SitesBLAST

SitesBLAST – Find functional sites

SitesBLAST

Comparing WP_010181874.1 NCBI__GCF_000255455.1:WP_010181874.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

7sgrE Structure of hemolysin a secretion system hlyb/d complex (see paper)
33% identity, 92% coverage: 41:588/598 of query aligns to 145:692/700 of 7sgrE

query
sites
7sgrE

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binding [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate: R145 (≠ K41), F148 (≠ I44), F210 (≠ L106), W301 (≠ I197), L377 (≠ I277), I385 (vs. gap), W388 (= W284)

Sites not aligning to the query:

binding [(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate: 142

7t55A Cryo-em structure of pcat1 in the inward-facing wide conformation under atp turnover condition (see paper)
33% identity, 92% coverage: 41:588/598 of query aligns to 159:707/715 of 7t55A

query
sites
7t55A

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binding adenosine-5'-triphosphate: Y488 (= Y367), G515 (= G396), S516 (= S397), K518 (= K399), T520 (= T401), Q560 (= Q441)
binding magnesium ion: K518 (= K399), T519 (≠ S400)

Sites not aligning to the query:

binding : 14, 46, 47, 48, 52, 63, 64, 65, 66, 75, 83, 91, 93

8dckA Structure of hemolysin a secretion system hlyb/d complex, atp-bound (see paper)
32% identity, 92% coverage: 41:588/598 of query aligns to 140:687/691 of 8dckA

query
sites
8dckA

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binding adenosine-5'-triphosphate: Y466 (= Y367), I473 (= I375), S493 (≠ N395), G494 (= G396), S495 (= S397), G496 (= G398), K497 (= K399), S498 (= S400), T499 (= T401), Q539 (= Q441), A593 (≠ I495), G594 (≠ K496), S596 (= S498), G598 (= G500), Q599 (= Q501), Q620 (≠ E522), H651 (= H553)
binding magnesium ion: S498 (= S400), Q539 (= Q441)

4s0fA Crystal structure of the peptidase-containing abc transporter pcat1 e648q mutant complexed with atpgs in an occluded conformation (see paper)
33% identity, 92% coverage: 41:588/598 of query aligns to 9:557/565 of 4s0fA

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4s0fA

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binding phosphothiophosphoric acid-adenylate ester: Y338 (= Y367), S364 (≠ N395), G365 (= G396), K368 (= K399), T369 (≠ S400), N465 (≠ K496), L466 (= L497), S467 (= S498), E468 (≠ G499)

8vowA Cryo-em structure of the abc transporter pcat1 cysteine-free core bound with mgatp and vi (see paper)
33% identity, 92% coverage: 41:588/598 of query aligns to 9:557/566 of 8vowA

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8vowA

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binding adenosine-5'-diphosphate: A464 (≠ I495), N465 (≠ K496), L466 (= L497), S467 (= S498)
binding adenosine-5'-triphosphate: Y338 (= Y367), R341 (≠ N370), S364 (≠ N395), G365 (= G396), S366 (= S397), K368 (= K399), T369 (≠ S400), Q410 (= Q441)

8vozA ABC-type bacteriocin transporter (see paper)
33% identity, 92% coverage: 41:588/598 of query aligns to 15:563/571 of 8vozA

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binding 3-[oxidanyl-[2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethoxy]phosphoryl]oxypropyl hexadecanoate: I160 (= I186), N268 (≠ K294)
binding adenosine-5'-diphosphate: Y344 (= Y367), V350 (≠ I375), G371 (= G396), G373 (= G398), K374 (= K399), T375 (≠ S400), T376 (= T401), A470 (≠ I495), N471 (≠ K496)
binding magnesium ion: T375 (≠ S400), Q416 (= Q441)

8hf4A Cryo-em structure of nucleotide-bound coma at outward-facing state with ec gate closed conformation (see paper)
29% identity, 93% coverage: 36:594/598 of query aligns to 6:563/563 of 8hf4A

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8hf4A

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binding phosphothiophosphoric acid-adenylate ester: Y339 (≠ S369), S365 (≠ N395), G366 (= G396), S367 (= S397), G368 (= G398), K369 (= K399), T370 (≠ S400), T371 (= T401), Q411 (= Q441)

8hf7B Cryo-em structure of coma bound to its mature substrate csp peptide (see paper)
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8hf7B

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8k7aA

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binding adenosine-5'-triphosphate: Y339 (≠ S369), G368 (= G398), K369 (= K399), T370 (≠ S400), T371 (= T401), G467 (≠ K496), S469 (= S498)
binding magnesium ion: T370 (≠ S400), Q411 (= Q441)

8hf6A Cryo-em structure of nucleotide-bound coma e647q mutant (see paper)
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2onjA Structure of the multidrug abc transporter sav1866 from s. Aureus in complex with amp-pnp (see paper)
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2hydA Multidrug abc transporter sav1866 (see paper)
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binding adenosine-5'-diphosphate: Y349 (= Y367), I356 (= I375), G377 (= G396), G379 (= G398), K380 (= K399), S381 (= S400), K477 (= K496), S479 (= S498)

P59852 Lactococcin-G-processing and transport ATP-binding protein LagD; EC 3.4.22.-; EC 7.-.-.- from Lactococcus lactis subsp. lactis (Streptococcus lactis) (see paper)
28% identity, 91% coverage: 51:592/598 of query aligns to 160:701/703 of P59852

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P59852

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95 V→M: 5-fold reduction of precursor processing.

6quzD Structure of atpgs-bound outward-facing tm287/288 in complex with sybody sb_tm35 (see paper)
30% identity, 95% coverage: 23:591/598 of query aligns to 2:569/574 of 6quzD

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6quzD

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binding phosphothiophosphoric acid-adenylate ester: Y347 (= Y367), V353 (≠ I375), G374 (= G396), S375 (= S397), G376 (= G398), K377 (= K399), T378 (≠ S400), T379 (= T401), Q419 (= Q441), D474 (≠ K496), L475 (= L497), S476 (= S498), G478 (= G500), Q479 (= Q501), H531 (= H553)
binding magnesium ion: T378 (≠ S400), Q419 (= Q441)

6qv0B Structure of atp-bound outward-facing tm287/288 in complex with sybody sb_tm35 (see paper)
30% identity, 92% coverage: 43:591/598 of query aligns to 19:565/570 of 6qv0B

query
sites
6qv0B

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binding adenosine-5'-triphosphate: Y343 (= Y367), V349 (≠ I375), T369 (≠ N395), S371 (= S397), G372 (= G398), K373 (= K399), T374 (≠ S400), T375 (= T401), Q415 (= Q441), D470 (≠ K496), S472 (= S498), G474 (= G500), Q475 (= Q501), H527 (= H553)
binding magnesium ion: T374 (≠ S400), Q415 (= Q441)

Q9DC29 ATP-binding cassette sub-family B member 6; ABC-type heme transporter ABCB6; EC 7.6.2.5 from Mus musculus (Mouse) (see paper)
30% identity, 73% coverage: 158:593/598 of query aligns to 390:823/842 of Q9DC29

query
sites
Q9DC29

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G579 (vs. gap) mutation to E: Results in retention of the protein in the Golgi apparatus.

Sites not aligning to the query:

170 S→G: Results in retention of the protein in the Golgi apparatus.
356 L→P: Results in retention of the protein in the Golgi apparatus.

Q00748 Multidrug resistance protein homolog 65; P-glycoprotein 65; EC 7.6.2.2 from Drosophila melanogaster (Fruit fly) (see paper)
29% identity, 88% coverage: 60:588/598 of query aligns to 91:635/1302 of Q00748

query
sites
Q00748

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N103 (≠ Q71) modified: carbohydrate, N-linked (GlcNAc...) asparagine

8k7bA Post-occluded structure of human abcb6 w546a mutant (adp/vo4-bound) (see paper)
29% identity, 73% coverage: 158:593/598 of query aligns to 153:586/590 of 8k7bA

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sites
8k7bA

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binding adp orthovanadate: Y362 (= Y367), G389 (= G396), G391 (= G398), K392 (= K399), S393 (= S400), T394 (= T401), K489 (= K496), L490 (= L497), S491 (= S498), G492 (= G499), H546 (= H553)
binding magnesium ion: S393 (= S400), Q434 (= Q441)

7dnzB Cryo-em structure of the human abcb6 (hemin and gsh-bound) (see paper)
29% identity, 73% coverage: 158:593/598 of query aligns to 155:588/591 of 7dnzB

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sites
7dnzB

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binding glutathione: R204 (≠ E209), N310 (≠ K315), T314 (≠ S319), R317 (≠ F322)
binding protoporphyrin ix containing fe: W311 (≠ N316)
binding cholesterol hemisuccinate: W177 (≠ Y182), I181 (= I186), L184 (≠ I189), L280 (≠ F275)

Sites not aligning to the query:

7dnzA Cryo-em structure of the human abcb6 (hemin and gsh-bound) (see paper)
29% identity, 73% coverage: 158:593/598 of query aligns to 155:588/591 of 7dnzA

query
sites
7dnzA

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binding glutathione: R204 (≠ E209), N310 (≠ K315), T314 (≠ S319), R317 (≠ F322)
binding cholesterol hemisuccinate: W177 (≠ Y182), I181 (= I186), L184 (≠ I189), L280 (≠ F275)

Sites not aligning to the query:

binding glutathione: 111, 135, 139

Query Sequence

>WP_010181874.1 NCBI__GCF_000255455.1:WP_010181874.1
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DKFKGKTIISIAHRIHTLKSSDMIVIMDQKTIVEKGKHNQLMENEGIYKEFIETYLNF

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SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory