SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_010959504.1 NCBI__GCF_000008325.1:WP_010959504.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

8tzjA Cryo-em structure of vibrio cholerae ftse/ftsx complex (see paper)
56% identity, 99% coverage: 1:218/220 of query aligns to 2:220/220 of 8tzjA

query
sites
8tzjA
M
 
V
L
 
I
E
 
R
F
 
F
K
 
Q
E
 
Q
V
 
V
Y
 
S
K
 
K
R
 
A
Y
|
Y
P
 
R
E
 
G
F
 
G
G
x
R
E
 
Q
A
|
A
L
 
L
H
 
Q
D
 
K
V
 
V
S
 
D
F
 
F
H
 
H
I
 
L
G
 
R
R
 
R
G
 
G
E
 
E
R
 
M
V
 
A
F
 
F
L
 
L
T
 
G
G
 
G
H
 
H
S
 
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
K
 
K
L
 
L
V
 
I
A
 
C
V
 
A
I
 
I
E
 
E
R
 
R
A
 
P
T
 
T
R
 
D
G
 
G
Q
 
K
I
 
I
V
 
S
L
 
F
D
 
N
G
 
G
R
 
H
N
 
D
I
 
I
T
 
T
R
 
R
A
 
I
S
 
P
N
 
N
R
 
K
E
 
D
I
 
I
P
 
P
Y
 
F
I
 
L
R
 
R
R
 
R
K
 
N
L
 
I
G
 
G
L
 
I
I
 
V
F
 
F
Q
 
Q
D
 
D
Y
 
H
K
 
R
L
 
L
L
 
L
Y
 
M
D
 
D
R
 
R
S
 
S
V
 
I
F
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
P
 
P
L
 
M
V
 
R
I
 
I
A
 
E
G
 
S
F
 
I
N
 
S
P
 
E
G
 
N
E
 
E
V
 
I
S
 
K
R
 
R
R
 
R
V
 
V
R
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
L
G
 
D
K
 
K
V
 
T
G
 
G
L
 
L
L
 
L
S
 
D
K
 
K
E
 
A
K
 
R
R
 
C
L
 
L
P
 
P
Q
 
S
T
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
G
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
V
V
 
V
H
 
N
K
 
R
P
 
P
D
 
T
F
 
L
I
 
L
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
A
 
L
A
 
S
R
 
S
E
 
R
V
 
V
M
 
L
D
 
R
I
 
L
F
 
F
R
 
E
D
 
E
F
 
F
N
 
N
D
 
R
L
 
A
G
 
G
V
 
V
T
 
T
L
 
I
L
 
L
I
 
L
A
 
A
S
 
T
H
 
H
D
 
D
E
 
I
Q
 
H
L
 
L
I
 
V
-
 
N
S
 
S
R
 
R
C
 
P
G
 
Q
G
 
Y
R
 
R
V
 
H
L
 
L
R
 
E
L
 
L
Q
 
N
R
 
Q
G
 
G
S
 
F
L
 
L
S
 
S
E
 
E
V
 
V

8w6iD Cryo-em structure of escherichia coli str k12 ftsex complex with atp- gamma-s in peptidisc
57% identity, 98% coverage: 1:215/220 of query aligns to 1:215/219 of 8w6iD

query
sites
8w6iD
M
 
M
L
 
I
E
 
R
F
 
F
K
 
E
E
 
H
V
 
V
Y
 
S
K
 
K
R
 
A
Y
|
Y
P
 
L
E
 
G
F
 
G
G
 
R
E
 
Q
A
 
A
L
 
L
H
 
Q
D
 
G
V
 
V
S
 
T
F
 
F
H
 
H
I
 
M
G
 
Q
R
 
P
G
 
G
E
 
E
R
 
M
V
 
A
F
 
F
L
 
L
T
 
T
G
 
G
H
 
H
S
|
S
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
K
 
K
L
 
L
V
 
I
A
 
C
V
 
G
I
 
I
E
 
E
R
 
R
A
 
P
T
 
S
R
 
A
G
 
G
Q
 
K
I
 
I
V
 
W
L
 
F
D
 
S
G
 
G
R
 
H
N
 
D
I
 
I
T
 
T
R
 
R
A
 
L
S
 
K
N
 
N
R
 
R
E
 
E
I
 
V
P
 
P
Y
 
F
I
 
L
R
 
R
R
 
R
K
 
Q
L
 
I
G
 
G
L
 
M
I
 
I
F
 
F
Q
|
Q
D
 
D
Y
 
H
K
 
H
L
 
L
L
 
L
Y
 
M
D
 
D
R
 
R
S
 
T
V
 
V
F
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
I
P
 
P
L
 
L
V
 
I
I
 
I
A
 
A
G
 
G
F
 
A
N
 
S
P
 
G
G
 
D
E
 
D
V
 
I
S
 
R
R
 
R
R
 
R
V
 
V
R
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
L
G
 
D
K
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
L
S
 
D
K
|
K
E
 
A
K
 
K
R
 
N
L
 
F
P
 
P
Q
 
I
T
x
Q
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
E
|
E
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
G
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
V
V
 
V
H
 
N
K
 
K
P
 
P
D
 
A
F
 
V
I
 
L
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
D
E
 
A
A
 
L
A
 
S
R
 
E
E
 
G
V
 
I
M
 
L
D
 
R
I
 
L
F
 
F
R
 
E
D
 
E
F
 
F
N
 
N
D
 
R
L
 
V
G
 
G
V
 
V
T
 
T
L
 
V
L
 
L
I
 
M
A
 
A
S
 
T
H
|
H
D
 
D
E
 
I
Q
 
N
L
 
L
I
 
I
S
 
S
R
 
R
C
 
R
G
 
S
G
 
Y
R
 
R
V
 
M
L
 
L
R
 
T
L
 
L
Q
 
S
R
 
D
G
 
G
S
 
H
L
 
L

P0A9R7 Cell division ATP-binding protein FtsE from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
57% identity, 98% coverage: 1:215/220 of query aligns to 1:215/222 of P0A9R7

query
sites
P0A9R7
M
 
M
L
 
I
E
 
R
F
 
F
K
 
E
E
 
H
V
 
V
Y
 
S
K
 
K
R
 
A
Y
 
Y
P
 
L
E
 
G
F
 
G
G
 
R
E
 
Q
A
 
A
L
 
L
H
 
Q
D
 
G
V
 
V
S
 
T
F
 
F
H
 
H
I
 
M
G
 
Q
R
 
P
G
 
G
E
 
E
R
 
M
V
 
A
F
 
F
L
 
L
T
 
T
G
 
G
H
 
H
S
 
S
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
K
 
K
L
 
L
V
 
I
A
x
C
V
 
G
I
 
I
E
 
E
R
 
R
A
 
P
T
 
S
R
 
A
G
 
G
Q
 
K
I
 
I
V
 
W
L
 
F
D
 
S
G
 
G
R
 
H
N
 
D
I
 
I
T
 
T
R
 
R
A
 
L
S
 
K
N
 
N
R
 
R
E
 
E
I
 
V
P
 
P
Y
 
F
I
 
L
R
 
R
R
 
R
K
 
Q
L
 
I
G
 
G
L
 
M
I
 
I
F
 
F
Q
 
Q
D
 
D
Y
 
H
K
 
H
L
 
L
L
 
L
Y
 
M
D
 
D
R
 
R
S
 
T
V
 
V
F
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
I
P
 
P
L
 
L
V
 
I
I
 
I
A
 
A
G
 
G
F
 
A
N
 
S
P
 
G
G
 
D
E
 
D
V
 
I
S
 
R
R
 
R
R
 
R
V
 
V
R
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
L
G
 
D
K
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
L
S
 
D
K
 
K
E
 
A
K
 
K
R
 
N
L
 
F
P
 
P
Q
 
I
T
 
Q
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
G
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
V
V
 
V
H
 
N
K
 
K
P
 
P
D
 
A
F
 
V
I
 
L
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
D
E
 
A
A
 
L
A
 
S
R
 
E
E
 
G
V
 
I
M
 
L
D
 
R
I
 
L
F
 
F
R
 
E
D
 
E
F
 
F
N
 
N
D
 
R
L
 
V
G
 
G
V
 
V
T
 
T
L
 
V
L
 
L
I
 
M
A
 
A
S
 
T
H
 
H
D
 
D
E
 
I
Q
 
N
L
 
L
I
 
I
S
 
S
R
 
R
C
 
R
G
 
S
G
 
Y
R
 
R
V
 
M
L
 
L
R
 
T
L
 
L
Q
 
S
R
 
D
G
 
G
S
 
H
L
 
L

8hd0A Cell divisome spg hydrolysis machinery ftsex-envc
56% identity, 98% coverage: 1:215/220 of query aligns to 1:215/218 of 8hd0A

query
sites
8hd0A
M
 
M
L
 
I
E
 
R
F
 
F
K
 
E
E
 
H
V
 
V
Y
 
S
K
 
K
R
 
A
Y
|
Y
P
 
L
E
 
G
F
 
G
G
x
R
E
 
Q
A
|
A
L
 
L
H
 
Q
D
 
G
V
 
V
S
 
T
F
 
F
H
 
H
I
 
M
G
 
Q
R
 
P
G
 
G
E
 
E
R
 
M
V
 
A
F
 
F
L
 
L
T
 
T
G
 
G
H
 
H
S
 
S
G
 
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
K
 
K
L
 
L
V
 
I
A
 
C
V
 
G
I
 
I
E
 
E
R
 
R
A
 
P
T
 
S
R
 
A
G
 
G
Q
 
K
I
 
I
V
 
W
L
 
F
D
 
S
G
 
G
R
 
H
N
 
D
I
 
I
T
 
T
R
 
R
A
 
L
S
 
K
N
 
N
R
 
R
E
 
E
I
 
V
P
 
P
Y
 
F
I
 
L
R
 
R
R
 
R
K
 
Q
L
 
I
G
 
G
L
 
M
I
 
I
F
 
F
Q
 
Q
D
 
D
Y
 
H
K
 
H
L
 
L
L
 
L
Y
 
M
D
 
D
R
 
R
S
 
T
V
 
V
F
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
I
P
 
P
L
 
L
V
 
I
I
 
I
A
 
A
G
 
G
F
 
A
N
 
S
P
 
G
G
 
D
E
 
D
V
 
I
S
 
R
R
 
R
R
 
R
V
 
V
R
 
S
A
 
A
A
 
A
L
 
L
G
 
D
K
 
K
V
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
L
S
 
D
K
 
K
E
 
A
K
 
K
R
 
N
L
 
F
P
 
P
Q
 
I
T
 
Q
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
G
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
V
V
 
V
H
 
N
K
 
K
P
 
P
D
 
A
F
 
V
I
 
L
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
D
E
 
A
A
 
L
A
 
S
R
 
E
E
 
G
V
 
I
M
 
L
D
 
R
I
 
L
F
 
F
R
 
E
D
 
E
F
 
F
N
 
N
D
 
R
L
 
V
G
 
G
V
 
V
T
 
T
L
 
V
L
 
L
I
 
M
A
 
A
S
 
T
H
 
H
D
 
D
E
 
I
Q
 
N
L
 
L
I
 
I
S
 
S
R
 
R
C
 
R
G
 
S
G
 
Y
R
 
R
V
 
M
L
 
L
R
 
T
L
 
L
Q
 
S
R
 
D
G
 
G
S
 
H
L
 
L

8i6rB Cryo-em structure of pseudomonas aeruginosa ftse(e163q)x/envc complex with atp in peptidisc (see paper)
54% identity, 98% coverage: 1:215/220 of query aligns to 1:215/222 of 8i6rB

query
sites
8i6rB
M
 
M
L
 
I
E
 
R
F
 
F
K
 
E
E
 
Q
V
 
V
Y
 
G
K
 
K
R
 
R
Y
|
Y
P
 
P
E
 
N
F
 
G
G
x
H
E
 
V
A
 
G
L
 
L
H
 
H
D
 
E
V
 
V
S
 
S
F
 
F
H
 
R
I
 
V
G
 
H
R
 
R
G
 
G
E
 
E
R
 
I
V
 
L
F
 
F
L
 
V
T
 
T
G
 
G
H
 
H
S
|
S
G
 
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
K
 
R
L
 
L
V
 
I
A
 
L
V
 
A
I
 
M
E
 
E
R
 
R
A
 
P
T
 
T
R
 
S
G
 
G
Q
 
K
I
 
L
V
 
L
L
 
L
D
 
G
G
 
G
R
 
Q
N
 
D
I
 
L
T
 
G
R
 
R
A
 
I
S
 
T
N
 
T
R
 
A
E
 
Q
I
 
I
P
 
P
Y
 
F
I
 
L
R
 
R
R
 
R
K
 
Q
L
 
I
G
 
G
L
 
V
I
 
V
F
 
F
Q
 
Q
D
 
N
Y
 
H
K
 
Q
L
 
L
L
 
L
Y
 
T
D
 
D
R
 
R
S
 
T
V
 
V
F
 
A
D
 
D
N
 
N
V
 
I
A
 
A
L
 
L
P
 
P
L
 
L
V
 
Q
I
 
I
A
 
L
G
 
G
F
 
M
N
 
P
P
 
K
G
 
P
E
 
E
V
 
I
S
 
A
R
 
K
R
 
R
V
 
V
R
 
A
A
 
S
A
 
A
L
 
L
G
 
E
K
 
R
V
 
V
G
 
N
L
 
L
L
 
K
S
 
E
K
 
K
E
 
G
K
 
E
R
 
A
L
 
L
P
 
P
Q
 
S
T
x
D
L
 
L
S
|
S
G
x
T
G
|
G
E
x
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
G
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
I
V
 
V
H
 
H
K
 
Q
P
 
P
D
 
A
F
 
L
I
 
L
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
R
A
 
L
A
 
A
R
 
S
E
 
E
V
 
I
M
 
M
D
 
G
I
 
V
F
 
F
R
 
E
D
 
D
F
 
I
N
 
N
D
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
T
T
 
T
L
 
V
L
 
L
I
 
I
A
 
A
S
 
S
H
 
H
D
 
D
E
 
L
Q
 
A
L
 
L
I
 
I
S
 
A
R
 
R
C
 
M
G
 
R
G
 
H
R
 
R
V
 
M
L
 
L
R
 
T
L
 
L
Q
 
Q
R
 
R
G
 
G
S
 
R
L
 
I

8iddA Cryo-em structure of mycobacterium tuberculosis atp bound ftsex/ripc complex in peptidisc (see paper)
43% identity, 98% coverage: 1:215/220 of query aligns to 2:217/225 of 8iddA

query
sites
8iddA
M
 
M
L
 
I
E
 
T
F
 
L
K
 
D
E
 
H
V
 
V
Y
 
T
K
 
K
R
 
Q
Y
|
Y
P
 
K
E
 
S
F
 
S
G
 
A
E
 
R
-
 
P
A
 
A
L
 
L
H
 
D
D
 
D
V
 
I
S
 
N
F
 
V
H
 
K
I
 
I
G
 
D
R
 
K
G
 
G
E
 
E
R
 
F
V
 
V
F
 
F
L
 
L
T
 
I
G
 
G
H
 
P
S
|
S
G
 
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
 
T
L
 
F
L
 
M
K
 
R
L
 
L
V
 
L
A
 
L
V
 
A
I
 
A
E
 
E
R
 
T
A
 
P
T
 
T
R
 
S
G
 
G
Q
 
D
I
 
V
V
 
R
L
 
V
D
 
S
G
 
K
R
 
F
N
 
H
I
 
V
T
 
N
R
 
K
A
 
L
S
 
R
N
 
G
R
 
R
E
 
H
I
 
V
P
 
P
Y
 
K
I
 
L
R
 
R
R
 
Q
K
 
V
L
 
I
G
 
G
L
 
C
I
 
V
F
 
F
Q
 
Q
D
 
D
Y
 
F
K
 
R
L
 
L
L
 
L
Y
 
Q
D
 
Q
R
 
K
S
 
T
V
 
V
F
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
F
P
 
A
L
 
L
V
 
E
I
 
V
A
 
I
G
 
G
F
 
K
N
 
R
P
 
T
G
 
D
E
 
A
V
 
I
S
 
N
R
 
R
R
 
V
V
 
V
R
 
P
A
 
E
A
 
V
L
 
L
G
 
E
K
 
T
V
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
S
S
 
G
K
 
K
E
 
A
K
 
N
R
 
R
L
 
L
P
 
P
Q
 
D
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
F
V
 
V
H
 
N
K
 
R
P
 
P
D
 
L
F
 
V
I
 
L
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
A
 
T
A
 
S
R
 
R
E
 
D
V
 
I
M
 
M
D
 
D
I
 
L
F
 
L
R
 
E
D
 
R
F
 
I
N
 
N
D
 
R
L
 
T
G
 
G
V
 
T
T
 
T
L
 
V
L
 
L
I
 
M
A
 
A
S
 
T
H
 
H
D
 
D
E
 
H
Q
 
H
L
 
I
I
 
V
S
 
D
R
 
S
C
 
M
G
 
R
G
 
Q
R
 
R
V
 
V
L
 
V
R
 
E
L
 
L
Q
 
S
R
 
L
G
 
G
S
 
R
L
 
L

8igqA Cryo-em structure of mycobacterium tuberculosis adp bound ftsex/ripc complex in peptidisc (see paper)
43% identity, 98% coverage: 1:215/220 of query aligns to 2:217/227 of 8igqA

query
sites
8igqA
M
 
M
L
 
I
E
 
T
F
 
L
K
 
D
E
 
H
V
 
V
Y
 
T
K
 
K
R
 
Q
Y
|
Y
P
 
K
E
 
S
F
 
S
G
 
A
E
 
R
-
 
P
A
 
A
L
 
L
H
 
D
D
 
D
V
 
I
S
 
N
F
 
V
H
 
K
I
 
I
G
 
D
R
 
K
G
 
G
E
 
E
R
 
F
V
 
V
F
 
F
L
 
L
T
 
I
G
 
G
H
 
P
S
 
S
G
|
G
A
x
S
G
 
G
K
|
K
S
|
S
T
 
T
L
 
F
L
 
M
K
 
R
L
 
L
V
 
L
A
 
L
V
 
A
I
 
A
E
 
E
R
 
T
A
 
P
T
 
T
R
 
S
G
 
G
Q
 
D
I
 
V
V
 
R
L
 
V
D
 
S
G
 
K
R
 
F
N
 
H
I
 
V
T
 
N
R
 
K
A
 
L
S
 
R
N
 
G
R
 
R
E
 
H
I
 
V
P
 
P
Y
 
K
I
 
L
R
 
R
R
 
Q
K
 
V
L
 
I
G
 
G
L
 
C
I
 
V
F
 
F
Q
 
Q
D
 
D
Y
 
F
K
 
R
L
 
L
L
 
L
Y
 
Q
D
 
Q
R
 
K
S
 
T
V
 
V
F
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
F
P
 
A
L
 
L
V
 
E
I
 
V
A
 
I
G
 
G
F
 
K
N
 
R
P
 
T
G
 
D
E
 
A
V
 
I
S
 
N
R
 
R
R
 
V
V
 
V
R
 
P
A
 
E
A
 
V
L
 
L
G
 
E
K
 
T
V
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
S
S
 
G
K
 
K
E
 
A
K
 
N
R
 
R
L
 
L
P
 
P
Q
 
D
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
F
V
 
V
H
 
N
K
 
R
P
 
P
D
 
L
F
 
V
I
 
L
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
A
 
T
A
 
S
R
 
R
E
 
D
V
 
I
M
 
M
D
 
D
I
 
L
F
 
L
R
 
E
D
 
R
F
 
I
N
 
N
D
 
R
L
 
T
G
 
G
V
 
T
T
 
T
L
 
V
L
 
L
I
 
M
A
 
A
S
 
T
H
 
H
D
 
D
E
 
H
Q
 
H
L
 
I
I
 
V
S
 
D
R
 
S
C
 
M
G
 
R
G
 
Q
R
 
R
V
 
V
L
 
V
R
 
E
L
 
L
Q
 
S
R
 
L
G
 
G
S
 
R
L
 
L

A5U7B7 Cell division ATP-binding protein FtsE from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25177 / H37Ra) (see 2 papers)
43% identity, 98% coverage: 1:215/220 of query aligns to 1:216/229 of A5U7B7

query
sites
A5U7B7
M
 
M
L
 
I
E
 
T
F
 
L
K
 
D
E
 
H
V
 
V
Y
 
T
K
 
K
R
 
Q
Y
 
Y
P
 
K
E
 
S
F
 
S
G
 
A
E
 
R
-
 
P
A
 
A
L
 
L
H
 
D
D
 
D
V
 
I
S
 
N
F
 
V
H
 
K
I
 
I
G
 
D
R
 
K
G
 
G
E
 
E
R
 
F
V
 
V
F
 
F
L
 
L
T
 
I
G
 
G
H
 
P
S
 
S
G
 
G
A
 
S
G
 
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
L
 
F
L
 
M
K
 
R
L
 
L
V
 
L
A
 
L
V
 
A
I
 
A
E
 
E
R
 
T
A
 
P
T
 
T
R
 
S
G
 
G
Q
 
D
I
 
V
V
 
R
L
 
V
D
 
S
G
 
K
R
 
F
N
 
H
I
 
V
T
 
N
R
 
K
A
 
L
S
 
R
N
 
G
R
 
R
E
 
H
I
 
V
P
 
P
Y
 
K
I
 
L
R
 
R
R
 
Q
K
 
V
L
 
I
G
 
G
L
x
C
I
 
V
F
 
F
Q
 
Q
D
 
D
Y
 
F
K
 
R
L
 
L
L
 
L
Y
 
Q
D
 
Q
R
 
K
S
 
T
V
 
V
F
 
Y
D
 
D
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
F
P
 
A
L
 
L
V
 
E
I
 
V
A
 
I
G
 
G
F
 
K
N
 
R
P
 
T
G
 
D
E
 
A
V
 
I
S
 
N
R
 
R
R
 
V
V
 
V
R
 
P
A
 
E
A
 
V
L
 
L
G
 
E
K
 
T
V
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
S
S
 
G
K
 
K
E
 
A
K
 
N
R
 
R
L
 
L
P
 
P
Q
 
D
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
F
V
 
V
H
 
N
K
 
R
P
 
P
D
 
L
F
 
V
I
 
L
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
E
A
 
T
A
 
S
R
 
R
E
 
D
V
 
I
M
 
M
D
 
D
I
 
L
F
 
L
R
 
E
D
 
R
F
 
I
N
 
N
D
 
R
L
 
T
G
 
G
V
 
T
T
 
T
L
 
V
L
 
L
I
 
M
A
 
A
S
 
T
H
 
H
D
 
D
E
 
H
Q
 
H
L
 
I
I
 
V
S
 
D
R
 
S
C
 
M
G
 
R
G
 
Q
R
 
R
V
 
V
L
 
V
R
 
E
L
 
L
Q
 
S
R
 
L
G
 
G
S
 
R
L
 
L

6z4wA Ftse structure from streptococcus pneumoniae in complex with adp (space group p 1) (see paper)
39% identity, 97% coverage: 1:213/220 of query aligns to 3:215/230 of 6z4wA

query
sites
6z4wA
M
 
I
L
 
I
E
 
E
F
 
M
K
 
R
E
 
D
V
 
V
Y
 
V
K
 
K
R
 
K
Y
|
Y
P
 
D
E
 
N
F
 
G
G
x
T
E
 
T
A
|
A
L
 
L
H
 
R
D
 
G
V
 
V
S
 
S
F
 
V
H
 
S
I
 
V
G
 
Q
R
 
P
G
 
G
E
 
E
R
 
F
V
 
A
F
 
Y
L
 
I
T
 
V
G
 
G
H
 
P
S
 
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
L
 
I
K
 
R
L
 
S
V
 
L
A
 
Y
V
 
R
I
 
E
E
 
V
R
 
K
A
 
I
T
 
D
R
 
K
G
 
G
Q
 
S
I
 
L
V
 
S
L
 
V
D
 
A
G
 
G
R
 
F
N
 
N
I
 
L
T
 
V
R
 
K
A
 
I
S
 
K
N
 
K
R
 
K
E
 
D
I
 
V
P
 
P
Y
 
L
I
 
L
R
 
R
R
 
R
K
 
S
L
 
V
G
 
G
L
 
V
I
 
V
F
 
F
Q
 
Q
D
 
D
Y
 
Y
K
 
K
L
 
L
L
 
L
Y
 
P
D
 
K
R
 
K
S
 
T
V
 
V
F
 
Y
D
 
E
N
 
N
V
 
I
A
 
A
L
 
Y
P
 
A
L
 
M
V
 
E
I
 
V
A
 
I
G
 
G
F
 
E
N
 
N
P
 
R
G
 
R
E
 
N
V
 
I
S
 
K
R
 
R
R
 
R
V
 
V
R
 
M
A
 
E
A
 
V
L
 
L
G
 
D
K
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
K
S
 
H
K
 
K
E
 
V
K
 
R
R
 
S
L
 
F
P
 
P
Q
 
N
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
I
G
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
I
V
 
V
H
 
N
K
 
N
P
 
P
D
 
K
F
 
V
I
 
L
L
 
I
A
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
D
A
 
N
A
 
S
R
 
W
E
 
E
V
 
I
M
 
M
D
 
N
I
 
L
F
 
L
R
 
E
D
 
R
F
 
I
N
 
N
D
 
L
L
 
Q
G
 
G
V
 
T
T
 
T
L
 
I
L
 
L
I
 
M
A
 
A
S
 
T
H
 
H
D
 
N
E
 
S
Q
 
Q
L
 
I
I
 
V
S
 
N
R
 
T
C
 
L
G
 
R
G
 
H
R
 
R
V
 
V
L
 
I
R
 
A
L
 
I
Q
 
E
R
 
N
G
 
G

A0A0H2ZM82 Cell division ATP-binding protein FtsE from Streptococcus pneumoniae serotype 2 (strain D39 / NCTC 7466) (see paper)
39% identity, 97% coverage: 1:213/220 of query aligns to 3:215/230 of A0A0H2ZM82

query
sites
A0A0H2ZM82
M
 
I
L
 
I
E
 
E
F
 
M
K
 
R
E
 
D
V
 
V
Y
 
V
K
 
K
R
 
K
Y
 
Y
P
 
D
E
 
N
F
 
G
G
 
T
E
 
T
A
 
A
L
 
L
H
 
R
D
 
G
V
 
V
S
 
S
F
 
V
H
 
S
I
 
V
G
 
Q
R
 
P
G
 
G
E
 
E
R
 
F
V
 
A
F
 
Y
L
 
I
T
 
V
G
 
G
H
 
P
S
 
S
G
 
G
A
 
A
G
 
G
K
|
K
S
 
S
T
 
T
L
 
F
L
 
I
K
 
R
L
 
S
V
 
L
A
 
Y
V
 
R
I
 
E
E
 
V
R
 
K
A
 
I
T
 
D
R
 
K
G
 
G
Q
 
S
I
 
L
V
 
S
L
 
V
D
 
A
G
 
G
R
 
F
N
 
N
I
 
L
T
 
V
R
 
K
A
 
I
S
 
K
N
 
K
R
 
K
E
 
D
I
 
V
P
 
P
Y
 
L
I
 
L
R
 
R
R
 
R
K
 
S
L
 
V
G
 
G
L
 
V
I
 
V
F
 
F
Q
 
Q
D
 
D
Y
 
Y
K
 
K
L
 
L
L
 
L
Y
 
P
D
 
K
R
 
K
S
 
T
V
 
V
F
 
Y
D
 
E
N
 
N
V
 
I
A
 
A
L
 
Y
P
 
A
L
 
M
V
 
E
I
 
V
A
 
I
G
 
G
F
 
E
N
 
N
P
 
R
G
 
R
E
 
N
V
 
I
S
 
K
R
 
R
R
 
R
V
 
V
R
 
M
A
 
E
A
 
V
L
 
L
G
 
D
K
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
K
S
 
H
K
 
K
E
 
V
K
 
R
R
 
S
L
 
F
P
 
P
Q
 
N
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
I
G
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
I
V
 
V
H
 
N
K
 
N
P
 
P
D
 
K
F
 
V
I
 
L
L
 
I
A
 
A
D
|
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
D
A
 
N
A
 
S
R
 
W
E
 
E
V
 
I
M
 
M
D
 
N
I
 
L
F
 
L
R
 
E
D
 
R
F
 
I
N
 
N
D
 
L
L
 
Q
G
 
G
V
 
T
T
 
T
L
 
I
L
 
L
I
 
M
A
 
A
S
 
T
H
 
H
D
 
N
E
 
S
Q
 
Q
L
 
I
I
 
V
S
 
N
R
 
T
C
 
L
G
 
R
G
 
H
R
 
R
V
 
V
L
 
I
R
 
A
L
 
I
Q
 
E
R
 
N
G
 
G

6z67B Ftse structure of streptococcus pneumoniae in complex with amppnp at 2.4 a resolution (see paper)
39% identity, 97% coverage: 1:213/220 of query aligns to 3:215/229 of 6z67B

query
sites
6z67B
M
 
I
L
 
I
E
 
E
F
 
M
K
 
R
E
 
D
V
 
V
Y
 
V
K
 
K
R
 
K
Y
|
Y
P
 
D
E
 
N
F
x
G
G
 
T
E
 
T
A
|
A
L
 
L
H
 
R
D
 
G
V
 
V
S
 
S
F
 
V
H
 
S
I
 
V
G
 
Q
R
 
P
G
 
G
E
 
E
R
 
F
V
 
A
F
 
Y
L
 
I
T
 
V
G
 
G
H
 
P
S
|
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
F
L
 
I
K
 
R
L
 
S
V
 
L
A
 
Y
V
 
R
I
 
E
E
 
V
R
 
K
A
 
I
T
 
D
R
 
K
G
 
G
Q
 
S
I
 
L
V
 
S
L
 
V
D
 
A
G
 
G
R
 
F
N
 
N
I
 
L
T
 
V
R
 
K
A
 
I
S
 
K
N
 
K
R
 
K
E
 
D
I
 
V
P
 
P
Y
 
L
I
 
L
R
 
R
R
 
R
K
 
S
L
 
V
G
 
G
L
 
V
I
 
V
F
 
F
Q
 
Q
D
 
D
Y
 
Y
K
 
K
L
 
L
L
 
L
Y
 
P
D
 
K
R
 
K
S
 
T
V
 
V
F
 
Y
D
 
E
N
 
N
V
 
I
A
 
A
L
 
Y
P
 
A
L
 
M
V
 
E
I
 
V
A
 
I
G
 
G
F
 
E
N
 
N
P
 
R
G
 
R
E
 
N
V
 
I
S
 
K
R
 
R
R
 
R
V
 
V
R
 
M
A
 
E
A
 
V
L
 
L
G
 
D
K
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
K
S
 
H
K
 
K
E
 
V
K
 
R
R
 
S
L
 
F
P
 
P
Q
 
N
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
I
G
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
I
V
 
V
H
 
N
K
 
N
P
 
P
D
 
K
F
 
V
I
 
L
L
 
I
A
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
D
A
 
N
A
 
S
R
 
W
E
 
E
V
 
I
M
 
M
D
 
N
I
 
L
F
 
L
R
 
E
D
 
R
F
 
I
N
 
N
D
 
L
L
 
Q
G
 
G
V
 
T
T
 
T
L
 
I
L
 
L
I
 
M
A
 
A
S
 
T
H
 
H
D
 
N
E
 
S
Q
 
Q
L
 
I
I
 
V
S
 
N
R
 
T
C
 
L
G
 
R
G
 
H
R
 
R
V
 
V
L
 
I
R
 
A
L
 
I
Q
 
E
R
 
N
G
 
G

P30750 Methionine import ATP-binding protein MetN; EC 7.4.2.11 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
42% identity, 92% coverage: 16:217/220 of query aligns to 19:221/343 of P30750

query
sites
P30750
E
 
Q
A
 
A
L
 
L
H
 
N
D
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
L
H
 
H
I
 
V
G
 
P
R
 
A
G
 
G
E
 
Q
R
 
I
V
 
Y
F
 
G
L
 
V
T
 
I
G
 
G
H
 
A
S
|
S
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
I
K
 
R
L
 
C
V
 
V
A
 
N
V
 
L
I
 
L
E
 
E
R
 
R
A
 
P
T
 
T
R
 
E
G
 
G
Q
 
S
I
 
V
V
 
L
L
 
V
D
 
D
G
 
G
R
 
Q
N
 
E
I
 
L
T
 
T
R
 
T
A
 
L
S
 
S
N
 
E
R
 
S
E
 
E
I
 
L
P
 
T
Y
 
K
I
 
A
R
 
R
R
 
R
K
 
Q
L
 
I
G
 
G
L
 
M
I
 
I
F
 
F
Q
 
Q
D
 
H
Y
 
F
K
 
N
L
 
L
L
 
L
Y
 
S
D
 
S
R
 
R
S
 
T
V
 
V
F
 
F
D
 
G
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
P
 
P
L
 
L
V
 
E
I
 
L
A
 
D
G
 
N
F
 
T
N
 
P
P
 
K
G
 
D
E
 
E
V
 
V
S
 
K
R
 
R
R
 
R
V
 
V
R
 
T
A
 
E
A
 
L
L
 
L
G
 
S
K
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
G
S
 
D
K
 
K
E
 
H
K
 
D
R
 
S
L
 
Y
P
 
P
Q
 
S
T
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
L
V
 
A
H
 
S
K
 
N
P
 
P
D
 
K
F
 
V
I
 
L
L
 
L
A
 
C
D
 
D
E
|
E
P
 
A
T
 
T
G
 
S
N
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
A
A
 
T
A
 
T
R
 
R
E
 
S
V
 
I
M
 
L
D
 
E
I
 
L
F
 
L
R
 
K
D
 
D
F
 
I
N
 
N
-
 
R
D
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
L
T
 
T
L
 
I
L
 
L
I
 
L
A
 
I
S
 
T
H
 
H
D
 
E
E
 
M
Q
 
D
L
 
V
I
 
V
S
 
K
R
 
R
C
 
I
G
 
C
G
 
D
R
 
C
V
 
V
L
 
A
R
 
V
L
 
I
Q
 
S
R
 
N
G
 
G
S
 
E
L
 
L
S
 
I
E
 
E

Sites not aligning to the query:

3tuzC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 semet soak crystal form (see paper)
41% identity, 92% coverage: 16:217/220 of query aligns to 20:222/344 of 3tuzC

query
sites
3tuzC
E
 
Q
A
 
A
L
 
L
H
 
N
D
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
L
H
 
H
I
 
V
G
 
P
R
 
A
G
 
G
E
 
Q
R
 
I
V
 
Y
F
 
G
L
 
V
T
 
I
G
 
G
H
 
A
S
 
S
G
|
G
A
 
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
I
K
 
R
L
 
C
V
 
V
A
 
N
V
 
L
I
 
L
E
 
E
R
 
R
A
 
P
T
 
T
R
 
E
G
 
G
Q
 
S
I
 
V
V
 
L
L
 
V
D
 
D
G
 
G
R
 
Q
N
 
E
I
 
L
T
 
T
R
 
T
A
 
L
S
 
S
N
 
E
R
 
S
E
 
E
I
 
L
P
 
T
Y
 
K
I
 
A
R
 
R
R
 
R
K
 
Q
L
 
I
G
 
G
L
 
M
I
 
I
F
 
F
Q
 
Q
D
 
H
Y
 
F
K
 
N
L
 
L
L
 
L
Y
 
S
D
 
S
R
 
R
S
 
T
V
 
V
F
 
F
D
 
G
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
P
 
P
L
 
L
V
 
E
I
 
L
A
 
D
G
 
N
F
 
T
N
 
P
P
 
K
G
 
D
E
 
E
V
 
V
S
 
K
R
 
R
R
 
R
V
 
V
R
 
T
A
 
E
A
 
L
L
 
L
G
 
S
K
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
G
S
 
D
K
 
K
E
 
H
K
 
D
R
 
S
L
 
Y
P
 
P
Q
 
S
T
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
L
V
 
A
H
 
S
K
 
N
P
 
P
D
 
K
F
 
V
I
 
L
L
 
L
A
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
T
 
T
G
 
S
N
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
A
A
 
T
A
 
T
R
 
R
E
 
S
V
 
I
M
 
L
D
 
E
I
 
L
F
 
L
R
 
K
D
 
D
F
 
I
N
 
N
-
 
R
D
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
L
T
 
T
L
 
I
L
 
L
I
 
L
A
 
I
S
 
T
H
 
H
D
 
E
E
 
M
Q
 
D
L
 
V
I
 
V
S
 
K
R
 
R
C
 
I
G
 
C
G
 
D
R
 
C
V
 
V
L
 
A
R
 
V
L
 
I
Q
 
S
R
 
N
G
 
G
S
 
E
L
 
L
S
 
I
E
 
E

Sites not aligning to the query:

3tuiC Inward facing conformations of the metni methionine abc transporter: cy5 native crystal form (see paper)
41% identity, 92% coverage: 16:217/220 of query aligns to 20:222/344 of 3tuiC

query
sites
3tuiC
E
 
Q
A
 
A
L
 
L
H
 
N
D
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
L
H
 
H
I
 
V
G
 
P
R
 
A
G
 
G
E
 
Q
R
 
I
V
 
Y
F
 
G
L
 
V
T
 
I
G
 
G
H
 
A
S
 
S
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
I
K
 
R
L
 
C
V
 
V
A
 
N
V
 
L
I
 
L
E
 
E
R
 
R
A
 
P
T
 
T
R
 
E
G
 
G
Q
 
S
I
 
V
V
 
L
L
 
V
D
 
D
G
 
G
R
 
Q
N
 
E
I
 
L
T
 
T
R
 
T
A
 
L
S
 
S
N
 
E
R
 
S
E
 
E
I
 
L
P
 
T
Y
 
K
I
 
A
R
 
R
R
 
R
K
 
Q
L
 
I
G
 
G
L
 
M
I
 
I
F
 
F
Q
 
Q
D
 
H
Y
 
F
K
 
N
L
 
L
L
 
L
Y
 
S
D
 
S
R
 
R
S
 
T
V
 
V
F
 
F
D
 
G
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
P
 
P
L
 
L
V
 
E
I
 
L
A
 
D
G
 
N
F
 
T
N
 
P
P
 
K
G
 
D
E
 
E
V
 
V
S
 
K
R
 
R
R
 
R
V
 
V
R
 
T
A
 
E
A
 
L
L
 
L
G
 
S
K
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
G
S
 
D
K
 
K
E
 
H
K
 
D
R
 
S
L
 
Y
P
 
P
Q
 
S
T
 
N
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
L
V
 
A
H
 
S
K
 
N
P
 
P
D
 
K
F
 
V
I
 
L
L
 
L
A
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
T
 
T
G
 
S
N
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
A
A
 
T
A
 
T
R
 
R
E
 
S
V
 
I
M
 
L
D
 
E
I
 
L
F
 
L
R
 
K
D
 
D
F
 
I
N
 
N
-
 
R
D
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
L
T
 
T
L
 
I
L
 
L
I
 
L
A
 
I
S
 
T
H
 
H
D
 
E
E
 
M
Q
 
D
L
 
V
I
 
V
S
 
K
R
 
R
C
 
I
G
 
C
G
 
D
R
 
C
V
 
V
L
 
A
R
 
V
L
 
I
Q
 
S
R
 
N
G
 
G
S
 
E
L
 
L
S
 
I
E
 
E

Sites not aligning to the query:

6cvlD Crystal structure of the escherichia coli atpgs-bound metni methionine abc transporter in complex with its metq binding protein (see paper)
41% identity, 92% coverage: 16:217/220 of query aligns to 20:222/344 of 6cvlD

query
sites
6cvlD
E
 
Q
A
 
A
L
 
L
H
 
N
D
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
L
H
 
H
I
 
V
G
 
P
R
 
A
G
 
G
E
 
Q
R
 
I
V
 
Y
F
 
G
L
 
V
T
 
I
G
 
G
H
 
A
S
|
S
G
|
G
A
|
A
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
I
K
 
R
L
 
C
V
 
V
A
 
N
V
 
L
I
 
L
E
 
E
R
 
R
A
 
P
T
 
T
R
 
E
G
 
G
Q
 
S
I
 
V
V
 
L
L
 
V
D
 
D
G
 
G
R
 
Q
N
 
E
I
 
L
T
 
T
R
 
T
A
 
L
S
 
S
N
 
E
R
 
S
E
 
E
I
 
L
P
 
T
Y
 
K
I
 
A
R
 
R
R
 
R
K
 
Q
L
 
I
G
 
G
L
 
M
I
 
I
F
 
F
Q
 
Q
D
 
H
Y
 
F
K
 
N
L
 
L
L
 
L
Y
 
S
D
 
S
R
 
R
S
 
T
V
 
V
F
 
F
D
 
G
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
P
 
P
L
 
L
V
 
E
I
 
L
A
 
D
G
 
N
F
 
T
N
 
P
P
 
K
G
 
D
E
 
E
V
 
V
S
 
K
R
 
R
R
 
R
V
 
V
R
 
T
A
 
E
A
 
L
L
 
L
G
 
S
K
 
L
V
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
G
S
 
D
K
 
K
E
 
H
K
 
D
R
 
S
L
 
Y
P
 
P
Q
 
S
T
x
N
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
 
G
E
x
Q
Q
 
K
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
L
V
 
A
H
 
S
K
 
N
P
 
P
D
 
K
F
 
V
I
 
L
L
 
L
A
 
C
D
 
D
E
 
Q
P
 
A
T
 
T
G
 
S
N
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
P
E
 
A
A
 
T
A
 
T
R
 
R
E
 
S
V
 
I
M
 
L
D
 
E
I
 
L
F
 
L
R
 
K
D
 
D
F
 
I
N
 
N
-
 
R
D
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
L
T
 
T
L
 
I
L
 
L
I
 
L
A
 
I
S
 
T
H
|
H
D
 
E
E
 
M
Q
 
D
L
 
V
I
 
V
S
 
K
R
 
R
C
 
I
G
 
C
G
 
D
R
 
C
V
 
V
L
 
A
R
 
V
L
 
I
Q
 
S
R
 
N
G
 
G
S
 
E
L
 
L
S
 
I
E
 
E

Sites not aligning to the query:

P75957 Lipoprotein-releasing system ATP-binding protein LolD; EC 7.6.2.- from Escherichia coli (strain K12) (see paper)
40% identity, 98% coverage: 1:216/220 of query aligns to 5:224/233 of P75957

query
sites
P75957
M
 
L
L
 
L
E
 
Q
F
 
C
K
 
D
E
 
N
V
 
L
Y
 
C
K
 
K
R
 
R
Y
 
Y
P
 
Q
E
 
E
F
 
G
G
 
S
-
 
V
-
 
Q
-
 
T
E
 
D
A
 
V
L
 
L
H
 
H
D
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
F
H
 
S
I
 
V
G
 
G
R
 
E
G
 
G
E
 
E
R
 
M
V
 
M
F
 
A
L
 
I
T
 
V
G
|
G
H
 
S
S
 
S
G
 
G
A
 
S
G
 
G
K
 
K
S
 
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
K
 
H
L
 
L
V
 
L
A
 
G
V
 
G
I
 
L
E
 
D
R
 
T
A
 
P
T
 
T
R
 
S
G
 
G
Q
 
D
I
 
V
V
 
I
L
 
F
D
 
N
G
 
G
R
 
Q
N
 
P
I
 
M
T
 
S
R
 
K
A
 
L
S
 
S
N
 
S
R
 
A
E
 
A
I
 
K
P
 
A
Y
 
E
I
 
L
R
 
R
-
 
N
R
 
Q
K
 
K
L
 
L
G
 
G
L
 
F
I
 
I
F
 
Y
Q
 
Q
D
 
F
Y
 
H
K
 
H
L
 
L
L
 
L
Y
 
P
D
 
D
R
 
F
S
 
T
V
 
A
F
 
L
D
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
M
P
 
P
L
 
L
V
 
L
I
 
I
A
 
G
G
 
K
F
 
K
N
 
K
P
 
P
G
 
A
E
 
E
V
 
I
S
 
N
R
 
S
R
 
R
V
 
A
R
 
L
A
 
E
A
 
M
L
 
L
G
 
K
K
 
A
V
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
D
S
 
H
K
 
R
E
 
A
K
 
N
R
 
H
L
 
R
P
 
P
Q
 
S
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
L
V
 
V
H
 
N
K
 
N
P
 
P
D
 
R
F
 
L
I
 
V
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
A
E
 
R
A
 
N
A
 
A
R
 
D
E
 
S
V
 
I
M
 
F
D
 
Q
I
 
L
F
 
L
R
 
G
D
 
E
F
 
L
N
 
N
D
 
R
L
 
L
-
 
Q
G
 
G
V
 
T
T
 
A
L
 
F
L
 
L
I
 
V
A
 
V
S
 
T
H
 
H
D
 
D
E
 
L
Q
 
Q
L
 
L
I
 
A
S
 
K
R
 
R
C
 
M
G
 
-
G
 
S
R
 
R
V
 
Q
L
 
L
R
 
E
L
 
M
Q
 
R
R
 
D
G
 
G
S
 
R
L
 
L
S
 
T

7mdyC Lolcde nucleotide-bound
40% identity, 98% coverage: 1:216/220 of query aligns to 2:221/226 of 7mdyC

query
sites
7mdyC
M
 
L
L
 
L
E
 
Q
F
 
C
K
 
D
E
 
N
V
 
L
Y
 
C
K
 
K
R
 
R
Y
|
Y
P
 
Q
E
 
E
F
 
G
G
 
S
-
 
V
-
 
Q
-
 
T
E
 
D
A
 
V
L
 
L
H
 
H
D
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
F
H
 
S
I
 
V
G
 
G
R
 
E
G
 
G
E
 
E
R
 
M
V
 
M
F
 
A
L
 
I
T
 
V
G
 
G
H
 
S
S
 
S
G
|
G
A
x
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
K
 
H
L
 
L
V
 
L
A
 
G
V
 
G
I
 
L
E
 
D
R
 
T
A
 
P
T
 
T
R
 
S
G
 
G
Q
 
D
I
 
V
V
 
I
L
 
F
D
 
N
G
 
G
R
 
Q
N
 
P
I
 
M
T
 
S
R
 
K
A
 
L
S
 
S
N
 
S
R
 
A
E
 
A
I
 
K
P
 
A
Y
 
E
I
 
L
R
 
R
-
 
N
R
 
Q
K
 
K
L
 
L
G
 
G
L
 
F
I
 
I
F
 
Y
Q
|
Q
D
 
F
Y
 
H
K
 
H
L
 
L
L
 
L
Y
 
P
D
 
D
R
 
F
S
 
T
V
 
A
F
 
L
D
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
M
P
 
P
L
 
L
V
 
L
I
 
I
A
 
G
G
 
K
F
 
K
N
 
K
P
 
P
G
 
A
E
 
E
V
 
I
S
 
N
R
 
S
R
 
R
V
 
A
R
 
L
A
 
E
A
 
M
L
 
L
G
 
K
K
 
A
V
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
D
S
 
H
K
 
R
E
 
A
K
 
N
R
x
H
L
 
R
P
 
P
Q
 
S
T
x
E
L
 
L
S
|
S
G
|
G
G
|
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
L
V
 
V
H
 
N
K
 
N
P
 
P
D
 
R
F
 
L
I
 
V
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
|
E
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
|
N
L
 
L
D
 
D
P
 
A
E
 
R
A
 
N
A
 
A
R
 
D
E
 
S
V
 
I
M
 
F
D
 
Q
I
 
L
F
 
L
R
 
G
D
 
E
F
 
L
N
 
N
D
 
R
L
 
L
-
 
Q
G
 
G
V
 
T
T
 
A
L
 
F
L
 
L
I
 
V
A
 
V
S
 
T
H
|
H
D
 
D
E
 
L
Q
 
Q
L
 
L
I
 
A
S
 
K
R
 
R
C
 
M
G
 
-
G
 
S
R
 
R
V
 
Q
L
 
L
R
 
E
L
 
M
Q
 
R
R
 
D
G
 
G
S
 
R
L
 
L
S
 
T

7arlD Lolcde in complex with lipoprotein and adp (see paper)
40% identity, 98% coverage: 1:216/220 of query aligns to 2:221/222 of 7arlD

query
sites
7arlD
M
 
L
L
 
L
E
 
Q
F
 
C
K
 
D
E
 
N
V
 
L
Y
 
C
K
 
K
R
 
R
Y
 
Y
P
 
Q
E
 
E
F
 
G
G
 
S
-
 
V
-
 
Q
-
 
T
E
 
D
A
 
V
L
 
L
H
 
H
D
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
F
H
 
S
I
 
V
G
 
G
R
 
E
G
 
G
E
 
E
R
 
M
V
 
M
F
 
A
L
 
I
T
 
V
G
 
G
H
 
S
S
 
S
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
 
T
L
 
L
L
 
L
K
 
H
L
 
L
V
 
L
A
 
G
V
 
G
I
 
L
E
 
D
R
 
T
A
 
P
T
 
T
R
 
S
G
 
G
Q
 
D
I
 
V
V
 
I
L
 
F
D
 
N
G
 
G
R
 
Q
N
 
P
I
 
M
T
 
S
R
 
K
A
 
L
S
 
S
N
 
S
R
 
A
E
 
A
I
 
K
P
 
A
Y
 
E
I
 
L
R
 
R
-
 
N
R
 
Q
K
 
K
L
 
L
G
 
G
L
 
F
I
 
I
F
 
Y
Q
 
Q
D
 
F
Y
 
H
K
 
H
L
 
L
L
 
L
Y
 
P
D
 
D
R
 
F
S
 
T
V
 
A
F
 
L
D
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
M
P
 
P
L
 
L
V
 
L
I
 
I
A
 
G
G
 
K
F
 
K
N
 
K
P
 
P
G
 
A
E
 
E
V
 
I
S
 
N
R
 
S
R
 
R
V
 
A
R
 
L
A
 
E
A
 
M
L
 
L
G
 
K
K
 
A
V
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
D
S
 
H
K
 
R
E
 
A
K
 
N
R
 
H
L
 
R
P
 
P
Q
 
S
T
 
E
L
 
L
S
 
S
G
 
G
G
 
G
E
 
E
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
L
V
 
V
H
 
N
K
 
N
P
 
P
D
 
R
F
 
L
I
 
V
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
E
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
A
E
 
R
A
 
N
A
 
A
R
 
D
E
 
S
V
 
I
M
 
F
D
 
Q
I
 
L
F
 
L
R
 
G
D
 
E
F
 
L
N
 
N
D
 
R
L
 
L
-
 
Q
G
 
G
V
 
T
T
 
A
L
 
F
L
 
L
I
 
V
A
 
V
S
 
T
H
 
H
D
 
D
E
 
L
Q
 
Q
L
 
L
I
 
A
S
 
K
R
 
R
C
 
M
G
 
-
G
 
S
R
 
R
V
 
Q
L
 
L
R
 
E
L
 
M
Q
 
R
R
 
D
G
 
G
S
 
R
L
 
L
S
 
T

7v8iD Lolcd(e171q)e with bound amppnp in nanodiscs (see paper)
39% identity, 98% coverage: 1:216/220 of query aligns to 4:223/229 of 7v8iD

query
sites
7v8iD
M
 
L
L
 
L
E
 
Q
F
 
C
K
 
D
E
 
N
V
 
L
Y
 
C
K
 
K
R
 
R
Y
 
Y
P
 
Q
E
 
E
F
 
G
G
 
S
-
 
V
-
 
Q
-
 
T
E
 
D
A
x
V
L
 
L
H
 
H
D
 
N
V
 
V
S
 
S
F
 
F
H
 
S
I
 
V
G
 
G
R
 
E
G
 
G
E
 
E
R
 
M
V
 
M
F
 
A
L
 
I
T
 
V
G
 
G
H
 
S
S
|
S
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
L
K
 
H
L
 
L
V
 
L
A
 
G
V
 
G
I
 
L
E
 
D
R
 
T
A
 
P
T
 
T
R
 
S
G
 
G
Q
 
D
I
 
V
V
 
I
L
 
F
D
 
N
G
 
G
R
 
Q
N
 
P
I
 
M
T
 
S
R
 
K
A
 
L
S
 
S
N
 
S
R
 
A
E
 
A
I
 
K
P
 
A
Y
 
E
I
 
L
R
 
R
-
 
N
R
 
Q
K
 
K
L
 
L
G
 
G
L
 
F
I
 
I
F
 
Y
Q
|
Q
D
 
F
Y
 
H
K
 
H
L
 
L
L
 
L
Y
 
P
D
 
D
R
 
F
S
 
T
V
 
A
F
 
L
D
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
M
P
 
P
L
 
L
V
 
L
I
 
I
A
 
G
G
 
K
F
 
K
N
 
K
P
 
P
G
 
A
E
 
E
V
 
I
S
 
N
R
 
S
R
 
R
V
 
A
R
 
L
A
 
E
A
 
M
L
 
L
G
 
K
K
 
A
V
 
V
G
 
G
L
 
L
L
 
D
S
 
H
K
x
R
E
 
A
K
 
N
R
x
H
L
 
R
P
 
P
Q
 
S
T
x
E
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
E
|
E
Q
 
R
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
A
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
L
V
 
V
H
 
N
K
 
N
P
 
P
D
 
R
F
 
L
I
 
V
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
N
L
 
L
D
 
D
P
 
A
E
 
R
A
 
N
A
 
A
R
 
D
E
 
S
V
 
I
M
 
F
D
 
Q
I
 
L
F
 
L
R
 
G
D
 
E
F
 
L
N
 
N
D
 
R
L
 
L
-
 
Q
G
 
G
V
 
T
T
 
A
L
 
F
L
 
L
I
 
V
A
 
V
S
 
T
H
|
H
D
 
D
E
 
L
Q
 
Q
L
 
L
I
 
A
S
 
K
R
 
R
C
 
M
G
 
-
G
 
S
R
 
R
V
 
Q
L
 
L
R
 
E
L
 
M
Q
 
R
R
 
D
G
 
G
S
 
R
L
 
L
S
 
T

5lilA Structure of aggregatibacter actinomycetemcomitans macb bound to atpys (p21) (see paper)
37% identity, 98% coverage: 1:215/220 of query aligns to 3:220/615 of 5lilA

query
sites
5lilA
M
 
I
L
 
I
E
 
E
F
 
I
K
 
K
E
 
Q
V
 
L
Y
 
N
K
 
R
R
 
Y
Y
x
F
P
 
G
E
 
E
F
 
-
G
 
G
E
 
E
-
 
N
-
 
R
-
 
V
-
 
H
A
x
V
L
 
L
H
 
K
D
 
D
V
 
I
S
 
S
F
 
L
H
 
S
I
 
I
G
 
E
R
 
R
G
 
G
E
 
D
R
 
F
V
 
V
F
 
A
L
 
I
T
 
M
G
 
G
H
 
Q
S
|
S
G
|
G
A
 
S
G
|
G
K
|
K
S
|
S
T
|
T
L
 
L
L
 
M
K
 
N
L
 
I
V
 
I
A
 
G
V
 
C
I
 
L
E
 
D
R
 
T
A
 
A
T
 
T
R
 
G
G
 
G
Q
 
S
I
 
S
V
 
K
L
 
I
D
 
D
G
 
G
R
 
K
N
 
E
I
 
T
T
 
I
R
 
E
A
 
L
S
 
T
N
 
N
R
 
D
E
 
Q
I
 
L
P
 
S
Y
 
D
I
 
L
R
 
R
-
 
S
R
 
Q
K
 
K
L
 
F
G
 
G
L
 
F
I
 
I
F
 
F
Q
|
Q
D
 
R
Y
 
Y
K
 
N
L
 
L
L
 
L
Y
 
S
D
 
S
R
 
L
S
 
T
V
 
A
F
 
A
D
 
E
N
 
N
V
 
V
A
 
A
L
 
L
P
 
P
L
 
A
V
 
I
I
 
Y
A
 
A
G
 
G
F
 
M
N
 
P
P
 
Q
G
 
S
E
 
Q
V
 
R
S
 
L
R
 
E
R
 
R
V
 
A
R
 
K
A
 
Q
A
 
L
L
 
L
G
 
E
K
 
K
V
 
L
G
 
G
L
 
L
L
 
G
S
 
D
K
|
K
E
 
W
K
 
Q
R
 
N
L
 
K
P
 
P
Q
 
N
T
x
Q
L
 
L
S
|
S
G
 
G
G
|
G
E
x
Q
Q
 
Q
Q
 
Q
R
 
R
V
 
V
G
 
S
I
 
I
A
 
A
R
 
R
A
 
A
I
 
L
V
 
M
H
 
N
K
 
G
P
 
G
D
 
E
F
 
I
I
 
I
L
 
L
A
 
A
D
 
D
E
 
Q
P
 
P
T
 
T
G
 
G
N
 
A
L
 
L
D
 
D
P
 
S
E
 
H
A
 
S
A
 
G
R
 
E
E
 
N
V
 
V
M
 
M
D
 
E
I
 
I
F
 
L
R
 
R
D
 
Q
F
 
L
N
 
H
D
 
E
L
 
E
G
 
G
V
 
H
T
 
T
L
 
I
L
 
I
I
 
M
A
 
V
S
 
T
H
 
H
D
 
D
E
 
K
Q
 
H
L
 
-
I
 
I
S
 
A
R
 
A
C
 
S
G
 
A
G
 
N
R
 
R
V
 
I
L
 
I
R
 
E
L
 
I
Q
 
K
R
 
D
G
 
G
S
 
E
L
 
I

Query Sequence

>WP_010959504.1 NCBI__GCF_000008325.1:WP_010959504.1
MLEFKEVYKRYPEFGEALHDVSFHIGRGERVFLTGHSGAGKSTLLKLVAVIERATRGQIV
LDGRNITRASNREIPYIRRKLGLIFQDYKLLYDRSVFDNVALPLVIAGFNPGEVSRRVRA
ALGKVGLLSKEKRLPQTLSGGEQQRVGIARAIVHKPDFILADEPTGNLDPEAAREVMDIF
RDFNDLGVTLLIASHDEQLISRCGGRVLRLQRGSLSEVGA

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory