V
I
 
I
K
 
P
Y
 
Y
V
 
-
S
 
-
D
 
K
Q
 
G
D
 
T
G
 
A
G
 
P
A
 
A
L
 
L
T
 
I
S
 
D
V
 
L
L
 
I
N
 
G
G
 
G
S
 
N
V
 
V
D
 
D
V
 
V
F
 
F
S
 
F
T
 
D
G
 
N
V
 
I
G
 
S
E
 
S
V
 
S
V
 
A
E
 
T
Q
 
Y
V
 
H
R
 
Q
A
 
A
G
 
G
N
 
K
I
 
V
K
 
R
V
 
I
L
 
L
G
 
A
V
 
V
T
 
A
A
 
D
E
 
E
E
 
Q
R
 
R
L
 
-
E
 
-
G
 
S
E
 
Q
I
 
I
L
 
L
S
 
P
D
 
Q
F
 
V
P
 
P
T
 
T
A
 
F
I
 
A
E
 
E
Q
 
Q

6hkeB Matc (rpa3494) from rhodopseudomonas palustris with bound malate (see paper)
25% identity, 66% coverage: 51:271/336 of query aligns to 15:232/296 of 6hkeB

query
sites
6hkeB
G
 
G
G
 
G
G
x
P
W
x
T
D
 
D
T
 
T
T
 
V
A
 
A
R
 
R
-
 
L
-
 
I
-
 
T
-
 
A
E
 
E
V
 
M
A
 
A
R
 
K
V
 
T
F
 
L
G
 
G
E
 
Q
T
 
P
G
 
I
I
 
E
V
 
I
E
 
E
K
 
-
N
 
-
M
 
-
T
 
-
V
 
-
I
 
-
N
 
N
K
 
M
E
 
L
G
 
G
G
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
T
I
 
L
A
 
A
W
 
A
A
 
T
Y
 
R
I
 
V
-
 
A
H
 
H
G
 
A
Q
 
A
D
 
P
D
 
D
S
 
G
P
 
-
Y
 
H
N
 
T
L
 
L
F
 
I
V
 
V
S
 
G
S
x
H
-
 
L
-
 
G
-
 
T
-
 
H
-
 
G
-
 
A
-
 
A
-
 
V
-
 
A
-
 
L
-
 
F
P
 
P
P
 
K
L
 
L
M
 
A
F
 
Y
V
 
R
P
 
P
L
 
-
N
 
-
G
 
-
Q
 
-
S
 
-
E
 
-
Y
 
-
G
 
-
H
 
D
E
 
K
D
 
D
F
 
F
T
 
T
P
 
P
L
 
V
A
 
A
N
 
L
M
 
L
I
 
T
A
 
E
D
 
M
Y
 
P
G
 
V
A
 
L
F
 
L
A
 
L
V
 
A
S
 
R
A
 
K
D
 
Q
S
 
F
E
 
P
W
 
P
E
 
K
D
 
D
L
 
L
N
 
S
D
 
E
L
 
F
F
 
A
D
 
S
Q
 
Y
M
 
V
K
 
E
E
 
S
D
 
H
P
 
T
E
 
D
S
 
N
V
 
L
T
 
N
V
 
V
V
 
A
G
 
H
T
 
A
S
 
G
S
 
F
P
 
-
G
 
G
S
|
S
M
x
V
D
x
S
H
 
Y
M
 
A
Q
 
S
F
 
C
V
 
L
R
 
L
I
 
L
A
 
N
K
 
R
A
 
L
A
 
L
G
 
K
V
 
V
D
 
D
P
 
P
T
 
T
K
 
G
I
 
V
K
 
P
Y
 
F
V
 
-
S
 
-
D
 
S
Q
x
G
D
x
T
G
 
G
G
 
P
A
 
A
L
 
L
T
 
Q
S
 
A
V
 
L
L
 
V
N
 
E
G
 
G
S
 
Q
V
 
V
D
 
D
V
 
Y
F
 
M
S
 
C
T
 
D
G
x
Q
V
 
I
G
 
V
E
 
N
V
 
A
V
 
V
E
 
P
Q
 
A
V
 
L
R
 
R
A
 
E
G
 
G
N
 
K
I
 
V
K
 
K
V
 
A
L
 
Y
G
 
V
V
 
I
T
 
A
A
 
A
E
 
S
E
 
E
R
 
R
L
 
-
E
 
-
G
 
D
E
 
P
I
 
V
L
 
V
S
 
P
D
 
D
F
 
V
P
 
P
T
 
T
A
 
A
I
 
R
E
 
E
Q
 
A
G
 
G
I
 
L
D
 
P
E
 
G
S
 
F
F
 
Q
I
 
V
N
 
G
-
 
A
W
 
W
R
 
T
G
 
G
F
 
L
F
 
F
G
 
A
P
 
P

Sites not aligning to the query:

2dvzA Structure of a periplasmic transporter (see paper)
24% identity, 80% coverage: 38:306/336 of query aligns to 3:289/300 of 2dvzA

query
sites
2dvzA
P
 
P
S
 
S
K
 
K
N
 
A
I
 
I
E
 
R
M
 
V
V
 
I
A
 
V
P
 
P
A
x
F
G
 
A
A
 
P
G
 
G
G
 
G
G
 
S
W
x
T
D
 
D
T
 
I
T
 
I
A
 
A
R
 
R
E
 
L
V
 
V
A
 
T
-
 
Q
R
 
R
V
 
M
F
 
S
G
 
Q
E
 
E
T
 
L
G
 
G
I
 
-
V
 
-
E
 
-
K
 
Q
N
 
P
M
 
M
T
 
V
V
 
V
I
 
E
N
 
N
K
 
K
E
 
G
G
 
G
G
 
A
G
 
G
G
 
G
A
 
A
I
 
I
A
 
G
W
 
A
A
 
S
Y
 
E
I
 
A
H
 
A
G
 
R
Q
 
A
D
 
E
D
 
P
S
 
D
P
 
G
Y
 
Y
N
 
T
L
 
L
F
 
S
V
 
I
S
 
A
S
 
T
P
 
V
P
x
S
L
 
T
M
 
M
F
 
A
V
 
V
-
 
N
P
 
P
L
 
A
N
 
C
G
 
R
Q
 
P
S
 
K
E
 
D
Y
 
L
G
 
P
H
 
Y
E
 
D
-
 
P
-
 
I
-
 
K
D
 
D
F
 
F
T
 
Q
P
 
P
L
 
V
A
 
T
N
 
N
M
 
F
I
 
A
A
 
N
D
 
T
Y
 
A
G
 
N
A
 
V
F
 
V
A
 
A
V
 
V
S
 
N
A
 
P
D
 
K
S
 
F
E
 
P
W
 
A
E
 
K
D
 
D
L
 
F
N
 
K
D
 
G
L
 
F
F
 
L
D
 
E
Q
 
E
M
 
L
K
 
K
E
 
K
D
 
N
P
 
P
E
 
G
S
 
K
V
 
Y
T
 
S
V
 
-
V
 
Y
G
 
G
T
 
S
S
|
S
S
 
G
P
 
T
G
 
C
S
 
G
M
x
V
D
x
L
H
 
H
M
 
L
Q
 
M
F
 
G
V
 
E
R
 
S
I
 
F
A
 
K
K
 
M
A
 
A
A
 
T
G
 
G
V
 
T
D
 
D
P
 
I
T
 
V
K
 
H
I
 
V
K
 
P
Y
 
Y
V
 
-
S
 
-
D
 
K
Q
x
G
D
 
S
G
 
G
G
 
P
A
 
A
L
 
V
T
 
A
S
 
D
V
 
A
L
 
V
N
 
G
G
 
G
S
 
Q
V
 
I
D
 
E
V
 
L
F
 
I
S
 
F
T
 
D
G
x
N
V
 
L
G
 
P
E
 
S
V
 
S
V
 
M
E
 
P
Q
 
Q
V
 
I
R
 
Q
A
 
A
G
 
G
N
 
K
I
 
L
K
 
R
V
 
A
L
 
M
G
 
A
V
 
I
T
 
A
A
 
W
E
 
P
E
 
T
R
 
R
L
 
I
E
 
D
G
 
A
E
 
-
I
 
-
L
 
I
S
 
K
D
 
D
F
 
V
P
 
P
T
 
T
A
 
F
I
 
A
E
 
D
Q
 
A
G
 
G
I
 
F
D
 
-
E
 
-
S
 
P
F
 
V
I
 
L
N
 
N
-
 
Q
-
 
P
-
 
V
W
 
W
R
x
Y
G
 
G
F
 
L
F
 
L
G
 
A
P
 
P
P
 
K
N
 
G
M
 
T
-
 
P
-
 
M
-
 
D
-
 
V
-
 
V
-
 
N
-
 
K
-
 
L
-
 
R
D
 
D
Q
 
A
A
 
A
A
 
V
V
 
V
D
 
A
Y
 
L
Y
 
K
E
 
D
E
 
P
K
 
K
-
 
V
F
 
I
K
 
K
E
 
A
L
 
L
S
 
D
E
 
D
-
 
Q
-
 
G
-
 
S
-
 
A
-
 
P
-
 
S
-
 
G
-
 
N
-
 
T
S
 
P
E
 
E
E
 
E
F
 
F
A
 
A
-
 
K
E
 
E
V
 
I
R
 
K
K
 
E
K
 
Q
Y
 
Y
G
 
D
W
 
W
N
 
A
E
 
Q

2f5xB Structure of periplasmic binding protein bugd (see paper)
23% identity, 85% coverage: 38:324/336 of query aligns to 3:283/300 of 2f5xB

query
sites
2f5xB
P
 
P
S
 
E
K
 
R
N
 
P
I
 
V
E
 
N
M
 
M
V
 
V
A
 
V
P
 
P
A
x
F
G
 
A
A
 
A
G
 
G
G
 
G
G
x
P
W
x
T
D
 
D
T
 
N
T
 
V
A
 
A
R
 
R
E
 
S
V
 
L
A
 
A
R
 
E
-
 
S
-
 
M
-
 
R
-
 
P
V
 
T
F
 
L
G
 
G
E
 
E
T
 
T
G
 
V
I
 
V
V
 
V
E
 
E
K
 
-
N
 
N
M
 
K
T
 
G
V
 
G
I
 
A
N
 
G
K
 
G
E
 
T
G
 
I
G
 
G
G
 
T
G
 
T
A
 
Q
I
 
V
A
 
A
W
 
R
A
 
A
Y
 
Q
I
 
P
H
 
D
G
 
G
Q
 
Y
D
 
S
D
 
I
S
 
L
P
 
L
Y
 
M
N
x
H
L
 
A
F
 
G
V
 
F
S
 
S
S
 
T
P
 
A
P
 
P
L
 
S
M
 
L
F
 
Y
V
 
-
P
 
-
L
 
-
N
 
-
G
 
-
Q
 
-
S
 
K
E
 
N
Y
 
P
G
 
G
H
 
Y
E
 
E
D
 
P
F
 
Y
T
 
T
-
 
S
-
 
F
-
 
E
P
 
P
L
 
I
A
 
G
N
 
L
M
 
V
I
 
V
A
 
D
D
 
V
Y
 
P
G
 
M
A
 
T
F
 
I
A
 
I
V
 
A
S
 
R
A
 
G
D
 
D
S
 
F
E
 
P
W
 
P
E
 
N
D
 
N
L
 
I
N
 
K
D
 
E
L
 
L
F
 
A
D
 
E
Q
 
Y
M
 
V
K
 
K
E
 
K
D
 
N
P
 
A
E
 
D
S
 
K
V
 
I
T
 
S
V
 
L
V
 
A
G
 
N
T
x
A
S
 
G
S
 
I
P
 
-
G
 
G
S
x
A
M
x
A
D
x
S
H
 
H
M
 
L
Q
 
C
F
 
G
V
 
T
R
 
M
I
 
L
A
 
V
K
 
E
A
 
A
A
 
L
G
 
G
V
 
V
D
 
N
P
 
L
T
 
L
K
 
T
I
 
I
K
 
P
Y
 
Y
V
 
-
S
 
-
D
 
K
Q
x
G
D
x
T
G
 
A
G
 
P
A
 
A
L
 
M
T
 
N
S
 
D
V
 
L
L
 
L
N
 
G
G
 
K
S
 
Q
V
 
V
D
 
D
V
 
L
F
 
M
S
 
C
T
 
D
G
 
Q
V
 
T
G
 
T
E
 
N
V
 
T
V
 
T
E
 
Q
Q
 
Q
V
 
I
R
 
T
A
 
S
G
 
G
N
 
K
I
 
V
K
 
K
V
 
A
L
 
Y
G
 
A
V
 
V
T
 
T
A
 
S
E
 
L
E
 
K
R
 
R
L
 
V
E
 
-
G
 
-
E
 
P
I
 
T
L
 
L
S
 
P
D
 
D
F
 
L
P
 
P
T
 
T
A
 
M
I
 
D
E
 
E
Q
 
S
G
 
G
I
 
Y
D
 
K
E
 
G
S
 
F
F
 
E
I
 
V
N
 
G
-
 
I
W
 
W
R
 
H
G
 
G
F
 
M
F
 
W
G
 
A
P
 
P
P
 
K
N
 
G
M
 
T
D
 
P
Q
 
K
A
 
P
A
 
V
V
 
V
D
 
D
Y
 
K
Y
 
L
E
 
V
E
 
K
K
 
S
F
 
L
K
 
Q
E
 
A
L
 
G
S
 
L
E
 
A
S
 
D
E
 
P
E
 
K
F
 
F
A
 
Q
E
 
E
V
 
R
R
 
M
K
 
K
K
 
Q
Y
 
L
G
 
G
W
 
A
N
 
E
E
 
-
M
 
-
Y
 
V
L
 
L
N
 
T
S
 
N
E
 
E
E
 
A
Y
 
N
E
 
P
E
 
E
F
 
A
L
 
L
N
 
Q
N
 
A
E
 
K
Y
 
V
K
 
K
E
 
Q

5okuA R. Palustris rpa4515 with adipate (see paper)
23% identity, 66% coverage: 38:258/336 of query aligns to 3:219/299 of 5okuA

query
sites
5okuA
P
 
P
S
 
T
K
 
R
N
 
Q
I
 
V
E
 
T
M
 
L
V
 
V
A
 
V
P
 
P
A
x
F
G
 
T
A
 
S
G
 
G
G
 
G
G
 
T
W
x
T
D
 
D
T
 
M
T
 
L
A
 
A
R
 
R
E
 
L
V
 
I
A
 
A
R
 
A
V
 
R
F
 
L
G
 
S
E
 
E
T
 
H
G
 
-
I
 
-
V
 
Y
E
 
G
K
 
Q
N
 
S
M
 
F
T
 
V
V
 
I
I
 
D
N
 
N
K
 
R
E
 
S
G
 
G
G
 
E
G
 
S
G
 
G
A
 
N
I
 
I
A
 
A
W
 
A
A
 
S
Y
 
Y
I
 
V
H
 
A
G
 
K
Q
 
V
D
 
P
D
 
A
S
 
D
P
 
G
Y
 
Y
N
 
T
L
 
F
F
 
I
V
 
I
S
 
G
S
 
T
P
|
P
P
 
G
L
 
I
M
 
H
F
 
A
V
 
T
P
 
N
L
 
R
N
 
L
G
 
V
Q
 
Y
S
 
R
E
 
T
Y
 
M
G
 
G
H
 
Y
E
 
D
-
 
P
-
 
A
-
 
T
D
 
D
F
 
F
T
 
T
P
 
P
L
 
V
A
 
I
N
 
V
M
 
I
I
 
A
A
 
R
D
 
V
Y
 
P
G
 
N
A
 
L
F
 
L
A
 
S
V
 
V
S
 
T
A
 
K
D
 
S
S
 
L
E
 
P
W
 
V
E
 
T
D
 
S
L
 
V
N
 
A
D
 
D
L
 
L
F
 
I
D
 
S
Q
 
Y
M
 
A
K
 
R
E
 
Q
D
 
R
P
 
P
E
 
R
S
 
E
V
 
L
T
 
-
V
 
F
V
 
Y
G
 
G
T
 
V
S
 
S
S
 
A
P
 
L
G
 
G
S
|
S
M
x
T
D
 
G
H
 
H
M
 
L
Q
 
S
F
 
T
V
 
E
R
 
L
I
 
F
A
 
K
K
 
T
A
 
M
A
 
T
G
 
G
V
 
V
D
 
E
P
 
I
T
 
T
K
 
A
I
 
V
K
 
P
Y
 
Y
V
 
-
S
 
-
D
 
K
Q
 
G
D
x
S
G
 
A
G
 
P
A
 
M
L
 
L
T
 
R
S
 
D
V
 
L
L
 
A
N
 
E
G
 
G
S
 
R
V
 
V
D
 
H
V
 
L
F
 
T
S
 
I
T
 
D
G
x
N
V
 
L
G
 
P
E
 
A
V
 
S
V
 
K
E
 
P
Q
 
L
V
 
L
R
 
E
A
 
A
G
 
G
N
 
E
I
 
I
K
 
R
V
 
P
L
 
L
G
 
A
V
 
V
T
 
T
A
 
T
E
 
A
E
 
K
R
 
R
L
 
W
E
 
P
G
 
P
E
 
-
I
 
-
L
 
L
S
 
S
D
 
H
F
 
L
P
 
P
T
 
T
A
 
I
I
 
A
E
 
E
Q
 
A
G
 
G
I
 
V

Sites not aligning to the query:

5oeiA R. Palustris rpa4515 with oxoadipate (see paper)
23% identity, 66% coverage: 38:258/336 of query aligns to 3:219/299 of 5oeiA

query
sites
5oeiA
P
 
P
S
 
T
K
 
R
N
 
Q
I
 
V
E
 
T
M
 
L
V
 
V
A
 
V
P
 
P
A
x
F
G
 
T
A
 
S
G
 
G
G
 
G
G
 
T
W
x
T
D
 
D
T
 
M
T
 
L
A
 
A
R
 
R
E
 
L
V
 
I
A
 
A
R
 
A
V
 
R
F
 
L
G
 
S
E
 
E
T
 
H
G
 
-
I
 
-
V
 
Y
E
 
G
K
 
Q
N
 
S
M
 
F
T
 
V
V
 
I
I
 
D
N
 
N
K
 
R
E
 
S
G
 
G
G
 
E
G
 
S
G
 
G
A
 
N
I
 
I
A
 
A
W
 
A
A
 
S
Y
 
Y
I
 
V
H
 
A
G
 
K
Q
 
V
D
 
P
D
 
A
S
 
D
P
 
G
Y
 
Y
N
 
T
L
 
F
F
 
I
V
 
I
S
 
G
S
 
T
P
 
P
P
 
G
L
 
I
M
 
H
F
 
A
V
 
T
P
 
N
L
 
R
N
 
L
G
 
V
Q
 
Y
S
 
R
E
 
T
Y
 
M
G
 
G
H
 
Y
E
 
D
-
 
P
-
 
A
-
 
T
D
 
D
F
 
F
T
 
T
P
 
P
L
 
V
A
 
I
N
 
V
M
 
I
I
 
A
A
 
R
D
 
V
Y
 
P
G
 
N
A
 
L
F
 
L
A
 
S
V
 
V
S
 
T
A
 
K
D
 
S
S
 
L
E
 
P
W
 
V
E
 
T
D
 
S
L
 
V
N
 
A
D
 
D
L
 
L
F
 
I
D
 
S
Q
 
Y
M
 
A
K
 
R
E
 
Q
D
 
R
P
 
P
E
 
R
S
 
E
V
 
L
T
 
-
V
 
F
V
 
Y
G
 
G
T
 
V
S
|
S
S
 
A
P
 
L
G
 
G
S
|
S
M
x
T
D
 
G
H
 
H
M
 
L
Q
 
S
F
 
T
V
 
E
R
 
L
I
 
F
A
 
K
K
 
T
A
 
M
A
 
T
G
 
G
V
 
V
D
 
E
P
 
I
T
 
T
K
 
A
I
 
V
K
 
P
Y
 
Y
V
 
-
S
 
-
D
 
K
Q
 
G
D
x
S
G
 
A
G
 
P
A
 
M
L
 
L
T
 
R
S
 
D
V
 
L
L
 
A
N
 
E
G
 
G
S
 
R
V
 
V
D
 
H
V
 
L
F
 
T
S
 
I
T
 
D
G
x
N
V
 
L
G
 
P
E
 
A
V
 
S
V
 
K
E
 
P
Q
 
L
V
 
L
R
 
E
A
 
A
G
 
G
N
 
E
I
 
I
K
 
R
V
 
P
L
 
L
G
 
A
V
 
V
T
 
T
A
 
T
E
 
A
E
 
K
R
 
R
L
 
W
E
 
P
G
 
P
E
 
-
I
 
-
L
 
L
S
 
S
D
 
H
F
 
L
P
 
P
T
 
T
A
 
I
I
 
A
E
 
E
Q
 
A
G
 
G
I
 
V

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_008498367.1 NCBI__GCF_000342445.1:WP_008498367.1
MKKTMLTTILAASALVFAGCNSEEATNESTGESGAFEPSKNIEMVAPAGAGGGWDTTARE
VARVFGETGIVEKNMTVINKEGGGGAIAWAYIHGQDDSPYNLFVSSPPLMFVPLNGQSEY
GHEDFTPLANMIADYGAFAVSADSEWEDLNDLFDQMKEDPESVTVVGTSSPGSMDHMQFV
RIAKAAGVDPTKIKYVSDQDGGALTSVLNGSVDVFSTGVGEVVEQVRAGNIKVLGVTAEE
RLEGEILSDFPTAIEQGIDESFINWRGFFGPPNMDQAAVDYYEEKFKELSESEEFAEVRK
KYGWNEMYLNSEEYEEFLNNEYKEIEVLLEEIGLGN

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory