SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_010442404.1 NCBI__GCF_000192475.1:WP_010442404.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P04983 Ribose import ATP-binding protein RbsA; EC 7.5.2.7 from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
33% identity, 95% coverage: 7:252/260 of query aligns to 4:241/501 of P04983

query
sites
P04983
V
 
L
V
 
L
Q
 
Q
G
 
L
R
 
K
G
 
G
I
 
I
V
 
D
K
 
K
R
 
A
Y
 
F
G
 
P
H
 
G
V
 
V
T
 
K
A
 
A
I
 
L
D
 
S
H
 
G
S
 
A
D
 
A
F
 
L
E
 
N
L
 
V
R
 
Y
Q
 
P
G
 
G
E
 
R
I
 
V
L
 
M
A
 
A
V
 
L
I
 
V
G
 
G
D
 
E
N
 
N
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
|
K
S
 
S
S
 
T
I
 
M
V
 
M
K
 
K
A
 
V
I
 
L
C
 
T
G
 
G
A
 
I
T
 
Y
I
 
T
P
 
R
D
 
D
E
 
A
G
 
G
E
 
T
I
 
L
L
 
L
I
 
W
E
 
L
G
 
G
E
 
K
K
 
E
V
 
T
N
 
T
F
 
F
S
 
T
S
 
G
P
 
P
I
 
K
D
 
S
A
 
S
R
 
Q
N
 
E
M
 
A
G
 
G
I
 
I
E
 
G
I
 
I
V
 
I
Y
 
H
Q
 
Q
Q
 
E
L
 
L
A
 
N
M
 
L
S
 
I
P
 
P
A
 
Q
L
 
L
S
 
T
I
 
I
A
 
A
D
 
E
N
 
N
M
 
I
F
 
F
M
 
L
G
 
G
R
 
R
E
 
E
I
 
-
R
 
-
K
 
-
Q
 
-
G
 
-
F
 
F
M
 
V
G
 
N
K
 
R
Y
 
F
M
 
G
R
 
K
Q
 
-
L
 
I
D
 
D
R
 
W
P
 
K
A
 
T
M
 
M
E
 
Y
K
 
A
F
 
E
A
 
A
R
 
D
E
 
K
K
 
L
L
 
L
T
 
A
E
 
K
L
 
L
G
 
N
L
 
L
M
 
R
T
 
F
V
 
K
Q
 
S
S
 
-
I
 
-
N
 
D
Q
 
K
A
 
L
V
 
V
E
 
G
T
 
D
L
 
L
S
 
S
G
 
I
G
 
G
Q
 
D
R
 
Q
Q
 
Q
G
 
M
V
 
V
A
 
E
V
 
I
A
 
A
R
 
K
A
 
V
A
 
L
A
 
S
F
 
F
A
 
E
T
 
S
K
 
K
F
 
V
I
 
I
I
 
I
M
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
D
A
 
A
L
 
L
G
 
T
V
 
D
K
 
T
E
 
E
S
 
T
R
 
E
K
 
S
V
 
L
L
 
F
E
 
R
L
 
V
I
 
I
Q
 
R
D
 
E
V
 
L
R
 
K
A
 
S
R
 
Q
G
 
G
I
 
R
P
 
G
I
 
I
I
 
V
L
 
Y
I
 
I
S
 
S
H
 
H
N
 
R
M
 
M
P
 
K
H
 
E
V
 
I
F
 
F
E
 
E
V
 
I
A
 
C
D
 
D
R
 
D
I
 
V
H
 
T
V
 
V
H
 
F
R
 
R
L
 
D
G
 
G
K
 
Q
R
 
F
L
 
I
C
 
A
T
 
E
I
 
R
D
 
E
P
 
V
K
 
A
D
 
S
Y
 
L
T
 
T
M
 
E
S
 
D
D
 
S
A
 
L
V
 
I
A
 
E
F
 
M
M
 
M
T
 
V
G
 
G
A
 
R
K
 
K

4u00A Crystal structure of ttha1159 in complex with adp (see paper)
29% identity, 83% coverage: 6:222/260 of query aligns to 1:206/241 of 4u00A

query
sites
4u00A
P
 
P
V
 
I
V
 
I
Q
 
R
G
 
I
R
 
R
G
 
N
I
 
L
V
 
H
K
 
K
R
 
W
Y
x
F
G
 
G
H
 
P
V
 
L
T
 
H
A
x
V
I
 
L
D
 
K
H
 
G
S
 
I
D
 
H
F
 
L
E
 
E
L
 
V
R
 
A
Q
 
P
G
 
G
E
 
E
I
 
K
L
 
L
A
 
V
V
 
I
I
 
I
G
 
G
D
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
I
 
L
V
 
I
K
 
R
A
 
T
I
 
I
C
 
N
G
 
R
A
 
L
T
 
E
I
 
D
P
 
F
D
 
Q
E
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
V
L
 
V
I
 
V
E
 
D
G
 
G
E
 
L
K
 
S
V
 
V
N
 
K
F
 
D
S
 
D
S
 
R
P
 
A
I
 
L
D
 
R
A
 
E
R
 
I
N
 
R
M
 
R
G
 
E
I
 
V
E
 
G
I
 
M
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
Q
 
Q
L
 
F
A
 
N
M
 
L
S
 
F
P
 
P
A
 
H
L
 
M
S
 
T
I
 
V
A
 
L
D
 
E
N
 
N
M
 
V
F
 
T
M
 
L
G
 
A
R
 
-
E
 
-
I
 
-
R
 
-
K
 
-
Q
 
-
G
 
-
F
 
-
M
 
-
G
 
P
K
 
M
Y
 
R
M
 
V
R
 
R
Q
 
R
L
 
W
D
 
P
R
 
R
P
 
E
A
 
K
M
 
A
E
 
E
K
 
K
F
 
K
A
 
A
R
 
L
E
 
E
K
 
L
L
 
L
T
 
E
E
 
R
L
 
V
G
 
G
L
 
I
M
 
L
T
 
-
V
 
-
Q
 
D
S
 
Q
I
 
A
N
 
R
Q
 
K
A
 
Y
V
 
P
E
 
A
T
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
G
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
L
A
 
A
F
 
M
A
 
E
T
 
P
K
 
K
F
 
I
I
 
M
I
 
L
M
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
G
 
D
V
 
P
K
 
E
E
 
M
S
 
V
R
 
G
K
 
E
V
 
V
L
 
L
E
 
D
L
 
V
I
 
M
Q
 
R
D
 
D
V
 
L
R
 
A
A
 
Q
R
 
G
G
 
G
I
 
M
P
 
T
I
 
M
I
 
V
L
 
V
I
 
V
S
 
T
H
 
H
N
 
E
M
 
M
P
 
G
H
 
F
V
 
A
F
 
R
E
 
E
V
 
V
A
 
A
D
 
D
R
 
R
I
 
V

2d62A Crystal structure of multiple sugar binding transport atp- binding protein
30% identity, 92% coverage: 12:250/260 of query aligns to 11:241/375 of 2d62A

query
sites
2d62A
G
 
N
I
 
I
V
 
W
K
 
K
R
 
R
Y
 
F
G
 
G
H
 
D
V
 
V
T
 
T
A
 
A
I
 
V
D
 
K
H
 
D
S
 
L
D
 
S
F
 
L
E
 
E
L
 
I
R
 
K
Q
 
D
G
 
G
E
 
E
I
 
F
L
 
L
A
 
V
V
 
L
I
 
L
G
 
G
D
 
P
N
 
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
I
 
T
V
 
L
K
 
R
A
 
M
I
 
I
C
 
A
G
 
G
A
 
L
T
 
E
I
 
E
P
 
P
D
 
T
E
 
R
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
L
 
Y
I
 
I
E
 
E
G
 
D
-
 
N
-
 
L
-
 
V
-
 
A
-
 
D
-
 
P
E
 
E
K
 
K
V
 
G
N
 
V
F
 
F
S
 
V
S
 
P
P
 
P
I
 
-
D
 
-
A
 
-
R
 
K
N
 
E
M
 
R
G
 
D
I
 
V
E
 
A
I
 
M
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
Q
 
S
L
 
Y
A
 
A
M
 
L
S
 
Y
P
 
P
A
 
H
L
 
M
S
 
T
I
 
V
A
 
Y
D
 
D
N
 
N
M
 
I
F
 
A
M
 
F
G
 
P
R
 
L
E
 
K
I
 
L
R
 
R
K
 
K
Q
 
-
G
 
-
F
 
-
M
 
-
G
 
-
K
 
-
Y
 
-
M
 
-
R
 
-
Q
 
-
L
 
V
D
 
P
R
 
K
P
 
Q
A
 
E
M
 
I
E
 
D
K
 
K
F
 
R
A
 
V
R
 
R
E
 
E
K
 
V
L
 
A
T
 
E
E
 
M
L
 
L
G
 
G
L
 
L
M
 
-
T
 
-
V
 
T
Q
 
E
S
 
L
I
 
L
N
 
N
Q
 
R
A
 
K
V
 
P
E
 
R
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
G
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
L
A
 
G
R
 
R
A
 
A
A
 
I
A
 
I
F
 
R
A
 
R
T
 
P
K
 
K
F
 
V
I
 
F
I
 
L
M
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
L
A
 
S
A
 
N
L
 
L
G
 
D
V
 
A
K
 
K
E
 
L
S
 
R
R
 
V
K
 
K
V
 
M
-
 
R
L
 
A
E
 
E
L
 
L
I
 
K
Q
 
K
D
 
L
V
 
Q
R
 
R
A
 
Q
R
 
L
G
 
G
I
 
V
P
 
T
I
 
T
I
 
I
L
 
Y
I
 
V
S
 
T
H
 
H
N
 
D
M
 
Q
P
 
V
H
 
E
V
 
A
F
 
M
E
 
T
V
 
M
A
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
I
H
 
A
V
 
V
H
 
M
R
 
N
L
 
K
G
 
G
K
 
E
R
 
L
L
 
Q
C
 
Q
T
 
V
I
 
G
D
 
T
P
 
P
K
 
D
D
 
E
Y
 
V
T
 
Y
M
 
Y
S
 
K
D
 
P
A
 
V
V
 
N
A
 
T
F
 
F
M
 
V
T
 
A
G
 
G

4ymuJ Crystal structure of an amino acid abc transporter complex with arginines and atps (see paper)
27% identity, 81% coverage: 13:222/260 of query aligns to 7:206/240 of 4ymuJ

query
sites
4ymuJ
I
 
V
V
 
Y
K
 
K
R
 
N
Y
x
F
G
 
G
H
 
S
V
 
L
T
 
E
A
x
V
I
 
L
D
 
K
H
 
G
S
 
V
D
 
T
F
 
L
E
 
K
L
 
V
R
 
N
Q
 
K
G
 
G
E
 
E
I
 
V
L
 
V
A
 
V
V
 
I
I
 
I
G
 
G
D
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
I
 
L
V
 
L
K
 
R
A
 
C
I
 
I
C
 
N
G
 
L
A
 
L
T
 
E
I
 
E
P
 
P
D
 
T
E
 
K
G
 
G
E
 
E
I
 
V
L
 
F
I
 
I
E
 
D
G
 
G
E
 
V
K
 
K
V
 
I
N
 
N
F
 
N
S
 
G
S
 
K
-
 
V
P
 
N
I
 
I
D
 
N
A
 
K
R
 
V
N
 
R
M
 
Q
G
 
K
I
 
V
E
 
G
I
 
M
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
Q
 
H
L
 
F
A
 
N
M
 
L
S
 
F
P
 
P
A
 
H
L
 
L
S
 
T
I
 
A
A
 
I
D
 
E
N
 
N
M
 
I
F
 
T
M
 
L
G
 
A
R
 
-
E
 
-
I
 
-
R
 
-
K
 
-
Q
 
-
G
 
-
F
 
-
M
 
-
G
 
P
K
 
V
Y
 
K
M
 
V
R
 
K
Q
 
K
L
 
M
D
 
N
R
 
K
P
 
K
A
 
E
M
 
A
E
 
E
K
 
E
F
 
L
A
 
A
R
 
V
E
 
D
K
 
L
L
 
L
T
 
A
E
 
K
L
 
V
G
 
G
L
 
L
M
 
L
T
 
D
V
 
K
Q
 
K
S
 
-
I
 
-
N
 
D
Q
 
Q
A
 
Y
V
 
P
E
 
I
T
 
K
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
G
 
R
V
 
L
A
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
L
A
 
A
F
 
M
A
 
Q
T
 
P
K
 
E
F
 
V
I
 
M
I
 
L
M
 
F
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
G
 
D
V
 
P
K
 
E
E
 
M
S
 
V
R
 
K
K
 
E
V
 
V
L
 
L
E
 
N
L
 
V
I
 
M
Q
 
K
D
 
Q
V
 
L
R
 
A
A
 
N
R
 
E
G
 
G
I
 
M
P
 
T
I
 
M
I
 
V
L
 
V
I
 
V
S
 
T
H
|
H
N
 
E
M
 
M
P
 
G
H
 
F
V
 
A
F
 
R
E
 
E
V
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
V

P69874 Spermidine/putrescine import ATP-binding protein PotA; EC 7.6.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
28% identity, 88% coverage: 2:229/260 of query aligns to 12:225/378 of P69874

query
sites
P69874
S
 
S
D
 
S
T
 
L
T
 
S
P
 
P
V
 
L
V
 
V
Q
 
Q
G
 
L
R
 
A
G
 
G
I
 
I
V
 
R
K
 
K
R
x
C
Y
x
F
G
 
D
H
 
G
V
 
K
T
 
E
A
 
V
I
 
I
D
 
P
H
 
Q
S
 
L
D
 
D
F
 
L
E
 
T
L
 
I
R
 
N
Q
 
N
G
 
G
E
 
E
I
x
F
L
 
L
A
 
T
V
 
L
I
 
L
G
 
G
D
 
P
N
 
S
G
 
G
A
x
C
G
 
G
K
 
K
S
 
T
S
 
T
I
 
V
V
x
L
K
 
R
A
 
L
I
 
I
C
 
A
G
 
G
A
 
L
T
 
E
I
 
T
P
 
V
D
 
D
E
 
S
G
 
G
E
 
R
I
 
I
L
 
M
I
x
L
E
 
D
G
 
N
E
 
E
K
 
D
V
 
I
N
 
-
F
 
-
S
 
-
S
 
T
P
 
H
I
 
V
D
 
P
A
 
A
R
 
E
N
 
N
M
 
R
G
 
Y
I
 
V
E
 
N
I
 
T
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
Q
 
S
L
 
Y
A
 
A
M
 
L
S
 
F
P
 
P
A
 
H
L
 
M
S
 
T
I
 
V
A
 
F
D
 
E
N
 
N
M
 
V
F
 
A
M
 
F
G
 
G
R
 
L
E
 
R
I
 
M
R
 
Q
K
 
K
Q
 
T
-
 
P
-
 
A
-
 
A
G
 
E
F
 
I
M
 
T
G
 
P
K
 
R
Y
 
V
M
 
M
R
 
E
Q
 
A
L
 
L
D
 
R
R
 
M
P
x
V
A
 
Q
M
 
L
E
 
E
K
 
T
F
 
F
A
 
A
R
 
Q
E
 
R
K
 
K
L
 
P
T
 
H
E
 
Q
L
 
-
G
 
-
L
 
-
M
 
-
T
 
-
V
 
-
Q
 
-
S
 
-
I
 
-
N
 
-
Q
 
-
A
 
-
V
 
-
E
 
-
T
 
-
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
G
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
V
A
 
V
F
 
N
A
 
K
T
 
P
K
 
R
F
 
L
I
 
L
I
 
L
M
 
L
D
|
D
E
 
E
P
 
S
T
 
L
A
 
S
A
 
A
L
 
L
G
 
D
V
 
Y
K
 
K
E
 
L
S
 
R
R
 
K
K
 
Q
V
 
M
L
 
Q
-
 
N
E
 
E
L
 
L
I
 
K
Q
 
A
D
 
L
V
 
Q
R
 
R
A
 
K
R
 
L
G
 
G
I
 
I
P
 
T
I
 
F
I
 
V
L
 
F
I
 
V
S
 
T
H
 
H
N
 
D
M
 
Q
P
 
E
H
 
E
V
 
A
F
 
L
E
 
T
V
 
M
A
 
S
D
 
D
R
 
R
I
 
I
H
 
V
V
 
V
H
 
M
R
 
R
L
 
D
G
 
G
K
 
R

Sites not aligning to the query:

1g291 Malk (see paper)
29% identity, 92% coverage: 13:250/260 of query aligns to 9:238/372 of 1g291

query
sites
1g291
I
 
V
V
 
W
K
 
K
R
 
V
Y
 
F
G
 
G
H
 
E
V
 
V
T
 
T
A
 
A
I
 
V
D
 
R
H
 
E
S
 
M
D
 
S
F
 
L
E
 
E
L
 
V
R
 
K
Q
 
D
G
 
G
E
 
E
I
 
F
L
 
M
A
 
I
V
 
L
I
 
L
G
 
G
D
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
I
 
T
V
 
L
K
 
R
A
 
M
I
 
I
C
 
A
G
 
G
A
 
L
T
 
E
I
 
E
P
 
P
D
 
S
E
 
R
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
L
 
Y
I
 
I
-
 
G
-
 
D
-
 
K
-
 
L
-
 
V
-
 
A
E
x
D
G
 
P
E
|
E
K
|
K
V
 
G
N
 
I
F
 
F
S
 
V
S
 
P
P
 
P
I
 
-
D
 
-
A
 
-
R
x
K
N
x
D
M
 
R
G
 
D
I
 
I
E
 
A
I
 
M
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
Q
 
S
L
 
Y
A
 
A
M
 
L
S
 
Y
P
 
P
A
 
H
L
 
M
S
 
T
I
 
V
A
 
Y
D
 
D
N
 
N
M
 
I
F
 
A
M
 
F
G
 
P
R
 
L
E
 
K
I
 
L
R
 
R
K
 
K
Q
 
-
G
 
-
F
 
-
M
 
-
G
 
-
K
 
-
Y
 
-
M
 
-
R
 
-
Q
 
-
L
 
V
D
 
P
R
 
R
P
 
Q
A
 
E
M
 
I
E
 
D
K
 
Q
F
 
R
A
 
V
R
 
R
E
 
E
K
 
V
L
 
A
T
 
E
E
 
L
L
 
L
G
 
G
L
 
L
M
 
-
T
 
-
V
 
T
Q
 
E
S
 
L
I
 
L
N
 
N
Q
 
R
A
 
K
V
 
P
E
 
R
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
G
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
L
A
 
G
R
 
R
A
 
A
A
 
I
A
 
V
F
 
R
A
 
K
T
 
P
K
 
Q
F
 
V
I
 
F
I
 
L
M
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
L
A
 
S
A
 
N
L
 
L
G
 
D
V
 
A
K
 
K
-
 
L
E
 
R
S
 
V
R
 
R
K
 
M
V
 
R
L
 
A
E
 
E
L
 
L
I
 
K
Q
 
K
D
 
L
V
 
Q
R
 
R
A
 
Q
R
 
L
G
 
G
I
 
V
P
 
T
I
 
T
I
 
I
L
 
Y
I
 
V
S
 
T
H
 
H
N
 
D
M
 
Q
P
 
V
H
 
E
V
 
A
F
 
M
E
 
T
V
 
M
A
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
I
H
 
A
V
 
V
H
 
M
R
 
N
L
 
R
G
 
G
K
 
V
R
 
L
L
 
Q
C
 
Q
T
 
V
I
 
G
D
 
S
P
 
P
K
 
D
D
 
E
Y
 
V
T
 
Y
M
 
D
S
 
K
D
 
P
A
 
A
V
 
N
A
 
T
F
 
F
M
 
V
T
 
A
G
 
G

Sites not aligning to the query:

1g6hA Crystal structure of the adp conformation of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
24% identity, 85% coverage: 4:224/260 of query aligns to 1:222/254 of 1g6hA

query
sites
1g6hA
T
 
T
T
 
M
P
 
E
V
 
I
V
 
L
Q
 
R
G
 
T
R
 
E
G
 
N
I
 
I
V
 
V
K
 
K
R
 
Y
Y
x
F
G
 
G
H
 
E
V
x
F
T
 
K
A
 
A
I
 
L
D
 
D
H
 
G
S
 
V
D
 
S
F
 
I
E
 
S
L
 
V
R
 
N
Q
 
K
G
 
G
E
 
D
I
 
V
L
 
T
A
 
L
V
 
I
I
 
I
G
 
G
D
 
P
N
|
N
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
I
 
L
V
 
I
K
 
N
A
 
V
I
 
I
C
 
T
G
 
G
A
 
F
T
 
L
I
 
K
P
 
A
D
 
D
E
 
E
G
 
G
E
 
R
I
 
V
L
 
Y
I
 
F
E
 
E
G
 
N
E
 
K
K
 
D
V
 
I
N
 
T
F
 
N
S
 
K
S
 
E
P
 
P
I
 
A
D
 
E
A
 
L
R
 
Y
N
 
H
M
 
Y
G
 
G
I
 
I
E
 
V
I
 
R
V
 
T
Y
 
F
Q
 
Q
Q
 
T
L
 
P
A
 
Q
M
 
P
S
 
L
P
 
K
A
 
E
L
 
M
S
 
T
I
 
V
A
 
L
D
 
E
N
 
N
M
 
L
F
 
L
M
 
I
G
 
G
R
 
E
E
 
I
I
 
C
R
 
P
K
 
G
Q
 
E
G
 
S
F
 
P
M
 
L
G
 
N
K
 
S
Y
 
L
M
 
F
R
 
Y
Q
 
K
L
 
K
D
 
W
R
 
I
P
 
P
A
 
K
M
 
E
E
 
E
K
 
E
F
 
M
A
 
V
R
 
E
E
 
K
K
 
A
L
 
F
T
 
K
E
 
I
L
 
L
G
 
E
L
 
F
M
 
L
T
 
K
V
 
L
Q
 
S
S
 
H
I
 
L
-
 
Y
N
 
D
Q
 
R
A
 
K
V
 
A
E
 
G
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
M
Q
 
K
G
 
L
V
 
V
A
 
E
V
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
A
A
 
L
A
 
M
F
 
T
A
 
N
T
 
P
K
 
K
F
 
M
I
 
I
I
 
V
M
 
M
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
I
A
 
A
A
 
G
L
 
V
G
 
A
V
 
P
K
 
G
E
 
L
S
 
A
R
 
H
K
 
D
V
 
I
L
 
F
E
 
N
L
 
H
I
 
V
Q
 
L
D
 
E
V
 
L
R
 
K
A
 
A
R
 
K
G
 
G
I
 
I
P
 
T
I
 
F
I
 
L
L
 
I
I
 
I
S
 
E
H
 
H
N
 
R
M
 
L
P
 
D
H
 
I
V
 
V
F
 
L
E
 
N
V
 
Y
A
 
I
D
 
D
R
 
H
I
 
L
H
 
Y
V
 
V

3c4jA Abc protein artp in complex with atp-gamma-s
29% identity, 80% coverage: 15:222/260 of query aligns to 11:208/242 of 3c4jA

query
sites
3c4jA
K
 
K
R
 
S
Y
x
F
G
 
G
H
 
S
V
 
L
T
 
E
A
x
V
I
 
L
D
 
K
H
 
G
S
 
I
D
 
N
F
 
V
E
 
H
L
 
I
R
 
R
Q
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
V
L
 
V
A
 
V
V
 
V
I
 
I
G
 
G
D
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
I
 
F
V
 
L
K
 
R
A
 
C
I
 
L
C
 
N
G
 
L
A
 
L
T
 
E
I
 
D
P
 
F
D
 
D
E
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
I
L
 
I
I
 
I
E
 
D
G
 
G
E
 
-
K
 
-
V
 
I
N
 
N
F
 
L
S
 
K
S
 
A
P
 
K
I
 
D
D
 
T
A
 
N
R
 
L
N
 
N
M
 
K
G
 
V
I
 
R
E
 
E
-
 
E
-
 
V
-
 
G
I
 
M
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
Q
 
R
L
 
F
A
 
N
M
 
L
S
 
F
P
 
P
A
 
H
L
 
M
S
 
T
I
 
V
A
 
L
D
 
N
N
 
N
M
 
I
F
 
T
M
 
L
G
 
A
R
 
-
E
 
-
I
 
-
R
 
-
K
 
-
Q
 
-
G
 
-
F
 
-
M
 
-
G
 
P
K
 
M
Y
 
K
M
 
V
R
 
R
Q
 
K
L
 
W
D
 
P
R
 
R
P
 
E
A
 
K
M
 
A
E
 
E
K
 
A
F
 
K
A
 
A
R
 
M
E
 
E
K
 
L
L
 
L
T
 
D
E
 
K
L
 
V
G
 
G
L
 
L
M
 
K
T
 
-
V
 
-
Q
 
D
S
 
K
I
 
A
N
 
H
Q
 
A
A
 
Y
V
 
P
E
 
D
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
A
Q
 
Q
G
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
L
A
 
A
F
 
M
A
 
E
T
 
P
K
 
K
F
 
I
I
 
M
I
 
L
M
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
G
 
D
V
 
P
K
 
E
E
 
M
S
 
V
R
 
G
K
 
E
V
 
V
L
 
L
E
 
S
L
 
V
I
 
M
Q
 
K
D
 
Q
V
 
L
R
 
A
A
 
N
R
 
E
G
 
G
I
 
M
P
 
T
I
 
M
I
 
V
L
 
V
I
 
V
S
 
T
H
 
H
N
 
E
M
 
M
P
 
G
H
 
F
V
 
A
F
 
R
E
 
E
V
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
V

3c41J Abc protein artp in complex with amp-pnp/mg2+
29% identity, 80% coverage: 15:222/260 of query aligns to 11:208/242 of 3c41J

query
sites
3c41J
K
 
K
R
 
S
Y
x
F
G
 
G
H
 
S
V
 
L
T
 
E
A
x
V
I
 
L
D
 
K
H
 
G
S
 
I
D
 
N
F
 
V
E
 
H
L
 
I
R
 
R
Q
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
V
L
 
V
A
 
V
V
 
V
I
 
I
G
 
G
D
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
I
 
F
V
 
L
K
 
R
A
 
C
I
 
L
C
 
N
G
 
L
A
 
L
T
 
E
I
 
D
P
 
F
D
 
D
E
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
I
L
 
I
I
 
I
E
 
D
G
 
G
E
 
-
K
 
-
V
 
I
N
 
N
F
 
L
S
 
K
S
 
A
P
 
K
I
 
D
D
 
T
A
 
N
R
 
L
N
 
N
M
 
K
G
 
V
I
 
R
E
 
E
-
 
E
-
 
V
-
 
G
I
 
M
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
Q
 
R
L
 
F
A
 
N
M
 
L
S
 
F
P
 
P
A
 
H
L
 
M
S
 
T
I
 
V
A
 
L
D
 
N
N
 
N
M
 
I
F
 
T
M
 
L
G
 
A
R
 
-
E
 
-
I
 
-
R
 
-
K
 
-
Q
 
-
G
 
-
F
 
-
M
 
-
G
 
P
K
 
M
Y
 
K
M
 
V
R
 
R
Q
 
K
L
 
W
D
 
P
R
 
R
P
 
E
A
 
K
M
 
A
E
 
E
K
 
A
F
 
K
A
 
A
R
 
M
E
 
E
K
 
L
L
 
L
T
 
D
E
 
K
L
 
V
G
 
G
L
 
L
M
 
K
T
 
-
V
 
-
Q
 
D
S
 
K
I
 
A
N
 
H
Q
 
A
A
 
Y
V
 
P
E
 
D
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
A
Q
 
Q
G
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
L
A
 
A
F
 
M
A
 
E
T
 
P
K
 
K
F
 
I
I
 
M
I
 
L
M
 
F
D
|
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
G
 
D
V
 
P
K
 
E
E
 
M
S
 
V
R
 
G
K
 
E
V
 
V
L
 
L
E
 
S
L
 
V
I
 
M
Q
 
K
D
 
Q
V
 
L
R
 
A
A
 
N
R
 
E
G
 
G
I
 
M
P
 
T
I
 
M
I
 
V
L
 
V
I
 
V
S
 
T
H
 
H
N
 
E
M
 
M
P
 
G
H
 
F
V
 
A
F
 
R
E
 
E
V
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
V

2olkA Abc protein artp in complex with adp-beta-s
29% identity, 80% coverage: 15:222/260 of query aligns to 11:208/242 of 2olkA

query
sites
2olkA
K
 
K
R
 
S
Y
x
F
G
 
G
H
 
S
V
 
L
T
 
E
A
x
V
I
 
L
D
 
K
H
 
G
S
 
I
D
 
N
F
 
V
E
 
H
L
 
I
R
 
R
Q
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
V
L
 
V
A
 
V
V
 
V
I
 
I
G
 
G
D
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
I
 
F
V
 
L
K
 
R
A
 
C
I
 
L
C
 
N
G
 
L
A
 
L
T
 
E
I
 
D
P
 
F
D
 
D
E
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
I
L
 
I
I
 
I
E
 
D
G
 
G
E
 
-
K
 
-
V
 
I
N
 
N
F
 
L
S
 
K
S
 
A
P
 
K
I
 
D
D
 
T
A
 
N
R
 
L
N
 
N
M
 
K
G
 
V
I
 
R
E
 
E
-
 
E
-
 
V
-
 
G
I
 
M
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
Q
 
R
L
 
F
A
 
N
M
 
L
S
 
F
P
 
P
A
 
H
L
 
M
S
 
T
I
 
V
A
 
L
D
 
N
N
 
N
M
 
I
F
 
T
M
 
L
G
 
A
R
 
-
E
 
-
I
 
-
R
 
-
K
 
-
Q
 
-
G
 
-
F
 
-
M
 
-
G
 
P
K
 
M
Y
 
K
M
 
V
R
 
R
Q
 
K
L
 
W
D
 
P
R
 
R
P
 
E
A
 
K
M
 
A
E
 
E
K
 
A
F
 
K
A
 
A
R
 
M
E
 
E
K
 
L
L
 
L
T
 
D
E
 
K
L
 
V
G
 
G
L
 
L
M
 
K
T
 
-
V
 
-
Q
 
D
S
 
K
I
 
A
N
 
H
Q
 
A
A
 
Y
V
 
P
E
 
D
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
A
Q
 
Q
G
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
L
A
 
A
F
 
M
A
 
E
T
 
P
K
 
K
F
 
I
I
 
M
I
 
L
M
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
G
 
D
V
 
P
K
 
E
E
 
M
S
 
V
R
 
G
K
 
E
V
 
V
L
 
L
E
 
S
L
 
V
I
 
M
Q
 
K
D
 
Q
V
 
L
R
 
A
A
 
N
R
 
E
G
 
G
I
 
M
P
 
T
I
 
M
I
 
V
L
 
V
I
 
V
S
 
T
H
 
H
N
 
E
M
 
M
P
 
G
H
 
F
V
 
A
F
 
R
E
 
E
V
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
V

2oljA Abc protein artp in complex with adp/mg2+
29% identity, 80% coverage: 15:222/260 of query aligns to 11:208/242 of 2oljA

query
sites
2oljA
K
 
K
R
 
S
Y
x
F
G
 
G
H
 
S
V
 
L
T
 
E
A
x
V
I
 
L
D
 
K
H
 
G
S
 
I
D
 
N
F
 
V
E
 
H
L
 
I
R
 
R
Q
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
V
L
 
V
A
 
V
V
 
V
I
 
I
G
 
G
D
 
P
N
x
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
I
 
F
V
 
L
K
 
R
A
 
C
I
 
L
C
 
N
G
 
L
A
 
L
T
 
E
I
 
D
P
 
F
D
 
D
E
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
I
L
 
I
I
 
I
E
 
D
G
 
G
E
 
-
K
 
-
V
 
I
N
 
N
F
 
L
S
 
K
S
 
A
P
 
K
I
 
D
D
 
T
A
 
N
R
 
L
N
 
N
M
 
K
G
 
V
I
 
R
E
 
E
-
 
E
-
 
V
-
 
G
I
 
M
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
Q
 
R
L
 
F
A
 
N
M
 
L
S
 
F
P
 
P
A
 
H
L
 
M
S
 
T
I
 
V
A
 
L
D
 
N
N
 
N
M
 
I
F
 
T
M
 
L
G
 
A
R
 
-
E
 
-
I
 
-
R
 
-
K
 
-
Q
 
-
G
 
-
F
 
-
M
 
-
G
 
P
K
 
M
Y
 
K
M
 
V
R
 
R
Q
 
K
L
 
W
D
 
P
R
 
R
P
 
E
A
 
K
M
 
A
E
 
E
K
 
A
F
 
K
A
 
A
R
 
M
E
 
E
K
 
L
L
 
L
T
 
D
E
 
K
L
 
V
G
 
G
L
 
L
M
 
K
T
 
-
V
 
-
Q
 
D
S
 
K
I
 
A
N
 
H
Q
 
A
A
 
Y
V
 
P
E
 
D
T
 
S
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
A
Q
 
Q
G
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
L
A
 
A
F
 
M
A
 
E
T
 
P
K
 
K
F
 
I
I
 
M
I
 
L
M
 
F
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
S
A
 
A
L
 
L
G
 
D
V
 
P
K
 
E
E
 
M
S
 
V
R
 
G
K
 
E
V
 
V
L
 
L
E
 
S
L
 
V
I
 
M
Q
 
K
D
 
Q
V
 
L
R
 
A
A
 
N
R
 
E
G
 
G
I
 
M
P
 
T
I
 
M
I
 
V
L
 
V
I
 
V
S
 
T
H
 
H
N
 
E
M
 
M
P
 
G
H
 
F
V
 
A
F
 
R
E
 
E
V
 
V
A
 
G
D
 
D
R
 
R
I
 
V

1g9xB Characterization of the twinning structure of mj1267, an atp-binding cassette of an abc transporter (see paper)
24% identity, 85% coverage: 4:224/260 of query aligns to 1:222/253 of 1g9xB

query
sites
1g9xB
T
 
T
T
 
M
P
 
E
V
 
I
V
 
L
Q
 
R
G
 
T
R
 
E
G
 
N
I
 
I
V
 
V
K
 
K
R
 
Y
Y
x
F
G
 
G
H
 
E
V
x
F
T
 
K
A
 
A
I
 
L
D
 
D
H
 
G
S
 
V
D
 
S
F
 
I
E
 
S
L
 
V
R
 
C
Q
 
K
G
 
G
E
 
D
I
 
V
L
 
T
A
 
L
V
 
I
I
 
I
G
 
G
D
 
P
N
 
N
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
I
 
L
V
 
I
K
 
N
A
 
V
I
 
I
C
 
T
G
 
G
A
 
F
T
 
L
I
 
K
P
 
A
D
 
D
E
 
E
G
 
G
E
 
R
I
 
V
L
 
Y
I
 
F
E
 
E
G
 
N
E
 
K
K
 
D
V
 
I
N
 
T
F
 
N
S
 
K
S
 
E
P
 
P
I
 
A
D
 
E
A
 
L
R
 
Y
N
 
H
M
 
Y
G
 
G
I
 
I
E
 
V
I
 
R
V
 
T
Y
 
F
Q
 
Q
Q
 
T
L
 
P
A
 
Q
M
 
P
S
 
L
P
 
K
A
 
E
L
 
M
S
 
T
I
 
V
A
 
L
D
 
E
N
 
N
M
 
L
F
 
L
M
 
I
G
 
G
R
 
E
E
 
I
I
 
N
R
 
P
K
 
G
Q
 
E
G
 
S
F
 
P
M
 
L
G
 
N
K
 
S
Y
 
L
M
 
F
R
 
Y
Q
 
K
L
 
K
D
 
W
R
 
I
P
 
P
A
 
K
M
 
E
E
 
E
K
 
E
F
 
M
A
 
V
R
 
E
E
 
K
K
 
A
L
 
F
T
 
K
E
 
I
L
 
L
G
 
E
L
 
F
M
 
L
T
 
K
V
 
L
Q
 
S
S
 
H
I
 
L
-
 
Y
N
 
D
Q
 
R
A
 
K
V
 
A
E
 
G
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
M
Q
 
K
G
 
L
V
 
V
A
 
E
V
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
A
A
 
L
A
 
M
F
 
T
A
 
N
T
 
P
K
 
K
F
 
M
I
 
I
I
 
V
M
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
I
A
 
A
A
 
G
L
 
V
G
 
A
V
 
P
K
 
G
E
 
L
S
 
A
R
 
H
K
 
D
V
 
I
L
 
F
E
 
N
L
 
H
I
 
V
Q
 
L
D
 
E
V
 
L
R
 
K
A
 
A
R
 
K
G
 
G
I
 
I
P
 
T
I
 
F
I
 
L
L
 
I
I
 
I
S
 
E
H
 
H
N
 
R
M
 
L
P
 
D
H
 
I
V
 
V
F
 
L
E
 
N
V
 
Y
A
 
I
D
 
D
R
 
H
I
 
L
H
 
Y
V
 
V

1ji0A Crystal structure analysis of the abc transporter from thermotoga maritima
31% identity, 82% coverage: 17:229/260 of query aligns to 16:216/240 of 1ji0A

query
sites
1ji0A
Y
|
Y
G
 
G
H
 
A
V
 
I
T
 
H
A
 
A
I
 
I
D
 
K
H
 
G
S
 
I
D
 
D
F
 
L
E
 
K
L
 
V
R
 
P
Q
 
R
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
L
 
V
A
 
T
V
 
L
I
 
I
G
 
G
D
 
A
N
 
N
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
I
 
T
V
 
L
K
 
S
A
 
A
I
 
I
C
 
A
G
 
G
A
 
L
T
 
V
I
 
R
P
 
A
D
 
Q
E
 
K
G
 
G
E
 
K
I
 
I
L
 
I
I
 
F
E
 
N
G
 
G
E
 
Q
K
 
D
V
 
I
N
 
T
F
 
N
S
 
K
S
 
P
P
 
A
I
 
H
D
 
V
A
 
I
R
 
N
N
 
R
M
 
M
G
 
G
I
 
I
E
 
A
I
 
L
V
 
V
Y
 
P
Q
x
E
Q
 
G
L
 
R
A
 
R
M
 
I
S
 
F
P
 
P
A
 
E
L
 
L
S
 
T
I
 
V
A
 
Y
D
 
E
N
 
N
M
 
L
F
 
M
M
 
M
G
 
G
R
 
A
E
 
Y
I
 
N
R
 
R
-
 
K
-
 
D
K
 
K
Q
 
E
G
 
G
F
 
I
M
 
-
G
 
-
K
 
-
Y
 
-
M
 
K
R
 
R
Q
 
D
L
 
L
D
 
E
R
 
W
P
 
-
A
 
I
M
 
F
E
 
S
K
 
L
F
 
F
A
 
P
R
 
R
-
 
L
-
 
K
E
 
E
K
 
R
L
 
L
T
 
K
E
 
Q
L
 
L
G
 
G
L
 
-
M
 
-
T
 
-
V
 
-
Q
 
-
S
 
-
I
 
-
N
 
-
Q
 
-
A
 
-
V
 
-
E
 
G
T
 
T
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
E
R
 
Q
Q
 
Q
G
 
M
V
 
L
A
 
A
V
 
I
A
 
G
R
 
R
A
 
A
A
 
L
A
 
M
F
 
S
A
 
R
T
 
P
K
 
K
F
 
L
I
 
L
I
 
M
M
 
M
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
S
A
 
L
A
 
G
L
 
L
G
 
A
V
 
P
K
 
I
E
 
L
S
 
V
R
 
S
K
 
E
V
 
V
L
 
F
E
 
E
L
 
V
I
 
I
Q
 
Q
D
 
K
V
 
I
R
 
N
A
 
Q
R
 
E
G
 
G
I
 
T
P
 
T
I
 
I
I
 
L
L
 
L
I
 
V
S
 
E
H
 
Q
N
 
N
M
 
A
P
 
L
H
 
G
V
 
A
F
 
L
E
 
K
V
 
V
A
 
A
D
 
H
R
 
Y
I
 
G
H
 
Y
V
 
V
H
 
L
R
 
E
L
 
T
G
 
G
K
 
Q

Q5M243 Energy-coupling factor transporter ATP-binding protein EcfA1; ECF transporter A component EcfA1; EC 7.-.-.- from Streptococcus thermophilus (strain ATCC BAA-250 / LMG 18311) (see paper)
28% identity, 83% coverage: 22:238/260 of query aligns to 19:223/276 of Q5M243

query
sites
Q5M243
A
 
T
I
 
L
D
 
N
H
 
D
S
 
V
D
 
S
F
 
F
E
 
H
L
 
V
R
 
K
Q
 
H
G
 
G
E
 
E
I
 
W
L
 
L
A
 
S
V
 
I
I
 
V
G
 
G
D
 
H
N
 
N
G
 
G
A
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
S
 
T
I
 
T
V
 
A
K
 
R
A
 
L
I
 
I
C
 
G
G
 
G
A
 
L
T
 
L
I
 
V
P
 
A
D
 
D
E
 
S
G
 
G
E
 
Q
I
 
I
L
 
I
I
 
V
E
 
D
G
 
G
E
 
Q
K
 
E
V
 
L
N
 
T
F
 
E
S
 
E
S
 
T
P
 
V
I
 
W
D
 
D
A
 
I
R
 
R
N
 
D
M
 
-
G
 
K
I
 
I
E
 
G
I
 
M
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
Q
 
N
L
 
-
A
 
-
M
 
-
S
 
-
P
 
-
A
 
-
L
 
-
S
 
-
I
 
-
A
 
P
D
 
D
N
 
N
M
x
Q
F
 
F
M
 
V
G
 
G
R
 
A
E
 
T
I
 
V
R
 
E
K
 
D
Q
 
D
G
 
V
F
 
A
M
 
F
G
 
G
K
 
L
Y
 
E
M
 
N
R
 
K
Q
 
G
L
 
L
D
 
P
R
 
Y
P
 
K
A
 
E
M
 
M
E
 
V
K
 
S
F
 
R
A
 
V
R
 
Q
E
 
E
K
 
A
L
 
L
T
 
S
E
 
F
L
 
V
G
 
G
L
 
M
M
 
M
T
 
D
V
 
F
Q
 
K
S
 
D
I
 
R
N
 
E
Q
 
P
A
 
A
V
 
-
E
 
-
T
 
R
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
K
Q
 
Q
G
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
G
A
 
I
A
 
I
A
 
A
F
 
M
A
 
R
T
 
P
K
 
S
F
 
I
I
 
L
I
 
I
M
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
A
T
 
T
A
 
S
A
 
M
L
 
L
G
 
D
V
 
P
K
 
E
E
 
G
S
 
R
R
 
Q
K
 
E
V
 
L
L
 
I
E
 
Q
L
 
Y
I
 
I
Q
 
E
D
 
D
V
 
I
R
 
R
A
 
Q
R
 
Q
-
 
Y
G
 
G
I
 
M
P
 
T
I
 
V
I
 
L
L
 
S
I
 
I
S
 
T
H
 
H
N
 
D
M
 
L
P
 
D
H
 
E
V
 
V
F
 
-
E
 
A
V
 
M
A
 
S
D
 
N
R
 
R
I
 
V
H
 
L
V
 
V
H
 
L
R
 
K
L
 
Q
G
 
G
K
 
K
R
 
V
L
 
E
C
 
S
T
 
I
I
 
S
D
 
S
P
 
P
K
 
R
D
 
E

8wm7D Cryo-em structure of cyanobacterial nitrate/nitrite transporter nrtbcd in complex with signalling protein pii (see paper)
28% identity, 81% coverage: 12:222/260 of query aligns to 9:208/257 of 8wm7D

query
sites
8wm7D
G
 
G
I
 
V
V
 
S
K
 
K
R
 
I
Y
|
Y
-
 
P
-
 
T
-
 
P
-
 
E
G
 
G
H
 
P
V
x
Y
T
 
T
A
x
V
I
 
L
D
 
D
H
 
G
S
 
I
D
 
D
F
 
L
E
 
K
L
 
V
R
 
R
Q
 
E
G
 
G
E
 
E
I
 
F
L
 
V
A
 
C
V
 
L
I
 
I
G
 
G
D
 
H
N
x
S
G
|
G
A
x
C
G
|
G
K
|
K
S
|
S
S
x
T
I
 
L
V
 
L
K
 
N
A
 
M
I
 
I
C
 
S
G
 
G
A
 
F
T
 
N
I
 
T
P
 
P
D
 
S
E
 
E
G
 
G
E
 
V
I
 
V
L
 
L
I
 
L
E
 
Q
G
 
D
E
 
K
K
 
P
V
 
I
N
 
-
F
 
-
S
 
T
S
 
E
P
 
P
I
 
G
D
 
P
A
 
D
R
 
R
N
 
M
M
 
M
G
 
-
I
 
-
E
 
-
I
 
-
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
Q
 
N
L
 
Y
A
 
C
M
 
L
S
 
L
P
 
P
A
 
W
L
 
L
S
 
N
I
 
V
A
 
F
D
 
E
N
 
N
M
 
V
F
 
Y
M
 
L
G
 
A
R
 
V
E
 
D
I
 
A
R
 
V
K
 
F
Q
 
P
G
 
-
F
 
-
M
 
-
G
 
-
K
 
-
Y
 
-
M
 
-
R
 
-
Q
 
-
L
 
-
D
 
N
R
 
K
P
 
P
A
 
Q
M
 
A
E
 
E
K
 
K
F
 
R
A
 
A
-
 
I
-
 
V
R
 
R
E
 
E
K
 
H
L
 
L
T
 
A
E
 
M
L
 
V
G
 
G
L
 
L
M
 
-
T
 
-
V
 
T
Q
 
E
S
 
A
I
 
A
N
 
E
Q
 
K
A
 
K
V
 
P
E
 
S
T
 
Q
L
 
I
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
K
Q
 
Q
G
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
L
A
 
S
F
 
I
A
 
R
T
 
P
K
 
Q
F
 
V
I
 
L
I
 
I
M
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
A
 
G
A
 
A
L
 
L
-
 
D
G
 
A
V
 
I
K
 
T
E
 
K
S
 
E
R
 
E
K
 
L
V
 
Q
L
 
E
E
 
E
L
 
L
I
 
L
Q
 
Q
D
 
I
V
 
W
R
 
S
A
 
D
R
 
H
G
 
Q
I
 
V
P
 
T
I
 
V
I
 
L
L
 
M
I
 
I
S
 
T
H
 
H
N
 
D
M
 
I
P
 
D
H
 
E
V
 
A
F
 
L
E
 
F
V
 
L
A
 
A
D
 
D
R
 
R
I
 
V

1oxvD Crystal structure of glcv, the abc-atpase of the glucose abc transporter from sulfolobus solfataricus (see paper)
27% identity, 89% coverage: 7:238/260 of query aligns to 5:227/353 of 1oxvD

query
sites
1oxvD
V
 
I
V
 
V
Q
 
K
G
 
N
R
 
V
G
 
S
I
 
K
V
 
V
K
x
F
R
 
K
Y
 
K
G
 
G
H
 
K
V
 
V
T
 
V
A
 
A
I
 
L
D
 
D
H
 
N
S
 
V
D
 
N
F
 
I
E
 
N
L
 
I
R
 
E
Q
 
N
G
 
G
E
 
E
I
 
R
L
 
F
A
 
G
V
 
I
I
 
L
G
 
G
D
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
I
 
F
V
 
M
K
 
R
A
 
I
I
 
I
C
 
A
G
 
G
A
 
L
T
 
D
I
 
V
P
 
P
D
 
S
E
 
T
G
 
G
E
 
E
I
 
L
L
 
Y
I
 
F
E
 
D
G
 
D
E
 
R
K
 
L
V
 
V
-
 
A
-
 
S
-
 
N
-
 
G
N
 
K
F
 
L
S
 
I
S
 
V
P
 
P
I
 
P
D
 
E
A
 
D
R
 
R
N
 
K
M
 
I
G
 
G
I
 
-
E
 
-
I
 
M
V
 
V
Y
 
F
Q
|
Q
Q
 
T
L
 
W
A
 
A
M
 
L
S
 
Y
P
 
P
A
 
N
L
 
L
S
 
T
I
 
A
A
 
F
D
 
E
N
 
N
M
 
I
F
 
-
M
 
-
G
 
-
R
 
-
E
 
-
I
 
-
R
 
-
K
 
-
Q
 
-
G
 
A
F
 
F
M
 
P
G
 
L
K
 
T
Y
 
N
M
 
M
R
 
K
Q
 
-
L
 
M
D
 
S
R
 
K
P
 
E
A
 
E
M
 
I
E
 
R
K
 
K
F
 
R
A
 
V
R
 
E
E
 
E
K
 
V
L
 
A
T
 
K
E
 
I
L
 
L
G
 
D
L
 
I
M
 
H
T
 
H
V
 
V
Q
 
-
S
 
-
I
 
L
N
 
N
Q
 
H
A
 
F
V
 
P
E
 
R
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
G
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
L
A
 
V
F
 
K
A
 
D
T
 
P
K
 
S
F
 
L
I
 
L
I
 
L
M
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
F
A
 
S
A
 
N
L
 
L
G
 
D
V
 
A
K
 
R
E
 
M
S
 
R
R
 
D
K
 
S
V
 
A
L
 
R
E
 
A
L
 
L
I
 
V
Q
 
K
D
 
E
V
 
V
R
 
Q
A
 
S
R
 
R
-
 
L
G
 
G
I
 
V
P
 
T
I
 
L
I
 
L
L
 
V
I
 
V
S
 
S
H
 
H
N
 
D
M
 
P
P
 
A
H
 
D
V
 
I
F
 
F
E
 
A
V
 
I
A
 
A
D
 
D
R
 
R
I
 
V
H
 
G
V
 
V
H
 
L
R
 
V
L
 
K
G
 
G
K
 
K
R
 
L
L
 
V
C
 
Q
T
 
V
I
 
G
D
 
K
P
 
P
K
 
E
D
 
D

1oxvA Crystal structure of glcv, the abc-atpase of the glucose abc transporter from sulfolobus solfataricus (see paper)
27% identity, 89% coverage: 7:238/260 of query aligns to 5:227/353 of 1oxvA

query
sites
1oxvA
V
 
I
V
 
V
Q
 
K
G
 
N
R
 
V
G
 
S
I
 
K
V
 
V
K
x
F
R
 
K
Y
 
K
G
 
G
H
 
K
V
 
V
T
 
V
A
 
A
I
 
L
D
 
D
H
 
N
S
 
V
D
 
N
F
 
I
E
 
N
L
 
I
R
 
E
Q
 
N
G
 
G
E
 
E
I
 
R
L
 
F
A
 
G
V
 
I
I
 
L
G
 
G
D
 
P
N
x
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
I
 
F
V
 
M
K
 
R
A
 
I
I
 
I
C
 
A
G
 
G
A
 
L
T
 
D
I
 
V
P
 
P
D
 
S
E
 
T
G
 
G
E
 
E
I
 
L
L
 
Y
I
 
F
E
 
D
G
 
D
E
 
R
K
 
L
V
 
V
-
 
A
-
 
S
-
 
N
-
 
G
N
 
K
F
 
L
S
 
I
S
 
V
P
 
P
I
 
P
D
 
E
A
 
D
R
 
R
N
 
K
M
 
I
G
 
G
I
 
-
E
 
-
I
 
M
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
Q
 
T
L
 
W
A
 
A
M
 
L
S
 
Y
P
 
P
A
 
N
L
 
L
S
 
T
I
 
A
A
 
F
D
 
E
N
 
N
M
 
I
F
 
-
M
 
-
G
 
-
R
 
-
E
 
-
I
 
-
R
 
-
K
 
-
Q
 
-
G
 
A
F
 
F
M
 
P
G
 
L
K
 
T
Y
 
N
M
 
M
R
 
K
Q
 
-
L
 
M
D
 
S
R
 
K
P
 
E
A
 
E
M
 
I
E
 
R
K
 
K
F
 
R
A
 
V
R
 
E
E
 
E
K
 
V
L
 
A
T
 
K
E
 
I
L
 
L
G
 
D
L
 
I
M
 
H
T
 
H
V
 
V
Q
 
-
S
 
-
I
 
L
N
 
N
Q
 
H
A
 
F
V
 
P
E
 
R
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
G
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
L
A
 
V
F
 
K
A
 
D
T
 
P
K
 
S
F
 
L
I
 
L
I
 
L
M
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
F
A
 
S
A
 
N
L
 
L
G
 
D
V
 
A
K
 
R
E
 
M
S
 
R
R
 
D
K
 
S
V
 
A
L
 
R
E
 
A
L
 
L
I
 
V
Q
 
K
D
 
E
V
 
V
R
 
Q
A
 
S
R
 
R
-
 
L
G
 
G
I
 
V
P
 
T
I
 
L
I
 
L
L
 
V
I
 
V
S
 
S
H
 
H
N
 
D
M
 
P
P
 
A
H
 
D
V
 
I
F
 
F
E
 
A
V
 
I
A
 
A
D
 
D
R
 
R
I
 
V
H
 
G
V
 
V
H
 
L
R
 
V
L
 
K
G
 
G
K
 
K
R
 
L
L
 
V
C
 
Q
T
 
V
I
 
G
D
 
K
P
 
P
K
 
E
D
 
D

1oxuA Crystal structure of glcv, the abc-atpase of the glucose abc transporter from sulfolobus solfataricus (see paper)
27% identity, 89% coverage: 7:238/260 of query aligns to 5:227/353 of 1oxuA

query
sites
1oxuA
V
 
I
V
 
V
Q
 
K
G
 
N
R
 
V
G
 
S
I
 
K
V
 
V
K
x
F
R
 
K
Y
 
K
G
 
G
H
 
K
V
 
V
T
 
V
A
|
A
I
 
L
D
 
D
H
 
N
S
 
V
D
 
N
F
 
I
E
 
N
L
 
I
R
 
E
Q
 
N
G
 
G
E
 
E
I
 
R
L
 
F
A
 
G
V
 
I
I
 
L
G
 
G
D
 
P
N
 
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
x
T
S
x
T
I
 
F
V
 
M
K
 
R
A
 
I
I
 
I
C
 
A
G
 
G
A
 
L
T
 
D
I
 
V
P
 
P
D
 
S
E
 
T
G
 
G
E
 
E
I
 
L
L
 
Y
I
 
F
E
 
D
G
 
D
E
 
R
K
 
L
V
 
V
-
 
A
-
 
S
-
 
N
-
 
G
N
 
K
F
 
L
S
 
I
S
 
V
P
 
P
I
 
P
D
 
E
A
 
D
R
 
R
N
 
K
M
 
I
G
 
G
I
 
-
E
 
-
I
 
M
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
Q
 
T
L
 
W
A
 
A
M
 
L
S
 
Y
P
 
P
A
 
N
L
 
L
S
 
T
I
 
A
A
 
F
D
 
E
N
 
N
M
 
I
F
 
-
M
 
-
G
 
-
R
 
-
E
 
-
I
 
-
R
 
-
K
 
-
Q
 
-
G
 
A
F
 
F
M
 
P
G
 
L
K
 
T
Y
 
N
M
 
M
R
 
K
Q
 
-
L
 
M
D
 
S
R
 
K
P
 
E
A
 
E
M
 
I
E
 
R
K
 
K
F
 
R
A
 
V
R
 
E
E
 
E
K
 
V
L
 
A
T
 
K
E
 
I
L
 
L
G
 
D
L
 
I
M
 
H
T
 
H
V
 
V
Q
 
-
S
 
-
I
 
L
N
 
N
Q
 
H
A
 
F
V
 
P
E
 
R
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
G
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
L
A
 
V
F
 
K
A
 
D
T
 
P
K
 
S
F
 
L
I
 
L
I
 
L
M
 
L
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
F
A
 
S
A
 
N
L
 
L
G
 
D
V
 
A
K
 
R
E
 
M
S
 
R
R
 
D
K
 
S
V
 
A
L
 
R
E
 
A
L
 
L
I
 
V
Q
 
K
D
 
E
V
 
V
R
 
Q
A
 
S
R
 
R
-
 
L
G
 
G
I
 
V
P
 
T
I
 
L
I
 
L
L
 
V
I
 
V
S
 
S
H
 
H
N
 
D
M
 
P
P
 
A
H
 
D
V
 
I
F
 
F
E
 
A
V
 
I
A
 
A
D
 
D
R
 
R
I
 
V
H
 
G
V
 
V
H
 
L
R
 
V
L
 
K
G
 
G
K
 
K
R
 
L
L
 
V
C
 
Q
T
 
V
I
 
G
D
 
K
P
 
P
K
 
E
D
 
D

Q97UY8 Glucose import ATP-binding protein GlcV; EC 7.5.2.- from Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (Sulfolobus solfataricus) (see paper)
27% identity, 89% coverage: 7:238/260 of query aligns to 5:227/353 of Q97UY8

query
sites
Q97UY8
V
 
I
V
 
V
Q
 
K
G
 
N
R
 
V
G
 
S
I
 
K
V
 
V
K
 
F
R
 
K
Y
 
K
G
 
G
H
 
K
V
 
V
T
 
V
A
 
A
I
 
L
D
 
D
H
 
N
S
 
V
D
 
N
F
 
I
E
 
N
L
 
I
R
 
E
Q
 
N
G
 
G
E
 
E
I
 
R
L
 
F
A
 
G
V
 
I
I
 
L
G
 
G
D
 
P
N
 
S
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
 
K
S
 
T
S
 
T
I
 
F
V
 
M
K
 
R
A
 
I
I
 
I
C
 
A
G
 
G
A
 
L
T
 
D
I
 
V
P
 
P
D
 
S
E
 
T
G
 
G
E
 
E
I
 
L
L
 
Y
I
 
F
E
 
D
G
 
D
E
 
R
K
 
L
V
 
V
-
 
A
-
 
S
-
 
N
-
 
G
N
 
K
F
 
L
S
 
I
S
 
V
P
 
P
I
 
P
D
 
E
A
 
D
R
 
R
N
 
K
M
 
I
G
 
G
I
 
-
E
 
-
I
 
M
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
Q
 
T
L
 
W
A
 
A
M
 
L
S
 
Y
P
 
P
A
 
N
L
 
L
S
 
T
I
 
A
A
 
F
D
 
E
N
 
N
M
 
I
F
 
-
M
 
-
G
 
-
R
 
-
E
 
-
I
 
-
R
 
-
K
 
-
Q
 
-
G
 
A
F
 
F
M
 
P
G
 
L
K
 
T
Y
 
N
M
 
M
R
 
K
Q
 
-
L
 
M
D
 
S
R
 
K
P
 
E
A
 
E
M
 
I
E
 
R
K
 
K
F
 
R
A
 
V
R
 
E
E
 
E
K
 
V
L
 
A
T
 
K
E
 
I
L
 
L
G
 
D
L
 
I
M
 
H
T
 
H
V
 
V
Q
 
-
S
 
-
I
 
L
N
 
N
Q
 
H
A
 
F
V
 
P
E
 
R
T
 
E
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
Q
 
Q
R
 
Q
Q
 
Q
G
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
A
A
 
L
A
 
V
F
 
K
A
 
D
T
 
P
K
 
S
F
 
L
I
 
L
I
 
L
M
 
L
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
F
A
 
S
A
 
N
L
 
L
G
 
D
V
 
A
K
 
R
E
 
M
S
 
R
R
 
D
K
 
S
V
 
A
L
 
R
E
 
A
L
 
L
I
 
V
Q
 
K
D
 
E
V
 
V
R
 
Q
A
 
S
R
 
R
-
 
L
G
 
G
I
 
V
P
 
T
I
 
L
I
 
L
L
 
V
I
 
V
S
 
S
H
 
H
N
 
D
M
 
P
P
 
A
H
 
D
V
 
I
F
 
F
E
 
A
V
 
I
A
 
A
D
 
D
R
 
R
I
 
V
H
 
G
V
 
V
H
 
L
R
 
V
L
 
K
G
 
G
K
 
K
R
 
L
L
 
V
C
 
Q
T
 
V
I
 
G
D
 
K
P
 
P
K
 
E
D
 
D

Q9AT00 Protein TRIGALACTOSYLDIACYLGLYCEROL 3, chloroplastic; ABC transporter I family member 13; ABC transporter ABCI.13; AtABCI13; Non-intrinsic ABC protein 11; AtNAP11 from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (see paper)
27% identity, 98% coverage: 2:255/260 of query aligns to 79:342/345 of Q9AT00

query
sites
Q9AT00
S
 
N
D
 
D
T
 
S
T
 
D
P
 
V
V
 
L
V
 
I
Q
 
E
G
 
C
R
 
R
G
 
D
I
 
V
V
 
Y
K
 
K
R
 
S
Y
x
F
G
 
G
H
 
E
V
 
K
T
 
H
A
 
I
I
 
L
D
 
K
H
 
G
S
 
V
D
 
S
F
 
F
E
 
K
L
 
I
R
 
R
Q
 
H
G
 
G
E
 
E
I
 
A
L
 
V
A
 
G
V
 
V
I
 
I
G
 
G
D
 
P
N
 
S
G
 
G
A
 
T
G
 
G
K
 
K
S
 
S
S
 
T
I
 
I
V
 
L
K
 
K
A
 
I
I
 
M
C
 
A
G
 
G
A
 
L
T
 
L
I
 
A
P
 
P
D
 
D
E
 
K
G
 
G
E
 
E
I
 
V
L
 
Y
I
 
I
E
 
R
G
 
G
E
 
K
K
 
K
-
 
R
V
 
A
N
 
G
F
 
L
S
 
I
S
 
S
P
 
D
I
 
E
D
 
E
A
 
I
R
 
S
N
 
G
M
 
L
G
 
R
I
 
I
E
 
G
I
 
L
V
 
V
Y
 
F
Q
 
Q
Q
 
S
L
 
A
A
 
A
M
 
L
S
 
F
P
 
D
A
 
S
L
 
L
S
 
S
I
 
V
A
 
R
D
 
E
N
 
N
M
 
V
F
 
-
M
 
-
G
 
-
R
 
-
E
 
-
I
 
-
R
 
-
K
 
-
Q
 
-
G
 
G
F
 
F
M
 
L
G
 
L
K
 
Y
Y
 
E
M
 
R
R
 
S
Q
 
K
L
 
M
D
 
S
R
 
E
P
 
N
A
 
Q
M
 
I
E
 
S
K
 
E
F
 
L
A
 
V
R
 
T
E
 
Q
K
 
T
L
 
L
T
 
A
E
 
A
L
 
V
G
 
G
L
 
L
M
 
K
T
 
G
V
 
V
Q
 
E
S
 
-
I
 
-
N
 
N
Q
 
R
A
 
L
V
 
P
E
 
S
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
Q
 
M
R
 
K
Q
 
K
G
 
R
V
 
V
A
 
A
V
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
S
A
 
L
A
 
I
F
 
F
A
 
D
T
 
T
-
 
T
-
 
K
-
 
E
-
 
V
-
 
I
-
 
E
-
 
P
K
 
E
F
 
V
I
 
L
I
 
L
M
 
Y
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
A
 
A
A
 
G
L
 
L
G
 
D
V
 
P
K
 
I
E
 
A
S
 
S
R
 
T
K
 
V
V
 
V
L
 
E
E
 
D
L
 
L
I
 
I
Q
 
R
D
 
S
V
 
V
R
 
H
-
 
M
-
 
T
-
 
D
-
 
E
-
 
D
A
 
A
R
 
V
G
 
G
I
 
K
P
 
P
-
 
G
-
 
K
-
 
I
-
 
A
-
 
S
I
 
Y
I
 
L
L
 
V
I
 
V
S
 
T
H
 
H
N
 
Q