SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_010966883.1 NCBI__GCF_000008765.1:WP_010966883.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

4zv2A An ancestral arginine-binding protein bound to glutamine (see paper)
45% identity, 82% coverage: 44:260/264 of query aligns to 8:224/225 of 4zv2A

query
sites
4zv2A
I
 
V
G
 
G
I
 
T
D
x
E
D
 
A
T
 
T
Y
x
F
P
 
P
P
 
P
M
 
F
E
 
G
F
 
F
K
 
K
D
 
D
K
 
E
A
 
-
T
 
N
G
 
G
K
 
K
V
 
L
S
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
M
 
L
A
 
A
N
 
K
A
 
A
I
 
I
A
 
A
K
 
K
K
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
T
 
V
K
 
E
F
 
F
V
 
K
P
 
P
N
 
M
S
 
D
F
|
F
D
 
D
G
 
G
I
 
I
F
 
I
L
 
P
A
 
A
L
 
L
K
 
Q
S
 
S
K
 
G
K
 
K
F
 
I
D
 
D
V
 
V
V
 
V
H
 
I
S
 
A
S
x
G
I
x
M
S
x
T
I
 
I
T
 
T
D
 
E
E
 
E
R
|
R
K
 
K
K
 
K
A
 
Q
M
 
V
I
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
I
 
F
Y
 
E
G
 
A
G
 
G
N
 
Q
A
 
A
I
 
I
F
 
V
V
 
V
K
 
K
S
 
K
D
 
G
N
 
N
T
 
D
T
 
S
I
 
I
K
 
K
N
 
S
E
 
L
K
 
E
D
 
D
F
 
L
N
 
K
N
 
G
Q
 
K
V
 
K
V
 
V
G
 
G
C
 
V
E
 
Q
V
 
L
G
 
G
T
x
S
T
|
T
A
 
S
Q
 
E
D
 
Q
V
 
H
L
 
V
A
 
K
K
 
K
I
 
V
S
 
A
G
 
A
I
 
G
K
 
V
E
 
K
V
 
V
K
 
K
K
 
K
Y
 
F
N
 
D
A
 
N
M
 
F
T
 
S
D
 
E
A
 
A
F
 
F
L
 
Q
D
 
E
L
 
L
Q
 
K
N
 
S
G
 
G
R
 
R
I
 
V
A
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
V
S
 
T
D
|
D
P
 
N
M
 
A
V
 
V
G
 
A
D
 
L
Y
 
A
Y
 
Y
N
 
V
V
 
K
T
 
Q
D
 
N
P
 
P
-
 
N
G
 
A
K
 
G
F
 
V
K
 
K
K
 
I
L
 
V
E
 
G
S
 
E
S
 
T
L
 
F
T
 
S
Q
 
G
E
 
E
P
 
P
I
 
Y
G
 
G
V
 
I
A
 
A
F
 
V
R
 
R
K
 
K
E
 
G
D
 
N
K
 
S
S
 
E
L
 
L
R
 
L
D
 
E
A
 
K
Y
 
I
N
 
N
K
 
K
A
 
A
I
 
L
K
 
E
E
 
E
L
 
M
K
 
K
K
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
T
M
 
Y
S
 
D
K
 
K
L
 
I
S
 
Y
K
 
E
K
 
K
W
 
W
F
 
F
G
 
G

4zv1A An ancestral arginine-binding protein bound to arginine (see paper)
46% identity, 82% coverage: 44:260/264 of query aligns to 8:226/226 of 4zv1A

query
sites
4zv1A
I
 
V
G
 
G
I
 
T
D
x
E
D
 
A
T
 
T
Y
x
F
P
 
P
P
 
P
M
 
F
E
 
G
F
 
F
K
 
K
D
 
D
K
 
E
A
 
-
T
 
N
G
 
G
K
 
K
V
 
L
S
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
M
 
L
A
 
A
N
 
K
A
 
A
I
 
I
A
 
A
K
 
K
K
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
T
 
V
K
 
E
F
 
F
V
 
K
P
 
P
N
 
M
S
 
D
F
|
F
D
 
D
G
 
G
I
 
I
F
 
I
L
 
P
A
 
A
L
 
L
K
 
Q
S
 
S
K
 
G
K
 
K
F
 
I
D
 
D
V
 
V
V
 
V
H
 
I
S
x
A
S
x
G
I
x
M
S
x
T
I
 
I
T
 
T
D
 
E
E
 
E
R
|
R
K
 
K
K
 
K
A
 
Q
M
 
V
I
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
I
 
F
Y
 
E
G
 
A
G
 
G
N
 
Q
A
 
A
I
 
I
F
 
V
V
 
V
K
 
K
S
 
K
D
 
G
N
 
N
T
 
D
T
 
S
I
 
I
K
 
K
N
 
S
E
 
L
K
 
E
D
 
D
F
 
L
N
 
K
N
 
G
Q
 
K
V
 
K
V
 
V
G
 
G
C
 
V
E
x
Q
V
 
L
G
 
G
T
x
S
T
|
T
A
 
S
Q
 
E
D
 
Q
V
 
H
L
 
V
A
 
K
K
 
K
I
 
V
-
 
A
-
 
K
-
 
D
S
 
A
G
 
G
I
 
V
K
 
K
E
 
-
V
 
V
K
 
K
K
 
K
Y
 
F
N
 
D
A
 
N
M
 
F
T
 
S
D
 
E
A
 
A
F
 
F
L
 
Q
D
 
E
L
 
L
Q
 
K
N
 
S
G
 
G
R
 
R
I
 
V
A
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
V
S
 
T
D
|
D
P
 
N
M
 
A
V
 
V
G
 
A
D
 
L
Y
 
A
Y
 
Y
N
 
V
V
 
K
T
 
Q
D
 
N
P
 
P
-
 
N
G
 
A
K
 
G
F
 
V
K
 
K
K
 
I
L
 
V
E
 
G
S
 
E
S
 
T
L
 
F
T
 
S
Q
 
G
E
 
E
P
 
P
I
 
Y
G
 
G
V
 
I
A
 
A
F
 
V
R
 
R
K
 
K
E
 
G
D
 
N
K
 
S
S
 
E
L
 
L
R
 
L
D
 
E
A
 
K
Y
 
I
N
 
N
K
 
K
A
 
A
I
 
L
K
 
E
E
 
E
L
 
M
K
 
K
K
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
T
M
 
Y
S
 
D
K
 
K
L
 
I
S
 
Y
K
 
E
K
 
K
W
 
W
F
 
F
G
 
G

3vv5A Crystal structure of ttc0807 complexed with (s)-2-aminoethyl-l- cysteine (aec) (see paper)
38% identity, 88% coverage: 32:263/264 of query aligns to 5:234/237 of 3vv5A

query
sites
3vv5A
S
 
S
L
 
F
E
 
E
R
 
E
V
 
I
K
 
K
K
 
R
A
 
S
K
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
R
I
 
I
G
 
G
I
 
T
D
x
E
D
 
G
T
 
A
Y
x
F
P
 
P
P
 
P
M
 
F
E
x
N
F
 
Y
K
 
F
D
 
D
K
 
E
A
 
R
T
 
N
G
 
-
K
 
Q
V
 
L
S
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
E
I
 
V
D
 
D
M
 
L
A
 
G
N
 
N
A
 
A
I
 
I
A
 
A
K
 
E
K
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
L
K
 
K
T
 
P
K
 
R
F
 
W
V
 
I
P
 
A
N
 
Q
S
 
S
F
|
F
D
 
D
G
 
T
I
 
L
F
 
L
L
 
I
A
 
Q
L
 
L
K
 
N
S
 
Q
K
 
G
K
 
R
F
 
F
D
 
D
V
 
F
V
 
V
H
 
I
S
x
A
S
|
S
I
 
H
S
x
G
I
 
I
T
 
T
D
 
E
E
 
E
R
|
R
K
 
A
K
 
R
A
 
A
M
 
V
I
 
D
F
 
F
S
 
T
D
 
N
P
 
P
Y
 
H
I
 
Y
Y
 
C
G
 
T
G
 
G
N
 
G
A
 
V
I
 
I
F
 
V
V
 
S
K
 
R
S
 
K
D
 
G
N
 
G
T
 
P
T
 
-
I
 
-
K
 
R
N
 
T
E
 
A
K
 
K
D
 
D
F
 
L
N
 
Q
N
 
G
Q
 
K
V
 
V
V
 
V
G
 
G
C
 
V
E
 
Q
V
 
V
G
 
G
T
|
T
T
|
T
A
x
Y
Q
 
M
D
 
E
V
 
A
L
 
A
A
 
Q
K
 
K
I
 
I
S
 
P
G
 
G
I
 
I
K
 
K
E
 
E
V
 
V
K
 
R
K
 
T
Y
 
Y
N
 
Q
A
 
R
M
 
D
T
 
P
D
 
D
A
 
A
F
 
L
L
 
Q
D
 
D
L
 
L
Q
 
L
N
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
I
A
 
-
A
 
-
V
 
-
V
 
-
S
 
-
D
 
D
P
 
T
M
 
W
V
 
I
G
 
T
D
 
D
Y
 
R
Y
 
F
N
 
V
V
 
A
T
 
K
D
 
E
P
 
A
G
 
I
K
 
K
F
 
E
K
 
R
K
 
K
L
 
L
E
 
E
S
 
N
S
 
T
L
 
L
T
 
Q
-
 
V
-
 
G
-
 
E
-
 
L
-
 
V
-
 
F
Q
 
Q
E
 
E
P
 
R
I
 
V
G
 
A
V
 
M
A
 
A
F
 
V
R
 
A
K
 
K
E
 
G
D
 
N
K
 
K
S
 
S
L
 
L
R
 
L
D
 
D
A
 
A
Y
 
L
N
 
N
K
 
R
A
 
A
I
 
L
K
 
A
E
 
E
L
 
L
K
 
M
K
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
T
M
 
Y
S
 
A
K
 
R
L
 
I
S
 
S
K
 
Q
K
 
K
W
 
W
F
 
F
G
 
G
I
 
E
D
 
D
V
 
V

3vvfA Crystal structure of ttc0807 complexed with arginine (see paper)
38% identity, 88% coverage: 32:263/264 of query aligns to 9:238/241 of 3vvfA

query
sites
3vvfA
S
 
S
L
 
F
E
 
E
R
 
E
V
 
I
K
 
K
K
 
R
A
 
S
K
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
R
I
 
I
G
 
G
I
 
T
D
x
E
D
 
G
T
 
A
Y
x
F
P
 
P
P
 
P
M
 
F
E
 
N
F
 
Y
K
 
F
D
 
D
K
 
E
A
 
R
T
 
N
G
 
-
K
 
Q
V
 
L
S
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
E
I
 
V
D
 
D
M
 
L
A
 
G
N
 
N
A
 
A
I
 
I
A
 
A
K
 
E
K
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
L
K
 
K
T
 
P
K
 
R
F
 
W
V
 
I
P
 
A
N
 
Q
S
 
S
F
|
F
D
 
D
G
 
T
I
 
L
F
 
L
L
 
I
A
 
Q
L
 
L
K
 
N
S
 
Q
K
 
G
K
 
R
F
 
F
D
 
D
V
 
F
V
 
V
H
 
I
S
x
A
S
|
S
I
x
H
S
x
G
I
 
I
T
 
T
D
 
E
E
 
E
R
|
R
K
 
A
K
 
R
A
 
A
M
 
V
I
 
D
F
 
F
S
 
T
D
 
N
P
 
P
Y
 
H
I
 
Y
Y
 
C
G
 
T
G
 
G
N
 
G
A
 
V
I
 
I
F
 
V
V
 
S
K
 
R
S
 
K
D
 
G
N
 
G
T
 
P
T
 
-
I
 
-
K
 
R
N
 
T
E
 
A
K
 
K
D
 
D
F
 
L
N
 
Q
N
 
G
Q
 
K
V
 
V
V
 
V
G
 
G
C
 
V
E
x
Q
V
 
V
G
 
G
T
|
T
T
|
T
A
x
Y
Q
 
M
D
 
E
V
 
A
L
 
A
A
 
Q
K
 
K
I
 
I
S
 
P
G
 
G
I
 
I
K
 
K
E
 
E
V
 
V
K
 
R
K
 
T
Y
 
Y
N
 
Q
A
 
R
M
 
D
T
 
P
D
 
D
A
 
A
F
 
L
L
 
Q
D
 
D
L
 
L
Q
 
L
N
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
I
A
 
-
A
 
-
V
 
-
V
 
-
S
 
-
D
 
D
P
 
T
M
 
W
V
 
I
G
 
T
D
 
D
Y
 
R
Y
 
F
N
 
V
V
 
A
T
 
K
D
 
E
P
 
A
G
 
I
K
 
K
F
 
E
K
 
R
K
 
K
L
 
L
E
 
E
S
 
N
S
 
T
L
 
L
T
 
Q
-
 
V
-
 
G
-
 
E
-
 
L
-
 
V
-
 
F
Q
 
Q
E
|
E
P
 
R
I
 
V
G
 
A
V
 
M
A
 
A
F
 
V
R
 
A
K
 
K
E
 
G
D
 
N
K
 
K
S
 
S
L
 
L
R
 
L
D
 
D
A
 
A
Y
 
L
N
 
N
K
 
R
A
 
A
I
 
L
K
 
A
E
 
E
L
 
L
K
 
M
K
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
T
M
 
Y
S
 
A
K
 
R
L
 
I
S
 
S
K
 
Q
K
 
K
W
 
W
F
 
F
G
 
G
I
 
E
D
 
D
V
 
V

3vveA Crystal structure of ttc0807 complexed with lysine (see paper)
38% identity, 88% coverage: 32:263/264 of query aligns to 9:238/241 of 3vveA

query
sites
3vveA
S
 
S
L
 
F
E
 
E
R
 
E
V
 
I
K
 
K
K
 
R
A
 
S
K
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
R
I
 
I
G
 
G
I
 
T
D
x
E
D
 
G
T
 
A
Y
x
F
P
 
P
P
 
P
M
 
F
E
 
N
F
 
Y
K
 
F
D
 
D
K
 
E
A
 
R
T
 
N
G
 
-
K
 
Q
V
 
L
S
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
E
I
 
V
D
 
D
M
 
L
A
 
G
N
 
N
A
 
A
I
 
I
A
 
A
K
 
E
K
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
L
K
 
K
T
 
P
K
 
R
F
 
W
V
 
I
P
 
A
N
 
Q
S
 
S
F
|
F
D
 
D
G
 
T
I
 
L
F
 
L
L
 
I
A
 
Q
L
 
L
K
 
N
S
 
Q
K
 
G
K
 
R
F
 
F
D
 
D
V
 
F
V
 
V
H
 
I
S
 
A
S
|
S
I
x
H
S
 
G
I
 
I
T
 
T
D
 
E
E
 
E
R
|
R
K
 
A
K
 
R
A
 
A
M
 
V
I
 
D
F
 
F
S
 
T
D
 
N
P
 
P
Y
 
H
I
 
Y
Y
 
C
G
 
T
G
 
G
N
 
G
A
 
V
I
 
I
F
 
V
V
 
S
K
 
R
S
 
K
D
 
G
N
 
G
T
 
P
T
 
-
I
 
-
K
 
R
N
 
T
E
 
A
K
 
K
D
 
D
F
 
L
N
 
Q
N
 
G
Q
 
K
V
 
V
V
 
V
G
 
G
C
 
V
E
x
Q
V
 
V
G
 
G
T
|
T
T
|
T
A
x
Y
Q
 
M
D
 
E
V
 
A
L
 
A
A
 
Q
K
 
K
I
 
I
S
 
P
G
 
G
I
 
I
K
 
K
E
 
E
V
 
V
K
 
R
K
 
T
Y
 
Y
N
 
Q
A
 
R
M
 
D
T
 
P
D
 
D
A
 
A
F
 
L
L
 
Q
D
 
D
L
 
L
Q
 
L
N
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
I
A
 
-
A
 
-
V
 
-
V
 
-
S
 
-
D
 
D
P
 
T
M
 
W
V
 
I
G
 
T
D
 
D
Y
 
R
Y
 
F
N
 
V
V
 
A
T
 
K
D
 
E
P
 
A
G
 
I
K
 
K
F
 
E
K
 
R
K
 
K
L
 
L
E
 
E
S
 
N
S
 
T
L
 
L
T
 
Q
-
 
V
-
 
G
-
 
E
-
 
L
-
 
V
-
 
F
Q
 
Q
E
|
E
P
 
R
I
 
V
G
 
A
V
 
M
A
 
A
F
 
V
R
 
A
K
 
K
E
 
G
D
 
N
K
 
K
S
 
S
L
 
L
R
 
L
D
 
D
A
 
A
Y
 
L
N
 
N
K
 
R
A
 
A
I
 
L
K
 
A
E
 
E
L
 
L
K
 
M
K
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
T
M
 
Y
S
 
A
K
 
R
L
 
I
S
 
S
K
 
Q
K
 
K
W
 
W
F
 
F
G
 
G
I
 
E
D
 
D
V
 
V

3vvdA Crystal structure of ttc0807 complexed with ornithine (see paper)
38% identity, 88% coverage: 32:263/264 of query aligns to 9:238/241 of 3vvdA

query
sites
3vvdA
S
 
S
L
 
F
E
 
E
R
 
E
V
 
I
K
 
K
K
 
R
A
 
S
K
 
G
E
 
E
I
 
I
V
 
R
I
 
I
G
 
G
I
 
T
D
x
E
D
 
G
T
 
A
Y
 
F
P
 
P
P
 
P
M
 
F
E
 
N
F
 
Y
K
 
F
D
 
D
K
 
E
A
 
R
T
 
N
G
 
-
K
 
Q
V
 
L
S
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
E
I
 
V
D
 
D
M
 
L
A
 
G
N
 
N
A
 
A
I
 
I
A
 
A
K
 
E
K
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
L
K
 
K
T
 
P
K
 
R
F
 
W
V
 
I
P
 
A
N
 
Q
S
 
S
F
|
F
D
 
D
G
 
T
I
 
L
F
 
L
L
 
I
A
 
Q
L
 
L
K
 
N
S
 
Q
K
 
G
K
 
R
F
 
F
D
 
D
V
 
F
V
 
V
H
 
I
S
 
A
S
|
S
I
x
H
S
x
G
I
 
I
T
 
T
D
 
E
E
 
E
R
|
R
K
 
A
K
 
R
A
 
A
M
 
V
I
 
D
F
 
F
S
 
T
D
 
N
P
 
P
Y
 
H
I
 
Y
Y
 
C
G
 
T
G
 
G
N
 
G
A
 
V
I
 
I
F
 
V
V
 
S
K
 
R
S
 
K
D
 
G
N
 
G
T
 
P
T
 
-
I
 
-
K
 
R
N
 
T
E
 
A
K
 
K
D
 
D
F
 
L
N
 
Q
N
 
G
Q
 
K
V
 
V
V
 
V
G
 
G
C
 
V
E
x
Q
V
 
V
G
 
G
T
|
T
T
|
T
A
x
Y
Q
 
M
D
 
E
V
 
A
L
 
A
A
 
Q
K
 
K
I
 
I
S
 
P
G
 
G
I
 
I
K
 
K
E
 
E
V
 
V
K
 
R
K
 
T
Y
 
Y
N
 
Q
A
 
R
M
 
D
T
 
P
D
 
D
A
 
A
F
 
L
L
 
Q
D
 
D
L
 
L
Q
 
L
N
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
I
A
 
-
A
 
-
V
 
-
V
 
-
S
 
-
D
 
D
P
 
T
M
 
W
V
 
I
G
 
T
D
 
D
Y
 
R
Y
 
F
N
 
V
V
 
A
T
 
K
D
 
E
P
 
A
G
 
I
K
 
K
F
 
E
K
 
R
K
 
K
L
 
L
E
 
E
S
 
N
S
 
T
L
 
L
T
 
Q
-
 
V
-
 
G
-
 
E
-
 
L
-
 
V
-
 
F
Q
 
Q
E
|
E
P
 
R
I
 
V
G
 
A
V
 
M
A
 
A
F
 
V
R
 
A
K
 
K
E
 
G
D
 
N
K
 
K
S
 
S
L
 
L
R
 
L
D
 
D
A
 
A
Y
 
L
N
 
N
K
 
R
A
 
A
I
 
L
K
 
A
E
 
E
L
 
L
K
 
M
K
 
Q
D
 
D
G
 
G
T
 
T
M
 
Y
S
 
A
K
 
R
L
 
I
S
 
S
K
 
Q
K
 
K
W
 
W
F
 
F
G
 
G
I
 
E
D
 
D
V
 
V

5t0wA Crystal structure of the ancestral amino acid-binding protein anccdt- 1, a precursor of cyclohexadienyl dehydratase
40% identity, 86% coverage: 32:259/264 of query aligns to 2:228/229 of 5t0wA

query
sites
5t0wA
S
 
T
L
 
L
E
 
D
R
 
E
V
 
I
K
 
M
K
 
K
A
 
R
K
 
G
E
 
T
I
 
L
V
 
R
I
 
V
G
 
G
I
 
T
D
|
D
D
 
A
T
 
D
Y
|
Y
P
 
K
P
 
P
M
 
F
E
 
S
F
 
F
K
 
K
D
 
D
K
 
K
A
 
-
T
 
N
G
 
G
K
 
Q
V
 
Y
S
 
T
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
M
 
L
A
 
A
N
 
K
A
 
A
I
 
L
A
 
A
K
 
K
K
 
E
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
T
 
V
K
 
E
F
 
F
V
 
V
P
 
P
N
 
T
S
 
T
F
x
W
D
 
D
G
 
G
I
 
I
F
 
I
L
 
P
A
 
A
L
 
L
K
 
Q
S
 
T
K
 
G
K
 
K
F
 
F
D
 
D
V
 
I
V
 
V
H
 
M
S
|
S
S
x
G
I
x
M
S
x
T
I
 
I
T
 
T
D
 
P
E
 
E
R
|
R
K
 
K
K
 
K
A
 
K
M
 
V
I
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
I
 
M
Y
 
T
G
 
A
G
 
G
N
 
Q
A
 
T
I
 
I
F
 
L
V
 
V
K
 
K
S
 
K
D
 
D
N
 
N
T
 
A
-
 
D
T
 
K
I
 
I
K
 
K
N
 
S
E
 
F
K
 
E
D
 
D
F
 
L
N
 
N
N
 
K
Q
 
P
-
 
D
-
 
V
V
 
K
V
 
V
G
 
A
C
 
V
E
x
Q
V
 
L
G
 
G
T
|
T
T
|
T
A
 
S
Q
 
E
D
 
Q
V
 
A
L
 
A
A
 
K
K
 
E
I
 
F
S
 
L
G
 
P
I
 
K
K
 
A
E
 
K
V
 
I
K
 
R
K
 
T
Y
 
F
N
 
E
A
 
N
M
 
N
T
 
A
D
 
E
A
 
A
F
 
F
L
 
Q
D
 
E
L
 
V
Q
 
V
N
 
S
G
 
G
R
 
R
I
 
A
A
 
D
A
 
A
V
 
M
V
 
V
S
 
T
D
|
D
P
 
S
M
 
P
V
 
V
G
 
A
D
 
A
Y
 
Y
Y
 
Y
N
 
A
V
 
K
T
 
L
D
 
-
P
 
-
G
 
-
K
 
A
F
 
V
K
 
V
K
 
V
L
 
V
E
 
D
S
 
E
S
 
P
L
 
F
T
 
T
Q
 
H
E
 
E
P
 
P
I
 
L
G
 
G
V
 
F
A
 
A
F
 
I
R
 
R
K
 
K
E
 
G
D
 
D
K
 
P
S
 
E
L
 
L
R
 
L
D
 
N
A
 
W
Y
 
V
N
 
N
K
 
N
A
 
W
I
 
L
K
 
K
E
 
Q
L
 
M
K
 
K
K
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
T
M
 
Y
S
 
D
K
 
K
L
 
L
S
 
Y
K
 
E
K
 
K
W
 
W
F
 
F

6svfA Crystal structure of the p235gk mutant of argbp from t. Maritima (see paper)
38% identity, 86% coverage: 32:259/264 of query aligns to 2:227/229 of 6svfA

query
sites
6svfA
S
 
A
L
 
I
E
 
D
R
 
E
V
 
I
K
 
K
K
 
S
A
 
R
K
 
G
E
 
Y
I
 
L
V
 
L
I
 
V
G
 
G
I
 
L
D
 
S
D
 
A
T
 
D
Y
x
F
P
 
P
P
 
P
M
 
F
E
 
E
F
 
F
K
 
V
D
 
D
K
 
E
A
 
-
T
 
N
G
 
G
K
 
N
V
 
I
S
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
M
 
L
A
 
A
N
 
K
A
 
E
I
 
I
A
 
A
K
 
R
K
 
R
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
E
T
 
L
K
 
K
F
 
I
V
 
V
P
 
D
N
 
M
S
 
T
F
|
F
D
 
D
G
 
G
I
 
L
F
 
I
L
 
P
A
 
S
L
 
L
K
 
L
S
 
T
K
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
V
 
V
V
 
I
H
 
I
S
|
S
S
x
G
I
x
M
S
x
T
I
 
I
T
 
T
D
 
E
E
 
E
R
|
R
K
 
K
K
 
K
A
 
V
M
 
V
I
 
A
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
I
 
F
Y
 
D
G
 
A
G
 
G
N
 
Q
A
 
V
I
 
I
F
 
V
V
 
V
K
 
R
S
 
K
D
 
D
N
 
S
T
 
D
-
 
F
T
 
R
I
 
P
K
 
K
N
 
T
E
 
Y
K
 
E
D
 
D
F
 
L
N
 
V
N
 
G
Q
 
K
V
 
T
V
 
V
G
 
A
C
 
V
E
x
Q
V
 
I
G
 
G
T
|
T
T
|
T
A
 
G
Q
 
D
D
 
I
V
 
E
L
 
V
A
 
S
K
 
K
I
 
Y
S
 
D
G
 
G
I
 
I
K
 
K
E
 
-
V
 
V
K
 
V
K
 
R
Y
 
F
N
 
D
A
 
K
M
 
F
T
 
T
D
 
D
A
 
A
F
 
F
L
 
L
D
 
E
L
 
L
Q
 
K
N
 
R
G
 
G
R
 
R
I
 
A
A
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
V
S
 
L
D
|
D
P
 
S
M
 
A
V
 
T
G
 
A
D
 
R
Y
 
A
Y
 
F
N
 
V
V
 
A
T
 
K
D
 
N
P
 
P
G
 
D
K
 
L
F
 
V
K
 
I
K
 
S
L
 
-
E
 
S
S
 
G
S
 
V
L
 
L
T
 
S
Q
 
S
E
 
E
P
 
Q
I
 
Y
G
 
G
V
 
I
A
 
A
F
 
V
R
 
R
K
 
K
E
 
E
D
 
D
K
 
T
S
 
D
L
 
L
R
 
L
D
 
E
A
 
F
Y
 
I
N
 
N
K
 
S
A
 
V
I
 
L
K
 
R
E
 
E
L
 
L
K
 
K
K
 
K
D
 
S
G
 
G
T
 
K
M
 
Y
S
 
D
K
 
V
L
 
L
S
 
I
K
 
E
K
 
K
W
 
W
F
 
F

8eyzA Engineered glutamine binding protein bound to gln and a cobaloxime ligand (see paper)
36% identity, 84% coverage: 40:262/264 of query aligns to 3:224/226 of 8eyzA

query
sites
8eyzA
K
 
K
E
 
K
I
 
L
V
 
V
I
 
V
G
 
A
I
 
T
D
|
D
D
 
T
T
 
A
Y
x
F
P
 
V
P
 
P
M
 
F
E
 
E
F
 
F
K
 
K
D
 
-
K
 
-
A
 
-
T
 
Q
G
 
G
K
 
D
V
 
I
S
 
Y
-
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
M
 
L
A
 
W
N
 
A
A
 
A
I
 
I
A
 
A
K
 
K
K
 
E
L
 
L
G
 
K
V
 
L
K
 
D
T
 
Y
K
 
E
F
 
L
V
 
K
P
 
P
N
 
M
S
 
D
F
|
F
D
 
S
G
 
G
I
 
I
F
 
I
L
 
P
A
 
A
L
 
L
K
 
Q
S
 
T
K
 
K
K
 
N
F
 
V
D
 
D
V
 
L
V
 
A
H
 
L
S
x
A
S
x
G
I
 
I
S
x
T
I
 
I
T
x
C
D
 
D
E
 
E
R
|
R
K
 
K
K
 
K
A
 
A
M
 
I
I
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
G
Y
 
Y
I
 
Y
Y
 
K
G
 
S
G
 
G
N
 
L
A
 
L
I
 
V
F
 
M
V
 
V
K
 
K
S
 
A
D
 
N
N
 
N
T
 
N
T
 
D
I
 
V
K
 
K
N
 
S
E
 
V
K
 
K
D
 
D
F
 
L
N
 
D
N
 
G
Q
 
K
V
 
V
V
 
V
G
 
A
C
 
V
E
 
K
V
 
S
G
 
G
T
 
T
T
x
G
A
 
S
Q
 
V
D
|
D
V
 
Y
L
 
A
A
 
K
K
 
A
I
 
N
S
 
I
G
 
K
I
 
T
K
 
K
E
 
D
V
 
L
K
 
R
K
 
Q
Y
 
F
N
 
P
A
 
N
M
 
I
T
 
D
D
 
N
A
 
A
F
 
Y
L
 
M
D
 
E
L
 
L
Q
 
G
N
 
T
G
 
N
R
 
R
I
 
A
A
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
L
S
 
H
D
|
D
-
 
T
P
 
P
M
 
N
V
 
I
G
 
L
D
 
Y
Y
 
F
Y
 
I
N
 
K
V
 
T
T
 
A
D
 
G
P
 
N
G
 
G
K
 
Q
F
 
F
K
 
K
K
 
A
L
 
V
E
 
G
S
 
D
S
 
S
L
 
L
T
 
E
Q
 
A
E
 
Q
P
 
Q
I
 
Y
G
 
G
V
 
I
A
 
A
F
 
F
R
 
P
K
 
K
E
 
G
D
 
S
K
 
D
S
 
E
L
 
L
R
 
R
D
 
D
A
 
K
Y
 
V
N
 
N
K
 
G
A
 
A
I
 
L
K
 
K
E
 
T
L
 
L
K
 
R
K
 
E
D
 
N
G
 
G
T
 
T
M
 
Y
S
 
N
K
 
E
L
 
I
S
 
Y
K
 
K
K
 
K
W
 
W
F
 
F
G
 
G
I
 
T
D
 
E

4ymxA Crystal structure of the substrate binding protein of an amino acid abc transporter (see paper)
38% identity, 83% coverage: 42:259/264 of query aligns to 3:222/224 of 4ymxA

query
sites
4ymxA
I
 
I
V
 
V
I
 
M
G
 
G
I
 
T
D
x
S
D
 
A
T
x
D
Y
x
F
P
 
P
P
 
P
M
 
F
E
 
E
F
 
F
K
 
H
D
 
K
K
 
V
A
 
E
T
 
G
G
 
G
K
 
K
-
 
D
-
 
E
V
 
I
S
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
M
 
I
A
 
A
N
 
N
A
 
A
I
 
I
A
 
A
K
 
K
K
 
K
L
 
L
G
 
G
V
 
V
K
 
K
T
 
L
K
 
E
F
 
I
V
 
K
P
 
D
N
 
M
S
 
D
F
|
F
D
 
K
G
 
G
I
 
L
F
 
I
L
 
P
A
 
A
L
 
L
K
 
Q
S
 
A
K
 
G
K
 
R
F
 
V
D
 
D
V
 
M
V
 
V
H
 
I
S
x
A
S
x
G
I
x
M
S
x
T
I
 
P
T
 
T
D
 
A
E
 
E
R
|
R
K
 
K
K
 
K
A
 
S
M
 
V
I
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
L
Y
 
Y
I
 
-
Y
 
Y
G
 
D
G
 
S
N
 
R
A
 
Q
I
 
V
F
 
V
V
 
V
K
 
V
S
 
K
D
 
N
N
 
D
T
 
S
T
 
P
I
 
I
K
 
S
N
 
K
E
 
F
K
 
D
D
 
D
F
 
L
N
 
K
N
 
V
Q
 
K
V
 
T
V
 
I
G
 
A
C
 
V
E
x
Q
V
 
I
G
 
G
T
|
T
T
|
T
A
 
S
Q
 
E
D
 
E
V
 
A
L
 
A
A
 
K
K
 
K
I
 
I
S
 
P
G
 
N
I
 
V
K
 
K
E
 
-
V
 
L
K
 
K
K
 
Q
Y
 
L
N
 
N
A
 
R
M
 
V
T
 
S
D
 
D
A
 
E
F
 
F
L
 
M
D
 
D
L
 
L
Q
 
Q
N
 
N
G
 
G
R
 
R
I
 
C
A
 
D
A
 
A
V
 
I
V
 
V
S
 
V
D
x
E
P
 
D
M
 
T
V
 
V
G
 
A
D
 
K
Y
 
A
Y
 
Y
-
 
L
-
 
K
N
 
E
V
 
Y
T
 
K
D
 
D
P
 
M
G
 
K
K
 
I
F
 
L
K
 
Y
K
 
M
L
 
D
E
 
E
S
 
I
S
 
N
L
 
N
T
 
V
Q
 
E
E
 
N
P
 
G
I
 
S
G
 
A
V
 
V
A
 
A
F
 
V
R
 
A
K
 
K
E
 
G
D
 
N
K
 
K
S
 
S
L
 
L
R
 
L
D
 
D
A
 
V
Y
 
V
N
 
N
K
 
E
A
 
V
I
 
I
K
 
K
E
 
E
L
 
L
K
 
K
K
 
Q
D
 
S
G
 
G
T
 
E
M
 
Y
S
 
D
K
 
K
L
 
L
S
 
V
K
 
D
K
 
K
W
 
W
F
 
F

P02910 Histidine-binding periplasmic protein; HBP from Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (see 2 papers)
34% identity, 85% coverage: 40:264/264 of query aligns to 26:258/260 of P02910

query
sites
P02910
K
 
Q
E
 
K
I
 
I
V
 
R
I
 
I
G
 
G
I
 
T
D
 
D
D
 
P
T
 
T
Y
 
Y
P
 
A
P
 
P
M
 
F
E
|
E
F
 
S
K
|
K
D
 
N
K
 
-
A
 
A
T
 
Q
G
 
G
K
x
E
V
 
L
S
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
M
 
L
A
 
A
N
 
K
A
 
E
I
 
L
A
 
C
K
 
K
K
 
R
L
 
I
G
 
N
V
 
T
K
 
Q
T
 
C
K
 
T
F
 
F
V
 
V
P
 
E
N
 
N
S
 
P
F
 
L
D
 
D
G
 
A
I
 
L
F
 
I
L
 
P
A
 
S
L
 
L
K
 
K
S
 
A
K
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
V
 
A
V
 
I
H
 
M
S
 
S
S
 
S
I
 
L
S
 
S
I
 
I
T
 
T
D
 
E
E
 
K
R
 
R
K
 
Q
K
 
Q
A
 
E
M
 
I
I
 
A
F
 
F
S
 
T
D
 
D
P
 
K
Y
 
-
I
 
L
Y
 
Y
G
 
A
G
 
A
N
 
D
A
 
S
I
 
R
F
 
L
V
 
V
K
 
V
S
 
A
D
 
K
N
 
N
T
 
S
T
 
D
I
 
I
K
 
Q
N
 
P
E
 
T
-
 
V
K
 
A
D
 
S
F
 
L
N
 
K
N
 
G
Q
 
K
V
 
R
V
 
V
G
 
G
C
 
V
E
 
L
V
 
Q
G
 
G
T
 
T
T
 
T
A
 
Q
Q
 
E
D
 
T
V
 
F
L
 
G
A
 
N
K
 
E
I
 
H
S
 
W
G
 
A
I
 
P
K
 
K
-
 
G
-
 
I
E
 
E
V
 
I
K
 
V
K
 
S
Y
 
Y
N
 
Q
A
 
G
M
 
Q
T
 
D
D
 
N
A
 
I
F
 
Y
L
 
S
D
|
D
L
 
L
Q
 
T
N
 
A
G
 
G
R
|
R
I
 
I
A
x
D
A
 
A
V
 
A
V
 
F
S
 
Q
D
 
D
P
 
E
M
 
V
V
 
A
G
 
A
D
 
S
Y
 
E
Y
 
G
N
 
F
V
 
L
T
 
K
D
 
Q
P
 
P
-
 
V
G
 
G
K
 
K
F
 
D
K
 
Y
K
 
K
L
 
F
E
 
G
S
 
G
S
 
P
L
 
A
T
 
V
Q
 
K
E
 
D
P
 
E
-
 
K
-
 
L
-
 
F
-
 
G
-
 
V
-
 
G
I
 
T
G
 
G
V
 
M
A
 
G
F
 
L
R
 
R
K
 
K
E
 
E
D
 
D
K
 
N
S
 
E
L
 
L
R
 
R
D
 
E
A
 
A
Y
 
L
N
 
N
K
 
K
A
 
A
I
 
F
K
 
A
E
 
E
L
 
M
K
 
R
K
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
T
M
 
Y
S
 
E
K
 
K
L
 
L
S
 
A
K
 
K
K
 
K
W
 
Y
F
 
F
G
 
D
I
 
F
D
 
D
V
 
V
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

1hslA Refined 1.89 angstroms structure of the histidine-binding protein complexed with histidine and its relationship with many other active transport(slash)chemosensory receptors (see paper)
34% identity, 85% coverage: 40:264/264 of query aligns to 4:236/238 of 1hslA

query
sites
1hslA
K
 
Q
E
 
K
I
 
I
V
 
R
I
 
I
G
 
G
I
 
T
D
 
D
D
 
P
T
 
T
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
M
 
F
E
 
E
F
 
S
K
 
K
D
 
N
K
 
-
A
 
A
T
 
Q
G
 
G
K
 
E
V
 
L
S
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
M
 
L
A
 
A
N
 
K
A
 
E
I
 
L
A
 
C
K
 
K
K
 
R
L
 
I
G
 
N
V
 
T
K
 
Q
T
 
C
K
 
T
F
 
F
V
 
V
P
 
E
N
 
N
S
 
P
F
x
L
D
 
D
G
 
A
I
 
L
F
 
I
L
 
P
A
 
S
L
 
L
K
 
K
S
 
A
K
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
V
 
A
V
 
I
H
 
M
S
|
S
S
|
S
I
x
L
S
|
S
I
 
I
T
 
T
D
 
E
E
 
K
R
|
R
K
 
Q
K
 
Q
A
 
E
M
 
I
I
 
A
F
 
F
S
 
T
D
 
D
P
 
K
Y
 
-
I
 
L
Y
 
Y
G
 
A
G
 
A
N
 
D
A
 
S
I
 
R
F
 
L
V
 
V
K
 
V
S
 
A
D
 
K
N
 
N
T
 
S
T
 
D
I
 
I
K
 
Q
N
 
P
E
 
T
-
 
V
K
 
A
D
 
S
F
 
L
N
 
K
N
 
G
Q
 
K
V
 
R
V
 
V
G
 
G
C
 
V
E
 
L
V
 
Q
G
 
G
T
|
T
T
|
T
A
 
Q
Q
 
E
D
 
T
V
 
F
L
 
G
A
 
N
K
 
E
I
 
H
S
 
W
G
 
A
I
 
P
K
 
K
-
 
G
-
 
I
E
 
E
V
 
I
K
 
V
K
 
S
Y
 
Y
N
 
Q
A
 
G
M
 
Q
T
 
D
D
 
N
A
 
I
F
 
Y
L
 
S
D
 
D
L
 
L
Q
 
T
N
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
I
A
 
D
A
 
A
V
 
A
V
 
F
S
 
Q
D
|
D
P
 
E
M
 
V
V
 
A
G
 
A
D
 
S
Y
 
E
Y
 
G
N
 
F
V
 
L
T
 
K
D
 
Q
P
 
P
-
 
V
G
 
G
K
 
K
F
 
D
K
 
Y
K
 
K
L
 
F
E
 
G
S
 
G
S
 
P
L
 
A
T
 
V
Q
 
K
E
 
D
P
 
E
-
 
K
-
 
L
-
 
F
-
 
G
-
 
V
-
 
G
I
 
T
G
 
G
V
 
M
A
 
G
F
 
L
R
 
R
K
 
K
E
 
E
D
 
D
K
 
N
S
 
E
L
 
L
R
 
R
D
 
E
A
 
A
Y
 
L
N
 
N
K
 
K
A
 
A
I
 
F
K
 
A
E
 
E
L
 
M
K
 
R
K
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
T
M
 
Y
S
 
E
K
 
K
L
 
L
S
 
A
K
 
K
K
 
K
W
 
Y
F
 
F
G
 
D
I
 
F
D
 
D
V
 
V
Y
 
Y

P0AEU0 Histidine-binding periplasmic protein; HBP from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
35% identity, 85% coverage: 40:264/264 of query aligns to 26:258/260 of P0AEU0

query
sites
P0AEU0
K
 
Q
E
 
N
I
 
I
V
 
R
I
 
I
G
 
G
I
 
T
D
 
D
D
 
P
T
 
T
Y
 
Y
P
 
A
P
 
P
M
 
F
E
 
E
F
 
S
K
 
K
D
 
N
K
 
-
A
 
S
T
 
Q
G
 
G
K
 
E
V
 
L
S
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
M
 
L
A
 
A
N
 
K
A
 
E
I
 
L
A
x
C
K
 
K
K
 
R
L
 
I
G
 
N
V
 
T
K
 
Q
T
x
C
K
 
T
F
 
F
V
 
V
P
 
E
N
 
N
S
 
P
F
 
L
D
 
D
G
 
A
I
 
L
F
 
I
L
 
P
A
 
S
L
 
L
K
 
K
S
 
A
K
 
K
K
 
K
F
 
I
D
 
D
V
 
A
V
 
I
H
 
M
S
|
S
S
|
S
I
 
L
S
|
S
I
 
I
T
 
T
D
 
E
E
 
K
R
|
R
K
 
Q
K
 
Q
A
 
E
M
 
I
I
 
A
F
 
F
S
 
T
D
 
D
P
 
K
Y
 
-
I
 
L
Y
 
Y
G
 
A
G
 
A
N
 
D
A
 
S
I
 
R
F
 
L
V
 
V
K
 
V
S
 
A
D
 
K
N
 
N
T
 
S
T
 
D
I
 
I
K
 
Q
N
 
P
E
 
T
-
 
V
K
 
E
D
 
S
F
 
L
N
 
K
N
 
G
Q
 
K
V
 
R
V
 
V
G
 
G
C
 
V
E
 
L
V
 
Q
G
 
G
T
 
T
T
|
T
A
 
Q
Q
 
E
D
 
T
V
 
F
L
 
G
A
 
N
K
 
E
I
 
H
S
 
W
G
 
A
I
 
P
K
 
K
-
 
G
-
 
I
E
 
E
V
 
I
K
 
V
K
 
S
Y
 
Y
N
 
Q
A
 
G
M
 
Q
T
 
D
D
 
N
A
 
I
F
 
Y
L
 
S
D
 
D
L
 
L
Q
 
T
N
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
I
A
 
D
A
 
A
V
 
A
V
 
F
S
 
Q
D
|
D
P
 
E
M
 
V
V
 
A
G
 
A
D
 
S
Y
 
E
Y
 
G
N
 
F
V
 
L
T
 
K
D
 
Q
P
 
P
-
 
V
G
 
G
K
 
K
-
 
D
F
 
Y
K
 
K
K
 
F
L
 
G
E
 
G
S
 
P
S
 
S
L
 
V
T
 
K
Q
 
D
E
 
E
P
 
K
I
 
L
-
 
F
-
 
G
-
 
V
-
 
G
-
 
T
G
 
G
V
 
M
A
 
G
F
 
L
R
 
R
K
 
K
E
 
E
D
 
D
K
 
N
S
 
E
L
 
L
R
 
R
D
 
E
A
 
A
Y
 
L
N
 
N
K
 
K
A
 
A
I
 
F
K
 
A
E
 
E
L
 
M
K
 
R
K
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
T
M
 
Y
S
 
E
K
 
K
L
 
L
S
 
A
K
 
K
K
 
K
W
 
Y
F
 
F
G
 
D
I
 
F
D
 
D
V
 
V
Y
 
Y

Sites not aligning to the query:

3k4uE Crystal structure of putative binding component of abc transporter from wolinella succinogenes dsm 1740 complexed with lysine
32% identity, 83% coverage: 41:259/264 of query aligns to 5:226/234 of 3k4uE

query
sites
3k4uE
E
 
E
I
 
L
V
 
R
I
 
V
G
 
G
I
 
L
D
x
E
D
 
P
T
 
G
Y
|
Y
P
 
L
P
 
P
M
 
F
E
 
E
F
 
M
K
 
K
D
 
D
K
 
K
A
 
-
T
 
K
G
 
G
K
 
N
V
 
V
S
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
M
 
L
A
 
A
N
 
R
A
 
E
I
 
M
A
 
A
K
 
K
K
 
A
L
 
M
G
 
G
V
 
V
K
 
K
T
 
L
K
 
K
F
 
L
V
 
V
P
 
P
N
 
T
S
 
S
F
x
W
D
 
D
G
 
G
I
 
L
F
 
I
L
 
P
A
 
G
L
 
L
K
 
V
S
 
T
K
 
E
K
 
K
F
 
F
D
 
D
V
 
I
V
 
I
H
 
I
S
 
S
S
x
G
I
 
M
S
x
T
I
 
I
T
 
S
D
 
Q
E
 
E
R
|
R
K
 
N
K
 
L
A
 
R
M
 
V
I
 
N
F
 
F
S
 
V
D
 
E
P
 
P
Y
 
Y
I
 
I
Y
 
V
G
 
V
G
 
G
N
 
Q
A
 
S
I
 
L
F
 
L
V
 
V
K
 
K
S
 
K
D
 
G
-
 
L
N
 
E
T
 
K
T
 
G
I
 
V
K
 
K
N
 
S
E
 
Y
K
 
K
D
 
D
F
 
L
N
 
D
N
 
K
Q
 
P
-
 
E
-
 
L
V
 
T
V
 
L
G
 
V
C
 
T
E
x
K
V
 
F
G
 
G
T
x
V
T
x
S
A
 
A
Q
 
E
D
 
Y
V
 
A
L
 
A
A
 
K
K
 
R
I
 
L
S
 
F
G
 
K
I
 
N
K
 
A
E
 
K
V
 
L
K
 
K
K
 
T
Y
 
Y
N
 
D
A
 
T
M
x
E
T
 
A
D
 
E
A
 
A
F
 
V
L
 
Q
D
 
E
L
 
V
Q
 
L
N
 
N
G
 
G
R
 
K
I
 
A
A
 
D
A
 
M
V
 
F
V
 
I
S
 
F
D
|
D
-
 
L
P
 
P
M
 
F
V
 
N
G
 
V
D
 
A
Y
 
F
Y
 
M
N
 
A
V
 
Q
T
 
K
D
 
G
P
 
Q
G
 
G
K
 
Y
F
 
L
K
 
V
K
 
H
L
 
L
E
 
D
S
 
T
S
 
S
L
 
L
T
 
T
Q
 
Y
E
 
E
P
 
P
I
 
L
G
 
G
V
 
W
A
 
A
F
 
I
R
 
K
K
 
K
E
 
G
D
 
D
K
 
P
S
 
D
L
 
F
R
 
L
D
 
N
A
 
W
Y
 
L
N
 
N
K
 
H
A
 
F
I
 
L
K
 
A
E
 
Q
L
 
I
K
 
K
K
 
H
D
 
D
G
 
G
T
 
S
M
 
Y
S
 
D
K
 
E
L
 
L
S
 
Y
K
 
E
K
 
R
W
 
W
F
 
F

4ohnA Crystal structure of an abc uptake transporter substrate binding protein from streptococcus pneumoniae with bound histidine
31% identity, 88% coverage: 31:263/264 of query aligns to 4:243/246 of 4ohnA

query
sites
4ohnA
D
 
D
S
 
N
L
 
W
E
 
S
R
 
K
V
 
Y
K
 
Q
K
 
S
A
 
N
K
 
K
E
 
S
I
 
I
V
 
T
I
 
I
G
 
G
I
 
F
D
|
D
D
 
S
T
 
T
Y
x
F
P
 
V
P
 
P
M
 
M
E
 
G
F
 
F
K
 
A
D
 
Q
K
 
K
A
 
-
T
 
D
G
 
G
K
 
S
V
 
Y
S
 
A
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
M
 
L
A
 
A
N
 
T
A
 
A
I
 
V
A
 
F
K
 
E
K
 
K
L
 
Y
G
 
G
V
 
I
K
 
T
T
 
V
K
 
N
F
 
W
V
 
Q
P
 
P
N
 
I
S
 
D
F
x
W
D
 
D
G
 
L
I
 
K
F
 
E
L
 
A
A
 
E
L
 
L
K
 
T
S
 
K
K
 
G
K
 
T
F
 
I
D
 
D
V
 
L
V
 
I
H
 
W
S
x
N
S
x
G
I
 
Y
S
|
S
I
 
A
T
 
T
D
 
D
E
 
E
R
|
R
K
 
R
K
 
E
A
 
K
M
 
V
I
 
A
F
 
F
S
 
S
D
 
N
P
 
S
Y
 
Y
I
 
M
Y
 
-
G
 
K
G
 
N
N
 
E
A
 
Q
I
 
V
F
 
L
V
 
V
K
 
T
S
 
K
D
 
K
N
 
S
T
 
S
T
 
G
I
 
I
K
 
T
N
 
T
E
 
A
K
 
K
D
 
D
F
 
M
N
 
T
N
 
G
Q
 
K
V
 
T
V
 
L
G
 
G
C
 
A
E
x
Q
V
 
A
G
 
G
T
x
S
T
x
S
A
 
G
Q
 
Y
-
 
A
-
 
D
-
 
F
-
 
E
-
 
A
-
 
N
-
 
P
D
 
E
V
 
I
L
 
L
A
 
K
K
 
N
I
 
I
S
 
V
G
 
A
I
 
N
K
 
K
E
 
E
V
 
A
K
 
N
K
 
Q
Y
 
Y
N
 
Q
A
 
T
M
 
F
T
 
N
D
 
E
A
 
A
F
 
L
L
 
I
D
 
D
L
 
L
Q
 
K
N
 
N
G
 
D
R
 
R
I
 
I
A
 
D
A
 
G
V
 
L
V
 
L
S
 
I
D
|
D
P
 
R
M
 
V
V
 
Y
G
 
A
D
 
N
Y
 
Y
Y
 
Y
N
 
L
V
 
E
T
 
A
D
 
E
P
 
G
-
 
V
-
 
L
G
 
N
K
 
D
F
 
Y
K
 
N
K
 
V
L
 
F
E
 
T
S
 
V
S
 
G
L
 
L
T
 
E
Q
 
T
E
 
E
P
 
A
I
 
F
G
 
A
V
 
V
A
 
G
F
 
S
R
 
R
K
 
K
E
 
E
D
 
D
K
 
T
S
 
T
L
 
L
R
 
V
D
 
K
A
 
K
Y
 
I
N
 
N
K
 
E
A
 
A
I
 
F
K
 
S
E
 
S
L
 
L
K
 
Y
K
 
K
D
 
D
G
 
G
T
 
K
M
 
F
S
 
Q
K
 
E
L
 
I
S
 
S
K
 
Q
K
 
K
W
 
W
F
 
F
G
 
G
I
 
E
D
 
D
V
 
V

2q2cA Crystal structures of the arginine-, lysine-, histidine-binding protein artj from the thermophilic bacterium geobacillus stearothermophilus (see paper)
33% identity, 84% coverage: 40:260/264 of query aligns to 1:221/231 of 2q2cA

query
sites
2q2cA
K
 
K
E
 
K
I
 
V
V
 
V
I
 
V
G
 
G
I
 
T
D
 
D
D
 
A
T
 
A
Y
x
F
P
 
A
P
 
P
M
 
F
E
 
E
F
 
Y
K
 
M
D
 
Q
K
 
K
A
 
-
T
 
-
G
 
G
K
 
K
V
 
I
S
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
M
 
L
A
 
L
N
 
D
A
 
A
I
 
V
A
 
M
K
 
K
K
 
A
L
 
A
G
 
G
V
 
L
K
 
D
T
 
Y
K
 
E
F
 
L
V
 
K
P
 
N
N
 
I
S
 
G
F
x
W
D
 
D
G
 
P
I
 
L
F
 
F
L
 
A
A
 
S
L
 
L
K
 
Q
S
 
S
K
 
K
K
 
E
F
 
V
D
 
D
V
 
M
V
 
G
H
 
I
S
|
S
S
x
G
I
|
I
S
x
T
I
 
I
T
 
T
D
 
D
E
 
E
R
|
R
K
 
K
K
 
Q
A
 
S
M
 
Y
I
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
I
 
F
Y
 
E
G
 
A
G
 
T
N
 
Q
A
 
V
I
 
I
F
 
L
V
 
V
K
 
K
S
 
Q
D
 
-
N
 
G
T
 
S
T
 
P
I
 
V
K
 
K
N
 
N
E
 
A
K
 
L
D
 
D
F
 
L
N
 
K
N
 
G
Q
 
K
V
 
T
V
 
I
G
 
G
C
 
V
E
x
Q
V
 
N
G
 
A
T
|
T
T
|
T
A
 
G
Q
 
Q
D
 
E
V
 
A
L
 
A
A
 
E
K
 
K
I
 
L
S
 
F
G
 
G
I
 
K
-
 
G
K
 
P
E
 
H
V
 
I
K
 
K
K
 
K
Y
 
F
N
 
E
A
 
T
M
 
T
T
 
V
D
 
V
A
 
A
F
 
I
L
 
M
D
 
E
L
 
L
Q
 
L
N
 
N
G
 
G
R
 
G
I
 
V
A
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
I
S
 
T
D
|
D
P
 
N
M
 
A
V
 
V
G
 
A
D
 
N
Y
 
E
Y
 
Y
N
 
V
V
 
K
T
 
N
D
 
N
P
 
P
G
 
N
K
 
-
F
 
-
K
 
K
K
 
K
L
 
L
E
 
Q
-
 
V
-
 
I
-
 
E
-
 
D
-
 
P
S
 
K
S
 
N
L
 
F
T
 
A
Q
 
S
E
 
E
P
 
Y
I
 
Y
G
 
G
V
 
M
A
 
I
F
 
F
R
 
P
K
 
K
E
 
-
D
 
N
K
 
S
S
 
E
L
 
L
R
 
K
D
 
A
A
 
K
Y
 
V
N
 
D
K
 
E
A
 
A
I
 
L
K
 
K
E
 
N
L
 
V
K
 
I
K
 
N
D
 
S
G
 
G
T
 
K
M
 
Y
S
 
T
K
 
E
L
 
I
S
 
Y
K
 
K
K
 
K
W
 
W
F
 
F
G
 
G

2pvuA Crystal structures of the arginine-, lysine-, histidine-binding protein artj from the thermophilic bacterium geobacillus stearothermophilus (see paper)
33% identity, 84% coverage: 40:260/264 of query aligns to 5:225/235 of 2pvuA

query
sites
2pvuA
K
 
K
E
 
K
I
 
V
V
 
V
I
 
V
G
 
G
I
 
T
D
 
D
D
 
A
T
 
A
Y
x
F
P
 
A
P
 
P
M
 
F
E
 
E
F
 
Y
K
 
M
D
 
Q
K
 
K
A
 
-
T
 
-
G
 
G
K
 
K
V
 
I
S
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
M
 
L
A
 
L
N
 
D
A
 
A
I
 
V
A
 
M
K
 
K
K
 
A
L
 
A
G
 
G
V
 
L
K
 
D
T
 
Y
K
 
E
F
 
L
V
 
K
P
 
N
N
 
I
S
 
G
F
x
W
D
 
D
G
 
P
I
 
L
F
 
F
L
 
A
A
 
S
L
 
L
K
 
Q
S
 
S
K
 
K
K
 
E
F
 
V
D
 
D
V
 
M
V
 
G
H
 
I
S
 
S
S
x
G
I
|
I
S
x
T
I
 
I
T
 
T
D
 
D
E
 
E
R
|
R
K
 
K
K
 
Q
A
 
S
M
 
Y
I
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
I
 
F
Y
 
E
G
 
A
G
 
T
N
 
Q
A
 
V
I
 
I
F
 
L
V
 
V
K
 
K
S
 
Q
D
 
-
N
 
G
T
 
S
T
 
P
I
 
V
K
 
K
N
 
N
E
 
A
K
 
L
D
 
D
F
 
L
N
 
K
N
 
G
Q
 
K
V
 
T
V
 
I
G
 
G
C
 
V
E
x
Q
V
 
N
G
 
A
T
|
T
T
|
T
A
 
G
Q
 
Q
D
 
E
V
 
A
L
 
A
A
 
E
K
 
K
I
 
L
S
 
F
G
 
G
I
 
K
-
 
G
K
 
P
E
 
H
V
 
I
K
 
K
K
 
K
Y
 
F
N
 
E
A
 
T
M
 
T
T
 
V
D
 
V
A
 
A
F
 
I
L
 
M
D
 
E
L
 
L
Q
 
L
N
 
N
G
 
G
R
 
G
I
 
V
A
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
I
S
 
T
D
|
D
P
 
N
M
 
A
V
 
V
G
 
A
D
 
N
Y
 
E
Y
 
Y
N
 
V
V
 
K
T
 
N
D
 
N
P
 
P
G
 
N
K
 
-
F
 
-
K
 
K
K
 
K
L
 
L
E
 
Q
-
 
V
-
 
I
-
 
E
-
 
D
-
 
P
S
 
K
S
 
N
L
 
F
T
 
A
Q
 
S
E
 
E
P
 
Y
I
 
Y
G
 
G
V
 
M
A
 
I
F
 
F
R
 
P
K
 
K
E
 
-
D
 
N
K
 
S
S
 
E
L
 
L
R
 
K
D
 
A
A
 
K
Y
 
V
N
 
D
K
 
E
A
 
A
I
 
L
K
 
K
E
 
N
L
 
V
K
 
I
K
 
N
D
 
S
G
 
G
T
 
K
M
 
Y
S
 
T
K
 
E
L
 
I
S
 
Y
K
 
K
K
 
K
W
 
W
F
 
F
G
 
G

2q2aA Crystal structures of the arginine-, lysine-, histidine-binding protein artj from the thermophilic bacterium geobacillus stearothermophilus (see paper)
33% identity, 84% coverage: 40:260/264 of query aligns to 11:231/241 of 2q2aA

query
sites
2q2aA
K
 
K
E
 
K
I
 
V
V
 
V
I
 
V
G
 
G
I
 
T
D
|
D
D
 
A
T
 
A
Y
x
F
P
 
A
P
 
P
M
 
F
E
 
E
F
 
Y
K
 
M
D
 
Q
K
 
K
A
 
-
T
 
-
G
 
G
K
 
K
V
 
I
S
 
V
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
V
D
 
D
M
 
L
A
 
L
N
 
D
A
 
A
I
 
V
A
 
M
K
 
K
K
 
A
L
 
A
G
 
G
V
 
L
K
 
D
T
 
Y
K
 
E
F
 
L
V
 
K
P
 
N
N
 
I
S
 
G
F
x
W
D
 
D
G
 
P
I
 
L
F
 
F
L
 
A
A
 
S
L
 
L
K
 
Q
S
 
S
K
 
K
K
 
E
F
 
V
D
 
D
V
 
M
V
 
G
H
 
I
S
|
S
S
x
G
I
|
I
S
x
T
I
 
I
T
 
T
D
 
D
E
 
E
R
|
R
K
 
K
K
 
Q
A
 
S
M
 
Y
I
 
D
F
 
F
S
 
S
D
 
D
P
 
P
Y
 
Y
I
 
F
Y
 
E
G
 
A
G
 
T
N
 
Q
A
 
V
I
 
I
F
 
L
V
 
V
K
 
K
S
 
Q
D
 
-
N
 
G
T
 
S
T
 
P
I
 
V
K
 
K
N
 
N
E
 
A
K
 
L
D
 
D
F
 
L
N
 
K
N
 
G
Q
 
K
V
 
T
V
 
I
G
 
G
C
 
V
E
x
Q
V
 
N
G
 
A
T
|
T
T
|
T
A
 
G
Q
 
Q
D
 
E
V
 
A
L
 
A
A
 
E
K
 
K
I
 
L
S
 
F
G
 
G
I
 
K
-
 
G
K
 
P
E
 
H
V
 
I
K
 
K
K
 
K
Y
 
F
N
 
E
A
 
T
M
 
T
T
 
V
D
 
V
A
 
A
F
 
I
L
 
M
D
 
E
L
 
L
Q
 
L
N
 
N
G
 
G
R
 
G
I
 
V
A
 
D
A
 
A
V
 
V
V
 
I
S
 
T
D
|
D
P
 
N
M
 
A
V
 
V
G
 
A
D
 
N
Y
 
E
Y
 
Y
N
 
V
V
 
K
T
 
N
D
 
N
P
 
P
G
 
N
K
 
-
F
 
-
K
 
K
K
 
K
L
 
L
E
 
Q
-
 
V
-
 
I
-
 
E
-
 
D
-
 
P
S
 
K
S
 
N
L
 
F
T
 
A
Q
 
S
E
 
E
P
 
Y
I
 
Y
G
 
G
V
 
M
A
 
I
F
 
F
R
 
P
K
 
K
E
 
-
D
 
N
K
 
S
S
 
E
L
 
L
R
 
K
D
 
A
A
 
K
Y
 
V
N
 
D
K
 
E
A
 
A
I
 
L
K
 
K
E
 
N
L
 
V
K
 
I
K
 
N
D
 
S
G
 
G
T
 
K
M
 
Y
S
 
T
K
 
E
L
 
I
S
 
Y
K
 
K
K
 
K
W
 
W
F
 
F
G
 
G

5itoA Structure of the periplasmic binding protein m117n-noct from a. Tumefaciens in complex with octopine (see paper)
29% identity, 85% coverage: 40:263/264 of query aligns to 3:253/255 of 5itoA

query
sites
5itoA
K
 
K
E
 
S
I
 
I
V
 
T
I
 
I
G
 
A
I
 
T
D
x
E
D
 
G
T
 
S
Y
|
Y
P
 
A
P
 
P
M
 
Y
E
 
N
F
 
F
K
 
K
D
 
D
K
 
-
A
 
A
T
 
G
G
 
G
K
 
K
V
 
L
S
 
I
G
 
G
F
 
F
D
 
D
I
 
I
D
 
D
M
 
L
A
 
G
N
 
N
A
 
D
I
 
L
A
 
C
K
 
K
K
 
R
L
 
M
G
 
N
V
 
I
K
 
E
T
 
C
K
 
K
F
 
F
V
 
V
P
 
E
N
 
Q
S
 
A
F
x
W
D
 
D
G
 
G
I
 
I
F
 
I
L
 
P
A
 
S
L
 
L
K
 
T
S
 
A
K
 
G
K
 
R
F
 
Y
D
 
D
V
 
A
V
 
I
H
 
M
S
x
A
S
x
A
I
 
M
S
x
G
I
 
I
T
 
Q
D
 
P
E
 
A
R
|
R
K
 
E
K
 
K
A
 
V
M
 
I
I
 
A
F
 
F
S
 
S
D
 
R
P
 
P
Y
 
Y
I
 
L
Y
 
L
G
 
T
G
 
P
N
 
N
A
 
T
I
 
F
F
 
L
V
 
T
K
 
T
S
 
A
D
 
D
N
 
S
T
 
P
T
 
L
I
 
L
K
 
K
N
 
T
E
 
Q
-
 
V
-
 
A
-
 
I
-
 
E
-
 
N
-
 
L
-
 
P
-
 
L
-
 
D
-
 
N
-
 
I
-
 
T
-
 
P
-
 
E
-
 
Q
-
 
K
-
 
A
-
 
E
-
 
L
-
 
D
-
 
K
-
 
F
-
 
T
K
 
K
D
 
I
F
 
F
N
 
E
N
 
G
Q
 
V
V
 
K
V
 
F
G
 
G
C
 
V
E
x
Q
V
 
A
G
 
G
T
|
T
T
x
S
A
x
H
Q
 
E
D
 
A
V
 
F
L
 
M
A
 
K
K
 
Q
I
 
M
S
 
M
G
 
P
I
 
S
K
 
V
E
 
Q
V
 
I
K
 
S
K
 
T
Y
 
Y
N
 
D
A
 
T
M
 
I
T
 
D
D
 
N
A
 
V
F
 
V
L
 
M
D
 
D
L
 
L
Q
 
K
N
 
A
G
 
G
R
 
R
I
 
I
-
 
D
A
 
A
A
 
S
V
 
L
V
 
A
S
|
S
D
 
V
P
 
S
M
 
F
V
 
L
G
 
K
D
 
P
Y
 
L
Y
 
T
N
 
D
V
 
K
T
 
P
D
 
D
P
 
N
G
 
K
K
 
D
F
 
L
K
 
K
-
 
M
-
 
F
-
 
G
-
 
P
K
 
R
L
 
M
E
 
T
S
 
G
S
 
G
L
 
L
T
 
F
Q
 
G
E
 
K
P
 
G
I
 
V
G
 
G
V
 
V
A
 
G
F
 
I
R
 
R
K
 
K
E
 
E
D
 
D
K
 
A
S
 
D
L
 
L
R
 
K
D
 
A
A
 
L
Y
 
F
N
 
D
K
 
K
A
 
A
I
 
I
K
 
D
E
 
A
L
 
A
K
 
I
K
 
A
D
 
D
G
 
G
T
 
T
M
 
V
S
 
Q
K
 
K
L