SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_008509924.1 NCBI__GCF_000182725.1:WP_008509924.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 4 hits to proteins with known functional sites (download)

2x65B Crystal structure of t. Maritima gdp-mannose pyrophosphorylase in complex with mannose-1-phosphate. (see paper)
34% identity, 73% coverage: 6:348/471 of query aligns to 5:332/334 of 2x65B

query
sites
2x65B
V
 
L
I
 
I
I
 
L
S
 
A
G
 
G
G
 
G
S
|
S
G
 
G
S
x
E
R
|
R
L
 
F
W
 
W
P
 
P
L
 
L
S
 
S
R
 
T
D
 
P
A
 
E
H
 
T
P
 
P
K
 
K
P
 
Q
F
 
F
I
 
L
K
 
K
L
 
L
P
 
F
D
 
G
G
 
N
E
 
K
T
 
S
L
 
L
I
 
M
G
 
R
K
 
W
T
 
T
Y
 
F
A
 
E
R
 
R
A
 
V
S
 
L
R
 
E
L
 
E
A
 
M
N
 
D
V
 
P
E
 
K
Q
 
D
I
 
V
L
 
I
T
 
V
V
 
V
T
 
T
N
 
H
R
 
K
D
 
D
F
 
Y
L
 
V
F
 
E
L
 
R
T
 
T
L
 
K
D
 
K
A
 
E
Y
 
L
A
 
P
A
 
E
A
 
L
G
 
P
A
 
-
A
 
-
Q
 
-
M
 
-
E
 
D
N
 
E
T
 
N
F
 
I
L
 
I
L
 
A
E
 
E
P
 
P
L
 
M
G
 
K
R
 
K
D
 
N
T
 
T
A
 
A
P
 
P
A
 
A
V
 
C
A
 
F
L
 
I
A
 
G
A
 
T
L
 
K
H
 
L
A
 
A
A
 
D
E
 
D
A
 
-
Y
 
-
G
 
-
P
 
-
D
 
D
A
 
E
T
 
P
L
 
V
L
 
L
V
 
V
M
 
L
P
 
P
A
 
A
D
 
D
H
|
H
L
 
R
I
 
I
E
 
P
D
 
D
E
 
T
Q
 
K
A
 
K
F
 
F
A
 
W
E
 
K
A
 
T
V
 
V
A
 
K
K
 
K
A
 
A
-
 
L
R
 
D
A
 
A
L
 
L
A
 
E
E
 
K
A
 
Y
G
 
D
R
 
G
I
 
L
V
 
F
T
 
T
F
 
F
G
 
G
I
 
I
V
 
V
P
 
P
D
 
T
R
 
R
P
 
P
E
 
E
T
 
T
G
 
G
F
x
Y
G
|
G
Y
 
Y
I
 
I
E
 
E
V
 
I
Q
 
G
G
 
E
T
 
E
-
 
L
-
 
E
-
 
E
-
 
G
-
 
V
-
 
H
D
 
K
V
 
V
Q
 
A
R
 
Q
F
 
F
V
 
R
E
|
E
K
|
K
P
 
P
D
 
D
E
 
L
A
 
E
T
 
T
A
 
A
Q
 
K
T
 
K
Y
 
F
V
 
V
E
 
E
S
 
S
G
 
G
R
 
R
Y
 
F
F
 
L
W
 
W
N
|
N
S
|
S
G
 
G
M
 
M
F
 
F
C
 
L
F
 
W
K
 
K
A
 
A
S
 
R
S
 
E
M
 
F
I
 
I
D
 
E
A
 
E
M
 
V
Q
 
K
R
 
V
H
 
C
A
 
E
P
 
P
Q
 
S
V
 
I
L
 
Y
A
 
E
G
 
N
A
 
L
R
 
K
A
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
Q
 
-
A
 
-
R
 
-
R
 
-
G
 
-
N
 
-
N
 
D
G
 
V
E
 
D
T
 
P
K
 
R
T
 
N
L
 
F
E
 
E
I
 
E
A
 
L
R
 
K
D
 
K
E
 
A
F
 
Y
A
 
E
A
 
K
T
 
V
P
 
P
A
 
S
I
 
I
S
 
S
I
 
V
D
|
D
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
M
 
M
E
 
E
K
 
K
A
 
S
D
 
K
N
 
K
M
 
V
A
 
R
C
 
V
V
 
V
P
 
K
V
 
A
S
 
D
C
 
F
G
 
E
W
|
W
S
 
S
D
 
D
I
 
L
G
 
G
S
 
N
W
 
W
A
 
S
A
 
S
M
 
V
A
 
R
D
 
E
L
 
I
V
 
-
T
 
-
P
 
-
D
 
-
E
 
E
N
 
G
G
 
Y
N
 
T
R
 
E
L
 
E
R
 
S
G
 
D
E
 
E
T
 
V
V
 
I
L
 
L
E
 
V
D
 
D
T
 
S
T
 
D
N
 
R
S
 
V
F
 
F
V
 
V
L
 
K
S
 
T
E
 
H
T
 
N
R
 
K
L
 
P
V
 
I
S
 
A
L
 
V
V
 
V
G
 
G
V
 
L
H
 
S
D
 
D
L
 
V
L
 
I
V
 
V
V
 
I
D
 
D
T
 
T
P
 
P
D
 
N
A
 
G
L
 
I
L
 
L
V
 
I
A
 
C
H
 
K
R
 
E
D
 
E
K
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
E
 
K
V
 
V
R
|
R
S
 
E
V
 
V
F
 
V
N
 
K
K
 
K
L
 
L

2x65A Crystal structure of t. Maritima gdp-mannose pyrophosphorylase in complex with mannose-1-phosphate. (see paper)
34% identity, 73% coverage: 6:348/471 of query aligns to 5:332/334 of 2x65A

query
sites
2x65A
V
 
L
I
 
I
I
 
L
S
 
A
G
 
G
G
 
G
S
 
S
G
 
G
S
 
E
R
 
R
L
 
F
W
 
W
P
 
P
L
 
L
S
 
S
R
 
T
D
 
P
A
 
E
H
 
T
P
 
P
K
 
K
P
 
Q
F
 
F
I
 
L
K
 
K
L
 
L
P
 
F
D
 
G
G
 
N
E
 
K
T
 
S
L
 
L
I
 
M
G
 
R
K
 
W
T
 
T
Y
 
F
A
 
E
R
 
R
A
 
V
S
 
L
R
 
E
L
 
E
A
 
M
N
 
D
V
 
P
E
 
K
Q
 
D
I
 
V
L
 
I
T
 
V
V
 
V
T
 
T
N
 
H
R
 
K
D
 
D
F
 
Y
L
 
V
F
 
E
L
 
R
T
 
T
L
 
K
D
 
K
A
 
E
Y
 
L
A
 
P
A
 
E
A
 
L
G
 
P
A
 
-
A
 
-
Q
 
-
M
 
-
E
 
D
N
 
E
T
 
N
F
 
I
L
 
I
L
 
A
E
 
E
P
 
P
L
 
M
G
 
K
R
 
K
D
 
N
T
 
T
A
 
A
P
 
P
A
 
A
V
 
C
A
 
F
L
 
I
A
 
G
A
 
T
L
 
K
H
 
L
A
 
A
A
 
D
E
 
D
A
 
-
Y
 
-
G
 
-
P
 
-
D
 
D
A
 
E
T
 
P
L
 
V
L
 
L
V
 
V
M
 
L
P
 
P
A
 
A
D
 
D
H
|
H
L
 
R
I
 
I
E
 
P
D
 
D
E
 
T
Q
 
K
A
 
K
F
 
F
A
 
W
E
 
K
A
 
T
V
 
V
A
 
K
K
 
K
A
 
A
-
 
L
R
 
D
A
 
A
L
 
L
A
 
E
E
 
K
A
 
Y
G
 
D
R
 
G
I
 
L
V
 
F
T
 
T
F
 
F
G
 
G
I
 
I
V
 
V
P
 
P
D
 
T
R
 
R
P
 
P
E
 
E
T
 
T
G
 
G
F
x
Y
G
|
G
Y
 
Y
I
 
I
E
 
E
V
 
I
Q
 
G
G
 
E
T
 
E
-
 
L
-
 
E
-
 
E
-
 
G
-
 
V
-
 
H
D
 
K
V
 
V
Q
 
A
R
 
Q
F
 
F
V
 
R
E
|
E
K
|
K
P
 
P
D
 
D
E
 
L
A
 
E
T
 
T
A
 
A
Q
 
K
T
 
K
Y
 
F
V
 
V
E
 
E
S
 
S
G
 
G
R
 
R
Y
 
F
F
 
L
W
 
W
N
|
N
S
|
S
G
 
G
M
 
M
F
 
F
C
 
L
F
 
W
K
 
K
A
 
A
S
 
R
S
 
E
M
 
F
I
 
I
D
 
E
A
 
E
M
 
V
Q
 
K
R
 
V
H
 
C
A
 
E
P
 
P
Q
 
S
V
 
I
L
 
Y
A
 
E
G
 
N
A
 
L
R
 
K
A
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
Q
 
-
A
 
-
R
 
-
R
 
-
G
 
-
N
 
-
N
 
D
G
 
V
E
 
D
T
 
P
K
 
R
T
 
N
L
 
F
E
 
E
I
 
E
A
 
L
R
 
K
D
 
K
E
 
A
F
 
Y
A
 
E
A
 
K
T
 
V
P
 
P
A
 
S
I
 
I
S
 
S
I
 
V
D
|
D
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
M
 
M
E
 
E
K
 
K
A
 
S
D
 
K
N
 
K
M
 
V
A
 
R
C
 
V
V
 
V
P
 
K
V
 
A
S
 
D
C
 
F
G
 
E
W
 
W
S
 
S
D
 
D
I
 
L
G
 
G
S
 
N
W
 
W
A
 
S
A
 
S
M
 
V
A
 
R
D
 
E
L
 
I
V
 
-
T
 
-
P
 
-
D
 
-
E
 
E
N
 
G
G
 
Y
N
 
T
R
 
E
L
 
E
R
 
S
G
 
D
E
 
E
T
 
V
V
 
I
L
 
L
E
 
V
D
 
D
T
 
S
T
 
D
N
 
R
S
 
V
F
 
F
V
 
V
L
 
K
S
 
T
E
 
H
T
 
N
R
 
K
L
 
P
V
 
I
S
 
A
L
 
V
V
 
V
G
 
G
V
 
L
H
 
S
D
 
D
L
 
V
L
 
I
V
 
V
V
 
I
D
 
D
T
 
T
P
 
P
D
 
N
A
 
G
L
 
I
L
 
L
V
 
I
A
 
C
H
 
K
R
 
E
D
 
E
K
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
E
 
K
V
 
V
R
 
R
S
 
E
V
 
V
F
 
V
N
 
K
K
 
K
L
 
L

2x60A Crystal structure of t. Maritima gdp-mannose pyrophosphorylase in complex with gtp. (see paper)
34% identity, 73% coverage: 6:348/471 of query aligns to 5:332/333 of 2x60A

query
sites
2x60A
V
 
L
I
 
I
I
x
L
S
x
A
G
|
G
G
|
G
S
 
S
G
|
G
S
x
E
R
|
R
L
 
F
W
 
W
P
 
P
L
 
L
S
 
S
R
 
T
D
 
P
A
 
E
H
 
T
P
 
P
K
|
K
P
 
Q
F
 
F
I
 
L
K
 
K
L
 
L
P
 
F
D
 
G
G
 
N
E
 
K
T
 
S
L
 
L
I
 
M
G
 
R
K
 
W
T
 
T
Y
 
F
A
 
E
R
 
R
A
 
V
S
 
L
R
 
E
L
 
E
A
 
M
N
 
D
V
 
P
E
 
K
Q
 
D
I
 
V
L
 
I
T
 
V
V
|
V
T
 
T
N
 
H
R
 
K
D
 
D
F
 
Y
L
 
V
F
 
E
L
 
R
T
 
T
L
 
K
D
 
K
A
 
E
Y
 
L
A
 
P
A
 
E
A
 
L
G
 
P
A
 
-
A
 
-
Q
 
-
M
 
-
E
 
D
N
 
E
T
 
N
F
 
I
L
 
I
L
 
A
E
|
E
P
 
P
L
 
M
G
 
K
R
 
K
D
x
N
T
 
T
A
 
A
P
 
P
A
|
A
V
 
C
A
 
F
L
 
I
A
 
G
A
 
T
L
 
K
H
 
L
A
 
A
A
 
D
E
 
D
A
 
-
Y
 
-
G
 
-
P
 
-
D
 
D
A
 
E
T
 
P
L
 
V
L
 
L
V
 
V
M
 
L
P
 
P
A
|
A
D
 
D
H
 
H
L
 
R
I
 
I
E
 
P
D
 
D
E
 
T
Q
 
K
A
 
K
F
 
F
A
 
W
E
 
K
A
 
T
V
 
V
A
 
K
K
 
K
A
 
A
-
 
L
R
 
D
A
 
A
L
 
L
A
 
E
E
 
K
A
 
Y
G
 
D
R
 
G
I
 
L
V
 
F
T
 
T
F
 
F
G
 
G
I
 
I
V
 
V
P
 
P
D
 
T
R
 
R
P
 
P
E
 
E
T
 
T
G
 
G
F
 
Y
G
 
G
Y
 
Y
I
 
I
E
 
E
V
 
I
Q
 
G
G
 
E
T
 
E
-
 
L
-
 
E
-
 
E
-
 
G
-
 
V
-
 
H
D
 
K
V
 
V
Q
 
A
R
 
Q
F
 
F
V
 
R
E
 
E
K
 
K
P
 
P
D
 
D
E
 
L
A
 
E
T
 
T
A
 
A
Q
 
K
T
 
K
Y
 
F
V
 
V
E
 
E
S
 
S
G
 
G
R
 
R
Y
 
F
F
 
L
W
 
W
N
 
N
S
 
S
G
 
G
M
 
M
F
 
F
C
 
L
F
 
W
K
 
K
A
 
A
S
 
R
S
 
E
M
 
F
I
 
I
D
 
E
A
 
E
M
 
V
Q
 
K
R
 
V
H
 
C
A
 
E
P
 
P
Q
 
S
V
 
I
L
 
Y
A
 
E
G
 
N
A
 
L
R
 
K
A
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
Q
 
-
A
 
-
R
 
-
R
 
-
G
 
-
N
 
-
N
 
D
G
 
V
E
 
D
T
 
P
K
 
R
T
 
N
L
 
F
E
 
E
I
 
E
A
 
L
R
 
K
D
 
K
E
 
A
F
 
Y
A
 
E
A
 
K
T
 
V
P
 
P
A
 
S
I
 
I
S
 
S
I
 
V
D
 
D
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
M
 
M
E
 
E
K
 
K
A
 
S
D
 
K
N
 
K
M
 
V
A
 
R
C
 
V
V
 
V
P
 
K
V
 
A
S
 
D
C
 
F
G
 
E
W
 
W
S
 
S
D
 
D
I
 
L
G
 
G
S
 
N
W
 
W
A
 
S
A
 
S
M
 
V
A
 
R
D
 
E
L
 
I
V
 
-
T
 
-
P
 
-
D
 
-
E
 
E
N
 
G
G
 
Y
N
 
T
R
 
E
L
 
E
R
 
S
G
 
D
E
 
E
T
 
V
V
 
I
L
 
L
E
 
V
D
 
D
T
 
S
T
 
D
N
 
R
S
 
V
F
 
F
V
 
V
L
 
K
S
 
T
E
 
H
T
 
N
R
 
K
L
 
P
V
 
I
S
 
A
L
 
V
V
 
V
G
 
G
V
 
L
H
 
S
D
 
D
L
 
V
L
 
I
V
 
V
V
 
I
D
 
D
T
 
T
P
 
P
D
 
N
A
 
G
L
 
I
L
 
L
V
 
I
A
 
C
H
 
K
R
 
E
D
 
E
K
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
E
 
K
V
 
V
R
 
R
S
 
E
V
 
V
F
 
V
N
 
K
K
 
K
L
 
L

2x5zA Crystal structure of t. Maritima gdp-mannose pyrophosphorylase in complex with gdp-mannose. (see paper)
34% identity, 73% coverage: 6:348/471 of query aligns to 5:332/333 of 2x5zA

query
sites
2x5zA
V
 
L
I
 
I
I
x
L
S
 
A
G
|
G
G
|
G
S
 
S
G
 
G
S
 
E
R
 
R
L
 
F
W
 
W
P
 
P
L
 
L
S
 
S
R
 
T
D
 
P
A
 
E
H
 
T
P
 
P
K
 
K
P
 
Q
F
 
F
I
 
L
K
 
K
L
 
L
P
 
F
D
 
G
G
 
N
E
 
K
T
 
S
L
 
L
I
 
M
G
 
R
K
 
W
T
 
T
Y
 
F
A
 
E
R
 
R
A
 
V
S
 
L
R
 
E
L
 
E
A
 
M
N
 
D
V
 
P
E
 
K
Q
 
D
I
 
V
L
 
I
T
 
V
V
|
V
T
 
T
N
 
H
R
 
K
D
 
D
F
 
Y
L
 
V
F
 
E
L
 
R
T
 
T
L
 
K
D
 
K
A
 
E
Y
 
L
A
 
P
A
 
E
A
 
L
G
 
P
A
 
-
A
 
-
Q
 
-
M
 
-
E
 
D
N
 
E
T
 
N
F
 
I
L
 
I
L
 
A
E
|
E
P
 
P
L
 
M
G
x
K
R
 
K
D
x
N
T
 
T
A
 
A
P
 
P
A
 
A
V
 
C
A
 
F
L
 
I
A
 
G
A
 
T
L
 
K
H
 
L
A
 
A
A
 
D
E
 
D
A
 
-
Y
 
-
G
 
-
P
 
-
D
 
D
A
 
E
T
 
P
L
 
V
L
 
L
V
 
V
M
 
L
P
|
P
A
 
A
D
|
D
H
|
H
L
 
R
I
 
I
E
 
P
D
 
D
E
 
T
Q
 
K
A
 
K
F
 
F
A
 
W
E
 
K
A
 
T
V
 
V
A
 
K
K
 
K
A
 
A
-
 
L
R
 
D
A
 
A
L
 
L
A
 
E
E
 
K
A
 
Y
G
 
D
R
 
G
I
 
L
V
 
F
T
 
T
F
 
F
G
 
G
I
 
I
V
 
V
P
 
P
D
 
T
R
 
R
P
 
P
E
 
E
T
 
T
G
 
G
F
x
Y
G
|
G
Y
 
Y
I
 
I
E
 
E
V
 
I
Q
 
G
G
 
E
T
 
E
-
 
L
-
 
E
-
 
E
-
 
G
-
 
V
-
 
H
D
 
K
V
 
V
Q
 
A
R
 
Q
F
 
F
V
 
R
E
|
E
K
|
K
P
 
P
D
 
D
E
 
L
A
 
E
T
 
T
A
 
A
Q
 
K
T
 
K
Y
 
F
V
 
V
E
 
E
S
 
S
G
 
G
R
 
R
Y
 
F
F
 
L
W
 
W
N
|
N
S
|
S
G
 
G
M
 
M
F
 
F
C
 
L
F
 
W
K
 
K
A
 
A
S
 
R
S
 
E
M
 
F
I
 
I
D
 
E
A
 
E
M
 
V
Q
 
K
R
 
V
H
 
C
A
 
E
P
 
P
Q
 
S
V
 
I
L
 
Y
A
 
E
G
 
N
A
 
L
R
 
K
A
 
-
A
 
-
L
 
-
A
 
-
Q
 
-
A
 
-
R
 
-
R
 
-
G
 
-
N
 
-
N
 
D
G
 
V
E
 
D
T
 
P
K
 
R
T
 
N
L
 
F
E
 
E
I
 
E
A
 
L
R
 
K
D
 
K
E
 
A
F
 
Y
A
 
E
A
 
K
T
 
V
P
 
P
A
 
S
I
 
I
S
 
S
I
 
V
D
|
D
Y
 
Y
A
 
A
V
 
V
M
 
M
E
 
E
K
 
K
A
 
S
D
 
K
N
 
K
M
 
V
A
 
R
C
 
V
V
 
V
P
 
K
V
 
A
S
 
D
C
 
F
G
 
E
W
|
W
S
 
S
D
|
D
I
 
L
G
 
G
S
 
N
W
 
W
A
 
S
A
 
S
M
 
V
A
 
R
D
 
E
L
 
I
V
 
-
T
 
-
P
 
-
D
 
-
E
 
E
N
 
G
G
 
Y
N
 
T
R
 
E
L
 
E
R
 
S
G
 
D
E
 
E
T
 
V
V
 
I
L
 
L
E
 
V
D
 
D
T
 
S
T
 
D
N
 
R
S
 
V
F
 
F
V
 
V
L
 
K
S
 
T
E
 
H
T
 
N
R
 
K
L
 
P
V
 
I
S
 
A
L
 
V
V
 
V
G
 
G
V
 
L
H
 
S
D
 
D
L
 
V
L
 
I
V
 
V
V
 
I
D
 
D
T
 
T
P
 
P
D
 
N
A
 
G
L
 
I
L
 
L
V
 
I
A
 
C
H
 
K
R
 
E
D
 
E
K
 
Y
A
 
A
Q
 
Q
E
 
K
V
 
V
R
 
R
S
 
E
V
 
V
F
 
V
N
 
K
K
 
K
L
 
L

Query Sequence

>WP_008509924.1 NCBI__GCF_000182725.1:WP_008509924.1
MSFIPVIISGGSGSRLWPLSRDAHPKPFIKLPDGETLIGKTYARASRLANVEQILTVTNR
DFLFLTLDAYAAAGAAQMENTFLLEPLGRDTAPAVALAALHAAEAYGPDATLLVMPADHL
IEDEQAFAEAVAKARALAEAGRIVTFGIVPDRPETGFGYIEVQGTDVQRFVEKPDEATAQ
TYVESGRYFWNSGMFCFKASSMIDAMQRHAPQVLAGARAALAQARRGNNGETKTLEIARD
EFAATPAISIDYAVMEKADNMACVPVSCGWSDIGSWAAMADLVTPDENGNRLRGETVLED
TTNSFVLSETRLVSLVGVHDLLVVDTPDALLVAHRDKAQEVRSVFNKLRKQGHEAAKLHR
TAHRPWGTYTVLEEGDGFKIKRIEVKPGRRLSLQAHHHRSEHWIVVSGTAKVTNGDREIL
LTTNQSTYIPCGFRHRLENPGILPLVLIEVQSGEYLGEDDIVRYDDVYGRV

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory