SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_009121268.1 NCBI__GCF_900129655.1:WP_009121268.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 11 hits to proteins with known functional sites (download)

6fahE Molecular basis of the flavin-based electron-bifurcating caffeyl-coa reductase reaction (see paper)
47% identity, 97% coverage: 4:332/339 of query aligns to 68:386/393 of 6fahE

query
sites
6fahE
V
 
V
F
 
W
V
 
V
Y
 
F
L
 
A
E
 
E
I
 
Q
E
 
R
G
 
E
T
 
G
T
 
K
V
 
I
A
 
M
D
 
P
V
 
V
S
 
V
L
 
F
E
 
E
L
 
L
L
 
L
T
 
G
K
 
E
G
 
G
R
 
K
K
 
K
L
 
L
A
 
A
N
 
N
Q
 
E
L
 
I
G
 
G
C
 
T
Q
 
E
L
 
L
E
 
C
A
 
A
V
 
I
A
 
L
A
 
C
G
 
G
N
 
S
N
 
N
L
 
V
A
 
A
G
 
E
I
 
L
E
 
T
K
 
D
Q
 
E
V
 
L
L
 
F
P
 
A
F
 
Y
G
 
G
V
 
A
D
 
D
K
 
K
L
 
V
H
 
Y
V
 
L
F
 
A
D
 
D
A
 
A
P
 
P
G
 
E
L
 
L
F
 
E
P
 
K
Y
 
Y
T
 
T
S
 
T
L
 
D
P
 
G
H
 
Y
S
 
S
S
 
K
V
 
I
L
 
I
-
 
N
-
 
E
-
 
A
I
 
I
N
 
G
L
 
L
F
 
Y
K
 
K
E
 
-
E
 
-
Q
 
-
P
 
P
Q
 
E
I
 
I
C
 
V
L
 
L
M
 
Y
G
 
G
A
 
A
T
 
T
V
 
H
I
 
I
G
 
G
R
 
R
D
 
D
L
 
L
G
 
A
P
 
P
R
 
C
V
 
L
S
 
A
S
 
V
A
 
K
L
 
V
T
 
N
S
 
T
G
 
G
L
|
L
T
 
T
A
 
A
D
 
D
C
 
C
T
 
T
S
 
K
L
 
L
E
 
E
I
 
I
G
 
-
N
 
D
H
 
P
E
 
D
D
 
D
K
 
K
K
 
K
E
 
-
G
 
-
K
 
-
T
 
-
Y
 
-
E
 
-
N
 
-
L
 
-
L
 
I
Y
 
R
Q
 
Q
I
 
T
R
|
R
P
 
P
A
 
A
F
 
F
G
 
G
G
 
G
N
 
N
I
 
L
V
 
M
A
 
A
T
 
T
I
 
I
V
 
V
N
 
C
P
 
P
E
 
G
H
 
S
R
 
R
P
 
P
Q
 
Q
M
 
M
A
 
S
T
 
T
V
 
V
R
 
R
E
 
P
G
 
G
V
 
V
M
 
M
K
 
D
K
 
K
E
 
A
I
 
A
L
 
Y
D
 
D
A
 
P
N
 
S
Y
 
Q
K
 
K
G
 
G
E
 
E
I
 
V
I
 
I
R
 
K
H
 
L
D
 
D
V
 
A
A
 
T
K
 
-
Y
 
-
V
 
F
P
 
N
E
 
E
T
 
G
D
 
D
Y
 
I
V
 
R
V
 
T
K
 
K
V
 
V
I
 
L
D
 
E
R
 
-
H
 
I
V
 
V
E
 
K
K
 
T
A
 
T
K
 
T
H
 
D
N
 
N
L
 
I
K
 
S
-
 
I
-
 
S
G
 
D
A
 
A
P
 
D
I
 
F
V
 
I
I
 
V
A
 
S
G
 
G
G
 
G
Y
x
M
G
|
G
M
 
L
G
 
G
S
 
K
R
 
P
E
 
E
N
 
G
F
 
F
D
 
E
M
 
L
L
 
L
F
 
K
E
 
Q
L
 
L
A
 
A
K
 
D
E
 
K
L
 
L
H
 
G
A
 
G
E
 
T
V
 
V
G
 
A
A
 
T
S
 
S
R
|
R
A
|
A
A
 
C
V
 
V
D
 
D
A
 
A
G
 
G
Y
 
W
A
 
A
D
 
D
H
 
H
D
 
A
R
 
Q
Q
|
Q
I
x
V
G
|
G
Q
|
Q
T
|
T
G
 
G
V
 
T
T
 
T
V
 
V
R
 
K
P
 
P
K
 
Q
L
 
I
Y
 
Y
I
 
F
A
 
A
C
 
C
G
|
G
I
|
I
S
|
S
G
 
G
Q
 
A
I
 
I
Q
|
Q
H
|
H
I
 
I
A
 
A
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
E
 
D
S
 
S
G
 
D
I
 
I
I
 
I
I
 
I
S
 
A
V
 
I
N
|
N
N
x
K
D
 
N
E
 
E
N
 
N
A
 
A
P
 
P
I
 
I
N
 
F
T
 
E
I
 
V
A
 
A
D
 
D
Y
 
Y
V
 
G
I
 
I
N
 
V
G
 
G
T
 
D
V
x
L
E
 
Y
E
 
K
V
 
V
I
 
I
P
 
P
K
 
A
M
 
I
I
 
I
K
 
E

Sites not aligning to the query:

5ol2A The electron transferring flavoprotein/butyryl-coa dehydrogenase complex from clostridium difficile (see paper)
44% identity, 98% coverage: 1:331/339 of query aligns to 1:321/331 of 5ol2A

query
sites
5ol2A
M
 
M
N
 
G
N
 
N
V
 
V
F
 
L
V
 
V
Y
 
V
L
 
I
E
 
E
I
 
Q
E
 
R
G
 
E
T
 
N
T
 
V
V
 
I
A
 
Q
D
 
T
V
 
V
S
 
S
L
 
L
E
 
E
L
 
L
L
 
L
T
 
G
K
 
K
G
 
A
R
 
T
K
 
E
L
 
I
A
 
A
N
 
K
Q
 
D
L
 
Y
G
 
D
C
 
T
Q
 
K
L
 
V
E
 
S
A
 
A
V
 
L
A
 
L
A
 
L
G
 
G
N
 
S
N
 
K
L
 
V
A
 
E
G
 
G
I
 
L
E
 
I
K
 
D
Q
 
T
V
 
L
L
 
A
P
 
H
F
 
Y
G
 
G
V
 
A
D
 
D
K
 
E
L
 
V
H
 
I
V
 
V
F
 
V
D
 
D
A
 
D
P
 
E
G
 
A
L
 
L
F
 
A
P
 
V
Y
 
Y
T
 
T
S
 
T
L
x
E
P
 
P
H
 
Y
S
 
T
S
 
K
V
 
A
L
 
A
I
 
Y
N
 
E
L
 
A
F
 
I
K
 
K
E
 
A
E
 
A
Q
 
D
P
 
P
Q
 
I
I
 
V
C
 
V
L
 
L
M
 
F
G
 
G
A
 
A
T
 
T
V
 
S
I
 
I
G
 
G
R
 
R
D
 
D
L
 
L
G
 
A
P
 
P
R
 
R
V
 
V
S
 
S
S
 
A
A
 
R
L
 
I
T
 
H
S
 
T
G
 
G
L
 
L
T
|
T
A
 
A
D
 
D
C
 
C
T
 
T
S
 
G
L
 
L
E
 
A
I
 
V
G
 
A
N
 
-
H
 
-
E
 
E
D
 
D
K
 
T
K
 
K
E
 
-
G
 
-
K
 
-
T
 
-
Y
 
-
E
 
-
N
 
-
L
 
L
L
 
L
Y
 
L
Q
 
M
I
 
T
R
|
R
P
 
P
A
 
A
F
 
F
G
 
G
G
 
G
N
 
N
I
 
I
V
 
M
A
 
A
T
 
T
I
|
I
V
 
V
N
 
C
P
 
K
E
 
D
H
 
F
R
 
R
P
 
P
Q
 
Q
M
 
M
A
 
S
T
 
T
V
 
V
R
 
R
E
 
P
G
 
G
V
 
V
M
 
M
K
 
K
K
 
K
E
 
N
I
 
E
L
 
P
D
 
D
A
 
E
N
 
T
Y
 
K
K
 
E
G
 
A
E
 
V
I
 
I
I
 
N
R
 
R
H
 
F
D
 
K
V
 
V
A
 
E
K
 
-
Y
 
-
V
 
F
P
 
N
E
 
D
T
 
A
D
|
D
Y
 
K
V
 
L
V
 
V
K
 
Q
V
 
V
I
 
V
D
 
-
R
 
Q
H
 
V
V
 
I
E
 
K
K
 
E
A
 
A
K
 
K
H
 
K
N
 
Q
L
 
V
K
 
K
-
 
I
-
 
E
G
 
D
A
 
A
P
 
K
I
 
I
V
 
L
I
 
V
A
 
S
G
 
A
G
|
G
Y
x
R
G
|
G
M
 
M
G
 
G
S
 
G
R
 
K
E
 
E
N
 
N
F
 
L
D
 
D
M
 
I
L
 
L
F
 
Y
E
 
E
L
 
L
A
 
A
K
 
E
E
 
I
L
 
I
H
 
G
A
 
G
E
 
E
V
 
V
G
 
S
A
 
G
S
|
S
R
|
R
A
|
A
A
 
T
V
 
I
D
 
D
A
 
A
G
 
G
Y
 
W
A
 
L
D
 
D
H
 
K
D
 
A
R
 
R
Q
|
Q
I
x
V
G
|
G
Q
 
Q
T
|
T
G
 
G
V
 
K
T
 
T
V
 
V
R
 
R
P
 
P
K
 
D
L
 
L
Y
 
Y
I
 
I
A
 
A
C
 
C
G
|
G
I
|
I
S
|
S
G
 
G
Q
x
A
I
 
I
Q
|
Q
H
|
H
I
 
I
A
 
A
G
 
G
M
 
M
Q
 
E
E
 
D
S
 
A
G
 
E
I
 
F
I
 
I
I
 
V
S
 
A
V
 
I
N
|
N
N
x
K
D
 
N
E
 
P
N
 
E
A
 
A
P
 
P
I
 
I
N
 
F
T
 
K
I
 
Y
A
 
A
D
 
D
Y
 
V
V
 
G
I
 
I
N
 
V
G
 
G
T
x
D
V
|
V
E
 
H
E
 
K
V
 
V
I
 
L
P
 
P
K
 
E
M
 
L
I
 
I

4kpuA Electron transferring flavoprotein of acidaminococcus fermentans: towards a mechanism of flavin-based electron bifurcation (see paper)
39% identity, 99% coverage: 3:337/339 of query aligns to 12:338/338 of 4kpuA

query
sites
4kpuA
N
 
D
V
 
L
F
 
W
V
 
V
Y
 
Y
L
 
V
E
 
E
I
 
H
E
 
Y
G
 
K
T
 
G
T
 
E
V
 
P
A
 
V
D
 
H
V
 
V
S
 
V
L
 
Y
E
 
E
L
 
L
L
 
L
T
 
G
K
 
E
G
 
C
R
 
R
K
 
K
L
 
L
A
 
A
N
 
D
Q
 
K
L
 
C
G
 
N
C
 
Q
Q
 
K
L
 
L
E
 
A
A
 
A
V
 
V
A
 
L
A
 
I
G
 
T
N
 
D
N
 
D
L
 
A
A
 
K
G
 
D
I
 
V
E
 
P
K
 
S
Q
 
K
V
 
L
L
 
I
P
 
A
F
 
R
G
 
G
V
 
A
D
 
D
K
 
L
L
 
V
H
 
Y
V
 
V
F
 
C
D
 
Q
A
 
D
P
 
P
G
 
A
L
 
F
F
 
K
P
 
Y
Y
 
Y
T
 
S
S
 
T
L
 
D
P
 
E
H
 
Y
S
 
T
S
 
N
V
 
A
L
 
F
I
 
C
N
 
E
L
 
M
F
 
I
K
 
D
E
 
E
E
 
Y
Q
 
Q
P
 
P
Q
 
S
I
 
S
C
 
V
L
 
F
M
 
I
G
 
G
A
 
A
T
 
T
V
 
N
I
 
D
G
 
G
R
 
R
D
 
D
L
 
L
G
 
G
P
 
P
R
 
R
V
 
I
S
 
A
S
 
A
A
 
R
L
 
V
T
 
N
S
 
T
G
 
G
L
|
L
T
 
C
A
 
A
D
 
D
C
 
C
T
 
T
S
 
I
L
 
L
E
 
-
I
 
-
G
 
-
N
 
-
H
 
-
E
 
-
D
 
D
K
 
A
K
 
E
E
 
E
G
 
-
K
 
-
T
 
-
Y
 
-
E
 
D
N
 
G
L
 
L
L
 
I
Y
 
E
Q
 
W
I
 
T
R
|
R
P
 
P
A
 
A
F
 
A
G
 
G
G
 
G
N
 
N
I
 
I
V
 
M
A
 
A
T
 
T
I
|
I
V
 
L
N
 
C
P
 
K
E
 
E
H
 
H
R
 
R
P
 
P
Q
 
Q
M
 
M
A
 
G
T
 
T
V
 
V
R
 
R
E
 
P
G
 
K
V
 
T
M
 
F
K
 
K
K
 
A
E
 
M
I
 
E
L
 
P
D
 
D
A
 
A
N
 
S
Y
 
R
K
 
T
G
 
G
E
 
E
I
 
V
I
 
I
R
 
N
H
 
Y
D
 
T
V
 
L
A
 
K
K
 
N
Y
 
H
V
 
V
P
 
-
E
 
-
T
 
-
D
 
D
Y
 
D
V
 
R
V
 
V
K
 
T
V
 
C
I
 
I
D
 
R
R
 
R
H
 
E
-
 
E
-
 
V
V
 
V
E
 
S
K
 
E
A
 
G
K
 
E
H
 
M
N
 
A
L
 
I
K
 
D
G
 
D
A
 
A
P
 
P
I
 
F
V
 
V
I
 
C
A
 
S
G
 
G
G
|
G
Y
x
R
G
|
G
M
 
M
G
 
K
S
 
A
R
 
K
E
 
E
N
 
N
F
 
F
D
 
S
M
 
L
L
 
L
F
 
Y
E
 
D
L
 
L
A
 
A
K
 
H
E
 
A
L
 
L
H
 
G
A
 
G
E
 
A
V
 
V
G
 
G
A
 
G
S
|
S
R
|
R
A
|
A
A
 
A
V
 
V
D
 
D
A
 
E
G
 
G
Y
 
F
A
 
I
D
 
E
H
 
H
D
 
P
R
 
R
Q
|
Q
I
x
V
G
|
G
Q
|
Q
T
x
S
G
 
G
V
 
K
T
 
T
V
 
V
R
 
T
P
 
P
K
 
K
L
 
I
Y
 
Y
I
 
F
A
 
A
C
 
C
G
|
G
I
|
I
S
|
S
G
 
G
Q
x
S
I
 
V
Q
|
Q
H
|
H
I
 
K
A
 
A
G
 
G
M
 
M
Q
 
S
E
 
K
S
 
S
G
 
D
I
 
T
I
 
I
I
 
V
S
 
C
V
 
I
N
|
N
N
x
K
D
 
D
E
 
P
N
 
D
A
 
A
P
 
P
I
 
M
N
 
F
T
 
E
I
 
I
A
 
S
D
 
K
Y
 
Y
V
 
G
I
 
I
N
 
V
G
 
G
T
x
D
V
x
A
E
 
L
E
 
K
V
 
I
I
 
L
P
 
P
K
 
L
M
 
L
-
 
T
-
 
A
-
 
K
I
 
I
K
 
K
Y
 
A
Y
 
F
K
 
K
Q
 
E
N
 
S

7koeB Electron bifurcating flavoprotein fix/etfabcx (see paper)
43% identity, 98% coverage: 4:336/339 of query aligns to 7:329/336 of 7koeB

query
sites
7koeB
V
 
I
F
 
F
V
 
V
Y
 
L
L
 
I
E
 
E
I
 
H
E
 
H
G
 
G
T
 
G
T
 
K
V
 
A
A
 
H
D
 
P
V
 
V
S
 
S
L
 
W
E
 
E
L
 
L
L
 
I
T
 
G
K
 
K
G
 
A
R
 
R
K
 
D
L
 
L
A
 
A
N
 
S
Q
 
K
L
 
L
-
 
E
G
 
N
C
 
S
Q
 
E
L
 
V
E
 
W
A
 
G
V
 
V
A
 
L
A
 
L
G
 
G
N
 
E
N
 
G
L
 
L
A
 
E
G
 
S
I
 
V
E
 
A
K
 
K
Q
 
E
V
 
A
L
 
I
P
 
Q
F
 
R
G
 
G
V
 
A
D
 
D
K
 
K
L
 
V
H
 
L
V
 
Y
F
 
V
D
 
K
A
 
N
P
 
R
G
 
E
L
 
F
F
 
N
P
 
T
Y
 
Y
T
 
V
S
 
N
L
 
Y
P
 
L
H
 
Y
S
 
K
S
 
K
V
 
A
L
 
L
I
 
V
N
 
D
L
 
M
F
 
V
K
 
R
E
 
K
E
 
Y
Q
 
R
P
 
P
Q
 
E
I
 
I
C
 
F
L
 
L
M
 
I
G
 
G
A
 
A
T
 
T
V
 
L
I
 
E
G
 
G
R
 
R
D
 
E
L
 
L
G
 
A
P
 
G
R
 
M
V
 
V
S
 
A
S
 
T
A
 
E
L
 
L
T
 
E
S
 
T
G
 
G
L
 
L
T
|
T
A
 
A
D
 
D
C
 
C
T
 
T
S
 
G
L
 
L
E
 
D
I
 
I
G
 
-
N
 
-
H
 
I
E
 
P
D
 
D
K
 
K
K
 
K
E
 
-
G
 
-
K
 
-
T
 
-
Y
 
-
E
 
-
N
 
-
L
 
L
L
 
L
Y
 
A
Q
 
M
I
 
T
R
|
R
P
 
P
A
x
T
F
 
F
G
 
G
G
 
G
N
 
N
I
 
L
V
 
M
A
 
A
T
 
T
I
 
I
V
 
M
N
 
C
P
 
P
E
 
D
H
 
H
R
 
R
P
 
P
Q
 
Q
M
 
M
A
 
A
T
 
T
V
 
V
R
 
R
E
 
P
G
 
G
V
 
V
M
 
M
K
 
K
K
 
E
E
 
L
I
 
P
L
 
P
D
 
D
A
 
P
N
 
E
Y
 
R
K
 
T
G
 
G
E
 
E
I
 
I
I
 
I
R
 
E
-
 
E
-
 
E
H
 
Y
D
 
D
V
 
L
A
 
G
K
 
T
Y
 
F
V
 
-
P
 
-
E
 
-
T
 
-
D
 
D
Y
 
K
V
 
L
V
 
I
K
 
E
V
 
I
I
 
L
D
 
E
R
 
T
H
 
I
V
 
P
E
 
L
K
 
Q
A
 
T
K
 
Q
H
 
V
N
 
N
L
 
L
K
 
E
G
 
Y
A
 
A
P
 
P
I
 
V
V
 
V
I
 
V
A
 
A
G
 
G
G
|
G
Y
x
K
G
|
G
M
 
V
G
 
G
S
 
G
R
 
P
E
 
E
N
 
G
F
 
F
D
 
K
M
 
K
L
 
L
F
 
K
E
 
E
L
 
L
A
 
A
K
 
D
E
 
L
L
 
L
H
 
G
A
 
G
E
 
E
V
 
V
G
 
G
A
 
A
S
|
S
R
|
R
A
|
A
A
 
A
V
 
V
D
 
K
A
 
A
G
 
G
Y
 
W
A
 
I
D
 
S
H
 
P
D
 
E
R
 
H
Q
|
Q
I
x
V
G
|
G
Q
|
Q
T
|
T
G
 
G
V
 
K
T
 
T
V
 
V
R
 
R
P
 
P
K
 
V
L
 
L
Y
 
Y
I
 
F
A
 
A
C
 
C
G
|
G
I
 
I
S
|
S
G
 
G
Q
 
A
I
 
I
Q
|
Q
H
|
H
I
 
V
A
 
V
G
 
G
M
 
I
Q
 
K
E
 
E
S
 
S
G
 
E
I
 
I
I
 
I
I
 
V
S
 
A
V
 
I
N
|
N
N
x
I
D
 
D
E
 
E
N
 
K
A
 
A
P
 
P
I
 
I
N
 
F
T
 
D
I
 
I
A
 
A
D
 
D
Y
 
I
V
 
G
I
 
I
N
 
V
G
 
G
T
 
D
V
x
L
E
 
H
E
 
K
V
 
V
I
 
V
P
 
P
K
 
A
M
 
L
I
 
T
K
 
A
Y
 
K
Y
 
L
K
 
R
Q
 
E

7qh2A Cryo-em structure of ldh-etfab complex from acetobacterium woodii (see paper)
39% identity, 97% coverage: 4:331/339 of query aligns to 13:328/337 of 7qh2A

query
sites
7qh2A
V
 
I
F
 
T
V
 
V
Y
 
Y
L
 
V
E
 
D
-
 
H
I
 
I
E
 
E
G
 
G
T
 
Q
T
 
-
V
 
I
A
 
H
D
 
P
V
 
V
S
 
T
L
 
F
E
 
E
L
 
L
L
 
I
T
 
G
K
 
K
G
 
A
R
 
R
K
 
E
L
 
L
A
 
A
N
 
A
Q
 
V
L
 
I
G
 
G
C
 
H
Q
 
P
L
 
V
E
 
Y
A
 
A
V
 
L
A
 
L
A
 
M
G
 
G
N
 
T
N
 
N
L
 
I
A
 
T
G
 
E
I
 
K
E
 
A
K
 
D
Q
 
E
V
 
L
L
 
L
P
 
K
F
 
Y
G
 
G
V
 
V
D
 
D
K
 
K
L
 
V
H
 
F
V
 
V
F
 
Y
D
 
D
A
 
K
P
 
P
G
 
E
L
 
L
F
 
K
P
 
H
Y
 
F
T
 
V
S
 
I
L
 
E
P
 
P
H
 
Y
S
 
A
S
 
N
V
 
V
L
 
L
I
 
E
N
 
D
L
 
F
F
 
I
K
 
E
E
 
K
E
 
V
Q
 
K
P
 
P
Q
 
S
I
 
S
C
 
I
L
 
L
M
 
V
G
 
G
A
 
A
T
 
T
V
 
N
I
 
V
G
 
G
R
 
R
D
 
S
L
 
L
G
 
A
P
 
P
R
 
R
V
 
V
S
 
A
S
 
A
A
 
R
L
 
Y
T
 
R
S
 
T
G
 
G
L
|
L
T
|
T
A
 
A
D
 
D
C
 
C
T
 
T
S
 
I
L
 
L
E
 
E
I
 
M
G
 
K
N
 
E
H
 
N
E
 
T
D
 
D
K
 
-
K
 
-
E
 
-
G
 
-
K
 
-
T
 
-
Y
 
-
E
 
-
N
 
-
L
 
-
L
 
L
Y
 
V
Q
 
Q
I
 
I
R
|
R
P
 
P
A
 
A
F
 
F
G
 
G
G
 
G
N
 
N
I
 
I
V
 
M
A
 
A
T
 
Q
I
|
I
V
 
V
N
 
T
P
 
E
E
 
N
H
 
T
R
 
R
P
 
P
Q
 
Q
M
 
F
A
 
C
T
 
T
V
 
V
R
 
R
E
 
Y
G
 
K
V
 
V
M
 
F
K
 
T
K
 
A
E
 
P
I
 
E
L
 
R
D
 
V
A
 
N
N
 
E
Y
 
P
K
 
W
G
 
G
E
 
D
I
 
V
I
 
E
R
 
M
H
 
M
D
 
D
V
 
I
-
 
E
-
 
K
A
 
A
K
 
K
Y
 
L
V
 
V
P
 
S
E
 
A
T
 
I
D
 
E
Y
 
-
V
 
V
V
 
M
K
 
E
V
 
V
I
 
I
D
 
K
R
 
K
H
 
-
V
 
-
E
 
E
K
 
K
A
 
G
K
 
I
H
 
-
N
 
D
L
 
L
K
 
S
G
 
E
A
 
A
P
 
E
I
 
T
V
 
I
I
 
V
A
 
A
G
 
V
G
 
G
Y
x
R
G
|
G
M
 
V
G
 
K
S
 
C
R
 
E
E
 
K
N
 
D
F
 
L
D
 
D
M
 
M
L
 
I
F
 
H
E
 
E
L
 
F
A
 
A
K
 
E
E
 
K
L
 
I
H
 
G
A
 
A
E
 
T
V
 
V
G
 
A
A
 
C
S
x
T
R
|
R
A
 
P
A
 
G
V
 
I
D
 
E
A
 
A
G
 
G
Y
 
W
A
 
F
D
 
D
H
 
A
D
 
R
R
 
L
Q
|
Q
I
|
I
G
|
G
Q
x
L
T
x
S
G
 
G
V
 
R
T
 
T
V
 
V
R
 
K
P
 
P
K
 
K
L
 
L
Y
 
I
I
 
I
A
 
A
C
 
L
G
|
G
I
|
I
S
|
S
G
 
G
Q
 
A
I
 
V
Q
|
Q
H
 
F
I
 
A
A
 
A
G
 
G
M
 
M
Q
 
Q
E
 
N
S
 
S
G
 
E
I
 
Y
I
 
I
I
 
I
S
 
A
V
 
I
N
|
N
N
x
S
D
|
D
E
 
P
N
 
K
A
 
A
P
 
P
I
 
I
N
 
F
T
 
N
I
 
I
A
 
A
D
 
H
Y
 
C
V
 
G
I
 
M
N
 
V
G
 
G
T
x
D
V
x
L
E
 
Y
E
 
E
V
 
I
I
 
L
P
 
P
K
 
E
M
 
L
I
 
L

2a1uA Crystal structure of the human etf e165betaa mutant (see paper)
31% identity, 99% coverage: 1:337/339 of query aligns to 1:315/315 of 2a1uA

query
sites
2a1uA
M
 
F
N
 
Q
N
 
S
V
 
T
F
 
L
V
 
V
Y
 
I
L
 
A
E
 
E
I
 
H
E
 
A
G
 
N
T
 
D
T
 
S
V
 
L
A
 
A
D
 
P
V
 
I
S
 
T
L
 
L
E
 
N
L
 
T
L
 
I
T
 
T
K
 
A
G
 
A
R
 
T
K
 
R
L
 
L
A
 
G
N
 
G
Q
 
E
L
 
V
G
 
S
C
 
C
Q
 
-
L
 
-
E
 
-
A
 
-
V
 
L
A
 
V
A
 
A
G
 
G
N
 
T
N
 
K
L
 
C
A
 
D
G
 
K
I
 
V
E
 
A
K
 
Q
Q
 
D
V
 
L
L
 
C
P
 
K
F
 
V
-
 
A
G
 
G
V
 
I
D
 
A
K
 
K
L
 
V
H
 
L
V
 
V
F
 
A
D
 
Q
-
 
H
-
 
D
-
 
V
A
 
Y
P
 
K
G
 
G
L
 
L
F
 
L
P
 
P
Y
 
E
T
 
E
S
 
L
L
 
T
P
 
P
H
 
L
S
 
-
S
 
-
V
 
I
L
 
L
I
 
A
N
 
T
L
 
Q
F
 
K
K
 
Q
E
 
F
E
 
N
Q
 
Y
P
 
T
Q
 
H
I
 
I
C
 
C
L
 
-
M
 
A
G
 
G
A
 
A
T
 
S
V
 
A
I
 
F
G
 
G
R
 
K
D
 
N
L
 
L
G
 
L
P
 
P
R
 
R
V
 
V
S
 
A
S
 
A
A
 
K
L
 
L
T
 
E
S
 
V
G
 
A
L
 
P
T
 
I
A
 
S
D
 
D
C
 
I
T
 
I
S
 
A
L
 
I
E
 
-
I
 
-
G
 
-
N
 
-
H
 
-
E
 
-
D
 
-
K
 
-
K
 
K
E
 
S
G
 
P
K
 
D
T
 
T
Y
 
F
E
 
-
N
 
-
L
 
-
L
 
-
Y
 
-
Q
 
-
I
 
V
R
 
R
P
 
T
A
 
I
F
 
Y
G
 
A
G
 
G
N
 
N
I
 
A
V
 
L
A
 
C
T
 
T
I
 
-
V
 
V
N
 
K
P
 
C
E
 
D
H
 
E
R
 
K
P
 
V
Q
 
K
M
 
V
A
 
F
T
 
S
V
 
V
R
 
R
E
 
G
G
 
T
V
 
S
M
 
F
K
 
D
K
 
A
E
 
A
I
 
-
L
 
-
D
 
-
A
 
A
N
 
T
Y
 
S
K
 
G
G
 
G
E
 
S
I
 
A
I
 
S
R
 
S
H
 
E
D
 
K
V
 
A
A
 
S
K
 
S
Y
 
T
V
 
S
P
 
P
E
 
V
T
 
E
D
 
-
Y
 
-
V
 
I
V
 
S
K
 
E
V
 
W
I
 
L
D
 
D
R
 
Q
H
 
K
V
 
L
E
 
T
K
 
K
A
 
S
-
 
D
K
 
R
H
 
P
N
 
E
L
 
L
K
 
T
G
 
G
A
 
A
P
 
K
I
 
V
V
 
V
I
 
V
A
 
S
G
 
G
G
|
G
Y
x
R
G
 
G
M
 
L
G
 
K
S
 
S
R
 
G
E
 
E
N
 
N
F
 
F
D
 
K
M
 
L
L
 
L
F
 
Y
E
 
D
L
 
L
A
 
A
K
 
D
E
 
Q
L
 
L
H
 
H
A
 
A
E
 
A
V
 
V
G
 
G
A
 
A
S
|
S
R
|
R
A
|
A
A
 
A
V
 
V
D
 
D
A
 
A
G
 
G
Y
 
F
A
 
V
D
 
P
H
 
N
D
 
D
R
 
M
Q
|
Q
I
x
V
G
|
G
Q
 
Q
T
|
T
G
 
G
V
 
K
T
 
I
V
 
V
R
 
A
P
 
P
K
 
E
L
 
L
Y
 
Y
I
 
I
A
 
A
C
 
V
G
|
G
I
|
I
S
|
S
G
 
G
Q
x
A
I
 
I
Q
|
Q
H
|
H
I
 
L
A
 
A
G
 
G
M
 
M
Q
 
K
E
 
D
S
 
S
G
 
K
I
 
T
I
 
I
I
 
V
S
 
A
V
 
I
N
|
N
N
x
K
D
 
D
E
 
P
N
 
E
A
 
A
P
 
P
I
 
I
N
 
F
T
 
Q
I
 
V
A
 
A
D
 
D
Y
 
Y
V
 
G
I
 
I
N
 
V
G
 
A
T
x
D
V
x
L
E
 
F
E
 
K
V
 
V
I
 
V
P
 
P
K
 
E
M
 
M
I
 
T
K
 
E
Y
 
I
Y
 
L
K
 
K
Q
 
K
N
 
K

P13804 Electron transfer flavoprotein subunit alpha, mitochondrial; Alpha-ETF from Homo sapiens (Human) (see 6 papers)
31% identity, 99% coverage: 1:337/339 of query aligns to 19:333/333 of P13804

query
sites
P13804
M
 
F
N
x
Q
N
x
S
V
x
T
F
x
L
V
|
V
Y
x
I
L
x
A
E
|
E
I
x
H
E
x
A
G
x
N
T
x
D
T
x
S
V
x
L
A
|
A
D
x
P
V
x
I
S
x
T
L
|
L
E
x
N
L
x
T
L
x
I
T
|
T
K
x
A
G
x
A
R
x
T
K
x
R
L
|
L
A
x
G
N
x
G
Q
x
E
L
x
V
G
x
S
C
|
C
Q
 
-
L
 
-
E
 
-
A
 
-
V
x
L
A
x
V
A
|
A
G
|
G
N
x
T
N
x
K
L
x
C
A
x
D
G
x
K
I
x
V
E
x
A
K
x
Q
Q
x
D
V
x
L
L
x
C
P
x
K
F
x
V
-
x
A
G
|
G
V
x
I
D
x
A
K
|
K
L
x
V
H
x
L
V
|
V
F
x
A
D
x
Q
-
x
H
-
x
D
-
x
V
A
x
Y
P
x
K
G
|
G
L
|
L
F
x
L
P
|
P
Y
x
E
T
x
E
S
x
L
L
x
T
P
|
P
H
x
L
S
 
-
S
 
-
V
x
I
L
|
L
I
x
A
N
x
T
L
x
Q
F
x
K
K
x
Q
E
x
F
E
x
N
Q
x
Y
P
x
T
Q
x
H
I
|
I
C
|
C
L
 
-
M
x
A
G
|
G
A
|
A
T
x
S
V
x
A
I
x
F
G
|
G
R
x
K
D
x
N
L
|
L
G
x
L
P
|
P
R
|
R
V
|
V
S
x
A
S
x
A
A
x
K
L
|
L
T
x
E
S
x
V
G
x
A
L
x
P
T
x
I
A
x
S
D
|
D
C
x
I
T
x
I
S
x
A
L
x
I
E
 
-
I
 
-
G
 
-
N
 
-
H
 
-
E
 
-
D
 
-
K
 
-
K
|
K
E
x
S
G
x
P
K
x
D
T
|
T
Y
x
F
E
 
-
N
 
-
L
 
-
L
 
-
Y
 
-
Q
 
-
I
x
V
R
|
R
P
x
T
A
x
I
F
x
Y
G
x
A
G
|
G
N
|
N
I
x
A
V
x
L
A
x
C
T
|
T
I
 
-
V
|
V
N
x
K
P
x
C
E
x
D
H
x
E
R
x
K
P
x
V
Q
x
K
M
x
V
A
x
F
T
x
S
V
|
V
R
|
R
E
x
G
G
x
T
V
x
S
M
x
F
K
x
D
K
x
A
E
x
A
I
 
-
L
 
-
D
 
-
A
|
A
N
x
T
Y
x
S
K
x
G
G
|
G
E
x
S
I
x
A
I
x
S
R
x
S
H
x
E
D
x
K
V
x
A
A
x
S
K
x
S
Y
x
T
V
x
S
P
|
P
E
x
V
T
x
E
D
 
-
Y
 
-
V
x
I
V
x
S
K
x
E
V
x
W
I
x
L
D
|
D
R
x
Q
H
x
K
V
x
L
E
x
T
K
|
K
A
x
S
-
x
D
K
x
R
H
x
P
N
x
E
L
|
L
K
x
T
G
|
G
A
|
A
P
x
K
I
x
V
V
|
V
I
x
V
A
x
S
G
|
G
G
|
G
Y
x
R
G
|
G
M
x
L
G
x
K
S
|
S
R
x
G
E
|
E
N
|
N
F
|
F
D
x
K
M
x
L
L
|
L
F
x
Y
E
x
D
L
|
L
A
|
A
K
x
D
E
x
Q
L
|
L
H
|
H
A
|
A
E
x
A
V
|
V
G
|
G
A
|
A
S
|
S
R
|
R
A
|
A
A
|
A
V
|
V
D
|
D
A
|
A
G
|
G
Y
x
F
A
x
V
D
x
P
H
x
N
D
|
D
R
x
M
Q
|
Q
I
x
V
G
|
G
Q
|
Q
T
|
T
G
|
G
V
x
K
T
x
I
V
|
V
R
x
A
P
|
P
K
x
E
L
|
L
Y
|
Y
I
|
I
A
|
A
C
x
V
G
|
G
I
|
I
S
|
S
G
|
G
Q
x
A
I
|
I
Q
|
Q
H
|
H
I
x
L
A
|
A
G
|
G
M
|
M
Q
x
K
E
x
D
S
|
S
G
x
K
I
x
T
I
|
I
I
x
V
S
x
A
V
x
I
N
|
N
N
x
K
D
|
D
E
x
P
N
x
E
A
|
A
P
|
P
I
|
I
N
x
F
T
x
Q
I
x
V
A
|
A
D
|
D
Y
|
Y
V
x
G
I
|
I
N
x
V
G
x
A
T
x
D
V
x
L
E
x
F
E
x
K
V
|
V
I
x
V
P
|
P
K
x
E
M
|
M
I
x
T
K
x
E
Y
x
I
Y
x
L
K
|
K
Q
x
K
N
x
K

1efpA Electron transfer flavoprotein (etf) from paracoccus denitrificans (see paper)
36% identity, 69% coverage: 97:330/339 of query aligns to 90:303/307 of 1efpA

query
sites
1efpA
A
 
A
T
 
T
V
 
T
I
 
D
G
 
A
R
 
K
D
 
N
L
 
V
G
 
M
P
 
P
R
 
R
V
 
V
S
 
A
S
 
A
A
 
L
L
 
L
T
 
D
S
 
V
G
 
M
L
 
V
T
 
L
A
 
S
D
 
D
C
 
V
T
 
S
S
 
A
L
 
I
E
 
-
I
 
-
G
 
-
N
 
-
H
 
-
E
 
-
D
 
-
K
 
-
K
 
L
E
 
D
G
 
A
K
 
D
T
 
T
Y
 
F
E
 
E
N
 
-
L
 
-
L
 
-
Y
 
-
Q
 
-
I
 
-
R
 
R
P
 
P
A
 
I
F
 
Y
G
 
A
G
 
G
N
 
N
I
 
A
V
 
I
A
 
-
T
 
Q
I
 
V
V
 
V
N
 
K
P
 
S
E
 
K
H
 
D
R
 
A
P
 
K
Q
 
K
M
 
V
A
 
F
T
 
T
V
 
I
R
 
R
E
 
T
G
 
A
V
 
S
M
 
-
K
 
-
K
 
-
E
 
-
I
 
-
L
 
F
D
 
D
A
 
A
N
 
A
Y
 
G
K
 
E
G
 
G
E
 
G
I
 
T
I
 
A
R
 
P
H
 
V
D
 
T
V
 
E
A
 
T
K
 
A
Y
 
A
V
 
A
P
 
A
E
 
D
T
 
P
D
 
G
Y
 
L
V
 
S
V
 
S
K
 
W
V
 
V
I
 
A
D
 
D
R
 
E
H
 
V
V
 
A
E
 
E
K
 
S
A
 
D
K
 
R
H
 
P
N
 
E
L
 
L
K
 
T
G
 
S
A
 
A
P
 
R
I
 
R
V
 
V
I
 
V
A
 
S
G
 
G
G
|
G
Y
x
R
G
|
G
M
 
L
G
 
G
S
 
S
R
 
K
E
 
E
N
 
S
F
 
F
D
 
A
M
 
I
L
 
I
F
 
E
E
 
E
L
 
L
A
 
A
K
 
D
E
 
K
L
 
L
H
 
G
A
 
A
E
 
A
V
 
V
G
 
G
A
 
A
S
|
S
R
|
R
A
|
A
A
 
A
V
 
V
D
 
D
A
 
S
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
D
 
P
H
 
N
D
 
D
R
 
W
Q
|
Q
I
x
V
G
|
G
Q
 
Q
T
|
T
G
 
G
V
 
K
T
 
V
V
 
V
R
 
A
P
 
P
K
 
E
L
 
L
Y
 
Y
I
 
V
A
 
A
C
 
V
G
|
G
I
|
I
S
|
S
G
 
G
Q
x
A
I
 
I
Q
|
Q
H
|
H
I
 
L
A
 
A
G
 
G
M
 
M
Q
 
K
E
 
D
S
 
S
G
 
K
I
 
V
I
 
I
I
 
V
S
 
A
V
 
I
N
|
N
N
x
K
D
 
D
E
 
E
N
 
E
A
 
A
P
 
P
I
 
I
N
 
F
T
 
Q
I
 
I
A
 
A
D
 
D
Y
 
Y
V
 
G
I
 
L
N
 
V
G
 
G
T
x
D
V
x
L
E
 
F
E
 
S
V
 
V
I
 
V
P
 
P
K
 
E
M
 
L

5ow0A Crystal structure of an electron transfer flavoprotein from geobacter metallireducens (see paper)
29% identity, 76% coverage: 79:335/339 of query aligns to 58:292/292 of 5ow0A

query
sites
5ow0A
S
 
S
V
 
S
L
 
L
I
 
S
N
 
D
L
 
L
F
 
I
K
 
K
E
 
R
E
 
E
Q
 
R
P
 
Y
Q
 
E
I
 
L
C
 
I
L
 
L
M
 
L
G
 
S
A
 
T
T
 
T
V
 
A
I
 
I
G
 
G
R
 
S
D
 
G
L
 
L
G
 
A
P
 
G
R
 
P
V
 
L
S
 
A
S
 
V
A
 
S
L
 
L
T
 
G
S
 
A
G
 
P
L
 
I
T
 
L
A
 
S
D
 
E
C
 
V
T
 
T
S
 
A
L
 
I
E
 
S
I
 
-
G
 
-
N
 
-
H
 
-
E
 
-
D
 
-
K
 
-
K
 
-
E
 
P
G
 
D
K
 
L
T
 
T
Y
 
I
E
 
E
N
 
R
L
 
S
L
 
L
Y
 
Y
Q
 
-
I
 
-
R
 
-
P
 
-
A
 
-
F
 
-
G
 
-
G
 
G
N
 
S
I
 
K
V
 
A
A
 
V
T
 
A
I
 
R
V
 
Y
N
 
K
P
 
L
E
 
E
H
 
S
R
 
G
P
 
P
Q
 
L
M
 
V
A
 
L
T
 
T
V
 
I
R
 
K
E
 
R
G
 
K
V
 
Y
M
 
F
K
 
E
K
 
A
E
 
A
I
 
T
L
 
L
D
 
E
A
 
G
N
 
T
Y
 
T
K
 
A
G
 
T
E
 
E
I
 
E
I
 
L
R
 
P
H
 
V
D
 
G
V
 
P
A
 
Q
K
 
K
Y
 
-
V
 
-
P
 
-
E
 
-
T
 
-
D
 
-
Y
 
-
V
 
I
V
 
T
K
 
L
V
 
L
I
 
E
D
 
E
R
 
I
H
 
E
V
 
E
E
 
E
K
 
R
A
 
T
K
 
G
H
 
I
N
 
P
L
 
L
K
 
E
G
 
D
A
 
A
P
 
E
I
 
V
V
 
V
I
 
V
A
 
T
G
 
G
G
|
G
Y
x
R
G
|
G
M
 
I
G
 
G
S
 
S
R
 
G
E
 
D
N
 
N
F
 
F
D
 
S
M
 
I
L
 
L
F
 
K
E
 
E
L
 
I
A
 
A
K
 
G
E
 
M
L
 
L
H
 
N
A
 
G
E
 
A
V
 
V
G
 
G
A
 
A
S
|
S
R
|
R
A
 
G
A
 
A
V
 
V
D
 
D
A
 
E
G
 
G
Y
 
W
A
 
M
D
 
P
H
 
P
D
 
G
R
 
A
Q
|
Q
I
|
I
G
|
G
Q
 
Q
T
|
T
G
 
G
V
 
K
T
 
I
V
 
V
R
 
A
P
 
P
K
 
T
L
 
V
Y
 
Y
I
 
F
A
 
A
C
 
V
G
|
G
I
x
V
S
|
S
G
 
G
Q
x
A
I
 
S
Q
|
Q
H
|
H
I
 
L
A
 
A
G
 
G
M
 
I
Q
 
S
E
 
N
S
 
A
G
 
K
I
 
C
I
 
V
I
 
I
S
 
A
V
 
I
N
|
N
N
x
K
D
 
D
E
 
N
N
 
E
A
 
A
P
 
N
I
 
I
N
 
F
T
 
K
I
 
R
A
 
A
D
 
R
Y
 
F
V
 
G
I
 
I
N
 
V
G
 
G
T
x
D
V
x
Y
E
 
K
E
 
K
V
 
A
I
 
V
P
 
P
K
 
A
M
 
L
I
 
I
K
 
N
Y
 
A
Y
 
L
K
 
K

P53571 Electron transfer flavoprotein subunit alpha; Alpha-ETF; Electron transfer flavoprotein large subunit; ETFLS from Methylophilus methylotrophus (Bacterium W3A1) (see 2 papers)
46% identity, 29% coverage: 221:319/339 of query aligns to 205:304/321 of P53571

query
sites
P53571
I
 
F
V
 
I
I
 
M
A
 
S
G
 
I
G
 
G
Y
x
R
G
 
G
M
 
I
G
 
G
S
 
E
R
 
E
E
 
T
N
 
N
F
 
V
D
 
E
M
 
Q
L
 
F
F
 
R
E
 
E
L
 
L
A
 
A
K
 
D
E
 
E
L
 
A
H
 
G
A
 
A
E
 
T
V
 
L
G
 
C
A
 
C
S
|
S
R
|
R
A
 
P
A
 
I
V
 
A
D
 
D
A
 
A
G
 
G
Y
 
W
A
 
L
D
 
P
H
 
K
D
 
S
R
 
R
Q
|
Q
I
x
V
G
|
G
Q
|
Q
T
x
S
G
 
G
V
 
K
T
 
V
V
 
V
-
 
G
R
 
S
P
 
C
K
 
K
L
 
L
Y
 
Y
I
 
V
A
 
A
C
 
M
G
|
G
I
|
I
S
|
S
G
|
G
Q
x
S
I
|
I
Q
|
Q
H
|
H
I
 
M
A
 
A
G
 
G
M
 
M
Q
 
K
E
 
H
S
 
V
G
 
P
I
 
T
I
 
I
I
 
I
S
 
A
V
 
V
N
|
N
N
 
T
D
 
D
E
 
P
N
 
G
A
 
A
P
 
S
I
 
I
N
 
F
T
 
T
I
 
I
A
 
A
D
 
K
Y
 
Y
V
 
G
I
 
I

Sites not aligning to the query:

3clrD Crystal structure of the r236a etf mutant from m. Methylotrophus (see paper)
47% identity, 28% coverage: 226:319/339 of query aligns to 209:303/319 of 3clrD

query
sites
3clrD
G
|
G
Y
x
R
G
|
G
M
 
I
G
 
G
S
 
E
R
 
E
E
 
T
N
 
N
F
 
V
D
 
E
M
 
Q
L
 
F
F
 
R
E
 
E
L
 
L
A
 
A
K
 
D
E
 
E
L
 
A
H
 
G
A
 
A
E
 
T
V
 
L
G
 
C
A
 
C
S
|
S
R
x
A
A
x
P
A
 
I
V
 
A
D
 
D
A
 
A
G
 
G
Y
 
W
A
 
L
D
 
P
H
 
K
D
 
S
R
 
R
Q
|
Q
I
x
V
G
|
G
Q
|
Q
T
x
S
G
 
G
V
 
K
T
 
V
V
 
V
-
 
G
R
 
S
P
 
C
K
 
K
L
 
L
Y
 
Y
I
 
V
A
 
A
C
 
M
G
|
G
I
|
I
S
|
S
G
 
G
Q
x
S
I
 
I
Q
|
Q
H
|
H
I
 
M
A
 
A
G
 
G
M
 
M
Q
 
K
E
 
H
S
 
V
G
 
P
I
 
T
I
 
I
I
 
I
S
 
A
V
 
V
N
|
N
N
x
T
D
 
D
E
 
P
N
 
G
A
 
A
P
 
S
I
 
I
N
 
F
T
 
T
I
 
I
A
 
A
D
 
K
Y
 
Y
V
 
G
I
 
I

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_009121268.1 NCBI__GCF_900129655.1:WP_009121268.1
MNNVFVYLEIEGTTVADVSLELLTKGRKLANQLGCQLEAVAAGNNLAGIEKQVLPFGVDK
LHVFDAPGLFPYTSLPHSSVLINLFKEEQPQICLMGATVIGRDLGPRVSSALTSGLTADC
TSLEIGNHEDKKEGKTYENLLYQIRPAFGGNIVATIVNPEHRPQMATVREGVMKKEILDA
NYKGEIIRHDVAKYVPETDYVVKVIDRHVEKAKHNLKGAPIVIAGGYGMGSRENFDMLFE
LAKELHAEVGASRAAVDAGYADHDRQIGQTGVTVRPKLYIACGISGQIQHIAGMQESGII
ISVNNDENAPINTIADYVINGTVEEVIPKMIKYYKQNSK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory