SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011023202.1 NCBI__GCF_000007345.1:WP_011023202.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 17 hits to proteins with known functional sites (download)

3vpdA Lysx from thermus thermophilus complexed with amp-pnp (see paper)
40% identity, 62% coverage: 87:286/324 of query aligns to 67:259/281 of 3vpdA

query
sites
3vpdA
R
 
R
E
 
Y
L
 
L
E
 
T
A
 
A
G
 
L
G
 
G
V
 
I
T
 
P
V
 
V
M
 
V
N
 
N
S
 
R
P
 
P
E
 
E
A
 
V
I
 
I
Q
 
E
N
 
A
A
 
C
A
 
G
N
 
D
K
 
K
Y
 
W
H
 
A
A
 
T
S
 
S
Y
 
V
L
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
L
P
 
P
V
 
Q
P
 
P
E
 
K
T
 
T
V
 
A
A
 
L
V
 
A
Q
 
T
S
 
D
V
 
R
E
 
E
A
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
R
A
 
L
A
 
M
S
 
E
G
 
A
F
 
F
G
 
G
-
 
Y
D
 
P
A
 
V
V
|
V
I
 
L
K
|
K
P
 
P
V
 
V
F
 
I
G
 
G
Y
 
S
K
x
W
G
|
G
K
 
R
D
 
L
I
x
L
A
 
A
R
 
K
V
 
V
K
 
-
D
 
-
G
 
-
E
 
-
I
 
-
R
 
-
F
 
-
S
 
T
D
 
D
R
 
R
K
 
A
T
 
A
G
 
A
P
 
E
G
 
A
T
 
L
V
 
L
E
 
E
-
 
H
-
 
K
E
 
E
I
 
V
L
 
L
E
 
G
K
 
G
L
 
F
L
 
-
E
 
-
E
 
Q
R
 
H
G
 
Q
M
 
L
L
 
F
Y
 
Y
I
 
I
Q
|
Q
E
 
E
F
 
Y
I
x
V
E
 
E
N
x
K
P
 
P
G
 
G
R
 
R
D
|
D
I
 
I
R
 
R
A
 
V
F
 
F
V
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
E
K
 
R
A
 
A
I
 
I
G
 
A
A
 
A
I
 
I
Y
 
Y
R
|
R
K
 
R
A
 
S
A
 
A
A
 
-
G
 
-
S
 
H
W
|
W
V
 
I
N
x
T
N
 
N
L
 
T
S
 
A
R
 
R
G
 
G
G
 
G
S
 
Q
A
 
A
D
 
E
R
 
N
C
 
C
V
 
P
L
 
L
A
 
T
E
 
E
E
 
E
Q
 
I
K
 
A
E
 
R
I
 
L
A
 
S
E
 
V
K
 
G
A
 
A
A
 
A
L
 
E
A
 
A
V
 
V
G
 
G
T
 
G
T
 
G
F
 
V
A
 
V
G
 
A
I
 
V
D
 
D
I
 
L
I
x
F
E
 
E
G
 
S
A
 
E
K
 
R
A
 
G
Q
 
L
T
 
L
G
 
V
N
 
N
E
|
E
-
 
V
N
 
N
K
 
H
K
 
T
T
 
M
E
 
E
D
x
F
K
|
K
S
x
N
T
x
S

5k2mI Bifunctional lysx/argx from thermococcus kodakarensis with lysw-gamma- aaa (see paper)
34% identity, 78% coverage: 35:288/324 of query aligns to 10:253/273 of 5k2mI

query
sites
5k2mI
L
 
L
R
 
R
I
 
R
A
 
E
E
 
E
V
 
M
S
 
A
I
 
I
S
 
K
S
 
E
K
 
R
T
 
A
S
 
G
E
 
E
-
 
F
-
 
G
P
 
E
A
 
V
T
 
V
L
 
M
F
 
L
K
 
H
A
 
E
G
 
D
E
 
D
I
 
L
L
 
L
L
 
F
S
 
P
-
 
G
-
 
N
-
 
Y
D
 
D
L
 
L
D
 
D
A
 
V
L
 
V
I
 
I
V
 
I
R
 
R
D
 
N
V
|
V
G
x
S
A
x
H
G
 
-
A
 
-
F
|
F
E
 
K
G
 
A
V
 
L
S
 
Y
F
 
-
R
 
-
F
 
-
D
 
-
I
 
T
L
 
A
R
 
R
E
 
L
L
 
F
E
 
E
A
 
S
G
 
E
G
 
G
V
 
I
T
 
P
V
 
T
M
 
V
N
 
N
S
 
S
P
 
S
E
 
R
A
 
L
I
 
I
Q
 
F
N
 
E
A
 
A
A
 
G
N
 
D
K
|
K
Y
 
L
H
 
F
A
 
A
S
 
T
Y
 
L
L
 
R
L
 
L
A
 
A
R
 
-
A
 
G
G
 
K
L
 
V
P
 
P
V
 
V
P
 
P
E
 
E
T
 
W
V
 
K
A
 
A
V
 
A
Q
 
L
S
 
S
V
 
E
E
 
G
A
 
G
A
 
A
L
 
L
R
 
R
A
 
V
A
 
P
S
 
D
G
 
S
F
 
L
G
 
G
D
 
Y
A
 
P
V
 
L
I
x
V
-
 
S
K
|
K
P
 
P
V
 
V
F
|
F
G
 
G
Y
x
S
K
x
W
G
 
G
K
x
R
D
 
L
I
x
L
A
 
A
R
 
K
V
 
V
K
 
N
D
 
D
G
 
-
E
 
-
I
 
-
R
 
-
F
 
-
S
 
-
D
 
-
R
 
-
K
 
-
T
 
-
G
 
-
P
 
-
G
 
-
T
 
-
V
 
-
E
 
R
E
 
D
I
 
S
L
 
L
E
 
E
K
 
A
L
 
V
L
 
L
E
 
E
E
 
H
R
 
R
-
 
K
-
 
W
-
 
M
-
 
K
-
x
N
-
 
P
-
 
L
-
x
Y
G
 
G
M
 
I
L
 
H
Y
 
Y
I
 
F
Q
|
Q
E
 
E
F
 
F
I
x
V
E
 
E
N
x
K
P
 
P
G
 
G
R
 
R
D
|
D
I
 
I
R
|
R
A
 
S
F
 
Y
V
 
V
V
 
I
G
 
G
G
 
G
K
 
E
A
 
F
I
 
V
G
 
G
A
 
A
I
 
I
Y
 
Y
R
 
R
K
 
-
A
 
-
A
 
Y
A
 
S
G
 
N
S
 
H
W
|
W
V
x
I
N
x
T
N
|
N
L
x
T
S
x
A
R
 
R
G
 
G
G
 
G
S
 
K
A
 
A
D
 
E
R
 
P
C
 
C
V
 
S
L
 
-
A
 
D
E
 
P
E
 
E
Q
 
V
K
 
E
E
 
E
I
 
L
A
 
S
E
 
V
K
 
K
A
 
A
A
 
W
L
 
E
A
 
A
V
 
F
G
 
G
T
 
E
T
 
G
F
 
A
A
 
L
G
 
A
I
 
I
D
 
D
I
 
I
I
x
F
E
 
E
G
 
S
A
 
E
K
 
K
A
 
G
Q
 
L
T
 
L
G
 
V
N
|
N
E
|
E
-
 
V
N
 
N
K
 
P
K
x
N
T
 
M
E
|
E
D
x
F
K
 
K
S
x
N
T
 
A
G
 
A
Q
 
R

5k2mG Bifunctional lysx/argx from thermococcus kodakarensis with lysw-gamma- aaa (see paper)
34% identity, 78% coverage: 35:288/324 of query aligns to 10:253/273 of 5k2mG

query
sites
5k2mG
L
 
L
R
 
R
I
 
R
A
 
E
E
 
E
V
 
M
S
 
A
I
 
I
S
 
K
S
 
E
K
 
R
T
 
A
S
 
G
E
 
E
-
 
F
-
 
G
P
 
E
A
 
V
T
 
V
L
 
M
F
 
L
K
 
H
A
 
E
G
 
D
E
 
D
I
 
L
L
 
L
L
 
F
S
 
P
-
 
G
-
 
N
-
 
Y
D
 
D
L
 
L
D
 
D
A
 
V
L
 
V
I
 
I
V
 
I
R
 
R
D
 
N
V
|
V
G
x
S
A
x
H
G
 
-
A
 
-
F
|
F
E
 
K
G
 
A
V
 
L
S
 
Y
F
 
-
R
 
-
F
 
-
D
 
-
I
 
T
L
 
A
R
 
R
E
 
L
L
 
F
E
 
E
A
 
S
G
 
E
G
 
G
V
 
I
T
 
P
V
 
T
M
 
V
N
 
N
S
 
S
P
 
S
E
 
R
A
 
L
I
 
I
Q
 
F
N
 
E
A
 
A
A
 
G
N
 
D
K
|
K
Y
 
L
H
 
F
A
 
A
S
 
T
Y
 
L
L
 
R
L
 
L
A
 
A
R
 
-
A
 
G
G
 
K
L
 
V
P
 
P
V
 
V
P
 
P
E
 
E
T
 
W
V
 
K
A
 
A
V
 
A
Q
 
L
S
 
S
V
 
E
E
 
G
A
 
G
A
 
A
L
 
L
R
 
R
A
 
V
A
 
P
S
 
D
G
 
S
F
 
L
G
 
G
D
 
Y
A
 
P
V
 
L
I
x
V
-
 
S
K
|
K
P
 
P
V
 
V
F
|
F
G
 
G
Y
x
S
K
x
W
G
|
G
K
x
R
D
 
L
I
 
L
A
 
A
R
 
K
V
 
V
K
 
N
D
 
D
G
 
-
E
 
-
I
 
-
R
 
-
F
 
-
S
 
-
D
 
-
R
 
-
K
 
-
T
 
-
G
 
-
P
 
-
G
 
-
T
 
-
V
 
-
E
 
R
E
 
D
I
 
S
L
 
L
E
 
E
K
 
A
L
 
V
L
 
L
E
 
E
E
 
H
R
 
R
-
 
K
-
 
W
-
 
M
-
 
K
-
 
N
-
 
P
-
 
L
-
x
Y
G
 
G
M
 
I
L
 
H
Y
 
Y
I
 
F
Q
|
Q
E
 
E
F
 
F
I
x
V
E
 
E
N
x
K
P
 
P
G
 
G
R
 
R
D
|
D
I
 
I
R
|
R
A
 
S
F
 
Y
V
 
V
V
 
I
G
 
G
G
 
G
K
 
E
A
 
F
I
 
V
G
 
G
A
 
A
I
 
I
Y
 
Y
R
|
R
K
 
-
A
 
-
A
 
Y
A
 
S
G
 
N
S
 
H
W
|
W
V
 
I
N
x
T
N
|
N
L
x
T
S
x
A
R
 
R
G
 
G
G
 
G
S
 
K
A
 
A
D
 
E
R
 
P
C
 
C
V
 
S
L
 
-
A
 
D
E
 
P
E
 
E
Q
 
V
K
 
E
E
 
E
I
 
L
A
 
S
E
 
V
K
 
K
A
 
A
A
 
W
L
 
E
A
 
A
V
 
F
G
 
G
T
 
E
T
 
G
F
 
A
A
 
L
G
 
A
I
 
I
D
|
D
I
 
I
I
x
F
E
 
E
G
 
S
A
 
E
K
 
K
A
 
G
Q
 
L
T
 
L
G
 
V
N
|
N
E
|
E
-
 
V
N
|
N
K
x
P
K
x
N
T
 
M
E
|
E
D
x
F
K
 
K
S
x
N
T
x
A
G
 
A
Q
 
R

7qyrD Crystal structure of rimk from pseudomonas aeruginosa pao1 (see paper)
29% identity, 98% coverage: 3:321/324 of query aligns to 2:287/293 of 7qyrD

query
sites
7qyrD
K
 
K
I
 
I
G
 
A
I
 
V
A
 
L
I
x
S
T
 
R
D
 
N
P
 
P
E
 
R
D
x
L
W
 
Y
T
x
S
A
 
T
R
 
R
A
 
R
L
 
L
I
 
V
T
 
E
A
 
A
A
 
G
K
 
R
E
 
E
K
 
R
G
 
G
F
 
H
F
 
E
P
 
M
F
 
V
I
 
V
L
 
I
D
 
D
L
 
T
R
 
L
I
 
R
A
 
A
E
 
Y
V
 
M
S
 
N
I
 
I
S
 
A
S
 
S
K
 
H
T
 
-
S
 
-
E
 
K
P
 
P
A
 
Q
T
 
I
L
 
H
F
 
Y
K
 
R
A
 
G
G
 
Q
E
 
P
I
 
-
L
 
-
L
 
L
S
 
E
D
 
G
L
 
F
D
 
D
A
 
A
L
 
V
I
 
I
V
 
P
R
|
R
D
 
I
V
 
G
G
 
A
A
 
S
G
 
V
A
 
T
F
 
F
E
 
Y
G
 
G
V
 
C
S
 
A
F
 
-
R
 
-
F
 
-
D
 
-
I
 
V
L
 
L
R
 
R
E
 
Q
L
 
F
E
 
E
A
 
M
G
 
M
G
 
G
V
 
V
T
 
F
V
 
P
M
 
L
N
 
N
S
 
E
P
 
S
E
 
V
A
 
A
I
 
I
Q
 
A
N
 
R
A
 
S
A
 
R
N
 
D
K
 
K
Y
 
L
H
 
R
A
 
S
S
 
L
Y
 
Q
L
 
L
L
 
L
A
 
S
R
 
R
A
 
K
G
 
G
L
 
I
P
 
G
V
 
L
P
 
P
E
 
V
T
 
T
V
 
G
A
 
F
V
 
A
Q
 
H
S
 
S
V
 
P
E
 
D
A
 
D
A
 
V
-
 
P
-
 
D
L
 
L
R
 
I
A
 
E
A
 
M
S
 
V
G
 
G
F
 
G
G
 
A
D
 
P
A
 
L
V
|
V
I
 
I
K
 
K
P
 
L
V
 
L
F
 
E
G
 
G
Y
 
T
K
 
Q
G
 
G
K
 
I
D
 
G
I
 
V
A
 
V
R
 
L
V
 
C
K
 
E
D
 
T
G
 
E
E
 
K
I
 
-
R
 
-
F
 
-
S
 
-
D
 
-
R
 
-
K
 
-
T
 
-
G
 
-
P
 
-
G
 
-
T
 
A
V
 
A
E
 
E
E
 
S
I
 
V
L
 
L
E
 
E
K
 
A
L
 
F
L
 
M
E
 
G
E
 
L
R
 
K
G
 
H
M
 
N
L
 
I
Y
 
M
I
 
V
Q
 
Q
E
 
E
F
x
Y
I
|
I
-
 
K
E
 
E
N
 
A
P
 
G
G
 
G
R
 
A
D
|
D
I
 
I
R
|
R
A
 
C
F
 
F
V
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
D
K
 
K
A
 
V
I
 
I
G
 
A
A
 
S
I
 
M
Y
 
K
R
 
R
K
 
Q
A
 
A
A
 
A
A
 
P
G
 
G
S
 
E
W
 
F
V
x
R
N
x
S
N
 
N
L
 
L
S
 
H
R
 
R
G
 
G
G
 
G
S
 
S
A
 
A
D
 
S
R
 
L
C
 
I
V
 
K
L
 
I
A
 
T
E
 
P
E
 
E
Q
 
E
K
 
R
E
 
M
I
 
T
A
 
A
E
 
I
K
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
R
A
 
V
V
 
M
G
 
G
T
 
L
T
 
N
F
 
V
A
 
A
G
 
G
I
 
V
D
 
D
I
 
I
I
x
L
E
 
R
G
 
-
A
 
-
K
 
-
A
 
-
Q
 
-
T
 
-
G
 
-
N
 
-
E
 
-
N
 
-
K
 
-
K
 
-
T
 
-
E
 
-
D
 
-
K
 
-
S
 
-
T
 
S
G
 
N
Q
 
H
G
 
G
S
 
P
R
 
L
I
 
V
L
x
M
E
 
E
V
 
V
N
|
N
G
 
S
T
x
S
P
 
P
S
x
G
G
 
L
K
 
E
G
 
G
I
 
I
F
 
E
D
 
S
A
 
T
W
 
T
G
 
G
I
 
K
N
 
D
P
 
I
A
 
A
E
 
G
Y
 
I
I
 
I
L
 
I
E
 
Q
Y
 
Y
L
 
L
Q
 
E

1uc9A Crystal structure of a lysine biosynthesis enzyme, lysx, from thermus thermophilus hb8 (see paper)
35% identity, 62% coverage: 87:286/324 of query aligns to 67:235/256 of 1uc9A

query
sites
1uc9A
R
 
R
E
 
Y
L
 
L
E
 
T
A
 
A
G
 
L
G
 
G
V
 
I
T
 
P
V
 
V
M
 
V
N
 
N
S
 
R
P
 
P
E
 
E
A
 
V
I
 
I
Q
 
E
N
 
A
A
 
C
A
 
G
N
 
D
K
 
K
Y
 
W
H
 
A
A
 
T
S
 
S
Y
 
V
L
 
A
L
 
L
A
 
A
R
 
K
A
 
A
G
 
G
L
 
L
P
 
P
V
 
Q
P
 
P
E
 
K
T
 
T
V
 
A
A
 
L
V
 
A
Q
 
T
S
 
D
V
 
R
E
 
E
A
 
E
A
 
A
L
 
L
R
 
R
A
 
L
A
 
M
S
 
E
G
 
A
F
 
F
G
 
G
-
 
Y
D
 
P
A
 
V
V
 
V
I
 
L
K
|
K
P
 
P
V
 
V
F
 
I
G
 
G
Y
 
A
K
 
A
G
 
A
K
 
A
D
 
A
I
 
A
A
 
A
R
 
A
V
 
A
K
 
A
D
 
A
G
 
A
E
 
A
I
 
A
R
 
A
F
 
A
S
 
G
D
 
F
R
 
-
K
 
-
T
 
-
G
 
-
P
 
-
G
 
-
T
 
-
V
 
-
E
 
-
E
 
-
I
 
-
L
 
-
E
 
-
K
 
-
L
 
-
L
 
-
E
 
-
E
 
Q
R
 
H
G
 
Q
M
 
L
L
 
F
Y
 
Y
I
 
I
Q
 
Q
E
 
E
F
x
Y
I
x
V
E
 
E
N
 
K
P
 
P
G
 
G
R
 
R
D
|
D
I
 
I
R
 
R
A
 
V
F
 
F
V
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
E
K
 
R
A
 
A
I
 
I
G
 
A
A
 
A
I
 
I
Y
 
Y
R
|
R
K
 
-
A
 
-
A
 
-
A
 
-
G
 
-
S
 
-
W
 
-
V
 
-
N
 
-
N
 
-
L
 
-
S
 
-
R
 
-
G
 
-
G
 
-
S
 
-
A
 
A
D
 
E
R
 
N
C
 
C
V
 
P
L
 
L
A
 
T
E
 
E
E
 
E
Q
 
V
K
 
A
E
 
R
I
 
L
A
 
S
E
 
V
K
 
K
A
 
A
A
 
A
L
 
E
A
 
A
V
 
V
G
 
G
T
 
G
T
 
G
F
 
V
A
 
V
G
 
A
I
 
V
D
 
D
I
 
L
I
x
F
E
 
E
G
 
S
A
 
E
K
 
R
A
 
G
Q
 
L
T
 
L
G
 
V
N
|
N
E
 
E
-
 
V
N
 
N
K
 
H
K
 
T
T
 
M
E
 
E
D
 
F
K
 
K
S
 
N
T
 
S

Q4JAP9 Alpha-aminoadipate--LysW ligase LysX; AAA--LysW ligase LysX; EC 6.3.2.43 from Sulfolobus acidocaldarius (strain ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770) (see paper)
26% identity, 95% coverage: 14:321/324 of query aligns to 3:271/276 of Q4JAP9

query
sites
Q4JAP9
W
 
W
T
 
E
A
 
E
R
 
K
A
 
D
L
 
I
I
 
I
T
 
T
A
 
E
A
 
A
K
 
K
E
 
K
K
 
S
G
 
G
F
 
F
-
 
K
-
 
A
F
 
I
P
 
P
F
 
I
I
 
F
L
 
T
D
 
K
L
 
D
R
 
F
I
 
Y
A
 
S
E
 
A
V
 
I
S
 
G
I
 
V
S
 
G
S
 
E
K
 
N
T
 
Y
S
 
S
E
 
E
P
 
-
A
 
-
T
 
-
L
 
-
F
 
-
K
 
-
A
 
-
G
 
-
E
 
-
I
 
-
L
 
-
L
 
-
S
 
L
D
 
E
L
 
A
D
 
D
A
 
V
L
 
I
I
 
I
V
 
Q
R
 
R
D
 
N
V
 
T
G
 
S
A
 
H
G
 
A
A
 
R
F
 
A
E
 
L
G
 
T
V
 
T
S
 
S
F
 
L
R
 
I
F
 
F
D
 
-
I
 
-
L
 
-
R
 
-
E
 
-
L
 
-
E
 
E
A
 
G
G
 
W
G
 
N
V
 
Y
T
 
N
V
 
V
M
 
V
N
 
N
S
 
D
P
 
A
E
 
T
A
 
S
I
 
L
Q
 
F
N
 
K
A
 
C
A
 
G
N
 
N
K
 
K
Y
 
L
H
 
Y
A
 
T
S
 
L
Y
 
S
L
 
L
L
 
L
A
 
A
R
 
K
A
 
H
G
 
N
L
 
I
P
 
K
V
 
T
P
 
P
E
 
R
T
 
T
V
 
I
A
 
V
V
 
T
Q
 
F
S
 
S
V
 
K
E
 
D
A
 
K
A
 
A
L
 
V
R
 
D
A
 
L
A
 
A
S
 
K
G
 
K
F
 
I
G
 
G
-
 
F
D
 
P
A
 
A
V
 
V
I
 
I
K
 
K
P
 
P
V
 
I
F
 
E
G
 
G
Y
 
S
K
 
W
G
 
G
K
 
R
D
 
M
I
 
V
A
 
A
R
 
K
V
 
A
K
 
V
D
 
D
G
 
E
E
 
D
I
 
I
R
 
L
F
 
Y
S
 
S
D
 
F
R
 
L
K
 
E
T
 
Y
G
 
Q
P
 
E
G
 
Y
T
 
T
V
 
T
E
 
S
E
 
Q
I
 
F
L
 
-
E
 
-
K
 
-
L
 
-
L
 
-
E
 
-
E
 
-
R
 
R
G
 
Q
M
 
I
L
 
Y
Y
 
L
I
 
V
Q
 
Q
E
 
E
F
 
F
I
 
V
E
 
K
N
 
K
P
 
P
G
 
N
R
 
R
D
 
D
I
 
I
R
 
R
A
 
I
F
 
F
V
 
V
V
 
M
G
 
G
G
 
D
K
 
E
A
 
A
I
 
P
G
 
V
A
 
G
I
 
I
Y
 
Y
R
 
R
K
 
-
A
 
V
A
 
N
A
 
E
G
 
R
S
 
N
W
 
W
V
 
K
N
 
T
N
 
N
L
 
T
S
 
A
R
 
L
G
 
G
G
 
A
S
 
R
A
 
A
D
 
L
R
 
P
C
 
L
V
 
K
L
 
I
A
 
D
E
 
D
E
 
E
Q
 
L
K
 
R
E
 
D
I
 
L
A
 
A
E
 
L
K
 
K
A
 
V
A
 
R
L
 
D
A
 
I
V
 
M
G
 
G
T
 
G
T
 
F
F
 
F
A
 
L
G
 
G
I
 
I
D
 
D
I
 
I
I
 
F
E
 
E
G
 
D
A
 
P
K
 
E
A
 
-
Q
 
-
T
 
-
G
 
-
N
 
-
E
 
-
N
 
-
K
 
-
K
 
-
T
 
-
E
 
-
D
 
-
K
 
-
S
 
-
T
 
-
G
 
-
Q
 
R
G
 
G
S
 
Y
R
 
L
I
 
V
L
 
N
E
 
E
V
 
V
N
 
N
G
 
G
T
 
V
P
 
P
S
 
E
G
 
Y
K
 
K
G
x
N
I
x
T
F
 
V
D
 
R
A
 
V
W
 
N
G
 
N
I
 
F
N
 
N
P
 
V
A
 
S
E
 
S
Y
 
Y
I
 
L
L
 
L
E
 
N
Y
 
K
L
 
L
Q
 
R

3vpbB Argx from sulfolobus tokodaii complexed with lysw/glu/adp/mg/zn/sulfate (see paper)
29% identity, 72% coverage: 89:321/324 of query aligns to 67:277/282 of 3vpbB

query
sites
3vpbB
L
 
L
E
 
E
A
 
A
G
 
A
G
 
G
V
 
V
T
 
H
V
 
T
M
 
I
N
 
N
S
 
S
P
 
S
E
 
D
A
 
V
I
 
I
Q
 
N
N
 
V
A
 
C
A
 
G
N
 
D
K
|
K
Y
 
I
H
 
L
A
 
T
S
 
Y
Y
 
S
L
 
K
L
 
L
A
 
Y
R
 
R
A
 
E
G
 
G
L
 
I
P
 
P
V
 
I
P
 
P
E
 
D
T
 
S
V
 
I
A
 
I
V
 
A
Q
 
L
S
 
S
V
 
A
E
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
K
A
 
A
A
 
Y
S
 
E
G
 
Q
F
 
R
G
 
G
D
 
F
A
 
P
V
 
L
I
|
I
-
 
D
K
|
K
P
 
P
V
 
P
F
 
I
G
 
G
Y
x
S
K
 
W
G
|
G
K
 
R
D
 
L
I
x
V
A
 
S
R
 
L
V
 
I
K
 
R
D
 
D
G
 
-
E
 
-
I
 
-
R
 
-
F
 
V
S
 
F
D
 
E
R
 
G
K
 
K
T
 
T
G
 
-
P
 
-
G
 
-
T
 
-
V
 
-
E
 
-
E
 
-
I
 
-
L
 
-
E
 
-
K
 
-
L
 
I
L
 
I
E
 
E
E
 
H
R
 
R
G
 
E
M
 
L
L
 
M
-
 
G
-
 
N
-
 
S
-
 
A
-
 
L
-
 
K
-
 
A
-
 
H
Y
 
I
I
 
V
Q
|
Q
E
 
E
F
x
Y
I
|
I
E
 
Q
N
 
Y
P
 
K
G
 
G
R
 
R
D
|
D
I
 
I
R
 
R
A
 
C
F
 
I
V
 
A
V
 
I
G
 
G
G
 
E
K
 
E
A
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
C
I
x
Y
Y
 
A
R
|
R
K
 
N
A
 
I
A
 
P
A
 
P
G
 
N
S
 
E
W
 
W
V
x
R
N
x
A
N
|
N
L
x
V
S
x
A
R
 
L
G
 
G
G
 
G
S
 
T
A
 
P
D
 
S
R
 
N
C
 
I
V
 
E
L
 
V
A
 
D
E
 
E
E
 
K
Q
 
L
K
 
K
E
 
E
I
 
T
A
 
V
E
 
V
K
 
K
A
 
A
A
 
V
L
 
S
A
 
I
V
 
V
G
 
H
T
 
G
T
 
E
F
 
F
A
 
V
G
 
S
I
 
I
D
|
D
I
 
I
I
 
L
E
 
E
G
 
-
A
 
-
K
 
-
A
 
-
Q
 
-
T
 
-
G
 
-
N
 
-
E
 
-
N
 
-
K
 
-
K
 
-
T
 
-
E
 
-
D
 
-
K
 
-
S
 
H
T
 
P
G
 
N
Q
 
K
G
 
G
S
 
Y
R
 
V
I
 
V
L
x
N
E
|
E
V
 
L
N
|
N
G
 
D
T
 
V
P
 
P
S
x
E
G
 
F
K
 
K
G
|
G
I
 
F
F
 
M
D
 
V
A
 
A
W
 
T
G
 
N
I
 
I
N
 
N
P
 
V
A
 
A
E
 
Q
Y
 
K
I
 
L
L
 
V
E
 
E
Y
 
Y
L
 
I
Q
 
K

Q970U6 Glutamate--LysW ligase ArgX; EC 6.3.2.- from Sulfurisphaera tokodaii (strain DSM 16993 / JCM 10545 / NBRC 100140 / 7) (Sulfolobus tokodaii) (see paper)
29% identity, 72% coverage: 89:321/324 of query aligns to 67:277/282 of Q970U6

query
sites
Q970U6
L
 
L
E
 
E
A
 
A
G
 
A
G
 
G
V
 
V
T
 
H
V
 
T
M
 
I
N
 
N
S
 
S
P
 
S
E
 
D
A
 
V
I
 
I
Q
 
N
N
 
V
A
 
C
A
 
G
N
 
D
K
 
K
Y
 
I
H
 
L
A
 
T
S
 
Y
Y
 
S
L
 
K
L
 
L
A
 
Y
R
 
R
A
 
E
G
 
G
L
 
I
P
 
P
V
 
I
P
 
P
E
 
D
T
 
S
V
 
I
A
 
I
V
 
A
Q
 
L
S
 
S
V
 
A
E
 
E
A
 
A
A
 
A
L
 
L
R
 
K
A
 
A
A
 
Y
S
 
E
G
 
Q
F
 
R
G
 
G
D
 
F
A
 
P
V
 
L
I
 
I
-
 
D
K
 
K
P
 
P
V
 
P
F
 
I
G
 
G
Y
 
S
K
 
W
G
 
G
K
 
R
D
 
L
I
 
V
A
 
S
R
 
L
V
 
I
K
 
R
D
 
D
G
 
-
E
 
-
I
 
-
R
 
-
F
 
V
S
 
F
D
 
E
R
 
G
K
 
K
T
 
T
G
 
-
P
 
-
G
 
-
T
 
-
V
 
-
E
 
-
E
 
-
I
 
-
L
 
-
E
 
-
K
 
-
L
 
I
L
 
I
E
 
E
E
 
H
R
 
R
G
 
E
M
 
L
L
 
M
-
 
G
-
 
N
-
 
S
-
 
A
-
 
L
-
 
K
-
 
A
-
 
H
Y
 
I
I
 
V
Q
 
Q
E
 
E
F
 
Y
I
 
I
E
 
Q
N
 
Y
P
 
K
G
 
G
R
 
R
D
 
D
I
 
I
R
 
R
A
 
C
F
 
I
V
 
A
V
 
I
G
 
G
G
 
E
K
 
E
A
 
L
I
 
L
G
 
G
A
 
C
I
 
Y
Y
 
A
R
 
R
K
 
N
A
 
I
A
 
P
A
 
P
G
 
N
S
 
E
W
 
W
V
 
R
N
 
A
N
 
N
L
 
V
S
 
A
R
 
L
G
 
G
G
 
G
S
 
T
A
 
P
D
 
S
R
 
N
C
 
I
V
 
E
L
 
V
A
 
D
E
 
E
E
 
K
Q
 
L
K
 
K
E
 
E
I
 
T
A
 
V
E
 
V
K
 
K
A
 
A
A
 
V
L
 
S
A
 
I
V
 
V
G
 
H
T
 
G
T
 
E
F
 
F
A
 
V
G
 
S
I
 
I
D
|
D
I
 
I
I
 
L
E
 
E
G
 
-
A
 
-
K
 
-
A
 
-
Q
 
-
T
 
-
G
 
-
N
 
-
E
 
-
N
 
-
K
 
-
K
 
-
T
 
-
E
 
-
D
 
-
K
 
-
S
 
H
T
 
P
G
 
N
Q
 
K
G
 
G
S
 
Y
R
 
V
I
 
V
L
 
N
E
|
E
V
 
L
N
|
N
G
 
D
T
 
V
P
 
P
S
 
E
G
 
F
K
 
K
G
 
G
I
 
F
F
 
M
D
 
V
A
 
A
W
 
T
G
 
N
I
 
I
N
 
N
P
 
V
A
 
A
E
 
Q
Y
 
K
I
 
L
L
 
V
E
 
E
Y
 
Y
L
 
I
Q
 
K

4iwxA Rimk structure at 2.85a (see paper)
28% identity, 98% coverage: 3:321/324 of query aligns to 4:289/294 of 4iwxA

query
sites
4iwxA
K
 
K
I
 
I
G
 
A
I
 
I
A
 
L
I
 
S
T
 
R
D
 
D
P
 
G
E
 
T
D
 
L
W
 
Y
T
 
S
A
 
C
R
 
K
A
 
R
L
 
L
I
 
R
T
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
I
E
 
Q
K
 
R
G
 
G
F
 
H
F
 
L
P
 
V
F
 
E
I
 
I
L
 
L
D
 
D
L
 
P
R
 
L
I
 
S
A
 
C
E
 
Y
V
 
M
S
 
N
I
 
I
S
 
N
S
 
P
K
 
A
T
 
A
S
 
S
E
 
-
P
 
-
A
 
S
T
 
I
L
 
H
F
 
Y
K
 
K
A
 
G
G
 
R
E
 
K
I
 
-
L
 
-
L
 
L
S
 
P
D
 
H
L
 
F
D
 
D
A
 
A
L
 
V
I
 
I
V
 
P
R
 
R
D
 
I
V
 
G
G
 
T
A
 
A
G
 
I
A
 
T
F
 
F
E
 
Y
G
 
G
V
 
T
S
 
A
F
 
A
R
 
-
F
 
-
D
 
-
I
 
-
L
 
L
R
 
R
E
 
Q
L
 
F
E
 
E
A
 
M
G
 
L
G
 
G
V
 
S
T
 
Y
V
 
P
M
 
L
N
 
N
S
 
E
P
 
S
E
 
V
A
 
A
I
 
I
Q
 
A
N
x
R
A
 
A
A
 
R
N
 
D
K
 
K
Y
 
L
H
x
R
A
 
S
S
 
M
Y
x
Q
L
|
L
L
 
L
A
 
A
R
|
R
A
 
Q
G
 
G
L
 
I
P
 
D
V
 
L
P
 
P
E
 
V
T
 
T
V
 
G
A
 
I
V
 
A
Q
 
H
S
 
S
V
 
P
E
 
D
-
 
D
-
 
T
A
 
S
A
 
D
L
 
L
R
 
I
A
 
D
A
 
M
S
 
V
G
 
G
F
 
G
G
 
A
D
 
P
A
 
L
V
|
V
I
 
V
K
|
K
P
 
L
V
 
V
F
 
E
G
 
G
Y
 
T
K
 
Q
G
 
G
K
 
I
D
 
-
I
 
-
A
 
-
R
 
-
V
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
G
E
 
V
I
 
V
R
 
L
F
 
A
S
 
E
D
 
T
R
 
R
K
 
Q
T
 
A
G
 
A
P
 
-
G
 
-
T
 
-
V
 
-
E
 
E
E
 
S
I
 
V
L
 
I
E
 
D
K
 
A
L
 
F
L
 
R
E
 
G
E
 
L
R
 
N
G
 
A
M
 
H
L
 
I
Y
 
L
I
 
V
Q
 
Q
E
|
E
F
x
Y
I
|
I
-
x
K
E
 
E
N
 
A
P
 
Q
G
 
G
R
 
C
D
|
D
I
 
I
R
 
R
A
 
C
F
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
D
K
 
E
A
 
V
I
 
V
G
 
A
A
 
A
I
 
I
Y
 
E
R
 
R
K
 
R
A
 
A
A
 
K
A
 
E
G
 
G
S
 
D
W
 
F
V
x
R
N
x
S
N
|
N
L
 
L
S
 
H
R
 
R
G
 
G
G
 
G
S
 
A
A
 
A
D
 
S
R
 
V
C
 
A
V
 
S
L
 
I
A
 
T
E
 
P
E
 
Q
Q
 
E
K
 
R
E
 
E
I
 
I
A
 
A
E
 
I
K
 
K
A
 
A
A
 
A
L
 
R
A
 
T
V
 
M
G
 
A
T
 
L
T
 
D
F
 
V
A
 
A
G
 
G
I
 
V
D
 
D
I
 
I
I
 
L
E
 
R
G
 
A
A
 
-
K
 
-
A
 
-
Q
 
-
T
 
-
G
 
-
N
 
-
E
 
-
N
 
-
K
 
-
K
 
-
T
 
-
E
 
-
D
 
-
K
 
-
S
 
-
T
 
-
G
 
N
Q
 
R
G
 
G
S
 
P
R
 
L
I
 
V
L
x
M
E
|
E
V
 
V
N
 
N
G
 
A
T
 
S
P
 
P
S
 
G
G
 
L
K
 
E
G
 
G
I
 
I
F
 
E
D
 
K
A
 
T
W
 
T
G
 
G
I
 
I
N
 
D
P
 
I
A
 
A
E
 
G
Y
 
K
I
 
M
L
 
I
E
 
R
Y
 
W
L
 
I
Q
 
E

5zctH The crystal structure of the poly-alpha-l-glutamate peptides synthetase rimk at 2.05 angstrom resolution. (see paper)
28% identity, 98% coverage: 3:321/324 of query aligns to 2:287/292 of 5zctH

query
sites
5zctH
K
 
K
I
 
I
G
 
A
I
 
I
A
 
L
I
 
S
T
 
R
D
 
D
P
 
G
E
 
T
D
 
L
W
 
Y
T
 
S
A
 
C
R
 
K
A
 
R
L
 
L
I
 
R
T
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
I
E
 
Q
K
 
R
G
 
G
F
 
H
F
 
L
P
 
V
F
 
E
I
 
I
L
 
L
D
 
D
L
 
P
R
 
L
I
 
S
A
 
C
E
 
Y
V
 
M
S
 
N
I
 
I
S
 
N
S
 
P
K
 
A
T
 
A
S
 
S
E
 
-
P
 
-
A
 
S
T
 
I
L
 
H
F
 
Y
K
 
K
A
 
G
G
 
R
E
 
K
I
 
-
L
 
-
L
 
L
S
 
P
D
 
H
L
 
F
D
 
D
A
 
A
L
 
V
I
 
I
V
 
P
R
 
R
D
 
I
V
 
G
G
 
T
A
 
A
G
 
I
A
 
T
F
 
F
E
 
Y
G
 
G
V
 
T
S
 
A
F
 
A
R
 
-
F
 
-
D
 
-
I
 
-
L
 
L
R
 
R
E
 
Q
L
 
F
E
 
E
A
 
M
G
 
L
G
 
G
V
 
S
T
 
Y
V
 
P
M
 
L
N
 
N
S
 
E
P
 
S
E
 
V
A
 
A
I
 
I
Q
 
A
N
 
R
A
 
A
A
 
R
N
 
D
K
 
K
Y
 
L
H
 
R
A
 
S
S
 
M
Y
 
Q
L
 
L
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
Q
G
 
G
L
 
I
P
 
D
V
 
L
P
 
P
E
 
V
T
 
T
V
 
G
A
 
I
V
 
A
Q
 
H
S
 
S
V
 
P
E
 
D
-
 
D
-
 
T
A
 
S
A
 
D
L
 
L
R
 
I
A
 
D
A
 
M
S
 
V
G
 
G
F
 
G
G
 
A
D
 
P
A
 
L
V
|
V
I
 
V
K
|
K
P
 
L
V
 
V
F
 
E
G
 
G
Y
 
T
K
 
Q
G
 
G
K
 
I
D
 
-
I
 
-
A
 
-
R
 
-
V
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
G
E
 
V
I
 
V
R
 
L
F
 
A
S
 
E
D
 
T
R
 
R
K
 
Q
T
 
A
G
 
A
P
 
-
G
 
-
T
 
-
V
 
-
E
 
E
E
 
S
I
 
V
L
 
I
E
 
D
K
 
A
L
 
F
L
 
R
E
 
G
E
 
L
R
 
N
G
 
A
M
 
H
L
 
I
Y
 
L
I
 
V
Q
|
Q
E
 
E
F
x
Y
I
|
I
-
 
K
E
 
E
N
 
A
P
 
Q
G
 
G
R
 
C
D
|
D
I
 
I
R
 
R
A
 
C
F
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
D
K
 
E
A
 
V
I
 
V
G
 
A
A
 
A
I
 
I
Y
 
E
R
 
R
K
 
R
A
 
A
A
 
K
A
 
E
G
 
G
S
 
D
W
x
F
V
x
R
N
x
S
N
|
N
L
 
L
S
 
H
R
|
R
G
 
G
G
 
G
S
 
A
A
 
A
D
 
S
R
 
V
C
 
A
V
 
S
L
 
I
A
 
T
E
 
P
E
 
Q
Q
 
E
K
 
R
E
 
E
I
 
I
A
 
A
E
 
I
K
 
K
A
 
A
A
 
A
L
 
R
A
 
T
V
 
M
G
 
A
T
 
L
T
 
D
F
 
V
A
 
A
G
 
G
I
 
V
D
|
D
I
 
I
I
x
L
E
 
R
G
 
A
A
 
-
K
 
-
A
 
-
Q
 
-
T
 
-
G
 
-
N
 
-
E
 
-
N
 
-
K
 
-
K
 
-
T
 
-
E
 
-
D
 
-
K
 
-
S
 
-
T
 
-
G
 
N
Q
 
R
G
 
G
S
 
P
R
 
L
I
 
V
L
x
M
E
|
E
V
 
V
N
 
N
G
 
A
T
 
S
P
 
P
S
 
G
G
 
L
K
 
E
G
 
G
I
 
I
F
 
E
D
 
K
A
 
T
W
 
T
G
 
G
I
 
I
N
 
D
P
 
I
A
 
A
E
 
G
Y
 
K
I
 
M
L
 
I
E
 
R
Y
 
W
L
 
I
Q
 
E

5zctA The crystal structure of the poly-alpha-l-glutamate peptides synthetase rimk at 2.05 angstrom resolution. (see paper)
28% identity, 98% coverage: 3:321/324 of query aligns to 2:287/292 of 5zctA

query
sites
5zctA
K
 
K
I
 
I
G
 
A
I
 
I
A
 
L
I
 
S
T
 
R
D
 
D
P
 
G
E
 
T
D
 
L
W
 
Y
T
 
S
A
 
C
R
 
K
A
 
R
L
 
L
I
 
R
T
 
E
A
 
A
A
 
A
K
 
I
E
 
Q
K
 
R
G
 
G
F
 
H
F
 
L
P
 
V
F
 
E
I
 
I
L
 
L
D
 
D
L
 
P
R
 
L
I
 
S
A
 
C
E
 
Y
V
 
M
S
 
N
I
 
I
S
 
N
S
 
P
K
 
A
T
 
A
S
 
S
E
 
-
P
 
-
A
 
S
T
 
I
L
 
H
F
 
Y
K
 
K
A
 
G
G
 
R
E
 
K
I
 
-
L
 
-
L
 
L
S
 
P
D
 
H
L
 
F
D
 
D
A
 
A
L
 
V
I
 
I
V
 
P
R
 
R
D
 
I
V
 
G
G
 
T
A
 
A
G
 
I
A
 
T
F
 
F
E
 
Y
G
 
G
V
 
T
S
 
A
F
 
A
R
 
-
F
 
-
D
 
-
I
 
-
L
 
L
R
 
R
E
 
Q
L
 
F
E
 
E
A
 
M
G
 
L
G
 
G
V
 
S
T
 
Y
V
 
P
M
 
L
N
 
N
S
 
E
P
 
S
E
 
V
A
 
A
I
 
I
Q
 
A
N
 
R
A
 
A
A
 
R
N
 
D
K
|
K
Y
 
L
H
 
R
A
 
S
S
 
M
Y
 
Q
L
 
L
L
 
L
A
 
A
R
 
R
A
 
Q
G
 
G
L
 
I
P
 
D
V
 
L
P
 
P
E
 
V
T
 
T
V
 
G
A
 
I
V
 
A
Q
 
H
S
 
S
V
 
P
E
 
D
-
 
D
-
 
T
A
 
S
A
 
D
L
 
L
R
 
I
A
 
D
A
 
M
S
 
V
G
 
G
F
 
G
G
 
A
D
 
P
A
 
L
V
 
V
I
 
V
K
|
K
P
 
L
V
 
V
F
 
E
G
 
G
Y
x
T
K
x
Q
G
|
G
K
 
I
D
 
-
I
 
-
A
 
-
R
 
-
V
 
-
K
 
-
D
 
-
G
 
G
E
 
V
I
 
V
R
 
L
F
 
A
S
 
E
D
 
T
R
 
R
K
 
Q
T
 
A
G
 
A
P
 
-
G
 
-
T
 
-
V
 
-
E
 
E
E
 
S
I
 
V
L
 
I
E
 
D
K
 
A
L
 
F
L
 
R
E
 
G
E
 
L
R
 
N
G
 
A
M
 
H
L
 
I
Y
 
L
I
 
V
Q
|
Q
E
 
E
F
x
Y
I
|
I
-
 
K
E
 
E
N
 
A
P
 
Q
G
 
G
R
 
C
D
 
D
I
 
I
R
 
R
A
 
C
F
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
G
G
 
D
K
 
E
A
 
V
I
 
V
G
 
A
A
 
A
I
 
I
Y
 
E
R
 
R
K
 
R
A
 
A
A
 
K
A
 
E
G
 
G
S
 
D
W
 
F
V
x
R
N
x
S
N
|
N
L
 
L
S
 
H
R
 
R
G
 
G
G
 
G
S
 
A
A
 
A
D
 
S
R
 
V
C
 
A
V
 
S
L
 
I
A
 
T
E
 
P
E
 
Q
Q
 
E
K
 
R
E
 
E
I
 
I
A
 
A
E
 
I
K
 
K
A
 
A
A
 
A
L
 
R
A
 
T
V
 
M
G
 
A
T
 
L
T
 
D
F
 
V
A
 
A
G
 
G
I
 
V
D
 
D
I
 
I
I
x
L
E
 
R
G
 
A
A
 
-
K
 
-
A
 
-
Q
 
-
T
 
-
G
 
-
N
 
-
E
 
-
N
 
-
K
 
-
K
 
-
T
 
-
E
 
-
D
 
-
K
 
-
S
 
-
T
 
-
G
 
N
Q
 
R
G
 
G
S
 
P
R
 
L
I
 
V
L
x
M
E
 
E
V
 
V
N
 
N
G
 
A
T
 
S
P
 
P
S
 
G
G
 
L
K
 
E
G
 
G
I
 
I
F
 
E
D
 
K
A
 
T
W
 
T
G
 
G
I
 
I
N
 
D
P
 
I
A
 
A
E
 
G
Y
 
K
I
 
M
L
 
I
E
 
R
Y
 
W
L
 
I
Q
 
E

7drnA Structure of atp-grasp ligase psnb complexed with precursor peptide psna2 and amppnp (see paper)
23% identity, 92% coverage: 6:304/324 of query aligns to 7:290/311 of 7drnA

query
sites
7drnA
I
 
V
A
 
V
I
 
V
T
 
G
D
 
S
P
 
P
E
 
D
D
 
D
W
 
L
T
 
H
A
 
V
R
 
Q
A
 
S
L
 
V
I
 
T
T
 
E
A
 
G
A
 
L
K
 
R
E
 
A
K
 
R
G
 
G
F
 
H
F
 
E
P
 
P
F
 
Y
I
 
V
L
 
F
D
 
D
L
 
T
-
 
Q
R
 
R
I
 
F
A
 
P
E
 
E
V
 
E
S
 
M
I
 
T
S
 
V
S
 
S
K
 
L
T
 
G
S
 
E
E
 
Q
P
 
G
A
 
A
T
 
S
L
 
I
F
 
F
K
 
V
A
 
D
G
 
G
E
 
Q
I
 
-
L
 
Q
L
 
I
S
 
A
D
 
R
L
 
P
D
 
A
A
 
A
L
 
V
I
 
Y
V
 
L
R
|
R
D
 
S
V
 
L
-
 
Y
-
 
Q
G
 
S
A
 
P
G
 
G
A
 
A
F
x
Y
-
 
G
-
 
V
-
 
D
-
 
A
-
 
D
-
 
K
-
 
A
-
 
M
-
 
Q
-
 
D
-
 
N
-
 
W
-
 
R
-
 
R
-
 
T
-
 
L
-
 
L
-
 
A
-
 
F
-
 
R
E
 
E
G
 
R
V
 
S
S
 
T
F
 
L
R
 
M
F
 
S
D
 
A
I
 
V
L
 
L
R
 
L
E
 
R
L
 
W
E
 
E
A
 
E
G
 
A
G
 
G
V
 
T
T
 
A
V
 
V
M
 
Y
N
 
N
S
 
S
P
 
P
E
 
R
A
 
A
I
 
S
Q
 
A
N
 
N
A
 
I
A
 
T
N
 
K
K
 
P
Y
 
F
H
 
Q
A
 
L
S
 
A
Y
 
-
L
 
L
L
 
L
A
 
R
R
 
D
A
 
A
G
 
G
L
 
L
P
 
P
V
 
V
P
 
P
E
 
R
T
 
S
V
 
L
A
 
W
V
 
T
Q
 
N
S
 
D
V
 
P
E
 
E
A
 
A
A
 
V
L
 
R
R
 
R
A
 
F
A
 
H
S
 
A
G
 
E
F
 
V
G
 
G
D
 
D
A
 
C
V
 
I
I
x
Y
K
|
K
P
|
P
V
 
V
F
 
A
G
 
G
Y
x
G
K
x
A
G
 
R
K
x
T
D
x
R
I
 
K
A
 
L
R
 
E
V
 
A
K
 
K
D
 
D
G
 
L
E
 
E
I
 
A
-
 
D
R
|
R
F
 
I
S
 
E
D
 
R
R
 
L
K
 
S
T
 
A
G
 
A
P
 
P
G
 
V
T
 
C
V
 
F
E
x
Q
E
|
E
I
 
L
L
|
L
E
 
T
K
 
-
L
 
-
L
 
-
E
 
-
E
 
-
R
 
-
G
 
-
M
 
-
L
 
-
Y
 
-
I
 
-
Q
 
-
E
 
-
F
 
-
I
 
-
E
 
-
N
 
-
P
 
-
G
 
G
R
 
D
D
|
D
I
 
V
R
|
R
A
 
V
F
 
Y
V
 
V
V
 
I
G
 
D
G
 
D
K
 
Q
A
 
V
I
 
I
G
 
C
A
 
A
I
 
L
Y
 
R
R
 
I
K
 
V
A
 
T
A
 
D
A
 
E
G
 
I
S
 
D
W
 
F
V
 
R
N
 
Q
N
 
A
L
 
E
S
 
E
R
 
R
G
 
I
G
 
E
S
 
A
A
 
I
D
 
E
R
 
-
C
 
-
V
 
-
L
 
I
A
 
S
E
 
D
E
 
E
Q
 
V
K
 
K
E
 
D
I
 
Q
A
 
C
E
 
V
K
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
K
A
 
L
V
 
V
G
 
G
T
 
L
T
 
R
F
 
Y
A
 
T
G
 
G
I
 
M
D
 
D
I
 
I
I
x
K
E
 
A
G
 
G
A
 
A
K
 
D
A
 
-
Q
 
-
T
 
-
G
 
G
N
 
N
E
 
-
N
 
-
K
 
-
K
 
-
T
 
-
E
 
-
D
 
-
K
 
-
S
 
-
T
 
-
G
 
-
Q
 
-
G
 
-
S
 
Y
R
 
R
I
 
V
L
|
L
E
|
E
V
 
L
N
 
N
G
 
A
T
x
S
P
 
A
S
x
M
G
 
F
K
 
R
G
 
G
I
 
F

7drpA Structure of atp-grasp ligase psnb complexed with phosphomimetic variant of minimal precursor, mg, and adp (see paper)
23% identity, 92% coverage: 6:304/324 of query aligns to 7:290/312 of 7drpA

query
sites
7drpA
I
 
V
A
 
V
I
 
V
T
 
G
D
 
S
P
 
P
E
 
D
D
 
D
W
 
L
T
 
H
A
 
V
R
 
Q
A
 
S
L
 
V
I
 
T
T
 
E
A
 
G
A
 
L
K
 
R
E
 
A
K
 
R
G
 
G
F
 
H
F
 
E
P
 
P
F
 
Y
I
 
V
L
 
F
D
 
D
L
 
T
-
 
Q
R
 
R
I
 
F
A
 
P
E
 
E
V
 
E
S
 
M
I
 
T
S
 
V
S
 
S
K
 
L
T
 
G
S
 
E
E
 
Q
P
 
G
A
 
A
T
 
S
L
 
I
F
 
F
K
 
V
A
 
D
G
 
G
E
 
Q
I
 
-
L
 
Q
L
 
I
S
 
A
D
 
R
L
 
P
D
 
A
A
 
A
L
 
V
I
 
Y
V
 
L
R
|
R
D
 
S
V
 
L
-
 
Y
-
 
Q
G
 
S
A
 
P
G
|
G
A
 
A
F
x
Y
-
 
G
-
 
V
-
 
D
-
 
A
-
 
D
-
 
K
-
 
A
-
 
M
-
 
Q
-
 
D
-
 
N
-
 
W
-
 
R
-
 
R
-
 
T
-
 
L
-
 
L
-
 
A
-
 
F
-
 
R
E
 
E
G
 
R
V
 
S
S
 
T
F
 
L
R
 
M
F
 
S
D
 
A
I
 
V
L
 
L
R
 
L
E
 
R
L
 
W
E
 
E
A
 
E
G
 
A
G
 
G
V
 
T
T
 
A
V
 
V
M
 
Y
N
 
N
S
 
S
P
 
P
E
 
R
A
 
A
I
 
S
Q
 
A
N
 
N
A
 
I
A
 
T
N
 
K
K
 
P
Y
 
F
H
 
Q
A
 
L
S
 
A
Y
 
-
L
 
L
L
 
L
A
 
R
R
 
D
A
 
A
G
 
G
L
 
L
P
 
P
V
 
V
P
 
P
E
 
R
T
 
S
V
 
L
A
 
W
V
 
T
Q
 
N
S
 
D
V
 
P
E
 
E
A
 
A
A
 
V
L
 
R
R
 
R
A
 
F
A
 
H
S
 
A
G
 
E
F
 
V
G
 
G
D
 
D
A
 
C
V
 
I
I
x
Y
K
|
K
P
 
P
V
 
V
F
 
A
G
 
G
Y
x
G
K
x
A
G
 
R
K
x
T
D
x
R
I
 
K
A
 
L
R
 
E
V
 
A
K
 
K
D
 
D
G
 
L
E
 
E
I
 
A
-
 
D
R
|
R
F
 
I
S
 
E
D
x
R
R
x
L
K
 
S
T
 
A
G
 
A
P
 
P
G
x
V
T
 
C
V
 
F
E
x
Q
E
|
E
I
 
L
L
|
L
E
 
T
K
 
-
L
 
-
L
 
-
E
 
-
E
 
-
R
 
-
G
 
-
M
 
-
L
 
-
Y
 
-
I
 
-
Q
 
-
E
 
-
F
 
-
I
 
-
E
 
-
N
 
-
P
 
-
G
 
G
R
 
D
D
|
D
I
 
V
R
|
R
A
 
V
F
 
Y
V
 
V
V
 
I
G
 
D
G
 
D
K
 
Q
A
 
V
I
 
I
G
 
C
A
 
A
I
 
L
Y
 
R
R
 
I
K
 
V
A
 
T
A
 
D
A
 
E
G
 
I
S
 
D
W
 
F
V
 
R
N
 
Q
N
 
A
L
 
E
S
 
E
R
 
R
G
 
I
G
 
E
S
 
A
A
 
I
D
 
E
R
 
-
C
 
-
V
 
-
L
 
I
A
 
S
E
 
D
E
 
E
Q
 
V
K
 
K
E
 
D
I
 
Q
A
 
C
E
 
V
K
 
R
A
 
A
A
 
A
L
 
K
A
 
L
V
 
V
G
 
G
T
 
L
T
 
R
F
 
Y
A
 
T
G
 
G
I
 
M
D
|
D
I
 
I
I
x
K
E
 
A
G
 
G
A
 
A
K
 
D
A
 
-
Q
 
-
T
 
-
G
 
G
N
 
N
E
 
-
N
 
-
K
 
-
K
 
-
T
 
-
E
 
-
D
 
-
K
 
-
S
 
-
T
 
-
G
 
-
Q
 
-
G
 
-
S
 
Y
R
 
R
I
 
V
L
|
L
E
|
E
V
 
L
N
|
N
G
 
A
T
x
S
P
x
A
S
x
M
G
 
F
K
 
R
G
 
G
I
 
F

P04425 Glutathione synthetase; GSH synthetase; GSH-S; GSHase; Glutathione synthase; EC 6.3.2.3 from Escherichia coli (strain K12) (see 3 papers)
26% identity, 65% coverage: 57:267/324 of query aligns to 74:275/316 of P04425

query
sites
P04425
E
 
D
I
 
L
L
 
P
L
 
L
S
 
A
D
 
D
L
 
L
D
 
D
A
 
V
L
 
I
I
 
L
V
 
M
R
 
R
D
 
K
V
 
D
G
 
P
A
 
P
G
 
F
A
 
D
F
 
T
E
 
E
G
 
F
V
 
I
S
 
Y
F
 
A
R
 
T
F
 
Y
D
 
-
I
 
I
L
 
L
R
 
E
E
 
R
L
 
A
E
 
E
A
 
E
G
 
K
G
 
G
V
 
T
T
 
L
V
 
I
M
 
V
N
 
N
S
 
K
P
 
P
E
 
Q
A
 
S
I
 
L
Q
 
R
N
 
D
A
x
C
A
 
N
N
 
E
K
 
K
Y
 
L
H
 
F
A
 
T
S
 
A
Y
 
W
L
 
F
L
 
-
A
 
-
R
 
-
A
 
S
G
 
D
L
 
L
P
 
-
V
 
T
P
 
P
E
 
E
T
 
T
V
 
L
A
 
V
V
 
T
Q
 
R
S
 
N
V
 
-
E
 
K
A
 
A
A
 
Q
L
 
L
R
 
K
A
 
A
-
 
F
A
 
W
S
 
E
G
 
K
F
 
H
G
 
S
D
 
D
A
 
I
V
 
I
I
 
L
K
 
K
P
 
P
V
 
L
F
 
D
G
 
G
Y
 
M
K
 
G
G
 
G
K
 
A
D
 
S
I
 
I
A
 
F
R
 
R
V
 
V
K
 
K
D
 
E
G
 
G
E
 
D
I
 
P
R
 
N
F
 
L
S
 
G
D
 
-
R
 
-
K
 
-
T
 
-
G
 
-
P
 
-
G
 
-
T
 
-
V
 
-
E
 
-
E
 
-
I
 
V
L
 
I
E
 
A
K
 
E
L
 
T
L
 
L
E
 
T
E
 
E
R
 
H
G
 
G
M
 
T
L
 
R
Y
 
Y
I
x
C
Q
 
M
E
 
A
F
 
Q
I
 
N
E
 
Y
N
 
L
P
 
P
G
 
A
R
 
I
-
 
K
-
 
D
-
 
G
D
 
D
I
 
K
R
 
R
A
 
V
F
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
D
G
 
G
K
 
E
A
 
P
I
 
V
G
 
P
-
 
Y
A
x
C
I
 
L
Y
 
A
R
 
R
K
 
I
A
x
P
A
 
Q
A
 
G
G
 
G
S
 
E
W
 
T
V
x
R
N
 
G
N
 
N
L
 
L
S
 
A
R
 
A
G
 
G
G
|
G
S
x
R
A
 
G
D
 
E
R
 
P
C
 
R
V
 
P
L
 
L
A
 
T
E
 
E
E
 
S
Q
 
D
K
 
W
E
 
K
I
 
I
A
 
A
E
 
R
K
 
Q
A
 
I
A
 
G
L
 
P
A
 
T
V
 
L
-
 
K
-
 
E
-
 
K
G
 
G
T
 
L
T
 
I
F
 
F
A
 
V
G
 
G
I
 
L
D
 
D
I
 
I
I
 
I

Sites not aligning to the query:

B7UHZ4 Glutathione synthetase; GSH synthetase; GSH-S; GSHase; Glutathione synthase; EC 6.3.2.3 from Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (see paper)
26% identity, 65% coverage: 57:267/324 of query aligns to 74:275/316 of B7UHZ4

query
sites
B7UHZ4
E
 
D
I
 
L
L
 
P
L
 
L
S
 
A
D
 
D
L
 
L
D
 
D
A
 
V
L
 
I
I
 
L
V
 
M
R
 
R
D
 
K
V
 
D
G
 
P
A
 
P
G
 
F
A
 
D
F
 
T
E
 
E
G
 
F
V
 
I
S
 
Y
F
 
A
R
 
T
F
 
Y
D
 
-
I
 
I
L
 
L
R
 
E
E
 
R
L
 
A
E
 
E
A
 
E
G
 
K
G
 
G
V
 
T
T
 
L
V
 
I
M
 
V
N
 
N
S
 
K
P
 
P
E
 
Q
A
 
S
I
 
L
Q
 
R
N
 
D
A
 
C
A
 
N
N
 
E
K
 
K
Y
 
L
H
 
F
A
 
T
S
 
A
Y
 
W
L
 
F
L
 
-
A
 
-
R
 
-
A
 
S
G
 
D
L
 
L
P
 
-
V
 
T
P
 
P
E
 
E
T
 
T
V
 
L
A
 
V
V
 
T
Q
 
R
S
 
N
V
 
-
E
 
K
A
 
A
A
 
Q
L
 
L
R
 
K
A
 
A
-
 
F
A
 
W
S
 
E
G
 
K
F
 
H
G
 
S
D
 
D
A
 
I
V
 
I
I
 
L
K
 
K
P
 
P
V
 
L
F
 
D
G
 
G
Y
 
M
K
 
G
G
 
G
K
 
A
D
 
S
I
 
I
A
 
F
R
 
R
V
 
V
K
 
K
D
 
E
G
 
G
E
 
D
I
 
P
R
 
N
F
 
L
S
 
G
D
 
-
R
 
-
K
 
-
T
 
-
G
 
-
P
 
-
G
 
-
T
 
-
V
 
-
E
 
-
E
 
-
I
 
V
L
 
I
E
 
A
K
 
E
L
 
T
L
 
L
E
 
T
E
 
E
R
 
H
G
 
G
M
 
T
L
 
R
Y
 
Y
I
 
C
-
 
M
-
 
A
Q
 
Q
E
 
N
F
 
Y
I
 
L
E
 
P
N
 
A
-
 
I
P
 
K
G
 
D
R
 
G
D
 
D
I
 
K
R
 
R
A
 
V
F
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
D
G
 
G
K
 
E
A
 
P
I
 
V
G
 
P
-
 
Y
A
 
C
I
 
L
Y
 
A
R
 
R
K
 
I
A
 
P
A
 
Q
A
 
G
G
 
G
S
 
E
W
 
T
V
 
R
N
 
G
N
 
N
L
 
L
S
 
A
R
 
A
G
 
G
G
 
G
S
 
R
A
 
G
D
 
E
R
 
P
C
 
R
V
 
P
L
 
L
A
 
T
E
 
E
E
 
S
Q
 
D
K
 
W
E
 
K
I
 
I
A
 
A
E
x
R
K
 
Q
A
 
I
A
 
G
L
 
P
A
 
T
V
 
L
-
 
K
-
 
E
-
 
K
G
 
G
T
 
L
T
 
I
F
 
F
A
 
V
G
 
G
I
 
L
D
 
D
I
 
I
I
 
I

1gsaA Structure of glutathione synthetase complexed with adp and glutathione (see paper)
26% identity, 65% coverage: 57:267/324 of query aligns to 74:275/314 of 1gsaA

query
sites
1gsaA
E
 
D
I
 
L
L
 
P
L
 
L
S
 
A
D
 
D
L
 
L
D
 
D
A
 
V
L
 
I
I
 
L
V
 
M
R
 
R
D
 
K
V
x
D
G
x
P
A
 
P
G
 
F
A
 
D
F
 
T
E
 
E
G
 
F
V
 
I
S
 
Y
F
 
A
R
 
T
F
 
Y
D
 
-
I
 
I
L
 
L
R
 
E
E
 
R
L
 
A
E
 
E
A
 
E
G
 
K
G
 
G
V
 
T
T
 
L
V
 
I
M
 
V
N
 
N
S
 
K
P
 
P
E
 
Q
A
 
S
I
 
L
Q
 
R
N
 
D
A
 
C
A
 
N
N
 
E
K
|
K
Y
 
L
H
 
F
A
 
T
S
 
A
Y
 
W
L
 
F
L
 
-
A
 
-
R
 
-
A
 
S
G
 
D
L
 
L
P
 
-
V
 
T
P
 
P
E
 
E
T
 
T
V
 
L
A
 
V
V
 
T
Q
 
R
S
 
N
V
 
-
E
 
K
A
 
A
A
 
Q
L
 
L
R
 
K
A
 
A
-
 
F
A
 
W
S
 
E
G
 
K
F
 
H
G
 
S
D
 
D
A
 
I
V
x
I
I
 
L
K
|
K
P
 
P
V
 
L
F
 
D
G
 
G
Y
x
M
K
x
G
G
|
G
K
 
A
D
 
S
I
|
I
A
 
F
R
 
R
V
 
V
K
 
K
D
 
E
G
 
G
E
 
D
I
 
P
R
 
N
F
 
L
S
 
G
D
 
-
R
 
-
K
 
-
T
 
-
G
 
-
P
 
-
G
 
-
T
 
-
V
 
-
E
 
-
E
 
-
I
 
V
L
 
I
E
 
A
K
 
E
L
 
T
L
 
L
E
 
T
E
 
E
R
 
H
G
 
G
M
 
T
L
 
R
Y
 
Y
I
 
C
Q
 
M
E
 
A
F
x
Q
I
 
N
E
x
Y
N
x
L
P
 
P
G
 
A
R
 
I
-
 
K
-
 
D
-
 
G
D
|
D
I
 
K
R
|
R
A
 
V
F
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
D
G
 
G
K
 
E
A
 
P
I
 
V
G
 
P
-
 
Y
A
 
C
I
 
L
Y
 
A
R
|
R
K
 
I
A
 
P
A
 
Q
A
 
G
G
 
G
S
 
E
W
 
T
V
x
R
N
x
G
N
|
N
L
|
L
S
x
A
R
 
A
G
 
G
G
 
G
S
 
R
A
 
G
D
 
E
R
 
P
C
 
R
V
 
P
L
 
L
A
 
T
E
 
E
E
 
S
Q
 
D
K
 
W
E
 
K
I
 
I
A
 
A
E
 
R
K
 
Q
A
 
I
A
 
G
L
 
P
A
 
T
V
 
L
-
 
K
-
 
E
-
 
K
G
 
G
T
 
L
T
 
I
F
 
F
A
 
V
G
 
G
I
 
L
D
|
D
I
 
I
I
 
I

Sites not aligning to the query:

A0A482PU20 Glutathione synthetase; GSH synthetase; GSH-S; GSHase; Glutathione synthase; EC 6.3.2.3 from Citrobacter rodentium (see paper)
26% identity, 65% coverage: 57:267/324 of query aligns to 74:275/315 of A0A482PU20

query
sites
A0A482PU20
E
 
D
I
 
L
L
 
A
L
 
L
S
 
D
D
 
S
L
 
L
D
 
D
A
 
A
L
 
I
I
 
L
V
 
M
R
 
R
D
 
K
V
 
D
G
 
P
A
 
P
G
 
F
A
 
D
F
 
T
E
 
E
G
 
F
V
 
I
S
 
Y
F
 
A
R
 
T
F
 
Y
D
 
-
I
 
I
L
 
L
R
 
E
E
 
R
L
 
A
E
 
E
A
 
E
G
 
K
G
 
G
V
 
T
T
 
L
V
 
I
M
 
V
N
 
N
S
 
K
P
 
P
E
 
Q
A
 
S
I
 
L
Q
 
R
N
 
D
A
 
C
A
 
N
N
 
E
K
 
K
Y
 
L
H
 
F
A
 
T
S
 
A
Y
 
W
L
 
F
L
 
-
A
 
-
R
 
-
A
 
S
G
 
D
L
 
L
P
 
-
V
 
T
P
 
P
E
 
E
T
 
T
V
 
L
A
 
V
V
 
T
Q
 
R
S
 
N
V
 
-
E
 
K
A
 
A
A
 
Q
L
 
L
R
 
K
A
 
A
-
 
F
A
 
W
S
 
Q
G
 
K
F
 
H
G
 
S
D
 
D
A
 
I
V
 
I
I
 
L
K
 
K
P
 
P
V
 
L
F
 
D
G
 
G
Y
 
M
K
 
G
G
 
G
K
 
A
D
 
S
I
 
I
A
 
F
R
 
R
V
 
V
K
 
K
D
 
E
G
 
G
E
 
D
I
 
P
R
 
N
F
 
L
S
 
G
D
 
-
R
 
-
K
 
-
T
 
-
G
 
-
P
 
-
G
 
-
T
 
-
V
 
-
E
 
-
E
 
-
I
 
V
L
 
I
E
 
A
K
 
E
L
 
T
L
 
L
E
 
T
E
 
E
R
 
H
G
 
G
M
 
T
L
 
R
Y
 
Y
I
 
C
Q
 
M
E
 
A
F
 
Q
I
 
N
E
 
Y
N
 
L
P
 
P
G
 
A
R
 
I
-
 
V
-
 
D
-
 
G
D
 
D
I
 
K
R
 
R
A
 
V
F
 
L
V
 
V
V
 
V
G
 
D
G
 
G
K
 
E
A
 
P
I
 
V
G
 
P
-
 
Y
A
 
C
I
 
L
Y
 
A
R
 
R
K
 
I
A
 
P
A
 
Q
A
 
G
G
 
G
S
 
E
W
 
T
V
 
R
N
 
G
N
 
N
L
 
L
S
 
A
R
 
A
G
 
G
G
 
G
S
 
R
A
 
G
D
 
E
R
 
P
C
 
R
V
 
P
L
 
L
A
 
T
E
 
D
E
 
S
Q
 
D
K
 
W
E
 
A
I
 
I
A
 
A
E
x
R
K
 
R
-
 
I
-
 
G
-
 
P
A
 
T
A
 
L
L
 
K
A
 
A
V
 
K
G
 
G
T
 
L
T
 
I
F
 
F
A
 
V
G
 
G
I
 
L
D
 
D
I
 
I
I
 
I

Query Sequence

>WP_011023202.1 NCBI__GCF_000007345.1:WP_011023202.1
MKKIGIAITDPEDWTARALITAAKEKGFFPFILDLRIAEVSISSKTSEPATLFKAGEILL
SDLDALIVRDVGAGAFEGVSFRFDILRELEAGGVTVMNSPEAIQNAANKYHASYLLARAG
LPVPETVAVQSVEAALRAASGFGDAVIKPVFGYKGKDIARVKDGEIRFSDRKTGPGTVEE
ILEKLLEERGMLYIQEFIENPGRDIRAFVVGGKAIGAIYRKAAAGSWVNNLSRGGSADRC
VLAEEQKEIAEKAALAVGTTFAGIDIIEGAKAQTGNENKKTEDKSTGQGSRILEVNGTPS
GKGIFDAWGINPAEYILEYLQNIL

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory