SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_008507122.1 NCBI__GCF_000182725.1:WP_008507122.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 19 hits to proteins with known functional sites (download)

P76015 PEP-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit DhaK; EC 2.7.1.121 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
39% identity, 48% coverage: 362:691/694 of query aligns to 1:352/356 of P76015

query
sites
P76015
I
 
M
K
 
K
K
 
K
F
 
L
L
 
I
N
 
N
S
 
D
P
 
V
D
 
Q
D
 
D
V
 
V
V
 
L
E
 
D
E
 
E
M
 
Q
L
 
L
D
 
A
G
 
G
A
 
L
T
 
A
K
 
K
A
 
A
H
 
H
R
 
P
S
 
S
Y
 
-
L
 
-
V
 
L
P
 
T
I
 
L
N
 
H
G
 
Q
S
 
D
K
 
P
R
 
V
A
 
Y
L
 
V
V
 
T
A
 
R
R
 
A
N
 
D
G
 
A
P
 
P
R
 
V
A
 
A
G
 
G
K
 
K
V
 
V
G
 
A
L
 
L
V
 
L
I
 
S
G
 
G
G
 
G
G
|
G
S
|
S
G
|
G
H
|
H
E
 
E
P
 
P
C
 
M
F
 
H
L
 
C
G
 
G
Y
 
Y
V
 
I
G
 
G
K
 
Q
G
 
G
L
 
M
A
 
L
D
 
S
A
 
G
V
 
A
A
 
C
I
 
P
G
 
G
N
 
E
V
 
I
F
 
F
S
 
T
S
 
S
P
 
P
P
 
T
P
 
P
A
 
D
P
 
K
I
 
I
L
 
F
E
 
E
C
 
C
A
 
A
R
 
M
A
 
Q
A
 
V
S
 
D
G
 
G
G
 
G
E
 
E
G
 
G
V
 
V
L
 
L
F
 
L
V
 
I
Y
 
I
G
x
K
N
 
N
Y
 
Y
V
 
T
G
 
G
D
|
D
V
 
I
M
 
L
N
 
N
F
 
F
E
 
E
M
 
T
A
 
A
A
 
T
E
 
E
M
 
L
A
 
L
Q
 
H
D
 
D
A
 
S
D
 
G
I
 
V
P
 
K
T
 
V
R
 
T
T
 
T
V
 
V
L
 
V
T
 
I
T
 
D
D
 
D
D
 
D
I
 
V
S
 
A
S
 
V
S
 
K
P
 
D
I
 
S
E
 
L
D
 
Y
R
 
T
D
 
A
G
 
G
R
 
R
R
 
R
G
 
G
V
 
V
A
 
A
G
 
N
N
 
T
F
 
V
F
 
L
I
 
I
F
 
E
K
 
K
V
 
L
A
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
A
C
 
A
D
 
E
R
 
R
G
 
G
M
 
D
S
 
S
L
 
L
E
 
D
A
 
A
C
 
C
E
 
A
A
 
E
V
 
L
T
 
G
R
 
R
K
 
K
A
 
L
N
 
N
R
 
N
H
 
Q
T
 
G
Y
 
H
T
 
S
M
 
I
G
 
G
V
 
I
A
 
A
L
 
L
E
 
G
P
 
A
C
 
C
S
 
T
L
 
V
P
 
P
Q
 
A
T
 
A
R
 
G
R
 
K
H
 
P
N
 
S
F
 
F
E
 
T
I
 
L
G
 
A
A
 
D
E
 
N
E
 
E
M
 
M
E
 
E
I
 
F
G
 
G
M
 
V
G
 
G
I
 
I
H
|
H
G
 
G
E
 
E
R
 
P
G
 
G
V
 
I
I
 
D
R
 
R
E
 
R
K
 
P
M
 
F
M
 
S
P
 
S
A
 
L
D
 
D
A
 
Q
I
 
T
V
 
V
D
 
D
H
 
E
I
 
M
M
 
F
D
 
D
R
 
T
I
 
L
F
 
L
-
 
V
-
 
N
-
 
G
-
 
S
-
 
Y
-
 
H
-
 
R
-
 
T
-
 
L
-
 
R
-
 
F
-
 
W
-
 
D
-
 
Y
-
 
Q
-
 
Q
-
 
G
-
 
S
-
 
W
-
 
Q
-
 
E
S
 
E
E
 
Q
M
 
Q
N
 
T
A
 
K
S
 
Q
P
 
P
-
 
L
-
 
Q
-
 
S
G
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
V
A
 
I
V
 
A
L
 
L
V
 
V
N
 
N
S
 
N
F
 
L
G
 
G
S
 
A
T
 
T
P
 
P
L
 
L
M
 
S
E
 
E
L
 
L
Y
 
Y
V
 
G
L
 
V
F
 
Y
R
 
N
R
 
R
V
 
L
E
 
T
Q
 
T
R
 
R
L
 
C
S
 
Q
A
 
Q
K
 
A
H
 
G
I
 
L
T
 
T
I
 
I
E
 
E
A
 
R
N
 
N
W
 
L
V
 
I
G
 
G
H
 
A
Y
 
Y
C
 
C
T
 
T
S
 
S
L
 
L
D
 
D
M
 
M
N
 
T
G
 
G
A
 
F
S
 
S
I
 
I
S
 
T
V
 
L
M
 
L
H
 
K
L
 
V
D
 
D
Q
 
D
E
 
E
L
 
T
S
 
L
D
 
A
L
 
L
L
 
W
S
 
D
H
 
A
P
 
P
C
 
V
D
 
H
T
 
T
A
 
P
F
 
A
L
 
L

1uodA Crystal structure of the dihydroxyacetone kinase from e. Coli in complex with dihydroxyacetone-phosphate (see paper)
39% identity, 46% coverage: 371:691/694 of query aligns to 1:332/336 of 1uodA

query
sites
1uodA
D
 
D
V
 
V
V
 
L
E
 
D
E
 
E
M
 
Q
L
 
L
D
 
A
G
 
G
A
 
L
T
 
A
K
 
K
A
 
A
H
 
H
R
 
P
S
 
S
Y
 
-
L
 
-
V
 
L
P
 
T
I
 
L
N
 
H
G
 
Q
S
 
D
K
 
P
R
 
V
A
 
Y
L
 
V
V
 
T
A
 
R
R
 
A
N
 
D
G
 
A
P
 
P
R
 
V
A
 
A
G
 
G
K
 
K
V
 
V
G
 
A
L
 
L
V
 
L
I
 
S
G
 
G
G
|
G
G
|
G
S
 
S
G
 
G
H
|
H
E
 
E
P
 
P
C
 
M
F
 
H
L
 
C
G
 
G
Y
 
Y
V
 
I
G
 
G
K
 
Q
G
 
G
L
 
M
A
 
L
D
 
S
A
 
G
V
 
A
A
 
C
I
 
P
G
 
G
N
 
E
V
 
I
F
|
F
S
x
T
S
 
S
P
 
P
P
 
T
P
 
P
A
 
D
P
 
K
I
 
I
L
 
F
E
 
E
C
 
C
A
 
A
R
 
M
A
 
Q
A
 
V
S
 
D
G
 
G
G
 
G
E
 
E
G
 
G
V
 
V
L
 
L
F
 
L
V
 
I
Y
 
I
G
x
K
N
 
N
Y
|
Y
V
 
T
G
|
G
D
|
D
V
 
I
M
 
L
N
 
N
F
 
F
E
 
E
M
 
T
A
 
A
A
 
T
E
 
E
M
 
L
A
 
L
Q
 
H
D
 
D
A
 
S
D
 
G
I
 
V
P
 
K
T
 
V
R
 
T
T
 
T
V
 
V
L
 
V
T
 
I
T
 
D
D
 
D
D
 
D
I
 
V
S
 
A
S
 
V
S
 
K
P
 
D
I
 
S
E
 
L
D
 
Y
R
 
T
D
 
A
G
 
G
R
 
R
R
 
R
G
 
G
V
 
V
A
 
A
G
 
N
N
 
T
F
 
V
F
 
L
I
 
I
F
 
E
K
 
K
V
 
L
A
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
A
C
 
A
D
 
E
R
 
R
G
 
G
M
 
D
S
 
S
L
 
L
E
 
D
A
 
A
C
 
C
E
 
A
A
 
E
V
 
L
T
 
G
R
 
R
K
 
K
A
 
L
N
 
N
R
 
N
H
 
Q
T
 
G
Y
 
H
T
 
S
M
 
I
G
 
G
V
 
I
A
 
A
L
 
L
E
 
G
P
 
A
C
 
C
S
 
-
L
 
-
P
 
-
Q
 
-
T
 
-
R
 
-
R
 
-
H
 
-
N
 
-
F
 
-
E
 
-
I
 
L
G
 
A
A
 
D
E
 
N
E
 
E
M
 
M
E
 
E
I
 
F
G
 
G
M
 
V
G
 
G
I
 
I
H
|
H
G
 
G
E
 
E
R
 
P
G
 
G
V
 
I
I
 
D
R
 
R
E
 
R
K
 
P
M
 
F
M
 
S
P
 
S
A
 
L
D
 
D
A
 
Q
I
 
T
V
 
V
D
 
D
H
 
E
I
 
M
M
 
F
D
 
D
R
 
T
I
 
L
F
 
L
-
 
V
-
 
N
-
 
G
-
 
S
-
 
Y
-
 
H
-
 
R
-
 
T
-
 
L
-
 
R
-
 
F
-
 
W
-
 
D
-
 
Y
-
 
Q
-
 
Q
-
 
G
-
 
S
-
 
W
-
 
Q
-
 
E
S
 
E
E
 
Q
M
 
Q
N
 
T
A
 
K
S
 
Q
P
 
P
-
 
L
-
 
Q
-
 
S
G
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
V
A
 
I
V
 
A
L
 
L
V
 
V
N
 
N
S
 
N
F
 
L
G
 
G
S
 
A
T
 
T
P
 
P
L
 
L
M
 
S
E
 
E
L
 
L
Y
 
Y
V
 
G
L
 
V
F
 
Y
R
 
N
R
 
R
V
 
L
E
 
T
Q
 
T
R
 
R
L
 
C
S
 
Q
A
 
Q
K
 
A
H
 
G
I
 
L
T
 
T
I
 
I
E
 
E
A
 
R
N
 
N
W
 
L
V
 
I
G
 
G
H
 
A
Y
 
Y
C
 
C
T
 
T
S
 
S
L
 
L
D
 
D
M
 
M
N
 
T
G
 
G
A
 
F
S
 
S
I
 
I
S
 
T
V
 
L
M
 
L
H
 
K
L
 
V
D
 
D
Q
 
D
E
 
E
L
 
T
S
 
L
D
 
A
L
 
L
L
 
W
S
 
D
H
 
A
P
 
P
C
 
V
D
 
H
T
 
T
A
 
P
F
 
A
L
 
L

Q9CIV8 PTS-dependent dihydroxyacetone kinase, dihydroxyacetone-binding subunit DhaK; EC 2.7.1.121 from Lactococcus lactis subsp. lactis (strain IL1403) (Streptococcus lactis) (see paper)
38% identity, 46% coverage: 363:681/694 of query aligns to 4:322/332 of Q9CIV8

query
sites
Q9CIV8
K
 
E
K
 
K
F
 
I
L
 
I
N
 
N
S
 
Q
P
 
P
D
 
Q
D
 
D
V
 
V
V
 
V
E
 
S
E
 
E
M
 
M
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
L
T
 
T
K
 
Y
A
 
A
H
 
Y
R
 
G
S
 
D
Y
 
L
L
 
I
V
 
E
P
 
K
I
 
V
N
 
-
G
 
-
S
 
P
K
 
D
R
 
F
A
 
E
L
 
I
V
 
I
A
 
Q
R
 
R
N
 
K
G
 
S
P
 
P
R
 
K
A
 
S
G
 
G
K
 
K
V
 
V
G
 
A
L
 
L
V
 
V
I
 
S
G
 
G
G
 
G
G
|
G
S
|
S
G
|
G
H
|
H
E
 
K
P
 
P
C
 
A
F
 
H
L
 
A
G
 
G
Y
 
F
V
 
V
G
 
G
K
 
E
G
 
G
L
 
M
A
 
L
D
 
S
A
 
A
V
 
A
A
 
V
I
 
C
G
 
G
N
 
A
V
 
I
F
 
F
S
 
T
S
 
S
P
 
P
P
 
T
P
 
P
A
 
D
P
 
Q
I
 
I
L
 
Y
E
 
E
C
 
A
A
 
I
R
 
K
A
 
S
A
 
A
S
 
D
G
 
E
G
 
G
E
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
L
F
 
L
V
 
I
Y
 
I
G
x
K
N
 
N
Y
 
Y
V
 
L
G
 
G
D
|
D
V
 
V
M
 
M
N
 
N
F
 
F
E
 
E
M
 
M
A
 
A
A
 
R
E
 
E
M
 
M
A
 
A
Q
 
E
D
 
M
A
 
E
D
 
E
I
 
I
P
 
K
T
 
V
R
 
E
T
 
Q
V
 
I
L
 
I
T
 
V
T
 
D
D
 
D
D
 
D
I
 
I
S
 
A
S
 
V
S
 
E
P
 
N
I
 
S
E
 
L
D
 
Y
R
 
T
D
 
Q
G
 
G
R
 
R
R
 
R
G
 
G
V
 
V
A
 
A
G
 
G
N
 
T
F
 
V
F
 
L
I
 
V
F
 
H
K
 
K
V
 
I
A
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
A
C
 
A
D
 
H
R
 
Q
G
 
E
M
 
A
S
 
S
L
 
L
E
 
D
A
 
E
C
 
I
E
 
K
A
 
D
V
 
L
T
 
A
R
 
D
K
 
K
A
 
V
N
 
V
R
 
K
H
 
N
T
 
I
Y
 
K
T
 
T
M
 
I
G
 
G
V
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
S
P
 
A
C
 
A
S
 
T
L
 
V
P
 
P
Q
 
E
T
 
V
R
 
G
R
 
K
H
 
P
N
 
G
F
 
F
E
 
V
I
 
L
G
 
D
A
 
D
E
 
N
E
 
E
M
 
I
E
 
E
I
 
Y
G
 
G
M
 
V
G
 
G
I
 
I
H
|
H
G
 
S
E
 
E
R
 
P
G
 
G
V
 
Y
I
 
R
R
 
R
E
 
E
K
 
K
M
 
M
M
 
K
P
 
T
A
 
S
D
 
Y
A
 
E
I
 
L
V
 
A
D
 
T
H
 
E
I
 
L
M
 
V
D
 
G
R
 
K
I
 
L
F
 
K
S
 
E
E
 
E
M
 
F
N
 
K
A
 
F
S
 
E
P
 
A
G
 
G
D
 
Q
R
 
K
V
 
Y
A
 
G
V
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
N
S
 
G
F
 
M
G
 
G
S
 
A
T
 
T
P
 
P
L
 
L
M
 
M
E
 
E
L
 
Q
Y
 
F
V
 
I
L
 
F
F
 
M
R
 
N
R
 
D
V
 
V
E
 
A
Q
 
K
R
 
L
L
 
L
S
 
T
A
 
E
K
 
E
H
 
N
I
 
I
T
 
E
I
 
I
E
 
L
A
 
F
N
 
K
W
 
K
V
 
V
G
 
G
H
 
N
Y
 
Y
C
 
M
T
 
T
S
 
S
L
 
I
D
 
D
M
 
M
N
 
A
G
 
G
A
 
L
S
 
S
I
 
L
S
 
T
V
 
M
M
 
I
H
 
K
L
 
L
-
 
E
-
 
D
D
 
D
Q
 
Q
E
 
W
L
 
L
S
 
K
D
 
N
L
 
L

1uoeA Crystal structure of the dihydroxyacetone kinase from e. Coli in complex with glyceraldehyde (see paper)
38% identity, 46% coverage: 372:691/694 of query aligns to 2:332/336 of 1uoeA

query
sites
1uoeA
V
 
V
V
 
L
E
 
D
E
 
E
M
 
Q
L
 
L
D
 
A
G
 
G
A
 
L
T
 
A
K
 
K
A
 
A
H
 
H
R
 
P
S
 
S
Y
 
-
L
 
-
V
 
L
P
 
T
I
 
L
N
 
H
G
 
Q
S
 
D
K
 
P
R
 
V
A
 
Y
L
 
V
V
 
T
A
 
R
R
 
A
N
 
D
G
 
A
P
 
P
R
 
V
A
 
A
G
 
G
K
 
K
V
 
V
G
 
A
L
 
L
V
 
L
I
 
S
G
 
G
G
|
G
G
|
G
S
 
S
G
 
G
H
|
H
E
 
E
P
 
P
C
 
M
F
 
H
L
 
C
G
 
G
Y
 
Y
V
 
I
G
 
G
K
 
Q
G
 
G
L
 
M
A
 
L
D
 
S
A
 
G
V
 
A
A
 
C
I
 
P
G
 
G
N
 
E
V
 
I
F
|
F
S
 
T
S
|
S
P
 
P
P
 
T
P
 
P
A
 
D
P
 
K
I
 
I
L
 
F
E
 
E
C
 
C
A
 
A
R
 
M
A
 
Q
A
 
V
S
 
D
G
 
G
G
 
G
E
 
E
G
 
G
V
 
V
L
 
L
F
 
L
V
 
I
Y
 
I
G
 
K
N
 
N
Y
|
Y
V
 
T
G
 
G
D
|
D
V
 
I
M
 
L
N
 
N
F
 
F
E
 
E
M
 
T
A
 
A
A
 
T
E
 
E
M
 
L
A
 
L
Q
 
H
D
 
D
A
 
S
D
 
G
I
 
V
P
 
K
T
 
V
R
 
T
T
 
T
V
 
V
L
 
V
T
 
I
T
 
D
D
 
D
D
 
D
I
 
V
S
 
A
S
 
V
S
 
K
P
 
D
I
 
S
E
 
L
D
 
Y
R
 
T
D
 
A
G
 
G
R
 
R
R
 
R
G
 
G
V
 
V
A
 
A
G
 
N
N
 
T
F
 
V
F
 
L
I
 
I
F
 
E
K
 
K
V
 
L
A
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
A
C
 
A
D
 
E
R
 
R
G
 
G
M
 
D
S
 
S
L
 
L
E
 
D
A
 
A
C
 
C
E
 
A
A
 
E
V
 
L
T
 
G
R
 
R
K
 
K
A
 
L
N
 
N
R
 
N
H
 
Q
T
 
G
Y
 
H
T
 
S
M
 
I
G
 
G
V
 
I
A
 
A
L
 
L
E
 
G
P
 
A
C
 
C
S
 
-
L
 
-
P
 
-
Q
 
-
T
 
-
R
 
-
R
 
-
H
 
-
N
 
-
F
 
-
E
 
-
I
 
L
G
 
A
A
 
D
E
 
N
E
 
E
M
 
M
E
 
E
I
 
F
G
 
G
M
 
V
G
 
G
I
 
I
H
|
H
G
 
G
E
 
E
R
 
P
G
 
G
V
 
I
I
 
D
R
 
R
E
 
R
K
 
P
M
 
F
M
 
S
P
 
S
A
 
L
D
 
D
A
 
N
I
 
T
V
 
V
D
 
D
H
 
E
I
 
M
M
 
F
D
 
D
R
 
T
I
 
L
F
 
L
-
 
V
-
 
N
-
 
G
-
 
S
-
 
Y
-
 
H
-
 
R
-
 
T
-
 
L
-
 
R
-
 
F
-
 
W
-
 
D
-
 
Y
-
 
Q
-
 
Q
-
 
G
-
 
S
-
 
W
-
 
Q
-
 
E
S
 
E
E
 
Q
M
 
Q
N
 
T
A
 
K
S
 
Q
P
 
P
-
 
L
-
 
Q
-
 
S
G
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
V
A
 
I
V
 
A
L
 
L
V
 
V
N
 
N
S
 
N
F
 
L
G
 
G
S
 
A
T
 
T
P
 
P
L
 
L
M
 
S
E
 
E
L
 
L
Y
 
Y
V
 
G
L
 
V
F
 
Y
R
 
N
R
 
R
V
 
L
E
 
T
Q
 
T
R
 
R
L
 
C
S
 
Q
A
 
Q
K
 
A
H
 
G
I
 
L
T
 
T
I
 
I
E
 
E
A
 
R
N
 
N
W
 
L
V
 
I
G
 
G
H
 
A
Y
 
Y
C
 
C
T
 
T
S
 
S
L
 
L
D
 
D
M
 
M
N
 
T
G
 
G
A
 
F
S
 
S
I
 
I
S
 
T
V
 
L
M
 
L
H
 
K
L
 
V
D
 
D
Q
 
D
E
 
E
L
 
T
S
 
L
D
 
A
L
 
L
L
 
W
S
 
D
H
 
A
P
 
P
C
 
V
D
 
H
T
 
T
A
 
P
F
 
A
L
 
L

3pnqD Crystal structure of e.Coli dha kinase dhak (h56n) complex with dha (see paper)
38% identity, 46% coverage: 371:691/694 of query aligns to 1:330/334 of 3pnqD

query
sites
3pnqD
D
 
D
V
 
V
V
 
L
E
 
D
E
 
E
M
 
Q
L
 
L
D
 
A
G
 
G
A
 
L
T
 
A
K
 
K
A
 
A
H
 
H
R
 
P
S
 
S
Y
 
-
L
 
-
V
 
L
P
 
T
I
 
L
N
 
H
G
 
Q
S
 
D
K
 
P
R
 
V
A
 
Y
L
 
V
V
 
T
A
 
R
R
 
A
N
 
D
G
 
A
P
 
P
R
 
V
A
 
A
G
 
G
K
 
K
V
 
V
G
 
A
L
 
L
V
 
L
I
 
S
G
 
G
G
|
G
G
|
G
S
 
S
G
 
G
H
 
N
E
 
E
P
 
P
C
 
M
F
 
H
L
 
C
G
 
G
Y
 
Y
V
 
I
G
 
G
K
 
Q
G
 
G
L
 
M
A
 
L
D
 
S
A
 
G
V
 
A
A
 
C
I
 
P
G
 
G
N
 
E
V
 
I
F
 
F
S
 
T
S
|
S
P
 
P
P
 
T
P
 
P
A
 
D
P
 
K
I
 
I
L
 
F
E
 
E
C
 
C
A
 
A
R
 
M
A
 
Q
A
 
V
S
 
D
G
 
G
G
 
G
E
 
E
G
 
G
V
 
V
L
 
L
F
 
L
V
 
I
Y
 
I
G
x
K
N
 
N
Y
|
Y
V
 
T
G
 
G
D
|
D
V
 
I
M
 
L
N
 
N
F
 
F
E
 
E
M
 
T
A
 
A
A
 
T
E
 
E
M
 
L
A
 
L
Q
 
H
D
 
D
A
 
S
D
 
G
I
 
V
P
 
K
T
 
V
R
 
T
T
 
T
V
 
V
L
 
V
T
 
I
T
 
D
D
 
D
D
 
D
I
 
V
S
 
A
S
 
V
S
 
K
P
 
D
I
 
S
E
 
L
D
 
Y
R
 
T
D
 
A
G
 
G
R
 
R
R
 
R
G
 
G
V
 
V
A
 
A
G
 
N
N
 
T
F
 
V
F
 
L
I
 
I
F
 
E
K
 
K
V
 
L
A
 
V
G
 
G
A
 
A
A
 
A
C
 
A
D
 
E
R
 
R
G
 
G
M
 
D
S
 
S
L
 
L
E
 
D
A
 
A
C
 
C
E
 
A
A
 
E
V
 
L
T
 
G
R
 
R
K
 
K
A
 
L
N
 
N
R
 
N
H
 
Q
T
 
G
Y
 
H
T
 
S
M
 
I
G
 
G
V
 
I
A
 
A
L
 
L
E
 
-
P
 
-
C
 
-
S
 
-
L
 
-
P
 
-
Q
 
-
T
 
-
R
 
-
R
 
-
H
 
-
N
 
-
F
 
-
E
 
G
I
 
L
G
 
A
A
 
D
E
 
N
E
 
E
M
 
M
E
 
E
I
 
F
G
 
G
M
 
V
G
 
G
I
 
I
H
|
H
G
 
G
E
 
E
R
 
P
G
 
G
V
 
I
I
 
D
R
 
R
E
 
R
K
 
P
M
 
F
M
 
S
P
 
S
A
 
L
D
 
D
A
 
Q
I
 
T
V
 
V
D
 
D
H
 
E
I
 
M
M
 
F
D
 
D
R
 
T
I
 
L
F
 
L
-
 
V
-
 
N
-
 
G
-
 
S
-
 
Y
-
 
H
-
 
R
-
 
T
-
 
L
-
 
R
-
 
F
-
 
W
-
 
D
-
 
Y
-
 
Q
-
 
Q
-
 
G
-
 
S
-
 
W
-
 
Q
-
 
E
S
 
E
E
 
Q
M
 
Q
N
 
T
A
 
K
S
 
Q
P
 
P
-
 
L
-
 
Q
-
 
S
G
 
G
D
 
D
R
 
R
V
 
V
A
 
I
V
 
A
L
 
L
V
 
V
N
 
N
S
 
N
F
 
L
G
 
G
S
 
A
T
 
T
P
 
P
L
 
L
M
 
S
E
 
E
L
 
L
Y
 
Y
V
 
G
L
 
V
F
 
Y
R
 
N
R
 
R
V
 
L
E
 
T
Q
 
T
R
 
R
L
 
C
S
 
Q
A
 
Q
K
 
A
H
 
G
I
 
L
T
 
T
I
 
I
E
 
E
A
 
R
N
 
N
W
 
L
V
 
I
G
 
G
H
 
A
Y
 
Y
C
 
C
T
 
T
S
 
S
L
 
L
D
 
D
M
 
M
N
 
T
G
 
G
A
 
F
S
 
S
I
 
I
S
 
T
V
 
L
M
 
L
H
 
K
L
 
V
D
 
D
Q
 
D
E
 
E
L
 
T
S
 
L
D
 
A
L
 
L
L
 
W
S
 
D
H
 
A
P
 
P
C
 
V
D
 
H
T
 
T
A
 
P
F
 
A
L
 
L

3ct4A Structure of dha-kinase subunit dhak from l. Lactis (see paper)
38% identity, 46% coverage: 363:681/694 of query aligns to 1:309/318 of 3ct4A

query
sites
3ct4A
K
 
E
K
 
K
F
 
I
L
 
I
N
 
N
S
 
Q
P
 
P
D
 
Q
D
 
D
V
 
V
V
 
V
E
 
S
E
 
E
M
 
M
L
 
L
D
 
D
G
 
G
A
 
L
T
 
T
K
 
Y
A
 
A
H
 
Y
R
 
G
S
 
D
Y
 
L
L
 
I
V
 
E
P
 
K
I
 
V
N
 
-
G
 
-
S
 
P
K
 
D
R
 
F
A
 
E
L
 
I
V
 
I
A
 
Q
R
 
R
N
 
K
G
 
S
P
 
P
R
 
K
A
 
S
G
 
G
K
 
K
V
 
V
G
 
A
L
 
L
V
 
V
I
 
S
G
 
G
G
|
G
G
|
G
S
 
S
G
 
G
H
|
H
E
 
E
P
 
P
C
 
A
F
 
H
L
 
A
G
 
G
Y
 
F
V
 
V
G
 
G
K
 
E
G
 
G
L
 
M
A
 
L
D
 
S
A
 
A
V
 
A
A
 
V
I
 
C
G
 
G
N
 
A
V
 
I
F
|
F
S
 
T
S
 
S
P
 
P
P
 
T
P
 
P
A
 
D
P
 
Q
I
 
I
L
 
Y
E
 
E
C
 
A
A
 
I
R
 
K
A
 
S
A
 
A
S
 
D
G
 
E
G
 
G
E
 
A
G
 
G
V
 
V
L
 
L
F
 
L
V
 
I
Y
 
I
G
x
K
N
 
N
Y
 
Y
V
 
L
G
 
G
D
|
D
V
 
V
M
 
M
N
 
N
F
 
F
E
 
E
M
 
M
A
 
A
A
 
R
E
 
E
M
 
M
A
 
A
Q
 
E
D
 
M
A
 
E
D
 
E
I
 
I
P
 
K
T
 
V
R
 
E
T
 
Q
V
 
I
L
 
I
T
 
V
T
 
D
D
 
D
D
 
D
I
 
I
S
 
A
S
 
V
S
 
E
P
 
N
I
 
S
E
 
L
D
 
Y
R
 
T
D
 
Q
G
 
G
R
 
R
R
 
R
G
 
G
V
 
V
A
 
A
G
 
G
N
 
T
F
 
V
F
 
L
I
 
V
F
 
H
K
 
K
V
 
I
A
 
L
G
 
G
A
 
A
A
 
A
C
 
A
D
 
H
R
 
Q
G
 
E
M
 
A
S
 
S
L
 
L
E
 
D
A
 
E
C
 
I
E
 
K
A
 
D
V
 
L
T
 
A
R
 
D
K
 
K
A
 
V
N
 
V
R
 
K
H
 
N
T
 
I
Y
 
K
T
 
T
M
 
I
G
 
G
V
 
L
A
 
A
L
 
L
E
 
S
P
 
A
C
 
A
S
 
T
L
 
V
P
 
P
Q
 
D
T
 
N
R
 
-
R
 
-
H
 
-
N
 
-
F
 
-
E
 
-
I
 
-
G
 
-
A
 
-
E
 
-
E
 
E
M
 
I
E
 
E
I
 
Y
G
 
G
M
 
V
G
 
G
I
 
I
H
|
H
G
 
S
E
 
E
R
 
P
G
 
G
V
 
Y
I
 
R
R
 
R
E
 
E
K
 
K
M
 
M
M
 
K
P
 
T
A
 
S
D
 
Y
A
 
E
I
 
L
V
 
A
D
 
T
H
 
E
I
 
L
M
 
V
D
 
G
R
 
K
I
 
L
F
 
K
S
 
E
E
 
E
M
 
F
N
 
K
A
 
F
S
 
E
P
 
A
G
 
G
D
 
Q
R
 
K
V
 
Y
A
 
G
V
 
I
L
 
L
V
 
V
N
 
N
S
 
G
F
 
M
G
 
G
S
 
A
T
 
T
P
 
P
L
 
L
M
 
M
E
 
E
L
 
Q
Y
 
F
V
 
I
L
 
F
F
 
M
R
 
N
R
 
D
V
 
V
E
 
A
Q
 
K
R
 
L
L
 
L
S
 
T
A
 
E
K
 
E
H
 
N
I
 
I
T
 
E
I
 
I
E
 
L
A
 
F
N
 
K
W
 
K
V
 
V
G
 
G
H
 
N
Y
 
Y
C
 
M
T
 
T
S
 
S
L
 
I
D
 
D
M
 
M
N
 
A
G
 
G
A
 
L
S
 
S
I
 
L
S
 
T
V
 
M
M
 
I
H
 
K
L
 
L
-
 
E
-
 
D
D
 
D
Q
 
Q
E
 
W
L
 
L
S
 
K
D
 
N
L
 
L

Q3LXA3 Triokinase/FMN cyclase; Bifunctional ATP-dependent dihydroxyacetone kinase/FAD-AMP lyase (cyclizing); EC 2.7.1.28; EC 2.7.1.29; EC 4.6.1.15 from Homo sapiens (Human) (see 4 papers)
36% identity, 46% coverage: 363:682/694 of query aligns to 4:327/575 of Q3LXA3

query
sites
Q3LXA3
K
 
K
K
 
K
F
 
L
L
 
V
N
 
N
S
 
S
P
 
V
D
 
A
D
 
G
V
 
C
V
 
A
E
 
D
E
 
D
M
 
A
L
 
L
D
 
A
G
 
G
A
 
L
T
 
V
K
 
-
A
 
A
H
 
C
R
 
N
S
 
P
Y
 
N
L
 
L
V
 
Q
P
 
L
I
 
L
N
 
Q
G
 
G
S
 
H
K
 
R
R
 
V
A
 
A
L
 
L
V
 
R
A
 
S
R
 
D
N
 
L
G
 
D
P
 
S
R
 
L
A
 
K
G
 
G
K
 
R
V
 
V
G
 
A
L
 
L
V
 
L
I
 
S
G
 
G
G
 
G
G
 
G
S
 
S
G
 
G
H
 
H
E
 
E
P
 
P
C
 
A
F
 
H
L
 
A
G
 
G
Y
 
F
V
 
I
G
 
G
K
 
K
G
 
G
L
 
M
A
 
L
D
 
T
A
 
G
V
 
V
A
 
I
I
 
A
G
 
G
N
 
A
V
 
V
F
 
F
S
 
T
S
 
S
P
 
P
P
 
A
P
 
V
A
 
G
P
 
S
I
 
I
L
 
L
E
 
A
C
 
A
A
 
I
R
 
R
A
 
A
A
 
V
-
 
A
-
 
Q
S
 
A
G
 
G
G
 
T
E
 
V
G
 
G
V
 
T
L
 
L
F
 
L
V
 
I
Y
 
V
G
 
K
N
 
N
Y
 
Y
V
x
T
G
 
G
D
 
D
V
 
R
M
 
L
N
 
N
F
 
F
E
 
G
M
 
L
A
 
A
A
 
R
E
 
E
M
 
Q
A
 
A
Q
 
R
D
 
A
A
 
E
D
 
G
I
 
I
P
 
P
T
 
V
R
 
E
T
 
M
V
 
V
L
 
V
T
 
I
T
 
G
D
 
D
D
 
D
I
 
-
S
 
S
S
 
A
S
 
F
P
 
T
I
 
V
E
 
L
D
 
K
R
 
K
D
 
A
G
 
G
R
 
R
R
 
R
G
 
G
V
 
L
A
 
C
G
 
G
N
 
T
F
 
V
F
 
L
I
 
I
F
 
H
K
 
K
V
 
V
A
 
A
G
 
G
A
 
A
A
 
L
C
 
A
D
 
E
R
 
A
G
 
G
M
 
V
S
 
G
L
 
L
E
 
E
A
 
E
C
 
I
E
 
A
A
 
K
V
 
Q
T
 
V
R
 
N
K
 
V
A
 
V
N
x
A
R
 
K
H
 
A
T
 
M
Y
 
G
T
 
T
M
 
L
G
 
G
V
 
V
A
 
S
L
 
L
E
 
S
P
 
S
C
 
C
S
 
S
L
 
V
P
 
P
Q
 
G
T
 
S
R
 
-
R
x
K
H
 
P
N
 
T
F
 
F
E
 
E
I
 
L
G
 
S
A
 
A
E
 
D
E
 
E
M
 
V
E
 
E
I
 
L
G
 
G
M
 
L
G
 
G
I
 
I
H
|
H
G
 
G
E
 
E
R
 
A
G
 
G
V
 
V
I
 
R
R
 
R
E
 
I
K
 
K
M
 
M
M
 
A
P
 
T
A
 
A
D
 
D
A
 
E
I
 
I
V
 
V
D
 
K
H
 
L
I
 
M
M
 
L
D
 
D
R
 
H
I
 
M
F
 
T
S
 
N
E
 
T
M
 
T
N
 
N
A
 
A
S
 
S
-
 
H
-
 
V
-
 
P
-
 
V
-
 
Q
P
 
P
G
 
G
D
 
S
R
 
S
V
 
V
A
 
V
V
 
M
L
 
M
V
 
V
N
 
N
S
 
N
F
 
L
G
 
G
S
 
G
T
 
L
P
 
S
L
 
F
M
 
L
E
 
E
L
 
L
Y
 
G
V
 
I
L
 
I
F
 
A
R
 
D
R
 
A
V
 
T
E
 
V
Q
 
R
R
 
S
L
 
L
S
 
E
A
 
G
K
 
R
H
 
G
I
 
V
T
 
K
I
 
I
E
 
A
A
 
R
N
 
A
W
 
L
V
 
V
G
 
G
H
 
T
Y
 
F
C
 
M
T
 
S
S
 
A
L
 
L
D
 
E
M
 
M
N
 
P
G
 
G
A
 
I
S
 
S
I
 
L
S
 
T
V
 
L
M
 
L
H
 
L
L
 
V
D
 
D
Q
 
E
E
 
P
L
 
L
S
 
L
D
 
K
L
 
L
L
 
I

Sites not aligning to the query:

P45510 Dihydroxyacetone kinase; DHA kinase; Glycerone kinase; EC 2.7.1.29 from Citrobacter freundii (see 2 papers)
30% identity, 47% coverage: 365:689/694 of query aligns to 5:325/552 of P45510

query
sites
P45510
F
 
F
L
 
F
N
 
N
S
 
Q
P
 
R
D
 
T
D
 
H
V
 
L
V
 
V
E
 
S
E
 
D
M
 
V
L
 
I
D
 
D
G
 
G
A
 
A
T
 
I
K
 
I
A
 
A
H
 
S
R
 
-
S
 
-
Y
 
-
L
 
-
V
 
-
P
 
P
I
 
W
N
 
N
G
 
N
S
 
L
K
 
A
R
 
R
A
 
L
-
 
E
-
 
S
-
 
D
-
 
P
-
 
A
-
 
I
-
 
R
L
 
I
V
 
V
A
 
V
R
 
R
N
 
R
G
 
D
P
 
L
R
 
N
A
 
K
G
 
N
K
 
N
V
 
V
G
 
A
L
 
V
V
 
I
I
 
S
G
 
G
G
 
G
G
 
G
S
 
S
G
 
G
H
 
H
E
 
E
P
 
P
C
 
A
F
 
H
L
 
V
G
 
G
Y
 
F
V
 
I
G
 
G
K
 
K
G
 
G
L
 
M
A
 
L
D
 
T
A
 
A
V
 
A
A
 
V
I
 
C
G
 
G
N
 
D
V
 
V
F
 
F
S
 
A
S
 
S
P
 
P
P
 
S
P
 
V
A
 
D
P
 
A
I
 
V
L
 
L
E
 
T
C
 
A
A
 
I
R
 
Q
A
 
A
A
 
V
S
 
T
G
 
G
G
 
E
E
 
A
G
 
G
V
 
C
L
 
L
F
 
L
V
 
I
Y
 
V
G
 
K
N
 
N
Y
 
Y
V
 
T
G
 
G
D
 
D
V
 
R
M
 
L
N
 
N
F
 
F
E
 
G
M
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
E
M
 
K
A
 
A
Q
 
R
D
 
R
A
 
L
D
 
G
I
 
Y
P
 
N
T
 
V
R
 
E
T
 
M
V
 
L
L
 
I
T
 
V
T
 
G
D
 
D
D
 
D
I
 
I
S
 
S
S
 
-
S
 
-
P
 
-
I
 
L
E
 
P
D
 
D
R
 
N
D
 
K
G
 
H
R
 
P
R
 
R
G
 
G
V
 
I
A
 
A
G
 
G
N
 
T
F
 
I
F
 
L
I
 
V
F
 
H
K
 
K
V
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
Y
A
 
F
C
 
A
D
 
E
R
 
R
G
 
G
M
 
Y
S
 
N
L
 
L
E
 
A
A
 
T
C
 
V
E
 
L
A
 
R
V
 
E
T
 
A
R
 
Q
K
 
Y
A
 
A
N
 
A
R
 
S
H
 
N
T
 
T
Y
 
F
T
 
S
M
 
L
G
 
G
V
 
V
A
 
A
L
 
L
E
 
S
P
 
S
C
 
C
S
 
H
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
T
 
E
R
 
T
-
 
D
-
 
A
-
 
A
-
 
P
R
 
R
H
 
H
N
 
H
F
 
-
E
 
-
I
 
-
G
 
-
A
 
P
E
 
G
E
 
H
M
 
A
E
 
E
I
 
L
G
 
G
M
 
M
G
 
G
I
 
I
H
|
H
G
 
G
E
 
E
R
 
P
G
 
G
V
 
A
I
 
S
R
 
V
E
 
I
K
 
D
M
 
T
M
 
Q
P
 
N
A
 
S
D
 
A
A
 
Q
I
 
V
V
 
V
D
 
N
H
 
L
I
 
M
M
 
V
D
 
D
R
 
K
I
 
L
F
 
L
S
 
A
E
 
A
M
 
L
N
 
P
A
 
E
S
 
T
P
 
-
G
 
-
D
 
G
R
 
R
V
 
L
A
 
A
V
 
V
L
 
M
V
 
I
N
 
N
S
 
N
F
 
L
G
 
G
S
 
G
T
 
V
P
 
S
L
 
V
M
 
A
E
 
E
L
 
M
Y
 
A
V
 
I
L
 
I
F
 
T
R
 
R
R
 
-
V
 
-
E
 
-
Q
 
-
R
 
E
L
 
L
S
 
A
A
 
S
K
 
S
H
 
P
I
 
L
T
 
H
I
 
S
E
 
R
A
 
I
N
 
D
W
 
W
V
 
L
-
 
I
-
 
G
-
 
P
G
 
A
H
 
S
Y
 
L
C
 
V
T
 
T
S
 
A
L
 
L
D
 
D
M
 
M
N
 
K
G
 
G
A
 
F
S
 
S
I
 
L
S
 
T
V
 
A
M
 
I
H
 
V
L
 
L
D
 
E
Q
 
E
E
 
S
L
 
I
S
 
E
D
 
K
L
 
A
L
 
L
S
 
L
H
 
T
P
 
E
C
 
V
D
 
E
T
 
T
A
 
S

Sites not aligning to the query:

1un9A Crystal structure of the dihydroxyacetone kinase from c. Freundii in complex with amp-pnp and mg2+ (see paper)
30% identity, 47% coverage: 365:689/694 of query aligns to 5:325/537 of 1un9A

query
sites
1un9A
F
 
F
L
 
F
N
 
N
S
 
Q
P
 
R
D
 
T
D
 
H
V
 
L
V
 
V
E
 
S
E
 
D
M
 
V
L
 
I
D
 
D
G
 
G
A
 
A
T
 
I
K
 
I
A
 
A
H
 
S
R
 
-
S
 
-
Y
 
-
L
 
-
V
 
-
P
 
P
I
 
W
N
 
N
G
 
N
S
 
L
K
 
A
R
 
R
A
 
L
-
 
E
-
 
S
-
 
D
-
 
P
-
 
A
-
 
I
-
 
R
L
 
I
V
 
V
A
 
V
R
 
R
N
 
R
G
 
D
P
 
L
R
 
N
A
 
K
G
 
N
K
 
N
V
 
V
G
 
A
L
 
V
V
 
I
I
 
S
G
 
G
G
|
G
G
 
G
S
 
S
G
 
G
H
|
H
E
 
E
P
 
P
C
 
A
F
 
H
L
 
V
G
 
G
Y
 
F
V
 
I
G
 
G
K
 
K
G
 
G
L
 
M
A
 
L
D
 
T
A
 
A
V
 
A
A
 
V
I
 
C
G
 
G
N
 
D
V
 
V
F
|
F
S
 
A
S
 
S
P
 
P
P
 
S
P
 
V
A
 
D
P
 
A
I
 
V
L
 
L
E
 
T
C
 
A
A
 
I
R
 
Q
A
 
A
A
 
V
S
 
T
G
 
G
G
 
E
E
 
A
G
 
G
V
 
C
L
 
L
F
 
L
V
 
I
Y
 
V
G
x
K
N
 
N
Y
 
Y
V
 
T
G
 
G
D
|
D
V
 
R
M
 
L
N
 
N
F
 
F
E
 
G
M
 
L
A
 
A
A
 
A
E
 
E
M
 
K
A
 
A
Q
 
R
D
 
R
A
 
L
D
 
G
I
 
Y
P
 
N
T
 
V
R
 
E
T
 
M
V
 
L
L
 
I
T
 
V
T
 
G
D
 
D
D
 
D
I
 
I
S
 
S
S
 
-
S
 
-
P
 
-
I
 
L
E
 
P
D
 
D
R
 
N
D
 
K
G
 
H
R
 
P
R
 
R
G
 
G
V
 
I
A
 
A
G
 
G
N
 
T
F
 
I
F
 
L
I
 
V
F
 
H
K
 
K
V
 
I
A
 
A
G
 
G
A
 
Y
A
 
F
C
 
A
D
 
E
R
 
R
G
 
G
M
 
Y
S
 
N
L
 
L
E
 
A
A
 
T
C
 
V
E
 
L
A
 
R
V
 
E
T
 
A
R
 
Q
K
 
Y
A
 
A
N
 
A
R
 
S
H
 
N
T
 
T
Y
 
F
T
 
S
M
 
L
G
 
G
V
 
V
A
 
A
L
 
L
E
 
S
P
 
S
C
 
C
S
 
H
L
 
L
P
 
P
Q
 
Q
T
 
E
R
 
T
-
 
D
-
 
A
-
 
A
-
 
P
R
 
R
H
 
H
N
 
H
F
 
-
E
 
-
I
 
-
G
 
-
A
 
P
E
 
G
E
 
H
M
 
A
E
 
E
I
 
L
G
 
G
M
 
M
G
 
G
I
 
I
H
|
H
G
 
G
E
 
E
R
 
P
G
 
G
V
 
A
I
 
S
R
 
V
E
 
I
K
 
D
M
 
T
M
 
Q
P
 
N
A
 
S
D
 
A
A
 
Q
I
 
V
V
 
V
D
 
N
H
 
L
I
 
M
M
 
V
D
 
D
R
 
K
I
 
L
F
 
L
S
 
A
E
 
A
M
 
L
N
 
P
A
 
E
S
 
T
P
 
-
G
 
-
D
 
G
R
 
R
V
 
L
A
 
A
V
 
V
L
 
M
V
 
I
N
 
N
S
 
N
F
 
L
G
 
G
S
 
G
T
 
V
P
 
S
L
 
V
M
 
A
E
 
E
L
 
M
Y
 
A
V
 
I
L
 
I
F
 
T
R
 
R
R
 
-
V
 
-
E
 
-
Q
 
-
R
 
E
L
 
L
S
 
A
A
 
S
K
 
S
H
 
P
I
 
L
T
 
H
I
 
S
E
 
R
A
 
I
N
 
D
W
 
W
V
 
L
-
 
I
-
 
G
-
 
P
G
 
A
H
 
S
Y
 
L
C
 
V
T
 
T
S
 
A
L
 
L
D
 
D
M
 
M
N
 
K
G
 
G
A
 
F
S
 
S
I
 
L
S
 
T
V
 
A
M
 
I
H
 
V
L
 
L
D
 
E
Q
 
E
E
 
S
L
 
I
S
 
E
D
 
K
L
 
A
L
 
L
S
 
L
H
 
T
P
 
E
C
 
V
D
 
E
T
 
T
A
 
S

Sites not aligning to the query:

8r7yC Deoxyribonucleoside regulator deor in complex with the DNA operator (see paper)
34% identity, 43% coverage: 31:331/694 of query aligns to 10:311/312 of 8r7yC

query
sites
8r7yC
V
 
I
W
 
E
A
 
A
C
 
A
W
 
R
L
 
L
Y
|
Y
Y
 
Y
E
 
Q
D
 
S
G
 
D
R
 
Y
T
x
S
Q
|
Q
G
 
Q
E
 
Q
I
 
I
A
 
A
N
 
E
I
 
Q
M
 
L
G
 
N
I
 
I
S
|
S
R
|
R
A
 
P
T
|
T
V
 
V
N
 
S
S
x
R
Y
 
L
L
 
L
A
 
Q
D
 
Y
A
 
A
R
 
K
N
 
E
R
 
K
G
 
G
I
 
Y
V
 
V
N
 
Q
I
 
I
S
 
R
I
 
V
E
 
M
P
 
D
A
 
P
R
 
F
L
 
E
G
 
D
S
 
L
L
 
D
A
 
A
I
 
L
A
 
G
Q
 
S
E
 
I
L
 
L
K
 
E
H
 
E
H
 
K
F
 
Y
G
 
G
L
 
L
S
 
L
D
 
E
C
 
A
L
 
H
V
 
V
V
 
V
-
 
F
-
 
S
P
 
P
N
 
T
D
 
P
D
 
D
G
 
Y
A
 
A
H
 
G
P
 
I
L
 
T
I
 
H
D
 
D
R
 
-
L
 
L
G
 
S
T
 
R
A
 
Y
G
 
G
A
 
A
Q
 
E
A
 
Y
V
 
M
T
 
H
R
 
E
L
 
T
L
 
V
K
 
K
S
 
D
G
 
G
D
 
D
V
 
I
L
 
V
A
 
G
V
 
V
A
 
S
W
 
W
G
 
G
R
 
T
T
 
T
V
 
M
L
 
Y
A
 
Q
I
 
I
A
 
A
E
 
Q
N
 
N
T
 
M
C
 
Q
I
 
P
S
 
K
N
 
Q
L
 
V
Q
 
K
D
 
G
V
 
V
T
 
E
V
 
V
V
 
V
Q
 
Q
A
 
L
T
 
K
G
 
G
G
 
G
T
 
I
R
 
S
A
 
H
S
 
S
F
 
R
-
 
V
-
 
N
A
 
T
Y
 
Y
T
 
S
P
 
A
E
 
E
L
 
-
C
 
T
A
 
I
A
 
Q
A
 
L
M
 
F
A
 
A
R
 
E
A
 
A
T
 
F
N
 
Q
A
 
T
H
 
M
L
 
P
V
 
R
N
 
Y
I
 
L
T
 
P
A
 
L
P
 
P
A
 
V
I
 
V
V
 
F
S
 
D
S
 
N
A
 
A
D
 
D
V
 
V
K
 
K
T
 
R
A
 
M
I
 
V
T
 
E
G
 
K
E
 
D
P
 
R
I
 
H
I
 
I
V
 
E
E
 
R
Q
 
I
F
 
I
Q
 
E
A
 
M
L
 
G
N
 
K
H
 
Q
A
 
A
N
 
N
K
 
I
A
 
A
L
 
L
F
 
F
G
 
T
I
 
V
S
 
G
S
 
T
L
 
V
R
 
R
P
 
D
N
 
E
S
 
A
T
 
L
I
 
L
H
 
F
T
 
R
S
 
L
G
 
G
F
 
Y
F
 
F
E
 
-
N
 
N
V
 
E
S
 
E
I
 
E
Q
 
K
D
 
A
Y
 
L
L
 
L
A
 
K
K
 
K
N
 
Q
A
 
A
V
 
V
G
 
G
V
 
D
V
 
I
A
 
C
G
 
S
R
 
R
F
 
F
I
 
F
D
 
D
A
 
A
Y
 
K
G
 
G
Q
 
N
P
 
I
V
 
C
A
 
S
G
 
S
P
 
A
L
 
I
D
 
N
D
 
D
R
 
R
T
 
T
I
 
I
G
 
G
I
 
V
T
 
E
L
 
L
D
 
Q
R
 
D
L
 
L
R
 
R
M
 
L
I
 
K
D
 
E
M
 
R
R
 
S
I
 
I
A
 
L
V
 
V
A
 
A
G
 
G
G
 
G
F
 
S
D
 
R
K
 
K
V
 
V
P
 
S
A
 
S
I
 
I
L
 
H
A
 
G
A
 
A
L
 
L
R
 
T
G
 
G
G
 
K
Y
 
Y
I
 
A
N
 
N
V
 
V
L
 
L
I
 
I
T
 
I
D
 
D
A
 
Q
A
 
H
T
 
T
G
 
A
R
 
R
G
 
A
I
 
L
L
 
V
N
 
N

4l5jA Crystal structures of the lsrr proteins complexed with phospho-ai-2 and its two different analogs reveal distinct mechanisms for ligand recognition (see paper)
32% identity, 43% coverage: 35:332/694 of query aligns to 15:308/308 of 4l5jA

query
sites
4l5jA
W
 
W
L
 
F
Y
 
Y
Y
 
Y
E
 
H
D
 
D
G
 
G
R
 
L
T
 
T
Q
 
Q
G
 
S
E
 
E
I
 
I
A
 
S
N
 
D
I
 
R
M
 
L
G
 
G
I
 
L
S
 
T
R
 
R
A
 
L
T
 
K
V
 
V
N
 
S
S
 
R
Y
 
L
L
 
L
A
 
E
D
 
K
A
 
G
R
 
H
N
 
Q
R
 
S
G
 
G
I
 
I
V
 
I
N
 
R
I
 
V
S
 
Q
I
 
I
E
 
N
P
 
S
A
 
R
R
 
F
L
 
E
G
 
G
S
 
C
L
 
L
A
 
E
I
 
Y
A
 
E
Q
 
T
E
 
Q
L
 
L
K
 
R
H
 
R
H
 
Q
F
 
F
G
 
S
L
 
L
S
 
Q
D
 
H
C
 
V
L
 
R
V
 
V
V
 
I
P
 
P
N
 
G
D
 
L
D
 
A
G
 
D
A
 
A
H
 
-
P
 
D
L
 
V
I
 
G
D
 
G
R
 
R
L
 
L
G
 
G
T
 
I
A
 
G
G
 
A
A
 
A
Q
 
H
A
 
M
V
 
L
T
 
M
R
 
S
L
 
L
L
 
L
K
 
Q
S
 
P
G
 
Q
D
 
Q
V
 
M
L
 
L
A
 
A
V
 
I
A
 
G
W
x
F
G
|
G
R
x
E
T
x
A
V
 
T
L
 
M
A
 
N
I
 
T
A
 
L
E
 
Q
N
 
R
T
 
L
C
 
S
-
 
G
-
 
F
I
 
I
S
 
S
N
 
S
L
 
-
Q
 
Q
D
 
Q
V
 
I
T
 
R
V
 
L
V
 
V
Q
 
T
A
 
L
T
 
S
G
 
G
G
 
G
T
 
V
R
 
G
A
 
S
S
 
Y
F
 
M
A
 
T
Y
 
G
T
 
I
P
 
G
E
 
Q
L
 
L
C
 
N
A
 
A
A
 
A
A
 
C
M
 
S
A
 
-
R
 
-
A
 
-
T
 
-
N
 
-
A
 
-
H
 
-
L
 
-
V
 
V
N
 
N
I
 
I
T
 
I
-
 
P
A
 
A
P
 
P
A
 
L
I
 
R
V
 
A
S
 
S
S
 
S
A
 
A
D
 
D
V
 
I
K
 
A
T
 
R
A
 
T
I
 
L
T
 
K
G
 
N
E
 
E
P
 
N
I
 
C
I
 
V
V
 
K
E
 
D
Q
 
V
F
 
L
Q
 
L
A
 
A
L
 
A
N
 
Q
H
 
A
A
 
A
N
 
D
K
 
V
A
 
A
L
 
I
F
 
V
G
|
G
I
 
I
S
 
G
-
 
A
-
 
V
S
 
S
L
 
Q
R
 
Q
P
 
D
N
 
D
S
 
A
T
|
T
I
 
I
H
 
I
T
 
R
S
 
S
G
 
G
F
 
Y
F
 
I
E
 
S
N
 
Q
V
 
G
S
 
E
I
 
Q
Q
 
L
D
 
M
Y
 
I
L
 
G
A
 
R
K
 
K
N
 
G
A
 
A
V
 
V
G
 
G
V
x
D
V
 
I
A
x
L
G
 
G
R
 
Y
F
 
F
I
 
F
D
 
D
A
 
A
Y
 
K
G
 
G
Q
 
D
P
 
V
V
 
V
A
 
T
G
 
N
-
 
I
P
 
K
L
 
I
D
 
H
D
 
N
R
 
E
T
 
L
I
 
I
G
 
G
I
 
L
T
 
P
L
 
L
D
 
S
R
 
A
L
 
L
R
 
K
M
 
T
I
 
I
D
 
P
M
 
V
R
 
R
I
 
V
A
 
G
V
 
V
A
 
A
G
 
G
G
 
G
F
 
E
D
 
N
K
|
K
V
 
A
P
 
E
A
 
A
I
 
I
L
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
M
R
 
K
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
I
 
I
N
 
N
V
 
A
L
 
L
I
 
V
T
 
T
D
 
D
A
 
Q
A
 
D
T
 
T
G
 
A
R
 
A
G
 
A
I
 
I
L
 
L
N
 
R
A
 
S

4oqpA Structure of the effector-binding domain of deoxyribonucleoside regulator deor from bacillus subtilis in complex with deoxyribose-5- phosphate (see paper)
35% identity, 36% coverage: 84:331/694 of query aligns to 6:254/254 of 4oqpA

query
sites
4oqpA
A
 
A
I
 
L
A
 
G
Q
 
S
E
 
I
L
 
L
K
 
E
H
 
E
H
 
K
F
 
Y
G
 
G
L
 
L
S
 
L
D
 
E
C
 
A
L
 
H
V
 
V
V
 
V
-
 
F
-
 
S
P
 
P
N
 
T
D
 
P
D
 
D
G
 
Y
A
 
A
H
 
G
P
 
I
L
 
T
I
 
H
D
 
D
R
 
-
L
 
L
G
 
S
T
 
R
A
 
Y
G
 
G
A
 
A
Q
 
E
A
 
Y
V
 
M
T
 
H
R
 
E
L
 
T
L
 
V
K
 
K
S
 
D
G
 
G
D
 
D
V
 
I
L
 
V
A
 
G
V
 
V
A
 
S
W
|
W
G
 
G
R
x
T
T
|
T
V
 
M
L
 
Y
A
 
Q
I
 
I
A
 
A
E
 
Q
N
 
N
T
 
M
C
 
Q
I
 
P
S
 
K
N
 
Q
L
 
V
Q
 
K
D
 
G
V
 
V
T
 
E
V
 
V
V
 
V
Q
 
Q
A
 
L
T
x
K
G
 
G
G
 
G
T
 
I
R
 
S
A
 
H
S
 
S
F
 
R
-
 
V
-
 
N
A
 
T
Y
 
Y
T
 
S
P
 
A
E
 
E
L
 
-
C
 
T
A
 
I
A
 
Q
A
 
L
M
 
F
A
 
A
R
 
E
A
 
A
T
 
F
N
 
Q
A
 
T
H
 
M
L
 
P
V
 
R
N
 
Y
I
 
L
T
 
P
A
 
L
P
 
P
A
 
V
I
 
V
V
 
F
S
 
D
S
 
N
A
 
A
D
 
D
V
 
V
K
 
K
T
 
R
A
 
M
I
 
V
T
 
E
G
 
K
E
 
D
P
 
R
I
 
H
I
 
I
V
 
E
E
 
R
Q
 
I
F
 
I
Q
 
E
A
 
M
L
 
G
N
 
K
H
 
Q
A
 
A
N
 
N
K
 
I
A
 
A
L
 
L
F
 
F
G
x
T
I
 
V
S
x
G
S
 
T
L
 
V
R
 
R
P
 
D
N
 
E
S
 
A
T
 
L
I
 
L
H
 
F
T
 
R
S
 
L
G
 
G
F
 
Y
F
 
F
E
 
-
N
 
N
V
 
E
S
 
E
I
 
E
Q
 
K
D
 
A
Y
 
L
L
 
L
A
 
K
K
 
K
N
 
Q
A
 
A
V
 
V
G
 
G
V
x
D
V
 
I
A
 
C
G
 
S
R
 
R
F
 
F
I
 
F
D
 
D
A
 
A
Y
 
K
G
 
G
Q
 
N
P
 
I
V
 
C
A
 
S
G
 
S
P
 
A
L
 
I
D
 
N
D
 
D
R
 
R
T
 
T
I
 
I
G
 
G
I
 
V
T
 
E
L
 
L
D
 
Q
R
 
D
L
 
L
R
 
R
M
 
L
I
 
K
D
 
E
M
 
R
R
 
S
I
 
I
A
 
L
V
 
V
A
 
A
G
 
G
G
 
G
F
 
S
D
 
R
K
|
K
V
 
V
P
 
S
A
 
S
I
 
I
L
 
H
A
 
G
A
 
A
L
 
L
R
 
T
G
 
G
G
 
K
Y
 
Y
I
 
A
N
 
N
V
 
V
L
 
L
I
 
I
T
 
I
D
 
D
A
 
Q
A
 
H
T
 
T
G
 
A
R
 
R
G
 
A
I
 
L
L
 
V
N
 
N

4l50A Crystal structures of the lsrr proteins complexed with phospho-ai-2 and its two different analogs reveal distinct mechanisms for ligand recognition (see paper)
32% identity, 36% coverage: 81:332/694 of query aligns to 3:248/248 of 4l50A

query
sites
4l50A
G
 
G
S
 
C
L
 
L
A
 
E
I
 
Y
A
 
E
Q
 
T
E
 
Q
L
 
L
K
 
R
H
 
R
H
 
Q
F
 
F
G
 
S
L
 
L
S
 
Q
D
 
H
C
 
V
L
 
R
V
 
V
V
 
I
P
 
P
N
 
-
D
 
-
D
 
-
G
 
G
A
 
L
H
 
A
P
 
D
L
 
V
I
 
G
D
 
G
R
 
R
L
 
L
G
 
G
T
 
I
A
 
G
G
 
A
A
 
A
Q
 
H
A
 
M
V
 
L
T
 
M
R
 
S
L
 
L
L
 
L
K
 
Q
S
 
P
G
 
Q
D
 
Q
V
 
M
L
 
L
A
 
A
V
 
I
A
 
G
W
x
F
G
|
G
R
x
E
T
x
A
V
 
T
L
 
M
A
 
N
I
 
T
A
 
L
E
 
Q
N
 
R
T
 
L
C
 
S
-
 
G
-
 
F
I
 
I
S
 
S
N
 
S
L
 
-
Q
 
Q
D
 
Q
V
 
I
T
 
R
V
 
L
V
 
V
Q
 
T
A
 
L
T
 
S
G
 
G
G
 
G
T
 
V
R
 
G
A
 
S
S
 
Y
F
 
M
A
 
T
Y
 
G
T
 
I
P
 
G
E
 
Q
L
 
L
C
 
N
A
 
A
A
 
A
A
 
C
M
 
S
A
 
-
R
 
-
A
 
-
T
 
-
N
 
-
A
 
-
H
 
-
L
 
-
V
 
V
N
 
N
I
 
I
T
 
I
-
 
P
A
 
A
P
 
P
A
 
L
I
 
R
V
 
A
S
 
S
S
 
S
A
 
A
D
 
D
V
 
I
K
 
A
T
 
R
A
 
T
I
 
L
T
 
K
G
 
N
E
 
E
P
 
N
I
 
C
I
 
V
V
 
K
E
 
D
Q
 
V
F
 
L
Q
 
L
A
 
A
L
 
A
N
 
Q
H
 
A
A
 
A
N
 
D
K
 
V
A
 
A
L
 
I
F
 
V
G
 
G
I
 
I
S
x
G
-
 
A
-
 
V
S
 
S
L
 
Q
R
 
Q
P
 
D
N
 
D
S
 
A
T
|
T
I
 
I
H
 
I
T
 
R
S
 
S
G
 
G
F
 
Y
F
 
I
E
 
S
N
 
Q
V
 
G
S
 
E
I
 
Q
Q
 
L
D
 
M
Y
 
I
L
 
G
A
 
R
K
 
K
N
 
G
A
 
A
V
 
V
G
 
G
V
x
D
V
 
I
A
x
L
G
 
G
R
 
Y
F
 
F
I
 
F
D
 
D
A
 
A
Y
 
K
G
 
G
Q
 
D
P
 
V
V
 
V
A
 
T
G
 
N
-
 
I
P
 
K
L
 
I
D
 
H
D
 
N
R
 
E
T
 
L
I
 
I
G
 
G
I
 
L
T
 
P
L
 
L
D
 
S
R
 
A
L
 
L
R
 
K
M
 
T
I
 
I
D
 
P
M
 
V
R
 
R
I
 
V
A
 
G
V
 
V
A
 
A
G
 
G
G
 
G
F
 
E
D
 
N
K
|
K
V
 
A
P
 
E
A
 
A
I
 
I
L
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
M
R
 
K
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
I
 
I
N
 
N
V
 
A
L
 
L
I
 
V
T
 
T
D
 
D
A
 
Q
A
 
D
T
 
T
G
 
A
R
 
A
G
 
A
I
 
I
L
 
L
N
 
R
A
 
S

4l4zA Crystal structures of the lsrr proteins complexed with phospho-ai-2 and its two different analogs reveal distinct mechanisms for ligand recognition (see paper)
32% identity, 36% coverage: 81:332/694 of query aligns to 2:249/249 of 4l4zA

query
sites
4l4zA
G
 
G
S
 
C
L
 
L
A
 
E
I
 
Y
A
 
E
Q
 
T
E
 
Q
L
 
L
K
 
R
H
 
R
H
 
Q
F
 
F
G
 
S
L
 
L
S
 
Q
D
 
H
C
 
V
L
 
R
V
 
V
V
 
I
P
 
P
N
 
G
D
 
L
D
 
A
G
 
D
A
 
A
H
 
D
P
 
-
L
 
V
I
 
G
D
 
G
R
 
R
L
 
L
G
 
G
T
 
I
A
 
G
G
 
A
A
 
A
Q
 
H
A
 
M
V
 
L
T
 
M
R
 
S
L
 
L
L
 
L
K
 
Q
S
 
P
G
 
Q
D
 
Q
V
 
M
L
 
L
A
 
A
V
 
I
A
 
G
W
 
F
G
 
G
R
x
E
T
x
A
V
 
T
L
 
M
A
 
N
I
 
T
A
 
L
E
 
Q
N
 
R
T
 
L
C
 
S
-
 
G
-
 
F
I
 
I
S
 
S
N
 
S
L
 
-
Q
 
Q
D
 
Q
V
 
I
T
 
R
V
 
L
V
 
V
Q
 
T
A
 
L
T
 
S
G
 
G
G
 
G
T
 
V
R
 
G
A
 
S
S
 
Y
F
 
M
A
 
T
Y
 
G
T
 
I
P
 
G
E
 
Q
L
 
L
C
 
N
A
 
A
A
 
A
A
 
C
M
 
S
A
 
-
R
 
-
A
 
-
T
 
-
N
 
-
A
 
-
H
 
-
L
 
-
V
 
V
N
 
N
I
 
I
T
 
I
-
 
P
A
 
A
P
 
P
A
 
L
I
 
R
V
 
A
S
 
S
S
 
S
A
 
A
D
 
D
V
 
I
K
 
A
T
 
R
A
 
T
I
 
L
T
 
K
G
 
N
E
 
E
P
 
N
I
 
C
I
 
V
V
 
K
E
 
D
Q
 
V
F
 
L
Q
 
L
A
 
A
L
 
A
N
 
Q
H
 
A
A
 
A
N
 
D
K
 
V
A
 
A
L
 
I
F
 
V
G
 
G
I
|
I
S
x
G
-
 
A
-
 
V
S
 
S
L
 
Q
R
 
Q
P
 
D
N
 
D
S
 
A
T
|
T
I
 
I
H
 
I
T
 
R
S
 
S
G
 
G
F
 
Y
F
 
I
E
 
S
N
 
Q
V
 
G
S
 
E
I
 
Q
Q
 
L
D
 
M
Y
 
I
L
 
G
A
 
R
K
 
K
N
 
G
A
 
A
V
 
V
G
 
G
V
x
D
V
 
I
A
x
L
G
 
G
R
 
Y
F
 
F
I
 
F
D
 
D
A
 
A
Y
 
K
G
 
G
Q
 
D
P
 
V
V
 
V
A
 
T
G
 
N
-
 
I
P
 
K
L
 
I
D
 
H
D
 
N
R
 
E
T
 
L
I
 
I
G
 
G
I
 
L
T
 
P
L
 
L
D
 
S
R
 
A
L
 
L
R
 
K
M
 
T
I
 
I
D
 
P
M
 
V
R
 
R
I
 
V
A
 
G
V
 
V
A
 
A
G
 
G
G
 
G
F
 
E
D
 
N
K
 
K
V
 
A
P
 
E
A
 
A
I
 
I
L
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
M
R
 
K
G
 
G
G
 
G
Y
 
Y
I
 
I
N
 
N
V
 
A
L
 
L
I
 
V
T
 
T
D
 
D
A
 
Q
A
 
D
T
 
T
G
 
A
R
 
A
G
 
A
I
 
I
L
 
L
N
 
R
A
 
S

8r3gA Central glycolytic genes regulator (cggr) bound to DNA operator (see paper)
26% identity, 36% coverage: 80:330/694 of query aligns to 92:334/335 of 8r3gA

query
sites
8r3gA
L
 
L
G
 
G
S
 
L
L
 
T
A
 
L
I
 
L
A
 
E
Q
 
K
E
 
T
L
 
L
K
 
K
H
 
E
H
 
R
F
 
L
G
 
N
L
 
L
S
 
K
D
 
D
C
 
A
L
 
I
V
 
I
V
 
V
P
 
S
N
 
G
D
 
D
D
 
S
G
 
D
A
 
Q
H
 
S
P
 
P
L
 
W
I
 
V
D
 
K
R
 
K
-
 
E
L
 
M
G
 
G
T
 
R
A
 
A
G
 
A
A
 
V
Q
 
A
A
 
C
V
 
M
T
 
K
R
 
K
L
 
R
L
 
F
K
 
S
S
 
G
G
 
K
D
 
N
V
 
I
L
 
V
A
 
A
V
 
V
A
 
T
W
 
G
G
 
G
R
 
T
T
 
T
V
 
I
L
 
E
A
 
A
I
 
V
A
 
A
E
 
E
N
 
M
-
 
M
T
 
T
C
 
P
I
 
D
S
 
S
N
 
K
L
 
N
Q
 
R
D
 
E
V
 
L
T
 
L
V
 
F
V
 
V
Q
 
P
A
 
A
T
 
R
G
 
G
G
 
G
T
 
L
R
 
G
A
 
K
S
 
N
F
 
Q
A
 
A
Y
 
N
T
 
T
P
 
-
E
 
-
L
 
I
C
 
C
A
 
A
A
 
H
A
 
M
M
 
A
A
 
E
R
 
K
A
 
A
T
 
S
N
 
G
A
 
T
H
 
Y
L
 
R
V
 
L
N
 
-
I
 
L
T
 
F
A
 
V
P
 
P
A
 
G
I
 
Q
V
 
L
S
 
S
S
 
Q
A
 
G
D
 
-
V
 
A
K
 
Y
T
 
S
A
 
S
I
 
I
T
 
I
G
 
E
E
 
E
P
 
P
I
 
S
I
 
V
V
 
K
E
 
E
Q
 
V
F
 
L
Q
 
N
A
 
T
L
 
I
N
 
K
H
 
S
A
 
A
N
 
S
K
 
M
A
 
L
L
 
V
F
 
H
G
 
G
I
 
I
S
 
G
S
 
E
L
 
A
R
 
K
P
 
T
N
 
M
S
 
A
T
 
Q
I
 
R
H
 
R
T
 
N
S
 
T
G
 
P
F
 
L
F
 
E
E
 
D
N
 
L
V
 
K
S
 
K
I
 
I
Q
 
D
D
 
D
Y
 
-
L
 
-
A
 
-
K
 
N
N
 
D
A
 
A
V
 
V
G
 
T
V
 
E
V
 
A
A
 
F
G
 
G
R
 
Y
F
 
Y
I
 
F
D
 
N
A
 
A
Y
 
D
G
 
G
Q
 
E
P
 
V
V
 
V
A
 
H
G
 
K
P
 
V
L
 
-
D
 
-
D
 
-
R
 
H
T
 
S
I
 
V
G
 
G
I
 
M
T
 
Q
L
 
L
D
 
D
R
 
D
L
 
I
R
 
D
M
 
A
I
 
I
D
 
P
M
 
D
R
 
I
I
 
I
A
 
A
V
 
V
A
 
A
G
 
G
G
 
G
F
 
S
D
 
S
K
 
K
V
 
A
P
 
E
A
 
A
I
 
I
L
 
E
A
 
A
A
 
Y
L
 
F
R
 
K
G
 
K
G
 
P
Y
 
R
I
 
N
N
 
T
V
 
V
L
 
L
I
 
V
T
 
T
D
 
D
A
 
E
A
 
G
T
 
A
G
 
A
R
 
K
G
 
K
I
 
L
L
 
L

Sites not aligning to the query:

2okgB Structure of effector binding domain of central glycolytic gene regulator (cggr) from b. Subtilis (see paper)
25% identity, 36% coverage: 80:330/694 of query aligns to 5:250/251 of 2okgB

query
sites
2okgB
L
 
L
G
 
G
S
 
L
L
 
T
A
 
L
I
 
L
A
 
E
Q
 
K
E
 
T
L
 
L
K
 
K
H
 
E
H
 
R
F
 
L
G
 
N
L
 
L
S
 
K
D
 
D
C
 
A
L
 
I
V
 
I
V
 
V
P
 
S
N
 
G
D
 
D
D
 
S
G
 
D
A
 
Q
H
 
S
P
 
P
L
 
W
I
 
V
D
 
K
R
 
K
-
 
E
L
 
M
G
 
G
T
 
R
A
 
A
G
 
A
A
 
V
Q
 
A
A
 
C
V
 
M
T
 
K
R
 
K
L
 
R
L
 
F
K
 
S
S
 
G
G
 
K
D
 
N
V
 
I
L
 
V
A
 
A
V
 
V
A
 
T
W
 
G
G
|
G
R
x
T
T
|
T
V
 
I
L
 
E
A
 
A
I
 
V
A
 
A
E
 
E
N
 
M
-
 
M
T
 
T
C
 
P
I
 
D
S
 
S
N
 
K
L
 
N
Q
 
R
D
 
E
V
 
L
T
 
L
V
 
F
V
 
V
Q
 
P
A
 
A
T
 
R
G
 
G
G
 
G
T
 
L
R
 
G
A
 
E
S
 
D
F
 
V
A
 
K
Y
 
N
T
 
Q
P
 
A
E
 
N
L
 
T
C
 
I
A
 
C
A
 
A
A
 
H
M
 
M
A
 
A
R
 
E
A
 
K
T
 
A
N
 
S
A
 
G
H
 
T
L
 
Y
V
 
R
N
 
L
I
 
L
T
 
F
A
 
V
P
 
P
A
 
G
I
 
Q
V
 
L
S
 
S
S
 
Q
A
 
G
D
 
-
V
 
A
K
 
Y
T
 
S
A
 
S
I
 
I
T
 
I
G
 
E
E
 
E
P
 
P
I
 
S
I
 
V
V
 
K
E
 
E
Q
 
V
F
 
L
Q
 
N
A
 
T
L
 
I
N
 
K
H
 
S
A
 
A
N
 
S
K
 
M
A
 
L
L
 
V
F
 
H
G
 
G
I
|
I
S
 
G
S
 
E
L
 
A
R
 
K
P
 
T
N
x
M
S
 
A
T
 
Q
I
x
R
H
 
R
T
 
N
S
 
T
G
 
P
F
 
L
F
 
E
E
 
D
N
 
L
V
 
K
S
 
K
I
 
I
Q
 
D
D
 
D
Y
 
-
L
 
-
A
 
-
K
 
N
N
 
D
A
 
A
V
 
V
G
 
T
V
x
E
V
 
A
A
 
F
G
 
G
R
 
Y
F
 
Y
I
 
F
D
 
N
A
 
A
Y
 
D
G
 
G
Q
 
E
P
 
V
V
 
V
A
 
H
G
 
K
P
 
V
L
 
-
D
 
-
D
 
-
R
 
H
T
 
S
I
 
V
G
 
G
I
 
M
T
 
Q
L
 
L
D
 
D
R
 
D
L
 
I
R
 
D
M
 
A
I
 
I
D
 
P
M
 
D
R
 
I
I
 
I
A
 
A
V
 
V
A
 
A
G
 
G
G
 
G
F
 
S
D
 
S
K
|
K
V
 
A
P
 
E
A
 
A
I
 
I
L
 
E
A
 
A
A
 
Y
L
 
F
R
 
K
G
 
K
G
 
P
Y
 
R
I
 
N
N
 
T
V
 
V
L
 
L
I
 
V
T
 
T
D
 
D
A
 
E
A
 
G
T
 
A
G
 
A
R
 
K
G
 
K
I
 
L
L
 
L

3bxfA Crystal structure of effector binding domain of central glycolytic gene regulator (cggr) from bacillus subtilis in complex with effector fructose-1,6-bisphosphate (see paper)
25% identity, 36% coverage: 80:330/694 of query aligns to 7:252/253 of 3bxfA

query
sites
3bxfA
L
 
L
G
 
G
S
 
L
L
 
T
A
 
L
I
 
L
A
 
E
Q
 
K
E
 
T
L
 
L
K
 
K
H
 
E
H
 
R
F
 
L
G
 
N
L
 
L
S
 
K
D
 
D
C
 
A
L
 
I
V
 
I
V
 
V
P
 
S
N
 
G
D
 
D
D
 
S
G
 
D
A
 
Q
H
 
S
P
 
P
L
 
W
I
 
V
D
 
K
R
 
K
-
 
E
L
 
M
G
 
G
T
 
R
A
 
A
G
 
A
A
 
V
Q
 
A
A
 
C
V
 
M
T
 
K
R
 
K
L
 
R
L
 
F
K
 
S
S
 
G
G
 
K
D
 
N
V
 
I
L
 
V
A
 
A
V
 
V
A
x
T
W
x
G
G
 
G
R
x
T
T
|
T
V
 
I
L
 
E
A
 
A
I
 
V
A
 
A
E
 
E
N
 
M
-
 
M
T
 
T
C
 
P
I
 
D
S
 
S
N
 
K
L
 
N
Q
 
R
D
 
E
V
 
L
T
 
L
V
 
F
V
 
V
Q
 
P
A
 
A
T
x
R
G
 
G
G
 
G
T
 
L
R
 
G
A
 
E
S
 
D
F
 
V
A
 
K
Y
 
N
T
x
Q
P
 
A
E
 
N
L
 
T
C
 
I
A
 
C
A
 
A
A
 
H
M
 
M
A
 
A
R
 
E
A
 
K
T
 
A
N
 
S
A
 
G
H
 
T
L
 
Y
V
 
R
N
 
L
I
 
L
T
 
F
A
 
V
P
 
P
A
 
G
I
 
Q
V
 
L
S
 
S
S
 
Q
A
 
G
D
 
-
V
 
A
K
 
Y
T
 
S
A
 
S
I
 
I
T
 
I
G
 
E
E
 
E
P
 
P
I
 
S
I
 
V
V
 
K
E
 
E
Q
 
V
F
 
L
Q
 
N
A
 
T
L
 
I
N
 
K
H
 
S
A
 
A
N
 
S
K
 
M
A
 
L
L
 
V
F
 
H
G
 
G
I
 
I
S
x
G
S
 
E
L
 
A
R
 
K
P
 
T
N
x
M
S
 
A
T
 
Q
I
x
R
H
x
R
T
 
N
S
 
T
G
 
P
F
 
L
F
 
E
E
 
D
N
 
L
V
 
K
S
 
K
I
 
I
Q
 
D
D
 
D
Y
 
-
L
 
-
A
 
-
K
 
N
N
 
D
A
 
A
V
 
V
G
 
T
V
x
E
V
 
A
A
 
F
G
 
G
R
 
Y
F
 
Y
I
 
F
D
 
N
A
 
A
Y
 
D
G
 
G
Q
 
E
P
 
V
V
 
V
A
 
H
G
 
K
P
 
V
L
 
-
D
 
-
D
 
-
R
 
H
T
 
S
I
 
V
G
 
G
I
 
M
T
 
Q
L
 
L
D
 
D
R
 
D
L
 
I
R
 
D
M
 
A
I
 
I
D
 
P
M
 
D
R
 
I
I
 
I
A
 
A
V
 
V
A
 
A
G
 
G
G
 
G
F
 
S
D
 
S
K
|
K
V
 
A
P
 
E
A
 
A
I
 
I
L
 
E
A
 
A
A
 
Y
L
 
F
R
 
K
G
 
K
G
 
P
Y
 
R
I
 
N
N
 
T
V
 
V
L
 
L
I
 
V
T
 
T
D
 
D
A
 
E
A
 
G
T
 
A
G
 
A
R
 
K
G
 
K
I
 
L
L
 
L

3bxhA Crystal structure of effector binding domain of central glycolytic gene regulator (cggr) from bacillus subtilis in complex with fructose-6-phosphate (see paper)
25% identity, 35% coverage: 85:330/694 of query aligns to 5:245/248 of 3bxhA

query
sites
3bxhA
I
 
L
A
 
E
Q
 
K
E
 
T
L
 
L
K
 
K
H
 
E
H
 
R
F
 
L
G
 
N
L
 
L
S
 
K
D
 
D
C
 
A
L
 
I
V
 
I
V
 
V
P
 
S
N
 
G
D
 
D
D
 
S
G
 
D
A
 
Q
H
 
S
P
 
P
L
 
W
I
 
V
D
 
K
R
 
K
-
 
E
L
 
M
G
 
G
T
 
R
A
 
A
G
 
A
A
 
V
Q
 
A
A
 
C
V
 
M
T
 
K
R
 
K
L
 
R
L
 
F
K
 
S
S
 
G
G
 
K
D
 
N
V
 
I
L
 
V
A
 
A
V
 
V
A
x
T
W
x
G
G
 
G
R
x
T
T
|
T
V
 
I
L
 
E
A
 
A
I
 
V
A
 
A
E
 
E
N
 
M
-
 
M
T
 
T
C
 
P
I
 
D
S
 
S
N
 
K
L
 
N
Q
 
R
D
 
E
V
 
L
T
 
L
V
 
F
V
 
V
Q
 
P
A
 
A
T
 
R
G
 
G
G
 
G
T
 
L
R
 
G
A
x
E
S
 
D
F
 
V
A
 
K
Y
 
N
T
 
Q
P
 
A
E
 
N
L
 
T
C
 
I
A
 
C
A
 
A
A
 
H
M
 
M
A
 
A
R
 
E
A
 
K
T
 
A
N
 
S
A
 
G
H
 
T
L
 
Y
V
 
R
N
 
L
I
 
L
T
 
F
A
 
V
P
 
P
A
 
G
I
 
Q
V
 
L
S
 
S
S
 
Q
A
 
G
D
 
-
V
 
A
K
 
Y
T
 
S
A
 
S
I
 
I
T
 
I
G
 
E
E
 
E
P
 
P
I
 
S
I
 
V
V
 
K
E
 
E
Q
 
V
F
 
L
Q
 
N
A
 
T
L
 
I
N
 
K
H
 
S
A
 
A
N
 
S
K
 
M
A
 
L
L
 
V
F
 
H
G
 
G
I
 
I
S
x
G
S
 
E
L
 
A
R
 
K
P
 
T
N
x
M
S
 
A
T
 
Q
I
x
R
H
x
R
T
 
N
S
 
T
G
 
P
F
 
L
F
 
E
E
 
D
N
 
L
V
 
K
S
 
K
I
 
I
Q
 
D
D
 
D
Y
 
-
L
 
-
A
 
-
K
 
N
N
 
D
A
 
A
V
 
V
G
 
T
V
x
E
V
 
A
A
x
F
G
 
G
R
 
Y
F
 
Y
I
 
F
D
 
N
A
 
A
Y
 
D
G
 
G
Q
 
E
P
 
V
V
 
V
A
 
H
G
 
K
P
 
V
L
 
-
D
 
-
D
 
-
R
 
H
T
 
S
I
 
V
G
 
G
I
 
M
T
 
Q
L
 
L
D
 
D
R
 
D
L
 
I
R
 
D
M
 
A
I
 
I
D
 
P
M
 
D
R
 
I
I
 
I
A
 
A
V
 
V
A
 
A
G
 
G
G
 
G
F
 
S
D
 
S
K
|
K
V
 
A
P
 
E
A
 
A
I
 
I
L
 
E
A
 
A
A
 
Y
L
 
F
R
 
K
G
 
K
G
 
P
Y
 
R
I
 
N
N
 
T
V
 
V
L
 
L
I
 
V
T
 
T
D
 
D
A
 
E
A
 
G
T
 
A
G
 
A
R
 
K
G
 
K
I
 
L
L
 
L

3bxgA Crystal structure of effector binding domain of central glycolytic gene regulator (cggr) from bacillus subtilis in complex with glucose- 6-phosphate (see paper)
25% identity, 35% coverage: 85:330/694 of query aligns to 5:245/247 of 3bxgA

query
sites
3bxgA
I
 
L
A
 
E
Q
 
K
E
 
T
L
 
L
K
 
K
H
 
E
H
 
R
F
 
L
G
 
N
L
 
L
S
 
K
D
 
D
C
 
A
L
 
I
V
 
I
V
 
V
P
 
S
N
 
G
D
 
D
D
 
S
G
 
D
A
 
Q
H
 
S
P
 
P
L
 
W
I
 
V
D
 
K
R
 
K
-
 
E
L
 
M
G
 
G
T
 
R
A
 
A
G
 
A
A
 
V
Q
 
A
A
 
C
V
 
M
T
 
K
R
 
K
L
 
R
L
 
F
K
 
S
S
 
G
G
 
K
D
 
N
V
 
I
L
 
V
A
 
A
V
 
V
A
x
T
W
 
G
G
|
G
R
x
T
T
|
T
V
 
I
L
 
E
A
 
A
I
 
V
A
 
A
E
 
E
N
 
M
-
 
M
T
 
T
C
 
P
I
 
D
S
 
S
N
 
K
L
 
N
Q
 
R
D
 
E
V
 
L
T
 
L
V
 
F
V
 
V
Q
 
P
A
 
A
T
 
R
G
 
G
G
 
G
T
 
L
R
 
G
A
x
E
S
 
D
F
 
V
A
 
K
Y
 
N
T
 
Q
P
 
A
E
 
N
L
 
T
C
 
I
A
 
C
A
 
A
A
 
H
M
 
M
A
 
A
R
 
E
A
 
K
T
 
A
N
 
S
A
 
G
H
 
T
L
 
Y
V
 
R
N
 
L
I
 
L
T
 
F
A
 
V
P
 
P
A
 
G
I
 
Q
V
 
L
S
 
S
S
 
Q
A
 
G
D
 
-
V
 
A
K
 
Y
T
 
S
A
 
S
I
 
I
T
 
I
G
 
E
E
 
E
P
 
P
I
 
S
I
 
V
V
 
K
E
 
E
Q
 
V
F
 
L
Q
 
N
A
 
T
L
 
I
N
 
K
H
 
S
A
 
A
N
 
S
K
 
M
A
 
L
L
 
V
F
 
H
G
|
G
I
|
I
S
 
G
S
 
E
L
 
A
R
 
K
P
 
T
N
x
M
S
 
A
T
 
Q
I
x
R
H
x
R
T
 
N
S
 
T
G
 
P
F
 
L
F
 
E
E
 
D
N
 
L
V
 
K
S
 
K
I
 
I
Q
 
D
D
 
D
Y
 
-
L
 
-
A
 
-
K
 
N
N
 
D
A
 
A
V
 
V
G
 
T
V
x
E
V
 
A
A
x
F
G
 
G
R
 
Y
F
 
Y
I
 
F
D
 
N
A
 
A
Y
 
D
G
 
G
Q
 
E
P
 
V
V
 
V
A
 
H
G
 
K
P
 
V
L
 
-
D
 
-
D
 
-
R
 
H
T
 
S
I
 
V
G
 
G
I
 
M
T
 
Q
L
 
L
D
 
D
R
 
D
L
 
I
R
 
D
M
 
A
I
 
I
D
 
P
M
 
D
R
 
I
I
 
I
A
 
A
V
 
V
A
 
A
G
 
G
G
 
G
F
 
S
D
 
S
K
|
K
V
 
A
P
 
E
A
 
A
I
 
I
L
 
E
A
 
A
A
 
Y
L
 
F
R
 
K
G
 
K
G
 
P
Y
 
R
I
 
N
N
 
T
V
 
V
L
 
L
I
 
V
T
 
T
D
 
D
A
 
E
A
 
G
T
 
A
G
 
A
R
 
K
G
 
K
I
 
L
L
 
L

Query Sequence

>WP_008507122.1 NCBI__GCF_000182725.1:WP_008507122.1
MAPQGKTTAGKIGQAEPADGIPLRYGDDPYVWACWLYYEDGRTQGEIANIMGISRATVNS
YLADARNRGIVNISIEPARLGSLAIAQELKHHFGLSDCLVVPNDDGAHPLIDRLGTAGAQ
AVTRLLKSGDVLAVAWGRTVLAIAENTCISNLQDVTVVQATGGTRASFAYTPELCAAAMA
RATNAHLVNITAPAIVSSADVKTAITGEPIIVEQFQALNHANKALFGISSLRPNSTIHTS
GFFENVSIQDYLAKNAVGVVAGRFIDAYGQPVAGPLDDRTIGITLDRLRMIDMRIAVAGG
FDKVPAILAALRGGYINVLITDAATGRGILNADGVTGIDSKLSQKLRAEPAANASSHYRT
HIKKFLNSPDDVVEEMLDGATKAHRSYLVPINGSKRALVARNGPRAGKVGLVIGGGSGHE
PCFLGYVGKGLADAVAIGNVFSSPPPAPILECARAASGGEGVLFVYGNYVGDVMNFEMAA
EMAQDADIPTRTVLTTDDISSSPIEDRDGRRGVAGNFFIFKVAGAACDRGMSLEACEAVT
RKANRHTYTMGVALEPCSLPQTRRHNFEIGAEEMEIGMGIHGERGVIREKMMPADAIVDH
IMDRIFSEMNASPGDRVAVLVNSFGSTPLMELYVLFRRVEQRLSAKHITIEANWVGHYCT
SLDMNGASISVMHLDQELSDLLSHPCDTAFLRVN

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory