SitesBLAST

SitesBLAST – Find functional sites

SitesBLAST

Comparing WP_011023309.1 NCBI__GCF_000007345.1:WP_011023309.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 20 (the maximum) hits to proteins with known functional sites (download)

3ng0A Crystal structure of glutamine synthetase from synechocystis sp. Pcc 6803
26% identity, 89% coverage: 25:475/506 of query aligns to 2:441/465 of 3ng0A

query
sites
3ng0A

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active site: D51 (= D76), E130 (= E147), E132 (≠ Q149), E213 (= E210), E221 (= E225), H270 (= H274), R340 (= R342), E359 (= E382), R361 (= R384)
binding phosphoaminophosphonic acid-adenylate ester: Y126 (≠ K143), E130 (= E147), K209 (≠ Y206), I224 (≠ F228), F226 (≠ T230), H272 (= H276), S274 (≠ K278), R340 (= R342), R345 (= R347), R357 (≠ T380)
binding manganese (ii) ion: E130 (= E147), E132 (≠ Q149), E213 (= E210), E221 (= E225), H270 (= H274), E359 (= E382), R361 (= R384)

8ooxB Glutamine synthetase (see paper)
26% identity, 85% coverage: 26:453/506 of query aligns to 3:395/438 of 8ooxB

query
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8ooxB

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binding magnesium ion: E129 (= E155), E183 (= E210), E190 (= E225)

P77961 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa)
26% identity, 89% coverage: 25:475/506 of query aligns to 4:449/473 of P77961

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P77961

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E134 (≠ Q149) binding Mg(2+)
E215 (= E210) binding Mg(2+)
E223 (= E225) binding Mg(2+)
E361 (= E382) binding Mn(2+)

7tdpA Structure of paenibacillus polymyxa gs bound to met-sox-p-adp (transition state complex) to 1.98 angstom (see paper)
27% identity, 91% coverage: 24:483/506 of query aligns to 2:419/439 of 7tdpA

query
sites
7tdpA

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binding adenosine-5'-diphosphate: N123 (≠ A150), G125 (= G152), E127 (= E153), E179 (≠ K205), D193 (≠ E227), Y196 (≠ T230), N242 (≠ H276), S244 (≠ K278), R316 (= R347), R326 (≠ T380)
binding magnesium ion: E127 (= E153), E127 (= E153), E129 (= E155), E184 (= E210), E191 (= E225), E191 (= E225), H240 (= H274), E328 (= E382)
binding l-methionine-s-sulfoximine phosphate: E127 (= E153), E129 (= E155), E184 (= E210), E191 (= E225), G236 (= G270), H240 (= H274), R293 (= R324), E299 (= E330), R311 (= R342), R330 (= R384)

7tfaB Glutamine synthetase (see paper)
27% identity, 91% coverage: 24:483/506 of query aligns to 2:421/441 of 7tfaB

query
sites
7tfaB

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binding glutamine: E131 (= E155), Y153 (= Y177), E186 (= E210), G238 (= G270), H242 (= H274), R295 (= R324), E301 (= E330)
binding magnesium ion: E129 (= E153), E131 (= E155), E186 (= E210), E193 (= E225), H242 (= H274), E330 (= E382)
binding : Y58 (= Y83), R60 (≠ E85), V187 (= V211), N237 (≠ A269), G299 (≠ H328), Y300 (≠ Q329), R313 (= R342)

Sites not aligning to the query:

binding : 424

A0R079 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Mycolicibacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (Mycobacterium smegmatis) (see paper)
27% identity, 90% coverage: 22:475/506 of query aligns to 2:454/478 of A0R079

query
sites
A0R079

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K14 (= K34) modified: Isoglutamyl lysine isopeptide (Lys-Gln) (interchain with Q-Cter in protein Pup)

8oozA Glutamine synthetase (see paper)
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8oozA

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binding adenosine-5'-triphosphate: G117 (≠ M151), E170 (≠ K205), F185 (= F228), K186 (≠ E229), Y187 (≠ T230), N233 (≠ H276), S235 (≠ K278), S315 (≠ K378), R317 (≠ T380)
binding magnesium ion: E119 (= E153), H231 (= H274), E319 (= E382)

8oooA Glutamine synthetase from methanothermococcus thermolithotrophicus in complex with 2-oxoglutarate and mgatp at 2.15 a resolution (see paper)
26% identity, 83% coverage: 25:443/506 of query aligns to 2:395/447 of 8oooA

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8oooA

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binding 2-oxoglutaric acid: F17 (≠ M40), R19 (≠ N42), A33 (≠ T56), R87 (≠ E106), V93 (≠ T110), P170 (≠ D187), R173 (= R190), R174 (≠ K191), S190 (≠ G207)
binding adenosine-5'-triphosphate: E136 (= E153), E188 (≠ K205), F203 (= F228), K204 (≠ E229), F205 (≠ T230), H251 (= H276), S253 (≠ K278), R325 (= R347), R335 (≠ T380)

8ooqB Glutamine synthetase from Methanothermococcus thermolithotrophicus (see paper)
26% identity, 83% coverage: 25:443/506 of query aligns to 1:394/446 of 8ooqB

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8ooqB

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binding 2-oxoglutaric acid: F16 (≠ M40), R18 (≠ N42), A32 (≠ T56), R86 (≠ E106), V92 (≠ T110), P169 (≠ D187), R172 (= R190), R173 (≠ K191), S189 (≠ G207)
binding magnesium ion: E137 (= E155), E192 (= E210), E199 (= E225)

P9WN39 Glutamine synthetase; GS; Glutamate--ammonia ligase; Glutamine synthetase I beta; GSI beta; EC 6.3.1.2 from Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (see 5 papers)
26% identity, 90% coverage: 22:475/506 of query aligns to 2:454/478 of P9WN39

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P9WN39

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E133 (= E153) binding Mg(2+)
E135 (= E155) binding Mg(2+)
E219 (= E210) binding Mg(2+)
E227 (= E225) binding Mg(2+)
H276 (= H274) binding Mg(2+)
E366 (= E382) binding Mg(2+)
Y406 (= Y420) modified: O-AMP-tyrosine; mutation to F: Unable to be adenylylated.

Sites not aligning to the query:

1 modified: Initiator methionine, Removed

1htoA Crystallographic structure of a relaxed glutamine synthetase from mycobacterium tuberculosis (see paper)
26% identity, 90% coverage: 22:475/506 of query aligns to 1:453/477 of 1htoA

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1htoA

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