SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_008538997.1 NCBI__GCF_000245775.1:WP_008538997.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 5 hits to proteins with known functional sites (download)

P69801 PTS system mannose-specific EIIC component; EII-P-Man; EIIC-Man; Mannose permease IIC component from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
71% identity, 100% coverage: 1:272/272 of query aligns to 1:266/266 of P69801

query
sites
P69801
M
 
M
E
 
E
L
 
I
S
 
T
G
 
T
V
 
L
Q
 
Q
L
 
I
I
 
V
A
 
L
I
 
V
F
 
F
I
 
I
V
 
V
S
 
A
A
 
C
I
 
I
A
 
A
G
 
G
M
 
M
G
 
G
S
 
S
V
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
T
 
F
H
 
H
R
 
R
P
 
P
L
 
L
I
 
I
A
 
A
C
 
C
T
 
T
L
 
L
V
 
V
G
 
G
A
 
I
I
 
V
L
 
L
G
 
G
D
 
D
M
 
M
T
 
K
T
 
T
G
 
G
I
 
I
I
 
I
I
 
I
G
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
L
E
 
E
M
 
M
I
 
I
A
 
A
L
 
L
G
 
G
W
 
W
M
 
M
N
|
N
V
 
I
G
 
G
A
 
A
A
 
A
M
 
V
A
 
A
P
 
P
D
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
S
V
 
I
I
 
I
S
 
S
T
 
T
I
 
I
L
 
L
V
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
H
 
H
Q
 
Q
S
 
S
I
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
I
 
L
A
 
A
M
 
I
P
 
P
L
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
L
 
L
T
 
T
I
 
I
I
 
I
C
 
V
R
 
R
T
 
T
I
 
I
T
 
T
V
 
V
V
 
A
F
 
F
Q
 
Q
H
 
H
K
 
A
A
 
A
D
 
D
G
 
K
F
 
A
A
 
A
Q
 
D
E
 
N
G
 
G
N
 
N
L
 
L
R
 
T
G
 
A
I
 
I
D
 
S
I
 
W
C
 
I
H
 
H
L
 
V
G
 
S
A
 
S
L
 
L
L
 
F
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
L
 
M
R
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
I
P
 
P
S
 
A
L
 
V
L
 
I
V
 
V
A
 
A
M
 
L
Y
 
S
I
 
V
G
 
G
T
 
T
D
 
S
A
 
E
V
 
V
Q
 
Q
G
 
N
L
 
M
L
 
L
N
 
N
A
 
A
I
 
I
P
 
P
P
 
E
V
 
V
I
 
V
T
 
T
G
 
N
G
 
G
L
 
L
Q
 
N
V
 
I
A
 
A
G
 
G
G
 
G
F
 
M
I
 
I
V
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
M
 
M
V
 
V
I
 
I
N
 
N
M
 
M
M
 
M
N
 
R
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
M
 
M
P
 
P
F
 
F
F
 
F
F
 
Y
L
 
L
G
 
G
F
 
F
V
 
V
T
 
T
A
 
A
A
 
A
F
 
F
T
 
T
E
 
N
F
 
F
N
 
N
L
 
L
V
 
V
A
 
A
F
 
L
G
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
G
L
 
T
V
 
V
C
 
M
A
 
A
I
 
V
V
 
L
Y
 
Y
I
 
I
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
P
 
P
K
 
K
Y
 
Y
H
 
N
Q
 
R
V
 
V
A
 
A
A
 
G
P
 
A
A
 
P
A
 
A
A
 
Q
S
 
A
A
 
A
G
 
G
S
 
-
A
 
-
K
 
-
S
 
-
D
 
-
V
 
-
D
 
N
D
 
N
D
 
D
L
 
L
D
 
D
D
 
N
E
 
E
L
 
L
D
 
D

7dyrY Cryoem structure of mannose transporter manyz and microcin e492 (mcea) complex (see paper)
74% identity, 91% coverage: 1:248/272 of query aligns to 1:248/248 of 7dyrY

query
sites
7dyrY
M
 
M
E
 
E
L
 
I
S
 
T
G
 
T
V
 
L
Q
 
Q
L
 
I
I
 
V
A
 
L
I
 
V
F
 
F
I
 
I
V
 
V
S
 
A
A
 
C
I
 
I
A
 
A
G
 
G
M
 
M
G
 
G
S
 
S
V
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
T
 
F
H
 
H
R
 
R
P
 
P
L
 
L
I
 
I
A
 
A
C
 
C
T
 
T
L
 
L
V
 
V
G
 
G
A
 
I
I
 
V
L
 
L
G
 
G
D
 
D
M
 
M
T
 
K
T
 
T
G
 
G
I
 
I
I
 
I
I
 
I
G
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
L
E
 
E
M
 
M
I
 
I
A
 
A
L
 
L
G
 
G
W
 
W
M
 
M
N
|
N
V
 
I
G
|
G
A
 
A
A
 
A
M
 
V
A
 
A
P
 
P
D
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
S
V
 
I
I
 
I
S
 
S
T
 
T
I
 
I
L
 
L
V
 
V
I
 
I
A
 
A
G
 
G
H
 
H
Q
 
Q
S
 
S
I
 
I
G
 
G
A
 
A
G
 
G
I
 
I
A
 
A
I
 
L
A
 
A
M
 
I
P
 
P
L
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
G
 
G
Q
 
Q
V
 
V
L
 
L
T
 
T
I
 
I
I
 
I
C
 
V
R
 
R
T
 
T
I
 
I
T
 
T
V
 
V
V
 
A
F
 
F
Q
 
Q
H
 
H
K
 
A
A
 
A
D
 
D
G
 
K
F
 
A
A
 
A
Q
 
D
E
 
N
G
 
G
N
 
N
L
 
L
R
 
T
G
 
A
I
 
I
D
 
S
I
 
W
C
 
I
H
 
H
L
 
V
G
 
S
A
 
S
L
 
L
L
 
F
L
 
L
Q
 
Q
A
 
A
L
 
M
R
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
I
P
 
P
S
 
A
L
 
V
L
 
I
V
 
V
A
 
A
M
 
L
Y
 
S
I
 
V
G
 
G
T
 
T
D
 
S
A
 
E
V
 
V
Q
 
Q
G
 
N
L
 
M
L
 
L
N
 
N
A
 
A
I
 
I
P
 
P
P
 
E
V
 
V
I
 
V
T
 
T
G
 
N
G
 
G
L
 
L
Q
 
N
V
 
I
A
 
A
G
 
G
G
 
G
F
 
M
I
 
I
V
 
V
V
 
V
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
M
 
M
V
 
V
I
 
I
N
 
N
M
 
M
M
 
M
N
 
R
A
 
A
G
 
G
Y
 
Y
L
 
L
M
 
M
P
 
P
F
 
F
F
 
F
F
 
Y
L
 
L
G
 
G
F
 
F
V
 
V
T
 
T
A
 
A
A
 
A
F
 
F
T
 
T
E
 
N
F
 
F
N
 
N
L
 
L
V
 
V
A
 
A
F
 
L
G
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
G
L
 
T
V
 
V
C
 
M
A
 
A
I
 
V
V
 
L
Y
 
Y
I
 
I
Q
 
Q
L
 
L
S
 
S
P
 
P
K
 
K
Y
 
Y
H
 
N
Q
 
R
V
 
V

7vlxY Cryo-em structures of listeria monocytogenes man-pts (see paper)
47% identity, 88% coverage: 3:242/272 of query aligns to 1:242/247 of 7vlxY

query
sites
7vlxY
L
 
M
S
 
S
G
 
V
V
 
I
Q
 
S
L
 
I
I
 
I
A
 
L
I
 
V
F
 
V
I
 
L
V
 
I
S
 
A
A
 
F
I
 
L
A
 
A
G
 
G
M
 
I
G
 
E
S
 
G
V
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
E
F
 
F
Q
 
Q
T
 
F
H
 
H
R
 
Q
P
 
P
L
 
L
I
 
I
A
 
A
C
 
C
T
 
T
L
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
L
I
 
V
L
 
T
G
 
G
D
 
N
M
 
L
T
 
T
T
 
A
G
 
C
I
 
I
I
 
I
I
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
L
E
 
Q
M
 
M
I
 
I
A
 
A
L
 
L
G
 
G
W
 
W
M
 
A
N
|
N
V
 
I
G
|
G
A
 
A
A
 
A
M
 
V
A
 
A
P
 
P
D
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
S
V
 
V
I
 
A
S
 
S
T
 
A
I
 
I
L
 
I
V
 
L
I
 
V
A
 
L
G
 
G
H
 
G
Q
 
Q
S
 
G
I
 
V
G
 
A
-
 
G
-
 
I
-
 
P
A
 
S
G
 
A
I
 
I
A
 
A
I
 
I
A
 
A
M
 
I
P
 
P
L
 
L
A
 
A
A
 
V
A
 
A
G
 
G
Q
 
L
V
 
F
L
 
L
T
 
T
I
 
M
I
 
I
C
 
V
R
 
R
T
 
T
I
 
L
T
 
A
V
 
V
V
 
P
F
 
I
Q
 
V
H
 
H
K
 
L
A
 
M
D
 
D
G
 
R
F
 
A
A
 
A
Q
 
E
E
 
K
G
 
G
N
 
N
L
 
I
R
 
R
G
 
S
I
 
V
D
 
E
I
 
W
C
 
L
H
 
H
L
 
I
G
 
S
A
 
A
L
 
I
L
 
C
L
 
M
Q
 
Q
A
 
G
L
 
I
R
 
R
V
 
I
A
 
A
V
 
I
P
 
P
S
 
A
L
 
A
L
 
A
V
 
L
A
 
-
M
 
L
Y
 
F
I
 
I
G
 
P
T
 
A
D
 
D
A
 
S
V
 
V
Q
 
Q
G
 
S
L
 
F
L
 
L
N
 
E
A
 
A
I
 
M
P
 
P
P
 
A
V
 
W
I
 
L
T
 
T
G
 
D
G
 
G
L
 
M
Q
 
A
V
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
F
 
M
I
 
V
V
 
V
V
 
A
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
M
 
L
V
 
V
I
 
I
N
 
N
M
 
M
M
 
M
N
 
A
A
 
T
G
 
K
Y
 
E
L
 
V
M
 
W
P
 
P
F
 
F
F
 
F
F
 
V
L
 
I
G
 
G
F
 
F
V
 
V
T
 
V
A
 
A
A
 
A
F
 
I
T
 
S
E
 
Q
F
 
L
N
 
T
L
 
L
V
 
I
A
 
A
F
 
I
G
 
G
V
 
A
I
 
L
G
 
G
L
 
V
V
 
A
C
 
L
A
 
A
I
 
L
V
 
I
Y
 
Y
I
 
L
Q
 
N
L
 
L
S
 
S

7xtgD Cryo-em structure of listeria monocytogenes man-pts complexed with pediocin pa-1 (see paper)
46% identity, 89% coverage: 2:244/272 of query aligns to 1:245/248 of 7xtgD

query
sites
7xtgD
E
 
D
L
 
L
S
 
N
G
 
F
V
 
I
Q
 
Q
L
 
V
I
 
I
A
 
L
I
 
V
F
 
I
I
 
F
V
 
V
S
 
A
A
 
F
I
 
L
A
 
A
G
 
G
M
 
V
G
 
E
S
 
G
V
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
F
 
F
Q
 
H
T
 
F
H
 
H
R
 
Q
P
 
P
L
 
V
I
 
I
A
 
A
C
 
C
T
 
T
L
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
L
I
 
V
L
 
T
G
 
G
D
 
N
M
 
L
T
 
L
T
 
P
G
 
C
I
 
L
I
 
I
I
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
T
L
 
L
E
 
Q
M
 
M
I
 
I
A
 
A
L
 
L
G
 
G
W
 
W
M
 
A
N
|
N
V
|
V
G
|
G
A
 
A
A
 
A
M
 
V
A
 
A
P
 
P
D
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
S
V
 
I
I
 
A
S
 
S
T
 
A
I
 
I
L
 
I
V
 
L
I
 
V
A
 
L
G
 
G
H
 
G
Q
 
Q
-
 
G
-
 
K
-
 
A
S
 
G
I
 
V
G
 
T
A
 
S
G
 
A
I
 
I
A
 
A
I
 
I
A
 
A
M
 
V
P
 
P
L
 
L
A
 
A
A
 
V
A
 
A
G
 
G
Q
 
L
V
 
L
L
 
L
T
 
T
I
 
I
I
 
I
C
 
V
R
 
R
T
 
T
I
 
L
T
 
A
V
 
T
V
 
G
F
 
I
Q
 
V
H
 
H
K
 
I
A
 
M
D
 
D
G
 
A
F
 
A
A
 
A
Q
 
K
E
 
E
G
 
G
N
 
N
L
 
F
R
 
R
G
 
K
I
 
I
D
 
E
I
 
M
C
 
W
H
 
Q
L
 
Y
G
 
I
A
 
A
L
 
I
L
 
I
L
 
M
Q
 
Q
A
 
G
L
 
V
R
 
R
V
 
I
A
 
A
V
 
I
P
 
P
S
 
A
L
 
G
L
 
L
V
 
I
A
 
-
M
 
L
Y
 
A
I
 
I
G
 
G
T
 
A
D
 
G
A
 
P
V
 
V
Q
 
K
G
 
E
L
 
M
L
 
L
N
 
T
A
 
A
I
 
M
P
 
P
P
 
V
V
 
W
I
 
L
T
 
T
G
 
D
G
 
G
L
 
L
Q
 
A
V
 
I
A
 
G
G
 
G
G
 
G
F
 
M
I
 
V
V
 
V
V
 
A
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
M
 
M
V
 
V
I
 
I
N
 
N
M
 
M
M
 
M
N
 
A
A
 
T
G
 
K
Y
 
E
L
 
V
M
 
W
P
 
P
F
 
F
F
 
F
F
 
A
L
 
I
G
 
G
F
 
F
V
 
V
T
 
L
A
 
A
A
 
T
F
 
I
T
 
S
E
 
Q
F
 
L
N
 
T
L
 
L
V
 
I
A
 
G
F
 
L
G
 
G
V
 
A
I
 
I
G
 
G
L
 
I
V
 
S
C
 
L
A
 
A
I
 
L
V
 
I
Y
 
Y
I
 
L
Q
 
A
L
 
L
S
 
S
P
 
K
K
 
Q

8hfsY The structure of lcna, lcia, and the man-pts of lactococcus lactis (see paper)
49% identity, 83% coverage: 17:242/272 of query aligns to 17:246/249 of 8hfsY

query
sites
8hfsY
I
 
L
A
 
A
G
 
G
M
 
L
G
 
E
S
 
G
V
 
I
L
 
L
D
 
D
E
 
Q
F
 
W
Q
 
Q
T
 
F
H
 
H
R
 
Q
P
 
P
L
 
I
I
 
I
A
 
A
C
 
C
T
 
S
L
 
L
V
 
I
G
 
G
A
 
I
I
 
V
L
 
T
G
 
G
D
 
H
M
 
A
T
 
S
T
 
A
G
 
G
I
 
I
I
 
I
I
 
L
G
 
G
G
 
G
T
 
S
L
 
L
E
 
Q
M
 
L
I
 
I
A
 
A
L
 
L
G
 
G
W
 
W
M
 
A
N
|
N
V
 
V
G
|
G
A
 
A
A
 
A
M
 
V
A
 
A
P
 
P
D
 
D
A
 
A
A
 
A
L
 
L
A
 
A
S
 
S
V
 
I
I
 
A
S
 
S
T
 
S
I
 
I
L
 
L
V
 
M
I
 
V
A
 
Q
G
 
S
H
 
N
-
 
N
-
 
F
-
 
D
-
 
L
-
 
T
Q
 
H
S
 
I
I
 
M
G
 
G
A
 
T
G
 
I
I
 
V
A
 
P
I
 
A
A
 
A
M
 
I
P
 
L
L
 
L
A
 
A
A
 
T
A
 
A
G
 
G
Q
 
L
V
 
V
L
 
L
T
 
T
I
 
T
I
 
L
C
 
V
R
 
R
T
 
M
I
 
L
T
 
S
V
 
V
V
 
V
F
 
L
Q
 
V
H
 
H
K
 
Q
A
 
A
D
 
D
G
 
R
F
 
A
A
 
A
Q
 
E
E
 
N
G
 
G
N
 
S
L
 
Y
R
 
S
G
 
G
I
 
V
D
 
E
I
 
M
C
 
W
H
 
H
L
 
F
G
 
I
A
 
A
L
 
L
L
 
I
L
 
C
Q
 
Q
A
 
G
L
 
L
R
 
R
V
 
I
A
 
A
V
 
I
P
 
P
S
 
A
L
 
G
L
 
L
V
 
L
A
 
-
M
 
L
Y
 
V
I
 
I
G
 
S
T
 
P
D
 
D
A
 
A
V
 
I
Q
 
Q
G
 
K
L
 
A
L
 
L
N
 
A
A
 
A
I
 
I
P
 
P
P
 
P
V
 
V
I
 
I
T
 
S
G
 
G
G
 
G
L
 
L
Q
 
A
V
 
V
A
 
G
G
 
G
G
 
G
F
 
M
I
 
V
V
 
V
V
 
A
V
 
V
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
M
 
M
V
 
V
I
 
I
N
 
N
M
 
L
M
 
M
N
 
A
A
 
T
G
 
R
Y
 
E
L
 
V
M
 
W
P
 
P
F
 
F
F
 
F
F
 
F
L
 
L
G
 
G
F
 
F
V
 
A
T
 
L
A
 
A
A
 
P
F
 
I
T
 
S
E
 
E
F
 
L
N
 
T
L
 
L
V
 
I
A
 
A
F
 
T
G
 
G
V
 
V
I
 
L
G
 
G
L
 
V
V
 
V
C
 
I
A
 
A
I
 
I
V
 
V
Y
 
Y
I
 
L
Q
 
N
L
 
L
S
 
Q

Query Sequence

>WP_008538997.1 NCBI__GCF_000245775.1:WP_008538997.1
MELSGVQLIAIFIVSAIAGMGSVLDEFQTHRPLIACTLVGAILGDMTTGIIIGGTLEMIA
LGWMNVGAAMAPDAALASVISTILVIAGHQSIGAGIAIAMPLAAAGQVLTIICRTITVVF
QHKADGFAQEGNLRGIDICHLGALLLQALRVAVPSLLVAMYIGTDAVQGLLNAIPPVITG
GLQVAGGFIVVVGYAMVINMMNAGYLMPFFFLGFVTAAFTEFNLVAFGVIGLVCAIVYIQ
LSPKYHQVAAPAAASAGSAKSDVDDDLDDELD

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory