SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_009141067.1 NCBI__GCF_000225705.1:WP_009141067.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

8zpfB Sfx reaction state structure (0-20min) of alanine racemase (see paper)
35% identity, 98% coverage: 10:383/383 of query aligns to 6:379/386 of 8zpfB

query
sites
8zpfB
R
 
R
W
 
E
A
 
V
W
 
W
V
 
I
E
 
E
I
 
V
D
 
N
Q
 
L
G
 
D
A
 
A
L
 
V
R
 
K
R
 
K
N
 
N
T
 
L
R
 
R
A
 
A
F
 
I
K
 
R
N
 
R
L
 
H
L
 
I
G
 
P
Y
 
H
G
 
K
K
 
S
R
 
K
L
 
I
C
 
M
C
 
A
V
 
V
V
 
V
K
|
K
A
 
A
D
 
N
A
 
G
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
S
V
 
I
Q
 
E
C
 
V
A
 
A
K
 
R
I
 
H
M
 
A
H
 
L
A
 
E
T
 
H
G
 
G
A
 
A
D
 
S
M
 
E
F
 
L
A
 
A
V
 
V
A
 
A
T
 
S
V
 
V
S
 
E
E
 
E
G
 
G
V
 
I
Q
 
V
L
 
L
R
 
R
E
 
K
G
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
T
S
 
A
P
 
P
I
 
I
L
 
L
V
 
V
L
 
L
N
 
G
E
 
F
P
 
T
P
 
S
I
 
L
D
 
S
A
 
C
C
 
V
D
 
K
T
 
K
L
 
S
L
 
A
E
 
A
Y
 
W
Q
 
N
I
 
I
M
 
T
P
 
L
S
 
S
V
 
A
Y
 
F
S
 
Q
S
 
V
E
 
D
F
 
W
A
 
M
L
 
K
A
 
E
Y
 
A
G
 
N
E
 
E
R
 
I
A
 
L
V
 
E
E
 
K
M
 
E
G
 
A
C
 
S
V
 
A
G
 
N
K
 
R
Y
 
L
-
 
A
-
 
I
H
 
H
M
 
I
A
 
N
I
 
V
E
 
D
T
 
T
G
 
G
M
 
M
N
 
G
R
|
R
I
 
L
G
 
G
V
 
V
R
 
R
F
 
T
T
 
K
-
 
E
D
 
E
V
 
L
L
 
L
E
 
E
F
 
V
R
 
V
R
 
K
E
 
A
I
 
L
D
 
K
F
 
A
H
 
S
R
 
K
G
 
F
I
 
L
E
 
R
C
 
W
D
 
T
G
 
G
V
 
I
F
 
F
T
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
S
T
 
T
A
 
A
D
 
D
D
 
E
P
 
P
D
 
D
G
 
T
W
 
T
D
 
L
Y
 
T
R
 
K
L
 
L
Q
 
Q
C
 
H
T
 
E
R
 
K
F
 
F
S
 
I
E
 
S
A
 
F
V
 
L
A
 
S
A
 
F
M
 
L
K
 
K
D
 
K
A
 
Q
G
 
G
F
 
I
E
 
E
C
 
L
G
 
P
I
 
T
V
 
V
H
 
H
C
 
M
S
 
C
N
 
N
T
|
T
P
 
A
A
 
A
S
 
A
M
 
I
L
 
A
D
 
F
H
 
P
S
 
E
M
 
F
Q
 
S
F
 
A
D
 
D
M
 
M
I
 
I
R
|
R
A
 
L
G
|
G
I
|
I
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
Q
 
Y
P
 
P
C
 
S
E
 
A
-
 
Y
-
 
I
K
 
K
S
 
Q
A
 
L
P
 
N
I
 
L
M
 
V
P
 
K
L
 
L
E
 
E
P
 
P
V
 
A
M
 
L
S
 
S
V
 
L
R
 
K
A
 
A
R
 
R
V
 
I
-
 
A
-
 
Y
-
 
V
-
 
K
T
 
T
R
 
M
T
 
R
I
 
T
H
 
E
P
 
P
A
 
-
M
 
-
G
 
-
E
 
R
G
 
T
V
 
V
G
 
S
Y
|
Y
G
 
G
F
 
A
T
 
T
F
 
Y
R
 
-
V
 
I
P
 
A
R
 
E
A
 
P
R
 
N
V
 
E
Q
 
V
V
 
I
C
 
A
T
 
T
I
 
L
P
 
P
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
Y
P
 
S
R
 
R
T
 
A
L
 
L
S
 
S
N
 
N
K
 
R
M
 
G
D
 
F
V
 
V
L
 
L
Y
 
H
R
 
R
G
 
G
Q
 
K
R
 
R
I
 
V
R
 
P
Q
 
V
V
 
A
G
 
G
N
 
R
I
 
V
C
x
T
M
|
M
D
 
D
Q
 
M
C
 
I
M
 
M
V
 
V
A
 
S
I
 
L
Q
 
G
Q
 
E
T
 
N
P
 
-
A
 
-
R
 
-
Q
 
-
M
 
-
P
 
G
E
 
E
A
 
G
E
 
K
V
 
Q
G
 
G
D
 
D
L
 
E
I
 
V
T
 
V
I
 
I
V
 
Y
G
 
G
K
 
K
D
 
Q
G
 
K
D
 
G
A
 
A
V
 
E
I
 
I
S
 
S
M
 
V
D
 
D
E
 
E
M
 
V
A
 
A
R
 
E
L
 
M
R
 
L
G
 
N
T
 
T
I
 
I
N
 
N
Y
|
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
V
C
 
S
G
 
T
F
 
L
G
 
S
M
 
R
R
 
R
L
 
I
E
 
P
K
 
R
V
 
F
Y
 
Y
I
 
I

6q70A Crystal structure of the alanine racemase bsu17640 from bacillus subtilis in the presence of hepes (see paper)
35% identity, 98% coverage: 10:383/383 of query aligns to 6:379/386 of 6q70A

query
sites
6q70A
R
 
R
W
 
E
A
 
V
W
 
W
V
 
I
E
 
E
I
 
V
D
 
N
Q
 
L
G
 
D
A
 
A
L
 
V
R
 
K
R
 
K
N
 
N
T
 
L
R
 
R
A
 
A
F
 
I
K
 
R
N
 
R
L
 
H
L
 
I
G
 
P
Y
 
H
G
 
K
K
 
S
R
 
K
L
 
I
C
 
M
C
 
A
V
|
V
V
 
V
K
|
K
A
 
A
D
 
N
A
 
G
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
S
V
 
I
Q
 
E
C
 
V
A
 
A
K
 
R
I
 
H
M
 
A
H
 
L
A
 
E
T
 
H
G
 
G
A
 
A
D
 
S
M
 
E
F
 
L
A
 
A
V
 
V
A
 
A
T
 
S
V
 
V
S
 
E
E
 
E
G
 
G
V
 
I
Q
 
V
L
 
L
R
 
R
E
 
K
G
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
T
S
 
A
P
 
P
I
 
I
L
 
L
V
 
V
L
|
L
N
 
G
E
 
F
P
 
T
P
 
S
I
 
L
D
 
S
A
 
C
C
 
V
D
 
K
T
 
K
L
 
S
L
 
A
E
 
A
Y
 
W
Q
 
N
I
 
I
M
 
T
P
 
L
S
 
S
V
 
A
Y
 
F
S
 
Q
S
 
V
E
 
D
F
 
W
A
 
M
L
 
K
A
 
E
Y
 
A
G
 
N
E
 
E
R
 
I
A
 
L
V
 
E
E
 
K
M
 
E
G
 
A
C
 
S
V
 
A
G
 
N
K
 
R
Y
 
L
-
 
A
-
 
I
H
 
H
M
 
I
A
 
N
I
 
V
E
 
D
T
 
T
G
 
G
M
 
M
N
 
G
R
|
R
I
 
L
G
 
G
V
 
V
R
 
R
F
 
T
T
 
K
-
 
E
D
 
E
V
 
L
L
 
L
E
 
E
F
 
V
R
 
V
R
 
K
E
 
A
I
 
L
D
 
K
F
 
A
H
 
S
R
 
K
G
 
F
I
 
L
E
 
R
C
 
W
D
 
T
G
 
G
V
 
I
F
 
F
T
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
S
T
 
T
A
 
A
D
 
D
D
 
E
P
 
P
D
 
D
G
 
T
W
 
T
D
 
L
Y
 
T
R
 
K
L
 
L
Q
 
Q
C
 
H
T
 
E
R
 
K
F
 
F
S
 
I
E
 
S
A
 
F
V
 
L
A
 
S
A
 
F
M
 
L
K
 
K
D
 
K
A
 
Q
G
 
G
F
 
I
E
 
E
C
 
L
G
 
P
I
 
T
V
 
V
H
 
H
C
 
M
S
 
C
N
 
N
T
|
T
P
 
A
A
 
A
S
 
A
M
 
I
L
 
A
D
 
F
H
 
P
S
 
E
M
 
F
Q
 
S
F
 
A
D
 
D
M
 
M
I
 
I
R
|
R
A
 
L
G
|
G
I
|
I
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
Q
 
Y
P
 
P
C
 
S
E
 
A
-
 
Y
-
 
I
K
 
K
S
 
Q
A
 
L
P
 
N
I
 
L
M
 
V
P
 
K
L
 
L
E
 
E
P
 
P
V
 
A
M
 
L
S
 
S
V
 
L
R
 
K
A
 
A
R
 
R
V
 
I
-
 
A
-
 
Y
-
 
V
-
 
K
T
 
T
R
 
M
T
 
R
I
 
T
H
 
E
P
 
P
A
 
-
M
 
-
G
 
-
E
 
R
G
 
T
V
 
V
G
 
S
Y
|
Y
G
 
G
F
 
A
T
 
T
F
 
Y
R
 
-
V
 
I
P
 
A
R
 
E
A
 
P
R
 
N
V
 
E
Q
 
V
V
 
I
C
 
A
T
 
T
I
 
L
P
 
P
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
Y
P
 
S
R
 
R
T
 
A
L
 
L
S
 
S
N
 
N
K
 
R
M
 
G
D
 
F
V
 
V
L
 
L
Y
 
H
R
 
R
G
 
G
Q
 
K
R
 
R
I
 
V
R
 
P
Q
 
V
V
 
A
G
 
G
N
 
R
I
 
V
C
x
T
M
 
M
D
|
D
Q
 
M
C
 
I
M
 
M
V
 
V
A
 
S
I
 
L
Q
 
G
Q
 
E
T
 
N
P
 
-
A
 
-
R
 
-
Q
 
-
M
 
-
P
 
G
E
 
E
A
 
G
E
 
K
V
 
Q
G
 
G
D
 
D
L
 
E
I
 
V
T
 
V
I
 
I
V
 
Y
G
 
G
K
 
K
D
 
Q
G
 
K
D
 
G
A
 
A
V
 
E
I
 
I
S
 
S
M
 
V
D
 
D
E
 
E
M
 
V
A
 
A
R
 
E
L
 
M
R
 
L
G
 
N
T
 
T
I
 
I
N
 
N
Y
|
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
V
C
 
S
G
 
T
F
 
L
G
 
S
M
 
R
R
 
R
L
 
I
E
 
P
K
 
R
V
 
F
Y
 
Y
I
 
I

5irpA Crystal structure of the alanine racemase bsu17640 from bacillus subtilis (see paper)
35% identity, 98% coverage: 10:383/383 of query aligns to 6:379/386 of 5irpA

query
sites
5irpA
R
 
R
W
 
E
A
 
V
W
 
W
V
 
I
E
 
E
I
 
V
D
 
N
Q
 
L
G
 
D
A
 
A
L
 
V
R
 
K
R
 
K
N
 
N
T
 
L
R
 
R
A
 
A
F
 
I
K
 
R
N
 
R
L
 
H
L
 
I
G
 
P
Y
 
H
G
 
K
K
 
S
R
 
K
L
 
I
C
 
M
C
 
A
V
 
V
V
 
V
K
|
K
A
 
A
D
 
N
A
 
G
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
S
V
 
I
Q
 
E
C
 
V
A
 
A
K
 
R
I
 
H
M
 
A
H
 
L
A
 
E
T
 
H
G
 
G
A
 
A
D
 
S
M
 
E
F
 
L
A
 
A
V
 
V
A
 
A
T
 
S
V
 
V
S
 
E
E
 
E
G
 
G
V
 
I
Q
 
V
L
 
L
R
 
R
E
 
K
G
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
T
S
 
A
P
 
P
I
 
I
L
 
L
V
 
V
L
|
L
N
 
G
E
 
F
P
 
T
P
 
S
I
 
L
D
 
S
A
 
C
C
 
V
D
 
K
T
 
K
L
 
S
L
 
A
E
 
A
Y
 
W
Q
 
N
I
 
I
M
 
T
P
 
L
S
 
S
V
 
A
Y
 
F
S
 
Q
S
 
V
E
 
D
F
 
W
A
 
M
L
 
K
A
 
E
Y
 
A
G
 
N
E
 
E
R
 
I
A
 
L
V
 
E
E
 
K
M
 
E
G
 
A
C
 
S
V
 
A
G
 
N
K
 
R
Y
 
L
-
 
A
-
 
I
H
 
H
M
 
I
A
 
N
I
 
V
E
 
D
T
 
T
G
 
G
M
 
M
N
 
G
R
|
R
I
 
L
G
 
G
V
 
V
R
 
R
F
 
T
T
 
K
-
 
E
D
 
E
V
 
L
L
 
L
E
 
E
F
 
V
R
 
V
R
 
K
E
 
A
I
x
L
D
x
K
F
 
A
H
x
S
R
 
K
G
 
F
I
x
L
E
 
R
C
 
W
D
 
T
G
 
G
V
 
I
F
 
F
T
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
S
T
 
T
A
 
A
D
|
D
D
 
E
P
 
P
D
 
D
G
 
T
W
 
T
D
 
L
Y
 
T
R
 
K
L
 
L
Q
 
Q
C
 
H
T
 
E
R
 
K
F
 
F
S
 
I
E
 
S
A
 
F
V
 
L
A
 
S
A
 
F
M
 
L
K
 
K
D
 
K
A
 
Q
G
 
G
F
 
I
E
 
E
C
 
L
G
 
P
I
 
T
V
 
V
H
 
H
C
 
M
S
 
C
N
|
N
T
|
T
P
 
A
A
 
A
S
 
A
M
 
I
L
 
A
D
 
F
H
 
P
S
 
E
M
 
F
Q
 
S
F
 
A
D
 
D
M
 
M
I
 
I
R
|
R
A
 
L
G
|
G
I
|
I
G
 
G
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
Q
 
Y
P
|
P
C
 
S
E
 
A
-
 
Y
-
 
I
K
 
K
S
 
Q
A
 
L
P
 
N
I
 
L
M
 
V
P
 
K
L
 
L
E
 
E
P
 
P
V
 
A
M
 
L
S
 
S
V
 
L
R
 
K
A
 
A
R
 
R
V
 
I
-
 
A
-
 
Y
-
 
V
-
 
K
T
 
T
R
 
M
T
 
R
I
 
T
H
 
E
P
 
P
A
 
-
M
 
-
G
 
-
E
 
R
G
 
T
V
 
V
G
 
S
Y
|
Y
G
 
G
F
 
A
T
 
T
F
 
Y
R
 
-
V
 
I
P
 
A
R
 
E
A
 
P
R
 
N
V
 
E
Q
 
V
V
 
I
C
 
A
T
 
T
I
 
L
P
 
P
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
Y
P
 
S
R
 
R
T
 
A
L
 
L
S
 
S
N
 
N
K
 
R
M
 
G
D
 
F
V
 
V
L
 
L
Y
 
H
R
 
R
G
 
G
Q
 
K
R
 
R
I
 
V
R
 
P
Q
 
V
V
 
A
G
 
G
N
 
R
I
 
V
C
x
T
M
 
M
D
|
D
Q
 
M
C
 
I
M
 
M
V
 
V
A
 
S
I
 
L
Q
 
G
Q
 
E
T
 
N
P
 
-
A
 
-
R
 
-
Q
 
-
M
 
-
P
 
G
E
 
E
A
 
G
E
 
K
V
 
Q
G
 
G
D
 
D
L
 
E
I
 
V
T
 
V
I
 
I
V
 
Y
G
 
G
K
 
K
D
 
Q
G
 
K
D
 
G
A
 
A
V
 
E
I
 
I
S
 
S
M
 
V
D
 
D
E
 
E
M
 
V
A
 
A
R
 
E
L
 
M
R
 
L
G
 
N
T
 
T
I
 
I
N
 
N
Y
|
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
V
C
 
S
G
 
T
F
 
L
G
 
S
M
 
R
R
 
R
L
 
I
E
 
P
K
 
R
V
 
F
Y
 
Y
I
 
I

2vd9A The crystal structure of alanine racemase from bacillus anthracis (ba0252) with bound l-ala-p (see paper)
33% identity, 98% coverage: 7:383/383 of query aligns to 2:371/386 of 2vd9A

query
sites
2vd9A
P
 
P
A
 
F
T
 
Y
R
 
R
W
 
D
A
 
T
W
 
W
V
 
V
E
 
E
I
 
V
D
 
D
Q
 
L
G
 
D
A
 
A
L
 
I
R
 
Y
R
 
N
N
 
N
T
 
V
R
 
T
A
 
H
F
 
I
K
 
K
N
 
E
L
 
F
L
 
I
G
 
P
Y
 
S
G
 
D
K
 
V
R
 
E
L
 
I
C
 
F
C
 
A
V
 
V
V
 
V
K
|
K
A
 
G
D
 
N
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
D
A
 
Y
V
 
V
Q
 
P
C
 
V
A
 
A
K
 
K
I
 
I
M
 
A
H
 
L
A
 
E
T
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
T
M
 
R
F
 
L
A
 
A
V
 
V
A
 
A
T
 
F
V
 
L
S
 
D
E
 
E
G
 
A
V
 
L
Q
 
V
L
 
L
R
 
R
E
 
R
G
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
T
S
 
A
P
 
P
I
 
I
L
 
L
V
 
V
L
 
L
N
 
G
E
 
P
P
 
S
P
 
P
I
 
P
D
 
R
A
 
D
C
 
I
D
 
N
T
 
V
L
 
A
L
 
A
E
 
E
Y
 
N
Q
 
D
I
 
V
M
 
A
P
 
L
S
 
T
V
 
V
Y
 
F
S
 
Q
S
 
K
E
 
E
F
 
W
A
 
V
L
 
-
A
 
-
Y
 
-
G
 
-
E
 
D
R
 
E
A
 
A
V
 
I
E
 
K
M
 
L
-
 
W
-
 
D
-
 
G
G
 
S
C
 
S
V
 
T
G
 
M
K
 
K
Y
 
Y
H
 
H
M
 
I
A
 
N
I
 
F
E
 
D
T
 
S
G
 
G
M
 
M
N
 
G
R
|
R
I
 
I
G
 
G
V
 
I
R
 
R
F
 
E
T
 
R
D
 
K
V
 
E
L
 
L
E
 
K
-
 
G
F
 
F
R
 
L
R
 
K
E
 
S
I
 
L
D
 
E
F
 
G
H
 
A
R
 
P
G
 
F
I
 
L
E
 
E
C
 
L
D
 
E
G
 
G
V
 
V
F
 
Y
T
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
A
T
 
T
A
 
A
D
 
D
D
 
E
P
 
V
D
 
E
G
 
T
W
 
S
D
 
Y
Y
 
F
R
 
D
L
 
K
Q
 
Q
C
 
Y
T
 
N
R
 
T
F
 
F
S
 
L
E
 
E
A
 
Q
V
 
L
A
 
S
A
 
W
M
 
L
K
 
K
D
 
E
A
 
F
G
 
G
F
 
V
E
 
D
C
 
P
G
 
K
I
 
F
V
 
V
H
 
H
C
 
T
S
 
A
N
|
N
T
x
S
P
 
A
A
 
A
S
 
T
M
 
L
L
 
R
D
 
F
H
 
Q
S
 
G
M
 
I
Q
 
T
F
 
F
D
 
N
M
 
A
I
 
V
R
|
R
A
 
I
G
|
G
I
|
I
G
 
A
L
 
M
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
Q
 
S
P
 
P
C
 
S
E
 
V
K
 
E
S
 
I
A
 
R
P
 
P
I
 
F
M
 
L
P
 
P
-
 
F
-
 
K
L
 
L
E
 
E
P
 
P
V
 
A
M
 
L
S
 
S
V
 
L
R
 
H
A
 
T
R
 
K
V
 
V
T
 
A
R
 
H
T
 
I
I
 
K
H
 
Q
P
 
V
A
 
I
M
 
K
G
 
G
E
 
D
G
 
G
V
 
I
G
 
S
Y
|
Y
G
 
N
F
 
V
T
 
T
F
 
Y
R
 
R
V
 
T
P
 
-
R
 
K
A
 
T
R
 
E
V
 
E
Q
 
W
V
 
I
C
 
A
T
 
T
I
 
V
P
 
A
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
W
P
 
L
R
 
R
T
 
R
L
 
L
S
 
Q
N
 
G
K
 
-
M
 
F
D
 
E
V
 
V
L
 
L
Y
 
V
R
 
N
G
 
G
Q
 
K
R
 
R
I
 
V
R
 
P
Q
 
I
V
 
V
G
 
G
N
 
R
I
 
V
C
x
T
M
|
M
D
|
D
Q
 
Q
C
 
F
M
 
M
V
 
I
A
 
-
I
 
-
Q
 
-
Q
 
-
T
 
-
P
 
-
A
 
-
R
 
-
Q
 
H
M
 
L
P
 
P
-
 
C
E
 
E
A
 
V
E
 
P
V
 
L
G
 
G
D
x
T
L
x
K
I
 
V
T
 
T
I
 
L
V
 
I
G
 
G
K
 
R
D
 
Q
G
 
G
D
 
D
A
 
E
V
 
Y
I
 
I
S
 
S
M
 
A
D
 
T
E
 
E
M
 
V
A
 
A
R
 
E
L
 
Y
R
 
S
G
 
G
T
 
T
I
 
I
N
 
N
Y
|
Y
E
 
E
V
 
I
A
 
I
C
 
T
G
 
T
F
 
I
G
 
S
M
 
F
R
 
R
L
 
V
E
 
P
K
 
R
V
 
I
Y
 
F
I
 
I

2vd8A The crystal structure of alanine racemase from bacillus anthracis (ba0252) (see paper)
33% identity, 98% coverage: 7:383/383 of query aligns to 3:372/387 of 2vd8A

query
sites
2vd8A
P
 
P
A
 
F
T
 
Y
R
 
R
W
 
D
A
 
T
W
 
W
V
 
V
E
 
E
I
 
V
D
 
D
Q
 
L
G
 
D
A
 
A
L
 
I
R
 
Y
R
 
N
N
 
N
T
 
V
R
 
T
A
 
H
F
 
I
K
 
K
N
 
E
L
 
F
L
 
I
G
 
P
Y
 
S
G
 
D
K
 
V
R
 
E
L
 
I
C
 
F
C
 
A
V
 
V
V
 
V
K
|
K
A
 
G
D
 
N
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
D
A
 
Y
V
 
V
Q
 
P
C
 
V
A
 
A
K
 
K
I
 
I
M
 
A
H
 
L
A
 
E
T
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
T
M
 
R
F
 
L
A
 
A
V
 
V
A
 
A
T
 
F
V
 
L
S
 
D
E
 
E
G
 
A
V
 
L
Q
 
V
L
 
L
R
 
R
E
 
R
G
 
A
G
 
G
I
 
I
K
 
T
S
 
A
P
 
P
I
 
I
L
 
L
V
 
V
L
 
L
N
 
G
E
 
P
P
 
S
P
 
P
I
 
P
D
 
R
A
 
D
C
 
I
D
 
N
T
 
V
L
 
A
L
 
A
E
 
E
Y
 
N
Q
 
D
I
 
V
M
 
A
P
 
L
S
 
T
V
 
V
Y
 
F
S
 
Q
S
 
K
E
 
E
F
 
W
A
 
V
L
 
-
A
 
-
Y
 
-
G
 
-
E
 
D
R
 
E
A
 
A
V
 
I
E
 
K
M
 
L
-
 
W
-
 
D
-
 
G
G
 
S
C
 
S
V
 
T
G
 
M
K
 
K
Y
 
Y
H
 
H
M
 
I
A
 
N
I
 
F
E
 
D
T
 
S
G
 
G
M
 
M
N
 
G
R
|
R
I
 
I
G
 
G
V
 
I
R
 
R
F
 
E
T
 
R
D
 
K
V
 
E
L
 
L
E
 
K
-
 
G
F
 
F
R
 
L
R
 
K
E
 
S
I
 
L
D
 
E
F
 
G
H
 
A
R
 
P
G
 
F
I
 
L
E
 
E
C
 
L
D
 
E
G
 
G
V
 
V
F
 
Y
T
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
A
T
 
T
A
 
A
D
 
D
D
 
E
P
 
V
D
 
E
G
 
T
W
 
S
D
 
Y
Y
 
F
R
 
D
L
 
K
Q
 
Q
C
 
Y
T
 
N
R
 
T
F
 
F
S
 
L
E
 
E
A
 
Q
V
 
L
A
 
S
A
 
W
M
 
L
K
 
K
D
 
E
A
 
F
G
 
G
F
 
V
E
 
D
C
 
P
G
 
K
I
 
F
V
 
V
H
 
H
C
 
T
S
 
A
N
 
N
T
x
S
P
 
A
A
 
A
S
 
T
M
 
L
L
 
R
D
 
F
H
 
Q
S
 
G
M
 
I
Q
 
T
F
 
F
D
 
N
M
 
A
I
 
V
R
|
R
A
 
I
G
|
G
I
|
I
G
 
A
L
 
M
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
Q
 
S
P
 
P
C
 
S
E
 
V
K
 
E
S
 
I
A
 
R
P
 
P
I
 
F
M
 
L
P
 
P
-
 
F
-
 
K
L
 
L
E
 
E
P
 
P
V
 
A
M
 
L
S
 
S
V
 
L
R
 
H
A
 
T
R
 
K
V
 
V
T
 
A
R
 
H
T
 
I
I
 
K
H
 
Q
P
 
V
A
 
I
M
 
K
G
 
G
E
 
D
G
 
G
V
 
I
G
 
S
Y
|
Y
G
 
N
F
 
V
T
 
T
F
 
Y
R
 
R
V
 
T
P
 
-
R
 
K
A
 
T
R
 
E
V
 
E
Q
 
W
V
 
I
C
 
A
T
 
T
I
 
V
P
 
A
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
W
P
 
L
R
 
R
T
 
R
L
 
L
S
 
Q
N
 
G
K
 
-
M
 
F
D
 
E
V
 
V
L
 
L
Y
 
V
R
 
N
G
 
G
Q
 
K
R
 
R
I
 
V
R
 
P
Q
 
I
V
 
V
G
 
G
N
 
R
I
 
V
C
x
T
M
 
M
D
|
D
Q
 
Q
C
 
F
M
 
M
V
 
I
A
 
-
I
 
-
Q
 
-
Q
 
-
T
 
-
P
 
-
A
 
-
R
 
-
Q
 
H
M
 
L
P
 
P
-
 
C
E
 
E
A
 
V
E
 
P
V
 
L
G
 
G
D
 
T
L
 
K
I
 
V
T
 
T
I
 
L
V
 
I
G
 
G
K
 
R
D
 
Q
G
 
G
D
 
D
A
 
E
V
 
Y
I
 
I
S
 
S
M
 
A
D
 
T
E
 
E
M
 
V
A
 
A
R
 
E
L
 
Y
R
 
S
G
 
G
T
 
T
I
 
I
N
 
N
Y
|
Y
E
 
E
V
 
I
A
 
I
C
 
T
G
 
T
F
 
I
G
 
S
M
 
F
R
 
R
L
 
V
E
 
P
K
 
R
V
 
I
Y
 
F
I
 
I

5yycA Crystal structure of alanine racemase from bacillus pseudofirmus (of4) (see paper)
34% identity, 99% coverage: 5:382/383 of query aligns to 2:366/368 of 5yycA

query
sites
5yycA
K
 
K
E
 
T
P
 
S
A
 
S
T
 
F
R
 
R
W
 
N
A
 
T
W
 
Y
V
 
A
E
 
Q
I
 
I
D
 
S
Q
 
L
G
 
Q
A
 
A
L
 
L
R
 
K
R
 
E
N
 
N
T
 
A
R
 
A
A
 
S
F
 
F
K
 
K
-
 
A
N
 
S
L
 
L
L
 
Q
G
 
S
Y
 
P
G
 
A
K
 
C
R
 
R
L
 
L
C
 
M
C
 
A
V
 
V
V
 
V
K
|
K
A
 
G
D
 
D
A
 
G
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
A
V
 
V
Q
 
A
C
 
A
A
 
A
K
 
S
I
 
S
M
 
A
H
 
L
A
 
N
T
 
G
G
 
G
A
 
A
D
 
D
M
 
Y
F
 
L
A
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
I
V
 
L
S
 
D
E
 
E
G
 
A
V
 
I
Q
 
E
L
 
L
R
 
R
E
 
D
G
 
A
G
 
G
I
 
V
K
 
E
S
 
A
P
 
P
I
 
I
L
 
L
V
 
V
L
 
L
N
 
G
E
 
Y
P
 
T
P
 
S
I
 
P
D
 
H
A
 
A
C
 
L
D
 
R
T
 
E
L
 
A
L
 
I
E
 
S
Y
 
R
Q
 
N
I
 
I
M
 
T
P
 
L
S
 
T
V
 
V
Y
 
F
S
 
S
S
 
T
E
 
D
F
 
V
A
 
R
L
 
D
A
 
A
Y
 
L
G
 
L
E
 
E
R
 
V
A
 
A
V
 
S
E
 
E
M
 
A
G
 
E
C
 
S
V
 
P
G
 
I
K
 
K
Y
 
V
H
 
H
M
 
I
A
 
K
I
 
T
E
 
E
T
 
T
G
 
G
M
 
M
N
 
G
R
|
R
I
 
V
G
 
G
V
 
V
R
 
Q
F
 
T
T
 
K
-
 
E
D
 
E
V
 
L
L
 
L
E
 
D
F
 
V
R
 
M
R
 
T
E
 
P
I
 
L
D
 
Y
F
 
H
H
 
H
R
 
N
G
 
N
I
 
I
E
 
E
C
 
V
D
 
E
G
 
G
V
 
I
F
 
F
T
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
A
T
 
E
A
 
A
D
 
D
D
 
N
P
 
L
D
 
Q
G
 
S
W
 
T
D
 
Y
Y
 
T
R
 
D
L
 
E
Q
 
Q
C
 
F
T
 
A
R
 
R
F
 
F
S
 
L
E
 
S
A
 
F
V
 
I
A
 
E
A
 
A
M
 
I
K
 
E
D
 
K
A
 
D
G
 
D
F
 
M
E
 
H
C
 
V
G
 
P
I
 
I
V
 
K
H
 
H
C
 
C
S
 
C
N
|
N
T
x
S
P
 
A
A
 
G
S
 
T
M
 
L
L
 
F
D
 
H
H
 
K
S
 
D
M
 
K
Q
 
H
F
 
L
D
 
D
M
 
M
I
 
V
R
|
R
A
 
V
G
|
G
I
|
I
G
 
S
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
Q
 
R
P
 
P
C
 
D
E
 
V
K
 
S
S
 
L
A
 
E
P
 
F
I
 
P
M
 
I
P
 
E
L
 
L
E
 
T
P
 
Q
V
 
A
M
 
M
S
 
R
V
 
L
R
 
F
A
 
S
R
 
S
V
 
I
T
 
V
R
 
S
T
 
L
I
 
R
H
 
K
P
 
L
A
 
P
M
 
E
G
 
G
E
 
S
G
 
S
V
 
I
G
 
S
Y
|
Y
G
 
G
F
 
R
T
 
T
F
 
H
R
 
K
V
 
L
P
 
S
R
 
S
A
 
E
R
 
K
V
 
V
Q
 
-
V
 
V
C
 
A
T
 
T
I
 
M
P
 
P
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
L
P
 
S
R
 
R
T
 
A
L
 
L
S
 
S
N
 
N
K
 
K
M
 
G
D
 
F
V
 
V
L
 
T
Y
 
L
R
 
H
G
 
G
Q
 
Q
R
 
K
I
 
A
R
 
P
Q
 
I
V
 
L
G
 
G
N
 
R
I
 
V
C
|
C
M
 
M
D
|
D
Q
 
Q
C
 
T
M
 
M
V
 
I
A
 
D
I
 
V
Q
 
T
Q
 
-
T
 
-
P
 
-
A
 
-
R
 
-
Q
 
D
M
 
I
P
 
P
E
 
D
A
 
A
E
 
A
V
 
L
G
 
G
D
 
D
L
 
H
I
 
V
T
 
E
I
 
-
V
 
-
G
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
-
D
 
-
A
 
-
V
 
-
I
 
F
S
 
P
M
 
I
D
 
D
E
 
E
M
 
M
A
 
A
R
 
E
L
 
L
R
 
T
G
 
G
T
 
T
I
 
I
N
 
N
Y
|
Y
E
 
E
V
 
I
A
 
V
C
 
C
G
 
A
F
 
V
G
 
S
M
 
K
R
 
R
L
 
V
E
 
P
K
 
R
V
 
Y
Y
 
Y

3e6eA Crystal structure of alanine racemase from e.Faecalis complex with cycloserine (see paper)
35% identity, 96% coverage: 14:382/383 of query aligns to 10:369/370 of 3e6eA

query
sites
3e6eA
V
 
L
E
 
H
I
 
I
D
 
D
Q
 
T
G
 
Q
A
 
A
L
 
I
R
 
T
R
 
E
N
 
N
T
 
V
R
 
Q
A
 
K
F
 
E
K
 
C
N
 
Q
L
 
R
L
 
L
G
 
P
Y
 
E
G
 
G
K
 
T
R
 
A
L
 
L
C
 
F
C
 
A
V
 
V
V
 
V
K
|
K
A
 
A
D
 
N
A
 
G
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
A
V
 
V
Q
 
E
C
 
S
A
 
A
K
 
K
I
 
A
M
 
A
H
 
K
A
 
K
T
 
G
G
 
G
A
 
A
D
 
T
M
 
G
F
 
F
A
 
C
V
 
V
A
 
A
T
 
L
V
 
L
S
 
D
E
 
E
G
 
A
V
 
I
Q
 
E
L
 
L
R
 
R
E
 
E
G
 
A
G
 
G
I
 
V
K
 
Q
S
 
D
P
 
P
I
 
I
L
 
L
V
 
I
L
|
L
N
 
S
E
 
V
P
 
V
P
 
D
I
 
L
D
 
A
A
 
Y
C
 
V
D
 
P
T
 
L
L
 
L
L
 
I
E
 
Q
Y
 
Y
Q
 
D
I
 
L
M
 
S
P
 
V
S
 
T
V
 
V
Y
 
A
S
 
T
S
 
Q
E
 
E
F
 
W
-
 
L
A
 
E
L
 
A
A
 
A
Y
 
L
G
 
Q
E
 
Q
R
 
L
A
 
T
V
 
P
E
 
E
M
 
S
G
 
N
C
 
T
V
 
P
G
 
L
K
 
R
Y
 
V
H
 
H
M
 
L
A
 
K
I
 
V
E
 
D
T
 
T
G
 
G
M
 
M
N
 
G
R
|
R
I
 
I
G
 
G
V
 
-
R
 
-
F
 
F
T
 
L
D
 
T
V
 
P
L
 
E
E
 
E
F
 
T
R
 
K
R
 
Q
E
 
A
I
 
V
D
 
R
F
 
F
-
 
V
-
 
Q
-
 
S
H
 
H
R
 
K
G
 
E
I
 
F
E
 
L
C
 
W
D
 
E
G
 
G
V
 
I
F
 
F
T
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
S
T
 
T
A
 
A
D
 
D
D
 
E
P
 
I
D
 
D
G
 
T
W
 
S
D
 
Y
Y
 
F
R
 
E
L
 
K
Q
 
Q
C
 
A
T
 
G
R
 
R
F
 
F
S
 
K
E
 
A
A
 
V
V
 
L
A
 
A
A
 
V
M
 
L
K
 
E
D
 
E
A
 
L
G
 
-
F
 
-
E
 
-
C
 
P
G
 
R
I
 
Y
V
 
V
H
 
H
C
 
V
S
 
S
N
 
N
T
x
S
P
 
A
A
 
T
S
 
A
M
 
L
L
 
W
D
 
H
H
 
P
S
 
D
M
 
V
Q
 
P
F
 
G
D
 
N
M
 
M
I
 
I
R
|
R
A
 
Y
G
|
G
I
x
V
G
 
A
L
 
M
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
Q
 
N
P
 
P
C
 
S
-
 
G
E
 
N
K
 
K
S
 
L
A
 
A
P
 
P
I
 
S
M
 
Y
P
 
A
L
 
L
E
 
K
P
 
P
V
 
A
M
 
L
S
 
R
V
 
L
R
 
T
A
 
S
R
 
E
V
 
L
T
 
I
R
 
H
T
 
V
I
 
K
H
 
R
P
 
L
A
 
A
M
 
A
G
 
G
E
 
E
G
 
G
V
 
I
G
 
G
Y
|
Y
G
 
G
F
 
E
T
 
T
F
 
Y
R
 
-
V
 
V
P
 
T
R
 
E
A
 
A
R
 
E
V
 
E
Q
 
W
V
 
I
C
 
G
T
 
T
I
 
V
P
 
P
V
 
I
G
 
G
Y
|
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
W
P
 
L
R
 
R
T
 
H
L
 
L
S
 
Q
N
 
G
K
 
-
M
 
F
D
 
T
V
 
V
L
 
L
Y
 
V
R
 
N
G
 
G
Q
 
K
R
 
R
I
 
C
R
 
E
Q
 
I
V
 
V
G
 
G
N
 
R
I
 
V
C
|
C
M
|
M
D
|
D
Q
 
Q
C
 
C
M
 
M
V
 
I
A
 
-
I
 
-
Q
 
-
Q
 
-
T
 
-
P
 
-
A
 
-
R
 
R
Q
 
L
M
 
A
P
 
E
E
 
E
A
 
V
E
 
P
V
 
V
G
 
G
D
 
P
L
 
V
I
 
V
T
 
T
I
 
L
V
 
V
G
 
G
K
 
K
D
 
D
G
 
G
D
 
N
A
 
E
V
 
E
I
 
N
S
 
T
M
 
L
D
 
Q
E
 
M
M
 
V
A
 
A
R
 
E
L
 
K
R
 
L
G
 
E
T
 
T
I
 
I
N
 
H
Y
|
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
A
C
 
C
G
 
T
F
 
F
G
 
S
M
 
Q
R
 
R
L
 
I
E
 
P
K
 
R
V
 
E
Y
 
Y

3e5pB Crystal structure of alanine racemase from e.Faecalis (see paper)
35% identity, 96% coverage: 14:382/383 of query aligns to 11:370/371 of 3e5pB

query
sites
3e5pB
V
 
L
E
 
H
I
 
I
D
 
D
Q
 
T
G
 
Q
A
 
A
L
 
I
R
 
T
R
 
E
N
 
N
T
 
V
R
 
Q
A
 
K
F
 
E
K
 
C
N
 
Q
L
 
R
L
 
L
G
 
P
Y
 
E
G
 
G
K
 
T
R
 
A
L
 
L
C
 
F
C
 
A
V
 
V
V
 
V
K
|
K
A
 
A
D
 
N
A
 
G
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
A
V
 
V
Q
 
E
C
 
S
A
 
A
K
 
K
I
 
A
M
 
A
H
 
K
A
 
K
T
 
G
G
 
G
A
 
A
D
 
T
M
 
G
F
 
F
A
 
C
V
 
V
A
 
A
T
 
L
V
 
L
S
 
D
E
 
E
G
 
A
V
 
I
Q
 
E
L
 
L
R
 
R
E
 
E
G
 
A
G
 
G
I
 
V
K
 
Q
S
 
D
P
 
P
I
 
I
L
 
L
V
 
I
L
 
L
N
 
S
E
 
V
P
 
V
P
 
D
I
 
L
D
 
A
A
 
Y
C
 
V
D
 
P
T
 
L
L
 
L
L
 
I
E
 
Q
Y
 
Y
Q
 
D
I
 
L
M
 
S
P
 
V
S
 
T
V
 
V
Y
 
A
S
 
T
S
 
Q
E
 
E
F
 
W
-
 
L
A
 
E
L
 
A
A
 
A
Y
 
L
G
 
Q
E
 
Q
R
 
L
A
 
T
V
 
P
E
 
E
M
 
S
G
 
N
C
 
T
V
 
P
G
 
L
K
 
R
Y
 
V
H
 
H
M
 
L
A
 
K
I
 
V
E
 
D
T
 
T
G
 
G
M
 
M
N
 
G
R
|
R
I
 
I
G
 
G
V
 
-
R
 
-
F
 
F
T
 
L
D
 
T
V
 
P
L
 
E
E
 
E
F
 
T
R
 
K
R
 
Q
E
 
A
I
 
V
D
 
R
F
 
F
-
 
V
-
 
Q
-
 
S
H
 
H
R
 
K
G
 
E
I
 
F
E
 
L
C
 
W
D
 
E
G
 
G
V
 
I
F
 
F
T
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
S
T
 
T
A
 
A
D
 
D
D
 
E
P
 
I
D
 
D
G
 
T
W
 
S
D
 
Y
Y
 
F
R
 
E
L
 
K
Q
 
Q
C
 
A
T
 
G
R
 
R
F
 
F
S
 
K
E
 
A
A
 
V
V
 
L
A
 
A
A
 
V
M
 
L
K
 
E
D
 
E
A
 
L
G
 
-
F
 
-
E
 
-
C
 
P
G
 
R
I
 
Y
V
 
V
H
 
H
C
 
V
S
 
S
N
 
N
T
x
S
P
 
A
A
 
T
S
 
A
M
 
L
L
 
W
D
 
H
H
 
P
S
 
D
M
 
V
Q
 
P
F
 
G
D
 
N
M
 
M
I
 
I
R
|
R
A
 
Y
G
|
G
I
x
V
G
 
A
L
 
M
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
Q
 
N
P
 
P
C
 
S
-
 
G
E
 
N
K
 
K
S
 
L
A
 
A
P
 
P
I
 
S
M
 
Y
P
 
A
L
 
L
E
 
K
P
 
P
V
 
A
M
 
L
S
 
R
V
 
L
R
 
T
A
 
S
R
 
E
V
 
L
T
 
I
R
 
H
T
 
V
I
 
K
H
 
R
P
 
L
A
 
A
M
 
A
G
 
G
E
 
E
G
 
G
V
 
I
G
 
G
Y
|
Y
G
 
G
F
 
E
T
 
T
F
 
Y
R
 
-
V
 
V
P
 
T
R
 
E
A
 
A
R
 
E
V
 
E
Q
 
W
V
 
I
C
 
G
T
 
T
I
 
V
P
 
P
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
W
P
 
L
R
 
R
T
 
H
L
 
L
S
 
Q
N
 
G
K
 
-
M
 
F
D
 
T
V
 
V
L
 
L
Y
 
V
R
 
N
G
 
G
Q
 
K
R
 
R
I
 
C
R
 
E
Q
 
I
V
 
V
G
 
G
N
 
R
I
 
V
C
|
C
M
 
M
D
|
D
Q
 
Q
C
 
C
M
 
M
V
 
I
A
 
-
I
 
-
Q
 
-
Q
 
-
T
 
-
P
 
-
A
 
-
R
 
R
Q
 
L
M
 
A
P
 
E
E
 
E
A
 
V
E
 
P
V
 
V
G
 
G
D
 
P
L
 
V
I
 
V
T
 
T
I
 
L
V
 
V
G
 
G
K
 
K
D
 
D
G
 
G
D
 
N
A
 
E
V
 
E
I
 
N
S
 
T
M
 
L
D
 
Q
E
 
M
M
 
V
A
 
A
R
 
E
L
 
K
R
 
L
G
 
E
T
 
T
I
 
I
N
 
H
Y
|
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
A
C
 
C
G
 
T
F
 
F
G
 
S
M
 
Q
R
 
R
L
 
I
E
 
P
K
 
R
V
 
E
Y
 
Y

1sftA Alanine racemase (see paper)
36% identity, 98% coverage: 10:383/383 of query aligns to 5:368/382 of 1sftA

query
sites
1sftA
R
 
R
W
 
D
A
 
T
W
 
W
V
 
A
E
 
E
I
 
V
D
 
D
Q
 
L
G
 
D
A
 
A
L
 
I
R
 
Y
R
 
D
N
 
N
T
 
V
R
 
E
A
 
N
F
 
L
K
 
R
N
 
R
L
 
L
L
 
L
G
 
P
Y
 
D
G
 
D
K
 
T
R
 
H
L
 
I
C
 
M
C
 
A
V
 
V
V
 
V
K
|
K
A
 
A
D
 
N
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
D
V
 
V
Q
 
Q
C
 
V
A
 
A
K
 
R
I
 
T
M
 
A
H
 
L
A
 
E
T
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
S
M
 
R
F
 
L
A
 
A
V
 
V
A
 
A
T
 
F
V
 
L
S
 
D
E
 
E
G
 
A
V
 
L
Q
 
A
L
 
L
R
 
R
E
 
E
G
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
E
S
 
A
P
 
P
I
 
I
L
 
L
V
 
V
L
|
L
N
 
G
E
 
A
P
 
S
-
 
R
P
 
P
I
 
A
D
 
D
A
 
A
C
 
A
D
 
-
T
 
L
L
 
A
L
 
A
E
 
Q
Y
 
Q
Q
 
R
I
 
I
M
 
A
P
 
L
S
 
T
V
 
V
Y
 
F
S
 
R
S
 
S
E
 
D
F
 
W
-
 
L
-
 
E
-
 
E
-
 
A
-
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
Y
Y
 
S
G
 
G
E
 
P
R
 
F
A
 
P
V
 
I
E
 
H
M
 
-
G
 
-
C
 
-
V
 
-
G
 
-
K
 
-
Y
 
F
H
 
H
M
 
L
A
 
K
I
 
M
E
 
D
T
 
T
G
 
G
M
 
M
N
 
G
R
|
R
I
 
L
G
 
G
V
 
V
R
 
K
F
 
-
T
 
-
D
 
D
V
 
E
L
 
E
E
 
E
F
 
T
R
 
K
R
 
R
-
 
I
-
 
V
-
 
A
E
 
L
I
 
I
D
 
E
F
 
R
H
 
H
R
 
P
G
 
H
I
 
F
E
 
V
C
 
L
D
 
E
G
 
G
V
 
L
F
 
Y
T
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
A
T
 
T
A
 
A
D
 
D
D
 
E
P
 
V
D
 
N
G
 
T
W
 
D
D
 
Y
Y
 
F
R
 
S
L
 
Y
Q
 
Q
C
 
Y
T
 
T
R
 
R
F
 
F
S
 
L
E
 
H
A
 
M
V
 
L
A
 
E
A
 
W
M
 
L
K
 
P
D
 
S
A
 
-
G
 
-
F
 
-
E
 
R
C
 
P
G
 
P
I
 
L
V
 
V
H
 
H
C
 
C
S
 
A
N
 
N
T
x
S
P
 
A
A
 
A
S
 
S
M
 
L
L
 
R
D
 
F
H
 
P
S
 
D
M
 
R
Q
 
T
F
 
F
D
 
N
M
 
M
I
 
V
R
|
R
A
 
F
G
|
G
I
|
I
G
 
A
L
 
M
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
Q
 
A
P
 
P
C
 
S
E
 
P
K
 
G
S
 
I
A
 
K
P
 
P
I
 
L
M
 
L
-
 
P
-
 
Y
P
 
P
L
 
L
E
 
K
P
 
E
V
 
A
M
 
F
S
 
S
V
 
L
R
 
H
A
 
S
R
 
R
V
 
L
T
 
V
R
 
H
T
 
V
I
 
K
H
 
K
P
 
L
A
 
Q
M
 
P
G
 
G
E
 
E
G
 
K
V
 
V
G
 
S
Y
|
Y
G
 
G
F
 
A
T
 
T
F
 
Y
R
 
-
V
 
T
P
 
A
R
 
Q
A
 
T
R
 
E
V
 
E
Q
 
W
V
 
I
C
 
G
T
 
T
I
 
I
P
 
P
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
W
P
 
L
R
 
R
T
 
R
L
 
L
S
 
Q
N
 
H
K
 
-
M
 
F
D
 
H
V
 
V
L
 
L
Y
 
V
R
 
D
G
 
G
Q
 
Q
R
 
K
I
 
A
R
 
P
Q
 
I
V
 
V
G
 
G
N
 
R
I
 
I
C
|
C
M
 
M
D
|
D
Q
 
Q
C
 
C
M
 
M
V
 
I
A
 
R
I
 
L
Q
 
P
Q
 
G
T
 
P
P
 
-
A
 
-
R
 
-
Q
 
-
M
 
L
P
 
P
E
 
-
A
 
-
E
 
-
V
 
V
G
 
G
D
 
T
L
 
K
I
 
V
T
 
T
I
 
L
V
 
I
G
 
G
K
 
R
D
 
Q
G
 
G
D
 
D
A
 
E
V
 
V
I
 
I
S
 
S
M
 
I
D
 
D
E
 
D
M
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
H
R
 
L
G
 
E
T
 
T
I
 
I
N
 
N
Y
|
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
P
C
 
C
G
 
T
F
 
I
G
 
S
M
 
Y
R
 
R
L
 
V
E
 
P
K
 
R
V
 
I
Y
 
F
I
 
F

1ftxA Crystal structure of alanine racemase in complex with d-alanine phosphonate
36% identity, 98% coverage: 10:383/383 of query aligns to 5:368/380 of 1ftxA

query
sites
1ftxA
R
 
R
W
 
D
A
 
T
W
 
W
V
 
A
E
 
E
I
 
V
D
 
D
Q
 
L
G
 
D
A
 
A
L
 
I
R
 
Y
R
 
D
N
 
N
T
 
V
R
 
E
A
 
N
F
 
L
K
 
R
N
 
R
L
 
L
L
 
L
G
 
P
Y
 
D
G
 
D
K
 
T
R
 
H
L
 
I
C
 
M
C
 
A
V
 
V
V
 
V
K
|
K
A
 
A
D
 
N
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
D
V
 
V
Q
 
Q
C
 
V
A
 
A
K
 
R
I
 
T
M
 
A
H
 
L
A
 
E
T
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
S
M
 
R
F
 
L
A
 
A
V
 
V
A
 
A
T
 
F
V
 
L
S
 
D
E
 
E
G
 
A
V
 
L
Q
 
A
L
 
L
R
 
R
E
 
E
G
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
E
S
 
A
P
 
P
I
 
I
L
 
L
V
 
V
L
 
L
N
 
G
E
 
A
P
 
S
-
 
R
P
 
P
I
 
A
D
 
D
A
 
A
C
 
A
D
 
-
T
 
L
L
 
A
L
 
A
E
 
Q
Y
 
Q
Q
 
R
I
 
I
M
 
A
P
 
L
S
 
T
V
 
V
Y
 
F
S
 
R
S
 
S
E
 
D
F
 
W
-
 
L
-
 
E
-
 
E
-
 
A
-
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
Y
Y
 
S
G
 
G
E
 
P
R
 
F
A
 
P
V
 
I
E
 
H
M
 
-
G
 
-
C
 
-
V
 
-
G
 
-
K
 
-
Y
 
F
H
 
H
M
 
L
A
 
K
I
 
M
E
 
D
T
 
T
G
 
G
M
 
M
N
 
G
R
|
R
I
 
L
G
 
G
V
 
V
R
 
K
F
 
-
T
 
-
D
 
D
V
 
E
L
 
E
E
 
E
F
 
T
R
 
K
R
 
R
-
 
I
-
 
V
-
 
A
E
 
L
I
 
I
D
 
E
F
 
R
H
 
H
R
 
P
G
 
H
I
 
F
E
 
V
C
 
L
D
 
E
G
 
G
V
 
L
F
 
Y
T
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
A
T
 
T
A
 
A
D
 
D
D
 
E
P
 
V
D
 
N
G
 
T
W
 
D
D
 
Y
Y
 
F
R
 
S
L
 
Y
Q
 
Q
C
 
Y
T
 
T
R
 
R
F
 
F
S
 
L
E
 
H
A
 
M
V
 
L
A
 
E
A
 
W
M
 
L
K
 
P
D
 
S
A
 
-
G
 
-
F
 
-
E
 
R
C
 
P
G
 
P
I
 
L
V
 
V
H
 
H
C
 
C
S
 
A
N
|
N
T
x
S
P
 
A
A
 
A
S
 
S
M
 
L
L
 
R
D
 
F
H
 
P
S
 
D
M
 
R
Q
 
T
F
 
F
D
 
N
M
 
M
I
 
V
R
|
R
A
 
F
G
|
G
I
|
I
G
 
A
L
 
M
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
Q
 
A
P
 
P
C
 
S
E
 
P
K
 
G
S
 
I
A
 
K
P
 
P
I
 
L
M
 
L
-
 
P
-
 
Y
P
 
P
L
 
L
E
 
K
P
 
E
V
 
A
M
 
F
S
 
S
V
 
L
R
 
H
A
 
S
R
 
R
V
 
L
T
 
V
R
 
H
T
 
V
I
 
K
H
 
K
P
 
L
A
 
Q
M
 
P
G
 
G
E
 
E
G
 
K
V
 
V
G
 
S
Y
|
Y
G
 
G
F
 
A
T
 
T
F
 
Y
R
 
-
V
 
T
P
 
A
R
 
Q
A
 
T
R
 
E
V
 
E
Q
 
W
V
 
I
C
 
G
T
 
T
I
 
I
P
 
P
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
W
P
 
L
R
 
R
T
 
R
L
 
L
S
 
Q
N
 
H
K
 
-
M
 
F
D
 
H
V
 
V
L
 
L
Y
 
V
R
 
D
G
 
G
Q
 
Q
R
 
K
I
 
A
R
 
P
Q
 
I
V
 
V
G
 
G
N
 
R
I
 
I
C
|
C
M
|
M
D
|
D
Q
 
Q
C
 
C
M
 
M
V
 
I
A
 
R
I
 
L
Q
 
P
Q
 
G
T
 
P
P
 
-
A
 
-
R
 
-
Q
 
-
M
 
L
P
 
P
E
 
-
A
 
-
E
 
-
V
 
V
G
 
G
D
 
T
L
 
K
I
 
V
T
 
T
I
 
L
V
 
I
G
 
G
K
 
R
D
 
Q
G
 
G
D
 
D
A
 
E
V
 
V
I
 
I
S
 
S
M
 
I
D
 
D
E
 
D
M
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
H
R
 
L
G
 
E
T
 
T
I
 
I
N
 
N
Y
|
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
P
C
 
C
G
 
T
F
 
I
G
 
S
M
 
Y
R
 
R
L
 
V
E
 
P
K
 
R
V
 
I
Y
 
F
I
 
F

4lusB Alanine racemase [clostridium difficile 630] (see paper)
34% identity, 97% coverage: 12:383/383 of query aligns to 6:361/374 of 4lusB

query
sites
4lusB
A
 
T
W
 
W
V
 
A
E
 
E
I
 
I
D
 
N
Q
 
L
G
 
D
A
 
N
L
 
L
R
 
R
R
 
F
N
 
N
T
 
L
R
 
N
A
 
N
F
 
I
K
 
K
N
 
N
L
 
L
L
 
L
G
 
E
Y
 
E
G
 
D
K
 
I
R
 
K
L
 
I
C
 
C
C
 
G
V
 
V
V
 
I
K
|
K
A
 
A
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
A
V
 
V
Q
 
E
C
 
V
A
 
A
K
 
K
I
 
L
M
 
L
H
 
E
A
 
K
T
 
E
G
 
K
A
 
V
D
 
D
M
 
Y
F
 
L
A
 
A
V
 
V
A
 
A
T
 
R
V
 
T
S
 
A
E
 
E
G
 
G
V
 
I
Q
 
E
L
 
L
R
 
R
E
 
Q
G
 
N
G
 
G
I
 
I
K
x
T
S
 
L
P
|
P
I
 
I
L
 
L
V
 
N
L
 
L
N
 
G
E
 
Y
P
 
T
P
 
P
I
 
D
D
 
E
A
 
A
C
 
F
D
 
E
T
 
D
L
 
S
L
 
I
E
 
K
Y
 
N
Q
x
K
I
 
I
M
 
T
P
 
M
S
 
T
V
 
V
Y
 
Y
S
 
S
S
 
L
E
 
E
F
 
T
A
 
A
L
 
Q
A
 
K
Y
 
I
G
 
N
E
 
E
R
 
I
A
 
A
V
 
K
E
 
S
M
 
L
G
 
G
C
 
E
V
 
K
G
 
A
K
x
C
Y
 
V
H
 
H
M
 
V
A
 
K
I
 
I
E
 
D
T
 
S
G
 
G
M
 
F
N
 
Q
R
 
P
I
 
N
G
 
E
V
 
E
R
 
S
F
 
V
T
 
Q
D
 
E
V
 
I
L
 
I
E
 
E
F
 
L
R
 
N
R
 
K
E
 
-
I
 
L
D
 
E
F
 
Y
H
 
-
R
 
-
G
 
-
I
 
I
E
 
D
C
 
L
D
 
E
G
 
G
V
 
M
F
 
F
T
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
A
T
 
T
A
 
A
D
 
D
D
 
E
P
 
E
D
 
-
G
 
-
W
 
Y
D
 
T
Y
 
Y
R
 
K
L
 
-
Q
 
Q
C
 
A
T
 
N
R
 
N
F
 
Y
S
 
K
E
 
F
A
 
M
V
 
S
A
 
D
A
 
K
M
 
L
K
 
D
D
 
E
A
 
A
G
 
G
F
 
V
E
 
K
C
 
I
G
 
A
I
 
I
V
 
K
H
 
H
C
 
V
S
 
S
N
 
N
T
 
S
P
 
A
A
 
A
S
 
I
M
 
M
L
 
D
D
 
C
H
 
P
S
 
D
M
 
L
Q
 
R
F
 
L
D
 
N
M
 
M
I
 
V
R
|
R
A
 
A
G
 
G
I
 
I
G
 
I
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
L
 
H
Q
 
Y
P
 
P
C
 
S
E
 
D
K
 
D
S
 
V
-
 
F
A
 
K
P
 
D
I
 
R
M
 
L
P
 
E
L
 
L
E
 
R
P
 
P
V
 
A
M
 
M
S
 
K
V
 
L
R
 
K
A
 
S
R
 
K
V
 
I
T
 
G
R
 
H
T
 
I
I
 
K
H
 
Q
P
 
V
A
 
E
M
 
P
G
 
G
E
 
V
G
 
G
V
 
I
G
 
S
Y
|
Y
G
 
G
F
 
L
T
 
K
F
 
Y
R
 
-
V
 
T
P
 
T
R
 
T
A
 
G
R
 
K
V
 
E
Q
 
T
V
 
I
C
 
A
T
 
T
I
 
V
P
 
P
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
F
P
 
T
R
 
R
T
 
I
L
 
Q
S
 
K
N
 
N
K
 
P
M
 
-
D
 
K
V
 
V
L
 
L
Y
 
I
R
 
K
G
 
G
Q
 
E
R
 
V
I
 
F
R
 
D
Q
 
V
V
 
V
G
 
G
N
 
R
I
 
I
C
|
C
M
 
M
D
|
D
Q
 
Q
C
 
I
M
 
M
V
 
V
A
 
R
I
 
I
Q
 
D
Q
 
K
T
 
D
P
 
-
A
 
-
R
 
-
Q
 
-
M
 
-
P
 
I
E
 
D
A
 
I
E
 
K
V
 
V
G
 
G
D
 
D
L
 
E
I
 
V
T
 
I
I
 
L
V
 
F
G
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
G
D
 
E
A
 
G
V
 
E
I
 
V
S
 
T
M
 
A
D
 
E
E
 
R
M
 
I
A
 
A
R
 
K
L
 
D
R
 
L
G
 
G
T
 
T
I
 
I
N
 
N
Y
 
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
L
C
 
C
G
 
M
F
 
I
G
 
S
M
 
R
R
 
R
L
 
V
E
 
D
K
 
R
V
 
V
Y
 
Y
I
 
M

P10724 Alanine racemase; EC 5.1.1.1 from Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) (see 8 papers)
36% identity, 98% coverage: 10:383/383 of query aligns to 6:369/388 of P10724

query
sites
P10724
R
 
R
W
 
D
A
 
T
W
 
W
V
 
A
E
 
E
I
 
V
D
 
D
Q
 
L
G
 
D
A
 
A
L
 
I
R
 
Y
R
 
D
N
 
N
T
 
V
R
 
E
A
 
N
F
 
L
K
 
R
N
 
R
L
 
L
L
 
L
G
 
P
Y
 
D
G
 
D
K
 
T
R
 
H
L
 
I
C
 
M
C
 
A
V
 
V
V
 
V
K
|
K
A
 
A
D
 
N
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
D
V
 
V
Q
 
Q
C
 
V
A
 
A
K
 
R
I
 
T
M
 
A
H
 
L
A
 
E
T
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
S
M
 
R
F
 
L
A
 
A
V
 
V
A
 
A
T
 
F
V
 
L
S
 
D
E
 
E
G
 
A
V
 
L
Q
 
A
L
 
L
R
 
R
E
 
E
G
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
E
S
 
A
P
 
P
I
 
I
L
 
L
V
 
V
L
 
L
N
 
G
E
 
A
P
 
S
-
 
R
P
 
P
I
 
A
D
 
D
A
 
A
C
 
A
D
 
-
T
 
L
L
 
A
L
 
A
E
 
Q
Y
 
Q
Q
 
R
I
 
I
M
 
A
P
 
L
S
 
T
V
 
V
Y
 
F
S
 
R
S
 
S
E
 
D
F
 
W
-
 
L
-
 
E
-
 
E
-
 
A
-
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
Y
Y
 
S
G
 
G
E
 
P
R
 
F
A
 
P
V
 
I
E
 
H
M
 
-
G
 
-
C
 
-
V
 
-
G
 
-
K
 
-
Y
 
F
H
 
H
M
 
L
A
x
K
I
 
M
E
 
D
T
 
T
G
 
G
M
 
M
N
 
G
R
|
R
I
 
L
G
 
G
V
 
V
R
 
K
F
 
-
T
 
-
D
 
D
V
 
E
L
 
E
E
 
E
F
 
T
R
 
K
R
 
R
-
 
I
-
 
V
-
 
A
E
 
L
I
 
I
D
 
E
F
 
R
H
 
H
R
 
P
G
 
H
I
 
F
E
 
V
C
 
L
D
 
E
G
 
G
V
 
L
F
 
Y
T
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
A
T
 
T
A
 
A
D
 
D
D
 
E
P
 
V
D
 
N
G
 
T
W
 
D
D
 
Y
Y
 
F
R
 
S
L
 
Y
Q
 
Q
C
 
Y
T
 
T
R
 
R
F
 
F
S
 
L
E
 
H
A
 
M
V
 
L
A
 
E
A
 
W
M
 
L
K
 
P
D
 
S
A
 
-
G
 
-
F
 
-
E
 
R
C
 
P
G
 
P
I
 
L
V
 
V
H
 
H
C
 
C
S
 
A
N
 
N
T
 
S
P
 
A
A
 
A
S
 
S
M
 
L
L
 
R
D
 
F
H
 
P
S
 
D
M
 
R
Q
 
T
F
 
F
D
 
N
M
 
M
I
 
V
R
|
R
A
 
F
G
 
G
I
 
I
G
 
A
L
 
M
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
Q
 
A
P
 
P
C
 
S
E
 
P
K
 
G
S
 
I
A
 
K
P
 
P
I
 
L
M
 
L
-
 
P
-
 
Y
P
 
P
L
 
L
E
 
K
P
 
E
V
 
A
M
 
F
S
 
S
V
 
L
R
 
H
A
 
S
R
 
R
V
 
L
T
 
V
R
 
H
T
 
V
I
 
K
H
 
K
P
 
L
A
 
Q
M
 
P
G
 
G
E
 
E
G
 
K
V
 
V
G
 
S
Y
|
Y
G
 
G
F
 
A
T
 
T
F
 
Y
R
 
-
V
 
T
P
 
A
R
 
Q
A
 
T
R
 
E
V
 
E
Q
 
W
V
 
I
C
 
G
T
 
T
I
 
I
P
 
P
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
W
P
 
L
R
 
R
T
 
R
L
 
L
S
 
Q
N
 
H
K
 
-
M
 
F
D
 
H
V
 
V
L
 
L
Y
 
V
R
 
D
G
 
G
Q
 
Q
R
 
K
I
 
A
R
 
P
Q
 
I
V
 
V
G
 
G
N
 
R
I
 
I
C
 
C
M
|
M
D
 
D
Q
 
Q
C
 
C
M
 
M
V
 
I
A
 
R
I
 
L
Q
 
P
Q
 
G
T
 
P
P
 
-
A
 
-
R
 
-
Q
 
-
M
 
L
P
 
P
E
 
-
A
 
-
E
 
-
V
 
V
G
 
G
D
 
T
L
 
K
I
 
V
T
 
T
I
 
L
V
 
I
G
 
G
K
 
R
D
 
Q
G
 
G
D
 
D
A
 
E
V
 
V
I
 
I
S
 
S
M
 
I
D
 
D
E
 
D
M
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
H
R
 
L
G
 
E
T
 
T
I
 
I
N
 
N
Y
|
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
P
C
 
C
G
 
T
F
 
I
G
 
S
M
 
Y
R
 
R
L
 
V
E
 
P
K
 
R
V
 
I
Y
 
F
I
 
F

4y2wA Crystal structure of a thermostable alanine racemase from thermoanaerobacter tengcongensis mb4 (see paper)
32% identity, 97% coverage: 10:382/383 of query aligns to 7:374/388 of 4y2wA

query
sites
4y2wA
R
 
R
W
 
P
A
 
T
W
 
R
V
 
V
E
 
E
I
 
V
D
 
Y
Q
 
L
G
 
D
A
 
A
L
 
I
R
 
T
R
 
H
N
 
N
T
 
F
R
 
R
A
 
E
F
 
I
K
 
K
N
 
K
L
 
I
L
 
V
G
 
G
Y
 
K
G
 
N
K
 
V
R
 
K
L
 
I
C
 
M
C
 
A
V
 
V
V
 
I
K
|
K
A
 
G
D
 
D
A
 
A
Y
 
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
A
V
 
S
Q
 
Y
C
 
V
A
 
A
K
 
K
I
 
F
M
 
L
H
 
E
A
 
K
T
 
E
G
 
G
A
 
V
D
 
D
M
 
Y
F
 
F
A
 
G
V
 
V
A
 
A
T
 
T
V
 
T
S
 
E
E
 
E
G
 
A
V
 
L
Q
 
E
L
 
L
R
 
R
E
 
E
G
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
K
S
 
T
P
 
P
I
 
I
L
 
L
V
 
I
L
 
F
N
 
G
E
 
Y
P
 
T
P
 
P
I
 
P
D
 
T
A
 
Q
C
 
L
D
 
R
T
 
Q
L
 
I
L
 
V
E
 
K
Y
 
H
Q
 
D
I
 
L
M
 
T
P
 
Q
S
 
T
V
 
V
Y
 
Y
S
 
D
S
 
I
E
 
K
F
 
Y
A
 
A
L
 
K
A
 
E
Y
 
L
G
 
E
E
 
K
R
 
E
A
 
S
V
 
L
E
 
K
M
 
Q
G
 
N
C
 
K
V
 
R
G
 
A
K
 
K
Y
 
V
H
 
H
M
 
I
A
 
K
I
 
I
E
 
D
T
 
T
G
 
G
M
 
L
N
 
G
R
|
R
I
 
I
G
 
G
-
 
Y
V
 
I
R
 
D
F
 
F
T
 
D
D
 
L
V
 
A
L
 
Q
E
 
K
F
 
E
R
 
I
R
 
L
E
 
E
I
 
M
D
 
A
F
 
N
H
 
M
R
 
R
G
 
G
I
 
L
E
 
I
C
 
L
D
 
E
G
 
G
V
 
I
F
 
Y
T
 
S
H
|
H
F
 
F
A
 
A
T
 
A
A
 
A
D
 
S
D
 
E
P
 
-
D
 
D
G
 
D
W
 
R
D
 
D
Y
 
Y
-
 
C
R
 
K
L
 
E
Q
 
Q
C
 
F
T
 
D
R
 
K
F
 
F
S
 
M
E
 
N
A
 
L
V
 
I
A
 
S
A
 
S
M
 
L
K
 
E
D
 
K
A
 
K
G
 
R
F
 
L
E
 
K
C
 
I
G
 
P
I
 
L
V
 
K
H
 
H
C
 
I
S
 
A
N
|
N
T
x
A
P
 
A
A
 
A
S
 
I
M
 
L
L
 
N
D
 
L
H
 
N
S
 
Y
M
 
S
Q
 
H
F
 
L
D
 
D
M
 
M
I
 
V
R
|
R
A
 
P
G
 
G
I
|
I
G
 
I
L
 
L
Y
 
F
G
 
G
L
 
A
Q
 
Y
P
 
P
C
 
S
E
 
K
K
 
R
S
 
V
A
 
E
P
 
R
I
 
K
M
 
V
P
 
E
L
 
L
E
 
R
P
 
E
V
 
T
M
 
L
S
 
R
V
 
F
R
 
T
A
 
T
R
 
R
V
 
V
T
 
V
R
 
H
T
 
L
I
 
K
H
 
D
P
 
V
A
 
P
M
 
A
G
 
G
E
 
F
G
 
F
V
 
I
G
 
G
Y
|
Y
G
 
G
F
 
K
T
 
S
F
 
F
R
 
V
V
 
T
P
 
K
R
 
R
A
 
K
R
 
S
V
 
V
Q
 
-
V
 
I
C
 
A
T
 
T
I
 
I
P
 
P
V
 
V
G
 
G
Y
|
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
L
P
 
D
R
 
R
T
 
R
L
 
L
S
 
S
N
 
N
K
 
N
M
 
Y
D
 
K
V
 
L
L
 
L
Y
 
L
R
 
K
G
 
G
Q
 
K
R
 
Y
I
 
V
R
 
P
Q
 
I
V
 
V
G
 
G
N
 
R
I
 
V
C
|
C
M
|
M
D
|
D
Q
 
Q
C
 
C
M
 
M
V
 
I
A
 
D
I
 
V
Q
 
T
Q
 
D
T
 
V
P
 
E
A
 
G
R
 
-
Q
 
-
M
 
-
P
 
-
E
 
-
A
 
V
E
 
E
V
 
I
G
 
G
D
 
D
L
 
E
I
 
V
T
 
V
I
 
I
V
 
I
G
 
G
K
 
T
D
 
Q
G
 
N
D
 
N
A
 
E
V
 
T
I
 
V
S
 
S
M
 
V
D
 
E
E
 
S
M
 
M
A
 
A
R
 
D
L
 
K
R
 
I
G
 
E
T
 
T
I
 
I
N
 
P
Y
 
Q
E
 
E
V
 
V
A
 
F
C
 
S
G
 
R
F
 
I
G
 
S
M
 
R
R
 
R
L
 
V
E
 
P
K
 
R
V
 
V
Y
 
Y

1l6gA Alanine racemase bound with n-(5'-phosphopyridoxyl)-d-alanine (see paper)
36% identity, 98% coverage: 10:383/383 of query aligns to 5:368/382 of 1l6gA

query
sites
1l6gA
R
 
R
W
 
D
A
 
T
W
 
W
V
 
A
E
 
E
I
 
V
D
 
D
Q
 
L
G
 
D
A
 
A
L
 
I
R
 
Y
R
 
D
N
 
N
T
 
V
R
 
E
A
 
N
F
 
L
K
 
R
N
 
R
L
 
L
L
 
L
G
 
P
Y
 
D
G
 
D
K
 
T
R
 
H
L
 
I
C
 
M
C
 
A
V
 
V
V
 
V
K
|
K
A
 
A
D
 
N
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
D
V
 
V
Q
 
Q
C
 
V
A
 
A
K
 
R
I
 
T
M
 
A
H
 
L
A
 
E
T
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
S
M
 
R
F
 
L
A
 
A
V
 
V
A
 
A
T
 
F
V
 
L
S
 
D
E
 
E
G
 
A
V
 
L
Q
 
A
L
 
L
R
 
R
E
 
E
G
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
E
S
 
A
P
 
P
I
 
I
L
 
L
V
 
V
L
 
L
N
 
G
E
 
A
P
 
S
-
 
R
P
 
P
I
 
A
D
 
D
A
 
A
C
 
A
D
 
-
T
 
L
L
 
A
L
 
A
E
 
Q
Y
 
Q
Q
 
R
I
 
I
M
 
A
P
 
L
S
 
T
V
 
V
Y
 
F
S
 
R
S
 
S
E
 
D
F
 
W
-
 
L
-
 
E
-
 
E
-
 
A
-
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
Y
Y
 
S
G
 
G
E
 
P
R
 
F
A
 
P
V
 
I
E
 
H
M
 
-
G
 
-
C
 
-
V
 
-
G
 
-
K
 
-
Y
 
F
H
 
H
M
 
L
A
 
K
I
 
M
E
 
D
T
 
T
G
 
G
M
 
M
N
 
G
R
|
R
I
 
L
G
 
G
V
 
V
R
 
K
F
 
-
T
 
-
D
 
D
V
 
E
L
 
E
E
 
E
F
 
T
R
 
K
R
 
R
-
 
I
-
 
V
-
 
A
E
 
L
I
 
I
D
 
E
F
 
R
H
 
H
R
 
P
G
 
H
I
 
F
E
 
V
C
 
L
D
 
E
G
 
G
V
 
L
F
 
Y
T
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
A
T
 
T
A
 
A
D
 
D
D
 
E
P
 
V
D
 
N
G
 
T
W
 
D
D
 
Y
Y
 
F
R
 
S
L
 
Y
Q
 
Q
C
 
Y
T
 
T
R
 
R
F
 
F
S
 
L
E
 
H
A
 
M
V
 
L
A
 
E
A
 
W
M
 
L
K
 
P
D
 
S
A
 
-
G
 
-
F
 
-
E
 
R
C
 
P
G
 
P
I
 
L
V
 
V
H
 
H
C
 
C
S
 
A
N
 
N
T
x
S
P
 
A
A
 
A
S
 
S
M
 
L
L
 
R
D
 
F
H
 
P
S
 
D
M
 
R
Q
 
T
F
 
F
D
 
N
M
 
M
I
 
V
R
|
R
A
 
F
G
|
G
I
|
I
G
 
A
L
 
M
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
Q
 
A
P
 
P
C
 
S
E
 
P
K
 
G
S
 
I
A
 
K
P
 
P
I
 
L
M
 
L
-
 
P
-
 
Y
P
 
P
L
 
L
E
 
K
P
 
E
V
 
A
M
 
F
S
 
S
V
 
L
R
 
H
A
 
S
R
 
R
V
 
L
T
 
V
R
 
H
T
 
V
I
 
K
H
 
K
P
 
L
A
 
Q
M
 
P
G
 
G
E
 
E
G
 
K
V
 
V
G
 
S
Y
|
Y
G
 
G
F
 
A
T
 
T
F
 
Y
R
 
-
V
 
T
P
 
A
R
 
Q
A
 
T
R
 
E
V
 
E
Q
 
W
V
 
I
C
 
G
T
 
T
I
 
I
P
 
P
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
W
P
 
L
R
 
R
T
 
R
L
 
L
S
 
Q
N
 
H
K
 
-
M
 
F
D
 
H
V
 
V
L
 
L
Y
 
V
R
 
D
G
 
G
Q
 
Q
R
 
K
I
 
A
R
 
P
Q
 
I
V
 
V
G
 
G
N
 
R
I
 
I
C
|
C
M
|
M
D
|
D
Q
 
Q
C
 
C
M
 
M
V
 
I
A
 
R
I
 
L
Q
 
P
Q
 
G
T
 
P
P
 
-
A
 
-
R
 
-
Q
 
-
M
 
L
P
 
P
E
 
-
A
 
-
E
 
-
V
 
V
G
 
G
D
 
T
L
 
K
I
 
V
T
 
T
I
 
L
V
 
I
G
 
G
K
 
R
D
 
Q
G
 
G
D
 
D
A
 
E
V
 
V
I
 
I
S
 
S
M
 
I
D
 
D
E
 
D
M
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
H
R
 
L
G
 
E
T
 
T
I
 
I
N
 
N
Y
|
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
P
C
 
C
G
 
T
F
 
I
G
 
S
M
 
Y
R
 
R
L
 
V
E
 
P
K
 
R
V
 
I
Y
 
F
I
 
F

1l6fA Alanine racemase bound with n-(5'-phosphopyridoxyl)-l-alanine (see paper)
36% identity, 98% coverage: 10:383/383 of query aligns to 5:368/382 of 1l6fA

query
sites
1l6fA
R
 
R
W
 
D
A
 
T
W
 
W
V
 
A
E
 
E
I
 
V
D
 
D
Q
 
L
G
 
D
A
 
A
L
 
I
R
 
Y
R
 
D
N
 
N
T
 
V
R
 
E
A
 
N
F
 
L
K
 
R
N
 
R
L
 
L
L
 
L
G
 
P
Y
 
D
G
 
D
K
 
T
R
 
H
L
 
I
C
 
M
C
 
A
V
 
V
V
 
V
K
|
K
A
 
A
D
 
N
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
D
V
 
V
Q
 
Q
C
 
V
A
 
A
K
 
R
I
 
T
M
 
A
H
 
L
A
 
E
T
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
S
M
 
R
F
 
L
A
 
A
V
 
V
A
 
A
T
 
F
V
 
L
S
 
D
E
 
E
G
 
A
V
 
L
Q
 
A
L
 
L
R
 
R
E
 
E
G
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
E
S
 
A
P
 
P
I
 
I
L
 
L
V
 
V
L
 
L
N
 
G
E
 
A
P
 
S
-
 
R
P
 
P
I
 
A
D
 
D
A
 
A
C
 
A
D
 
-
T
 
L
L
 
A
L
 
A
E
 
Q
Y
 
Q
Q
 
R
I
 
I
M
 
A
P
 
L
S
 
T
V
 
V
Y
 
F
S
 
R
S
 
S
E
 
D
F
 
W
-
 
L
-
 
E
-
 
E
-
 
A
-
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
Y
Y
 
S
G
 
G
E
 
P
R
 
F
A
 
P
V
 
I
E
 
H
M
 
-
G
 
-
C
 
-
V
 
-
G
 
-
K
 
-
Y
 
F
H
 
H
M
 
L
A
 
K
I
 
M
E
 
D
T
 
T
G
 
G
M
 
M
N
 
G
R
|
R
I
 
L
G
 
G
V
 
V
R
 
K
F
 
-
T
 
-
D
 
D
V
 
E
L
 
E
E
 
E
F
 
T
R
 
K
R
 
R
-
 
I
-
 
V
-
 
A
E
 
L
I
 
I
D
 
E
F
 
R
H
 
H
R
 
P
G
 
H
I
 
F
E
 
V
C
 
L
D
 
E
G
 
G
V
 
L
F
 
Y
T
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
A
T
 
T
A
 
A
D
 
D
D
 
E
P
 
V
D
 
N
G
 
T
W
 
D
D
 
Y
Y
 
F
R
 
S
L
 
Y
Q
 
Q
C
 
Y
T
 
T
R
 
R
F
 
F
S
 
L
E
 
H
A
 
M
V
 
L
A
 
E
A
 
W
M
 
L
K
 
P
D
 
S
A
 
-
G
 
-
F
 
-
E
 
R
C
 
P
G
 
P
I
 
L
V
 
V
H
 
H
C
 
C
S
 
A
N
|
N
T
x
S
P
 
A
A
 
A
S
 
S
M
 
L
L
 
R
D
 
F
H
 
P
S
 
D
M
 
R
Q
 
T
F
 
F
D
 
N
M
 
M
I
 
V
R
|
R
A
 
F
G
|
G
I
|
I
G
 
A
L
 
M
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
Q
 
A
P
 
P
C
 
S
E
 
P
K
 
G
S
 
I
A
 
K
P
 
P
I
 
L
M
 
L
-
 
P
-
 
Y
P
 
P
L
 
L
E
 
K
P
 
E
V
 
A
M
 
F
S
 
S
V
 
L
R
 
H
A
 
S
R
 
R
V
 
L
T
 
V
R
 
H
T
 
V
I
 
K
H
 
K
P
 
L
A
 
Q
M
 
P
G
 
G
E
 
E
G
 
K
V
 
V
G
 
S
Y
|
Y
G
 
G
F
 
A
T
 
T
F
 
Y
R
 
-
V
 
T
P
 
A
R
 
Q
A
 
T
R
 
E
V
 
E
Q
 
W
V
 
I
C
 
G
T
 
T
I
 
I
P
 
P
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
W
P
 
L
R
 
R
T
 
R
L
 
L
S
 
Q
N
 
H
K
 
-
M
 
F
D
 
H
V
 
V
L
 
L
Y
 
V
R
 
D
G
 
G
Q
 
Q
R
 
K
I
 
A
R
 
P
Q
 
I
V
 
V
G
 
G
N
 
R
I
 
I
C
|
C
M
|
M
D
|
D
Q
 
Q
C
 
C
M
 
M
V
 
I
A
 
R
I
 
L
Q
 
P
Q
 
G
T
 
P
P
 
-
A
 
-
R
 
-
Q
 
-
M
 
L
P
 
P
E
 
-
A
 
-
E
 
-
V
 
V
G
 
G
D
 
T
L
 
K
I
 
V
T
 
T
I
 
L
V
 
I
G
 
G
K
 
R
D
 
Q
G
 
G
D
 
D
A
 
E
V
 
V
I
 
I
S
 
S
M
 
I
D
 
D
E
 
D
M
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
H
R
 
L
G
 
E
T
 
T
I
 
I
N
 
N
Y
|
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
P
C
 
C
G
 
T
F
 
I
G
 
S
M
 
Y
R
 
R
L
 
V
E
 
P
K
 
R
V
 
I
Y
 
F
I
 
F

1epvA Alanine racemase with bound inhibitor derived from d-cycloserine (see paper)
36% identity, 98% coverage: 10:383/383 of query aligns to 5:368/382 of 1epvA

query
sites
1epvA
R
 
R
W
 
D
A
 
T
W
 
W
V
 
A
E
 
E
I
 
V
D
 
D
Q
 
L
G
 
D
A
 
A
L
 
I
R
 
Y
R
 
D
N
 
N
T
 
V
R
 
E
A
 
N
F
 
L
K
 
R
N
 
R
L
 
L
L
 
L
G
 
P
Y
 
D
G
 
D
K
 
T
R
 
H
L
 
I
C
 
M
C
 
A
V
 
V
V
 
V
K
|
K
A
 
A
D
 
N
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
D
V
 
V
Q
 
Q
C
 
V
A
 
A
K
 
R
I
 
T
M
 
A
H
 
L
A
 
E
T
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
S
M
 
R
F
 
L
A
 
A
V
 
V
A
 
A
T
 
F
V
 
L
S
 
D
E
 
E
G
 
A
V
 
L
Q
 
A
L
 
L
R
 
R
E
 
E
G
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
E
S
 
A
P
 
P
I
 
I
L
 
L
V
 
V
L
|
L
N
 
G
E
 
A
P
 
S
-
 
R
P
 
P
I
 
A
D
 
D
A
 
A
C
 
A
D
 
-
T
 
L
L
 
A
L
 
A
E
 
Q
Y
 
Q
Q
 
R
I
 
I
M
 
A
P
 
L
S
 
T
V
 
V
Y
 
F
S
 
R
S
 
S
E
 
D
F
 
W
-
 
L
-
 
E
-
 
E
-
 
A
-
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
Y
Y
 
S
G
 
G
E
 
P
R
 
F
A
 
P
V
 
I
E
 
H
M
 
-
G
 
-
C
 
-
V
 
-
G
 
-
K
 
-
Y
 
F
H
 
H
M
 
L
A
 
K
I
 
M
E
 
D
T
 
T
G
 
G
M
 
M
N
 
G
R
|
R
I
 
L
G
 
G
V
 
V
R
 
K
F
 
-
T
 
-
D
 
D
V
 
E
L
 
E
E
 
E
F
 
T
R
 
K
R
 
R
-
 
I
-
 
V
-
 
A
E
 
L
I
 
I
D
 
E
F
 
R
H
 
H
R
 
P
G
 
H
I
 
F
E
 
V
C
 
L
D
 
E
G
 
G
V
 
L
F
 
Y
T
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
A
T
 
T
A
 
A
D
 
D
D
 
E
P
 
V
D
 
N
G
 
T
W
 
D
D
 
Y
Y
 
F
R
 
S
L
 
Y
Q
 
Q
C
 
Y
T
 
T
R
 
R
F
 
F
S
 
L
E
 
H
A
 
M
V
 
L
A
 
E
A
 
W
M
 
L
K
 
P
D
 
S
A
 
-
G
 
-
F
 
-
E
 
R
C
 
P
G
 
P
I
 
L
V
 
V
H
 
H
C
 
C
S
 
A
N
 
N
T
x
S
P
 
A
A
 
A
S
 
S
M
 
L
L
 
R
D
 
F
H
 
P
S
 
D
M
 
R
Q
 
T
F
 
F
D
 
N
M
 
M
I
 
V
R
|
R
A
 
F
G
|
G
I
|
I
G
 
A
L
 
M
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
Q
 
A
P
 
P
C
 
S
E
 
P
K
 
G
S
 
I
A
 
K
P
 
P
I
 
L
M
 
L
-
 
P
-
 
Y
P
 
P
L
 
L
E
 
K
P
 
E
V
 
A
M
 
F
S
 
S
V
 
L
R
 
H
A
 
S
R
 
R
V
 
L
T
 
V
R
 
H
T
 
V
I
 
K
H
 
K
P
 
L
A
 
Q
M
 
P
G
 
G
E
 
E
G
 
K
V
 
V
G
 
S
Y
|
Y
G
 
G
F
 
A
T
 
T
F
 
Y
R
 
-
V
 
T
P
 
A
R
 
Q
A
 
T
R
 
E
V
 
E
Q
 
W
V
 
I
C
 
G
T
 
T
I
 
I
P
 
P
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
W
P
 
L
R
 
R
T
 
R
L
 
L
S
 
Q
N
 
H
K
 
-
M
 
F
D
 
H
V
 
V
L
 
L
Y
 
V
R
 
D
G
 
G
Q
 
Q
R
 
K
I
 
A
R
 
P
Q
 
I
V
 
V
G
 
G
N
 
R
I
 
I
C
|
C
M
|
M
D
|
D
Q
 
Q
C
 
C
M
 
M
V
 
I
A
 
R
I
 
L
Q
 
P
Q
 
G
T
 
P
P
 
-
A
 
-
R
 
-
Q
 
-
M
 
L
P
 
P
E
 
-
A
 
-
E
 
-
V
 
V
G
 
G
D
 
T
L
 
K
I
 
V
T
 
T
I
 
L
V
 
I
G
 
G
K
 
R
D
 
Q
G
 
G
D
 
D
A
 
E
V
 
V
I
 
I
S
 
S
M
 
I
D
 
D
E
 
D
M
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
H
R
 
L
G
 
E
T
 
T
I
 
I
N
 
N
Y
|
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
P
C
 
C
G
 
T
F
 
I
G
 
S
M
 
Y
R
 
R
L
 
V
E
 
P
K
 
R
V
 
I
Y
 
F
I
 
F

1bd0A Alanine racemase complexed with alanine phosphonate (see paper)
36% identity, 98% coverage: 10:383/383 of query aligns to 5:368/381 of 1bd0A

query
sites
1bd0A
R
 
R
W
 
D
A
 
T
W
 
W
V
 
A
E
 
E
I
 
V
D
 
D
Q
 
L
G
 
D
A
 
A
L
 
I
R
 
Y
R
 
D
N
 
N
T
 
V
R
 
E
A
 
N
F
 
L
K
 
R
N
 
R
L
 
L
L
 
L
G
 
P
Y
 
D
G
 
D
K
 
T
R
 
H
L
 
I
C
 
M
C
 
A
V
 
V
V
 
V
K
|
K
A
 
A
D
 
N
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
D
V
 
V
Q
 
Q
C
 
V
A
 
A
K
 
R
I
 
T
M
 
A
H
 
L
A
 
E
T
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
S
M
 
R
F
 
L
A
 
A
V
 
V
A
 
A
T
 
F
V
 
L
S
 
D
E
 
E
G
 
A
V
 
L
Q
 
A
L
 
L
R
 
R
E
 
E
G
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
E
S
 
A
P
 
P
I
 
I
L
 
L
V
 
V
L
 
L
N
 
G
E
 
A
P
 
S
-
 
R
P
 
P
I
 
A
D
 
D
A
 
A
C
 
A
D
 
-
T
 
L
L
 
A
L
 
A
E
 
Q
Y
 
Q
Q
 
R
I
 
I
M
 
A
P
 
L
S
 
T
V
 
V
Y
 
F
S
 
R
S
 
S
E
 
D
F
 
W
-
 
L
-
 
E
-
 
E
-
 
A
-
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
Y
Y
 
S
G
 
G
E
 
P
R
 
F
A
 
P
V
 
I
E
 
H
M
 
-
G
 
-
C
 
-
V
 
-
G
 
-
K
 
-
Y
 
F
H
 
H
M
 
L
A
 
K
I
 
M
E
 
D
T
 
T
G
 
G
M
 
M
N
 
G
R
|
R
I
 
L
G
 
G
V
 
V
R
 
K
F
 
-
T
 
-
D
 
D
V
 
E
L
 
E
E
 
E
F
 
T
R
 
K
R
 
R
-
 
I
-
 
V
-
 
A
E
 
L
I
 
I
D
 
E
F
 
R
H
 
H
R
 
P
G
 
H
I
 
F
E
 
V
C
 
L
D
 
E
G
 
G
V
 
L
F
 
Y
T
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
A
T
 
T
A
 
A
D
 
D
D
 
E
P
 
V
D
 
N
G
 
T
W
 
D
D
 
Y
Y
 
F
R
 
S
L
 
Y
Q
 
Q
C
 
Y
T
 
T
R
 
R
F
 
F
S
 
L
E
 
H
A
 
M
V
 
L
A
 
E
A
 
W
M
 
L
K
 
P
D
 
S
A
 
-
G
 
-
F
 
-
E
 
R
C
 
P
G
 
P
I
 
L
V
 
V
H
 
H
C
 
C
S
 
A
N
|
N
T
x
S
P
 
A
A
 
A
S
 
S
M
 
L
L
 
R
D
 
F
H
 
P
S
 
D
M
 
R
Q
 
T
F
 
F
D
 
N
M
 
M
I
 
V
R
|
R
A
 
F
G
|
G
I
|
I
G
 
A
L
 
M
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
Q
 
A
P
 
P
C
 
S
E
 
P
K
 
G
S
 
I
A
 
K
P
 
P
I
 
L
M
 
L
-
 
P
-
 
Y
P
 
P
L
 
L
E
 
K
P
 
E
V
 
A
M
 
F
S
 
S
V
 
L
R
 
H
A
 
S
R
 
R
V
 
L
T
 
V
R
 
H
T
 
V
I
 
K
H
 
K
P
 
L
A
 
Q
M
 
P
G
 
G
E
 
E
G
 
K
V
 
V
G
 
S
Y
|
Y
G
 
G
F
 
A
T
 
T
F
 
Y
R
 
-
V
 
T
P
 
A
R
 
Q
A
 
T
R
 
E
V
 
E
Q
 
W
V
 
I
C
 
G
T
 
T
I
 
I
P
 
P
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
W
P
 
L
R
 
R
T
 
R
L
 
L
S
 
Q
N
 
H
K
 
-
M
 
F
D
 
H
V
 
V
L
 
L
Y
 
V
R
 
D
G
 
G
Q
 
Q
R
 
K
I
 
A
R
 
P
Q
 
I
V
 
V
G
 
G
N
 
R
I
 
I
C
|
C
M
|
M
D
|
D
Q
 
Q
C
 
C
M
 
M
V
 
I
A
 
R
I
 
L
Q
 
P
Q
 
G
T
 
P
P
 
-
A
 
-
R
 
-
Q
 
-
M
 
L
P
 
P
E
 
-
A
 
-
E
 
-
V
 
V
G
 
G
D
 
T
L
 
K
I
 
V
T
 
T
I
 
L
V
 
I
G
 
G
K
 
R
D
 
Q
G
 
G
D
 
D
A
 
E
V
 
V
I
 
I
S
 
S
M
 
I
D
 
D
E
 
D
M
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
H
R
 
L
G
 
E
T
 
T
I
 
I
N
 
N
Y
|
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
P
C
 
C
G
 
T
F
 
I
G
 
S
M
 
Y
R
 
R
L
 
V
E
 
P
K
 
R
V
 
I
Y
 
F
I
 
F

1xqlA Effect of a y265f mutant on the transamination based cycloserine inactivation of alanine racemase (see paper)
36% identity, 98% coverage: 10:383/383 of query aligns to 5:368/382 of 1xqlA

query
sites
1xqlA
R
 
R
W
 
D
A
 
T
W
 
W
V
 
A
E
 
E
I
 
V
D
 
D
Q
 
L
G
 
D
A
 
A
L
 
I
R
 
Y
R
 
D
N
 
N
T
 
V
R
 
E
A
 
N
F
 
L
K
 
R
N
 
R
L
 
L
L
 
L
G
 
P
Y
 
D
G
 
D
K
 
T
R
 
H
L
 
I
C
 
M
C
 
A
V
 
V
V
 
V
K
|
K
A
 
A
D
 
N
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
D
V
 
V
Q
 
Q
C
 
V
A
 
A
K
 
R
I
 
T
M
 
A
H
 
L
A
 
E
T
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
S
M
 
R
F
 
L
A
 
A
V
 
V
A
 
A
T
 
F
V
 
L
S
 
D
E
 
E
G
 
A
V
 
L
Q
 
A
L
 
L
R
 
R
E
 
E
G
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
E
S
 
A
P
 
P
I
 
I
L
 
L
V
 
V
L
|
L
N
 
G
E
 
A
P
 
S
-
 
R
P
 
P
I
 
A
D
 
D
A
 
A
C
 
A
D
 
-
T
 
L
L
 
A
L
 
A
E
 
Q
Y
 
Q
Q
 
R
I
 
I
M
 
A
P
 
L
S
 
T
V
 
V
Y
 
F
S
 
R
S
 
S
E
 
D
F
 
W
-
 
L
-
 
E
-
 
E
-
 
A
-
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
Y
Y
 
S
G
 
G
E
 
P
R
 
F
A
 
P
V
 
I
E
 
H
M
 
-
G
 
-
C
 
-
V
 
-
G
 
-
K
 
-
Y
 
F
H
 
H
M
 
L
A
 
K
I
 
M
E
 
D
T
 
T
G
 
G
M
 
M
N
 
G
R
|
R
I
 
L
G
 
G
V
 
V
R
 
K
F
 
-
T
 
-
D
 
D
V
 
E
L
 
E
E
 
E
F
 
T
R
 
K
R
 
R
-
 
I
-
 
V
-
 
A
E
 
L
I
 
I
D
 
E
F
 
R
H
 
H
R
 
P
G
 
H
I
 
F
E
 
V
C
 
L
D
 
E
G
 
G
V
 
L
F
 
Y
T
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
A
T
 
T
A
 
A
D
 
D
D
 
E
P
 
V
D
 
N
G
 
T
W
 
D
D
 
Y
Y
 
F
R
 
S
L
 
Y
Q
 
Q
C
 
Y
T
 
T
R
 
R
F
 
F
S
 
L
E
 
H
A
 
M
V
 
L
A
 
E
A
 
W
M
 
L
K
 
P
D
 
S
A
 
-
G
 
-
F
 
-
E
 
R
C
 
P
G
 
P
I
 
L
V
 
V
H
 
H
C
 
C
S
 
A
N
|
N
T
x
S
P
 
A
A
 
A
S
 
S
M
 
L
L
 
R
D
 
F
H
 
P
S
 
D
M
 
R
Q
 
T
F
 
F
D
 
N
M
 
M
I
 
V
R
|
R
A
 
F
G
|
G
I
|
I
G
 
A
L
 
M
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
Q
 
A
P
 
P
C
 
S
E
 
P
K
 
G
S
 
I
A
 
K
P
 
P
I
 
L
M
 
L
-
 
P
-
 
Y
P
 
P
L
 
L
E
 
K
P
 
E
V
 
A
M
 
F
S
 
S
V
 
L
R
 
H
A
 
S
R
 
R
V
 
L
T
 
V
R
 
H
T
 
V
I
 
K
H
 
K
P
 
L
A
 
Q
M
 
P
G
 
G
E
 
E
G
 
K
V
 
V
G
 
S
Y
x
F
G
 
G
F
 
A
T
 
T
F
 
Y
R
 
-
V
 
T
P
 
A
R
 
Q
A
 
T
R
 
E
V
 
E
Q
 
W
V
 
I
C
 
G
T
 
T
I
 
I
P
 
P
V
 
I
G
 
G
Y
|
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
W
P
 
L
R
 
R
T
 
R
L
 
L
S
 
Q
N
 
H
K
 
-
M
 
F
D
 
H
V
 
V
L
 
L
Y
 
V
R
 
D
G
 
G
Q
 
Q
R
 
K
I
 
A
R
 
P
Q
 
I
V
 
V
G
 
G
N
 
R
I
 
I
C
|
C
M
|
M
D
|
D
Q
 
Q
C
 
C
M
 
M
V
 
I
A
 
R
I
 
L
Q
 
P
Q
 
G
T
 
P
P
 
-
A
 
-
R
 
-
Q
 
-
M
 
L
P
 
P
E
 
-
A
 
-
E
 
-
V
 
V
G
 
G
D
 
T
L
 
K
I
 
V
T
 
T
I
 
L
V
 
I
G
 
G
K
 
R
D
 
Q
G
 
G
D
 
D
A
 
E
V
 
V
I
 
I
S
 
S
M
 
I
D
 
D
E
 
D
M
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
H
R
 
L
G
 
E
T
 
T
I
 
I
N
 
N
Y
|
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
P
C
 
C
G
 
T
F
 
I
G
 
S
M
 
Y
R
 
R
L
 
V
E
 
P
K
 
R
V
 
I
Y
 
F
I
 
F

1xqkA Effect of a y265f mutant on the transamination based cycloserine inactivation of alanine racemase (see paper)
36% identity, 98% coverage: 10:383/383 of query aligns to 5:368/382 of 1xqkA

query
sites
1xqkA
R
 
R
W
 
D
A
 
T
W
 
W
V
 
A
E
 
E
I
 
V
D
 
D
Q
 
L
G
 
D
A
 
A
L
 
I
R
 
Y
R
 
D
N
 
N
T
 
V
R
 
E
A
 
N
F
 
L
K
 
R
N
 
R
L
 
L
L
 
L
G
 
P
Y
 
D
G
 
D
K
 
T
R
 
H
L
 
I
C
 
M
C
 
A
V
 
V
V
 
V
K
|
K
A
 
A
D
 
N
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
D
V
 
V
Q
 
Q
C
 
V
A
 
A
K
 
R
I
 
T
M
 
A
H
 
L
A
 
E
T
 
A
G
 
G
A
 
A
D
 
S
M
 
R
F
 
L
A
 
A
V
 
V
A
 
A
T
 
F
V
 
L
S
 
D
E
 
E
G
 
A
V
 
L
Q
 
A
L
 
L
R
 
R
E
 
E
G
 
K
G
 
G
I
 
I
K
 
E
S
 
A
P
 
P
I
 
I
L
 
L
V
 
V
L
|
L
N
 
G
E
 
A
P
 
S
-
 
R
P
 
P
I
 
A
D
 
D
A
 
A
C
 
A
D
 
-
T
 
L
L
 
A
L
 
A
E
 
Q
Y
 
Q
Q
 
R
I
 
I
M
 
A
P
 
L
S
 
T
V
 
V
Y
 
F
S
 
R
S
 
S
E
 
D
F
 
W
-
 
L
-
 
E
-
 
E
-
 
A
-
 
S
A
 
A
L
 
L
A
 
Y
Y
 
S
G
 
G
E
 
P
R
 
F
A
 
P
V
 
I
E
 
H
M
 
-
G
 
-
C
 
-
V
 
-
G
 
-
K
 
-
Y
 
F
H
 
H
M
 
L
A
 
K
I
 
M
E
 
D
T
 
T
G
 
G
M
 
M
N
 
G
R
|
R
I
 
L
G
 
G
V
 
V
R
 
K
F
 
-
T
 
-
D
 
D
V
 
E
L
 
E
E
 
E
F
 
T
R
 
K
R
 
R
-
 
I
-
 
V
-
 
A
E
 
L
I
 
I
D
 
E
F
 
R
H
 
H
R
 
P
G
 
H
I
 
F
E
 
V
C
 
L
D
 
E
G
 
G
V
 
L
F
 
Y
T
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
A
T
 
T
A
 
A
D
 
D
D
 
E
P
 
V
D
 
N
G
 
T
W
 
D
D
 
Y
Y
 
F
R
 
S
L
 
Y
Q
 
Q
C
 
Y
T
 
T
R
 
R
F
 
F
S
 
L
E
 
H
A
 
M
V
 
L
A
 
E
A
 
W
M
 
L
K
 
P
D
 
S
A
 
-
G
 
-
F
 
-
E
 
R
C
 
P
G
 
P
I
 
L
V
 
V
H
 
H
C
 
C
S
 
A
N
|
N
T
x
S
P
 
A
A
 
A
S
 
S
M
 
L
L
 
R
D
 
F
H
 
P
S
 
D
M
 
R
Q
 
T
F
 
F
D
 
N
M
 
M
I
 
V
R
|
R
A
 
F
G
|
G
I
|
I
G
 
A
L
 
M
Y
 
Y
G
 
G
L
 
L
Q
 
A
P
 
P
C
 
S
E
 
P
K
 
G
S
 
I
A
 
K
P
 
P
I
 
L
M
 
L
-
 
P
-
 
Y
P
 
P
L
 
L
E
 
K
P
 
E
V
 
A
M
 
F
S
 
S
V
 
L
R
 
H
A
 
S
R
 
R
V
 
L
T
 
V
R
 
H
T
 
V
I
 
K
H
 
K
P
 
L
A
 
Q
M
 
P
G
 
G
E
 
E
G
 
K
V
 
V
G
 
S
Y
x
F
G
 
G
F
 
A
T
 
T
F
 
Y
R
 
-
V
 
T
P
 
A
R
 
Q
A
 
T
R
 
E
V
 
E
Q
 
W
V
 
I
C
 
G
T
 
T
I
 
I
P
 
P
V
 
I
G
 
G
Y
 
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
W
P
 
L
R
 
R
T
 
R
L
 
L
S
 
Q
N
 
H
K
 
-
M
 
F
D
 
H
V
 
V
L
 
L
Y
 
V
R
 
D
G
 
G
Q
 
Q
R
 
K
I
 
A
R
 
P
Q
 
I
V
 
V
G
 
G
N
 
R
I
 
I
C
|
C
M
|
M
D
|
D
Q
 
Q
C
 
C
M
 
M
V
 
I
A
 
R
I
 
L
Q
 
P
Q
 
G
T
 
P
P
 
-
A
 
-
R
 
-
Q
 
-
M
 
L
P
 
P
E
 
-
A
 
-
E
 
-
V
 
V
G
 
G
D
 
T
L
 
K
I
 
V
T
 
T
I
 
L
V
 
I
G
 
G
K
 
R
D
 
Q
G
 
G
D
 
D
A
 
E
V
 
V
I
 
I
S
 
S
M
 
I
D
 
D
E
 
D
M
 
V
A
 
A
R
 
R
L
 
H
R
 
L
G
 
E
T
 
T
I
 
I
N
 
N
Y
|
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
P
C
 
C
G
 
T
F
 
I
G
 
S
M
 
Y
R
 
R
L
 
V
E
 
P
K
 
R
V
 
I
Y
 
F
I
 
F

4lutA Alanine racemase [clostridium difficile 630] complex with cycloserine (see paper)
34% identity, 97% coverage: 12:383/383 of query aligns to 6:362/375 of 4lutA

query
sites
4lutA
A
 
T
W
 
W
V
 
A
E
 
E
I
 
I
D
 
N
Q
 
L
G
 
D
A
 
N
L
 
L
R
 
R
R
 
F
N
 
N
T
 
L
R
 
N
A
 
N
F
 
I
K
 
K
N
 
N
L
 
L
L
 
L
G
 
E
Y
 
E
G
 
D
K
 
I
R
 
K
L
 
I
C
 
C
C
 
G
V
 
V
V
 
I
K
|
K
A
 
A
D
 
D
A
 
A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
H
G
 
G
A
 
A
V
 
V
Q
 
E
C
 
V
A
 
A
K
 
K
I
 
L
M
 
L
H
 
E
A
 
K
T
 
E
G
 
K
A
 
V
D
 
D
M
 
Y
F
 
L
A
 
A
V
 
V
A
 
A
T
 
R
V
 
T
S
 
A
E
 
E
G
 
G
V
 
I
Q
 
E
L
 
L
R
 
R
E
 
Q
G
 
N
G
 
G
I
 
I
K
 
T
S
 
L
P
 
P
I
 
I
L
 
L
V
 
N
L
|
L
N
 
G
E
 
Y
P
 
T
P
 
P
I
 
D
D
 
E
A
 
A
C
 
F
D
 
E
T
 
D
L
 
S
L
 
I
E
 
K
Y
 
N
Q
 
K
I
 
I
M
 
T
P
 
M
S
 
T
V
 
V
Y
 
Y
S
 
S
S
 
L
E
 
E
F
 
T
A
 
A
L
 
Q
A
 
K
Y
 
I
G
 
N
E
 
E
R
 
I
A
 
A
V
 
K
E
 
S
M
 
L
G
 
G
C
 
E
V
 
K
G
 
A
K
 
C
Y
 
V
H
 
H
M
 
V
A
 
K
I
 
I
E
 
D
T
 
F
G
 
Q
M
 
P
N
 
N
R
 
E
I
 
E
G
 
S
V
 
V
R
 
Q
F
 
-
T
 
-
D
 
E
V
 
I
L
 
I
E
 
E
F
 
L
R
 
N
R
 
K
E
 
-
I
 
L
D
 
E
F
 
Y
H
 
-
R
 
-
G
 
-
I
 
I
E
 
D
C
 
L
D
 
E
G
 
G
V
 
M
F
 
F
T
 
T
H
|
H
F
 
F
A
 
A
T
 
T
A
 
A
D
 
D
D
 
E
-
 
V
P
 
S
D
 
K
G
 
E
W
 
Y
D
 
T
Y
 
Y
R
 
K
L
 
-
Q
 
Q
C
 
A
T
 
N
R
 
N
F
 
Y
S
 
K
E
 
F
A
 
M
V
 
S
A
 
D
A
 
K
M
 
L
K
 
D
D
 
E
A
 
A
G
 
G
F
 
V
E
 
K
C
 
I
G
 
A
I
 
I
V
 
K
H
 
H
C
 
V
S
 
S
N
 
N
T
x
S
P
 
A
A
 
A
S
 
I
M
 
M
L
 
D
D
 
C
H
 
P
S
 
D
M
 
L
Q
 
R
F
 
L
D
 
N
M
 
M
I
 
V
R
|
R
A
 
A
G
|
G
I
|
I
G
 
I
L
 
L
Y
 
Y
G
 
G
L
 
H
Q
 
Y
P
 
P
C
 
S
E
 
D
K
 
D
S
 
V
-
 
F
A
 
K
P
 
D
I
 
R
M
 
L
P
 
E
L
 
L
E
 
R
P
 
P
V
 
A
M
 
M
S
 
K
V
 
L
R
 
K
A
 
S
R
 
K
V
 
I
T
 
G
R
 
H
T
 
I
I
 
K
H
 
Q
P
 
V
A
 
E
M
 
P
G
 
G
E
 
V
G
 
G
V
 
I
G
 
S
Y
|
Y
G
 
G
F
 
L
T
 
K
F
 
Y
R
 
-
V
 
T
P
 
T
R
 
T
A
 
G
R
 
K
V
 
E
Q
 
T
V
 
I
C
 
A
T
 
T
I
 
V
P
 
P
V
 
I
G
 
G
Y
|
Y
A
 
A
D
 
D
G
 
G
L
 
F
P
 
T
R
 
R
T
 
I
L
 
Q
S
 
K
N
 
N
K
 
P
M
 
-
D
 
K
V
 
V
L
 
L
Y
 
I
R
 
K
G
 
G
Q
 
E
R
 
V
I
 
F
R
 
D
Q
 
V
V
 
V
G
 
G
N
 
R
I
 
I
C
|
C
M
|
M
D
|
D
Q
 
Q
C
 
I
M
 
M
V
 
V
A
 
R
I
 
I
Q
 
D
Q
 
K
T
 
D
P
 
-
A
 
-
R
 
-
Q
 
-
M
 
-
P
 
I
E
 
D
A
 
I
E
 
K
V
 
V
G
 
G
D
 
D
L
 
E
I
 
V
T
 
I
I
 
L
V
 
F
G
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
G
D
 
E
A
 
G
V
 
E
I
 
V
S
 
T
M
 
A
D
 
E
E
 
R
M
 
I
A
 
A
R
 
K
L
 
D
R
 
L
G
 
G
T
 
T
I
 
I
N
 
N
Y
|
Y
E
 
E
V
 
V
A
 
L
C
 
C
G
 
M
F
 
I
G
 
S
M
 
R
R
 
R
L
 
V
E
 
D
K
 
R
V
 
V
Y
 
Y
I
 
M

Query Sequence

>WP_009141067.1 NCBI__GCF_000225705.1:WP_009141067.1
MPSSKEPATRWAWVEIDQGALRRNTRAFKNLLGYGKRLCCVVKADAYGHGAVQCAKIMHA
TGADMFAVATVSEGVQLREGGIKSPILVLNEPPIDACDTLLEYQIMPSVYSSEFALAYGE
RAVEMGCVGKYHMAIETGMNRIGVRFTDVLEFRREIDFHRGIECDGVFTHFATADDPDGW
DYRLQCTRFSEAVAAMKDAGFECGIVHCSNTPASMLDHSMQFDMIRAGIGLYGLQPCEKS
APIMPLEPVMSVRARVTRTIHPAMGEGVGYGFTFRVPRARVQVCTIPVGYADGLPRTLSN
KMDVLYRGQRIRQVGNICMDQCMVAIQQTPARQMPEAEVGDLITIVGKDGDAVISMDEMA
RLRGTINYEVACGFGMRLEKVYI

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory