SitesBLAST – Find functional sites

 

SitesBLAST

Comparing WP_011033225.1 NCBI__GCF_000007065.1:WP_011033225.1 to proteins with known functional sites using BLASTp with E ≤ 0.001.

Or try Sites on a Tree, PaperBLAST, Conserved Domains, or compare to all protein structures

Found 14 hits to proteins with known functional sites (download)

P62003 Triosephosphate isomerase; TIM; TPI; Triose-phosphate isomerase; EC 5.3.1.1 from Pyrococcus woesei (see 2 papers)
58% identity, 99% coverage: 1:219/222 of query aligns to 4:222/228 of P62003

query
sites
P62003
M
 
L
G
 
K
S
 
E
P
 
P
F
 
I
I
 
I
L
 
A
L
 
I
N
|
N
Y
x
F
K
|
K
T
 
T
Y
 
Y
I
 
I
Q
 
E
G
 
A
T
 
T
G
 
G
K
 
K
G
 
R
A
 
A
V
 
L
D
 
E
I
 
I
A
 
A
K
 
K
A
 
A
C
 
A
K
 
E
T
 
K
V
 
V
S
 
Y
E
 
K
E
 
E
S
 
T
G
 
G
I
 
V
E
 
T
I
 
I
A
 
V
V
 
V
A
 
A
P
 
P
Q
 
Q
L
 
L
P
 
V
D
 
D
I
 
L
Y
 
R
R
 
M
V
 
I
A
 
A
S
 
E
E
 
S
V
 
V
E
 
E
L
 
I
S
 
P
V
 
V
F
 
F
S
 
A
Q
 
Q
H
 
H
M
 
I
D
 
D
G
 
P
I
 
I
G
 
K
A
 
P
G
 
G
S
 
S
F
 
H
T
 
T
G
 
G
H
 
H
V
 
V
F
 
L
G
 
P
K
 
E
C
 
A
I
 
V
K
 
K
E
 
E
A
 
A
G
 
G
A
 
A
F
 
V
G
 
G
T
 
T
L
 
L
I
 
L
N
 
N
H
 
H
S
 
S
E
 
E
R
 
N
R
 
R
L
 
M
T
 
I
L
 
L
A
 
A
E
 
D
I
 
L
E
 
E
A
 
A
S
 
A
L
 
I
K
 
R
A
 
R
A
 
A
K
 
E
E
 
E
F
 
V
G
 
G
L
 
L
R
 
M
A
 
T
I
 
M
I
 
V
C
 
C
T
 
S
N
 
N
N
 
N
V
 
P
P
 
A
T
 
V
T
 
S
A
 
A
A
 
A
A
 
V
A
 
A
A
 
A
L
 
L
V
 
N
P
 
P
D
 
D
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
I
 
V
E
 
E
P
 
P
P
 
P
E
 
E
L
 
L
I
|
I
G
 
G
S
 
T
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
V
S
 
S
K
 
K
A
 
A
D
 
K
P
 
P
E
 
E
V
 
V
V
 
I
S
 
T
G
 
N
S
 
T
V
 
V
E
 
E
A
 
L
V
 
V
S
 
K
K
 
K
I
 
V
N
 
N
P
 
P
D
 
E
V
 
V
K
 
K
V
 
V
L
 
L
C
 
C
G
 
G
A
 
A
G
 
G
I
 
I
S
 
S
K
 
T
G
 
G
E
 
E
D
 
D
L
 
V
R
 
K
A
 
K
A
 
A
L
 
I
D
 
E
L
 
L
G
 
G
S
 
T
Q
 
V
G
 
G
V
 
V
L
 
L
L
 
L
A
|
A
S
|
S
G
 
G
I
 
V
V
 
T
K
 
K
A
 
A
S
 
K
D
 
D
P
 
P
K
 
E
A
 
K
A
 
A
L
 
I
E
 
W
D
 
D
L
 
L
I
 
V

Sites not aligning to the query:

1hg3A Crystal structure of tetrameric tim from pyrococcus woesei. (see paper)
58% identity, 99% coverage: 1:219/222 of query aligns to 3:221/224 of 1hg3A

query
sites
1hg3A
M
 
L
G
 
K
S
 
E
P
 
P
F
 
I
I
 
I
L
 
A
L
 
I
N
|
N
Y
 
F
K
|
K
T
 
T
Y
 
Y
I
 
I
Q
 
E
G
 
A
T
 
T
G
 
G
K
 
K
G
 
R
A
 
A
V
 
L
D
 
E
I
 
I
A
 
A
K
 
K
A
 
A
C
 
A
K
 
E
T
 
K
V
 
V
S
 
Y
E
 
K
E
 
E
S
 
T
G
 
G
I
 
V
E
 
T
I
 
I
A
 
V
V
 
V
A
 
A
P
 
P
Q
 
Q
L
 
L
P
 
V
D
 
D
I
 
L
Y
 
R
R
 
M
V
 
I
A
 
A
S
 
E
E
 
S
V
 
V
E
 
E
L
 
I
S
 
P
V
 
V
F
 
F
S
 
A
Q
 
Q
H
 
H
M
 
I
D
 
D
G
 
P
I
 
I
G
 
K
A
 
P
G
 
G
S
 
S
F
 
H
T
 
T
G
 
G
H
 
H
V
 
V
F
 
L
G
 
P
K
 
E
C
 
A
I
 
V
K
 
K
E
 
E
A
 
A
G
 
G
A
 
A
F
 
V
G
 
G
T
 
T
L
 
L
I
 
L
N
 
N
H
|
H
S
 
S
E
 
E
R
 
N
R
 
R
L
 
M
T
 
I
L
 
L
A
 
A
E
 
D
I
 
L
E
 
E
A
 
A
S
 
A
L
 
I
K
 
R
A
 
R
A
 
A
K
 
E
E
 
E
F
 
V
G
 
G
L
 
L
R
 
M
A
 
T
I
 
M
I
 
V
C
 
C
T
 
S
N
 
N
N
 
N
V
 
P
P
 
A
T
 
V
T
 
S
A
 
A
A
 
A
A
 
V
A
 
A
A
 
A
L
 
L
V
 
N
P
 
P
D
 
D
Y
 
Y
V
 
V
A
 
A
I
 
V
E
|
E
P
 
P
P
 
P
E
 
E
L
 
L
I
|
I
G
 
G
S
 
T
G
 
G
I
 
I
P
 
P
V
 
V
S
 
S
K
 
K
A
 
A
D
 
K
P
 
P
E
 
E
V
 
V
V
 
I
S
 
T
G
 
N
S
 
T
V
 
V
E
 
E
A
 
L
V
 
V
S
 
K
K
 
K
I
 
V
N
 
N
P
 
P
D
 
E
V
 
V
K
 
K
V
 
V
L
 
L
C
 
C
G
 
G
A
 
A
G
 
G
I
 
I
S
 
S
K
 
T
G
 
G
E
 
E
D
 
D
L
 
V
R
 
K
A
 
K
A
 
A
L
 
I
D
 
E
L
 
L
G
 
G
S
 
T
Q
 
V
G
 
G
V
 
V
L
 
L
L
|
L
A
|
A
S
|
S
G
 
G
I
 
V
V
 
T
K
 
K
A
 
A
S
 
K
D
 
D
P
 
P
K
 
E
A
 
K
A
 
A
L
 
I
E
 
W
D
 
D
L
 
L
I
 
V

Q8NKN9 Triosephosphate isomerase; TIM; TPI; Triose-phosphate isomerase; EC 5.3.1.1 from Thermoproteus tenax (strain ATCC 35583 / DSM 2078 / JCM 9277 / NBRC 100435 / Kra 1) (see paper)
43% identity, 99% coverage: 1:220/222 of query aligns to 1:220/226 of Q8NKN9

query
sites
Q8NKN9
M
 
M
G
 
R
S
 
L
P
 
P
F
 
I
I
 
L
L
 
I
L
 
I
N
 
N
Y
 
F
K
 
K
T
 
A
Y
 
Y
I
 
G
Q
 
E
G
 
A
T
 
A
G
 
G
K
 
K
G
 
R
A
 
A
V
 
V
D
 
E
I
 
L
A
 
A
K
 
K
A
 
A
C
 
A
K
 
E
T
 
R
V
 
A
S
 
A
E
 
R
E
 
E
S
 
L
G
 
G
I
 
V
E
 
N
I
 
I
A
 
V
V
 
V
A
 
A
P
 
P
Q
 
N
L
 
H
P
 
L
D
 
E
I
 
L
Y
 
G
R
 
L
V
 
V
A
 
S
S
 
Q
E
 
S
V
 
V
E
 
D
L
 
I
S
 
P
V
 
V
F
 
Y
S
 
A
Q
 
Q
H
 
G
M
 
A
D
 
D
G
 
V
I
 
E
G
 
A
A
 
G
G
 
G
S
 
A
F
 
H
T
 
T
G
 
A
H
 
H
V
 
V
F
 
S
G
 
L
K
 
E
C
 
N
I
 
I
K
 
K
E
 
E
A
 
A
G
 
G
A
 
G
F
 
S
G
 
G
T
 
V
L
 
I
I
 
L
N
 
N
H
 
H
S
 
S
E
 
E
R
 
A
R
 
P
L
 
L
T
 
K
L
 
L
A
 
N
E
 
D
I
 
L
E
 
A
A
 
R
S
 
L
L
 
V
K
 
A
A
 
K
A
 
A
K
 
K
E
 
S
F
 
L
G
 
G
L
 
L
R
 
D
A
 
V
I
 
V
I
 
V
C
 
C
T
 
A
N
 
P
N
 
D
V
 
P
P
 
R
T
 
T
T
 
S
A
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
L
V
 
G
P
 
P
D
 
H
Y
 
A
V
 
V
A
 
A
I
 
V
E
 
E
P
 
P
P
 
P
E
 
E
L
 
L
I
 
I
G
 
G
S
 
T
G
 
G
I
 
R
P
 
A
V
 
V
S
 
S
K
 
R
A
 
Y
D
 
K
P
 
P
E
 
E
V
 
A
V
 
I
S
 
V
G
 
E
S
 
T
V
 
V
E
 
G
A
 
L
V
 
V
S
 
S
K
 
R
I
 
H
N
 
F
P
 
P
D
 
E
V
 
V
K
 
S
V
 
V
L
 
I
C
 
T
G
 
G
A
 
A
G
|
G
I
 
I
S
 
E
K
 
S
G
 
G
E
 
D
D
 
D
L
 
V
R
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
L
D
 
R
L
 
L
G
 
G
S
 
T
Q
 
R
G
 
G
V
 
V
L
 
L
L
 
L
A
|
A
S
|
S
G
 
A
I
 
A
V
 
V
K
 
K
A
 
A
S
 
K
D
 
D
P
 
P
K
 
Y
A
 
A
A
 
K
L
 
I
E
 
V
D
 
E
L
 
L
I
 
A
R
 
K

1w0mA Triosephosphate isomerase from thermoproteus tenax (see paper)
43% identity, 99% coverage: 1:220/222 of query aligns to 1:220/225 of 1w0mA

query
sites
1w0mA
M
 
M
G
 
R
S
 
L
P
 
P
F
 
I
I
 
L
L
 
I
L
 
I
N
 
N
Y
 
F
K
 
K
T
 
A
Y
 
Y
I
 
G
Q
 
E
G
 
A
T
 
A
G
 
G
K
 
K
G
 
R
A
 
A
V
 
V
D
 
E
I
 
L
A
 
A
K
 
K
A
 
A
C
 
A
K
 
E
T
 
R
V
 
A
S
 
A
E
 
R
E
 
E
S
 
L
G
 
G
I
 
V
E
 
N
I
 
I
A
 
V
V
 
V
A
 
A
P
 
P
Q
 
N
L
 
H
P
 
L
D
 
E
I
 
L
Y
 
G
R
 
L
V
 
V
A
 
S
S
 
Q
E
 
S
V
 
V
E
 
D
L
 
I
S
 
P
V
 
V
F
 
Y
S
 
A
Q
 
Q
H
 
G
M
 
A
D
 
D
G
 
V
I
 
E
G
 
A
A
 
G
G
 
G
S
 
A
F
 
H
T
 
T
G
 
A
H
 
H
V
 
V
F
 
S
G
 
L
K
 
E
C
 
N
I
 
I
K
 
K
E
 
E
A
 
A
G
 
G
A
 
G
F
 
S
G
 
G
T
 
V
L
 
I
I
 
L
N
 
N
H
 
H
S
 
S
E
 
E
R
 
A
R
 
P
L
 
L
T
 
K
L
 
L
A
 
N
E
 
D
I
 
L
E
 
A
A
 
R
S
 
L
L
 
V
K
 
A
A
 
K
A
 
A
K
 
K
E
 
S
F
 
L
G
 
G
L
 
L
R
 
D
A
 
V
I
 
V
I
 
V
C
 
C
T
 
A
N
 
P
N
 
D
V
 
P
P
 
R
T
 
T
T
 
S
A
 
L
A
 
A
A
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
L
V
 
G
P
 
P
D
 
H
Y
 
A
V
 
V
A
 
A
I
 
V
E
 
E
P
 
P
P
 
P
E
 
E
L
 
L
I
|
I
G
|
G
S
 
T
G
 
G
I
 
R
P
 
A
V
 
V
S
 
S
K
 
R
A
 
Y
D
 
K
P
 
P
E
 
E
V
 
A
V
 
I
S
 
V
G
 
E
S
 
T
V
 
V
E
 
G
A
 
L
V
 
V
S
 
S
K
 
R
I
 
H
N
 
F
P
 
P
D
 
E
V
 
V
K
 
S
V
 
V
L
 
I
C
 
T
G
 
G
A
|
A
G
|
G
I
 
I
S
 
E
K
 
S
G
 
G
E
 
D
D
 
D
L
 
V
R
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
L
D
 
R
L
 
L
G
 
G
S
 
T
Q
 
R
G
 
G
V
 
V
L
 
L
L
|
L
A
|
A
S
|
S
G
 
A
I
 
A
V
 
V
K
 
K
A
 
A
S
 
K
D
 
D
P
 
P
K
 
Y
A
 
A
A
 
K
L
 
I
E
 
V
D
 
E
L
 
L
I
 
A
R
 
K

5csrC Crystal structure of triosephosphate isomerase from thermoplasma acidophilium (see paper)
35% identity, 97% coverage: 7:221/222 of query aligns to 5:215/220 of 5csrC

query
sites
5csrC
L
 
I
L
 
V
N
 
N
Y
 
L
K
 
K
T
 
T
Y
 
Y
I
 
R
Q
 
E
G
 
A
T
 
T
G
 
G
K
 
A
G
 
N
A
 
F
V
 
T
D
 
R
I
 
F
A
 
M
K
 
E
A
 
K
C
 
F
K
 
E
T
 
P
V
 
V
S
 
-
E
 
-
E
 
Q
S
 
G
G
 
K
I
 
F
E
 
E
I
 
L
A
 
I
V
 
F
A
 
S
P
 
P
Q
 
S
L
 
L
P
 
L
D
 
D
I
 
L
Y
 
E
R
 
K
V
 
A
A
 
A
S
 
K
E
 
C
V
 
G
E
 
K
L
 
F
S
 
R
V
 
F
F
 
F
S
 
A
Q
 
Q
H
 
H
M
 
V
D
|
D
G
 
A
I
 
E
G
 
P
A
 
Y
G
 
G
S
 
A
F
 
Y
T
 
T
G
 
G
H
 
H
V
 
V
F
 
P
G
 
M
K
 
D
C
 
M
I
 
M
K
 
I
E
 
D
A
 
L
G
 
G
A
 
I
F
 
T
G
 
G
T
 
S
L
 
I
I
 
L
N
 
N
H
 
H
S
 
S
E
 
E
R
|
R
R
 
R
L
 
L
T
 
P
L
 
R
A
 
D
E
 
T
I
 
I
E
 
I
A
 
N
S
 
T
L
 
L
K
 
K
A
 
K
A
 
A
K
 
S
E
 
K
F
 
L
G
 
D
L
 
F
R
 
T
A
 
I
I
 
V
I
 
L
C
 
C
T
 
V
N
 
E
N
 
N
V
 
A
P
 
E
T
 
E
T
 
A
A
 
K
A
 
Y
A
 
F
A
 
R
A
 
E
L
 
Y
V
 
E
P
 
P
D
 
D
Y
 
F
V
 
I
A
 
A
I
 
Y
E
 
E
P
 
P
P
 
R
E
 
D
L
 
L
I
 
I
G
 
G
S
 
G
G
 
D
I
 
V
P
 
S
V
 
V
S
 
S
K
 
T
A
 
A
D
 
K
P
 
P
E
 
E
V
 
I
V
 
I
S
 
E
G
 
D
S
 
I
V
 
V
E
 
K
A
 
I
V
 
Y
S
 
E
K
 
-
I
 
-
N
 
G
P
 
T
D
 
G
V
 
T
K
 
S
V
 
V
L
 
L
C
 
V
G
 
G
A
 
A
G
 
G
I
 
I
S
 
K
K
 
T
G
 
G
E
 
E
D
 
D
L
 
V
R
 
R
A
 
R
A
 
S
L
 
I
D
 
G
L
 
L
G
 
G
S
 
A
Q
 
R
G
 
G
V
 
I
L
 
L
L
 
V
A
 
A
S
 
S
G
 
G
I
 
V
V
 
V
K
 
K
A
 
S
S
 
A
D
 
D
P
 
P
K
 
T
A
 
K
A
 
S
L
 
L
E
 
N
D
 
S
L
 
L
I
 
I
R
 
E
L
 
L

5cssA Crystal structure of triosephosphate isomerase from thermoplasma acidophilum with glycerol 3-phosphate (see paper)
35% identity, 96% coverage: 7:219/222 of query aligns to 5:213/214 of 5cssA

query
sites
5cssA
L
 
I
L
 
V
N
 
N
Y
 
L
K
|
K
T
 
T
Y
 
Y
I
 
R
Q
 
E
G
 
A
T
 
T
G
 
G
K
 
A
G
 
N
A
 
F
V
 
T
D
 
R
I
 
F
A
 
M
K
 
E
A
 
K
C
 
F
K
 
E
T
 
P
V
 
V
S
 
-
E
 
-
E
 
Q
S
 
G
G
 
K
I
 
F
E
 
E
I
 
L
A
 
I
V
 
F
A
 
S
P
 
P
Q
 
S
L
 
L
P
 
L
D
 
D
I
 
L
Y
 
E
R
 
K
V
 
A
A
 
A
S
 
K
E
 
C
V
 
G
E
 
K
L
 
F
S
 
R
V
 
F
F
 
F
S
 
A
Q
 
Q
H
 
H
M
 
V
D
 
D
G
 
A
I
 
E
G
 
P
A
 
Y
G
 
G
S
 
A
F
 
Y
T
 
T
G
 
G
H
 
H
V
 
V
F
 
P
G
 
M
K
 
D
C
 
M
I
 
M
K
 
I
E
 
D
A
 
L
G
 
G
A
 
I
F
 
T
G
 
G
T
 
S
L
 
I
I
 
L
N
 
N
H
|
H
S
 
S
E
 
E
R
 
R
R
 
R
L
 
L
T
 
P
L
 
R
A
 
D
E
 
T
I
 
I
E
 
I
A
 
N
S
 
T
L
 
L
K
 
K
A
 
K
A
 
A
K
 
S
E
 
K
F
 
L
G
 
D
L
 
F
R
 
T
A
 
I
I
 
V
I
 
L
C
 
C
T
 
V
N
 
E
N
 
N
V
 
A
P
 
E
T
 
E
T
 
A
A
 
K
A
 
Y
A
 
F
A
 
R
A
 
E
L
 
Y
V
 
E
P
 
P
D
 
D
Y
 
F
V
 
I
A
 
A
I
 
Y
E
|
E
P
 
P
P
 
R
E
 
D
L
 
L
I
|
I
G
|
G
S
 
G
G
 
D
I
 
V
P
 
S
V
 
V
S
 
S
K
 
T
A
 
A
D
 
K
P
 
P
E
 
E
V
 
I
V
 
I
S
 
E
G
 
D
S
 
I
V
 
V
E
 
K
A
 
I
V
 
Y
S
 
E
K
 
-
I
 
-
N
 
G
P
 
T
D
 
G
V
 
T
K
 
S
V
 
V
L
 
L
C
 
V
G
 
G
A
 
A
G
 
G
I
 
I
S
 
K
K
 
T
G
 
G
E
 
E
D
 
D
L
 
V
R
 
R
A
 
R
A
 
S
L
 
I
D
 
G
L
 
L
G
 
G
S
 
A
Q
 
R
G
 
G
V
 
I
L
 
L
L
 
V
A
|
A
S
|
S
G
 
G
I
 
V
V
 
V
K
 
K
A
 
S
S
 
A
D
 
D
P
 
P
K
 
T
A
 
K
A
 
S
L
 
L
E
 
N
D
 
S
L
 
L
I
 
I

P50921 Triosephosphate isomerase; TIM; TPI; Triose-phosphate isomerase; EC 5.3.1.1 from Moritella marina (Vibrio marinus) (see paper)
26% identity, 75% coverage: 1:166/222 of query aligns to 1:194/256 of P50921

query
sites
P50921
M
 
M
G
 
R
S
 
H
P
 
P
F
 
V
I
 
V
L
 
M
L
 
G
N
|
N
Y
x
W
K
|
K
T
 
-
Y
 
-
I
 
L
Q
 
N
G
 
G
T
 
S
G
 
K
K
 
E
G
 
M
A
 
V
V
 
V
D
 
D
I
 
L
A
 
L
K
 
N
A
 
G
C
 
L
K
 
N
T
 
A
V
 
E
S
 
L
E
 
E
E
 
G
-
 
V
S
 
T
G
 
G
I
 
V
E
 
D
I
 
V
A
 
A
V
 
V
A
 
A
P
 
P
Q
 
-
L
 
-
P
 
P
D
 
A
I
 
L
Y
 
F
R
 
V
V
 
D
A
 
L
S
 
A
E
 
E
V
 
R
E
 
T
L
 
L
S
 
T
-
 
E
-
 
A
-
 
G
-
 
S
-
 
A
-
 
I
-
 
I
V
 
L
F
 
G
S
 
A
Q
 
Q
H
 
N
M
 
T
D
 
D
G
 
L
I
 
N
G
 
N
A
 
S
G
 
G
S
 
A
F
 
F
T
 
T
G
 
G
H
 
D
V
 
M
F
 
S
G
 
P
K
 
A
C
 
M
I
 
L
K
 
K
E
 
E
A
 
F
G
 
G
A
 
A
F
 
T
G
 
H
T
 
I
L
 
I
I
 
I
N
 
G
H
 
H
S
 
S
E
 
E
R
 
R
R
 
R
L
 
E
T
 
Y
L
 
H
A
 
A
E
 
E
-
 
S
-
 
D
-
 
E
-
 
F
I
 
V
E
 
A
A
 
K
S
 
K
L
 
F
K
 
A
A
 
F
A
 
L
K
 
K
E
 
E
F
 
N
G
 
G
L
 
L
R
 
T
A
 
P
I
 
V
I
 
L
C
 
C
T
 
I
-
 
G
-
 
E
-
 
S
-
 
D
-
 
A
-
 
Q
-
 
N
-
 
E
-
 
A
-
 
G
-
 
E
-
 
T
-
 
M
-
 
A
-
 
V
-
 
C
-
 
A
-
 
R
-
 
Q
-
 
L
N
 
D
N
 
A
V
 
V
P
 
I
T
 
N
T
 
T
A
 
Q
A
 
G
A
 
V
A
 
E
A
 
A
L
 
L
V
 
E
P
 
G
D
 
A
Y
 
I
V
 
I
A
 
A
I
 
Y
E
 
E
P
 
P
P
 
I
E
 
W
L
 
A
I
 
I
G
|
G
S
 
T
G
 
G
I
 
K
P
 
A
V
 
A
S
 
T
K
 
A
A
 
E
D
 
D
P
 
A
E
 
Q
V
 
R
V
 
I
S
 
H
G
 
A
S
 
Q
V
 
I
E
 
R
A
 
A

Sites not aligning to the query:

1aw1A Triosephosphate isomerase of vibrio marinus complexed with 2- phosphoglycolate (see paper)
26% identity, 73% coverage: 4:166/222 of query aligns to 3:193/255 of 1aw1A

query
sites
1aw1A
P
 
P
F
 
V
I
 
V
L
 
M
L
 
G
N
|
N
Y
 
W
K
|
K
T
 
-
Y
 
-
I
 
L
Q
 
N
G
 
G
T
 
S
G
 
K
K
 
E
G
 
M
A
 
V
V
 
V
D
 
D
I
 
L
A
 
L
K
 
N
A
 
G
C
 
L
K
 
N
T
 
A
V
 
E
S
 
L
E
 
E
E
 
G
-
 
V
S
 
T
G
 
G
I
 
V
E
 
D
I
 
V
A
 
A
V
 
V
A
 
A
P
 
P
Q
 
-
L
 
-
P
 
P
D
 
A
I
 
L
Y
 
F
R
 
V
V
 
D
A
 
L
S
 
A
E
 
E
V
 
R
E
 
T
L
 
L
S
 
T
-
 
E
-
 
A
-
 
G
-
 
S
-
 
A
-
 
I
-
 
I
V
 
L
F
 
G
S
 
A
Q
 
Q
H
 
N
M
 
T
D
 
D
G
 
L
I
 
N
G
 
N
A
 
S
G
 
G
S
 
A
F
 
F
T
 
T
G
 
G
H
 
D
V
 
M
F
 
S
G
 
P
K
 
A
C
 
M
I
 
L
K
 
K
E
 
E
A
 
F
G
 
G
A
 
A
F
 
T
G
 
H
T
 
I
L
 
I
I
 
I
N
 
G
H
|
H
S
 
S
E
|
E
R
 
R
R
 
R
L
 
E
T
 
Y
L
 
H
A
 
A
E
 
E
-
 
S
-
 
D
-
 
E
-
 
F
I
 
V
E
 
A
A
 
K
S
 
K
L
 
F
K
 
A
A
 
F
A
 
L
K
 
K
E
 
E
F
 
N
G
 
G
L
 
L
R
 
T
A
 
P
I
 
V
I
 
L
C
 
C
T
 
I
-
 
G
-
 
E
-
 
S
-
 
D
-
 
A
-
 
Q
-
 
N
-
 
E
-
 
A
-
 
G
-
 
E
-
 
T
-
 
M
-
 
A
-
 
V
-
 
C
-
 
A
-
 
R
-
 
Q
-
 
L
N
 
D
N
 
A
V
 
V
P
 
I
T
 
N
T
 
T
A
 
Q
A
 
G
A
 
V
A
 
E
A
 
A
L
 
L
V
 
E
P
 
G
D
 
A
Y
 
I
V
 
I
A
 
A
I
 
Y
E
|
E
P
 
P
P
 
I
E
 
W
L
 
A
I
 
I
G
|
G
S
 
T
G
 
G
I
 
K
P
 
A
V
 
A
S
 
T
K
 
A
A
 
E
D
 
D
P
 
A
E
 
Q
V
 
R
V
 
I
S
 
H
G
 
A
S
 
Q
V
 
I
E
 
R
A
 
A

Sites not aligning to the query:

4mvaA 1.43 angstrom resolution crystal structure of triosephosphate isomerase (tpia) from escherichia coli in complex with acetyl phosphate. (see paper)
24% identity, 78% coverage: 1:174/222 of query aligns to 1:201/255 of 4mvaA

query
sites
4mvaA
M
 
M
G
 
R
S
 
H
P
 
P
F
 
L
I
 
V
L
 
M
L
 
G
N
 
N
Y
 
W
K
 
K
T
 
-
Y
 
-
I
 
L
Q
 
N
G
 
G
T
 
S
G
 
R
K
 
H
G
 
M
A
 
V
V
 
H
D
 
E
-
 
L
I
 
V
A
 
S
K
 
N
A
 
L
C
 
R
K
 
K
T
 
E
V
 
L
S
 
A
E
 
G
E
 
V
S
 
A
G
 
G
I
 
C
E
 
A
I
 
V
A
 
A
V
 
I
A
 
A
P
 
P
Q
 
-
L
 
-
P
 
P
D
 
E
I
 
M
Y
 
Y
-
 
I
-
 
D
-
 
M
-
 
A
-
 
K
R
 
R
V
 
E
A
 
A
S
 
E
E
 
G
V
 
S
E
 
H
L
 
I
S
 
M
V
 
L
F
 
G
S
 
A
Q
 
Q
H
 
N
M
 
V
D
 
D
G
 
L
I
 
N
G
 
L
A
 
S
G
 
G
S
 
A
F
 
F
T
 
T
G
 
G
H
 
E
V
 
T
F
 
S
G
 
A
K
 
A
C
 
M
I
 
L
K
 
K
E
 
D
A
 
I
G
 
G
A
 
A
F
 
Q
G
 
Y
T
 
I
L
 
I
I
 
I
N
 
G
H
 
H
S
 
S
E
 
E
R
 
R
R
 
R
L
 
T
T
 
Y
L
 
H
A
 
K
E
 
E
-
 
S
-
 
D
-
 
E
-
 
L
I
 
I
E
 
A
A
 
K
S
 
K
L
 
F
K
 
A
A
 
V
A
 
L
K
 
K
E
 
E
F
 
Q
G
 
G
L
 
L
R
 
T
A
 
P
I
 
V
I
 
L
C
 
C
-
 
I
-
 
G
-
 
E
-
 
T
-
 
E
-
 
A
-
 
E
-
 
N
-
 
E
-
 
A
-
 
G
-
 
K
-
 
T
-
 
E
-
 
E
-
 
V
-
 
C
-
 
A
-
 
R
-
 
Q
T
 
I
N
 
D
N
 
A
V
 
V
P
 
L
T
 
K
T
 
T
A
 
Q
A
 
G
A
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
F
V
 
E
P
 
G
D
 
A
Y
 
V
V
 
I
A
 
A
I
 
Y
E
 
E
P
 
P
P
 
V
E
 
W
L
 
A
I
 
I
G
 
G
S
 
T
G
 
G
I
 
K
P
 
S
V
 
A
S
 
T
K
 
P
A
 
A
D
 
Q
P
 
A
E
 
Q
V
 
A
V
 
V
S
 
H
G
 
K
S
 
F
V
 
I
-
 
R
E
 
D
A
 
H
V
 
I
S
 
A
K
 
K
I
 
V
N
 
D
P
 
A
D
 
N
V
 
I

Sites not aligning to the query:

B1XB85 Triosephosphate isomerase; TIM; TPI; Triose-phosphate isomerase; EC 5.3.1.1 from Escherichia coli (strain K12 / DH10B) (see paper)
24% identity, 78% coverage: 1:174/222 of query aligns to 1:201/255 of B1XB85

query
sites
B1XB85
M
 
M
G
 
R
S
 
H
P
 
P
F
 
L
I
 
V
L
 
M
L
 
G
N
 
N
Y
 
W
K
 
K
T
 
-
Y
 
-
I
 
L
Q
 
N
G
 
G
T
 
S
G
 
R
K
 
H
G
 
M
A
 
V
V
 
H
D
 
E
-
 
L
I
 
V
A
 
S
K
 
N
A
 
L
C
 
R
K
 
K
T
 
E
V
 
L
S
 
A
E
 
G
E
 
V
S
 
A
G
 
G
I
 
C
E
 
A
I
 
V
A
 
A
V
 
I
A
 
A
P
 
P
Q
 
-
L
 
-
P
 
P
D
 
E
I
 
M
Y
 
Y
-
 
I
-
 
D
-
 
M
-
 
A
-
 
K
R
 
R
V
 
E
A
 
A
S
 
E
E
 
G
V
 
S
E
 
H
L
 
I
S
 
M
V
 
L
F
 
G
S
 
A
Q
 
Q
H
 
N
M
 
V
D
 
D
G
 
L
I
 
N
G
 
L
A
 
S
G
 
G
S
 
A
F
 
F
T
 
T
G
 
G
H
 
E
V
 
T
F
 
S
G
 
A
K
 
A
C
 
M
I
 
L
K
 
K
E
 
D
A
 
I
G
 
G
A
 
A
F
 
Q
G
 
Y
T
 
I
L
 
I
I
 
I
N
 
G
H
 
H
S
 
S
E
 
E
R
 
R
R
 
R
L
 
T
T
 
Y
L
 
H
A
 
K
E
 
E
-
 
S
-
 
D
-
 
E
-
 
L
I
 
I
E
 
A
A
 
K
S
 
K
L
 
F
K
 
A
A
 
V
A
 
L
K
 
K
E
 
E
F
 
Q
G
 
G
L
 
L
R
 
T
A
 
P
I
 
V
I
 
L
C
 
C
-
 
I
-
 
G
-
 
E
-
 
T
-
 
E
-
 
A
-
 
E
-
 
N
-
 
E
-
 
A
-
 
G
-
 
K
-
 
T
-
 
E
-
 
E
-
 
V
-
 
C
-
 
A
-
 
R
-
 
Q
T
 
I
N
 
D
N
 
A
V
 
V
P
 
L
T
 
K
T
 
T
A
 
Q
A
 
G
A
 
A
A
 
A
A
 
A
L
 
F
V
 
E
P
 
G
D
 
A
Y
 
V
V
 
I
A
 
A
I
 
Y
E
 
E
P
 
P
P
 
V
E
 
W
L
 
A
I
 
I
G
 
G
S
 
T
G
 
G
I
 
K
P
 
S
V
 
A
S
 
T
K
 
P
A
 
A
D
 
Q
P
 
A
E
 
Q
V
 
A
V
 
V
S
 
H
G
 
K
S
 
F
V
 
I
-
 
R
E
 
D
A
 
H
V
 
I
S
 
A
K
 
K
I
 
V
N
 
D
P
 
A
D
 
N
V
 
I

Sites not aligning to the query:

P00943 Triosephosphate isomerase; TIM; TPI; Triose-phosphate isomerase; EC 5.3.1.1 from Geobacillus stearothermophilus (Bacillus stearothermophilus) (see 2 papers)
28% identity, 71% coverage: 11:167/222 of query aligns to 3:193/253 of P00943

query
sites
P00943
K
 
K
T
 
P
Y
 
I
I
 
I
Q
 
A
G
 
G
T
x
N
G
x
W
K
|
K
G
 
M
A
x
H
V
x
K
D
 
T
I
 
L
A
 
A
K
 
E
A
 
A
C
 
V
K
 
Q
T
 
F
V
 
V
S
 
E
E
 
D
E
 
V
S
 
K
G
 
G
-
 
H
-
 
V
-
 
P
-
 
P
-
 
A
-
 
D
-
 
E
-
 
V
I
 
I
E
 
S
I
 
V
A
 
V
V
 
C
A
 
A
P
 
P
Q
 
F
L
 
L
-
 
F
-
 
L
P
 
D
D
 
R
I
 
L
Y
 
V
R
 
Q
V
 
A
A
 
A
S
 
D
E
 
G
V
 
T
E
 
D
L
 
L
S
 
K
V
 
I
F
 
G
S
 
A
Q
 
Q
H
 
T
M
 
M
D
 
H
G
 
F
I
 
A
G
 
D
A
 
Q
G
 
G
S
 
A
F
 
Y
T
 
T
G
 
G
H
 
E
V
 
V
F
 
S
G
 
P
K
 
V
C
 
M
I
 
L
K
 
K
E
 
D
A
 
L
G
 
G
A
 
V
F
 
T
G
 
Y
T
 
V
L
 
I
I
 
L
N
 
G
H
 
H
S
 
S
E
 
E
R
 
R
R
 
R
L
 
Q
T
 
M
L
 
F
A
 
A
E
 
E
I
 
T
E
 
D
A
 
E
S
 
T
L
 
V
K
 
N
-
 
K
-
 
K
-
 
V
-
 
L
A
 
A
A
 
A
K
 
F
E
 
T
F
 
R
G
 
G
L
 
L
R
 
I
A
 
P
I
 
I
I
 
I
C
 
C
-
 
C
-
 
G
-
 
E
-
 
S
-
 
L
-
 
E
-
 
E
-
 
R
-
 
E
-
 
A
-
 
G
-
 
Q
T
 
T
N
 
N
N
 
A
V
 
V
P
 
V
T
 
A
T
 
S
A
 
Q
-
 
V
-
 
E
-
 
K
A
 
A
A
 
L
A
 
A
A
 
G
L
 
L
V
 
T
P
 
P
D
 
E
Y
 
Q
V
 
V
-
 
K
-
 
Q
-
 
A
-
 
V
-
 
I
A
 
A
I
 
Y
E
 
E
P
 
P
P
 
I
E
 
W
L
 
A
I
 
I
G
|
G
S
 
T
G
 
G
I
 
K
P
 
S
V
 
S
S
 
T
K
 
P
A
 
E
D
 
D
P
 
A
E
 
N
V
 
S
V
 
V
S
 
C
G
 
G
S
 
H
V
 
I
E
 
R
A
 
S
V
 
V

Sites not aligning to the query:

1btmA Triosephosphate isomerase (tim) complexed with 2-phosphoglycolic acid (see paper)
28% identity, 71% coverage: 11:167/222 of query aligns to 2:192/251 of 1btmA

query
sites
1btmA
K
 
K
T
 
P
Y
 
I
I
 
I
Q
 
A
G
 
G
T
x
N
G
 
W
K
|
K
G
 
M
A
 
H
V
 
K
D
 
T
I
 
L
A
 
A
K
 
E
A
 
A
C
 
V
K
 
Q
T
 
F
V
 
V
S
 
E
E
 
D
E
 
V
S
 
K
G
 
G
-
 
H
-
 
V
-
 
P
-
 
P
-
 
A
-
 
D
-
 
E
-
 
V
I
 
I
E
 
S
I
 
V
A
 
V
V
 
C
A
 
A
P
 
P
Q
 
F
L
 
L
-
 
F
-
 
L
P
 
D
D
 
R
I
 
L
Y
 
V
R
 
Q
V
 
A
A
 
A
S
 
D
E
 
G
V
 
T
E
 
D
L
 
L
S
 
K
V
 
I
F
 
G
S
 
A
Q
 
Q
H
 
T
M
 
M
D
 
H
G
 
F
I
 
A
G
 
D
A
 
Q
G
 
G
S
 
A
F
 
Y
T
 
T
G
 
G
H
 
E
V
 
V
F
 
S
G
 
P
K
 
V
C
 
M
I
 
L
K
 
K
E
 
D
A
 
L
G
 
G
A
 
V
F
 
T
G
 
Y
T
 
V
L
 
I
I
 
L
N
 
G
H
|
H
S
 
S
E
|
E
R
 
R
R
 
R
L
 
Q
T
 
M
L
 
F
A
 
A
E
 
E
I
 
T
E
 
D
A
 
E
S
 
T
L
 
V
K
 
N
-
 
K
-
 
K
-
 
V
-
 
L
A
 
A
A
 
A
K
 
F
E
 
T
F
 
R
G
 
G
L
 
L
R
 
I
A
 
P
I
 
I
I
 
I
C
 
C
-
 
C
-
 
G
-
 
E
-
 
S
-
 
L
-
 
E
-
 
E
-
 
R
-
 
E
-
 
A
-
 
G
-
 
Q
T
 
T
N
 
N
N
 
A
V
 
V
P
 
V
T
 
A
T
 
S
A
 
Q
-
 
V
-
 
E
-
 
K
A
 
A
A
 
L
A
 
A
A
 
G
L
 
L
V
 
T
P
 
P
D
 
E
Y
 
Q
V
 
V
-
 
K
-
 
Q
-
 
A
-
 
V
-
 
I
A
 
A
I
 
Y
E
|
E
P
 
P
P
 
I
E
 
W
L
 
A
I
|
I
G
|
G
S
 
T
G
 
G
I
 
K
P
 
S
V
 
S
S
 
T
K
 
P
A
 
E
D
 
D
P
 
A
E
 
N
V
 
S
V
 
V
S
 
C
G
 
G
S
 
H
V
 
I
E
 
R
A
 
S
V
 
V

Sites not aligning to the query:

6oogA Crystal structure of triosephosphate isomerase from taenia solium in complex with 2pg (see paper)
28% identity, 59% coverage: 67:197/222 of query aligns to 70:227/252 of 6oogA

query
sites
6oogA
I
 
V
G
 
G
A
 
S
G
 
G
S
 
A
F
 
F
T
 
T
G
 
G
H
 
E
V
 
I
F
 
S
G
 
T
K
 
E
C
 
M
I
 
I
K
 
K
E
 
D
A
 
C
G
 
G
A
 
C
F
 
E
G
 
W
T
 
V
L
 
I
I
 
L
N
 
G
H
|
H
S
 
S
E
|
E
R
 
R
R
 
R
L
 
H
T
 
I
L
 
F
A
 
G
E
 
E
-
 
S
-
 
N
-
 
E
-
 
L
I
 
I
E
 
G
A
 
E
S
 
K
L
 
V
K
 
K
A
 
H
A
 
A
K
 
L
E
 
D
F
 
S
G
 
G
L
 
L
R
 
N
A
 
V
I
 
I
I
 
P
C
 
C
-
 
I
-
 
G
-
 
E
-
 
L
-
 
L
-
 
S
-
 
E
-
 
R
-
 
E
-
 
A
-
 
G
-
 
K
T
 
T
N
 
N
-
 
D
-
 
V
-
 
C
-
 
F
-
 
A
-
 
Q
-
 
M
-
 
D
-
 
A
-
 
I
-
 
A
-
 
K
N
 
N
V
 
V
P
 
P
T
 
S
T
 
K
A
 
E
A
 
A
A
 
W
A
 
D
A
 
K
L
 
V
V
 
V
P
 
-
D
 
-
Y
 
-
V
 
I
A
 
A
I
 
Y
E
|
E
P
 
P
P
 
V
E
 
W
L
 
A
I
|
I
G
|
G
S
 
T
G
 
G
I
 
K
P
 
T
V
 
A
S
 
T
K
 
P
A
 
A
D
 
Q
P
 
A
E
 
Q
V
 
E
V
 
V
S
 
H
G
 
K
S
 
V
V
 
V
E
 
R
A
 
D
V
 
W
S
 
I
K
 
R
I
 
K
N
 
H
P
 
V
D
 
D
-
 
A
-
 
G
-
 
I
-
 
A
-
 
D
-
 
K
V
 
V
K
 
R
V
 
I
L
 
L
C
 
Y
G
 
G
A
 
G
G
x
S
I
 
V
S
 
T
K
 
A
G
 
S
E
 
N
D
 
-
L
 
-
R
 
-
A
 
-
A
 
A
L
 
K
D
 
D
L
 
L
G
 
G
S
 
T
Q
 
Q

Sites not aligning to the query:

6neeB Crystal structure of a reconstructed ancestor of triosephosphate isomerase from eukaryotes (see paper)
27% identity, 52% coverage: 5:120/222 of query aligns to 7:128/252 of 6neeB

query
sites
6neeB
F
 
F
I
 
V
L
 
G
L
 
G
N
 
N
Y
 
W
K
|
K
T
 
-
Y
 
-
I
 
M
Q
 
N
G
 
G
T
 
T
G
 
L
K
 
E
G
 
S
A
 
I
V
 
K
D
 
A
I
 
L
A
 
V
K
 
E
A
 
T
C
 
L
K
 
N
T
 
S
V
 
A
S
 
Q
E
 
L
E
 
D
S
 
P
G
 
N
I
 
T
E
 
E
I
 
V
A
 
V
V
 
V
A
 
A
P
 
P
Q
 
-
L
 
-
P
 
P
D
 
A
I
 
I
Y
 
Y
-
 
L
-
 
P
-
 
F
-
 
A
-
 
R
-
 
S
R
 
K
V
 
L
A
 
K
S
 
K
E
 
P
V
 
K
E
 
E
L
 
I
S
 
Q
V
 
V
F
 
A
S
 
A
Q
 
Q
H
 
N
M
 
C
D
 
Y
G
 
T
I
 
K
G
 
P
A
 
N
G
 
G
S
 
A
F
 
F
T
 
T
G
 
G
H
 
E
V
 
I
F
 
S
G
 
A
K
 
E
C
 
M
I
 
L
K
 
K
E
 
D
A
 
L
G
 
G
A
 
V
F
 
P
G
 
W
T
 
V
L
 
I
I
 
L
N
 
G
H
|
H
S
 
S
E
 
E
R
 
R
R
 
R
L
 
T
T
 
I
L
 
F
A
 
G
E
 
E
-
 
S
-
 
D
-
 
E
-
 
L
I
 
I
E
 
A
A
 
E
S
 
K
L
 
V
K
 
K
A
 
Y
A
 
A
K
 
L
E
 
D
F
 
Q
G
 
G
L
 
L
R
 
K
A
 
V
I
 
I
I
 
A
C
 
C

Sites not aligning to the query:

Query Sequence

>WP_011033225.1 NCBI__GCF_000007065.1:WP_011033225.1
MGSPFILLNYKTYIQGTGKGAVDIAKACKTVSEESGIEIAVAPQLPDIYRVASEVELSVF
SQHMDGIGAGSFTGHVFGKCIKEAGAFGTLINHSERRLTLAEIEASLKAAKEFGLRAIIC
TNNVPTTAAAAALVPDYVAIEPPELIGSGIPVSKADPEVVSGSVEAVSKINPDVKVLCGA
GISKGEDLRAALDLGSQGVLLASGIVKASDPKAALEDLIRLV

Or try a new SitesBLAST search

SitesBLAST's Database

SitesBLAST's database includes (1) SwissProt entries with experimentally-supported functional features; and (2) protein structures with bound ligands, from the BioLip database.

by Morgan Price, Arkin group
Lawrence Berkeley National Laboratory