SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_010876205.1 NCBI__GCF_000008645.1:WP_010876205.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

2gptA Crystal structure of arabidopsis dehydroquinate dehydratase-shikimate dehydrogenase in complex with tartrate and shikimate (see paper)
34% identity, 90% coverage: 5:204/221 of query aligns to 7:215/498 of 2gptA

query
sites
2gptA
I
 
I
C
 
C
V
 
A
P
 
P
V
 
V
F
 
M
E
 
A
K
 
D
T
 
S
A
 
I
P
 
D
E
 
K
V
 
M
T
 
V
E
 
I
S
 
E
A
 
T
G
 
S
R
 
K
A
 
A
I
 
H
D
 
E
A
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
L
L
 
V
E
 
E
I
 
I
R
 
R
I
 
L
D
 
D
G
 
W
L
 
L
Q
 
K
-
 
D
-
 
F
N
 
N
P
 
P
G
 
L
E
 
E
V
 
-
N
 
D
I
 
L
R
 
K
E
 
T
L
 
I
I
 
I
E
 
K
D
 
K
I
 
S
G
 
P
F
 
L
P
 
P
V
 
T
I
 
L
A
 
F
T
 
T
N
 
Y
R
 
R
S
 
P
P
 
K
V
 
W
E
|
E
G
 
G
G
 
G
H
 
Q
F
 
Y
S
 
E
G
 
G
S
 
D
E
 
E
D
 
N
E
 
E
R
 
R
I
 
R
K
 
D
L
 
V
L
 
L
M
 
R
A
 
L
A
 
A
A
 
M
E
 
E
V
 
L
-
 
G
A
 
A
D
 
D
F
 
Y
V
 
I
D
 
D
I
 
V
E
 
E
L
 
L
S
 
Q
S
 
V
A
 
A
R
 
S
E
 
E
D
 
F
I
 
I
E
 
K
R
 
S
V
 
I
T
 
D
G
 
G
S
 
K
-
 
K
-
 
P
-
 
G
A
 
K
R
 
F
R
 
K
S
 
V
I
 
I
V
 
V
S
 
S
Y
 
S
H
|
H
N
 
N
F
 
Y
R
 
Q
E
 
N
T
 
T
P
 
P
S
 
S
L
 
V
E
 
E
A
 
D
L
 
L
L
 
D
R
 
G
I
 
L
V
 
V
R
 
A
M
 
R
A
 
I
K
 
Q
E
 
Q
M
 
T
G
 
G
-
 
A
D
 
D
I
 
I
A
 
V
K
|
K
V
 
I
A
 
A
V
 
T
M
 
T
P
 
A
E
 
V
N
 
D
L
 
I
A
 
A
D
 
D
T
 
V
L
 
A
V
 
R
V
 
M
L
 
F
Q
 
H
L
 
I
L
 
T
T
 
S
F
 
K
E
 
A
E
 
Q
-
 
V
D
 
P
T
 
T
V
 
I
A
 
G
I
 
L
S
 
V
M
 
M
G
 
G
E
 
E
L
 
R
G
 
G
K
 
L
Y
 
M
T
 
S
R
 
R
V
 
I
A
 
L
A
 
C
A
 
S
L
 
K
F
 
F
G
 
G
S
 
G
P
 
Y
I
 
L
T
 
T
F
 
F
A
 
G
S
 
T
M
 
L
-
 
D
-
 
S
G
 
S
R
 
K
G
 
V
T
 
S
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q

Sites not aligning to the query:

2o7qA Crystal structure of the a. Thaliana dhq-dehydroshikimate-sdh- shikimate-NADP(h)
34% identity, 90% coverage: 5:204/221 of query aligns to 7:215/501 of 2o7qA

query
sites
2o7qA
I
 
I
C
 
C
V
 
A
P
 
P
V
 
V
F
 
M
E
 
A
K
 
D
T
 
S
A
 
I
P
 
D
E
 
K
V
 
M
T
 
V
E
 
I
S
 
E
A
 
T
G
 
S
R
 
K
A
 
A
I
 
H
D
 
E
A
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
L
L
 
V
E
|
E
I
 
I
R
 
R
I
 
L
D
 
D
G
 
W
L
 
L
Q
 
K
-
 
D
-
 
F
N
 
N
P
 
P
G
 
L
E
 
E
V
 
-
N
 
D
I
 
L
R
 
K
E
 
T
L
 
I
I
 
I
E
 
K
D
 
K
I
 
S
G
 
P
F
 
L
P
 
P
V
 
T
I
 
L
A
 
F
T
 
T
N
 
Y
R
 
R
S
 
P
P
 
K
V
 
W
E
|
E
G
 
G
G
 
G
H
 
Q
F
 
Y
S
 
E
G
 
G
S
 
D
E
 
E
D
 
N
E
 
E
R
 
R
I
 
R
K
 
D
L
 
V
L
 
L
M
 
R
A
 
L
A
 
A
A
 
M
E
 
E
V
 
L
-
 
G
A
 
A
D
 
D
F
 
Y
V
 
I
D
 
D
I
 
V
E
 
E
L
 
L
S
 
Q
S
 
V
A
 
A
R
 
S
E
 
E
D
 
F
I
 
I
E
 
K
R
 
S
V
 
I
T
 
D
G
 
G
S
 
K
-
 
K
-
 
P
-
 
G
A
 
K
R
 
F
R
 
K
S
 
V
I
 
I
V
 
V
S
 
S
Y
 
S
H
|
H
N
 
N
F
 
Y
R
 
Q
E
 
N
T
 
T
P
 
P
S
 
S
L
 
V
E
 
E
A
 
D
L
 
L
L
 
D
R
 
G
I
 
L
V
 
V
R
 
A
M
 
R
A
 
I
K
 
Q
E
 
Q
M
 
T
G
 
G
-
 
A
D
 
D
I
 
I
A
 
V
K
|
K
V
 
I
A
 
A
V
 
T
M
 
T
P
 
A
E
 
V
N
 
D
L
 
I
A
 
A
D
 
D
T
 
V
L
 
A
V
 
R
V
 
M
L
 
F
Q
 
H
L
 
I
L
 
T
T
 
S
F
 
K
E
 
A
E
 
Q
-
 
V
D
 
P
T
 
T
V
 
I
A
 
G
I
 
L
S
 
V
M
 
M
G
 
G
E
 
E
L
 
R
G
 
G
K
 
L
Y
 
M
T
 
S
R
|
R
V
 
I
A
 
L
A
 
C
A
 
S
L
 
K
F
 
F
G
 
G
S
 
G
P
 
Y
I
 
L
T
 
T
F
|
F
A
 
G
S
 
T
M
 
L
-
 
D
-
 
S
G
 
S
R
 
K
G
 
V
T
x
S
A
|
A
P
 
P
G
 
G
Q
|
Q

Sites not aligning to the query:

6bmqA Crystal structure of arabidopsis dehydroquinate dehydratase-shikimate dehydrogenase (t381g mutant) in complex with tartrate and shikimate (see paper)
34% identity, 90% coverage: 5:204/221 of query aligns to 7:215/498 of 6bmqA

query
sites
6bmqA
I
 
I
C
 
C
V
 
A
P
 
P
V
 
V
F
 
M
E
 
A
K
 
D
T
 
S
A
 
I
P
 
D
E
 
K
V
 
M
T
 
V
E
 
I
S
 
E
A
 
T
G
 
S
R
 
K
A
 
A
I
 
H
D
 
E
A
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
L
L
 
V
E
 
E
I
 
I
R
 
R
I
 
L
D
 
D
G
 
W
L
 
L
Q
 
K
-
 
D
-
 
F
N
 
N
P
 
P
G
 
L
E
 
E
V
 
-
N
 
D
I
 
L
R
 
K
E
 
T
L
 
I
I
 
I
E
 
K
D
 
K
I
 
S
G
 
P
F
 
L
P
 
P
V
 
T
I
 
L
A
 
F
T
 
T
N
 
Y
R
 
R
S
 
P
P
 
K
V
 
W
E
|
E
G
 
G
G
 
G
H
 
Q
F
 
Y
S
 
E
G
 
G
S
 
D
E
 
E
D
 
N
E
 
E
R
 
R
I
 
R
K
 
D
L
 
V
L
 
L
M
 
R
A
 
L
A
 
A
A
 
M
E
 
E
V
 
L
-
 
G
A
 
A
D
 
D
F
 
Y
V
 
I
D
 
D
I
 
V
E
 
E
L
 
L
S
 
Q
S
 
V
A
 
A
R
 
S
E
 
E
D
 
F
I
 
I
E
 
K
R
 
S
V
 
I
T
 
D
G
 
G
S
 
K
-
 
K
-
 
P
-
 
G
A
 
K
R
 
F
R
 
K
S
 
V
I
 
I
V
 
V
S
 
S
Y
 
S
H
|
H
N
 
N
F
 
Y
R
 
Q
E
 
N
T
 
T
P
 
P
S
 
S
L
 
V
E
 
E
A
 
D
L
 
L
L
 
D
R
 
G
I
 
L
V
 
V
R
 
A
M
 
R
A
 
I
K
 
Q
E
 
Q
M
 
T
G
 
G
-
 
A
D
 
D
I
 
I
A
 
V
K
|
K
V
 
I
A
 
A
V
 
T
M
 
T
P
 
A
E
 
V
N
 
D
L
 
I
A
 
A
D
 
D
T
 
V
L
 
A
V
 
R
V
 
M
L
 
F
Q
 
H
L
 
I
L
 
T
T
 
S
F
 
K
E
 
A
E
 
Q
-
 
V
D
 
P
T
 
T
V
 
I
A
 
G
I
 
L
S
 
V
M
 
M
G
 
G
E
 
E
L
 
R
G
 
G
K
 
L
Y
 
M
T
 
S
R
 
R
V
 
I
A
 
L
A
 
C
A
 
S
L
 
K
F
 
F
G
 
G
S
 
G
P
 
Y
I
 
L
T
 
T
F
 
F
A
 
G
S
 
T
M
 
L
-
 
D
-
 
S
G
 
S
R
 
K
G
 
V
T
 
S
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q

Sites not aligning to the query:

2o7sA Crystal structure of the a. Thaliana dhq-dehydroshikimate-sdh- shikimate-NADP(h)
34% identity, 90% coverage: 5:204/221 of query aligns to 7:215/500 of 2o7sA

query
sites
2o7sA
I
 
I
C
 
C
V
 
A
P
 
P
V
 
V
F
 
M
E
 
A
K
 
D
T
 
S
A
 
I
P
 
D
E
 
K
V
 
M
T
 
V
E
 
I
S
 
E
A
 
T
G
 
S
R
 
K
A
 
A
I
 
H
D
 
E
A
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
L
L
 
V
E
|
E
I
 
I
R
 
R
I
 
L
D
 
D
G
 
W
L
 
L
Q
 
K
-
 
D
-
 
F
N
 
N
P
 
P
G
 
L
E
 
E
V
 
-
N
 
D
I
 
L
R
 
K
E
 
T
L
 
I
I
 
I
E
 
K
D
 
K
I
 
S
G
 
P
F
 
L
P
 
P
V
 
T
I
 
L
A
 
F
T
 
T
N
 
Y
R
 
R
S
 
P
P
 
K
V
 
W
E
|
E
G
 
G
G
 
G
H
 
Q
F
 
Y
S
 
E
G
 
G
S
 
D
E
 
E
D
 
N
E
 
E
R
 
R
I
 
R
K
 
D
L
 
V
L
 
L
M
 
R
A
 
L
A
 
A
A
 
M
E
 
E
V
 
L
-
 
G
A
 
A
D
 
D
F
 
Y
V
 
I
D
 
D
I
 
V
E
 
E
L
 
L
S
 
Q
S
 
V
A
 
A
R
 
S
E
 
E
D
 
F
I
 
I
E
 
K
R
 
S
V
 
I
T
 
D
G
 
G
S
 
K
-
 
K
-
 
P
-
 
G
A
 
K
R
 
F
R
 
K
S
 
V
I
 
I
V
 
V
S
 
S
Y
 
S
H
|
H
N
 
N
F
 
Y
R
 
Q
E
 
N
T
 
T
P
 
P
S
 
S
L
 
V
E
 
E
A
 
D
L
 
L
L
 
D
R
 
G
I
 
L
V
 
V
R
 
A
M
 
R
A
 
I
K
 
Q
E
 
Q
M
 
T
G
 
G
-
 
A
D
 
D
I
 
I
A
 
V
K
|
K
V
 
I
A
 
A
V
 
T
M
 
T
P
 
A
E
 
V
N
 
D
L
 
I
A
 
A
D
 
D
T
 
V
L
 
A
V
 
R
V
 
M
L
 
F
Q
 
H
L
 
I
L
 
T
T
 
S
F
 
K
E
 
A
E
 
Q
-
 
V
D
 
P
T
 
T
V
 
I
A
 
G
I
 
L
S
 
V
M
 
M
G
 
G
E
 
E
L
 
R
G
 
G
K
 
L
Y
 
M
T
 
S
R
|
R
V
 
I
A
 
L
A
 
C
A
 
S
L
 
K
F
 
F
G
 
G
S
 
G
P
 
Y
I
 
L
T
 
T
F
|
F
A
 
G
S
 
T
M
 
L
-
 
D
-
 
S
G
 
S
R
 
K
G
 
V
T
x
S
A
|
A
P
 
P
G
 
G
Q
|
Q

Sites not aligning to the query:

Q9SQT8 Bifunctional 3-dehydroquinate dehydratase/shikimate dehydrogenase, chloroplastic; DHQ-SDH protein; DHQase-SORase; Protein EMBRYO DEFECTIVE 3004; EC 4.2.1.10; EC 1.1.1.25 from Arabidopsis thaliana (Mouse-ear cress) (see paper)
34% identity, 90% coverage: 5:204/221 of query aligns to 96:304/603 of Q9SQT8

query
sites
Q9SQT8
I
 
I
C
 
C
V
 
A
P
 
P
V
 
V
F
 
M
E
 
A
K
 
D
T
 
S
A
 
I
P
 
D
E
 
K
V
 
M
T
 
V
E
 
I
S
 
E
A
 
T
G
 
S
R
 
K
A
 
A
I
 
H
D
 
E
A
 
L
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
L
L
 
V
E
|
E
I
 
I
R
|
R
I
 
L
D
 
D
G
 
W
L
 
L
Q
 
K
-
 
D
-
 
F
N
 
N
P
 
P
G
 
L
E
 
E
V
 
-
N
 
D
I
 
L
R
 
K
E
 
T
L
 
I
I
 
I
E
 
K
D
 
K
I
 
S
G
 
P
F
 
L
P
 
P
V
 
T
I
 
L
A
 
F
T
 
T
N
 
Y
R
|
R
S
 
P
P
 
K
V
 
W
E
 
E
G
 
G
G
 
G
H
 
Q
F
 
Y
S
 
E
G
 
G
S
 
D
E
 
E
D
 
N
E
 
E
R
 
R
I
 
R
K
 
D
L
 
V
L
 
L
M
 
R
A
 
L
A
 
A
A
 
M
E
 
E
V
 
L
-
 
G
A
 
A
D
 
D
F
 
Y
V
 
I
D
 
D
I
 
V
E
 
E
L
 
L
S
 
Q
S
 
V
A
 
A
R
 
S
E
 
E
D
 
F
I
 
I
E
 
K
R
 
S
V
 
I
T
 
D
G
 
G
S
 
K
A
 
K
R
 
P
-
 
G
-
 
K
-
 
F
R
 
K
S
 
V
I
 
I
V
 
V
S
 
S
Y
 
S
H
 
H
N
 
N
F
 
Y
R
 
Q
E
 
N
T
 
T
P
 
P
S
 
S
L
 
V
E
 
E
A
 
D
L
 
L
L
 
D
R
 
G
I
 
L
V
 
V
R
 
A
M
 
R
A
 
I
K
 
Q
E
 
Q
M
 
T
G
 
G
-
 
A
D
 
D
I
 
I
A
 
V
K
|
K
V
 
I
A
 
A
V
 
T
M
 
T
P
 
A
E
 
V
N
 
D
L
 
I
A
 
A
D
 
D
T
 
V
L
 
A
V
 
R
V
 
M
L
 
F
Q
 
H
L
 
I
L
 
T
T
 
S
F
 
K
E
 
A
E
 
Q
-
 
V
D
 
P
T
 
T
V
 
I
A
 
G
I
 
L
S
 
V
M
 
M
G
 
G
E
 
E
L
 
R
G
 
G
K
 
L
Y
 
M
T
 
S
R
|
R
V
 
I
A
 
L
A
 
C
A
 
S
L
 
K
F
 
F
G
 
G
S
 
G
P
 
Y
I
 
L
T
 
T
F
 
F
A
 
G
S
 
T
M
 
L
-
 
D
-
 
S
G
 
S
R
 
K
G
 
V
T
x
S
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
|
Q

Sites not aligning to the query:

1sfjA 2.4a crystal structure of staphylococcus aureus type i 3- dehydroquinase, with 3-dehydroquinate bound (see paper)
34% identity, 91% coverage: 7:207/221 of query aligns to 2:217/227 of 1sfjA

query
sites
1sfjA
V
 
V
P
 
E
V
 
V
F
 
V
E
 
A
K
 
T
T
 
I
A
 
T
P
 
P
E
 
Q
V
 
E
T
 
T
-
 
L
-
 
I
E
 
Q
S
 
K
A
 
I
G
 
N
R
 
H
A
 
R
I
 
I
D
 
D
A
 
A
G
 
-
A
 
I
D
 
D
I
 
V
L
 
L
E
|
E
I
 
L
R
|
R
I
 
I
D
 
D
G
 
Q
L
 
F
Q
 
E
N
 
N
P
 
V
G
 
T
E
 
V
V
 
D
N
 
Q
I
 
V
R
 
A
E
 
E
L
 
M
I
 
I
E
 
T
D
 
K
I
 
L
G
 
S
F
 
F
P
 
K
V
 
L
I
 
L
A
 
V
T
 
T
N
 
Y
R
|
R
S
 
T
P
 
K
V
 
L
E
x
Q
G
 
G
G
 
G
H
 
Y
F
 
G
S
 
Q
G
 
F
S
 
T
E
 
N
D
 
D
E
 
S
R
 
Y
I
 
L
K
 
N
L
 
L
L
 
I
M
 
S
A
 
D
A
 
L
A
 
A
E
 
N
V
 
I
A
 
N
-
 
G
-
 
I
D
 
D
F
 
M
V
 
I
D
 
D
I
 
I
E
 
E
L
 
W
S
 
Q
S
 
-
A
 
A
R
 
D
E
 
I
D
 
D
I
 
I
E
 
E
R
 
K
-
 
H
-
 
Q
-
 
R
-
 
I
-
 
I
-
 
T
-
 
H
V
 
L
T
 
Q
G
 
Q
S
 
Y
A
 
N
R
 
K
R
 
E
S
 
V
I
 
I
V
 
I
S
 
S
Y
 
H
H
|
H
N
 
N
F
 
F
R
 
E
E
 
S
T
 
T
P
 
P
S
 
P
L
 
L
E
 
D
A
 
E
L
 
L
L
 
Q
R
 
F
I
 
I
V
 
F
-
 
F
R
 
K
M
 
M
A
 
Q
K
 
K
E
 
F
M
 
N
G
 
P
D
 
E
I
 
Y
A
 
V
K
|
K
V
 
L
A
 
A
V
 
V
M
 
M
P
 
P
E
 
H
N
 
N
L
 
K
A
 
N
D
 
D
T
 
V
L
 
L
V
 
N
V
 
L
L
 
L
Q
 
Q
L
 
A
L
 
M
T
 
S
F
 
T
E
 
F
E
 
S
D
 
D
T
 
T
-
 
M
-
 
D
-
 
C
-
 
K
-
 
V
V
 
V
A
 
G
I
 
I
S
 
S
M
 
M
G
 
S
E
 
K
L
 
L
G
 
G
K
 
L
Y
 
I
T
 
S
R
|
R
V
 
T
A
 
A
A
 
Q
A
 
G
L
 
V
F
 
F
G
 
G
S
 
G
P
 
A
I
 
L
T
 
T
F
x
Y
A
 
G
S
 
C
M
 
I
G
 
G
R
 
E
G
 
P
T
 
Q
A
|
A
P
 
P
G
 
G
Q
|
Q
M
 
I
D
 
D
V
 
V

Q186A6 3-dehydroquinate dehydratase; 3-dehydroquinase; Type I DHQase; Type I dehydroquinase; DHQ1; EC 4.2.1.10 from Clostridioides difficile (strain 630) (Peptoclostridium difficile) (see paper)
33% identity, 91% coverage: 4:205/221 of query aligns to 18:238/255 of Q186A6

query
sites
Q186A6
K
 
K
I
 
I
C
 
C
V
 
V
P
 
P
V
 
I
F
 
I
E
 
G
K
 
K
T
 
N
A
 
K
P
 
K
E
 
D
V
 
I
T
 
I
E
 
K
S
 
E
A
 
A
G
 
K
R
 
E
A
 
L
I
 
K
D
 
D
A
 
A
G
 
C
A
 
L
D
 
D
I
 
I
L
 
I
E
|
E
I
x
W
R
|
R
I
 
V
D
 
D
G
 
F
L
 
F
Q
 
E
N
 
N
P
 
V
G
 
E
E
 
N
V
 
I
N
 
K
-
 
E
-
 
V
-
 
K
-
 
E
-
 
V
-
 
L
-
 
Y
-
 
E
I
 
L
R
 
R
E
 
S
L
 
Y
I
 
I
E
 
H
D
 
D
I
 
I
G
 
-
F
 
-
P
 
P
V
 
L
I
 
L
A
 
F
T
 
T
N
 
F
R
|
R
S
 
S
P
 
V
V
 
V
E
 
E
G
 
G
G
 
G
H
 
E
F
 
K
S
 
L
G
 
I
S
 
S
E
 
R
D
 
D
E
 
Y
R
 
Y
I
 
T
K
 
T
L
 
L
L
 
N
-
 
K
-
 
E
M
 
I
A
 
S
A
 
N
A
 
T
E
 
G
V
 
L
A
 
V
D
 
D
F
 
L
V
 
I
D
 
D
I
 
V
E
 
E
L
 
L
S
 
F
S
 
M
A
 
G
R
 
D
E
 
E
D
 
V
I
 
I
E
 
D
R
 
E
V
 
V
T
 
V
G
 
N
S
 
F
A
 
A
R
 
H
R
 
K
S
 
K
-
 
E
-
 
V
-
 
K
-
 
V
I
 
I
V
 
I
S
 
S
Y
 
N
H
|
H
N
 
D
F
 
F
R
 
N
E
 
K
T
 
T
P
 
P
S
 
K
L
 
K
E
 
E
A
 
E
L
 
I
L
 
V
-
 
S
R
 
R
I
 
L
V
 
C
R
 
R
M
 
M
A
 
Q
K
 
E
E
 
L
M
 
G
G
 
A
D
 
D
I
 
L
A
 
P
K
|
K
V
 
I
A
 
A
V
 
V
M
 
M
P
 
P
E
 
Q
N
 
N
L
 
E
A
 
K
D
 
D
T
 
V
L
 
L
V
 
V
V
 
L
L
 
L
-
 
E
-
 
A
-
 
T
-
 
N
Q
 
E
L
 
M
L
 
F
T
 
K
F
 
I
E
 
Y
E
 
A
D
 
D
-
 
R
-
 
P
T
 
I
V
 
I
A
 
T
I
 
M
S
 
S
M
 
M
G
 
S
E
 
G
L
 
M
G
 
G
K
 
V
Y
 
I
T
 
S
R
|
R
V
 
L
A
 
C
A
 
G
A
 
E
L
 
I
F
 
F
G
 
G
S
 
S
P
 
A
I
 
L
T
 
T
F
 
F
A
 
G
S
 
A
M
 
A
G
 
K
R
 
S
G
 
V
T
x
S
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
|
Q
M
 
I

4h3dB 1.95 angstrom crystal structure of of type i 3-dehydroquinate dehydratase (arod) from clostridium difficile with covalent modified comenic acid.
33% identity, 91% coverage: 4:205/221 of query aligns to 18:238/254 of 4h3dB

query
sites
4h3dB
K
 
K
I
 
I
C
 
C
V
 
V
P
 
P
V
 
I
F
 
I
E
 
G
K
 
K
T
 
N
A
 
K
P
 
K
E
 
D
V
 
I
T
 
I
E
 
K
S
 
E
A
 
A
G
 
K
R
 
E
A
 
L
I
 
K
D
 
D
A
 
A
G
 
C
A
 
L
D
 
D
I
 
I
L
 
I
E
 
E
I
 
W
R
 
R
I
 
V
D
 
D
G
 
F
L
 
F
Q
 
E
N
 
N
P
 
V
G
 
E
E
 
N
V
 
I
N
 
K
-
 
E
-
 
V
-
 
K
-
 
E
-
 
V
-
 
L
-
 
Y
-
 
E
I
 
L
R
 
R
E
 
S
L
 
Y
I
 
I
E
 
H
D
 
D
I
 
I
G
 
-
F
 
-
P
 
P
V
 
L
I
 
L
A
 
F
T
 
T
N
 
F
R
 
R
S
 
S
P
 
V
V
 
V
E
|
E
G
 
G
G
 
G
H
 
E
F
 
K
S
 
L
G
 
I
S
 
S
E
 
R
D
 
D
E
 
Y
R
 
Y
I
 
T
K
 
T
L
 
L
L
 
N
-
 
K
-
 
E
M
 
I
A
 
S
A
 
N
A
 
T
E
 
G
V
 
L
A
 
V
D
 
D
F
 
L
V
 
I
D
 
D
I
 
V
E
 
E
L
 
L
S
 
F
S
 
M
A
 
G
R
 
D
E
 
E
D
 
V
I
 
I
E
 
D
R
 
E
V
 
V
T
 
V
G
 
N
S
 
F
A
 
A
R
 
H
R
 
K
S
 
K
-
 
E
-
 
V
-
 
K
-
 
V
I
 
I
V
 
I
S
 
S
Y
 
N
H
|
H
N
 
D
F
 
F
R
 
N
E
 
K
T
 
T
P
 
P
S
 
K
L
 
K
E
 
E
A
 
E
L
 
I
L
 
V
-
 
S
R
 
R
I
 
L
V
 
C
R
 
R
M
 
M
A
 
Q
K
 
E
E
 
L
M
 
G
G
 
A
D
 
D
I
 
L
A
 
P
K
|
K
V
 
I
A
 
A
V
 
V
M
 
M
P
 
P
E
 
Q
N
 
N
L
 
E
A
 
K
D
 
D
T
 
V
L
 
L
V
 
V
V
 
L
L
 
L
-
 
E
-
 
A
-
 
T
-
 
N
Q
 
E
L
 
M
L
 
F
T
 
K
F
 
I
E
 
Y
E
 
A
D
 
D
-
 
R
-
 
P
T
 
I
V
 
I
A
 
T
I
x
M
S
 
S
M
 
M
G
 
S
E
 
G
L
 
M
G
 
G
K
 
V
Y
 
I
T
 
S
R
|
R
V
 
L
A
 
C
A
 
G
A
 
E
L
 
I
F
 
F
G
 
G
S
 
S
P
 
A
I
 
L
T
 
T
F
|
F
A
 
G
S
 
A
M
 
A
G
 
K
R
 
S
G
 
V
T
 
S
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
M
 
I

3js3A Crystal structure of type i 3-dehydroquinate dehydratase (arod) from clostridium difficile with covalent reaction intermediate (see paper)
33% identity, 91% coverage: 4:205/221 of query aligns to 18:238/253 of 3js3A

query
sites
3js3A
K
 
K
I
 
I
C
 
C
V
 
V
P
 
P
V
 
I
F
 
I
E
 
G
K
 
K
T
 
N
A
 
K
P
 
K
E
 
D
V
 
I
T
 
I
E
 
K
S
 
E
A
 
A
G
 
K
R
 
E
A
 
L
I
 
K
D
 
D
A
 
A
G
 
C
A
 
L
D
 
D
I
 
I
L
 
I
E
|
E
I
 
W
R
|
R
I
 
V
D
 
D
G
 
F
L
 
F
Q
 
E
N
 
N
P
 
V
G
 
E
E
 
N
V
 
I
N
 
K
-
 
E
-
 
V
-
 
K
-
 
E
-
 
V
-
 
L
-
 
Y
-
 
E
I
 
L
R
 
R
E
 
S
L
 
Y
I
 
I
E
 
H
D
 
D
I
 
I
G
 
-
F
 
-
P
 
P
V
 
L
I
 
L
A
 
F
T
 
T
N
 
F
R
 
R
S
 
S
P
 
V
V
 
V
E
|
E
G
 
G
G
 
G
H
 
E
F
 
K
S
 
L
G
 
I
S
 
S
E
 
R
D
 
D
E
 
Y
R
 
Y
I
 
T
K
 
T
L
 
L
L
 
N
-
 
K
-
 
E
M
 
I
A
 
S
A
 
N
A
 
T
E
 
G
V
 
L
A
 
V
D
 
D
F
 
L
V
 
I
D
 
D
I
 
V
E
 
E
L
 
L
S
 
F
S
 
M
A
 
G
R
 
D
E
 
E
D
 
V
I
 
I
E
 
D
R
 
E
V
 
V
T
 
V
G
 
N
S
 
F
A
 
A
R
 
H
R
 
K
S
 
K
-
 
E
-
 
V
-
 
K
-
 
V
I
 
I
V
 
I
S
 
S
Y
 
N
H
|
H
N
 
D
F
 
F
R
 
N
E
 
K
T
 
T
P
 
P
S
 
K
L
 
K
E
 
E
A
 
E
L
 
I
L
 
V
-
 
S
R
 
R
I
 
L
V
 
C
R
 
R
M
 
M
A
 
Q
K
 
E
E
 
L
M
 
G
G
 
A
D
 
D
I
 
L
A
 
P
K
|
K
V
 
I
A
 
A
V
 
V
M
 
M
P
 
P
E
 
Q
N
 
N
L
 
E
A
 
K
D
 
D
T
 
V
L
 
L
V
 
V
V
 
L
L
 
L
-
 
E
-
 
A
-
 
T
-
 
N
Q
 
E
L
 
M
L
 
F
T
 
K
F
 
I
E
 
Y
E
 
A
D
 
D
-
 
R
-
 
P
T
 
I
V
 
I
A
 
T
I
x
M
S
 
S
M
 
M
G
 
S
E
 
G
L
 
M
G
 
G
K
 
V
Y
 
I
T
 
S
R
|
R
V
 
L
A
 
C
A
 
G
A
 
E
L
 
I
F
 
F
G
 
G
S
 
S
P
 
A
I
 
L
T
 
T
F
|
F
A
 
G
S
 
A
M
 
A
G
 
K
R
 
S
G
 
V
T
x
S
A
|
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
M
 
I

Q6GII7 3-dehydroquinate dehydratase; 3-dehydroquinase; Type I DHQase; Type I dehydroquinase; DHQ1; EC 4.2.1.10 from Staphylococcus aureus (strain MRSA252) (see paper)
33% identity, 86% coverage: 19:207/221 of query aligns to 22:228/238 of Q6GII7

query
sites
Q6GII7
E
 
Q
S
 
K
A
 
I
G
 
N
R
 
H
A
 
R
I
 
I
D
 
D
A
 
A
G
 
-
A
 
I
D
 
D
I
 
V
L
 
L
E
 
E
I
 
L
R
 
R
I
 
I
D
 
D
G
 
Q
L
 
F
Q
 
E
N
 
N
P
 
V
G
 
T
E
 
V
V
 
D
N
 
Q
I
 
V
R
 
A
E
 
E
L
 
M
I
 
I
E
 
T
D
 
K
I
 
L
-
 
K
-
 
V
-
 
M
-
 
Q
-
 
D
G
 
S
F
 
F
P
 
K
V
 
L
I
 
L
A
 
V
T
 
T
N
 
Y
R
|
R
S
 
T
P
 
K
V
 
L
E
 
Q
G
 
G
G
 
G
H
 
Y
F
 
G
S
 
Q
G
 
F
S
 
T
E
 
N
D
 
D
E
 
S
R
 
Y
I
 
L
K
 
N
L
 
L
L
 
I
M
 
S
A
 
D
A
 
L
A
 
A
E
 
N
V
 
I
A
 
N
-
 
G
-
 
I
D
 
D
F
 
M
V
 
I
D
 
D
I
 
I
E
 
E
L
 
W
S
 
Q
S
 
-
A
 
A
R
 
D
E
 
I
D
 
D
I
 
I
E
 
E
R
 
K
-
 
H
-
 
Q
-
 
R
-
 
I
-
 
I
-
 
T
-
 
H
V
 
L
T
 
Q
G
 
Q
S
 
Y
A
 
N
R
 
K
R
 
E
S
 
V
I
 
I
V
 
I
S
 
S
Y
 
H
H
|
H
N
 
N
F
 
F
R
 
E
E
 
S
T
 
T
P
 
P
S
 
P
L
 
L
E
 
D
A
 
E
L
 
L
L
 
Q
R
 
F
I
 
I
V
 
F
-
 
F
R
 
K
M
 
M
A
 
Q
K
 
K
E
 
F
M
 
N
G
 
P
D
 
E
I
 
Y
A
 
V
K
|
K
V
 
L
A
 
A
V
 
V
M
 
M
P
 
P
E
 
H
N
 
N
L
 
K
A
 
N
D
 
D
T
 
V
L
 
L
V
 
N
V
 
L
L
 
L
Q
 
Q
L
 
A
L
 
M
T
 
S
F
 
T
E
 
F
E
 
S
D
 
D
T
 
T
-
 
M
-
 
D
-
 
C
-
 
K
-
 
V
V
 
V
A
 
G
I
 
I
S
 
S
M
 
M
G
 
S
E
 
K
L
 
L
G
 
G
K
 
L
Y
 
I
T
 
S
R
|
R
V
 
T
A
 
A
A
 
Q
A
 
G
L
 
V
F
 
F
G
 
G
S
 
G
P
 
A
I
 
L
T
 
T
F
 
Y
A
 
G
S
 
C
M
 
I
G
 
G
R
 
E
G
 
P
T
 
Q
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
|
Q
M
 
I
D
 
D
V
 
V

O66440 3-dehydroquinate dehydratase; 3-dehydroquinase; Type I DHQase; Type I dehydroquinase; DHQ1; EC 4.2.1.10 from Aquifex aeolicus (strain VF5) (see paper)
33% identity, 86% coverage: 18:208/221 of query aligns to 13:207/219 of O66440

query
sites
O66440
T
 
S
E
 
E
S
 
N
A
 
L
G
 
K
R
 
K
A
 
A
I
 
K
D
 
E
A
 
K
G
 
G
A
 
A
D
 
D
I
 
I
L
 
V
E
 
E
I
 
L
R
 
R
I
 
V
D
 
D
G
 
Q
L
 
F
Q
 
S
N
 
D
P
 
T
G
 
S
E
 
L
V
 
N
N
 
Y
I
 
V
R
 
K
E
 
E
L
 
K
I
 
L
E
 
E
D
 
E
I
 
V
-
 
H
-
 
S
-
 
Q
G
 
G
F
 
L
P
 
K
V
 
T
I
 
I
A
 
L
T
 
T
N
 
I
R
|
R
S
 
S
P
 
P
V
 
E
E
 
E
G
 
G
G
 
G
H
 
R
F
 
E
S
 
V
G
 
K
S
 
N
E
 
R
D
 
E
E
 
E
R
 
-
I
 
-
K
 
-
L
 
L
L
 
F
M
 
E
A
 
E
A
 
L
A
 
S
E
 
P
V
 
L
A
 
S
D
 
D
F
 
Y
V
 
T
D
 
D
I
 
I
E
 
E
L
 
L
S
 
S
S
 
S
-
 
R
-
 
G
A
 
L
R
 
L
E
 
V
D
 
K
I
 
L
E
 
Y
R
 
N
V
 
I
T
 
T
G
 
K
S
 
E
A
 
A
-
 
G
R
 
K
R
 
K
S
 
L
I
 
I
V
 
I
S
 
S
Y
 
Y
H
|
H
N
 
N
F
 
F
R
 
E
E
 
L
T
 
T
P
 
P
S
 
P
L
 
N
E
 
W
A
 
I
L
 
I
L
 
R
R
 
E
I
 
V
V
 
L
R
 
R
M
 
E
A
 
G
K
 
Y
E
 
R
M
 
Y
G
 
G
D
 
G
I
 
I
A
 
P
K
|
K
V
 
I
A
 
A
V
 
V
M
 
K
P
 
A
E
 
N
N
 
S
L
 
Y
A
 
E
D
 
D
T
 
V
L
 
A
V
 
R
V
 
L
L
 
L
Q
 
C
L
 
I
-
 
S
L
 
R
T
 
Q
F
 
V
E
 
E
E
 
G
D
 
E
T
 
K
V
 
I
A
 
L
I
 
I
S
 
S
M
 
M
G
 
G
E
 
D
L
 
Y
G
 
G
K
 
K
Y
 
I
T
 
S
R
|
R
V
 
L
A
 
A
A
 
G
A
 
Y
L
 
V
F
 
F
G
 
G
S
 
S
P
 
V
I
 
I
T
 
T
F
 
Y
A
 
C
S
 
S
M
 
L
G
 
E
R
 
K
G
 
A
T
 
F
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
 
Q
M
 
I
D
 
P
V
 
L
D
 
E

P58687 3-dehydroquinate dehydratase; 3-dehydroquinase; DHQD; Type I DHQase; Type I dehydroquinase; DHQ1; EC 4.2.1.10 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 4 papers)
33% identity, 92% coverage: 4:207/221 of query aligns to 17:239/252 of P58687

query
sites
P58687
K
 
K
I
 
I
C
 
I
V
 
V
P
x
S
V
 
L
F
 
M
E
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
I
P
 
T
E
 
D
V
 
V
T
 
K
E
 
S
S
 
E
A
 
A
G
 
L
R
 
A
A
 
Y
I
 
R
D
 
E
A
 
A
G
 
D
A
 
F
D
 
D
I
 
I
L
 
L
E
|
E
I
x
W
R
|
R
I
 
V
D
 
D
G
 
H
L
 
F
Q
 
A
N
 
N
P
 
V
G
 
T
E
 
T
V
 
A
N
 
E
-
 
S
-
 
V
-
 
L
-
 
E
-
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
A
I
 
I
R
 
R
E
 
E
L
 
I
I
 
I
E
 
T
D
 
D
I
 
K
G
 
-
F
 
-
P
 
P
V
 
L
I
 
L
A
 
F
T
 
T
N
 
F
R
|
R
S
 
S
P
 
A
V
 
K
E
|
E
G
 
G
G
 
G
H
 
E
F
 
Q
S
 
A
G
 
L
S
 
T
E
 
T
D
 
G
E
 
Q
R
 
Y
I
 
I
K
 
D
L
 
L
L
 
N
M
 
R
A
 
A
A
 
A
A
 
V
E
 
D
-
 
S
-
 
G
V
 
L
A
 
V
D
 
D
F
 
M
V
 
I
D
 
D
I
 
L
E
 
E
L
 
L
S
 
F
S
 
T
A
 
G
R
 
D
E
 
D
D
 
E
I
 
V
E
 
K
R
 
A
V
 
T
T
 
V
G
 
G
S
 
Y
A
 
A
R
 
H
R
 
Q
S
 
H
-
 
N
-
 
V
-
 
A
-
 
V
I
 
I
V
 
M
S
 
S
Y
 
N
H
|
H
N
 
D
F
 
F
R
 
H
E
 
K
T
 
T
P
 
P
S
 
A
L
 
A
E
 
E
A
 
E
L
 
I
L
 
V
R
 
Q
I
 
R
V
 
L
R
 
R
M
 
K
A
 
M
K
 
Q
E
 
E
M
 
L
G
 
G
-
 
A
D
 
D
I
 
I
A
 
P
K
|
K
V
 
I
A
 
A
V
 
V
M
 
M
P
 
P
E
 
Q
N
 
T
L
 
K
A
 
A
D
 
D
T
 
V
L
 
L
V
 
T
V
 
L
L
 
L
-
 
T
-
 
A
-
 
T
-
 
V
-
 
E
-
 
M
Q
 
Q
L
 
E
L
 
R
T
 
Y
F
 
A
E
 
D
E
 
R
D
 
P
T
 
I
V
 
I
A
 
T
I
 
M
S
 
S
M
 
M
G
 
S
E
 
K
L
 
T
G
 
G
K
 
V
Y
 
I
T
 
S
R
|
R
V
 
L
A
 
A
A
 
G
A
 
E
L
 
V
F
 
F
G
 
G
S
 
S
P
 
A
I
 
A
T
 
T
F
 
F
A
 
G
S
 
A
M
 
V
G
 
K
R
 
K
G
 
A
T
x
S
A
 
A
P
 
P
G
 
G
Q
|
Q
M
 
I
D
 
S
V
 
V

4gujA 1.50 angstrom crystal structure of the salmonella enterica 3- dehydroquinate dehydratase (arod) in complex with shikimate (see paper)
33% identity, 92% coverage: 4:207/221 of query aligns to 16:238/251 of 4gujA

query
sites
4gujA
K
 
K
I
 
I
C
 
I
V
 
V
P
 
S
V
 
L
F
 
M
E
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
I
P
 
T
E
 
D
V
 
V
T
 
K
E
 
S
S
 
E
A
 
A
G
 
L
R
 
A
A
 
Y
I
 
R
D
 
E
A
 
A
G
 
D
A
 
F
D
 
D
I
 
I
L
 
L
E
|
E
I
 
W
R
|
R
I
 
V
D
 
D
G
 
H
L
 
F
Q
 
A
N
 
N
P
 
V
G
 
T
E
 
T
V
 
A
N
 
E
-
 
S
-
 
V
-
 
L
-
 
E
-
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
A
I
 
I
R
 
R
E
 
E
L
 
I
I
 
I
E
 
T
D
 
D
I
 
K
G
 
-
F
 
-
P
 
P
V
 
L
I
 
L
A
 
F
T
 
T
N
 
F
R
|
R
S
 
S
P
 
A
V
 
K
E
|
E
G
 
G
G
 
G
H
 
E
F
 
Q
S
 
A
G
 
L
S
 
T
E
 
T
D
 
G
E
 
Q
R
 
Y
I
 
I
K
 
D
L
 
L
L
 
N
M
 
R
A
 
A
A
 
A
A
 
V
E
 
D
-
 
S
-
 
G
V
 
L
A
 
V
D
 
D
F
 
M
V
 
I
D
 
D
I
 
L
E
 
E
L
 
L
S
 
F
S
 
T
A
 
G
R
 
D
E
 
D
D
 
E
I
 
V
E
 
K
R
 
A
V
 
T
T
 
V
G
 
G
S
 
Y
A
 
A
R
 
H
R
 
Q
S
 
H
-
 
N
-
 
V
-
 
A
-
 
V
I
 
I
V
 
M
S
 
S
Y
 
N
H
|
H
N
 
D
F
 
F
R
 
H
E
 
K
T
 
T
P
 
P
S
 
A
L
 
A
E
 
E
A
 
E
L
 
I
L
 
V
R
 
Q
I
 
R
V
 
L
R
 
R
M
 
K
A
 
M
K
 
Q
E
 
E
M
 
L
G
 
G
-
 
A
D
 
D
I
 
I
A
 
P
K
|
K
V
 
I
A
 
A
V
 
V
M
 
M
P
 
P
E
 
Q
N
 
T
L
 
K
A
 
A
D
 
D
T
 
V
L
 
L
V
 
T
V
 
L
L
 
L
-
 
T
-
 
A
-
 
T
-
 
V
-
 
E
-
 
M
Q
 
Q
L
 
E
L
 
R
T
 
Y
F
 
A
E
 
D
E
 
R
D
 
P
T
 
I
V
 
I
A
 
T
I
 
M
S
 
S
M
 
M
G
 
S
E
 
K
L
 
T
G
 
G
K
 
V
Y
 
I
T
 
S
R
|
R
V
 
L
A
 
A
A
 
G
A
 
E
L
 
V
F
 
F
G
 
G
S
 
S
P
 
A
I
 
A
T
 
T
F
|
F
A
 
G
S
 
A
M
 
V
G
 
K
R
 
K
G
 
A
T
x
S
A
|
A
P
 
P
G
 
G
Q
|
Q
M
 
I
D
 
S
V
 
V

4guiA 1.78 angstrom crystal structure of the salmonella enterica 3- dehydroquinate dehydratase (arod) in complex with quinate (see paper)
33% identity, 92% coverage: 4:207/221 of query aligns to 16:238/251 of 4guiA

query
sites
4guiA
K
 
K
I
 
I
C
 
I
V
 
V
P
 
S
V
 
L
F
 
M
E
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
I
P
 
T
E
 
D
V
 
V
T
 
K
E
 
S
S
 
E
A
 
A
G
 
L
R
 
A
A
 
Y
I
 
R
D
 
E
A
 
A
G
 
D
A
 
F
D
 
D
I
 
I
L
 
L
E
|
E
I
 
W
R
|
R
I
 
V
D
 
D
G
 
H
L
 
F
Q
 
A
N
 
N
P
 
V
G
 
T
E
 
T
V
 
A
N
 
E
-
 
S
-
 
V
-
 
L
-
 
E
-
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
A
I
 
I
R
 
R
E
 
E
L
 
I
I
 
I
E
 
T
D
 
D
I
 
K
G
 
-
F
 
-
P
 
P
V
 
L
I
 
L
A
 
F
T
 
T
N
 
F
R
|
R
S
 
S
P
 
A
V
 
K
E
|
E
G
 
G
G
 
G
H
 
E
F
 
Q
S
 
A
G
 
L
S
 
T
E
 
T
D
 
G
E
 
Q
R
 
Y
I
 
I
K
 
D
L
 
L
L
 
N
M
 
R
A
 
A
A
 
A
A
 
V
E
 
D
-
 
S
-
 
G
V
 
L
A
 
V
D
 
D
F
 
M
V
 
I
D
 
D
I
 
L
E
 
E
L
 
L
S
 
F
S
 
T
A
 
G
R
 
D
E
 
D
D
 
E
I
 
V
E
 
K
R
 
A
V
 
T
T
 
V
G
 
G
S
 
Y
A
 
A
R
 
H
R
 
Q
S
 
H
-
 
N
-
 
V
-
 
A
-
 
V
I
 
I
V
 
M
S
 
S
Y
 
N
H
|
H
N
 
D
F
 
F
R
 
H
E
 
K
T
 
T
P
 
P
S
 
A
L
 
A
E
 
E
A
 
E
L
 
I
L
 
V
R
 
Q
I
 
R
V
 
L
R
 
R
M
 
K
A
 
M
K
 
Q
E
 
E
M
 
L
G
 
G
-
 
A
D
 
D
I
 
I
A
 
P
K
|
K
V
 
I
A
 
A
V
 
V
M
 
M
P
 
P
E
 
Q
N
 
T
L
 
K
A
 
A
D
 
D
T
 
V
L
 
L
V
 
T
V
 
L
L
 
L
-
 
T
-
 
A
-
 
T
-
 
V
-
 
E
-
 
M
Q
 
Q
L
 
E
L
 
R
T
 
Y
F
 
A
E
 
D
E
 
R
D
 
P
T
 
I
V
 
I
A
 
T
I
 
M
S
 
S
M
|
M
G
 
S
E
 
K
L
 
T
G
 
G
K
 
V
Y
 
I
T
 
S
R
|
R
V
 
L
A
 
A
A
 
G
A
 
E
L
 
V
F
 
F
G
 
G
S
 
S
P
 
A
I
 
A
T
 
T
F
|
F
A
 
G
S
 
A
M
 
V
G
 
K
R
 
K
G
 
A
T
 
S
A
|
A
P
 
P
G
 
G
Q
|
Q
M
 
I
D
 
S
V
 
V

3m7wA Crystal structure of type i 3-dehydroquinate dehydratase (arod) from salmonella typhimurium lt2 in covalent complex with dehydroquinate (see paper)
33% identity, 92% coverage: 4:207/221 of query aligns to 16:238/251 of 3m7wA

query
sites
3m7wA
K
 
K
I
 
I
C
 
I
V
 
V
P
 
S
V
 
L
F
 
M
E
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
I
P
 
T
E
 
D
V
 
V
T
 
K
E
 
S
S
 
E
A
 
A
G
 
L
R
 
A
A
 
Y
I
 
R
D
 
E
A
 
A
G
 
D
A
 
F
D
 
D
I
 
I
L
 
L
E
|
E
I
 
W
R
|
R
I
 
V
D
 
D
G
 
H
L
 
F
Q
 
A
N
 
N
P
 
V
G
 
T
E
 
T
V
 
A
N
 
E
-
 
S
-
 
V
-
 
L
-
 
E
-
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
A
I
 
I
R
 
R
E
 
E
L
 
I
I
 
I
E
 
T
D
 
D
I
 
K
G
 
-
F
 
-
P
 
P
V
 
L
I
 
L
A
 
F
T
 
T
N
 
F
R
 
R
S
 
S
P
 
A
V
 
K
E
|
E
G
 
G
G
 
G
H
 
E
F
 
Q
S
 
A
G
 
L
S
 
T
E
 
T
D
 
G
E
 
Q
R
 
Y
I
 
I
K
 
D
L
 
L
L
 
N
M
 
R
A
 
A
A
 
A
A
 
V
E
 
D
-
 
S
-
 
G
V
 
L
A
 
V
D
 
D
F
 
M
V
 
I
D
 
D
I
 
L
E
 
E
L
 
L
S
 
F
S
 
T
A
 
G
R
 
D
E
 
D
D
 
E
I
 
V
E
 
K
R
 
A
V
 
T
T
 
V
G
 
G
S
 
Y
A
 
A
R
 
H
R
 
Q
S
 
H
-
 
N
-
 
V
-
 
A
-
 
V
I
 
I
V
 
M
S
 
S
Y
 
N
H
|
H
N
 
D
F
 
F
R
 
H
E
 
K
T
 
T
P
 
P
S
 
A
L
 
A
E
 
E
A
 
E
L
 
I
L
 
V
R
 
Q
I
 
R
V
 
L
R
 
R
M
 
K
A
 
M
K
 
Q
E
 
E
M
 
L
G
 
G
-
 
A
D
 
D
I
 
I
A
 
P
K
|
K
V
 
I
A
 
A
V
 
V
M
 
M
P
 
P
E
 
Q
N
 
T
L
 
K
A
 
A
D
 
D
T
 
V
L
 
L
V
 
T
V
 
L
L
 
L
-
 
T
-
 
A
-
 
T
-
 
V
-
 
E
-
 
M
Q
 
Q
L
 
E
L
 
R
T
 
Y
F
 
A
E
 
D
E
 
R
D
 
P
T
 
I
V
 
I
A
 
T
I
x
M
S
 
S
M
|
M
G
 
S
E
 
K
L
 
T
G
 
G
K
 
V
Y
 
I
T
 
S
R
|
R
V
 
L
A
 
A
A
 
G
A
 
E
L
 
V
F
 
F
G
 
G
S
 
S
P
 
A
I
 
A
T
 
T
F
|
F
A
 
G
S
 
A
M
 
V
G
 
K
R
 
K
G
 
A
T
 
S
A
|
A
P
 
P
G
 
G
Q
|
Q
M
 
I
D
 
S
V
 
V

8b2aBBB 3-dehydroquinate dehydratase (see paper)
33% identity, 86% coverage: 19:207/221 of query aligns to 22:228/238 of 8b2aBBB

query
sites
8b2aBBB
E
 
Q
S
 
K
A
 
I
G
 
N
R
 
H
A
 
R
I
 
I
D
 
D
A
 
A
G
 
-
A
 
I
D
 
D
I
 
V
L
 
L
E
|
E
I
 
L
R
|
R
I
 
I
D
 
D
G
 
Q
L
 
I
Q
 
E
N
 
N
P
 
V
G
 
T
E
 
V
V
 
N
N
 
Q
I
 
V
R
 
A
E
 
E
L
 
M
I
 
I
E
 
T
D
 
K
I
 
L
-
 
K
-
 
V
-
 
M
-
 
Q
-
 
D
G
 
S
F
 
F
P
 
K
V
 
L
I
 
L
A
 
V
T
 
T
N
 
Y
R
 
R
S
 
T
P
 
K
V
 
L
E
 
Q
G
 
G
G
 
G
H
 
Y
F
 
G
S
 
Q
G
 
F
S
 
T
E
 
N
D
 
D
E
 
L
R
 
Y
I
 
L
K
 
N
L
 
L
L
 
I
M
 
S
A
 
D
A
 
L
A
 
A
E
 
N
V
 
I
A
 
N
-
 
G
-
 
I
D
 
D
F
 
M
V
 
I
D
 
D
I
 
I
E
 
E
L
 
W
S
 
Q
S
 
-
A
 
A
R
 
D
E
 
I
D
 
D
I
 
I
E
 
E
R
 
K
-
 
H
-
 
Q
-
 
R
-
 
I
-
 
I
-
 
T
-
 
H
V
 
L
T
 
Q
G
 
Q
S
 
Y
A
 
N
R
 
K
R
 
E
S
 
V
I
 
V
V
 
I
S
 
S
Y
 
H
H
 
H
N
 
N
F
 
F
R
 
E
E
 
S
T
 
T
P
 
P
S
 
P
L
 
L
E
 
D
A
 
E
L
 
L
L
 
Q
R
 
F
I
 
I
V
 
F
-
 
F
R
 
K
M
 
M
A
 
Q
K
 
K
E
 
F
M
 
N
G
 
P
D
 
E
I
 
Y
A
 
V
K
|
K
V
 
L
A
 
A
V
 
V
M
 
M
P
 
P
E
 
H
N
 
N
L
 
K
A
 
N
D
 
D
T
 
V
L
 
L
V
 
N
V
 
L
L
 
L
Q
 
Q
L
 
A
L
 
M
T
 
S
F
 
T
E
 
F
E
 
S
D
 
D
T
 
T
-
 
M
-
 
D
-
 
C
-
 
K
-
 
V
V
 
V
A
 
G
I
|
I
S
 
S
M
 
M
G
 
S
E
 
K
L
 
L
G
 
G
K
 
L
Y
 
I
T
 
S
R
|
R
V
 
T
A
 
A
A
 
Q
A
 
G
L
 
V
F
 
F
G
 
G
S
 
G
P
 
A
I
 
L
T
 
T
F
x
Y
A
 
G
S
 
C
M
 
I
G
 
G
R
 
E
G
 
P
T
 
Q
A
|
A
P
 
P
G
 
G
Q
|
Q
M
 
I
D
 
D
V
 
V

6sfhA Crystal structure of dhq1 from staphylococcus aureus covalently modified by ligand 7 (see paper)
33% identity, 86% coverage: 19:207/221 of query aligns to 21:227/237 of 6sfhA

query
sites
6sfhA
E
 
Q
S
 
K
A
 
I
G
 
N
R
 
H
A
 
R
I
 
I
D
 
D
A
 
A
G
 
-
A
 
I
D
 
D
I
 
V
L
 
L
E
|
E
I
 
L
R
|
R
I
 
I
D
 
D
G
 
Q
L
 
I
Q
 
E
N
 
N
P
 
V
G
 
T
E
 
V
V
 
N
N
 
Q
I
 
V
R
 
A
E
 
E
L
 
M
I
 
I
E
 
T
D
 
K
I
 
L
-
 
K
-
 
V
-
 
M
-
 
Q
-
 
D
G
 
S
F
 
F
P
 
K
V
 
L
I
 
L
A
 
V
T
 
T
N
 
Y
R
|
R
S
 
T
P
 
K
V
 
L
E
x
Q
G
 
G
G
 
G
H
 
Y
F
 
G
S
 
Q
G
 
F
S
 
T
E
 
N
D
 
D
E
 
L
R
 
Y
I
 
L
K
 
N
L
 
L
L
 
I
M
 
S
A
 
D
A
 
L
A
 
A
E
 
N
V
 
I
A
 
N
-
 
G
-
 
I
D
 
D
F
 
M
V
 
I
D
 
D
I
 
I
E
 
E
L
 
W
S
 
Q
S
 
-
A
 
A
R
 
D
E
 
I
D
 
D
I
 
I
E
 
E
R
 
K
-
 
H
-
 
Q
-
 
R
-
 
I
-
 
I
-
 
T
-
 
H
V
 
L
T
 
Q
G
 
Q
S
 
Y
A
 
N
R
 
K
R
 
E
S
 
V
I
 
V
V
 
I
S
 
S
Y
 
H
H
|
H
N
 
N
F
 
F
R
 
E
E
 
S
T
 
T
P
 
P
S
 
P
L
 
L
E
 
D
A
 
E
L
 
L
L
 
Q
R
 
F
I
 
I
V
 
F
-
 
F
R
 
K
M
 
M
A
 
Q
K
 
K
E
 
F
M
 
N
G
 
P
D
 
E
I
 
Y
A
 
V
K
|
K
V
 
L
A
 
A
V
 
V
M
 
M
P
 
P
E
 
H
N
 
N
L
 
K
A
 
N
D
 
D
T
 
V
L
 
L
V
 
N
V
 
L
L
 
L
Q
 
Q
L
 
A
L
 
M
T
 
S
F
 
T
E
 
F
E
 
S
D
 
D
T
 
T
-
 
M
-
 
D
-
 
C
-
 
K
-
 
V
V
 
V
A
 
G
I
 
I
S
 
S
M
 
M
G
 
S
E
 
K
L
 
L
G
 
G
K
 
L
Y
 
I
T
 
S
R
|
R
V
 
T
A
 
A
A
 
Q
A
 
G
L
 
V
F
 
F
G
 
G
S
 
G
P
 
A
I
 
L
T
 
T
F
x
Y
A
 
G
S
 
C
M
 
I
G
 
G
R
 
E
G
 
P
T
 
Q
A
|
A
P
 
P
G
 
G
Q
|
Q
M
 
I
D
 
D
V
 
V

4guhB 1.95 angstrom crystal structure of the salmonella enterica 3- dehydroquinate dehydratase (arod) e86a mutant in complex with dehydroshikimate (crystal form #2) (see paper)
32% identity, 92% coverage: 4:207/221 of query aligns to 30:252/265 of 4guhB

query
sites
4guhB
K
 
K
I
 
I
C
 
I
V
 
V
P
 
S
V
 
L
F
 
M
E
 
G
K
 
K
T
 
T
A
 
I
P
 
T
E
 
D
V
 
V
T
 
K
E
 
S
S
 
E
A
 
A
G
 
L
R
 
A
A
 
Y
I
 
R
D
 
E
A
 
A
G
 
D
A
 
F
D
 
D
I
 
I
L
 
L
E
|
E
I
 
W
R
|
R
I
 
V
D
 
D
G
 
H
L
 
F
Q
 
A
N
 
N
P
 
V
G
 
T
E
 
T
V
 
A
N
 
E
-
 
S
-
 
V
-
 
L
-
 
E
-
 
A
-
 
A
-
 
G
-
 
A
I
 
I
R
 
R
E
 
E
L
 
I
I
 
I
E
 
T
D
 
D
I
 
K
G
 
-
F
 
-
P
 
P
V
 
L
I
 
L
A
 
F
T
 
T
N
 
F
R
|
R
S
 
S
P
 
A
V
 
K
E
x
A
G
 
G
G
 
G
H
 
E
F
 
Q
S
 
A
G
 
L
S
 
T
E
 
T
D
 
G
E
 
Q
R
 
Y
I
 
I
K
 
D
L
 
L
L
 
N
M
 
R
A
 
A
A
 
A
A
 
V
E
 
D
-
 
S
-
 
G
V
 
L
A
 
V
D
 
D
F
 
M
V
 
I
D
 
D
I
 
L
E
 
E
L
 
L
S
 
F
S
 
T
A
 
G
R
 
D
E
 
D
D
 
E
I
 
V
E
 
K
R
 
A
V
 
T
T
 
V
G
 
G
S
 
Y
A
 
A
R
 
H
R
 
Q
S
 
H
-
 
N
-
 
V
-
 
A
-
 
V
I
 
I
V
 
M
S
 
S
Y
 
N
H
|
H
N
 
D
F
 
F
R
 
H
E
 
K
T
 
T
P
 
P
S
 
A
L
 
A
E
 
E
A
 
E
L
 
I
L
 
V
R
 
Q
I
 
R
V
 
L
R
 
R
M
 
K
A
 
M
K
 
Q
E
 
E
M
 
L
G
 
G
-
 
A
D
 
D
I
 
I
A
 
P
K
|
K
V
 
I
A
 
A
V
 
V
M
 
M
P
 
P
E
 
Q
N
 
T
L
 
K
A
 
A
D
 
D
T
 
V
L
 
L
V
 
T
V
 
L
L
 
L
-
 
T
-
 
A
-
 
T
-
 
V
-
 
E
-
 
M
Q
 
Q
L
 
E
L
 
R
T
 
Y
F
 
A
E
 
D
E
 
R
D
 
P
T
 
I
V
 
I
A
 
T
I
x
M
S
 
S
M
 
M
G
 
S
E
 
K
L
 
T
G
 
G
K
 
V
Y
 
I
T
 
S
R
|
R
V
 
L
A
 
A
A
 
G
A
 
E
L
 
V
F
 
F
G
 
G
S
 
S
P
 
A
I
 
A
T
 
T
F
|
F
A
 
G
S
 
A
M
 
V
G
 
K
R
 
K
G
 
A
T
 
S
A
|
A
P
 
P
G
 
G
Q
|
Q
M
 
I
D
 
S
V
 
V

4clmB Structure of salmonella typhi type i dehydroquinase irreversibly inhibited with a 1,3,4-trihydroxyciclohexane-1-carboxylic acid derivative (see paper)
30% identity, 95% coverage: 4:214/221 of query aligns to 16:245/251 of 4clmB

query
sites
4clmB
K
 
K
I
 
I
C
 
I
V
 
V
P
 
S
V
 
L
F
 
M
E
 
G
K
 
R
T
 
D
A
 
I
P
 
N
E
 
S
V
 
V
T
 
K
E
 
A
S
 
E
A
 
A
G
 
L
R
 
A
A
 
Y
I
 
R
D
 
E
A
 
A
G
 
T
A
 
F
D
 
D
I
 
I
L
 
L
E
|
E
I
 
W
R
|
R
I
 
V
D
 
D
G
 
H
L
 
F
Q
 
M
N
 
D
P
 
I
G
 
A
E
 
S
V
 
T
N
 
Q
-
 
S
-
 
V
-
 
L
-
 
T
-
 
A
-
 
A
-
 
R
-
 
V
I
 
I
R
 
R
E
 
D
L
 
A
I
 
M
E
 
P
D
 
D
I
 
I
G
 
-
F
 
-
P
 
P
V
 
L
I
 
L
A
 
F
T
 
T
N
 
F
R
|
R
S
 
S
P
 
A
V
 
K
E
|
E
G
 
G
G
 
G
H
 
E
F
 
Q
S
 
T
G
 
I
S
 
T
E
 
T
D
 
Q
E
 
H
R
 
Y
I
 
L
K
 
T
L
 
L
L
 
N
M
 
R
A
 
A
A
 
A
A
 
I
E
 
D
-
 
S
-
 
G
V
 
L
A
 
V
D
 
D
F
 
M
V
 
I
D
 
D
I
 
L
E
 
E
L
 
L
S
 
F
S
 
T
A
 
G
R
 
D
E
 
A
D
 
D
I
 
V
E
 
K
R
 
A
V
 
T
T
 
V
G
 
D
S
 
Y
A
 
A
R
 
H
R
 
A
S
 
H
-
 
N
-
 
V
-
 
Y
-
 
V
I
 
V
V
 
M
S
 
S
Y
 
N
H
|
H
N
 
D
F
 
F
R
 
H
E
 
Q
T
 
T
P
 
P
S
 
S
L
 
A
E
 
E
A
 
E
L
 
M
-
 
V
L
 
L
R
 
R
I
 
L
V
 
R
R
 
K
M
 
M
A
 
Q
K
 
A
E
 
L
M
 
G
G
 
A
D
 
D
I
 
I
A
 
P
K
|
K
V
 
I
A
 
A
V
 
V
M
 
M
P
 
P
E
 
Q
N
 
S
L
 
K
A
 
H
D
 
D
T
 
V
L
 
L
V
 
T
V
 
L
L
 
L
-
 
T
-
 
A
-
 
T
-
 
L
-
 
E
-
 
M
Q
 
Q
L
 
Q
L
 
H
T
 
Y
F
 
A
E
 
D
E
 
R
D
 
P
T
 
V
V
 
I
A
 
T
I
 
M
S
 
S
M
|
M
G
 
A
E
 
K
L
 
E
G
 
G
K
 
V
Y
 
I
T
 
S
R
|
R
V
 
L
A
 
A
A
 
G
A
 
E
L
 
V
F
 
F
G
 
G
S
 
S
P
 
A
I
 
A
T
 
T
F
|
F
A
 
G
S
 
A
M
 
V
G
 
K
R
 
Q
G
 
A
T
x
S
A
|
A
P
 
P
G
 
G
Q
|
Q
M
 
I
D
 
A
V
 
V
D
 
N
V
 
D
T
 
L
R
 
R
K
 
S
M
 
V
I
 
L

8b2cAAA 3-dehydroquinate dehydratase (see paper)
30% identity, 95% coverage: 4:214/221 of query aligns to 17:246/252 of 8b2cAAA

query
sites
8b2cAAA
K
 
K
I
 
I
C
 
I
V
 
V
P
 
S
V
 
L
F
 
M
E
 
G
K
 
R
T
 
D
A
 
I
P
 
N
E
 
S
V
 
V
T
 
K
E
 
A
S
 
E
A
 
A
G
 
L
R
 
A
A
 
Y
I
 
R
D
 
E
A
 
A
G
 
T
A
 
F
D
 
D
I
 
I
L
 
L
E
|
E
I
 
W
R
|
R
I
 
V
D
 
D
G
 
H
L
 
F
Q
 
M
N
 
D
P
 
I
G
 
A
E
 
S
V
 
T
N
 
Q
-
 
S
-
 
V
-
 
L
-
 
T
-
 
A
-
 
A
-
 
R
-
 
V
I
 
I
R
 
R
E
 
D
L
 
A
I
 
M
E
 
P
D
 
D
I
 
I
G
 
-
F
 
-
P
 
P
V
 
L
I
 
L
A
 
F
T
 
T
N
 
F
R
 
R
S
 
S
P
 
A
V
 
K
E
 
E
G
 
G
G
 
G
H
 
E
F
 
Q
S
 
T
G
 
I
S
 
T
E
 
T
D
 
Q
E
 
H
R
 
Y
I
 
L
K
 
T
L
 
L
L
 
N
M
 
R
A
 
A
A
 
A
A
 
I
E
 
D
-
 
S
-
 
G
V
 
L
A
 
V
D
 
D
F
 
M
V
 
I
D
 
D
I
 
L
E
 
E
L
 
L
S
 
F
S
 
T
A
 
G
R
 
D
E
 
A
D
 
D
I
 
V
E
 
K
R
 
A
V
 
T
T
 
V
G
 
D
S
 
Y
A
 
A
R
 
H
R
 
A
S
 
H
-
 
N
-
 
V
-
 
Y
-
 
V
I
 
V
V
 
M
S
 
S
Y
 
N
H
|
H
N
 
D
F
 
F
R
 
H
E
 
Q
T
 
T
P
 
P
S
 
S
L
 
A
E
 
E
A
 
E
L
 
M
-
 
V
L
 
L
R
 
R
I
 
L
V
 
R
R
 
K
M
 
M
A
 
Q
K
 
A
E
 
L
M
 
G
G
 
A
D
 
D
I
 
I
A
 
P
K
|
K
V
 
I
A
 
A
V
 
V
M
 
M
P
 
P
E
 
Q
N
 
S
L
 
K
A
 
H
D
 
D
T
 
V
L
 
L
V
 
T
V
 
L
L
 
L
-
 
T
-
 
A
-
 
T
-
 
L
-
 
E
-
 
M
Q
 
Q
L
 
Q
L
 
H
T
 
Y
F
 
A
E
 
D
E
 
R
D
 
P
T
 
V
V
 
I
A
 
T
I
 
M
S
 
S
M
|
M
G
 
A
E
 
K
L
 
E
G
 
G
K
 
V
Y
 
I
T
 
S
R
|
R
V
 
L
A
 
A
A
 
G
A
 
E
L
 
V
F
 
F
G
 
G
S
 
S
P
 
A
I
 
A
T
 
T
F
|
F
A
 
G
S
 
A
M
 
V
G
 
K
R
 
Q
G
 
A
T
 
S
A
|
A
P
 
P
G
 
G
Q
|
Q
M
 
I
D
 
A
V
 
V
D
 
N
V
 
D
T
 
L
R
 
R
K
 
S
M
 
V
I
 
L

Query Sequence

>WP_010876205.1 NCBI__GCF_000008645.1:WP_010876205.1
MNTKICVPVFEKTAPEVTESAGRAIDAGADILEIRIDGLQNPGEVNIRELIEDIGFPVIA
TNRSPVEGGHFSGSEDERIKLLMAAAEVADFVDIELSSAREDIERVTGSARRSIVSYHNF
RETPSLEALLRIVRMAKEMGDIAKVAVMPENLADTLVVLQLLTFEEDTVAISMGELGKYT
RVAAALFGSPITFASMGRGTAPGQMDVDVTRKMIGELMPED

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory