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SitesBLAST – Find functional sites

SitesBLAST

Comparing WP_010960935.1 NCBI__GCF_000008325.1:WP_010960935.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

P0A1P6 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 4 papers)
72% identity, 100% coverage: 1:469/469 of query aligns to 1:469/469 of P0A1P6

query
sites
P0A1P6

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E130 (= E130) binding Mn(2+)
E132 (= E132) binding Mn(2+)
E208 (= E208) binding ATP
E213 (= E213) binding Mn(2+)
E221 (= E221) binding Mn(2+)
NG 265:266 (= NG 265:266) binding L-glutamate
H270 (= H270) binding Mn(2+)
HMS 272:274 (≠ HQS 272:274) binding ATP
R322 (= R322) binding L-glutamate
E358 (= E358) binding Mn(2+)
R360 (= R360) binding L-glutamate

1fpyA Crystal structure of glutamine synthetase from salmonella typhimurium with inhibitor phosphinothricin (see paper)
72% identity, 99% coverage: 6:469/469 of query aligns to 5:468/468 of 1fpyA

query
sites
1fpyA

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binding adenosine-5'-diphosphate: G127 (= G128), E129 (= E130), E207 (= E208), T223 (≠ V224), F225 (≠ C226), H271 (= H272), S273 (= S274), R355 (= R356), E357 (= E358)
binding manganese (ii) ion: E129 (= E130), E131 (= E132), E212 (= E213), E220 (= E221), H269 (= H270), E357 (= E358)
binding phosphinothricin: E131 (= E132), E212 (= E213), G265 (= G266), H269 (= H270), R321 (= R322), E327 (= E328), R359 (= R360)

1f1hA Crystal structure of glutamine synthetase from salmonella typhimurium with thallium ions (see paper)
72% identity, 99% coverage: 6:469/469 of query aligns to 5:468/468 of 1f1hA

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sites
1f1hA

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binding adenosine-5'-diphosphate: E129 (= E130), E207 (= E208), H210 (= H211), E220 (= E221), T223 (≠ V224), F225 (≠ C226), H271 (= H272), S273 (= S274), R355 (= R356)
binding manganese (ii) ion: E129 (= E130), E131 (= E132), E212 (= E213), E220 (= E221), H269 (= H270), E357 (= E358)

P0A9C5 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
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P0A9C5

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M1 (= M1) modified: Initiator methionine, Removed
Y398 (= Y398) modified: O-AMP-tyrosine

2lgsA Feedback inhibition of fully unadenylylated glutamine synthetase from salmonella typhimurium by glycine, alanine, and serine (see paper)
68% identity, 99% coverage: 6:469/469 of query aligns to 5:445/445 of 2lgsA

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sites
2lgsA

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binding glutamic acid: E125 (= E132), N258 (= N265), G259 (= G266), G261 (= G268), H263 (= H270), R315 (= R322), R349 (= R360)
binding manganese (ii) ion: E123 (= E130), E125 (= E132), E206 (= E213), E214 (= E221), H263 (= H270), E347 (= E358)

1lgrA Interactions of nucleotides with fully unadenylylated glutamine synthetase from salmonella typhimurium (see paper)
68% identity, 99% coverage: 6:469/469 of query aligns to 5:445/445 of 1lgrA

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sites
1lgrA

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binding adenosine monophosphate: E201 (= E208), T217 (≠ V224), F219 (≠ C226), H265 (= H272), S267 (= S274), R345 (= R356)
binding manganese (ii) ion: E123 (= E130), E125 (= E132), E206 (= E213), E214 (= E221), H263 (= H270), E347 (= E358)

P77961 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa)
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P77961

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E134 (= E132) binding Mg(2+)
E215 (= E213) binding Mg(2+)
E223 (= E221) binding Mg(2+)
E361 (= E358) binding Mn(2+)

3ng0A Crystal structure of glutamine synthetase from synechocystis sp. Pcc 6803
54% identity, 99% coverage: 2:467/469 of query aligns to 2:463/465 of 3ng0A

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sites
3ng0A

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active site: D51 (= D51), E130 (= E130), E132 (= E132), E213 (= E213), E221 (= E221), H270 (= H270), R340 (= R340), E359 (= E358), R361 (= R360)
binding phosphoaminophosphonic acid-adenylate ester: Y126 (≠ L126), E130 (= E130), K209 (≠ V209), I224 (≠ V224), F226 (≠ C226), H272 (= H272), S274 (= S274), R340 (= R340), R345 (= R345), R357 (= R356)
binding manganese (ii) ion: E130 (= E130), E132 (= E132), E213 (= E213), E221 (= E221), H270 (= H270), E359 (= E358), R361 (= R360)

A0R079 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
53% identity, 100% coverage: 2:469/469 of query aligns to 5:478/478 of A0R079

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sites
A0R079

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K14 (= K11) modified: Isoglutamyl lysine isopeptide (Lys-Gln) (interchain with Q-Cter in protein Pup)

4acfA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with imidazopyridine inhibitor ((4-(6-bromo-3- (butylamino)imidazo(1,2-a)pyridin-2-yl)phenoxy) acetic acid) and l- methionine-s-sulfoximine phosphate.
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3zxvA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with tri-substituted imidazole inhibitor (4-(2-tert-butyl- 4-(6-methoxynaphthalen-2-yl)-1h-imidazol-5-yl)pyridin-2-amine) and l- methionine-s-sulfoximine phosphate (see paper)
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3zxrA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with tri-substituted imidazole inhibitor (3-(2-tert-butyl- 5-(pyridin-4-yl)-1h-imidazol-4-yl)quinoline) and l-methionine-s- sulfoximine phosphate. (see paper)
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2bvcA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with a transition state mimic (see paper)
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1htoA Crystallographic structure of a relaxed glutamine synthetase from mycobacterium tuberculosis (see paper)
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active site: D53 (= D51), E132 (= E130), E134 (= E132), E218 (= E213), E226 (= E221), H275 (= H270), R346 (= R340), E365 (= E358), R367 (= R360)
binding adenosine monophosphate: Y128 (≠ L126), G130 (= G128), E132 (= E130), F231 (≠ C226), H277 (= H272), S279 (= S274), R363 (= R356)
binding manganese (ii) ion: E132 (= E130), H275 (= H270), E365 (= E358)

P9WN39 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see 5 papers)
52% identity, 100% coverage: 2:469/469 of query aligns to 5:478/478 of P9WN39

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sites
P9WN39

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Y406 (= Y398) modified: O-AMP-tyrosine; mutation to F: Unable to be adenylylated.

Sites not aligning to the query:

1 modified: Initiator methionine, Removed

2whiA Crystal structure of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase in complex with a purine analogue inhibitor and l-methionine-s- sulfoximine phosphate. (see paper)
52% identity, 100% coverage: 2:469/469 of query aligns to 3:476/476 of 2whiA

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sites
2whiA

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4xycA Nanomolar inhibitors of mycobacterium tuberculosis glutamine synthetase 1: synthesis, biological evaluation and x-ray crystallographic studies (see paper)
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4xycA

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5zlpJ Crystal structure of glutamine synthetase from helicobacter pylori (see paper)
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5zlpJ

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binding adenosine-5'-diphosphate: Y132 (≠ L126), E136 (= E130), F215 (≠ E208), F232 (≠ C226), H278 (= H272), S280 (= S274), R351 (= R345), R362 (= R356)
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5zlpL Crystal structure of glutamine synthetase from helicobacter pylori (see paper)
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binding adenosine-5'-diphosphate: G132 (= G128), E134 (= E130), F213 (≠ E208), F230 (≠ C226), H276 (= H272), S278 (= S274), R349 (= R345), R360 (= R356)
binding magnesium ion: E136 (= E132), E218 (= E213), E225 (= E221)
binding (2s)-2-amino-4-[methyl(phosphonooxy)phosphoryl]butanoic acid: E136 (= E132), E218 (= E213), G270 (= G266), H274 (= H270), E332 (= E328), R344 (= R340), R364 (= R360)

5zlpA Crystal structure of glutamine synthetase from helicobacter pylori (see paper)
50% identity, 99% coverage: 4:468/469 of query aligns to 8:475/476 of 5zlpA

query
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5zlpA

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ALDKDREFLTRGGVFTDDMIDAYLDLKGQEVTRLRMSTHPVEFDMYYSL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory