SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_010442163.1 NCBI__GCF_000192475.1:WP_010442163.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

5cm6A Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from pseudoalteromonas atlantica t6c(patl_2292, target efi-510180) with bound sodium and pyruvate
43% identity, 79% coverage: 36:319/360 of query aligns to 7:291/331 of 5cm6A

query
sites
5cm6A
M
 
L
V
 
A
T
 
E
S
 
T
W
 
W
G
 
G
R
 
P
G
 
N
L
 
F
A
 
P
G
 
I
V
 
F
F
 
G
D
 
D
S
 
A
A
 
S
Q
 
K
R
 
N
C
 
M
A
 
A
D
 
K
S
 
M
I
 
V
T
 
K
T
 
E
M
 
M
S
 
S
D
 
D
G
 
G
N
 
R
L
 
L
N
 
T
V
 
I
E
 
R
I
 
I
K
 
D
A
 
S
A
 
A
G
 
N
E
 
K
L
 
H
V
 
K
G
 
S
A
 
A
F
 
L
E
 
G
V
 
I
F
 
F
D
 
D
A
 
F
V
 
V
S
 
K
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
A
 
Y
D
 
Q
M
 
M
Y
 
G
H
 
H
A
 
S
A
 
A
D
 
S
Y
|
Y
Y
|
Y
F
 
W
V
 
K
G
 
G
Q
 
K
H
 
D
P
 
F
G
 
N
Y
 
T
A
 
M
F
 
F
F
 
F
T
 
T
A
 
T
V
 
V
P
 
P
F
 
F
G
 
G
M
 
M
T
 
T
A
 
A
Q
 
P
E
 
E
M
 
Q
V
 
Y
N
 
A
W
 
W
Y
 
F
Y
 
Y
Q
 
Y
D
 
G
G
 
G
G
 
G
M
 
M
E
 
E
L
 
L
H
 
M
D
 
K
E
 
E
L
 
T
G
 
Y
E
 
D
I
 
Q
F
 
Y
G
 
G
L
 
I
K
 
L
S
 
S
F
 
F
L
 
P
A
 
G
G
 
G
N
 
N
T
 
T
G
 
G
A
 
V
Q
 
Q
A
 
M
G
 
G
G
 
G
W
 
W
Y
 
F
S
 
R
K
 
K
E
 
E
I
 
I
N
 
N
S
 
T
P
 
V
E
 
E
D
 
D
F
 
L
N
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
F
 
M
R
|
R
M
 
I
P
 
P
G
 
G
L
 
F
G
 
A
G
 
G
K
 
E
A
 
V
L
 
L
G
 
A
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
A
S
 
S
V
 
P
Q
 
T
N
 
N
I
 
I
P
 
P
G
 
S
S
 
A
E
 
E
V
 
L
Y
 
Y
Q
 
T
A
 
A
L
 
L
S
 
E
S
 
R
G
 
N
A
 
T
I
 
I
D
 
D
G
 
A
T
 
L
E
 
E
W
|
W
I
 
V
G
 
G
P
 
P
W
 
S
A
 
L
D
 
D
E
 
L
K
 
R
A
 
M
G
 
G
F
 
F
Q
 
H
E
 
K
I
 
I
T
 
A
K
 
P
V
 
Y
Y
 
Y
Y
 
Y
T
 
T
A
 
-
G
 
G
F
 
W
H
 
Q
E
 
E
P
 
P
N
 
A
A
 
T
G
 
E
L
 
L
S
 
Q
L
 
F
A
 
M
T
 
V
N
 
N
R
 
Q
E
 
K
V
 
A
F
 
Y
D
 
D
S
 
S
L
 
L
T
 
P
A
 
A
A
 
D
Q
 
L
Q
 
Q
K
 
K
I
 
I
I
 
L
E
 
T
I
 
V
A
 
A
A
 
M
G
 
K
E
 
T
C
 
A
H
 
A
Q
 
Y
W
 
D
N
 
M
L
 
Y
S
 
S
Q
 
Q
F
 
S
L
 
T
A
 
H
N
 
E
N
 
N
G
 
G
A
 
V
A
 
N
L
 
L
Q
 
K
R
 
A
L
 
L
Q
 
Q
S
 
S
-
 
E
-
 
Y
G
 
P
G
 
N
V
 
V
K
 
K
V
 
I
M
 
R
E
 
T
F
 
F
P
 
P
D
 
Q
S
 
P
V
 
V
W
 
M
D
 
N
A
 
A
F
 
I
G
 
R
A
 
D
A
 
A
S
 
N
Q
 
D
E
 
E
V
 
L
L
 
L
D
 
A
E
 
E

4petA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from colwellia psychrerythraea (cps_0129, target efi-510097) with bound calcium and pyruvate (see paper)
38% identity, 89% coverage: 31:351/360 of query aligns to 3:325/329 of 4petA

query
sites
4petA
K
 
K
R
 
Y
T
 
R
L
 
W
T
 
K
M
 
L
V
 
A
T
 
E
S
 
T
W
 
W
G
 
G
R
 
P
G
 
N
L
 
F
A
 
P
G
 
I
V
 
F
F
 
G
D
 
D
S
 
A
A
 
T
Q
 
K
R
 
N
C
 
M
A
 
A
D
 
K
S
 
M
I
 
V
T
 
K
T
 
E
M
 
M
S
 
S
D
 
N
G
 
G
N
 
R
L
 
L
N
 
T
V
 
I
E
 
R
I
 
I
K
 
D
A
 
S
A
 
S
G
 
N
E
 
K
L
 
H
V
 
K
G
 
S
A
 
A
F
 
L
E
 
G
V
 
I
F
 
F
D
 
D
A
 
F
V
 
V
S
 
K
S
 
S
G
 
G
Q
 
Q
A
 
Y
D
 
Q
M
 
M
Y
 
G
H
 
H
A
 
S
A
 
A
D
 
S
Y
|
Y
Y
|
Y
F
 
W
V
 
K
G
 
G
Q
 
K
H
 
N
P
 
F
G
 
N
Y
 
T
A
 
M
F
 
F
F
 
F
T
 
T
A
 
T
V
 
V
P
 
P
F
 
F
G
 
G
M
 
M
T
 
I
A
 
A
Q
 
S
E
 
E
M
 
Q
V
 
H
N
 
A
W
 
W
Y
 
F
Y
 
Y
Q
 
Y
D
 
G
G
 
G
G
 
G
M
 
M
E
 
E
L
 
L
H
 
M
D
 
K
E
 
K
L
 
V
G
 
Y
E
 
D
I
 
Q
F
 
Y
G
 
G
L
 
I
K
 
M
S
 
S
F
 
F
L
 
P
A
 
G
G
 
G
N
 
N
T
 
T
G
 
G
A
 
N
Q
|
Q
A
 
M
G
 
G
G
 
G
W
 
W
Y
 
F
S
 
K
K
 
K
E
 
E
I
 
I
N
 
N
S
 
S
P
 
V
E
 
E
D
 
D
F
 
L
N
 
K
G
 
G
L
 
L
K
 
K
F
 
M
R
|
R
M
 
I
P
 
P
G
 
G
L
 
F
G
 
A
G
 
G
K
 
E
A
 
V
L
 
L
G
 
A
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
A
S
 
K
V
 
P
Q
 
T
N
 
N
I
 
I
P
 
P
G
 
S
S
 
G
E
 
E
V
 
L
Y
 
Y
Q
 
T
A
 
A
L
 
L
S
 
E
S
 
R
G
 
N
A
 
T
I
 
I
D
 
D
G
 
A
T
 
L
E
|
E
W
|
W
I
 
V
G
 
G
P
 
P
W
 
S
A
 
L
D
 
D
E
 
L
K
 
R
A
 
M
G
 
G
F
 
F
Q
 
H
E
 
K
I
 
I
T
 
A
K
 
P
V
 
Y
Y
 
Y
Y
 
Y
T
 
T
A
 
-
G
 
G
F
 
W
H
 
H
E
|
E
P
 
P
N
 
G
A
 
T
G
 
E
L
 
L
S
 
Q
L
 
F
A
 
M
T
 
V
N
 
N
R
 
Q
E
 
K
V
 
A
F
 
Y
D
 
N
S
 
S
L
 
L
T
 
P
A
 
K
A
 
D
Q
 
L
Q
 
Q
K
 
K
I
 
I
I
 
L
E
 
T
I
 
V
A
 
A
A
 
M
G
 
K
E
 
A
C
 
A
H
 
A
Q
 
Y
W
 
D
N
 
M
L
 
Y
S
 
S
Q
 
Q
F
 
S
L
 
M
A
 
H
N
 
A
N
 
S
G
 
G
A
 
V
A
 
N
L
 
L
Q
 
A
R
 
S
L
 
L
Q
 
K
S
 
K
G
 
D
-
 
Y
-
 
P
G
 
N
V
 
V
K
 
Q
V
 
M
M
 
R
E
 
S
F
 
F
P
 
P
D
 
K
S
 
P
V
 
V
W
 
M
D
 
E
A
 
A
F
 
I
G
 
V
A
 
Q
A
 
A
S
 
N
Q
 
D
E
 
E
V
 
L
L
 
L
D
 
E
E
 
E
-
 
F
-
 
A
-
 
A
-
 
K
-
 
D
N
 
P
M
 
M
G
 
T
D
 
A
E
 
E
L
 
I
F
 
L
K
 
K
K
 
S
I
 
L
H
 
N
D
 
D
S
 
-
A
 
-
V
 
-
A
 
-
S
 
Y
S
 
K
T
 
H
S
 
Q
S
 
I
A
 
R
G
 
A
W
 
W
L
 
T
D
 
N
L
 
L
S
 
S
S
 
D
G
 
R
V
 
A
Y
 
Y

7ug8B Crystal structure of a solute receptor from synechococcus cc9311 in complex with alpha-ketovaleric and calcium
41% identity, 79% coverage: 36:319/360 of query aligns to 9:292/330 of 7ug8B

query
sites
7ug8B
M
 
M
V
 
A
T
 
T
S
 
S
W
 
W
G
 
P
R
 
I
G
 
S
L
 
L
A
 
D
G
 
T
V
 
I
F
 
Y
D
 
G
S
 
G
A
 
A
Q
 
V
R
 
T
C
 
I
A
 
C
D
 
Q
S
 
R
I
 
V
T
 
E
T
 
E
M
 
M
S
 
S
D
 
G
G
 
G
N
 
A
L
 
F
N
 
R
V
 
I
E
 
E
I
 
P
K
 
F
A
 
A
A
 
A
G
 
G
E
 
E
L
 
I
V
 
V
G
 
P
A
 
G
F
 
L
E
 
E
V
 
V
F
 
L
D
 
D
A
 
A
V
 
V
S
 
Q
S
 
A
G
 
R
Q
 
S
A
 
V
D
 
E
M
 
C
Y
 
G
H
 
H
A
 
T
A
 
A
D
 
S
Y
|
Y
Y
 
Y
F
 
Y
V
 
I
G
 
G
Q
 
K
H
 
N
P
 
P
G
 
A
Y
 
F
A
 
A
F
 
F
F
 
G
T
 
T
A
 
A
V
 
V
P
 
P
F
 
F
G
 
G
M
 
L
T
 
S
A
 
A
Q
 
Q
E
 
Q
M
 
Q
V
 
N
N
 
T
W
 
W
Y
 
L
Y
 
Y
Q
 
Y
D
 
G
G
 
G
G
 
G
M
 
N
E
 
E
L
 
D
H
 
M
D
 
N
E
 
A
L
 
L
G
 
F
E
 
A
I
 
D
F
 
F
G
 
G
L
 
A
K
 
V
S
 
S
F
 
F
L
 
P
A
 
A
G
 
G
N
 
N
T
 
T
G
 
G
A
 
G
Q
|
Q
A
 
L
G
 
G
G
 
G
W
 
W
Y
 
F
S
 
K
K
 
K
E
 
P
I
 
I
N
 
Q
S
 
N
P
 
L
E
 
A
D
 
S
F
 
L
N
 
Q
G
 
G
L
 
L
K
 
K
F
 
M
R
|
R
M
 
I
P
 
P
G
 
G
L
 
L
G
 
G
G
 
G
K
 
K
A
 
V
L
 
M
G
 
A
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
V
S
 
N
V
 
V
Q
 
Q
N
 
V
I
 
L
P
 
P
G
 
G
S
 
G
E
 
E
V
 
I
Y
 
Y
Q
 
L
A
 
A
L
 
L
S
 
E
S
 
R
G
 
G
A
 
T
I
 
I
D
 
D
G
 
A
T
 
A
E
|
E
W
x
F
I
 
T
G
 
G
P
 
P
W
 
Y
A
 
D
D
 
D
E
 
E
K
 
K
A
 
L
G
 
G
F
 
L
Q
 
A
E
 
K
I
 
A
T
 
A
K
 
K
V
 
H
Y
 
Y
Y
 
Y
T
 
Y
A
 
P
G
 
G
F
 
W
H
 
W
E
|
E
P
 
P
N
 
G
A
 
P
G
 
T
L
 
L
S
 
M
L
 
A
A
 
L
T
 
V
N
 
N
R
 
R
E
 
K
V
 
A
F
 
W
D
 
S
S
 
D
L
 
L
T
 
P
A
 
K
A
 
E
Q
 
Y
Q
 
Q
K
 
A
I
 
M
I
 
F
E
 
R
I
 
T
A
 
A
A
 
C
G
 
Y
E
 
E
C
 
A
H
 
N
Q
 
L
W
 
G
N
 
M
L
 
L
S
 
S
Q
 
N
F
 
Y
L
 
E
A
 
W
N
 
R
N
 
N
G
 
S
A
 
E
A
 
A
L
 
L
Q
 
Q
R
 
R
L
 
I
Q
 
T
S
 
R
G
 
Q
G
 
G
V
 
I
K
 
K
V
 
L
M
 
E
E
 
R
F
 
Y
P
 
G
D
 
D
S
 
D
V
 
I
W
 
L
D
 
K
A
 
A
F
 
A
G
 
R
A
 
S
A
 
A
S
 
S
Q
 
A
E
 
E
V
 
I
L
 
F
D
 
Q
E
 
E

4yicA Crystal structure of a trap transporter solute binding protein (ipr025997) from bordetella bronchiseptica rb50 (bb0280, target efi- 500035) with bound picolinic acid
36% identity, 87% coverage: 36:347/360 of query aligns to 9:321/344 of 4yicA

query
sites
4yicA
M
 
M
V
 
S
T
 
T
S
 
S
W
|
W
G
 
P
R
 
K
G
 
S
L
 
L
A
 
D
G
 
T
V
 
I
F
 
Y
D
 
G
S
 
S
A
 
A
Q
 
D
R
 
E
C
 
L
A
 
C
D
 
K
S
 
R
I
 
V
T
 
G
T
 
Q
M
 
L
S
 
T
D
 
D
G
 
G
N
 
K
L
 
F
N
 
E
V
 
I
E
 
R
I
 
A
K
 
F
A
 
P
A
 
G
G
 
G
E
 
E
L
 
L
V
 
V
G
 
P
A
 
S
F
 
A
E
 
Q
V
 
N
F
 
M
D
 
D
A
 
A
V
 
V
S
 
S
S
 
N
G
 
G
Q
 
T
A
 
V
D
 
E
M
 
C
Y
 
N
H
 
H
A
 
V
A
x
L
D
 
S
Y
 
T
Y
 
M
F
 
Y
V
 
I
G
 
G
Q
 
K
H
 
N
P
 
T
G
 
A
Y
 
L
A
 
T
F
 
F
F
 
D
T
 
T
A
 
G
V
 
L
P
 
S
F
 
F
G
 
G
M
 
L
T
 
N
A
 
A
Q
 
R
E
 
Q
M
 
H
V
 
N
N
 
A
W
 
W
Y
 
I
Y
 
H
Q
 
Y
D
 
G
G
 
G
G
 
G
M
 
L
E
 
Q
L
 
Q
H
 
L
D
 
R
E
 
E
L
 
L
G
 
Y
E
 
K
I
 
K
F
 
Y
G
 
N
L
 
I
K
 
V
S
 
N
F
 
H
L
 
V
A
 
C
G
 
G
N
 
N
T
 
V
G
 
G
A
 
V
Q
|
Q
A
 
M
G
 
G
G
 
G
W
 
W
Y
 
Y
S
 
R
K
 
K
E
 
E
I
 
I
N
 
K
S
 
S
P
 
T
E
 
A
D
 
D
F
 
L
N
 
N
G
 
G
L
 
L
K
 
N
F
 
M
R
|
R
M
 
I
P
x
G
G
 
G
L
 
I
G
 
G
G
 
G
K
 
M
A
 
V
L
 
L
G
 
S
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
V
S
 
V
V
 
P
Q
 
Q
N
 
Q
I
 
I
P
 
P
G
 
P
S
 
G
E
 
D
V
 
I
Y
 
Y
Q
 
P
A
 
A
L
 
L
S
 
E
S
 
K
G
 
G
A
 
T
I
 
I
D
 
D
G
 
A
T
 
A
E
|
E
W
|
W
I
|
I
G
 
G
P
 
P
W
 
Y
A
 
D
D
 
D
E
 
E
K
 
K
A
 
L
G
 
G
F
 
F
Q
 
N
E
 
K
I
 
V
T
 
A
K
 
P
V
 
Y
Y
 
Y
Y
 
Y
T
 
S
A
 
P
G
 
G
F
 
W
H
 
F
E
 
E
P
 
G
N
 
S
A
 
A
G
 
S
L
 
I
S
 
T
L
 
S
A
 
M
T
 
V
N
 
N
R
 
D
E
 
K
V
 
A
F
 
W
D
 
E
S
 
A
L
 
L
T
 
P
A
 
P
A
 
A
Q
 
Y
Q
 
Q
K
 
A
I
 
A
I
 
F
E
 
E
I
 
A
A
 
A
A
 
C
G
 
G
E
 
E
C
 
Q
H
 
S
Q
 
M
W
 
R
N
 
M
L
 
L
S
 
A
Q
 
N
F
 
Y
L
 
D
A
 
A
N
 
R
N
 
N
G
 
P
A
 
L
A
 
A
L
 
L
Q
 
R
R
 
K
L
 
L
Q
 
I
S
 
A
G
 
G
G
 
G
V
 
A
K
 
K
V
 
V
M
 
S
E
 
F
F
 
F
P
 
P
D
 
K
S
 
E
V
 
V
W
 
M
D
 
D
A
 
A
F
 
V
G
 
Y
A
 
K
A
 
A
S
 
S
Q
 
Q
E
 
Q
V
 
L
-
 
W
-
 
T
-
 
E
L
 
L
D
 
S
E
 
E
N
 
K
M
 
N
G
 
P
D
 
D
E
 
-
L
 
-
F
 
F
K
 
K
K
 
A
I
 
I
H
 
Y
D
 
P
S
 
G
A
 
W
V
 
K
A
 
K
S
 
F
S
 
Q
T
 
E
S
 
D
S
 
E
A
 
A
G
 
G
W
 
W
L
 
F
D
 
R
L
 
V
S
 
A

Q3J1R2 Alpha-keto acid-binding periplasmic protein TakP; Extracytoplasmic solute receptor protein TakP; TRAP transporter alpha-keto acid-binding subunit P; TRAP-T family sorbitol/mannitol transporter, periplasmic binding protein, SmoM from Cereibacter sphaeroides (strain ATCC 17023 / DSM 158 / JCM 6121 / CCUG 31486 / LMG 2827 / NBRC 12203 / NCIMB 8253 / ATH 2.4.1.) (Rhodobacter sphaeroides) (see paper)
33% identity, 98% coverage: 1:351/360 of query aligns to 1:352/365 of Q3J1R2

query
sites
Q3J1R2
M
 
M
D
 
D
R
 
R
R
 
R
K
 
S
F
 
F
L
 
I
K
 
T
T
 
K
S
 
A
A
 
A
L
 
V
G
 
G
G
 
G
S
 
A
A
 
A
A
 
A
A
 
S
A
 
A
T
 
L
T
 
A
L
 
A
A
 
P
A
 
A
P
 
L
A
 
A
Y
 
Q
A
 
S
Q
 
A
G
 
P
K
 
K
R
 
V
T
 
T
L
 
W
T
 
R
M
 
L
V
 
A
T
 
S
S
 
S
W
 
F
G
 
P
R
 
K
G
 
S
L
 
L
A
 
D
G
 
T
V
 
I
F
 
F
D
 
G
S
 
G
A
 
A
Q
 
E
R
 
V
C
 
L
A
 
S
D
 
K
S
 
M
I
 
L
T
 
S
T
 
E
M
 
A
S
 
T
D
 
D
G
 
G
N
 
N
L
 
F
N
 
Q
V
 
I
E
 
Q
I
 
V
K
 
F
A
 
S
A
 
A
G
 
G
E
 
E
L
 
L
V
 
V
G
 
P
A
 
G
F
 
L
E
 
Q
V
 
A
F
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
V
S
 
T
S
 
E
G
 
G
Q
 
T
A
 
V
D
 
E
M
 
C
Y
 
C
H
 
H
A
 
T
A
 
V
D
 
G
Y
|
Y
Y
|
Y
F
 
Y
V
 
W
G
 
G
Q
 
K
H
 
D
P
 
P
G
 
T
Y
 
F
A
 
A
F
 
L
F
 
A
T
 
A
A
 
A
V
 
V
P
 
P
F
 
F
G
 
S
M
 
L
T
 
S
A
 
A
Q
 
R
E
 
G
M
 
I
V
 
N
N
 
A
W
 
W
Y
 
H
Y
 
Y
Q
 
H
D
 
G
G
 
G
G
 
G
M
 
I
E
 
D
L
 
L
H
 
Y
D
 
N
E
 
E
L
 
F
G
 
L
E
 
S
I
 
Q
F
 
H
G
 
N
L
 
I
K
 
V
S
 
A
F
 
F
L
 
P
A
 
G
G
 
G
N
 
N
T
 
T
G
 
G
A
 
V
Q
|
Q
A
 
M
G
 
G
G
 
G
W
 
W
Y
 
F
S
 
R
K
 
R
E
 
E
I
 
I
N
 
N
S
 
T
P
 
V
E
 
A
D
 
D
F
 
M
N
 
Q
G
 
G
L
 
L
K
 
K
F
 
M
R
|
R
M
 
V
P
 
G
G
 
G
L
 
F
G
 
A
G
 
G
K
 
K
A
 
V
L
 
M
G
 
E
K
 
R
L
 
L
G
 
G
A
 
V
S
 
V
V
 
P
Q
 
Q
N
 
Q
I
 
I
P
 
A
G
 
G
S
 
G
E
 
D
V
 
I
Y
 
Y
Q
 
P
A
 
A
L
 
L
S
 
E
S
 
K
G
 
G
A
 
T
I
 
I
D
 
D
G
 
A
T
 
T
E
|
E
W
|
W
I
 
V
G
 
G
P
 
P
W
 
Y
A
 
D
D
 
D
E
 
E
K
 
K
A
 
L
G
 
G
F
 
F
Q
 
F
E
 
K
I
 
V
T
 
A
K
 
P
V
 
Y
Y
 
Y
Y
 
Y
T
 
Y
A
 
P
G
 
G
F
 
W
H
 
W
E
|
E
P
 
G
N
 
G
A
 
P
G
 
T
L
 
V
S
 
H
L
 
F
A
 
M
T
 
F
N
 
N
R
 
K
E
 
S
V
 
A
F
 
Y
D
 
E
S
 
G
L
 
L
T
 
T
A
 
P
A
 
T
Q
 
Y
Q
 
Q
K
 
S
I
 
L
I
 
L
E
 
R
I
 
T
A
 
A
A
 
C
G
 
H
E
 
A
C
 
A
H
 
D
Q
 
A
W
 
N
N
 
M
L
 
L
S
 
Q
Q
 
L
F
 
Y
L
 
D
A
 
W
N
 
K
N
 
N
G
 
P
A
 
T
A
 
A
L
 
I
Q
 
K
R
 
S
L
 
L
Q
 
V
S
 
A
G
 
Q
G
 
G
V
 
T
K
 
Q
V
 
L
M
 
R
E
 
P
F
 
F
-
 
S
P
 
P
D
 
E
S
 
I
V
 
L
W
 
Q
D
 
A
A
 
C
F
 
F
G
 
E
A
 
A
A
 
A
S
 
N
Q
 
E
E
 
V
V
 
Y
L
 
A
D
 
E
E
 
M
N
 
E
M
 
A
G
 
S
D
 
N
E
 
P
L
 
A
F
 
F
K
 
K
K
 
K
I
 
I
H
 
W
D
 
D
S
 
S
A
 
I
V
 
K
A
 
A
S
 
F
S
 
R
T
 
S
S
 
E
S
 
H
A
 
Y
G
 
T
W
 
W
L
 
A
D
 
Q
L
 
I
S
 
A
S
 
E
G
 
Y
V
 
N
Y
 
Y

2hzlB Crystal structures of a sodium-alpha-keto acid binding subunit from a trap transporter in its closed forms (see paper)
32% identity, 89% coverage: 31:351/360 of query aligns to 3:324/337 of 2hzlB

query
sites
2hzlB
K
 
K
R
 
V
T
 
T
L
 
W
T
 
R
M
 
L
V
 
A
T
 
S
S
 
S
W
 
F
G
 
P
R
 
K
G
 
S
L
 
L
A
 
D
G
 
T
V
 
I
F
 
F
D
 
G
S
 
G
A
 
A
Q
 
E
R
 
V
C
 
L
A
 
S
D
 
K
S
 
M
I
 
L
T
 
S
T
 
E
M
 
A
S
 
T
D
 
D
G
 
G
N
 
N
L
 
F
N
 
Q
V
 
I
E
 
Q
I
 
V
K
 
F
A
 
S
A
 
A
G
 
G
E
 
E
L
 
L
V
 
V
G
 
P
A
 
G
F
 
L
E
 
Q
V
 
A
F
 
A
D
 
D
A
 
A
V
 
V
S
 
T
S
 
E
G
 
G
Q
 
T
A
 
V
D
 
E
M
 
C
Y
 
C
H
 
H
A
 
T
A
 
V
D
 
G
Y
|
Y
Y
|
Y
F
 
Y
V
 
W
G
 
G
Q
 
K
H
 
D
P
 
P
G
 
T
Y
 
F
A
 
A
F
 
L
F
 
A
T
 
A
A
 
A
V
 
V
P
 
P
F
|
F
G
 
S
M
 
L
T
 
S
A
 
A
Q
 
R
E
 
G
M
 
I
V
 
N
N
 
A
W
 
W
Y
 
H
Y
 
Y
Q
 
H
D
 
G
G
 
G
G
 
G
M
 
I
E
 
D
L
 
L
H
 
Y
D
 
N
E
 
E
L
 
F
G
 
L
E
 
S
I
 
Q
F
 
H
G
 
N
L
 
I
K
 
V
S
 
A
F
 
F
L
 
P
A
 
G
G
 
G
N
 
N
T
 
T
G
 
G
A
 
V
Q
|
Q
A
 
M
G
 
G
G
 
G
W
 
W
Y
 
F
S
 
R
K
 
R
E
 
E
I
 
I
N
 
N
S
 
T
P
 
V
E
 
A
D
 
D
F
 
M
N
 
Q
G
 
G
L
 
L
K
 
K
F
 
M
R
|
R
M
 
V
P
 
G
G
 
G
L
 
F
G
 
A
G
 
G
K
 
K
A
 
V
L
 
M
G
 
E
K
 
R
L
 
L
G
 
G
A
 
V
S
 
V
V
 
P
Q
 
Q
N
 
Q
I
 
I
P
 
A
G
 
G
S
 
G
E
 
D
V
 
I
Y
 
Y
Q
 
P
A
 
A
L
 
L
S
 
E
S
 
K
G
 
G
A
 
T
I
 
I
D
 
D
G
 
A
T
 
T
E
|
E
W
|
W
I
 
V
G
 
G
P
 
P
W
 
Y
A
 
D
D
 
D
E
 
E
K
 
K
A
 
L
G
 
G
F
 
F
Q
 
F
E
 
K
I
 
V
T
 
A
K
 
P
V
 
Y
Y
 
Y
Y
 
Y
T
 
Y
A
 
P
G
 
G
F
 
W
H
 
W
E
|
E
P
 
G
N
 
G
A
 
P
G
 
T
L
 
V
S
 
H
L
 
F
A
 
M
T
 
F
N
 
N
R
 
K
E
 
S
V
 
A
F
 
Y
D
 
E
S
 
G
L
 
L
T
 
T
A
 
P
A
 
T
Q
 
Y
Q
 
Q
K
 
S
I
 
L
I
 
L
E
 
R
I
 
T
A
 
A
A
 
C
G
 
H
E
 
A
C
 
A
H
 
D
Q
 
A
W
 
N
N
 
M
L
 
L
S
 
Q
Q
 
L
F
 
Y
L
 
D
A
 
W
N
 
K
N
 
N
G
 
P
A
 
T
A
 
A
L
 
I
Q
 
K
R
 
S
L
 
L
Q
 
V
S
 
A
G
 
Q
G
 
G
V
 
T
K
 
Q
V
 
L
M
 
R
E
 
P
F
 
F
-
 
S
P
 
P
D
 
E
S
 
I
V
 
L
W
 
Q
D
 
A
A
 
C
F
|
F
G
 
E
A
 
A
A
 
A
S
x
N
Q
 
E
E
 
V
V
x
Y
L
 
A
D
 
E
E
 
M
N
 
E
M
 
A
G
 
S
D
 
N
E
 
P
L
 
A
F
 
F
K
 
K
K
 
K
I
 
I
H
 
W
D
 
D
S
 
S
A
 
I
V
 
K
A
 
A
S
 
F
S
x
R
T
 
S
S
 
E
S
 
H
A
 
Y
G
 
T
W
 
W
L
 
A
D
 
Q
L
 
I
S
 
A
S
 
E
G
 
Y
V
 
N
Y
 
Y

Q5SK82 Lactate-binding periplasmic protein TTHA0766; ABC transporter, solute-binding protein; Extracytoplasmic solute receptor protein TTHA0766; TRAP transporter lactate-binding subunit P from Thermus thermophilus (strain ATCC 27634 / DSM 579 / HB8) (see paper)
29% identity, 84% coverage: 1:301/360 of query aligns to 4:308/361 of Q5SK82

query
sites
Q5SK82
M
x
V
D
x
S
R
|
R
R
|
R
K
x
A
F
|
F
L
|
L
K
x
R
T
x
R
S
x
L
A
x
G
L
x
V
G
|
G
G
x
V
S
x
A
A
|
A
A
x
T
A
|
A
A
|
A
T
x
F
T
x
S
L
x
P
A
x
L
A
|
A
P
x
V
A
|
A
Y
x
Q
A
|
A
Q
x
R
G
x
R
K
x
Y
R
|
R
T
 
-
L
x
W
T
x
R
M
x
I
V
x
Q
T
|
T
S
x
A
W
|
W
G
x
D
R
x
A
G
|
G
L
x
T
A
x
V
G
|
G
V
 
-
F
x
Y
D
x
S
S
x
L
A
x
F
Q
|
Q
R
x
K
C
x
F
A
x
T
D
x
E
S
x
R
I
x
V
T
x
K
T
x
E
M
x
L
S
x
T
D
|
D
G
|
G
N
x
Q
L
|
L
N
x
E
V
|
V
E
x
Q
I
x
P
K
x
F
A
x
P
A
|
A
G
|
G
E
x
A
L
x
V
V
|
V
G
|
G
A
x
T
F
|
F
E
x
D
V
x
M
F
|
F
D
|
D
A
|
A
V
|
V
S
x
K
S
x
T
G
|
G
Q
x
V
A
x
L
D
|
D
M
x
G
Y
x
M
H
x
N
A
x
P
A
x
F
D
x
T
Y
x
L
Y
|
Y
F
x
W
V
x
A
G
|
G
Q
x
R
H
x
M
P
|
P
G
x
V
Y
x
T
A
|
A
F
|
F
F
x
L
T
x
S
A
x
S
V
x
Y
P
x
A
F
x
L
G
|
G
M
x
L
-
x
D
T
x
R
A
x
P
Q
x
D
E
x
Q
M
x
W
V
x
E
N
x
T
W
|
W
Y
x
F
Y
|
Y
Q
x
S
D
x
L
G
|
G
G
|
G
M
x
L
E
x
D
L
x
I
H
x
A
D
x
R
E
x
R
L
x
A
G
x
F
E
x
A
I
x
E
F
x
Q
G
|
G
L
|
L
K
 
-
S
 
-
F
|
F
L
x
Y
A
x
V
G
|
G
N
x
P
T
x
V
G
x
Q
A
x
H
Q
x
D
A
x
L
G
x
N
G
x
I
W
x
I
Y
x
H
S
|
S
K
|
K
E
x
K
-
x
P
I
|
I
N
x
R
S
x
R
P
x
F
E
|
E
D
|
D
F
|
F
N
x
K
G
|
G
L
x
V
K
|
K
F
x
L
R
|
R
M
x
V
P
|
P
-
x
G
G
|
G
L
x
M
G
x
I
G
x
A
K
x
E
A
x
V
L
x
F
G
x
A
K
x
A
L
x
A
G
|
G
A
|
A
S
|
S
V
x
T
Q
x
V
N
x
L
I
x
L
P
|
P
G
|
G
S
x
G
E
|
E
V
|
V
Y
|
Y
Q
x
P
A
|
A
L
|
L
S
x
E
S
x
R
G
|
G
A
x
V
I
|
I
D
|
D
G
x
A
T
x
A
E
x
D
W
x
F
I
x
V
G
|
G
P
|
P
W
x
A
A
x
V
D
x
N
E
x
Y
K
x
N
A
x
L
G
|
G
F
|
F
Q
x
H
E
x
Q
I
x
V
T
x
A
K
|
K
V
x
Y
Y
x
I
Y
x
I
-
x
M
-
x
G
-
x
P
-
x
P
-
x
E
T
|
T
A
x
P
G
x
A
F
x
I
H
|
H
E
x
Q
P
|
P
N
x
V
A
x
D
G
x
L
L
x
M
S
x
D
L
x
F
A
x
T
T
x
I
N
|
N
R
x
L
E
x
N
V
x
R
F
x
W
D
x
R
S
|
S
L
|
L
T
x
P
A
x
K
A
x
P
Q
x
L
Q
|
Q
K
x
E
I
x
R
I
x
F
E
x
I
I
x
A
A
|
A
A
x
V
G
x
H
E
|
E
C
x
Y
H
x
S
Q
x
W
W
x
I
N
x
H
L
x
Y
S
x
A
Q
x
G
F
x
I
L
x
Q
A
x
K
N
x
A
N
|
N
G
x
L
A
x
E
A
|
A
L
x
W
Q
x
P
R
x
K
L
x
Y
Q
x
R
S
x
Q
G
x
A
G
|
G
V
|
V
K
x
E
V
|
V
M
x
I
E
x
R
F
x
L

Sites not aligning to the query:

2zzwA Crystal structure of a periplasmic substrate binding protein in complex with zinc and lactate (see paper)
28% identity, 73% coverage: 38:301/360 of query aligns to 9:277/330 of 2zzwA

query
sites
2zzwA
T
 
T
S
 
A
W
 
W
G
 
D
R
 
A
G
 
G
L
 
T
A
 
V
G
 
G
V
 
-
F
 
Y
D
 
S
S
 
L
A
 
F
Q
 
Q
R
 
K
C
 
F
A
 
T
D
 
E
S
 
R
I
 
V
T
 
K
T
 
E
M
 
L
S
 
T
D
 
D
G
 
G
N
 
Q
L
 
L
N
 
E
V
 
V
E
 
Q
I
 
P
K
 
F
A
 
P
A
 
A
G
 
G
E
 
A
L
 
V
V
 
V
G
 
G
A
 
T
F
 
F
E
 
D
V
 
M
F
 
F
D
 
D
A
 
A
V
 
V
S
 
K
S
 
T
G
 
G
Q
 
V
A
 
L
D
 
D
M
 
G
Y
 
M
H
 
N
A
 
P
A
 
F
D
 
T
Y
 
L
Y
 
Y
F
 
W
V
 
A
G
 
G
Q
 
R
H
 
M
P
 
P
G
 
V
Y
 
T
A
 
A
F
 
F
F
 
L
T
 
S
A
 
S
V
 
Y
P
 
A
F
 
L
G
 
G
M
 
L
-
 
D
T
 
R
A
 
P
Q
 
D
E
 
Q
M
 
W
V
 
E
N
 
T
W
 
W
Y
 
F
Y
 
Y
Q
 
S
D
 
L
G
 
G
G
 
G
M
 
L
E
 
D
L
 
I
H
 
A
D
 
R
E
 
R
L
 
A
G
 
F
E
 
A
I
 
E
F
 
Q
G
 
G
L
 
L
K
 
-
S
 
-
F
 
F
L
 
Y
A
 
V
G
 
G
N
 
P
T
 
V
G
 
Q
A
 
H
Q
 
D
A
 
L
G
x
N
G
 
I
W
 
I
Y
 
H
S
 
S
K
 
K
E
 
K
-
 
P
I
 
I
N
 
R
S
 
R
P
 
F
E
 
E
D
 
D
F
 
F
N
 
K
G
 
G
L
 
V
K
 
K
F
 
L
R
 
R
M
 
V
P
 
P
-
 
G
G
 
G
L
 
M
G
 
I
G
 
A
K
 
E
A
 
V
L
 
F
G
 
A
K
 
A
L
 
A
G
 
G
A
 
A
S
 
S
V
 
T
Q
 
V
N
 
L
I
 
L
P
 
P
G
 
G
S
 
G
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
Q
 
P
A
 
A
L
 
L
S
 
E
S
 
R
G
 
G
A
 
V
I
 
I
D
 
D
G
 
A
T
 
A
E
x
D
W
x
F
I
 
V
G
 
G
P
 
P
W
 
A
A
 
V
D
 
N
E
 
Y
K
 
N
A
 
L
G
 
G
F
 
F
Q
 
H
E
 
Q
I
 
V
T
 
A
K
 
K
V
 
Y
Y
 
I
Y
 
I
-
 
M
-
 
G
-
 
P
-
 
P
-
 
E
T
 
T
A
 
P
G
 
A
F
 
I
H
 
H
E
x
Q
P
 
P
N
 
V
A
 
D
G
 
L
L
 
M
S
 
D
L
 
F
A
 
T
T
 
I
N
 
N
R
 
L
E
 
N
V
 
R
F
 
W
D
 
R
S
 
S
L
 
L
T
 
P
A
 
K
A
 
P
Q
 
L
Q
 
Q
K
 
E
I
 
R
I
 
F
E
 
I
I
 
A
A
 
A
A
 
V
G
 
H
E
 
E
C
 
Y
H
 
S
Q
 
W
W
 
I
N
 
H
L
 
Y
S
 
A
Q
 
G
F
 
I
L
 
Q
A
 
K
N
 
A
N
 
N
G
 
L
A
 
E
A
 
A
L
 
W
Q
 
P
R
 
K
L
 
Y
Q
 
R
S
 
Q
G
 
A
G
 
G
V
 
V
K
 
E
V
 
V
M
 
I
E
 
R
F
 
L

2zzvA Crystal structure of a periplasmic substrate binding protein in complex with calcium and lactate (see paper)
28% identity, 73% coverage: 38:301/360 of query aligns to 9:277/330 of 2zzvA

query
sites
2zzvA
T
 
T
S
 
A
W
 
W
G
 
D
R
 
A
G
 
G
L
 
T
A
 
V
G
 
G
V
 
-
F
 
Y
D
 
S
S
 
L
A
 
F
Q
 
Q
R
 
K
C
 
F
A
 
T
D
 
E
S
 
R
I
 
V
T
 
K
T
 
E
M
 
L
S
 
T
D
 
D
G
 
G
N
 
Q
L
 
L
N
 
E
V
 
V
E
 
Q
I
 
P
K
 
F
A
 
P
A
 
A
G
 
G
E
 
A
L
 
V
V
 
V
G
 
G
A
 
T
F
 
F
E
 
D
V
 
M
F
 
F
D
 
D
A
 
A
V
 
V
S
 
K
S
 
T
G
 
G
Q
 
V
A
 
L
D
 
D
M
 
G
Y
 
M
H
 
N
A
 
P
A
 
F
D
 
T
Y
 
L
Y
 
Y
F
 
W
V
 
A
G
 
G
Q
 
R
H
 
M
P
 
P
G
 
V
Y
 
T
A
 
A
F
 
F
F
 
L
T
 
S
A
 
S
V
 
Y
P
 
A
F
 
L
G
 
G
M
 
L
-
 
D
T
 
R
A
 
P
Q
 
D
E
 
Q
M
 
W
V
 
E
N
 
T
W
 
W
Y
 
F
Y
 
Y
Q
 
S
D
 
L
G
 
G
G
 
G
M
 
L
E
 
D
L
 
I
H
 
A
D
 
R
E
 
R
L
 
A
G
 
F
E
 
A
I
 
E
F
 
Q
G
 
G
L
 
L
K
 
-
S
 
-
F
 
F
L
 
Y
A
 
V
G
 
G
N
 
P
T
 
V
G
 
Q
A
 
H
Q
 
D
A
 
L
G
x
N
G
 
I
W
 
I
Y
 
H
S
 
S
K
 
K
E
 
K
-
 
P
I
 
I
N
 
R
S
 
R
P
 
F
E
 
E
D
 
D
F
 
F
N
 
K
G
 
G
L
 
V
K
 
K
F
 
L
R
 
R
M
 
V
P
 
P
-
 
G
G
 
G
L
 
M
G
 
I
G
 
A
K
 
E
A
 
V
L
 
F
G
 
A
K
 
A
L
 
A
G
 
G
A
 
A
S
 
S
V
 
T
Q
 
V
N
 
L
I
 
L
P
 
P
G
 
G
S
 
G
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
Q
 
P
A
 
A
L
 
L
S
 
E
S
 
R
G
 
G
A
 
V
I
 
I
D
 
D
G
 
A
T
 
A
E
x
D
W
x
F
I
 
V
G
 
G
P
 
P
W
 
A
A
 
V
D
 
N
E
 
Y
K
 
N
A
 
L
G
 
G
F
 
F
Q
 
H
E
 
Q
I
 
V
T
 
A
K
 
K
V
 
Y
Y
 
I
Y
 
I
-
 
M
-
 
G
-
 
P
-
 
P
-
 
E
T
 
T
A
 
P
G
 
A
F
 
I
H
 
H
E
x
Q
P
 
P
N
 
V
A
 
D
G
 
L
L
 
M
S
 
D
L
 
F
A
 
T
T
 
I
N
 
N
R
 
L
E
 
N
V
 
R
F
 
W
D
 
R
S
 
S
L
 
L
T
 
P
A
 
K
A
 
P
Q
 
L
Q
 
Q
K
 
E
I
 
R
I
 
F
E
 
I
I
 
A
A
 
A
A
 
V
G
 
H
E
 
E
C
 
Y
H
 
S
Q
 
W
W
 
I
N
 
H
L
 
Y
S
 
A
Q
 
G
F
 
I
L
 
Q
A
 
K
N
 
A
N
 
N
G
 
L
A
 
E
A
 
A
L
 
W
Q
 
P
R
 
K
L
 
Y
Q
 
R
S
 
Q
G
 
A
G
 
G
V
 
V
K
 
E
V
 
V
M
 
I
E
 
R
F
 
L

4pe3A Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from rhodobacter sphaeroides (rsph17029_3620, target efi-510199), apo open structure (see paper)
27% identity, 80% coverage: 48:334/360 of query aligns to 16:304/315 of 4pe3A

query
sites
4pe3A
F
 
F
D
 
E
S
 
L
A
 
Q
Q
 
H
R
 
V
C
 
F
A
 
A
D
 
D
S
 
K
I
 
V
T
 
K
T
 
E
M
 
L
S
 
T
D
 
N
G
 
G
N
 
E
L
 
V
N
 
T
V
 
I
E
 
E
I
 
L
K
 
M
A
 
P
A
 
V
G
 
G
E
 
T
L
 
I
V
 
V
G
 
D
A
 
Y
F
 
K
E
 
E
V
 
T
F
 
P
D
 
D
A
 
A
V
 
I
S
 
Q
S
 
A
G
 
G
Q
 
L
A
 
I
D
 
D
M
 
G
Y
 
H
H
 
I
A
 
T
A
 
D
D
 
T
Y
 
S
Y
 
Y
F
 
F
V
 
A
G
 
G
Q
 
R
H
 
D
P
 
P
G
 
A
Y
 
F
A
 
G
F
 
L
F
 
I
T
 
-
A
 
A
V
 
N
P
 
P
F
 
V
G
 
G
M
 
A
T
 
W
A
 
A
Q
 
D
-
 
P
-
 
A
E
 
Q
M
 
M
V
 
I
N
 
D
W
 
F
Y
 
V
Y
 
E
Q
 
N
D
 
G
G
 
G
G
 
G
M
 
K
E
 
E
L
 
L
H
 
M
D
 
N
E
 
E
L
 
L
G
 
I
E
 
N
I
 
P
F
 
Y
G
 
G
L
 
L
K
 
Q
S
 
F
F
 
I
L
 
G
A
 
V
G
 
S
N
 
T
T
 
P
G
 
G
A
 
L
Q
x
E
A
 
A
G
 
-
G
 
-
W
 
F
Y
 
V
S
 
S
K
 
K
-
 
V
E
 
P
I
 
L
N
 
D
S
 
T
P
 
V
E
 
E
D
 
D
F
 
L
N
 
K
G
 
G
L
 
V
K
 
K
F
 
V
R
 
R
M
 
S
P
 
P
-
 
E
G
 
G
L
 
L
G
 
I
G
 
A
K
 
N
A
 
V
L
 
F
G
 
A
K
 
A
L
 
A
G
 
G
A
 
A
S
 
N
V
 
P
Q
 
V
N
 
N
I
 
L
P
 
P
G
 
S
S
 
S
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
Q
 
T
A
 
S
L
 
L
S
 
D
S
 
K
G
 
G
A
 
V
I
 
I
D
 
D
G
 
A
T
 
A
E
x
D
W
x
Y
I
 
S
G
 
V
P
 
F
W
 
S
A
 
V
D
 
N
E
 
Q
K
 
D
A
 
T
G
 
G
F
 
M
Q
 
N
E
 
D
I
 
I
T
 
A
K
 
P
V
 
H
Y
 
P
Y
 
V
T
 
Y
A
 
P
G
 
G
F
 
F
H
 
H
E
 
S
-
 
L
P
 
P
N
 
L
A
 
V
G
 
E
L
 
V
S
 
S
L
 
M
A
 
-
T
 
-
N
 
N
R
 
K
E
 
Q
V
 
K
F
 
W
D
 
D
S
 
A
L
 
L
T
 
T
A
 
P
A
 
E
Q
 
L
Q
 
Q
K
 
A
I
 
K
I
 
I
E
 
T
I
 
E
A
 
A
A
 
Q
G
 
K
E
 
I
C
 
F
H
 
Q
Q
 
Q
W
 
T
N
 
Q
L
 
I
S
 
D
Q
 
T
F
 
L
L
 
H
A
 
Q
N
 
R
N
 
D
G
 
L
A
 
E
A
 
A
L
 
V
Q
 
E
R
 
A
L
 
A
Q
 
K
S
 
A
G
 
G
G
 
G
-
 
K
V
 
I
K
 
T
V
 
V
M
 
H
E
 
D
F
 
W
P
 
S
D
 
D
S
x
E
V
x
E
W
 
R
D
 
A
A
 
K
F
 
F
G
 
R
A
 
G
A
 
I
S
 
A
Q
 
R
E
 
G
V
 
E
L
 
W
D
 
E
E
 
K
N
 
V
M
 
A
G
 
G
D
 
Q
-
 
S
E
 
E
L
 
M
F
 
A
K
 
Q
K
 
K
I
 
V
H
 
Y
D
 
D
S
 
T
A
 
L
V
 
V

7e9yA Crystal structure of elacco1 (see paper)
32% identity, 52% coverage: 38:223/360 of query aligns to 9:194/563 of 7e9yA

query
sites
7e9yA
T
 
T
S
 
A
W
 
W
G
 
D
R
 
A
G
 
G
L
 
T
A
 
V
G
 
G
V
 
-
F
 
Y
D
 
S
S
 
L
A
 
F
Q
 
Q
R
 
K
C
 
F
A
 
T
D
 
E
S
 
R
I
 
V
T
 
K
T
 
E
M
 
L
S
 
T
D
 
D
G
 
G
N
 
Q
L
 
L
N
 
E
V
 
V
E
 
Q
I
 
P
K
 
F
A
 
P
A
 
A
G
 
G
E
 
A
L
 
V
V
 
V
G
 
G
A
 
T
F
 
F
E
 
D
V
 
M
F
 
F
D
 
D
A
 
A
V
 
V
S
 
K
S
 
T
G
 
G
Q
 
V
A
 
L
D
 
D
M
 
G
Y
 
M
H
 
N
A
 
P
A
 
F
D
 
T
Y
 
L
Y
 
Y
F
 
W
V
 
A
G
 
G
Q
 
R
H
 
M
P
 
P
G
 
V
Y
 
T
A
 
A
F
 
F
F
 
L
T
 
S
A
 
S
V
 
Y
P
 
A
F
 
L
G
 
G
M
 
L
-
 
D
T
 
R
A
 
P
Q
 
D
E
 
Q
M
 
W
V
 
E
N
 
T
W
 
W
Y
 
F
Y
 
Y
Q
 
S
D
 
L
G
 
G
G
 
G
M
 
L
E
 
-
L
 
-
H
 
-
D
 
D
E
 
N
L
 
A
G
 
R
E
 
R
I
 
A
F
 
F
G
 
A
L
 
E
K
 
Q
S
 
G
-
 
L
F
 
F
L
 
Y
A
 
V
G
 
G
N
 
P
T
 
V
G
 
Q
A
 
H
Q
 
D
A
 
L
G
x
N
G
 
T
W
 
I
Y
 
H
S
 
S
-
 
R
K
 
K
E
 
P
I
 
I
N
 
R
S
 
R
P
 
F
E
 
E
D
 
D
F
 
F
N
 
K
G
 
G
L
 
V
K
 
K
F
 
L
R
 
R
M
 
V
P
|
P
-
 
G
G
 
G
L
 
M
G
 
I
G
 
A
K
 
E
A
 
V
L
 
F
G
 
A
K
 
A
L
 
A
G
 
G
A
 
A
S
 
S
V
 
T
Q
 
V
N
 
L
I
 
L
P
 
P
G
 
G
S
 
G
E
 
E
V
 
V
Y
 
Y
Q
 
P
A
 
A
L
 
L
S
 
E
S
 
R
G
 
G
A
 
V
I
 
I
D
 
D
G
 
W
T
 
S
E
 
H
W
 
N
I
 
V
G
 
Y
P
 
I
W
 
M
A
 
A
D
 
D
E
 
K
K
 
Q

Sites not aligning to the query:

4xf5A Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from chromohalobacter salexigens dsm 3043 (csal_0678), target efi-501078, with bound (s)-(+)-2-amino-1-propanol.
23% identity, 75% coverage: 51:319/360 of query aligns to 20:285/317 of 4xf5A

query
sites
4xf5A
A
 
A
Q
 
K
R
 
P
C
 
A
A
 
I
D
 
D
S
 
L
I
 
F
T
 
N
T
 
R
M
 
I
S
 
A
D
 
G
G
 
D
N
 
R
L
 
M
N
 
Q
V
 
I
E
 
E
I
 
L
K
 
Y
A
 
S
A
 
A
G
 
D
E
 
Q
L
 
L
V
 
V
G
 
P
A
 
T
F
 
G
E
 
E
V
 
L
F
 
F
D
 
R
A
 
A
V
 
M
S
 
Q
S
 
R
G
 
G
Q
 
T
A
 
I
D
 
D
M
 
A
Y
 
V
H
 
Q
A
 
S
A
 
D
D
 
D
Y
 
D
Y
 
S
F
 
M
V
 
A
G
 
S
Q
 
P
H
 
T
P
 
E
G
 
V
Y
 
T
A
 
V
F
 
F
F
 
G
T
 
G
A
x
Y
V
 
F
P
 
P
F
 
F
G
 
G
M
 
C
T
 
R
A
 
Y
Q
 
S
E
 
L
M
 
D
V
 
V
N
 
P
W
 
V
Y
 
L
Y
 
F
Q
 
N
D
 
Q
G
 
Y
G
 
G
M
 
-
E
 
-
L
 
-
H
 
-
D
 
-
E
 
-
L
 
L
G
 
K
E
 
E
I
 
I
F
 
W
G
 
E
L
 
E
K
 
E
S
 
Y
F
 
A
L
 
K
A
 
V
G
 
G
N
 
V
T
 
K
G
 
H
A
 
V
Q
 
S
A
 
A
G
 
G
G
 
A
W
|
W
-
x
D
-
 
P
-
 
C
-
 
H
-
 
F
-
 
A
Y
 
T
S
 
K
K
 
E
E
 
P
I
 
I
N
 
R
S
 
S
P
 
L
E
 
K
D
 
D
F
 
L
N
 
E
G
 
G
L
 
K
K
 
R
F
 
V
R
 
F
M
 
T
P
x
F
G
 
P
L
 
T
G
 
A
G
 
G
K
 
R
A
 
F
L
 
L
G
 
S
K
 
R
L
 
F
G
 
G
A
 
V
S
 
V
V
 
P
Q
 
V
N
 
T
I
 
L
P
 
P
G
 
W
S
 
E
E
 
D
V
 
I
Y
 
E
Q
 
V
A
 
A
L
 
L
S
 
Q
S
 
T
G
 
G
A
 
E
I
 
L
D
 
D
G
 
G
T
 
I
E
 
A
W
|
W
I
x
S
G
 
G
P
 
I
W
 
T
A
x
E
D
 
D
E
 
Y
K
 
T
A
 
V
G
 
G
F
 
W
Q
 
A
E
 
N
I
 
V
T
 
T
K
 
N
V
 
Y
Y
 
F
Y
 
L
T
 
T
A
 
N
G
 
N
F
 
I
H
 
S
E
 
G
P
 
A
N
x
W
A
 
I
G
 
G
L
 
-
S
 
H
L
 
F
A
 
F
T
 
V
N
 
N
R
 
M
E
 
E
V
 
R
F
 
W
D
 
E
S
 
E
L
 
L
T
 
P
A
 
E
A
 
D
Q
 
L
Q
 
R
K
 
L
I
 
L
I
 
F
E
 
E
I
 
V
A
 
C
A
 
C
G
 
E
E
 
Q
C
 
S
H
 
H
Q
 
Y
W
 
-
N
 
-
L
 
H
S
 
R
Q
 
Q
F
 
Y
L
 
W
A
 
Y
N
 
W
N
 
G
G
 
G
A
 
E
A
 
A
L
 
R
Q
 
L
R
 
R
L
 
V
Q
 
H
S
 
G
G
 
D
G
 
K
V
 
L
K
 
E
V
 
L
M
 
T
E
 
S
F
 
I
P
 
P
D
 
D
S
 
A
V
 
E
W
 
W
D
 
D
A
 
Q
F
 
V
G
 
E
A
 
T
A
 
A
S
 
A
Q
 
Q
E
 
E
V
 
F
L
 
W
D
 
D
E
 
E

Sites not aligning to the query:

4uabA Crystal structure of a trap periplasmic solute binding protein from chromohalobacter salexigens dsm 3043 (csal_0678), target efi-501078, with bound ethanolamine (see paper)
23% identity, 75% coverage: 51:319/360 of query aligns to 19:284/315 of 4uabA

query
sites
4uabA
A
 
A
Q
 
K
R
 
P
C
 
A
A
 
I
D
 
D
S
 
L
I
 
F
T
 
N
T
 
R
M
 
I
S
 
A
D
 
G
G
 
D
N
 
R
L
 
M
N
 
Q
V
 
I
E
 
E
I
 
L
K
 
Y
A
 
S
A
 
A
G
 
D
E
 
Q
L
 
L
V
 
V
G
 
P
A
 
T
F
 
G
E
 
E
V
 
L
F
 
F
D
 
R
A
 
A
V
 
M
S
 
Q
S
 
R
G
 
G
Q
 
T
A
 
I
D
 
D
M
 
A
Y
 
V
H
 
Q
A
 
S
A
 
D
D
 
D
Y
 
D
Y
 
S
F
 
M
V
 
A
G
 
S
Q
 
P
H
 
T
P
 
E
G
 
V
Y
 
T
A
 
V
F
 
F
F
 
G
T
 
G
A
 
Y
V
 
F
P
 
P
F
 
F
G
 
G
M
 
C
T
 
R
A
 
Y
Q
 
S
E
 
L
M
 
D
V
 
V
N
 
P
W
 
V
Y
 
L
Y
 
F
Q
 
N
D
 
Q
G
 
Y
G
 
G
M
 
-
E
 
-
L
 
-
H
 
-
D
 
-
E
 
-
L
 
L
G
 
K
E
 
E
I
 
I
F
 
W
G
 
E
L
 
E
K
 
E
S
 
Y
F
 
A
L
 
K
A
 
V
G
 
G
N
 
V
T
 
K
G
 
H
A
 
V
Q
 
S
A
 
A
G
 
G
G
 
A
W
|
W
-
x
D
-
 
P
-
 
C
-
 
H
-
 
F
-
 
A
Y
 
T
S
 
K
K
 
E
E
 
P
I
 
I
N
 
R
S
 
S
P
 
L
E
 
K
D
 
D
F
 
L
N
 
E
G
 
G
L
 
K
K
 
R
F
 
V
R
 
F
M
 
T
P
 
F
G
 
P
L
 
T
G
 
A
G
 
G
K
 
R
A
 
F
L
 
L
G
 
S
K
 
R
L
 
F
G
 
G
A
 
V
S
 
V
V
 
P
Q
 
V
N
 
T
I
 
L
P
 
P
G
 
W
S
 
E
E
 
D
V
 
I
Y
 
E
Q
 
V
A
 
A
L
 
L
S
 
Q
S
 
T
G
 
G
A
 
E
I
 
L
D
 
D
G
 
G
T
 
I
E
 
A
W
|
W
I
 
S
G
 
G
P
 
I
W
 
T
A
x
E
D
 
D
E
 
Y
K
 
T
A
 
V
G
 
G
F
 
W
Q
 
A
E
 
N
I
 
V
T
 
T
K
 
N
V
 
Y
Y
 
F
Y
 
L
T
 
T
A
 
N
G
 
N
F
 
I
H
 
S
E
 
G
P
 
A
N
x
W
A
 
I
G
 
G
L
 
-
S
 
H
L
 
F
A
 
F
T
 
V
N
 
N
R
 
M
E
 
E
V
 
R
F
 
W
D
 
E
S
 
E
L
 
L
T
 
P
A
 
E
A
 
D
Q
 
L
Q
 
R
K
 
L
I
 
L
I
 
F
E
 
E
I
 
V
A
 
C
A
 
C
G
 
E
E
 
Q
C
 
S
H
 
H
Q
 
Y
W
 
-
N
 
-
L
 
H
S
 
R
Q
 
Q
F
 
Y
L
 
W
A
 
Y
N
 
W
N
 
G
G
 
G
A
 
E
A
 
A
L
 
R
Q
 
L
R
 
R
L
 
V
Q
 
H
S
 
G
G
 
D
G
 
K
V
 
L
K
 
E
V
 
L
M
 
T
E
 
S
F
 
I
P
 
P
D
 
D
S
 
A
V
 
E
W
 
W
D
 
D
A
 
Q
F
 
V
G
 
E
A
 
T
A
 
A
S
 
A
Q
 
Q
E
 
E
V
 
F
L
 
W
D
 
D
E
 
E

Sites not aligning to the query:

7nswBBB TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit (see paper)
28% identity, 73% coverage: 56:319/360 of query aligns to 29:295/328 of 7nswBBB

query
sites
7nswBBB
D
 
E
S
 
A
I
 
I
T
 
E
T
 
K
M
 
E
S
 
S
D
 
D
G
 
G
N
 
R
L
 
L
N
 
A
V
 
V
E
 
E
I
 
L
K
 
Y
A
 
P
A
 
S
G
 
M
E
 
Q
L
 
L
V
 
G
G
 
G
A
 
T
F
 
P
E
 
P
-
 
S
V
 
L
F
 
Y
D
 
D
A
 
Q
V
 
A
S
x
K
S
 
D
G
 
G
Q
 
Q
A
 
V
D
 
D
M
 
I
Y
 
I
H
 
W
A
 
T
A
 
V
D
 
L
Y
 
G
Y
 
Y
F
 
N
V
 
S
G
 
G
Q
 
R
H
 
F
P
 
P
G
 
R
Y
 
A
A
 
E
F
 
V
F
 
F
T
 
D
A
 
-
V
 
L
P
 
P
F
 
F
G
 
L
M
 
P
T
 
T
A
 
S
Q
 
G
E
 
A
M
 
A
V
 
T
N
 
S
W
 
Q
Y
 
A
Y
 
A
Q
 
H
D
 
E
G
 
Y
G
 
A
M
 
M
-
 
T
E
 
H
L
 
M
H
 
Q
D
 
D
E
 
E
L
 
L
G
 
E
E
 
G
I
 
V
F
 
Y
G
 
P
L
 
I
K
 
-
S
 
-
F
 
-
L
 
-
A
 
A
G
 
V
N
 
H
T
 
T
G
 
H
A
 
S
Q
 
-
A
 
P
G
 
G
G
 
A
W
 
L
Y
 
H
S
 
T
K
 
K
E
 
E
-
 
T
-
 
R
I
 
I
N
 
E
S
 
A
P
 
L
E
 
E
D
 
D
F
 
I
N
 
E
G
 
G
L
 
L
K
 
K
F
 
M
R
 
R
M
 
G
P
 
P
G
 
S
-
 
R
L
 
L
G
 
V
G
 
N
K
 
R
A
 
Y
L
 
L
G
 
A
K
 
K
L
 
L
G
 
G
A
 
A
S
 
E
V
 
P
Q
 
I
N
 
G
I
 
M
P
 
P
G
 
V
S
 
A
E
 
Q
V
 
A
Y
 
L
Q
 
E
A
 
A
L
 
L
S
 
S
S
 
R
G
 
G
A
 
V
I
 
L
D
 
D
G
 
G
T
 
T
E
 
-
W
 
-
I
 
V
G
 
I
P
 
P
W
 
F
-
 
E
A
 
A
D
 
I
E
 
T
K
 
A
A
 
M
G
 
G
F
 
L
Q
 
A
E
 
D
I
 
I
T
 
T
K
 
T
V
 
E
Y
 
H
-
 
T
-
 
I
Y
 
F
T
 
S
A
 
G
G
 
D
F
 
R
H
 
A
E
 
L
P
 
Y
N
 
T
A
 
T
G
 
M
L
 
M
S
 
I
L
 
V
A
 
A
T
 
M
N
x
D
R
 
Q
E
x
D
V
 
K
F
 
Y
D
 
D
S
 
A
L
 
L
T
 
P
A
 
E
A
 
D
Q
 
L
Q
 
Q
K
 
P
I
 
I
I
 
I
E
 
D
I
 
A
A
 
H
A
 
A
G
 
G
E
 
G
C
 
R
H
 
E
Q
 
A
W
 
Y
N
 
R
L
 
I
S
 
G
Q
 
Q
F
 
I
L
 
M
A
 
D
N
 
Q
-
 
A
N
 
D
G
 
H
A
 
R
A
 
Q
L
 
I
Q
 
L
R
 
A
L
 
I
Q
 
Q
S
 
S
G
 
G
G
 
-
V
 
-
K
 
-
V
 
-
M
 
-
E
 
E
F
 
Q
P
 
P
D
 
G
S
 
T
V
 
I
-
 
T
-
 
R
-
 
L
-
 
G
-
 
S
-
 
E
-
 
E
-
 
T
-
 
A
-
 
R
W
 
W
D
 
Q
A
 
A
F
 
V
G
 
G
A
 
-
A
 
-
S
 
-
Q
 
Q
E
 
E
V
 
V
L
 
V
D
 
D
E
 
E

7ntdAAA TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit (see paper)
28% identity, 73% coverage: 56:319/360 of query aligns to 27:293/322 of 7ntdAAA

query
sites
7ntdAAA
D
 
E
S
 
A
I
 
I
T
 
E
T
 
K
M
 
E
S
 
S
D
 
D
G
 
G
N
 
R
L
 
L
N
 
A
V
 
V
E
 
E
I
 
L
K
 
Y
A
 
P
A
 
S
G
 
M
E
 
Q
L
 
L
V
 
G
G
 
G
A
 
T
F
 
P
E
 
P
-
 
S
V
 
L
F
 
Y
D
 
D
A
 
Q
V
 
A
S
x
K
S
 
D
G
 
G
Q
 
Q
A
 
V
D
 
D
M
 
I
Y
 
I
H
 
W
A
 
T
A
 
V
D
 
L
Y
 
G
Y
|
Y
F
 
N
V
 
S
G
 
G
Q
 
R
H
 
F
P
 
P
G
 
R
Y
 
A
A
 
E
F
 
V
F
 
F
T
 
D
A
 
-
V
 
L
P
 
P
F
 
F
G
 
L
M
 
P
T
 
T
A
 
S
Q
 
G
E
 
A
M
 
A
V
 
T
N
 
S
W
 
Q
Y
 
A
Y
 
A
Q
 
H
D
 
E
G
 
Y
G
 
A
M
 
M
-
 
T
E
 
H
L
 
M
H
 
Q
D
 
D
E
 
E
L
 
L
G
 
E
E
 
G
I
 
V
F
 
Y
G
 
P
L
 
I
K
 
-
S
 
-
F
 
-
L
 
-
A
 
A
G
 
V
N
 
H
T
 
T
G
 
H
A
 
S
Q
 
-
A
 
P
G
 
G
G
 
A
W
 
L
Y
 
H
S
 
T
K
 
K
E
 
E
-
 
T
-
 
R
I
 
I
N
 
E
S
 
A
P
 
L
E
 
E
D
 
D
F
 
I