SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011022814.1 NCBI__GCF_000007345.1:WP_011022814.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 11 hits to proteins with known functional sites (download)

2d6fD Crystal structure of glu-tRNA(gln) amidotransferase in the complex with tRNA(gln) (see paper)
49% identity, 86% coverage: 5:547/633 of query aligns to 2:521/522 of 2d6fD

query
sites
2d6fD
D
 
D
Y
 
W
S
 
E
E
 
K
L
 
V
G
 
G
L
 
L
K
 
K
A
 
M
G
 
G
L
 
L
E
 
E
I
 
I
H
 
H
Q
 
Q
Q
 
Q
L
 
L
D
 
D
S
 
T
K
 
E
E
 
S
K
 
K
L
 
L
F
 
F
C
 
C
R
 
P
C
|
C
P
 
R
T
 
T
L
 
E
I
 
L
R
 
T
D
 
D
I
 
-
G
 
S
D
 
E
S
 
P
D
 
D
F
 
H
E
 
D
F
 
I
F
 
V
R
 
R
Y
 
N
L
 
L
R
 
R
A
 
P
T
 
T
E
 
-
S
 
-
E
 
-
M
 
-
G
 
-
E
 
-
K
 
-
D
 
-
R
 
R
A
 
A
A
 
A
V
 
F
E
 
E
Q
 
E
T
 
A
K
 
M
I
 
R
R
 
K
R
 
L
K
 
H
Y
 
F
I
 
H
Y
 
Y
K
 
E
A
 
N
Y
 
Y
-
 
H
D
 
E
T
 
E
T
 
T
C
|
C
L
 
L
I
 
V
E
|
E
N
 
A
D
 
D
E
 
E
E
 
E
P
 
P
P
 
P
R
 
H
E
 
P
L
 
L
N
 
N
K
 
P
E
 
E
A
 
A
L
 
L
D
 
E
I
 
I
S
 
A
L
 
V
G
 
T
V
 
I
S
 
A
K
 
L
L
 
L
F
 
L
N
 
N
M
 
M
K
 
R
P
 
V
V
 
V
D
 
D
Q
 
E
M
 
F
H
 
H
V
 
T
M
 
M
R
 
R
K
 
K
I
 
Q
V
 
V
V
 
I
D
 
D
G
 
G
S
 
S
N
 
N
T
 
T
S
 
G
G
 
G
F
 
F
Q
 
Q
R
 
R
T
 
T
A
 
G
F
 
L
L
 
V
A
 
A
S
 
T
D
 
D
G
 
G
Y
 
H
I
 
L
E
 
E
T
 
T
S
 
P
E
 
Q
G
 
G
R
 
T
C
 
V
G
 
K
I
 
I
D
 
E
S
 
N
L
 
L
C
 
C
V
 
L
E
 
E
E
 
E
E
 
D
A
 
A
A
 
A
Q
 
R
K
 
R
I
 
I
E
 
R
E
 
E
K
 
T
G
 
G
D
 
D
S
 
G
I
 
V
V
 
V
Y
 
F
S
 
R
L
 
L
D
 
D
R
 
R
L
 
L
G
 
G
I
 
I
P
 
P
L
 
L
V
 
V
E
 
E
I
 
I
A
 
T
T
 
T
A
 
D
P
 
P
D
 
S
I
 
M
R
 
S
S
 
D
P
 
P
R
 
Q
H
 
Q
A
 
L
R
 
R
E
 
E
V
 
V
A
 
A
E
 
Y
Y
 
Q
I
 
I
G
 
G
M
 
Q
V
 
I
L
 
L
R
 
R
S
 
S
T
 
T
G
 
-
K
 
R
V
 
V
K
 
K
R
 
R
G
 
G
L
 
L
G
 
G
T
 
T
I
 
I
R
 
R
Q
 
Q
D
 
D
V
 
L
N
 
N
I
 
I
S
 
S
I
 
I
A
 
R
R
 
D
G
 
G
E
 
A
R
 
R
V
 
V
E
 
E
I
 
V
K
 
K
G
 
G
V
 
V
Q
|
Q
A
x
D
L
 
L
D
|
D
L
 
L
I
 
I
E
 
P
D
 
E
I
 
I
V
 
V
R
 
E
R
 
R
E
 
E
V
 
V
E
 
K
R
 
R
Q
 
Q
L
 
L
N
 
S
L
 
L
L
 
V
F
 
E
I
 
I
R
 
R
Q
 
D
E
 
T
L
 
L
L
 
Q
E
 
E
R
 
R
K
 
G
A
 
A
F
 
V
V
 
V
C
 
E
E
 
D
E
 
K
I
 
I
Y
 
F
D
 
D
V
 
V
T
 
S
G
 
E
L
 
V
F
 
F
M
 
A
D
 
D
T
 
T
K
 
E
S
 
S
K
 
R
V
 
I
L
 
I
Q
 
S
K
 
S
G
 
A
V
 
-
K
 
-
K
 
-
G
 
E
S
 
S
I
 
V
L
 
L
A
 
A
A
 
V
L
 
K
L
 
L
K
 
R
K
 
G
F
 
F
N
 
D
R
 
G
L
 
L
V
 
I
G
 
G
K
 
V
E
 
E
V
 
I
Q
 
Q
P
 
P
G
 
G
R
 
R
R
 
R
L
 
L
G
 
G
T
 
T
E
 
E
F
 
M
S
 
A
D
 
D
R
 
Y
A
 
A
K
 
K
T
 
K
A
 
R
G
 
G
V
 
V
G
 
S
G
 
G
L
 
I
F
 
F
H
 
H
T
 
T
D
 
D
E
 
E
L
 
L
P
 
P
N
 
A
Y
 
Y
G
 
G
I
 
I
T
 
T
E
 
E
K
 
E
E
 
E
V
 
V
Q
 
R
A
 
G
V
 
L
K
 
R
D
 
D
A
 
A
I
 
V
G
 
G
A
 
A
G
 
S
P
 
Q
E
 
G
D
 
D
A
 
A
F
 
V
V
 
V
M
 
M
V
 
V
A
 
A
D
 
H
E
 
E
P
 
R
E
 
V
K
 
T
A
 
A
R
 
E
L
 
N
A
 
A
I
 
L
E
 
R
A
 
E
V
 
V
I
 
I
N
 
R
R
 
R
A
 
A
K
 
E
E
 
M
A
 
A
I
 
I
E
 
Q
G
 
G
I
 
V
P
 
P
E
 
E
E
 
E
T
 
T
R
 
R
K
|
K
A
 
A
L
 
L
P
 
P
D
 
D
G
 
G
N
 
N
T
 
T
A
 
Q
Y
 
Y
M
 
L
R
|
R
P
 
P
L
 
L
P
 
P
G
 
T
A
 
S
A
 
S
R
 
R
M
 
M
Y
 
Y
P
 
L
E
 
E
T
 
T
D
 
D
V
 
I
P
 
P
Q
 
L
I
 
F
E
 
R
I
 
I
S
 
E
Q
 
D
E
 
D
Y
 
L
F
 
L
D
 
E
S
 
G
I
 
I
K
 
R
P
 
R
-
 
N
-
 
L
P
 
P
E
 
E
L
 
L
L
 
P
T
 
S
K
 
E
R
 
K
A
 
K
K
 
E
R
 
R
F
 
I
A
 
M
S
 
R
E
 
D
S
 
Y
G
 
G
L
 
L
N
x
S
K
 
E
E
x
D
L
|
L
A
 
A
E
 
S
K
x
Q
V
 
L
A
 
V
Y
 
K
S
x
R
R
 
N
Y
 
L
L
 
V
P
 
D
L
 
E
F
 
F
E
 
-
I
 
-
L
 
-
L
 
-
E
 
-
T
 
-
Y
 
-
T
 
-
K
 
-
D
 
-
A
 
-
N
 
-
V
 
-
N
 
D
S
 
T
T
|
T
L
 
V
I
 
I
A
 
A
R
x
S
T
 
L
L
 
L
V
 
A
G
x
Y
I
 
T
V
 
L
P
x
R
E
|
E
I
 
L
R
 
R
R
|
R
N
 
E
G
 
G
V
 
H
E
 
D
T
 
V
D
 
D
N
 
G
L
 
L
T
 
G
D
 
L
E
 
D
H
 
E
F
 
L
K
 
R
G
 
D
L
 
A
F
 
I
A
 
K
A
 
L
I
 
L
S
 
E
N
 
V
Q
 
G
E
 
K
I
 
I
A
 
S
K
 
K
E
 
D
A
 
A
I
 
L
Q
 
R
D
 
D
L
 
I
L
 
V

3h0rH Structure of tRNA-dependent amidotransferase gatcab from aquifex aeolicus (see paper)
29% identity, 40% coverage: 14:264/633 of query aligns to 8:236/410 of 3h0rH

query
sites
3h0rH
G
 
G
L
 
L
E
|
E
I
 
I
H
|
H
Q
 
V
Q
 
Q
L
 
M
D
 
D
S
 
T
K
 
K
E
 
T
K
 
K
L
 
M
F
 
F
C
|
C
R
 
G
C
|
C
P
 
-
T
 
-
L
 
-
I
 
-
R
 
-
D
 
-
I
 
-
G
 
-
D
 
-
S
 
-
D
 
-
F
 
-
E
 
-
F
 
-
F
 
-
R
 
-
Y
 
-
L
 
-
R
 
-
A
 
-
T
 
-
E
 
K
S
 
V
E
 
E
M
 
F
G
 
G
E
 
A
K
 
E
D
 
P
R
 
N
A
 
T
A
 
N
V
 
V
E
 
-
Q
 
-
T
 
-
K
 
-
I
 
-
R
 
-
R
 
-
K
 
-
Y
 
-
I
 
-
Y
 
-
K
 
-
A
 
-
Y
 
-
D
x
C
T
 
P
T
 
V
C
|
C
L
 
L
I
 
G
E
 
M
N
 
P
D
 
G
E
 
A
E
 
L
P
 
P
P
 
I
R
 
-
E
 
-
L
 
V
N
 
N
K
 
K
E
 
R
A
 
A
L
 
V
D
 
E
I
 
Y
S
 
A
L
 
I
G
 
R
V
 
A
S
 
S
K
 
L
L
 
A
F
 
L
N
 
N
M
 
C
K
 
E
P
 
V
V
 
H
D
 
E
Q
 
E
M
 
S
H
 
V
V
 
F
M
 
A
R
 
R
K
|
K
I
 
H
V
 
Y
V
 
F
D
 
Y
G
 
P
S
 
D
N
 
L
T
 
P
S
 
K
G
 
G
F
 
Y
Q
 
Q
R
 
I
T
 
S
A
 
Q
F
 
Y
-
 
E
-
 
K
-
 
P
L
 
L
A
 
A
S
 
T
D
 
N
G
 
G
Y
 
W
I
 
V
E
 
E
T
 
L
S
 
N
-
 
L
-
 
P
-
 
N
-
 
G
-
 
E
E
 
K
G
 
K
R
 
K
C
 
V
G
 
R
I
 
I
D
 
R
S
 
R
L
 
L
C
 
H
V
 
I
E
|
E
E
 
E
E
 
D
A
 
A
A
 
G
Q
 
K
K
 
N
I
 
I
E
 
H
E
 
E
K
 
-
G
 
G
D
 
D
S
 
K
I
 
T
V
 
L
Y
 
V
S
 
D
L
 
L
D
 
N
R
 
R
L
 
A
G
 
G
I
 
T
P
 
P
L
 
L
V
 
M
E
|
E
I
 
I
A
x
V
T
|
T
A
 
E
P
 
P
D
 
D
I
 
I
R
 
R
S
 
T
P
 
P
R
 
E
H
 
E
A
 
A
R
 
R
E
 
L
V
 
F
A
 
L
E
 
E
Y
 
K
I
 
L
G
 
R
M
 
N
V
 
I
L
 
M
R
 
R
S
 
Y
T
 
A
G
 
G
K
 
V
V
 
S
K
 
K
R
 
A
G
 
D
L
 
M
-
 
E
-
 
K
G
 
G
T
 
Q
I
 
L
R
 
R
Q
 
C
D
 
D
V
 
I
N
|
N
I
 
V
S
|
S
I
 
I
A
 
R
R
 
P
-
 
K
-
 
G
-
 
S
-
 
K
-
 
E
-
 
F
G
 
G
E
 
T
R
|
R
V
 
V
E
|
E
I
 
I
K
 
K
G
 
N
V
 
V
Q
 
N
A
 
S
L
 
F
D
 
R
L
 
F
I
 
V
E
 
Q
D
 
K
I
 
A
V
 
L
R
 
E
R
 
Y
E
 
E
V
 
I
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
L
 
I
N
 
N
L
 
V
L
 
V

Sites not aligning to the query:

3h0rE Structure of tRNA-dependent amidotransferase gatcab from aquifex aeolicus (see paper)
29% identity, 40% coverage: 14:264/633 of query aligns to 8:236/410 of 3h0rE

query
sites
3h0rE
G
 
G
L
 
L
E
|
E
I
 
I
H
|
H
Q
 
V
Q
 
Q
L
 
M
D
 
D
S
 
T
K
 
K
E
 
T
K
 
K
L
 
M
F
 
F
C
|
C
R
 
G
C
|
C
P
 
-
T
 
-
L
 
-
I
 
-
R
 
-
D
 
-
I
 
-
G
 
-
D
 
-
S
 
-
D
 
-
F
 
-
E
 
-
F
 
-
F
 
-
R
 
-
Y
 
-
L
 
-
R
 
-
A
 
-
T
 
-
E
 
K
S
 
V
E
 
E
M
 
F
G
 
G
E
 
A
K
 
E
D
 
P
R
 
N
A
 
T
A
 
N
V
 
V
E
 
-
Q
 
-
T
 
-
K
 
-
I
 
-
R
 
-
R
 
-
K
 
-
Y
 
-
I
 
-
Y
 
-
K
 
-
A
 
-
Y
 
-
D
x
C
T
 
P
T
 
V
C
|
C
L
 
L
I
 
G
E
 
M
N
 
P
D
 
G
E
 
A
E
 
L
P
 
P
P
 
I
R
 
-
E
 
-
L
 
V
N
 
N
K
 
K
E
 
R
A
 
A
L
 
V
D
 
E
I
 
Y
S
 
A
L
 
I
G
 
R
V
 
A
S
 
S
K
 
L
L
 
A
F
 
L
N
 
N
M
 
C
K
 
E
P
 
V
V
 
H
D
 
E
Q
 
E
M
 
S
H
 
V
V
 
F
M
 
A
R
 
R
K
 
K
I
 
H
V
 
Y
V
 
F
D
 
Y
G
 
P
S
 
D
N
 
L
T
 
P
S
 
K
G
 
G
F
 
Y
Q
 
Q
R
 
I
T
 
S
A
 
Q
F
 
Y
-
 
E
-
 
K
-
 
P
L
 
L
A
 
A
S
 
T
D
 
N
G
 
G
Y
 
W
I
 
V
E
 
E
T
 
L
S
 
N
-
 
L
-
 
P
-
 
N
-
 
G
-
 
E
E
 
K
G
 
K
R
 
K
C
 
V
G
 
R
I
 
I
D
 
R
S
 
R
L
 
L
C
 
H
V
 
I
E
|
E
E
 
E
E
 
D
A
 
A
A
 
G
Q
 
K
K
 
N
I
 
I
E
 
H
E
 
E
K
 
-
G
 
G
D
 
D
S
 
K
I
 
T
V
 
L
Y
 
V
S
 
D
L
 
L
D
 
N
R
 
R
L
 
A
G
 
G
I
 
T
P
 
P
L
 
L
V
 
M
E
|
E
I
 
I
A
 
V
T
|
T
A
 
E
P
|
P
D
 
D
I
 
I
R
 
R
S
 
T
P
 
P
R
 
E
H
 
E
A
 
A
R
 
R
E
 
L
V
 
F
A
 
L
E
 
E
Y
 
K
I
 
L
G
 
R
M
 
N
V
 
I
L
 
M
R
 
R
S
 
Y
T
 
A
G
 
G
K
 
V
V
 
S
K
 
K
R
 
A
G
 
D
L
 
M
-
 
E
-
 
K
G
 
G
T
 
Q
I
 
L
R
 
R
Q
 
C
D
 
D
V
 
I
N
|
N
I
 
V
S
|
S
I
 
I
A
 
R
R
 
P
-
 
K
-
 
G
-
 
S
-
 
K
-
 
E
-
 
F
G
 
G
E
 
T
R
|
R
V
 
V
E
|
E
I
 
I
K
 
K
G
 
N
V
 
V
Q
 
N
A
 
S
L
 
F
D
 
R
L
 
F
I
 
V
E
 
Q
D
 
K
I
 
A
V
 
L
R
 
E
R
 
Y
E
 
E
V
 
I
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
L
 
I
N
 
N
L
 
V
L
 
V

Sites not aligning to the query:

3h0rB Structure of tRNA-dependent amidotransferase gatcab from aquifex aeolicus (see paper)
29% identity, 40% coverage: 14:264/633 of query aligns to 8:236/410 of 3h0rB

query
sites
3h0rB
G
|
G
L
|
L
E
|
E
I
 
I
H
|
H
Q
 
V
Q
 
Q
L
 
M
D
 
D
S
 
T
K
 
K
E
 
T
K
 
K
L
 
M
F
 
F
C
|
C
R
 
G
C
|
C
P
 
-
T
 
-
L
 
-
I
 
-
R
 
-
D
 
-
I
 
-
G
 
-
D
 
-
S
 
-
D
 
-
F
 
-
E
 
-
F
 
-
F
 
-
R
 
-
Y
 
-
L
 
-
R
 
-
A
 
-
T
 
-
E
 
K
S
 
V
E
 
E
M
 
F
G
 
G
E
 
A
K
 
E
D
 
P
R
 
N
A
 
T
A
 
N
V
 
V
E
 
-
Q
 
-
T
 
-
K
 
-
I
 
-
R
 
-
R
 
-
K
 
-
Y
 
-
I
 
-
Y
 
-
K
 
-
A
 
-
Y
 
-
D
x
C
T
 
P
T
 
V
C
|
C
L
 
L
I
 
G
E
 
M
N
 
P
D
 
G
E
 
A
E
 
L
P
 
P
P
 
I
R
 
-
E
 
-
L
 
V
N
 
N
K
 
K
E
 
R
A
 
A
L
 
V
D
 
E
I
 
Y
S
 
A
L
 
I
G
 
R
V
 
A
S
 
S
K
 
L
L
 
A
F
 
L
N
 
N
M
 
C
K
 
E
P
 
V
V
 
H
D
 
E
Q
 
E
M
 
S
H
 
V
V
 
F
M
 
A
R
 
R
K
 
K
I
 
H
V
 
Y
V
 
F
D
 
Y
G
 
P
S
 
D
N
 
L
T
 
P
S
 
K
G
 
G
F
 
Y
Q
 
Q
R
 
I
T
 
S
A
 
Q
F
 
Y
-
 
E
-
 
K
-
 
P
L
 
L
A
 
A
S
 
T
D
 
N
G
 
G
Y
 
W
I
 
V
E
 
E
T
 
L
S
 
N
-
 
L
-
 
P
-
 
N
-
 
G
-
 
E
E
 
K
G
 
K
R
 
K
C
 
V
G
 
R
I
 
I
D
 
R
S
 
R
L
 
L
C
 
H
V
 
I
E
|
E
E
 
E
E
 
D
A
 
A
A
 
G
Q
 
K
K
 
N
I
 
I
E
 
H
E
 
E
K
 
-
G
 
G
D
 
D
S
 
K
I
 
T
V
 
L
Y
 
V
S
 
D
L
 
L
D
 
N
R
 
R
L
 
A
G
 
G
I
 
T
P
 
P
L
 
L
V
 
M
E
|
E
I
 
I
A
 
V
T
|
T
A
 
E
P
|
P
D
 
D
I
 
I
R
 
R
S
 
T
P
 
P
R
 
E
H
 
E
A
 
A
R
 
R
E
 
L
V
 
F
A
 
L
E
 
E
Y
 
K
I
 
L
G
 
R
M
 
N
V
 
I
L
 
M
R
 
R
S
 
Y
T
 
A
G
 
G
K
 
V
V
 
S
K
 
K
R
 
A
G
 
D
L
 
M
-
 
E
-
 
K
G
 
G
T
 
Q
I
 
L
R
 
R
Q
 
C
D
 
D
V
 
I
N
|
N
I
 
V
S
|
S
I
 
I
A
 
R
R
 
P
-
 
K
-
 
G
-
 
S
-
 
K
-
 
E
-
 
F
G
 
G
E
 
T
R
|
R
V
 
V
E
|
E
I
 
I
K
 
K
G
 
N
V
 
V
Q
 
N
A
 
S
L
 
F
D
 
R
L
 
F
I
 
V
E
 
Q
D
 
K
I
 
A
V
 
L
R
 
E
R
 
Y
E
 
E
V
 
I
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
L
 
I
N
 
N
L
 
V
L
 
V

3h0lB Structure of tRNA-dependent amidotransferase gatcab from aquifex aeolicus (see paper)
29% identity, 40% coverage: 14:264/633 of query aligns to 8:236/410 of 3h0lB

query
sites
3h0lB
G
|
G
L
|
L
E
|
E
I
 
I
H
|
H
Q
 
V
Q
 
Q
L
 
M
D
 
D
S
 
T
K
 
K
E
 
T
K
 
K
L
 
M
F
 
F
C
|
C
R
 
G
C
|
C
P
 
-
T
 
-
L
 
-
I
 
-
R
 
-
D
 
-
I
 
-
G
 
-
D
 
-
S
 
-
D
 
-
F
 
-
E
 
-
F
 
-
F
 
-
R
 
-
Y
 
-
L
 
-
R
 
-
A
 
-
T
 
-
E
 
K
S
 
V
E
 
E
M
 
F
G
 
G
E
 
A
K
 
E
D
 
P
R
 
N
A
 
T
A
 
N
V
 
V
E
 
-
Q
 
-
T
 
-
K
 
-
I
 
-
R
 
-
R
 
-
K
 
-
Y
 
-
I
 
-
Y
 
-
K
 
-
A
 
-
Y
 
-
D
x
C
T
 
P
T
 
V
C
|
C
L
 
L
I
 
G
E
 
M
N
 
P
D
 
G
E
 
A
E
 
L
P
 
P
P
 
I
R
 
-
E
 
-
L
 
V
N
 
N
K
 
K
E
 
R
A
 
A
L
 
V
D
 
E
I
 
Y
S
 
A
L
 
I
G
 
R
V
 
A
S
 
S
K
 
L
L
 
A
F
 
L
N
 
N
M
 
C
K
 
E
P
 
V
V
 
H
D
 
E
Q
 
E
M
 
S
H
 
V
V
 
F
M
 
A
R
 
R
K
 
K
I
 
H
V
 
Y
V
 
F
D
 
Y
G
 
P
S
 
D
N
 
L
T
 
P
S
 
K
G
 
G
F
 
Y
Q
 
Q
R
 
I
T
 
S
A
 
Q
F
 
Y
-
 
E
-
 
K
-
 
P
L
 
L
A
 
A
S
 
T
D
 
N
G
 
G
Y
 
W
I
 
V
E
 
E
T
 
L
S
 
N
-
 
L
-
 
P
-
 
N
-
 
G
-
 
E
E
 
K
G
 
K
R
 
K
C
 
V
G
 
R
I
 
I
D
 
R
S
 
R
L
 
L
C
 
H
V
 
I
E
|
E
E
 
E
E
 
D
A
 
A
A
 
G
Q
 
K
K
 
N
I
 
I
E
 
H
E
 
E
K
 
-
G
 
G
D
 
D
S
 
K
I
 
T
V
 
L
Y
 
V
S
 
D
L
 
L
D
 
N
R
 
R
L
 
A
G
 
G
I
 
T
P
 
P
L
 
L
V
 
M
E
|
E
I
 
I
A
x
V
T
|
T
A
 
E
P
|
P
D
 
D
I
 
I
R
 
R
S
 
T
P
 
P
R
 
E
H
 
E
A
 
A
R
 
R
E
 
L
V
 
F
A
 
L
E
 
E
Y
 
K
I
 
L
G
 
R
M
 
N
V
 
I
L
 
M
R
 
R
S
 
Y
T
 
A
G
 
G
K
 
V
V
 
S
K
 
K
R
 
A
G
 
D
L
 
M
-
 
E
-
 
K
G
 
G
T
 
Q
I
 
L
R
 
R
Q
 
C
D
 
D
V
 
I
N
|
N
I
 
V
S
|
S
I
 
I
A
 
R
R
 
P
-
 
K
-
 
G
-
 
S
-
 
K
-
 
E
-
 
F
G
 
G
E
 
T
R
|
R
V
 
V
E
 
E
I
 
I
K
 
K
G
 
N
V
 
V
Q
 
N
A
 
S
L
 
F
D
 
R
L
 
F
I
 
V
E
 
Q
D
 
K
I
 
A
V
 
L
R
 
E
R
 
Y
E
 
E
V
 
I
E
 
E
R
 
R
Q
 
Q
L
 
I
N
 
N
L
 
V
L
 
V

Sites not aligning to the query:

3al0B Crystal structure of the glutamine transamidosome from thermotoga maritima in the glutamylation state. (see paper)
29% identity, 39% coverage: 14:259/633 of query aligns to 8:237/482 of 3al0B

query
sites
3al0B
G
 
G
L
 
L
E
 
E
I
 
I
H
 
H
Q
 
V
Q
 
Q
L
 
L
D
 
S
S
 
T
K
 
K
E
 
T
K
 
K
L
 
A
F
 
F
C
 
C
R
 
S
C
|
C
P
 
P
T
 
A
L
 
D
I
 
V
R
 
F
D
 
E
I
 
L
G
 
P
D
 
P
S
 
N
D
 
-
F
 
-
E
 
-
F
 
-
F
 
-
R
 
-
Y
 
-
L
 
-
R
 
-
A
 
-
T
 
-
E
 
-
S
 
-
E
 
-
M
 
-
G
 
-
E
 
-
K
 
-
D
 
-
R
 
-
A
 
-
A
 
-
V
 
-
E
 
-
Q
 
-
T
 
-
K
 
-
I
 
-
R
 
-
R
 
-
K
 
-
Y
 
-
I
 
-
Y
 
-
K
 
T
A
 
A
Y
 
I
D
x
C
T
 
P
T
 
V
C
|
C
L
 
T
I
 
G
E
 
Q
N
 
P
D
 
G
E
 
A
E
 
L
P
 
P
-
 
V
P
 
P
R
 
-
E
 
-
L
 
-
N
 
N
K
 
E
E
 
E
A
 
M
L
 
I
D
 
R
I
 
F
S
 
A
L
 
V
G
 
K
V
 
T
S
 
A
K
 
L
L
 
A
F
 
L
N
 
N
M
 
C
K
 
K
P
 
I
V
 
H
D
 
K
Q
 
Y
M
 
S
H
 
R
V
 
F
M
 
D
R
 
R
K
 
K
I
 
N
V
 
Y
V
 
F
D
 
Y
G
 
P
S
 
D
N
 
L
T
 
P
S
 
K
G
 
G
F
 
Y
Q
 
Q
R
 
I
T
 
S
A
 
Q
F
 
Y
-
 
F
-
 
Y
-
 
P
L
 
I
A
 
A
S
 
T
D
 
E
G
 
G
Y
 
F
I
 
L
E
 
E
T
 
I
S
 
D
-
 
G
-
 
D
E
 
E
G
 
G
R
 
R
-
 
K
-
 
K
C
 
V
G
 
R
I
 
I
D
 
R
S
 
R
L
 
L
C
 
H
V
 
L
E
 
E
E
 
E
E
 
D
A
 
A
A
 
G
Q
 
K
K
 
L
I
 
V
E
 
H
E
 
E
K
 
-
G
 
G
D
 
D
S
 
S
I
 
I
V
 
T
-
 
R
-
 
A
-
 
S
Y
 
Y
S
 
S
L
 
L
-
 
V
-
 
D
-
 
M
D
 
N
R
 
R
L
 
C
G
 
G
I
 
V
P
 
P
L
 
L
V
 
I
E
 
E
I
 
I
A
 
V
T
 
T
A
 
E
P
 
P
D
 
D
I
 
I
R
 
S
S
 
S
P
 
P
R
 
R
H
 
E
A
 
A
R
 
R
E
 
V
V
 
F
A
 
M
E
 
E
Y
 
K
I
 
L
G
 
R
M
 
S
V
 
I
L
 
V
R
 
R
-
 
Y
-
 
L
-
 
G
-
 
V
S
 
S
T
 
T
G
 
G
K
 
D
V
 
M
K
 
E
R
 
K
G
 
-
L
 
-
G
 
G
T
 
A
I
 
L
R
 
R
Q
 
C
D
 
D
V
 
A
N
 
N
I
 
I
S
 
S
I
 
V
A
 
V
R
 
D
G
 
T
E
 
E
-
 
T
-
 
G
-
 
R
-
 
Q
-
 
S
-
 
N
R
 
R
V
 
V
E
 
E
I
 
V
K
 
K
G
 
N
V
 
M
Q
 
N
A
 
S
L
 
F
D
x
R
L
 
F
I
 
V
E
 
E
D
 
R
I
 
A
V
 
L
R
 
E
R
 
Y
E
 
E
V
 
F
E
 
E
R
 
R

Sites not aligning to the query:

2df4B Structure of tRNA-dependent amidotransferase gatcab complexed with mn2+ (see paper)
30% identity, 25% coverage: 94:249/633 of query aligns to 50:219/399 of 2df4B

query
sites
2df4B
L
 
V
N
 
N
K
 
K
E
 
R
A
 
A
L
 
V
D
 
D
I
 
W
S
 
A
L
 
M
G
 
R
V
 
A
S
 
A
K
 
M
L
 
A
F
 
L
N
 
N
M
 
M
K
 
E
P
 
I
V
 
A
D
 
T
Q
 
E
M
 
S
H
 
K
V
 
F
M
 
D
R
 
R
K
 
K
I
 
N
V
 
Y
V
 
F
D
 
Y
G
 
P
S
 
D
N
 
N
T
 
P
S
 
K
G
 
A
F
 
Y
Q
 
Q
R
 
I
T
 
S
A
 
Q
F
 
F
-
 
D
-
 
Q
-
 
P
L
 
I
A
 
G
S
 
E
D
 
N
G
 
G
Y
 
Y
I
 
I
E
 
D
T
 
I
S
 
E
-
 
V
-
 
D
-
 
G
-
 
E
E
 
T
G
 
K
R
 
R
C
 
I
G
 
G
I
 
I
D
 
T
S
 
R
L
 
L
C
 
H
V
 
M
E
|
E
E
 
E
E
 
D
A
 
A
A
 
G
Q
 
-
K
 
K
I
 
S
E
 
T
E
 
H
K
 
K
G
 
G
D
 
E
S
 
Y
I
 
S
V
 
L
Y
 
V
S
 
D
L
 
L
D
 
N
R
 
R
L
 
Q
G
 
G
I
 
T
P
 
P
L
 
L
V
 
I
E
|
E
I
 
I
A
 
V
T
 
S
A
 
E
P
 
P
D
 
D
I
 
I
R
 
R
S
 
S
P
 
P
R
 
K
H
 
E
A
 
A
R
 
Y
E
 
A
V
 
Y
A
 
L
E
 
E
Y
 
K
I
 
L
G
 
R
M
 
S
V
 
I
L
 
I
R
 
Q
S
 
Y
T
 
T
G
 
G
-
 
V
-
 
S
K
 
D
V
 
V
K
 
K
R
 
M
G
 
E
L
 
E
G
 
G
T
 
S
I
 
L
R
 
R
Q
 
C
D
|
D
V
 
A
N
 
N
I
 
I
S
 
S
I
 
L
-
 
R
-
 
P
-
 
Y
-
 
G
-
 
Q
-
 
E
A
 
K
R
 
F
G
 
G
E
 
T
R
 
K
V
 
A
E
|
E
I
 
L
K
 
K
G
 
N
V
 
L
Q
 
N
A
 
S
L
 
F
D
 
N
L
 
Y
I
 
V

Sites not aligning to the query:

3ip4B The high resolution structure of gatcab (see paper)
30% identity, 25% coverage: 94:249/633 of query aligns to 51:220/482 of 3ip4B

query
sites
3ip4B
L
 
V
N
 
N
K
 
K
E
 
R
A
 
A
L
 
V
D
 
D
I
 
W
S
 
A
L
 
M
G
 
R
V
 
A
S
 
A
K
 
M
L
 
A
F
 
L
N
 
N
M
 
M
K
 
E
P
 
I
V
 
A
D
 
T
Q
 
E
M
 
S
H
 
K
V
 
F
M
 
D
R
 
R
K
 
K
I
 
N
V
 
Y
V
 
F
D
 
Y
G
 
P
S
 
D
N
 
N
T
 
P
S
 
K
G
 
A
F
 
Y
Q
 
Q
R
 
I
T
 
S
A
 
Q
F
 
F
-
 
D
-
 
Q
-
 
P
L
 
I
A
 
G
S
 
E
D
 
N
G
 
G
Y
 
Y
I
 
I
E
 
D
T
 
I
S
 
E
-
 
V
-
 
D
-
 
G
-
 
E
E
 
T
G
 
K
R
 
R
C
 
I
G
 
G
I
 
I
D
 
T
S
 
R
L
 
L
C
 
H
V
 
M
E
|
E
E
 
E
E
 
D
A
 
A
A
 
G
Q
 
-
K
 
K
I
 
S
E
 
T
E
 
H
K
 
K
G
 
G
D
 
E
S
 
Y
I
 
S
V
 
L
Y
 
V
S
 
D
L
 
L
D
 
N
R
 
R
L
 
Q
G
 
G
I
 
T
P
 
P
L
 
L
V
 
I
E
|
E
I
 
I
A
 
V
T
 
S
A
 
E
P
 
P
D
 
D
I
 
I
R
 
R
S
 
S
P
 
P
R
 
K
H
 
E
A
 
A
R
 
Y
E
 
A
V
 
Y
A
 
L
E
 
E
Y
 
K
I
 
L
G
 
R
M
 
S
V
 
I
L
 
I
R
 
Q
S
 
Y
T
 
T
G
 
G
-
 
V
-
 
S
K
 
D
V
 
V
K
 
K
R
 
M
G
 
E
L
 
E
G
 
G
T
 
S
I
 
L
R
 
R
Q
 
C
D
 
D
V
 
A
N
 
N
I
 
I
S
 
S
I
 
L
-
 
R
-
 
P
-
 
Y
-
 
G
-
 
Q
-
 
E
A
 
K
R
 
F
G
 
G
E
 
T
R
 
K
V
 
A
E
 
E
I
 
L
K
 
K
G
 
N
V
 
L
Q
 
N
A
 
S
L
 
F
D
 
N
L
 
Y
I
 
V

Sites not aligning to the query:

2g5iB Structure of tRNA-dependent amidotransferase gatcab complexed with adp-alf4 (see paper)
30% identity, 25% coverage: 94:249/633 of query aligns to 50:219/410 of 2g5iB

query
sites
2g5iB
L
 
V
N
 
N
K
 
K
E
 
R
A
 
A
L
 
V
D
 
D
I
 
W
S
 
A
L
 
M
G
 
R
V
 
A
S
 
A
K
 
M
L
 
A
F
 
L
N
 
N
M
 
M
K
 
E
P
 
I
V
 
A
D
 
T
Q
 
E
M
 
S
H
 
K
V
 
F
M
 
D
R
 
R
K
 
K
I
 
N
V
 
Y
V
 
F
D
 
Y
G
 
P
S
 
D
N
 
N
T
 
P
S
 
K
G
 
A
F
 
Y
Q
 
Q
R
 
I
T
 
S
A
 
Q
F
 
F
-
 
D
-
 
Q
-
 
P
L
 
I
A
 
G
S
 
E
D
 
N
G
 
G
Y
 
Y
I
 
I
E
 
D
T
 
I
S
 
E
-
 
V
-
 
D
-
 
G
-
 
E
E
 
T
G
 
K
R
 
R
C
 
I
G
 
G
I
 
I
D
 
T
S
 
R
L
 
L
C
 
H
V
 
M
E
|
E
E
 
E
E
 
D
A
 
A
A
 
G
Q
 
-
K
 
K
I
 
S
E
 
T
E
 
H
K
 
K
G
 
G
D
 
E
S
 
Y
I
 
S
V
 
L
Y
 
V
S
 
D
L
 
L
D
 
N
R
 
R
L
 
Q
G
 
G
I
 
T
P
 
P
L
 
L
V
 
I
E
|
E
I
 
I
A
x
V
T
x
S
A
 
E
P
|
P
D
 
D
I
 
I
R
 
R
S
 
S
P
 
P
R
 
K
H
 
E
A
 
A
R
 
Y
E
 
A
V
 
Y
A
 
L
E
 
E
Y
 
K
I
 
L
G
 
R
M
 
S
V
 
I
L
 
I
R
 
Q
S
 
Y
T
 
T
G
 
G
-
 
V
-
 
S
K
 
D
V
 
V
K
 
K
R
 
M
G
 
E
L
 
E
G
 
G
T
 
S
I
 
L
R
 
R
Q
 
C
D
 
D
V
 
A
N
|
N
I
 
I
S
|
S
I
 
L
-
 
R
-
 
P
-
 
Y
-
 
G
-
 
Q
-
 
E
A
 
K
R
 
F
G
 
G
E
 
T
R
x
K
V
 
A
E
 
E
I
 
L
K
 
K
G
 
N
V
 
L
Q
 
N
A
 
S
L
 
F
D
 
N
L
 
Y
I
 
V

Sites not aligning to the query:

4wj3B Crystal structure of the asparagine transamidosome from pseudomonas aeruginosa (see paper)
34% identity, 18% coverage: 151:264/633 of query aligns to 114:234/456 of 4wj3B

query
sites
4wj3B
R
 
R
C
 
I
G
 
G
I
 
I
D
 
T
S
 
R
L
 
A
C
 
H
V
 
L
E
 
E
E
 
E
E
 
D
A
 
A
A
 
G
Q
x
K
K
 
S
I
 
L
E
 
H
E
 
E
K
 
D
G
 
G
D
 
M
S
 
S
I
 
G
V
 
I
Y
 
-
S
 
D
L
 
L
D
 
N
R
 
R
L
 
A
G
 
G
I
 
T
P
 
P
L
 
L
V
 
L
E
 
E
I
 
I
A
 
V
T
 
S
A
 
E
P
 
P
D
 
D
I
 
I
R
 
R
S
 
S
P
 
A
R
 
K
H
 
E
A
 
A
R
 
V
E
 
A
V
 
Y
A
 
V
E
 
K
Y
 
A
I
 
I
G
 
H
M
 
A
V
 
L
L
 
V
R
 
R
S
 
Y
T
 
L
G
 
G
K
 
I
V
 
C
K
 
D
R
 
G
G
 
N
L
 
M
-
x
A
-
 
E
G
 
G
T
 
S
I
 
L
R
 
R
Q
 
C
D
 
D
V
 
C
N
 
N
I
 
V
S
 
S
I
 
V
A
 
R
R
 
P
-
 
K
-
 
G
-
 
Q
-
 
A
-
 
E
-
x
F
G
 
G
E
 
T
R
 
R
V
 
A
E
 
E
I
 
I
K
 
K
G
x
N
V
 
V
Q
 
N
A
x
S
L
 
F
D
x
R
L
 
F
I
 
I
E
 
E
D
 
K
I
 
A
V
 
I
R
 
N
R
 
H
E
 
E
V
 
I
E
 
Q
R
 
R
Q
 
Q
L
 
I
N
 
E
L
 
L
L
 
I

Sites not aligning to the query:

3kfuF Crystal structure of the transamidosome (see paper)
30% identity, 20% coverage: 139:264/633 of query aligns to 99:230/447 of 3kfuF

query
sites
3kfuF
L
 
L
A
 
G
S
 
R
D
 
G
G
 
G
Y
 
S
I
 
L
E
 
P
T
 
L
S
 
G
E
 
E
G
 
R
R
 
R
C
 
V
G
 
R
I
 
I
D
 
K
S
 
R
L
 
L
C
 
H
V
 
L
E
|
E
E
 
E
E
 
D
A
 
A
A
 
G
Q
x
K
K
 
S
I
 
L
E
x
H
E
 
L
K
 
E
G
 
G
D
 
R
S
 
T
I
 
L
V
 
L
Y
 
-
S
 
D
L
 
L
D
 
N
R
|
R
L
 
A
G
 
G
I
 
S
P
 
P
L
 
L
V
 
I
E
|
E
I
 
L
A
 
V
T
 
T
A
 
E
P
 
P
D
 
D
I
 
L
R
 
K
S
 
T
P
 
P
R
 
E
H
 
E
A
 
A
R
|
R
E
 
L
V
 
F
A
 
L
E
 
Q
Y
 
R
I
 
I
G
 
Q
M
 
A
V
 
L
L
 
V
R
 
Q
S
 
T
T
 
L
G
 
G
-
 
I
-
 
S
K
 
D
V
 
A
K
 
S
R
x
P
G
x
E
L
 
E
G
|
G
T
 
K
I
 
L
R
|
R
Q
 
A
D
 
D
V
 
V
N
 
N
I
 
V
S
 
S
I
 
V
A
 
R
R
 
R
-
 
V
-
 
G
-
 
E
-
 
P
-
 
L
G
 
G
E
 
T
R
 
K
V
 
V
E
 
E
I
 
I
K
 
K
G
 
N
V
 
L
Q
x
N
A
x
S
L
x
F
D
x
K
L
 
S
I
 
V
E
 
Q
D
 
R
I
 
A
V
 
L
R
 
E
R
 
Y
E
 
E
V
 
I
E
 
R
R
 
R
Q
 
Q
L
 
T
N
 
E
L
 
I
L
 
L

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_011022814.1 NCBI__GCF_000007345.1:WP_011022814.1
MEKYDYSELGLKAGLEIHQQLDSKEKLFCRCPTLIRDIGDSDFEFFRYLRATESEMGEKD
RAAVEQTKIRRKYIYKAYDTTCLIENDEEPPRELNKEALDISLGVSKLFNMKPVDQMHVM
RKIVVDGSNTSGFQRTAFLASDGYIETSEGRCGIDSLCVEEEAAQKIEEKGDSIVYSLDR
LGIPLVEIATAPDIRSPRHAREVAEYIGMVLRSTGKVKRGLGTIRQDVNISIARGERVEI
KGVQALDLIEDIVRREVERQLNLLFIRQELLERKAFVCEEIYDVTGLFMDTKSKVLQKGV
KKGSILAALLKKFNRLVGKEVQPGRRLGTEFSDRAKTAGVGGLFHTDELPNYGITEKEVQ
AVKDAIGAGPEDAFVMVADEPEKARLAIEAVINRAKEAIEGIPEETRKALPDGNTAYMRP
LPGAARMYPETDVPQIEISQEYFDSIKPPELLTKRAKRFASESGLNKELAEKVAYSRYLP
LFEILLETYTKDANVNSTLIARTLVGIVPEIRRNGVETDNLTDEHFKGLFAAISNQEIAK
EAIQDLLTALAKEPELTVQEAISKLGLSAFDPEEVENFIKQMVMEKGDFIKDKGPSALGP
LMGIVMKEYRGTVDGKILSHMLKKEIDNFIGQG

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory