SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_010937305.1 NCBI__GCF_000011905.1:WP_010937305.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 5 hits to proteins with known functional sites (download)

2zktB Structure of ph0037 protein from pyrococcus horikoshii
32% identity, 98% coverage: 2:388/393 of query aligns to 5:366/381 of 2zktB

query
sites
2zktB
K
 
K
Y
 
G
C
 
L
V
 
L
L
 
I
I
 
I
T
 
L
D
|
D
G
 
G
A
 
L
S
 
G
G
 
D
W
 
R
G
 
P
I
 
I
K
 
K
E
 
E
Q
 
L
G
 
N
G
 
G
K
 
L
T
 
T
A
 
P
L
 
L
E
 
E
L
 
Y
A
 
A
R
 
N
T
 
T
P
 
P
N
 
N
L
 
M
D
 
D
K
 
K
M
 
L
A
 
A
K
x
E
N
 
I
G
 
G
F
 
I
M
 
L
G
 
G
Q
 
Q
S
 
Q
A
 
D
N
 
P
V
 
I
P
 
K
P
 
P
G
 
G
M
 
Q
E
 
P
P
 
A
S
 
G
S
|
S
A
 
D
C
 
T
A
 
A
C
 
H
M
 
L
S
 
S
L
 
I
L
 
F
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
P
 
P
E
 
Y
I
 
E
Y
 
T
Y
 
Y
K
 
R
G
 
G
R
 
R
A
 
G
A
 
F
I
 
F
E
 
E
A
 
A
V
 
L
S
 
G
M
 
V
G
 
G
V
 
L
D
 
D
V
 
L
A
 
S
P
 
K
D
 
D
E
 
D
V
 
L
V
 
A
F
 
F
R
 
R
C
 
V
N
 
N
L
 
F
V
 
A
S
 
T
V
 
L
I
 
-
D
 
-
G
 
-
K
 
-
M
 
-
A
 
-
S
 
-
Y
 
-
S
 
-
A
 
-
G
 
-
H
 
-
I
 
-
S
 
-
S
 
-
E
 
E
E
 
N
A
 
A
A
 
R
E
 
A
L
 
I
L
 
Q
E
 
E
A
 
E
V
 
V
A
 
-
K
 
-
E
 
D
L
 
I
G
 
G
S
 
-
E
 
-
R
 
-
V
 
V
K
 
D
F
 
F
Y
 
I
P
 
F
G
 
K
V
 
T
N
 
G
Y
 
H
R
 
R
H
 
A
L
 
V
L
 
L
K
 
V
L
 
L
K
 
K
G
 
G
M
 
M
G
 
S
D
 
R
T
 
G
A
 
Y
K
 
K
A
 
V
L
 
G
C
 
D
T
 
N
P
 
D
P
 
P
H
 
H
D
 
E
I
 
A
S
 
G
D
 
-
R
 
-
E
 
-
V
 
-
S
 
K
P
 
P
Y
 
-
L
 
-
P
 
P
Q
 
S
G
 
K
E
 
K
G
 
V
S
 
A
L
 
E
I
 
I
L
 
L
N
 
E
Q
 
E
L
 
F
I
 
V
S
 
K
S
 
K
S
 
A
Q
 
Q
Q
 
E
I
 
V
L
 
L
K
 
E
D
 
K
H
 
H
P
 
P
L
 
I
N
 
N
L
 
E
R
 
R
R
 
R
Q
 
R
S
 
K
Q
 
E
G
 
G
K
 
K
L
 
P
P
 
I
A
 
A
N
 
N
S
 
Y
I
 
L
W
 
-
L
 
L
F
 
I
W
 
R
G
 
G
S
 
A
G
 
G
P
 
T
I
 
Y
P
 
P
P
 
N
M
 
I
P
 
P
-
 
M
S
 
K
F
 
F
K
 
T
K
 
E
A
 
Q
Y
 
W
G
 
K
L
 
V
D
 
K
A
 
A
V
 
A
L
 
G
N
 
V
S
 
I
G
 
A
V
 
V
D
 
A
L
 
L
L
 
V
R
 
K
G
 
G
L
 
V
G
 
A
I
 
R
M
 
A
M
 
V
N
 
G
M
 
F
K
 
D
I
 
V
L
 
Y
E
 
T
L
 
P
N
 
E
G
 
G
I
 
A
T
 
T
D
 
G
G
 
E
L
 
Y
N
 
N
N
 
T
D
 
N
F
 
E
S
 
M
G
 
A
Q
 
K
M
 
A
R
 
K
G
 
K
G
 
A
L
 
V
L
 
E
A
 
L
L
 
L
G
 
K
D
 
D
N
 
Y
D
 
D
L
 
F
A
 
V
V
 
F
I
 
L
H
 
H
V
 
F
E
 
K
A
 
P
P
 
T
D
|
D
E
 
A
A
 
A
G
 
G
H
|
H
A
 
D
G
 
N
S
 
K
L
 
P
A
 
K
D
 
L
K
 
K
V
 
A
K
 
E
A
 
L
I
 
I
E
 
E
L
 
R
I
 
A
D
 
D
E
 
R
L
 
-
M
 
M
V
 
I
G
 
G
Q
 
Y
L
 
I
L
 
L
A
 
D
Y
 
H
P
 
V
-
 
D
-
 
L
E
 
E
D
 
E
I
 
V
R
 
V
V
 
I
L
 
A
V
 
I
T
 
T
P
 
G
D
|
D
H
|
H
P
 
S
T
 
T
P
 
P
L
 
C
E
 
E
L
 
V
K
 
M
T
 
N
H
|
H
V
 
S
A
 
G
E
 
D
P
 
P
V
 
V
P
 
P
F
 
L
L
 
L
M
 
I
W
 
A
G
 
G
K
 
G
G
 
G
V
 
V
A
 
R
S
x
T
N
x
D
G
 
D
V
 
T
S
 
K
R
 
R
F
 
F
T
 
G
E
 
E
K
 
R
E
 
E
A
 
A
A
 
M
K
 
K
T
 
G
G
 
G
I
 
L
I
 
G
F
 
R
E
 
I
K
 
R
G
 
G
C
 
H
N
 
D
L
 
I
M
 
V

2zktA Structure of ph0037 protein from pyrococcus horikoshii
41% identity, 25% coverage: 2:101/393 of query aligns to 6:105/330 of 2zktA

query
sites
2zktA
K
 
K
Y
 
G
C
 
L
V
 
L
L
 
I
I
 
I
T
 
L
D
|
D
G
 
G
A
 
L
S
 
G
G
 
D
W
 
R
G
 
P
I
 
I
K
 
K
E
 
E
Q
 
L
G
 
N
G
 
G
K
 
L
T
 
T
A
 
P
L
 
L
E
 
E
L
 
Y
A
 
A
R
 
N
T
 
T
P
 
P
N
 
N
L
 
M
D
 
D
K
 
K
M
 
L
A
 
A
K
x
E
N
 
I
G
 
G
F
 
I
M
 
L
G
 
G
Q
 
Q
S
 
Q
A
 
D
N
 
P
V
 
I
P
 
K
P
 
P
G
 
G
M
 
Q
E
 
P
P
 
A
S
 
G
S
|
S
A
 
D
C
 
T
A
 
A
C
 
H
M
 
L
S
 
S
L
 
I
L
 
F
G
 
G
Y
 
Y
D
 
D
P
 
P
E
 
Y
I
 
E
Y
 
T
Y
 
Y
K
 
R
G
 
G
R
 
R
A
 
G
A
 
F
I
 
F
E
 
E
A
 
A
V
 
L
S
 
G
M
 
V
G
 
G
V
 
L
D
 
D
V
 
L
A
 
S
P
 
K
D
 
D
E
 
D
V
 
L
V
 
A
F
 
F
R
 
R
C
 
V
N
 
N
L
 
F
V
 
A
S
 
T
V
 
L

Sites not aligning to the query:

7tl8A 1.95a resolution structure of independent phosphoglycerate mutase from s. Aureus in complex with a macrocyclic peptide inhibitor (sa-d3) (see paper)
31% identity, 23% coverage: 281:369/393 of query aligns to 364:461/488 of 7tl8A

query
sites
7tl8A
L
 
L
A
 
N
L
 
K
G
 
G
D
 
D
N
 
L
D
 
D
L
 
L
A
 
I
V
 
I
I
 
L
H
 
N
V
 
F
E
 
A
A
 
N
P
 
P
D
|
D
E
 
M
A
 
V
G
 
G
H
|
H
A
 
S
G
 
G
S
 
M
L
 
L
A
 
E
D
 
P
K
 
T
V
 
I
K
 
K
A
 
A
I
 
I
E
 
E
L
 
A
I
 
V
D
 
D
E
 
E
L
 
C
M
 
L
-
 
G
-
 
E
-
 
V
V
 
V
G
 
D
Q
 
K
L
 
I
L
 
L
A
 
D
Y
 
M
P
 
-
E
 
-
D
 
D
I
 
G
R
 
Y
V
 
A
L
 
I
V
 
I
T
 
T
P
 
A
D
|
D
H
|
H
P
 
G
T
 
N
P
 
S
L
 
D
E
 
Q
-
 
V
-
 
L
-
 
T
-
 
D
-
 
D
-
 
D
-
 
Q
-
 
P
L
 
M
K
 
T
T
 
T
H
|
H
V
 
T
A
 
T
E
 
N
P
 
P
V
 
V
P
 
P
F
 
V
L
 
I
M
 
V
W
 
T
G
 
K
K
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
T
S
 
L
N
 
R
G
 
E
V
 
T
S
 
G
R
 
R
F
 
L

Sites not aligning to the query:

4nwxA Crystal structure of phosphoglycerate mutase from staphylococcus aureus in 2-phosphoglyceric acid bound form (see paper)
31% identity, 22% coverage: 281:368/393 of query aligns to 379:475/503 of 4nwxA

query
sites
4nwxA
L
 
L
A
 
N
L
 
K
G
 
G
D
 
D
N
 
L
D
 
D
L
 
L
A
 
I
V
 
I
I
 
L
H
 
N
V
 
F
E
 
A
A
 
N
P
 
P
D
|
D
E
 
M
A
 
V
G
 
G
H
|
H
A
 
S
G
 
G
S
 
M
L
 
L
A
 
E
D
 
P
K
 
T
V
 
I
K
 
K
A
 
A
I
 
I
E
 
E
L
 
A
I
 
V
D
 
D
E
 
E
L
 
C
M
 
L
-
 
G
-
 
E
-
 
V
V
 
V
G
 
D
Q
 
K
L
 
I
L
 
L
A
 
D
Y
 
M
P
 
-
E
 
-
D
 
D
I
 
G
R
 
Y
V
 
A
L
 
I
V
 
I
T
 
T
P
 
A
D
|
D
H
|
H
P
 
G
T
 
N
P
 
S
L
 
D
E
 
Q
-
 
V
-
 
L
-
 
T
-
 
D
-
 
D
-
 
D
-
 
Q
-
 
P
L
 
M
K
 
T
T
 
T
H
|
H
V
 
T
A
 
T
E
 
N
P
 
P
V
 
V
P
 
P
F
 
V
L
 
I
M
 
V
W
 
T
G
 
K
K
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
T
S
 
L
N
 
R
G
 
E
V
 
T
S
 
G
R
 
R

Sites not aligning to the query:

4nwjA Crystal structure of phosphopglycerate mutase from staphylococcus aureus in 3-phosphoglyceric acid bound form. (see paper)
31% identity, 22% coverage: 281:368/393 of query aligns to 380:476/504 of 4nwjA

query
sites
4nwjA
L
 
L
A
 
N
L
 
K
G
 
G
D
 
D
N
 
L
D
 
D
L
 
L
A
 
I
V
 
I
I
 
L
H
 
N
V
 
F
E
 
A
A
 
N
P
 
P
D
|
D
E
 
M
A
 
V
G
 
G
H
|
H
A
 
S
G
 
G
S
 
M
L
 
L
A
 
E
D
 
P
K
 
T
V
 
I
K
 
K
A
 
A
I
 
I
E
 
E
L
 
A
I
 
V
D
 
D
E
 
E
L
 
C
M
 
L
-
 
G
-
 
E
-
 
V
V
 
V
G
 
D
Q
 
K
L
 
I
L
 
L
A
 
D
Y
 
M
P
 
-
E
 
-
D
 
D
I
 
G
R
 
Y
V
 
A
L
 
I
V
 
I
T
 
T
P
 
A
D
|
D
H
|
H
P
 
G
T
 
N
P
 
S
L
 
D
E
 
Q
-
 
V
-
 
L
-
 
T
-
 
D
-
 
D
-
 
D
-
 
Q
-
 
P
L
 
M
K
 
T
T
 
T
H
|
H
V
 
T
A
 
T
E
 
N
P
 
P
V
 
V
P
 
P
F
 
V
L
 
I
M
 
V
W
 
T
G
 
K
K
 
E
G
 
G
V
 
V
A
 
T
S
 
L
N
 
R
G
 
E
V
 
T
S
 
G
R
 
R

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_010937305.1 NCBI__GCF_000011905.1:WP_010937305.1
MKYCVLITDGASGWGIKEQGGKTALELARTPNLDKMAKNGFMGQSANVPPGMEPSSACAC
MSLLGYDPEIYYKGRAAIEAVSMGVDVAPDEVVFRCNLVSVIDGKMASYSAGHISSEEAA
ELLEAVAKELGSERVKFYPGVNYRHLLKLKGMGDTAKALCTPPHDISDREVSPYLPQGEG
SLILNQLISSSQQILKDHPLNLRRQSQGKLPANSIWLFWGSGPIPPMPSFKKAYGLDAVL
NSGVDLLRGLGIMMNMKILELNGITDGLNNDFSGQMRGGLLALGDNDLAVIHVEAPDEAG
HAGSLADKVKAIELIDELMVGQLLAYPEDIRVLVTPDHPTPLELKTHVAEPVPFLMWGKG
VASNGVSRFTEKEAAKTGIIFEKGCNLMQAFLK

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory